Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-06-14T12:08:57Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 459359 bytes, checksum: 33b2ffa38434f74a7e7b0705153c1a1f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-14T12:08:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 459359 bytes, checksum: 33b2ffa38434f74a7e7b0705153c1a1f (MD5) Previous issue date: 2017-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A espécie Coffea arabica é autógama com base genética estreita e originada no sudoeste da Etiópia. As variedades botânicas de cafeeiros introduzidas no Brasil mais representativas foram a Típica e o Bourbon, as quais deram origem a outras variedades. A variedade Bourbon é a reconhecida internacionalmente por apresentar elevado potencial de bebida. E é, por isso, valorizada nos mercados de cafés especiais. Dessa forma é essencial para programas de melhoramento que essa espécie seja conservada em Bancos de Germoplasma. O Banco Ativo de Germoplasma (BAG) de café da Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (Epamig), situado no município de Patrocínio, Minas Gerais, dá suporte aos programas de melhoramento e conta com 1596 acessos de café, destes, 140 foram registradas como Bourbon. O BAG de café da Epamig recebe o apoio do BAG de café da Universidade Federal de Viçosa (UFV), situado na Área Experimental do Fundão, no munícipio de Viçosa. Apesar de apresentarem uma ampla disponibilidade de características, esses bancos ainda não foram devidamente caracterizados, como é o caso do Bourbon, que ainda se tem muitas dúvidas sobre seus acessos, o que dificulta o uso no melhoramento e na comercialização. Para auxiliar a caracterização desses acessos, uma ferramenta útil é a utilização de marcadores moleculares, e os microssatélites são indicados para esse tipo de estudo. Diante disso, objetivou-se avaliar a diversidade genética por meio de marcadores moleculares SSR de acessos de Bourbon, além de variedades antigas e cultivadas, da coleção do BAG de café da Epamig. Esses acessos e variedades antigas e cultivadas foram denominados de populações, totalizado 14. Para as análises de variância molecular (AMOVA), discriminantes e de redes de correlação foram utilizados seis primers microssatélites (SSR), por apresentarem polimorfismo. Com base na AMOVA, observou-se maior variação genética dentro da população (64,88%) do que entre as populações (35,12%). Esses resultados sugerem que pode ter ocorrido polinização cruzada no local de coleta. Quanto à classificação das populações por análise discriminante observou-se que as populações tiveram similaridade com mais de uma população e algumas não tiveram similaridade com sua própria população. As populações caracterizadas pelo BAG como Bourbons foram analisados e, por similaridade, nenhum foi identificado como Bourbon, e sim como Sumatra, Catuaí Amarelo e alguns não foram bem distintos. Além disso, foram comparadas três características morfoagronômicas das quatro populações de possíveis Bourbons com as populações já identificadas como Bourbon Vermelho e Bourbon Amarelo. Observou-se variação para cor de broto nos indivíduos para as três populações caracterizadas como Bourbon Vermelho, e variação de porte na população caracterizada como Bourbon Amarelo. Pelos resultados obtidos, concluiu-se que existe uma maior variabilidade genética dentro das populações, e as quatro com classificação duvidosa de Bourbon apresentam similaridade com outras variedades. / Coffea arabica species is an autogamous with a narrow genetic base originating in southwestern Ethiopia. The most representative botanical varieties of coffee trees introduced in Brazil were Tipica and Bourbon, which gave rise to other cultivars. The Bourbon variety is internationally renowned for its high cup quality. Therefore, it is valued in the specialty coffee market. As a result, it is essential for breeding programs that this species be conserved in Germplasm Banks. The Agricultural Germplasm Bank (BAG) of the Agricultural Research Organization of Minas Gerais (EPAMIG), located in the municipality of Patrocínio, Minas Gerais, supports coffee breeding programs and has 1596 coffee accessions, of which 140 (like Bourbon) have been registered. The Epamig coffee BAG receives the support of the BAG of the Universidade Federal de Viçosa (UFV), located in the experimental area of the UFV, no municipality of Viçosa, Minas Gerais. Although they have a wide availability of characteristics, these banks have not yet been adequately characterized, as is the case of the Bourbon group, in which still there are many doubts about their accesses, which makes difficult to use in breeding and marketing. To help characterize these accesses, a useful tool is the use of molecular markers among which microsatellites are indicated for this type of study. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity through SSR molecular markers of Bourbon accesses, as well as old and cultivated varieties, from EPAMIG's coffee BAG collection. These ancient and cultivated accesses and varieties were called populations, totaling 14 polymorphisms. For analysis of molecular variance (AMOVA), discriminant and correlation networks, six microsatellite primers (SSR) were used. Based on AMOVA, there was greater genetic variation within the population (64.88%) than among populations (35.12%). These results suggest that cross-pollination may have occurred at the collection site. As for the classification of populations by discriminant analysis, it was observed that the populations had similarity with more than one population and some did not have similarity with their own population. Populations characterized by BAG as Bourbons were analyzed and, by similarity, none were identified as Bourbon, but as Sumatra, Catuaí Amarelo and some were not very distinct. In addition, three morphoagronomic characteristics of the four populations of possible Bourbons were compared to populations already identified as Red Bourbon and Yellow Bourbon. Variation to bud color was observed in the individuals for the three populations characterized as Red Bourbon and variation of size in the population characterized as Yellow Bourbon. From the results obtained, it was concluded that there is a greater genetic variability within the populations and the four with uncertain classification of Bourbon presented similarity with other varieties.

Submitted by Danielle Karla Martins Silva (danielle.martins@ufpe.br) on 2015-03-04T12:41:48Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Fontes, ACL-Dissertação.pdf: 1524345 bytes, checksum: 49ccb51b445e3582cf2b86fb4ad6f4bf (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-04T12:41:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Fontes, ACL-Dissertação.pdf: 1524345 bytes, checksum: 49ccb51b445e3582cf2b86fb4ad6f4bf (MD5) Previous issue date: 2012 / A cultura do feijão (Phaseolus vulgaris L.) apresenta grande importância econômica e social no Brasil, constituindo a principal fonte de proteína vegetal e ferro na alimentação humana. no entanto, as doenças que incidem sobre a cultura causam grandes perdas na produção, estando a murcha de Fusarium, causada por Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli, entre as mais importantes. Considerando que os marcadores moleculares vêm sendo utilizados para caracterizar diversidade genética em populações de fungos, e que a demanda por novas tecnologias que respeitem o ecossistema e não ofereçam riscos de contaminação estão se tornando cada vez mais importantes para o controle de doenças, este trabalho teve o objetivo de determinar a variabilidade genética por marcadores moleculares ISSP, ISSR e RAPD e a inibição por dos extratos de alho, alecrim, arruda e gengibre de sobre isolados de F.oxysporum f. sp. phaseoli provenientes do feijão comum com sintomas de murcha do Fusarium, coletados em diversos campos de cultivo do Estado de Pernambuco. A análise de agrupamento baseada nas distâncias dos três marcadores moleculares mostrou pouca variabilidade genética intraespecífica em F. oxysporum f. sp. phaseoli. A utilização dos extratos aquosos de alho, alecrim, arruda e gengibre apresentou inibição sobre os isolados desse fungo tanto no crescimento micelial quanto na produção de conídios. A pouca variabilidade observada com as várias técnicas empregadas inviabilizou o reconhecimento de correlações entre grupos e localidade. Os extratos podem ter potencial para serem utilizados como alternativa de controle de F. oxysporum f. sp. phaseoli, principalmente integrados a práticas de campo, minimizando assim, a utilização de agrotóxicos.

Memoria para optar al Título Profesional de Ingeniero Agrónomo Mención: Fitotecnia

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-12-19T10:26:00Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1997680 bytes, checksum: 2b074ed3497c0207909a3e7ecd4a8a54 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-19T10:26:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1997680 bytes, checksum: 2b074ed3497c0207909a3e7ecd4a8a54 (MD5) Previous issue date: 2016-11-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O gênero Pimelodella é um dos mais diversos da família Heptapteridae, com cerca de 71 espécies descritas, das quais, nove têm distribuição na região transandina. Entre estas, Pimelodella chagresi tem a distribuição mais ampla, considerada um complexo de espécies definido como um grupo polifilético. Os estudos integrativos das relações interespecíficas são escassos, e ainda a taxonomia e a validade das espécies na região são confusas, resultando numa subestimação da diversidade destes peixes. Este trabalho tem o objetivo de estudar as relações evolutivas e esclarecer a taxonomia do grupo através do uso de marcadores moleculares (mitocondriais e nucleares), análise de morfometria tradicional e merística. Adicionalmente, foi feita a caracterização citogenética de uma população que ocorre na bacia alta do rio Magdalena na Colômbia, empregando técnicas tradicionais (Giemsa e NOR) e de hibridação fluorescente in situ (FISH) usando sondas de DNA repetitivo, como microssatélites (CA 15 e GA 15 ) e as famílias multigênicas de RNA ribossomal (sondas 18S e 5S rDNA). Nossos resultados indicam que Pimelodella não representa uma unidade monofilética dentro da região transandina. As espécies avaliadas são definidas como grupos monofiléticos e as relações históricas foram inferidas. É detectada uma espécie não descrita que ocorre ao longo da bacia do rio Magdalena, historicamente reconhecida dentro do complexo P. chagresi. Esse complexo é restrito à bacia do rio Chagres, drenagens do pacífico no centro e oriente do Panamá. Neste trabalho é apresentado o primeiro estudo citogenético para o gênero na região transandina, indicando um número cromossômico diplóide 2n=50 (32m+14sm+4st) e um sistema cromossômico sexual simples XX/XY, onde o cromossomo heteromórfico Y revelou uma grande acumulação de diferentes domínios de DNA repetitivo. Os estudos históricos e biogeográficos da íctiofauna regional resultam em uma ferramenta importante pra inferir padrões de diversidade, e o estudo de padrões citogenéticos na avaliação populacional do gênero Pimelodella poderia contribuir no esclarecimento da taxonomia e as relações interespecíficas. / Pimelodella genus is one of the most diverse of Heptapteridae family with about 71 described species, of which nine have distribution in the trans-Andean region. Among these, Pimelodella chagresi has the widest distribution, considered a species complex defined as a polyphyletic group. Integrative studies of interspecific relations are limited, and the taxonomic status and validity of the species are confused, resulting in an underestimation of the diversity of these fishes. This work is developed with the aim of studying the evolutionary relationships and elucidates the taxonomy of group through the use of molecular markers (mitochondrial and nuclear), analysis of traditional morphometry and meristic counts. Additionally cytogenetic characterization of one population that occur in the Upper Magdalena Basin in Colombia was performed, using traditional techniques (Giemsa and NOR) and fluorescent hybridization in situ (FISH) through repetitive DNA probes, like microsatellites (CA 15 e GA 15 ) and ribosomal RNA multigene families (sondas 18S e 5S rDNA). Our results indicated that Pimelodella is not a monophyletic unit within the trans-Andean region. Species evaluated are defined as monophyletic groups and historical relationships were hypothesized. Here an undescribed species that occurs along the Magdalena River Basin was detected, historically recognized within the Pimelodella chagresi complex. This complex was restricted to the Chagres River Basin and Pacific drainages in central and eastern Panamá. We presented the first cytogenetic study for the genera in the trans-Andean region, indicating a diploid chromosome number 2n=50 (32m+14sm+4st) and differentiated simple sex chromosome system (XX/XY), where the heteromorphic chromosome Y revealed a large accumulation of different domains of repetitive DNA. The historical and biogeographic studies of regional ichthyofauna are an important tool to infer patterns of diversity, and study of cytogenetic patterns in the populational analysis of Pimelodella could contribute to the clarification of the taxonomy and interspecific relationships.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-14T12:22:08Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 427401 bytes, checksum: 0609733628cb6703b865bfec990057ad (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-14T12:22:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 427401 bytes, checksum: 0609733628cb6703b865bfec990057ad (MD5) Previous issue date: 2004-07-02 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A carne suína é uma das mais importantes fontes de proteína no mundo, sendo assim, um aumento da qualidade e da taxa de crescimento desses animais é um fator extremamente importante para a produção de suínos. Assim, o objetivo desse estudo foi identificar novos genes candidatos relacionados com a qualidade da carne, composição corporal e crescimento em suínos. Para esse estudo foi estabelecido uma família base compreendida de 3 gerações de animais oriundos do cruzamento entre as linhas Berkshire e Yorkshire. Para genes relacionados com qualidade da carne foram considerados: Proliferador de peroxissoma ativado pelo receptor alfa (Peroxisome proliferator – Activated receptor alpha -PPARA) e Peptídeo tirosina tirosina (Peptideo tyrosina tyrosina -PYY), devido ao seu grande papel em humanos e camundongos. Para crescimento foram estudados mais 3 genes baseados na sua localização em regiões de QTL (quantitative trait loci) no cromossomo 5 de suíno e também pelo seu papel fisiológico em humanos e camundongos: Dominíos CASP2 e RIPKI contendo adaptador com domínio da morte (CASP2 e RIPKI domain containing adaptor with death domain - CRADD), suppressor da sinilazição 2 da citoquinas (suppressor of cytokine signaling 2 - SOCS2) e receptor viral de semaforina codificada (viral encoded semaphrin receptor - PLXNC1). Polimorfismos foram identificados e usados para mapear esses três genes no cromossomo suíno. O PPARA, CRADD, SOCS2 e PLXNC1 foram mapeados no cromossomo 5 de suínos e o PYY foi mapeado no cromossomo 12. Análises de associações foram feitas na população de estudo Berkshire e Yorkshire e observou-se efeitos significativos do genótipo PPARA- BsrGI para peso ao nascimento (p<0,05), perda de água por gotejamento (p<0,05), e área de olho de lombo (p<0,1), com os animais com genótipos 11 apresentando maior peso ao nascimento, menor perda de água por gotejamento e maior área de olho de lombo. Em relação aos genótipos do PYY-HinfI, este apresentaram efeitos significativos para mamoreio (p<0,01), espessura de toucinho no lombo (p<0,05) e capacidade de retenção de água (p<0,05), espessura de toucinho média (p<0,1), firmeza (p<0,1), e potencial glicolítico médio (p<0,1), sendo que os animais 22 apresentaram maior marmoreio, maior espessura de toucinho no lombo e espessura de toucinho média e também apresentaram maior firmeza e maior potencia glicolítico, já os animais 11 apresentaram menor capacidade de retenção de água com animais. Para os genes relacionados com crescimento foram feitas duas análises estatísticas. Uma análise considerando os genes individualmente no modelo e outra com os três genes simultaneamente no modelo. A análise com os três genes revelou que houve efeito significativo do genótipo CRADD-AvaI sobre o lipídeo total (p<0,001), ganho diário médio durante o teste (p<0,1), marmoreio (p<0,1) e resistência média da carne (p<0,1), sendo que os animais 11 apresentaram menor teor de lipídios e menor marmoreio e os animais 22 apresentaram menor ganho diário e maior resistência da carne. Análise considerando os três genes no modelo mostrou que o SOCS2-SacII apresentaram efeitos significativos sobre peso aos 16 dias de teste (p<0,05), glicogênio médio (p<0,05) e ganho diário médio ao desmame (p<0,05), e peso da carcaça e cor (p<0,1), onde o genótipo 22 apresentou maior peso aos 16 dias, menor teor de glicogênio médio, maior ganho diário ao desmame e menores valores de peso da carcaça e cor. Finalmente, os genótipos do PLXNC1-MscI apresentaram efeitos significativos sobre o ganho médio diário no teste (p<0,01) e lombo hormel Minolta (p<0,01) e área de olho de lombo e pH do pernil (p<0,1), sendo que os animais com o genótipo 12 apresentando menor ganho diário médio, e os animais 11 apresentando uma cor mais forte, e os animais 22 apresentando os maiores valores de área de olho de lombo e pH do pernil. O uso destes genes na seleção assistida por marcadores podem resultar em melhoras substanciais para os programas de melhoramento genético de suínos. / Pork is one of the most important animal protein sources in the world and the increment of meat quality and growth rate have become important factors for pig producers. The objective of this study was to find positional candidate genes related with meat quality, body composition and growth in the pig. A three generation Berkshire and Yorkshire resource family was used to find and study genes with relevant phenotypes for meat quality and growth. Two candidate genes were considered for meat quality: the Peroxisome proliferator – Activated receptor alpha (PPARA) and Peptide YY or peptide tyrosine tyrosine (PYY). Also, it was investigated three more genes based on their positional locations in QTL (quantitative traits loci) regions on pig chromosome 5 and their importance in high growth. These genes were: CASP2 and RIPKI domain containing adaptor with death domain (CRADD), suppressor of cytokine signaling 2 (SOCS2) and viral encoded semaphorin receptor (PLXNC1). Single nucleotide polymorphisms were identified and used to map these genes to pig chromosomes. The ixPPARA, CRADD, SOCS2 and PLXNC1 genes were mapped on swine chromosome 5 and PYY gene was mapped on chromosome 12. Association analyses on the Berkshire and Yorkshire population revealed significant effects of PPARA- BsrGI genotypes for birth weight and average drip loss (p<0.05), and loin eye area (p<0.1). Animals 11 had higher birth weight and loin eye area, and smaller drip loss. The PYY- Hinf I genotypes showed significant effects on marbling (p<0.01), lumbar back fat and water holding capacity (p<0.05) and average back fat, firmness and average glycolytic potential (p<0.1). Animals 22 had more marbling, lumbar back fat, average back fat, firmness and average glycolytic potential, while animals 11 had smaller water holding capacity. For the high growth genes two analyses were made. One analysis was made with individual genes and another with all three genes in the model. The analysis with all three genes showed that there were significant effects of CRADD-AvaI genotypes on total lipid (p<0.001), and average daily gain on test, marbling and average instron force (p<0.1). Animals 11 had smaller total lipid and marbling, while animals 22 had smaller average daily on test and average instron force. Association analysis with SOCS2- SacII genotypes showed significant effects on 16 day weight, average daily gain to weaning and average glycolytic (p<0.05 level), and carcass weight and color (p<0.1). Animals 22 had higher 16 day weight, average daily gain to weaning, and lower average glycolytic, carcass weight and color. The PLXNC1- MscI genotypes showed significant effects on average daily gain on test and hormel loin Minolta (p<0.01), and loin eye area and ham pH (p<0.1). Animals 12 had smaller average daily gain, animals 11 higher color (hormel loin Minolta), and animals 22 with higher loin eye area and ham pH. In conclusion, the use of these genes in marker-assisted selection may result in substantial improvements in selection programs.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2015-12-02T17:27:23Z No. of bitstreams: 1 raquelmoraisdepaiva.pdf: 1569486 bytes, checksum: 7ddf7a46c894d89e5e6cc6cccac8350e (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: Título maiúsculo on 2015-12-03T11:34:10Z (GMT) / Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2015-12-03T11:47:25Z No. of bitstreams: 1 raquelmoraisdepaiva.pdf: 1569486 bytes, checksum: 7ddf7a46c894d89e5e6cc6cccac8350e (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: Palavras-chave: primeira letra de cada palavra em maiúsculo. Acrescentar uma em cada linha (não precisa colocar ponto e nem vírgula no final) on 2015-12-03T12:00:49Z (GMT) / Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2015-12-03T13:29:45Z No. of bitstreams: 1 raquelmoraisdepaiva.pdf: 1569486 bytes, checksum: 7ddf7a46c894d89e5e6cc6cccac8350e (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2015-12-03T13:58:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 raquelmoraisdepaiva.pdf: 1569486 bytes, checksum: 7ddf7a46c894d89e5e6cc6cccac8350e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-03T13:58:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 raquelmoraisdepaiva.pdf: 1569486 bytes, checksum: 7ddf7a46c894d89e5e6cc6cccac8350e (MD5) Previous issue date: 2015-02-23 / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O estudo de diversidade genética é importante na caracterização de populações de espécies vegetais como forrageiras. O aumento da produtividade é um objetivo constante do melhoramento das forrageiras e depende diretamente da diversidade genética existente. O Azevém (Lolium multiflorum Lam.) é uma forragem de inverno, muito utilizada para o gado devido à sua alta palatabilidade, digestibilidade e resistência ao pisoteio. A espécie é proveniente da Europa e, largamente utilizada no Sul do Brasil. Como parte do Programa de Melhoramento de Azevém da Embrapa Gado de Leite o presente trabalho teve como objetivo principal estimar a diversidade genética de 32 populações de azevém. O DNA de 628 indivíduos foi extraído, e marcadores microssatélites obtidos por amplificação cruzada foram utilizados. Um dendrograma foi gerado pelo algoritmo UPGMA, usando-se o software NTSYS, através do coeficiente de similaridade de Dice. Dentre os trinta e cinco pares de primers testados, vinte e cinco (71,5%) apresentaram amplificação cruzada em L. multiflorum, demonstrando a eficiência de utilização de marcadores desenvolvidos para espécies proximamente relacionadas. Quinze marcadores foram selecionados com base no sucesso da amplificação cruzada e maior número de polimorfismos. Os valores da matriz de coeficientes de similaridade obtidos variaram de 0,43 a 0,93. Observou-se a presença de divergência genética entre as populações, indicando que elas possuem uma ampla base genética. Este resultado está de acordo com a extensa distribuição geográfica e com o sistema alógamo de reprodução da espécie. / The genetic diversity estimation is important to characterize plant populations including forage species. The increase of productivity is a constant objective in forage breeding programs and is directly dependent of the genetic diversity. The ryegrass (Lolium multiflorum Lam.) is a winter grass, widely used for cattle due to its high palatability, digestibility and resistance to trampling. The species was introduced from Europe and is widely used in southern Brazil. As part of The Embrapa Dairy Cattle Ryegrass Breeding Program, the present work aimed to estimate the genetic diversity among 32 ryegrass populations. The DNA of 628 individuals was extracted and microsatellite markers obtained by cross amplification were used. A dendrogram was generated by UPGMA algorithm, using NTSYS software and Dice’s similarity coefficient. Among the thirty-five pairs of tested primers, twenty five (71.5%) showed cross amplification in L. multiflorum, demonstrating the efficiency of using cross amplification of microsatellite markers from related species. Fifteen markers were chosen based on the cross amplification success and the level of polymorphism. The values of similarity coefficient matrix varied from 0.43 to 0.93. Genetic divergence among the populations was observed, indicating that the populations possess a wide genetic base. This result corroborates the wide geographical distribution and the allogamous reproduction system previously reported for the species.

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Resumo: RESUMO John F.G. Agudelo. Estudos de variabilidade genética em lotes cultivados de tambaqui (Colossoma macropomum) na América do Sul. 2020. Dissertação de mestrado – Centro de Aquicultura da Universidade Estadual Paulista, CAUNESP, Jaboticabal, 2020. Atualmente, os estoques de peixes têm sofrido altos níveis de sobreexplotação pela pesca e estão ameaçados de extinção devido às alterações dos habitats naturais. Portanto, a produção de pescado oriunda de uma aquicultura sustentável certamente poderá auxiliar a suprir a demanda de proteína animal. Programas de melhoramento genético podem garantir a maximização do desempenho produtivo nos sistemas de cultivo, pois são capazes de otimizar o rendimento da produção da espécie-alvo. Entretanto, é fundamental que se realize primeiramente estudos de variabilidade genética por meio de marcadores moleculares, de maneira a evitar o gargalo genético e depressão endogâmica. Para esta finalidade, SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) são considerados os marcadores moleculares mais apropriados, uma vez que constituem o polimorfismo mais abundante em qualquer organismo. O tambaqui (Colossoma macropomum) é um dos peixes de maior valor comercial e de potencial para a piscicultura da América do Sul, portanto, uma espécie-alvo para programas de melhoramento genético. O presente trabalho teve como objetivo analisar a variabilidade genética de estoques de tambaqui na América do Sul, utilizando marcadores SNPs obtidos por sequenciamento de nova gera... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: ABSTRACT John F.G. Agudelo. Genetic variability studies in cultivated tambaqui (Colossoma macropomum) lots in South America. 2020. Master's dissertation - Aquaculture Center at Universidade Estadual Paulista, CAUNESP, Jaboticabal, 2020. Currently, fish stocks have suffered from high levels of overexploitation by fishing and are threatened with extinction due to changes in natural habitats. Therefore, the production of fish from sustainable aquaculture can certainly help to meet the demand for animal protein. Genetic improvement programs can guarantee the maximization of productive performance in cultivation systems, because they are able to optimize the production yield of the target species. However, it is essential that genetic variability studies be carried out first through molecular markers, in order to avoid the genetic bottleneck and inbreeding depression. For this purpose, SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) are considered the most appropriate molecular markers, since they constitute the most abundant polymorphism in any organism. Tambaqui (Colossoma macropomum) is one of the fish with the greatest commercial value and potential for fish farming in South America, therefore, a target species for breeding programs. The present work aimed to analyze the genetic variability of tambaqui stocks in South America, using SNPs markers obtained by new generation sequencing. Initially, about 350 tambaqui breeders were sequenced, coming from fish farms in different locations: S... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Biblioteca de Pós-Graduação em Geoquímica BGQ (bgq@ndc.uff.br) on 2017-09-13T16:47:10Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Maria Antonia.pdf: 1558722 bytes, checksum: 45d44953fdc50328a4c365482547773f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-13T16:47:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Maria Antonia.pdf: 1558722 bytes, checksum: 45d44953fdc50328a4c365482547773f (MD5) / Universidade Federal Fluminense. Instituto de Química. Programa de Pós-Graduação em Geoquímica, Niterói, RJ / O sistema estuarino-lagunar Mundaú Manguaba é um ecossistema costeiro tropical raso, localizado nas margens da cidade de Maceió, nordeste do Brasil, que sofre impactos antropogênicos provenientes principalmente da urbanização e ocupação de suas margens, do cultivo extensivo da cana-de-açúcar e do despejo de esgoto sanitário e rejeitos industriais, que fertilizam suas águas. Nesse contexto, este trabalho teve como objetivo avaliar a origem e o comportamento da matéria orgânica sedimentar do sistema, e, em última instância, o seu grau de contaminação fecal. Para tal, foram quantificados marcadores moleculares orgânicos (álcoois lineares e esteróis) por cromatografia gasosa acoplada a espectrometria de massa (CG/EM), juntamente com diversos parâmetros físico-químicos e orgânicos do sedimento (granulometria, teor de matéria orgânica, C, N, entre outros) em amostras coletadas ao longo do eixo longitudinal das lagoas Mundaú e Manguaba, das fontes fluviais (rios Mundaú, Sumaúma e Paraíba do Meio), em uma amostra de solo e nos canais de ligação com o mar. A distribuição dos compostos analisados mostrou que a matéria orgânica sedimentar das lagoas tem origem essencialmente da sua própria produção primária fitoplantônica. Nas fontes fluviais e próximo a suas desembocaduras há uma influência da matéria orgânica terrígena, acarretando em uma mistura entre a matéria orgânica autóctone e alóctone. Os álcoois lineares de cadeia longa se mostraram ferramentas eficientes para avaliar a influência terrestre, o que não pode ser afirmado para os esteróis. Estes últimos foram mais eficazes para determinar o grau de contribuição da matéria orgânica fecal, que foi considerável próximo à cidade de Maceió (4,4 μg de coprostanol por grama de sedimento seco), e suas razões (estanol/estenol) puderam evidenciar as transformações diagenéticas da matéria orgânica, especialmente a autóctone. A região dos canais apresentou teores insignificantes para todos os marcadores moleculares, provavelmente em função de sua maior hidrodinâmica que favorece a predominância de material mais grosso (areias), em detrimento da deposição de finos, ao qual geralmente a matéria orgânica está preferencialmente associada. / Mundaú- Manguaba is a tropical, shallow coastal lagoon system, located at Maceió, the capital of Alagoas, northeast Brazil. This ecosystem suffers anthropogenic impacts originating mainly from urbanization and occupation of its margins, the extensive sugar-cane monoculture and the dispoasal of sludge and industrial waste, which fertilize its waters. The aim of this study is to evaluates the origin and the behaviour of the sedimentary organic matter, and also its degree of faecal contamination. Organic molecular markers (fatty alcohols and sterols), together with physical and organic bulk parameters (grain size, organic matter, C, N, and others) were quantified on sediment samples of the Mundaú and Manguaba lagoons, its fluvial sources (Mundaú, Sumaúma and Paraíba do Meio Rivers), a soil sample and on the channels connecting to the sea. The distribution of those compounds showed that the sedimentary organic matter of the lagoons originates essentially from its phytoplankton primary production. Fluvial sources and river mouths are both influenced by terrigenous materials, with a mix of authoctonous and allochtonous organic compounds. The long chain fatty alcohols served as efficient tools to evaluate the terrestrial influence. In contrast, the sterols were more efficient to determine the amount of faecal contribution close to Maceió´s waste disposal, with coprostanol attaining 4,4 μg/g of dry weight. Moreover, stanol/sterol ratios evidenced the early diagenesis of organic materials, specially those of autochthonous origin. The channel system presented low organic matter contents devoid of significant concentrations of the molecular markers, due to stronger advective exchange within the channels, favouring the predominance of sandy materials, rather than fine grained sediments, the last generally are associated to organic matter.

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Doriane Picanco Rodrigues.pdf: 621795 bytes, checksum: eef07284526ed1e322db593a7fb7fd98 (MD5) Previous issue date: 2006-09-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The peach palm (Bactris gasipaes Kunth var. gasipaes) is a domesticated Neotropical palm that is important as a cultivated source of heart-of-palm. The genetic base for this agribusiness is the Pampa Hermosa landrace, Yurimaguas, Peru, that supplies the absolute majority of the seeds used in the expansion of the agribusiness and the improvement programs in Brazil, because its plants are spineless and more productive than those of other landraces. The use of molecular markers will permit better discrimination among populations and progenies of the landrace, guiding the selection of elite individuals and the search for hybrid vigor via maximization of heterozygosity within the landrace. This study evaluated the genetic diversity, population structure, and genetic relations among progenies and populations in a progeny trial maintained at INPA, Manaus, Amazonas, as well as the mating system of the peach palm using eight microsatellite loci, to support the improvement programs that use these genetic resources. Samples from three populations of the Pampa Hermosa landrace and from the market of Yurimaguas were collected from 12 progenies from the Cuiparillo River (n=140), 12 from the Paranapura River (n=130), nine from the Shanusi River (n=130), and 17 from the market at Yurimaguas (n=168). The sampling concentrated on plants (121) selected for heart length, and included non-selected plants (447). High genetic variability exists in the progeny trail, with a mean of 15.1 alleles per locus and total diversity (HT) equal to 0.82. The eight loci had 12 common alleles and 26 intermediate-frequency alleles found in all the populations and the market, and 83 alleles scattered among populations, with 14 private alleles. The observed heterozygosity (Ho) in the trail was less than the He in the majority of the loci; in locus Bg02-08 Ho was very inferior, suggesting a strong excess of homozygotes in this locus. The Ho was lowest in Shanusi (0.64) and highest in Paranapura (0.74). The inbreeding coefficient f varied among populations and market, and was highest in Shanusi (0.190) and lowest in Paranapura (0.111). Genetic divergence among the populations and the market was low (formula), certainly due to high gene flow (9.8 migrants per generation). The AMOVA detected 82.8% of the total variation within the progenies, 16% among the progenies within the populations and market, and only 1.3% among the populations and the market, describing a weak genetic structure and suggesting that the populations and the market are highly related. This relationship was confirmed by the dendrograms of the DAS genetic distances among the populations, with a greater proximity between the populations of Paranapura and Cuiparillo, and between the Mercado and Shanusi. The dendrogram of the DAS genetic distances showed high genetic affinity among the progenies and the formation of groups independent of their geographic origin. The Ho and He were high for the majority of the progenies, confirming high genetic variability within the progenies. The inbreeding coefficient (f) for the progeny trial was not different from zero, confirming an excess of heterozygotes and confirming the high variability observed from the estimates of heterozygosity. The analysis of the mating system found that the species is predominantly allogamous. The high out-crossing rate demonstrates that the progenies are derived almost exclusively from individuals experiencing out-crossing, probably due to the harvest representing the peak of the flowering season and to the synchronism of flowering associated with the behavior of the pollinator. The estimates of crossing among relatives (tm - ts) were significant (0.101 to 0.202), suggesting some biparental inbreeding, probably due to the farmers practice of planting open-pollinated seeds of only a few seed sources in the same plot. The estimate of paternity correlation was low (varying from 0.051 to 0.112), suggesting a small number of full sibs within the progenies and large number of pollen sources (9 to 20) participating in the crosses. The progenies of the trial are composed mainly of half sibs with great genetic variability, enhanced by the large number of pollen sources, and suggests that selection for heart-of-palm production could be based on the classic models of quantitative genetics applied to exclusively allogamous species. This information will be used to guide the crosses among progenies/populations. Two improvement plans are feasible with this information: population improvement, with crosses among highly divergent plants and progenies; by reciprocal recurrent selection, with the creation of divergent populations based on morphometric and genetic information. / A pupunheira cultivada (Bactris gasipaes Kunth var. gasipaes) é uma palmeira domesticada que vem se destacando como produtora de palmito. A base genética para o agronegócio vem da raça primitiva Pampa Hermosa, Yurimáguas, Peru, que fornece a maioria absoluta das sementes usadas na expansão do agronegócio e nos programas de melhoramento no Brasil, devido a possuir plantas sem espinho que são mais produtivas que as de outras raças. O uso de marcadores moleculares possibilitará discriminar com maior confiabilidade entre populações e progênies, orientando a seleção de matrizes e a busca de vigor híbrido via maximização de heterozigosidade dentro da raça. Este trabalho avaliou a diversidade e a estrutura genética, as relações genéticas entre as progênies e o sistema de reprodução de pupunheira da raça Pampa Hermosa, usando oito loci microsatélites, para apoiar os programas de melhoramento que usam estes recursos genéticos. Foram coletadas amostras de três populações de pupunheira da raça Pampa Hermosa e do mercado de Yurimáguas mantidas no ensaio de progênies do INPA, sendo 12 progênies do rio Cuiparillo (n=140), nove do rio Shanusi (n=130), 12 do rio Paranapura (n=130) e 17 do mercado de Yurimáguas (n=168). A amostragem concentrou-se em plantas selecionadas (121) para comprimento do palmito e não selecionadas (447). Existe alta variabilidade genética nas progênies do ensaio, com média de 15,1 alelos por loci e diversidade total (HT) igual a 0,82. Os oito loci apresentaram 12 alelos comuns e 26 alelos intermediários presentes em todas as populações e o mercado, e 83 alelos raros, sendo 14 privados, 10 esporádicos e 62 difundidos. As heterozigosidades observadas (Ho) no conjunto de plantas foram inferiores a heterozigosidade esperada (He) na maioria dos loci; no lócus Bg02-08 Ho foi muito inferior, sugerindo forte excesso de homozigotos neste lócus. A Ho foi menor em Shanusi (0,64) e maior em Paranapura (0,74). Os coeficientes de endogamia variaram entre populações e mercado, sendo maior em Shanusi (0,190) e menor em Paranapura (0,111). Detectou-se baixa divergência genética entre as populações e o mercado (fórmula), certamente devido ao alto fluxo gênico (9,8 migrantes por geração). A AMOVA detectou 82,8% do total da variação dentro das progênies, 16% entre as progênies dentro das populações e o mercado, e somente 1,3% entre as populações e o mercado, confirmando uma estrutura genética mínima e sugerindo que as populações e o mercado são altamente relacionadas. Este relacionamento foi confirmado pelos dendrogramas de distâncias (DAS) das populações, o qual mostra maior proximidade entre as populações de Paranapura e Cuiparillo, e entre o mercado e Shanusi. O dendrograma das progênies mostra alta afinidade genética e formação de grupos independentes de sua área geográfica de origem. As heterozigosidades observadas (Ho) e esperadas (He) foram altas para a maioria das progênies, evidenciando alta variabilidade genética dentro das progênies. O coeficiente de endogamia (f) para o conjunto de progênies não foi diferente de zero, evidenciando excesso de heterozigotos e confirmando a alta variabilidade observada pelas estimativas de heterozigosidade. A análise do sistema de reprodução revela que a espécie é predominantemente alógama. As altas taxas de cruzamento demonstram que as progênies são oriundas quase que exclusivamente por indivíduos provenientes de exocruzamento, provavelmente devido ao estágio fenológico (pico da safra) e ao sincronismo de floração associado ao comportamento do polinizador. Porém, as estimativas (tm - ts) foram significativas (0,101 a 0,202), evidenciando endogamia biparental, provavelmente decorrente da prática agrícola de plantar sementes de polinização aberta de poucas matrizes na mesma roça. A estimativa da correlação de paternidade foi baixa (variando de 0,051 a 0,112), indicando pequena proporção de irmãos-completos dentro das progênies e grande número de doadores de pólen (9 a 20) participando dos cruzamentos individuais. Portanto, as progênies do ensaio são compostas em sua maioria por meios-irmãos com elevada variabilidade genética, evidenciada pelo alto número de doadores de pólen, e sugere que a seleção para produção de palmito poderá ser baseada nos modelos clássicos de genética quantitativa aplicados para espécies exclusivamente alógamas. Essas informações serão utilizadas para orientar os cruzamentos entre e dentro de progênies/populações. Dois planos de melhoramento são factíveis com essa informação: melhoramento populacional, com cruzamentos entre plantas e acessos altamente divergentes; melhoramento por meio de seleção recorrente recíproca, com a criação de populações divergentes em termos morfométricos e genéticos.

Genomic selection (GS) works by simultaneously selecting hundreds or thousands of markers covering the genome so that the majority of quantitative trait loci are in linkage disequilibrium (LD) with such markers. Thus, markers associated with QTLs, regardless of the significance of their effects, are used to explain the genetic variation of a trait. Simulation and empirical results have shown that genomic prediction presents sufficient accuracy to help success in breeding programs, in contrast to traditional phenotypic analysis. For this end, an important step addresses the use of statistical genetic models able to predict the phenotypic performance for important traits. Although some crops have benefited from this approach, studies in the genus Coffea are still in their infancy. Until now, there have been no studies of how predictive models work across populations and environments or, even, their performance for different complex traits. Therefore, the main objective of this research is investigating important aspects related to statistical modeling in order to enable a more comprehensive understanding of what makes a robust prediction model and, as consequence, apply it in practical breeding programs. Real data from two experimental populations of Coffea canephora, evaluated in two brazilian locations and SNPs identified by Genotyping-by-Sequencing (GBS) were considered to investigate the genotype-phenotype relationship. In terms of statistical modelling, two classes of models were considered: i) Mixed models, based on genomic relationship matrix to define the (co)variance between relatives (called GBLUP model); and ii) Multilocus association models, which thousands of markers are modeled simultaneously and the marker effects are summed, in order to compute the genetic merit of individuals. Both approaches were considered in separated chapters. Chapter entitled \"A mixed model to multiplicative harvest-location trial applied to genomic prediction in Coffea canephora\" addressed an expansion of the traditional GBLUP to accommodate interaction effects (Genotype × Local and Genotype × Harvest). For this end, we have tested appropriate (co)variance structures for modeling heterogeneity and correlation of genetic effects and residual effects. The proposed model, called MET.GBLUP, showed the best goodness of fit and higher predictive ability, when compared to other methods. Chapter in the sequence was entitled \"Comparison of statistical methods and reliability of genomic prediction in Coffea canephora population\" and addressed the use of different modelling assumptions considering multilocos association models. The usual assumption of marker effects drawn from a normal distribution was relaxed, in order to seek for a possible dependency between predictive performance and trait, conditional on the genetic architecture. Although the competitor models are conceptually different, a minimal difference in predictive accuracy was observed in the comparative analysis. In terms of computational demand, Bayesian models showed higher time of analysis. Results discussed in both chapters have supported the potential of genomic selection to reshape traditional breeding programs. In practice, compared to traditional phenotypic evaluation, it is expected to accelerate the breeding cycle in recurrent selection programs, maintain genetic diversity and increase the genetic gain per unit of time. / Seleção Genômica pode ser definida como a seleção simultânea de centenas ou milhares de marcadores moleculares, os quais cobrem o genoma de forma densa, de modo que locos de caracteres quantitativos (QTL) estejam em desequilíbrio de ligação com uma parte desses marcadores. Assim, marcadores associados a QTLs, independentemente da significância dos seus efeitos, são utilizados na predição do mérito genético de um indivíduo para um determinado caráter. Simulações e estudos empíricos mostram que essa abordagem apresenta acurácia suficiente para garantir o sucesso em programas de melhoramento genético, quando comparado com os métodos tradicionais de seleção fenotípica. Para tanto, uma das etapas requeridas é o uso de modelos genético-estatísticos que contemplem a predição fidedigna da performance fenotípica da população sob estudo. Apesar da relevância, o número de estudos no gênero Coffea ainda são reduzidos, não havendo relatos sobre o desempenho desses modelos em diferentes populações e ambientes, ou mesmo, a sua performance para diferentes caracteres agronômicos do cafeeiro. Dessa forma, este estudo tem como finalidade investigar aspectos relacionados a modelagem estatística, a fim de compreender quais são os fatores que tornam os modelos preditivos mais acurados e utiliza-los em programas aplicados de melhoramento genético. Dados reais de duas populações de seleção recorrente de Coffea canephora, avaliados em dois ambientes e genotipados pela tecnologia de genotipagem por sequenciamento (GBS, do inglês Genotyping-by-Sequencing) foram considerados para o estudo da relação entre genótipo-fenótipo. Em termos de modelagem estatística, duas classes de modelos foram considerados: i) Modelos mistos, baseados no cálculo da matriz de parentesco realizado como medida de (co)variância genética entre indivíduos (modelo GBLUP); e ii) Modelos de associação multilocos, no qual milhares de marcadores moleculares são modelados simultaneamente e os efeitos estimados dos marcadores são somados, a fim de computar o mérito genético dos indivíduos. Ambas estratégias foram descritas em capítulos separados no formato de artigo científico. O capítulo intitulado \"A mixed model to multiplicative harvest-location trial applied to genomic prediction in Coffea canephora\" abordou uma expansão do modelo GBLUP de modo a contemplar efeitos de interações entre Genótipo × Colheita e Genótipo × Local. Para tanto, apropriadas estruturas de variância e covariância para modelagem da heterogeneidade e correlação dos efeitos genéticos e residuais foram testadas. O modelo proposto, denominado de MET.GBLUP, apresentou melhor qualidade de ajuste e capacidade preditiva, quando comparado com outros métodos. O capítulo em sequência, intitulado de \"Comparison of statistical methods and reliability of genomic prediction in Coffea canephora population\" investigou a capacidade preditiva de diferentes modelos de associação multilocos. A suposição usual de efeitos dos marcadores amostrados de uma distribuição normal foi relaxada, a fim de testar métodos alternativos que pudessem melhor descrever o fenômeno biológico e, consequentemente, resultar em maior capacidade preditiva. Embora os modelos testados sejam conceitualmente distintos, diferenças mínimas nos valores de acurácia de predição foram observadas nos cenários testados. Em termos de demanda computacional, modelos Bayesianos apresentaram maior tempo de análise. Os resultados descritos em ambos os capítulos apoiam o potencial do uso da seleção genômica em programas de melhoramento assistido de café. Em termos práticos, comparado com métodos tradicionais de avaliação fenotípica, é esperado que a implementação desses conceitos em programas de seleção recorrente possam acelerar o ciclo de melhoramento, manter a diversidade genética e, sobretudo, aumentar o ganho genético por unidade de tempo.