D'après le rapport de l'OMS en 2015, près de la moitié de la population mondiale est exposée au risque du paludisme et le plus grand nombre des cas recensés se trouve en Afrique subsaharienne. Madagascar fait partie des pays où le paludisme est encore endémique. La géographie et le climat de l'île se traduisent par une répartition assez particulière du paludisme. Les plus fortes incidences sont observées sur les littoraux alors que les plus faibles le sont sur les Hautes Terres Centrales. Cinq zones épidémiologiques et opérationnelles ont été définies par les services de lutte contre le paludisme : Est, Ouest, Sud, Hautes Terres et les Marges. Cette étude vise à apporter une meilleure compréhension de l'épidémiologie du paludisme et de mesurer l'impact des mobilités humaines sur la transmission des zones à forte transmission vers les zones à faible transmission afin de contribuer à mieux cibler les actions de contrôle par les acteurs de la santé publique. Elle offre une nouvelle approche permettant d'évaluer la dynamique spatio-temporelle du paludisme, de quantifier la circulation de l'infection palustre en tenant compte de la mobilité de la population par l’utilisation des données de téléphonie mobile et d'identifier les principales zones exportatrices et importatrices de la maladie. En premier lieu, à travers une analyse rétrospective des données d'incidence, ce travail a montré une hétérogénéité évidente dans chaque stratification épidémiologique et la recrudescence de la maladie sur les Hautes Terres et les Marges. En second lieu, indépendamment de la densité de la population, nous avons montré que les Hautes Terres et surtout la capitale Antananarivo sont une zone à fort risque d'importation de paludisme et que les zones exportatrices sont surtout situées à l'Est et à l'Ouest. Enfin, notre enquête de terrain a souligné l'importance d'une mobilité inter district faible et d'une mobilité intra district voire intra communale importante qui mériterait d'être prise en compte dans la mesure de la circulation de l'infection palustre. Cette étude a permis de mettre en lumière que le paludisme est très dynamique à Madagascar avec un degré d'intensité différent même si les zones appartiennent à la même stratification. Ce constat devrait se traduire par une adaptation des stratégies de lutte. Enfin, la mobilité humaine joue un rôle important dans la transmission. A l'heure où la téléphonie mobile s'est largement diffusée à Madagascar, son utilisation pour estimer le déplacement des populations devient un outil pertinent pour contribuer à orienter le contrôle des maladies. / According to the 2015 WHO report, almost half of the world population is exposed to malaria, with the largest number of reported cases in sub-Saharan Africa. Madagascar is one of the countries where malaria is still endemic because of its geographical location. As a matter of fact, the geography and climate of the island gives a specific epidemiological stratification of malaria. There are five malaria epidemiological zones: East, West, South, Highlands and Fringe. The highest incidence is observed on coastal areas, while the lowest incidence is observed on the Central Highlands. This study aims to provide a better understanding of the epidemiology of malaria and to measure the impact of human mobility on transmission from high transmission areas to low transmission areas in order to help better target control actions by public health actors. This study proposes an alternative approach to assess the spatiotemporal dynamics of malaria, quantify the circulation of malaria infection and take into account the mobility of the population to identify the main source and sink areas of malaria. Firstly, through a retrospective analysis of incidence data, this work showed a clear heterogeneity in each stratum, and an increase the Highlands and the Fringe areas. Secondly, regardless of the population density, we have shown that the Highlands and especially the capital of Madagascar, Antananarivo, was a zone at high risk of the importation of malaria. The source areas were mainly in the eastern and the western part of the country. Finally, our field survey highlighted the importance of low inter-district mobility and high intra-district or even intra-communal mobility which should be taken into consideration when assessing the spreading of malaria infection. This study revealed that malaria is very dynamic in Madagascar with a different degree of intensity even if such areas belong to the same stratum. This observation should translate into an adaptation of control strategies. Finally, human mobility plays a leading part in the transmission. At a time when mobile telephony has spread widely in Madagascar, its use to estimate the mobility of populations is becoming a relevant tool to help guide disease control.

La Fièvre de la Vallée du Rift (VFVR) est une arbovirose zoonotique affectant principalement les ruminants et les humains. Son éco-épidémiologie complexe implique de nombreuses espèces de vecteurs, d'hôtes et de voies de transmission. Ainsi, différents mécanismes de transmission et d'émergence sont impliqués dans la circulation du virus de la FVR (VFVR) et ceux-ci dans des écosystèmes contrastés d'Afrique, de la Péninsule Arabique et des îles du sud-ouest de l'Océan Indien, dont l'île de Madagascar.Par sa superficie, sa grande diversité éco-climatique et sa faune et flore endémique, Madagascar est considérée comme une île continent. On y retrouve, en effet, des écosystèmes variés plus ou moins favorables aux moustiques : semi-arides dans le sud-ouest, humides et froids sur les hautes terres centrales, per-humide dans l'est et humides et chaud dans le nord-ouest. Madagascar a été affectée par deux épidémies de FVR en 1990-91 puis 2008-09. Une étude menée lors de la dernière épidémie a montré que le virus avait largement diffusé dans l'île de façon hétérogène.Compte tenu de la complexité des mécanismes de transmission de la FVR et de la diversité des écosystèmes de Madagascar, nous avons supposé que cette hétérogénéité spatiale était due à des mécanismes de transmission et d'émergence qui variaient en fonction des écosystèmes de l'île. Ainsi, le premier objectif de ce travail de thèse étaient de déterminer les mécanismes et les dynamiques de transmission de la FVR inhérents aux différents écosystèmes de Madagascar. Le second objectif a été d'identifier les mécanismes d'émergence de la FVR à Madagascar et de déterminer s'il sera possible, et nécessaire, de prédire cette émergence à l'échelle des écosystèmes.Dans le cadre de ce travail de thèse deux enquêtes sérologiques nationales, l'une bovine (2008) et l'autre humaine (2011-13) ont, premièrement, été analysées par un modèle linéaire mixte généralisé afin d'identifier les facteurs environnementaux et comportementaux favorables à la circulation du virus chez les bovins et les humains. Deuxièmement, deux enquêtes sérologiques bovines, l'une réalisée en 2008 et l'autre en 2014, ont été analysées pour reconstruire la dynamique de transmission de la FVR dans les différents écosystèmes de l'île. Cette reconstruction a été réalisée à partir de données de séroprévalence et d'âge inclues dans un modèle Bayésien hiérarchique pour estimer la force d'infection annuelle de 1992 à 2014. Enfin, afin de faire le lien biologique avec les résultats des travaux menés à une échelle nationale et de décrire les mécanismes de transmission à une échelle fine, des enquêtes longitudinales entomologiques et sérologiques ont été réalisées entre 2015 et 2016 dans un écosystème à risque. Et ceci, afin de décrire la transmission saisonnière du VFVR chez les ruminants associée à la dynamique de transmission des vecteurs potentiels.Nos résultats ont montré que la région du nord-ouest de l'île est une région à risque de transmission. D'une part, elle est constituée d'environnements associant une forte densité de bovins à des zones humides, inondables et irriguées, favorables aux espèces d'Anopheles et Culex. D'autre part, le VFVR semble avoir circulé de façon relativement intense lors de la période inter-épizootique de 1992 à 2007, puis sa transmission a soudainement augmenté en 2007-2008, ce qui est concomitant avec l'apparition des foyers de FVR en 2008. Pour finir, 6 ans après l'épidémie de FVR à Madagascar, le virus semble toujours circuler à bas bruit dans la région. Cette circulation étant probablement due à une transmission vectorielle favorisée par l'abondance de vecteurs potentiels dans la région.Les résultats de ces différents travaux nous ont permis de présenter des hypothèses de transmission dans les différents écosystèmes de l'île et ainsi de proposer des stratégies de surveillance, de prévention et de lutte contre la FVR adaptées au contexte de Madagascar. / Rift Valley fever (RVF) is a zoonotic vector-borne disease affecting ruminants and humans. Its complex eco-epidemiology involves several species of vectors, hosts and transmission routes. These particularities allowed the circulation of RVF virus (RVFV) in a variety of ecosystems involving different transmission and emergence mechanisms. Indeed, the RVFV has affected contrasted eco-regions in Africa, Arabian Peninsula and South-West Indian Ocean islands, including Madagascar.Madagascar is considered as a continent island due to its ecological diversity and its endemicity level of the flora and the fauna. In particular, the variation of the Malagasy ecosystems (semi-arid in the south, humid and cold in the highlands, humid and warm in the north-west and per-humid in the east) has an impact in their presence and /or the relative abundance of some mosquito species. Madagascar was heavily affected by RVF in 1990-91 and 2008-2009, with evidence of a large and heterogeneous spread of the disease.Thus considering the diversity of RVF eco-epidemiological cycles and the variety of Malagasy ecosystems, we hypothesized that, in Madagascar, the mechanisms of transmission would be different according to these ecosystems. Therefore, the first objective of this thesis was to understand the mechanisms and the dynamics of transmission of RVFV in the different ecosystems. The second objective was to determine the mechanisms of emergence of RVFV and if it would be necessary and possible to predict the emergence of RVFV outbreaks according to the ecosystems.Firstly, we analyzed both cattle and human serological data performed at the national level using generalized linear mixed models to identify the environmental and behavioral factors associated with RVF transmission in both cattle and human. Secondly, we reconstructed the dynamic of transmission of RVF in the different Malagasy ecosystems. Seroprevalence data of cattle of known age were fitted using Bayesian hierarchical models to estimate the annual force of infection from 1992 to 2014. Thirdly, to understand the biological process link to the mechanisms of transmission at the national scale, we investigated the fine scale mechanisms of transmission of RVFV in pilot area of an at-risk region. We, thus, performed both longitudinal entomological and serological surveys between 2015 and 2016, in order to describe the seasonal transmission of RVFV among ruminants and its association with the dynamics of RVFV potential vectors.Our results showed that the northwestern part of Madagascar is an at-risk region for RVFV transmission. On one hand, it is characterized by high cattle densities associated with humid, floodplain and irrigated areas suitable for RVFV potential vector like Anopheles and Culex species. On the other hand, RVFV had probably circulated intensively in the region during the 1992-2007 inter-epizootic period and its transmission increased suddenly in 2007-08, almost concomitantly with the first outbreaks recorded in 2008. Finally, RVFV was still circulated in the northwestern region at low level, 6 years after the last epidemic. This circulation is likely due to vectorial transmission favoring by the abundance of several potential vectors of RVFV in this pilot region.Finally, our better understanding of the mechanisms of transmission of RVFV throughout Madagascar allowed us to propose hypothesis of transmission in different ecosystems of Madagascar and consequently refine strategies for RVF surveillance and prevention.

Dans les pays en développement, l'imbrication des activités économiques au sein du ménage rend la mesure de la dynamique des revenus complexe, en particulier lorsque les périodes étudiées sont longues. Le contexte choisi est celui de la décennie 1995-2005 à Madagascar, une période particulièrement intéressante puisqu'il s'agit du premier épisode de croissance soutenue et quasi-ininterrompue depuis l'indépendance du pays en 1960. En utilisant des données collectées auprès de ménages ruraux et urbains et d'entreprises du secteur informel, en coupe et en panel, les trois chapitres étudient chacun un aspect particulier du problème de mesure la dynamique de la pauvreté sur longue période dans un contexte d'imbrication forte des unités productives et des ménages. Le premier chapitre examine la dynamique du secteur informel à Antananarivo en tenant compte de sa nature très hétérogène. Le deuxième mesure l'écart de performance entre les unités de production dirigées par des femmes et celles dirigées par des hommes. Il teste l’existence d’effets différenciés selon le genre des normes de partage et d’allocation des tâches au sein du ménage sur l’efficience technique des entreprises. Le troisième chapitre discute l’opportunité de suivre des migrants dans les enquêtes longitudinales. L’étude des micro-entreprises doit tenir compte de leur environnement familial et social, pour prendre la pleine mesure des contraintes qui pèsent sur elles. Des recherches sur le comportement et la rationalité économique des ménages urbains apparaissent nécessaire. En l'absence de données longitudinales, la principale limite du travail réside dans l'impossibilité de décrire la démographie des entreprises informelles dans le temps. Il semble indispensable d’imaginer des dispositifs de collectes de données innovants permettant de suivre ces unités de production dans le temps / In developing countries, the complex interdependence of households, individuals and businesses makes the measurement of welfare dynamics challenging, especially over a long period, because economic activities are predominantly embedded in households. The context we have chosen, Madagascar between 1995 and 2005, is particularly interesting because it corresponds to an unprecedented period of growth interrupted only by a recession in 2002 due to a political crisis. Using urban, rural, cross-sectional and panel data, the three essays presented attempt to shed light on various aspects of welfare dynamics over a long period in Madagascar, with a special focus on the imbrication of productive activities, households and individuals. The first essay studies informal sector dynamics in Antananarivo with a special attention on its heterogeneous nature. The second measures the extent of the gender performance gap among informal entrepreneurs and explores the existence of gender-differentiated effects of sharing norms and the allocation of tasks within the household on the technical efficiency of enterprises. Finally, the third essay is a methodological contribution on the relevance of tracking movers in panel data collection in rural areas. Studying microenterprises within their family and social environment is necessary to fully grasp the constraints on productive activities. More research is necessary on the behavior and economic rationality of urban households. The lack of panel data on informal businesses limits what can be said on their demography, especially over a long period. There is a pressing need for innovative data collection devices which follow these production units over time

A Madagascar, la géographie et la démographie déterminent des besoins de santé particuliers. L’histoire a permis la création d’un système de soins moderne, que l’économie et la politique ont grandement affaibli. L’ethnologie a maintenu au fil du temps des pratiques de santé traditionnelles. La géographie de la santé fait le lien entre toutes ces disciplines. Ce travail est une plongée dans le milieu rural malgache. Madagascar est en effet resté un pays à prédominance rurale ; 75% de la population vit à la campagne où l’agriculture demeure la seule source de revenus des ménages. Le pays compte cent onze districts, entités administratives de référence ; ils marquent également l’échelle du découpage sanitaire. Deux districts ruraux, Mandritsara au Nord et Békily dans le Sud, sont retenus pour proposer une étude comparative des besoins de santé et du système de soins. Les besoins de santé sont largement dominés par les maladies infectieuses, au premier rang desquelles figure le paludisme. Il reste la cause d’une mortalité infantile élevée. Viennent ensuite la bilharziose, endémique, la tuberculose, maladie de la pauvreté puis toutes les infections de l’appareil digestif, diarrhées et autres dysenterie, parasitoses banales pour certaines, d’autres se montrant plus invalidantes. L’eau est un sujet de préoccupation permanent pour la population rurale ; cet élément vital peut rapidement se révéler létal. En cas d’excès, l’eau est un facteur favorisant le développement de certains germes ou autres vecteurs de maladies infectieuses. Si elle est insuffisante, apparaissent des problèmes majeurs d’hygiène publique. La malnutrition affecte les populations du Sud de Madagascar, qui deviennent à cet égard dépendantes de l’aide internationale. Le système de soins affiche des carences importantes, en terme de ressources humaines et d’accessibilité. A Mandritsara, une offre de soins privée pallie une partie des insuffisances du système public et une nouvelle offre de soins est en gestation : la formation de personnels paramédicaux. Le Sud semble vivre hors du temps ; les pratiques de santé traditionnelles y sont encore très largement répandues. / In Madagascar, geography and demography determine specific medical needs. History has permitted the creation of a modern health care system, which has greatly been weakened by economy and politics. Ethnology has maintained traditional medical practices. Health geography links up all these various disciplines. This work is an immersion in Malagasy rural environment. In fact, Madagascar is still mainly a rural country : 75 % of the population live in the country and agriculture remains the household only source of income. Madagascar is divided into one hundred and eleven administrative districts, which are sanitary divisions as well. Two rural districts, Mandritsara in the north and Békily in the south, have been chosen to make a comparative study of the medical needs and the health care system. On the whole, infectious diseases prevail and malaria ranks first. It is still the cause of high infant mortality. Bilharzia, which is endemic in Madagascar, comes next. After we find tuberculosis, the disease of poverty, and then all the infections of the digestive system, like diarrhea and dysentery, ordinary parasitosis or incapacitating ones. Water is a permanent cause for concern to the rural population. This vital element can quickly become lethal. The excess of water is a facilitating factor leading to the development of some germs or other infectious disease vectors. The lack of water causes major problems of public hygiene. People in the south of Madagascar suffer from malnutrition and get dependent on international aid. The health care system shows considerable deficiencies in terms of human resources and accessibility. In Mandritsara, a private health care service partly makes up for the inadequacies of the public system, and a new resource is emerging with the training of paramedics. The south seems to live in a different age : traditional health practices are still widely spread.

La diversité biologique de Madagascar est caractérisée par une richesse et une endémicité exceptionnelles. Ces caractéristiques motivent le classement de l'île parmi les zones vulnérables et nécessitent par ailleurs, la mise en place de mesures de protection particulières. Issues de l'adhésion aux conventions internationales relatives à l'environnement, les dispositions du droit malgache de la protection de la nature héritent aussi des mesures historiques internes. Ce droit embrasse un champ large d'application : autant les espèces de la faune et de la flore que les espaces à forte potentialité comme les aires protégées et les forêts. À l'examen des textes adoptés en la matière, l'administration centrale constitue un pilier de ce droit de la protection de la nature. De la Loi fondamentale aux dispositions législatives et réglementaires, les responsabilités sont attribuées majoritairement aux autorités centrales. De cette concentration des prises de décision au niveau central, il résulte que la protection de la biodiversité est tributaire de la stabilité du pouvoir et de la volonté réelle des dirigeants à œuvrer en faveur de cette protection. Afin de pallier ces problèmes, il a été décidé d'impliquer les communautés locales riveraines. Cette participation va au-delà de la simple concertation : elle prend place en amont lors de l'élaboration des mesures de protection et implique en aval une responsabilisation plus importante de ces communautés. Ce transfert des responsabilités des autorités centrales au profit des communautés locales permet alors d'instaurer un dialogue et de mettre en place des actions concertées dans la protection de la nature à Madagascar. / Madagascar is classified as one of the hotspots of natural biodiversity in the world because of its exceptional but endangered richness and endemicity of its fauna and flora. Implementing special measures to protect the remaining habitats in the island is very important. The Malagasy law on the protection of nature was built taking into account Malagasy historical measures and international conventions on environmental protection. It encompasses protection of species of any living organisms and habitats with high potentials such as protected areas and the forests. Texts adopted in this regard stipulate that the government plays a key role on environmental protection. From the Fundamental Law and the Regulations Act on environmental protection, responsibilities are assigned mainly to the central authorities. Thus, conservation of biodiversity in Madagascar depends on the political stability and the will of the leaders to preserve nature. Community-based conservation was one of the strategies adopted to solve this issue. This implies actions that would go beyond mere consultation, integrating the local community into projects of conservation. Developing more efficient protective measures and transferring greater responsibilities to the local communities by empowering them would allow better dialogs and develop concerted actions towards protection of the unique fauna and flora in Madagascar.

A Madagascar, la politique d’électrification rurale repose sur le partenariat entre les acteurs public et privé. Le modèle d’électrification y est essentiellement basé sur des systèmes décentralisés. De nos jours, ce secteur n’a pas encore prouvé sa pleine réussite. Le taux d’accès à l’électricité en zone rurale malgache demeure très faible. La plupart des recherches concernant l’efficacité des projets d’électrification porte sur les performances techniques et financières des systèmes de production. Très peu d’études s’intéressent aux questions relatives à l’impact socio-économique. La thèse vise à apporter une meilleure connaissance des mécanismes par lesquels l’électrification rurale joue sur le bien-être humain, dans le cadre d’une évaluation d’impact. L’analyse est abordée du point de vue de l’approche par les capabilités. L’exigence de ce cadre en termes de mesure des réalisations, et des réalisables qui ne sont pas supposés observables directement, demande une démarche méthodologique plus rigoureuse. Aussi, la thèse propose une combinaison d’approches différentes, qualitatives, quantitatives ainsi que de dynamique temporelle sur la base d’événements décrits par des enquêtes biographiques. La thèse met en évidence l’intérêt de resituer l’électrification rurale sur une trajectoire de vie autrement qu’un simple événement ponctuel. Les résultats révèlent que la hausse des capabilités constitue une condition nécessaire pour accéder à l’électricité. Cette source d’énergie renforce les capabilités des ménages ruraux en s’insérant dans une trajectoire de vie préétablie. Dans une moindre mesure, l’électrification rurale permet aux ménages pauvres d’initier une trajectoire ascendante. / In Madagascar, rural electrification policy is focused on the partnership between public and private actors. Decentralized system is mainly the model used to serve rural electricity needs. However, this sector hasn’t shown its full success. The rate of access to electricity remains very low in Malagasy rural area. Most research on the effectiveness of electrification projects concerns the technical and financial performances of production systems. Studies related to socio-economic impact are very few. The thesis aims to provide a better understanding on the mechanisms by which rural electrification influences human well-being, through an impact assessment. Evaluation is based on Sen’s capabilities framework. The empirical applications of this framework should provide more rigorous methodological approach. Therefore, a combination of different approaches, qualitative, quantitative and temporal dynamics is proposed. The thesis highlights the interest to place rural electrification on a life trajectory other than a one-time event. Results reveal that, the rise of capabilities is a condition for access to electricity. This energy enhances households’ capabilities by inserting in a predetermined trajectory. Findings demonstrate, to a lesser extent, that rural electrification allows poor households to initiate an upward trajectory.

La chromoblastomycose (CBM) et la sporotrichose (SPT) sont des infections fongiques chroniques des tissus sous-cutanés. Elles touchent surtout les membres, après blessure végétale ou souillure tellurique. Les principaux agents fongiques responsables de CBM appartiennent aux genres Fonsecaea et Cladophialophora tandis que Sporothrix est à l’origine de la SPT. A Madagascar, les études menées entre 1955 et 1994 ont montré une prévalence de la CMB à 0,5/100 000 habitants faisant considérer ce pays comme le premier foyer mondial. Depuis, aucune donnée n’a permis d’actualiser ces observations. Malgré les nombreux cas de SPT observés par les médecins, son épidémiologie à Madagascar n’a jamais été décrite.L'objectif général était d'évaluer l’incidence actuelle de ces mycoses à Madagascar. Les objectifs spécifiques étaient de caractériser les espèces fongiques responsables et de mettre en place un réseau clinico-biologique pérenne permettant une gestion adaptée des patients et l’utilisation de méthodes moléculaires pour l’identification des souches.Une étude prospective conduite entre mars 2013 et juin 2017 a donné lieu à des consultations dans les régions ou dans le service de dermatologie de l’hôpital universitaire d’Antananarivo et a permis d’inclure des patients présentant des lésions sous-cutanées chroniques. Les méthodes conventionnelles de diagnostic mycologique ont été complétées par des méthodes moléculaires (PCR, séquençage, MALDI-TOF-MS). Les cas ont été classés au cours de réunions de concertation clinico-biologique.Au total, 148 patients d’âge moyen de 41 ans avec une prédominance d’hommes (75,0%) ont été inclus : 63 cas de SPT (42,5%) et 50 cas de CBM (33,8%) ont été confirmés. L’incidence annuelle de le CBM a été estimée à 0,38/100 000 habitants dans la région Sava au Nord où les cas prédominent avec au niveau du district Anosibe An’Ala (à l’Est) une incidence maximale de 1,12/100 000. Alors que la CBM était prédominante dans le Nord-Est, l'Est et le Sud de l'île, étonnamment, la SPT était presque exclusivement localisée sur les hautes terres centrales. L’incidence globale moyenne de SPT était de 0,17/100 000 habitants dans les hauts plateaux et de 0,07/100 000 pour l’ensemble de Madagascar. Pour la SPT, le risque est plus élevé chez les jeunes (< 18 ans) et les formes cutanéo-lymphatiques des membres supérieurs sont les plus fréquentes. Pour la CBM, le risque de contamination est élevé chez les agriculteurs et les professions de services et la majorité des lésions (82,9%) était localisée au niveau des membres inférieurs. Sur le plan mycologique, 63 Sporothrix schenckii, 7 Cladophialophora carrionii, 29 Fonsecaea sp dont 22 F. nubica ont été identifiés. Pour le genre Fonseceae, l’identification de l’espèce nubica remplace l‘espèce pedrosoi initialement proposée pour les isolats malgaches et souligne l’importance de l’identification moléculaire pour une classification précise des espèces.Cette première étude sur la SPT humaine à Madagascar a permis d’actualiser les données épidémiologiques mondiales et de classer Madagascar avec un niveau endémique modéré alors qu’il était considéré comme faible jusque-là. La CBM persiste à une incidence élevée et comparable à celle décrite jusqu’en 1994, illustrant l’absence de contrôle de cette mycose dans le pays. La constitution d’un réseau clinico-biologique local stable et les nouveaux outils diagnostics mis en place dans ce travail (PCR et le MALDI-TOF MS), vont faciliter la conduite de programmes de surveillance et de contrôle alors que l’OMS a récemment classé la CBM en maladie tropicale négligée. Une enquête environnementale est en cours pour détecter les sources de contamination dans l’environnement. Le réseau mis en place permettra dans un futur proche de nouvelles études thérapeutiques (nouveaux schémas thérapeutiques) ou génétique (facteurs d’hôtes) sur la CBM et SPT mais également sur d’autres mycoses endémiques et encore négligées à Madagascar / Chromoblastomycosis (CBM) and sporotrichosis (SPT) are chronic subcutaneous or cutanéo-lymphatic infections found mostly in tropical and subtropical regions. Studies carried out by the Institut Pasteur of Madagascar between 1955 and 1994 provided an inventory of the number of cases of CBM and identified this country as the leading focus of this mycosis worldwide. Mean incidence was estimated at about 0.5/100,000 inhabitants at the time. No new data have been obtained to update the epidemiological situation. About SPT, only sporadic cases have been reported in Madagascar, due to the absence of specific surveillance. CBM is usually caused by dematiaceous fungi, principally Fonsecaea spp. and Cladophialophora spp. The causal agent of SPT is Sporothrix schenckii, a dimorphic hyphomycete.The objectives of this study was to update the data on epidemiology and to evaluate the current burden of these two fungal infections. In addition, we aimed to set up a durable local bio-clinical network and to implement molecular tools to ensure reliable species identification (PCR, sequencing, mass spectrometry).A prospective study, involving the recruitment of patients with suspect lesions was undertaken from March 2013 to June 2017. Patients were included in the dermatology department of the univerity hospital of Antananarivo and through field campaigns in rural areas. Clinical samples were collected and analyzed with conventional mycological methods and molecular tools. Classification of the cases was achieved by the confrontation of mycological and clinical features.Among the 148 patients (mean age 41; male 75.0%): 63 SPT cases (42.5%) and 50 CBM cases (33.8%) were diagnosed. The highest annual incidence of CBM was estimated at 0.38/100,000 inhabitants in the Sava region located to the north. At the district level, the peak incidence was 1.12/100,000 at Anosibe An’Ala, eastern part of the country. Whereas CBM predominated at the periphery of the island, SPT was surprinsgly concentrated in the highlands where the mean incidence was 0.17/100,000 inhabitants. The incidence in the whole country was 0.07/100,000. SPT likelihood of infection was higher in young (<18 years) and the cutaneo-lymphatic forms of the upper limbs were the most frequent. For CBM, farmers and service workers were at high risk and the lesions were mostly (82.9%) located to the lower limbs. The mycological analyses revealed 63 strains of Sporothrix schenckii, 7 of Cladophialophora carrionii, 29 of Fonsecaea sp including 22 F. nubica. F. nubica identification corrected the one of F. pedrosoi previously found in Madagascar, highlighting the need for a molecular analysis of the strains.This is the first study describing human SPT in Madagascar. The SPT burden can now be considered as moderate instead of low as it was described before. It reveals an unexpected concentration of the patients in the central highlands. CBM burden was found at a high level, regrettably similar to the one described 20 years ago, showing the lack of control of this infection. The implementation of a durable bio-clinical network and of the new molecular tools (PCR et le MALDI-TOF MS) developed in this work will easy the development of surveillance programs, especially as the WHO recently added CBM in the neglected tropical diseases list. The network that was built for this work will be used for further therapeutic trials on new schedules of treatment, new drugs or new formulations as well as genetic studies about predisposing factors of CBM and SPT and others deep fungal infections that are still neglected in Madagascar. Yet, an environmental survey is ongoing to describe the sources of contamination.

L’émergence et la dissémination des bactéries résistantes aux antibiotiques sont préoccupantes. L’infection causée par les bactéries multi-résistantes (BMR) aggrave le pronostic des malades infectés et augmente les dépenses liées à leur prise en charge. Parmi les BMR, les bactéries à Gram négatif (BGN), plus particulièrement les entérobactéries productrices de béta-lactamase à spectre étendu (E-BLSE) sont les plus fréquemment isolées. La résistance aux antibiotiques pourrait avoir un impact sur la morbidité et la mortalité dans les pays à revenu faible ou intermédiaire (PRFI) en raison du potentiel d’émergence et de diffusion de bactéries résistantes aux antibiotiques, et du fardeau des infections bactériennes dans ces pays. Cependant, les données sur la résistance bactérienne sont rares et très majoritairement hospitalières dans les PRFI. De plus, dans ces pays, les infections bactériennes néonatales sévères (septicémies, pneumonies et méningites) représentent encore les principales causes de décès chez les nouveau-nés. Les entérobactéries sont majoritairement responsables de ces infections néonatales. Ainsi, investiguer la transmission d'E-BLSE chez le nouveau-né permettrait de proposer des stratégies de prévention. Ce travail de recherche s’est appuyé sur le programme BIRDY (Bacterial Infections and antibiotic Resistant Diseases among Young children in low-income countries). Le premier objectif était d’estimer la prévalence de la colonisation par des E-BLSE chez les femmes enceintes à Madagascar ainsi que les facteurs favorisant cette colonisation. Les résultats ont montré une prévalence globale de colonisation de 18.5% [IC à 95% 14.5-22.6]. Des facteurs reflétant un niveau socioéconomique plus élevé comme l’accès privatif à l’eau de boisson et avoir une maison individuelle sont associés à la colonisation. Le second objectif de ce travail était d'étudier l'incidence de la première colonisation par des E-BLSE chez les nouveau-nés en milieu communautaire et d'identifier les facteurs de risque d'acquisition. Les résultats révèlent une incidence globale d'acquisitions d'E-BLSE de 10.4 pour 1000 nouveau-nés-jours [IC à 95% : 8.0; 13.4]. Par ailleurs, nous avons mis en évidence que le faible poids à la naissance HR ajusté 2.7 [IC à 95% 1.2 ; 5.9], l'accouchement par césarienne HR ajusté 3.4 [IC à 95% 1.7 ; 7.1], la prise maternelle d'antibiotique à l'accouchement HR ajusté 2.2 [IC à 95% 1.1 ; 4.5] étaient des facteurs de risque d'acquisition d'E-BLSE. Le troisième objectif était de documenter les infections néonatales. Nous avons trouvé une incidence d'infections néonatales de 30.6 cas pour 1000 naissances vivantes [IC à 95%: 23.4 ; 40.1].Nos résultats montrent que les mesures de santé publique devraient axer sur l’amélioration de la prise en charge de la grossesse et sur le diagnostic précoce des infections néonatales. / The emergence and spread of antibiotic-resistant bacteria is a concern. Infection caused by multidrug-resistant bacteria (MDR) worsens the prognosis of infected patients and increases the costs associated with their management. Among the MDRs, Gram-negative bacteria (GNB), especially extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae (ESBL-PE) are the most frequently isolated. Antibiotic resistance may have an impact on morbidity and mortality in low- and middle-income countries (LMICs) because of the potential for emergence and spread of antibiotic-resistant bacteria, and the burden of bacterial infections in these countries. However, data on bacterial resistance are scarce or came from the hospital, for the great majority, in LMICs. In these settings, severe neonatal bacterial infections (sepsis, pneumoniae and meningitis) still represent the leading causes of death in newborns. Enterobacteriaceaeare responsible for a great part of these neonatal infections. Thus, investigating the transmission of ESBL-PE in newborns would make it possible to propose prevention strategies. This work was based on the BIRDY program (Bacterial Infections and Antibiotic Resistant Diseases among Young Children in Low-Income Countries). The first objective was to estimate the prevalence of colonization by ESBL-PE in pregnant women in Madagascar as well as the risk factors of this colonization. The results showed an overall colonization prevalence of 18.5% [95% CI 14.5-22.6]. Factors reflecting a higher socioeconomic level such as private access to drinking water and having a house are associated with colonization. The second objective of this work was to study the incidence of ESBL-PE colonization in community-based infants and to identify acquisition risk factors. The results reveal an overall incidence of ESBL-PE acquisition of 10.4 per 1000 newborn-days [95% CI: 8.0; 13.4]. In addition, we found that low birth weight adjusted HR 2.7 [95% CI 1.2; 5.9], cesarean section delivery adjusted HR 3.4 [95% CI 1.7; 7.1], maternal intake of antibiotic at delivery adjusted HR 2.2 [95% CI 1.1; 4.5] were risk factors for the acquisition of ESBL-PE. The third objective was to document neonatal infections. We found an incidence of neonatal infections of 30.6 cases per 1000 live births [95% CI: 23.4; 40.1]. Our results suggest that public health measures should focus on the improvement of pregnancy follow-up and early diagnosis of neonatal infections.

En économie du développement, la culture d’évaluation s’est renforcée pour mieux orienter l’aide vers les actions qui ont démontré la preuve de leur efficacité. Dans ce contexte aux pratiques renouvelées, un essor des méthodes expérimentales s’est fait jour dans le domaine de l’évaluation, notamment à travers la méthode des évaluations aléatoires qui est fortement promue par le laboratoire J-PAL, et notamment par Esther Duflo. Contribuant empiriquement à la constitution d’un « fonds scientifique capitalisable » grâce aux connaissances mises à jour, mais comportant des failles persistantes, nous procédons dans cette thèse à une analyse critique de la méthode, avec l’appui d’une récente littérature économique française et anglophone.De plus, nous avons mené une enquête par questionnaire auprès de parents d’élèves du primaire à Madagascar, notre terrain d’étude. Pour la réaliser, nous nous sommes basés sur une évaluation aléatoire qui avait été menée dans ce pays par une doctorante affiliée au J-PAL, et qui concluait à un impact positif d’un traitement à base d’information statistique sur les rendements de l’éducation, délivrée aux parents d’élèves du primaire. En reproduisant ce traitement dans notre enquête, nous avons voulu savoir si l’on pouvait aboutir à des résultats similaires bien que la méthode employée varie. Nous retrouvons globalement les conclusions de l’auteure de l’évaluation aléatoire, bien que nous utilisions une méthode moins purement quantitative. / In development economics, the culture of evaluation is being strengthened to specify which development actions could be effective, and thus allows a better targeting of aid on the actions that have proven their effectiveness. Within this context of renewed practices, an expansion of experimental methods in the evaluation field has emerged, in particular through the method of randomized evaluations strongly promoted by the J-PAL laboratory, particularly by the emblematic figure of Esther Duflo. Contributing empirically to the composition of a « scientific capitalizable fund » thanks to the updated knowledge, but still including persistent limits, we set into this thesis about a critical analysis of this method, with the mobilization of some recent French and English economic literature.Moreover, we conducted a questionnaire survey to primary school pupils’ parents in Madagascar, our field study. To carry out it, we used a randomized evaluation that had been conducted in this country by a PhD student affiliated with the J-PAL and whose finding was the positive effect of some statistical information treatment on returns to education towards primary school pupils’ parents. By reproducing this treatment in our study, we wanted to know whether it was possible to achieve similar results even though the applied method varies. It’s globally matching up with the conclusions of the author of the randomized evaluation, even if we use a less purely quantitative method.

En 1996, l'État malgache promulguait la loi 96-025 (loi GELOSE) qui vise à transférer la gestion de certaines ressources naturelles renouvelables aux communautés locales aux moyens de contrats négociés. La stratégie juridique adoptée dans la loi 96-025 est innovatrice à plusieurs égards: elle consiste en une approche de contractualisation du droit, le recours à des médiateurs environnementaux ainsi que l'intégration du droit traditionnel dans le droit étatique. Ce dernier aspect se traduit par l'utilisation du Dina , une convention locale traditionnelle, dans les contrats de . transfert de gestion. Cette intégration des Dina dans la loi 96-025 repose sur le postulat que la dégradation des ressources naturelles est liée à la concurrence sur le terrain de deux systèmes juridiques, l'un moderne et l'autre traditionnel, qui aboutirait à une situation de libre accès. En utilisant les Dina, les ~utorités étatiques prétendent réconcilier le ± légal¿ et le ±légitime¿ et favoriser ainsi une gestion durable de ces ressources. À partir d'une recherche terrain de six mois à Madagascar, qui a permis de réaliser quarante entrevues avec des acteurs privilégiés de la mise en oeuvre de la loi 96-025 et de recueillir trente-deux Dina GELOSE, nous entendons d'abord démontrer que l'utilisation des Dina dans la loi 96-025 n'a pas favorisé une plus grande légitimité des normes environnementales en raison de leur décalage avec les modes de régulation locale, d'une coordination étatique insuffisante de la mise en oeuvre de la loi 96-025 et d'un manque de résonance du développement durable. Dans la deuxième partie de notre thèse, nous nous intéresserons aux conditions de légitimité des normes environnementales dans un contexte juridique pluraliste et marqué par la mondialisation. Privilégiant une approche postmoderne du droit qui s'intéresse au droit étatique en interaction avec le droit local et le droit iritemational, nous proposons trois conditions complémentaires pour construire des règles juridiques légitimes, à savoir, un ancrage local des normes environnementales, une coordination étatique effective de leur mise en oeuvre et enfin, la solidarisation des populations locale's à l'égard des enjeux environnementaux planétaires, tel qu'énoncés par le droit rnternational.