Le développement de thérapies ciblées est un enjeu majeur en santé et l’essor des nanovecteurs permet de répondre à ces besoins cliniques. Le premier axe de cette thèse est consacré à l’étude du potentiel thérapeutique de nanoparticules multifonctionnelles pour l’imagerie médicale, la thérapie photothermique et la délivrance de drogue pour le traitement du cancer. Le deuxième axe de recherche s’oriente vers le ciblage thérapeutique actif. L’entreprise NanoMedSyn a pour objectif de développer un ciblage actif du récepteur du mannose 6-phosphate, permettant un meilleur adressage des médicaments et des traitements plus efficaces. Ce type de ciblage peut avoir des retombées multiples pour la thérapie anticancéreuse mais également pour la thérapie des maladies lysosomales qui sont des maladies génétiques rares. NanoMedSyn développe des dérivés synthétiques de glycovecteurs innovants, appelés AMFA, qu’elle exploite en exclusivité. Les AMFA ont une bonne affinité pour le récepteur du mannose 6-phosphate et ont été greffés sur des nanoparticules multifonctionnelles dans le but d’améliorer l’adressage et la thérapie photodynamique biphotonique d’un cancer pédiatrique : le rhabdomyosarcome ; et sur des enzymes lysosomales pour le traitement de maladies lysosomales telle que la maladie de Pompe. / The development of targeted therapies is a major health issue and the rise of nanovectors makes it possible to meet these clinical needs. The first approach of this thesis is dedicated to the study of the therapeutic potential of multifunctional nanoparticles for medical imaging, photothermal therapy and drug delivery in cancer treatment. The second line of research focuses on active therapeutic targeting. The NanoMedSyn company aims to develop an active targeting of the mannose 6-phosphate receptor, allowing a better addressing of drugs and more effective treatments. This type of targeting may have multiple benefits for cancer therapy but also for the treatment of the lysosomal diseases which are rare genetic diseases. NanoMedSyn develops innovative synthetic derivatives of glycovectors, called AMFA, which it exploits exclusively. AMFA have a good affinity for the mannose 6-phosphate receptor and have been grafted on multifunctional nanoparticles in order to improve addressing and two-photon photodynamic therapy of a pediatric cancer: the rhabdomyosarcoma; and on lysosomal enzymes for the lysosomal diseases treatment such as for Pompe disease.

Les bactéries pathogènes intracellulaires manipulent les fonctions de la cellule hôte en sécrétant des facteurs de virulence (qu'on appelle effecteurs) dans le cytoplasme de la cellule infectée. Ce processus permet au pathogène de proliférer dans un environnement autrement hostile. L'identification et la caractérisation des effecteurs spécifiques des divers agents pathogènes est donc d'une importance cruciale pour contrer les infections bactériennes. Coxiella burnetii est un agent pathogène à Gram négatif de classe 3, responsable de la Fièvre Q, une zoonose qui entraîne des épidémies majeures, avec un fort impact sur l'économie et la santé. Les réservoirs naturels de Coxiella sont principalement les animaux d’élevage qui peuvent contaminer l’environnement en excrétant la bactérie principalement dans les produits de parturition, le mucus vaginal et les fèces. L’Homme s’infecte ensuite par inhalation de pseudo-spores disséminées dans l’environnement. La nature intracellulaire obligatoire de Coxiella a jusqu'ici sévèrement limité son étude et par conséquent, les facteurs de virulence bactériens impliqués dans le développement et la progression de l'infection restent encore largement inconnus. Coxiella se réplique à l'intérieur des cellules hôtes dans une grande vacuole présentant des caractéristiques autolysosomales. Le développement de la vacuole et la survie de Coxiella dans la cellule hôte sont dépendants de la translocation des effecteurs bactériens par un système de sécrétion de type 4 (SST4) Dot/Icm et de la manipulation de nombreuses voies de trafic et de signalisation de la cellule hôte par ces derniers. Notre équipe a généré et criblé la première banque de mutants par transposition de Coxiella, menant ainsi à l'identification d'un nombre important de potentiels déterminants de virulence et de protéines effectrices. Mon projet de thèse est basé sur la caractérisation de deux effecteurs de Coxiella, CvpF et AnkA, provenant de la banque de mutants générée par l’équipe. Les mutants de ces effecteurs présentent des phénotypes de défaut de réplication intracellulaire et de développement de vacuole. Ici, nous démontrons que l’effecteur CvpF est un substrat du système de sécrétion de type 4 Dot/Icm qui localise aux vacuoles contenant Coxiella (CCV). CvpF est également capable d'interagir avec Rab26, conduisant au recrutement du marqueur autophagosomal LC3B aux CCV. Les mutants de cvpF présentent un défaut de réplication in vitro et in vivo, suggérant que le détournement de l'autophagie par cet effecteur est crucial pour la virulence de Coxiella. Comme pour les mutants de cvpF, les mutants ankA présentent le même défaut de réplication in vitro et la protéine AnkA est un substrat du SST4. L'effecteur AnkA contient des motifs de répétition Ankyrin localisés sur son domaine N-terminal. La bactérie induit une hyperfusion des mitochondries de manière dépendante du SST4 et spécifique de l’effecteur AnkA. Nos résultats montrent que AnkA interagit avec Drp1, une protéine motrice impliquée dans la fission mitochondriale et que cette interaction ainsi que l’hyperfusion des mitochondries seraient dépendant du domaine contenant les répétitions Ankyrine. Le mécanisme par lequel AnkA agit sur Drp1 reste à déterminer. Cependant, les effets observés sur la mitochondrie suggèrent que la manipulation de l’organelle par la bactérie promeut le développement de la vacuole et la réplication intracellulaire du pathogène. En conclusion, notre recherche suggère fortement que de nombreux effecteurs de Coxiella manipulent les voies des cellules hôtes pour assurer le développement intracellulaire efficace de ce pathogène. / Intracellular pathogenic bacteria manipulate host cell functions by secreting virulence factors (known as effectors) into the cytoplasm of the infected cell. This process allows the pathogen to proliferate in an otherwise hostile environment. The identification and characterization of the specific effectors of the various pathogens is therefore of crucial importance to counteract bacterial infections. Coxiella burnetii is a Class 3 gram-negative pathogen that causes Q fever, a zoonosis that causes major epidemics with a high impact on the economy and health. The natural reservoirs of Coxiella are mainly farm animals that can contaminate the environment by excreting the bacteria mainly in parturition products, vaginal mucus and feces. Human is then infected by inhalation of pseudo-spores disseminated in the environment. The obligate intracellular nature of Coxiella has so far severely limited its study, and as result, bacterial virulence factors involved in the development and progression of infection remain largely unknown. Coxiella replicates within host cells in a large vacuole with autolysosomal characteristics. The development of vacuole and survival of Coxiella in the host cell depend on the translocation of bacterial effectors by the type 4 Dot / Icm secretion system (SST4B) and the manipulation of many trafficking and signaling pathways of the host cell. Our team has generated and screened the first library of Coxiella transposon mutants, leading to the identification of a significant number of candidate virulence determinants and effector proteins. My thesis project is based on the characterization of two effectors of Coxiella, CvpF and AnkA, from the mutant library generated by the team. Mutants of these effectors exhibit defect in intracellular replication and vacuole development phenotypes. Here, we demonstrate that the effector CvpF is a substrate of the SST4B that localizes to vacuoles containing Coxiella (CCV). CvpF is also able to interact with Rab26, leading to the recruitment of the LC3B autophagosomal marker to CCV. cvpF mutants exhibit in vitro and in vivo replication deficiencies, suggesting that diversion of autophagy by this effector is crucial for Coxiella virulence. As for cvpF mutants, ankA mutants show the same in vitro defect of replication and the protein AnkA is a substrate of the SST4. AnkA contains Ankyrin repetition patterns located on its N-terminal domain. The bacterium induces an AnkA-dependent hyperfusion of mitochondria. Our results show that AnkA interacts with Drp1, a motor protein involved in mitochondrial fission, and that this interaction as well as mitochondrial hyperfusion is dependent on the domain containing Ankyrin-repeat motifs. The mechanism by which AnkA acts on Drp1 remains to be determined. However, the observed effects on mitochondria suggest that the organelle's manipulation by the bacterium promotes the development of the vacuole and the intracellular replication of the pathogen. To conclude, our research strongly suggests that multiple Coxiella effectors manipulate host cell pathways to ensure the efficient intracellular development of this pathogen.

Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), qui comprennent les deux principales formes, la maladie de Crohn (MC) et la rectocolite hémorragique (RCH), sont caractérisées par une inflammation chronique et récurrente de la muqueuse intestinale, ayant un impact considérable sur la qualité de vie. À l'heure actuelle, la prise en charge thérapeutique de la MC n'est pas curative et un tiers des patients ne réagissent pas aux traitements biologiques et aux immunosuppresseurs. Par conséquent, de nouvelles stratégies pour traiter cette maladie sont fortement attendues. La dérégulation de l'interaction entre d'une part les facteurs génétiques et le système immunitaire de l'hôte, et d'autre part le microbiote intestinal et les facteurs environnementaux, est impliquée dans le développement des MICI. Cette perturbation entraîne effectivement une augmentation de la perméabilité intestinale et une inflammation persistante. Restaurer le microbiote «dysbiotique» et les fonctions intestinales altérées représentent donc une thérapeutique alternative intéressante. De ce fait, les probiotiques sont une option intéressante et ont été utilisés avec succès chez des patients souffrant de pouchite et de RCH. Cependant, leur effet protecteur est clairement souche-dépendant et plusieurs souches probiotiques bien connues n’ont pu conduire à un résultat clinique probant, en particulier chez les patients souffrant de MC. Le décryptage des mécanismes moléculaires sera donc la clé pour permettre une recommandation efficace des probiotiques dans le traitement ou la prévention des MICI. La sélection de souches basée sur des critères de sélection bien définis et en utilisant des modèles bien maitrisés est indispensable à ce processus. L'objectif principal de cette thèse était de sélectionner des lactobacilles et des bifidobactéries parmi une collection de souches françaises et libanaises, capables de présenter des propriétés protectrices contre les MICI, en se concentrant sur leurs capacités immuno-régulatrices et leurs capacités à renforcer la barrière épithéliale. Des approches in vitro ont été utilisées pour sélectionner des souches ayant une activité anti-inflammatoire et également capables d'améliorer la fonction de la barrière intestinale. Cinq souches ont été identifiées présentant des caractéristiques différentes, mais avec un potentiel thérapeutique élevé. Deux souches se sont révélées hautement protectrices dans deux modèles différents de colite aiguë et de colite de bas grade. Nos résultats ont confirmé en outre l'hypothèse selon laquelle la capacité des souches à atténuer l'inflammation est en partie due à l'amélioration de la barrière intestinale et à la restauration des protéines de jonction serrés.Un nombre croissant d’études génétiques ont prouvé que l’autophagie peut affecter plusieurs aspects de la réponse immunitaire des muqueuses, notamment via l’élimination de bactéries intracellulaires, la sécrétion de peptides antimicrobiens, la production de cytokines pro-inflammatoires et la présentation des antigènes. Par conséquent, l'autophagie peut être considérée comme un mécanisme de régulation clé impliqué dans la physiopathologie de la MC. Nous avons donc évalué la capacité des souches à activer cette voie et montré que les souches sélectionnées étaient en effet capables d’induire une activation de l’autophagie dans des cellules dendritiques murines. Nous avons démontré in vitro que le blocage de l'autophagie pouvait diminuer la capacité des souches à induire la sécrétion d'IL-10, cytokine anti-inflammatoire et, inversement, à exacerber la sécrétion d'IL-1β, cytokine pro-inflammatoire. Nous avons pu confirmer, à l'aide d'un modèle murin de colite, que la capacité protectrice d’une souche impliquait la machinerie autophagique, et nous avons pu mettre en évidence le rôle des cellules dendritiques dans ce processus [...] / Inflammatory bowel disease (IBD), including the two main types, Crohn’s disease (CD) and ulcerative colitis (UC), is characterized by chronic, relapsing inflammation of the gut mucosa with considerable impact on the quality of life. At present, the therapeutic management of CD is not curative and one third of patients fails to respond to current biologicals and immunosuppressive drugs. Therefore new strategies for treating this disease are imperative.The deregulation of the normal interplay between the genetics and immune system of the host on the one hand, and the gut microbiota and environmental factors on the other hand, is known to be associated with the development of IBD, as this disturbance is leading to increased intestinal permeability and persistent inflammation. Restoring the “dysbiotic” microbiota and the impaired intestinal functions represent an attractive therapeutic alternative. Probiotics represent therefore an interesting option and have been used quite successfully in patients suffering from pouchitis and UC. However, their protective effect is clearly strain-dependent and several well-known probiotic strains failed to fulfill the expected clinical outcome, especially when applied in CD. Deciphering the molecular mechanisms will be the key to the recommendation of probiotics for the treatment or prevention of IBD. Selecting strains on well-defined selection criteria and using well-studied models is indispensable to this process.The main objective of this thesis was first to select lactobacilli and bifidobacteria from a collection of French and Lebanese strains that exhibited protective properties against IBD, focusing on their immunoregulatory capacities and their capacities to strengthen the epithelial barrier.In vitro approaches were used to select strains with anti-inflammatory activity and also able to enhance intestinal barrier function. Five strains were identified with different characteristics, but entailing a high potential for the management of IBD. Two strains, e.g. were found to be highly protective in two different models of acute and low grade colitis. Our results furthermore support the hypothesis that the capacity of the strains to alleviate inflammation is in part mediated by the improvement of the intestinal barrier and the restoration of tight junction proteins.A growing number of genetic studies provided strong evidence that autophagy machinery can affect several aspects of the mucosal immune response, including intracellular bacterial killing, antimicrobial peptide secretion, pro-inflammatory cytokine production and antigen presentation. Therefore, autophagy can be considered as a key regulator mechanism most likely involved in the physio-pathogenesis of CD.We therefore evaluated the capacity of the strains to activate this pathway and showed that the selected strains were indeed able to induce autophagy activation in dendritic cells. We demonstrated in vitro that blocking the autophagy machinery can abolish the capacity to induce the secretion of the anti-inflammatory cytokine IL-10 after immune cell stimulation, while exacerbating the secretion of the pro-inflammatory cytokine IL-1β. We could confirm, using a murine model of colitis, that the protective capacity of the selected strains indeed involves autophagy mechanisms, and we could highlight the role of dendritic cells in this process. We therefore propose here that autophagy is a novel mechanism through which probiotics can exhibit their immunoregulatory capacities.

No description available.

L’identification des mutations génétiques impliquées dans les maladies rares est un prérequis pour mieux les comprendre, les traiter et accompagner les patients. Pour se faire, des modèles animaux présentant des maladies spontanées homologues aux maladies humaines sont très prometteurs. Le chien développe spontanément des maladies génétiques, rares chez l’Homme, mais fréquentes dans certaines races de chiens, ce qui simplifie les analyses génétiques. Ma thèse a porté sur deux maladies neurologiques : l’épilepsie et la neuropathie. Pour l’épilepsie, l’objectif était d’identifier des variants génétiques à partir de données de génotypage et de séquençage de génomes complets de deux races canines prédisposées. Un locus lié à la maladie a été identifié dans une race et des variants ponctuels et structuraux candidats ont été identifiés dans les deux races et sont en cours de validation par séquençage ciblé. Pour la neuropathie, l’équipe avait identifié une mutation en amont du gène GDNF, responsable d’une neuropathie sensitive chez des chiens de chasse. J’ai participé à la validation fonctionnelle de cette mutation. De plus, GDNF étant un excellent gène candidat pour les neuropathies humaines, j’ai séquencé ce gène chez 111 patients et extrait les variants de GDNF d’une base de données d’exomes et de génomes de plus de 600 patients. J’ai ainsi identifié 21 variants rares ou inconnus et les ai priorisé selon leurs impacts prédits in silico. Ces deux projets, alliant analyses génétiques, génomiques et fonctionnelles, chez l’homme et le chien, montrent le potentiel du chien pour l’identification de gènes candidats dans des maladies rares et/ou complexes chez l’Homme. / The identification of genetic mutations involved in rare diseases is a prerequisite for a better understanding, therapies and care to patients. To this aim, animal models declaring spontaneous diseases, homologous to human diseases are very promising. Dogs spontaneously develop genetic diseases, rare in humans, but frequent in some dog breeds, which simplifies the genetic analyzes. My thesis focused on two neurological diseases: epilepsy and neuropathy. For epilepsy, the goal was to identify genetic variants from genotyping data and sequencing of whole genome of dogs from two predisposed breeds. A disease-related locus has been identified in one breed and candidate point mutations and structural variants were identified in the two breeds and are being validated by targeted sequencing. For neuropathy, the team previously identified a mutation upstream of the GDNF gene, responsible for sensory neuropathy in hunting dogs. I participated to the functional validation of this mutation. In addition, GDNF being an excellent candidate gene for human neuropathies, I sequenced this gene in 111 patients and extracted GDNF variants from a database of exomes and genomes from more than 600 patients. I identified 21 rare or unknown variants and prioritized them according to their in silico predicted impacts. These two projects, combining genetics, genomics and functional analyses, in humans and dogs, show the dog's potential for identifying candidate genes in rare and / or complex diseases in humans.

Introduction :Les pays à bas et moyens revenus (PBMR) traversent une phase de transition nutritionnelle qui s’accompagne d’un accroissement rapide des pathologies cardio-métaboliques et de leurs facteurs de risque, à l’instar de l’obésité chez l’adulte, alors que la sous-nutrition prédomine encore largement chez l’enfant dans ces régions. Ce double fardeau de malnutrition constitue un problème majeur de santé publique. D’après la théorie des origines développementales des maladies chroniques non transmissibles (MNT), ces 2 fardeaux seraient étroitement liés de manière causale. L’objectif de notre étude était de retracer ses sujets avec antécédents de malnutrition aiguë sévère (MAS) durant l’enfance, d’évaluer leur devenir à long terme sur le plan socio-économique, cognitif et sanitaire, et enfin de rechercher les différents marqueurs cardio-métaboliques des MNT. Tout cela en vue d’établir une association entre MAS durant l’enfance et différentes MNT (Hypertension, diabète, obésité, dyslipidémies et composition corporelle) ainsi qu’avec le statut sociodémographique et économique à l’âge adulte, dans un contexte sans transition nutritionnelle.Méthodologie :Les dossiers de sujets admis pour MAS entre 1988 et 2007 ont été extraits des archives de l'hôpital pédiatrique de Lwiro (HPL), au Sud-Kivu, en République Démocratique du Congo (RDC). Entre décembre 2017 et avril 2019, nous avons entrepris d'identifier ces sujets dans les zones de santé de Miti-Murhesa et Katana. Les sujets d’étude ont été identifiés à partir de la base de données de l'HPL. Ils ont ensuite été recherchés dans leurs villages d’origine. Ils ont alors été répartis en quatre catégories (vivant dans le village ou ses environs, décédé, déplacé ou perdu de vue). Pour chaque ancien malnutri retrouvé, un non-exposé communautaire a été choisi de manière aléatoire pour une comparaison. Nos résultats d’intérêt étaient prioritairement les MNT incluant le syndrome métabolique, l’hypertension artérielle, l’obésité globale, l’obésité viscérale, le diabète sucré, les dyslipidémies ainsi que la composition corporelle évaluées par leurs différents marqueurs cliniques et biologiques et, accessoirement, l’atteinte rénale à travers le taux de créatinine sérique. Secondairement, nous avons évalué le capital humain à travers le niveau socio-économique (déduit à partir de la scolarité, la profession et les conditions de vie), l’estime de soi, les troubles cognitifs ainsi que les incapacités quotidiennes sur le plan relationnel et fonctionnel liés à l’état de santé. Il est signalé cependant qu’au moment de la reconstitution de la cohorte, nous avons récolté des données relatives à la survie (et son corolaire la mortalité et ses causes) ainsi que l’état nutritionnel à long terme.Résultats :Un total de 1981 dossiers des sujets admis pour MAS de 1988 à 2007 a été extrait des archives de l’HPL. L’âge médian à l’admission était de 41 mois. Six cents sujets ont été retrouvés et 201 sujets sont décédés. Soixante-cinq virgule six pourcents des sujets décédés avaient ≤10 ans lors de leur mort. Cinquante-neuf virgule deux pourcents de décès sont survenus dans les 5 ans ayant suivi la sortie de l’hôpital. Les principales causes de décès étaient le paludisme (14,9%), le kwashiorkor (13,9%), les infections respiratoires (10,4%) et les maladies diarrhéiques (8,9%). Comparés aux non exposés, les exposés avaient un faible poids (-1,7 kg, p=0,001), une petite taille [assise (-1,3 cm, p=0,006) et debout (-1,7 cm, p=0,003)], une longueur moindre des jambes (-1,6 cm, p=0,002) et un petit périmètre brachial (-3,2 mm, p= 0,051). Aucune différence n’a été observée en termes d’indice de masse corporelle (IMC), de longueur thoracique, et de périmètre crânien ou thoracique entre les 2 groupes.En termes de composition corporelle, les exposés, comparés aux non exposés, avaient une masse maigre réduite [-1,56 kg (-2,93, -0,20) ;p=0,024] mais cette observation était plus marquée chez les hommes (45,4 5,4 vs. 48,26,9 kg, p=0,01) que chez les femmes. En revanche, aucune différence entre exposés et non exposés n'a été observée en termes de masse grasse. Enfin, en ajustant pour la taille, l’index de masse maigre et l’index de masse grasse n’a montré aucune différence dans les deux groupes indépendamment du sexe.Sur le plan capital humain, comparés aux non exposés communautaires, la proportion avec niveau d’études et niveau socio-économique (NSE) élevés d’anciens malnutris était diminuée [niveau études (35,2 vs 46,4 ;p  0.) ;NSE (3,0 vs 6,7 ;p= 0,007)]. En plus, sur le plan cognitif et estime de soi, comparés aux non-exposés, les anciens malnutris avaient des scores inférieurs aux tests cognitifs [25.6 vs 27.8, p = 0.001 [Mini Mental State Examination (MMSE)] et 22.8 vs 26.3, p < 0.001(MMSE-I)] et avaient une moindre estime d’eux-mêmes (20,3% vs 12,3% ;p = 0.003). Néanmoins, en termes d’incapacités liées à l’état de santé, ces derniers avaient moins d’incapacités au plan relationnel (28,6 vs 31,5 ;p = 0.034) que la population générale, quoiqu’aucune différence n’ait été observée au plan des activités quotidiennes (5,8 vs 9,1 ;p = 0.322)En termes de MNT, comparés aux non exposés communautaires, les anciens malnutris avaient un tour de taille majoré [+1.2 (0.02,2.3) cm, p=0.015] et ratio tour de taille/taille debout supérieur [0.01 (0.01, 0.02) cm; p0.001]. Par contre, ils avaient un tour de hanches diminué [-1.5 (-2.6, -0.5) cm; p=0.021], et une force musculaire réduite. Concernant les marqueurs cardio-métaboliques de MNT, hormis une HbA1c plus élevée [+0.4 (0.2, 0.6)%; p0.001], aucune différence n’a été mise en évidence concernant la pression artérielle, la glycémie à jeun, la créatinine, le profil lipidique et l’albuminémie chez les exposés par rapport aux non exposés. En comparaison des non exposés, les exposés avaient une prévalence accrue de syndrome métabolique [Odds Ratio (OR) 2.35 (1.22, 4.54); p=0.010], d’obésité viscérale [OR ajusté 1.44 (1.09, 1.89); p=0.001] et de maigreur [OR ajusté 1.92 (1.03, 3.57)]. En revanche, la prévalence d’hypertension, de diabète, de surpoids et de dyslipidémie était similaire dans les deux groupes.Conclusion :Une MAS durant l’enfance expose les survivants à un risque élevé de MNT et à une diminution du capital humain à l’âge adulte, même en l’absence de transition nutritionnelle subséquente. Les décideurs politiques et les bailleurs de fonds souhaitant lutter contre l'expansion mondiale des MNT chez l’adulte pourraient considérer le bénéfice à long terme de la réduction de la MAS dans l’enfance en tant que mesure préventive de réduction du fardeau attribuable aux MNT au plan socio-économique. / Introduction: Low- and middle-income countries are going through a nutritional transition phase that is accompanied by a rapid increase in cardio-metabolic diseases and their risk factors, such as obesity in adults, while undernutrition still predominates in children in these regions. This double burden of malnutrition constitutes a major public health problem. According to the theory of developmental origins of chronic noncommunicable diseases (NCDs), these 2 burdens would be closely causally linked. The objective of our study was to trace subjects with a history of severe acute malnutrition (SAM) in childhood, to assess their long-term socioeconomic, cognitive, and health outcomes, and finally to investigate the different cardiometabolic markers of NCDs. All this was done in order to establish an association between SAM during childhood and different chronic non-communicable diseases (hypertension, diabetes, obesity, dyslipidemias and body composition) as well as with socio-demographic and economic status in adulthood, in a context without nutritional transition.Methodology: Records of subjects admitted for SAM between 1988 and 2007 were retrieved from the archives of Lwiro Hospital, South Kivu, Democratic Republic of Congo (DRC). Between December 2017 and April 2019, we undertook to identify these subjects in the Miti-Murhesa and Katana health zones. Study subjects were identified from the Lwiro Pediatric Hospital (LPH) database. They were then traced to their home villages. They were then divided into four categories (living in or near the village, deceased, displaced, or lost to follow-up). For each former malnourished found, a community non-exposed was randomly selected for comparison. Our outcomes of interest were primarily NCDs including primarily metabolic syndrome, arterial hypertension, global obesity, visceral obesity, diabetes mellitus, dyslipidemias as well as body composition assessed by their different clinical and biological markers and, secondarily, renal impairment through serum creatinine level. Secondly, we evaluated the human capital through the socio-economic level (deduced from the education, the profession and the living conditions), the self-esteem, the cognitive disorders as well as the daily disabilities on the relational and functional level related to the health condition. It should be noted, however, that at the time of reconstitution of the cohort, we collected data on survival (and its corollary, mortality and its causes) and long-term nutritional status.Results: A total of 1981 records of subjects admitted for SAM from 1988 to 2007 were retrieved from the archives of the LPH. The median age at admission was 41 months. Six hundred subjects were found and 201 subjects died. 65.6% of the deceased subjects were ≤10 years of age at death. 59.2% of deaths occurred within 5 years of hospital discharge. The leading causes of death were malaria (14.9%), kwashiorkor (13.9%), respiratory infections (10.4%), and diarrheal diseases (8.9%). Compared to the unexposed, the exposed had low weight (-1.7 kg, p=0.001), short stature [sitting (-1.3 cm, p=0.006) and standing (-1.7 cm, p=0.003)], shorter leg length (-1.6 cm, p=0.002), and small brachial circumference (-3.2 mm, p= 0.051). There were no differences in BMI, chest length, and head or chest circumference between the 2 groups.In terms of BC, exposed, compared to unexposed, had a reduced FFM [-1.56 kg (-2.93, -0.20); p=0,024] but this observation was more marked in exposed males (45.4  5.4 vs. 48.2 6.9 kg, p=0.01) than females compared to unexposed. However, no difference between exposed and unexposed was observed in terms of FM. Finally, adjusting for height, FFMI and FMI show no difference in either sex.In terms of human capital, compared to the community unexposed, the proportion with high education and socioeconomic status (SES) of formerly malnourished was decreased [study (35.2 vs. 46.4; p 0.); SES (3.0 vs. 6.7; p= 0.007)]. In addition, in terms of cognition and self-esteem, compared to the non-exposed, the formerly malnourished had lower scores on cognitive tests [25.6 vs 27.8, p = 0.001 (MMSE) and 22.8 vs 26.3, p < 0.001 (MMSE-I)] and had lower self-esteem (20.3% vs 12.3%; p = 0.003) Nevertheless, in terms of health-related disabilities, they had less disability in relationships (28.6 vs. 31.5; p = 0.034) than the general population, although no difference was observed in daily activities (5.8 vs. 9.1; p = 0.322).In terms of NCDs, compared to the community unexposed, the malnourished elders had an increased waist circumference [+1.2 (0.02, 2.3) cm, p=0.015] and a higher waist/standing height ratio [0.01 (0.01, 0.02) cm; p0.001]. On the other hand, they had a decreased hip circumference [-1.5 (-2.6, -0.5) cm; p=0.021], and reduced muscle strength. Regarding cardiometabolic markers of NCDs, apart from a higher HbA1c [+0.4 % (0.2, 0.6); p0.001], no differences were found in blood pressure, fasting blood glucose, creatinine, lipid profile and albumin levels in the exposed compared to the unexposed. Compared to unexposed individuals, exposed individuals had an increased prevalence of metabolic syndrome [Odds Ratio (OR) 2.35 (1.22, 4.54); p=0.010], visceral obesity [adjusted OR 1.44 (1.09, 1.89); p=0.001] and leanness [adjusted OR 1.92 (1.03, 3.57)]. In contrast, the prevalence of hypertension, diabetes, overweight and dyslipidemia was similar in both groups.Conclusion: SAM in childhood puts survivors at high risk for NCDs and reduced human capital in adulthood, even in the absence of subsequent nutritional transition. Policymakers and funders interested in combating the global expansion of NCDs in adults might consider the long-term benefit of reducing SAM in childhood as a preventive measure to reduce the socioeconomic burden attributable to NCDs. / Doctorat en Santé Publique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les maladies inflammatoires à médiation immunitaire représentent un groupe de maladies cliniquement distinctes mais liées par de multiples mécanismes pathogéniques inflammatoires sous- jacents, associant facteurs génétiques, immunitaires et environnementaux. La pathogenèse de ces maladies n’est toujours pas complètement établie, en particulier l’importance et les interactions entre ces différents facteurs, mais leur étude a permis d’établir un lien entre diverses maladies, comme les spondylarthropathies et les maladies des barrières épithéliales telles que le psoriasis et les maladies inflammatoires de l’intestin. En effet, ces dernières partagent des voies biologiques communes perturbées, notamment au niveau de l’immunité de type 3.Afin d’étudier les interactions entre les articulations, la peau et l’intestin dans un contexte inflammatoire, nous avons utilisé un modèle murin développant un syndrome inflammatoire spontané multi-organique lié à une déficience en tristétraproline, qui est une protéine impliquée dans la régulation post-transcriptionnelle de nombreuses cibles inflammatoires. Ce syndrome présente des similitudes avec le groupe des spondylarthropathies, par l’atteinte des articulations et de la peau, et une dépendance au TNFα et à l’IL-23. Dans ce contexte, nous avons investigué les bases cellulaires et moléculaires responsables de ce syndrome spontané, et les liens entre les différents organes, grâce à des approches transgéniques et interventionnelles.Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés aux interactions entre la peau et les articulations. Nous avons montré qu’une inflammation cutanée se développait en l’absence de tristétraproline, liée à une dérégulation de l’immunité de type 3 et que la tristétraproline avait un rôle essentiel au sein des kératinocytes dans le maintien de l’homéostasie cutanée, mais également dans le contrôle d’une inflammation systémique et articulaire. Nous avons ensuite étudié plus spécifiquement le rôle de la tristétraproline au niveau de l’homéostasie intestinale. Nous avons observé que la perte de tristétraproline n’entraînait pas de pathologie intestinale franche grâce à la présence de mécanismes régulateurs locaux tels qu’une expansion intestinale de lymphocytes T régulateurs et de cellules lymphoïdes innées du groupe 3, et que la perte de la tristétraproline au sein des cellules épithéliales intestinales ne perturbait pas l’homéostasie intestinale. Par contre, la modulation du microbiote intestinal a permis de montrer son impact direct sur le contrôle de l’inflammation locale mais également sur les manifestations systémiques de ce syndrome spontané. Enfin, la modulation des voies de détection microbienne a montré de façon plus complexe un rôle amplificateur ou inhibiteur selon les compartiments investigués.En conclusion, malgré une complexité liée aux différents types cellulaires probablement impliqués et au nombre d’organes atteints, ce modèle murin spontané a donc permis une étude plus détaillée des liens entre la peau, les intestins et les articulations dans un contexte inflammatoire, ainsi que le rôle du microbiote, dans le but d’une meilleure compréhension de la pathogenèse de maladies inflammatoires humaines et de leur prise en charge. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Introduction :Dans la plus grande partie du monde en développement, la pollution de l’air domestique liée à l’utilisation de combustibles solides constitue un grave risque sanitaire et contribue fortement à la charge de mortalité et de morbidité.En effet, dans ces pays, près de 3 milliards de personnes continuent d’utiliser des combustibles traditionnels tirés de la biomasse (bois, résidus agricoles, excréments d’animaux, charbon de bois), pour cuire les aliments et / ou se chauffer, causant ainsi le décès prématuré d’environ 3,8 millions de personnes chaque année.Au Burkina Faso, comme dans la plupart des pays d’Afrique de l’Ouest, l’utilisation de combustibles solides, notamment à base de biomasse, est encore très répandue. En 2014, 89, 3% des ménages burkinabé continuaient d’avoir recours aux combustibles solides à base de biomasse pour la cuisine. A Ouagadougou, près de 56 % des ménages continuaient de recourir au bois de chauffe ou au charbon de bois pour la cuisine. Quels sont les facteurs déterminant les choix énergétiques et l’impact de ces choix en termes d’exposition et de risques sur la santé respiratoire des femmes en charge des activités culinaires dans les ménages ?L’objectif général de ce projet de thèse était d’apporter une réponse à cette question. Plus spécifiquement, il s’agissait de :- Estimer les prévalences des manifestations respiratoires tels que certains symptômes respiratoires aiguës et chroniques, la bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO) et l’asthme, chez les femmes chargées principalement de la cuisine dans les ménages ;- Déterminer la relation entre la pollution liée à l’utilisation de combustibles à base de biomasse et les manifestations respiratoires chez les femmes en charge de la cuisine dans les ménages ;- Caractériser le niveau de pollution de l’air dans les ménages en fonction des choix énergétiques pour la cuisine familiale ;- Identifier les facteurs qui influencent les choix énergétiques pour la cuisine familiale dans la ville de Ouagadougou.Matériels et méthodes :Pour l’atteinte de nos objectifs de recherche, les travaux menés au cours de cette thèse étaient de quatre ordres en fonction de leurs approches méthodologiques respectives.- Une revue systématique visant à mettre en évidence l’impact de l’exposition à la fumée de combustibles de type biomasse sur la survenue de BPCO chez la femme.- Une étude transversale à visée descriptive :Il s’agit d’une étape qui a permis de caractériser les ménages et les femmes impliquées dans l’étude et de déterminer les préférences énergétiques pour la cuisine. - Une étude transversale à visée analytique afin de comparer l’état de santé respiratoire, assimilé à la présence d’un certain nombre de symptômes respiratoires, la prévalence de la BPCO et celle de l’asthme, selon les choix énergétiques.- Une étude observationnelle de type cas-témoins ayant pour but de comparer le niveau d’exposition aux polluants émis par la combustion de la biomasse dans la cuisine entre le groupe des femmes malades de BPCO identifiées lors de la phase précédente et celui des femmes témoins indemnes de la BPCO.- Une étude transversale complémentaire a été conduite afin d’évaluer l’exposition à pollution de l’air domestique en fonction des conditions de préparation des repas dans les ménages. Des mesures environnementales ont été réalisées.Les enquêtes ont été menées dans trois quartiers (secteurs) de la commune de Ouagadougou :Kilwin, Tampouy et Tanghin, entre mars 2017 et septembre 2018.Le traitement statistique des données de ces études a donné lieu à plusieurs analyses descriptives et explicatives dans lesquelles nous avons présenté, en plus des statistiques usuelles, les odds ratio et leur intervalle de confiance à 95% et les tests d’association calculés grâce au logiciel Stata/SE version 12 et 13. Une P valeur ≤ 0,05 sera considérée comme significative.Pour l’estimation de la force des associations entre les variables d’exposition (le principal combustible utilisé pour la cuisine ou les concentrations moyennes de polluants) et les variables d’intérêt, l’analyse était d’abord univariée, puis multivariée afin d’estimer des risques propres débarrassés des facteurs confondants et des facteurs modificateurs d’effet.Résultats :Les résultats obtenus ont fait l’objet de publications. Pour l’essentiel, les différentes analyses en viennent aux constatations suivantes :- L’exposition domestique à la fumée de la biomasse est un facteur de risque de BPCO chez les femmes dans le monde. Il y a peu d’études africaines sur le sujet.- L’état de santé respiratoire est assez préoccupant chez les femmes chargées des activités de cuisine dans les ménages. La prévalence de la BPCO était de 2.26% dont une prévalence de 1.06% de BPCO diagnostiquée à la spirométrie et 1.17% de bronchite chronique. Toutes les femmes dépistées BPCO à la spirométrie avaient déclaré l’utilisation de la biomasse énergie comme principale combustible pour les préparations culinaires. L’asthme a été diagnostiquée chez 18.18% des femmes.- Il existe de grandes disparités de santé respiratoire entre les femmes utilisant principalement le bois ou le charbon de bois pour la cuisine et celles utilisant le gaz. L’utilisation de la biomasse comme combustible de cuisine a une influence sur la survenue de plusieurs symptômes respiratoires aigus et chroniques, de la BPCO et de l’asthme. - Les concentrations de PM2.5, contenant des poussières particulaires ayant une taille leur permettant d’atteindre les régions bronchiolaires et alvéolaires, émises dans les cuisines sur 24h étaient i) au-delà des valeurs recommandées par l’OMS pour la qualité de l’air intérieur, ii) plus élevées dans les cuisines où l’on brûle du bois et ou du charbon de bois en comparaison aux cuisines où l’on utilisait des foyers à gaz, iii) plus élevées dans les foyers traditionnels que les foyers améliorés, iiii) plus élevées dans foyers améliorés à charbon que les foyers améliorés à bois.- La différence dans la concentration moyenne de PM2.5 dans les cuisines entre les femmes avec une BPCO et sans une BPCO était non significative.- Environ 60% des ménages avait recours principalement à des combustibles à base de biomasse pour la préparation des repas. - Près de 85% des ménages combinent au moins 2 types de combustibles afin de satisfaire leur besoin énergétique dans le cadre de la cuisine. - Le statut socio-économique, la taille du ménage, le niveau d’instruction et l’âge de la femme en charge de la cuisine, le type de combustible utilisé chez ses parents, sont des facteurs qui influencent les choix énergétiques. Discussion :L’utilisation de combustibles polluants tels que les combustibles traditionnels de type biomasse, au centre de ces symptômes et maladies respiratoires chroniques, comme l’ont montré nos différents résultats, est malheureusement très répandue dans plusieurs pays d’Afrique sub-saharienne tels que le Burkina Faso. L’adoption de la biomasse énergie n’est pas seulement l’apanage des populations des zones rurales. Les préférences pour ce type d’énergie sont encore très populaires dans les zones urbaines. L’identification des déterminants des choix énergétiques, mettant l’accent sur ceux axés sur la personne chargée de la préparation des repas dans le ménage revêt une grande importance. Dans les pays en développement, la cuisine est une activité féminine, de sorte que le choix de l’énergie de cuisson domestique n’est pas seulement attribué au chef de ménage, mais aussi à la femme en charge des activités culinaires dans le ménage.Nos résultats nous permettent d’affirmer que, malgré les subventions gouvernementales pour maintenir le prix du gaz de pétrole liquéfié (GPL) relativement abordable, les combustibles de cuisson à base de biomasse restent en tête de liste des choix des ménages de Ouagadougou. Le bois a été la première source d’énergie contrôlée par l’homme lorsque l’utilisation du feu a été découverte. L’utilisation du bois dans la cuisine pour la préparation des repas, est une question d’habitude. Dans ces cas, l’amélioration des performances techniques des foyers traditionnels, en ajoutant une cheminée par exemple, pourrait être plus accepté et constituer une alternative plus rentable pour réduire la consommation de combustibles, réduire les émissions de fumée et l’exposition aux polluants, tout en respectant les habitudes et les besoins culturels des individus.De nombreuses études interventionnelles ont suggéré que l’amélioration de la ventilation des foyers et/ou de la cuisine peut réduire les concentrations de polluants dans la cuisine pendant la cuisson, l’exposition personnelle et les effets sur la santé de l’exposition à la fumée de la combustion de la biomasse, aussi bien chez les femmes que chez les enfants de moins de 5 ans.Cependant, même si les niveaux de pollution sont réduits lorsque les foyers traditionnels sont améliorés, ils demeurent considérablement plus élevés que les valeurs guides recommandées par l’Organisation mondiale de la santé pour la qualité de l’air intérieur. Ces foyers semblent plus économes en énergie, mais ont encore des niveaux d’émissions de polluants élevées.Le défi consiste à concevoir des foyers à biomasse à la fois écoénergétiques et qui réduisent les émissions à des niveaux suffisamment bas pour préserver la santé. Des stratégies pour assurer l’accès des ménages à des combustibles à la fois peu polluants, fiables et abordables financièrement, et des stratégies pour soutenir le passage au GPL ou au solaire, sont nécessaires. Conclusion :L’exposition à la fumée de la biomasse énergie cause des dommages respiratoires aux femmes en charge de la cuisine dans les ménages. Il est plus qu’urgent d’accélérer la transition énergétique. Des stratégies pour assurer l’accès des ménages à des combustibles à la fois peu polluants, fiables et abordables financièrement, et des stratégies pour soutenir le passage au GPL ou au solaire, sont nécessaires. Outre les subventions gouvernementales qui permettent à une partie de la population d’utiliser le GPL comme principal combustible de cuisson, d’autres initiatives doivent être mises en œuvre, en particulier pour les plus pauvres pour lesquels les prix du GPL malgré la subvention restent hors de portée et pour ceux qui, culturellement ou par habitude, restent réticents aux combustibles modernes, afin de leur permettre à tous un accès à une énergie propre et saine. Dans les communautés pauvres, des initiatives qui permettent des paiements par versements en plusieurs fois, pour l’acquisition d’équipements de cuisine peu polluants, doivent être mises en œuvre et encouragées, afin de soutenir leur désir de changement. Améliorer les connaissances et les comportements des femmes grâce à des campagnes de sensibilisation participatives sur les effets nocifs de l’utilisation de combustibles à biomasse peut être bénéfique. / Doctorat en Santé Publique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les gliomes sont les tumeurs cérébrales de l’adulte les plus fréquentes, dont l’étiologie reste encore largement inconnue. Plusieurs études épidémiologiques ont montré l’existence d’une corrélation entre maladies neurodégénératives et cancers cérébraux. Nous avons émis l’hypothèse qu’il existait des dénominateurs moléculaires communs entre ces pathologies. Je me suis particulièrement intéressé au rôle de la parkine (PK), une ubiquitine ligase responsable des formes génétiques de la maladie de Parkinson (MP). En effet, plusieurs arguments soutiennent l'implication de la PK dans les gliomes.Des études ont montré que la PK présente une expression altérée dans les cas de cancers du sein et de la prostate. La PK possède également une fonction de facteur de transcription. Elle est capable de se fixer à l’ADN de p53 et inhibe sa transcription. p53 est un suppresseur de tumeur fréquemment inactivé (50% des cancers). Une étude a mis en évidence l'existence de mutations somatiques de la PK spécifiques des cancers cérébraux. Mon projet s'est articulé autour de trois axes. 1- PK et Maladie d’Alzheimer. Elle active la transcription de la préséniline 1 et d’inhiber celle de la préséniline 2. 2- PK et MP. La PK par l’intermédiaire de p53 régule XBP-1, un facteur de transcription notamment activé par le stress du réticulum, qui à son tour régule l’expression de DJ-1. 3- PK et gliomes. Nous avons observé une diminution d’expression de la PK corrélé à l’augmentation d’expression de p53 dans des biopsies de gliomes. Nous avons alors montré que p53 est capable d’activer la synthèse de la PK, effet aboli par des mutations de p53 dans les gliomes. / Gliomas are the most common form of brain tumor, the etiology of which remains unknown. Several epidemiological studies have shown the existence of a correlation between neurodegenerative diseases and brain tumor. We hypothesis that these two pathology share common molecular denominators. Here I study the role of parkin (PK) an ubiquitin ligase responsible of early onset Parkinson diseases. Several arguments support the involvement of PK in glioma. Studies have shown that PK expression is alterated in many types of cancers. PK is also a transcription factor which can bind to p53 DNA and inhibits its transcription. P53 is a tumor suppressor often find inactivate in cancers (50%). There is evidence of specific somatic mutations found in glioma. My work was organize according to three axes 1- PK and Alzheimer disease: PK activates préséniline 1 expression and inhibits préséniline 2. 2- PK through XBP-1 regulates p53, a transcription factor activated by reticulum stress, which in turn regulates the expression of DJ-1. 3- PK and Glioma: There is a decrease in parkin expression that can be correlated to p53 expression increase in glioma biopsies. I show that p53 is able to activate PK synthesis, a mechanism abolish by p53 mutations in tumors.

Les objectifs de cette thèse sont d'étudier les effets respiratoires de la pollution atmosphérique en prenant en compte 3 niveaux d'exposition: les niveaux macroscopique, semi-individuel et individuel.Pour le niveau macroscopique, nous avons étudié les effets sanitaires des émissions des feux de forêts dans une étude de type écologique. Au travers d'une revue de la littérature, nous avons observé que plusieurs études épidémiologiques avaient mis en évidence l'association entre l'exposition aux émissions des feux et l'augmentation des maladies cardiopulmonaires et la mortalité pour les individus habitant à proximité. La principale limite à ces études est donnée par l'évaluation de l'exposition. Dans une étude de cas sur les incendies de Marseille de 2009, nous avons observé des effets à la limite de la signification 8 et 9 jours après l'exposition entre les concentrations des particules fines(PM2.5 ) issues des incendies et les effets respiratoires.Pour le niveau semi-individuel, nous avons étudié le lien entre la pollution domestique et professionnelle et les maladies respiratoires chez des agriculteurs auvergnats dans le cadre d'une étude de type transversale. Nous avons observé que les dérivés halogénés et l'étyl-butoxyacetate étaient associés de façon significative aux maladies des petites voies aériennes. La concentration de benzène dans la pièce de vie principale de la ferme était significativement associée à une augmentation du risque d'asthme. Enfin, l'utilisation de l'acide mercapturique, dans le cadre d'une étude de type cas témoin nichée nous a permis de mesurer la dose interne d'exposition du benzène parmi des enfants de l'étude et son lien avec l'asthme. / The objectives of this thesis were to study the respiratory effects of air pollution by taking into account three levels of exposure: the macroscopic, semi-individual and individual levels. For the macroscopic level, we studied the health effects of emissions from forest fires in an ecological study. Through a literature review, we found that several epidemiological studies have shown the association between exposure to wildfire emissions and increase cardiopulmonary disease and mortality for the people living nearby. The main limitation of these studies is given by the exposure assessment. In a case study of the wildfire occurred in Marseille in the summer 2009, we observed effects at the limit of significance 8 and 9 days after exposure between concentrations of fine particles (PM2.5) from fire and respiratory effects .For semi-individual level, we have studied the link between domestic and occupational pollution and respiratory diseases among farmers from Auvergne using a cross-sectional study. We observed that the halogenated hydrocarbons and Etyl-butoxyacetate were significantly associated with the small airways disease. Benzene concentration in the living room of the farm was significantly associated with an increased risk of asthma. Finally, the use of a biomarker (the mercapturic acid) in the context of a case-control study allowed us to measure the internal dose of the exposure to benzene and its link with asthma among children included the study.