Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-05-09T15:47:00Z No. of bitstreams: 1 Nubia Michelle Vieira da Silva.pdf: 1519635 bytes, checksum: 28fb82a2e5ac497c9fefcd231c2cf135 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T15:47:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nubia Michelle Vieira da Silva.pdf: 1519635 bytes, checksum: 28fb82a2e5ac497c9fefcd231c2cf135 (MD5) Previous issue date: 2010-06-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / This study aimed to avaluate the relationship the polymorphism from the leptin gene (LEP), specifically exon 2, and from the microsatellite of the growth hormone receptor (GHRSSR) with the weight and weaning characteristics of animal breeds Anglo-Nubian, and Boer, to identify useful markers for selecting goats of high genetic merit. It was obtained the allele frequencies and heterozygosity with the Toolkit (PARK, 2001). The test for the Hardy-Weinberg equilibrium was performed with GenePop program according to Rousset (2008), and showed that the markers were in desequilibrium in populations. Observed heterozygosity values for LEP were greater than expected and all animals showed the same electrophoretic pattern with two alleles (150 and 152 bp). It was detected with GHR locus five alleles ranging from 90 to 125 bp examined in populations. The genotypes influence of polymorphic fragments of GHR and leptin on animals development was evaluated using the birth weight (BW) and weaning (PD), by analysis of variance and mean test with the GLM procedure of (SAS, 1999). The genotypes showed a significant effect on birth weight (BW) and weaning (PD). It is necessary to study of these polymorphisms on a larger sample of animals to confirm the effect on growth characteristics. / Objetivou-se estudar a relação entre o polimorfismo no gene da Leptina (LEP), especificamente o éxon 2, e o microssatélite do receptor do hormônio do crescimento (SSRGHR) com as características de peso ao nascer e desmame em caprinos das raças Anglo- Nubiana e Boer, a fim de identificar marcadores que possam ser úteis na seleção desses animais de elevado mérito genético. Foram obtidas as frequências alélicas e a heterozigosidade com auxílio do programa Toolkit (PARK, 2001). O teste para o equilíbrio de Hardy-Weinberg foi feito com auxílio do GENEPOP,conforme Rousset (2008), no qual os marcadores se mostraram em desequilíbrio para as populações. Para a LEP, os valores de heterozigosidade observada foram bem maiores do que os esperados e todos os animais apresentaram o mesmo padrão eletroforétrico com dois alelos (150 e 152 pb). No loco do ghr observaram-se cinco alelos com tamanho variando de 90 a 125 pb. Para verificar a influência dos genótipos dos fragmentos polimórficos do ghr e da leptina sobre o desenvolvimento dos animais foram utilizados os pesos ao nascer (PN) e ao desmame (PD), para os quais foi feito análise de variância e teste de médias com auxílio do procedimento GLM do programa (SAS, 1999). Observou-se um efeito significativo dos genótipos do ghr sobre os pesos ao nascer (PN) e à desmame (PD). Sugere-se então, um estudo destes polimorfismos em maior número de animais para confirmação do efeito sobre características de crescimento.

Orientadores: Laura Sterian Ward, André Lopes Carvalho / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-17T23:05:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcello_MarjoryAlana_M.pdf: 3980107 bytes, checksum: f475ed1f2cf3e67afbfdbc6216680195 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Nódulos de tiróide são palpados em cerca de 10% da população e diagnosticados em mais de 50% da população usando-se a ultrassonografia. No entanto, apenas 0,01% são câncer. Por outro lado, o Câncer Diferenciado da Tiróide (CDT) é a neoplasia endócrina mais comum e suas taxas de incidência vem crescendo pelo mundo. Urge, portanto, estabelecer marcadores capazes de identificar malignidade em nódulos na população. Objetivamos, neste trabalho, investigar a utilidade clínica de BRAF, TPO, GAL-3, VEGF e VEGF-C como marcadores para o CDT. Foram utilizados 165 pacientes com CDT; 31 pacientes com nódulos Benignos e 216 Controles. Utilizamos ensaios de PCR-RFLP para a pesquisa da mutação de BRAF, RT-PCRq para dosar TPO e ELISA para dosar VEGF, VEGF-C e Galectina-3 circulantes. A identificação da mutação de BRAF em células tiroidianas circulantes não foi possível com a metodologia por nós empregada. Não encontramos expressão de TPO em sangue periférico de pacientes com CDT. O nível sérico de Gal-3 diferiu entre os grupos CDT, Benigno e Controles, mas não diferenciou nódulos benignos de malignos (p=0, 884). O nível sérico de VEGF pôde diferenciar os pacientes com CDT de pacientes com nódulos Benignos (p=0, 041), assim como diferenciou CDT dos controles (p=0.015), embora não tenha grande poder como marcador único. Os níveis séricos de VEGF-C distinguem pacientes com nódulos Benignos, Malignos e Controles (p=0, 025). Dentre estes, distinguem pacientes com CDT dos Controles (p=0, 046), porém não dos nódulos Benignos (p=0.242). Os níveis séricos de Gal-3, VEGF e VEGF-C parecem discriminar alguns grupos em relação a variáveis clínico-patologicas, porem não há indicação de que possam ser usados como marcadores para o CDT, uma vez que seus poderes preditivos positivo e negativo não são bons. Concluímos que, embora possam auxiliar no diagnóstico, nenhum dos marcadores estudados é promissor do ponto de vista clínico / Abstract: Thyroid nodules may be diagnosed in about 10% of the population and half of the population if they're examined through ultrasonography. However, only 0.1% of those nodules are cancer. On the other hand, Differentiated Thyroid Cancer (DTC) is the most common endocrine malignancy and its incidence rate is increasing worldwide. This fact creates an urgent need for new markers that might be used in a large scale to diagnose thyroid nodules malignancy. We aimed to investigate the clinical utility of BRAF, TPO, Gal-3, VEGF and VEGF-C as markers for the CDT. We studied 165 patients with DTC, 31 patients with benign tumors and 216 controls. We used PCR-RFLP to investigate the presence of BRAF mutation, RT-PCRq to quantify TPO mRNA and ELISA to quantify VEGF, VEGF-C and Gal-3 in circulation. The identification of BRAF mutation in thyroid cells was not possible with the methodology employed. We didn't find any expression of TPO in peripheral blood of patients with DTC. The serum levels of Gal-3 differed among groups DTC, Benign and Controls, but did not differentiate benign and malignant tumors (p = 0.884). The serum levels of VEGF could differentiate patients with DTC from patients with benign nodules (p = 0.041) and DTC differed from controls (p = 0.015), although this test didn't have a great predictive power as a single marker. Serum levels of VEGF-C distinguished patients with benign nodules, malignant tumors and controls (p = 0.025). It distinguished patients with DTC from Controls (p = 0.046) but not from the benign tumors (p = 0242). Serum levels of Gal-3, VEGF and VEGF-C seem to discriminate some groups in what concerns clinical and pathological variables, but there is no indication that they can be used as markers for the CDT, as its positive and negative predictive powers are not high. We conclude that, although they might support the diagnosis, none of the markers studied is promising in a clinical perspective / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / In search for a better understanding of the biology of tumors, molecular markers related to proliferation, resistance and apoptosis have been intensively studied in the different types of cancer. These markers can help on the elucidation of more specific therapeutic targets for the treatment of various tumors. It was observed that stomach cancer is the second most frequent cause of death in the world. In Brazil, this tumor is among the five major causes of death by cancer and the adenocarcinomas are held responsible for about 95% of all cases. For that matter, the expression of KI-67, PCNA, p53, bcl-2 and c-myc were evaluated independently and in a combined form in stomach adenocarcinomas. Thus, KI-67 and PCNA were confronted in order to determine which one would pose as a better cellular proliferation marker. Finally, a DNA extraction tecnique using CTAB was implemented on tumor tissue as well as the molecular analysis of the p53 gene by SSCP. The positive results were compared with those obtained by the imonohistochemistry analysis. The tumors were collected in surgical procedure, processed and classified histopathologically. The markers were detected by the imunohistochemical method SABP. The DNA was extracted by the CTAB method and the exons 5, 7 and 8/9 of the p53 gene analyzed by SABP. Some of the samples were obtained from biopsy arquives. The age range of the patients was between 61 and 70 years, with 48,1% of the tumors presenting an intestinal origin, 40,7% were diffuse and the other 11,2% were mixed. According to the location, 50% of the tumors were found to be proximal. 41,1% of the tumors were found to be in a low stage (I â IIIA), 44,8% in a high stage (IIIB â IV) and 13,8% were not staged. The imunohistochemical results indicated that KI-67 is the best marker to estimate cellular proliferation in stomach adenocarcinomas. In an independent manner, the tumors showed an 89,3% positivity for KI-67, 62,5% for PCNA, 50% for p53, 60,7% for bcl-2 e 66,7% for c-myc. According to the staging, the difference was significant only to p53 (p = 0,02), with a 66,7% positivity to the tumors in low stage and 16,7% for the ones on a high stage. When evaluated in a combined form, the associations of KI-67+/p53- (p=0,012) (66,67%) and c-myc+/p53- (p=0,02) (63,64%) both for the high stage tumors, were found to be significant. The DNA extraction technique applied to the tumor tissue was found to be satisfactory. For the SSCP analyses, five patients had mutation on the exon 5 (3) and on the exon 7 (2). Based on that, we may conclude that KI-67 is the best marker to access the proliferation of the stomach adenocarcinomas and that there are two proliferation activation pathways: one being dependent and the other independent of the p53 gene. / Na busca de um melhor entendimento da biologia dos tumores, marcadores moleculares relacionados à proliferaÃÃo, resistÃncia e apoptose tÃm sido intensamente pesquisados nos diferentes tipos de cÃncer. Estes marcadores podem auxiliar no estudo de alvos terapÃuticos mais especÃficos para cada tipo de tumor. O cÃncer de estÃmago à a segunda causa de Ãbito mais observado no mundo. No Brasil, este tumor està entre as cinco localizaÃÃes primÃrias mais comuns de Ãbitos por cÃncer, sendo os adenocarcinomas responsÃveis por 95% dos casos. Dessa forma, foi avaliada a expressÃo dos marcadores KI-67, PCNA, p53, bcl-2 e c-myc de forma independente e combinada em adenocarcinomas gÃstricos. TambÃm foi avaliado qual dos marcadores, KI-67 ou PCNA, era mais indicado para acessar a proliferaÃÃo celular. AlÃm disso, foi implantada a tÃcnica de extraÃÃo de DNA de tecido tumoral com CTAB e anÃlise molecular pelo SSCP do gene p53, sendo os resultados positivos comparados com os resultados da imunohistoquÃmica. Os tumores foram coletados em cirurgia, processados e classificados histopatologicamente. Os marcadores foram detectados pelo mÃtodo de imunohistoquÃmica SABP. Foi realizada a extraÃÃo de DNA pelo mÃtodo do CTAB, sendo os Ãxons 5, 7 e 8/9 do gene p53 analisados por SSCP. Algumas amostras foram obtidas de arquivo de biopsia. A faixa etÃria dos pacientes encontrava-se entre 61 e 70 anos de idade, com 48,1% dos tumores do tipo intestinal, 40,7% difusos e 11,2% mistos e com 50% localizados no sÃtio proximal. Em relaÃÃo ao estadiamento, 41,4% dos tumores apresentavam-se no grau baixo (I â IIIA), 44,8% no altorisco (IIIB â IV) e 13,8% sem estadiamento. De acordo com os achados imunohistoquÃmicos, os resultados sugerem que o marcador mais indicado para estimar a proliferaÃÃo celular nos adenocarcinomas gÃstricos à o KI-67. De forma independente os tumores apresentaram positividade em 89,3% para KI-67, 62,5% para PCNA, 50% para p53, 60,7% para bcl-2 e 66,7% e para c-myc. De acordo com o estadiamento, a diferenÃa foi significativa apenas para p53 (p = 0,02), com positividade de 66,7% nos tumores de baixo risco (I â IIIA) e 16,7% nos de altorisco. Quando avaliadas de forma combinada, as associaÃÃes significativas foram entre KI-67+/p53- (p=0,012) nos tumores de alto risco (66,67%) e c-myc+/p53- (p=0,02) tambÃm nos tumores de altorisco (63,64%). A tÃcnica aplicada para a extraÃÃo do DNA do tecido tumoral foi satisfatÃria. Para o SSCP, cinco pacientes apresentaram mutaÃÃo para o Ãxon 5 (3) e Ãxon 7 (2). Com isso, concluÃmos que o marcador mais indicado para acessar a proliferaÃÃo à o KI-67 e que existem duas vias de ativaÃÃo da proliferaÃÃo nos adenocarcinomas gÃstricos: uma dependente de p53 e outra independente de p53.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / The present study aimed to evaluate the expression of genes involved in the tumorigenic process and in the chemoresistance mechanisms of the astrocytic tumors. A clinical and epidemiological analysis, histopathological evaluation and immunohistochemical study of the proteins Ki-67, c-Myc, GFAP, p53, p21WAF1/CIP1, p27KIP1, Bcl-2, Bax, EGFR, erbB-2, p21Ras, MGMT, GSTπ, TS and TopoIIα using streptoavidin-biotin-peroxidase method were performed in 55 different graduations of astrocytomas (WHO) (13 grade I, 14 grade II, 7 grade III, 21 grade IV) and 05 samples of non-tumoral tissue (control group). The distribution by age, sex and tumoral localization of astrocytomas patients in Fortaleza reproduced, in a general way, the worldwide trends. The histopathological findings evaluated with semiquantitative criteria confirmed the classification parameters for astrocytomas established by WHO. The stain for Ki-67 antigen increased as according to astrocytic tumors progression; its detection in more than 8.0% of the tumoral cells distinguished Astrocytomas Grade IV, labeled index between 1.5 and 8.0% differentiated Astrocytomas Grade III and values below 1.5% discriminated low-grade tumors (I and II). The TopoIIα and c-Myc (nuclear) expression demonstrated association with cellular proliferation in astrocytomas, however not in a exclusive way. The c-Myc protein cytoplasmic positive index was bigger among high-grade tumors (71.43%), with maximum expression scores in Astrocytomas Grade IV (LI mean=15.57; H mean=24.42). In general, 76.9% of the Astrocytomas Grade IV tumoral cells revealed moderate positive index for GFAP. The positive index and expression scores for p53 and p27KIP1 (nuclear and cytoplasmic) proteins showed a tendency to increase with the astrocytic tumors progression, while the p21WAF1/CIP1 tumor suppressor detection demonstrated opposite orientation (except in grade IV). The percentage of Bcl-2 and Bax positive tumors increased in accordance with histological grade of astrocytomas, with general positive index of 43.26% and 24.67%, respectively. Bcl-2 staining scores demonstrated propensity to addition according to tumoral evolution, while the scores for Bax was similar in all graduations. The erbB2 protein expression was evidenced only between Astrocytomas Grade IV (positive index=14.28%), while the overexpression of EGFR protein was distinguished in grade I and IV astrocytic tumors, with respectively 46.15% and 61.90% of positive cases. p21Ras protein detection was preponderant in Astrocytomas Grade II (positive index=37.71%), being absent in high-grade tumors (III and IV). The EGFR overexpression and p53 mutation configured mutually exclusive events in astrocytomas tumorigenesis, as well as p21Ras protein and ErbB receptors family overexpression. High positive index for enzymes MGMT, GSTπ and TS was evidenced in astrocytic tumors. MGMT expression scores were high and constant among different histological categories, including non-tumoral specimens (LI mean = 69.43). GSTπ scores demonstrated tendency to reduction in accordance with malignant evolution of astrocytomas, while the values for TS reached higher levels on Astrocytomas Grade IV (H mean=63.33). TopoIIα positive index demonstrated inclination to augment in agreement with the progression of astrocytic tumors, whereas the staining scores had been similar in grade II, III and IV astrocytomas (LI mean=27.71). The results obtained by current investigation indicated Ki-67 antigen as the best cell proliferation marker. The p53 mutation configured an initial and relevant event in astrocytomas, as well as potential indicative of tumor progression. p21WAF1/CIP1 tumor suppressor detection represented important resource for deduction of functional situation of p53 gene, while the p27KIP1 functional activation was not compromised by astrocytomas tumorigenic process. Astrocitomas Bcl-2/Bax ratio denoted increasing of cellular survival orientation in accordance with malignant evolution of these tumors. p21Ras protein overexpression was distinguished as a grade II typical molecular event and a virtual marker of tumor not-progression. c-Myc protein cytoplasmic accumulation configured initial and significant phenomenon in astrocytomas tumorigenesis, being a direct reflex of the nuclear expression of c-myc gene and the tumoral malignance. The combined analysis of the investigated molecular markers confirmed p53 gene mutation as the main tumorigenic pathway of astrocytomas, even though EGFR overexpression has been the predominant alteration in grade IV tumors and the c-myc gene expression has represented a distinct and alternative molecular pathway to different tumor graduations. The remarkable presence of MGMT, GSTπ and TS enzymes configured virtual indication of chemoresistance for many antineoplastic agents, while the high expression of TopoIIα revealed this enzyme as a potential therapeutic target in the astrocytic tumors. / O presente estudo objetivou avaliar a expressÃo de genes envolvidos no processo tumorigÃnico e nos mecanismos de quimiorresistÃncia dos tumores astrocÃticos. Procedeu-se anÃlise clÃnico-epidemiolÃgica, avaliaÃÃo histopatolÃgica e estudo imuno-histoquÃmico das proteÃnas Ki-67, c-Myc, GFAP, p53, p21WAF1/CIP1, p27KIP1, Bcl-2, Bax, EGFR, erbB-2, p21Ras, MGMT, GSTπ, TS e TopoIIα pelo mÃtodo da estreptoavidina-biotina-peroxidase em 55 astrocitomas de diferentes gradaÃÃes (OMS) (13 grau I, 14 grau II, 7 grau III e 21 grau IV) e 05 amostras de tecido cerebral nÃo-tumoral (grupo controle). A distribuiÃÃo por idade, por sexo e pela localizaÃÃo tumoral dos portadores dessas neoplasias reproduziu, de um modo geral, as tendÃncias mundiais. Os achados histopatolÃgicos avaliados segundo critÃrios semiquantitativos confirmaram os parÃmetros de classificaÃÃo dos astrocitomas estabelecidos pela OMS. A marcaÃÃo para o antÃgeno Ki-67 aumentou conforme a progressÃo dos tumores astrocÃticos, sendo que sua detecÃÃo em mais de 8,0% das cÃlulas tumorais distinguiu os Astrocitomas Grau IV, Ãndices entre 1,5 e 8,0% diferenciaram os Astrocitomas Grau III e valores abaixo de 1,5% discriminaram os tumores de baixo grau (I e II). A expressÃo das proteÃnas TopoIIα e c-Myc (nuclear) demonstraram associaÃÃo com a proliferaÃÃo celular nos astrocitomas, todavia de maneira nÃo exclusiva. A positividade citoplasmÃtica para proteÃna c-Myc foi maior entre os tumores de alto grau (71,43%), com escores de expressÃo mÃximos nos Astrocitomas Grau IV (LI mÃdio=15,57; H mÃdio=24,42). Em mÃdia, 76,9% das cÃlulas tumorais dos Astrocitomas Grau IV manifestaram moderada positividade para GFAP. A positividade e os escores de marcaÃÃo para as proteÃnas p53 e p27KIP1 (nuclear e citoplasmÃtica) demonstraram tendÃncia de aumento conforme a progressÃo dos tumores astrocÃticos, enquanto a detecÃÃo do p21WAF1/CIP1 mostrou orientaÃÃo oposta (exceto no grau IV). A porcentagem de tumores positivos para Bcl-2 e Bax aumentou conforme a gradaÃÃo dos astrocitomas, com positividade geral de 43,26% e 24,67%, respectivamente. Os escores de marcaÃÃo para Bcl-2 demonstraram propensÃo ao acrÃscimo segundo a evoluÃÃo tumoral, enquanto os Ãndices para Bax foram semelhantes nas diversas graduaÃÃes. A expressÃo da proteÃna erbB2 foi evidenciada apenas entre os Astrocitomas Grau IV (positividade=14,28%), enquanto a superexpressÃo da proteÃna EGFR destacou-se nos tumores astrocÃticos dos graus I e IV, com respectivamente 46,15% e 61,90% de casos positivos. A detecÃÃo da proteÃna p21Ras foi preponderante entre os Astrocitomas Grau II (positividade=37,71%), estando ausente nos tumores de alto grau (III e IV). A superexpressÃo do EGFR e a mutaÃÃo do p53 configuraram eventos mutuamente exclusivos nos astrocitomas, assim como a superexpressÃo da proteÃna p21Ras e dos receptores da famÃlia ErbB. Constatou-se elevada positividade para as enzimas GSTπ, TS e MGMT nos tumores astrocÃticos. Os Ãndices de expressÃo da MGMT mostraram-se elevados e constantes entre as diferentes categorias histolÃgicas, incluindo os espÃcimes nÃo-tumorais (LI mÃdio=69,43). Os escores para GSTπ demonstraram tendÃncia à reduÃÃo de acordo com evoluÃÃo maligna dos astrocitomas, enquanto os Ãndices para TS atingiram nÃveis mais elevados entre os Astrocitomas Grau IV (H mÃdio=63,33). A positividade para enzima TopoIIα apresentou propensÃo ao aumento conforme a progressÃo dos tumores astrocÃticos, ao passo que os escores de marcaÃÃo foram semelhantes nos astrocitomas dos graus II, III e IV (LI mÃdio=27,71). Os resultados obtidos pela corrente investigaÃÃo apontaram o antÃgeno Ki-67 como o melhor marcador de proliferaÃÃo celular nos tumores astrocÃticos. A mutaÃÃo do p53 configurou evento inicial, relevante e potencialmente indicador de progressÃo tumoral nos astrocitomas. A detecÃÃo do supressor tumoral p21WAF1/CIP1 representou importante recurso para a deduÃÃo da situaÃÃo funcional do gene p53, enquanto a ativaÃÃo funcional do p27KIP1 nÃo foi comprometida pelo processo tumorigÃnico nos astrocitomas. A relaÃÃo Bcl-2/Bax nos astrocitomas revelou a crescente orientaÃÃo à sobrevida celular conforme a evoluÃÃo maligna desses tumores. A superexpressÃo da proteÃna p21Ras destacou-se como um evento molecular tÃpico do grau II e virtual indicador de nÃo-progressÃo tumoral. O acÃmulo citoplasmÃtico da proteÃna c-Myc configurou fenÃmeno inicial e significante na tumorigÃnese dos astrocitomas, sendo reflexo direto da expressÃo nuclear do gene c-myc e da malignidade tumoral. A anÃlise conjunta dos marcadores moleculares investigados confirmou a mutaÃÃo do gene p53 como a principal via tumorigÃnica dos astrocitomas, ainda que a superexpressÃo do EGFR tenha sido a alteraÃÃo predominante nos tumores do grau IV e a expressÃo do gene c-myc tenha representado uma via molecular distinta e alternativa Ãs demais nas diferentes graduaÃÃes tumorais. A marcante presenÃa das enzimas MGMT, GSTπ e TS configurou virtual indicaÃÃo de quimiorresistÃncia para diversos agentes antineoplÃsicos, enquanto a elevada expressÃo da TopoIIα revelou esta enzima como potencial alvo terapÃutico nos tumores astrocÃticos.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2015-10-20T16:00:07Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Daniel Garcia Silva - 2012.pdf: 2191471 bytes, checksum: 68bc7d63efc7307ce6b62a63489d372d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-10-21T10:02:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Daniel Garcia Silva - 2012.pdf: 2191471 bytes, checksum: 68bc7d63efc7307ce6b62a63489d372d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-21T10:02:07Z (GMT). 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The maps were built using a progeny derived from the cross between varieties largely used in the Brazilian breeding program of RIDESA (RB97327 x RB72454). The initial mapping population comprised 186 individuals. Total genomic DNA was extracted from axial buds, following the protocol of Al-Janabi et al. (1999). Using the DArT P/L core facility to generate DArT data, a total of 7680 markers were analyzed, of which 850 were polymorphic. The analysis of segregation patterns in the progeny revealed that 47% of the individuals in the progeny were in fact derived from selfing of the female parent RB97327. These individuals were analyzed as a distinct generation. Linkage analyses were then performed on two populations (from selfing and crossing) separately. The software OneMap was used to construct the maps. The established linkage criteria for linkage analysis were LOD-score ≥ 3.5 and recombination fraction ≤ 0.4. In the first map, built using data from individuals originated from selfing, from 850 polymorphic markers, 392 markers (segregating in a 3:1 manner) were used to create 80 linkage groups related to the variety RB97327. For the population derived from the biparental crossing, four linkage maps were built: an integrated map composed of 98 linkage groups including 632 markers (1:1 and 3:1); an integrated framework map, using a more conservative ordering criteria for the linkage groups, which was composed of 94 linkage groups; and two other linkage maps, one for each parent (RB97327 and RB72454), built to estimate the genome size of the varieties involved in this study. The total length of the linkage map built using data from individuals derived from selfing of the variety RB97327 was 828 cM. The total length of the integrated linkage map was 2848 cM. The lengths of the maps built for each parent, using data from individuals derived from crossing, were 1465 cM (RB97327) and 1976 cM (RB72454). Using the methodology of Hulbert et al. (1988), the estimated genome sizes for these varieties were 2811 cM e 3471 cM, respectively. The maps obtained in these cases covered a low percentage of the estimated genome sizes (52% and 57%). In spite of the low polymorphism, DArT markers showed to be an efficient technique to perform genotyping of sugarcane. Hundreds of polymorphic markers were generated in only one assay, using two methods of genome complexity reduction. These markers represent a new tool for genetic studies in sugarcane, especially if the low cost (USD/marker) involved in data production is considered. / A cana-de-açúcar é uma importante cultura, cultivada em mais de 90 países, ocupando uma área total de aproximadamente 20 milhões de hectares. As variedades modernas (Saccharum spp.) são híbridos interespecíficos altamente heterozigóticos, poliploides e frequentemente aneuploides, com número cromossômico variando de 100 a 130. Tais características proporcionaram ao genoma da cana-de-açúcar o título de mais complexo entre as espécies cultivadas, o que representa um desafio para os programas de melhoramento genético da cultura. No intuito de contribuir com dados que auxiliem na compreensão dessa complexa arquitetura genômica, o presente estudo objetivou a construção dos primeiros mapas de ligação para cana-de-açúcar utilizando exclusivamente marcadores DArT, avaliados na progênie derivada do cruzamento de variedades amplamente utilizadas nos programas de melhoramento da RIDESA (RB97327 x RB72454). A população inicial de mapeamento foi composta por 186 indivíduos. O DNA genômico foi extraído de gemas axiais, seguindo o protocolo proposto por Al-Janabi et al. (1999). Após a extração, quantificação e homogeneização da concentração de DNA das amostras, o material foi enviado para a empresa DArT P/L para a geração dos marcadores DArT. Um total de 7680 locos foi analisado, dos quais 850 se apresentaram polimórficos. A análise dos padrões de segregação obtidos na progênie revelou que 47% dos indivíduos da progênie avaliada foram provenientes de autofecundação do genitor feminino RB97327. Os indivíduos identificados como provenientes de autofecundação foram analisados como uma geração distinta. As análises de ligação foram realizadas nas duas populações separadamente. O software OneMap foi utilizado para a construção dos mapas. Os critérios estabelecidos para proceder com as análises de ligação foram LOD-score ≥ 3,5 e fração de recombinação ≤ 0,4. No primeiro mapa, originário da população de autofecundação, dos 850 marcadores polimórficos, 392 marcadores com segregação 3:1 foram utilizados para originar 80 grupos de ligação referentes à variedade RB97327. Para a população derivada do cruzamento biparental foram construídos quatro mapas de ligação: um mapa integrado composto por 98 grupos de ligação a partir da análise de 632 marcadores (com segregações 1:1 e 3:1); um mapa framework integrado, construído a partir de uma ordenação mais refinada dos marcadores dentro de cada um dos grupos de ligação, o qual foi composto por 94 grupos de ligação; e, com o objetivo de se estimar o tamanho do genoma das variedades envolvidas neste estudo, dois mapas de ligação, um para cada genitor (RB97327 e RB72454). O comprimento total do primeiro mapa, referente à variedade RB97327, foi de 828cM. O comprimento total do mapa integrado foi de 2848 cM. Os comprimentos totais dos mapas obtidos para cada um dos genitores, gerados a partir de dados da população de cruzamento biparental, foram de 1465Cm (RB97327) e de 1976 cM (RB72454). Utilizando a metodologia de Hulbert et al. (1988), os tamanhos estimados dos genomas das variedades RB97327 e RB72454 foram 2811 cM e 3471 cM, respectivamente. Assim, pode-se afirmar que os mapas obtidos neste caso apresentaram baixa cobertura (52% e 57%), perante o tamanho estimado dos genomas. Apesar do baixo polimorfismo, os marcadores DArT se mostraram eficientes na genotipagem de progênies de cana-de-açúcar, pois, centenas de marcas polimórficas foram geradas em apenas um ensaio, com dois métodos de redução de complexidade. Estes marcadores representam uma nova ferramenta para o desenvolvimento de estudos genéticos em cana-de-açúcar, principalmente se considerado o baixo custo (R$/marcador) envolvido na obtenção dos genótipos.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-12-10T14:55:03Z No. of bitstreams: 1 Tese - Camila de Marillac Costa Nunes - 2013.pdf: 4175489 bytes, checksum: aa7c7262337f9ea945ea9fa344b873e7 (MD5) / Rejected by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com), reason: on 2014-12-10T14:55:13Z (GMT) / Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-12-15T16:28:45Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Camila de Marillac Costa Nunes - 2013.pdf: 4175489 bytes, checksum: aa7c7262337f9ea945ea9fa344b873e7 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-12-15T16:34:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Camila de Marillac Costa Nunes - 2013.pdf: 4175489 bytes, checksum: aa7c7262337f9ea945ea9fa344b873e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-15T16:34:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Camila de Marillac Costa Nunes - 2013.pdf: 4175489 bytes, checksum: aa7c7262337f9ea945ea9fa344b873e7 (MD5) Previous issue date: 2013-04-30 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The first efforts in sugarcane breeding involved crosses between polyploid species, Saccharum spontaneum L. and Saccharum officinarum L.. These crosses produced interspecific hybrids that were successively backcrossed to S. officinarum. This strategy resulted in a considerable increase in the sugarcane genome complexity. Current varieties exhibit high levels of ploidy and heterozygosity, besides varying levels of aneuploidy. These properties make the understanding of sugarcane genome more difficult; and therefore present a challenge to the development of genetic studies with this culture. Among the different approaches to perform the genetic characterization of a species, the development of genetic maps is useful in providing information about its genomic structure. In this work, we report the first linkage maps for sugarcane using both DArT (Diversity Arrays Technology) and SSR (Single Sequence Repeat) markers. We identified markers significantly associated to characters involved in sugar production. Maps were obtained using two populations: one, consisting of 81 genotypes, was derived from the selfing of a single RB97327 plant; the other, consisting of 91 genotypes, was derived from the crossing RB97327 x RB72454. Genomic DNA was extracted from axillary buds. Genotypes for twenty pairs of SSR primers and 7680 DArT markers were identified. Using mendelian segregation analysis a total of 392 DArT and 57 SSR polymorphic markers, in the population of selfing, and 632 DArT and 79 SSR polymorphic markers, in the outcrossing population, were detected to be segregating as single-dose markers. Both maps were obtained using the OneMap software. Critical values for LOD-score of 3.5 and recombination fraction of 0.3 were chosen. In the map obtained with the selfing population, 449 polymorphic markers with 3:1 segregation were used to originate 95 linkage groups for the variety RB97327. This map had a total length of 1217.2 cM. The estimated size of the genome of RB97327 was 10540.9 cM, which suggests that the obtained coverage (11.5%) is still low. For the population derived from crossing, the 711 polymorphic markers with 3:1 and 1:1 segregation originated 136 linkage groups. The map showed a total length of 2722.2 cM. The SSR markers allowed the identification of six possible homeology groups for the female parent RB97327, and nine homeology groups for the integrated map. For each population, framework maps were produced which were then used to investigate putative associations between markers and characters involved in sugar production. QTL were found both using single marker analysis and composite interval mapping. In the population derived from selfing, using single marker analysis, 63 markers were significantly associated to six variables: number of internodes, number of stems per plant, stem length, stem diameter, stem weight and percentage of soluble solids (°Brix). Using composite interval mapping, three QTL related to stem diameter, length of stem and °Brix were identified. In the population derived from the cross RB97327 x RB724554, using single marker analysis, 60 markers were significantly associated with the same six variables. Using composite interval mapping, two QTL related to diameter and length of stem were detected. / Os primeiros trabalhos de melhoramento genético em cana-de-açúcar envolveram cruzamentos entre espécies poliplóides, Saccharum spontaneum L. e Saccharum officinarum L., os quais originaram híbridos interespecíficos que foram sucessivamente retrocruzados com S. officinarum. Essa estratégia resultou em considerável aumento da complexidade do genoma, de modo que as variedades atuais apresentem elevados níveis de ploidia e heterozigose, além de aneuploidias. Tais características dificultam a compreensão do genoma da cana-de-açúcar e, consequentemente, representam um desafio para o desenvolvimento de estudos genéticos com esta cultura. Dentre os diferentes estudos de caracterização genética, o desenvolvimento de mapas genéticos é importante por fornecer informações acerca da estrutura do genoma de uma espécie. Neste trabalho foram obtidos os primeiros mapas de ligação para cana-de-açúcar utilizando marcadores DArT (Diversity Arrays Technology) e SSR (Single Sequence Repeat). Além disso, foram identificados marcadores significativamente associados aos caracteres envolvidos na produção de açúcar. Para a obtenção dos mapas foram utilizadas duas populações, sendo uma constituída por 81 genótipos derivados da autofecundação de uma planta da cultivar RB97327, e outra constituída por 91 genótipos oriundos do cruzamento RB97327 x RB72454. O DNA genômico foi extraído de gemas axilares. A genotipagem foi realizada a partir de vinte pares de primers SSR e 7.680 marcadores DArT. A análise de segregação mendeliana permitiu a distinção de 392 marcas DArT e 57 marcas SSR polimórficas na população de autofecundação, e 632 DArT e 79 marcas SSR polimórficas na população de fecundação cruzada, com segregação single-dose. Ambos os mapas foram obtidos através do software OneMap utilizando-se um valor crítico de LOD-score igual a 3,5 e de fração de recombinação igual a 0,3. No mapa associado à população de autofecundação, os 449 marcadores DArT e SSR polimórficos com segregação 3:1 foram utilizados para originar 95 grupos de ligação referentes à variedade RB97327. Esse mapa apresentou um comprimento total de 1.217,2 cM. O tamanho estimado do genoma de RB97327 foi de 10.540,9 cM, o que permite afirmar que o mapa obtido apresentou baixa cobertura (11,5%). Para a população derivada de cruzamento, os 711 marcadores DArT e SSR polimórficos com segregação 3:1 e 1:1 originaram 136 grupos de ligação e o mapa apresentou um comprimento total de 2.722,2 cM. Os marcadores SSR também possibilitaram a identificação de seis possíveis grupos de homeologia no mapa referente ao genitor feminino RB97327 e nove no mapa integrado. Para cada população, foram obtidos os mapas framework nos quais foram identificados marcadores DArT e SSR associados aos caracteres envolvidos na produção de açúcar. Em ambas as populações procedeu-se à identificação de QTL a partir de análises de marcas simples e de mapeamento por intervalo composto. Na população derivada de autofecundação foram identificados, pela análise de marcas simples, 63 marcadores significativamente associados às seis variáveis avaliadas: número de entrenós, número de colmos por planta, comprimento de colmos, diâmetro de colmo, peso médio de colmo e teor de sólidos solúveis (brix). Pelo mapeamento por intervalo composto, três QTL relacionados a diâmetro de colmo, comprimento de colmo e brix foram identificados. Na população proveniente do cruzamento RB97327 x RB724554, foram identificados pela análise de marcas simples, 60 marcadores significativamente associados às seis variáveis. Pelo mapeamento por intervalo composto identificou-se dois QTL relacionados ao diâmetro e ao comprimento de colmo.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-01T13:42:46Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rhewter Nunes - 2015.pdf: 16056651 bytes, checksum: e2b26d20076c285e8944154d20506e8f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-01T13:43:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rhewter Nunes - 2015.pdf: 16056651 bytes, checksum: e2b26d20076c285e8944154d20506e8f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-01T13:43:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rhewter Nunes - 2015.pdf: 16056651 bytes, checksum: e2b26d20076c285e8944154d20506e8f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-12-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The cagaiteira (Eugenia dysenterica DC), belonging to the Myrtaceae family, is a neotropical fruit tree species and native Brazilian Cerrado. As for the vast majority of neotropical species, very little is known about the genome of cagaiteira and genetic studies conducted so far are based on the use of a small number of molecular markers. In order to facilitate the development of genetic analysis studies in genomic scale for the species, this study aimed to identify and characterize variants of a single nucleotide (SNPs) in the genome of E. dysenterica using next-generation sequencing data. Genomic DNA libraries extracted from leaf tissue of five individuals of E. dysenterica, descendants of five distinct natural populations were subjected to sequencing on Illumina MiSeq platform, using the paired-end strategy (2x300). The sequences obtained were submitted to quality control examination to remove adapters and low quality regions. An assembly for the draft genome of E. dysenterica was produced by use of dipSPAdes program. To identify SNPs, after controlling for data quality, we performed the alignment of the assembly reads the draft with the BWA program and variants were identified using the platform of GATK tools. After three stages of filtration were identified 999,016 SNPs, with a Ts / Tv ratio equal to 1.86. We observed a density of one SNP every ~ 251 bases and most SNPs occurs in the context gene (59.79%). Most effects of putative SNPs identified are missense mutations (57.70%), but which have a low impact (0.74%). This work provides subsidies for the development of molecular markers for application in genomic studies of populations of E. dysenterica. / A cagaiteira (Eugenia dysenterica DC), pertencente à família Myrtaceae, é uma espécie vegetal neotropical, arbórea, frutífera e nativa do Cerrado brasileiro. Como ocorre para a grande maioria das espécies neotropicais, muito pouco se sabe sobre o genoma da cagaiteira e os estudos genéticos realizados até agora se fundamentam na utilização de um pequeno número de marcadores moleculares. A fim de viabilizar o desenvolvimento de estudos de análise genética em escala genômica para a espécie, esse trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar variantes de um único nucleotídeo (SNPs) no genoma de E. dysenterica, utilizando dados de sequenciamento de nova geração. Bibliotecas de DNA genômico extraído de tecidos foliares de cinco indivíduos de E. dysenterica, descendentes de cinco populações naturais distintas, foram submetidas ao sequenciamento na plataforma Illumina MiSeq, utilizando a estratégia de paired-end (2x300). As sequências obtidas foram submetidas à análise de controle de qualidade para remoção de adaptadores e de regiões de baixa qualidade. Um draft assembly para o genoma de E. dysenterica foi produzido pela utilização do programa dipSPAdes. Para a identificação de SNPs, após o controle de qualidade dos dados, foi realizado o alinhamento dos reads ao draft assembly com o programa BWA e as variantes foram identificadas utilizando-se as ferramentas da plataforma GATK. Após três etapas de filtragem foram identificados 999.016 SNPs, apresentando uma relação Ts/Tv igual a 1,86. Observou-se uma densidade de um SNP a cada ~251 bases e que a maior parte dos SNPs ocorre em contexto gênico (59,79%). A maior parte dos efeitos putativos dos SNPs identificados são de mutações do tipo missense (57,70%), mas que apresentam um baixo impacto (0,74%). Esse trabalho fornece subsídios para o desenvolvimento de marcadores moleculares para aplicação em estudos de genômica de populações de E. dysenterica.

O I. multifiliis é um protozoário ciliado que acomete diferentes espécies de peixes, causador da ictiofitiriase, responsável por altas taxas de mortalidade em pisciculturas e resultando em perdas econômicas. O presente estudo avaliou isolados do parasito oriundos de peixes capturados em seis estados brasileiros, utilizando como marcadores moleculares ribossomais os genes 18S, 5.8S e 28S e os espaçadores intergênicos ITS1 e ITS2 de I. multifiliis, obtidos através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e posteriormente, sequenciados. Primers específicos foram desenhados para este estudo. As sequências dos isolados de I. multifiliis encontrados infectando diferentes hospedeiros em diferentes estados brasileiros apresentaram grande similaridade e homologia, sendo muito conservadas e, por este fato, não permitem diferenciação entre isolados deste parasito. Sequências do DNA de isolados de I. multifiliis de diferentes regiões brasileiras foram depositadas no GenBank e representam as primeiras informações para esta espécie no Brasil. / The I. multifiliis is a ciliate protozoan that affects fishes of different species, which causes Ichthyophthiriasis. This disease is responsible for high mortality in fish farms resulting in economic losses. The present study evaluated parasite isolates from four Brazilian states, using nuclear ribosomal molecular makers for 18S,5.8S and 28S genes and the first and second internal transcribed ITS1 and ITS2 intergenic spacers from I. multifiliis. All the markers were evaluated through Polymerase Chain Reaction (PCR) and rDNA sequenced, using novel specific primers; the sequences of different isolated of I. multifiliis, which were collected from different fish species (host) from different Brazilian regions showed high similarity and homology, which were extremely conserved therefore it was not possible to differentiate among the strains from this parasite. All recovered sequences from this study were deposited in GenBank database. These sequences represent a novel contribution for Brazilian isolate of I. multifiliis.

O objetivo deste trabalho foi avaliar o potencial de utilização de marcadores moleculares em genes candidatos da calpaína (CAPN) e calpastatina (CAST) como ferramenta auxiliar para programas de melhoramento de características relacionadas ao crescimento e maciez da carne. Foram avaliados 605 bovinos da raça Nelore, pertencentes à Agropecuária CFM Ltda, com idade média ao abate de 24 meses. Após a extração do DNA de amostras de sangue, por desproteinização em presença de NaCl, a identificação e determinação do polimorfismo para os marcadores moleculares CAPN316, CAPN530, CAPN4751, CAPN4753 e UOGACAST1, foi realizada pelo sistema de detecção TaqManTM utilizando-se PCR em Tempo Real. A análise de maciez da carne, aos 7, 14 e 21 dias de maturação, foi realizada com amostras de carne do Longissimus dorsi, retiradas entre a 12ª e 13ª costela e cisalhadas utilizando-se um Warner Bratzler Shear Force. Nenhum efeito significativo dos marcadores avaliados foi observado para as características de crescimento. Foi verificado efeito significativo, em relação à maciez da carne, para os seguintes polimorfismos: aos 7, 14 e 21 dias de maturação para o marcador CAPN4751; aos 21 dias para o marcador CAPN4753 e aos 14 e 21 dias para o marcador UOGCAST1. Em relação aos efeitos das combinações genotípicas para os marcadores dois a dois, os resultados foram significativos para a combinação CAPN4751/UOGCAST1 nos três tempos de maturação. Para a combinação de marcadores CAPN4753/UOGCAST1 também foram verificados resultados significativos para carnes maturadas aos 14 e 21 dias. Os resultados observados neste trabalho sugerem a possibilidade da utilização de seleção assistida por marcadores (MAS), visando o aumento da qualidade da carne em bovinos da raça Nelore. / The objective of this study was to evaluate the potential utilization of molecular markers on candidate calpain and calpastati n genes as an auxiliary tool for breeding programs on traits related to growth and meat tenderness. A total of 605 Nellore animals, raised by CFM Agro-pecuária Ltda, were used in this study and slaughtered with 24 months in average. After DNA blood samples extraction, by desproteinization in presence of NaCl, the polymorphism (CAPN316, CAPN530, CAPN4751, CAPN4753 and UOGACAST1) identification and determination was realized by TaqManTM detection system using real time PCR. The meat tenderness analysis, at the 7, 14 and 21 days of maturation was realized with Longissimus dorsi meat samples, taken at the 12th and 13th rib interval and Warner Bratzler Peak Shear Force measurements were used. There were no significant effects of molecular markers in growth traits. There were significant effects, regarding to meat tenderness, for following polymorphisms: at 7, 14 and 21 days of maturation, for CAPN4751 marker; at 21 days of maturation, for CAPN4753, and finally, at 14 and 21 days of maturation, for UOGCAST1 marker. In respect to genotypic combination effects analysis for pairwise marker, the results were significant for CAPN4751/UOGCAST1 in three days of maturation. In combination effects for CAPN4753/UOGCAST1 markers, significant effects were also observed for meat tenderness at 14 and 21 days. Theses results suggest that marked selection assisted (MAS) can be used to improve meat quality in Nellore beef cattle.

Este trabalho teve como objetivos estudar o relacionamento genético entre espécies do gênero Passilfora, utilizando análises filogenéticas, morfométricas e marcadores microssatélites. Na literatura, a variação no formato das folhas das passifloras é tida como uma estratégia de escape contra o ataque de borboletas da tribo Heliconiinae. As análises revelaram que a variação foliar é determinada basicamente pela inércia filogenética, porém fatores seletivos relacionados à estratégia de escape também agem nesta característica. Os microssatélites são, hoje, a classe mais informativa existente de marcadores moleculares. Assim, duas bibliotecas enriquecidas em seqüências contendo microssatélites, uma derivada de P. pohlii e outra de P. alata, foram construídas com o objetivo de desenhar primers que amplificassem essas regiões repetitivas. Os marcadores microssatélites apresentaram altas taxas de transferibilidade, revelando sua utilidade em estudos genéticos não apenas para as espécies utilizadas na construção da biblioteca, mas também para espécies da família Passifloraceae. / This work aims at studying the genetic relationship among species of the Passiflora genus, using phylogenetic, morphometric and microsatellite marker analyses. In the literature, variation in leaf shape of the passifloras is taken as a strategy of escape against butterflies from the Heliconiinae tribe. Analysis showed that variation in leaf shape is determined basically by phylogenetic inertia; however, selective factors related to escape strategy are acting on this character too. Microsatellites are the most informative class of molecular markers existing nowadays. So, two libraries enriched with microsatellite sequences, one derived from P. pohlii and other from P. alata, were constructed with the aim of designing primers to amplify those repetitive regions. The microsatellite markers did show a high transferability ratio, revealing their utility in genetic studies, not only for the species used on the library construction, but also to species of the Passifloraceae family.