Submitted by FREDY ARVEY RIVERA PÁEZ null (fredy.rivera@ucaldas.edu.co) on 2017-08-25T20:51:36Z No. of bitstreams: 1 Teses Doutorado Fredy Rivera.pdf: 7911822 bytes, checksum: 83cad331d2fa5ca6862f3987ab4e9e66 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-29T13:54:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 riverapaez_fa_dr_rcla.pdf: 7911822 bytes, checksum: 83cad331d2fa5ca6862f3987ab4e9e66 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T13:54:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 riverapaez_fa_dr_rcla.pdf: 7911822 bytes, checksum: 83cad331d2fa5ca6862f3987ab4e9e66 (MD5) Previous issue date: 2017-08-11 / Asociación Universitaria Iberoamericana de Postgrado (AIUP) / Os carrapatos de corpo duro (Acari: Ixodidae) contam com 724 espécies descritas, sendo 120 espécies registradas oficialmente na região neotropical. No entanto, na Colômbia o registro e distribuição das espécies da família Ixodidae é escasso e pouco se sabe sobre a interação destes ectoparasitas com as diferentes espécies de Rickettsia na região, deixando uma lacuna em estudos e em conhecimento ixodológico e zoonótico no país. Desta forma, o presente trabalho buscou: a) realizar o levantamento e identificação de espécies de carrapatos duros associados a hospedeiros domésticos em regiões da Colômbia, utilizando caracteres morfológicos externos e marcadores moleculares; b) aferir a existência de caracteres morfohistológicos do sistema reprodutor masculino de carrapatos do gênero Amblyomma e c) verificar a ocorrência de bactérias Rickettsia spp. em carrapatos duros em regiões da Colômbia. Durante o período de agosto de 2014 e maio de 2016, foram coletados 1.745 carrapatos diretamente de hospedeiros domésticos e em ativa alimentação, em 17 municípios de 10 departamentos da Colômbia. Os indivíduos coletados foram identificados com base em sua morfologia externa e preparados para aplicação de técnicas de microscopia, bem como técnicas de análise molecular dos genes ITS2, citocromo oxidase I (COI) e 16S rDNA. Os resultados encontrados permitiram o registro de três gêneros e oito espécies de carrapatos duros nas áreas de estudo, sendo registrada pela primeira vez a espécie Amblyomma mixtum para a Colômbia. Outro registro inédito, no presente estudo foi um caso de ginandromorfismo em A. mixtum, sendo o primeiro caso para a espécie e o primeiro para carrapatos no país. As análises das populações de Rhipicephalus sanguineus sensu lato mostraram que os carrapatos do departamento do Casanare são morfologicamente distintos aos de outras regiões da Colômbia, apesar das análises moleculares evidenciarem tratar-se da mesma linhagem. Embora ainda preliminar, os dados obtidos mostraram também que o sistema reprodutor masculino de carrapatos e suas células germinativas possuem caracteres elegíveis para análises de sistemática de Ixodidae. Confirmou-se também a presença de agentes infecciosos do grupo das rickettsias em espécimes de carrapatos coletados, alertando sobre a importância de medidas governamentais epidemiológicas em alguns dos departamentos colombianos amostrados. / Hard-bodied ticks (Acari: Ixodidae) comprise 724 known species, with 120 species officially registered for the Neotropical region. However, in Colombia, species registry and distribution for the family Ixodidae is scarce, and little is known of the interaction of these ectoparasites with the different Rickettsia species in the region, leading to gaps regarding the ixodological and zoonotic study and knowledge in the country. In this context, this study aimed to: a) establish and identification hard-bodied ticks associated with domestic hosts in various regions of Colombia, using external morphological characters and molecular markers; b) assess the existence of morphohistological characters of the male reproductive system of Amblyomma ticks; and c) verify the occurrence of Rickettsia spp. in hard-bodied ticks in various regions of Colombia. During August of 2014 and May of 2016, 1745 ticks were collected actively feeding on domestic hosts in 17 municipalities of 10 departments of Colombia. The specimens were identified based on their external morphology and prepared for microscopy, as well as for molecular analyses of genes ITS2, cytochrome oxidase I (COI) and 16S rDNA. The results show the presence of three genera and eight hard-bodied tick species in the municipalities studied, including the first register of the species Amblyomma mixtum for Colombia. In addition, we report an unprecedented case of gynandromorphism in A. mixtum, which also constitutes the first report for the species and the first for ticks in the country. A population analysis of Rhipicephalus sanguineus sensu lato showed that specimens of the department of Casanare are morphologically distinct from those of other regions of Colombia, despite the fact that the molecular analyses showed that these belong to the same lineage. Although preliminary, the data obtained also show that the male tick reproductive system and its germ cells present eligible characters for Ixodidae systematics. We also confirmed the presence of infectious agents of the rickettsial group in the tick specimens collected, which alerts the importance of governmental epidemiological measures in some departments of Colombia.

Submitted by Rafael de Matteis null (rafamatteis@gmail.com) on 2017-11-08T12:06:38Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_final_07_11.pdf: 1681500 bytes, checksum: 500c4cfcd27a41f039ae32bf6442d92c (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-11-21T13:44:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 matteis_r_me_jabo.pdf: 1681500 bytes, checksum: 500c4cfcd27a41f039ae32bf6442d92c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-21T13:44:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 matteis_r_me_jabo.pdf: 1681500 bytes, checksum: 500c4cfcd27a41f039ae32bf6442d92c (MD5) Previous issue date: 2017-10-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Ao longo de várias décadas a raça Quarto de Milha foi selecionada para diferentes objetivos, formando grupos com aptidões ou habilidades distintas, como a linhagem de corrida, que apresenta melhor desempenho que qualquer outra linhagem ou raça em corridas de curta distância e a linhagem de trabalho, utilizada no manejo de bovinos a campo e em provas de caráter funcional. Considerando as diferenças nas medidas corporais e na musculatura que ocorrem entre as linhagens de corrida e de trabalho da raça Quarto de Milha, o objetivo deste trabalho foi analisar a ocorrência de relações entre alelos de polimorfismos da região cromossômica do gene da miostatina MSTN (ECA18), um regulador negativo do desenvolvimento muscular, e as duas linhagens da raça. Outro objetivo foi realizar análises de associação de polimorfismos dessa região cromossômica com valor genético estimado (EBV) do desempenho em corridas, dado pelo índice de velocidade máximo (IV max), e EBVs da altura à cernelha (AC), perímetro torácico (PT) e comprimento corporal (CC) na linhagem de corrida, e com EBVs da AC, PT e CC na linhagem de trabalho. Foram utilizadas informações genômicas, fenotípicas e de pedigree de 420 equinos, de ambos os sexos, registrados na associação Brasileira de criadores (ABQM), sendo 352 da linhagem de corrida e 68 da de trabalho. Na região genômica estudada (gene MSTN ± 2Mb), foram identificados 46 SNPs e 1 SINE – ERE1 comuns às linhagens de trabalho e de corrida, dos quais 32 SNPs e 1 SINE apresentaram alelos com frequências significativamente diferentes entre às mesmas. Também foi constatado que a porção dessa região mais próxima ao gene MSTN (± 1Mb) é menos polimórfica na linhagem de corrida em relação à de trabalho, o que pode ser consequência de maior pressão de seleção sobre essa região na linhagem de corrida e/ou em função do uso de animais da raça Puro Sangue Inglês na mesma. Em relação aos polimorfismos associados à fenótipos (p não ajustado < 0,05), destacaram-se os relacionados à altura de cernelha na linhagem de corrida devido ao seu grande número (p não ajustado < 0,05) e alto desequilíbrio de ligação. Ademais estes marcadores apresentaram frequências do alelo favorável significativamente maiores em relação à linhagem de trabalho. Tendo se em vista a possibilidade de associação genética entre características morfológicas e desempenho em equinos, esse resultado é de grande importância, fornecendo informações para futuros estudos de melhoramento genético animal. / For several decades the Quarter Horse breed was selected for different purposes, forming groups with different abilities, such as the racing line, which performs better than any other lineage or breed in short distance races and the lineage of work, used in the management of field cattle and in functional tests. Considering the differences in body measurements and musculature that occur between racing and working strains of the Quarter-Mile breed, the objective of this study was to analyse the occurrence of relations between polymorphic alleles of the chromosomal region of the myostatin (MSTN) gene (ECA18), a negative regulator of muscle development, and the two lineages of the breed. Other objective was to perform association analyses of these polymorphisms with estimated genetic value (EBV) of the performance in lineages, given by the maximum velocity index (IV max), and EBVs of height at withers (HW), heart girth (HG) and body length (BL) in the racing line, and with EBVs of AC, PT and CC in the working line. We used genomic, phenotypic and pedigree information from 420 horses of both sexes, recorded in the Brazilian breeders' association (ABQM), 352 and 68 of the racing and working line, respectively. In the studied genomic region (MSTN gene ± 2Mb), 46 SNPs and 1 SINE - ERE1 were identified, common to the working and running strains, of which 32 SNPs and one SINE presented alleles with significantly different frequencies between them. It has also been found that the portion of this region closest to the MSTN gene (± 1Mb) is less polymorphic in the racing versus the working strain, which may be a consequence of higher selection pressure on that region in the racing line and / or due to the use of purebred English animals in it. In relation to the polymorphisms associated with the phenotypes (p not adjusted <0.05), those related to the height of the withers in the race line due to their large number (p not adjusted <0.05) and high linkage disequilibrium were the most prominent. In addition, these markers presented frequencies of the favorable allele significantly higher in relation to the working lineage. Considering the possibility of genetic association between morphological characteristics and performance in equines, this is a result of great importance, providing information for future animal breeding studies. / CNPq: 134521/2015-3

Submitted by Cíntia Maria Marchiori (cintia-marchiori@hotmail.com) on 2018-05-16T23:45:36Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Definitiva.pdf: 1874440 bytes, checksum: e48c0b00ff81957eb607e25504e3a9ae (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-05-17T16:56:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 marchiori_cm_me_jabo.pdf: 1874440 bytes, checksum: e48c0b00ff81957eb607e25504e3a9ae (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-17T16:56:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marchiori_cm_me_jabo.pdf: 1874440 bytes, checksum: e48c0b00ff81957eb607e25504e3a9ae (MD5) Previous issue date: 2018-04-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Na raça Quarto de Milha de equinos (Equus caballus), diferentes objetivos de seleção levaram à formação de linhagens com distintas habilidades, entre as quais a de trabalho e a de corrida. A linhagem de trabalho destina-se às provas de caráter funcional, explorando habilidades como agilidade e obediência, características consideradas de grande importância no manejo do gado a campo. Os animais de corrida apresentam melhor desempenho em pistas de curtas distâncias do que qualquer outra raça de equinos. O objetivo deste estudo foi caracterizar, por meio da genotipagem de SNP em larga escala, o desequilíbrio de ligação (LD), calculado por r², nas linhagens de trabalho e de corrida de cavalos Quarto de Milha criados no Brasil. Também foi investigado o tamanho efetivo (Ne) das duas populações, bem como as suas estruturas e relações. Para tanto, foram utilizados 428 equinos Quarto de Milha, de ambos os sexos, registrados na associação Brasileira de criadores da raça (ABQM), sendo 68 da linhagem de trabalho e 360 da de corrida. Estes animais tiveram o sangue colhido no Jockey Club de Sorocaba (Sorocaba/SP) e em propriedades rurais localizadas em dezenas de cidades do interior do Estado de São Paulo. Cento e oitenta e oito animais, 68 da linhagem de trabalho e 120 da de corrida foram genotipados, no ano de 2011, utilizando arranjo de 54.602 SNP (54K). As demais amostras da linhagem de corrida (n = 240) foram genotipadas, no ano de 2015, com arranjo de 65.157 SNP (65K). Após a realização de processo de imputação, o número de SNP informativos na linhagem de corrida foi de 55.114. Desta forma, para as análises genéticas subsequentes realizadas nas linhagens de trabalho e de corrida foram utilizados 43.117 e 55.114 SNP, respectivamente. O r² genômico médio entre pares de marcadores foi 0,22 para a linhagem de trabalho e 0,27 para a de corrida. Na linhagem de trabalho o r² foi inferior a 0,2 entre 100 e 150 Kb, enquanto na de corrida foram encontrados valores de r² menores que 0,2 entre 300 e 350 Kb. A estimativa dos valores de Ne foi de 60 e 50 animais na última geração para as linhagens de trabalho e de corrida, respectivamente. A maior extensão do LD e o menor Ne na linhagem de corrida podem ser explicados pela sua estrutura populacional mais fechada em decorrência do maior rigor no registro genealógico dos animais, além da grande influência do Puro-Sangue Inglês na sua formação. O estudo da estrutura da população indicou clara distinção entre as duas linhagens da raça. Na linhagem de corrida, contudo, foram evidenciadas substruturas populacionais decorrentes da formação de famílias que descendem de diferentes e importantes reprodutores. / In the Quarter Horse breed (Equus caballus), different selection objectives led to the formation of lineages with different abilities, including cutting and racing. The cutting line intended for functional tests, exploring skills such as agility and obedience, characteristics considered of great importance in the management of cattle. Racing animals perform better on runways short distances than any other horse breed. The objective of this study was to characterize, by means of large-scale SNP genotyping, the linkage disequilibrium (LD), calculated by r², in the cutting and racing lines of Quarter Horses created in Brazil. The effective size (Ne) of the two populations was investigated, as well as their structures and relationships. For that, 428 Quarter Horses of both sexes, registered in the Brazilian Association of Breeders (ABQM) were used, of which 68 were from the cutting line and 360 from the racing. These animals had blood collected at the Jockey Club of Sorocaba (Sorocaba/SP) and on rural properties located in dozens of cities in the interior of the São Paulo State. One hundred and eighty-eight animals, 68 of the cutting line and 120 of the racing were genotyped in the year 2011, using a 54,602 SNP array (54K). The other racing line samples (n = 240) were genotyped in 2015, with an array of 65,157 SNP (65K). After the imputation process, the number of informative SNP in the racing line was 55,114. Thus, for the subsequent genetic analyzes performed on the cutting and racing lines, 43,117 and 55,114 SNP were used, respectively. The mean genomic r² between pairs of markers was 0.22 for the cutting line and 0.27 for the racing. In the cutting line the r² was less than 0.2 between 100 and 150 Kb, while in the racing r² values were lower than 0.2 between 300 and 350 Kb. The estimates of Ne values were 60 and 50 animals in the last generation for the cutting and racing lines, respectively. The longer extent of the LD and the smaller Ne in the racing line can be explained by its more closed population structure due to the greater rigor in the genealogical register of the animals, further on the great influence of the Thoroughbred in its formation. The population structure study indicated a clear distinction between the two lineages of the breed. However, in the racing line, population substructures were evidenced due to the formation of families that descend from different and important stallions.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-06-15T19:08:49Z No. of bitstreams: 1 LucianaGomesPinheiro_DISSERT.pdf: 1037688 bytes, checksum: b115230733d95dcc8f34deccfa475cd2 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-06-20T20:55:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LucianaGomesPinheiro_DISSERT.pdf: 1037688 bytes, checksum: b115230733d95dcc8f34deccfa475cd2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-20T20:55:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LucianaGomesPinheiro_DISSERT.pdf: 1037688 bytes, checksum: b115230733d95dcc8f34deccfa475cd2 (MD5) Previous issue date: 2015-12-14 / O estudo visou (1) desenvolver marcadores microssat?lites (SSR) para Copernicia prunifera, e (2) caracterizar o padr?o demogr?fico e a estrutura gen?tica espacial (EGE) entre est?gios de vida por meio de iniciadores ISSR. Foram desenvolvidos 17 pares de iniciadores SSR. A estrutura demogr?fica e EGE foram avaliadas em uma parcela com ?rea de 0,55 ha em ?rea natural, onde todos os indiv?duos foram georreferenciados (n = 161). As an?lises moleculares dos SSR indicaram que todos os pares de iniciadores constru?dos, quando submetidos ? PCR, amplificaram. Estes apresentaram tamanhos de pares de bases variando entre 113 e 250 bp. As an?lises demogr?ficas mostraram padr?o de distribui??o espacial agregado nas primeiras classes de dist?ncia, aleat?rio entre 40 e 50 m e segregado em dist?ncias superiores. Dos 30 marcadores ISSR testados, oito foram selecionados gerando um total de 102 locos, sendo 100 polim?rficos. Entre os tr?s est?gios, os jovens apresentaram maior ?ndice de diversidade gen?tica de Nei (He = 0,37), j? o menor ?ndice foi observado nos adultos reprodutivos (He = 0,34). Os resultados da AMOVA mostraram maior diferencia??o gen?tica dentro dos est?gios de desenvolvimento (98,61%) do que entre os est?gios (1,39%). A popula??o total apresentou rela??o positiva e significativa de parentesco na primeira classe de dist?ncia (12,3 m). Os jovens apresentaram parentesco significativo at? 10,5 m e negativa na quinta classe de dist?ncia (37,6 m). Os adultos n?o reprodutivos tiveram rela??o positiva de parentesco na primeira classe de dist?ncia (10,9 m) e distribui??o aleat?ria dos gen?tipos nas demais classes. Os adultos reprodutivos apresentaram gen?tipos espacialmente aleat?rios. Os valores para os testes de gargalo gen?tico demonstraram que o n?mero de locos com excesso de heterozigosidade observado foi maior que o esperado. Os resultados da EGE refletem a dispers?o restrita da esp?cie e os testes de gargalo a redu??o de gen?tipos provocados pela antropiza??o dos ambientes naturais de C. prunifera. / The present study aimed to develop microsatellite markers (SSR) for Copernicia prunifera; and characterize the demographic pattern and the spatial genetic structure (SGS) in different development stages of C. prunifera in a natural population of Rio Grande do Norte (RN) by using ISSR molecular markers. 17 SSR primers pairs were developed, which were tested by using DNA from samples of different populations. The demographic and genetic spatial structure was assessed in a plot with an area of 0.55 ha, where all individuals were georeferenced. The molecular analyses with the use of microsatellite markers pointed out that all built primers pairs, when submitted to PCR, had amplification. They showed sizes of base pairs ranging between 113 and 250 bp. The demographic analyses showed a clustered standard of spatial distribution in the first distance classes, random between 40 and 50 m and segregated in higher distances. Eight ISSR primers were used, thereby producing a total of 102 loci, with 100 of them being polymorphic. Among the three stages, the young showed the highest Nei?s genetic diversity index (He = 0.37); whilst the lowest index was found in the reproductive adults (He = 0.34). The AMOVA results showed a greater genetic differentiation within the development stages (98.61%) in comparison to the interval among the stages (1.39%). The total population (n = 161) showed a positive and significant relationship of kinship in the first distance class (12.3 m). The young showed a significant kinship up to 10.5 m and negative in the fifth distance class (37.6 m). The non-reproductive adults had a positive relationship of kinship in the first distance class (11.0 m) and random distribution of genotypes in the remaining classes. The reproductive adults showed genotypes spatially distributed in a random way. The values for the genetic bottleneck tests proved that the number of loci with excess observed heterozygosity was greater than expected. The SGS results reflect the restricted dispersion of the species, and the bottleneck tests reflect the reduction genotypes provoked by the anthropization of natural environments of C. prunifera.

A técnica de PCR pode ser empregada para a detecção e identificação de agentes patogênicos e, tem por isso grande aplicabilidade em estudos de epidemiologia molecular. Particularmente no que se refere às infecções por Leishmania spp., a detecção do seu agente é de suma importância em animais sorologicamente positivos, no caso de inquéritos para a detecção direta em vetores e em animais de vida livre, cujo anti-soro para provas sorodiagnósticas, não são disponíveis. A PCR ainda pode oferecer o recurso de identificação molecular do agente em pesquisa, quando marcadores filogeneticamente informativos são amplificados e seqüenciados. Neste sentido, foi realizado o presente trabalho, cujo objetivo foi avaliar o desempenho analítico e diagnóstico de PCRs baseadas em primers direcionados a marcadores universais para diagnosticar Leishmania spp. localizados em dois genomas da célula parasitária, a saber, kDNA (maxicírculo e minicírculo) e DNA nuclear. Foram avaliadas PCRs baseadas em primers direcionados ao (i) DNA de kinetoplasto (kDNA) minicirculo, ao gene codificador de Citocromo B e Citocromo C Oxidase subunidade II presentes no (ii) kDNA maxicírculo, e ao gene codificador Citicromo C, presente no (iii) DNA nuclear. Pelos resultados infere-se que a PCR direcionada ao kDNA de minicírculo apresentou uma sensibilidade analítica muito superior às PCRs direcionadas ao DNA maxicirculo e nuclear. Pelo menos uma combinação dos primers de cada marcador foi capaz de detectar DNA de todas as espécies da Coleção de Leishmania do Instituto Oswaldo Cruz (CLIOC), tornando-os uma ferramenta útil para identificação de espécies de Leishmania spp. A PCR direcionada ao kDNA de minicírculo apresentou uma sensibilidade diagnóstica também muito superior às PCRs direcionadas ao DNA maxicirculo e nuclear. Amostras de baço e medula óssea produzem informações complementares para diagnóstico post-mortem de Leishmania spp. em cães soropositivos. Finalmente, as amostras de aspirado de medula óssea demonstraram ser uma alternativa confirmatória para o diagnóstico laboratorial do agente em animais soropositivos assintomáticos. / The PCR technique can be employed for the detection and identification of pathogens, and therefore has wide application in molecular epidemiology studies. Particularly in relation to infection by Leishmania spp., the detection of its agent is important in seropositive animals, in the case of surveys for direct detection in vectors and in free-living animals, whose anti-serum for serodiagnosis test are not available. PCR can also offer the molecular identification of the agent, when phylogenetically informative markers are amplified and sequenced. In this sense, we performed the present study, whose aim was to evaluate the analytical and diagnostic performance of PCR based on universal primers that target markers to diagnose Leishmania spp located in two distinct genomes of the parasite cell, namely, kDNA (maxicírcle and minicircle) and nuclear DNA. PCRs were evaluated based on primers targeted to the kinetoplastids (i) DNA (kDNA) minicircles, the cytochrome B and cytochrome C oxidase subunit II genes present in the (ii) kDNA maxicircle and the gene encoding Citicromo C, present in (iii) nuclear DNA. Based on the results, the PCR directed to the kDNA minicircle showed an analytical sensitivity much higher than the PCR targeting the kDNA maxicircle and nuclear DNA. At least one combination of primers of each marker was able to detect DNA from all CLIOC - Leishmania collection of Oswald Cruz institute species, which qualifies a useful tool for species identification of Leishmania spp. The PCR targeted to minicircle kDNA also showed to have a diagnostic sensitivity much higher than PCRs directed to kDNA maxicircle and nuclear DNA. Spleen and bone marrow samples produces additional information post-mortem diagnosis of Leishmania spp. on seropositive dogs. Finally, samples of bone marrow aspirate are an alternative for confirmatory laboratory diagnosis of the agent in asymptomatic seropositive animals.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-04-08T12:53:20Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Nathália Leite.pdf: 1163803 bytes, checksum: ed3fcb6e6b34f0c3e3452518a29c3263 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-08T12:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Nathália Leite.pdf: 1163803 bytes, checksum: ed3fcb6e6b34f0c3e3452518a29c3263 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / CNPq / O presente estudo foi realizado com os objetivos de identificar acessos de feijão-caupi tolerantes ao caruncho (C. maculatus) e caracterizar esses acessos a nível molecular, em conjunto a acessos de V. unguiculata ssp. cylindrica e V. radiata, por meio de marcadores DAF (DNA Amplification Fingerprinting) e ISSR (Inter Simple Sequence Repeat), visando identificar parentais promissores para futuros trabalhos de melhoramento, bem como para mapeamento, pela associação com o nível de resposta ao caruncho. Para identificação da tolerância ao caruncho em feijão-caupi, 27 acessos foram avaliados em ensaios de laboratório, utilizando-se o Delineamento Experimental Inteiramente Casualizado. Para cada acesso, uma amostra com 30 grãos de feijão-caupi foi infestada com cinco casais de caruncho com até 24 h de idade, sendo os resultados obtidos submetidos à análise estatística e suas médias comparadas pelo teste de Tukey a 5% de probabilidade. Para as duas variáveis estudadas, o acesso INHUMA comportou-se como suscetível, enquanto os acessos PATATIVA e MNC99-537F-4 apresentaram-se tolerantes para ambas as variáveis. Os demais acessos testados apresentaram comportamento intermediário, o que não os diferencia em relação à INHUMA, PATATIVA e MNC99-537F-4. Na caracterização molecular dos acessos, 25 primers geraram um total de 239 amplicons, dos quais 163 foram polimórficos. Os fragmentos amplificados foram incluídos em uma matriz de dados para análise pelo método de Neighbor-Joining. No fenograma obtido, V. radiata e V. unguiculata ssp. cylindrica assumiram uma posição basal isolada dos subgrupos formados, enquanto que os acessos de V. unguiculata subdividiram-se em dois grupos, nos quais os acessos contrastantes quanto à tolerância ao caruncho se distribuíram em subgrupos distintos, o que evidencia a existência de diferenças genéticas significativas entre alguns candidatos. Nesse sentido, os resultados obtidos demonstraram que os ensaios de tolerância ao caruncho associados à aplicação de marcadores moleculares foram capazes de identificar genótipos contrastantes de feijão-caupi promissores para aplicação em trabalhos de melhoramento vegetal, bem como para a geração de populações segregantes adequadas ao mapeamento genético.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-05-09T15:47:00Z No. of bitstreams: 1 Nubia Michelle Vieira da Silva.pdf: 1519635 bytes, checksum: 28fb82a2e5ac497c9fefcd231c2cf135 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T15:47:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nubia Michelle Vieira da Silva.pdf: 1519635 bytes, checksum: 28fb82a2e5ac497c9fefcd231c2cf135 (MD5) Previous issue date: 2010-06-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / This study aimed to avaluate the relationship the polymorphism from the leptin gene (LEP), specifically exon 2, and from the microsatellite of the growth hormone receptor (GHRSSR) with the weight and weaning characteristics of animal breeds Anglo-Nubian, and Boer, to identify useful markers for selecting goats of high genetic merit. It was obtained the allele frequencies and heterozygosity with the Toolkit (PARK, 2001). The test for the Hardy-Weinberg equilibrium was performed with GenePop program according to Rousset (2008), and showed that the markers were in desequilibrium in populations. Observed heterozygosity values for LEP were greater than expected and all animals showed the same electrophoretic pattern with two alleles (150 and 152 bp). It was detected with GHR locus five alleles ranging from 90 to 125 bp examined in populations. The genotypes influence of polymorphic fragments of GHR and leptin on animals development was evaluated using the birth weight (BW) and weaning (PD), by analysis of variance and mean test with the GLM procedure of (SAS, 1999). The genotypes showed a significant effect on birth weight (BW) and weaning (PD). It is necessary to study of these polymorphisms on a larger sample of animals to confirm the effect on growth characteristics. / Objetivou-se estudar a relação entre o polimorfismo no gene da Leptina (LEP), especificamente o éxon 2, e o microssatélite do receptor do hormônio do crescimento (SSRGHR) com as características de peso ao nascer e desmame em caprinos das raças Anglo- Nubiana e Boer, a fim de identificar marcadores que possam ser úteis na seleção desses animais de elevado mérito genético. Foram obtidas as frequências alélicas e a heterozigosidade com auxílio do programa Toolkit (PARK, 2001). O teste para o equilíbrio de Hardy-Weinberg foi feito com auxílio do GENEPOP,conforme Rousset (2008), no qual os marcadores se mostraram em desequilíbrio para as populações. Para a LEP, os valores de heterozigosidade observada foram bem maiores do que os esperados e todos os animais apresentaram o mesmo padrão eletroforétrico com dois alelos (150 e 152 pb). No loco do ghr observaram-se cinco alelos com tamanho variando de 90 a 125 pb. Para verificar a influência dos genótipos dos fragmentos polimórficos do ghr e da leptina sobre o desenvolvimento dos animais foram utilizados os pesos ao nascer (PN) e ao desmame (PD), para os quais foi feito análise de variância e teste de médias com auxílio do procedimento GLM do programa (SAS, 1999). Observou-se um efeito significativo dos genótipos do ghr sobre os pesos ao nascer (PN) e à desmame (PD). Sugere-se então, um estudo destes polimorfismos em maior número de animais para confirmação do efeito sobre características de crescimento.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:02:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os objetivos do trabalho foram analisar os aspectos morfológicos e moleculares de isolados de Metarhizium anisopliae e identificá-los ao nível de variedade, utilizando iniciadores específicos, selecionar isolados com alta patogenicidade para ninfas de Mahanarva fimbriolata, verificar a persistência no solo do isolado mais eficiente em condições de laboratório e o efeito da introdução deste fungo na estrutura da comunidade fúngica, por meio do perfil de bandas de PCR-DGGE. Foram utilizadas as seguintes metodologias: técnica de cultura sob lamínula, PCR, bioensaios, contagem de colônias em placa e PCR-DGGE. A amplificação com os iniciadores ITSmet/ITS4 confirmou que os isolados são M. anisopliae var. anisopliae. As análises morfológicas e moleculares demonstraram a grande variabilidade intraespecífica entre os 37 isolados estudados e serviram de base para a diferenciação destes isolados que apresentam mesma origem geográfica e o mesmo hospedeiro. Os iniciadores (GACA)4 e (GTG)5 forneceram DNA fingerprints para um maior número de isolados. Baseada na curva de mortalidade confirmada, entre nove isolados, URM5946, URM5951 e URM6033 foram considerados os melhores para serem utilizados em um programa de controle biológico de M. fimbriolata. Entre estes isolados, o URM5951 foi avaliado quanto a sua persistência e efeito na comunidade fúngica após sua aplicação no solo. Este isolado permaneceu viável até 60 dias do experimento e demonstrou não interferir na comunidade fúngica do solo em que foi introduzido. Todas as características estudadas são desejáveis no processo de seleção de isolados de M. anisopliae e os resultados obtidos reforçam a importância da utilização destes fungos como agentes de controle biológico da cigarrinha-da-raiz da cana-de-açúcar, M. fimbriolata

Orientadores: Laura Sterian Ward, André Lopes Carvalho / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-17T23:05:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcello_MarjoryAlana_M.pdf: 3980107 bytes, checksum: f475ed1f2cf3e67afbfdbc6216680195 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Nódulos de tiróide são palpados em cerca de 10% da população e diagnosticados em mais de 50% da população usando-se a ultrassonografia. No entanto, apenas 0,01% são câncer. Por outro lado, o Câncer Diferenciado da Tiróide (CDT) é a neoplasia endócrina mais comum e suas taxas de incidência vem crescendo pelo mundo. Urge, portanto, estabelecer marcadores capazes de identificar malignidade em nódulos na população. Objetivamos, neste trabalho, investigar a utilidade clínica de BRAF, TPO, GAL-3, VEGF e VEGF-C como marcadores para o CDT. Foram utilizados 165 pacientes com CDT; 31 pacientes com nódulos Benignos e 216 Controles. Utilizamos ensaios de PCR-RFLP para a pesquisa da mutação de BRAF, RT-PCRq para dosar TPO e ELISA para dosar VEGF, VEGF-C e Galectina-3 circulantes. A identificação da mutação de BRAF em células tiroidianas circulantes não foi possível com a metodologia por nós empregada. Não encontramos expressão de TPO em sangue periférico de pacientes com CDT. O nível sérico de Gal-3 diferiu entre os grupos CDT, Benigno e Controles, mas não diferenciou nódulos benignos de malignos (p=0, 884). O nível sérico de VEGF pôde diferenciar os pacientes com CDT de pacientes com nódulos Benignos (p=0, 041), assim como diferenciou CDT dos controles (p=0.015), embora não tenha grande poder como marcador único. Os níveis séricos de VEGF-C distinguem pacientes com nódulos Benignos, Malignos e Controles (p=0, 025). Dentre estes, distinguem pacientes com CDT dos Controles (p=0, 046), porém não dos nódulos Benignos (p=0.242). Os níveis séricos de Gal-3, VEGF e VEGF-C parecem discriminar alguns grupos em relação a variáveis clínico-patologicas, porem não há indicação de que possam ser usados como marcadores para o CDT, uma vez que seus poderes preditivos positivo e negativo não são bons. Concluímos que, embora possam auxiliar no diagnóstico, nenhum dos marcadores estudados é promissor do ponto de vista clínico / Abstract: Thyroid nodules may be diagnosed in about 10% of the population and half of the population if they're examined through ultrasonography. However, only 0.1% of those nodules are cancer. On the other hand, Differentiated Thyroid Cancer (DTC) is the most common endocrine malignancy and its incidence rate is increasing worldwide. This fact creates an urgent need for new markers that might be used in a large scale to diagnose thyroid nodules malignancy. We aimed to investigate the clinical utility of BRAF, TPO, Gal-3, VEGF and VEGF-C as markers for the CDT. We studied 165 patients with DTC, 31 patients with benign tumors and 216 controls. We used PCR-RFLP to investigate the presence of BRAF mutation, RT-PCRq to quantify TPO mRNA and ELISA to quantify VEGF, VEGF-C and Gal-3 in circulation. The identification of BRAF mutation in thyroid cells was not possible with the methodology employed. We didn't find any expression of TPO in peripheral blood of patients with DTC. The serum levels of Gal-3 differed among groups DTC, Benign and Controls, but did not differentiate benign and malignant tumors (p = 0.884). The serum levels of VEGF could differentiate patients with DTC from patients with benign nodules (p = 0.041) and DTC differed from controls (p = 0.015), although this test didn't have a great predictive power as a single marker. Serum levels of VEGF-C distinguished patients with benign nodules, malignant tumors and controls (p = 0.025). It distinguished patients with DTC from Controls (p = 0.046) but not from the benign tumors (p = 0242). Serum levels of Gal-3, VEGF and VEGF-C seem to discriminate some groups in what concerns clinical and pathological variables, but there is no indication that they can be used as markers for the CDT, as its positive and negative predictive powers are not high. We conclude that, although they might support the diagnosis, none of the markers studied is promising in a clinical perspective / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / In search for a better understanding of the biology of tumors, molecular markers related to proliferation, resistance and apoptosis have been intensively studied in the different types of cancer. These markers can help on the elucidation of more specific therapeutic targets for the treatment of various tumors. It was observed that stomach cancer is the second most frequent cause of death in the world. In Brazil, this tumor is among the five major causes of death by cancer and the adenocarcinomas are held responsible for about 95% of all cases. For that matter, the expression of KI-67, PCNA, p53, bcl-2 and c-myc were evaluated independently and in a combined form in stomach adenocarcinomas. Thus, KI-67 and PCNA were confronted in order to determine which one would pose as a better cellular proliferation marker. Finally, a DNA extraction tecnique using CTAB was implemented on tumor tissue as well as the molecular analysis of the p53 gene by SSCP. The positive results were compared with those obtained by the imonohistochemistry analysis. The tumors were collected in surgical procedure, processed and classified histopathologically. The markers were detected by the imunohistochemical method SABP. The DNA was extracted by the CTAB method and the exons 5, 7 and 8/9 of the p53 gene analyzed by SABP. Some of the samples were obtained from biopsy arquives. The age range of the patients was between 61 and 70 years, with 48,1% of the tumors presenting an intestinal origin, 40,7% were diffuse and the other 11,2% were mixed. According to the location, 50% of the tumors were found to be proximal. 41,1% of the tumors were found to be in a low stage (I â IIIA), 44,8% in a high stage (IIIB â IV) and 13,8% were not staged. The imunohistochemical results indicated that KI-67 is the best marker to estimate cellular proliferation in stomach adenocarcinomas. In an independent manner, the tumors showed an 89,3% positivity for KI-67, 62,5% for PCNA, 50% for p53, 60,7% for bcl-2 e 66,7% for c-myc. According to the staging, the difference was significant only to p53 (p = 0,02), with a 66,7% positivity to the tumors in low stage and 16,7% for the ones on a high stage. When evaluated in a combined form, the associations of KI-67+/p53- (p=0,012) (66,67%) and c-myc+/p53- (p=0,02) (63,64%) both for the high stage tumors, were found to be significant. The DNA extraction technique applied to the tumor tissue was found to be satisfactory. For the SSCP analyses, five patients had mutation on the exon 5 (3) and on the exon 7 (2). Based on that, we may conclude that KI-67 is the best marker to access the proliferation of the stomach adenocarcinomas and that there are two proliferation activation pathways: one being dependent and the other independent of the p53 gene. / Na busca de um melhor entendimento da biologia dos tumores, marcadores moleculares relacionados à proliferaÃÃo, resistÃncia e apoptose tÃm sido intensamente pesquisados nos diferentes tipos de cÃncer. Estes marcadores podem auxiliar no estudo de alvos terapÃuticos mais especÃficos para cada tipo de tumor. O cÃncer de estÃmago à a segunda causa de Ãbito mais observado no mundo. No Brasil, este tumor està entre as cinco localizaÃÃes primÃrias mais comuns de Ãbitos por cÃncer, sendo os adenocarcinomas responsÃveis por 95% dos casos. Dessa forma, foi avaliada a expressÃo dos marcadores KI-67, PCNA, p53, bcl-2 e c-myc de forma independente e combinada em adenocarcinomas gÃstricos. TambÃm foi avaliado qual dos marcadores, KI-67 ou PCNA, era mais indicado para acessar a proliferaÃÃo celular. AlÃm disso, foi implantada a tÃcnica de extraÃÃo de DNA de tecido tumoral com CTAB e anÃlise molecular pelo SSCP do gene p53, sendo os resultados positivos comparados com os resultados da imunohistoquÃmica. Os tumores foram coletados em cirurgia, processados e classificados histopatologicamente. Os marcadores foram detectados pelo mÃtodo de imunohistoquÃmica SABP. Foi realizada a extraÃÃo de DNA pelo mÃtodo do CTAB, sendo os Ãxons 5, 7 e 8/9 do gene p53 analisados por SSCP. Algumas amostras foram obtidas de arquivo de biopsia. A faixa etÃria dos pacientes encontrava-se entre 61 e 70 anos de idade, com 48,1% dos tumores do tipo intestinal, 40,7% difusos e 11,2% mistos e com 50% localizados no sÃtio proximal. Em relaÃÃo ao estadiamento, 41,4% dos tumores apresentavam-se no grau baixo (I â IIIA), 44,8% no altorisco (IIIB â IV) e 13,8% sem estadiamento. De acordo com os achados imunohistoquÃmicos, os resultados sugerem que o marcador mais indicado para estimar a proliferaÃÃo celular nos adenocarcinomas gÃstricos à o KI-67. De forma independente os tumores apresentaram positividade em 89,3% para KI-67, 62,5% para PCNA, 50% para p53, 60,7% para bcl-2 e 66,7% e para c-myc. De acordo com o estadiamento, a diferenÃa foi significativa apenas para p53 (p = 0,02), com positividade de 66,7% nos tumores de baixo risco (I â IIIA) e 16,7% nos de altorisco. Quando avaliadas de forma combinada, as associaÃÃes significativas foram entre KI-67+/p53- (p=0,012) nos tumores de alto risco (66,67%) e c-myc+/p53- (p=0,02) tambÃm nos tumores de altorisco (63,64%). A tÃcnica aplicada para a extraÃÃo do DNA do tecido tumoral foi satisfatÃria. Para o SSCP, cinco pacientes apresentaram mutaÃÃo para o Ãxon 5 (3) e Ãxon 7 (2). Com isso, concluÃmos que o marcador mais indicado para acessar a proliferaÃÃo à o KI-67 e que existem duas vias de ativaÃÃo da proliferaÃÃo nos adenocarcinomas gÃstricos: uma dependente de p53 e outra independente de p53.