INTRODUÇÃO: Aproximadamente 170 milhões de pessoas são portadores de hepatite C crônica, sendo esta atualmente a principal causa de transplantes hepáticos no mundo. Os pacientes com hepatite crônica C são atualmente tratados com interferon e ribavirina (IFN/RBV). Estudos de associação do genoma associaram à resposta ao tratamento com IFN/RBV a um polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) nas proximidades do gene da Interleucina 28B, que codifica a interferona-?. OBJETIVOS: Padronizar nova metodologia de baixo custo e menor tempo de execução para a genotipagem do polimorfismo rs12979860. Investigar a frequência do polimorfismo rs12979860, em uma coorte de pacientes com hepatite crônica C e sua associação com a resposta ao tratamento no Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo. MÉTODOS: A genotipagem foi realizada, por novo método diagnóstico, PCR multiplex CTPP (confronto de dois pares de iniciadores) e validado através de sequenciamento direto e PCR em tempo real. Um estudo retrospectivo foi realizado em 248 portadores de hepatite C crônica, tratados com interferon e ribavirina; 138 portadores de hepatite C crônica, virgens de tratamento e 240 doadores de sangue. Foi analisado o DNA, dados clínicos e demográficos, juntamente com dados sobre a resposta ao tratamento. RESULTADOS: O método de PCR CTPP foi padronizado e mostrou-se mais rápido e de menor custo comparado ao sequenciamento e PCR em tempo real. Pacientes com resposta virológica sustentada (RVS) apresentaram uma frequência de 33/61 (54,1%) para o genótipo C/C, de 21/61 (34,4%) para o genótipo C/T e 7/61 (11,5%) para o genótipo T/T. Pacientes que não tiveram RVS (Não RVS) apresentam uma frequência de 44/185 (23,8%) para o genótipo C/C, de 102/185 (55,1%) para o genótipo C/T e de 39/185 (21,1%) para o genótipo T/T. Os Não RVS estão associados ao genótipo C/T (p=0,002) e ao genótipo T/T (p=0,001) quanto comparados com o grupo de RVS. CONCLUSÕES: Esta dissertação descreve um método inovador, rápido e de baixo custo, o PCR CTPP, que detecta o polimorfismo rs12979860. O ensaio é internamente controlado e não requer a utilização de endonucleases de restrição ou equipamento especial. O polimorfismo rs12979860 é um preditor significativo da resposta ao tratamento com IFN/RBV em pacientes com infecção crônica pelo vírus da hepatite C. A genotipagem deste, em conjunto com os indicadores já existentes, pode identificar prováveis não respondedores ao tratamento / INTRODUCTION: Approximately 170 million people are chronic carriers of hepatitis C virus (HCV). Chronic HCV patients are currently treated with pegylated interferon and ribavirin (PEG- IFN/RBV). A genome-wide association with PEG-IFN/RBV treatment response and a single nucleotide polymorphism (rs12979860) has been identified near the interleukin 28B gene that encodes interferon-?-3. AIM: Describe an innovative, fast, and low-cost multiplex polymerase chain reaction with confronting two-pair primers that detects the rs12979860 polymorphism. Investigate the frequency of polymorphism rs12979860, among patients with chronic hepatitis C and association with to response treatment at the Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo. METHODS: Genotyping was performed by new diagnostic method, multiplex PCR CTPP (confronting two-pairprimers) and validated by direct sequencing and real time PCR. Retrospective study was conductedin 248 patients with hepatitis C chronic treated with interferon and ribavirin, 138 patients with chronic hepatitis C treatment-naïve and 240 blood donors. We analyzed DNA, clinical and demographic data, along with data onthe response to treatment. RESULTS AND CONCLUSIONS: The CTPP method was standardized and proved faster and lower cost compared to sequencing andreal time PCR. Patients with sustained virologic response (SVR) showed a frequency of 33/61 (54.1%) for the genotype C/C of 21/61 (34.4%) for the genotype C/T and 7/61 (11.5%) for genotype T/T. Patients with out sustained virologic response (Non SVR) have a frequency of 44/185 (23.8%) for the genotype C/C,102/185 (55.1%) for the genotype C/T and 39/185 (21.1%) for genotype T/T.The Non SVR are associated with genotype C/T (p = 0.002) and T/T genotype (p= 0.001) as compared with the group of SVR. Today, the IL28B genotyping is recomended by in the American Association for the Study of Liver Diseases and the European Association for the Study of the Liver guidelines. As a result, physicians should consider testing IL28B in patients with hepatitis C; however, the implementation of routine genotyping has been halted in tertiary care hospitals because of the need for molecular biology tools that are expensive and highly complex. The CTPP multiplex assay described here detects in a single reaction the genotypes C/C, C/T, and T/T. This method allows rapid genotyping of the polymorphism rs12979860, which is reproducible in minimally equipped laboratories; it does not require any special equipment and is a relatively low-cost procedure. The PCR-CTPP method can be used for large testing arrays and is also suitable for genotyping a small number of samples

Introdução: O estudo de polimorfismos genéticos pode permitir maior conhecimento sobre os fatores de risco, progressão e susceptibilidade ao câncer do esôfago. A enzima ciclooxigenase-2 (COX-2) é induzida em resposta ao fator de crescimento e citocinas, sendo expressa nas doenças inflamatórias, lesões pré-malignas e tumores de esôfago. O produto do metabolismo do folato, pela enzima metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR), atua na síntese do DNA. A alteração ou a inibição da atividade desta enzima aumenta a suscetibilidade a mutações, danos e metilação aberrante do DNA, o que altera a expressão gênica de supressores de tumor e proto-oncogenes, potenciais fatores de risco para o câncer de esôfago. Objetivo: Investigar a frequência dos polimorfismos COX-2 (-1195A > G e 8473T > C) e MTHFR (677C > T e 1298C > A) em pacientes com câncer de esôfago, verificar as associações entre a frequência desses polimorfismos com a susceptibilidade à esta doença e aos fatores clínicos, epidemiológicos e patológicos. Metodologia: Inclui-se cento e nove pacientes com o diagnóstico de câncer de esôfago, submetidos à esofagectomia. Cento e dois indivíduos, pareados quanto ao sexo e idade, sem histórico individual ou familial de câncer, constituem o grupo controle. O DNA genômico foi isolado do creme leucocitário de sangue periférico e a genotipagem foi realizada através dos kits TaqMan ® SNP Genotyping Assays, seguida da amplificação pela reação em cadeia da polimerase e análise em tempo real (RT-PCR). Os resultados dos polimorfismos encontrados foram associados aos dados epidemiológicos e clinicopatológicos destes pacientes. Utilizou-se a regressão logística para avaliar as associações entre os polimorfismos e o risco de desenvolver o câncer de esôfago, com intervalos de confiança de 95%. Resultados: A presença do alelo COX-2+8437C (p=0,016) e dos haplótipos COX-21195A/COX2843C (p=0,002) e COX-21195G/COX28437T (p=0,01) indicaram associação com a doença. Os indivíduos com câncer do esôfago portadores do polimorfismo MTHFR 677TT apresentaram maior risco de óbito pela doença (p = 0,045). Conclusão: A presença do alelo COX-2+8437C e dos haplótipos COX21195A/COX2843C e COX-21195G/COX28437T associaram-se ao câncer de esôfago. O genótipo homozigoto polimórfico MTHFR677TT está relacionado ao pior prognóstico em pacientes com câncer de esôfago / Introduction: The study of genetic polymorphisms may allow better understanding of the risk factors, progression and susceptibility to cancer of the esophagus. The cyclooxygenase-2 enzyme (COX-2) is induced in response to growth factors and cytokines and is expressed in inflammatory diseases, premalignant and esophageal tumors. The product of folate metabolism, the enzyme methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR), engaged in DNA synthesis. Changing or inhibiting the activity of this enzyme increases the susceptibility to mutations, damage and aberrant DNA methylation, which alters gene expression of tumor suppressors and proto-oncogenes, potential risk factors for esophageal cancer. Objective: To investigate the frequency of COX-2 (-1195A > G and 8473T > C) and MTHFR (677C > T and 1298C > A) polymorphisms in patients with esophageal cancer, verify the associations between the frequency of these polymorphisms with susceptibility to this disease and clinical, epidemiological and pathological factors. Methodology: This study includes up one hundred nine patients diagnosed with esophageal cancer who underwent esophagectomy. One hundred and two individuals, matched for sex and age, no individual or familial history of cancer, constitute the control group. Genomic DNA was isolated from the peripheral blood buffy coat and genotyping was performed using the TaqMan ® SNP Genotyping Assays kits, followed by amplification by polymerase chain reaction and real-time analysis (RT-PCR). The results of found polymorphisms were associated with epidemiological and clinicopathological these patients. Logistic regression was used to assess associations between polymorphisms and the risk of developing esophageal cancer, with 95% confidence intervals. Results: The presence of COX-2 + 8437C allele (p = 0.016) and haplotypes COX-21195A / COX2843C (p = 0.002) and COX-21195G / COX28437T (p = 0.01) indicated association with the disease. Individuals with esophageal cancer carrying the MTHFR 677TT polymorphism had higher risk of death from the disease (p = 0.045). Conclusion: The presence of COX-2+8437C allele and haplotype COX21195A/ COX2843C and COX-21195G/COX28437T was associated with esophageal cancer. The polymorphic homozygous genotype MTHFR677TT is related to worse prognosis in patients with esophageal cancer

O curso da infecção pelo HCV é determinado pela competência da resposta imune inata e adaptativa do hospedeiro. A IL-18 é uma citocina pró-inflamatória importante em ambas as respostas imunes e atua sinergicamente com IL-12 induzindo a expressão de IFN-y pelas células T e natural killer. O IFN-? por sua vez possui um papel chave no combate de infecções intracelulares, induzindo um estado antiviral nas células infectadas. O balanço de IL-18 é controlado pela IL18BP, uma citocina importante que atua como um antagonista natural. Estudos mostram que indivíduos cronicamente infectados pelo HCV possuem elevados níveis séricos de IL-18 e IL18BP. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivos: 1) determinar o genótipo de polimorfismos de base única (SNPs) localizados nos genes da IL-18 (-607 C > A e -137 G > C), IL18BP (rs2298455 e rs1541304) e IFN-y +874 T > A; 2) quantificar a expressão de seus respectivos mRNAs; e por fim, 3) dosagem dos níveis séricos das respectivas citocinas. Para isto, foram selecionados 51 indivíduos com resolução espontânea e 50 com infecção crônica pelo HCV genótipo 1 que submetidos a técnica de PCR em tempo real para a genotipagem dos polimorfismosIL-18 (-607 C > A e -137 G > C), IL18BP (rs2298455 e rs1541304) e IFN-? +874 T > A; posteriormente foi feita a análise da expressão gênica destes mRNA utilizando como controle endógeno o GAPDH e a dosagem das citocinas foi determinada peta técnica de ELISA. A distribuição dos genótipos nos polimorfismos nos genes IL-18 e IL18BP foram semelhantes nos dois grupos de estudo. No entanto, para o polimorfismo no gene do IFN-?, observamos frequência maior do genótipo TA no grupo de infecção crônica, enquanto que no grupo de resolução espontânea foi mais frequente o genótipo AA (p=0.006). Em contrapartida a expressão gênica nos permitiu observar que nos indivíduos com infecção crônica o mRNA de IL-18 (p < 0.001) e IL18BP (p < 0.001) estavam com uma maior expressão quando comparados com os indivíduos com resolução espontânea, e que isto refletia nas dosagens séricas, onde os indivíduos cronicamente infectados pelo HCV apresentavam altos níveis séricos de IL-18 (p < 0.001) e IL18BP (p=0.012) do que os indivíduos com resolução espontânea. O alelo G foi associado com uma maior produção de IL-18(p=0.02) nos indivíduos com resolução espontânea. Em relação à expressão gênica do mRNA do IFN-y não foi possível observar nenhuma diferença entre os grupos estudados (p=0.322) e a dosagem sérica não foi detectada em ambos os grupos. Os resultados sugerem que apesar do sistema imune ser estimulado durante a infecção pelo HCV, a persistência viral leva a um estado de anergia onde a produção de IFN- y parece ser escassa para uma resposta imune eficaz, sendo que os meios nos quais modulam a expressão gênica do IFN- y ainda parecem obscuros, no entanto já foram descritos mecanismos pós-transcricionais que tem como alvo a região 3\'UTR do mRNA do IFN- y podendo interferir na sua expressão / The course of HCV infection is determined by the competence of the innate and adaptive immune response of the host. IL-18 is an important proinflammatory cytokine in both immune responses and acts synergistically with IL-12 induces the expression of IFN-y by T and natural killer cells. The IFN-yturn plays a key role in fighting intracellular infections, inducing an antiviral state in infected cells. The balance of IL-18 is controlled by IL18BP, an important cytokine that acts as a natural antagonist. Studies show that individuals chronically infected with HCV have elevated serum levels of IL-18 and IL18BP. Therefore, this study aimed to: 1) determine the genotype of single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in genes of IL-18 (-607 C > A and -137 G > C), IL18BP (rs2298455 and rs1541304) and IFN-y +874 T > A; 2) to quantify the expression of their respective mRNAs; and finally 3) the determination of serum levels of the respective cytokines. Fifty-one individuals with spontaneous clearance and 50 were selected with chronic HCV genotype 1 infection who underwent the technique of real-time PCR for genotyping polymorphisms of IL-18 (-607 C > A and -137 G > C), IL18BP (rs2298455 and rs1541304) and IFN-y +874 T > A; later analysis of gene expression of these mRNA was performed using GAPDH as endogenous control and used the ELISA method for the serum of these cytokines. The distribution of genotypes in the IL-18 polymorphisms and IL18BP genes were similar in both study groups. However, for the polymorphism in the IFN-y gene, the genotype most frequently observed in the group of TA chronic infection, whereas in the group of spontaneous clearance AA was more frequent (p = 0.006) genotype. In contrast to gene expression allowed us to observe that in individuals with chronic infection the mRNA of IL-18 (p < 0.001) and IL18BP (p < 0.001) had a higher expression when compared with individuals with spontaneous resolution, and that this reflected in serum using the ELISA technique, where individuals chronically infected with HCV had higher serum levels of IL-18 (p < 0.001) and IL18BP (p = 0.012) than subjects with spontaneous clearance. The G allele was associated with increased production of IL-18 (P = 0.02)in spontaneous clearance group. Regarding the gene expression of IFN-y mRNA was not observed any difference between the groups (p = 0.322) and the serum was not detected in both groups. The results suggest that although the immune system is stimulated during HCV infection leads to viral persistence of anergy a state where the production of IFN-? appears to be scarce for an effective immune response, and the means in which modulate the expression the IFN-y gene still seem unclear, however have been described post-transcriptional mechanisms which target the 3\'UTR of the mRNA of IFN-y may interfere with its expression

Neste estudo, investigamos o envolvimento de galectina-3 na fisiologia e no câncer de tiróide usando vários modelos biológicos e metodologias. Observamos que o gene LGALS3 apresenta um SNP no códon 98, mas não observamos correlação entre os genótipos deste SNP e fenótipo de câncer de tiróide. Na linhagem de tiróide de rato PCCl3, mostramos que a indução da expressão do oncogene RET/PTC promove o aumento da expressão de galectina-3, no entanto, a expressão de galectina-3, por si só, não confere vantagem de proliferação à célula. Por outro lado, na linhagem de carcinoma papilífero de tiróide TPC-1, a galectina-3 contribui para a sobrevivência da célula tumoral e progressão do ciclo celular, aumentando a expressão de c-Myc, diminuindo a expressão de p21 e caspase-3, e favorecendo a ativação de importantes vias envolvidas no controle do ciclo celular. Além disto, em modelos in vivo e in vitro, a galectina-3 interferiu na função e diferenciação da célula folicular tiroidiana, exercendo um papel indireto na regulação da expressão da tireoglobulina e atividade de TTF-1. / In this study, we investigate the involvement of galectin-3 in thyroid physiology and cancer using several biological models and methodologies. We observed that LGALS3 gene presents a SNP in codon 98, but no correlation between the genotype and the phenotype of benign or malignant thyroid tumor was observed. In the rat thyroid cell line PCCl3, we showed that the conditional induction of RET/PTC oncogene expression promotes the increase of galectin-3 expression, however, galectin-3 expression itself did not confer a proliferative advantage to cell. On the other hand, in papillary thyroid carcinoma cell line TPC-1 the galectin-3 contributes to tumor cell survival and cell cycle progression, increasing c-Myc expression, decreasing p21 and caspase-3 expression and cooperating to activation of important signaling pathways which are involved in the cell cycle control. In addition, in vitro and in vivo models the galectin-3 interferes in the differentiation and function of thyroid follicular cell, playing an indirect role in the regulation of thyroglobulin expression and TTF-1 activity.

IINTRODUÇÃO: A Cistite Intersticial (CI) ou Síndrome da Bexiga Dolorosa (SBD) é uma síndrome crônica caracterizada pela presença de dor ou desconforto vesical ou pélvico e sintomas miccionais como urgência e aumento da frequência miccional diurna e noturna, na ausência de outra afecção identificável que justifique esses sintomas. Não existe até o momento nenhum teste diagnóstico ou marcador que defina a CI. Desta forma seu diagnóstico é predominantemente clínico, baseado nos sinais e sintomas e dependente da exclusão de outras doenças urológicas. A dificuldade no diagnóstico e no tratamento dessas pacientes reflete o pouco que se sabe sobre sua fisiopatologia e sobre as alterações genéticas presentes na doença. A identificação de marcadores pode proporcionar um melhor entendimento e manejo desses aspectos da síndrome. Na tentativa de identificar marcadores genéticos que possam estar associados a CI, avaliamos a presença de alguns polimorfismos genéticos, os polimorfismos de nucleotídeo único (SNP), no DNA de pacientes com os critérios diagnósticos de CI e comparamos sua prevalência entre as pacientes e também com um grupo controle representativo da população geral. A correlação desses polimorfismos considerando a CI e a intensidade de dor nessas pacientes ainda não foi estudada na literatura. OBJETIVOS: Analisar a presença de polimorfismos (SNP) em amostras de sangue de pacientes com CI e correlacionar a presença dos polimorfismos com o quadro de dor crônica. MÉTODOS: Foram selecionadas 34 pacientes do sexo feminino com diagnóstico de CI de acordo com os critérios do NIDDK e 23 pacientes do grupo controle (mulheres saudáveis apenas com incontinência urinária de esforço). As pacientes com o diagnóstico de CI foram estratificadas em dois grupos de acordo com o grau dos sintomas de dor crônica. Foram selecionados 20 polimorfismos para análise: rs1800871, rs1800872, rs1800896, rs1800471, rs1800629, rs361525, rs1800497, rs6311, rs6277, rs6276, rs6313, rs2835859, rs11127292, rs2243248, rs6887695, rs3212227, rs1799971, rs12579350, rs3813034, rs6746030. A genotipagem foi realizada através da técnica de PCR em tempo real (q-PCR) e correlacionada com o diagnóstico de CI e com a intensidade dos sintomas álgicos. RESULTADOS: O alelo polimórfico (T) do SNP rs11127292 foi mais frequente nas pacientes com CI em relação ao grupo controle (p:0,01). O alelo polimórfico (T) do SNP rs6311 foi significativamente mais frequente nas pacientes com dor mais intensa (p:0,03). A frequência do alelo selvagem (A) do SNP rs1799971 foi maior em pacientes com dor leve a moderada (p:0,04). CONCLUSÕES: Foram identificadas algumas diferenças na frequência dos polimorfismos nas pacientes estudadas, o que sugere a existência de um papel relevante dos SNP associados tanto à CI quando na intensidade dos sintomas de dor crônica nestas pacientes / INTRODUCTION: Interstitial cystitis (IC) or painful bladder syndrome (PBS) is a chronic syndrome characterized by the presence of bladder/pelvic pain or discomfort and voiding symptoms such as urgency and increased urinary waking and night-time frequency in the absence of another identifiable cause to justify these symptoms. So far, there is no diagnostic test or marker to establish the presence of IC. Thus, the diagnosis is predominantly clinical, based on signs and symptoms and dependent on the exclusion of other urological diseases. The difficulty in the diagnosis and treatment of these patients reflects the little that is known about IC physiopathology and about the genetic background of the disease. The identification of new markers may provide a better understanding and management of the syndrome. As an attempt to identify genetic markers that may be associated with IC, we evaluated the presence of some genetic polymorphisms, single nucleotide polymorphisms (SNPs), in the DNA of patients with the diagnostic criteria of IC, and we compared their prevalence among IC patients and with a control group representative of the general population. The correlation of these polymorphisms considering IC and pain intensity in these patients has not been studied in the literature. OBJECTIVES: To assess the presence of polymorphisms (SNPs) in blood samples from IC patients and to correlate the presence of polymorphisms with chronic pain. METHODS: Thirty-four female patients with a diagnosis of IC according to the NIDDK criteria and 23 control subjects (healthy women with stress urinary incontinence) were selected. Patients with the diagnosis of IC were stratified into two groups according to the degree of symptoms of chronic pain. We selected 20 polymorphisms for analysis: rs1800871, rs1800876, rs1800471, rs1800629, rs361525, rs1800497, rs6311, rs6277, rs6276, rs6313, rs2835859, rs11127292, rs2243248, rs6887695, rs3212227, rs1799971, rs12579350, rs3813034, rs6746030. Genotyping was performed using the real-time PCR technique (q-PCR) and correlated with the diagnosis of IC and intensity of pain symptoms. RESULTS: The polymorphic allele (T) of the SNP rs11127292 occurred with more frequency in patients with IC compared to the control group (p= 0.01). The polymorphic allele (T) of SNP rs6311 occurred with more frequency in patients with severe pain (p= 0.03). The frequency of wild-type (A) SNP rs1799971 was higher in patients with mild to moderate pain (p= 0.04). CONCLUSION: The results indicated differences in polymorphism frequency in the patients studied, suggesting the existence of a relevant role of SNPs associated with both IC and intensity of chronic pain symptoms in these patients

INTRODUÇÃO: A nefrite lúpica é uma complicação frequente e de alta morbimortalidade do lúpus eritematoso sistêmico (LES). A evolução para insuficiência renal crônica terminal varia entre 8 e 15% dos casos, após um período de 5 anos. A fase inicial da nefrite se deve a uma atividade imunológica exacerbada que leva a sequelas renais, como a fibrose intersticial, sinéquias glomerulares, e glomeruloesclerose. Uma vez instalada, vários fatores aceleram a velocidade de progressão da insuficiência renal, como a presença de proteinúria residual, hipertensão arterial sistêmica e a etnia do paciente. Estudos recentes mostraram que a presença de polimorfismos do MYH9 são altamente prevalentes em pacientes com GESF (glomeruloesclerose focal e segmentar), nefropatia do HIV e em pacientes com doença renal crônica não diabética. Os polimorfismos do MYH9 mais relacionados com essas doenças são os do haplótipo E1, causados pelos polimorfismos rs4821480, rs2032487, rs4821481 e rs3752462, presentes principalmente na população negra e de hispano-americanos. No Brasil não há estudos sobre a prevalência desse gene. MÉTODOS: Nosso estudo analisou retrospectivamente 196 pacientes com nefrite lúpica, acompanhadas no ambulatório de glomerulopatias do Hospital das Clínicas da USP. Foram recuperados os dados clínicos e laboratoriais dos pacientes de janeiro de 1999 a dezembro de 2010. Foi feita análise dos polimorfismos do haplótipo E1 do gene do MYH9 (rs4821480, rs2032487, rs4821481 e rs3752462) e correlacionados com suas características clínicas e laboratoriais, apresentando como desfecho a duplicação da creatinina ou a evolução para doença renal crônica terminal. RESULTADOS: O tempo de seguimento médio dos pacientes foi de 6,1 anos, com a creatinina inicial média de 1,6 g/dL e proteinúria média de 3,9 g/dia. Dezenove pacientes não recuperaram função renal, mantendo-se em diálise. Dos 177 pacientes restantes 43 (24%) apresentaram o desfecho de duplicação (DC) da creatinina, ou necessidade de diálise (DRCT). Pacientes progressores eram tinham maior SLEDAI renal (10 vs 8,9 p=0,04), maior índice de cronicidade renal à biópsia (5 vs 2, p<0,001) e maior frequência de reativações da doença renal (flare renal) (82,9% x 53,8%, p=0,002), assim menores índices de remissão completa ou parcial (p<0,0001). Os 4 polimorfismos se segregam em conjunto, ou seja, como um haplótipo, pelo modelo de Hardy-Weinberg. Analisando separadamente cada polimorfismo, apenas o rs3752462, apresenta associação com o desfecho DC/DRCT, na análise por genótipo (CC/CT/TT, p=0,03) e quando feita análise TT/CT vs CC (p=0,02). Não houve relação dos polimorfismos com a etnia negra ou parda. Pacientes com haplótipo E1 eram progressores em 28% dos casos, conferindo um OR de 1,79 (IC 1,02 a 3,0) de DC/DRC. DISCUSSÃO: A presença do haplótipo E1 têm alta prevalência em pacientes portadores de nefrite lúpica no Brasil, sendo fator de risco para progressão da doença renal crônica / BACKGROUND: Lupus nephritis (LN) is a frequent complication with high morbidity and mortality of systemic lupus erythematosus (SLE). Chronic renal failure is observed in 8 to 15% of the patients after 5 years of follow up. LN is an inflammatory disease after a systemic autoimmune activation. Once inflammation is shutdown several renal and nonrenal factors, such as residual proteinuria, hypertension and ethnicity of the patient, may emerge and impose to the kidney a chronic phenotype (interstitial fibrosis, glomerular adhesions and glomerulosclerosis. Recently E1 haplotype (rs4821480, rs2032487, rs4821481 and rs3752462 polymorphisms) of the MYH9 gene was associated to progressive kidney diseases in patients with FSGS (focal segmental glomerulosclerosis), HIV nephropathy and non-diabetic chronic kidney disease, in african american and spanic american patients. In Brazil there is no data on this subject. METHODS: Retrospective analysis of 196 patients with LN followed in our outpatient glomerular disease ward were enrolled glomerulopathies. Patients clinical data from January 1999 to December 2010 were retrieved and MYH9 rs4821480, rs2032487, rs4821481 and rs3752462 polymorphisms were genotyped. Outcome was defined as doubling of serum creatinine, or end stage renal disease (ESRD). RESULTS: The mean follow-up of patients was 6.1 years, with an initial mean creatinine of 1.6 g/dL and mean proteinuria 3.9 g/day. On enrollment nineteen patients were on dialysis and did not recover renal function, they were withdraw from analyses of progressive kidney disease. On follow up, from 177 remaining patients, 43 (24%) showed the composite outcome: dialysis, or doubling creatinine. Progressors had higher renal SLEDAI (10 vs 8.9, p = 0.04), higher chronicity index at biopsy (5 vs 2, p <0.001) and more frequently renal flares (82, 9% vs. 53.8%, p=0.002), as well as lower rates of complete or partial remission (p <0.0001). The four polymorphisms segregate as a haplotype, according the Hardy-Weinberg model. Analysing each polymorphism, only TT/CT genotype from rs3752462 polymorphism was associated with the outcome of DC/ESRD (p = 0.02). E1 haplotype were associated with progression with an OR of 1.79 (CI 1.02 to 3.0). DISCUSSION: The presence of the E1 haplotype is associated with worse prognosis of chronic renal failure in lupus nephritis patients

INTRODUÇÃO: Os astrocitomas difusamente infiltrativos são os tumores mais freqüentes de Sistema Nervoso Central (SNC) com uma taxa de 5-7 novos casos por 100.000 pessoas ano. São tumores altamente invasivos e estão associados com alterações de alguns genes como EGF (fator de crescimento epidérmico) e o EGFR (receptor do fator de crescimento epidérmico), que podem criar um aumento da atividade mitogênica, acarretando aumento de proliferação e maturação celular, apoptose, angiogênese e metástase. O nível de expressão destes genes pode ser influenciado por alterações genéticas, como a presença de polimorfismos. Uma mudança única de base (SNP) pode alterar a expressão gênica e, sendo assim, estar associada ao aumento do risco de desenvolver astrocitomas. Nesse trabalho, foram analisados 2 SNPs na região não traduzida (c.-191C>A e c.-216G>T) e um SNP no exon 16 (c.2073A>T) do gene EGFR, e um outro SNP na região não traduzida no gene EGF (c.61A>G). Os SNPs foram associados a expressão gênica do EGFR e a sobrevida dos pacientes. MÈTODOS: Foi realizado um estudo caso-controle com 193 casos de astrocitomas difusamente infiltrativos e 200 controles por amplificação por PCR seguido de digestão enzimática. Os produtos digeridos das amostras foram analisados por eletroforese em gel de agarose e poliacrilamida e corados com brometo de etídeo. A expressão gênica foi realizada após extração de RNA do tecido tumoral seguida de transcrição reversa e PCR em tempo real. Testes de qui-quadrado, odds ratio (OR), intervalo de confiança 95% (IC95%), t de Student e curvas de Kaplan-Meier foram realizados para análises estatística. RESULTADOS: A análise das freqüências dos genótipos dos polimorfismos mostrou uma diferença na distribuição entre casos e controles para o polimorfismo c.2073A>T. Pacientes com o genótipo TT apresentou um menor risco para astrocitoma quando comparados com o genótipo AA (OR=0,51, IC95%=0,29-0,99). Nenhuma correlação foi encontrada para os outros polimorfismos analisados. Também não foi encontrada correlação entre os genótipos dos polimorfismos e os níveis de expressão de EGFR e a sobrevida dos pacientes. CONCLUSÃO: Nosso trabalho mostrou haver um possível fator de proteção quando o paciente é portador do genótipo TT, o que pode levar a uma diminuição do risco de desenvolver o tumor. Pacientes com genótipo TT do polimorfismo c.2073A>T do gene EGFR apresentam um menor risco para astrocitomas difusamente infiltrativos do que os com o genótipo AA. / INTRODUCTION: Diffusely infiltrative astrocytomas are the most frequent tumors of the Central Nervous System (CNS) with a rate of 5-7 new cases in 100,000 individuals per year. They are highly invasive, and they are associated to alterations in some genes as EGF (epidermal growth factor) and EGFR (epidermal growth factor receptor), which may increase mitogenic activity, leading to increase of proliferation, cellular maturation, apoptosis, angiogenesis, and metastasis. Genetic alterations, as presence of polymorphisms of single nucleotide change (SNP) could influence their expression level, and thus could be associated to increased risk in developing astrocytomas. In the present study, two SNP of non-coding region (c.-191C>A and c.-216G>T) and one SNP in exon 16 (c.2073A>T) of EGFR, and another SNP of non-coding region of EGF (c.61A>G) were analyzed. The SNPs were associated to EGFR expression level and to survival time. METHOD: a case-control study of 193 of diffusely infiltrative astrocytomas and 200 controls was carried out, with PCR amplification and enzymatic digestion, which products were analyzed in agarose gel or polyacrylamide gel electrophoresis stained by ethidium bromide. EGFR expression level was studied by real time PCR after RNA extraction followed by reverse transcription of tumor tissues compared to epileptic non-neoplastic brain tissues. Stastistical analysis were performed by chi-square, odds ratio (OR), 95% confidence interval (95% CI), Student-t test and Kaplan Meier. RESULTS: The polymorphic genotype frequency was different between case and controls for the polymorphism c.2073A>T. Patients with TT genotype presented lower risk to develop astrocytoma when compared to genotype AA (OR=0.51, CI95%=0.29- 0.99). No other correlation was observed for the remaining studied polymorphisms. There was neither correlation between the polymorphic genotypes and the EGFR expression levels nor with survival time. CONCLUSION: The present study showed a possible protection factor in developing astrocytomas for the patients harboring the genotype TT of c.2073A>T polymorphism of EFGR, thus the patients presenting TT genotype have lower risk to develop diffusely infiltrative astrocytoma than patients presenting the genotype AA.

Para avaliar a influência dos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) do CYP2B6, CYP3A5, GSTM1, GSTP1, GSTT1, PON1, NQO1 e MDR1 na resposta ao tratamento com R-CHOP e CHOP, 82 pacientes com Linfoma Difuso de Grandes Células B, sem evidências de infecção por HIV, foram selecionados nesse estudo. Amostras de sangue periférico foram coletadas para extração de DNA. Os SNPs foram analisados por PCR-RFLP. Em relação aos pacientes que apresentaram resposta completa (RC) ao tratamento (70%), 51% foram tratados com R-CHOP. Sobre o tratamento, 50% dos pacientes com RC apresentaram classificação de ECOG 0-1 (p=0,0193) e a maioria desses pacientes (41%) não apresentaram envolvimento extranodal (p=0,0377). Não houve associação entre os SNPs do CYP2B6, CYP3A5, GSTT1, NQO1 e MDR1 (C3435T) e as variáveis estudadas. Apenas CYP3A5 (sexo p=0,0519), GSTM1 (idade p=0,016; tratamento p=0,0372), GSTP1 (envolvimento extranodal p=0,0307), PON1 (sintomas B p=0,0201; Bulky p=0,0148) e MDR1 C1236T (sexo p=0,0316) mostraram associação. Em relação à sobrevida global, apenas tratamento (p=0,0129), IPI (p=0,000342), idade (p=0,0155), estadiamento (p=0,00281) e ECOG (p=0,00869) apresentaram resultados significantes. Quanto à sobrevida livre de doença (SLD), apenas idade (p=0,0292), estadiamento (p=0,0402) e ECOG (p=0,0142) apresentaram resultados significantes / To evaluated the influence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) of CYP2B6, CYP3A5, GSTM1, GSTP1, GSTT1, PON1, NQO1 and MDR1 in the treatment response with R-CHOP and CHOP, 82 patients with Diffuse Large B-cell Lymphoma, without evidence of HIV infection, were enrolled in this study. Peripheral blood samples were collected for DNA extraction. The SNPs were analyzed by PCR-RFLP. In relation the patients that showed complete response (CR) to the treatment (70%), 51% were treated with R-CHOP. About the treatment, 50% of the patients with CR showed ECOG classification of 0-1 and the most of these patients (41%) did not showed extranodal involvement (p=0,0377). There was no association between CYP2B6, CYP3A5, GSTT1, NQO1 and MDR1 (C3435T) SNPs and the variables studied. Only CYP3A5 (gender p=0,0519), GSTM1 (age p=0,016; treatment p=0,0372), GSTP1 (extranodal involvement p=0,0307), PON1 (B symptoms p=0,0201; Bulky p=0,0148) e MDR1 C1236T (gender p=0,0316) showed association. In relation to overall survival, only treatment (p=0,0129), IPI (p=0,000342), age (p=0,0155), stadiament (p=0,00281) and ECOG (p=0,00869) showed significant results. To disease-free survival, only age (p=0,0292), stadiament (p=0,0402) e ECOG (p=0,0142) showed significant results

INTRODUÇÃO: A retinopatia diabética (RD) é uma das complicações mais frequentes dos diabetes mellitus tipo 1 (DM1). Durante a hiperglicemia, as células endoteliais da retina são expostas a altas concentrações de glicose e são incapazes de conter seu influxo. Isso resulta na ativação de vias deletérias intracelulares que culminam com o aumento de espécies reativas de oxigênio (ROS) e lesão neuronal e vascular. O estado pró inflamatório e pró trombótico ativa vias pró-oxidantes como a da NADPH oxidase. O excesso de ROS não é devidamente tamponado pelas vias antioxidantes (tais como as vias da glutationa e da tiorredoxina) em situações de hiperglicemia crônica, o que contribui para perpetuar o dano. OBJETIVO: Caracterizar uma população de pacientes DM1 quanto ao grau de RD e analisar a associação desta complicação microvascular com cinco polimorfismo de um único nucleotídeo (SNP) em genes pertencentes a vias pró- e antioxidantes. MÉTODOS: Pacientes acompanhados no ambulatório de diabetes de dois hospitais terciários do estado de São Paulo foram submetidos a fotos digitais do fundo de olho que incluíam os sete campos padronizados no estudo Early Treatment Diabetic Retinopathy Study (ETDRS) ou a uma oftalmoscopia binocular indireta; ambos foram avaliados por um único oftalmologista em cada um dos hospitais. A genotipagem dos SNPs foi feita por reação em cadeia de polimerase após transcrição reversa com duas sondas marcadas para cada reação. Os seguintes SNPs foram estudados: rs713041 (gene GPX4), rs17883901 (gene GCLC), rs6610650 (gene CYBB), -675 T/A (gene CYBA) e rs7211 (gene TXNIP). Os dados clínicos foram coletados por consulta ao prontuário médico ou questionário. Foi utilizado o modelo de regressão logística nominal politômica, tendo como categoria de referência a ausência de RD (ARD) ou dicotômica, tendo como categorias de referência a ausência de RD proliferativa (RDP) ou ARD. Após correção de Bonferroni, um valor de p <= 0,02 foi considerado significante. RESULTADOS: Um total de 341 pacientes (62% mulheres; idade média de 35 [±11] anos; com 22 [±9] anos de duração do DM1 e HbA1c de 8,6% [±1,6]) foi incluído. A prevalência de RDP foi de 30%, enquanto 42% dos pacientes apresentavam RD não proliferativa (RDNP). Somente os SNPs cuja distribuição dos genótipos respeitou o equilíbrio de Hardy-Weinberg foram analisados. Após ajuste para potenciais fatores de confusão, a presença do alelo T no SNP rs713041 (+718 C/T) no GPX4 foi inversamente associada à prevalência de RDP em pacientes do sexo feminino, com um odds ratio (OR) de 0,36 (intervalo de confiança [IC] de 95% de 0,17 a 0,75; p = 0,007) na análise dicotômica de RDP versus ausência de RDP. A presença do alelo T no SNP rs17883901 (-129 C/T) no GCLC conferiu risco para RDP na análise politômica (OR de 4,23; IC 95% de 1,38 a 12,93; p=0,01) e conferiu risco para a presença de qualquer grau de RD na análise dicotômica (ARD versus RDNP + RDP; OR de 3,07; IC 95% de 1,22 a 8,95; p=0,02). Não houve associação entre o SNP rs6610650 (gene CYBB) e RD nessa população. CONCLUSÃO: Os SNPs funcionais rs713041 no GPX4 e rs17883901 no GCLC modularam a susceptibilidade a RD na população de pacientes com DM1 estudada / INTRODUCTION: Diabetic retinopathy (DR) is one of the most frequent complications of type 1 diabetes mellitus (T1D). During hyperglycemia, retinal endothelial cells are exposed to high glucose concentrations and are unable to contain their influx. This results in the activation of deleterious intracellular pathways that culminate with the increase of reactive oxygen species (ROS) and neuronal and vascular injury. The pro-inflammatory and prothrombotic state activates pro-oxidant pathways such as NADPH oxidase. The excess of ROS is not adequately buffered by the antioxidant pathways (such as glutathione and thioredoxin pathways) in situations of chronic hyperglycemia, which contributes to perpetuate the damage. OBJECTIVE: To characterize a population of T1D patients regarding DR degree and to analyze the association of this microvascular complication with five single nucleotide polymorphisms (SNP) in genes belonging to pro- and antioxidant pathways. METHODS: Patients followed at the diabetes outpatient clinic of two tertiary hospitals in the state of São Paulo were submitted to digital photos of the eye fundus that included the seven fields standardized in the Early Treatment Diabetic Retinopathy Study (ETDRS) or to binocular indirect ophthalmoscopy; both were evaluated by a single ophthalmologist in each one of the hospitals. SNP genotyping was performed by polymerase chain reaction after reverse transcription with two labeled probes for each reaction. The following SNPs were studied: rs713041 (GPX4 gene), rs17883901 (GCLC gene), rs6610650 (CYBB gene), -675 T/A (CYBA gene) and rs7211 (TXNIP gene). The clinical data were collected by consulting the medical chart or by questionnaire. The polytomous nominal logistic regression model was used, having as reference category the absence of DR (ADR) or the dichotomous nominal logistic regression model was used, having as reference categories the absence of proliferative DR (PDR) or ADR. After Bonferroni correction, a p value <= 0.02 was considered significant. RESULTS: A total of 341 patients (62% female; mean age of 35 [± 11] years-old; diabetes duration of 22 [± 9] years and HbA1c of 8.6% [± 1.6]) was included. The prevalence of PDR was 30%, while 42% of the patients had non-proliferative DR (NPDR). Only SNPs whose distribution of genotypes respected the Hardy-Weinberg equilibrium were analyzed. After adjusting for potential confounding factors, the presence of the T allele at rs713041 (+718 C/T) in GPX4 was inversely associated with the prevalence of PDR in female patients, with an odds ratio (OR) of 0.36 (95% confidence interval [CI] 0.17-0.75; p = 0.007) in the dichotomous analysis of PDR versus absence of PDR. The presence of the T allele at rs17883901 (-129 C/T) in GCLC conferred risk for PDR in the polytomous analysis (OR of 4.23; 95% CI 1.38 to 12.93; p = 0.01) and for any degree of DR in the dichotomous analysis (ADR versus NPDR + PDR; OR of 3.07; 95% CI 1.22-8.95; p = 0.02). There was no association between the SNP rs6610650 (CYBB gene) and DR in this population. CONCLUSION: The functional SNPs rs713041 in GPX4 and rs17883901 in GCLC modulated the susceptibility to DR in the studied population of patients with T1D

Orientadores: Carmen Silvia Passos Lima, Fernando Ferreira Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-19T13:59:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lourenco_GustavoJacob_D.pdf: 4599367 bytes, checksum: 0a02bc7c2e5acd6b81b6cbb948444b69 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Alterações genéticas herdadas, como os polimorfismos gênicos de base única (SNPs) e as variações no número de cópias do DNA (CNVs), foram associadas com o risco de carcinoma de células escamosas (CEC) de base de língua (BL) em poucos estudos. O CEC de BL é um tumor que determina altas taxas de morbidade e mortalidade, no entanto, sua associação com polimorfismos genéticos não está estabelecida. Frente ao exposto, o objetivo deste estudo foi o de avaliar os papéis de SNPs e CNVs no CEC de BL. O DNA genômico foi obtido de amostras de sangue periférico de 49 pacientes com CEC de BL e de 49 controles. Cada amostra foi analisada por meio de lâminas com microarranjos de DNA contendo 500.568 SNPs e 420.000 CNVs (Affymetrix®). A digestão enzimática do DNA, a ligação de adaptadores, a amplificação, a fragmentação, a marcação, a hibridização, as lavagens e a leitura das intensidades dos sinais das sondas foram realizadas de acordo com instruções do fabricante. Os dados obtidos foram analisados utilizando o programa Bioconductor e o algoritmo crlmm. Para os SNPs, as diferenças entre os grupos foram analisadas por meio da regressão logística múltipla. Para as CNVs, os dados obtidos foram analisados por meio do programa Partek®. Regiões de ganhos ou perdas significativas de DNA foram determinadas pelo algoritmo cbs. Os genes de interesse foram escolhidos por meio do programa DAVID. Nós observamos que a frequência de 6.609 SNPs foi distinta entre pacientes com CEC de BL e controles (P< 0,01). Cinquenta e dois SNPs (0,8%) estiveram localizados nas regiões codificantes do DNA, 51 (0,8%) estiveram nas regiões 3' e 5' não traduzidas, 3.461 estiveram em regiões regulatórias de transcrição e 3.045 em íntrons. Os SNPs considerados de interesse estiveram localizados nos genes relacionados ao ciclo celular (ERP29, MCC e PTCH1), à transcrição (IKBKAP e ZNF415) e à adesão celular (COL22A1, LEF1 e LY6K). Nós identificamos regiões do DNA que apresentaram duplicações em genes relacionados com a proliferação celular (ADAM3A, ADAM5P e DDT), apoptose (FAM90A), mecanismo de defesa (DEFB) e metabolismo de carcinógenos (GSTs). Nós também observamos genes deletados relacionados à apoptose (BLC2) e aos receptores do olfato (ORs). Nossos resultados sugerem que SNPs e CNVs em genes relacionados com a origem e a progressão de tumores podem predispor indivíduos ao CEC de BL. No entanto, esses resultados devem ser validados por genotipagens de número maior de indivíduos e por análises funcionais de proteínas codificadas por alelos distintos de genes polimórficos / Abstract: Inherited genetic alterations, such as single nucleotide polymorphisms (SNPs) and copy number variations (CNVs), were described in association with base of tongue (BT) squamous cell carcinoma (SCC) risk in only few reports. BTSCC are tumours with high morbidity and mortality rates; however, the association of SNPs and CNVs and BTSCC risk is still not clarified and, therefore, this was the aim of the present study. DNA was extracted of the peripheral blood samples of 49 BTSCC patients and 49 controls. Each sample was genotyped using DNA high-resolution microarrays containing 500.568 SNPs and 420.000 CNVs (Affymetrix®). Further sample processing, including digestion, adaptor ligation, amplification, fragmentation, labelling, hybridization, washing and scanning was assayed according to the standard protocol. Genotype data were acquired by genotyping calling of samples using the crlmm algorithm provided by Bioconductor software, as per the recommended guidelines. For SNPs, the differences between groups were analysed by the logistic regression model. For CNVs, the patients' and controls' data files were imported into the Partek® Genomic Suite. Common aberration analysis was performed on all samples to identify genomic intervals that had statistically significant aberrations. Significantly different regions were determined using the segmentation algorithm. For SNPs, we observed 6.609 SNPs with distinct frequencies between BTSCC patients and controls (P< 0.01). Fifty two SNPs (0.8%) were located in coding sequence of amino acids, 51 (0.8%) in 3' and 5' untranslated regions, 3.461 (52.4%) in up or downstream regions and 3.045 (46.0%) in introns. The SNPs were clustered to their main function, evidencing those localized in genes related to cell cycle and apoptosis (ERP29, MCC and PTCH1), transcriptional process (IKBKAP and ZNF415) and cell adhesion and metastasis (COL22A1, LEF1 and LY6K). We also identified a consistent number of altered regions including duplicated genes, such as involved in cell proliferation and angiogenesis (ADAM3A, ADAM5P and DDT), apoptosis (FAM90A), defensins proteins (DEFB) and metabolism of carcinogens (GSTs); and deleted genes, such as in olfactory receptors (ORs) and apoptosis (BCL2). Our preliminary results suggest that SNPs and CNVs in genes involved in tumour origin and progression may predispose individuals to BTSCC. However, these results should be confirmed by functional studies of coded proteins and validated by genotyping in larger epidemiological studies / Doutorado / Biologia Estrutural, Celular, Molecular e do Desenvolvimento / Doutor em Fisiopatologia Medica