Enterococos resistentes aos glicopeptídeos representam, atualmente, importantes patógenos causadores de infecção nosocomial, sendo isolados em várias regiões do mundo, inclusive no Brasil. Dos fenótipos de resistência descritos até o momento, VanA e VanB são os mais encontrados. O fenótipo VanA é caracterizado por linhagens resistentes a altos níveis de vancomicina e teicoplanina, enquanto VanB é representado por linhagens com altos níveis de resistência à vancomicina, mas com sensibilidade à teicoplanina. O fenótipo VanA é codificado por um grupamento de genes (vanRSHAXYZ) localizados em um elemento genético móvel denominado Tn1546 ou elemento VanA, freqüentemente inserido em plasmídeo conjugativo. Quatro linhagens de enterococos resistentes à vancomicina e sensíveis à teicoplanina que apresentaram genótipo vanA e fenótipo VanB foram estudadas com objetivo de se determinar qual o mecanismo responsável por esta incongruência. A identificação das espécies foi realizada por multiplex PCR, sendo três linhagens identificadas como Enterococcus faecalis e uma linhagem Enterococcus faecium. Todas confirmaram a presença do gene vanA por PCR e, no entanto, apresentaram sensibilidade à teicoplanina, determinada por Etest, condizente com o fenótipo VanB. Reações de Long-PCR e overlapping PCR foram realizadas para amplificação e caracterização do elemento VanA. O elemento VanA das linhagens de E. faecalis mostrou deleção da extremidade direita, correspondente à perda dos genes vanY e vanZ. Na linhagem de E. faecium foi detectada a inserção da ISEfa5 na região intergênica vanXY, como reportado em estudo prévio. A tipagem molecular das linhagens foi realizada pelo perfil de PFGE após macrorestrição do DNA com enzima SmaI e indicou que duas linhagens de E. faecalis pertenciam ao mesmo clone, enquanto a outra era geneticamente não relacionada. Estudos de hibridação com sonda para localização do gene vanA indicaram que este gene estava associado a um plasmídeo de 70Kb. Para verificar a presença de eventuais mutações no gene vanS, relatadas em alguns estudos como causa da perda da sensibilidade à teicoplanina, os elementos VanA das linhagens foram seqüenciados, contudo nenhuma mutação foi encontrada. Os experimentos de clonagem para analisar a possível presença de uma região promotora entre os genes vanY e vanZ indicaram a viii não existência de um promotor nesta região. A presença de elemento VanA com a mesma característica, sendo carreado por plasmídeos de mesmo tamanho em linhagens de E. faecalis com perfil de PFGE diferentes, sugere que este elemento foi transferido horizontalmente. O estudo molecular deste elemento de resistência gerou informações sobre a epidemiologia e eventos genéticos no elemento VanA que estão ocorrendo nas linhagens de VRE isoladas no Brasil. / Vancomycin-resistant enterococci (VRE) have emerged worldwide including in Brazil as important nosocomial pathogens. The most prevalent phenotypes described among glycopeptide resistant enterococci are VanA and VanB. VanA phenotype is characterized by induced high-level resistance both to vancomycin and teicoplanin, whereas VanB resistant strains show inducible resistance to vancomycin and retained susceptibility to teicoplanin. The vanA gene cluster (vanRSHAXYZ) is located in a mobile genetic element called Tn1546 or VanA element, which is often carried by conjugative plasmids. Four VRE showing VanB phenotype and vanA genotype isolated in a Brazilian hospital were investigated to better understand the molecular mechanisms underlying this incongruence. Multiplex PCR was performed for species identification. Three strains were identified as Enterococcus faecalis and the fourth as Enterococcus faecium. All VRE strains harboured gene vanA but showed VanB phenotype as determined by the Etest. Long PCR and PCR amplification of internal regions were employed for Tn1546 structural analysis. Three E. faecalis showed deletion of vanYZ genes corresponding to the inverted repeated right terminal of Tn1546 and E. faecium showed insertion of an IS element, ISEFa5, between vanX and vanY genes, as previously reported. These genetic rearrangements were associated to loss of resistance to teicoplanin. PFGE performed after SmaI digestion of DNA revealed that two E. faecalis were genetically related but the third one was unrelated. Plasmid analysis followed by Southern blotting and hybridization with vanA probe were performed for localization of VanA element. Results indicated that E. faecalis isolates showed the same structure of VanA element and plasmid profile with vanA located into plasmid. Thus, horizontal dissemination of this genetic element was suggested. VanA elements in all isolates were sequenced to detect point mutations in vanS, previously observed in VanB phenotype-vanA-genotype VRE isolates. However, no mutation was found. Assays to detect the presence of a promoter between vanX and vanY genes were negative for this region. Molecular characterization of these VRE furnished additional important information about VanA element epidemiological and evolutionary events in Brazilian isolates.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-17T12:08:29Z No. of bitstreams: 1 Ivanildo Ramalho do Nascimento Junior.pdf: 550438 bytes, checksum: 6a9cb7e8f4ae831e30a138ad05f4a0d1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-17T12:08:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ivanildo Ramalho do Nascimento Junior.pdf: 550438 bytes, checksum: 6a9cb7e8f4ae831e30a138ad05f4a0d1 (MD5) Previous issue date: 2012-02-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The study of promising genotypes of crown and rootstock in potential regions for the production of fresh citrus fruits is fundamental to the continued development of national citrus sector. The microregion of Garanhuns in Southern Agreste of Pernambuco and other potential areas of northeast of Brazil, due to favorable edafoclimatic conditions for growing citrus, can generate production that could serve both regional and international markets. Thus, the objective was to evaluate genotypes of tangerines and grapefruits at Southern Agreste of Pernambuco conditions, through evaluation of agronomic parameters and physical, chemical and physical-chemical characteristics of fruits, aiming at the diversification of fruticulture. The experiment was conducted at Experimental Station of Brejão (IPA), evaluating thirteen varieties of tangerines and hybrids and three grapefruits. The evaluation of the maturation period was identified with the accompanying from development floral branch to maturation of fruits. For the analysis of plant development, was used the randomized block design with five replications and one plant per plot, being evaluated the diameter of stem above and below of grafting point, the crown diameter, plant height and volume crown. For the analysis of the fruits was used the randomized block design with four replications and four fruits per plot, being used twelve descriptors. In relation to maturation period, the Murcott, Kinnow and Fortune Iniasel tangerines were classified as mid-season, even as the Flame, Star Ruby and Henderson grapefruits. The Nova tangerine and the Flame grapefruit presented the smallest crown volume with 9.71 and 8.70 cubic meters respectively in the last measurement, positive feature in citrus breeding programs to obtain new crown varieties. Regarding fruit, the Robinson tangerine and the Henderson grapefruit presented the highest ratio mean with 20.83 and 5.93 respectively. All tangerines showed diameter within the established by standard classification of fresh citrus fruits, however, the Mexerica, Dancy and Swatow varieties had average fruit weight less than the main commercialized tangerines, even as the three grapefruits varieties studied. / O estudo de genótipos promissores de copa e porta-enxerto em regiões potenciais para a produção de citros de mesa é fundamental para a continuidade do desenvolvimento do setor citrícola nacional. A microrregião de Garanhuns no Agreste Meridional Pernambucano e outras áreas potenciais do Nordeste brasileiro, devido às condições edafoclimáticas favoráveis ao cultivo de citros, podem gerar produção que poderá atender tanto o mercado regional quanto internacional. Assim, objetivou-se avaliar genótipos de tangerineiras e pomeleiros nas condições edafoclimáticas da região do Agreste Meridional de Pernambuco, mediante avaliação dos parâmetros agronômicos e características físicas, físico-químicas e químicas dos frutos, visando à diversificação da fruticultura. O experimento foi realizado na Estação Experimental de Brejão (IPA), onde foram avaliadas treze variedades de tangerineiras e híbridos e três pomeleiros. A avaliação do período de maturação foi identificada com acompanhamento do desenvolvimento do ramo floral até a maturação dos frutos. Para a análise do desenvolvimento das plantas utilizou-se o delineamento em blocos casualisados, com cinco repetições e uma planta por parcela, sendo avaliado o diâmetro do caule acima e abaixo do ponto de enxertia, o diâmetro de copa, altura da planta e volume de copa. Para a análise dos frutos utilizou-se o delineamento em blocos casualisados, com quatro repetições e quatro frutos por parcela, sendo utilizados doze descritores. Quanto ao período de maturação, as tangerineiras Murcott, Kinnow e Fortune Iniasel se enquadraram como de meia-estação, assim como, os pomeleiros Flame, Star Ruby e Henderson. A tangerineira Nova e o pomeleiro Flame apresentaram o menor volume de copa com 9,71 e 8,70 m³ respectivamente na última medição, característica positiva em programas de melhoramento genético de citros para obtenção de novas variedades de copa. Em relação aos frutos, a tangerina Robinson e o pomelo Henderson apresentaram as maiores médias de ratio com 20,83 e 5,93 respectivamente. Todas as tangerinas apresentaram calibre dentro do estabelecido pela Norma de Classificação dos Citros de Mesa, porém, as variedades Mexerica, Dancy e Swatow apresentaram média da massa dos frutos inferior as principais variedades de tangerinas comercializadas, assim como, as três variedades de pomeleiros estudadas.

Enterococos resistentes aos glicopeptídeos representam, atualmente, importantes patógenos causadores de infecção nosocomial, sendo isolados em várias regiões do mundo, inclusive no Brasil. Dos fenótipos de resistência descritos até o momento, VanA e VanB são os mais encontrados. O fenótipo VanA é caracterizado por linhagens resistentes a altos níveis de vancomicina e teicoplanina, enquanto VanB é representado por linhagens com altos níveis de resistência à vancomicina, mas com sensibilidade à teicoplanina. O fenótipo VanA é codificado por um grupamento de genes (vanRSHAXYZ) localizados em um elemento genético móvel denominado Tn1546 ou elemento VanA, freqüentemente inserido em plasmídeo conjugativo. Quatro linhagens de enterococos resistentes à vancomicina e sensíveis à teicoplanina que apresentaram genótipo vanA e fenótipo VanB foram estudadas com objetivo de se determinar qual o mecanismo responsável por esta incongruência. A identificação das espécies foi realizada por multiplex PCR, sendo três linhagens identificadas como Enterococcus faecalis e uma linhagem Enterococcus faecium. Todas confirmaram a presença do gene vanA por PCR e, no entanto, apresentaram sensibilidade à teicoplanina, determinada por Etest, condizente com o fenótipo VanB. Reações de Long-PCR e overlapping PCR foram realizadas para amplificação e caracterização do elemento VanA. O elemento VanA das linhagens de E. faecalis mostrou deleção da extremidade direita, correspondente à perda dos genes vanY e vanZ. Na linhagem de E. faecium foi detectada a inserção da ISEfa5 na região intergênica vanXY, como reportado em estudo prévio. A tipagem molecular das linhagens foi realizada pelo perfil de PFGE após macrorestrição do DNA com enzima SmaI e indicou que duas linhagens de E. faecalis pertenciam ao mesmo clone, enquanto a outra era geneticamente não relacionada. Estudos de hibridação com sonda para localização do gene vanA indicaram que este gene estava associado a um plasmídeo de 70Kb. Para verificar a presença de eventuais mutações no gene vanS, relatadas em alguns estudos como causa da perda da sensibilidade à teicoplanina, os elementos VanA das linhagens foram seqüenciados, contudo nenhuma mutação foi encontrada. Os experimentos de clonagem para analisar a possível presença de uma região promotora entre os genes vanY e vanZ indicaram a viii não existência de um promotor nesta região. A presença de elemento VanA com a mesma característica, sendo carreado por plasmídeos de mesmo tamanho em linhagens de E. faecalis com perfil de PFGE diferentes, sugere que este elemento foi transferido horizontalmente. O estudo molecular deste elemento de resistência gerou informações sobre a epidemiologia e eventos genéticos no elemento VanA que estão ocorrendo nas linhagens de VRE isoladas no Brasil. / Vancomycin-resistant enterococci (VRE) have emerged worldwide including in Brazil as important nosocomial pathogens. The most prevalent phenotypes described among glycopeptide resistant enterococci are VanA and VanB. VanA phenotype is characterized by induced high-level resistance both to vancomycin and teicoplanin, whereas VanB resistant strains show inducible resistance to vancomycin and retained susceptibility to teicoplanin. The vanA gene cluster (vanRSHAXYZ) is located in a mobile genetic element called Tn1546 or VanA element, which is often carried by conjugative plasmids. Four VRE showing VanB phenotype and vanA genotype isolated in a Brazilian hospital were investigated to better understand the molecular mechanisms underlying this incongruence. Multiplex PCR was performed for species identification. Three strains were identified as Enterococcus faecalis and the fourth as Enterococcus faecium. All VRE strains harboured gene vanA but showed VanB phenotype as determined by the Etest. Long PCR and PCR amplification of internal regions were employed for Tn1546 structural analysis. Three E. faecalis showed deletion of vanYZ genes corresponding to the inverted repeated right terminal of Tn1546 and E. faecium showed insertion of an IS element, ISEFa5, between vanX and vanY genes, as previously reported. These genetic rearrangements were associated to loss of resistance to teicoplanin. PFGE performed after SmaI digestion of DNA revealed that two E. faecalis were genetically related but the third one was unrelated. Plasmid analysis followed by Southern blotting and hybridization with vanA probe were performed for localization of VanA element. Results indicated that E. faecalis isolates showed the same structure of VanA element and plasmid profile with vanA located into plasmid. Thus, horizontal dissemination of this genetic element was suggested. VanA elements in all isolates were sequenced to detect point mutations in vanS, previously observed in VanB phenotype-vanA-genotype VRE isolates. However, no mutation was found. Assays to detect the presence of a promoter between vanX and vanY genes were negative for this region. Molecular characterization of these VRE furnished additional important information about VanA element epidemiological and evolutionary events in Brazilian isolates.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-11-18T17:30:23Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) / Approved for entry into archive by Flávia Ferreira (flaviaccf@yahoo.com.br) on 2013-11-19T14:44:04Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-19T14:44:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) / Pronex-Dengue; CNPq; FAPESB; CAPES / A Dengue é uma arbovirose que causa sérios problemas de saúde, em regiões tropicais e subtropicais do mundo. Vírus Dengue (DENV), agente etiológico da doença, pertence ao gênero Flavivirus, cujas características antigênicas o classificam em quatro sorotipos: DENV1, DENV2, DENV3 e DENV4. Com o intuito de realizar a caracterização molecular do DENV circulante em Salvador-Bahia no período de maio/2011 à maio/2012, neste estudo foram analisadas 214 amostras de soros de pacientes com suspeita de infecção pelo DENV. O RNA viral foi extraído diretamente do soro dos pacientes para diagnostico molecular através de transcrição reversa seguida de reação em cadeia da polimerase (RT-PCR) e posterior sorotipagem viral pela técnica de Nested-PCR. O DENV foi detectado em 93 amostras por RT-PCR e o Nested-PCR revelou a presença de três sorotipos circulantes em Salvador, sendo 13 amostras positivas para DENV 2, 3 amostras para DENV 3 e 77 para DENV 4, revelando assim a alta ocorrência de DENV4. Uma análise comparativa do teste imunocromatográfico rápido utilizado atualmente em centros de saúde para diagnóstico de infecções pelo DENV e o diagnóstico molecular do DENV revelou que o teste imunocromatográfico é mais eficaz na detecção em indivíduos infectados. Foi realizado isolamento do DENV4 a partir de soro, utilizando cultivo celular de Aedes albopictus clone C6/36 e a resposta imune contra proteínas E, prM, NS1 e NS3 do DENV4 foi demonstrada por Western Blot. O seqüenciamento e análise filogenética do gene E das sequências virais mostraram que elas pertencem ao genótipo I (cepas Asiáticas) de forte homologia com cepas isoladas no VietNam. Concluindo, esses resultados indicam a co-circulação de vários sorotipos com uma maior incidência do DENV4 e confirma a detecção de DENV4 genotipo I no Brasil a partir do Sudeste Asiático. Um diagnóstico imediato da infecção aliado a um diagnostico molecular dos sorotipos/genótipos circulantes na comunidade poderiam ser medidas de prevenção e controle para riscos potenciais de formas graves da doença numa população.

Submitted by Paulo Rogério Selestrino (pr.selestrino@hotmail.com) on 2018-08-13T18:13:09Z No. of bitstreams: 1 Dissertação FINAL Paulo Selestrino 2018_parcial normaliz (2) (1).pdf: 1048374 bytes, checksum: 7a31f6f3f045dfa2a9951d0f71080fc1 (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-08-13T19:41:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 selestrino_pr_me_jabo.pdf: 1048374 bytes, checksum: 7a31f6f3f045dfa2a9951d0f71080fc1 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-13T19:41:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 selestrino_pr_me_jabo.pdf: 1048374 bytes, checksum: 7a31f6f3f045dfa2a9951d0f71080fc1 (MD5) Previous issue date: 2018-06-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A soja constitui-se na principal oleaginosa cultivada no mundo. Neste contexto, o Brasil se destaca como o segundo maior produtor mundial do grão. Dentre os muitos desafios encontrados pelo melhoramento genético, um dos principais está relacionado com a variação ambiental, que muitas vezes dificulta a seleção e recomendação de genótipos superiores. Sendo assim, faz-se necessário que os ensaios experimentais sejam conduzidos em vários ambientes, por vários anos para que possa ser analisado o comportamento quanto a adaptabilidade e estabilidade, visando futuras recomendações. Neste contexto, o objetivo do presente estudo consistiu em avaliar a desempenho agronômico, a adaptabilidade e estabilidade de genótipos de soja precoces. Os experimentos foram instalados em dois locais, a saber: localidade de Jaboticabal nos anos agrícolas 2012/2013, 2013/2014, 2015/2016 e 2016/2017 e localidade Piracicaba nos anos agrícolas 2014/2015 e 2015/2016. O delineamento utilizado foi de blocos ao acaso com três repetições. Foram avaliados os caracteres agronômicos número de dias para a maturidade e produtividade de grãos. Para estimar a adaptabilidade e estabilidade dos genótipos avaliados, foi utilizada a metodologia de Eberhart e Russell (1966). Desta maneira, foi possível detectar os genótipos mais responsivos e adaptados às regiões de cultivo. Para o caráter produtividade de grãos, merecem destaque os genótipos 4, 6,11, 26, 27, 29 e 34, sendo linhagens pertencentes ao programa de melhoramento de soja da UNESP Jaboticabal, todos com médias superiores à média geral e portadores de boa estabilidade fenotípica para o caráter. Para o caráter número de dias de maturidade, destacaram-se os genótipos 4, 5, 7, 9, 13, 15, 18, 22 e 35, sendo também linhagens pertencentes ao programa de melhoramento de soja da UNESP Jaboticabal, todos com médias inferiores à média geral, portanto portadores de maior precocidade e com boa estabilidade fenotípica para o caráter. Dessa forma, por meio do presente estudo, foi possível identificar genótipos de soja superiores e que podem ser indicados para áreas de reforma de canaviais para o Estado de São Paulo. / Soy is the main oilseed crop in the world. In this context, Brazil stands out as the world's second largest producer of grain. Among the many challenges encountered by genetic improvement, one of the main challenges is related to environmental variation, which often hinders the selection and recommendation of higher genotypes. Thus, it is necessary that the experimental tests be conducted in several environments, for several years so that behavior can be analyzed for adaptability and stability, aiming at future recommendations. In this context, the objective of the present study was to evaluate the agronomic performance, adaptability and stability of early soybean genotypes. The experiments were installed in two locations, namely: Jaboticabal locality in the agricultural years 2012/2013, 2013/2014, 2015/2016 and 2016/2017 and locality Piracicaba in the agricultural years 2014/2015 and 2015/2016. The experimental design was a randomized block design with three replications. The agronomic characters were evaluated for the number of days for grain maturity and yield. To estimate the adaptability and stability of the evaluated genotypes, the methodology of Eberhart and Russell (1966) was used. In this way, it was possible to detect the genotypes more responsive and adapted to the growing regions. For grain yield, genotypes 4, 6, 11, 26, 27, 29 and 34 deserve special mention, being strains belonging to the soybean breeding program of UNESP Jaboticabal, all with averages above the general average and good stability phenotypic character. For the number of days of maturity, the genotypes 4, 5, 7, 9, 13, 15, 18, 22 and 35 were highlighted, being also lineages belonging to the soybean breeding program of UNESP Jaboticabal, all with lower averages to the general average, therefore bearers of greater precocity and with good phenotypic stability to the character. Thus, through the present study, it was possible to identify superior soybean genotypes that can be indicated for sugar cane reforestation areas for the State of São Paulo. / CNPq: 132711/2016-8

Base teórica: O vírus da imunodeficiência humana (HIV) é responsável pela contaminação de mais de 38,6 milhões de pessoas no mundo, sendo que 4 a 5 milhões estão co-infectadas pelo vírus da hepatite C (HCV). No Brasil, estima-se que aproximadamente 0,5% da população brasileira adulta seja portadora do HIV. A prevalência de co-infecção é altamente variável, dependendo das prevalências das infecções pelo HCV, pelo HIV e de usuários de drogas nas populações estudada. O genótipo do HCV é um dos principais fatores prognósticos para a resposta viral sustentada após tratamentos com interferon e, consequentemente, determinante também da relação de custo-benefício do tratamento. Estudos realizados em diferentes partes do mundo mostraram prevalências distintas dos genótipos do HCV entre países e entre regiões de um mesmo país. Estudos envolvendo centros gaúchos têm mostrado prevalência elevada do genótipo 3 em relação à maioria dos estados brasileiros. Poucos dados sobre a genotipagem em pacientes co-infectados estão disponíveis em nosso meio. Na medida em que a sobrevida dos pacientes com AIDS aumenta, através do controle de infecções oportunistas e manutenção da imunidade, a hepatopatia crônica relacionada à infecção pelo HCV em portadores do HIV torna-se uma das importantes causas de morbimortalidade entre os portadores do HIV, exigindo, por parte dos gestores e serviços de saúde em todo mundo atenção crescente. Objetivos: Determinar a prevalência e os fatores associados à co-infecção HIV-HCV e aos genótipos do HCV em pacientes em atendimento em um centro de referência ambulatorial para tratamento do HIV/AIDS em Porto Alegre, Brasil. Verificar também a prevalência de resolução espontânea da hepatite C e características associadas. Métodos: Estudo Transversal: foram revisados todos os prontuários de pacientes registrados no serviço para determinação da prevalência de co-infecção. Estudo de Caso-Controle: foram consecutivamente incluídos como casos, os portadores de co-infecção HIV-HCV, e como controles, os pacientes com sorologia negativa para o HCV em atendimento com o mesmo médico. Pesquisa do HCV-RNA e genotipagem do HCV foi realizada em todos os casos. Resultados: Entre os 1313 pacientes em acompanhamento, foram anti-HCV positivos 357 (31,2%) dos 1143 pacientes para os quais se obteve sorologia para o HCV. Através de amostragem consecutiva foram incluídos 227 casos (63% homens; 40,3±8,7 anos) e 370 controles (44,6% homens; 38,9±9,8 anos). Após análise por regressão logística permaneceram associados à co-infecção sexo masculino, menor escolaridade, compartilhamento de objetos de higiene pessoal, uso de drogas injetáveis, uso de cocaína inalada, uso de crack, e consumo de maconha. Menor contagem de linfócitos CD4 e história de tuberculose também foi observada entre os pacientes co-infectados HIV-HCV. Entre os 207 indivíduos que realizaram pesquisa do HCV-RNA foi detectada viremia em 83,6% dos casos. Observou-se o genótipo 1 em 81,5%, genótipo 2 em 1,7% e genótipo 3 em 16,2%. Conclusão: Neste estudo identificaram-se fatores de risco para co-infecção pelo HCV em portadores do HIV. As características associadas à transmissão sexual não foram confirmadas. Acrescentou-se informação sobre um novo fator de risco - o compartilhamento de objetos de uso pessoal – ao conjunto de exposições associadas à co-infecção HIV-HCV. A alta prevalência de co-infecção encontrada e o amplo predomínio do genótipo 1 devem ter implicação direta sobre o planejamento de políticas públicas para a prevenção, o diagnóstico e o tratamento dos portadores do HIV. / Introdution: It has been estimated that 38.6 million people are infected by the human immunodeficiency virus (HIV) all over the world, being 4 to 5 million coinfected with hepatitis C virus (HCV). In Brazil, it is estimated that about 0.5% of the adult population is infected with HIV. The prevalence of HIV-HCV coinfection is directly associated with the characteristics of the population under study, particularly the use of injecting drugs, the source of the participants, and the frequency of each infection. Of the risk factors shared by HIV and HCV infections, injecting drug use (IDU) has been shown to be the most important, followed by exposure to contaminated blood at transfusions. However, 25-30% of individuals infected with HCV deny exposure to parenteral risk factors. The response rate to HCV infection treatment is lower than 50%, and treatments may have clinically important adverse effects. The response to HCV treatment depends on the genotype of the virus. Beside the prognostic importance, HCV genotype is a key factor for the cost-effectiveness of treatment. Study Aims: This study investigated the prevalence of HIV-HCV coinfection, HCV RNA carriers, and HCV genotypes in patients attending to an AIDS outpatient reference center in Southern Brazil. Independent risk factors for HIV-HCV coinfection using a hierarchical conceptual approach to multivariate analysis were detected. Methods: Cross Sectional Study: all registries from 3490 patients with HIV infection were reviewed. Case-Control Study: Cases were HIV infected subjects identified among 357 patients coinfected by HCV. Controls were selected among 786 patients with HIV infection and anti-HCV negative test. Results: The registry has 3490 patients recorded. Of this total, 1313 (37.6%) were currently under follow up, and 1143 were tested for anti-HCV. The prevalence of anti-HCV was 31.2% (95%CI 28.5-33.9%). Two hundred and twenty seven cases, out of 357, and 370 controls, out of 786, were interviewed, and 207 had RNA HCV testing performed. Genotype 1 was more frequent (81.5%; 95% CI 75.7-87.3), followed by genotype 3 (16.2%; 95% CI 10.7-21.7), and few genotype 2 cases (1.7%; 95% CI 0-3.6). HCV RNA was negative in 16.4% of the study participants. Male gender, being 30 to 49 years of age, elementary school education, family income lower than one minimum wage (approximately US$160), earlier age of the first sexual intercourse, higher number of sexual partners in the previous month, sharing of personal hygiene objects, using of injecting drugs, and the use of crack cocaine were associated to HIV-HCV coinfection even after adjustment for confounding factors. The practicing of anal sex became statistically associated with HIV-HCV coinfection only after multivariate analysis. Conclusion: About a third of the patients on treatment for HIV/AIDS in Porto Alegre present coinfection by HCV. The virus with genotype 1 is the most prevalent among the infected by HIV, but beside male gender, there is no apparent reason for this distribution. Despite the presence of infection by HIV, some patients have spontaneous clearing of the HCV. A small innoculum may favor the spontaneous negativation of RNA HCV. We identified a risky profile for HCV coinfection in patients with HIV. The risk of sharing personal hygiene objects is a novel finding and may explain part of the transmission of virus C even in non-AIDS patients. The high prevalence of coinfection by HCV in patients under treatment for HIV, with the predominance of genotype 1 virus, have direct implications for the planning of public health policies for the treatment of persons infected with HIV.

O presente trabalho teve como objetivo geral caracterizar a variabilidade genética existente em um grupo de genótipos de arroz irrigado do banco de germoplasma disponível no programa de melhoramento do Instituto Rio Grandense do Arroz (IRGA) e como objetivos específicos identificar marcadores morfológicos que separem os dois grupos de arroz índica e japônica, avaliar a amplitude da base genética desse germoplasma e comparar o padrão de agrupamento obtido pelos marcadores morfológicos e moleculares.

Introdução: Estima-se que existam no mundo 200 milhões de pessoas infectadas pelo HCV, principal agente etiológico responsável por 90 a 95% dos casos de hepatite transfusional não A e não B. As altas percentagens de cronificação da doença, seu potencial evolutivo para cirrose e hepatocarcinoma tornam a hepatite C um sério problema de saúde pública. Dados da Organização Mundial da Saúde estimam que 2,5% a 4,9% da população brasileira esteja infectada pelo HCV, o que significa 3,9 a 7,6 milhões de pessoas com risco de desenvolver cirrose ou hepatocarcinoma. A co-infecção HCV e HIV é relativamente freqüente entre os usuários de drogas ilícitas e os hemofílicos, ocorrendo entre 50% e 75% dos casos. A presença de infecção pelo HIV pode acelerar a evolução da infecção crônica do HCV para cirrose e descompensação hepática bem como aumentar os níveis de viremia pelo HCV .Os genótipos do HCV constituem fator preditivo independente para a resposta ao tratamento anti-viral. As evidências indicam que o genótipo 1 e 4 estão associados a uma pobre resposta ao tratamento com interferon, seja em monoterapia ou em combinação com ribavirina, ao contrário dos genótipos 2 e 3. Os melhores resultados, medidos pelo parâmetro virológico para pacientes com genótipo 2 ou 3, são alcançados com períodos de 6 meses de tratamento, enquanto que pacientes com genótipo 1 necessitam prolongar o tempo de tratamento por um ano. Objetivos: Avaliar a proporção dos diferentes genótipos e subtipos entre os portadores de hepatite C que realizaram genotipagem na 11ª Coordenadoria Regional de Saúde (CRS) e a taxa desses pacientes que realizaram tratamento disponível no Sistema Único de Saúde (SUS). Avaliar a prevalência de co-infecção (hepatite A, B e HIV) entre os pacientes portadores de HCV e sua associação com genótipo do HCV. Descrever a prevalência de fatores de risco para infecção pelo vírus C na amostra. Avaliar a associação dos genótipos do HCV com idade, sexo e outros fatores de risco para infecção pelo HCV. Avaliar a taxa de pacientes com diagnóstico confirmado que recebem pelo menos uma dose de tratamento com interferon/ribavirina. Métodos: Estudo transversal, de pacientes com diagnóstico de HCV encaminhados para genotipagem em laboratório de referência no interior do estado do RS - Brasil. As informações foram obtidas dos registros do laboratório, do Sistema Nacional de Agravos e Notificação e dos prontuários dos pacientes. Os pacientes que receberam pelo menos uma dose do tratamento foram identificados através do registro da Assessoria de Medicamentos Especiais (AME) do estado do RS. A taxa de resposta foi identificada pela negativação do HCV por teste de PCR, 24 e 48 semanas após o término do tratamento. A identificação dos genótipos foi realizada pela técnica de Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) “in house”. Descreveram-se os dados através de medidas de freqüência e de tendência central, calculando-se intervalo de confiança de 95% quando cabível. Analisou-se a associação de fatores de risco com o genótipo através do teste Quiquadrado e Teste t de Student. As associações de co-infecção por HIV e de tratamento e resposta viral sustentada com o tipo de genótipo foram analisadas através do teste exato de Monte Carlo. Para identificação de fatores independentemente associados aos diferentes genótipos empregou-se regressão logística multinomial. Estimaram-se as razões de prevalência através de regressão de Poisson. Resultados: Foram incluídos 441 pacientes, de 41,1 ±12,0 anos, sendo 56,5% homens. A proporção de genótipo 1 foi de 41,5%, genótipo 2 de 19,3% e genótipo 3 de 39,2%. Três pacientes (0,7%; IC95% 0 - 1,5) apresentaram co-infecção HBV/HCV e 38 dos 237 pacientes com informação sobre HIV foram positivos (16% IC 95% 9.5-13.7). Não houve associação de co-infecção por HIV com genótipo. A taxa de pacientes tratados foi de 37,0%. De 52 pacientes avaliáveis, 63,5% apresentaram resposta viral sustentada (RVS), sendo 9 pacientes com genótipo 1 (64,3%), 14 com genótipo 2 (87,5%) e 10 com genótipo 3 (45,5%; P=0,026). Observou-se associação significativa entre sexo feminino e genótipo 2 e faixa etária maior para genótipo 2 (52,2 ±12,8 anos). Fatores de risco para infecção por HCV foram tratamento cirúrgico, uso de drogas injetáveis e inaláveis, tratamento dentário (p<0,05%). Dos pacientes estudados, 163 (37%) realizaram tratamento em algum momento do estudo e nestes a taxa de respondedores para genótipo 1, 2 e 3 foram de 64,3%, 87,5% e 45,% respectivamente. Conclusão: Observa-se maior proporção do genótipo 1, seguido do genótipo 3 o qual foi mais freqüente que o descrito em outros estudos realizados no RS e Brasil. A prevalência de co-infecção de hepatite C com hepatite B é baixa. Coinfecção com HIV é mais freqüente, mas inferior ao observado na literatura. A taxa de pacientes com diagnóstico confirmado que recebem pelo menos uma dose de tratamento com interferon/ribavirina através do SUS é menor que o esperado, enquanto que a menor resposta viral sustentada para pacientes portadores do genótipo 3 quando comparado ao genótipo 1 deve ser confirmada por novos estudos. Muitos pacientes que realizam genotipagem não foram tratados talvez por não atender aos critérios de tratamento ou por dificuldades de acesso ao sistema público gratuito de tratamento. Mas, entre os pacientes que foram tratados, a taxa de resposta ao tratamento foi maior em geral do que nos relatos da literatura. A base de dados do SINAN é uma importante ferramenta para coleta de dados, para implantação e avaliação de políticas de prevenção e tratamento na área de saúde pública. / Introduction: It is estimated that HCV has infected 200 million people in the world, since it is the main etiological agent responsible for 90 to 95% of the cases of transfusional hepatitis non A and non B. High percentage of chronification of the disease, its potential evolution to cirrhosis and hepatocarcinoma make hepatitis C a serious problem of public health. Data from World Health Organization estimate that 2.5% to 4.9% of Brazilian population is infected by HCV, which means 3.9 to 7.6 million people with risk of cirrhosis or hepatocarcinoma. Factors related to the virus, as viral load, may influence the evolution of chronic hepatitis to cirrhosis and hepatocarcinoma. HCV and HIV co-infection is relatively frequent among users of illicit drugs and hemophilic, occurring between 50% and 75% of the cases. Presence of HIV infection can accelerate the evolution of HCV chronic infection to cirrhosis and hepatic discompensation and increase the levels of HCV viremia as well. HCV genotype is an independent predictor of response to anti-viral treatment. Evidences indicate that genotypes 1 and 4 are associated to a poor response to the treatment with interferon, either in monotherapy or in combination with ribavirin, the opposite of genotypes 2 and 3. Best results, mesured by virological parameter for patients with genotype 2 or 3, are reached with periods of 6 months of treatment, whereas patients with genotype 1 need one year of treatment. Objectives: 1. To evaluate the proportion of different genotypes and subtypes among patients with hepatitis C referred to genotyping in 11ª Regional Center of Health (CRS) and the rate of these patients that under go treatment offered by Public Health System (SUS). 2. To evaluate the prevalence of co-infection (hepatitis A, B and HIV) among patients with HCV and its association with HCV genotype. 3. To describe the prevalence of risk factors for virus C infection in the sample and the association of HCV genotypes with age, sex and other risk factors for HCV infection. 4. To evaluate the rate of patients with confirmed diagnosis receiving at least one dose of treatment with interferon/ribavirin. Methods: Cross sectional study of patients with HCV diagnosis referred to genotyping in a reference laboratory in a small town of RS - Brazil. Data were collected from registers of the laboratory, registers of the National Disease Surveillance Data System (SINAN) and charts of the patients. Those patients who received at least one dose of the treatment were identified in the registers of Special Drugs Assessory (AME) of RS, Brazil. The rate of response was identified by the negativation of HCV through PCR test, 24 and 48 weeks after the end of the treatment. The identification of genotypes was done using Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) “in house”. Data were described with measures of frequency and central tendency, and 95% confidence interval was calculated when applicable. The association between risk factors and genotype was analyzed using Chi-square and T Student tests. Associations of HIV co-infection and of treatment and sustained viral response with genotype were analyzed with Monte Carlo test. To identify factors independently associated to different genotypes, we used multinomial logistic regression. We estimated prevalence ratio using Poisson regression. Results: 441 patients were subjected to genotyping, age 41,1 ±12,0 years, 56,5% males. Proportion of genotype 1 was 41,5%; genotype 2, 19,3% in genotype 3, 39,2%. Three patients (0,7%; IC95% 0 - 1,5) presented HBV/HCV co-infection and 38 of 237 patients with HIV information were positive (16% IC 95% 9.5-13.7). There was no association between HIV co-infection and genotype. The rate of treated patients was 37,0%. Of 52 patients evaluable, 63,5% presented SVR, 9 patients with genotype 1 (64,3%), 14 with genotype 2 (87,5%) and 10 with genotype 3 (45,5%; P=0,026). We observed genotype 2 was more prevalent among women and patients carrying genotype 2 were older (52,2 ±12,8 years). Among risk factors for HCV infection were surgical treatment, use of intravenous and inhalation drugs and dental procedures (p<0,05%). 163 patients (37%) were submitted to treatment in one moment of this study and, in this, rate of response for genotype 1, 2 and 3 were 64,3%, 87,5% and 45,0% respectively. Conclusion: We observed higher genotype 3 prevalence when in comparison with other studies in RS and Brazil. Prevalence of hepatitis C with hepatitis B coinfection is low. HIV co-infection is more frequent, but lower than observed in the literature. Rate of patients with confirmed diagnosis that receive at least one dose of treatment with interferon/ribavirin via SUS is lower than we could expect, and SVR is lower for patients with genotype 3 than genotype 1. But these data must be confirmed by new studies. A lot of patients submitted to genotyping did not receive treatment from public health system, maybe because they did not attend the criteria for treatment or because of low access to the treatment. However, among the patients submitted to treatment, the rate of response was greater than the one present in literature. SINAN data is an important tool to collect data, to implement and evaluate policies of prevention and treatment in public health.

O diagnóstico laboratorial do Vírus da Hepatite C (HCV) pode ser realizado através de análises sorológicas ou por técnicas de biologia molecular. Os testes moleculares são divididos em qualitativos, quantitativos e de genotipagem. Esses são utilizados para confirmação diagnóstica, escolha da terapia antiviral e monitoramento do tratamento. Diversos testes moleculares comerciais estão disponíveis no mercado, no entanto, limitações como o custo elevado, alta complexidade e falta de validação são impeditivos para sua ampla utilização no país. Em razão das dificuldades citadas, novos métodos moleculares têm sido propostos como alternativa. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivo o aprimoramento de um método in house para extração e purificação do RNA de HCV, bem como sua detecção qualitativa e genotipagem, utilizando hibridização em microplacas do produto de PCR biotinilado, seguido de detecção colorimética. A região 5'-NCR do HCV foi escolhida para a amplificação. Para avaliar a eficiência do método colorimétrico de hibridização reversa (MCHR) proposto, os resultados foram comparados com os métodos de referência para detecção qualitativa e genotipagem do HCV. Entre as 85 amostras de plasma analisadas, a sensibilidade e especificidade do MCHR para detecção do RNA viral, quando comparado com Cobas Amplicor HCV Assay v2.0, foram de 100% (95% IC; 92,75% - 100%) e de 97,2% (95% IC; 85,48% -100%), respectivamente. Os valores preditivo positivo e preditivo negativo foram de 98% (95% IC; 89,36% - 99,95%) e de 100% (95% IC; 90,01% - 100%), respectivamente. O Kappa encontrado foi de 0,976 (p < 0,001), mostrando alto grau de concordância entre os dois métodos de detecção qualitativa. Para genotipagem do HCV, pôde-se observar 97,22% (35/36) de concordância entre o MCHR e o seqüenciamento de DNA. O Kappa encontrado foi de 0,976 (p < 0,001), mostrando alto grau de concordância entre os dois métodos de genotipagem. Sendo assim, o método proposto apresentou bons resultados de sensibilidade e especificidade, com alto grau de concordância com os métodos de referência, tanto para detecção qualitativa, como para genotipagem do HCV. / The tests for HCV diagnosis are divided into serological and molecular assays. The molecular assays are used to confirm viremia, choice of antiviral therapy and monitor the response to antiviral therapy. A variety of commercial molecular assays have been developed, however, limitations such as the high cost, high complexity and lack of validation impede its widespread use, especially in developing countries. Because of the difficulties cited above, new molecular biology techniques have been proposed as alternatives. Thus, this study aimed at the improvement of an in house method for extraction and purification of RNA from HCV as well as its qualitative detection and genotyping, using hybridization in microplates of biotin-labeled PCR products, followed by colorimetric detection. The region of HCV 5'-NCR was chosen for the amplification. To evaluate the efficiency of colorimetric microwell hybridization assay (CMHA), the results obtained were compared with the reference methods. Among the 85 plasma samples analyzed, the sensitivity and specificity of CMHA for viral RNA detection, when compared with Cobas Amplicor HCV assay v2.0, were 100% (95% CI, 92.75% - 100%) and 97.2% (95% CI, 85.48 % -100%), respectively. The positive predictive and negative predictive values were 98% (95% CI, 89.36% - 99.95%) and 100% (95% CI, 90.01% -100%), respectively. The calculated Kappa was 0.976 (p <0001), showing high correlation between the two methods. Similarly, it was observed 97.22% (35/36) of agreement between the DNA sequencing data and MCHR, for HCV genotyping. The Kappa values was 0.976 (p <0001), showing high correlation between the two methods. The proposed method showed good sensitivity and specificity, with a high degree of concordance between the reference methods for both qualitative detection and for genotyping of HCV.

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-17T12:00:44Z No. of bitstreams: 1 TESE-ELSR.pdf: 8566121 bytes, checksum: 9b14e91fc47ab442c01443be29b2de9e (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-17T12:00:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE-ELSR.pdf: 8566121 bytes, checksum: 9b14e91fc47ab442c01443be29b2de9e (MD5) Previous issue date: 2011-09-29 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Echinococcus granulosus, o menor cestóide, é distribuído por todo o mundo. Este parasito, sob a forma de larva, é responsável pela equinococose cística (EC) ou hidatidose, uma das zoonoses de maior importância médica e veterinária que ocasiona grandes perdas econômicas nas regiões pecuárias e agrícolas. E. granulosus é caracterizado por apresentar uma alta variabilidade intra-específica que é associada com hospedeiros intermediários diferentes. Dez variantes intra-específicas ou genótipos distintos (G1-G10) foram definidos com base na diversidade genética. A identificação de variantes ou genótipos circulantes em diferentes hospedeiros das regiões endêmicas da EC é epidemiologicamente importante, porque diferentes características biológicas entre as variantes individuais podem influenciar no padrão de ciclo de vida, especificidade do hospedeiro, o tempo de desenvolvimento, antigenicidade, dinâmica de transmissão, sensibilidade a agentes quimioterápicos e patogênese, com implicações importantes para a epidemiologia, diagnóstico, tratamento e controle de endemia. A região andina do Peru, que inclui as áreas de Puno, Junín, Arequipa, Cusco, Huanacavelica e Ayacucho, tem uma alta prevalência de EC. Para determinar as variantes ou genótipos de E. granulosus circulantes em hospedeiros intermediários das regiões endêmicas do Peru, foram coletadas amostras de cistos hidáticos de bovinos (44), ovinos (41) e humanos (14). Cistos hidáticos de alpaca (4) de Puno e porcos (8) de Ayacucho também foram incluídos neste estudo. DNA de todos os isolados (protoscólices e/ou camadas germinativas) de E. granulosus foram extraídos e usados para amplificar duas regiões de genes mitocondriais que codificam o citocromo C oxidase subunidade 1 (CO1) e NADH desidrogenase subunidade 1 (ND1). Produtos de PCR CO1 (450bp) e ND1 (550bp e 800bp) foram sequenciados e as sequências comparadas com as referências para E. granulosus encontrados na base de dados do GenBank. Análises filogenéticas também foram desenvolvidas. Sequências parciais do gene CO1 (375bp) e ND1 (483bp e 747bp) mostraram que todos os isolados de bovinos, ovinos, alpaca e 4/8 isolados de porcos correspondem ao genótipo G1 (linhagem da ovelha comum). Três isolados de ovelhas de Ayacucho mostraram polimorfismo de apenas um nucleotídeo indicando a presença de uma microvariante do genótipo G1 de E. granulosus, a G14. Quatro de oito sequências isoladas de porco de Ayacucho mostraram identidade com o genótipo G7 (linhagem suína) de E. granulosus. As análises filogenéticas das sequências dos genes CO1 e ND1 mostraram árvores semelhantes para ambos os genes, onde há um grupo albergando a maioria das sequências com o genótipo G1 e outro de quatro sequências isoladas de porco com o genótipo G7. Além disso, um grupo particular de três sequências isoladas de ovelhas provenientes de Ayacucho é agrupado com a microvariante G14. Os resultados obtidos neste estudo mostram a predominância do genótipo G1, em bovinos, ovinos, alpacas, porcos e seres humanos nas regiões endêmicas do Peru. A microvariante G14 foi identificada pela primeira vez na América do Sul. Dois genótipos G1 e G7 podem infectar porcos de Ayacucho. Os dados mostrados devem ser considerados para que as medidas de prevenção e controle da EC sejam verdadeiramente eficazes nessas regiões. / Echinococcus granulosus is a small cestode distributed worldwide and its larval stage is responsible for cystic echinococcosis (CE) or hydatidosis, a zoonosis of great medical and veterinary importance due to considerable economic losses of livestock in agricultural regions. E. granulosus is characterized by a high intraspecific variability that is associated with different intermediate hosts. Ten distinct genetic variants (G1-G10) have been defined based on molecular analysis. The identification of the genotypes circulating in different hosts from endemic regions of CE is epidemiologically important since each individual variant has different biological characteristics that can influence the life cycle pattern, host specificity, development rate, antigenicity, transmission dynamics, sensitivity to chemotherapeutic agents and pathology. These characteristics have important implications for the diagnosis, treatment and control of CE in endemic regions. The Andean region of Peru, which includes the areas of Puno, Junín, Arequipa, Cusco, Huanacavelica and Ayacucho, has a high prevalence of CE. To determine the genotypes of the E. granulosus circulating through intermediate hosts within these endemic regions of Peru, samples of hydatid cysts were collected from cattle (44), sheep (41) and humans (14). Hydatid cyst of alpaca (4) from Puno and pigs (8) from Ayacucho also were included in this study. DNA was extracted from the protoscolex and/or germinal layers in all of the isolates and used as a template to amplify regions of two mitochondrial genes that encode cytochrome C oxidase subunit 1 (CO1) and NADH dehydrogenase subunit 1 (ND1). PCR products of CO1 (450bp) and ND1 (550bp and 800bp) were sequenced and the sequences compared with the reference sequences of E. granulosus deposited in the GenBank data base. Phylogenetic analysis were also developed. Partial sequences of the CO1 gene (375bp) and ND1 gene (483 bp and 747 bp) showed that all isolates from cattle, sheep, alpaca and 4/8 isolated from pigs correspond to the G1 genotype (common sheep strain). Three isolates of sheep from Ayacucho showed a single nucleotide polymorphism indicating the presence of a microvariant of the G1 genotype of E. granulosus, the G14. Four of eight sequences of pig isolates from Ayacucho showed identity with the G7 genotype (pig strain) of E. granulosus. Phylogenetic analysis of the sequences of the genes CO1 and ND1 showed trees similar for both genes, where there is a grouping of most of the sequences with the G1 genotype and the other four sequences isolated from pigs with genotype G7. In addition, a particular group of sequences isolated from three sheep from Ayacucho is grouped with the G14 microvariante. The results obtained in this study show a predominance for the G1 genotype in cattle, sheep, alpacas, pigs and humans within endemic regions of Peru, the first identification of the microvariante G14 in South America and demonstrate that the genotypes G1 and G7 can infect pigs. The data shown should be considered for the development and implementation of effective programs in endemic regions of Peru for the control and prevention of EC.