Cette étude propose de questionner les correspondances entre l’architecture apparente ou non des premiers romans de Marcel Aymé (1902-1967) et la présence des nombreux « faits d’oralité » à l’œuvre ou mis en œuvre. L’approche ethnocritique de ces récits permet de croiser une poétique du romanesque et une anthropologie du symbolique. Nous nous appuyons tout d’abord sur la théorie du « roman parlant » liée à l’entre-deux guerres, période même de l’arrivée de Marcel Aymé dans le champ littéraire. Nous cartographions ensuite la présence et la conscience de la raison graphique en observant les jeux et enjeux d’une écriture composite. En effet, nous percevons à la fois les échos intertextuels avec la littérature classique mais aussi un intérêt pour d’autres formes de langages littéraires et cinématographiques. L’attention particulière à la voix narrative, le recours au burlesque et à l’ironie participent à la compréhension des choix esthétiques du jeune romancier et au style culturel de ces romans. Au centre de cette analyse, les personnages sont interrogés dans leur quête d’identité et dans leurs façons d’être en prise avec des systèmes étatiques et sociaux qui se concrétisent en particulier dans l’état-civil. Le rapport à l’image et la puissance de la numératie complètent la dynamique complexe de cette recherche identitaire. Voix publiques ou privées, singulières ou collectives, sonnantes ou dissonantes se font entendre dans la narration et sont examinées alors comme témoins des tensions culturelles internes aux communautés représentées. Une dernière partie lit les belligérances et/ ou les coalescences de l’habitus littératien et des oralités vivaces telles qu’elles apparaissent dans les romans de notre corpus (Brûlebois, Aller retour, La Table-aux-Crevés). Cette étude se veut aussi ouverte sur le monde ayméen dans son ensemble, attentive aux passerelles entre toutes les publications de l’auteur des articles de presse aux pièces de théâtre. / This study proposes to examine the relationship between the visible or non-visible structure of the first novels by Marcel Aymé (1902-1967) and the presence of numerous aspects of orality in the novels. An ethnocritical approach to these narratives makes it possible to combine a poetics of the novel with an anthropology of symbols. We base our study first of all on a theory of the “talking novel” (“roman parlant”) related to the period between the two world wars, which corresponds to the period when Marcel Aymé began publishing his work. Then we trace the presence and awareness of writing (as opposed to orality) through an examination of the stylistic effects of what could be called a composite form of writing and the role of these effects in the overall strategy of the author. In effect, we perceive intertextual echoes of the classics but also an interest in new forms of literary and cinematographic expression. The particular attention to narrative voice, but also the presence of the burlesque and of irony, are elements that help one to understand the aesthetic choices of the young author and the cultural style of his novels. In the central part of this analysis the characters are studied in the perspective of their search for identity and of their way of coming to terms with the public and social systems with which they are confronted through events involving their civil status (marriage, death, etc.). Their relationship with the image and power of numeracy is another important dimension of the complex dynamics of this search for identity. The voices that one hears in the narration, public or private, individual or collective, consensual or dissenting, are examined for the clues they yield concerning the cultural tensions present within the communities represented in the novels. The last part of the thesis examines the conflict and convergence between literacy as a “habitus” and the living traces of orality as they appear in the novels of the corpus (Brûlebois, Aller retour, La Table-aux-Crevés). This study also aims at being open to the world of Marcel Aymé as a whole and at being attentive to the interrelations between all the publications of the author, including his newspaper articles and his plays.

L’augmentation de la puissance graphique des ordinateurs grands publics entraîne avec elle une demande croissante de qualité et de complexité des scènes virtuelles. La gestion de cette complexité est particulièrement difficile pour les objets naturels tels les arbres et les champs d’herbe ou encore pour les animaux, pour lesquels de très nombreux petits objets très similaires viennent décorer les surfaces. La diversité de ces détails de surfaces, nécessaire à un rendu réaliste dans le cas des objets naturels, se traduit par une augmentation du temps de modélisation, du coût en stockage et de la complexité d’évaluation. Nous nous sommes intéressés aux différentes représentations et méthodes de génération à la volée pouvant être utilisées pour la création et le rendu temps réel de ces détails sur de vastes surfaces. Nous avons concentré notre étude sur le cas particulier des champs d’herbe et des fourrures : De nombreux brins quasi-similaires, distribués aléatoirement sur la surface, forment une apparence visuelle très proche d’un motif de bruit incluant des éléments de structure. Nous présentons dans un premier temps un bruit procédural axé sur la modélisation spatiale interactive d’éléments quasi-similaires et de leur distribution. L’utilisation de fonctions gaussiennes elliptiques comme primitive de modélisation, et la distribution non-uniforme contrôlée des éléments créés, permet de produire des motifs aléatoires ou quasi-réguliers incluant des caractéristiques structurelles. Une méthode d’analyse par décomposition en ellipses permet de préconfigurer ce bruit pour une reproduction rapide d’un motif donné. Nous présentons ensuite une extension de ce bruit pour la modélisation procédurale d’une surcouche volumique composée de détails de surfaces tels que des brins ou des objets volumiques plus complexes. Pour conserver une modélisation interactive du motif, une première méthode de rendu d’ordre image et une seconde méthode d’ordre objet sont proposées pour une évaluation optimisée du bruit par une carte graphique. Ces deux méthodes permettent une visualisation interactive et visuellement convaincante du résultat. / The growing power of graphics processing units (GPU) in mainstream computers creates a need for a higher quality and complexity of virtual scenes. Managing this complexity for natural objects such as trees or grass fields or even animals is painstaking, due to the large amount of small objects decorating their surface. The diversity of such details, mandatory for realistic rendering of natural objects, translates in a longer authoring time, a higher memory requirement and a more complex evaluation. We review in this thesis the related works on data representations and on-the-fly generation methods used for the creation and real-time rendering of details over large surfaces. We focus our study on the particular case of grass fields and fur : the fuzzy visual appearance of those surfaces is obtained by the distribution of many self-similar blades or strands, creating a pattern closely related to a noise with structural features. We first present a procedural noise that aims at spatial modeling of self-similar elements and their distribution. The elliptical Gaussian function used as a modeling primitive and the controlled non-uniform distribution of elements allows for various type of patterns to be modeled, from stochastic to near-regular one, while including structural features. The by-example analysis process based on an ellipse fitting method allows a fast configuration of the noise for patterns reproduction. We further introduce an extension of this noise model for the authoring of procedural shell textures of strand-based or more complex volumetric details. For interactive authoring of such volumetric pattern, an image-order and an object-order rendering methods are proposed, both methods being optimized for an implementation on the GPU. Our rendering methods allow for interactive visualization of a visually-convincing result.

Les romans graphiques contemporains abordent des thématiques intimistes telles que l’autobiographie et le récit de la vie quotidienne. Ils se confrontent aux problématiques de représentation de l’indicible, de l’intériorité qui résiste à la monstration directe face auxquelles ils doivent inventer des modalités de dévoilement qui ne risquent pas de dénaturer l’intime. Pour ce faire, les artistes ont fréquemment recours à des procédés propres à d’autres médias, ou à des références à ceux-ci, qui créent une brèche dans la narration et la figuration, et permettent de laisser entrevoir l’intime. Le théâtre, la photographie, le carnet de voyage et de croquis, la danse et le cinéma font fréquemment irruption au détour d’une case et vont même jusqu’à modifier en profondeur la forme des roman graphiques. Il s’agira, à travers un corpus d’une quarantaine d’œuvres espagnoles contemporaines, intimistes et intermédiales, d’analyser les modalités de représentation de l’intime, de redéfinir ses enjeux au XXIème siècle, et de démontrer que les références intermédiales permettent de réarticuler le texte et l’image dans le roman graphique pour le suggérer. La Critique des dispositifs et l’approche intermédiale constituent des outils pertinents pour examiner les différents niveaux d’imbrication entre les différents médias, et leurs incidences sur la figuration de l’intime. La porosité intermédiale du roman graphique interroge également son statut médiatique et sa place dans le panorama éditorial et culturel contemporain. Ses rapports avec la bande dessinée et le roman s’avèrent en effet ambigus, puisqu’ils oscillent entre rapprochement et différenciation, tantôt affirmant, tantôt remettant en question l’indépendance médiatique du roman graphique. Il s’agira donc de déterminer, au terme de ce travail, si ce dernier s’est établi en tant que série culturelle séparée de la bande dessinée, ou s’il s’inscrit encore dans une phase d’émergence. / Contemporary graphic novels address intimate themes such as autobiography and everyday life. They try to represent the unspeakable, the interiority that resists direct figuration, and they have to create modalities of disclosure that do not imply the distortion of intimacy. To do so, graphic novel artists often resort to strategies used by other media. They can also refer to them in order to cause a breach in the narrative and the figuration through which the reader can catch a glimpse of intimacy. Theater, photography, sketches or travelbooks, dance or cinema often break into the panel. They can even deeply modify the form of graphic novels. Analysing nearly forty intimate and intermedial contemporary Spanish graphic novels, this thesis studies the modalities of representation of intimacy. Moreover, it aims at defining its challenges in the 21st century. It also shows that intermedial references allow the artist to articulate the text and the image in a different way to suggest intimacy. Apparatus and intermediality theories turn out to be relevant tools to examine interconnection levels between different media, as well as their impact on the figuration of intimacy. The intermedial porosity of the graphic novel also questions its media status and its position in the contemporary editorial and cultural context. Its relations with the comic and the novel are ambiguous, since they oscillate between distancing and approaching. Moreover, on the one hand, they corroborate the mediatic independence of the graphic novel, while, on the other hand, they invalidate it. This thesis aims at finding out if the contemporary Spanish graphic novel is already established as a cultural series differentiated from the comic, or if it is still in an emerging stage. / Las novelas gráficas contemporáneas tratan temáticas intimistas, por ejemplo la autobiografía o el relato del día a día. Plantean cómo representar lo indecible, la interioridad que resiste a la figuración directa, y tienen que inventar modalidades de desvelamiento que no impliquen la desvirtuación de lo íntimo. Entonces, los artistas recurren con frecuencia a estrategias propias de otros medios, o se refieren a ellos para crear brechas en la narración y en la imagen a través de las cuáles lo íntimo se deja entrever. El teatro, la fotografía, el libro de bocetos y de viaje, la danza o el cine irrumpen a menudo en las viñetas, y hasta pueden modificar en profundidad la forma de las novelas gráficas. Este trabajo observa, en unas cuarenta obras españolas contemporáneas, intimistas e intermédiales, las modalidades de representación de lo íntimo, y define sus retos en el siglo XXI. Demuestra también que las referencias intermediales permiten articular de una manera distinta el texto y la imagen en la novela gráfica para sugerirlo. La Crítica de los dispositivos y las teorías intermediales resultan ser herramientas pertinentes para examinar los niveles de interconexión entre los distintos medios, y sus incidencias en la figuración de lo íntimo. La porosidad intermedial de la novela gráfica también pone en tela de juicio su estatuto mediático y su ubicación en el panorama editorial y cultural contemporáneo. Sus relaciones con el cómic y la novela son ambiguas, puesto que oscilan entre distanciamiento y acercamiento, y que, por un lado, corroboran la independencia mediática de la novela gráfica, y, por otro lado, la invalidan. Esta tesis intenta averiguar si la novela gráfica española contemporánea ya está asentada como serie cultural diferenciada del cómic, o si sigue involucrada en una fase de emergencia.

L’émergence récente de grands réseaux, surtout réseaux sociaux en ligne (OSN), a révélé la difficulté de crawler le réseau complet et a déclenché le développement de nouvelles techniques distribuées. Dans cette thèse, nous concevons et analysons des algorithmes basés sur les marches aléatoires et la diffusion pour l'échantillonnage, l'estimation et l'inférence des fonctions des réseaux. La thèse commence par le problème classique de trouver les valeurs propres dominants et leurs vecteurs propres de matrices de graphe symétriques, comme la matrice Laplacienne de graphes non orientés. En utilisant le fait que le spectre est associé à une équation de type différentiel Schrödinger, nous développons des techniques évolutives à l’aide de la diffusion sur le graphe. Ensuite, nous considérons l’échantillonnage des fonctions de réseau (comme somme et moyenne) en utilisant les marches aléatoires sur le graphe. Afin d'éviter le temps «burn-in» de marche aléatoire, avec l'idée de régénération à un nœud fixe, nous développons un estimateur de la fonction de somme qui est non asymptotiquement non-biaisé et dérivons une approximation à la postérieure Bayésienne. La dernière partie de la thèse étudie l'application de la théorie des valeurs extrêmes pour faire une inférence sur les événements extrêmes à partir des échantillons stationnaires des différentes marches aléatoires pour l’échantillonnage de réseau / The recent emergence of large networks, mainly due to the rise of online social networks, brought out the difficulty to gather a complete picture of a network and it prompted the development of new distributed techniques. In this thesis, we design and analyze algorithms based on random walks and diffusion for sampling, estimation and inference of the network functions, and for approximating the spectrum of graph matrices. The thesis starts with the classical problem of finding the dominant eigenvalues and the eigenvectors of symmetric graph matrices like Laplacian of undirected graphs. Using the fact that the eigenspectrum is associated with a Schrödinger-type differential equation, we develop scalable techniques with diffusion over the graph and with gossiping algorithms. They are also adaptable to a simple algorithm based on quantum computing. Next, we consider sampling and estimation of network functions (sum and average) using random walks on graph. In order to avoid the burn-in time of random walks, with the idea of regeneration at its revisits to a fixed node, we develop an estimator for the aggregate function which is non-asymptotically unbiased and derive an approximation to its Bayesian posterior. An estimator based on reinforcement learning is also developed making use of regeneration. The final part of the thesis deals with the use of extreme value theory to make inference from the stationary samples of the random walks. Extremal events such as first hitting time of a large degree node, order statistics and mean cluster size are well captured in the parameter “extremal index”. We theoretically study and estimate extremal index of different random walk sampling techniques

L'analyse de fiabilité fait partie intégrante de la conception et du fonctionnement du système, en particulier pour les systèmes exécutant des applications critiques. Des travaux récents ont montré l'intérêt d'utiliser les réseaux bayésiens dans le domaine de la fiabilité, pour modélisation la dégradation d'un système. Les modèles graphiques de durée sont un cas particulier des réseaux bayésiens, qui permettent de s'affranchir de la propriété markovienne des réseaux bayésiens dynamiques. Ils s'adaptent aux systèmes dont le temps de séjour dans chaque état n'est pas nécessairement distribué exponentiellement, comme c'est le cas dans la plupart des applications industrielles. Des travaux antérieurs ont toutefois montré des limitations à ces modèles en terme de capacité de stockage et de temps de calcul, en raison du caractère discret de la variable temps de séjour. Une solution pourrait consister à considérer une variable de durée continue. Selon les avis d'experts, les variables de temps de séjour suivent une distribution de Weibull dans de nombreux systèmes. L'objectif de la thèse est d'intégrer des variables de temps de séjour suivant une distribution de Weibull dans un modèle de durée graphique en proposant une nouvelle approche. Après une présentation des réseaux bayésiens, et plus particulièrement des modèles graphiques de durée et leur limitation, ce rapport s'attache à présenter le nouveau modèle permettant la modélisation du processus de dégradation. Ce nouveau modèle est appelé modèle graphique de durée hybride Weibull. Un algorithme original permettant l'inférence dans un tel réseau a été mis en place. L'étape suivante a été la validation de l'approche. Ne disposant pas de données, il a été nécessaire de simuler des séquences d'états du système. Différentes bases de données ainsi construites ont permis d'apprendre d'un part un modèle graphique de durée, et d'autre part un modèle graphique de durée hybride-Weibull, afin de les comparer, que ce soit en terme de qualité d’apprentissage, de qualité d’inférence, de temps de calcul, et de capacité de stockage / Reliability analysis is an integral part of system design and operation, especially for systems running critical applications. Recent works have shown the interest of using Bayesian Networks in the field of reliability, for modeling the degradation of a system. The Graphical Duration Models are a specific case of Bayesian Networks, which make it possible to overcome the Markovian property of dynamic Bayesian Networks. They adapt to systems whose sojourn-time in each state is not necessarily exponentially distributed, which is the case for most industrial applications. Previous works, however, have shown limitations in these models in terms of storage capacity and computing time, due to the discrete nature of the sojourn time variable. A solution might be to allow the sojourn time variable to be continuous. According to expert opinion, sojourn time variables follow a Weibull distribution in many systems. The goal of this thesis is to integrate sojour time variables following a Weibull distribution in a Graphical Duration Model by proposing a new approach. After a presentation of the Bayesian networks, and more particularly graphical duration models, and their limitations, this report focus on presenting the new model allowing the modeling of the degradation process. This new model is called Weibull Hybrid Graphical Duration Model. An original algorithm allowing inference in such a network has been deployed. Various so built databases allowed to learn on one hand a Graphical Duration Model, and on an other hand a Graphical Duration Model Hybrid - Weibull, in order to compare them, in term of learning quality, of inference quality, of compute time, and of storage space

En planification théorique de la décision, le cadre des Processus Décisionnels Markoviens Factorisés (Factored Markov Decision Process, FMDP) a produit des algorithmes efficaces de résolution des problèmes de décisions séquentielles dans l'incertain. L'efficacité de ces algorithmes repose sur des structures de données telles que les Arbres de Décision ou les Diagrammes de Décision Algébriques (ADDs). Ces techniques de planification sont utilisées en Apprentissage par Renforcement par l'architecture SDYNA afin de résoudre des problèmes inconnus de grandes tailles. Toutefois, l'état-de-l'art des algorithmes d'apprentissage, de programmation dynamique et d'apprentissage par renforcement utilisés par SDYNA, requière que le problème soit spécifié uniquement à l'aide de variables binaires et/ou utilise des structures améliorables en termes de compacité. Dans ce manuscrit, nous présentons nos travaux de recherche visant à élaborer et à utiliser une structure de donnée plus efficace et moins contraignante, et à l'intégrer dans une nouvelle instance de l'architecture SDYNA. Dans une première partie, nous présentons l'état-de-l'art de la modélisation de problèmes de décisions séquentielles dans l'incertain à l'aide de FMDP. Nous abordons en détail la modélisation à l'aide d'DT et d'ADDs.Puis nous présentons les ORFGs, nouvelle structure de données que nous proposons dans cette thèse pour résoudre les problèmes inhérents aux ADDs. Nous démontrons ainsi que les ORFGs s'avèrent plus efficaces que les ADDs pour modéliser les problèmes de grandes tailles. Dans une seconde partie, nous nous intéressons à la résolution des problèmes de décision dans l'incertain par Programmation Dynamique. Après avoir introduit les principaux algorithmes de résolution, nous nous attardons sur leurs variantes dans le domaine factorisé. Nous précisons les points de ces variantes factorisées qui sont améliorables. Nous décrivons alors une nouvelle version de ces algorithmes qui améliore ces aspects et utilise les ORFGs précédemment introduits. Dans une dernière partie, nous abordons l'utilisation des FMDPs en Apprentissage par Renforcement. Puis nous présentons un nouvel algorithme d'apprentissage dédié à la nouvelle structure que nous proposons. Grâce à ce nouvel algorithme, une nouvelle instance de l'architecture SDYNA est proposée, se basant sur les ORFGs ~:~l'instance SPIMDDI. Nous testons son efficacité sur quelques problèmes standards de la littérature. Enfin nous présentons quelques travaux de recherche autour de cette nouvelle instance. Nous évoquons d'abord un nouvel algorithme de gestion du compromis exploration-exploitation destiné à simplifier l'algorithme F-RMax. Puis nous détaillons une application de l'instance SPIMDDI à la gestion d'unités dans un jeu vidéo de stratégie en temps réel. / In decision theoretic planning, the factored framework (Factored Markovian Decision Process, FMDP) has produced several efficient algorithms in order to resolve large sequential decision making under uncertainty problems. The efficiency of this algorithms relies on data structures such as decision trees or algebraïc decision diagrams (ADDs). These planification technics are exploited in Reinforcement Learning by the architecture SDyna in order to resolve large and unknown problems. However, state-of-the-art learning and planning algorithms used in SDyna require the problem to be specified uniquely using binary variables and/or to use improvable data structure in term of compactness. In this book, we present our research works that seek to elaborate and to use a new data structure more efficient and less restrictive, and to integrate it in a new instance of the SDyna architecture. In a first part, we present the state-of-the-art modeling tools used in the algorithms that tackle large sequential decision making under uncertainty problems. We detail the modeling using decision trees and ADDs. Then we introduce the Ordered and Reduced Graphical Representation of Function, a new data structure that we propose in this thesis to deal with the various problems concerning the ADDs. We demonstrate that ORGRFs improve on ADDs to model large problems. In a second part, we go over the resolution of large sequential decision under uncertainty problems using Dynamic Programming. After the introduction of the main algorithms, we see in details the factored alternative. We indicate the improvable points of these factored versions. We describe our new algorithm that improve on these points and exploit the ORGRFs previously introduced. In a last part, we speak about the use of FMDPs in Reinforcement Learning. Then we introduce a new algorithm to learn the new datastrcture we propose. Thanks to this new algorithm, a new instance of the SDyna architecture is proposed, based on the ORGRFs : the SPIMDDI instance. We test its efficiency on several standard problems from the litterature. Finally, we present some works around this new instance. We detail a new algorithm for efficient exploration-exploitation compromise management, aiming to simplify F-RMax. Then we speak about an application of SPIMDDI to the managements of units in a strategic real time video game.

Dans ce travail de thèse, nous réalisons des outils de mesure pour caractériser l’avatar et évaluer l’engagement du joueur. Ces deux axes sont des points critiques dans la conception de jeux vidéo et de serious games. L’engagement est une sensation très étudiée dans différents domaines de recherches et encore mal définie. Elle peut être caractérisée par la sensation de présence et le désir de poursuivre la partie. Théoriquement, le sentiment de responsabilité est une composante de l’engagement du joueur. L’engagement est central à l’expérience du joueur. Le joueur et jeu constituent un système dynamique. L’environnement graphique est une part de ce système. Les aspects sémantiques ou la cohérence du jeu participe à maintenir le joueur engagé. D’autre part, l’avatar est un objet dynamique de l’environnement virtuel du jeu. Son character design a un impact sur les comportements des individus dans les environnements virtuels et dans le jeu vidéo. Des outils et méthodes existent pour mesurer l’engagement du joueur, caractériser l’avatar ou un comportement de jeu. Mais ces outils et classifications ont des limites dans la recherche pour les jeux vidéo et pour les designers. Nous avons choisi de mener trois expérimentations pour éprouver l’efficacité de nos méthodes et outils. Après avoir défini le sentiment de responsabilité dans le jeu vidéo, nous montrons qu’il est une composante de l’engagement du joueur et qu’il peut être mesuré. Nous proposons une méthode et éprouvons notre classification des images du jeu vidéo. Elle peut être employée par des designers. Son utilisation complète des analyses théoriques de l’image. Pour finir, nous avons conçu un jeu vidéo, Sympathy, dédié à la recherche sur l’avatar et l’engagement. Nous avons établi que les avatars conçus selon notre classification ont eu une influence sur les comportements de jeu. / In this thesis, we produce measurement tools to characterize the design of an avatar and evaluate the player’s engagement. These are two critical points for the design of video games and serious games. Engagement is widely studied in different research fields and it is not defined yet. The feeling of presence and the desire to pursue the game are two elements of the player’s engagement. Theoretically, the feeling of responsibility is also a part of it. This sensation can be similar to the player experience. The player and the game form a dynamic system. The graphical environment is part of this system. Its semantic aspects or its consistency keeps the player engaged. On the other hand, the avatar is a dynamic object from this virtual environment of the game. Its character design has an impact on one's behaviors in virtual environments and in the video game. Some tools and methods seem effective to measure the player’s engagement, describe the player’s behaviors or characterize an avatar. But these tools and classifications are unsuitable for research studies in video games and for designers. We conducted three experiments to test the effectiveness of our methods and tools. First, we define the feeling of responsibility in video games. The results show that this feeling is a component of the player's engagement and it can be measured. We propose a method and we test our classification of video games' images. This classification can be used by designers. Its use can occur interesting theoretical analysis of images. Finally, we design a video game, Sympathy, dedicated to studies on the avatar and the player’s engagement. We conclude that avatars' design according to our classification have influenced the behavior of play.

Cette thèse regroupe des contributions méthodologiques à l'analyse statistique des données issues des technologies de séquençage du transcriptome (RNA-seq). Les difficultés de modélisation des données de comptage RNA-seq sont liées à leur caractère discret et au faible nombre d'échantillons disponibles, limité par le coût financier du séquençage. Une première partie de travaux de cette thèse porte sur la classification à l'aide de modèle de mélange. L'objectif de la classification est la détection de modules de gènes co-exprimés. Un choix naturel de modélisation des données RNA-seq est un modèle de mélange de lois de Poisson. Mais des transformations simples des données permettent de se ramener à un modèle de mélange de lois gaussiennes. Nous proposons de comparer, pour chaque jeu de données RNA-seq, les différentes modélisations à l'aide d'un critère objectif permettant de sélectionner la modélisation la plus adaptée aux données. Par ailleurs, nous présentons un critère de sélection de modèle prenant en compte des informations biologiques externes sur les gènes. Ce critère facilite l'obtention de classes biologiquement interprétables. Il n'est pas spécifique aux données RNA-seq. Il est utile à toute analyse de co-expression à l'aide de modèles de mélange visant à enrichir les bases de données d'annotations fonctionnelles des gènes. Une seconde partie de travaux de cette thèse porte sur l'inférence de réseau à l'aide d'un modèle graphique. L'objectif de l'inférence de réseau est la détection des relations de dépendance entre les niveaux d'expression des gènes. Nous proposons un modèle d'inférence de réseau basé sur des lois de Poisson, prenant en compte le caractère discret et la grande variabilité inter-échantillons des données RNA-seq. Cependant, les méthodes d'inférence de réseau nécessitent un nombre d'échantillons élevé.Dans le cadre du modèle graphique gaussien, modèle concurrent au précédent, nous présentons une approche non-asymptotique pour sélectionner des sous-ensembles de gènes pertinents, en décomposant la matrice variance en blocs diagonaux. Cette méthode n'est pas spécifique aux données RNA-seq et permet de réduire la dimension de tout problème d'inférence de réseau basé sur le modèle graphique gaussien. / This thesis gathers methodologicals contributions to the statistical analysis of next-generation high-throughput transcriptome sequencing data (RNA-seq). RNA-seq data are discrete and the number of samples sequenced is usually small due to the cost of the technology. These two points are the main statistical challenges for modelling RNA-seq data.The first part of the thesis is dedicated to the co-expression analysis of RNA-seq data using model-based clustering. A natural model for discrete RNA-seq data is a Poisson mixture model. However, a Gaussian mixture model in conjunction with a simple transformation applied to the data is a reasonable alternative. We propose to compare the two alternatives using a data-driven criterion to select the model that best fits each dataset. In addition, we present a model selection criterion to take into account external gene annotations. This model selection criterion is not specific to RNA-seq data. It is useful in any co-expression analysis using model-based clustering designed to enrich functional annotation databases.The second part of the thesis is dedicated to network inference using graphical models. The aim of network inference is to detect relationships among genes based on their expression. We propose a network inference model based on a Poisson distribution taking into account the discrete nature and high inter sample variability of RNA-seq data. However, network inference methods require a large number of samples. For Gaussian graphical models, we propose a non-asymptotic approach to detect relevant subsets of genes based on a block-diagonale decomposition of the covariance matrix. This method is not specific to RNA-seq data and reduces the dimension of any network inference problem based on the Gaussian graphical model.

La bulle bleue d’un message texte, la fenêtre d’un navigateur web, les lignes de programmation dans un terminal informatique, les diagrammes affichés sur les écrans de contrôle d’un vaisseau spatial : de 2001 à 2020, ces images d’interfaces s’insinuent partout dans les films. En informatique, l’interface utilisateur est l’environnement virtuel utile à l’usager pour interagir avec la machine. Au cinéma, la représentation de l'interface est le moyen de figurer cette interaction tout en empruntant immédiatement aux images de la machine. Si les interfaces sont de plus en plus fréquentes au cinéma, leur représentation est néanmoins très normée, obéissant le plus souvent très fidèlement aux conventions des genres cinématographiques qui l’ont modelée. Pourtant, en dressant leur inventaire en quatre grands types et en observant quelques cas d’exceptions, leur représentation révèle une grammaire cinématographique dotée de moyens narratifs, de trucages filmiques et d’effets de montage nouveaux qui restent à définir et dont on mesurera la valeur ajoutée. / The blue bubble of a text message, the window of a web browser, the programming lines in a computer terminal, the diagrams displayed on the control screens of a spaceship: from 2001 to 2020, these images of interfaces are everywhere in the movies. In computer science, the user interface is the virtual environment useful to the user to interact with the machine. In cinema, the representation of the interface is the way to represent this interaction while immediately borrowing from the machine's images. If the interfaces are more and more frequent in the cinema, their representation is nevertheless very standardized, obeying most often very faithfully the conventions of the cinematographic genres that have shaped it. However, by drawing up an inventory of four main types and observing a few exceptions, their representation reveals a cinematographic grammar endowed with new narrative means, filmic tricks and editing effects that remain to be defined and whose added value will be measured.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.