The growing demand for strawberries has imposed challenges, especially regarding the control of pests. Many farmers report problems with reduced chemical control efficiency, probably due to selection of resistant populations of insects and mites. An alternative is the use of biological control using pathogenic fungi as a tool in integrated pest management. Metarhizium spp. (Hypocreales: Clavicipitaceae) are generalist entomopathogenic fungi with worldwide distribution and can cause diseases in a large number of hosts. Many studies on the development of Metarhizium as a biological control agent were performed, but this bulk of knowledge is in remarkable contrast to the lack of research on the fundamental ecology of Metarhizium in agroecosystems. This thesis aimed to evaluate the establishment, persistence and dispersal of these entomopathogenic fungi in strawberry crop soil in Inconfidentes, Minas Gerais, Brazil; and to study the diversity and abundance of species of Metarhizium isolated from organic and conventional strawberry crop soils, and the field margins in Brazil and Denmark. The effectiveness of new species of Metarhizium recently found in Brazil, was evaluated against two spotted spider mite, Tetranychus urticae. Applied isolates of M. anisopliae (ESALQ1037) and M. robertsii (ESALQ1426) were able to persist for up to 12 months after the application within the soil, and disperse to other plots and colonize the rhizosphere of strawberry plants. In the plots where ESALQ1037 and ESALQ1426 were applied, 25% and 87.5% of the isolates recovered after 12 months consisted of the same isolates inoculated. A new taxonomically unassigned lineage, referred to as Metarhizium sp. Indet. 5 in this study, was found in strawberry crop margins. The dominant species of Metarhizium in Brazil and Denmark was Metarhizium robertsii and M. brunneum respectively. Further, Metarhizium pemphigi was first detected in Denmark in this study. Soil in organically grown strawberries harbored a more diverse population of Metarhizium spp. compared with conventionally grown strawberries. These studies showed for the first time the potential of new species of Metarhizium as spider mite biological control agents, the lowest median lethal time (LT50 = 4 ± 0.17 days) was observed in mites treated with the isolate ESALQ1638 of Metarhizium sp. indet. 1. The best isolates were ESALQPL63 of B. bassiana, ESALQ1608 and ESALQ1638 of Metarhizium sp. indet. 1 and ESALQ3069 and ESALQ3222 of M. pingshaense based on the survival curve, total mortality, percentage of sporulated cadavers and LT50. Knowledge of the diversity of Metarhizium spp. and persistence in strawberry soil generated in this study may be useful in developing conservation strategies and maximize the natural biological pest control. / A crescente demanda por morangos vem impondo desafios, especialmente quanto ao controle das pragas. Muitos agricultores relatam problemas com a redução da eficiência do controle químico, provavelmente devido à seleção de populações resistentes de insetos e ácaros. Uma alternativa é o uso de controle biológico com fungos entomopatogênicos como ferramenta dentro do manejo integrado de pragas. Metarhizium spp. (Hypocreales: Clavicipitaceae), são fungos entomopatogênicos generalistas com distribuição cosmopolita e que podem causar doenças em um grande número de hospedeiros. Muitos estudos sobre o desenvolvimento de Metarhizium como agente de controle biológico foram realizados, mas este leque de conhecimento está em contraste com a notável falta de investigação sobre a ecologia de Metarhizium nos agroecossistemas. Esta tese teve como objetivo avaliar o estabelecimento, persistência e dispersão destes fungos entomopatogênicos em solo de morangueiro em Inconfidentes, Minas Gerais, Brasil; bem como estudar a diversidade e abundância de espécies de Metarhizium isolados do solo de cultivos orgânico e convencional de morangueiro, e das margens das plantações no Brasil e Dinamarca. A eficácia de novas espécies de Metarhizium, encontradas recentemente no Brasil, foi avaliada contra o ácaro rajado, Tetranychus urticae. Os isolados inoculados de M. anisopliae (ESALQ1037) e M. robertsii (ESALQ1426) foram capazes de persistir por até 12 meses após a aplicação no solo, além de dispersar para outras parcelas e colonizar a rizosfera dos morangueiros. Nas parcelas onde ESALQ1037 e ESALQ1426 foram aplicados, 25% e 87,5% dos isolados recuperados após 12 meses consistiam dos mesmos isolados inoculados. Uma nova linhagem não taxonomicamente identificada, referida neste trabalho como Metarhizium sp. Indet. 5, foi encontrada nas margens de morangueiros cultivados. A espécie dominante de Metarhizium no Brasil e Dinamarca foi Metarhizium robertsii e M. brunneum, respectivamente. Além disso, Metarhizium pemphigi foi detectado pela primeira vez na Dinamarca neste estudo. Solos de cultivo orgânico de morangueiro em geral apresentaram uma diversidade maior de Metarhizium do que solos de cultivos convencionais. Estes estudos revelaram pela primeira vez o potencial de novas espécies de Metarhizium como agentes de controle biológico do ácaro rajado, sendo o menor tempo letal mediano (TL50= 4 ± 0.17 dias) observado em ácaros tratados com o isolado ESALQ1638 de Metarhizium sp. indet. 1. Os melhores isolados foram ESALQPL63 de B. bassiana, ESALQ1608 e ESALQ1638 de Metarhizium sp. indet. 1 e ESALQ3069 e ESALQ3222 de M. pingshaense baseado na curva de sobrevivência, mortalidade total, porcentagem de cadáveres esporulados e TL50. O conhecimento da diversidade de Metarhizium spp. e persistência em solos de morango, gerados neste estudo, poderão ser úteis no desenvolvimento de estratégias de conservação e maximizar o controle biológico natural de pragas.

Entre as doenças de maior impacto nos vinhedos paulistas, encontram-se o míldio (Plasmopara viticola) e a ferrugem (Phakopsora euvitis). Os objetivos deste trabalho foram: i. caracterizar a estrutura genética populacional e identificar espécies crípticas de P. viticola; ii. avaliar o progresso temporal de míldio da videira, o efeito da doença na produção das plantas e verificar a contribuição da reprodução sexuada e assexuada de P. viticola na epidemia da doença e; iii. avaliar o progresso temporal de ferrugem da videira. Foram coletados 516 isolados de P. viticola em 11 municípios de São Paulo. Os isolados foram genotipados com 7 marcadores microssatélites. Para a identificação de espécies crípticas de P. viticola, uma subamostra de 130 isolados foi analisada pela técnica CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence), e 94 isolados foram sequenciados para a região ITS1. O progresso temporal do míldio e da ferrugem da videira foram avaliados em 3 ciclos de produção (2014/15, 2015/16 e 2016/17) nos sistemas de condução em espaldeira (ESP), Y descoberto (YD) e Y sob cobertura plástica (YC). A área experimental, localizada em Piracicaba-SP, foi constituída por plantas da variedade Niágara Rosada. As variáveis analisadas foram fenologia, número de folhas por ramo, incidência e severidade das doenças. Para verificar o efeito do míldio na produção das plantas, avaliaram-se a massa média do cacho, a produção por planta, o teor de sólidos solúveis totais (SST) e a acidez titulável (AT) dos frutos. A área abaixo da curva (AAC) foi calculada para o número de folhas por ramo, a incidência e a severidade de míldio e de ferrugem. Os valores de massa do fruto, produção por planta, SST e AT, e os resultados da AAC para as variáveis analisadas, foram submetidos a análise de variância e as médias comparadas pelo teste de Tukey (P<0,05). Na safra 2015/16, 166 isolados de P. viticola foram coletados em três diferentes momentos da epidemia, os quais foram genotipados com os 7 microssatélites mencionados anteriormente. P. viticola clado aestivalis foi a única espécie críptica identificada no Estado de São Paulo. Dentre os 516 isolados analisados, 55 genótipos multilocos (MLG) foram identificados. Quatro MLGs dominantes representaram 65,7% dos genótipos observados. Para o míldio da videira, em 2 das 3 safras avaliadas observou-se desfolha precoce das plantas doentes. A severidade média máxima de míldio observada foi de 14,3% na ESP e 30,9% no YD. Para esses valores de severidade, a doença causou a redução na produção por planta (0,7 a 0,9 kg por planta) e na massa do cacho (67 a 78 g). Em nenhuma das safras houve efeito da doença no teor de SST e na AT. Maiores valores de AAC da severidade de míldio foram verificados no YD em comparação à espaldeira, sugerindo que o sistema em YD favorece o progresso da doença. No YC, a redução da incidência de míldio foi de até 93,7% em relação aos sistemas descobertos, indicando que o sistema em Y associado ao cultivo protegido foi uma ferramenta eficiente no controle da doença. O monitoramento de genótipos de P. viticola na safra 2015/16 revelou que a epidemia foi resultante, predominantemente, de infecções clonais múltiplas causadas por um único genótipo. Queda prematura de folhas em decorrência da epidemia de ferrugem foi observada para os sistemas em YC e YD com valores de severidade inferiores a 5,6%. Em função da desfolha, verificaram-se alterações na fenologia das plantas nos estádios fenológicos finais de desenvolvimento. O progresso da incidência de ferrugem foi mais rápido nos sistemas em YC e YD em relação a ESP. Diferentemente das epidemias de míldio da videira, o uso da cobertura plástica não foi suficiente para o controle satisfatório da ferrugem. / Downy mildew (Plasmopara viticola) and rust (Phakopsora euvitis) are important diseases on vineyards located in São Paulo State. The aims of this study were: i. characterize the population genetic structure and identify cryptic species of P. viticola; ii. evaluate the temporal progress of grapevine downy mildew, the disease effect on yield, and verify the contribution of sexual and asexual reproduction of P. viticola on disease epidemic and; iii. evaluate the temporal progress of grapevine rust. A total of 516 isolates of P. viticola were collected from 11 locations of São Paulo State. The isolates were genotyped with 7 microsatellite markers. To identify cryptic species of P. viticola, a subsample of 130 isolates were analized by Cleaved Amplified Polymorphic Sequence (CAPS), and 94 isolates were sequenced for ITS1 region. Temporal progress of downy mildew and rust were evaluated in 3 growing seasons (2014/15, 2015/16 and 2015/16) on vertical trellis (VT), Y-trellis without plastic cover (YWP), and Y-trellis with plastic cover (YPC). The experimental area, located in Piracicaba-SP, was composed by plants of the variety Niagara Rosada. The variables analyzed were phenology, number of leaves per shoot, disease incidence and disease severity. To verify the effect of downy mildew on yield were evaluated bunch weight, yield per plant, total soluble solids content (TSS) and titratable acidity (TA) of the fruits. Area under the curve (AUC) was calculated for number of leaves per shoot, downy mildew and rust incidence and downy mildew and rust severity. The values of bunch weight, yield per plant, TSS and TA, and AUC results for the analyzed variables, were submitted to variance analysis and the mean values were compared by Tukey test (P<0.05). In the growing season of 2015/16, 166 isolates of P. viticola were collected at three different moments of downy mildew epidemic. The isolates were genotyped with the 7 microsatellites previously mentioned. P. viticola clado aestivalis was the only cryptic species identified in São Paulo State. Among the 516 isolates analyzed, 55 multilocus genotypes (MLG) were identified. Four dominant MLGs represented 65.7% of the observed genotypes. For downy mildew, 2 of the 3 growing seasons evaluated were observed early defoliation of the diseased plants. The maximum average values of disease severity observed were 14.3% in ESP and 30.9% in YD. For these disease severity values, the disease reduced yield per plant (0.7 to 0.9 kg per plant) and bunch weight (67 to 78 g). No effect of downy mildew was verified on TSS and TA in none of the growing seasons. Higher AUC values for downy mildew severity were observed in YWP compared to the VT, suggesting that YWP favors the disease progress. On the YPC, incidence of downy mildew was reduced by up to 93.7% compared to the uncovered systems, indicating that Y-trellis associated with plastic cover was an efficient tool to control the disease. The monitoring of genotypes of P. viticola in the 2015/16 growing season revealed that disease epidemic was drived predominantly by multiple clonal infections caused by a single genotype. Early defoliation due to grape rust epidemic was observed on YWP and YPC with disease severity lower than 5.6%. Due to defoliation caused by rust modification on plant phenology were verified in the final stages of plant development. The progress of rust incidence was faster in YWP and YPC than in VT. Unlikely grape downy mildew epidemics, the use of plastic cover was not sufficient to effectivly control grape rust.

Submitted by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2015-10-14T12:58:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_IsolamentoMicrossatelitesEspecies.pdf: 871091 bytes, checksum: fb70b27bf298c90182fbfacb17aa112b (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-10-15T13:46:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_IsolamentoMicrossatelitesEspecies.pdf: 871091 bytes, checksum: fb70b27bf298c90182fbfacb17aa112b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-15T13:46:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_IsolamentoMicrossatelitesEspecies.pdf: 871091 bytes, checksum: fb70b27bf298c90182fbfacb17aa112b (MD5) Previous issue date: 2004 / Aborda isolamento de microssatélites de espécies madeireiras no contexto da sustentabilidade genética no manejo florestal com o objetivo de isolar e caracterizar uma bateria de marcadores microssatélites para espécies arbóreas da Floresta Amazônica: Jacaranda copaia, Bagassa guianensis e Dipteryx odorata. Estes estudos vem sendo realizados como parte do projeto Dendrogene, e as análises genéticas populacionais posteriores fornecerão subsídios para conservação e manejo sustentável destas espécies.

Cariniana legalis Mart. O. Kuntze (Lecidiaceae) is the largest tree of the Atlantic Forest. To contribute to in situ and ex situ genetic conservation programs for the species, herein we investigate the genetic diversity, inbreeding, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), mating system and contemporary pollen flow in three fragmented populations of this species. We found 65 adult trees in the Ibicatu population, 22 in MGI, and four in MGII. Seeds were hierarchically sampled among and within fruits directly from the canopy of 15 seed-trees in Ibicatu (n= 40), five seed-trees in MGI (n= 50), and two seed-trees in MGII (n= 100). Thirteen specific microsatellite loci were developed and validated for 51 C. legalis trees. Eleven loci were polymorphic, revealing a maximum of two to 15 alleles per locus. Using the progeny arrays and seed-tree genotypes, we investigated the Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of seven microsatellite loci specifically isolated for C. legalis and two previously developed heterologous microsatellite loci. No notable deviations from the expected Mendelian segregation, linkage, or genotypic disequilibrium were detected. The average allelic richness in the adult cohort of Ibicatu was 11.65 and 14.29 for MGI-II and for seeds it was 14.18 in Ibicatu and 10.85 in MGI-II; the average observed heterozygosity for adults of Ibicatu was 0.811 and 0.838 for MGI-II and for seeds it was 0.793 in Ibicatu and 0.786 in MGI-II; the average expected heterozygosity for adults of Ibicatu was 0.860 and 0.900 for MGI-II and for seeds it was 0.856 in Ibicatu and 0.853 in MGI-II. The average fixation index was significantly greater than zero for adults and seeds from both populations. Multilocus outcrossing rate ( m t ) in the three populations was significantly lower than unity (1.0), especially in MGII ( m t = 0.830). The rate of mating among relatives was significant when compared to zero only for Ibicatu ( ????0.266) m s t t . Paternity correlation is substantially higher within than among fruits. The average coancestry coefficient ( ??) was higher and variance effective size ( e N ) was lower than expected for halfsib progenies in all three populations. The number of seed-trees necessary for seed collection to obtain progeny arrays with an effective size of 150 was estimated between 54 to 58 seedtrees. The pollen immigration rate was low, especially for the small stands (maximum of 0.4% for MGI), indicating significant genetic isolation of MGI and MGII. The effective pollination radius was also low in MGI (68 m) and MGII (191 m). For MGII, we also found higher levels of selfing (18%) than for Ibicatu (6%) and MGI (6.4%). The substantial genetic isolation of these stands suggest that we can expect an increase in SGS in the future and strategies to increase gene flow and effective population size, such as transplanting individuals among the populations, are desirable for long term in situ conservation. In conclusion, this study produced valuable information for the management of fragmented populations of C. legalis, contributing to breeding programs and providing guidelines for seed collection aimed at conservation and reforestation programs. / Cariniana legalis Mart. O. Kuntze (Lecidiaceae) é a maior árvore da Mata Atlântica. Para contribuir com a conservação in e ex situ nós investigamos a diversidade genética, endogamia, estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), sistema de reprodução e fluxo contemporâneo de pólen em três populações fragmentadas da espécie. Encontrámos 65 árvores adultas na população Ibicatu, 22 em MGI, e quatro em MGII. As sementes foram colhidas e amostradas hierarquicamente entre e dentro de frutos diretamente da copa de 15 árvores matrizes em Ibicatu (n = 40), cinco em MGI (n = 50), e duas em MGII (n = 100). Treze locos microssatélites foram desenvolvidos e validados em 51 indivíduos de C. legalis. Onze deles foram polimórficos, revelando um máximo de dois a 15 alelos por loco. Usando os genótipos das progênies e matrizes, foi investigada a herança mendeliana, ligação genética e desequilíbrio genotípico de sete locos isolados de C. legalis e dois heterólogos. Não foram detectados desvios notáveis da segregação mendeliana, de ligação, ou desequilíbrio genotípico. A riqueza alélica média de adultos de Ibicatu foi 11,65 e 14,29 para MGI-II e para as sementes foi de 14,18 em Ibicatu e 10,85 na MGI-II, a heterozigosidade média observada para adultos em Ibicatu foi 0,811 e 0,838 para MGI-II, para as sementes foi de 0,793 em Ibicatu e 0,786 em MGI-II, a heterozigosidade média esperada para adultos de Ibicatu foi 0,860 e 0,900 para MGI-II, para as sementes foi de 0,856 em Ibicatu e 0,853 em MGI-II. O índice médio de fixação foi significativamente maior do que zero para adultos e sementes de ambas as populações. A taxa de cruzamento Multilocus (? ) nas três populações foi significativamente menor do que a unidade (1,0), especialmente para MGII ( = 0,830). A taxa de acasalamento entre parentes foi significativa apenas para Ibicatu ( . A correleção de paternidade foi substancialmente maior dentro do que entre os frutos. O coeficiente médio de coancestria (?) foi maior e variação de tamanho efetivo (Ne ) foi menor do que o esperado para progênies de meio-irmãos em todas as populações. O número estimado de árvores matrizes necessárias para a coleta de sementes para se obter um tamanho efetivo de 150 foi de 54-58 árvores. A taxa de imigração de pólen foi baixa, especialmente para os fragmentos menores (máximo de 0,4% para MGI), indicando isolamento genético significativo. O raio efetivo de polinização foi baixo em MGI (68 m) e MGII (191 m). Para MGII também encontramos níveis mais elevados de autofecundação (18%) do que para Ibicatu (6%) e MGI (6,4%). O isolamento genético substancial desses estandes sugerem que podemos esperar um aumento na EGE e que estratégias para aumentar o fluxo gênico e tamanho efetivo da população, como o transplante de indivíduos nas populações, são desejáveis para o longo prazo. Em conclusão, este estudo gerou informações valiosas para a gestão de populações fragmentadas de C. legalis, contribuindo para programas de melhoramento e fornecendo orientações para a coleta de sementes destinadas a programas de conservação e reflorestamento.

Submitted by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-12T16:12:57Z No. of bitstreams: 1 COSTA_Mariellen Cristine_2015.pdf: 9889906 bytes, checksum: dee2c436fb5daf167475ac92f838ada7 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-12T16:13:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 COSTA_Mariellen Cristine_2015.pdf: 9889906 bytes, checksum: dee2c436fb5daf167475ac92f838ada7 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-12T16:13:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 COSTA_Mariellen Cristine_2015.pdf: 9889906 bytes, checksum: dee2c436fb5daf167475ac92f838ada7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-12T16:13:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 COSTA_Mariellen Cristine_2015.pdf: 9889906 bytes, checksum: dee2c436fb5daf167475ac92f838ada7 (MD5) Previous issue date: 2015-01-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Captive populations of endangered species are often small, isolated, and founded by a limited number of individuals, which makes them more susceptible to genetic drift and inbreeding effects. Thus, the preservation of the maximum genetic variability is a major concern of captive breeding programs, and understanding the levels of population structuring and genetic variability is important for developing management strategies of captive populations. The Red-billed Curassow (Crax blumenbachii) is endemic to the Brazilian lowland Atlantic Forests and is considered extinct in most of its original distribution. A captive breeding program was initiated during the 70s with the independent foundation of two breeding stocks, that posteriorly supplied animals to other aviaries. With the success of the captive propagation, a reintroduction program has started in 1991, and more than 226 animals have been released into the wild so far. However, animals descending from only one aviary have been used, and the capability of other lineages to increase genetic variability in these, and future released populations, has never been investigated. Then, we analyzed the genetic structure and diversity of the founders and two further important breeding facilities reproducing this species, using 8 microsatellite loci. Bayesian clustering analysis revealed two distinct groups that were in Hardy–Weinberg equilibrium and did not present significant evidences of inbreeding. The existence of two distinct lineages in captivity has implications for breeding and reintroduction programs. We recommend populations to be managed as independent units, but admixted individuals should be produced as a manner to increase reintroduction success. / Populações cativas de espécies ameaçadas são frequentemente pequenas, isoladas e fundadas por um número limitado de indivíduos, o que as torna mais suscetíveis à deriva genética e aos efeitos de endogamia. Assim, a preservação da máxima variabilidade genética é uma das principais preocupações dos programas de reprodução em cativeiro e compreender os níveis de estruturação populacional e variabilidade genética é importante para o desenvolvimento de estratégias de manejo de populações em cativeiro. O Mutum-do-Sudeste (Crax blumenbachii) é endêmico da Mata Atlântica de planície e é considerado extinto na maior parte de sua distribuição original. Um programa de reprodução em cativeiro foi iniciado na década de 70 com a independente fundação de dois plantéis, que posteriormente disponibilizou animais para outros aviários. Com o sucesso da reprodução em cativeiro, um programa de reintrodução começou em 1991 e mais de 226 animais foram soltos na natureza até o momento. No entanto, têm sido utilizados animais que são descendentes de um único criatório e a possibilidade de outras linhagens aumentarem a variabilidade genética nestas, e futuras populações reintroduzidas, nunca foi investigado. Por isso, analisamos a estrutura genética e a diversidade dos fundadores e mais dois importantes plantéisdesta espécie utilizando oito locos microssatélites. A análise de agrupamento Bayesian revelou dois grupos distintos em equilíbrio de Hardy-Weinberg e que não apresentaram evidências significativas de endogamia. A existência de duas linhagens distintas em cativeiro tem implicações para programas de reprodução e reintrodução. Recomendamos que as populações devam ser manejadas como unidades independentes, mas os indivíduos com ancestria mista devem ser produzidos como uma forma de aumentar o sucesso das reintroduções.

Submitted by Vasti Diniz (vastijpa@hotmail.com) on 2017-09-08T14:06:42Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2742380 bytes, checksum: cf8f43acdec2329a5d6d78a8a373b6b7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-08T14:06:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2742380 bytes, checksum: cf8f43acdec2329a5d6d78a8a373b6b7 (MD5) Previous issue date: 2017-04-20 / The finding of sperm through the screening tests on samples collected from rape victims confirms the occurrence of the sexual act, but its absence usually closes biological research in the crime in question, leaving a gap about the authorship of the crime, as well as about the criminal typification. The present work aimed to analyze the need of implementation in forensic routine of Genetics Laboratories of molecular analysis of negative samples to the prostate-specific antigen (PSA) collected from sex crimes victims. Vaginal swabs were selected and proceedings collected from 200 women who have been victims of those crimes in Paraíba from January 2015 to January 2016. Such materials had been sorted and presented negative result for PSA. Proceeded to the sample quantification by Real-time PCR using the Plexor® HY kit and there was a far greater concentration of autosomal DNA in relation to the male DNA. With the use of thermal cyclers GeneAmp® PCR System 9700, 200 DNA samples extracted from the sperm fraction (SF) were amplified for Y-STR with the use of PowerPlex® Y23 Systems and AmpFlSTR® Yfiler PCR Amplification kits. Such products have been subjected to capillary electrophoresis in genetic sequencer ABI PRISM™ 3500 Genetic Analyzer and the results analyzed by GeneMapper® ID software v 3.2. The fractions analyzed, only two full profiles amplification (1%), 24 (12%) partials, while the 174 remaining samples (87%) did not present any amplification. Screening with PSA testing negative served, statistically, how to determine guiding absence of sperm in swabs of vaginal origin and anally for victims of sex crimes. However, in this study were analyzed samples from rape victims. Due to the large social call caused by this type of crime, any nonzero statistic must be acceptable to a presumptive test. The results obtained have awakened to the need to study a new way of sorting this material, as well as the repetition of some analytical steps in order to get a genetic profile informative for illicit criminal resolution. / A constatação de espermatozoides, através dos testes de triagem, em amostras coletadas de vítimas de estupro confirma a ocorrência do ato sexual, todavia a sua ausência geralmente encerra a investigação biológica no crime em questão, ficando uma lacuna quanto à autoria do delito, bem como quanto à tipificação penal. O presente trabalho objetivou analisar a necessidade de implantação na rotina dos laboratórios de genética forense da análise molecular de amostras negativas para o antígeno específico da próstata (PSA) coletadas de vítimas de crimes sexuais. Foram selecionadas swabs vaginais e anais coletados de 200 mulheres que foram vítimas desses crimes na Paraíba entre os meses de janeiro de 2015 e janeiro de 2016. Tais materiais haviam sido triados e apresentaram resultado negativo para PSA. Procedeu-se à quantificação amostral por PCR em tempo real, com uso do kit Plexor® HY e observou-se uma concentração bem maior de DNA autossômico com relação ao DNA masculino. Com uso de termocicladores GeneAmp® PCR System 9700, 200 amostras de DNA extraído das frações espermáticas (FE) foram amplificadas para Y-STR com o emprego dos sistemas PowerPlex® Y23 System e AmpFlSTR® Yfiler® PCR Amplification. Tais produtos foram submetidos à eletroforese capilar em seqüenciador genético ABI PRISM 3500™ Genetic Analyzer e os resultados analisados pelo software GeneMapper® ID v3.2. Das frações analisadas, constatou-se amplificação de apenas dois perfis completos (1%), 24 parciais (12%), enquanto as 174 amostras restantes (87%) não apresentaram amplificação alguma. O teste de triagem com PSA negativo serviu, estatisticamente, como norteador para se determinar a ausência de esperma em swabs de origem vaginal e anal das vítimas de crimes sexuais. Contudo, no presente trabalho foram analisadas amostras provenientes de vítimas de estupro. Devido ao grande apelo social provocado por esse tipo de crime, nenhuma estatística diferente de zero deve ser aceitável para um teste presuntivo. Os resultados obtidos despertaram para a necessidade de estudar uma nova forma de triagem desse material, bem como pela repetição de alguns passos analíticos no intuito de se obter um perfil genético informativo para resolução do ilícito penal.

The growing demand for strawberries has imposed challenges, especially regarding the control of pests. Many farmers report problems with reduced chemical control efficiency, probably due to selection of resistant populations of insects and mites. An alternative is the use of biological control using pathogenic fungi as a tool in integrated pest management. Metarhizium spp. (Hypocreales: Clavicipitaceae) are generalist entomopathogenic fungi with worldwide distribution and can cause diseases in a large number of hosts. Many studies on the development of Metarhizium as a biological control agent were performed, but this bulk of knowledge is in remarkable contrast to the lack of research on the fundamental ecology of Metarhizium in agroecosystems. This thesis aimed to evaluate the establishment, persistence and dispersal of these entomopathogenic fungi in strawberry crop soil in Inconfidentes, Minas Gerais, Brazil; and to study the diversity and abundance of species of Metarhizium isolated from organic and conventional strawberry crop soils, and the field margins in Brazil and Denmark. The effectiveness of new species of Metarhizium recently found in Brazil, was evaluated against two spotted spider mite, Tetranychus urticae. Applied isolates of M. anisopliae (ESALQ1037) and M. robertsii (ESALQ1426) were able to persist for up to 12 months after the application within the soil, and disperse to other plots and colonize the rhizosphere of strawberry plants. In the plots where ESALQ1037 and ESALQ1426 were applied, 25% and 87.5% of the isolates recovered after 12 months consisted of the same isolates inoculated. A new taxonomically unassigned lineage, referred to as Metarhizium sp. Indet. 5 in this study, was found in strawberry crop margins. The dominant species of Metarhizium in Brazil and Denmark was Metarhizium robertsii and M. brunneum respectively. Further, Metarhizium pemphigi was first detected in Denmark in this study. Soil in organically grown strawberries harbored a more diverse population of Metarhizium spp. compared with conventionally grown strawberries. These studies showed for the first time the potential of new species of Metarhizium as spider mite biological control agents, the lowest median lethal time (LT50 = 4 ± 0.17 days) was observed in mites treated with the isolate ESALQ1638 of Metarhizium sp. indet. 1. The best isolates were ESALQPL63 of B. bassiana, ESALQ1608 and ESALQ1638 of Metarhizium sp. indet. 1 and ESALQ3069 and ESALQ3222 of M. pingshaense based on the survival curve, total mortality, percentage of sporulated cadavers and LT50. Knowledge of the diversity of Metarhizium spp. and persistence in strawberry soil generated in this study may be useful in developing conservation strategies and maximize the natural biological pest control. / A crescente demanda por morangos vem impondo desafios, especialmente quanto ao controle das pragas. Muitos agricultores relatam problemas com a redução da eficiência do controle químico, provavelmente devido à seleção de populações resistentes de insetos e ácaros. Uma alternativa é o uso de controle biológico com fungos entomopatogênicos como ferramenta dentro do manejo integrado de pragas. Metarhizium spp. (Hypocreales: Clavicipitaceae), são fungos entomopatogênicos generalistas com distribuição cosmopolita e que podem causar doenças em um grande número de hospedeiros. Muitos estudos sobre o desenvolvimento de Metarhizium como agente de controle biológico foram realizados, mas este leque de conhecimento está em contraste com a notável falta de investigação sobre a ecologia de Metarhizium nos agroecossistemas. Esta tese teve como objetivo avaliar o estabelecimento, persistência e dispersão destes fungos entomopatogênicos em solo de morangueiro em Inconfidentes, Minas Gerais, Brasil; bem como estudar a diversidade e abundância de espécies de Metarhizium isolados do solo de cultivos orgânico e convencional de morangueiro, e das margens das plantações no Brasil e Dinamarca. A eficácia de novas espécies de Metarhizium, encontradas recentemente no Brasil, foi avaliada contra o ácaro rajado, Tetranychus urticae. Os isolados inoculados de M. anisopliae (ESALQ1037) e M. robertsii (ESALQ1426) foram capazes de persistir por até 12 meses após a aplicação no solo, além de dispersar para outras parcelas e colonizar a rizosfera dos morangueiros. Nas parcelas onde ESALQ1037 e ESALQ1426 foram aplicados, 25% e 87,5% dos isolados recuperados após 12 meses consistiam dos mesmos isolados inoculados. Uma nova linhagem não taxonomicamente identificada, referida neste trabalho como Metarhizium sp. Indet. 5, foi encontrada nas margens de morangueiros cultivados. A espécie dominante de Metarhizium no Brasil e Dinamarca foi Metarhizium robertsii e M. brunneum, respectivamente. Além disso, Metarhizium pemphigi foi detectado pela primeira vez na Dinamarca neste estudo. Solos de cultivo orgânico de morangueiro em geral apresentaram uma diversidade maior de Metarhizium do que solos de cultivos convencionais. Estes estudos revelaram pela primeira vez o potencial de novas espécies de Metarhizium como agentes de controle biológico do ácaro rajado, sendo o menor tempo letal mediano (TL50= 4 ± 0.17 dias) observado em ácaros tratados com o isolado ESALQ1638 de Metarhizium sp. indet. 1. Os melhores isolados foram ESALQPL63 de B. bassiana, ESALQ1608 e ESALQ1638 de Metarhizium sp. indet. 1 e ESALQ3069 e ESALQ3222 de M. pingshaense baseado na curva de sobrevivência, mortalidade total, porcentagem de cadáveres esporulados e TL50. O conhecimento da diversidade de Metarhizium spp. e persistência em solos de morango, gerados neste estudo, poderão ser úteis no desenvolvimento de estratégias de conservação e maximizar o controle biológico natural de pragas.

Brazil is the largest producer of sugar and ethanol from sugarcane. The economic, social profile and the characterization of the sugarcane industry and its by-products are factors that distinguish this culture as one of the most important, both in agriculture and in industry. For the country to reach such importance in the sugarcane industry, the genetic improvement of sugarcane was key, especially by the increase in agroindustrial income, with gains of 1% to 2% per year. This work aimed to evaluate the results of a cultivar competition experiment with the main genotypes planted in Alagoas between 1975 and 2010, conducted between February 2012 and February 2013 in Plant Sinimbu, adopting the following statistical-genetic procedures: Mean estimates and grouping of cultivars to the main agroindustrial characteristics; Estimates of genetic parameters of the main agro-industrial characteristics, aimed at predicting future earnings; assessment of levels of genetic diversity of cultivars through molecular markers of the microsatellite type; recommendation of genetic crosses between cultivars in order to get future genetic gains in agro-industrial income. The experimental design of the trial was a randomized block with four replications. The plots consisted of three double rows of seven meters, spaced 1.50 mx 0.80 m, with an area of 48.3 m2. It was made sprinkler irrigation, applying four 30mm slides, one in the beginning of the experiment and the other at nine, ten and eleven months of age cane. The results obtained from the analysis of this study allow us to conclude that: the cultivars that showed the highest yields of sugar were RB92579, RB867515, RB99395 and RB951541; the higher heritability estimates and ratio of the genetic / environmental variance coefficients were for BRIX features, POL, TPH and TCH, indicating that most likely get future gains in the selection of superior individuals in these features, performing genetic crosses with genotypes this study; primers microsatellite SSR05, SSR06 and SSR93 were efficient in determining unique genetic profiles and discriminate relationship and genetic diversity of 21 cultivars evaluated in this study; and genetic crosses that can predict major gains in income in sugar are the cultivar RB92579 with RB867515 cultivars RB931003, RB931011, RB951541, RB98710 and RB99395. / O Brasil é o maior produtor mundial de açúcar e etanol da cana-de-açúcar. O perfil econômico, social e a caracterização do setor canavieiro e seus subprodutos são fatores que distinguem esta cultura como uma das mais importantes, tanto na agricultura quanto na indústria. Para que o país atingisse tal importância no setor sucroenergético, o melhoramento genético da cana-de-açúcar foi fundamental, principalmente pela elevação dos rendimentos agroindustriais, com ganhos de 1% a 2% ao ano. Este trabalho teve por objetivo avaliar os resultados de um experimento de competição de cultivares com os principais genótipos plantados em Alagoas entre 1975 e 2010, conduzido entre fevereiro de 2012 e fevereiro de 2013 na Usina Sinimbu, adotando-se os seguintes procedimentos estatísticos-genéticos: estimativas de médias e agrupamento das cultivares para as principais características agroindustriais; estimativas de parâmetros genéticos das principais características agroindustriais, visando a predição de ganhos futuros; avaliação dos níveis de diversidade genética das cultivares por meio de marcadores moleculares do tipo microssatélite; recomendação de cruzamentos genéticos entre as cultivares com a finalidade de obter ganhos genéticos futuros em rendimentos agroindustriais. O delineamento experimental do ensaio foi em blocos ao acaso, com quatro repetições. A parcela foi composta de três linhas duplas de sete metros, no espaçamento de 1,50 m x 0,80 m, com área útil de 48,3 m2. Foi feita irrigação por aspersão, aplicando-se quatro lâminas de 30 mm, sendo uma na instalação do experimento e as demais, aos nove, dez e onze meses de idade da cana. Os resultados obtidos com as análises do presente estudo permitem concluir que: as cultivares que apresentaram os maiores rendimentos em açúcar foram RB92579, RB867515, RB99395 e RB951541; as maiores estimativas de herdabilidade e razão entre os coeficientes de variância genético/ambiental foram para as características BRIX, POL, TPH e TCH, indicando ser muito provável obter ganhos futuros na seleção de indivíduos superiores nessas características, realizando cruzamentos genéticos com os genótipos avaliados neste estudo; os primers de microssatélites SSR05, SSR06 e SSR93 foram eficientes em determinar perfis genéticos únicos e em discriminar grau de parentesco e diversidade genética das 21 cultivares avaliadas neste estudo; e os cruzamentos genéticos que podem predizer maiores ganhos em rendimento em açúcar são da cultivar RB92579 com as cultivares RB867515, RB931003, RB931011, RB951541, RB98710 e RB99395.

Cariniana legalis Mart. O. Kuntze (Lecidiaceae) is the largest tree of the Atlantic Forest. To contribute to in situ and ex situ genetic conservation programs for the species, herein we investigate the genetic diversity, inbreeding, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), mating system and contemporary pollen flow in three fragmented populations of this species. We found 65 adult trees in the Ibicatu population, 22 in MGI, and four in MGII. Seeds were hierarchically sampled among and within fruits directly from the canopy of 15 seed-trees in Ibicatu (n= 40), five seed-trees in MGI (n= 50), and two seed-trees in MGII (n= 100). Thirteen specific microsatellite loci were developed and validated for 51 C. legalis trees. Eleven loci were polymorphic, revealing a maximum of two to 15 alleles per locus. Using the progeny arrays and seed-tree genotypes, we investigated the Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of seven microsatellite loci specifically isolated for C. legalis and two previously developed heterologous microsatellite loci. No notable deviations from the expected Mendelian segregation, linkage, or genotypic disequilibrium were detected. The average allelic richness in the adult cohort of Ibicatu was 11.65 and 14.29 for MGI-II and for seeds it was 14.18 in Ibicatu and 10.85 in MGI-II; the average observed heterozygosity for adults of Ibicatu was 0.811 and 0.838 for MGI-II and for seeds it was 0.793 in Ibicatu and 0.786 in MGI-II; the average expected heterozygosity for adults of Ibicatu was 0.860 and 0.900 for MGI-II and for seeds it was 0.856 in Ibicatu and 0.853 in MGI-II. The average fixation index was significantly greater than zero for adults and seeds from both populations. Multilocus outcrossing rate ( m t ) in the three populations was significantly lower than unity (1.0), especially in MGII ( m t = 0.830). The rate of mating among relatives was significant when compared to zero only for Ibicatu ( ????0.266) m s t t . Paternity correlation is substantially higher within than among fruits. The average coancestry coefficient ( ??) was higher and variance effective size ( e N ) was lower than expected for halfsib progenies in all three populations. The number of seed-trees necessary for seed collection to obtain progeny arrays with an effective size of 150 was estimated between 54 to 58 seedtrees. The pollen immigration rate was low, especially for the small stands (maximum of 0.4% for MGI), indicating significant genetic isolation of MGI and MGII. The effective pollination radius was also low in MGI (68 m) and MGII (191 m). For MGII, we also found higher levels of selfing (18%) than for Ibicatu (6%) and MGI (6.4%). The substantial genetic isolation of these stands suggest that we can expect an increase in SGS in the future and strategies to increase gene flow and effective population size, such as transplanting individuals among the populations, are desirable for long term in situ conservation. In conclusion, this study produced valuable information for the management of fragmented populations of C. legalis, contributing to breeding programs and providing guidelines for seed collection aimed at conservation and reforestation programs. / Cariniana legalis Mart. O. Kuntze (Lecidiaceae) é a maior árvore da Mata Atlântica. Para contribuir com a conservação in e ex situ nós investigamos a diversidade genética, endogamia, estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), sistema de reprodução e fluxo contemporâneo de pólen em três populações fragmentadas da espécie. Encontrámos 65 árvores adultas na população Ibicatu, 22 em MGI, e quatro em MGII. As sementes foram colhidas e amostradas hierarquicamente entre e dentro de frutos diretamente da copa de 15 árvores matrizes em Ibicatu (n = 40), cinco em MGI (n = 50), e duas em MGII (n = 100). Treze locos microssatélites foram desenvolvidos e validados em 51 indivíduos de C. legalis. Onze deles foram polimórficos, revelando um máximo de dois a 15 alelos por loco. Usando os genótipos das progênies e matrizes, foi investigada a herança mendeliana, ligação genética e desequilíbrio genotípico de sete locos isolados de C. legalis e dois heterólogos. Não foram detectados desvios notáveis da segregação mendeliana, de ligação, ou desequilíbrio genotípico. A riqueza alélica média de adultos de Ibicatu foi 11,65 e 14,29 para MGI-II e para as sementes foi de 14,18 em Ibicatu e 10,85 na MGI-II, a heterozigosidade média observada para adultos em Ibicatu foi 0,811 e 0,838 para MGI-II, para as sementes foi de 0,793 em Ibicatu e 0,786 em MGI-II, a heterozigosidade média esperada para adultos de Ibicatu foi 0,860 e 0,900 para MGI-II, para as sementes foi de 0,856 em Ibicatu e 0,853 em MGI-II. O índice médio de fixação foi significativamente maior do que zero para adultos e sementes de ambas as populações. A taxa de cruzamento Multilocus (? ) nas três populações foi significativamente menor do que a unidade (1,0), especialmente para MGII ( = 0,830). A taxa de acasalamento entre parentes foi significativa apenas para Ibicatu ( . A correleção de paternidade foi substancialmente maior dentro do que entre os frutos. O coeficiente médio de coancestria (?) foi maior e variação de tamanho efetivo (Ne ) foi menor do que o esperado para progênies de meio-irmãos em todas as populações. O número estimado de árvores matrizes necessárias para a coleta de sementes para se obter um tamanho efetivo de 150 foi de 54-58 árvores. A taxa de imigração de pólen foi baixa, especialmente para os fragmentos menores (máximo de 0,4% para MGI), indicando isolamento genético significativo. O raio efetivo de polinização foi baixo em MGI (68 m) e MGII (191 m). Para MGII também encontramos níveis mais elevados de autofecundação (18%) do que para Ibicatu (6%) e MGI (6,4%). O isolamento genético substancial desses estandes sugerem que podemos esperar um aumento na EGE e que estratégias para aumentar o fluxo gênico e tamanho efetivo da população, como o transplante de indivíduos nas populações, são desejáveis para o longo prazo. Em conclusão, este estudo gerou informações valiosas para a gestão de populações fragmentadas de C. legalis, contribuindo para programas de melhoramento e fornecendo orientações para a coleta de sementes destinadas a programas de conservação e reflorestamento.

Orientador: Alexandre Magno Sebbenn / Resumo: Cariniana estrellensis e Cariniana legalis são uma das maiores árvores dos biomas florestais da Amazônia e Mata Atlântica, sendo atualmente vulneráveis à extinção devido ao intenso desmatamento desses biomas. Estratégias para conservação in situ e ex situ são urgentes e estudos de diversidade genética e fluxo de genes são chaves e para esses propósitos. Assim, investigamos a diversidade genética, a estrutura genética espacial (SGS) e o fluxo histórico de genes em populações fragmentadas de ambas as espécies, utilizando marcadores de microssatélites. Todas as árvores encontradas nas populações foram mapeadas, medidas para o diâmetro na altura do peito (DAP) e amostrado o cambio de casca. O índice de fixação (F), em alguns casos, foi significativamente maior em árvores com menor DAP, indicando que as árvores menores apresentam um maior parentesco do que as maiores. Foi detectada SGS significativa para populações de ambas as espécies (60-350 m), indicando um padrão de dispersão de genes de isolamento pela distância (IBD). Para ambas as espécies, foi observada alta imigração de semente (38,5-61,5%) e pólen (80,1-100%), mostrando que as populações não são isoladas geneticamente. Não foi detectada autofecundação, mas o cruzamento entre árvores relacionadas foi detectado nas espécies (8,9-12,5%), sugerindo uma seleção mais forte contra árvores de autofecundação do que se originou do cruzamento entre árvores relacionadas. A distância de dispersão de pólen e sementes em C. estrellensi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Cariniana estrellensis and Cariniana legalis, two of the largest trees in the Amazon and Atlantic Forest biomes, are currently vulnerable to extinction due to the intense deforestation of these biomes. Strategies for in and ex situ conservation are urgent, and studies of genetic diversity and gene flow are key aspects needed to develop these strategeis. Thus, we investigate the genetic diversity, spatial genetic structure (SGS), and historical gene flow in fragmented populations of both species, using microsatellite markers. All trees found in the study populations were mapped, measured for diameter at breast height (DBH), and sampled for bark cambium. Our results show that in some cases, fixation index (F) was significantly higher in trees with lower DBH, indicating that smaller trees have higher levels of inbreeding than larger ones. Significant SGS was detected in populations of both species (60-350 m), indicating a gene dispersal pattern of isolation by distance (IBD). For both species, we found high seed (38.5-61.5%) and pollen (80.1-100%) immigration demonstrating that populations are not genetically isolated. No self-fertilization was detected, but we did find evidence of mating among related trees (8.9-12.5%), suggesting stronger selection against selfed individuals than those originated from mating among relatives. Pollen and seed dispersal distance for C. estrellensis reached longer distances (> 3 km) than for C. legalis (maximum of 385 m). However, pollen and seeds... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor