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Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-01-13Bitstream added on 2014-06-13T20:04:34Z : No. of bitstreams: 1 jaciani_fj_dr_jabo.pdf: 1617312 bytes, checksum: 98bec775500aab00ebca7cf99caade23 (MD5) / Um dos objetivos do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de isolados brasileiros de X. citri subsp. citri (Xcc) com base em genes efetores do Sistema de Secreção Tipo III (avrXacE1, avrXacE2, avrXacE3, avrBs2, hpaF, XAC3090 e pthA4). Um total de 49 haplótipos foi identificado entre os 157 isolados analisados por “Southern blot”, e o maior polimorfismo genético observado nas análises com a sonda PthA4. Esses efetores estão amplamente distribuídos na população do patógeno e podem ser úteis para uma melhor compreensão da interação patógeno-hospedeiro. Outro objetivo desse trabalho foi a caracterização patogênica e genética de isolados de X. fuscans subsp. aurantifolii tipos B e C (Xfa-B e Xfa-C). Observou-se pequena agressividade dos isolados de Xfa-B e grande variação na patogenicidade de Xfa-C. Os isolados de Xfa-C produtores de pigmento escuro em meio de cultura foram menos agressivos que os isolados não produtores. Alguns isolados de Xfa-C foram patogênicos também a limões, limas ácidas, citrumelo ‘Swingle’ e tangerinas. Os isolados de Xfa-B e Xfa-C foram diferenciados pelas técnicas de AFLP, BOX e ERIC-PCR, com relativa diversidade entre isolados do mesmo patótipo, e análises da sequência do gene gyrB revelaram alta similaridade desses isolados com espécies de Xanthomonas patogênicas a outros hospedeiros (X. fuscans subsp. fuscans e X. axonopodis pvs. anacardii, dieffenbachiae, rhynchosiae, sesbaniae e vignicola). No presente estudo também foi descrito o primeiro relato de X. alfalfae (Xa) no Brasil. Os isolados investigados demonstraram limitada patogenicidade e agruparam-se geneticamente com X. alfalfae subsps. alfalfae e citrumelonis e X. axonopodis pvs. allii, cassiae, desmodii, patelii e ricini / In the present study, as one of the objectives, is showed the genetic diversity of Brazilian strains of X. citri subsp. citri (Xcc) based on effector genes of the Type III Secretion System (avrXacE1, avrXacE2, avrXacE3, avrBs2, hpaF, XAC3090 e pthA4). A total of 49 haplotypes were identified from 157 Xcc strains by Southern blot analysis using the cited genes as DNA probes. The highest polymorphism was observed with the PthA4. Those bacterium genes are extensively present in the Xcc population and can be used to a better comprehension of the Xcc-plant interaction. As a second objective, we present the genetic and pathogenic characterization of X. fuscans subsp. aurantifolii types B and C strains (Xfa-B e Xfa-C). In the pathogenic testes carried out Xfa-B presented a very limited pathogenicity, weaker than Xfa-C. Strains of this last pathotype presented a relatively high degree of pathogenicity variation, and those Xfa-C strains producers of dark pigment on culture medium were less pathogen than those not producers. Also some Xfa-C strains are pathogens to limes, lemons, Swingle citrumelo, and mandarins. Strains of Xfa-B and C were clearly differentiated by the molecular techniques AFLP, BOX and ERIC-PCR. Sequences of the gyrB gene revealed a high similarity of Xfa strains and other pathovars of Xanthomonas not pathogens of citrus. Finally, we presented the first detection of X. alfalfa (Xa) in Brazil, detected on a single Swingle citrumelo tree in São Paulo state. The Brazilian Xa strains showed a very limited pathogenicty, similar of a X. alfalfa subsp. citrumelonis

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-25T09:09:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 284852.pdf: 1557637 bytes, checksum: 99bac419f15001cc1be70781c7194b1a (MD5) / A enfermidade da mancha branca afetou a maioria das fazendas de Camarões de Santa Catarina a partir de 2004. Pelas informações de estudo epidemiológico sugere-se que o ingresso do vírus ocorreu através de náuplius e pós larvas importados de outros estados. A dispersão da enfermidade entre fazendas da mesma região ocorreu através de efluentes contaminados pelo WSSV. Dez das 107 fazendas existentes no estado não sofreram mortalidades pelo WSSV, possivelmente pelo seu isolamento e distância das fazendas afetadas. Valores elevados de amônia e o baixo potencial redox do solo dos viveiros foram o provável gatilho para as primeiras manifestações da enfermidade. A presença do WSSV em camarões, caranguejos e siris silvestres em cinco lagoas do Complexo Lagunar Sul de Santa Catarina foi observada em 112 das 309 (36,24%) amostras analisadas através de nested PCR e em sete de 174 (4,02%) camarões analisados por histopatologia Observou-se um aumento na presença de WSSV nos organismos silvestres ao longo de quatro anos, apesar da redução da área de fazendas afetadas pelo WSSV. No monitoramento de oito fazendas de camarão foi verificada a ocorrência de mortalidade e à presença do WSSV por PCR e histopatologia em cinco delas com focos nos ciclos anteriores. Sugere-se a aplicação de medidas de biosseguridade para evitar o ingresso do WSSV nos cultivos e diminuir os riscos de novos surtos da enfermidade.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-25T23:23:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 297043.pdf: 1842359 bytes, checksum: 1d48884fc3dac8252b93652ea00a8693 (MD5) / Litopenaeus vannamei e a especie de camarao marinho mais cultivado no mundo e no Brasil. Essa especie e considerada bastante resistente a variacoes ambientais adversas. Entretanto, parece ser bastante susceptivel a patogenos de origem viral. Com o objetivo de estudar os efeitos de estressores ambientais e sua susceptibilidade a patogenos virais, camaroes L. vannamei foram submetidos a condicao hiposmotica do meio e desafiados com o virus da mancha branca. Um total de quarenta e seis genes foi identificado pela tecnica de hibridizacao subtrativa supressiva como diferencialmente transcritos em branquias de L. vannamei submetidos ao estresse osmotico. Os transcritos identificados codificam proteinas envolvidas com processos de defesa, sinalizacao celular, transferencia de eletrons, proliferacao e diferenciacao celular, apoptose, metabolismo intermediario, proteinas de citoesqueleto e atividade metallopeptidase. A partir do perfil transcricional obtido, alguns genes foram avaliados por PCR quantitativo em camaroes submetidos ao estresse osmotico e ao patogeno viral. Foi observada uma inducao significativa dos genes da proteina nuclear 1 induzida por TGF-beta, proteina QM, ciclofilina, lectina-C, malato desidrogenase e duas ATPs sintase mitocondriais nos camaroes submetidos ao estresse osmotico. Um segundo estressor ambiental avaliado no camarao foi a hepatotoxina microcistina (MC). Essa toxina e sintetizada por cianobacterias e liberada no ambiente. Frequentemente e detectada em ambientes eutrofizados e em areas de cultivo de camarao. A conjugacao com glutationa reduzida (GSH) pela glutationa S-transferase (GST) e enzimas de defesa antioxidante, como a catalase (CAT), sao importantes mecanismos de defesa contra a toxicidade bioquimica de MCs. Foi investigada a atividade das enzimas CAT e GST e os niveis de transcricao genica de CAT e oito isoformas GST no hepatopancreas do camarao apos 48h de uma injecao intramuscular com 100 Êg kg-1 de extrato toxico de Microcystis aeruginosa. MC foi capaz de induzir significativamente tres isoformas de GST (Ö, m e MAPEG) em 12, 2,8 e 1,8 vezes, respectivamente, e aumentou a atividade enzimatica total da GST e CAT. A partir dos resultados obtidos, podemos sugerir que o estresse osmotico em L. vannamei parece alterar principalmente genes envolvidos em mecanismos de defesa e de energia celular, e a MC altera a transcricao e expressao de GSTs e CAT que parecem estar envolvidas na biotransformacao e eliminacao da toxina e em processos de protecao celular. Esses estudos reforcam a importancia de caracterizar ainda mais o perfil transcricional e as regulacoes postranscricionais em L. vannamei exposto a estressores ambientais e a patogenos infecciosos para uma melhor compreensao dos principais mecanismos envolvidos nas defesas do camarao.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-26T00:28:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 299617.pdf: 1058149 bytes, checksum: fe577bb1346a58bf48006955f22d0b1f (MD5) / O vírus da síndrome da mancha branca (White Spot Syndrome Virus - WSSV) é o agente etiológico da doença viral que afeta a maior parte dos cultivos de camarão marinho no mundo. A ocorrência do WSSV em Santa Catarina, no início de 2005, revelou a fragilidade das medidas sanitárias aplicadas nas fazendas de criação de camarões marinhos e do sistema de vigilância sanitária animal. A saúde dos camarões e, conseqüentemente, a produtividade de uma fazenda de cultivo são fortemente influenciadas pelas condições físicas, químicas e biológicas que prevalecem ao longo do processo de cultivo. Compostos tóxicos, como pesticidas, alterações na salinidade temperatura da água de cultivo, são alguns dos fatores que podem promover estresse e induzir alterações bioquímicas, moleculares e fisiológicas nesses animais, podendo, ainda, favorecer a incidência de enfermidades virais. A permetrina é o inseticida piretróide mais utilizado em práticas de cultura de arroz em muitos países. Concentrações sub-letais de permetrina podem causar impacto nos cultivos, afetando sua produtividade. Neste estudo, camarões juvenis, Litopenaeus vannamei foram expostos permetrina (0,01, 0,1, 0,2, 0,3, 0,4 e 0,8 µg.L-1) por 96h e em um segundo experimento (0,8 µg.L-1) por 6, 12, 24, 48, 72 e 96h. Ensaios enzimáticos envolvendo a determinação da atividade da superóxido dismutase (SOD), catalase (CAT), glutationa peroxidase (GPx), glutationa S-Transferase (GST) e acetilcolinesterase (AChE), foram realizados em brânquias e hepatopâncreas de camarão exposto a permetrina. Níveis de transcrição dos genes que codificam estes biomarcadores enzimáticos foram investigados por PCR em tempo real (qPCR) em ambos os tecidos. Num segundo experimento, os camarões foram expostos a 0,8 µg.L-1 de permetrina durante 7 dias antes de serem inoculados com o WSSV. O perfil de expressão de proteínas de estresse e de defesa, tais como ferritina, ß-actina, proteína quinase C., ubiquitina, HSP90 Hsp60, Hsp70, caspase-3 e proteína QM, foi avaliado no tecido branquial destes animais, através de qPCR e por Western blot. Mudanças nos níveis de expressão sugerem que a toxicidade de permetrina promove alterações na expressão de genes-alvo no camarão L. vannamei, modulando a transcrição e os níveis de proteínas, bem como a atividade enzimática de biomarcadores de estresse oxidativo. Além disso, a infecção e a carga viral poderiam ser associadas a um diferencial de transcrição de alguns dos genes que codificam essas proteínas. O padrão de respostas provocadas após a exposição à permetrina, através da análise mútua de respostas transcricionais, traducionais e enzimáticas relacionadas a estes genes, apóiam o desenvolvimento de um sistema multi-biomarcador que poderia ser usado como ferramenta para o monitoramento de ambientes aquáticos e, consequentemente, de saúde dos camarões de cultivo. Outra etapa deste trabalho teve como objetivo avaliar o efeito do estresse térmico sobre a taxa de replicação do WSSV em camarões marinhos, mantidos em água quente (29±0,5°C), em comparação com camarões mantidos em água fria (18±0,5°C), além disso, pós-larvas e crustáceos selvagens capturados foram selecionados quanto à presença ou ausência do WSSV, após serem mantidos por 48h em estresse térmico. No caso de camarões silvestres, previamente negativos para o vírus, foram obtidos resultados positivos para o WSSV após estresse térmico de 48h. Os resultados apóiam a aplicação de um protocolo de estresse térmico como estratégia de seleção de reprodutores e para monitoramento dos ambientes de cultivo.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura. / Made available in DSpace on 2012-10-26T01:14:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 300653.pdf: 1263473 bytes, checksum: 427fb2b29d891407cc49bd3d130710f8 (MD5) / A carcinicultura tem crescido muito nos últimos anos devido à grande demanda do mercado consumidor. No entanto, o surgimento de enfermidades representa uma ameaça concreta para a manutenção dos níveis de produção do setor. Entre as enfermidades virais, podemos citar aquela causada pelo vírus da síndrome da mancha branca como uma das principais responsáveis por afetar o cultivo de camarão marinho em nível mundial. Este trabalho teve como objetivo caracterizar o perfil diferencial de proteínas expressas em brânquias do camarão branco, Litopenaeus vannamei, infectado com o vírus da síndrome da mancha branca (White spot syndrome vírus, WSSV). Espécimes de L. vannamei sobreviventes foram coletados em cultivos na região norte e sul do estado de Santa Catarina, de 2008 a 2009, entre Maio e Setembro, período no qual são registradas temperaturas mais baixas na região. A segunda parte do estudo foi realizada com camarões L. vannamei livres de patógeno específico (specific pathogen free, SPF), os quais foram divididos em dois grupos, sendo um deles inoculado (inoculação intramuscular) com o WSSV. Os camarões (grupo inoculado e grupo controle) foram mantidos em laboratório e monitorados continuamente por um período de 72 horas, após a inoculação. Foi realizada a coleta de brânquias e pleópodes. A confirmação da presença do WSSV nos camarões coletados no campo e naqueles inoculados em laboratório foi realizada através de PCR nested. Posteriormente, a análise proteômica foi realizada através de eletroforese bidimensional (2-DE), seguida de coloração dos géis por nitrato de prata e/ou CBB (G-250). O perfil de proteínas, revelado com base na análise densitométrica dos géis, foi, então, comparado entre os camarões positivos para o WSSV e aqueles sem a presença do vírus. Dentre os spots (proteínas) presentes nos perfis eletroforéticos determinados para cada um dos grupos, um total de 56 foi associado à expressão diferencial entre os camarões infectados e camarões não infectados pelo WSSV. Oito spots foram observados nos animais coletados no campo, enquanto 48 deles foram observados nos animais inoculados em laboratório. A identificação das proteínas expressas diferencialmente foi realizada através de espectrometria de massa MALDI/TOF. As proteínas identificadas podem ser agrupadas de acordo com as suas funções celulares, revelando proteínas envolvidas nas respostas de defesa do hospedeiro, no metabolismo energético, na resposta ao estresse e na apoptose celular. Estas proteínas podem ser consideradas como biomarcadores moleculares potenciais, cuja identificação pode contribuir para o melhor entendimento dos mecanismos de defesa, susceptibilidade e tolerância ao WSSV, bem como, para o delineamento de novas estratégias para minimizar o impacto e combater a enfermidade.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Aquicultura. / Made available in DSpace on 2012-10-23T05:24:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 249948.pdf: 1403222 bytes, checksum: a41cafd7f7c023baa5871f24bb8d1a16 (MD5) / A carcinicultura é o segmento da aqüicultura que mais cresce no mundo. Porém, o maior problema enfrentado pela indústria é a ocorrência de enfermidades que assolam os cultivos. Em Santa Catarina, a produção de camarões cultivados era crescente até os últimos anos, quando o Estado passou a ser afetado por perdas drásticas na produção causadas pelo vírus da Síndrome da Mancha Branca (White Spot Syndrome Virus - WSSV). Assim sendo, foi estabelecido um conjunto de medidas de controle da enfermidade envolvendo pesquisas em diferentes áreas. O presente estudo foi desenvolvido dentro desta perspectiva, visando estimar a prevalência do vírus em exemplares da espécie endêmica de caranguejo (Chasmagnathus granulata) do ambiente natural e do viveiro de cultivo de uma fazenda, onde foram investigados também camarões cultivados (Litopenaeus vannamei). Paralelamente foi realizada a padronização do diagnóstico do WSSV através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) de dois passos (nested) utilizando-se os iniciadores recomendados pela OIE e anteriormente descritos na literatura. Foi estimada uma prevalência no mínimo de 5% e no máximo de 23% para os caranguejos coletados no ambiente. Na fazenda, no Tempo1 de coleta, os caranguejos apresentaram prevalência em torno de 97% e os camarões em torno de 90%. No Tempo2 não foi detectada a presença do WSSV nos caranguejos e nos camarões foi detectada uma prevalência do vírus em torno de 27%. Neste estudo, a utilização da PCR como ferramenta de diagnóstico e detecção de estágios virais latentes mostrou-se uma arma eficiente no monitoramento desta enfermidade presente nos cultivos.

Resumo: A mancha marrom de alternaria, causada pela Alternaria alternata f. sp. citri, afeta o tangor murcote causando lesões em folhas, ramos e frutos, acarretando em desfolha e manchas que depreciam o fruto comercialmente. Os objetivos deste trabalho foram verificar o efeito do meio de cultura no isolamento, da temperatura e do fotoperíodo no crescimento micelial do patógeno, avaliar a sensibilidade do patógeno à fungicidas in vitro e estabelecer o melhor produto e dose para o controle da doença no campo. As avaliações laboratoriais constaram de avaliações de crescimento micelial, medição do tamanho de conídios, concentração de conídos/mL e avaliação de meios de culturas para isolamento do patógeno. Os resultados do teste in vitro mostraram que os ingredientes ativos trifloxystrobin, iprodione, azoxystrobin, difenoconazole, pyraclostrobin, trifloxystrobin + propiconazole e trifloxystrobin + tebuconazole inibiram completamente o crescimento micelial do patógeno. No ensaio de campo todos os tratamento foram superiores a testemunha quanto a produtividade. Concluindo que o controle da doença é recomendado independente do produto utilizado. Entre os produtos utilizados o tratamento com trifloxystrobin + propiconazole foi rentável comparando-se custo e produtividade. / Abstract: The brown spot caused by Alternaria alternata f. sp. citri, affects the Murcott tangor causing lesions in leaves, branches and fruits, defoliation and depreciating the fruit commercially. The objectives of this work went to determine the influence of temperature, media culture and sensibility several fungicides and rates in vitro and in the field. The results showed that: In in vitro test the ingredients active trifloxystrobin, iprodione, azoxystrobin, difenoconazole, pyraclostrobin, trifloxystrobin + propiconazole and trifloxystrobin + tebuconazole inhibited the micelial growth of the pathogen completely. In the field all fungicides treatments were effectives with productivity. Among the used products the treatment trifloxystrobin + propiconazole was profitable being compared cost and productivity. / Orientador: Edson Luiz Furtado / Coorientador: Wilson Story Venâncio / Banca: Nilton Luiz de Souza / Banca: Maristella Dalla Pria / Mestre