Les effets de la limitation en azote et en phosphore, de la température et de leurs interactions ont été étudiés expérimentalement sur cinq microalgues marines présentant des phénologies différentes en Manche Orientale ainsi qu’une large gamme de volumes cellulaires. Nos résultats montrent un effet plus fort des sels nutritifs par rapport à la température sur les différents traits mesurés et des différences de réponse au sein d’un même groupe fonctionnel classique. Le volume cellulaire est un paramètre essentiel à prendre en compte dans la définition de groupes fonctionnels car ils conditionnent une partie des réponses des microalgues aux différentes conditions environnementales. Une forte diminution de l’activité photosynthétique est constatée pour les petites cellules du fait d’une interaction entre les sels nutritifs et la température. Les sels nutritifs, la température et leur intéraction influencent la formation de sucres de façon spécifique, aboutissant à une augmentation de sucres par cellules. Enfin, des communautés expérimentales en limitation azote, phosphore et sans limitation, ont été constituées afin de comparer la productivité des communautés et des monocultures. La limitation en azote influence la composition spécifique des communautés et aucune relation claire entre diversité et productivité n’est mise en évidence. Cependant, les communautés sont plus efficaces que les monocultures pour l’absorption des sels nutritifs et de lumière. Toutes ces observations sont essentielles pour comprendre les effets des modifications environnementales sur les microalgues dans le cadre du changement global et par extension, sur le fonctionnement des écosystèmes marins. / The effects of nitrogen and phosphorus depletion, temperature and their interaction were studied on five microalgae which differ in terms of phenology and size. By a multifactorial experimental approach, we demonstrated that nutrient effects override temperature effects, and that species from a same classical functional group could show different responses. Our results suggest that size matters for the responses of microalgae in our different conditions. Indeed, an interactive effect of temperature and nutrients was observed leading to decrease of photosynthetic activity of the small sized algae. These species also showed a high variability in their responses compared to larger ones. Furthermore, particular and dissolved carbohydrates per cell was positively influenced by nutrient limitation, temperature or their interaction, independently of cell size but rather in a specific way. Lastly, in order to highlight the relationship between productivity and diversity three experimental communities were done under nitrogen or phosphorus depletion. Our results demonstrated a better efficiency of nutrient and light absorption of communities compared to monocultures. However these communities were overall less productive than monocultures in terms of carbohydrate and biomass formation. No clear trend between diversity and productivity was shown in our study. Our results provide useful information about the responses of phytoplankton to environmental gradients and consequently of several ecosystem processes taking into accounts the modifications expected through global change.

Les maladies infectieuses sont souvent étudiées à l'aide d'approches réductionnistes alors qu'elles sont fortement influencées par de nombreux facteurs hôtes et environnementaux en interaction. Ainsi, de nombreuses maladies d’étiologie complexe restent difficiles à caractériser. En développant une approche holistique pour aborder la complexité de l'interaction, (i) nous avons déchiffré les interactions complexes sous-jacentes au syndrome de mortalité des huîtres du Pacifique chez les juvéniles d’huîtres Crassostrea gigas, la principale espèce d'huître exploitée dans le monde et (ii) nous avons validé le mécanisme de pathogénèse quel que soit l’environnement infectieux et le génotype de l’huître. En utilisant une expérience d’infection écologiquement réaliste combinée à des analyses moléculaires (métabarcoding, transcriptomique, et suivi des agents pathogènes) et histologiques sur des familles d'huîtres aux susceptibilités contrastées à la maladie, nous avons démontré que la maladie est causée par une infection multiple avec comme première étape nécessaire l’infection des cellules immunocompétentes de l’huître (les hémocytes) par OsHV-1µvar. La réplication du virus induit un état immunodéprimé de l’huître qui conduit à une septicémie par des bactéries pathogènes opportunistes entraînant la mort des huîtres. En identifiant les interactions intra-hôtes entre les microorganismes et l'immunité de l'hôte, cette étude déchiffre le code du syndrome de mortalité des huîtres du Pacifique et fournit d'importantes données pour la conception de mesures prophylactiques et de programmes de sélection d'huîtres résistantes au syndrome de mortalité. Nous pensons qu'une telle approche de la biologie des systèmes pourrait être appliquée pour déchiffrer d'autres maladies multifactorielles qui affectent des espèces d'invertébrés non modèles dans le monde entier. / Infectious diseases are very often explored using reductionist approaches, despite repeated evidence showing them to be strongly influenced by numerous interacting host and environmental factors. Many diseases with complex etiology therefore remain misunderstood. In this thesis, by developing a holistic approach to tackle the complexity of the interaction, (i) we deciphered the complex intra-host interactions underlying the Pacific oyster mortality syndrome affecting juveniles of Crassostrea gigas, the main oyster species exploited worldwide and (ii) we validated this mechanism in different infectious environments and oyster genotypes. Using ecologically realistic experimental infections combined with thorough molecular (metabarcoding, transcriptomics, pathogen monitoring) and histological analyses on oyster families with contrasting susceptibilities, we demonstrated that the disease is caused by a multiple infection whose initial and necessary step is the infection of oyster haemocytes by a herpesvirus. Viral replication leads to an immune-compromised state of the host, evolving toward subsequent bacteremia by opportunistic bacteria. By identifying critical intra-host interactions between microorganisms and host immunity, this study cracks the code of the Pacific oyster mortality syndrome and provides important molecular data for the design of prophylactic measures and breeding programs dedicated to the production of oysters resistant to the mortality syndrome. We believe that such a systems biology approach could be applied to decipher other multi-factorial diseases that affect non-model invertebrate species worldwide.

Cette thèse a été effectuée dans le cadre dun contrat Européen « Nanosensoflex » au sein du laboratoire LAAS-CNRS de Toulouse, qui visait à améliorer la technologie capteur et à optimiser la sélectivité grâce notamment à un nouveau mode opératoire associé à une nouvelle technique de traitement des réponses. Pour cela, nous avons démontré expérimentalement que la forme de la réponse transitoire de ces capteurs, au cours de variations très rapides de température, était fonction du mélange gazeux environnant de manière très reproductible. Aussi, nous avons pu définir un profil thermique adapté à la détection du CO dans le mélange de NO2 et propane. Il comporte 6 paliers de température compris entre 100°C et 500°C et nexcède pas au total 12s. Par la prise en compte des formes et temps associés issus des réponses normalisées dun capteur et dune méthode multifactorielle, nous avons discriminé chaque mélange gazeux et quantifier le CO entre 1 et 200 ppm indépendamment du taux dhumidité.

L’amélioration des performances de reproduction des poissons d’élevage nécessite de déterminer les facteurs intrinsèques et extrinsèques influençant la qualité des gamètes d’une part, et de définir des paramètres fiables permettant de prédire les performances de reproduction d’autre part. Notre objectif est donc de comprendre le déterminisme multifactoriel de la reproduction chez la perche commune, Perca fluviatilis. Quatre facteurs nutritionnels (type d’aliment et taux de rationnement distribués lors des phases d’induction et de vernalisation) et 3 facteurs populationnels (poids initial, origine géographique, niveau de domestication) ont été testés. Une différence de réponse entre les sexes a été observée. Le type d’aliment distribué en vernalisation et le poids initial ont modifié l’état général des femelles. Les mâles ont plutôt été sensibles aux taux de rationnement et à l’origine géographique. L’étude des performances de reproduction a montré que le taux de ponte était sous l’influence de l’interaction entre le type d’aliment distribué en induction et en vernalisation, tandis que l’origine géographique a modulé la date de ponte. La régulation des performances de reproduction est donc un mécanisme complexe sous l’influence simultanée de plusieurs facteurs. La seconde partie de ce travail concerne la recherche de marqueurs prédictifs de la qualité des ovules. Nous avons d’abord montré que peu de paramètres morpho-anatomiques des pontes ou ovules sont des prédicateurs fiables. Cependant, l’analyse protéomique a permis de mettre en évidence plusieurs protéines exprimées différemment selon la qualité des pontes, pouvant jouer le rôle de biomarqueurs de qualité des ovules / Improving fish reproduction in breeding conditions implies to understand intrinsic and extrinsic factors influencing gametes quality on the one hand and to define relevant parameters allowing the prediction of fish reproductive performance on the other hand. Our goal was thus to understand the multifactorial determinism of the common perch (Perca fluviatilis) reproduction. Four nutritional factors (type of food and rate of rationing used either during the induction or vernalization phases) and 3 populational factors (initial weight, geographic origin and domestication level of breeders) have been tested. Data show different responses between females and males. type of food during wintering phase and initial broodstock weigh modified female condition. Males have been sensitive to rationing during wintering phase as well as geographical origin. Data show also that spawning rate was under the influence of interaction between kind of food during wintering phase and induction whereas geographical origin modulated the spawning date. The regulation of the performance reproduction is also a complex mechanism influenced by several factors. The second part of this work consisted on the research of parameters potentially predictive of ova quality. Firstly, our work shows that morphometric parameters measured before the fertilization are poorly relevant to predict reproductive performance. However, the proteomic analysis of several spawn allowed us to highlight proteins differently expressed according to the spawn quality, such proteins could be ova quality biomarkers

L'approche criminologique de la délinquance du mineur permet de mettre en lumière les facteurs jouant un rôle dans le processus délinquantiel. Si certaines analyses s'attachent à démontrer l'influence déterminante de l'environnement familial sur la délinquance du mineur, ces propos méritent d'être nuancés. La famille est le modèle de socialisation primaire de l'enfant. Un contexte familial, régi des comportements déviants ou une autorité défaillante, entraînerait dès lors des conséquences criminogènes pour l'enfant. Pour autant, celui-ci ne reproduit pas automatiquement le schéma familial et bénéficie d'une intégration sociale.Dès lors, les analyses multifactorielles de la délinquance mettent en évidence l'importance des autres facteurs environnementaux dans le passage à l'acte du mineur, celui-ci évoluant par la rencontre d'agents extérieurs à la famille.L'influence des facteurs tels que l'école et les groupes de pairs peut se manifester de telle sorte que cette hypothèse remettrait en cause la théorie selon laquelle la famille est un facteur déterminant. Si ces analyses se justifient, elles demeurent incomplètes, soulevant alors la question du lien entre la délinquance juvénile et le fonctionnement de la société occidentale. / A criminalogy approach makes it possible to highlight decisive factors of the delinquency process (ou the criminal process). Some analysts aims to prove the importance of familial context on juvenile delinquency although these explanations seems insufficient. Family is the primary socialisation instance and familial background with deviant behaviors and defaulting authority could thus have an impact on juvenile delinquency. One can observe however that children sometimes do not reproduce the family scheme and are socially integrated. Consequently, a multi-factors analysis of delinquency points up the importance of other contextual factors, among them the external agents to the family encounters, in explaining the first acts of delinquency. Influence of factors as education and peer group imply the questioning of the familial background considered as a key factor of juvenile delinquency. If verified, these analysis remain nonetheless an incomplete explanation, while raising the question of the causal relationship between juvenile delinquency and the workings of Western society.

Pour appréhender l'ensemble du problème addictif et proposer une prise en charge appropriée, une évaluation multifactorielle est nécessaire. Les données récentes soulignent que le champ des addictions aux substances doit être étendu au champ des addictions comportementales. Une des lacunes dans la compréhension des troubles addictifs et de leur prise en charge pourrait être due à un manque d'outils d'évaluation standardisés qui évaluent l'ensemble des composantes de l'addiction et leurs répercussions dans différents domaines de la vie du sujet. Dans le champ des addictions aux substances, l'Addiction Severity Index (ASI) est l'outil le plus utilisé mondialement. L'ASI est un instrument qui évaluent les sujets pour la clinique ou la recherche. En France, notre groupe de recherche utilise l'ASI depuis 1992 pour la clinique et la recherche. Nous avons décidé de modifier l'ASI en y ajoutant de nouvelles sections. Depuis 2006, la version française modifiée de l'ASI présente donc des items évaluant l'usage de tabac (Section Tabac) et également des items permettant l'évaluation des comportements addictifs sans substance comme le jeu, le jeu d'argent et de hasard et les troubles du comportement alimentaire. L'objectif général de cette thèse était d'étudier la validité de la version française modifiée de l'Addiction Severity Index (ASI) chez des sujets pris en charge pour au moins une addiction dans des centres de soins spécialisés en addictologie. Les résultats montraient une très bonne validité des données de consommations de substances rapportées par les sujets. Les sections Tabac et Jeu / Jeu d'argent et de hasard avaient été montrées comme valides. La version modifiée de l'ASI semble être un bon outil permettant l'évaluation de la sévérité de l'ensemble des comportements addictifs. Cette adaptation fait de l'ASI modifié le premier outil qui permet d'évaluer l'ensemble des troubles addictifs et qui ne mesure pas uniquement la quantité, la durée et l'intensité de ces troubles. Elle va permettre d'aider le clinicien à mettre en place une prise en charge la plus adaptée et aux chercheurs de caractériser et de comparer les différentes addictions afin de dégager des différences et des similitudes. / A multidimensional assessment is key to understand the addiction problem and to develop an appropriate treatment plan. Recent findings support the scope that addictive disorders should include non-substance use disorders. A significant problem in understanding and managing the addictive disorders may be related to the lack of standardized instruments for assessing problems or other aspects of life that are affected by these pathologies. For the assessment of substance users exists a widely used instrument, the Addiction Severity Index (ASI). The ASI is an instrument that assesses subjects for both clinical and research purposes. In France, our research group used the ASI since 1992 for both clinical and research purposes. We decided to modify the French translation of the ASI and added some new items. Since 2006, the French modified ASI includes items to assess tobacco use but also non-substance addictive behaviors including gaming, gambling and eating disorders. The overall objective of this dissertation was to assess the validity of the French modified ASI in several samples of clients who sought treatment in outpatient addiction clinics. The findings showed a good validity of the self-reported substance use. The validity of the Tobacco section as well as the Gaming/Gambling section have been shown. The French modified ASI is a suitable instrument for assessing any type of addiction-related disorders. This adaptation makes the modified ASI the first instrument that assesses all possible addictive behaviors regardless of the type of the addiction and that measures more than just the quantity, duration, and intensity of addictive behaviors. ASI may be helpful for clinicians in helping them to design the best treatment plans for a patient, for policy makers to objectively understand the need in treatment, care centers or other institutions but also for researchers to measure contemporary issues in addiction treatment and to find similarities and differences between type of addiction.

L’hémochromatose HFE est une maladie du métabolisme du fer liée au gène HFE dont la principale mutation est C282Y. L’objectif général de ce travail était d’étudier l’influence de facteurs génétiques et non génétiques sur l’expression phénotypique de patients atteints d’hémochromatose HFE. Cette étude prospective incluait les patients C282Y/C282Y etC282Y/H63D inclus en protocole de saignées entre janvier 2004 et décembre 2011 au centre de santé brestois de l’EFS-Bretagne. Dans un premier temps, nous avons étudié l’influence du génotype C282Y/H63D sur la survenue d’une surcharge en fer. Nous avons confirmé que le variant H63D doit être considéré comme un facteur de susceptibilité dont l’expression est liée à la présence de co-facteurs responsables d’une hyper ferritinémie. Ensuite, nous avons étudié le rôle des grossesses et de l’alimentation sur l’expression phénotypique du génotype C282Yhomozygote. Nous avons montré qu’il existe bien une différence d’expressivité clinique liée au sexe chez les patients C282Y/C282Y. Cependant, nos données n’ont pas confirmé l’effet protecteur typiquement attribué aux grossesses pour expliquer la plus lente accumulation de fer chez les femmes. Cette étude a également mis en évidence une association modérée entre la consommation d’aliments riches en fer et le degré de surcharge en fer des patients C282Yhomozygotes traités par phlébotomies. Ce travail contribue à mieux comprendre l’hétérogénéité phénotypique observée dans l’hémochromatose HFE. La finalité est de pouvoir repérer précocement les sujets les plus à risque de développer les surcharges en fer les plus sévères et par conséquent des complications cliniques. / HFE hemochromatosis is a disorder of iron metabolism related to the HFE gene whose mainmutation is C282Y. The overall aim of this study was to investigate the influence of genetic and non genetic factors on phenotypic expression of patients with HFE hemochromatosis. This prospective study included the C282Y/C282Y and C282Y/H63D patients enrolled in a phlebotomy program between 2004 and 2011 in a blood centre of western Brittany (Brest, France). First, weassessed the weight of the C282Y/H63D genotype in the occurrence of iron overload. We confirmed that H63D is a discrete genetic susceptibility factor whose expression is most visible in association with other co-factors responsible for hyper ferritinemia. Then we investigated the effect of pregnancies and iron-rich diet on phenotypic expressivity of the C282Y/C282Y genotype. We have shown that there is a difference in clinical expression related to gender in C282Y/C282Ypatients. However our findings did not confirm that pregnancies protect against iron accumulationin women. This study established a moderate link between dietary iron intake and the degree of iron overload in HFE hemochromatosis patients who come to medical attention. This work contributes to a better understanding of the phenotypic heterogeneity observed in HFE hemochromatosis. The purpose is to identify precociously subjects the most at risk of developing iron overload and therefore clinical complications.

Cette thèse porte sur les différents facteurs impliqués dans le traitement des relatives, notamment le traitement des relatives sujet et objet ainsi que celui de l’attachement des relatives sujet. En prenant appui sur les approches multifactorielles, (Trueswell et Tanenhaus, 1994 ; Spivey et Tanenhaus, 1998), j’insiste sur l’insuffisance de l’approche monofactorielle souvent adoptée dans l’analyse du traitement des relatives, et je mets en avant le rôle des propriétés fines des langues. Je propose alors dans cette thèse de dépasser les notions de langue avec un avantage pour la relative sujet ou objet, ou avec une préférence avec attachement haut ou bas.Je présente d’abord les ressemblances et différences des propriétés des relatives dans les quatre langues étudiées : l’anglais, le cantonais, le français et le mandarin. Cette description permet de mieux appréhender leur rôle dans le traitement, notamment pour comprendre les différences constatées dans les expériences entre les langues.Je me concentre ensuite dans les deux Parties suivantes sur l’interaction entre des facteurs principalement syntaxiques, cognitifs et grammaticaux en jeu dans le traitement des relatives, avec des expériences de jugements d’acceptabilité et de mouvements oculaires avec le paradigme monde visuel (relatives sujet et objet dans les quatre langues étudiées, et attachement en anglais et en français). Je poursuis par une réflexion sur l’approche multifactorielle en tenant compte des facteurs liés aux domaines sémantique et pragmatique. Pour cela, j’observe le traitement des relatives sujet et objet en français et en anglais dans une étude de corpus, des expériences de jugements d’acceptabilité, de lecture par autoprésentation segmentée, et de mouvements oculaires en lecture. Enfin, pour élargir les facteurs en jeu dans le traitement des relatives au-delà du domaine linguistique, je montre l’influence d’un domaine non linguistique (amorçage mathématique) sur le domaine linguistique (attachement) en français avec des expériences de choix restreints, et de mouvements oculaires avec le paradigme monde visuel. / The present dissertation focuses on the factors implied in relative clause processing, mainly subject/object relative clauses and relative clause attachment. Based on previous multifactorial approaches (Trueswell et Tanenhaus, 1994; Spivey et Tanenhaus, 1998), I show that the usual monofactorial way of thinking about processing is inadequate and that fine-grained language properties should also be taken into account. I propose to go beyond the notion of subject/object languages or high/low attachment languages. I present the relative clause properties in four languages (English, Mandarin, Cantonese and French). This description is necessary to grasp their influence in processing, especially the differences observed across languages in experiments. Based on the linguistic description, I look at the interaction between cognitive, syntactic and grammatical factors in relative clause processing. I present acceptability judgment tasks and visual world eye-tracking experiments in order to analyse subject/object relatives in the four languages, and relative clause attachment in English and French. In line with the multifactorial approach, I analyse the influence of semantics and pragmatics in relative clause processing, especially in French and English. For that, I show a corpus study, acceptability judgment and self-paced reading tasks and eye-tracking while reading experiments. Finally, to broaden the perspective beyond the linguistic domain, I show the influence of other non-linguistic factors on relative clause processing, by presenting visual world eye-tracking and forced choice experiments about the influence of mathematical priming on relative clause attachment in French.

Les coléoptères saproxyliques ont en particulier d'être fortement liés au bois mort et à la phase hétérotrophe du cycle forestier. Cette position les place en concurrence directe avec l'Homme et sa gestion forestière. La conservation de ces animaux et de leurs fonctions écologiques passe par une connaissance accrue de leurs biologies et des relations qu'ils entretiennent avec le bois mort et la forêt.<br /><br />Dans ce travail nous avons analysé les relations autécologiques et synécologiques s'établissant entre les coléoptères saproxyliques et les types de bois mort au sein de 3 types forestiers des Alpes françaises (10 stations). Les bois morts ont été étudiés par une méthode dérivée du protocole européen COST E4 tandis que les coléoptères saproxyliques ont été échantillonnés par pièges vitres.<br /><br />L'existence de communautés de coléoptères saproxyliques au niveau de chaque forêt est confirmée par ANOSIM et analyse des correspondances (CA). Elle est documentée par dendrogrammes, CCA et RDA. Trois facteurs environnementaux majeurs conditionnant ces assemblages taxonomiques ont été dégagés par PCA et régressions linéaire multiples. Il s'agit dans l'ordre d'importance : d'une dichotomie entre essences feuillue et résineuse, d'un gradient de dimension-position (combinant taille, origine de la mort et position vis-à-vis du sol) et enfin d'un gradient de désorganisation du bois (regroupant surface d'écorce, classe de décomposition et type de pourriture). <br /><br />La continuité historique du bois mort, estimée par le profil de bois mort, a un impact significatif sur la diversité des taxons les plus rares, ce qui conforte de précédentes observations et pose à nouveau la question de l'impact à long terme de l'exploitation forestière sur la biodiversité.

A l’issue de la transition économique et dans le contexte de rattrapage au sein de l’Union Européenne, cette thèse étudie le transfert de technologie associé aux investissements directs étrangers (IDE) en Europe Centrale et Orientale. Les externalités technologiques sont considérées comme la contribution principale des IDE au développement économique des pays d’accueil. La première partie de ce travail analyse le mécanisme microéconomique du transfert de technologie. Après avoir évalué le potentiel de transfert à travers l’excédent de productivité et l’intensité des échanges intersectoriels, nous analysons l’effet des externalités sur la productivité des entreprises locales. Nous construisons ainsi plusieurs mesures d’externalités horizontales et verticales, en accordant une toute attention particulière à la position des entreprises dans la filière. Enfin, nous nous intéressons au rôle de la capacité d'absorption locale et du décalage technologique dans la capture de ces externalités. Dans la deuxième partie de la thèse nous menons une analyse macroéconomique centrée autour de deux directions : la relation entre les IDE et l’investissement local, ainsi que l’impact agrégé des IDE sur la croissance. Tout d’abord, nous partons de l’hypothèse de destruction créatrice entre les IDE et l’investissement local, puis nous analysons cette problématique dans la perspective des différents types d’IDE. Nous séparons également le mécanisme d’interaction entre les filiales et les entreprises locales selon le marché réel et le marché financier. Ensuite, nous évaluons la contribution des externalités agrégées au progrès technique, ce qui nous permet d’illustrer l’impact global des IDE sur la croissance économique. Enfin, nous considérons la relation IDE-croissance dans une double perspective, afin de montrer l’existence d’un cercle vertueux. / At the end of the economic transition and in the context of catching up within the European Union, this thesis studies the technology transfer associated with foreign direct investment (FDI) in Central and Eastern Europe. Technological externalities are considered the main contribution of FDI to the economic development of host countries. The first part of this work analyzes the microeconomic mechanism of technology transfer. After having evaluated the potential for spillovers through the productivity gap and the intensity of intersectoral linkages, we identify the impact of technological spillovers on the productivity of domestic firms. We construct several measures of horizontal and vertical externalities, while giving particular attention to local firm’s status throughout the supply chain. Finally, we tested the role of local absorptive capacity and technological gap in the capture of spillovers. In the second part we conduct a macroeconomic analysis oriented on two directions: the relationship between FDI and local investment and the aggregate impact of FDI on growth. We start from the assumption of destructive creation between FDI and local investment and analyze this issue from the perspective of different types of FDI. We also separate the interaction mechanism between the affiliates and the domestic firms according to the real market and the financial market. We then evaluate the contribution of aggregate externalities to technical progress, which allows us to illustrate the overall impact of FDI on economic growth. Finally, we consider the FDI-growth relationship from a double perspective, in order to show the existence of a virtuous circle