Made available in DSpace on 2015-04-11T13:55:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Monica Moresco.pdf: 1380196 bytes, checksum: a4c9d499289cc3b851dcc2691af82caf (MD5) Previous issue date: 2012-10-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A epidemiologia da infecção pelo vírus da hepatite B (VHB) demonstra uma distribuição diversificada no mundo, afetando cerca de 2 bilhões de pessoas com alta frequência de infecção crônica. A segurança transfusional depende da avaliação clínico-epidemiológica apropriada de candidatos à doação de sangue e do uso de testes de seleção adequados para excluir e evitar a transmissão de agentes infecciosos tais como o VHB. A ocorrência de infecção oculta pelo VHB em doadores de sangue assintomáticos abriu uma nova lacuna a ser preenchida principalmente em hemocentros de regiões de alta prevalência como na Amazônia brasileira, que são desafiados a buscar estratégias de garantia de estoques considerando o alto impacto do descarte de hemocomponentes anti-HBc reativos. Este estudo buscou analisar nas doações de sangue do interior do estado do Amazonas a presença da infecção oculta pelo vírus da hepatite B em amostras anti-HBc total positivas com ou sem o marcador anti-HBs. A população de estudo foi composta por candidatos à doação de sangue que se apresentaram nas Unidades de Coletas Transfusionais (UCT s) nas regionais de saúde do Baixo Amazonas, Entorno de Manaus, Médio Amazonas, Rio Negro e Solimões e Triângulo, no período de junho/2011 a junho/2012. Foram analisados dois grupos de doadores negativos para HBsAg: os que apresentaram reatividade para anti-HBc com e sem a presença do anti-HBs. Foram utilizados métodos sorológicos qualitativos e quantitativos dos marcadores para a infecção e moleculares para detecção e quantificação da carga viral do DNA-VHB. A prevalência do anti-HBc total reativo no interior do estado do Amazonas entre os doadores de sangue foi de 24,4%. Foram analisadas 179 amostras anti-HBc reativas e HBsAg negativas, destas, 04 foram positivas para o DNA-VHB, caracterizando infecção oculta pelo vírus B com uma prevalência de 2,2%. Das 179 amostras, 03 apresentaram anti-HBs ≥100 mUI/mL, indicando que o marcador protetor mesmo em altos títulos não evidencia a ausência do vírus. Não houve correlação entre os títulos do anti-HBs e anti-HBc com a carga viral encontrada. A maior frequência dos doadores foi do sexo masculino com 90% em ambos os grupos de estudo e não houve relato de exposição aos fatores clássicos de risco para a infecção entre os doadores com DNA-VHB. A evidência da presença de IOB entre os doadores de sangue do interior do Estado do Amazonas abre espaço para discussão das melhores estratégias a serem utilizadas na triagem de doadores de sangue em regiões de alta prevalência e de perfil de transmissão peculiar como o caso da Amazônia. Atualmente, tanto os testes de triagem sorológica, quanto o teste NAT precisam ser redesenhados no intuito de aprimorar as estratégias de controle da transmissão transfusional buscando um algoritimo balanceado entre a rejeição de doadores potenciais, descarte de unidades, razões econômicas e segurança desejada.

Entre outubro de 2009 e dezembro de 2012, foi realizado estudo no Laboratório de Hidrologia Florestal Walter Emmerich (L.H.F.W.E.), para avaliar o potencial hidrológico dos nevoeiros e a precipitação oculta em ambiente de Floresta Ombrófila Densa Montana, na Serra do Mar, em Cunha, a leste do Estado de São Paulo. Os objetivos específicos da pesquisa foram: 1) avaliar o desempenho de coletores de água de nevoeiro; 2) verificar o potencial de coleta de água de nevoeiro no laboratório; 3) analisar o potencial de coleta de água de nevoeiro em três setores da microbacia experimental D; 4) averiguar a distribuição espacial e temporal de ocorrência dos nevoeiros na microbacia D e 5) estimar a contribuição da precipitação oculta na floresta da microbacia D. Para alcançar os três primeiros objetivos foram usados coletores passivos tipo harpa, nas formas cilíndrica e plana. Para estudar a distribuição de nevoeiros, foram feitas observações diárias de três referências visuais situadas a distâncias conhecidas no interior da microbacia D. O método da medição da precipitação efetiva foi empregado para estimar a precipitação oculta na floresta. Sobre a distribuição espacial e temporal da ocorrência de nevoeiros na microbacia D, os resultados mostraram que os episódios de nevoeiro foram mais comuns à tarde, como decorrência da brisa marítima proveniente do Oceano Atlântico. Para 61,3% do tempo, em média, foi observada a presença de nevoeiro em algum setor da microbacia, com a ocorrência dos nevoeiros diminuindo de montante para jusante da área. No que concerne ao desempenho dos equipamentos, a média de coleta diferiu de coletor para coletor, exceto entre o coletor cilíndrico descoberto e o coletor plano, que interceptaram mais água que os coletores cilíndricos cobertos. O coletor plano foi o único a interceptar água em todos os episódios amostrados. Sobre o potencial de coleta de água de nevoeiros no laboratório, concluiu-se que é reduzido e resulta da combinação de três fatores: a grande ocorrência de nevoeiros de radiação, a curta duração dos ix episódios dos nevoeiros orográficos e a baixa intensidade dos ventos na região. No que concerne ao potencial de coleta de água de nevoeiro em três setores da microbacia D, árvores localizadas próximas aos coletores funcionaram como obstáculo à livre circulação dos nevoeiros orográficos, induzindo os coletores a interceptar exíguos volumes de água. Considerando apenas os eventos de nevoeiro sem chuva, a precipitação oculta foi de 2,3 mm, correspondendo a 0,12% da precipitação pluviométrica anual. Para os eventos de chuva com a presença de nevoeiro, a precipitação oculta gerou um total de 5,1 mm de água adicional ao piso da floresta, correspondendo a 0,27% da precipitação pluviométrica. Concluiu-se que a precipitação oculta na floresta não é um processo importante para a entrada de água na microbacia D. / Between October 2009 and December 2012 a study was conducted at the Walter Emmerich Hydrologic Laboratory (LHFWE) to assess the hydrological potential of fog and occult precipitation in the Montane Dense Ombrophilous Forest environment located in the Parque Estadual da Serra do Mar - Núcleo Cunha, east of the State of São Paulo, Brazil. The specific multiple objectives of the research were: 1) evaluate the performance of passive fog collectors, 2) evaluate the potential for collecting fog water in the laboratory, 3) evaluate the potential of collecting fog water in three sectors of experimental catchment \"D\", 4) determine the spatial and temporal distributions of fog occurrence in catchment \"D\", 5) estimate the contribution of occult precipitation in the rainforest in catchment \"D\". To achieve the first three objectives, cylindrical and flat harp collectors were used. To study the spatial and temporal distributions of fog occurrence, we made daily observations of three visual references located at known distances within the catchment. Net precipitation was measured and used to estimate the occult precipitation in the rainforest. Regarding the spatial and temporal distributions of fog occurrence, the results showed that episodes of fog were more common in the afternoon as a result of the sea breeze from the Atlantic Ocean. For 61.3% of the time on average, we observed the presence of fog in some sector of the catchment, with its occurrence decreasing in areas located from upstream to downstream. Concerning the comparison of the performance of the collectors, the average volume of water collected differed from collector to collector, except between cylindrical collector uncovered and flat collector, which captured more water than the cylindrical collectors covered to prevent rainwater input. The flat collector was the only gauge to intercept water in all episodes. The high incidence of fog radiation, the short duration of orographic fog, and the low intensity of winds combined to reduce the potential for harvesting fog water in the laboratory. Regarding the potential for collecting fog water in three sectors of the catchment \"D\", xi trees located next to collectors operated as an obstacle to the free movement of orographic fog inducing gauges to intercept exiguous volumes of water. Considering only fog, but no rain, occult precipitation was 2.3 mm, corresponding to 0.12% of annual rainfall. For rainfall events with the presence of fog, occult precipitation generated a total of 5.1 mm of additional water to the floor of the forest, equivalent to 0.27% of the rainfall. It was therefore concluded that occult precipitation in rainforest did not significantly contribute to water entering catchment \"D\".

In this thesis we study three different stochastic processes describing the brain activity. The first one is a continuous time version of the stochastic chains with memory of variable length. These stochastic chains take values in the set of neurons and assign, at time t, the value of the last neuron which spiked up to time t. Moreover, we assume neurons interact through a phenomena called chemical synapses. Briefly this means that when a neuron spikes, it loses all its membrane potential and at same time changes the membrane potential of the neurons which are influenced by it. Under this approach we proved the positive recurrent of the process and presented a perfect simulation algorithm able to generate a finite sample of the process under its invariant measure. In the second model we continue considering the chemical synapses interaction and add also an interaction through electrical synapses. The last one happens duo to the presence of specific channels which allow the passage of ions along the the membrane of two neurons and, as consequence, we have a sharing of potential between the neurons. Moreover, we consider also the constant lost of potential of the neurons for the environment which push each neuron to a resting state. For this model we study the long-run behaviour of the process with a finite number of neurons, the hydrodynamic limit for the system and investigate the possible invariant distributions for the limiting process. In the last model considered here we study the brain activity measured through EEG data. We investigate the predictive coding principle which says that neural networks are able to learn the statistical regularities inherent in a stimuli and reduce redundancy by removing the predictable components of the input. To test this conjecture we propose procedures to perform statistical model selection on the EEG data in order to retrieve structural features of stochastic sources. This is done through a case study in which the EEG data is recorded under the effect of two different stochastic rhythmic sources produced by two different context tree models. We present a suitable class of stochastic processes, called here as hidden context tree models, to model EEG signals evoked by rhythmic structures. Then, we propose a consistent statistical procedure to perform statistical model selection in this class and in our case study. / Nessa tese estudamos três diferentes processos estocásticos descrevendo a atividade cerebral. O primeiro processo é uma versão a tempo contínuo das cadeias estocásticas com memória de alcance variável. Essas cadeias tomam valores no conjunto dos neurônios e assumem, no instante t, o valor do último neurônio a disparar antes de t. Além disso, assumimos que os neurônios interagem entre si através de fenômenos chamados sinapses químicas. Resumidamente isso significa que quando um neurônio dispara perde todo seu potencial de membrana e, simultaneamente, muda o potencial de membrana dos neurônios que influencia. Para esse processo estocástico provamos a recorrência positiva e apresentamos um algoritmo de simulação perfeita capaz de gerar uma amostra finita cuja distribuição é a medida invariante do processo. Na segunda classe de modelos continuamos considerando as sinapses químicas e adicionamos ainda interação por sinapses elétricas. A última acontece devido a presença de canais específicos entre dois neurônios que permitem a passagem de íons ao longo de suas membranas, como consequência, temos um compartilhamento de potencial entre os neurônios. Além disso, consideramos também a constante perda de potencial dos neurônios para o meio que age empurrando o potencial de cada neurônio a um estado de repouso. Com esses modelos estudamos o comportamento a longo prazo do processo com um número finito de neurônios, o limite hidrodinâmico desse sistema e investigamos a possível distribuição invariante para o processo limite. Na última classe considerada aqui estudamos a atividade cerebral medida através de dados de EEG. Nós investigamos o princípio do código preditivo que afirma que redes neurais são capazes de aprender as regularidades estatísticas inerentes em um estímulo e reduzir a redundância removendo as componentes previsíveis. Para testar essa conjectura, propomos um procedimento para realizar seleção estatística de modelos em dados de EEG afim de recuperar características estruturais de fontes estocásticas. Isso é feito através de um caso de estudo em que dados de EEG são coletados sob o efeito de duas fontes rítmicas estocásticas distintas produzidas por duas árvores de contextos distintas. Nós apresentamos uma classe de modelos adequada, chamada aqui de modelos de árvore de contextos oculta, para modelar sinais de EEG evocados por estruturas rítmicas. Finalmente, propomos um procedimento estatístico consistente para fazer seleção estatística de modelos nessa nova classe assim como no nosso caso de estudo.

INTRODUÇÃO: Os vírus das hepatites B (VHB) e C (VHC) são os principais causadores de hepatopatia crônica em todo mundo. Ambos compartilham vias semelhantes de transmissão. Em pacientes portadores crônicos de VHC com sorologia compatível com infecção pregressa pelo VHB (anti-HBcAg[+] e HBsAg [-]), o VHB DNA residual tem sido detectado por técnicas de biologia molecular altamente sensíveis no soro, em células linfomononucleares de sangue periférico e em hepatócitos (como cccDNA), de forma que o anti-HBcAg tem sido associado a pior prognóstico, tanto histológico quanto terapêutico. OBJETIVOS: Analisar a associação entre infecção pregressa pelo VHB nos portadores crônicos do VHC e o dano histológico hepático, além das características epidemiológicas, clínicas e laboratoriais destes pacientes em região de baixa prevalência para o VHB. MÉTODOS: A prevalência do anti-HBcAg foi avaliada em 574 pacientes portadores crônicos de VHC atendidos durante o ano de 2006 no ambulatório de Hepatites Virais do DMIP-HC FMUSP. Deste grupo, foram selecionados 215 pacientes (98 de 112 com anti-HBcAg[+] e 117 de 462 monoinfectados pelo VHC) para análise comparativa. Ainda, 145 indivíduos foram submetidos à análise estatística multivariada, por metodologia de Regressão Logística sequencial, para identificação de possíveis preditores de fibrose avançada. RESULTADOS: Foram avaliados 98 pacientes com marcadores sorológicos de infecção pregressa pelo VHB. Quarenta e seis indivíduos (47%) possuíam o anti-HBcAg de forma isolada. O principal fator de risco relacionado à infecção viral foi hemotransfusão (31,6%). Contudo, a freqüência de UDI foi maior no grupo com infecção pregressa pelo VHB, em relação aos 117 indivíduos monoinfectados pelo VHC (p<0,05). Não houve diferença estatisticamente significativa quanto ao estadiamento (p=0,40) ou à graduação necroinflamatória histológica (APP, p=0,70) entre esses dois grupos. O tempo de infecção e a taxa de progressão de fibrose também foram semelhantes (p=0,99 e p=0,61, respectivamente). A presença do anti-HBcAg não foi considerada preditora de fibrose hepática avançada (p=0,11), porém identificamos como variáveis independentes o tabagismo acentuado (OR 4,40; IC95%: 1,30-14,87), aumento da ALT (OR 1,01; IC95%: 1,00-1,03), de gamagt (OR 1,01; IC95%: 1,00-1,01) e leucopenia (OR 7,75; IC95%: 2,13-28,23). CONCLUSÃO: A prevalência de infecção pregressa pelo VHB em portadores de infecção crônica pelo VHC foi de 20%, sendo este valor compatível com outros estudos realizados em regiões de endemicidade semelhante. A freqüência do marcador anti-HBcAg isolado foi alta neste grupo, refletindo uma possível supressão da imunidade humoral contra o VHB frente a resposta dirigida ao VHC. A infecção pregressa pelo VHB não parece acentuar ou acelerar o dano histológico hepático no nosso meio. / INTRODUCTION: Hepatitis B (HBV) and C (HCV) virus are the main causers of chronic hepatic disease worldwide. Both viruses share similar transmission routes. In chronic HCV infected patients with serological markers of resolved HBV infection (anti-HBcAg [+] and HBsAg [-]), residual HBV-DNA has been detected through highly sensible techniques in serum, PBMC and hepatocytes (as cccDNA). In fact, anti-HBcAg has been associated with worse prognoses, severe histological liver damage and less sustained virological response to HCV treatment. OBJECTIVE: Assess the relationship between previous HBV infection (anti-HBcAg [+]; HBsAg [-]) in patients with chronic hepatitis C (HCV) and histological damage, considering epidemiological, clinical and laboratorial characteristics of this group in a region of low prevalence for HBV. METHODS: Anti-HBcAg prevalence was evaluated in 574 patients seen during a period of one year in a tertiary center (University of Sao Paulo General Hospital, Sao Paulo, Brazil). Of this group, 215 subjects addressed selection criteria and have been selected for evaluation (98 of 112 carriers of anti-HBcAg and 117 of 462 infected only by HCV). 145 individuals have undergone analysis for identification of predictors of advanced fibrosis through univariate and multivariate stepwise logistic regression. RESULTS: Nineteen-eight subjects with serological markers of previous HBV infection were evaluated. Forty-six (47%) patients had anti-HBcAg in isolated form. The main risk factor for infection was blood transfusion (31,6%). However, the IDU frequency was greater in this group (p<0.05). There was no difference regarding histological staging (fibrosis ranging from 0 to 4, p=0.40) or grading (portal inflammation, p=0.70) compared with subjects infected only by HCV with no markers of HBV infection. The rate of fibrosis progression (in units per year) and the infection length was similar in these two groups (p=0,61 and p=0,99, respectively). Anti-HBcAg was not considered a predictor for advanced fibrosis (p=0.11). However, we identified tobacco smoking (OR 4.40; CI 95%: 1.30-14.87), increased ALT (OR 1.01; CI 95%: 1.00-1.03), increased -gt (OR 1.01; CI 95%: 1.00-1.01) and leucopenia (OR 7.75; CI 95%: 2.13-28.23) as independent variables. CONCLUSION: The prevalence of resolved HBV infection in subjects with chronic hepatitis C was 20%. This result was equivalent to other studies carried out in regions of similar endemicity. The frequency of the isolated anti-HBcAg was higher in this group, reflecting a possible suppression of the humoral immunity against HBV caused by an active immune response directed to HCV. Former and resolved HBV infection does not seem to increase or accelerate histological damage in our geographical area.

O desafio de encontrar corretamente genes eucarioticos codificadores de proteinas nas sequencias genomicas e um problema em aberto. Neste trabalho, implementamos uma plata- forma, com o objetivo de melhorar a forma com que preditores de genes sao implementados e avaliados. Tres novas ferramentas foram implementadas: ToPS (Toolkit of Probabilistic Models of Sequences) foi o primeiro arcabouco orientado a objetos que fornece ferramentas para implementacao, manipulacao, e combinacao de modelos probabilisticos para representar sequencias de simbolos; MYOP (Make Your Own Predictor) e um sistema que tem como objetivo facilitar a construcao de preditores de genes; e SGEval utiliza grafos de splicing para comparar diferente anotacoes com eventos de splicing alternativos. Utilizamos nossas ferramentas para o desenvolvimentos de preditores de genes em onze genomas distintos: A. thaliana, C. elegans, Z. mays, P. falciparum, D. melanogaster, D. rerio, M. musculus, R. norvegicus, O. sativa, G. max e H. sapiens. Com esse desenvolvimento, estabelecemos um protocolo para implementacao de novos preditores. Alem disso, utilizando a nossa plata- forma, desenvolvemos um fluxo de trabalho para predicao de genes no projeto do genoma da cana de acucar, que ja foi utilizado em 109 sequencias de BAC geradas pelo BIOEN (FAPESP Bioenergy Program). / The challenge of correctly identify eukaryotic protein-coding genes in the genomic se- quences is an open problem. In this work, we implemented a plataform with the aim of improving the way that gene predictors are implemented and evaluated. ToPS (Toolkit of Probabilistic Models of Sequence) was the first object-oriented framework that provides tools for implementation, manipulation, and combination of probabilistic models that represent sequences of symbols. MYOP (Make Your Own Predictor) facilitates the construction of gene predictors. SGEval (Splicing Graph Evaluation) uses splicing graphs to compare dif- ferent annotations with alternative splicing events. We used our plataform to develop gene finders in eleven distinct genomes: A. thaliana, C. elegans, Z. mays, P. falciparum, D. me- lanogaster, D. rerio, M. musculus, R. norvegicus, O. sativa, G. max e H. sapiens. With this development, we established a protocol for implementing new gene predictors. In addi- tion, using our platform, we developed a pipeline to find genes in the 109 sugarcane BAC sequences produced by BIOEN (FAPESP Bioenergy Program).

L'infection chronique ou occulte par le virus de l'hépatite B (HBV) est l'un des facteurs de risque les plusimportants pour le développement de carcinome hépatocellulaire viro-induit. Malgré la petite taille dugénome et les contraintes imposées par l'organisation de ce génome, le HBV présente une grandevariabilité génétique qui est le résultat des erreurs générées lors de l’étape de reverse transcription maisaussi, lors des processus de sélection et d’adaptation. Durant l'infection, une relation étroite hôte-viruss'établit. La population virale est caractérisée par la présence de quasi-espèces pouvant influencerl'évolution de la maladie hépatique et favoriser les phénomènes d'échappement. Le but de notre travail aété 1) d'étudier la variabilité virale associée aux infections occultes et l'impact de certaines modificationsde l'AgHBs (sY100C) sur la reconnaissance des tests de détection enzymatiques, et l'impact des mutations(sK122R, sD144E) sur la reconnaissance des anticorps anti-HBs d'un patient 2) de développer un nouveloutil d'amplification de génomes entiers de HBV que nous avons appliqué à l'étude préliminaire de quasiespècesd'un mutant Core. Cet outil d'amplification est plus sensible que les techniques existantes, et ilpermet l'étude des propriétés moléculaires et fonctionnelles des isolats virales. En conclusion, nous avonspu montrer que les processus d'échappement sont complexes, et font intervenir des facteurs du virus et del'hôte. Ce travail contribue à l'amélioration de la compréhension de la biologie de l'infection par le HBV,et illustre la complexité des interactions hôte-virus. / Pas de résumé en anglais / A infecção crônica e a infecção oculta pelo vírus da hepatite B (HBV) representam fatores de riscoconhecidos para o desenvolvimento de carcinoma hepatocelular. Apesar do pequeno tamanho do genomae as restrições impostas pela organização do genoma, o HBV tem uma alta variabilidade genética que é oresultado dos erros gerados durante a etapa de transcrição reversa e também durante o processo de seleçãoe adaptação do vírus. Durante a infecção uma relação de proximidade se estabelece entre o vírus e ohospedeiro. A população viral é caracterizada pela presença de quasispecies que poderiam influenciar aevolução da doença hepática, e também promover a seleção de variantes de escape imunológico. Osobjetivos do nosso estudo foram 1) estudar a variabilidade do HBV associada às infecções ocultas e oimpacto de certas modificações do HBsAg (sY100C) no reconhecimento de testes de detecçãoenzimáticos. Estudar também o impacto das mutações (sK122R, sD144E) sobre o reconhecimento deanticorpos anti-HBs de um paciente, 2) desenvolver um novo método para amplificar o genoma completodo HBV que foi aplicado a um estudo para identificação de quasispecies de um mutante da região do coreviral. Este método de amplificação é mais sensível do que as técnicas existentes e permite o estudo depropriedades moleculares e funcionais dos virus. Em conclusão, mostramos que os processos de escapeviral são complexas e envolvem fatores relacionados tanto com o vírus como com o hospedeiro. Estetrabalho contribui de maneira significativa para a compreensão da biologia da infecção pelo HBV eilustra a complexidade das interações vírus-hospedeiro.

Submitted by Leticia Schettini (leticia@ufrrj.br) on 2016-10-06T11:35:04Z No. of bitstreams: 1 2007 - Rafael Silva Barboza.pdf: 2062893 bytes, checksum: c7d9166e3fe66028a7acdadb02fed002 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-06T11:35:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007 - Rafael Silva Barboza.pdf: 2062893 bytes, checksum: c7d9166e3fe66028a7acdadb02fed002 (MD5) Previous issue date: 2007-06-27 / Instituto Terra de Prote??o Ambiental, ITPA, Brasil. / The air basin is a three-dimensional space that conduct and distribute the winds over the drainage basin. In Rio de Janeiro?s state, 48% of the territory is constituted by Atlantic slope, where were registered 16 air basins with specific environmental features, distributed in 20% of the area. Based on the conformation of morphometrics parameters the air basins were grouped, by Multivariate Analysis - Cluster, with Euclidean distance of 48%, significance level of 95% and correlation coefficient of 0.7132, in 5 groups with similar forms. To evaluate the hydrologic effects within the air basins, it was used as a study case, the air basin of Angra dos Reis, where the magnitude of the interception of clouds was measured in the escape zone from the topographic divide of the Pirai river basin (leeward), in different distance away, with and without natural barriers, during the winter and summer. It was used vertical intercept sampling area equivalent to 0.45% of the forests in the region. The variation of the removal of the topographic divide occurred until 500 m of altitude, this limit may be the end of the escape zone and the beginning of the air basin distribution zone. The effect of air basin represented additional of 44% of the volume of rain in topographic divide (point 1), 39% at 4.5 km (point 2) and 42% at 7.5 km (point 3) of the point 1, in concordant direction of the flow. The effect of the orography in the trajectory of the winds, varied in an irregular way in winter and in summer, maintaining differential of 23% and 77% in point A (obstruction of 85% of the cross section) and 32% and 68% in point B (obstruction of 80% of the cross section). In areas under the influence of air basins, the variables and environmental processes can be crucial to offer environmental services in drainage basins. / A Bacia A?rea ? um espa?o tridimensional que conduz e distribui os ventos sobre as bacias hidrogr?ficas. No Estado do Rio de Janeiro, 48% do territ?rio ? composto pela vertente Atl?ntica, onde foram registradas 16 bacias a?reas com caracter?sticas ambientais espec?ficas, distribu?das em 20% da ?rea. Baseado na conforma??o de par?metros morfom?tricos as bacias a?reas foram agrupadas, atrav?s de An?lise Multivariada ? Cluster, com dist?ncia Euclidiana de 48%, n?vel de signific?ncia de 95% e coeficiente de correla??o de 0,7132 em 5 grupos com formas similares. Para avaliar os efeitos hidrol?gicos dentro das bacias a?reas, utilizou-se como estudo de caso a bacia a?rea de Angra dos Reis, onde a magnitude da vari?vel intercepta??o das nuvens foi medida na zona de escape, a partir do interfl?vio da bacia hidrogr?fica do rio Pirai (sotavento), em dist?ncias de afastamento distintas, com e sem barreiras orogr?ficas, durante o inverno e ver?o. Utilizou-se ?rea amostral de intercepta??o vertical equivalente a 0,45% das florestas da regi?o. A varia??o do afastamento do interfl?vio ocorreu at? desn?vel de 500 m em altitude, podendo ser este limite o fim da zona de escape e in?cio da zona de distribui??o da bacia a?rea. O efeito da bacia a?rea representou adicional de 44% em volume de chuva no interfl?vio (ponto 1), 39% a 4,5 km (ponto 2) e 42% a 7,5 km (ponto 3) do ponto 1 em dire??o concordante ao sentido do fluxo. O efeito da orografia no corredor variou de forma irregular no inverno e no ver?o, mantendo diferencial de 23% e 77% no ponto A (obstru??o de 85% da se??o transversal) e 32% e 68% , no ponto B (obstru??o de 80% da se??o transversal). Em ?reas sob influ?ncia de bacias a?reas, as vari?veis e processos ambientais podem ser determinantes para ofertar servi?os ambientais nas bacias hidrogr?ficas.

O desafio de encontrar corretamente genes eucarioticos codificadores de proteinas nas sequencias genomicas e um problema em aberto. Neste trabalho, implementamos uma plata- forma, com o objetivo de melhorar a forma com que preditores de genes sao implementados e avaliados. Tres novas ferramentas foram implementadas: ToPS (Toolkit of Probabilistic Models of Sequences) foi o primeiro arcabouco orientado a objetos que fornece ferramentas para implementacao, manipulacao, e combinacao de modelos probabilisticos para representar sequencias de simbolos; MYOP (Make Your Own Predictor) e um sistema que tem como objetivo facilitar a construcao de preditores de genes; e SGEval utiliza grafos de splicing para comparar diferente anotacoes com eventos de splicing alternativos. Utilizamos nossas ferramentas para o desenvolvimentos de preditores de genes em onze genomas distintos: A. thaliana, C. elegans, Z. mays, P. falciparum, D. melanogaster, D. rerio, M. musculus, R. norvegicus, O. sativa, G. max e H. sapiens. Com esse desenvolvimento, estabelecemos um protocolo para implementacao de novos preditores. Alem disso, utilizando a nossa plata- forma, desenvolvemos um fluxo de trabalho para predicao de genes no projeto do genoma da cana de acucar, que ja foi utilizado em 109 sequencias de BAC geradas pelo BIOEN (FAPESP Bioenergy Program). / The challenge of correctly identify eukaryotic protein-coding genes in the genomic se- quences is an open problem. In this work, we implemented a plataform with the aim of improving the way that gene predictors are implemented and evaluated. ToPS (Toolkit of Probabilistic Models of Sequence) was the first object-oriented framework that provides tools for implementation, manipulation, and combination of probabilistic models that represent sequences of symbols. MYOP (Make Your Own Predictor) facilitates the construction of gene predictors. SGEval (Splicing Graph Evaluation) uses splicing graphs to compare dif- ferent annotations with alternative splicing events. We used our plataform to develop gene finders in eleven distinct genomes: A. thaliana, C. elegans, Z. mays, P. falciparum, D. me- lanogaster, D. rerio, M. musculus, R. norvegicus, O. sativa, G. max e H. sapiens. With this development, we established a protocol for implementing new gene predictors. In addi- tion, using our platform, we developed a pipeline to find genes in the 109 sugarcane BAC sequences produced by BIOEN (FAPESP Bioenergy Program).

Made available in DSpace on 2010-04-20T20:58:01Z (GMT). No. of bitstreams: 3 GabrielRamirezCoelho09032007.pdf.jpg: 13935 bytes, checksum: 3f3eb512654eb4aab5795e66a64e3ff1 (MD5) GabrielRamirezCoelho09032007.pdf.txt: 55253 bytes, checksum: 70baafb810cc2a579c699206c014fc48 (MD5) GabrielRamirezCoelho09032007.pdf: 311369 bytes, checksum: 4bd2e40af4810a1317ab7434ded20f0e (MD5) Previous issue date: 2007-03-09T00:00:00Z / During the last two decades, the private equity and venture capital industry role in Brazil has significantly increased, with the expansion of resources under management and number of transactions. At the same time, the degree of sophistication of its legal environment and contractual structures has increased to cope with the particularly intense agency problems present due to (i) low liquidity of assets; (ii) the long term nature of contracts; (iii) the potentially huge asymmetry of information between investors and managers. This dissertation explores the presence of restrictions to the venture capital fund managers’ activities; and shows that there is a strong relation between the number of restrictions and the intensity of agency problems, but inconclusive evidence relating the restrictions to demand conditions. / Nas duas últimas décadas, o papel dos setores de private equity e venture capital no Brasil aumentou significativamente, com a expansão do volume de recursos sob gestão e do número de transações. Ao mesmo tempo, a sofisticação do marco legal e das formas de contratação aumentou para que fosse possível lidar com os problemas de agência, que são particularmente intensos devido (i) à baixa liquidez dos ativos em que investe, (ii) à duração do compromisso entre as partes e (iii) à potencialmente elevada assimetria de informação entre elas. Este trabalho explora a presença de restrições às atividades dos gestores de recursos de private equity e venture capital, e mostra que há uma forte correlação entre a quantidade de restrições e a intensidade dos problemas de agência, mas que as evidências quanto à relação entre as restrições e as condições de demanda não são conclusivas.

The Heavy fermion URu2Si2 compound have attracted much interest in the last decades due to its unusual behaviors and still an unsolved problem in Condensed Matter Physics. Specific heat measurements in URu2Si2 compounds show that when the temperature is decreased the system undergoes a phase transition at 17,5K and another phase transition at 1,5K. The phase transition at 1,5K leads the system to a superconducting state. On the other hand, the phase transition at 17,5K leads the system to a unclear order known as Hidden Order. In the last three decades, URu2Si2 the system has been intensively experimental and theoretical investigated, nevertheless, the nature of the hidden order is still unclear. In presence of an external magnetic field Hz, the URu2Si2 system presents a interesting behavior. In particular, there are experimental results for the specific heat showing that above 25T, the specific heat anomaly becomes very sharp and narrow and loses its second-order character.Recentily proposed a theory based in the underscreened Anderson Lattice Model. Such theory has been also used to study a minimal model proposed to describe the hidden order in the URu2Si2 system. In the present work, the effects of an external magnetic field Hz on the specific heat of a minimal model are investigated. The specific heat has been calculated from the second-derivative of the Helmholtz Free-energy with respect to the temperature. For magnetic fields below approximately 28T, the present results show a second order character for the specific heat. However, for magnetic fields above 28T, the specific heat becomes very sharp and narrow indicating that the system reached a region of first-order transition. It is also important to note that these results are, at least, in qualitatively agreement with experimental results. / O composto férmion pesado URu2Si2 tem atraído muito interesse nas últimas décadas devido ao seu comportamento incomun, sendo ainda um problema não resolvido em Física da Matéria Condensada. Medidas de calor específico em compostos URu2Si2 mostram que, quando a temperatura é diminuída, o sistema sofre uma transição de fase a 17,5K e outra transição de fase a 1,5K. A transição de fase a 1,5 K leva o sistema para um estado supercondutor. Por outro lado, a transição de fase a 17,5 K leva o sistema para um estado conhecido como Ordem Oculta. Nas últimas três décadas, o sistema URu2Si2 tem sido intensamente investigado tanto experimental, como teoricamente, no entanto, a natureza da Ordem Oculta ainda não é clara. Na presença de um campo magnético externo Hz, o sistema URu2Si2 apresenta um comportamento interessante. Em particular, existem resultados experimentais para o calor específico, mostrando que, acima de 25T, o pico do calor específico torna-se muito intenso e estreito, perdendo o seu carácter de segunda ordem. Recentemente foi proposta uma teoria baseada no Modelo de Anderson Underscreened . Tal teoria foi também utilizada para estudar um modelo mínimo proposto para descrever a Ordem Oculta no sistema URu2Si2. No presente trabalho, os efeitos de um campo magnético externo, Hz, no calor específico de um modelo mínimo, são investigados. O calor específico foi calculado a partir da derivada segunda da energia livre de Helmholtz em relação à temperatura. Para campos magnéticos abaixo de aproximadamente 28T, os presentes resultados mostram uma característica de segunda ordem para o calor específico. No entanto, para campos magnéticos acima de 28T, o pico do calor específico torna-se muito intenso e estreito, o que indica que o sistema atingiu uma região de transição de primeira ordem. É importante ressaltar que estes resultados estão, pelo menos, qualitativamente de acordo com os resultados experimentais.