Submitted by FREDY ARVEY RIVERA PÁEZ null (fredy.rivera@ucaldas.edu.co) on 2017-08-25T20:51:36Z No. of bitstreams: 1 Teses Doutorado Fredy Rivera.pdf: 7911822 bytes, checksum: 83cad331d2fa5ca6862f3987ab4e9e66 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-29T13:54:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 riverapaez_fa_dr_rcla.pdf: 7911822 bytes, checksum: 83cad331d2fa5ca6862f3987ab4e9e66 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T13:54:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 riverapaez_fa_dr_rcla.pdf: 7911822 bytes, checksum: 83cad331d2fa5ca6862f3987ab4e9e66 (MD5) Previous issue date: 2017-08-11 / Asociación Universitaria Iberoamericana de Postgrado (AIUP) / Os carrapatos de corpo duro (Acari: Ixodidae) contam com 724 espécies descritas, sendo 120 espécies registradas oficialmente na região neotropical. No entanto, na Colômbia o registro e distribuição das espécies da família Ixodidae é escasso e pouco se sabe sobre a interação destes ectoparasitas com as diferentes espécies de Rickettsia na região, deixando uma lacuna em estudos e em conhecimento ixodológico e zoonótico no país. Desta forma, o presente trabalho buscou: a) realizar o levantamento e identificação de espécies de carrapatos duros associados a hospedeiros domésticos em regiões da Colômbia, utilizando caracteres morfológicos externos e marcadores moleculares; b) aferir a existência de caracteres morfohistológicos do sistema reprodutor masculino de carrapatos do gênero Amblyomma e c) verificar a ocorrência de bactérias Rickettsia spp. em carrapatos duros em regiões da Colômbia. Durante o período de agosto de 2014 e maio de 2016, foram coletados 1.745 carrapatos diretamente de hospedeiros domésticos e em ativa alimentação, em 17 municípios de 10 departamentos da Colômbia. Os indivíduos coletados foram identificados com base em sua morfologia externa e preparados para aplicação de técnicas de microscopia, bem como técnicas de análise molecular dos genes ITS2, citocromo oxidase I (COI) e 16S rDNA. Os resultados encontrados permitiram o registro de três gêneros e oito espécies de carrapatos duros nas áreas de estudo, sendo registrada pela primeira vez a espécie Amblyomma mixtum para a Colômbia. Outro registro inédito, no presente estudo foi um caso de ginandromorfismo em A. mixtum, sendo o primeiro caso para a espécie e o primeiro para carrapatos no país. As análises das populações de Rhipicephalus sanguineus sensu lato mostraram que os carrapatos do departamento do Casanare são morfologicamente distintos aos de outras regiões da Colômbia, apesar das análises moleculares evidenciarem tratar-se da mesma linhagem. Embora ainda preliminar, os dados obtidos mostraram também que o sistema reprodutor masculino de carrapatos e suas células germinativas possuem caracteres elegíveis para análises de sistemática de Ixodidae. Confirmou-se também a presença de agentes infecciosos do grupo das rickettsias em espécimes de carrapatos coletados, alertando sobre a importância de medidas governamentais epidemiológicas em alguns dos departamentos colombianos amostrados. / Hard-bodied ticks (Acari: Ixodidae) comprise 724 known species, with 120 species officially registered for the Neotropical region. However, in Colombia, species registry and distribution for the family Ixodidae is scarce, and little is known of the interaction of these ectoparasites with the different Rickettsia species in the region, leading to gaps regarding the ixodological and zoonotic study and knowledge in the country. In this context, this study aimed to: a) establish and identification hard-bodied ticks associated with domestic hosts in various regions of Colombia, using external morphological characters and molecular markers; b) assess the existence of morphohistological characters of the male reproductive system of Amblyomma ticks; and c) verify the occurrence of Rickettsia spp. in hard-bodied ticks in various regions of Colombia. During August of 2014 and May of 2016, 1745 ticks were collected actively feeding on domestic hosts in 17 municipalities of 10 departments of Colombia. The specimens were identified based on their external morphology and prepared for microscopy, as well as for molecular analyses of genes ITS2, cytochrome oxidase I (COI) and 16S rDNA. The results show the presence of three genera and eight hard-bodied tick species in the municipalities studied, including the first register of the species Amblyomma mixtum for Colombia. In addition, we report an unprecedented case of gynandromorphism in A. mixtum, which also constitutes the first report for the species and the first for ticks in the country. A population analysis of Rhipicephalus sanguineus sensu lato showed that specimens of the department of Casanare are morphologically distinct from those of other regions of Colombia, despite the fact that the molecular analyses showed that these belong to the same lineage. Although preliminary, the data obtained also show that the male tick reproductive system and its germ cells present eligible characters for Ixodidae systematics. We also confirmed the presence of infectious agents of the rickettsial group in the tick specimens collected, which alerts the importance of governmental epidemiological measures in some departments of Colombia.

Submitted by Rafael de Matteis null (rafamatteis@gmail.com) on 2017-11-08T12:06:38Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_final_07_11.pdf: 1681500 bytes, checksum: 500c4cfcd27a41f039ae32bf6442d92c (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-11-21T13:44:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 matteis_r_me_jabo.pdf: 1681500 bytes, checksum: 500c4cfcd27a41f039ae32bf6442d92c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-21T13:44:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 matteis_r_me_jabo.pdf: 1681500 bytes, checksum: 500c4cfcd27a41f039ae32bf6442d92c (MD5) Previous issue date: 2017-10-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Ao longo de várias décadas a raça Quarto de Milha foi selecionada para diferentes objetivos, formando grupos com aptidões ou habilidades distintas, como a linhagem de corrida, que apresenta melhor desempenho que qualquer outra linhagem ou raça em corridas de curta distância e a linhagem de trabalho, utilizada no manejo de bovinos a campo e em provas de caráter funcional. Considerando as diferenças nas medidas corporais e na musculatura que ocorrem entre as linhagens de corrida e de trabalho da raça Quarto de Milha, o objetivo deste trabalho foi analisar a ocorrência de relações entre alelos de polimorfismos da região cromossômica do gene da miostatina MSTN (ECA18), um regulador negativo do desenvolvimento muscular, e as duas linhagens da raça. Outro objetivo foi realizar análises de associação de polimorfismos dessa região cromossômica com valor genético estimado (EBV) do desempenho em corridas, dado pelo índice de velocidade máximo (IV max), e EBVs da altura à cernelha (AC), perímetro torácico (PT) e comprimento corporal (CC) na linhagem de corrida, e com EBVs da AC, PT e CC na linhagem de trabalho. Foram utilizadas informações genômicas, fenotípicas e de pedigree de 420 equinos, de ambos os sexos, registrados na associação Brasileira de criadores (ABQM), sendo 352 da linhagem de corrida e 68 da de trabalho. Na região genômica estudada (gene MSTN ± 2Mb), foram identificados 46 SNPs e 1 SINE – ERE1 comuns às linhagens de trabalho e de corrida, dos quais 32 SNPs e 1 SINE apresentaram alelos com frequências significativamente diferentes entre às mesmas. Também foi constatado que a porção dessa região mais próxima ao gene MSTN (± 1Mb) é menos polimórfica na linhagem de corrida em relação à de trabalho, o que pode ser consequência de maior pressão de seleção sobre essa região na linhagem de corrida e/ou em função do uso de animais da raça Puro Sangue Inglês na mesma. Em relação aos polimorfismos associados à fenótipos (p não ajustado < 0,05), destacaram-se os relacionados à altura de cernelha na linhagem de corrida devido ao seu grande número (p não ajustado < 0,05) e alto desequilíbrio de ligação. Ademais estes marcadores apresentaram frequências do alelo favorável significativamente maiores em relação à linhagem de trabalho. Tendo se em vista a possibilidade de associação genética entre características morfológicas e desempenho em equinos, esse resultado é de grande importância, fornecendo informações para futuros estudos de melhoramento genético animal. / For several decades the Quarter Horse breed was selected for different purposes, forming groups with different abilities, such as the racing line, which performs better than any other lineage or breed in short distance races and the lineage of work, used in the management of field cattle and in functional tests. Considering the differences in body measurements and musculature that occur between racing and working strains of the Quarter-Mile breed, the objective of this study was to analyse the occurrence of relations between polymorphic alleles of the chromosomal region of the myostatin (MSTN) gene (ECA18), a negative regulator of muscle development, and the two lineages of the breed. Other objective was to perform association analyses of these polymorphisms with estimated genetic value (EBV) of the performance in lineages, given by the maximum velocity index (IV max), and EBVs of height at withers (HW), heart girth (HG) and body length (BL) in the racing line, and with EBVs of AC, PT and CC in the working line. We used genomic, phenotypic and pedigree information from 420 horses of both sexes, recorded in the Brazilian breeders' association (ABQM), 352 and 68 of the racing and working line, respectively. In the studied genomic region (MSTN gene ± 2Mb), 46 SNPs and 1 SINE - ERE1 were identified, common to the working and running strains, of which 32 SNPs and one SINE presented alleles with significantly different frequencies between them. It has also been found that the portion of this region closest to the MSTN gene (± 1Mb) is less polymorphic in the racing versus the working strain, which may be a consequence of higher selection pressure on that region in the racing line and / or due to the use of purebred English animals in it. In relation to the polymorphisms associated with the phenotypes (p not adjusted <0.05), those related to the height of the withers in the race line due to their large number (p not adjusted <0.05) and high linkage disequilibrium were the most prominent. In addition, these markers presented frequencies of the favorable allele significantly higher in relation to the working lineage. Considering the possibility of genetic association between morphological characteristics and performance in equines, this is a result of great importance, providing information for future animal breeding studies. / CNPq: 134521/2015-3

Submitted by Cíntia Maria Marchiori (cintia-marchiori@hotmail.com) on 2018-05-16T23:45:36Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Definitiva.pdf: 1874440 bytes, checksum: e48c0b00ff81957eb607e25504e3a9ae (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-05-17T16:56:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 marchiori_cm_me_jabo.pdf: 1874440 bytes, checksum: e48c0b00ff81957eb607e25504e3a9ae (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-17T16:56:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marchiori_cm_me_jabo.pdf: 1874440 bytes, checksum: e48c0b00ff81957eb607e25504e3a9ae (MD5) Previous issue date: 2018-04-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Na raça Quarto de Milha de equinos (Equus caballus), diferentes objetivos de seleção levaram à formação de linhagens com distintas habilidades, entre as quais a de trabalho e a de corrida. A linhagem de trabalho destina-se às provas de caráter funcional, explorando habilidades como agilidade e obediência, características consideradas de grande importância no manejo do gado a campo. Os animais de corrida apresentam melhor desempenho em pistas de curtas distâncias do que qualquer outra raça de equinos. O objetivo deste estudo foi caracterizar, por meio da genotipagem de SNP em larga escala, o desequilíbrio de ligação (LD), calculado por r², nas linhagens de trabalho e de corrida de cavalos Quarto de Milha criados no Brasil. Também foi investigado o tamanho efetivo (Ne) das duas populações, bem como as suas estruturas e relações. Para tanto, foram utilizados 428 equinos Quarto de Milha, de ambos os sexos, registrados na associação Brasileira de criadores da raça (ABQM), sendo 68 da linhagem de trabalho e 360 da de corrida. Estes animais tiveram o sangue colhido no Jockey Club de Sorocaba (Sorocaba/SP) e em propriedades rurais localizadas em dezenas de cidades do interior do Estado de São Paulo. Cento e oitenta e oito animais, 68 da linhagem de trabalho e 120 da de corrida foram genotipados, no ano de 2011, utilizando arranjo de 54.602 SNP (54K). As demais amostras da linhagem de corrida (n = 240) foram genotipadas, no ano de 2015, com arranjo de 65.157 SNP (65K). Após a realização de processo de imputação, o número de SNP informativos na linhagem de corrida foi de 55.114. Desta forma, para as análises genéticas subsequentes realizadas nas linhagens de trabalho e de corrida foram utilizados 43.117 e 55.114 SNP, respectivamente. O r² genômico médio entre pares de marcadores foi 0,22 para a linhagem de trabalho e 0,27 para a de corrida. Na linhagem de trabalho o r² foi inferior a 0,2 entre 100 e 150 Kb, enquanto na de corrida foram encontrados valores de r² menores que 0,2 entre 300 e 350 Kb. A estimativa dos valores de Ne foi de 60 e 50 animais na última geração para as linhagens de trabalho e de corrida, respectivamente. A maior extensão do LD e o menor Ne na linhagem de corrida podem ser explicados pela sua estrutura populacional mais fechada em decorrência do maior rigor no registro genealógico dos animais, além da grande influência do Puro-Sangue Inglês na sua formação. O estudo da estrutura da população indicou clara distinção entre as duas linhagens da raça. Na linhagem de corrida, contudo, foram evidenciadas substruturas populacionais decorrentes da formação de famílias que descendem de diferentes e importantes reprodutores. / In the Quarter Horse breed (Equus caballus), different selection objectives led to the formation of lineages with different abilities, including cutting and racing. The cutting line intended for functional tests, exploring skills such as agility and obedience, characteristics considered of great importance in the management of cattle. Racing animals perform better on runways short distances than any other horse breed. The objective of this study was to characterize, by means of large-scale SNP genotyping, the linkage disequilibrium (LD), calculated by r², in the cutting and racing lines of Quarter Horses created in Brazil. The effective size (Ne) of the two populations was investigated, as well as their structures and relationships. For that, 428 Quarter Horses of both sexes, registered in the Brazilian Association of Breeders (ABQM) were used, of which 68 were from the cutting line and 360 from the racing. These animals had blood collected at the Jockey Club of Sorocaba (Sorocaba/SP) and on rural properties located in dozens of cities in the interior of the São Paulo State. One hundred and eighty-eight animals, 68 of the cutting line and 120 of the racing were genotyped in the year 2011, using a 54,602 SNP array (54K). The other racing line samples (n = 240) were genotyped in 2015, with an array of 65,157 SNP (65K). After the imputation process, the number of informative SNP in the racing line was 55,114. Thus, for the subsequent genetic analyzes performed on the cutting and racing lines, 43,117 and 55,114 SNP were used, respectively. The mean genomic r² between pairs of markers was 0.22 for the cutting line and 0.27 for the racing. In the cutting line the r² was less than 0.2 between 100 and 150 Kb, while in the racing r² values were lower than 0.2 between 300 and 350 Kb. The estimates of Ne values were 60 and 50 animals in the last generation for the cutting and racing lines, respectively. The longer extent of the LD and the smaller Ne in the racing line can be explained by its more closed population structure due to the greater rigor in the genealogical register of the animals, further on the great influence of the Thoroughbred in its formation. The population structure study indicated a clear distinction between the two lineages of the breed. However, in the racing line, population substructures were evidenced due to the formation of families that descend from different and important stallions.

Resumo: Este estudo foi conduzido com 125 novilhas da raça Nelore de três rebanhos: Nelore Seleção (NeS), Nelore Tradicional (NeT), ambos selecionados para peso ao sobreano, e Nelore Controle (NeC), selecionado para a média deste peso, com o objetivo de avaliar polimorfismos do tipo PCR-RFLP's nos genes OGA T1 e LEPTlNA. Os rebanhos analisados pertencem ao Programa de Melhoramento Genético das Raças Zebuínas, da Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho - SP - Brasil. O DNA genômico foi extraído de leucócitos pelo método salino. Para a amplificação dos fragmentos de gene foram utilizados oligonucleotídeos iniciadores previamente descritos na literatura. Os produtos de PCR foram digeridos com enzimas de restrição para a detecção dos polimorfismos OGAT1 - Eael e LEPTlNA - BsaAI, e submetidos a eletroforese em gel de agarose. O OGAT1K (Iisina) foi o alelo que apresentou maior freqüência n nos rebanhos. As maiores freqüências do genótipo OGA T1KK foram encontradas nos rebanhos selecionados NeS e NeT, respectivamente, seguido pelo heterozigoto OGAT1KA. Nenhum animal apresentou o genótipo OGAT1AA (alanina). As freqüências alélicas e genotípicas do OGA T1 não diferiram entre NeS e NeT, mas foram estatisticamente diferentes (p<0,05) entre esses e o rebanho controle NeC. Em relação ao hormônio Leptina, as freqüências dos alelos foram LEP A = LEP G = 0,50 em toda a população. O heterozigoto LEP AG foi o genótipo que apresentou maior freqüência para os três rebanhos A maior freqüência do genótipo LEP GG foi observada no rebanho controle (NeC), mas as freqüências alélicas e genotípicas entre os rebanhos não foram estatisticamente diferentes. / Abstract: This study was conducted with 125 Nelore heifers from three different herds: selection (NeS), traditional (NeT), both selected for yearling weight, and contrai (NeC), selected for mean yearling weight, and had the objective of looking for PCR-RFLP's polymorphisms in DGA T1 and LEPTlN genes. The herds analysed belong to the Zebu Breeding Pragram, of the Animal B:-8eding Experiment Station of Sertãozinho - SP - Brazil. The DNA was extracted fram leukocytes by the saline protocol, and to amplify the gene fragments primers previously described were used. The PCR products were digested by restriction enzymes to detect the DGA T1 - Eael e LEPTlNA - BsaAI polymorphisms, and were submitted to electraphoresis. The DGAT1K allele (Iisine) presented the larger frequency in the population. The highest frequencies of the DGA T1KK were found in the NeS e NeT herds, respectively, followed by the DGA T1KA. Neither animal presented the DGA T1AA genotype (alanine). Selected herds (NeS and NeT) allelic and genotypic frequencies for this locus were not significanttly different. Howerver, significant differences (p<0.05) were detected between the selected (NeS and NeT) and the control herds (NeC). In respect of the Leptin hormone, the allele frequencies were LEP A = LEP G = 0,50 in all the population. The LEP AG was the most frequent genotype in all the three herds. The control group (NeC) presented the LEP GG largest frequency, however, no significant differences were observed among the three herds for this locus. / Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Lenira El Faro Zadra / Mestre

Orientador: Fábio Porto Foresti / Banca: José Augusto Senhorini / Banca: Celso Benites / Resumo: A hibridação artificial interespecífica de peixes é utilizada em diversos estabelecimentos voltados à piscicultura no país, com a finalidade de produzir indivíduos mais vantajosos e favoráveis para o cultivo. Porém, devido principalmente às dificuldades encontradas na identificação dos híbridos, esta prática pode determinar o surgimento de sérios problemas como a contaminação genética dos estoques de cultivo, a comercialização de produtos híbridos como espécies puras, a introdução de espécies exóticas e escapes de produtos de piscicultura para o ambiente natural e até eventos de introgressão genética e extinção das espécies nativas. Neste contexto, o presente trabalho teve por objetivo analisar geneticamente exemplares das linhagens parentais de Pseudoplatystoma corruscans (pintado) e Pseudoplatystoma reticulatum (cachara) e seus híbridos interespecíficos "pintachara" (macho de pintado x fêmea de cachara) e "cachapinta" (fêmea de cachara x macho de pintado), provenientes dos estoques de cultivo do CEPTAlICMBio, Pirassununga, SP, a fim de identificar e estabelecer marcadores genéticos para possibilitar sua identificação e diferenciação. Também foram analisadas geneticamente amostras de P. corruscans e P. reticulatum coletadas no Rio Paraguai, MS (bacia do Paraguai) e de P. corruscans capturados do rio Mogi- Guaçu, SP (bacia do Alto Paraná), a fim de identificar a possível ocorrência de híbridos entre estas espécies na natureza. As análises citogenéticas revelaram um número diploide de 2n=56 cromossomos para ambas as espécies parentais, com cariótipos caracterizados por cromossomos dos tipos 20m+12am+12st+12a e número fundamental (NF) igual a 100, indicando uma fórmula cariotípica conservada entre estas espécies. A análise dos padrões de heterocromatina pelo bandamento C revelou blocos heterocromáticos localizados nas porções... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Artificial interspecific hybridization of fish is used in various establishments linked to fish farming in the country, in order to produce individuais more advantageous and favorable for cultivation. However, due mainly to difficulties in the hybrid products identification, this practice may determine the onset of serious problems such as genetic contamination of the breeder stocks, marketing of hybrids as pure species, introduction of exotic species and escapes of farmed products to the natural environment and sometimes leading to events of genetic introgression and extinction of native species. In such context, the present study aimed to analyze genetically copies of the parental lines of Pseudoplatystoma corruscans (pintado) and Pseudoplatystoma reticulatum (cachara) and their interspecific hybrids "pintachara" (female of pintado x male of cachara) and "cachapinta" (female of cachara x male of pintado), from the stocks manteined in CEPTAlICMBio, Pirassununga, SP, in order to characterize and establish genetic markers to allow their identification and differentiation. Samples of P. corruscans and P. reticulatum collected in the Paraguay river, MS (Paraguay basin) and P. corruscans captured in Mogi-Guaçu river, SP (Alto Paraná basin), also were genetically analyzed in order to identify the possible occurrence of hybrids between these species in nature. The cytogenetic analysis revealed a diploid number of 2n = 56 chromosomes for both parental species with karyotypes characterized by the formula 20m+12am+12st+12a and fundamental number (NF) of 100, indicating a karyotypic formula conserved among these species. The analysis of the heterochromatin C-banding patterns revealed heterochromatic blocks located in the pericentromeric and terminal portions of some chromosomes, the NOR was sim pie and located in one chromosome pai r and 5S ribosomal genes located on two different subtelocentric... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Beauveria bassiana is widely used in biological control against the economically significant pests. Detection of morphological and genetic polymorphism among single species and strains in natural environment is important to study of the distribution and the effects in the ecosystem. The aim of this study was to determine the links of "local strains" with ecological aspects of biological control in protected zone of National park and assess the polymorphism of the population monitored in NP Šumava and exotic strains using molecular markers. There were analyzed 39 strains collected in the NP Šumava and the Krkonoše National Park in the Czech Republic and 11 strains from different countries and areas. The polymorphism of these strains was evaluated by different methods based on DNA analysis. In this study, the genetic variability is evaluated by AFLP markers. The results reveal that population from NP Šumava is very closed and the "local strains" can be very well characterized thanks these methods and compared with other strains from different parts of the Czech Republic and other countries. Thanks to these screening analyses, the strain Bba I101was determined for the preparation which will be used for bark beetle (Ips typographus) control in the National Park Šumava in the Czech Republic. This study was supported by grants GACR 521/08/H042, MSM 60076658-06, MZP SP/2d1/41/08.

Gelasine Herb. (Tigridieae: Iridaceae) é composto por sete espécies nativas da América do Sul, sendo três delas encontradas no Rio Grande do Sul (Brasil): G. coerulea (Vell.) Ravenna, G. elongata (Graham) Ravenna e G. uruguaiensis Ravenna. São plantas bulbosas de folhas plicadas, flores perfeitas azuis ou roxas e compostas por dois conjuntos de tépalas desiguais. Gelasine elongata e G. coerulea encontram-se na lista de espécies ameaçadas para o RS, sendo a primeira delas ameaçada e a segunda criticamente ameaçada. Apesar de seu atual estado de vulnerabilidade, Gelasine é um gênero ainda pouco estudado, não havendo nenhuma informação quanto à variabilidade e diversidade genética. Os dados citogenéticos são também ainda escassos. Assim, a presente dissertação tem por objetivo caracterizar as três espécies de Gelasine ocorrentes no sul do Brasil quanto a aspectos moleculares, citogenéticos, além de compreender suas relações. Para a caracterização da diversidade genética foram usadas duas populações de G. coerulea e duas de G. elongata; não foi possível a utilização de G. uruguaiensis em função do número restrito de indivíduos. As amostras de DNA foram obtidas a partir de folhas das espécies mencionadas e empregada a técnica de ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Foram testados 44 primers para ISSR, destes, 12 apresentaram um bom padrão de amplificação que em conjunto geraram 91 loci. A quantidade de bandas por primer variou em média de 7,5. Este trabalho resultou em dados inéditos para o gênero Gelasine quanto à variabilidade genética inter e intra-populacional. Os resultados indicam que a variação genética intrapopulacional é muito baixa e que a maior diversidade encontrada para estas espécies ocorreu entre as populações. Não foi verificada correlação significativa com a distância geográfica entre as populações. Tais resultados indicam que o sistema reprodutivo, o método de dispersão de sementes e a presença de descendência clonal oriunda da divisão dos bulbos subterrâneos são fatores de grande influência na diversidade. Para caracterização citogenética das espécies foi empregada coloração convencional e bandeamento CMA/DAPI, e realizadas medidas cromossômicas. Foi também estimado o tamanho do genoma por citometria de fluxo a partir de folhas frescas das três espécies. As análises citogenéticas se mostraram bastante eficientes para a diferenciação das três espécies de Gelasine investigadas. Gelasine coerulea e G. uruguaiensis apresentam o mesmo número cromossômico básico e somático (2n = 2x = 14), não sendo encontrados citótipos poliploides. Ambas têm cariótipos relativamente simétricos, porém se mostram bastante distintas quanto ao tamanho dos cromossomos e seu padrão de bandeamento, com uma grande variação na ocorrência e distribuição de sequências de DNA repetitivo (bandas CMA/DAPI). O conteúdo de DNA também permite a clara diferenciação dessas espécies, tendo G. coerulea 2C = 11,30 pg e G. uruguaiensis 2C = 16,88 pg. Gelasine elongata possui número cromossômico básico diferente das anteriores (2n = 2x = 12) e cariótipo claramente bimodal. Os cromossomos têm menor tamanho, o que, consequentemente reflete no menor tamanho de genoma (2C = 3,45 pg). Além disso, o padrão de bandas CMA/DAPI é notadamente mais simples que das outras duas espécies, onde o maior par de cromossomos (par I) exibe as únicas bandas CMA+ presentes na região da constrição secundária. Os dados obtidos para G. elongata apontam para uma maior semelhança dessa espécie com outras duas do gênero Eleuthenine (2n = 2x = 12), o que reforça os dados filogenéticos existentes, onde G. elongata está separada de G. coerulea e agrupada no mesmo ramo de Eleutherine. Não foi observado heteromorfismo cromossômico para Gelasine elongata e nem para as outras duas espécies investigadas, embora tal situação tenha sido reportada para aquela espécie. Os dados obtidos para Gelasine com o uso dos fluorocromos CMA e DAPI, bem como os demais parâmetros citogenéticos investigados permitiram a clara diferenciação entre as espécies. Associados a uma abordagem filogenética, tais resultados auxiliam a compreensão das relações entre essas espécies e sua evolução. / Gelasine Herb. (Tigridieae: Iridaceae) comprises seven native species from South America, three of them are found in Rio Grande do Sul (Brasil): G. coerulea (Vell.) Ravenna, G. elongata (Graham) Ravenna and G. uruguaiensis Ravenna. These species are bulbous plants with plicate leaves and blue or violet perfect flowers which are composed of two unequal groups of tepals. Gelasine elongata and G. coerulea are included in the list of endangered species from RS, the first one is considered endangered and the latter, critically endangered. Notwithstanding its current vulnerability status, Gelasine is still a poorly studied genus and genetic variability and diversity information concerning its species are lacking. Cytogenetic data are also scarce. Thus the present dissertation aims to characterize the three Gelasine species occurring in Southern Brazil regarding its molecular and cytogenetic aspects in addition to understand their relationships. To characterize their genetic diversity, two populations of G. coerulea and two of G. elongata were used; it was not possible to investigate G. uruguaiensis due to its restricted number of individuals. DNA samples were obtained from leaves of the aforementioned species and ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) technique was employed. Fourty-four ISSR primers were tested, 12 of these presented good amplification pattern which generated a total of 97 loci. The number of bands per primer had an average of 7.5. The present study resulted in novelty data for Gelasine concerning its inter and intrapopulation genetic variability. The results indicate a very low intrapopulation genetic variation and most of the diversity found in these species occurred among their populations. No significant correlation was verified between geographical distances of populations. Such results indicate that reproductive system, seed dispersal mechanisms and presence of clonal descendants generated from divisions of subterranean bulbs are factors that greatly influence in diversity. For cytogenetic characterization of the species, conventional staining and CMA/DAPI banding were employed and chromosome measurements were made. Also, genome size was estimated through flow cytometry using fresh leaves from the three species. Cytogenetic analyses were very efficient to differentiate all investigated species of Gelasine. Gelasine coerulea and G. uruguaiensis have the same basic and somatic chromosome number (2n = 2x = 14); polyploid cytotypes were not found. Both species display fairly symmetric karyotypes, however they are very distinct with respect to chromosome sizes and banding patterns, with a great variation in the occurrence and distribution of repetitive DNA sequences (CMA/DAPI bands). DNA content also allows clear differentiation of these species; G. coerulea has 2C = 11,30 pg and G. uruguaiensis has 2C = 16,88 pg. Gelasine elongata has a different base chromosome number than both former species (2n = 2x = 12) and a clearly bimodal karyotype. Its chromosomes are smaller which, consequently, reflects on the smaller genome size (2C = 3,45 pg). Furthermore, its CMA/DAPI band pattern is markedly simpler than the ones from the other two species, where the largest chromosome pair (pair I) contains the only CMA+ bands present in the secondary constriction region. Data obtained from G. elongata points out a larger resemblance between this species and two others belonging to Eleuthenine (2n = 2x = 12), which supports the phylogenetic data where G. elongata is separate from G. coerulea and groups with Eleutherine. Chromosome heteromorphism was not observed in Gelasine elongata nor in the two other investigated species, even though it had been reported for the first one. Data obtained from Gelasine with the use of CMA and DAPI fluorochromes, along with the other cytogenetic parameters investigated, allowed clear differentiation between species. Allied to a phylogenetic approach, these results can bring better understanding to the relations between these species and their evolution.

A técnica de PCR pode ser empregada para a detecção e identificação de agentes patogênicos e, tem por isso grande aplicabilidade em estudos de epidemiologia molecular. Particularmente no que se refere às infecções por Leishmania spp., a detecção do seu agente é de suma importância em animais sorologicamente positivos, no caso de inquéritos para a detecção direta em vetores e em animais de vida livre, cujo anti-soro para provas sorodiagnósticas, não são disponíveis. A PCR ainda pode oferecer o recurso de identificação molecular do agente em pesquisa, quando marcadores filogeneticamente informativos são amplificados e seqüenciados. Neste sentido, foi realizado o presente trabalho, cujo objetivo foi avaliar o desempenho analítico e diagnóstico de PCRs baseadas em primers direcionados a marcadores universais para diagnosticar Leishmania spp. localizados em dois genomas da célula parasitária, a saber, kDNA (maxicírculo e minicírculo) e DNA nuclear. Foram avaliadas PCRs baseadas em primers direcionados ao (i) DNA de kinetoplasto (kDNA) minicirculo, ao gene codificador de Citocromo B e Citocromo C Oxidase subunidade II presentes no (ii) kDNA maxicírculo, e ao gene codificador Citicromo C, presente no (iii) DNA nuclear. Pelos resultados infere-se que a PCR direcionada ao kDNA de minicírculo apresentou uma sensibilidade analítica muito superior às PCRs direcionadas ao DNA maxicirculo e nuclear. Pelo menos uma combinação dos primers de cada marcador foi capaz de detectar DNA de todas as espécies da Coleção de Leishmania do Instituto Oswaldo Cruz (CLIOC), tornando-os uma ferramenta útil para identificação de espécies de Leishmania spp. A PCR direcionada ao kDNA de minicírculo apresentou uma sensibilidade diagnóstica também muito superior às PCRs direcionadas ao DNA maxicirculo e nuclear. Amostras de baço e medula óssea produzem informações complementares para diagnóstico post-mortem de Leishmania spp. em cães soropositivos. Finalmente, as amostras de aspirado de medula óssea demonstraram ser uma alternativa confirmatória para o diagnóstico laboratorial do agente em animais soropositivos assintomáticos. / The PCR technique can be employed for the detection and identification of pathogens, and therefore has wide application in molecular epidemiology studies. Particularly in relation to infection by Leishmania spp., the detection of its agent is important in seropositive animals, in the case of surveys for direct detection in vectors and in free-living animals, whose anti-serum for serodiagnosis test are not available. PCR can also offer the molecular identification of the agent, when phylogenetically informative markers are amplified and sequenced. In this sense, we performed the present study, whose aim was to evaluate the analytical and diagnostic performance of PCR based on universal primers that target markers to diagnose Leishmania spp located in two distinct genomes of the parasite cell, namely, kDNA (maxicírcle and minicircle) and nuclear DNA. PCRs were evaluated based on primers targeted to the kinetoplastids (i) DNA (kDNA) minicircles, the cytochrome B and cytochrome C oxidase subunit II genes present in the (ii) kDNA maxicircle and the gene encoding Citicromo C, present in (iii) nuclear DNA. Based on the results, the PCR directed to the kDNA minicircle showed an analytical sensitivity much higher than the PCR targeting the kDNA maxicircle and nuclear DNA. At least one combination of primers of each marker was able to detect DNA from all CLIOC - Leishmania collection of Oswald Cruz institute species, which qualifies a useful tool for species identification of Leishmania spp. The PCR targeted to minicircle kDNA also showed to have a diagnostic sensitivity much higher than PCRs directed to kDNA maxicircle and nuclear DNA. Spleen and bone marrow samples produces additional information post-mortem diagnosis of Leishmania spp. on seropositive dogs. Finally, samples of bone marrow aspirate are an alternative for confirmatory laboratory diagnosis of the agent in asymptomatic seropositive animals.

A constante perda da diversidade biológica frente às pressões antrópicas tem concentrado atenções sobre a necessidade de se conhecer a diversidade genética das espécies que ainda restam como um primeiro passo para o desenvolvimento de estratégias de manejo. Técnicas de genética molecular fornecem uma estimativa do número de formas distintas numa área, bem como medidas de quão diferentes elas são. Dentre estas técnicas, o sequenciamento de DNA mitocondrial e nuclear, aliado à análise de seqüências microssatélite, geram informações potencialmente capazes de evidenciar a variação contida entre indivíduos, sendo uma ferramenta excelente para ser utilizada em análise filogenética, diferenciação interespecífica e intraespecífica. Neste trabalho utilizamos 1670pb de uma região do DNA mitocondrial incluindo o citocromo b e uma parte da região controle e 630pb do gene nuclear c-mos Para analisar a relação filogenética entre as espécies de crocodilianos brasileiros. Marcadores produzidos por PCR-RFLP baseados em seqüência do gene citocromo b no DNA mitocondrial foram desenvolvidos para a identificação molecular das seis espécies brasileiras de crocodilianos. Esta técnica além de importante na identificação das espécies poderá ser utilizada como metodologia oficial de controle da comercialização e exportação de carne e couro de jacaré. O Caiman latirostris apresenta a mais extensa distribuição geográfica entre todos os crocodilianos. No presente trabalho utilizamos marcadores microssatélites para testar a hipótese da variação genética ser relacionada com distância geográfica, em pequena e grande escala, e se a variabilidade genética das espécies esta correlacionada com diferentes sub-biomas no litoral e interior. Não foi possível a transferência de marcadores microssatélites para a espécie Paleosuchus trigonatus, sendo assim novos marcadores genéticos foram caracterizados para espécie pela construção de bibliotecas enriquecidas de DNA microssatélite. / Constant loss of biological diversity due to antropic pressure has concentrated attention upon the need to know the genetic diversity of remaining species as the first step in developing management strategies. Molecular techniques provide an estimate of the number of distinct forms, as well as measurements of the extent of their differences. Among these techniques, mitochondrial and nuclear DNA sequencing along with microsatellite sequences provide information that is potentially capable of detecting any variation between individuals, which makes it an excellent tool for phylogenetic analyses, as well as inter and intraspecific differentiation. In the present work, we used a 1670bp region of mitochondrial DNA including cytochrome b and a 630bp portion of the nuclear gene c-mos to analyze the phylogenetic relationship among Brazilian crocodilian species. PCR-RFLP markers based on cytochrome b mitochondrial DNA were developed for the molecular identification of six Brazilian crocodilian species. This technique is not only important for the identification of species, but it is also useful as an official methodology for controlling commercialization and exportation of crocodilian meat and leather. Broad-snouted caimans (Caiman latirostris) geographic distribution comprises one of the widest latitudinal ranges among all crocodilians. In the present study, we used microsatellite markers to test the hypothesis that genetic variation is related to geographic distance, on a small and large scale, and if the genetic variability of a species is correlated to coastal and inland subbiomes. It was not possible to transfer microsatellite markers to Paleosuchus trigonatus, so new genetic markers were characterized for the species by constructing a microsatellite enriched DNA library.

Gelasine Herb. (Tigridieae: Iridaceae) é composto por sete espécies nativas da América do Sul, sendo três delas encontradas no Rio Grande do Sul (Brasil): G. coerulea (Vell.) Ravenna, G. elongata (Graham) Ravenna e G. uruguaiensis Ravenna. São plantas bulbosas de folhas plicadas, flores perfeitas azuis ou roxas e compostas por dois conjuntos de tépalas desiguais. Gelasine elongata e G. coerulea encontram-se na lista de espécies ameaçadas para o RS, sendo a primeira delas ameaçada e a segunda criticamente ameaçada. Apesar de seu atual estado de vulnerabilidade, Gelasine é um gênero ainda pouco estudado, não havendo nenhuma informação quanto à variabilidade e diversidade genética. Os dados citogenéticos são também ainda escassos. Assim, a presente dissertação tem por objetivo caracterizar as três espécies de Gelasine ocorrentes no sul do Brasil quanto a aspectos moleculares, citogenéticos, além de compreender suas relações. Para a caracterização da diversidade genética foram usadas duas populações de G. coerulea e duas de G. elongata; não foi possível a utilização de G. uruguaiensis em função do número restrito de indivíduos. As amostras de DNA foram obtidas a partir de folhas das espécies mencionadas e empregada a técnica de ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Foram testados 44 primers para ISSR, destes, 12 apresentaram um bom padrão de amplificação que em conjunto geraram 91 loci. A quantidade de bandas por primer variou em média de 7,5. Este trabalho resultou em dados inéditos para o gênero Gelasine quanto à variabilidade genética inter e intra-populacional. Os resultados indicam que a variação genética intrapopulacional é muito baixa e que a maior diversidade encontrada para estas espécies ocorreu entre as populações. Não foi verificada correlação significativa com a distância geográfica entre as populações. Tais resultados indicam que o sistema reprodutivo, o método de dispersão de sementes e a presença de descendência clonal oriunda da divisão dos bulbos subterrâneos são fatores de grande influência na diversidade. Para caracterização citogenética das espécies foi empregada coloração convencional e bandeamento CMA/DAPI, e realizadas medidas cromossômicas. Foi também estimado o tamanho do genoma por citometria de fluxo a partir de folhas frescas das três espécies. As análises citogenéticas se mostraram bastante eficientes para a diferenciação das três espécies de Gelasine investigadas. Gelasine coerulea e G. uruguaiensis apresentam o mesmo número cromossômico básico e somático (2n = 2x = 14), não sendo encontrados citótipos poliploides. Ambas têm cariótipos relativamente simétricos, porém se mostram bastante distintas quanto ao tamanho dos cromossomos e seu padrão de bandeamento, com uma grande variação na ocorrência e distribuição de sequências de DNA repetitivo (bandas CMA/DAPI). O conteúdo de DNA também permite a clara diferenciação dessas espécies, tendo G. coerulea 2C = 11,30 pg e G. uruguaiensis 2C = 16,88 pg. Gelasine elongata possui número cromossômico básico diferente das anteriores (2n = 2x = 12) e cariótipo claramente bimodal. Os cromossomos têm menor tamanho, o que, consequentemente reflete no menor tamanho de genoma (2C = 3,45 pg). Além disso, o padrão de bandas CMA/DAPI é notadamente mais simples que das outras duas espécies, onde o maior par de cromossomos (par I) exibe as únicas bandas CMA+ presentes na região da constrição secundária. Os dados obtidos para G. elongata apontam para uma maior semelhança dessa espécie com outras duas do gênero Eleuthenine (2n = 2x = 12), o que reforça os dados filogenéticos existentes, onde G. elongata está separada de G. coerulea e agrupada no mesmo ramo de Eleutherine. Não foi observado heteromorfismo cromossômico para Gelasine elongata e nem para as outras duas espécies investigadas, embora tal situação tenha sido reportada para aquela espécie. Os dados obtidos para Gelasine com o uso dos fluorocromos CMA e DAPI, bem como os demais parâmetros citogenéticos investigados permitiram a clara diferenciação entre as espécies. Associados a uma abordagem filogenética, tais resultados auxiliam a compreensão das relações entre essas espécies e sua evolução. / Gelasine Herb. (Tigridieae: Iridaceae) comprises seven native species from South America, three of them are found in Rio Grande do Sul (Brasil): G. coerulea (Vell.) Ravenna, G. elongata (Graham) Ravenna and G. uruguaiensis Ravenna. These species are bulbous plants with plicate leaves and blue or violet perfect flowers which are composed of two unequal groups of tepals. Gelasine elongata and G. coerulea are included in the list of endangered species from RS, the first one is considered endangered and the latter, critically endangered. Notwithstanding its current vulnerability status, Gelasine is still a poorly studied genus and genetic variability and diversity information concerning its species are lacking. Cytogenetic data are also scarce. Thus the present dissertation aims to characterize the three Gelasine species occurring in Southern Brazil regarding its molecular and cytogenetic aspects in addition to understand their relationships. To characterize their genetic diversity, two populations of G. coerulea and two of G. elongata were used; it was not possible to investigate G. uruguaiensis due to its restricted number of individuals. DNA samples were obtained from leaves of the aforementioned species and ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) technique was employed. Fourty-four ISSR primers were tested, 12 of these presented good amplification pattern which generated a total of 97 loci. The number of bands per primer had an average of 7.5. The present study resulted in novelty data for Gelasine concerning its inter and intrapopulation genetic variability. The results indicate a very low intrapopulation genetic variation and most of the diversity found in these species occurred among their populations. No significant correlation was verified between geographical distances of populations. Such results indicate that reproductive system, seed dispersal mechanisms and presence of clonal descendants generated from divisions of subterranean bulbs are factors that greatly influence in diversity. For cytogenetic characterization of the species, conventional staining and CMA/DAPI banding were employed and chromosome measurements were made. Also, genome size was estimated through flow cytometry using fresh leaves from the three species. Cytogenetic analyses were very efficient to differentiate all investigated species of Gelasine. Gelasine coerulea and G. uruguaiensis have the same basic and somatic chromosome number (2n = 2x = 14); polyploid cytotypes were not found. Both species display fairly symmetric karyotypes, however they are very distinct with respect to chromosome sizes and banding patterns, with a great variation in the occurrence and distribution of repetitive DNA sequences (CMA/DAPI bands). DNA content also allows clear differentiation of these species; G. coerulea has 2C = 11,30 pg and G. uruguaiensis has 2C = 16,88 pg. Gelasine elongata has a different base chromosome number than both former species (2n = 2x = 12) and a clearly bimodal karyotype. Its chromosomes are smaller which, consequently, reflects on the smaller genome size (2C = 3,45 pg). Furthermore, its CMA/DAPI band pattern is markedly simpler than the ones from the other two species, where the largest chromosome pair (pair I) contains the only CMA+ bands present in the secondary constriction region. Data obtained from G. elongata points out a larger resemblance between this species and two others belonging to Eleuthenine (2n = 2x = 12), which supports the phylogenetic data where G. elongata is separate from G. coerulea and groups with Eleutherine. Chromosome heteromorphism was not observed in Gelasine elongata nor in the two other investigated species, even though it had been reported for the first one. Data obtained from Gelasine with the use of CMA and DAPI fluorochromes, along with the other cytogenetic parameters investigated, allowed clear differentiation between species. Allied to a phylogenetic approach, these results can bring better understanding to the relations between these species and their evolution.