Enterobactérias são importantes agentes de infecção podendo contaminar ambientes aquáticos poluídos por atividades antropogênicas, os quais podem ser importantes locais para a seleção e disseminação de bactérias resistentes aos antibacterianos (ATB) de uso na medicina humana e veterinária. O objetivo desse estudo foi monitorar a disseminação de enterobactérias resistentes aos ATB em ambientes aquáticos do estado de São Paulo. De 2009-2010, 135 enterobactérias resistentes à pelo menos um ATB, foram isoladas de rios, represas e estações de tratamento de esgoto. O fenótipo multirresistente (MR) foi predominante em 64% dos isolados, sendo que houve um predomino de E. coli (80%) e K. pneumoniae (48%). Oito porcento dos isolados apresentaram fenótipo ESBL (cefotaxima, CIM50 <font face=\"Symbol\">&#8805; 64 <font face=\"Symbol\">mg/ml) devido à presença de genes blaCTX-M-like, enquanto que a presença de genes qnr-like foi confirmada em 7% dos isolados resistentes à ciprofloxacina (CIM50 <font face=\"Symbol\">&#8805; 32<font face=\"Symbol\">mg/ml). A tipagem molecular revelou ausência de relação clonal entre os isolados de K. pneumoniae e E. coli. / Enterobacteria are important agents of infection may contaminate aquatic environments polluted by anthropogenic activities, which may be important sites for the selection and spread of bacteria resistant to antibiotics (ATB) for use in human and veterinary medicine. The aim of this study was to monitor the spread of enterobacteria resistant to ATB in aquatic environments of the state of Sao Paulo. From 2009-2010, 135 Enterobacteriaceae resistant to at least one ATB, were isolated from rivers, dams and sewage treatment plants. The phenotype resistant (MDR) was predominant in 64% of the isolates, and there was the predominance of E. coli (80%) and K pneumoniae (48%). Eight percent of the isolates showed ESBL phenotype (cefotaxime, MIC50 <font face=\"Symbol\">&#8805; 64 <font face=\"Symbol\">mg/ml) due to the presence of blaCTX-M-like, while the presence qnr-like gene was confirmed in 7% of isolates resistant to (ciprofloxacin MIC50 <font face=\"Symbol\">&#8805; 32<font face=\"Symbol\">mg/ml). Molecular typing revealed no clonal relationship among isolates of K. pneumoniae and E. coli.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Staphylococcus spp, forman parte de la microbiota de piel y mucosas de caninos, pero son además patógenos oportunistas principalmente las especies S. intermedius y en menor medida S. schleiferi subesp. coagulans y S. aureus, produciendo pioderma y otitis externa. La terapia de este tipo de patologías por lo general es empírica y prolongada, pudiendo provocar resistencia antimicrobiana. El objetivo de este estudio fue caracterizar, a través de la detección de genes, las bases moleculares de resistencia a antimicrobianos como macrólidos (ermB), tetraciclinas (tetM), β-lactámicos (mecA) y detectar la mutación de los genes gyrA y grlA que determinan la resistencia a quinolonas. De un total de 170 cepas aisladas desde otitis externa (53) y pioderma (117), 1 cepa presentó resistencia fenotípica a oxacilina, 16 a tetraciclinas, 18 a macrólidos y 15 a quinolonas. La detección del gen mecA fue de un 100%, tetM un 81,25% (13) y ermB 94% (17). La mutación responsable de la resistencia en los genes gyrA y grlA fue detectada en el 100% de las cepas que se enviaron a secuenciar, encontrándose en la posición 84 en el caso de gyrA reemplazando el aminoácido serina por una leucina y en la posición 80 para grlA sustituyendo una serina por una isoleucina. Si bien la prevalencia de resistencia en Chile es aun menor en comparación a otros países, este es el primer estudio a nivel nacional que ayuda a conocer los mecanismos de resistencia en las bacterias de las mascotas, destacando además por primera vez en país, la presencia del gen mecA en Staphylococcus intermedius aislado de un canino / Proyecto MULT-O6/03-2

El objetivo principal del estudio fue establecer el nivel de resistencia a antimicrobianos en un total de 222 cepas comensales de E. coli de origen fecal, en Perú. Las frecuencias de resistencia encontrados, frente los antimicrobianos evaluados, fueron: ampicilina (62,6%), cotrimoxazol (48,6%), tetraciclina (43,0%) y cloranfenicol (15,8%). Destacan los elevados niveles de resistencia a quinolonas: 32% al ácido nalidíxico (NAL) y 12% a ciprofloxacino (CIP). Estos elevados niveles hacia las quinolonas en cepas comensales aisladas en niños de esta franja de edad, realzan el uso extendido y el impacto de consumo de este tipo de antimicrobianos en la comunidad, mostrando el riesgo potencial de su pérdida de utilidad en el área. / The main aim of this study was to establish the resistance levels to antimicrobial agents, in 222 non-pathogenic E. Coli strains of fecal origin in Peru. The proportion of resistance found to the evaluated antimicrobials was ampicillin (62.6%), cotrimoxazole (48,6%), tetracycline (43,0%) and chloramphenicol (15,8%). We emphasize the high resistance levels found for quinolones: 32% for nalidixic acid (NAL) and 12% for ciprofloxacin (CIP). These high levels of quinoloneresistance in non-pathogenic strains isolated from children in this age group highlight the extensive use and the impact of the intake of this kind of antimicrobials in the community, showing the potential risk of the loss of their utility in the area.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Con el objeto de determinar la presencia relativa de los biotipos, propiedades bioquímicas y susceptibilidad antimicrobiana de cepas de Propionibacterium acnes aisladas de personas con diagnóstico de acné vulgar, se realizó un estudio microbiológico. Las muestras fueron obtenidas de lesiones faciales, efectuándose posteriormente cultivo, análisis bioquímico, prueba de susceptibilidad a antimicrobianos y en cepas resistentes se buscó las bases moleculares de esta resistencia. De un total de 42 muestras, se aislaron 25 cepas de P. acnes de diferentes pacientes. Todas ellas fueron biotipificadas, de acuerdo a su capacidad sacarolítica, encontrándose con mayor frecuencia el biotipo III y en orden decreciente los biotipos IV, V y I. El biotipo III fue asociado también con los casos más severos de acné vulgar. Las cepas del biotipo III presentaron mayor capacidad sacarolítica que los otros biotipos. Por otra parte, el 90% de las cepas presentó actividad proteolítica sobre prolina, leucina y fenilalanina, independiente del biotipo de pertenencia. Además, el 20% de las cepas del estudio reaccionó con el sustrato fluorescente fosfato (biotipos I, III y IV). En el estudio de susceptibilidad antimicrobiana fueron halladas dos cepas (8%) resistentes a macrólidos, con un patrón de resistencia fenotípica del tipo MLSB. La CIM de eritromicina y clindamicina fue mayor a 2 g/ml, en ambas cepas. No se encontraron cepas resistentes a tetraciclina. Finalmente en las cepas resistentes se buscó la presencia del gen de resistencia erm (X). En ambas cepas se encontró un producto de amplificación, el cual fue confirmado mediante secuenciación del ADN de las cepas. En conclusión, el biotipo III de P. acnes se aísla con mayor frecuencia en pacientes afectados por acné; tiene una mayor capacidad metabólica que los otros biotipos detectados y fue uno de los biotipos en que se encontró gen de resistencia, todo lo cual indica que este puede ser el biotipo mas prevalente en la población chilena, lo que es preocupante por su relación con los casos más severos de acné vulgar

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El presente trabajo corresponde a un estudio transversal que incluyó cepas de Staphylococcus spp. coagulasa positivo de gatos con diversas patologías dermatológicas atendidos en el Hospital Clínico Veterinario de la Universidad de Chile entre marzo a diciembre del año 2010. Se ingresaron 68 muestras de 68 pacientes con afecciones dermatológicas, obteniéndose 30 cepas (44%) de Staphylococcus spp. coagulasa positiva de 30 pacientes, las cuales se identificaron mediante el kit BBL Crystal TM para Gram positivas y se les realizó el estudio de sensibilidad antimicrobiana mediante el método de difusión en placa de Kirby-Bauer, según las normas de Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI, 2008). Los antimicrobianos en estudio fueron: oxacilina, amoxicilina con ácido clavulánico, ampicilina, clindamicina, eritromocina, cefadroxilo, doxiciclina, tetraciclina, sulfametoxazol-trimetoprim, vancomicina, ciprofloxacino y enrofloxacino. Staphylococcus intermedius fue la especie más frecuentemente aislada alcanzando el 67% (20 cepas), seguido por Staphylococcus aureus con un 33% (10 cepas). El 10% del total de cepas en estudio (3 cepas) fueron sensibles a todos los antimicrobianos utilizados, el 37% (11 cepas) fueron resistentes a un antimicrobiano y un 53% (16 cepas) fueron multirresistentes. El 13,3% del total de cepas (4 cepas) fueron resistentes a meticilina, siendo todas identificadas como S. intermedius, todas éstas fueron resistentes a fluoroquinolonas, lincosamidas, macrólidos y sulfonamidas. Ninguna cepa fue resistente a vancomicina / FIV 2009 Código: 12101401.9102.008

Orientador: José Luis Fernando Alejos Luque / Coorientador: Estevam Guilherme Lux Hoppe / Banca: Wilson Gómez Manrique / Banca: Marco Antonio de Andrade Belo / Banca: Marcos Rogério André / Banca: Gabriela Tomas Jerônimo / Resumo: O presente trabalho teve como objetivo o estudo taxonômico e ecológico dos metazoários parasitas de peixes da Família Anostomidae pertencentes às Bacias Hidrográficas do Rio Grande e Rio São Francisco. No total foram coletados 411 exemplares de peixes, dos quais 360 pertenciam à bacia do Rio Grande e 51 da bacia do Rio São Francisco, sendo que 244 (94,16%) e 45 (88,23%), respectivamente, estavam parasitados por alguma espécie de metazoário. Foram identificados os seguintes parasitas: Rhinoxenus arietinus, Rhinoxenus nyttus, Protorhinoxenus prochilodi, Jainus leporini, Tereancistrum parvus, Urocleidodes paradoxus, Urocleidodes naris e Tereancistrum paranaensis; Clinostomum sp. 1 (metacercárias) e Clinostomum sp. 2 (adultos), Procamallanus (Spirocamallanus) inopinatus, Rhabdochona sp., Contracaecum sp. (juvenis), Gamispatulus schizodontis e uma espécie de Isopoda. Não houve correlação do sexo com a abundância parasitária. Algumas espécies de parasitas demonstraram correlação negativa com peso e comprimento padrão dos hospedeiros e abundância parasitária, com exceção de Leporinus macrocephalus (Rio Grande) que demonstrou correlação positiva entre peso, comprimento padrão e abundância parasitária de R. nyttus e P. prochilodi. Os mesmos hospedeiros apresentaram a maior diversidade de parasitas, enquanto a menor diversidade foi observada em Schizodon nasutus coletados no Rio Mogi Guaçu. As espécies de parasitas mais abundantes foram U. paradoxus e J. leporini, porém não foram domin... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The present study had as objective the taxonomic and ecological study of the parasitic metazoan fish of the Anostomidae Family belonging to the Hydrographic Basins of Grande River and São Francisco River. In total, 411 specimens of fish were collected, of which 360 belonged to the Grande River Basin and 51 from the São Francisco River Basin, respectively, 244 (94.16%) and 45 (88.23%) were parasitized by some species of metazoan. The following parasites have been identified: Rhinoxenus arietinus, Rhinoxenus nyttus, Protorhinoxenus prochilodi, Jainus leporini, Tereancistrum parvus, Urocleidodes paradoxus, Urocleidodes naris and Tereancistrum paranaensis; Clinostomum sp. 1 (metacercariae) and Clinostomum sp. 2 (adults), Procamallanus (Spirocamallanus) inopinatus, Rhabdochona sp., Contracaecum sp. (juveniles), Gamispatulus schizodontis and a species of Isopoda. There was no correlation between sex and parasite abundance. Some species of parasites showed negative correlation with host weight and standard length and parasite abundance, except for Leporinus macrocephalus (Grande River), which showed a positive correlation between weight and standard length and parasitic abundance of R. nyttus and P. prochilodi. The same hosts had the highest diversity of parasites, while the lowest diversity was observed in Schizodon nasutus collected in the Mogi Guaçu River. The most abundant species of parasites were U. paradoxus and J. leporini, but they were not dominant. Within the localities, ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Acinetobacter spp é um dos mais freqüentes agentes de infecções nosocomiais nos hospitais brasileiros. Vários surtos hospitalares causados por Acinetobacter resistente aos carbapenêmicos já foram descritos no Brasil. O presente estudo verificou a presença de alteração de proteínas da membrana externa e produção de carbapenemases em cepas de Acinetobacter spp. resistentes aos carbapenêmicos isoladas de corrente sanguínea de pacientes internados no HC-FMUSP. Os isolados foram identificados pelo método miniaturizado API20NE. As concentrações inibitórias mínimas dos carbapenêmicos foram realizadas através da técnica de microdiluição em caldo. As carbapenemases foram estudas através de testes fenotípicos, detecção dos genes foi realizada pela reação de amplificação em cadeia da polimerase (PCR), sequenciamento e hidrólise de imipenem. As proteínas de membrana externa foram caracterizadas através da técnica de SDS-Page e PCR. A tipagem molecular foi realizada usando a técnica de eletroforese em campo pulsado. Noventa e oito por cento dos isolados apresentaram genes codificadores da enzima Oxa-51-like, sendo que a única amostra que não apresentou essa enzima, após seqüenciamento do gene codificador da porção 16S do RNA ribossomal, foi considerada da espécie A. calcoaceticus. A presença do gene blaoxa-51-like não foi encontrada adjacente a seqüência ISAba1. Em dezoito por cento do total das amostras foi detectada pela reação de PCR o gene blaoxa-51-like/oxa-23- like, sendo que sete desses isolados pertenciam ao mesmo clone. Somente em um isolado não foi detectada a presença do grupamento ISAba-1 adjacente ao gene codificador da enzima Oxa-23. Dessas amostras apenas uma hidrolisou o antimicrobiano imipenem. Cinco isolados apresentaram o gene blaimp (IMP-1 pelo seqüenciamento). Apenas dois desses isolados se mostraram capazes de hidrolisar imipenem e através da inibição com o EDTA confirmou-se a presença da produção de enzimas Metalo-- lactamase. Vários testes fenotípicos foram utilizados para a detecção de carbapenemase como DDST, CD e Etest. Quando comparados com a PCR (metodologia padrão-ouro), os melhores resultados foram observados com a aproximação de disco de imipenem (10g) com um disco contendo 3L do ácido -mercaptoetanol não diluído (sensibilidade de 100% e especificidade de 71%). Observou-se que na maioria dos isolados, as proteínas de membrana externa analisadas estavam diminuídas ou ausentes. Três isolados apresentaram ausência dessas proteínas, suas CIM variaram de 32 a 128g/mL e de 64 a 256g/mL para o imipenem e meropenem respectivamente. O presente estudo verificou que a resistência aos carbapenêmicos está relacionada à presença de carbapenemases e alterações de membrana externa. Além disso, a importância das carbapenemases como principal mecanismo de resistência em isolados de Acinetobacter deve ser melhor investigada, já que esses genes podem não estar sendo expressos / Acinetobacter spp is an important etiologic agent causing nasocomial infection in Brazilian hospitals. Carbapenem resistance among this agent has been increasing in the last decade, and several outbreaks due to resistant Acinetobacter had been identified in Brazil. This study verified the presence of altered outer membrane proteins and production of carbapenemase in carbapenem-resistant Acinetobacter spp. strains isolated from bloodstream infections of patients hospitalized in the HC-FMUSP. This study verified the presence of altered outer membrane proteins and production of carbapenemase in Acinetobacter spp. carbapenem-resistant strains isolated from bloodstream of patients hospitalized in the HC-FMUSP. The isolates were identified by miniatured method API20NE and the miminal inhibitory concentration of carbepenem was performed by broth microdilution. Carbapenemases were studied by phenotypic screnning tests, detection of its genes coder by amplification polymerase chain reaction (PCR), sequence and imipenem hydrolise. The proteins of external membrane were studied by SDS-PAGE and PCR. Molecular typing was performed using the technique of pulsed field gel electrophoresis. About 98% of these isolates were positives for genes encoding the enzyme Oxa-51-like, only one strain did not exhibit this enzyme. After sequencing of the gene encoding portion 16S ribosomal RNA this strain was considered the species A. calcoaceticus. The presence of the sequence adjacent ISAba1 was not found in none of these isolates with the gene blaOXA-51-like. Eighteen percent of the total of strains demonstrated by PCR the gene blaoxa-51-like/oxa-23-like. Seven of these strains belonged to the same clone. Only one isolate did not show the presence of ISAba1 adjacent to the gene encoding Oxa-23. Only one of this strain hydrolyzed imipenem. Five isolates had the gene blaimp, (IMP-1 by sequencing). Two of these isolates had proved capable of hydrolyzing the antibiotic imipenem and the inhibition with EDTA confirmed the presence of MBL-producing enzymes. Several phenotypic tests were used to screnning of carbapenemase as DDST, CD and Etest. When compared with PCR, the gold standard, the best results were seen with the next disk of imipenem (10 mg) with another disk containing 3L acid -mercaptoethanol pure (100% sensitivity and specificity 71%). In most isolates the outer membrane proteins were decreased or absent. Three isolate showed total absence of these proteins, their MIC ranged from 32 to 64 to 128g/mL and 256g/mL to imipenem and meropenem respectively. This study has shown that carbapenem resistance was linked to the presence of carbapemenases and alteration of the outer membrane. Moreover, the significance of carbapenemase as the main mechanism of resistance in isolates of Acinetobacter should be better investigated, since these genes might not be cast

O fósforo é um elemento-chave para a manutenção da vida, desde os processos de transferência energética (ATP) até a estruturação das cadeias de ácidos nucléicos. Frequentemente é o que mais limita o desenvolvimento vegetativo em função da alta reatividade do PO43- na solução do solo. Mais de 80% do P adicionado ao solo pode ser imobilizado na forma de compostos de baixa labilidade, adsorvendo-se as superfícies das argilas e dos oxi-hidróxidos de Fe3+ e Al3+, processo irreversível em condições naturais. A solubilização do P não lábil às plantas é possível mediante a liberação de ácidos orgânicos sintetizados por micro-organismos nativos do solo, os quais também contribuem efetivamente com a mineralização do P orgânico através da produção de enzimas (fosfatases), entretanto, esses mecanismos ainda são pouco conhecidos. O principal objetivo desse estudo foi correlacionar as possíveis mudanças nas frações orgânicas (Po) e inorgânicas (Pi) de fósforo no solo rizosférico de plantas de cana-de-açúcar com a estrutura e a diversidade do seu microbioma. Para tanto, as plantas foram cultivadas durante 180 dias em diferentes microcosmos com fosfato monoamônico (MAP), superfosfato triplo (SFT) e fosfato natural reativo (NAT), tanto na ausência quanto na presença da torta de filtro. As diferentes frações de fósforo no solo rizosférico foram correlacionadas com os dados moleculares baseados no sequenciamento parcial dos amplicons do gene 16S rRNA obtidos do DNA total extraído desses solos. Aos 60 dias, houve uma maior diversidade geral de bactérias, sendo um período com altos teores de P-lábil na rizosfera, beneficiando principalmente as bactérias de hábitos copiotróficas (r-estrategistas): divisão Halophaga/Acidobacterium, Chloracidobacteria e Bacilli. A diminuição da diversidade aos 120 dias ocorreu como resposta da redução dos teores de P-lábil na rizosfera, beneficiando mais as bactérias oligotróficos (k-estrategistas): Actinobacteria e Proteobacterias. A associação da torta de filtro com o MAP revelou fortes indícios do aumento do processo de mineralização na superfície do solo, uma vez que houve rápida liberação de P lábil para a rizosfera. Isso teria aumentado a atividade de micro-organismos envolvidos na mineralização da torta de filtro, havendo forte correlação com o aumento da população de &beta;-Proteobacteria aos 120 dias. Neste período, as Proteobacterias foram mais abundantes nos solos com NAT+torta. Isso explicaria o incremento de P moderadamente lábil desse tratamento aos 180 dias, pois esse filo possui várias espécies capazes de solubilizar o P ligado ao Ca, presente nos fosfatos de rocha. No geral, a torta de filtro alterou a solubilização e disponibilidade do P nas fontes minerais de modo diferente, contribuindo com os incrementos tanto das frações de Po como as de Pi. Esses resultados demonstraram que as bactérias participam ativamente dos processos de disponibilização do P de fontes minerais no solo. Nessas condições, a torta de filtro pode modular essas transferências, em benefício às plantas, por estimular a atividade de micro-organismos solubilizadores de P e mineralizadores da matéria orgânica do solo. / Phosphorus is a key element for the maintenance of life from the energy transfer processes (ATP) to the structuring of chains of nucleic acids. Often, it is more limited vegetative growth due to the high reactivity of PO43- in the soil solution. Up to 80% of P added to the soil can be immobilized as low-labile compounds adsorbing to the clay surfaces and oxy-hydroxides of Fe3+ and Al3+, irreversible process under natural conditions. Solubilization of non-labile P by plants may be carried out for organic acids synthesized by native soil microorganisms, which also effectively contribute for mineralization of organic P through the production of enzymes (phosphatases) although these mechanisms are still poorly understood. The main objective of this study was to correlate the changes in the organic (Po) and inorganic (Pi) fractions of P in the rhizosphere of sugarcane plants with the structure and diversity in their microbiome. Therefore, the plants were grown for 180 days in different microcosms with monoammonium phosphate (MAP), triple superphosphate (TSP) and rock phosphate (NAT), both in absence and in presence of the filter cake. The different P fractions in the rhizosphere soil were correlated with the molecular data based on the partial sequencing of 16S rRNA gene amplicons obtained from total DNA extracted from soils. At 60 days, there was a greater overall diversity of bacteria, it is a period with high labile-P in the rhizosphere, especially benefiting the copiotrophic bacteria (r-strategists): Halophaga/Acidobacterium division, Chloracidobacteria and Bacilli. The decrease in diversity at 120 days occurred in response to the reduction of labile-P content in the rhizosphere, more benefiting oligotrophic bacteria (k-strategists): Actinobacteria and Proteobacteria. The association filter cake with MAP showed strong evidence of increased mineralization process on the soil surface, since there was rapid release of labile P to the rhizosphere. It would have increased the activity of microorganisms involved in the mineralization of the filter cake with a strong correlation with increase in &beta;-Proteobacteria population at 120 days. Then, Proteobacteria were more abundant in soils with NAT+filtercake at 120 days. That would explain the increases in moderately labile P content this treatment at 180 days, because this phylum has several species capable of solubilizing the P linked to Ca present in rock phosphates. In general, filter cake changed solubilization and availability of P in mineral sources of different ways, contributing to the increments of Po and Pi fractions. These results showed that bacteria participate in the processes that afford phosphorus in the soil. Under these conditions, the filter cake can modulate these transfers in beneficial to plants by stimulating the activity of P solubilizing microorganisms and mineralizing the soil organic matter.

O Brasil é o maior produtor mundial de cana-de-açúcar, sendo o Estado de São Paulo responsável por mais de 50% do total desta produção. Esta cultura tem um enorme impacto sobre a agricultura brasileira e devido a isto, uma melhor compreensão da composição da comunidade microbiana relacionada a ciclagem do nitrogênio (N) nestes solos é de grande importância para o aprimoramento no cultivo da cana-de-açúcar. No entanto, pouco se sabe sobre a relação entre grupos microbianos e essa cultura. Este trabalho visou determinar variações nas comunidades microbianas que participam das transformações do N nos solos de três áreas utilizadas para a produção de cana-de-açúcar (A, F e J), as quais apresentam uma gama de diferentes condições de manejo e características do solo. Cada área foi analisada em triplicatas, e o DNA extraído do solo foi utilizado para metodologias de sequenciamento de segunda geração (metagenômica e sequenciamento do gene 16S rDNA), PCR quantitativo (qPCR) e polimorfismo dos fragmentos terminais de restrição (T-RFLP). A maioria das sequências derivaram de bactérias (98%; base de dados M5NR); seis etapas do ciclo do nitrogênio foram anotadas pela plataforma MG-RAST (base de dados SEED): amonificação do nitrato e nitrito (ANN); fixação de nitrogênio; desnitrificação; óxido nítrico sintase; redução dissimilatória do nitrito e assimilação de amônia. Este último passo mencionado foi o mais abundante (28%) (genes gltb e gltD) e está diretamente relacionado a multiplicação microbiana nos solos.. O segundo processo mais abundante foi ANN (genes nir e nar), responsável por consumir este substrato durante o ciclo. Proteobacteria, Chloroflexi, Verrucomicrobia e Cyanobacteria estão presentes em todas as etapas do ciclo, representando microrganismos que podem participar das vias de transformação do N e, ademais, foi possível descrever um core microbiano (nível de ordem) representado por Sphingomonadales. Algumas variáveis ambientais, como a aplicação de torta de filtro e a produtividade mostraram uma correlação significativa com a estrutura da comunidade microbiana. Isto também foi encontrado para algumas características do solo como fósforo, magnésio e matéria orgânica. Além disso, identificou-se uma alta abundância de microrganismos carregando genes que codificam enzimas da via de redução do nitrato e nitrito. Portanto, apesar de sua complexidade, o estudo das funções microbianas de nitrogênio em solos cultivados com cana-de-açúcar é inovador por acessar de forma conjunta todas as comunidades envolvidas neste ciclo, caracterizadas por sequenciamento, o que evita os problemas inerentes ao cultivo microbiano, além de permitir inferir sobre a hierarquia das variáveis ambientais que influem sobre esse grupos microbianos. / Brazil is the largest world\'s producer of sugarcane and State of São Paulo accounts for over 50% of this production. This crop has a huge impact on Brazilian agriculture and due to this great importance, a better understanding of the composition of the microbial community related to cycling of nitrogen (N) in these soils is of utmost importance for the improvement in the cultivation of sugarcane. However, little is known about the relationship between microbial groups and this crop. This study aimed to determine changes in microbial communities that participate in the transformation of N in soils derived from three areas used for sugarcane production (named A, F and J), which have a range of different management conditions and soil characteristics. Each area was analyzed in triplicate, and the extracted DNA was used to develop next generation sequencing (shotgun metagenomics and 16S rDNA), quantitative PCR (qPCR) and terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP). Most of the sequences derived from Bacteria (98%; M5NR database); six stages of nitrogen cycle were annotated by MG-RAST plataform (SEED database): nitrate and nitrite ammonification (NNA); nitrogen fixation; denitrification; nitric oxide synthase; dissimilatory nitrite reductase and ammonia assimilation. This last mentioned step was the most abundant (28%) (gltB and gltD genes) and is directly linked to microbial growth in soil, since the final product of the reaction is glutamate. The second most abundant process was NNA (nir and nar genes), responsible for consuming this substrate during the cycle. Proteobacteria and Chroloflexi are present at all stages of the cycle, representing microorganisms that can participate in the N transformation and, moreover, it was possible to describe a microbial core (at an order level) represented by Sphingomonadales. Some environmental variables, such as the application of filter cake and productivity showed a significant correlation with the structure of the microbial community. This was also found for certain soil characteristics such as phosphorus, magnesium and organic matter. In addition, it was identified a high abundance of microorganisms carrying genes encoding the enzymes for nitrate and nitrite reduction pathway. Therefore, despite its complexity, the study of microbial functions of nitrogen in soils cultivated with sugarcane is innovative by accessing jointly all communities involved in this cycle, characterized by sequencing, which avoids the problems inherent in microbial cultivation and allows to infer about the hierarchy of environmental variables that influence this microbial groups.

Avaliou-se a aplicação rotineira de um método automatizado TSMA em comparação ao convencional TSMP na determinação da sensibilidade a drogas anti-micobacterianas de 126 isolados clínicos de bactérias do complexo M. tuberculosis. Os isolados clínicos foram divididos em: sem tratamento (NT), tratado anteriormente (RT) e multirresistentes (MDR). A concordância entre TSMP e TSMA, para Rifampicina no NT, foi de 98.3%, p=1.000 e Kappa=0.659. No RT, foi de 94.3%,p=0.625 e Kappa=0.639, no MR, foi de 96.6%, p=0.625 e Kappa=0.651. Para Hidrazida, no NT, foi de 88.5%, p=0.125 e Kappa=0.408 no RT foram de 88.6%, p=0.625 e Kappa=0.645 no de pacientes MR, foi de 86,7%, p=0.625 e Kappa=0.053. Para Estreptomicina no NT, foi de 93.5%, p=0.125 e Kappa=0.635. No RT, foi de 79.4%, p=0.016 e KAPPA=0.296 no MR, foi de 76,6%, p=0.453 e Kappa=0.533. Para Etambutol, no NT, foi de 93.4%, p=0.125 e Kappa=0.315, no RT foi de 94.3%, p=0.500 e Kappa=0.478. No MR, foi de 72.4%, p=0.70ª e Kappa=0.455. A metodologia automatizada mostrou-se mais rápida. / We evaluated the routinely application of an automated system(STAM) and the conventional method (STPM), used to determine the profile of sensitivity to antimycobacterial drugs of 126 clinical isolates of the complex M. tuberculosis. Clinical isolates was group divided into: without treatment (WT), previously treated (PT) and multidrug resistant (MDR).Concordant result between STPM and STAM, for Rifampin, in WT, was 98.3%, p=1.000 and Kappa=0.659. PT, was 94.3%, p=0.625 and Kappa=0.639; in MDR, was 96.6%, p=0.625 and Kappa=0.651. For Hidrazin, WT, was 88.5%, p=0.125 and Kappa=0.408; in PT, 88.6%, p=0.625 and Kappa=0.645; for MDR, 86.7%, p=0.625 and Kappa=0.053. For Streptomycin, PT was 93.5%, p=0.125 and Kappa=0.635. In PT, was 79,5%, p=0.016 and Kappa=0.296; in MDR, 76.6%, p=0.453 and Kappa=0.533. For Ethambutol, WT was 93.4%, p=0.125; in PT 94.3%, p=0.500 and Kappa=0.478. MDR was 72.4%, p=0.70 and kappa=0.455. Evaluation of mycobacterial sensitivity was faster in the automated method when compared with the conventional method.