Pensions et pensionnaires de la monarchie : de la grâce royale au système de redistribution de l’État au XVIIIe siècle La question des pensions et des pensionnaires de l’État est abordée à partir d’un corpus de sources centré sur les archives de la Maison du Roi, du Trésor royal et du Comité des pensions de l’Assemblée nationale constituante. Les mécanismes d’attribution et de distribution des pensions royales permettent de redécouvrir les contradictions de la monarchie d’Ancien Régime, prises entre la permanence de traditions anciennes et les exigences de l’État moderne. En revenant sur les tentatives répétées et inabouties de réformer et de rationnaliser un objet de dépenses dont le poids n’a cessé de peser sur les finances royales, la thèse invite à s’interroger sur ces formes de distributions utilisées par le pouvoir comme un instrument de domination politique et social, mais dont les aspects financiers et comptables ont été inégalement maîtrisés. L’histoire de la gestion des pensions royales au XVIIIe siècle offre une étude de cas particulièrement documentée qui permet d’illustrer le développement de la bureaucratie moderne, révélant une administration imaginative dans sa manière de réformer les pensions de l’État mais freinée par les intérêts contradictoires du régime. C’est finalement la crise politique de 1789 qui a permis de clarifier et de réformer un système de grâces royales devenu le symbole des abus de la cour aux yeux de l’opinion publique. En séparant les pensions de cour des pensions de l’État, en créant un droit à la pension pour les serviteurs de l’État là où l’Ancien Régime ne connaissait qu’un système de récompenses fondé sur l’usage et l’esprit de clientèle, le Comité des pensions de l’Assemblée nationale constituante a posé, en 1790, les bases du premier système de retraite de la fonction publique d’État. / Pensions & pensioners of the French monarchy : from royal favour to State redistribution system in the eighteenth century The issue of State pensions and pensioners is tackled on the basis of a corpus of sources found among the archives of the Maison du Roi (Royal Household), the Trésor royal (Royal Treasury) and the Comité des pensions (Pensions Committee) of the Assemblée nationale constituante (National Constituent Assembly). An analysis of the attribution and distribution mechanisms of the Royal pensions reveals the contradictions of the Ancien Régime monarchy: the preservation of ancient traditions versus the requirements of a modern State. The repeated and unsuccessful attempts to reform and rationalize an object of expenditure whose weight has not ceased to weigh on the royal finances is demonstrated here. The thesis invites us to question these forms of distribution used by the power as an instrument of political and social domination, but whose financial and accounting aspects have been unequally controlled. The history of the royal pensions management in the 18th century offers a particularly well-documented case study that illustrates the development of modern bureaucracy. It reveals an inventive administration in its way of reforming State pensions while constrained by conflicting interests of the regime. It was finally the political crisis of 1789 that clarified and reformed a system of royal liberalities that became the symbol of abuses of the Court in the eyes of public opinion. In 1790, by separating Court pensions from State pensions, by creating an entitlement to pension for State servants where the Ancien Régime knew only a system of rewards based on custom and clientelism, the Comité des pensions of the Assemblée nationale constituante laid the foundation for the first pension system of the State Public Service.

Cette thèse s'intéresse à la conception et le développement des techniques de bioinfor- matique qui peuvent faciliter l'utilisation de l'approche metabarcoding pour mesurer la diversité d'espèces. Le metabarcoding peut être utilisé avec le séquencage haut débit pour l'identification d'espèces multiples à partir d'un seul échantillon environnemental. La véritable force du metabarcoding réside dans l'utilisation de barcode marqueurs choisi pour une étude particulière et l'identification d'espèces ou des taxons peut être réalisé avec des marqueurs soigneusement conçu. Avec l'avancement des techniques haut débit de séquençage, une énorme quantité des données de séquences est produit qui contient un nombres substantiel des mutations. Ces mutations posent un grand problème pour les estimations correctes de la biodiversité et pour le d'assignation de taxon. Les trois problèmes majeurs dans le domaine de la bioinformatique que j'ai abordés dans cette thèse sont: i) évaluer la qualité d'une barcode marker , ii) concevoir des nouveaux région barcode et iii) d'analyser les données de séquençage pour traiter les erreurs et éliminer le bruit en séquences. Pour évaluer la qualité d'un barcode marker, on a développé deux mesures quantita- tive,formelle: la couverture (Bc) et la spécificité (Bs). La couverture donne une mesure de universalité d'une pairs de primer pour amplifier un large nombre de taxa, alors que la spécificité donne une mesure de capacité à discriminer entre les différents taxons. Ces mesures sont très utiles pour le classement des barcode marker et pour sélectionner les meilleurs markers. Pour trouver des nouveaux région barcode notamment pour les applications metabarcod- ing, j'ai développé un logiciel, ecoPrimers3. Basé sur ces deux mesures de qualité et de l'information taxinomique intégré, ecoPrimers nous permet de concevoir barcode markers pour n'importe quel niveau taxonomique . En plus, avec un grand nombre de paramètres réglables il nous permet de contrôler les propriétés des amorces. Enfin, grâce a des algorithmes efficaces et programmé en langage C, ecoPrimers est suffisamment efficace pour traiter des grosses bases de données, y compris génomes bactériens entièrement séquencés. Enfin pour traiter des erreurs présentes dans les données de séquencage , nous avons analysé un ensemble simple d'échantillons de PCR obtenus à partir de l'analyse du régime alimentaire de Snow Leopard. En mesurant les corrélations entre les différents paramètres des erreurs, nous avons observé que la plupart des erreurs sont produites pendant l'amplification par PCR. Pour détecter ces erreurs, nous avons développé un algorithme utilisant les graphes, qui peuvent différencier les vrai séquences des erreurs induites par PCR. Les résultats obtenus à partir de cet algorithme a montré que les données de-bruitée a donnent une estimation réaliste de la diversité des espèces étudiées dans les Alpes françaises. / This thesis is concerned with the design and development of bioinformatics techniques that can facilitate the use of metabarcoding approach for measuring species diversity. Metabarcoding coupled with next generation sequencing techniques have a strong po- tential for multiple species identification from a single environmental sample. The real strength of metabarcoding resides in the use of barcode markers chosen for a particular study. The identification at species or higher level taxa can be achieved with carefully designed barcode markers. Moreover with the advent of high throughput sequencing techniques huge amount of sequence data is being produced that contains a substantial level of mutations. These mutations pose a problem for the correct estimates of biodi- versity and for the taxon assignation process. Thus the three major challenges that we addressed in this thesis are: evaluating the quality of a barcode region, designing new barcodes and dealing with errors occurring during different steps of an experiment. To assess the quality of a barcode region we have developed two formal quantitative mea- sures called barcode coverage (Bc) and barcode specificity (Bs). Barcode coverage is concerned with the property of a barcode to amplify a broad range of taxa, whereas barcode specificity deals with its ability to discriminate between different taxa. These measures are extremely useful especially for ranking different barcodes and selecting the best markers. To deal with the challenge of designing new barcodes for metabarcoding applications we have developed an efficient software called ecoPrimers. Based on the above two quality measures and with integrated taxonomic information, ecoPrimers1 enables us to design primers and their corresponding barcode markers for any taxonomic level. Moreover with a large number of tunable parameters it allows us to control the properties of primers. Finally, based on efficient algorithms and implemented in C language, ecoPrimers is efficient enough to deal with large data bases including fully sequenced bacterial genomes. Finally to deal with errors present in DNA sequence data, we have analyzed a simple set of PCR samples obtained from the diet analysis of snow leopard. We grouped closely related sequences and by measuring the correlation between different parameters of mutations, we have shown that most of the errors were introduced during PCR amplification. In order to deal with such errors, we have further developed an algorithm using graphs approach, that can differentiate true sequences from PCR induced errors. The results obtained from this algorithm showed that de-noised data gave a realistic estimate of species diversity studied in French Alpes. This algorithm is implemented in program obiclean.

Jahresbericht der Universitätsbibliothek Chemnitz - Berichtsjahr 2004 / Annual report of the University Library of Chemnitz in 2004

L’augmentation de la fréquence hebdomadaire des séances d’Hémodialyse (HD) serait la technique qui se rapprocherait le plus du rôle physiologique des reins. L’Hémodialyse quotidienne (HDQ) a été développée afin d’améliorer la qualité de vie des patients ainsi que l’épuration sanguine. Néanmoins, son association avec la survie reste controversée et son lien avec l’accès à la greffe rénale n’avait jusqu’alors jamais été étudié. Par ailleurs, les connaissances en termes de pratiques en France étaient jusqu’à aujourd’hui très faibles. Dans ce contexte, cette thèse vise à caractériser les patients français en HDQ et leurs trajectoires en plus d’analyser l’association entre l’HDQ et la transplantation rénale et la survie des patients. Une étude épidémiologique a été menée à partir du Réseau en Epidémiologie et Information en Néphrologie (REIN) où ont été inclus tous les patients âgés ≥18 ans et qui ont démarré une séance d’HDQ entre 2003 et 2012 en France. L’extraction d’un certain nombre de données biocliniques de REIN a permis de montrer que les patients français en HDQ étaient caractérisés pour présenter des profils très hétérogènes. En effet, en fonction de l’âge médian (64 ans) deux sous-groupes de patients ont pu être comparés : les âgés (moyenne d’âge : 76,6 ± 6,9 ans) en mauvaises conditions médicales et qui décédaient rapidement ; les jeunes (moyenne d’âge : 47,2 ± 12 ans) qui étaient en HDQ avant d’accéder à la greffe. Par ailleurs, en fonction des trajectoires initiales, deux sous-groupes ont également pu être comparés : patients démarrant directement par HDQ (dHDQ, n=257) ; patients démarrant par un autre traitement (cHDQ, n=496). Ensuite, cette thèse a permis de montrer qu’en France, après l’inscription sur la liste, les patients en HDQ avaient une moindre probabilité d’accéder à la greffe que les patients en HD 3x/semaine (SHR=0,74 ; IC 95%: 0,58-0,95). Par ailleurs, après ajustement sur l’âge, le sexe et les comorbidités, l’HDQ était associée avec un sur-risque de décès (HR=1,58 ; IC 95%: 1,4-1,8) en comparaison avec l’HD 3x/semaine. Ce travail de thèse a permis d’élucider nos connaissances en termes de pratiques associées avec l’HDQ bien que les raisons pour lesquelles les patients démarrent une HDQ ne sont pas connues. Nous émettons l’hypothèse que les indications pour l’HDQ en France sont probablement différentes de celles appliquées dans d’autres pays, ceci pourrait expliquer nos résultats en termes de mortalité. / An increase frequency of weekly sessions of Hemodialysis (HD) should be more physiological than a conventional HD 3x/week. Daily Hemodialysis (DHD) was developed in order to enhance patients’ quality of life in addition to blood purification. Nevertheless, its effect on survival remains controversial and the association between DHD and the access to renal transplantation has never been evaluated. Moreover, knowledges about DHD practices in France were until today very poor. In this context, the aims of this thesis was firstly, to describe profiles of French patients on DHD and their initial trajectories; secondly to analyze the association between DHD and renal transplantation, then survival in comparison with conventional HD 3x/week. An epidemiologic study has been conducted based on Renal Epidemiology and Information in Nephrology (REIN) registry. Were included all patients aged ≥18 years who initiated a DHD between 2003 and 2012 in France. Bio-clinical data analyses showed that French patients were characterized to present various profiles. Indeed, according to the median age (64 years), two sub-groups were distinguished and compared: old (mean age: 76.6 ± 6.9 years) in bad medical conditions who died rapidly; young (mean age: 47.2 ± 12 years) waiting for renal transplantation. Moreover, according to the initial trajectories, two sub-groups were also constructed: patients starting directly with DHD (dDHD, n=257); patients starting with another dialysis before switching for DHD (cDHD, n=496). Then, this thesis allowed showing that in France and after being waitlisting, patients on DHD had lower probability of being renal transplanted (SHR=0.74; 95%CI: 0.58-0.95). Then, after the adjustment on sex, age and comorbidities, DHD was associated with a higher risk of death compared to conventional HD 3sessions/week. Reasons why a patient started a DHD are unknown, but this work allows us to enhance our knowledges in terms of medical practices associated with DHD. We hypothesized that DHD indications in France might be different from other countries which could explain our results in terms of mortality.

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Les attaques massives par déni de service représentent une menace pour les services Internet. Ils impactent aussi les fournisseurs de service réseau et menace même la stabilité de l’Internet. Il y a donc un besoin pressant de contrôler les dommages causés par ces attaques. De nombreuses recherches ont été menées, mais aucune n’a été capable de combiner le besoin d’atténuation de l’attaque, avec l’obligation de continuité de service et les contraintes réseau. Les contre mesures proposées portent sur l’authentification des clients légitimes, le filtrage du trafic malicieux, une utilisation efficace des interconnections entre les équipements réseaux, ou l’absorption de l’attaque par les ressources disponibles. Dans cette thèse, nous proposons un mécanisme de contrôle de dommages. Basé sur une nouvelle signature d’attaque et les fonctions réseaux du standard Multiprotocol Label Switching (MPLS), nous isolons le trafic malicieux du trafic légitime et appliquons des contraintes sur la transmission du trafic malicieux. Le but est de rejeter suffisamment de trafic d’attaque pour maintenir la stabilité du réseau tout en préservant le trafic légitime. La solution prend en compte des informations sur l’attaque, mais aussi les ressources réseaux. Considérant que les opérateurs réseaux n’ont pas une même visibilité sur leur réseau, nous étudions l’impact de contraintes opérationnelles sur l’efficacité d’une contre mesure régulièrement recommandée, le filtrage par liste noire. Les critères d’évaluation sont le niveau d’information sur l’attaque ainsi que sur le trafic réseau. Nous formulons des scénarios auxquels chaque opérateur peut s’identifier. Nous démontrons que la l’algorithme de génération des listes noires doit être choisi avec précaution afin de maximiser l’efficacité du filtrage / Massive Denial of Service attacks represent a genuine threat for Internet service, but also significantly impact network service providers and even threat the Internet stability. There is a pressing need to control damages caused by such attacks. Numerous works have been carried out, but were unable to combine the need for mitigation, the obligation to provide continuity of service and network constraints. Proposed countermeasures focus on authenticating legitimate traffic, filtering malicious traffic, making better use of interconnection between network equipment or absorbing attack with the help of available resources. In this thesis, we propose a damage control mechanism against volumetric Denial of Services. Based on a novel attack signature and with the help of Multiprotocol Label Switching (MPLS) network functions, we isolate malicious from legitimate traffic. We apply a constraint-based forwarding to malicious traffic. The goal is to discard enough attack traffic to sustain network stability while preserving legitimate traffic. It is not only aware of attack details but also network resource, especially available bandwidth. Following that network operators do not have equal visibility on their network, we also study the impact of operational constraints on the efficiency of a commonly recommended countermeasure, namely blacklist filtering. The operational criteria are the level of information about the attack and about the traffic inside the network. We then formulate scenario which operators can identify with. We demonstrate that the blacklist generation algorithm should be carefully chosen to fit the operator context while maximizing the filtering efficiency

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