L’autorité de la chose jugée, expression de l’exigence de stabilité des décisions juridictionnelles et de la capacité de l’Etat souverain à exercer son pouvoir juridictionnel en tranchant définitivement l’affaire lui étant soumise, est fortement liée à l’enchainement processuel dont elle constitue l’aboutissement naturel. Ces dernières années, en raison de l’influence du droit supranational, la chose jugée subit également un processus d’érosion de son caractère irréfragable. En particulier, alors que le conflit entre chose jugée et décisions de la Cour de justice de l’UE apparait comme « pathologique », les spécificités du système conventionnel de protection des droits de l’homme provoquent un conflit quasi « physiologique » avec la chose jugée de droit interne. La nature particulière de ce dernier type de conflit s’explique non seulement en raison du principe de subsidiarité et de l’épuisement des voies de recours internes qui caractérisent la saisine de la Cour EDH, mais aussi du fait de la nécessité d’une « restitution in integrum » du requérant victime d’une violation conventionnelle qui impose une obligation de réouverture de la procédure interne, en exécution de l’article 46 Conv. EDH. La thèse analyse, sous l’angle comparé du droit italien et français, les notions qui sous-tendent ce conflit, à savoir la valeur de la res iudicata et l’incidence des systèmes européens de protection des droits fondamentaux sur l’ordre processuel interne pour ensuite se pencher sur les modalités concrètes par lesquelles les deux ordres juridiques ont permis le dépassement de l’autorité de la chose jugée pour garantir l’exécution des arrêts de la Cour EDH. Dans le cadre ainsi tracé, la récente entrée en vigueur du Protocole n. 16 à la Conv. EDH, introduisant un mécanisme consultatif devant la Cour EDH, ainsi que les perspectives offertes par le Protocole n. 15 à la Conv. EDH et par la possible adhésion de l’Union au système conventionnel, viennent recentrer le rôle reconnu à la Cour EDH en tant que juridiction régulatrice d’un système européen de protection des droits fondamentaux, et favorisent le dépassement du conflit entre la chose jugée et les décisions européennes en faveur du paradigme du "dialogue" entre les juges. / The effect of res judicata (also known as “a thing adjudged), an expression of the stability requirement of the jurisdictional decisions and the sovereign state’s capacity to exercise its jurisdictional power by making the final judgement on the matter, is a concept strongly connected with the criminal process which constitutes its natural result. In the last few years, as a result of solicitations of supranational origin whose domestic law is subject, res judicata also undergoes a process of erosion of its irrefutable nature. In particular, while the conflict between res judicata and decisions of the Court of Justice of European Union appears to be “pathological”, the specificities of the conventional system of human right protection provoke a virtually “physiological” conflict with the the doctrine of res judicata in domestic law. This is done considering the principle of subsidiarity and the exhaustion of domestic remedies which characterize the appeal to the European Court of Human Rights jointly with the fact that the requirement of the effective "restitutio in integrum" of the applicant victim of a recognized breach of his rights imposes an obligation to reopen the domestic proceedings, according to article 46 ECHR. The thesis analyses under the angle of Italian and French law, the concepts underlying the conflict, especially the value of res judicata and the impact of European systems of protection of fundamental rights on the internal criminal process, secondly, to examine the concrete ways in which the two legal orders have allowed the effect of res judicata to be exceeded in order to guarantee the execution of ECHR judgments. In this context, the recent entry into force of the Protocol n. 16 at EDH, introducing a consultative mechanism before the ECHR, as well as the prospects outlined by the Protocol n. 15 at ECHR and by the possible accession of the European Union to the conventional system, refocus the recognized role of the ECHR as a regulatory jurisdiction of the European protection system for fundamental rights, and promote the overcoming of the conflict between res judicata and European decisions in favor of the "dialogue" between judges.

Si les membres des « Ordres du roi », expression désignant, sous l’Ancien Régime, l’Ordre de Saint Michel créé en 1469 par Louis XI, et l’Ordre du Saint-Esprit créé en 1578 par Henri III, sont connus et précisément recensés, l’histoire de l’art, en l’occurrence l’examen des toiles, gravures ou sculptures produits entre les XVe et XVIIIe siècles, et en particulier des portraits peints et gravés de chevaliers, permet de progresser dans la compréhension de la fonction et du fonctionnement de ces deux institutions. L’invention et le recours aux ordres de chevalerie par des puissances étatiques centralisatrices ne peuvent être dissociés du processus qui vit en Europe, du Moyen Âge à nos jours, l’affirmation et l’ascension progressive de l’individu, sinon de l’individualisme, face à la collectivité, aux corporations, aux « castes » d’un « vieux monde » solidement organisé. Loin de servir cette vaste émancipation, comme on le conçoit a priori, les ordres de chevalerie agissent à son encontre en permettant certes aux chevaliers décorés d’assouvir leur désir de distinction, mais uniquement de façon superficielle – en leur offrant la possibilité de ressembler au roi –, sans conséquence sur l’ordonnancement des affaires de l’État. À partir de l’étude du don du cordon bleu aux fils de France, des insignes accaparés et des signes que l’on prend pour des insignes alors qu’ils n’en sont pas et de l’altération, par accident, par intention ou par incompréhension des motifs visuels des Ordres du roi, il s’agit de démontrer comment ces derniers constituent des outils de neutralisation d’ordre esthétique, par le pouvoir, des ambitions aristocratiques. / If the members of the "Orders of the King", which refer, under the Ancien Régime, to the Order of Saint Michael created in 1469 by Louis XI of France, and the Order of the Holy Spirit created in 1578 by Henry III of France, are well known and precisely identified, history of art, through the examination of canvases, engravings or sculptures produced between the 15th and the 18th centuries, and in particular painted and engraved portraits of knights, paves the way to a better understanding of the Orders in terms of roles and operation. The invention and the use of chivalric orders by a centralized state is intimately linked to the process that led in Europe, from the Middle Ages to present days, to the rise of the individual, if not the rise of individualism itself, in a strong society made up of corporations and “castes”. These orders were not founded to strengthen this dynamics of emancipation, as one could think. Even if the knights were given the right to stand out from the crowd, thanks to insignias that give them the illusion to look like the king, it was only in a superficial way, without affecting the affairs of the state. Our thesis, which consists in demonstrating how the “Orders of the King” were used as a tool of aesthetic neutralization, by the King, of aristocratic ambitions, relies on the study of the Sons of France’s Cordons Bleus – the ribbon from which the Cross of the Holy Spirit was hung was blue –, insignias that are not precisely insignias of the Orders of the King, and the modification by accident, intent or misconception of the Orders of the King’s symbols and representations.

Cette thèse porte sur l’identification de systèmes non linéaires représentables en séries de Volterra, et son application à des systèmes sonores. Les séries de Volterra, qui permettent de représenter une large classe de systèmes non linéaires, correspondent à un développement en série organisé par ordre d'homogénéité par rapport à l’entrée: chaque terme homogène est caractérisé par un noyau convolutif dont l’ensemble fournit une "signature complète" du système représenté. Les travaux présentés reposent sur le développement d’une étape préalable de séparation des termes de la série pour améliorer l’identification des noyaux de Volterra. Par rapport aux méthodes déjà existantes de séparation en ordres homogènes, basées sur des relations d’amplitudes entre signaux tests, l'approche adoptée dans cette thèse consiste à exploiter les relations de phase entre signaux afin d'obtenir une méthode robuste. Cela est tout d’abord obtenu de manière abstraite pour le cas de signaux d’excitations complexes. De cette idée, plusieurs méthodes adaptées au cas des signaux réels sont développées. Ceci amène à définir de nouvelles catégories de signaux pour décrire la sortie d’une série de Volterra, regroupant les contributions selon leurs propriétés de phase. Les méthodes de séparation proposées sont testées et appliquées à une pédale d’effet de guitare. Ensuite, des méthodes d’identification spécifiques aux nouveaux types de signaux sont présentées. Enfin, une méthode d’estimation des paramètres d’une représentation d’état à non-linéarités polynomiales est développée. Celle-ci est appliquée à un haut-parleur électrodynamique, dont les caractéristiques non linéaires sont étudiées. / This thesis addresses the identification of nonlinear systems that can be represented with Volterra series, and its application to audio systems. Volterra series give an input-output representation, approximated to within a given error, of any time-invariant continuous nonlinear system with fading memory. Technically, they correspond to a series expansion sorted by homogeneity order with respect to the input: each homogeneous term is characterized by a convolutive kernel whose set provides a "complete signature" of the modelled system. The works presented are based on the development of a preliminary step that consists in separating the series' terms to improve Volterra kernels' identification. Compared to existing homogeneous order separation methods, which are based on amplitude relationships between test signals, the approach chosen in this thesis is to exploit phase relationships between signals to obtain a robust method. This is first obtained in the theoretical case of complex excitation signals. From this idea, several methods suited to the use of real signals are developed. This leads to define new signals categories that describes the output of a Volterra series, sorting nonlinear contributions according to their phase properties. The proposed separation methods are applied and tested on a guitar pedal effect. Then, specific identification methods for the new types of signals are presented Finally, a method for estimating the parameters of a polynomial nonlinear state-space representation is developed. This is applied to an electrodynamic loudspeaker whose nonlinear characteristics are studied.

Le concile de Troyes qui s'ouvre le 13 janvier 1129, permet de confirmer une initiative née en Orient neuf années auparavant. Des chevaliers avaient alors exprimé la volonté de vivre de façon religieuse, en faisant le triple vœu monastique de pauvreté, de chasteté et d'obéissance, tout en continuant à pratiquer le métier des armes afin de protéger les pèlerins sur les routes de Terre sainte. Reconnus par la papauté à Troyes et dotés d'une règle, les « pauvres chevaliers du Christ et du Temple de Salomon » devenaient le premier ordre religieux-militaire de l'histoire. L'ordre de l'Hôpital, qui existait déjà à Jérusalem et dont la mission consistait à soigner les pauvres malades, se militarisa progressivement au milieu du XIIe siècle, s'inspirant de l'exemple du Temple. Templiers et Hospitaliers ont inspiré par la suite tous les autres ordres militaires. Une tradition historiographique des croisades a longtemps entretenu l'idée de deux ordres ennemis dont les conflits ont provoqué la perte des États latins d'Orient. L'étude de deux siècles de coexistence commune entre Templiers et Hospitaliers en Terre sainte permet d'enterrer cette image et constater combien ces deux ordres religieux-militaires se sont influencés. Elle permet également de rétablir la vérité sur les relations entre les frères des deux ordres. Aux frontières de l'histoire comparée, cette étude suit la trame chronologique des maîtres du Temple et de l'Hôpital, permettant de mettre en relief l'importance des décisions de ces hommes. Des études thématiques sur l'organisation de ces deux ordres, leurs structures, leurs règles, les images qu'ils transmettent et sur leur rôle dans certains grands évènements des États latins d'orient permet de comprendre les liens qui les unissaient, ainsi que la façon dont ils s'influencèrent. On a trop souvent relevé leur rivalité politique, dans un royaume de Jérusalem où l'absence d'un pouvoir royal fort leur a rapidement laissé toute liberté. De la même façon, on a trop souvent oublié le prix que Templiers et Hospitaliers ont payé ensemble sur les champs de bataille de Terre sainte, se comportant comme ce qu'ils étaient : des frères d'armes. / The Council of Troyes, wich opened on January 13, 1129, confirms an initiative born in the East nine years earlier. Knights had then expressed the will to live in a religious way, by making the triple monastic vow of poverty, chastity and obedience, while continuing to practice the profession of arms in order to protect pilgrims on the roads of the Holy Land. Recognized by the papacy in Troyes and endowed with a rule, the « Poor Knights of Christ and of the Temple of Solomon » became the first military order in history. The Order of the Hospital, which already existed in Jerusalem and whose missions was to care for the poor sick, gradually became militarized in the middle of the 12th century, drawing inspiration from the example of the Temple. Templars and Hospitallers subsequently inspired all other military orders. A historiographical tradition of the Crusades has long maintained the idea of two enemy orders whose conflicts caused the loss of the Latin States of the East. The study of two centuries of common coexistence between Templars and Hospitallers in the Holy Land allows us to bury this image and see how much these military orders influenced each other. It aslo helps to restore the truth about the relationship between the brothers of the two orders. At the frontiers of comparative history, this study follows the chronological framework of the masters of the Temple and the Hospital, making it possible to highlight the importance of the decisions of these men. Thematic studies on the organization of these two orders, their structures, their rules, the images that they transmit and their role in some great events of the Latin States of the East make it possible to understand the links wich united them, as well as the how they influenced each other. We have too often noted their political rivalry, in a kingdom of Jerusalem where the absence of a strong royal power quickly gave them complete freedom. In the same way, we have too often forgotten the price that Templars and Hospitallers paid together on the battlefields of the Holy Land, behaving like what they were : brothers in arms.

Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2002-2003 / Quel avenir pour les congrégations religieuses au Québec ? Cette interrogation nous introduit à la problématique de l'évolution sociohistorique des communautés religieuses féminines au Québec particulièrement depuis les années 1960 avec la Révolution tranquille et l'aggiornamento de Vatican II. Une transition majeure s'opère à l'intérieur d'un processus de décomposition et de recomposition d'un ensemble social qui se voit affecté dans sa morphologie, sa structure, sa culture et sa dynamique psychosociale. L'étude d'un cas type permet l'analyse des processus de décomposition et de recomposition de ces groupes, à partir du concept du cycle de vie d'une organisation arrivée au point de crise où le tournant aboutit à un changement de paradigme ou à l'extinction du groupe. Cette dynamique de transition s'avère par ailleurs un lieu de confusion et de déstabilisation propice à la création de nouvelles conditions d'existence, à la refondation d'un institut et au renouvellement de la vie religieuse dans son ensemble. / What future for the religious congregations in Quebec ? Such a question invites us to look into the socio-historical evolution of religious women communities in Quebec, since the 60's, along with the « Révolution tranquille » and the Vatican II aggiornamento. A major transition occurs inside a decomposition recomposition process of a whole society entity affected in its morphology, structure, culture and psychosociological dynamism. A case study allows the analysis of the decomposition recomposition process of those groups based on the organizational life cycle concept of one arrived at a critical point where the issue is a paradigmatic change or the group extinction. This transition dynamics gives rise to a confused and destabilized situation from which could emerge the creation of a new life style, the institute refounding and the whole religious life renewal.

Doctorat en philosophie et lettres / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Au 15ème siècle, saint François de Paule est le créateur d’un Ordre très original, l’austérité de la règle, le quatrième vœu de vie quadragésimale et l’humilité religieuse distinguent nettement ces nouveaux venus des congrégations régulières traditionnelles. Pour le saint Calabrais la réforme est essentielle : elle prend la forme d'un renouveau, un retour aux sources et à la stricte observance à la manière d’autres réguliers de l’époque, versés dans le rigorisme pénitentiel.Le mouvement est organisé en provinces à la mort de saint François de Paule, elles constituent l'aire géographique de l’Ordre par excellence, les réguliers étant indépendants des diocèses. Constituée de quinze couvents, la province d'Aquitaine est l'une des plus étendue de l'Ordre, elle dépasse ainsi largement les frontières traditionnelles du Sud-Ouest. Il s'agit donc de démontrer les spécificités de cet Ordre en France à travers une aire géographique novatrice, la province. Ce cadre est ainsi idéal pour étudier l'Ordre, son organisation, son évolution et son engagement intellectuel. Entre la première fondation en Aquitaine, en 1503 et la Révolution, qui sonne la disparition de l'Ordre en France, les Minimes sont confrontés à de nombreux changements sociaux et intellectuels. Il s'agit ici de définir le cadre provincial et de déterminer la réalité de l'évolution d'un Ordre érémitique vers un Ordre scientifique où des figures se détachent au 17ème siècle, tels Emmanuel Maignan et Charles Plumier.Ce travail répond à la relative méconnaissance de l’Ordre des Minimes en France et plus précisément dans le Sud-Ouest où aucune étude d’ensemble n’a été menée, ni sur les Minimes, ni plus généralement sur les réguliers. / In 15th century, saint François de Paule is the creator of a very original Order, the austerity of the rule, the fourth wish of quadragesimal life and the religious humility distinguish sharply these newcomers of the traditional regular congregations. For François the reform is essential: he takes the shape of a revival, a return to basics and in the strict observance in the style of other regular of period.The movement is organized in provinces in saint François's death, they constitute the geographical area of the Order par excellence, the regular being independent from dioceses. Established by fifteen convents, the province of Aquitaine is one of the most sprea by the Order, it exceeds so widely the traditional borders of the Southwest.It is thus a question of demonstrating specificity of this Order in France through an innovative geographical area, the province. This context is so ideal to study the Order, his organization, its evolution and its intellectual commitment. Between the first foundation in Aquitaine, in 1503 and the Revolution, which sounds the disappearance of the Order in France, the Minims are confronted with numerous social and intellectual changes. It is a question here of defining the provincial context and to determine the reality of the evolution of a monastic Order towards a scientific Order where figures get loose in 17th century, such Emmanuel Maignan and Charles Plumier.This work answers the misunderstanding of the order of the Minims in France and more exactly in the Southwest where no study was led, either on the Minims, or more generally on the regular.

Cette thèse a pour but le développement de certains aspects de la modélisation de la dépendance dans la gestion des risques en dimension plus grande que un. Le premier chapitre est constitué d'une introduction générale. Le deuxième chapitre est constitué d'un article s'intitulant « Estimating Bivariate Tail : a copula based approach », soumis pour publication. Il concerne la construction d'un estimateur de la queue d'une distribution bivariée. La construction de cet estimateur se fonde sur une méthode de dépassement de seuil (Peaks Over Threshold method) et donc sur une version bivariée du Théorème de Pickands-Balkema-de Haan. La modélisation de la dépendance est obtenue via la Upper Tail Dependence Copula. Nous démontrons des propriétés de convergence pour l'estimateur ainsi construit. Le troisième chapitre repose sur un article: « A multivariate extension of Value-at-Risk and Conditional-Tail-Expectation», soumis pour publication. Nous abordons le problème de l'extension de mesures de risque classiques, comme la Value-at-Risk et la Conditional-Tail-Expectation, dans un cadre multidimensionnel en utilisant la fonction de Kendall multivariée. Enfin, dans le quatrième chapitre de la thèse, nous proposons un estimateur des courbes de niveau d'une fonction de répartition bivariée avec une méthode plug-in. Nous démontrons des propriétés de convergence pour les estimateurs ainsi construits. Ce chapitre de la thèse est lui aussi constitué d'un article, s'intitulant « Plug-in estimation of level sets in a non-compact setting with applications in multivariate risk theory», accepté pour publication dans la revue ESAIM:Probability and Statistics. / In this PhD thesis we consider different aspects of dependence modeling with applications in multivariate risk theory. The first chapter is constituted by a general introduction. The second chapter is essentially constituted by the article “Estimating Bivariate Tail: a copula based approach”, actually submitted for publication. It deals with the problem of estimating the tail of a bivariate distribution function. We develop a general extension of the POT (Peaks-Over-Threshold) method, mainly based on a two-dimensional version of the Pickands-Balkema-de Haan Theorem. The dependence structure between the marginals in the upper tails is described by the Upper Tail Dependence Copula. Then we construct a two-dimensional tail estimator and study its asymptotic properties. The third chapter of this thesis is based on the article “A multivariate extension of Value-at-Risk and Conditional-Tail-Expectation” and submitted for publication. We propose a multivariate generalization of risk measures as Value-at-Risk and Conditional-Tail-Expectation and we analyze the behavior of these measures in terms of classical properties of risk measures. We study the behavior of these measures with respect to different risk scenarios and stochastic ordering of marginals risks. Finally in the fourth chapter we introduce a consistent procedure to estimate level sets of an unknown bivariate distribution function, using a plug-in approach in a non-compact setting. Also this chapter is constituted by the article “Plug-in estimation of level sets in a non-compact setting with applications in multivariate risk theory”, accepted for publication in ESAIM: Probability and Statistics journal.

"L’Eglise s’est toujours considérée comme un ordre infra-étatique (l’Eglise dans l’Etat avec ses paroisses et ses diocèses), tout en obéissant aux règles posées par une autorité étrangère à l’Etat, la papauté. De ce fait, l’Eglise est un ordre juridique concurrençant l’Etat, car elle exerce une domination sur le même territoire et les mêmes sujets. Le Gallicanisme se présente comme la synthèse permettant de régler juridiquement ces conflits. Il prône l’indépendance de l’Eglise de France et de l’Etat face à la papauté et suppose l’intervention du Souverain dans les affaires ecclésiastiques. Deux mécanismes juridiques essentiels servent à remplir ces fonctions. D’une part, au moyen des techniques assurant la réception des règles ecclésiastiques dans l’Etat, le Gallicanisme produit un discours technicien ancré dans une doctrine de la souveraineté, pour préserver l’existence d’une « exception française » menacée par les prétentions hégémoniques romaines. D’autre part, inventée pour résoudre les conflits de compétence opposant les autorités étatiques et ecclésiales, la procédure de l’appel comme d’abus subordonne l’Eglise de France à l’Etat par le contrôle juridictionnel de ses actes. Elle désigne l’Etat comme l’instance titulaire d’un pouvoir exclusif de déterminer l’étendue de sa propre compétence et de celle de l’ordre ecclésial. Envisagé sous l’angle des rapports entre ordres juridiques, le Gallicanisme apparaît alors comme une étape incontournable dans la construction intellectuelle de l’Etat moderne, à laquelle il fournit des supports théoriques et techniques". / By the properties that characterize it, Catholic Church is often considered, following the example of the State, as a legal system which takes place inside and outside State. Before the 1905 Act, Gallicanism struggles for independance of the Church of France and the State against papacy, encouraging Sovereign’s interventions in ecclesiastical affairs. Gallicanism can be translated in terms of relations between two legal systems, and the matter of this study is to prove this movement has been a momentum in the intellectual building of Modern State through the reflexion of french jurist from the Ancient Monarchy to the end of the 19th century. Church and State are, by many ways, concurrent systems aiming to dominate the same territory and the same subjects. Gallican thoughts present themselves like an answer to these conflicts. Canonical rules promulgated by the Pope or a Council are not self-executing, and have to be approved by the Sovereign to be Law of the State. Gallicanism build a technical discurse based on State sovereignty to preserve a french particularism against the Roman hegemonic threath. Invented to resolve conflicts of competences between ecclesiastical and State’s authorities, the procedure named « appel comme d’abus » gives exclusive power to the State to determine the extent of its competence. Furthermore this procedure subordinates Church of France to State by the judicial review of its administrative acts.

Durant leur évolution, les génomes accumulent des mutations pouvant affecter d’un nucléotide à plusieurs gènes. Les modifications au niveau du nombre et de l’organisation des gènes dans les génomes sont dues à des mutations globales, telles que les duplications, les pertes et les réarrangements. En comparant les ordres de gènes des génomes, il est possible d’inférer les événements évolutifs les plus fréquents, le contenu en gènes des espèces ancestrales ainsi que les histoires évolutives ayant menées aux ordres observés. Dans cette thèse, nous nous intéressons au développement de nouvelles méthodes algorithmiques, par approche d’alignement, afin d’analyser ces différents aspects de l’évolution des génomes. Nous nous intéressons à la comparaison de deux ou d’un ensemble de génomes reliés par une phylogénie, en tenant compte des mutations globales. Pour commencer, nous étudions la complexité théorique de plusieurs variantes du problème de l’alignement de deux ordres de gènes par duplications et pertes, ainsi que de l’approximabilité de ces problèmes. Nous rappelons ensuite les algorithmes exacts, en temps exponentiel, existants, et développons des heuristiques efficaces. Nous proposons, dans un premier temps, DLAlign, une heuristique quadratique pour le problème d’alignement de deux ordres de gènes par duplications et pertes. Ensuite, nous présentons, OrthoAlign, une extension de DLAlign, qui considère, en plus des duplications et pertes, les réarrangements et les substitutions. Nous abordons également le problème de l’alignement phylogénétique de génomes. Pour commencer, l’heuristique OrthoAlign est adaptée afin de permettre l’inférence de génomes ancestraux au noeuds internes d’un arbre phylogénétique. Nous proposons enfin, MultiOrthoAlign, une heuristique plus robuste, basée sur la médiane, pour l’inférence de génomes ancestraux et d’histoires évolutives d’un ensemble de génomes représentés aux feuilles d’un arbre phylogénétique. / During the evolution process, genomes accumulate mutations that may affect the genome at different levels, ranging from one base to the overall gene content. Global mutations affecting gene content and organization are mainly duplications, losses and rearrangements. By comparing gene orders, it is possible to infer the most frequent events, the gene content in the ancestral genomes and the evolutionary histories of the observed gene orders. In this thesis, we are interested in developing new algorithmic methods based on an alignment approach for comparing two or a set of genomes represented as gene orders and related through a phylogenetic tree, based on global mutations. We study the theoretical complexity and the approximability of different variants of the two gene orders alignment problem by duplications and losses. Then, we present the existing exact exponential time algorithms, and develop efficient heuristics for these problems. First, we developed DLAlign, a quadratic time heuristic for the two gene orders alignment problem by duplications and losses. Then, we developed OrthoAlign, a generalization of DLAlign, accounting for most genome-wide evolutionary events such as duplications, losses, rearrangements and substitutions. We also study the phylogenetic alignment problem. First, we adapt our heuristic OrthoAlign in order to infer ancestral genomes at the internal nodes of a given phylogenetic tree. Finally, we developed MultiOrthoAlign, a more robust heuristic, based on the median problem, for the inference of ancestral genomes and evolutionary histories of extent genomes labeling leaves of a phylogenetic tree.