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Avaliação da qualidade do DNA obtido de saliva humana armazenada e sua aplicabilidade na identificação forense em odontologia legal / Evaluation of DNA quality obtained from stored human saliva and its applicability in forensic identification in Forensic Dentistry

Carvalho, Suzana Papile Maciel 17 March 2009 (has links)
A saliva pode ser utilizada como fonte eficiente de DNA para tecnicas de identificacao humana, as quais sao aceitas como prova legal, sendo o parecer do profissional superlativo para a formulacao da sentenca. Esse material pode ser coletado de maneira indolor e nao-invasiva e utilizado mesmo quando armazenado em diferentes condicoes. Este trabalho objetiva avaliar a qualidade do DNA obtido de saliva humana armazenada e sua aplicabilidade da identificacao de pessoas. Foram analisadas amostras salivares de n=100 sujeitos da pesquisa, coletadas nas formas de saliva in natura e saliva coletada de swab. A saliva foi armazenada a -20ºC. Apos 7 dias, realizou-se a primeira etapa, quando o DNA foi extraido das 200 amostras de saliva utilizando-se a resina InstaGene (Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA) e, posteriormente, submetido a PCR e a eletroforese. Apos 180 dias de armazenamento da saliva, repetiu-se a mesma tecnica da primeira fase, porem em apenas 20 amostras, selecionadas aleatoriamente do total de 100 amostras de saliva coletadas por swab bucal. Os resultados da primeira etapa indicaram que o DNA foi extraido com sucesso em 96% das reacoes realizadas para as 200 amostras de saliva, fato observado tambem quando se analisou as amostras em separado, de saliva in natura (94%) e saliva advinda do swab (98%). Alem disso, nao houve diferencas estatisticamente significantes na extracao do DNA entre as duas formas de coleta de saliva utilizadas. Na segunda fase, foi possivel a deteccao do gene alvo nas 20 amostras analisadas (100%). Posteriormente, objetivando-se aprofundar a analise do DNA salivar de maneira mais proxima ao padrao exigido em um processo de identificacao, o gene SIX3-2 foi testado nas amostras e tambem foi feita a digestao do produto da PCR com a enzima de restricao MbO1 para avaliar polimorfismo do gene ADRA-2. Os resultados mostraram que a quantidade e a qualidade do DNA advindo de saliva do swab bucal, bem como as tecnicas empregadas estao adequadas a analise forense do DNA. Portanto, a saliva humana e bastante util como fonte de DNA e pode ser armazenada, em temperatura e condicoes ideais, para analise posterior. / The saliva can be used as efficient DNA source for human identification techniques in which they are accepted as forensic proof, being the superlative professionals opinion for the sentence formulation. This material can be collected in a painless and noninvasive way and it is used even when stored in different conditions. This paper aims at evaluating DNA quality obtained from stored human saliva and its applicability in people identification. Saliva samples from n=100 research subjects were analyzed. They were collected in two ways: in natura and swab. The saliva was stored at the temperature of -20°C. After 7 days, the first phase was performed, when the DNA was extracted from the 200 saliva samples using the InstaGene resin (Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA) and, subsequently, submitted to PCR and electrophoresis. After 180 days of the saliva storage, the same technique used in the first phase was repeated; however, in only 20 samples, selected at random from the total of 100 ones collected from mouth swab. The results of the first phase indicated that the DNA was successfully extracted in 96% of the reactions performed for the 200 saliva samples. This fact was also observed when the separate saliva samples in natura (94%) and swab (98%) were analyzed. In addition, there were no statistically significant differences in the extraction of the DNA between the two ways used for collecting saliva. In the second phase, the target gene detection was possible in the 20 samples analyzed (100%). Subsequently, the SIX3-2 gene was tested in the samples with the objective of deepening the salivary DNA analysis as close as the standard required in an identification process. Also, the digestion of the PCR product with the enzyme of MbO1 restriction was performed to evaluate the polymorphism of the ADRA- 2 gene. The results showed that the DNA quantity and quality from the mouth swab saliva, as well as the techniques applied are suitable for the forensic analysis of DNA. Therefore, the human saliva is very useful as DNA source and can be stored in ideal temperature and conditions for further analysis.
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Estudo das propriedades físicas e mecânicas de materiais restauradores odontológicos submetidos a condições de inumação e afogamento para fins periciais / Study of physical and mechanical properties of dental restorative materials subjected to conditions of inhumation and drowning for forensic purposes

Vicente, Sergio Augusto de Freitas 12 January 2015 (has links)
O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito da simulação de condições de inumação e afogamento sobre estabilidade de cor, rugosidade de superfície e microdureza de resina composta (RC), cimento de ionômero de vidro (CIV) e amálgama de prata (AM), visando fornecer elementos para diferenciação de materiais estéticos e estimativa do tempo de submissão aos agentes. Foram obtidos 60 incisivos bovinos, que receberam preparos cavitários (6 x 6 mm e 2 mm de profundidade) e foram restaurados com RC FiltekMR Z250 XT (3M ESPE®), CIV KetacTM Fil Plus (3M ESPE®) e AM em cápsulas gs-80 (SDI®). Realizaram-se as primeiras leituras, que se constituíram no baseline, de: cor, (Espectrofotômetro VITA® Easyshade), rugosidade de superfície (Rugosímetro Mitutoyo® Surftest SJ-201P) e microdureza Knoop (microdurômetro Shimadzu® Micro Hardness Tester HMV-2). Em seguida, as amostras foram separadas em dois grupos de 30 (n=10), de acordo com as condições a que foram submetidas: simulação de condições de inumação e de afogamento, por 1, 3 e 6 meses, após os quais novas leituras foram realizadas. Os valores de alteração de cor (&Delta;E, &Delta;L, &Delta;a e &Delta;b) e demais propriedades dos materiais estéticos foram submetidos a análise estatística 3-way ANOVA, medidas repetidas, Bonferroni (p<0,05). Para o amálgama, foram comparados rugosidade superficial e microdureza (2-way ANOVA, medidas repetidas, Bonferroni, p<0,05). Verificou-se que condições de inumação e de afogamento produzem alteração de cor nos materiais restauradores estéticos, que não é tempo dependente. Não houve diferença (p>0,05) na microdureza dos materiais restauradores estéticos em função dos agentes e tempos testados, apesar de apresentarem diferenças inerentes quanto a essa propriedade. Houve alteração significativa (p<0,05) na microdureza do AM, após 6 meses de afogamento. Quanto à rugosidade de superfície, não houve diferença significante (p>0,05) para nenhum dos materiais, agentes e tempos testados. Concluiu-se que a contribuição desses métodos à identificação humana após inumação ou afogamento só é possível considerando-se a microdureza, sendo auxiliada pela análise da alteração de cor do material. Não é possível predizer o tempo de inumação ou afogamento de um indivíduo apenas com base nos parâmetros estudados / The purpose of this study was to evaluate the effect of simulated drowning and burial conditions on color stability, surface roughness and microhardness of composite resin (RC), glass ionomer cement (CIV) and silver amalgam (AM), aiming to provide elements for differentiation of aesthetic materials and estimation of the time of the agents have been subjected to these conditions. 60 bovine incisors were prepared with a 6 x 6 x 2mm cavity and were restored with RC FiltekMR XT Z250 (3M ESPE®), CIV KetacTM Fil (3M ESPE®) and AM capsules gs-80 (SDI®). The color, surface roughness and microhardness baselines were measured using a reflectance spectrophotometer with CIE L*a*b* system (VITA® Easyshade), a surface roughness device (Mitutoyo® Surftest SJ-201P) and a micro hardness tester (Shimadzu® HMV-2). Then, the samples were separated into two groups of 30 (n=10), in accordance with the conditions that they were subjected: simulation of burial and drowning conditions, for 1, 3 and 6 months, after which further measurements were performed. Values of &Delta;E, &Delta;L, &Delta;a e &Delta;b and the other properties of the aesthetic materials were statistically analyzed using 3-way ANOVA, repeated measures, Bonferroni (p<.05). For the amalgam, only surface roughness and microhardness were compared (2-way ANOVA, repeated measures, Bonferroni, p<.05). It was found that burial and drowning conditions produce color change in the aesthetic restorative materials, which is not time dependent. There was no difference (p>.05) in microhardness of aesthetic restorative materials caused by the agents and times tested, notwithstanding they have inherent differences regarding this property. There was significant change (p<.05) in AM microhardness after 6 months of drowning. Regarding surface roughness, there was no significant difference (p>.05) for any material, agents and times tested. It was concluded that the contribution of these methods to human identification after burial or drowning is only possible considering the hardness, being aided by the analysis of the color change of the material. It is not possible to predict the time of burial or drowning of an individual based solely on the studied parameters
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Aproximação fisionômica pericial através de função de base radial hermitiana / Forensic facial approximation through hermitian radial basis functions

Andreia Cristina Breda de Souza 24 October 2014 (has links)
A aproximação fisionômica é o método que busca, a partir do crânio, simular a fotografia de um indivíduo quando em vida. Deve ser empregada como último recurso, na busca de desaparecidos, quando não houver possibilidade de aplicação de um método válido de identificação. O objetivo deste estudo foi obter a aproximação fisionômica, a partir de um crânio seco e de tomografia computadorizada multislice de indivíduos vivos, através da função de base radial hermitiana (FBRH). Constituiu-se também em avaliar o resultado da mesma quanto ao reconhecimento. Na primeira etapa do estudo, foi utilizada a imagem escaneada de um crânio seco, de origem desconhecida, com o intuito de avaliar se a quantidade de pontos obtidos seria suficiente para aplicação da FBRH e consequente reconstrução da superfície facial. Na segunda fase, foram utilizadas três tomografias de indivíduos vivos, para análise da semelhança alcançada entre a face escaneada e as aproximações faciais. Nesta etapa, foi aplicada uma associação de diferentes metodologias já publicadas, para reconstrução de uma mesma região da face, a partir de um mesmo crânio. Na última etapa, foram simuladas situações de reconhecimento com familiares e amigos dos indivíduos doadores das tomografias. Observou-se que a metodologia de FBRH pode ser empregada em aproximação fisionômica. Houve reconhecimento positivo nos três sujeitos estudados, sendo que, em dois deles, os resultados foram ainda mais significativos. Desta forma, conclui-se que a metodologia é rápida, objetiva e proporciona o reconhecimento. Esta permite a criação de múltiplas versões de aproximações fisionômicas a partir do mesmo crânio, o que amplia as possibilidades de reconhecimento. Observou-se ainda que a técnica não exige habilidade artística do profissional. / Facial approximation works by building the visual face up from the skull. This method should be performed as last resort, to carry out for missing persons, when there is no other primary identification method avaliable. The purpose of this study was to introduce a new computerized method with hermite radial basis function (HRBF) for facial approximation using dry skull and computed tomography (CT). The same was also evaluated as a result of the recognition. Firstly, a scan of a dry unidentified skull image was used in order to assess if the amount of points would be sufficient for HRBF methodology and subsequent reconstruction of the facial surface. In second, three CT scans of living individuals were used to evaluate the similarity achieved between the real face scanned and facial approximations. An association of different facial structures reconstruction techniques already published for the same region of the face was applied for the same skull. Moreover, some situations from developed facial approximations were simulated, as recognition by a relative or parent, on a face pool-test. Results from the study showed that the purposed methodology can be used for facial approximation. At the three cases a correct approximation identification as one of a few possible matches to the missing person happened. In two of them, the results were consistently better at identifying the correct approximation. In conclusion, the proposed methodology is fast, objective and reaches visual identification. It is possible to perform multiple versions of the same skull, changing the selected data into the system, which maximizes the chances of establishing recognition of the target face. It was also observed that the technique does not need artistic interpretation.
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Utilização de sistema multiplex de marcadores do tipo INDELs em identificação humana por DNA / Use of multiplex system with INDELs markers in human identification by DNA

Alexandre Caiafa Ribeiro 30 May 2012 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os INDELs são polimorfismos de comprimento, gerados a partir de inserções e/ou deleções de um ou mais nucleotídeos. Os marcadores INDELs, que estão amplamente distribuídos pelo genoma e se caracterizam pela alta estabilidade devido à baixa taxa mutacional (10-9), podem ser analisados a partir da amplificação por PCR (Reação em Cadeia da Polimerase). A facilidade de análise e a possibilidade de construção de sistemas multiplex capazes de gerar amplicons curtos (menores que 100 pb) tornam os INDELs uma importante ferramenta para identificação humana por DNA. Para avaliar a eficiência e validar a metodologia que emprega os polimorfismos de inserção/deleção na identificação humana, utilizamos o sistema Indel-plex ID, capaz de amplificar simultaneamente 38 loci INDELs bialélicos de cromossomos autossomos. Diferentes amostras biológicas (cabelo, saliva, sangue, sêmen e urina) foram genotipadas apresentando reprodutibilidade entre todas as tipagens. A concentração mínima de DNA necessária para amplificação dos 38 loci INDELs foi de 0,5 ng. Artefatos do tipo split peaks foram observados em algumas amostras. Os produtos da PCR foram purificados em resina Sephadex proporcionando melhores condições de análise, redução de artefatos e aumento na intensidade média de fluorescência dos alelos amplificados. A eficiência do sistema Indel-plex ID na amplificação de DNA degradado foi verificada durante as análises das amostras de DNA extraídas de restos mortais (ossos e dentes). Comparativamente ao sistema Identifiler, o Indel-plex ID, se mostrou mais eficiente em termos de número de loci genotipados e qualidade de amplificação. Nas investigações de vínculos genéticos realizadas com o sistema Indel-plex ID foi possível corroborar resultados anteriores obtidos pela análise de marcadores STR. Nas análises com amostras in vivo foram obtidos valores máximos de Probabilidades de Paternidade de 99,99998%. Para casos envolvendo supostos pais falecidos, o sistema Indel-plex ID reforçou resultados obtidos com o sistema Identifiler e Minifiler. A Probabilidade de Paternidade de 99,953%, obtida com o sistema Indel-plex ID, conjugada com a Probabilidade de Paternidade de 99,957%, obtida como o sistema Minifiler, possibilitou um índice final de 99,99998%. Os resultados evidenciaram que os loci INDELs do sistema Indel-plex ID são altamente informativos, constituindo uma ferramenta importante em estudos de identificação humana e de relações de parentesco / INDELs are length polymorphisms, generated from insertions and/or deletions of one or more nucleotides. The INDEL markers, which are widely distributed throughout the genome and characterized by high stability due to their low mutational rate (10-9), can be analyzed based on amplification by PCR (Polimerase Chain Reaction). This ease in being analyzed and the possibility of building multiplex systems capable of generating short amplicons (smaller than 100 pb), render INDELs an important tool for DNA-based human identification. So as to evaluate the efficiency and validate the methodology which makes use of insertion/deletion polymorphisms in human identification, we have employed the Indel-plex ID system, capable of simultaneously amplifying 38 INDEL loci of biallelic autosome chromosomes. Different biological samples (hair, saliva, blood, semen and urine) were genotyped showing reproducibility of all typing. The minimum DNA concentration for the amplification of the 38 INDEL loci is 0,5 ng. Artifacts of the split peaks type were observed in some samples. The purification of the PCRs products in Sephadex resin provided better conditions for analysis, reduction of artifacts and increased the average intensity of allele fluorescence. The efficiency of the Indel-plex ID system in the amplification of degraded DNA was verified in analysis of DNA samples extracted from mortal remains (bones and teeth). In comparison with the Identifiler system, the Indel-plex ID has proven more efficient in terms of the number of genotyped loci and amplification quality. During the investigation of genetic relations, carried out with the Indel-plex ID system, it was possible to corroborate previous results obtained through the analysis of STR markers. In investigations based on in vitro samples, maximum values of 99,99998% in Paternity Probabilities were obtained. In genetic investigations related to deceased supposed parents, the Indel-plex ID system corroborated results obtained with the Identifiler and Minifiler systems. The Paternity Probability of 99,953% obtained with the Indel-plex ID system, allied with the Paternity Probability of 99,957% obtained with the Minifiler rendered possible the final indicator of 99,99998%. The results have made evident that the INDEL loci of the Indel-plex ID system are highly informative and constitute an important tool for studies in both human identification and parenthood relations identification
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Avaliação da qualidade do DNA obtido de saliva humana armazenada e sua aplicabilidade na identificação forense em odontologia legal / Evaluation of DNA quality obtained from stored human saliva and its applicability in forensic identification in Forensic Dentistry

Suzana Papile Maciel Carvalho 17 March 2009 (has links)
A saliva pode ser utilizada como fonte eficiente de DNA para tecnicas de identificacao humana, as quais sao aceitas como prova legal, sendo o parecer do profissional superlativo para a formulacao da sentenca. Esse material pode ser coletado de maneira indolor e nao-invasiva e utilizado mesmo quando armazenado em diferentes condicoes. Este trabalho objetiva avaliar a qualidade do DNA obtido de saliva humana armazenada e sua aplicabilidade da identificacao de pessoas. Foram analisadas amostras salivares de n=100 sujeitos da pesquisa, coletadas nas formas de saliva in natura e saliva coletada de swab. A saliva foi armazenada a -20ºC. Apos 7 dias, realizou-se a primeira etapa, quando o DNA foi extraido das 200 amostras de saliva utilizando-se a resina InstaGene (Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA) e, posteriormente, submetido a PCR e a eletroforese. Apos 180 dias de armazenamento da saliva, repetiu-se a mesma tecnica da primeira fase, porem em apenas 20 amostras, selecionadas aleatoriamente do total de 100 amostras de saliva coletadas por swab bucal. Os resultados da primeira etapa indicaram que o DNA foi extraido com sucesso em 96% das reacoes realizadas para as 200 amostras de saliva, fato observado tambem quando se analisou as amostras em separado, de saliva in natura (94%) e saliva advinda do swab (98%). Alem disso, nao houve diferencas estatisticamente significantes na extracao do DNA entre as duas formas de coleta de saliva utilizadas. Na segunda fase, foi possivel a deteccao do gene alvo nas 20 amostras analisadas (100%). Posteriormente, objetivando-se aprofundar a analise do DNA salivar de maneira mais proxima ao padrao exigido em um processo de identificacao, o gene SIX3-2 foi testado nas amostras e tambem foi feita a digestao do produto da PCR com a enzima de restricao MbO1 para avaliar polimorfismo do gene ADRA-2. Os resultados mostraram que a quantidade e a qualidade do DNA advindo de saliva do swab bucal, bem como as tecnicas empregadas estao adequadas a analise forense do DNA. Portanto, a saliva humana e bastante util como fonte de DNA e pode ser armazenada, em temperatura e condicoes ideais, para analise posterior. / The saliva can be used as efficient DNA source for human identification techniques in which they are accepted as forensic proof, being the superlative professionals opinion for the sentence formulation. This material can be collected in a painless and noninvasive way and it is used even when stored in different conditions. This paper aims at evaluating DNA quality obtained from stored human saliva and its applicability in people identification. Saliva samples from n=100 research subjects were analyzed. They were collected in two ways: in natura and swab. The saliva was stored at the temperature of -20°C. After 7 days, the first phase was performed, when the DNA was extracted from the 200 saliva samples using the InstaGene resin (Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA) and, subsequently, submitted to PCR and electrophoresis. After 180 days of the saliva storage, the same technique used in the first phase was repeated; however, in only 20 samples, selected at random from the total of 100 ones collected from mouth swab. The results of the first phase indicated that the DNA was successfully extracted in 96% of the reactions performed for the 200 saliva samples. This fact was also observed when the separate saliva samples in natura (94%) and swab (98%) were analyzed. In addition, there were no statistically significant differences in the extraction of the DNA between the two ways used for collecting saliva. In the second phase, the target gene detection was possible in the 20 samples analyzed (100%). Subsequently, the SIX3-2 gene was tested in the samples with the objective of deepening the salivary DNA analysis as close as the standard required in an identification process. Also, the digestion of the PCR product with the enzyme of MbO1 restriction was performed to evaluate the polymorphism of the ADRA- 2 gene. The results showed that the DNA quantity and quality from the mouth swab saliva, as well as the techniques applied are suitable for the forensic analysis of DNA. Therefore, the human saliva is very useful as DNA source and can be stored in ideal temperature and conditions for further analysis.
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Aproximação fisionômica pericial através de função de base radial hermitiana / Forensic facial approximation through hermitian radial basis functions

Andreia Cristina Breda de Souza 24 October 2014 (has links)
A aproximação fisionômica é o método que busca, a partir do crânio, simular a fotografia de um indivíduo quando em vida. Deve ser empregada como último recurso, na busca de desaparecidos, quando não houver possibilidade de aplicação de um método válido de identificação. O objetivo deste estudo foi obter a aproximação fisionômica, a partir de um crânio seco e de tomografia computadorizada multislice de indivíduos vivos, através da função de base radial hermitiana (FBRH). Constituiu-se também em avaliar o resultado da mesma quanto ao reconhecimento. Na primeira etapa do estudo, foi utilizada a imagem escaneada de um crânio seco, de origem desconhecida, com o intuito de avaliar se a quantidade de pontos obtidos seria suficiente para aplicação da FBRH e consequente reconstrução da superfície facial. Na segunda fase, foram utilizadas três tomografias de indivíduos vivos, para análise da semelhança alcançada entre a face escaneada e as aproximações faciais. Nesta etapa, foi aplicada uma associação de diferentes metodologias já publicadas, para reconstrução de uma mesma região da face, a partir de um mesmo crânio. Na última etapa, foram simuladas situações de reconhecimento com familiares e amigos dos indivíduos doadores das tomografias. Observou-se que a metodologia de FBRH pode ser empregada em aproximação fisionômica. Houve reconhecimento positivo nos três sujeitos estudados, sendo que, em dois deles, os resultados foram ainda mais significativos. Desta forma, conclui-se que a metodologia é rápida, objetiva e proporciona o reconhecimento. Esta permite a criação de múltiplas versões de aproximações fisionômicas a partir do mesmo crânio, o que amplia as possibilidades de reconhecimento. Observou-se ainda que a técnica não exige habilidade artística do profissional. / Facial approximation works by building the visual face up from the skull. This method should be performed as last resort, to carry out for missing persons, when there is no other primary identification method avaliable. The purpose of this study was to introduce a new computerized method with hermite radial basis function (HRBF) for facial approximation using dry skull and computed tomography (CT). The same was also evaluated as a result of the recognition. Firstly, a scan of a dry unidentified skull image was used in order to assess if the amount of points would be sufficient for HRBF methodology and subsequent reconstruction of the facial surface. In second, three CT scans of living individuals were used to evaluate the similarity achieved between the real face scanned and facial approximations. An association of different facial structures reconstruction techniques already published for the same region of the face was applied for the same skull. Moreover, some situations from developed facial approximations were simulated, as recognition by a relative or parent, on a face pool-test. Results from the study showed that the purposed methodology can be used for facial approximation. At the three cases a correct approximation identification as one of a few possible matches to the missing person happened. In two of them, the results were consistently better at identifying the correct approximation. In conclusion, the proposed methodology is fast, objective and reaches visual identification. It is possible to perform multiple versions of the same skull, changing the selected data into the system, which maximizes the chances of establishing recognition of the target face. It was also observed that the technique does not need artistic interpretation.
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Utilização de sistema multiplex de marcadores do tipo INDELs em identificação humana por DNA / Use of multiplex system with INDELs markers in human identification by DNA

Alexandre Caiafa Ribeiro 30 May 2012 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os INDELs são polimorfismos de comprimento, gerados a partir de inserções e/ou deleções de um ou mais nucleotídeos. Os marcadores INDELs, que estão amplamente distribuídos pelo genoma e se caracterizam pela alta estabilidade devido à baixa taxa mutacional (10-9), podem ser analisados a partir da amplificação por PCR (Reação em Cadeia da Polimerase). A facilidade de análise e a possibilidade de construção de sistemas multiplex capazes de gerar amplicons curtos (menores que 100 pb) tornam os INDELs uma importante ferramenta para identificação humana por DNA. Para avaliar a eficiência e validar a metodologia que emprega os polimorfismos de inserção/deleção na identificação humana, utilizamos o sistema Indel-plex ID, capaz de amplificar simultaneamente 38 loci INDELs bialélicos de cromossomos autossomos. Diferentes amostras biológicas (cabelo, saliva, sangue, sêmen e urina) foram genotipadas apresentando reprodutibilidade entre todas as tipagens. A concentração mínima de DNA necessária para amplificação dos 38 loci INDELs foi de 0,5 ng. Artefatos do tipo split peaks foram observados em algumas amostras. Os produtos da PCR foram purificados em resina Sephadex proporcionando melhores condições de análise, redução de artefatos e aumento na intensidade média de fluorescência dos alelos amplificados. A eficiência do sistema Indel-plex ID na amplificação de DNA degradado foi verificada durante as análises das amostras de DNA extraídas de restos mortais (ossos e dentes). Comparativamente ao sistema Identifiler, o Indel-plex ID, se mostrou mais eficiente em termos de número de loci genotipados e qualidade de amplificação. Nas investigações de vínculos genéticos realizadas com o sistema Indel-plex ID foi possível corroborar resultados anteriores obtidos pela análise de marcadores STR. Nas análises com amostras in vivo foram obtidos valores máximos de Probabilidades de Paternidade de 99,99998%. Para casos envolvendo supostos pais falecidos, o sistema Indel-plex ID reforçou resultados obtidos com o sistema Identifiler e Minifiler. A Probabilidade de Paternidade de 99,953%, obtida com o sistema Indel-plex ID, conjugada com a Probabilidade de Paternidade de 99,957%, obtida como o sistema Minifiler, possibilitou um índice final de 99,99998%. Os resultados evidenciaram que os loci INDELs do sistema Indel-plex ID são altamente informativos, constituindo uma ferramenta importante em estudos de identificação humana e de relações de parentesco / INDELs are length polymorphisms, generated from insertions and/or deletions of one or more nucleotides. The INDEL markers, which are widely distributed throughout the genome and characterized by high stability due to their low mutational rate (10-9), can be analyzed based on amplification by PCR (Polimerase Chain Reaction). This ease in being analyzed and the possibility of building multiplex systems capable of generating short amplicons (smaller than 100 pb), render INDELs an important tool for DNA-based human identification. So as to evaluate the efficiency and validate the methodology which makes use of insertion/deletion polymorphisms in human identification, we have employed the Indel-plex ID system, capable of simultaneously amplifying 38 INDEL loci of biallelic autosome chromosomes. Different biological samples (hair, saliva, blood, semen and urine) were genotyped showing reproducibility of all typing. The minimum DNA concentration for the amplification of the 38 INDEL loci is 0,5 ng. Artifacts of the split peaks type were observed in some samples. The purification of the PCRs products in Sephadex resin provided better conditions for analysis, reduction of artifacts and increased the average intensity of allele fluorescence. The efficiency of the Indel-plex ID system in the amplification of degraded DNA was verified in analysis of DNA samples extracted from mortal remains (bones and teeth). In comparison with the Identifiler system, the Indel-plex ID has proven more efficient in terms of the number of genotyped loci and amplification quality. During the investigation of genetic relations, carried out with the Indel-plex ID system, it was possible to corroborate previous results obtained through the analysis of STR markers. In investigations based on in vitro samples, maximum values of 99,99998% in Paternity Probabilities were obtained. In genetic investigations related to deceased supposed parents, the Indel-plex ID system corroborated results obtained with the Identifiler and Minifiler systems. The Paternity Probability of 99,953% obtained with the Indel-plex ID system, allied with the Paternity Probability of 99,957% obtained with the Minifiler rendered possible the final indicator of 99,99998%. The results have made evident that the INDEL loci of the Indel-plex ID system are highly informative and constitute an important tool for studies in both human identification and parenthood relations identification
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Desenvolvimento de um novo sistema Multiplex de microssatélites (STR) para análise genética de populações humanas

Pontes, Isabel da Mota 14 December 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Isabel da Mota Pontes.pdf: 2179836 bytes, checksum: 0b2f33d44ee029fbf560b3505ea884b2 (MD5) Previous issue date: 2009-12-14 / The present work presents the development of a new system called multiplex Pentaplex-ised, composed of 5 microsatellite loci STR type (D5S198498, D3S18773, GH15, D8S82535 and D11S118590). Such microsatellites have been identified in the human genome, using the program BLAST-N (GenBank). Specific primers were designed for amplification via PCR. Fluorescent primers were synthesized to allow simultaneous analysis of multiple amplicons (multiplex analysis). All microsatellite loci were genotyped confirming the high degree of polymorphism. In the validation, the minimum DNA concentration of for amplification was estimated at 0.25 ng. Several types of biological samples (blood, saliva, urine and semen) were acquired satisfactorily. We built a database of microsatellite allele frequencies for three Brazilian populations -Amazonas, Rio de Janeiro and Espírito Santo. The distributions of allele frequencies showed little variation between population groups. By means of statistical tests of χ2 using the program Arlequim 3.1 most alleles do not adhere to Hardy-Weinberg equilibrium if performed separately for each of the populations. However, in the analysis performed with the whole set of three populations, there is high adherence to the Hardy-Weinberg equilibrium. The three populations were grouped and compared pair-to-pair, showing that the genetic variation is greater within populations than between them. Statistical data about the power of exclusion, discrimination power and polymorphism information content for the five loci were determined for each STR and together to assess the potential of the system Pentaplex-ised in human identification. We observed that this multiplex system is suitable for human identification and that can be used in a complementary method with other systems for genetic analysis, by having a cumulative power of discrimination of 99.996% and 93.436% cumulative exclusion / O presente trabalho consiste no desenvolvimento de um novo sistema multiplex denominado PentaPlex-ISED, composto por 5 loci tipo microssatélites STR (D5S198498, D3S18773, GH15, D8S82535 e D11S118590). Esses microssatélites foram identificados no genoma humano, por meio do programa BLAST-N (GenBank). Primers específicos foram desenhados para amplificação via PCR. Primers fluorescentes foram sintetizados para permitir análise simultânea de vários amplicons (análise multiplex). Todos os loci microssatélites foram genotipados confirmando-se o alto grau de polimorfismo. Na validação do sistema, a concentração mínima de DNA para a amplificação dos loci incluídos nesse multiplex foi estimada em 0,25 ng. Diversos tipos de amostras biológicas (sangue, saliva, urina e sêmen) foram adquiridas satisfatoriamente. Foi construído um banco de dados de freqüências dos alelos microssatélites para três populações brasileiras (Amazonas, Rio de Janeiro e Espírito Santo). Confirmou-se a independência dos loci. As distribuições das freqüências alélicas apresentaram pouca variação entre os grupos populacionais. Por meio dos testes estatísticos de χ2, utilizando o programa Arlequim 3.1 verificou-se que a maioria dos loci não adere as condições do equilíbrio de Hardy-Weinberg se análise for feita separadamente em cada uma das populações. No entanto, na análise feita com o conjunto total das três populações, há aderência ao Equilíbrio de Hardy-Weinberg. As três populações foram agrupadas e comparadas par-a-par; mostrando-se que a variação genética é maior dentro das populações que entre elas. Os dados estatísticos sobre o poder de exclusão, poder de discriminação e o conteúdo de informação do polimorfismo, para os 5 loci foram determinados para cada STR e em conjunto para avaliar o potencial do sistema PentaPlex-ISED na identificação humana. Observou-se que este sistema multiplex é adequado para identificação humana e que pode ser usado de forma complementar com os outros sistemas de análises genéticas, por possuir um poder de discriminação acumulado em 99,996 % e o poder de exclusão acumulado em 93,436 %.
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Metodologia para obtenção de imagens periapicais por meio da manipulação de tomografias computadorizadas de feixe cônico para fins forenses / Methodology for obtaining periapical images by the manipulation of Cone-Beam computed tomography for forensic purposes

Janaina Paiva Curi 29 April 2016 (has links)
A documentação odontológica é utilizada como ferramenta indispensável para identificação humana uma vez que possibilita a comparação entre registros ante mortem (AM) e post mortem (PM), levando a resultados objetivos e confiáveis. A constante evolução tecnológica ocasionou grande avanço na qualidade dos exames por imagens, auxiliando o processo de identificação por arco dentário. Nesse contexto, as imagens radiográficas digitais ganharam espaço frente às convencionais e as tomografias computadorizadas (TC) passaram a ser comumente utilizadas na Odontologia, devido à multiplicidade dos detalhes oferecidos pelas imagens tridimensionais. Estudos recentes revelam as tentativas de se reproduzir imagens semelhantes às intraorais por meio de TC. No entanto, ainda não há estudos efetivos no campo das ciências forenses, utilizando tomografias computadorizadas de feixe cônico (TCFC) com o propósito de identificação. O presente estudo teve como objetivo desenvolver uma metodologia para simulação de imagens radiográficas intraorais em tomografias computadorizadas de feixe cônico, visando repetir a incidência e geometria da radiografia de origem, contemplando os possíveis erros de angulação, além de verificar a eficácia e confiabilidade desse princípio entre os examinadores. Para isso, foi realizada a aquisição de vinte TCFC de crânios secos e os dados do seu odontograma inseridos nas fichas PM do WinID. Para cada crânio, um segundo observador realizou três radiografias periapicais digitais, simulando as AM, uma delas contendo alteração de posicionamento. As 60 radiografias foram randomizadas, três pontos foram selecionados, suas distâncias lineares e angulação mensurados no Photoshop e catalogados em planilha do Microsoft Excel. Os dados odontológicos das radiografias foram incluídos como fichas AM do WinID. O software indicou similaridade ao confrontar os elementos AM com os PM. e os valores tabulados das radiografias conduziram as análises do primeiro, sem o conhecimento prévio dos erros. As regiões de interesse (ROI) das imagens radiográficas foram localizadas nas TCFC e a geometria de incidência simulada, mediante a manipulação dos planos espaciais e ferramentas disponíveis no software Osirix, buscando valores semelhantes aos originais. Por fim, a sobreposição de imagens foi realizada utilizando artifícios do Photoshop, comprovando a similaridade entre as imagens originais e as replicadas na tomografia. Os resultados mostraram que foi possível replicar a geometria das imagens radiográficas nas TCFC em 100% da amostra. Testes estatísticos como o coeficiente de variação, diferenças de médias e coeficiente de Pearson evidenciaram forte correlação para todas as variáveis estudadas e todos os valores foram estatisticamente significantes (p<0.05). O protocolo desenvolvido possibilitou a reprodução da geometria e incidência das radiografias convencionais em TCFC, inclusive na presença de alterações na angulação. As imagens produzidas puderam ser comparadas às originais, assegurando o resultado por sobreposição. Em todas elas ficou comprovada a viabilidade do uso do protocolo para fins de identificação humana e sua aplicação, portanto, foi considerada confiável e segura, visto que a concordância entre os observadores ficou demonstrada pelos testes estatísticos. / Dental Records are used as a necessary tool for human identification, as it enables the comparison of Antemortem (AM) and Postmortem (PM) data, leading to objective and reliable results. The constant evolution of technology brought advances in the quality of images, aiding the dental arch identification process. In this context, the digital radiographic images gained ground among conventional radiographs and Computed Tomography (CT) became usual in dentistry, due to the multiple details available in the tridimensional images. Recent studies shown attempts of reproducing intraoral images from CT. But there was no effective studies in the forensic science field using Cone-Beam Computed Tomography (CBCT) with identification purposes. The present study aims on developing a methodology that could simulate intra-oral images in CBCT exams, in order to repeat the incidence and image geometry of the original radiography, covering possible angulation errors and testing the reliability of the process. To do so, 20 CBCT were acquired from dry skulls and their dental charts were registered in WinID. In each cranium, a second observer made three periapical radiographs, simulating the AM records in WinID, and one should contain and incidence error. The 60 radiographs were randomized and in each three points were selected with linear distances and angle between them were measured in photoshop and recorded in a MS Excel chart. The data from the radiographs were included in WinId as AM records. The Sotware indicated similarities of the records by matching AM and PM, and the values from the radiographs directed the analysis made by the first examiner, with no knowledge of the previous errors and the AM data registered in WinID. The Region of Interest (ROI) in the radiographs were located in the CBCT and the geometry and incidence were simulated using the manipulation of the orientation planes and tools of the software Osirix, in search of similar to the original values. Finally, the superimposition of images was made in Photoshop, to prove the achievement of similarity between the original images and those extracted from the CBCT. The results showed a possible repeatability of image geometry in 100% of the sample. Statistic test of the variance coefficient, average difference and Pearson coefficient highlighted the strong correlation of all variables and significance of all tested values (p<0.05). The developed protocol enabled the reproduction of conventional radiographs geometry and incidence in CBCT exams, including in the presence of incidence errors. The produced images could be compared to the original, assuring a result by superimposition. In every analysis, the use of this protocol has been confirmed as viable for human identification purposes, and its usage was considered reliable and secure, as the concordance between examiners was demonstrated by the statistic analysis.
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Utilização de imagens tridimensionais da cavidade sinusal frontal provenientes de tomografia computadorizada de feixe cônico para a identificação forense / Usage of tridimensional cone beam computed tomography imaging of the frontal sinus for human identifications in Forensic Scienses

Eduardo Felippe Duailibi Neto 06 July 2016 (has links)
A unicidade da cavidade sinusal frontal é um importante fator para a identidade humana. O uso de registros de imagens dessa cavidade para a identificação forense é amplamente difundido, sendo uma metodologia secundária segundo a INTERPOL. Recentes avanços nas tecnologias de imagem permitiram o registro de imagens tridimensionais dessa cavidade. Nosso objetivo foi validar a metodologia proposta por Beaini et al. (2015), padronizando critérios para a obtenção de imagens tridimensionais da cavidade sinusal frontal com tomografia computadorizada de feixe cônico e avaliando a capacidade desses dados para a identificação humana. Para tanto, utilizamos um banco de imagens tomográficas de 200 pacientes randomizados e analisados por três observadores. As imagens foram exportadas em formato DICOM e submetidas a dois processos de segmentação distintos e sobreposição tridimensional. Realizou-se a metodologia descrita para estabelecer a identificação entre pacientes randomizados. Os resultados mostraram que há uma diferença significativa entre os processos de segmentação, sendo mais indicada a técnica de segmentação manual. A metodologia proposta por Beaini et al. (2015) foi validada e um total de 166 pacientes foram identificados. O volume da cavidade sinusal possui um elevado potencial de identificação com uma probabilidade aproximada de 85% para determinar o gênero dos indivíduos. / The uniqueness of the frontal sinus cavity is an important factor for establishing human identity. The usage of imaging records of this cavity for human identity is a secondary methodology according to the INTERPOL protocols. Recent advances in imaging technologies have enabled the three-dimensional imaging records of this cavity. Our goal was to validate the methodology proposed by Beaini et al. (2015), by developing standardized criteria for the use of cone beam computed tomography three-dimensional images of the front sinus and evaluating the ability of these data for human identification. The aim of this study was to investigate a total of 200 imaging records from randomized patients that were analyzed by three observers. Images were exported in DICOM format and underwent two distinct segmentation processes and a three-dimensional overlap. The Beaini et al. (2015) technique was applied to establish identification of the randomized patients. My results showed a significant difference between both segmentation processes, with manual segmentation showing the best results. Beaini et al. (2015) technique was validated and a total of 166 patients were identified. The volume of the sinus cavity has a high identification probability with a rough probability of 85% to determine the sex of individuals.

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