Submitted by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2015-12-17T16:32:54Z No. of bitstreams: 2 michel_marques_farah.pdf: 437133 bytes, checksum: efc5c1b8937d6edbcc7aaf0f1481a293 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2015-12-17T16:33:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 michel_marques_farah.pdf: 437133 bytes, checksum: efc5c1b8937d6edbcc7aaf0f1481a293 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-17T16:33:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 michel_marques_farah.pdf: 437133 bytes, checksum: efc5c1b8937d6edbcc7aaf0f1481a293 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2010 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / A simula??o de dados apresenta diversas vantagens, como proporcionar a obten??o de respostas ? sele??o e diminuir o tempo necess?rio para a avalia??o das metodologias estudadas no melhoramento gen?tico animal. Por?m, os trabalhos que utilizam simula??o empregam v?rios termos como simula??o estoc?stica, simula??o determin?stica, simula??o de Monte Carlo, simula??o em n?vel de gene e simula??o em n?vel de indiv?duo e, muitas vezes, estes termos s?o utilizados de maneiras diferentes ou em outras condi??es, causando uma diverg?ncia nos termos utilizados. Assim, os objetivos deste trabalho foram agrupar, definir e diferenciar os termos t?cnicos utilizados nos trabalhos de simula??o em melhoramento gen?tico animal e comparar e definir as propriedades dos procedimentos de simula??o em n?vel de indiv?duo e em n?vel de gene. Foram desenvolvidos tr?s cen?rios de simula??o, em n?vel de indiv?duo, em n?vel de gene com e sem marcador utilizando o software LZ5. Foram simuladas tr?s popula??es de su?nos para cada cen?rio e com diferentes herdabilidades (0,12, 0,27 e 0,47). A popula??o-base foi constitu?da de 1500 animais, sendo 750 machos e 750 f?meas e para as duas simula??es em n?vel de gene foi considerado um genoma de 2800 cM e 18 cromossomos de tamanhos aleat?rios, as caracter?sticas foram governadas por 500 locos polig?nicos dial?licos, com freq??ncias al?licas iguais e taxa de recombina??o de 0,01. Para a simula??o em n?vel de gene com marcadores, ainda foram distribu?dos marcadores distanciados igualmente a 50 cM e distribu?dos aleatoriamente 5 QTLs por todo o genoma. Os valores amostrados apresentaram bem semelhantes para os tr?s tipos de simula??o, apresentando um aumento das vari?ncias aditiva e fenot?pica e da herdabilidade nas primeiras gera??es e depois decrescendo ao longo das gera??es. J? para a m?dia fenot?pica, houve um ganho gen?tico por gera??o, indicando que todos os m?todos utilizados s?o eficientes para a obten??o de dados simulados. Assim, a vantagem da simula??o em n?vel de gene ? que ? poss?vel simular marcadores moleculares e QTLs, enquanto a simula??o em n?vel de indiv?duo ? muito eficiente para obten??o de dados como o valor gen?tico do indiv?duo e da m?dia fenot?pica da popula??o em um per?odo de tempo muito menor, pois demanda menos recursos computacionais e de algoritmos estruturados para desenvolver quando comparado com a simula??o em n?vel de gene. Portanto, define-se simula??o em n?vel de indiv?duo como uma metodologia de simula??o que consiste em gerar valores gen?ticos (G) a partir de uma distribui??o normal com m?dia e vari?ncia previamente definidas; enquanto para a simula??o em n?vel de gene a metodologia consiste em gerar os valores dos efeitos de cada loco polig?nico e seus QTLs, a partir de uma distribui??o normal com m?dia e vari?ncia previamente definidas para cada componente, e pela soma destes, obt?m-se o G de cada indiv?duo da popula??o. Para a gera??o do efeito residual (E) as duas metodologias de simula??o s?o feitas da mesma forma, gerando-se um efeito aleat?rio amostrado, tamb?m, de uma distribui??o normal e assim obt?m-se os valores fenot?picos (P) de cada indiv?duo pela soma destes dois componentes (G+E). / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2010. / ABSTRACT The simulation data has several advantages, such as providing the obtaining responses to selection and reduce the time required for evaluation methodologies studied in animal breeding. However, simulation studies employ various terms such as simulation stochastic, deterministic simulation, Monte Carlo simulation, simulation level of gene and simulation at the individual level and often these terms are used in different ways or in other conditions, causing a divergence in the terms used. Thus, the objectives were cluster, define and differentiate the technical terms used in the work of simulation in animal breeding and compare and define the properties procedures for simulation-level and individual-level gene. There had been developed three scenarios for simulation at the individual-level and level gene, with and without marker, using the software LZ5. There had been simulated three pig populations for each scenario, with different heritabilities (0.12, 0.27 and 0.47). The base population consisted of 1500 animals, 750 males and 750 females and for both simulations at the level of the gene was considered a genome of 2800 cM, and 18 chromosomes in random sizes, the characteristics were governed by 500 loci diallelic polygenic, with equal allele frequencies and recombination rate of 0.01. For the simulation Level with gene markers, were also distributed bookmarks equally spaced at 50 cM and five QTL distributed randomly across the genome. The sampled values were very similar for the three types of simulation, an increase of additive variance and phenotype and heritability in the first generations and then decreasing to over the generations. As for the average phenotype was a genetic per generation, indicating that all methods used are efficient for obtain simulated data. Thus, the advantage of gene-level simulation is that it can simulate molecular markers and QTLs, while the simulation at individual level is very efficient for obtaining data as the individual's genetic value and phenotypic average of the population over a period of much less time, since it requires less computational resources and algorithms structured to develop, when compared with the simulation-level gene. Therefore, it is defined as the individual level simulation a methodology simulation that generates breeding values (G) from a normal distribution with mean and variance as previously defined; and the gene level simulation is defined as a methodology that generates the values of effects of each locus and their polygenic QTLs from a normal distribution with mean and variance previously defined for each component, and the sum of these gives the G of each individual in the population. For the generation of residual effect (E) the two simulation methodologies are made in the same way, generating a random effects sampled also a normal distribution and so it was obtained the phenotypic values (P) of each individual by summing these two components (G+E).

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1133771 bytes, checksum: 640defa7d0749c719bdf5d760421654a (MD5) Previous issue date: 2007-07-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Sequences potentially involved with the coffee resistance were identified, by in silico analyses, using information generated by the Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC). For that, three strategies were used. Initially, keywords related to the plants resistance mechanism to pathogens were searched in scientific literature and used as drivers for data mining. Using the available tools at the PBGC bioinformatics platform, ESTs (Expressed Sequence Tags) related to each one of these words were identified. The search for similarities between some published sequences and sequences from the PBGC, by using the BLAST program was another strategy. The Electronic Northern, a tool developed by the Laboratório de Genômica e Expressão (LGE), was also used. Those strategies allowed the identification of 14,060 sequences of the PBGC. These sequences were similar to proteins known to be related to de plant disease defense process, for instance chitinase, kinase protein, cytochrome P450, disease resistance protein, pathogenesis related protein, LRR and NBS proteins, hypersensibility induced protein among others. The biological processes with witch these sequences are involved included metabolism, transport, transcription regulation, protein folding, biosynthesis and others. The ontology-based global analysis for molecular function showed that the genes are involved with metabolism, external stimulus response, cellular differentiation, nucleic acid binding, nucleotide binding, defense response, apoptosis and others. Aiming to verify the involvement of these sequences with the coffee tree resistance to leaf rust, 40 primers were designed to amplify the mined sequences. The primers were synthesized using the computational program Primer3 and their stability was tested by the program PrimerSelect. Different PCR conditions were tested. Using optimized reaction and amplification conditions, those 40 primers were tested in 12 resistant and 12 susceptible genotypes to Hemileia vastatrix, fungus that causes coffee leaf rust. Twenty nine of those resulted in unique and sharp bands, and only one of these was polymorphic. The 40 primers permitted to find one molecular marker polymorphic between the resistant and susceptible genotypes. This marker amplifies a region of the DNA which corresponds to a Coffea Arabica ORF for disease resistance protein. / Seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas, por meio de análise in silico, a partir das informações geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC). Para isso foram usadas três estratégias. Inicialmente, palavras-chave correspondentes a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram identificadas na literatura e utilizadas como iscas para a mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, foram identificadas ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências públicas envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças com as seqüências do PBGC, por meio do programa BLAST. Utilizou-se, também, o Electronic Northern, uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 14.060 seqüências do PBGC. Essas seqüências apresentaram similaridade com proteínas conhecidamente relacionadas com o processo de defesa da planta contra doenças como, por exemplo, quitinase, proteína quinase, citocromo P450, proteína de resistência a doenças, proteína relacionada com patogênese, proteínas com domínio LRR e NBS, proteínas induzidas por hipersensibilidade, entre outras. Os processos biológicos com os quais essas seqüências estão envolvidas incluíram metabolismo, transporte, regulação da transcrição, enovelamento de proteínas, biossíntese entre outros. A análise global baseada em ontologia de função molecular das seqüências obtidas mostrou que os genes estão envolvidos com metabolismo, resposta a estímulos externos, diferenciação celular, ligação a ácidos nucléicos, ligação a nucleotídeos, resposta de defesa, apoptose entre outras. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados 40 primers para amplificar algumas das seqüências mineradas. Os primers foram desenhados com o programa computacional Primer3 e a estabilidade desses foi verificada por meio do programa PrimerSelect. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram analisadas. Utilizando as condições de reação e amplificação otimizadas, os 40 primers foram testados em 12 genótipos resistentes e 12 susceptíveis a Hemileia vastatrix, fungo causador da ferrugem. Vinte e nove destes 40 primers resultaram em bandas únicas e bem definidas, sendo um polimórfico. Este trabalho permitiu obter, até o momento, um marcador molecular polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. Esse marcador, denominado CARF 005, amplifica uma região do DNA que corresponde a uma ORF parcial de Coffea arabica que codifica uma proteína de resistência a doenças.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-13T15:49:16Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3558878 bytes, checksum: 2b30ec8d9f71e9e1bab44b69484c0c54 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T15:49:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3558878 bytes, checksum: 2b30ec8d9f71e9e1bab44b69484c0c54 (MD5) Previous issue date: 2016-11-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A seleção genômica (SG) tem se tormado uma ferramenta de grande potencial no melhoramento de plantas. Além dela, o estudo de associação genômica (EAGA) e a seleção assistida por marcadores moleculares (SAM) também são metodologias com aplicabilidade no melhoramento. A diferença básica entre essas metodologias é que enquanto a SAM utiliza mapas de ligação e o EAGA utiliza mapas de associação para identificar marcadores significativos, a SG utiliza todos os marcadores disponíveis sem a necessidade de nenhum tipo de mapa. Portanto os objetivos desta pesquisa foram: 1) avaliar modelos utilizando os SNPs significativos encontrados pelos SAM e EAGA como efeito fixo nos modelos comumente utilizados na SG, em que no modelo tradicional, todos os SNPs são estabelecidos como de efeito aleatório. Estes modelos foram comparados com o modelo padrão utilizado na SG (RRBLUP bayesiano); 2) comparar os métodos tradicionais de seleção genômica (todos os SNPs como efeito aleatório); 3) verificar como a herdabilidade e o número de QTLs que controlam a característica podem influenciar na predição do valor genético; 4) estabelecer uma equação de predição da correlação genética em função da correlação fenotípica; 5) estabelecer o número ideal de indivíduos para compor a população de treinamento e; 6) estabelecer a quantidade necessária de marcadores para obter máxima acurácia pelos métodos de seleção genômica. Foram simuladas populações F 2 com 1.000 indivíduos em diferentes cenários. As populações foram simuladas com 4.500 (objetivo 1) e 3.000 marcadores (demais objetivos). Foram simuladas características com diferentes herdabilidades (5, 20, 40, 60, 80 e 99%) e o número de QTLs (60, 120, 180 e 240) (objetivos 2, 3 e 4). Foram estimados para todos os cenários a capacidade preditiva fenotípica e genotípica, a acurácia fenotipica e genotípica, a herdabilidade genômica, a variância genética, o ganho com a seleção, o índice de coincidência e o tempo de processamento. Foi utilizado a cross validação 5-fold com 50 repetições. As principais conclusões desta pesquisa foram: 1) A utilização de um modelo de SG com as marcas significativas encontradas pelo EAGA como efeito fixo e as demais marcas como efeito aleatório é uma boa estratégia para selecionar indivíduos superiores com alta acurácia; 2) A introdução no modelo de SG de QTLs que já foram descritos previamente para a característica em estudo, como efeito fixo, permite a seleção de indivíduos superiores de forma mais acurada; 3) os modelos de seleção genômica para predição em populações F 2 devem ser compostos por 200 a 900 marcadores de maior efeito sobre a característica e mais de 600 indivíduos na população de treinamento. / Genomic selection (GS) has become a high potential tool in plant breeding. Moreover, genomic wide association study (GWAS) and marker-assisted selection (MAS) are also methodologies with great potential in plant breeding. The basic difference among them is while MAS requires linkage mapping and GWAS requires association mapping to identify significant markers, GWS performs all available markers without any mapping. Therefore, the objectives in this research were: 1) to evaluate models using significant SNPs found by GWAS and MAS as fixed effect in the widely GS models, which, in the traditional model all SNPs are treated as random effect. These models were compared with the standart GS model (Bayesian RRBLUP); 2) To compare the most GS traditional models (all SNPs as random effect); 3) to verify how the heritability and number of QTLs which control a specific trait can influence for predicting genetic value; 4) to establish a prediction equation to estimate the genetic correlation based on phenotypic correlation; 5) to establish the optimal number of individuals to compose the training population and; 6) to establish the number of markers needed to obtain the maximum accuracy by the genomic selection methods. F 2 population was simulated with 1,000 individuals in several scenarios. Populations were simulated with 4,500 (objective 1) and 3,000 markers (other objectives). Traits with different heritability (5%, 20%, 40%, 60%, 80% and 99%) and numbers of QTLs (60, 120, 180 and 240 – objectives 2, 3, and 4) were simulated. Phenotypic and genotypic predictive ability, phenotypic and genotypic accuracy, genomic heritability, genetic variance, selection gain, conincidence index, and processing time were estimated for all scenarios. 5-fold cross validation was repeated 50 times. The mainly conclusion in this research were: 1) SG model performed with the significant markers found by GWAS as fixed effect and the remaining SNPs as random effects is a useful strategy to select superior individuals with high accuracy; 2) GS model performed with the QTLs, previously reported for the traits in study, as fixed effect allows the selection of superior individuals more accurate; 3) Genomic selection models should be composed with number of markers ranged from 200 to 900 and number of individuals in the training population beyond 600.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-06T18:36:43Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 669086 bytes, checksum: 288f821bee41f45eda4d143195dceedd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T18:36:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 669086 bytes, checksum: 288f821bee41f45eda4d143195dceedd (MD5) Previous issue date: 2003-04-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A identificação de locos controladores de características quantitativas (QTLs - “Quantitative Trait Loci”) é importante para elucidar funções fisiológicas complexas em plantas. Em soja (Glycine max (L.) Merrill), foram identificados QTLs associados à altura; “resistência à seca”; eficiência do uso da água; massa específica foliar; área foliar; teor de proteínas e óleo na semente. Existem poucas informações sobre os genes que controlam características fisiológicas como taxa de fotossíntese e sobre a base genética da associação entre tais características. Entre os propósitos desta pesquisa, está a Identificação de QTLs associados à fotossíntese e características de crescimento da soja e o estudo de possíveis associações entre estas características pela análise da coincidência de QTLs em grupos de ligação. Objetivou-se também avaliar o potencial de uso de uma população de linhagens endogâmicas recombinantes (RILs - “Recombinant Inbreed Lines”) para a identificação de locos associados a caracteres da soja. Neste estudo, foi analisada uma população composta de 118 linhagens RILs nas gerações F 7 e F 8 , respectivamente, derivada do cruzamento entre as variedades BARC-8 e a Garimpo, em dois ambientes diferentes, caracterizados pelo uso ou omissão de adubação nitrogenada para as gerações F 7 e F 8 , respectivamente. Foram coletados dados sobre a taxa de assimilação líquida de CO 2 , taxa de fotossíntese potencial, área foliar, área foliar específica, nitrogênio foliar específico e para características de partição de massa seca das plantas (massa seca de raízes, nódulos, caules, folhas e vagens). Foram determinadas também características ligadas a produtividade (número de sementes e massa de sementes por planta, massa fresca de cem sementes) e teor de proteína das sementes. Os valores fenotípicos destas características foram associados ao mapa molecular composto por 24 grupos de ligação somando 523,17 cM com 75 marcadores moleculares. Dentre esses, 54 marcadores são do tipo microssatélites e 21 do tipo RAPD. Observou-se um padrão quase constante de separação espacial dos QTLs, considerando as duas gerações / ambientes, a saber: independência dos QTLs relacionados às características foliares (área foliar específica, taxa de assimilação líquida de CO 2 em luminosidade saturante e nitrogênio foliar específico), em relação a QTLs associados aos componentes a biomassa das plantas (massa seca de raízes, caule, folhas, total e vagem por planta) e em relação ao terceiro grupo de QTLs, relacionado a produtividade (massa fresca de cem sementes, número de sementes e de vagens). A coincidência de QTLs no mesmo grupo de ligação indica prováveis associações entre estas características, que foram ratificadas por elevadas correlações fenotípicas. As populações RILs estudadas apresentaram um grande potencial para o mapeamento de loci associados a diferentes características da soja. / The identification of controlling loci of quantitative characteristics (QTLs - “Quantitative Trait Loci”) presents potential use to study complex physiological functions in plants. In soybean (Glycine max (L.) Merrill), it has been identified QTLs associated with plant height; drought resistance; water use efficiency; specific leaf weight; leaf size; seed protein and oil content. Few information exist on the loci that control physiological characteristics as photosynthesis rate and the genetic base of the association among such traits. The purpose of this study was to identify QTLs associated with physiological traits in soybean (Glycine max L. Merrill) and to study the possible associations among these traits, by analysing the coincidence of QTLs. Besides, this work aimed at evaluating the potential of utilization of a Recombinant Inbreed Lines (RILs) population for mapping loci associated with physiological characters. In this study two soybean generations of RILs were used. These populations consisted of 118 RILs F 7 and F 8 derived lines from the cross BARC-8 x “Garimpo”. Which were submitted to the two different environments characterized by the use or not of manuring nitrogen for the generations F 7 and F 8 , respectively. In these populations/environment there were obtained data for photosynthetic carbon assimilation; potential photosynthesis, leaf area; specific leaf area; leaf nitrogen content, as well for traits of partition of dry mass of the plants (roots, nodules, stems, leaves and pod dry mass) and for productivity (number of seeds, number of pods and mass of seeds per plant, fresh mass of a hundred seeds) and seed protein content. The genetic linkage map is composed by 24 linkage groups adding 523,17cM with 75 molecular markers, being 54 microsatellite and 21 RAPD markers. It was observed, an almost constant pattern of space separation of QTLs, considering the two generations / environment, as such: Independence of QTLs related to leaf traits (specific leaf area, photosynthetic carbon assimilation; specific leaf nitrogen) of those QTLs associated to the components of the partition of biomass of the plants (roots, stems, leaves, plants and pod dry mass) and a third group of related QTLs the productivity (fresh mass of a hundred seeds; fresh mass of seeds, number of seeds and number of pods of plants). The coincidence of QTLs in the same linkage groups indicates probable genetic associations among these characteristics, which were ratified by the high phenotypic correlations. The RILs populations studied presented a great potential for mapping loci associated with different traits in soybean. / Dissertação importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-08T14:02:51Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2237559 bytes, checksum: 9322a666704bab17201155acbf19c590 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-08T14:02:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2237559 bytes, checksum: 9322a666704bab17201155acbf19c590 (MD5) Previous issue date: 2000-09-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Para caracterizar novas fontes de resistência à ferrugem, oito linhagens desenvolvidas pelo Departamento de Agricultura dos Estados Unidos foram inoculadas com quatro raças fisiológicas de Uromyces appendiculatus coletadas no Brasil. Os cultivares Ouro Negro e US Pinto 111 foram utilizados como padrões de resistência e suscetibilidade, respectivamente. As linhagens BelMiDak-RMR-12 e BelMiDak-RR-3 destacaram-se como as mais resistentes e o cultivar Ouro Negro apresentou um nível de resistência igual às melhores linhagens norte-americanas. Objetivando mapear genes relacionados à resistência do feijoeiro-comum à ferrugem, antracnose e mancha-angular, foram desenvolvidas diferentes populações segregantes (F 2 e linhas recombinantes endogâmicas - RIL's). As análises de segregação revelaram diferentes modos de herança da resistência a cada uma das raças fisiológicas utilizadas. Análises de ligação genética revelaram que diferentes genes de resistência à ferrugem e à antracnose estavam ligados entre si. Os genes de resistência à mancha-angular também foram mapeados juntos, porém em outro grupo de ligação. Foram identificados dois marcadores moleculares RAPD (OX11 630 e OF10 1050 ), flanqueando o bloco gênico que confere resistência à ferrugem e três (OBA16 669 , OBA16 583 e OAD9 3210 ) ligados ao bloco gênico que confere resistência à mancha-angular. Com relação a características quantitativas, foram estimados diferentes parâmetros genéticos, correlações fenotípicas, genotípicas e ambientais e efeitos diretos e indiretos de cada característica sobre a produção, mediante o uso da análise de trilha. Os caracteres "número médio de vagens por planta" e "número médio de sementes por vagem" apresentaram maiores correlações genotípicas com a produção por planta. O carácter "número médio de sementes por planta" apresentou o maior efeito direto sobre a produção por planta. Outro objetivo do trabalho foi o de comparar dois delineamentos experimentais para estimar diferentes parâmetros genéticos obtidos a partir da avaliação de 154 RIL's de feijoeiro-comum: um delineamento em blocos casualizados (DBC) e o outro usando um ensaio comparativo, no qual as linhagens foram representadas por parcelas únicas avaliadas juntamente com testemunhas intercalares (DTI). A média das características e a precisão experimental foi semelhante nos dois delineamentos. O DBC teve maior capacidade de detecção de variabilidade genética e maior acurácia que o DTI. Com base em diferentes características de produção, resistência a doenças, tipo de grão e hábito de crescimento, dez RIL's foram selecionadas e enviadas ao Ensaio Preliminar de Linhagens (EPL). As RIL's selecionadas trazem vantagens como a introdução de importantes genes de resistência em feijão com grão tipo carioca e bege e também o desenvolvimento de linhagens de feijão com grão preto produtivas, resistentes a doenças e com hábito de crescimento não prostado (IIb). Com base em 14 características de resistência a doenças, sete características morfológicas, 49 marcadores moleculares e oito características quantitativas, foi construído um mapa de ligação gênica e mapeado os locos de características quantitativas relacionadas ao ciclo e ao rendimento do feijoeiro-comum. Adotando um valor de LOD de 4,0 e uma freqüência máxima de recombinação de 0,40, 43 marcadores, que segregaram na proporção esperada (1:1) a P<0,05 foram mapeados em nove grupos de ligação, cobrindo uma distância de recombinação total de 247,8 cM. O grupo 1 apresentou maior número de marcadores, sendo o grupo onde estão concentrados todos os genes de resistência à ferrugem e à antracnose. Os resultados encontrados neste trabalho lançaram bases para o desenvolvimento de mapas específicos saturados e de utilidade em programas de melhoramento que visem à resistência a doenças e o aumento do rendimento do feijoeiro-comum. / Quantitative, morphological, molecular, and disease resistance were evaluated in common bean for breeding and genetic mapping purposes. To characterize new resistance sources to rust, eight lines developed at the United States Department of Agriculture were inoculated with four races of Uromyces appendiculatus collected in Brazil. Cultivars Ouro Negro and US Pinto 111 were used as resistance and susceptibility standards, respectively. Lines BelMiDak- RMR-12 and BelMiDak-RR-3 were the most resistant ones. Cultivar Ouro Negro presented a resistance level comparable to the most resistant american lines. To map genes related to the common bean resistance to rust, anthracnose and angular leaf spot, different segregating populations (F 2 and recombinant inbred lines - RILs) were developed. Segregation analyses revealed different modes for resistance inheritance to the three pathogens used. Genetic linkage analyses revealed that genes for rust and anthracnose, but not for angular leaf spot resistance, were linked in the same linkage group. Two random amplified polymorphic DNA markers (OX11 630 and OF10 1050 ) were identified flanking the gene block conferring resistance to rust. Three markers (OBA16 669 , OBA16 583 and OAD9 3210 ) were linked to the gene block conferring resistance to angular leaf spot. Different genetic parameters, phenotypic, genotypic and environmentalcorrelations, were estimated as well as the direct and indirect effect of each characteristic on yield using the path analysis. Mean number of pods and mean number of seeds per pod presented the highest genotypic correlation with yield per plant. The character mean number of seeds per plant present the highest direct effect on yield per plant. Another objective of the present work was to compare two experimental designs to estimated different genetic parameters obtained from the evaluation of 154 common bean RILs: a random block design (RBD) and a comparative design in which the lines were represented by unique parcels evaluated together with intercalar witnesses (IWD)). The averages of the characteristics and the experimental precision were similar in both types of design. RBD was better to detect genetic variability and was more accurate than IWD. Based on different yield related characters, disease resistance, grain type, and growth habit, ten RILs were selected to be evaluated in the Preliminary Line Assay. These RILs may lead to varieties with carioca or bege type seeds resistant to several diseases and to varieties with black seeds, resistant to diseases, productive and with non-prostrate growth habit (type IIb). Based on 14 disease resistance loci, seven morphological traits, and 49 molecular markers a genetic linkage map was built and eight quantitative trait loci related with cycle and yield were mapped. Using a LOD score of 4.0 and a recombination frequency of 0.40, 43 marcadores segregating 1:1 with a P<0.05 were mapped into nine linkage groups, covering a total recombination distance of 247.8 cM. Linkage group number 1 grouped the highest number of markers. mapped to this group. The resistance genes for rust and anthracnose The results obtained in this work are the basis for the development of specific saturated maps to be used in common bean breeding programs aiming at the disease resistance and yield. / Tese importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-08T17:40:25Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 11586720 bytes, checksum: 8f3d1fd705fc27aa6e9c4edb9cb13720 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-08T17:40:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 11586720 bytes, checksum: 8f3d1fd705fc27aa6e9c4edb9cb13720 (MD5) Previous issue date: 2000-08-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A diversidade entre progenitores selecionados em testes de progênies de Eucalyptus grandis e E. urophylla foi avaliada, para identificação dos melhores cruzamentos utilizando dialelo parcial circulante. Para a análise da diversidade foram utilizados marcadores moleculares RAPD, e distância Euclidiana média a partir de dados silviculturais de diâmetro a altura do peito (DAP), altura total (Ht) e incremento médio anual (IMA), e foram feitas análises de variância para alguns experimentos. As análises por RAPD foram feitas em dois estádios, no primeiro com 503 matrizes, onde foram utilizados 26 fragmentos de DNA polimórficos para gerar uma matriz de distância genética para cada espécie. Com base nestas matrizes foi feita a seleção de 127 matrizes utilizando a média das distância genética para cada genótipo e o valor de IMA. As 127 matrizes foram analisadas por marcadores RAPD, considerando 74 fragmentos de DNA polimórficos, e agrupadas pela técnica de Tocher. Com base neste agrupamento, foram constituídos 6 grupos de 10 genótipos de E. grandis e 7 grupos de E. urophylla, para montagem dos dialelos parciais circulante, envolvendo dois grupos de progenitores mais divergentes entre as duas espécies. Foram feitas as análises de variância para três delineamentos de campo, o que evidenciou uma grande variabilidade para as característica DAP e Ht, pelo teste F, com elevados valores de herdabilidade em nível de família. Valores negativos do componente de variância associado ao resíduo, indicaram um efeito de competição dentro das famílias. Os dados silviculturais foram utilizados para o cálculo da distância Euclidiana média e análise de agrupamento, onde foi identificada uma grande variabilidade tanto entre quanto dentro da procedência. Entretanto, foram obtidos valores de correlação baixos quando consideramos as distâncias genéticas obtidas por marcadores RAPD e distância Euclidiana média. / The diversity among progenitors selected in progeny tests with Eucalyptus grandis and E. urophylla was evaluated for the identification of the best crossings using circulating partial diallel. For the diversity analysis, RAPD molecular markers and Euclidian mean distance of sylvicultural traits such as breast-height diameter (DAP), total height (Ht), and mean annual increase (IMA), were used as well as variance analyses for some field tests. The RAPD analyses were done in two steps: in the first one, 503 trees were analyzed and 26 polymorphic DNA fragments were used to generate a genetic distance matrix for each species. Based on these matrixes the selection of 127 trees was done using the mean genetic distance and the IMA value for each genotype. The 127 trees were analyzed by RAPD markers using 74 polymorphic DNA fragments. Tocher technique was then used to cluster the individuals. Based on the genotype classification by Tocher, 6 groups of E. grandis and 7 groups of E. urophylla, each one containing 10 genotypes, were constituted for the circulating partial diallel analysis, involving the two most divergent progenitor groups between the two species. Variance analyses for three field tests was done, evidencing a high variability for the traits diameter and height by the F test, with high heritability values at the family level. Negative variance component values associated to the residue indicated a competition effect within families. The sylvicultural data were used for the calculation of the Euclidian mean distance and cluster analyses. A high variability was identified between and within progenies. However, low correlation values were obtained, considering the genetic distances by RAPD markers and the Euclidian mean distance. / Dissertação importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-10T16:17:20Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4372950 bytes, checksum: 0fa4d8beeadcf2be448d4d389bde28b9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T16:17:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4372950 bytes, checksum: 0fa4d8beeadcf2be448d4d389bde28b9 (MD5) Previous issue date: 2002-07-05 / Para avaliar o efeito da oscilação genética em populações sob seleção com diferentes tamanhos efetivos e comparar a seleção utilizando os valores genéticos preditos pelo BLUP Clássico, que utiliza matriz de parentesco calculada através dos coeficientes de parentesco, e o BLUP Marcadores, que utiliza matriz de similaridade genética calculada por meio de marcadores moleculares, foram simulados dados utilizando-se o programa GENESYS. A partir de um genoma de 2000 centimorgans de comprimento, constituído por 15 pares de cromossomos autossômicos, com 200 locos quantitativos polialélicos (8 alelos), e permitindo apenas efeitos aditivos dos genes, simulou-se uma população-base, com uma única característica quantitativa com herdabilidade 0,10. A partir desta população foi construída uma população inicial e em seguida foram formadas as populações de seleção, num total de seis, correspondendo a dois tamanhos efetivos de população (18,18 e 66,66) e três sistemas de acasalamento dos reprodutores selecionados para reprodução (Reprodutores Acasalados Aleatoriamente, Exclusão de Irmãos Completos e Exclusão de Irmãos Completos e Meio-Irmãos). A seleção foi praticada durante 20 gerações consecutivas, com base na Seleção Individual (SI), nos valores genéticos preditos pelo BLUP Clássico (BLUP) e pelo BLUP Marcadores (BLUPM) com 1, 10 e 30 repetições. Para se obter a matriz de similaridade genética utilizada no BLUP Marcadores foram usados 100 marcadores moleculares do tipo microssatélite (SSR – Simple Sequence Repeat), por meio de um coeficiente de similaridade correspondente à distância euclideana média para dados quantitativos. Para avaliar os efeitos da oscilação genética, nas diferentes estruturas de populações sob seleção, utilizou-se o valor fenotípico nos diferentes tamanhos efetivos, número de repetições e sistemas de acasalamento. Já para comparar os diferentes métodos de seleção utilizou-se apenas as populações com tamanho efetivo de 66,66 e média de 30 repetições, avaliando-se os seguintes parâmetros: valor fenotípico médio, endogamia média, perdas e ganhos pela fixação de alelos desfavoráveis e favoráveis, variância genética aditiva e limite da seleção. Observou-se grande variação nos valores fenotípicos obtidos pelos métodos ao longo das 20 gerações de seleção em função da oscilação genética, principalmente para a seleção baseada nos valores genéticos preditos pelo BLUP e BLUPM, e para as populações com tamanho efetivo menor (18,18). Este fato sugere que em programas de melhoramento, independente do método de seleção, os resultados são grandemente influenciados pela oscilação genética, que é responsável por grandes variações nos ganhos genéticos, e que em estudos de comparação de metodologias de seleção, utilizando simulação, deve-se trabalhar com a média de grande número de repetições. No estudo de comparação dos métodos de seleção, observou-se que os ganhos obtidos ao longo das 20 gerações de seleção foi maior para o BLUP em relação ao BLUPM, e este foi superior à SI. Entretanto, quando se considerou o ganho obtido apenas nas cinco primeiras gerações, o BLUPM apresentou ganhos semelhantes ao BLUP e estes superiores à SI. A fixação de alelos aumentou ao longo das 20 gerações, independente do método de seleção, provocando aumento da endogamia, redução na variância genética aditiva e redução no limite da seleção. A SI levou a menores taxas de fixação de alelos e o BLUPM e o BLUP foram os que apresentaram maiores taxas de fixação de alelos. A partir da sexta geração o BLUPM passou a fixar mais alelos desfavoráveis que o BLUP, prejudicando sua eficiência em promover ganhos genéticos. Os diferentes sistemas de acasalamento dos reprodutores selecionados não levaram a grandes diferenças em ganho genético para os métodos baseados no BLUP ao longo das 20 gerações de seleção. Com relação à endogamia média, os sistemas que excluem o acasalamento entre irmãos, ou seja, os tipos de acasalamento de mínimo parentesco, proporcionaram menores taxas. / Data were simulated using Genesys program to evaluate genetic drift effects on populations under selection with different effective sizes and to compare selection using genetic values predicted by classical BLUP, and BLUP markers that utilizes genetic similarity matrix calculated by molecular markers. It was simulated a one trait base population, considering only additive gene effects, with heritability value of 0,10, from a 2000 centimorgans length genome constituted by 15 pairs of autosomic chomosomes, with 200 polialelic quantitative loci (8 alleles) . Fom this population it was built na initial population and then, six selection populations with two effective population sizes (18,8 and 66,66) and three different mating systems for selected bulls: random mating, full sibs excluded, half-sibs excluded.Selection was practised for 20 generations based on individual selection (IS), on predicted genetic values (BLUP) and on BLUP markers (BLUPM), with 1, 10 and 30 replicates.The similarity genetic matrix was obtained by considering 100 molecular markers of microsatelite type (SSR – Simple Sequence Repeat), through a similarity coefficient correspondent to an average euclydiane distance for quantitative traits. To evaluate genetic drift effects in the different population structures under selection, it was used the phenotypic values in the different effective sizes, replicate numbers and mating systems. To compare different selection methods, only effective populations size of 66,66 and an average of 30 replicates were used. The following parameters were estimated: average phenotypic value, average inbreeding, gains and losses due to fixation of favorable and unfavorable alleles, additive genetic variance and selection limit. For 20 generations, it was observed, due to genetic drift, a great difference in phenotypic values obtained by the three different methods, mainly for selection based on breeding values predicted by BLUP and BLUPM, and for populations with smaller effective size (18,18). This suggests that in genetic improvement programs, independent of selection methods, genetic drift effects are important and that when comparing selection methodologies by simulated data the average of a great number of replicates must be used. In the selection method comparison it was observed that genetic gains, in twenty generations of selection, were greater for BLUP than for BLUPM and this one was superior to IS. BLUP and BLUPM had similar gains when it was considered only the fisrt five generations of selection. Alleles fixation increased along the twenty generations no matter which selection method was considered, resulting in an increased inbreeding, a reduction in the additive genetic variance and in the selection limit. Individual selection presented the smallest rates of allele fixation. From the sixth generation on, more unfavorable alleles were fixed by BLUPM than by BLUP, decreasing its efficiency in promoting genetic gains. When selection was based on BLUP, in 20 generations of selection studied, there were no great differences among the different mating systems. Systems that excluded full sibs matings presented the smallest rates of average inbreeding. / Tese importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-12T17:59:25Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 413715 bytes, checksum: dafdc32dd46796f1e96cae753dadc151 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-12T17:59:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 413715 bytes, checksum: dafdc32dd46796f1e96cae753dadc151 (MD5) Previous issue date: 2003-03-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O sucesso de um programa de melhoramento depende da diversidade genética nas populações base, para possibilitar a manipulação, obtenção de genótipos superiores e combinação de características desejáveis nos genótipos melhorados. Neste trabalho foram avaliados o poder de discriminação de genitores de E. grandis e E. urophylla por marcadores moleculares RAPD e microssatélites (SSR). A análise por marcadores SSR destes genitores permitiu a discriminação das duas espécies em estudo. Os genitores utilizados para cruzamento em dialelo parcial circulante são divergentes para estes marcadores, e marcadores SSR foram mais eficientes na discriminação interespecífica. Apesar de tanto os marcadores RAPD quanto SSR permitirem a discriminação das duas espécies, foi observada baixa correlação entre medidas de dissimilaridade por RAPD e SSR. Utilizando-se uma população de E. pellita, foram feitas análises de diversidade e da interação genótipo ambiente e obtenção dos parâmetros genéticos e ambientais, pelos métodos da ANOVA e Máxima Verossimilhança Restrita (REML), bem como obtenção dos valores genéticos pela Seleção Combinada (SC) e Melhor Preditor Linear Não Viesado (BLUP). Para as características circunferência à altura do peito (CAP), altura total (ALT) e volume por ha (VOL), existe variabilidade genética pela ANOVA, tanto entre famílias como dentro de famílias para todos os 3 ambientes (solo LA1 – latossolo amarelo de textura argilosa, LU1 – latossolo una de textura média argilosa e LA6 – latossolo amarelo arenoso), sendo possível a seleção entre e dentro de famílias e obtenção de ganho com a seleção. A interação genótipo x ambiente não foi significativa. A SC foi eficiente na seleção dos genótipos, permitindo ganho com a seleção superiores a seleção convencional entre e dentro. Para análise da população de E. pellita por REML, as estimativas dos componentes de variância foram semelhantes aos valores obtidos pela ANOVA, assim como os valores de ganhos e tamanho efetivo (N e ) com a seleção pelo BLUP comparando-se a SC. As duas metodologias (ANOVA/SC e REML/BLUP) vêm sendo utilizadas para seleção em programas de melhoramento de eucalipto, entretanto, quando ocorre desbalanceamento não previsto dos ensaios de campo, deve-se dar preferência a métodos mais precisos para obtenção de componentes de variância e predição de valores genéticos como REML e o BLUP respectivamente. / The success of an improvement program depends on the genetic diversity in the populations in order to facilitate the manipulation, the obtaining of superior genotypes and combination of desirable characteristics in the improved genotypes. In this work the molecular markers RAPD and microssatellites (SSR) were used to discriminate E. grandis and E. urophylla genitors. The SSR analysis allowed the discrimination of the two species. The genitors analyzed in the circulating partial diallel were divergent for these markers. The RAPD as SSR markers allowed the discrimination of the two species. The SSR markers were more efficient in inter-specific discrimination. A low correlation was observed between RAPD and SSR dissimilarity measures. Diversity analyses and genotype x environmental interaction were done with a population of E. pellita. These analyses and the obtaining of genetic and environmental parameters were done by the ANOVA and Maximum Restricted Verisimilitude (REML) methods. The genetic values were obtained by the Combined Selection (SC) and Best Linear Unbiased Prediction (BLUP). Considering the chest height (CAP), total height (ALT) and volume (VOL) traits the genetic variability by ANOVA was significant among and inside families for all the 3 environments studied (soil LA1 - yellow latosoil of loamy texture, LU1 – Una latosoil of loamy medium texture and LA6 - sandy yellow latosoil). Based on these results the selection among and inside of families allows genetics gain. The genotype x environmental interaction was not significant. The SC was efficient and allowed better gain when compared with the conventional selection among and inside families. For REML/BLUP analysis of the E. pellita population the estimative variance components were similar to the values obtained by ANOVA, as well as the values of gains and effective size of population (Ne) with the selection for BLUP when compared to the SC. The two methodologies (ANOVA/SC and REML/BLUP) are being used for selection in eucalyptus improvement programs. However when unpredictable field tests unbalancing occurs, preference should be given to more precise methods for the obtaining of variance components and genetic values prediction as REML and BLUP. / Tese importada do Alexandria

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-07T17:11:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 927356 bytes, checksum: 6c422db022d62f1130f3945fa49dd101 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-07T17:11:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 927356 bytes, checksum: 6c422db022d62f1130f3945fa49dd101 (MD5) Previous issue date: 2000-08-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A diversidade genética de seis isolados Arthrobotrys conoides, três isolados A. oligospora e sete isolados A. robusta foi avaliada por meio de RAPD. A amplificação resultou em um total de 107 fragmentos de DNA polimórficos, utilizando 11 oligonucleotídeos. As distâncias genéticas variaram de 9 a 83%, quando analisadas em conjunto, demonstrando grande diversidade genética nos isolados dessas três espécies. Por meio dessas análises, pôde-se diferenciar os isolados A51 (A. robusta) e A78 (A. conoides) das suas respectivas espécies. Além desses, o isolado A183 (A. oligospora) também se diferenciou de sua espécie agrupando-se com isolados de A. robusta. A variação dentro da região ITS do rDNA de seis isolados A. conoides e sete isolados A. robusta foi analisada por PCR seguida pela análise do polimorfismo de comprimento de restrição (RFLP). Essa região amplificada inclui o espaçador interno transcrito (ITS), que possui um baixo grau de conservação. Dois isolados fúngicos, A51 e A78, apresentaram polimorfismo de tamanho dentro de suas respectivas espécies. Os produtos da amplificação da região ITS foram hidrolisados com diferentes endonucleases de restrição. Análises de agrupamento, baseadas nos fragmentos de DNA de restrição, separaram os isolados em três distintos grupos: o Grupo 1, que contém os isolados pertencentes à espécie A. conoides, exceto o isolado A78; o Grupo 2, que contém os isolados da espécie A. robusta, exceto o isolado A51; e o Grupo 3, formado pelos isolados A78 e A51, sugerindo uma nova análise na sua classificação. / The genetic diversity of six isolates of Arthrobotys conoides, three of A. oligospora, and seven of A. robusta was evaluated by RAPD. Total DNA amplification using 11 oligonucleotides resulted in 107 distinct polymorphic DNA fragments. The genetic distances varied from 9 to 38%, showing high genetic diversity among the isolates of the three species. By means of RAPD analysis, the isolates A51 (A. robusta) and A78 (A. conoides) could be differentiated from their respective species. Besides A51 and A78, the isolate A183 (A. oligospora) also differentiated from its species, grouping with the isolates of A. robusta. Variation within the rDNA ITS region of six isolates of A. robusta was analyzed by PCR, followed by restriction fragment length polymorphism analysis (RFLP). The amplified region included the internal transcribed spacer (ITS), which possesses a low degree of conservation. Two fungal isolates presented length polymorphism within their respective species. Amplification products of the ITS region were cleaved with different restriction endonucleases. Cluster analysis based on restriction fragments divided the isolates into three groups: Group 1, containing the A conoides isolates, except ixA78; Group 2, containing the A robusta isolates, except A51; and Group 3, formed by A78 and A51, suggesting that their classification should be revised.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-21T12:44:11Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 533052 bytes, checksum: b0aaa088353b0a9f7705de0705d1f822 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T12:44:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 533052 bytes, checksum: b0aaa088353b0a9f7705de0705d1f822 (MD5) Previous issue date: 2000-07-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Utilizando o tamanho das pústulas e o número de soros como critérios para avaliar a severidade, estabeleceu-se a seguinte escala de notas para quantificação da ferrugem em mudas inoculadas de Eucalyptus: S0 = imunidade ou reação de hipersensibilidade, com necrose ou “fleck”; S1 = pústulas puntiformes, < 0,8 mm de diâmetro, com uma ou duas uredínias; S2 = pústulas medianas, de 0,8 a 1,6 mm de diâmetro, com aproximadamente 12 uredínias; e S3 = pústulas grandes, > 1,6 mm de diâmetro, com 20 ou mais uredínias. Aferiu-se a utilidade dessa escala utilizando marcadores RAPD, geneticamente ligados a um gene de resistência à ferrugem, em uma progênie de E. grandis. Plantas das classes S0 e S1 apresentaram os referidos marcadores e foram consideradas resistentes. Plantas das classes S2 e S3 não apresentaram aqueles marcadores e foram consideradas suscetíveis. O erro na classificação entre plantas resistentes e suscetíveis foi apenas de 8%, o que se deveu à proximidade dos limites superior e inferior no tamanho das pústulas das classes S1 e S2, respectivamente. O uso dessa escala permitiu a seleção de grande número de materiais resistentes à ferrugem com relativas rapidez, facilidade e precisão. Mediante a inoculação artificial e a avaliação da severidade entre os 12 e 24 dias após a inoculação em famílias de irmãos- completos de E. grandis, identificou-se, no clone G21, um gene de efeito principal na resistência à ferrugem, aqui denominado Ppr1 (Puccinia psidii resistance, gene 1). A inclusão de plantas da classe S1 entre as plantas resistentes indicou que, além de Ppr1, outros genes de efeito secundário podem atuar na resistência à ferrugem. Esse foi o primeiro caso de identificação de um gene de resistência à ferrugem em Eucalyptus e um dos poucos genes de efeito principal em patossistema não co-evoluído. Utilizando uma progênie de E. grandis, constituída de 994 indivíduos segregantes para resistência à ferrugem, identificaram-se seis marcadores RAPD ligados ao gene Ppr1. O marcador AT9/917 apresentou completa co-segregação com o gene Ppr1 em todas as plantas segregantes avaliadas, indicando localizar-se a uma distância genética máxima estimada de 0,462 cM de Ppr1. Esse marcador foi clonado e seqüenciado, não revelando homologia significativa com seqüências depositadas em bancos de dados. No entanto, esse marcador poderá ser utilizado na clonagem posicional de Ppr1. / Based on the number of sorus and pustule size, a rating scale was developed for evaluation of rust severity in inoculated seedlings of Eucalyptus as follow: S0 = immunity or hypersensitive reaction, with necrosis or fleck; S1 = small pustules, < 0,8 mm diameter, with one or two uredinia; S2 = medium sized pustules, from 0,8 to 1,6 mm diameter, with approximately 12 uredinia and S3 = large pustules, > 1,6 mm diameter, with 20 or more uredinia. Plants belonging to S0 and S1 classes were considered resistant and those belonging to S2 and S3 classes, susceptible. The error in the classification of resistant and susceptible plants was of only 8%. The error is due to similarities in pustule size among plants at the upper limit in the S1 class with plants at the lower limit in the S2 class. The use of this scale allows the screening of rust resistant genotypes. The segregation ratio of resistant to susceptible plants in artificially inoculated E. grandis full-sib progenies suggested that rust resistance is controlled by a major gene, designated Ppr1 (after Puccinia psidii resistance, gene 1). Inclusion of plants belonging to S1 class suggests that, besides Ppr1, other genes of minor effect can be involved in rust resistance. This is the first case of a resistance gene identified in Eucalyptus and one of the few of single inheritance in non-coevolved pathosystems. Using a full-sib progeny of 994 individuals of E. grandis, six RAPD markers linked to the Ppr1 gene were identified. The AT9/917 marker was tightly linked to Ppr1 gene, although sequence does not reveal homology with previously characterized resistance genes in other plant species. This marker can be used as a starting point to positional cloning of Ppr1. / Tese importada do Alexandria