This bachelor thesis deals with the development of molecular selection markers for the detection of fertility restorers for CMS Shaan 2A in rape by molecular techniques. The thesis describes molecular techniques such as DNA isolation techniques, polymerase chain reaction and primer design techniques for the detection of fertility restorers. Specific PCR primers for the Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein gene and the Tetratricopeptide repeat (TPR) -like superfamily protein gene sequence amplification have been designed and aplicons have been sequenced. On the basis of the sequence differences between plants with fertility restorer fenotype and CMS fenotype the technique for fertility restorer detection was designed.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-28Bitstream added on 2014-06-13T19:33:19Z : No. of bitstreams: 1 dias_vad_me_jabo.pdf: 235185 bytes, checksum: c6385942861da8fea65de0850ac27d24 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As técnicas de biologia molecular utilizadas no melhoramento genético são uma alternativa para o aperfeiçoamento de características de interesse zootecnico. São publicados na literatura novos polimorfismos de genes candidatos posicionais ou funcionais com potencial de aplicação na seleção assistida por marcadores. Os genes IGF2, PMCH e RORC se apresentam, em função de pesquisas recentes, como candidatos para características de interesse em animais de produção. Os objetivos foram estimar as frequências alélicas e genotípicas dos polimorfismos IGF2/MboII, DQ499531.1:g.134A>T e DQ667048.1:g.3290G>T em bovinos de corte de diferentes grupos genéticos e avaliar a ocorrência de associações entre esses polimorfismos e características relacionadas à composição da carcaça e a qualidade de carne em animais abatidos em idade jovem. Foram utilizados dados de qualidade de carne e carcaça de 499 animais da raça Nelore e seus cruzamentos com raças taurinas. As frequências alélicas encontradas permitiram inferir que os alelos dos polimorfismos IGF2/MboII e DQ667048.1:g.3290G<T RORC diferem entre as subespécies Bos indicus e Bos taurus. Embora a relação entre o polimorfismo IGF2/MboII e a EGS nos animais estudados não tenha sido significativa após correção para múltiplos testes, sugerem que mais estudos devem ser realizados para verificar a influência desse polimorfismo sobre esta características de interesse em bovinos. Os SNPs estudados dos genes PMHC e RORC, com base nos resultados, inadequados para uso na seleção assistida por marcadores em bovinos com composição genética semelhantes as utilizadas nesta pesquisa / The techniques used in molecular breeding are an alternative for the improvement of characteristics of zootechnical interest. Are published in the literature a new polymorphisms positional and functional of candidate genes with potential application in marker-assisted selection. The gene IGF2, PMCH and RORC are present, according to recent research, as candidates for traits of interest in farm animals. The objectives were to estimate the allele and genotype frequencies of polymorphisms IGF2/MboII, DQ499531.1: g.134A> T and DQ667048.1: g.3290G> T in beef cattle of different groups genetic and evaluate the occurrence of associations between these polymorphisms and traits related to carcass composition and meat quality in animals slaughtered at a young age. Data of meat quality and carcass of 499 Nellore and its crosses with taurine. Based on the results we can conclude that the allele frequencies found possible to infer that the alleles of the polymorphisms and IGF2/MboII DQ667048.1: g.3290G <T differ between subspecies Bos indicus and Bos taurus and although the relationship between polymorphism IGF2/MboII and EGS in the animals studied was not significant after correction for multiple tests, suggest that more studies should be performed to verify the influence of this polymorphism on this interesting traits in cattle. The SNPs studied genes RORC and PMHC seem, based on the results unsuitable for use in marker-assisted selection in cattle with the genetic composition similar those used in this study

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-09-24Bitstream added on 2014-06-13T18:54:05Z : No. of bitstreams: 1 vechetini_me_me_jabo.pdf: 579041 bytes, checksum: 90bdfc2c0590f6beb86275f97fa9a321 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Este estudo foi conduzido com 125 novilhas da raça Nelore de três rebanhos: Nelore Seleção (NeS), Nelore Tradicional (NeT), ambos selecionados para peso ao sobreano, e Nelore Controle (NeC), selecionado para a média deste peso, com o objetivo de avaliar polimorfismos do tipo PCR-RFLP's nos genes OGA T1 e LEPTlNA. Os rebanhos analisados pertencem ao Programa de Melhoramento Genético das Raças Zebuínas, da Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho - SP - Brasil. O DNA genômico foi extraído de leucócitos pelo método salino. Para a amplificação dos fragmentos de gene foram utilizados oligonucleotídeos iniciadores previamente descritos na literatura. Os produtos de PCR foram digeridos com enzimas de restrição para a detecção dos polimorfismos OGAT1 - Eael e LEPTlNA - BsaAI, e submetidos a eletroforese em gel de agarose. O OGAT1K (Iisina) foi o alelo que apresentou maior freqüência n nos rebanhos. As maiores freqüências do genótipo OGA T1KK foram encontradas nos rebanhos selecionados NeS e NeT, respectivamente, seguido pelo heterozigoto OGAT1KA. Nenhum animal apresentou o genótipo OGAT1AA (alanina). As freqüências alélicas e genotípicas do OGA T1 não diferiram entre NeS e NeT, mas foram estatisticamente diferentes (p<0,05) entre esses e o rebanho controle NeC. Em relação ao hormônio Leptina, as freqüências dos alelos foram LEP A = LEP G = 0,50 em toda a população. O heterozigoto LEP AG foi o genótipo que apresentou maior freqüência para os três rebanhos A maior freqüência do genótipo LEP GG foi observada no rebanho controle (NeC), mas as freqüências alélicas e genotípicas entre os rebanhos não foram estatisticamente diferentes. / This study was conducted with 125 Nelore heifers from three different herds: selection (NeS), traditional (NeT), both selected for yearling weight, and contrai (NeC), selected for mean yearling weight, and had the objective of looking for PCR-RFLP's polymorphisms in DGA T1 and LEPTlN genes. The herds analysed belong to the Zebu Breeding Pragram, of the Animal B:-8eding Experiment Station of Sertãozinho - SP - Brazil. The DNA was extracted fram leukocytes by the saline protocol, and to amplify the gene fragments primers previously described were used. The PCR products were digested by restriction enzymes to detect the DGA T1 - Eael e LEPTlNA - BsaAI polymorphisms, and were submitted to electraphoresis. The DGAT1K allele (Iisine) presented the larger frequency in the population. The highest frequencies of the DGA T1KK were found in the NeS e NeT herds, respectively, followed by the DGA T1KA. Neither animal presented the DGA T1AA genotype (alanine). Selected herds (NeS and NeT) allelic and genotypic frequencies for this locus were not significanttly different. Howerver, significant differences (p<0.05) were detected between the selected (NeS and NeT) and the control herds (NeC). In respect of the Leptin hormone, the allele frequencies were LEP A = LEP G = 0,50 in all the population. The LEP AG was the most frequent genotype in all the three herds. The control group (NeC) presented the LEP GG largest frequency, however, no significant differences were observed among the three herds for this locus.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-03-04Bitstream added on 2014-06-13T19:02:43Z : No. of bitstreams: 1 commar_ls_dr_sjrp.pdf: 852767 bytes, checksum: e3a9c62f0db6a8539e3d084f2426b7ee (MD5) / Zaprionus indianus é uma espécie de mosca de origem africana que se dispersou pelas regiões tropicais da Ásia e das Américas. Grande interesse tem sido despertado sobre essa espécie, principalmente pela recente expansão da sua área de distribuição com a invasão do continente americano, ocorrida na década de 90. Hoje, indivíduos dessa espécie são encontrados em uma larga amplitude latitudinal, do Uruguai a Belém (Brasil), além do Panamá (América Central) e Flórida (Estados Unidos). Tem sido proposta que a introdução de Z. indianus no Brasil ocorreu no Estado de São Paulo e de lá a espécie se propagou para outros estados brasileiros por meio do comércio de frutas. Entretanto, a rota de dispersão dessa espécie não foi ainda completamente estabelecida. Na tentativa de esclarecer essa questão, avaliamos a variabilidade genética de dois marcadores, um fragmento do gene COI (citocromo oxidase I), de 612 pb, e do gene ortólogo ao Est-6 de Drosophila melanogaster, de 747 pb, em 19 populações de Z. indianus, de diversas regiões geográficas, englobando África, Ásia e Américas. A análise do polimorfismo do gene ortólogo ao Est–6 mostrou uma elevada diversidade nucleotídica, resultado de substituições sinônimas, indicando seleção purificadora atuando neste gene, tanto nas populações ancestrais como nas invasoras. Para o propósito de estabelecer a rota de dispersão de Z. indianus, foi construída uma rede de haplótipos por meio do método “median-joning network” para os dois marcadores. Os resultados são inéditos, pois indicam a ocorrência de duas invasões no Brasil, ao contrário de estudos anteriores que sugeriram apenas uma. Esses resultados também sugerem que a invasão de Z. indianus na América do Norte se deu a partir de migrantes de populações brasileiras, e não africanas ou asiáticas. Essa invasão pode estar diretamente... / Zaprionus indianus is a species of an African origin which has dispersed through tropical Asian as well as South and North America regions. Great interest has been taken at this species, mainly for the fact that recently its distribution has been expanded to American continent due to the invasion probably occurred in the nineties. Nowadays individuals from this species are found in wide latitudinal extent, from Uruguay to Belem (Brazil), besides Panama (Central America) and Florida (The United States). It has been proposed that Z. indianus introduction in Brazil happened from the São Paulo to other Brazilian states through fruit trading, though this species’ dispersion route has not been completely established. In order to clarify this issue we evaluated genetic variability of two markers, a sequence of the gene COI (cytochrome oxidase I), 612 bp long and of the ortholog to Est-6 gene from Drosophila melanogaster, 747 bp long, in 19 populations of Z. indianus from several geographic regions, covering Africa, Asia and America. Polymorphism analysis of ortholog to Est-6 gene showed an elevated nucleotide diversity, resulting from synonym substitutions, indicating a purifying selection acting on this gene, which occurred in ancestral populations, as well as in the invader ones. Aiming at establishing the Z. indianus dispersion route, a haplotype network was built, using median-joining network method for the two markers. The results are unreleased, for they indicate the occurrence of two invasions in Brazil, in opposition to previous studies that have indicated just one. They also demonstrate that Z. indianus’ invasion in North America has happened from Brazilian population migrants, not African or Asian ones. This invasion can be directly related to the fact that Brazil is currently the third largest world fruit producer and exports over... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-27Bitstream added on 2014-06-13T19:23:54Z : No. of bitstreams: 1 luz_fjf_dr_jabo.pdf: 696825 bytes, checksum: e6fae364aaea139b88622f336be9f094 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) / Com o objetivo de ampliar o conhecimento sobre uma coleção de pimentas da Embrapa Roraima, foram realizadas caracterizações morfológica com descritores do IPGRI e molecular com marcadores fAFLP, de 58 acessos de Capsicum chinense. Os resultados da avaliação morfológica detectaram que, 39% dos acessos não se agruparam e entre os mesmos observou-se uma dissimilaridade de até 70%, com 50% de média. A caracterização molecular revelou uma dissimilaridade média de 22,3% entre os acessos levando à conclusão de que há uma pequena variabilidade genética entre os acessos, considerando o genoma como um todo. Os resultados demonstraram que as diferenças morfológicas estariam baseadas apenas em uma parte do genoma das pimentas, focada em características visíveis e mensuráveis pelo ser humano. Por outro lado, a variação observada a partir do DNA genômico por meio do marcador molecular utilizado não foi suficiente para ratificar as diferenças morfológicas observadas. Ambas as formas de caracterizar os acessos foram úteis e necessárias para o conhecimento dos mesmos, revelando informações valiosas para estratégias de conservação e uso das pimentas da Amazônia. / In order to raise the knowledge about a pepper collection from Embrapa Roraima, IPGRI morphological descriptors and fAFLP molecular marker were used to characterize 58 acessions of Capsicum chinense, contributing with information about the diversity of those plants. The results of morphological evaluation showed that 39% of the accessions did not group together and it also detected a great dissimilarity among the accessions, reaching values above 70%, with a 50% medium. The molecular characterization showed an average dissimilarity of 22,3%, indicating little genetic variability on the collection evaluated, considering the total genome of the plants. These results demonstrate that variation detected by morphological descriptors would be related to only a small part of pepper genome, focusing on human visible and measurable traits. The variation observed directly on the genome by the molecular marker used was not sufficient to confirm the morphological differences observed among the accessions. Both ways of characterizing the accessions were useful and necessary to their knowledge, revealing valuable information for conservation strategies and the use of amazon peppers.

Doctor of Philosophy / Department of Agronomy / Guihua Bai / Guorong Zhang / Wheat yield and quality is influenced by many abiotic and biotic environmental factors. Pre-harvest sprouting (PHS) occurs when physiologically matured spikes are exposed to wet field conditions before harvest, which results in seed germination and causes significant losses in yield and end-use quality. Wheat stripe rust is one of the most important biotic factors reducing grain yield and quality. To investigate the genetic basis of the resistance to PHS and stripe rust in hard white winter wheat cultivars Danby and Tiger and develop molecular markers for marker- assisted breeding, a double haploid (DH) population, derived from those two cultivars, was genotyped with simple sequence repeats (SSR) markers and simple nucleotide polymorphism (SNP) markers. This DH population was assessed for resistance to PHS and stripe rust in both greenhouse and field experiments. For PHS, one major resistant quantitative trait locus (QTL) was consistently detected on the short arm of chromosome 3A in all three experiments conducted and explained 21.6% to 41.0% of the phenotypic variation (PVE). This QTL is corresponding to a previously cloned gene, TaPHS1. A SNP in the promoter of TaPHS1 co- segregated with PHS resistance in this mapping population. Meanwhile, two other QTLs, Qphs.hwwg-3B.1 and Qphs.hwwg-5A.1, were consistently detected on the chromosome arms 3BS and 5AL in two experiments. These two QTLs showed significant additive effects with TaPHS1 in improving PHS resistance. For stripe rust, three major QTLs were consistently detected in four out of six environments for infection type (IT) or disease severity (DS). Two of them, QYr.hwwg-2AS1 and QYr.hwwg-4BL1, contributed by the Danby allele explained up to 28.4% of PVE for IT and 60.5% of PVE for DS. The third QTL, QYr.hwwg-3BS1, contributed by the Tiger allele, had PVE values up to 14.7% for IT and 22.9% for DS. QYr.hwwg-2AS1 and QYr.hwwg- 4BL1 are likely the same resistance genes reported previously on chromosome arms 2AS and 4BL. However, QYr.hwwg-3BS1 might be different from the reported gene cluster near the distal end of 3BS where Yr57, Yr4, Yr30 and Sr2 were located. Significant additive effects on reducing IT and DS were observed among these three major QTLs. In order to pyramid multiple QTLs in breeding, user-friendly Kompetitive allele specific PCR (KASP) markers were successfully developed for several QTLs identified in this study. The QTLs and their interactions found in this study together with those novel flanking KASP markers developed will be useful not only for understanding genetic mechanisms of PHS and stripe rust resistance but also for marker- assisted breeding to improve wheat resistance to PHS and stripe rust by gene pyramiding.

Resumo: Com o objetivo de ampliar o conhecimento sobre uma coleção de pimentas da Embrapa Roraima, foram realizadas caracterizações morfológica com descritores do IPGRI e molecular com marcadores fAFLP, de 58 acessos de Capsicum chinense. Os resultados da avaliação morfológica detectaram que, 39% dos acessos não se agruparam e entre os mesmos observou-se uma dissimilaridade de até 70%, com 50% de média. A caracterização molecular revelou uma dissimilaridade média de 22,3% entre os acessos levando à conclusão de que há uma pequena variabilidade genética entre os acessos, considerando o genoma como um todo. Os resultados demonstraram que as diferenças morfológicas estariam baseadas apenas em uma parte do genoma das pimentas, focada em características visíveis e mensuráveis pelo ser humano. Por outro lado, a variação observada a partir do DNA genômico por meio do marcador molecular utilizado não foi suficiente para ratificar as diferenças morfológicas observadas. Ambas as formas de caracterizar os acessos foram úteis e necessárias para o conhecimento dos mesmos, revelando informações valiosas para estratégias de conservação e uso das pimentas da Amazônia. / Abstract: In order to raise the knowledge about a pepper collection from Embrapa Roraima, IPGRI morphological descriptors and fAFLP molecular marker were used to characterize 58 acessions of Capsicum chinense, contributing with information about the diversity of those plants. The results of morphological evaluation showed that 39% of the accessions did not group together and it also detected a great dissimilarity among the accessions, reaching values above 70%, with a 50% medium. The molecular characterization showed an average dissimilarity of 22,3%, indicating little genetic variability on the collection evaluated, considering the total genome of the plants. These results demonstrate that variation detected by morphological descriptors would be related to only a small part of pepper genome, focusing on human visible and measurable traits. The variation observed directly on the genome by the molecular marker used was not sufficient to confirm the morphological differences observed among the accessions. Both ways of characterizing the accessions were useful and necessary to their knowledge, revealing valuable information for conservation strategies and the use of amazon peppers. / Orientador: Leila Trevizan Braz / Coorientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Maria Helena de Souza Goldman / Banca: Arlete Marchi Tavares de Melo / Banca: João Carlos de Oliveira / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-06-01Bitstream added on 2014-06-13T20:49:42Z : No. of bitstreams: 1 vinha_gg_me_rcla.pdf: 3570793 bytes, checksum: eaf7f720f45fe0957c9f2ef1cbe5e6ed (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As espécies de formigas cortadeiras (Hymenoptera: Formicidae), Atta laevigata e Acromyrmex balzani, possuem importância agrícola e econômica por serem pragas de pastagens, florestas e plantas cultivadas em geral, em diferentes regiões das Américas, com consideráveis perdas de matéria vegetal e conseqüentes prejuízos para a agricultura e pecuária. Portanto, um melhor conhecimento sobre as espécies permitirá a adoção de medidas mais eficazes de controle. As espécies possuem uma história taxonômica marcada por controvérsias, devido ao embasamento da sistemática em caracteres morfológicos, muitos dos quais com variabilidade individual e polimorfismos nas diferentes castas de um mesmo ninho, gerando equívocos tanto de nomenclatura quanto de identificação. Diante disso, realizamos a caracterização molecular das diferentes populações de Atta laevigata e Acromyrmex balzani, com o objetivo de examinar as relações filogenéticas entre populações de diferentes áreas de ocorrência e auxiliar na definição dos grupos naturais destas espécies. Associado a isso, realizamos a caracterização morfológica das espécies, através da análise dos caracteres taxonômicos utilizados para a identificação. As análises moleculares evidenciam a existência 2 de dois grupos gênicos simpátricos de Atta laevigata, largamente distribuídos pelo Brasil, e definem Acromyrmex balzani como pertencente ao mesmo grupo gênico de Acromyrmex landolti. Além disso, os resultados indicam que não é possível utilizar os caracteres morfológicos tradicionalmente considerados para taxonomia destas formigas, devido à presença de polimorfismos e incongruências. / Leaf-cutting ants (Hymenoptera:Formicidae), Atta laevigata and Acromyrmex balzani, are economic and agriculturally important for being crop, forest and cultivated plant plagues in different areas of the Americas, thus causing significant losses of vegetable material and damage to agriculture and livestock. Therefore, having better knowledge of the species will help adopt more efficient control measures. The species have a taxonomic history marked by controversies. This is owed to the fact that systematic is based on morphologic characters many of which show individual variability and polymorphisms among the different casts in the same nest, thus generating either nomenclature or identification mistakes. Faced with this, we have carried through the molecular characterization of the different Atta laevigata and Acromyrmex balzani populations, with the aim of examining the phylogenetic relations between populations occurring in different areas and helping to define the natural group of these species. Connected with this, we have carried through the morphologic characterization of the species by analyzing the taxonomic characters used for the identification. Molecular analyses evidence the existence of two sympatric genetic groups of Atta laevigata, which are 4 widely spread throughout Brazil, and define Acromyrmex balzani as part of the same genetic group of Acromyrmex landolti. Moreover, the results indicate that it is not possible to use the morphologic characters traditionally considered for taxonomy of these ants, due to the presence of polymorphism and contradictions.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-02-06T12:54:43Z No. of bitstreams: 1 DissTARC.pdf: 2899110 bytes, checksum: 8d7daeb56bf91e6fe2ef2dee11c935ba (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-06T18:38:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissTARC.pdf: 2899110 bytes, checksum: 8d7daeb56bf91e6fe2ef2dee11c935ba (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-06T18:38:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissTARC.pdf: 2899110 bytes, checksum: 8d7daeb56bf91e6fe2ef2dee11c935ba (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T18:38:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissTARC.pdf: 2899110 bytes, checksum: 8d7daeb56bf91e6fe2ef2dee11c935ba (MD5) Previous issue date: 2016-07-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Meliponini is a tribe of bees popularly known as stingless bees that occurs in tropical and subtropical areas of the world, being more diversified in Neotropical and Indo-Malaya regions. Currently, 29 genus and 244 species are present in Brazil. Only a few phylogeographic studies were realized with species of this tribe. The genus Partamona Schwarz, 1939 clusters 33 species with exclusive occurrence in the Neotropical region. The species Partamona helleri presents wide distribution throughout Atlantic forest and part of the Cerrado from the State of Minas Gerais, reason of the choice of this species as our model organism. This study aimed to elucidate the phylogeographic pattern of P. helleri populations throughout its distribution area. For this purpose, samples of 347 nests from 67 localities situated from Northern Bahia to Santa Catarina were collected. Three mitochondrial genes fragments (COI, CytB and 12S) were analysed, which resulted in 339 concatenated sequences. The phylogenetic reconstruction by Bayesian Inference (IB) showed several lineages in a little resolved polytomy, what hampered the definition of the phylogenetic relationships among haplotypes. The haplotype network illustrated the relationship between 73 haplotypes identified, being 64 of them exclusive of localities. The AMOVA showed that 91.7% of the genetic variation is due to interpopulacional differences, indicating high structuring among populations. A low significant correlation between genetic and geographic distances was observed (r = 0,2487; P < 0,0010). The Bayesian population analysis implemented by BAPS showed that five groups were more suited to explain that genetic structuring. Such result was partly compliant with established lineages in the topology obtained by IB and with the results observed in the haplotype network. The results showed that the northern populations of P. helleri distribution are quite differentiated among themselves and also from the others populations observed along the central and southern regions. However, it was not possible to access how the genetic variation of the northern populations is organized, and there may be a division in two or more phylogroups. For other populations, the existence of three possible phylogroups was verified, two in the central region and a third occupying the central and southern regions. The results obtained for the demographic history of these phylogroups were not conclusive, however, it is likely that the phylogroup occupying the central and southern regions is in an expansion process. It was also verified that the level of variation observed by phylogroup decreases towards north/south, which allowed to raise a hypothesis about the origin and dispersion of this species. / Meliponini é uma tribo de abelhas conhecidas popularmente como abelhas sem ferrão que possuem distribuição em áreas tropicais e subtropicais do globo, sendo mais diversificada nas regiões neotropicais e Indo-Malaia. No Brasil, estão descritos atualmente 29 gêneros e 244 espécies. Até o presente momento, poucos foram os estudos filogeográficos realizados com espécies da tribo. O gênero Partamona Schwarz, 1939 agrupa 33 espécies com ocorrência exclusiva na região Neotropical. A espécie Partamona helleri apresenta ampla distribuição ao longo de toda a Mata Atlântica e ainda em parte do Cerrado no estado de Minas Gerais, razão de sua escolha como organismo modelo. Este estudo teve por objetivo elucidar o padrão filogeográfico das populações da espécie ao longo de sua área de distribuição. Para tal, foram coletadas amostras de 347 ninhos em 67 localidades situadas desde o norte da Bahia até Santa Catarina. Foram analisados três fragmentos gênicos mitocondriais - COI, CytB e 12S - e as análises foram realizadas utilizando 339 sequências dos três genes concatenados. A reconstrução filogenética por Inferência Bayesiana (IB) apresentou várias linhagens em uma politomia pouco resolvida, o que comprometeu a verificação das relações filogenéticas entre os haplótipos. A rede haplotípica ilustrou as relações entre os 73 haplótipos identificados, sendo 64 deles exclusivos de localidade. A AMOVA mostrou que 91,7% da variação genética é resultado de diferenças interpopulacionais, indicando alta estruturação entre as populações. Foi verificada uma correlação baixa, porém significativa, entre distâncias genéticas e geográficas (r = 0,2487; P < 0,0010). A análise de estrutura populacional pelo método bayesiano implementada no software BAPS mostrou que a probabilidade posterior mais adequada para explicar a estruturação genética foi de cinco agrupamentos. Tal resultado foi, em parte, concordante com as linhagens estabelecidas na topologia obtida por IB e com os resultados observados na rede haplotípica. Os resultados mostraram que as populações ao norte da distribuição são bastante diferenciadas entre si e também das demais populações observadas ao longo da parte central e sul. No entanto, não foi possível acessar como a variação genética dessas populações está organizada, podendo haver a divisão das mesmas em dois ou mais filogrupos. Quanto às demais populações, a existência de três possíveis filogrupos foi verificada, dois na região central e um terceiro ocupando as regiões Central e Sul. Os resultados obtidos para a história demográfica dos filogrupos não foram conclusivos, porém, é provável que o filogrupo que ocupa as regiões central e sul esteja em processo de expansão populacional. Foi ainda verificado que o nível de variação observada por filogrupo diminui no sentido norte/sul, o que permitiu que uma hipótese sobre origem e dispersão da espécie fosse proposta.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 696310 bytes, checksum: 885479e14190b04344238aca73a62d1d (MD5) Previous issue date: 2007-02-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The Zabrotes subfasciatus Boheman (Coleoptera: Bruchidae) is a species probably originated from Central America. It became an agricultural pest since it was established and continually began to reproduce in stored seeds and later diffused throughout tropical and subtropical regions. In stores, those insects cause damages to the grains, by boring them and giving them an unpleasant flavor, therefore depreciating their commercial value. In seeds, the pest consumes the reserves of the cotyledons, therefore endangering germination. This study was conducted to estimate the genetic diversity in Z. subfasciatus populations, by using the molecular markers ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Twelve populations of Z. subfasciatus amostradas were sampled in eight Brazilian states as totaling 269 individuals, then they were evaluate. Five primers ISSR (UBC 807, UBC 808, UBC 809, UBC 811, UBC 891) were used, whereas a total of 51 polymorphic bands averaging 10 bands by each primer were amplified. The percent polymorphism within each population ranged from 74.51 to 92.16, with an average percentage of 83.82. The expected heterozygozite corrected by Nei in 1978 ranged from 0.2253 to 0.;3281 with some 0.2885 average, whereas the genetic diversity index by Shannon and Weaver (HE) ranged from 0.2908 to 0.4805, as averaging 0.4167. At species level, those two indexes showed the values 0.3636 and 0.5393 respectively. The FST values between the population pairs obtained by molecular variance analysis (AMOVA) ranged from 0.06804 to 0.6165. The genetic distance by Nei used in estimation of the genetic divergence among populations ranged from 0.0563 to 0.3250. The AMOVA allowed for the partition of the genetic variation into two levels: either inside and among populations. Higher genetic variation was observed inside population, with 66% of the total variation. Only 34% genetic variation were observed among populations. The Mantel` test showed low correlation between geographical distance and FST, genetic identity and FST, and between the Nei´genetic distance and FST. According to the results, the following conclusions were drawn: the genetic variability of the species is still considered as low in Brazil, probably due to the recent introduction of the pest; and those Zabrotes subfasciatus populations showed to be not geographically structured in Brazil. / Zabrotes subfasciatus Boheman (Coleoptera: Bruchidae), espécie originária provavelmente na América Central, se tornou uma praga agrícola quando se estabeleceu e passou a se reproduzir continuamente em sementes armazenadas, difundindo-se posteriormente pelas regiões tropicais e subtropicais. Em armazéns, esses insetos causam danos aos grãos, perfurando-os e conferindo-lhes sabor desagradável, depreciando o seu valor comercial. Nas sementes, a praga consome as reservas dos cotilédones, comprometendo a germinação. O objetivo deste trabalho foi estimar a diversidade genética de populações de Z. subfasciatus por meio de marcadores moleculares ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Foram avaliadas 12 populações de Z. subfasciatus, amostradas em oito estados brasileiros, totalizando 269 indivíduos. Cinco primers ISSR foram utilizados (UBC 807, UBC 808, UBC 809, UBC 811, UBC 891), sendo amplificadas um total de 51 bandas polimórficas com média de 10 bandas por primer. A porcentagem de polimorfismo dentro de cada população variou de 74,51 a 92,16, com porcentagem média de 83,82. A heterozigosidade esperada corrigida de Nei (HE), variou de 0,2253 a 0,3281, com média de 0,2885 e o índice de diversidade genética de de Shannon e Weaver (I) variou de 0,2908 a 0,4805, com média de 0,4167. Em nível de espécie, estes dois índices apresentaram valores de 0,3636 e 0,5393 respectivamente. Os valores de FST entre pares de populações obtidos pela análise de variância molecular (AMOVA) variaram de 0,06804 a 0,6165. A distância genética de Nei (1978), usada para estimar a divergência genética entre populações, variou de 0,0563 a 0,3250. A AMOVA permitiu uma partição da variação genética em dois níveis: dentro de populações e entre populações. Foi observada maior variação genética dentro da população, com 66% da variação total. Apenas 34% da variação genética foi observada entre populações. O teste de Mantel revelou baixa correlação entre distância geográfica e FST, identidade genética e FST e entre distância genética de Nei e FST. Pode-se concluir que a variabilidade genética da espécie ainda é considerada baixa no Brasil, provavelmente devido à introdução recente da praga. As populações de Zabrotes subfasciatus avaliadas não se apresentam geograficamente estruturadas no Brasil.