Hylodidae is composed of 46 species distributed in three genera: Crossodactylus (14 spp), Hylodes (25 spp), and Megaelosia (7 spp). These torrent-frogs are diurnal and associated with riverine habitats throughout the Atlantic Rain Forest. The high degree of habitat specificity observed in this group seems to be associated with an extremely conservative external morphology; however, other sources of evidence have been proved useful to distinguish species. My study was designed to review the status of the current hylodid systematics, performing a total evidence analysis that represents as many species (and populations) as possible; confirm the monophyly of currently valid nominal taxa; investigate the evolutionary history of some morphological characters; and reconstruct biogeographical changes in the distribution of hylodids. My total evidence analysis included morphological (293 characters) and molecular data (four mitochondrial and five nuclear genes) for up to 371 hylodid terminals plus 45 outgroups, and resulted in 713 most parsimonious trees. I recovered Hylodidae and its compounding genera as monophyletic, and recognized 58 lineages within this family. Three synapomorphies were identified for Hylodidae based on vocal sac morphology (external double vocal sac, internal double vocal sac, and opening of the m. interhyoideus through which the diverticulum passes). Analysis of the distribution of hylodids revealed the origin of this frog family in the East Atlantic river basin, with subsequent allopatric speciation in adjacent basins / Hylodidae é composta por 46 espécies distribuídas em três gêneros: Crossodactylus (14 spp), Hylodes (25 spp) e Megaelosia (7 spp). Essas rãs-de-corredeiras são diurnas e associadas à ambientes encachoeiradas ao longo da Mata Atlântica. O alto nível de especificacidade à esses habitats observado nesse grupo parece estar relacionado com a morfologia externa extremamente conservada; entretanto, outras fontes de evidências tem provado ser úteis para distinção de espécies. Meu estudo foi designado para revisar o status atual da sistemática dos hilodídeos através de uma análise de evidência total que representa o máximo de espécies (e populações) possíveis; confirmar o monofiletismo dos taxa válidos atualmente; avaliar a história evolutiva de alguns caracteres; e reconstruir mudanças biogeográficas na distribuição de Hylodidae. Minha análise de evidência total incluiu dados morfológicos (293 caracteres) e moleculares (quatro genes mitocondriais e cinco genes nucleares) para 34371 terminais de hilodídeos mais 45 terminais de grupo externo, resultando em 713 árvores mais parcimoniosas com 32.405 passos. Eu recuperei Hylodidae e todos os seus gêneros como monofiléticos e reconheci 59 linhagens dentro da família. Três sinapomorfias putativas foram identificadas para Hylodidae baseadas na morfologia do saco vocal (saco vocal externo duplo, saco vocal interno duplo e abertura no m. interhyoideus por onde o divertículo passa). Análises da distribuição dos hilodídeos revelaram a origem de Hylodidae na bacia Atlântico Leste com subsequentes especiações alopátricas em bacias subjacentes

O gênero Sphecozone O.P.-Cambridge, 1870 inclui 34 espécies e tem S. rubescens como espécie-tipo. Com exceção do norte-americano S. magnipalpis Millidge 1993, todas as espécies do gênero ocorrem apenas nos Neotrópicos. Miller e Hormiga (2004) propuseram o monofiletismo de Sphecozone, suportado pela perda de paracímbio e crista do radix, e a origem de um átrio, e estabeleceram Tutaibo Chamberlin, 1916 como seu grupo irmão, relacionando-o a Ceratinopsis Emerton, 1882, Dolabritor Millidge, 1991 Intecymbium Miller, 2007 Gonatoraphis Millidge, 1991 e Psilocymbium Millidge, 1991 com base na ausência ou redução de paracímbio, estrutura presente nos palpos dos machos da superfamília Araneoidea. Apesar deste resultado, Miller e Hormiga (2004) e Miller (2007) sugerem que a relação interna e monofilia de Sphecozone é duvidosa, e hipóteses sobre a revalidação de um dos gêneros que foi sinonimizado, como Hypselistoides, Tullgren, 1901 Brattia Simon, 1894, Clitolyna Simon, 1894 e Gymnocymbium Millidge 1991 também são discutidos. Neste contexto, este projeto tem como objetivo testar essas hipóteses. A partir de uma matriz de dados contendo um total de 77 caracteres e 41 táxons terminais (8 do grupo externo, 28 do grupo interno e 5 espécies novas) uma análise através de uma busca heurísticas tradicional resultou em apenas duas árvores mais parcimoniosas com 294 passos (IC=0,30; IR=0,57). As topologias obtidas corroboram as hipóteses de Miller e Hormiga (2004) e Miller (2007), ou seja, Sphecozone, não forma mais um grupo monofilético e possui, agora, apenas duas espécies, S. rubescens, O. Pickard-Cambridge, 1871 e S. nitens Millidge, 1991, suportado pela presença de apófise ventral do címbio, perda do paracímbio e papilas no tégulo, cauda do radix reta, perda do tricobótrio prolateral da tíbia do palpo do macho, forma do epígino fortemente ovalado, e presença do tricobótrio no metatarso IV, tendo como grupo irmão o gênero Tutaibo Chamberlin, 1916. As demais espécies estão distribuídas em outros dois gêneros revalidados: um deles Hypselistoidyes, contendo H. altehabitans (Keyserling, 1886) comb. nov., H. capitatus (Millidge, 1991) comb. nov., H. corniculans (Millidge, 1991) comb. nov., H. cornutus (Millidge, 1991) comb. nov., H. crinitus (Millidge, 1991) comb. nov., H. diversicolor (Keyserling, 1886) comb. nov., H. ignigenus (Keyserling, 1886) comb. nov., H. labiatus (Keyserling, 1886) comb. nov., H. lobatos (Millidge, 1991) comb. nov, H. modestus (Nicolet, 1849) comb. nov., H. modicus (Millidge, 1991) comb. nov., H. nigripes (Millidge, 1991) comb. nov., H. niwinus (Chamberlin, 1916) comb. nov., H. rubicundus (Keyserling, 1886) comb. nov. e uma espécie nova, e outro Clytolina, contendo Clytolina fastibilis (Keyserling, 1886) comb. nov., as espécies C. castânea, (Millidge, 1991) comb. nov., C. novaeteutoniae, (Baert, 1987) comb. nov. e C. spadicaria (Simon, 1894) comb. nov., C. crassa (Millidge, 1991) comb. nov., C. gravis (Millidge, 1991) comb. nov. e C. formosa (Millidge, 1991) comb. nov., C. prativaga (Keyserling, 1886) comb. nov., C. personata (Simon, 1894) comb. nov., C. alticeps (Millidge, 1991) comb. nov., C. rostrata (Millidge, 1991) comb. nov., C. tumidosa (Keyserling, 1886) comb. nov., C. venialis (Keyserling, 1886) comb. nov., C. varia (Millidge, 1991) comb. nov., e duas espécies novas, Clitolyna sp.nov.01 e Clitolyna sp.nov.02. Um gênero novo também será proposto para acomodar as espécies Gen.nov. magnipalpis (Millidge, 1993), Gen.nov. sp.nov.01 e Gen.nov. sp.nov.02 / The genus Sphecozone O. P.-Cambridge, 1870 includes 34 species and has S. rubescens as its type-species. Except for the North American S. magnipalpis Millidge 1993, all species of the genus occur only in the Neotropics. Miller and Hormiga (2004) proposed the monophyly of Sphecozone, supported by the loss of paracymbium and radical ridge, and the origin of an atrium, and established Tutaibo Chamberlin, 1916 as its sister group, relating it to Ceratinopsis Emerton, 1882 Dolabritor Millidge, 1991 Intecymbium Miller, 2007 Gonatoraphis Millidge, 1991 and Psilocymbium Millidge, 1991 based on the absence or reduction of paracymbium, structure present in the palps of males of the superfamily Araneoidea. Despite this result, Miller and Hormiga (2004) and Miller (2007) suggest that the internal relationship and monophyly of Sphecozone is doubtful, and hypotheses about revalidation of one of the genus which was synonymized, as Hypselistoides Tullgren, 1901 Brattia Simon, 1894 , Clitolyna Simon, 1894, Gymnocymbium Millidge 1991 are also discussed. In this context, this project aims to test these hypotesys. From a data matrix containing a total of 77 characters and 41 terminal taxa (8 outgroup, 28 ingroup and 5 new species) an analysis through a traditional heuristic search resulted in only two most parsimonious trees with 294 steps (CI = 0.30, IR = 0.57). The topologies obtained corroborate the hypotheses of Miller and Hormiga (2004) and Miller (2007), that is, Sphecozone no longer forms a monophyletic group and has only two species, S. rubescens O. Pickard-Cambridge, 1871 and S. nitens Millidge, 1991, supported by the presence of ventral cymbal apophysis, loss of paracymbium and papillae in the tegulum, straight tailpeace of the radix, loss of the prolateral trichobotrium of tibia from males palpus, strongly oblong epiginum, and the presence of a metatarsus IV trichobotrium. The other species are distributed in two other revalidated genera: Hypselistoidyes, with H. altehabitans (Keyserling, 1886) comb. nov., H. capitatus (Millidge, 1991) comb. nov., H. corniculans (Millidge, 1991) comb. nov., H. cornutus (Millidge, 1991) comb. Nov., H. crinitus (Millidge, 1991) comb. nov., H. diversicolor (Keyserling, 1886) comb. nov., H. ignigenus (Keyserling, 1886) comb. nov., H. labiatus (Keyserling, 1886) comb. nov., H. lobatus (Millidge, 1991) comb. nov, H. modestus (Nicolet, 1849) comb. nov., H. modicus (Millidge, 1991) comb. nov., H. nigripes (Millidge, 1991) comb. nov., H. niwinus (Chamberlin, 1916) comb. nov., H. rubicundus (Keyserling, 1886) comb. nov. and one new species, and Clitolyna, with C. fastibilis (Keyserling, 1886) comb. nov., C. castanea (Millidge, 1991) comb. nov., C. novaeteutoniae (Baert, 1987) comb. nov. and C. spadicaria (Simon, 1894) comb. Nov., C. crassa (Millidge, 1991) comb. nov., C. gravis (Millidge, 1991) comb. nov. and C. formosa (Millidge, 1991) comb. nov., C. prativaga (Keyserling, 1886) comb. nov., C. personata (Simon, 1894) comb. nov., C. alticeps (Millidge, 1991) comb. nov., C. rostrata (Millidge, 1991) comb. nov., C. tumidosa (Keyserling, 1886) comb. nov., C. venialis (Keyserling, 1886) comb. nov., C. varia (Millidge, 1991) comb. nov., and two new species. A new genus will also be proposed to accommodate Gen.nov magnipalpis (Millidge, 1993), Gen. nov. sp.nov.01 and Gen.nov. sp.nov.02

A subfamília Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) ocorre somente nas Américas e é composta por 12 gêneros e 84 espécies, sendo a grande maioria das espécies de Mydidae pertencentes a essa subfamília. Mydinae é atualmente dividida em quatro tribos: Dolichogastrini, Mydini, Phylomydini e Messiasiini. A monofilia da subfamília, assim como de suas tribos e gêneros, ainda não havia sido testada por análises filogenéticas, o que justifica os objetivos deste trabalho, que são: 1)testar a monofilia da subfamília Mydinae; 2)verificar o relacionamento filogenético dos Mydinae com outras subfamílias de Mydidae; 3)testar a monofilia das tribos, subtribos e gêneros de Mydinae, assim como a monofilia dos grupos de espécies do gênero Mydas; 4)propor uma nova classificação para a subfamília, baseada nos resultados filogenéticos. A partir de dados da morfologia externa de adultos, e também de sequência de DNA do gene COI, dois métodos de análise foram empregados: análises de parcimônia, com pesagem igual dos caracteres, e análises probabilísticas bayesianas. Para cada um dos métodos, foram analisados os dados morfológicos e moleculares separadamente, e também em conjunto. A monofilia de Mydinae, conforme delimitada na classificação vigente, não é corroborada no presente trabalho, em nenhuma das análises. Nas duas análises com dados morfológicos, e na análise bayesiana com dados morfológicos e moleculares, foi recuperado um clado formado por todos os Mydinae (exceto Messiasia wilcoxi) + Paramydas (\'Apiophorinae\'). Dentre as tribos de Mydinae, não foi recuperada a monifilia de Messiassiini e Mydini. Já os gêneros Ceriomydas, Stratiomydas, Phyllomydas e Protomydas foram reconhecidos como mofiléticos. Já os gêneros Baliomydas, Gauromydas, Messiasia e Mydas, não formaram grupos monofiléticos em nenhuma das análises. Neste trabalho, puderam ser testadas as monofilias de quatro dos cinco grupos de espécies de Mydas: clavatus, fulvifrons, interruptus e xanthopterus, sendo o grupo hardyi monotípico. Apenas o grupo interruptus foi recuperado como monofilético, embora seja reconhecido aqui que os caracteres de coloração tradicionalmente utilizados para a separação dos grupos não foram utilizados. A subfamília Apiophorinae, com amostragem de quatro espécies, não foi recuperada como monofilética, com o gênero Eumydas agrupando-se aos Rhopaliinae. A classificação de Mydinae é aqui revisada, porém devido à incerteza razoável quanto ao relacionamento entre alguns grupos, alguns táxons da classificação tradicional foram mantidos, apesar de não serem monofiléticos / The Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) occur only in the Americas and comprise 12 genera and 84 species, of which the vast majority of mydids occurring in Brazil belonging to this subfamily. Mydinae is currently divided into four tribes: Dolichogastrini, Messiasiini, Mydini and Phylomydini. The monophyly of the subfamily, as well as the monophyly of their tribes and genera, had not yet been tested by phylogenetic analysis. Concerning this fact, the objectives of this work are: 1) test the monophyly of the subfamily Mydinae, 2) check the phylogenetic relationship between Mydinae and other subfamilies of Mydidae, 3) test the monophyly of the tribes, subtribes and genera of Mydinae, as well as the monophyly of the species-groups of the genus Mydas; 4) propose a new classification of the subfamily based on phylogenetic results. The data from the external morphology of adults, and also DNA sequence of the COI gene, two methods of analysis were used: parsimony analysis with equal weighting of characters, and Bayesian probabilistic analysis. For each method, morphological and molecular data were analyzed separately and also in combination. The monophyly of Mydinae, as defined in the current classification, is not borne out in the present study. In both analyzes with morphological data, and Bayesian analysis with morphological and molecular data, a clade formed by all Mydinae (except Messiasia wilcoxi) + Paramydas (\'Apiophorinae\') was recovered. Among the tribes of Mydinae, the monophylies of Messiassiini and Mydini were not recovered. The genera Ceriomydas, Stratiomydas, Phyllomydas and Protomydas are recognized as natural groups. In the other hand, the genera Baliomydas, Gauromydas, Messiasia and Mydas did not form monophyletic groups in any of the conducted analyzes. Concerning the Mydas species-groups, only the interruptus group was recovered as monophyletic, although it is recognized here that color based characters traditionally used for separating the groups were not used in the present work. The subfamily Apiophorinae, with four species sampled, was not recovered as monophyletic, with genus Eumydas grouping to Rhopaliinae. The classification of Mydinae is reviewed here, but due to reasonable uncertainty as to the relationships between some groups, some taxa of the traditional classification were kept, although not recognized as monophyletic

Submitted by Johnsson Rodrigo (r.johnsson@gmail.com) on 2013-09-06T03:02:24Z No. of bitstreams: 1 PRISCILA_DEFINITIVO.pdf: 4663589 bytes, checksum: 895f668d6b5c418042e955376b7dfcd2 (MD5) / Approved for entry into archive by Vilma Conceição(vilmagc@ufba.br) on 2013-09-09T14:42:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PRISCILA_DEFINITIVO.pdf: 4663589 bytes, checksum: 895f668d6b5c418042e955376b7dfcd2 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-09T14:42:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PRISCILA_DEFINITIVO.pdf: 4663589 bytes, checksum: 895f668d6b5c418042e955376b7dfcd2 (MD5) / FAPESB, CAPES, CNPq / As drenagens costeiras do Estado da Bahia fazem parte da bacia do Leste do Brasil, uma área com alto grau de endemismo e de grande significado biogeográfico para sua ictiofauna. O conhecimento taxonômico e biogeográfico desta fauna, no entanto, é incipiente, considerando a ausência de inventários taxonômicos abrangentes e de estudos detalhados de taxonomia, filogenia e distribuição da maioria dos táxons. O presente trabalho teve como objetivos principais inventariar a composição da fauna de peixes de água doce de drenagens costeiras do Estado da Bahia, analisar aspectos biogeográficos da ictiofauna destas bacias e descrever algumas espécies novas. As amostragens foram realizadas entre 2004 e 2009 e o material obtido foi identificado até o menor nível taxonômico possível. Além disso, material da coleção ictiológica do Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo, referente às drenagens de interesse, foi analisado. Um total de 164 espécies de peixes de água doce nativas foi listado, sendo um gênero e 18 espécies ainda não descritos, 77 espécies são endêmicas, 27 não se enquadram em descrições existentes e carecem de estudos taxonômicos mais detalhados e 10 encontram-se na lista de peixes ameaçados de extinção. Seis descrições de espécies novas dos gêneros Astyanax (4), Cyphocharax (1) e Hyphessobrycon (1) são aqui apresentadas. A análise biogeográfica foi realizada utilizando o método de Análise de Parcimônia de Endemismo para propor hipóteses de relacionamento entre as drenagens e incluiu 18 rios e 64 espécies de peixes de água doce. Dois diagramas de áreas igualmente parcimoniosos foram obtidos e o diagrama de consenso estrito indica a existência de três agrupamentos de bacias ao longo da costa da Bahia. Estes são aqui denominados grupo Centro-Norte (sete drenagens entre o rio Real e rio de Contas, incluindo estas), grupo Centro-Sul (cinco drenagens entre os rios Cachoeira e Jequitinhonha, incluindo estas) e grupo Extremo-Sul (seis drenagens entre os rios Buranhém e Mucuri, incluindo estas). A análise de algumas filogenias, em conjunto com dados de padrões de distribuição e informações geomorfológicas disponíveis, indica história biogeográfica relativamente complexa para as bacias estudadas. A composição ictiofaunística atual parece ter evoluído após eventos vicariantes e/ou capturas de bacias, que envolveram, especialmente, os complexos hidrográficos do rio São Francisco e de outros rios que compõem a bacia do Leste. / Salvador

A subfamília Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) ocorre somente nas Américas e é composta por 12 gêneros e 84 espécies, sendo a grande maioria das espécies de Mydidae pertencentes a essa subfamília. Mydinae é atualmente dividida em quatro tribos: Dolichogastrini, Mydini, Phylomydini e Messiasiini. A monofilia da subfamília, assim como de suas tribos e gêneros, ainda não havia sido testada por análises filogenéticas, o que justifica os objetivos deste trabalho, que são: 1)testar a monofilia da subfamília Mydinae; 2)verificar o relacionamento filogenético dos Mydinae com outras subfamílias de Mydidae; 3)testar a monofilia das tribos, subtribos e gêneros de Mydinae, assim como a monofilia dos grupos de espécies do gênero Mydas; 4)propor uma nova classificação para a subfamília, baseada nos resultados filogenéticos. A partir de dados da morfologia externa de adultos, e também de sequência de DNA do gene COI, dois métodos de análise foram empregados: análises de parcimônia, com pesagem igual dos caracteres, e análises probabilísticas bayesianas. Para cada um dos métodos, foram analisados os dados morfológicos e moleculares separadamente, e também em conjunto. A monofilia de Mydinae, conforme delimitada na classificação vigente, não é corroborada no presente trabalho, em nenhuma das análises. Nas duas análises com dados morfológicos, e na análise bayesiana com dados morfológicos e moleculares, foi recuperado um clado formado por todos os Mydinae (exceto Messiasia wilcoxi) + Paramydas (\'Apiophorinae\'). Dentre as tribos de Mydinae, não foi recuperada a monifilia de Messiassiini e Mydini. Já os gêneros Ceriomydas, Stratiomydas, Phyllomydas e Protomydas foram reconhecidos como mofiléticos. Já os gêneros Baliomydas, Gauromydas, Messiasia e Mydas, não formaram grupos monofiléticos em nenhuma das análises. Neste trabalho, puderam ser testadas as monofilias de quatro dos cinco grupos de espécies de Mydas: clavatus, fulvifrons, interruptus e xanthopterus, sendo o grupo hardyi monotípico. Apenas o grupo interruptus foi recuperado como monofilético, embora seja reconhecido aqui que os caracteres de coloração tradicionalmente utilizados para a separação dos grupos não foram utilizados. A subfamília Apiophorinae, com amostragem de quatro espécies, não foi recuperada como monofilética, com o gênero Eumydas agrupando-se aos Rhopaliinae. A classificação de Mydinae é aqui revisada, porém devido à incerteza razoável quanto ao relacionamento entre alguns grupos, alguns táxons da classificação tradicional foram mantidos, apesar de não serem monofiléticos / The Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) occur only in the Americas and comprise 12 genera and 84 species, of which the vast majority of mydids occurring in Brazil belonging to this subfamily. Mydinae is currently divided into four tribes: Dolichogastrini, Messiasiini, Mydini and Phylomydini. The monophyly of the subfamily, as well as the monophyly of their tribes and genera, had not yet been tested by phylogenetic analysis. Concerning this fact, the objectives of this work are: 1) test the monophyly of the subfamily Mydinae, 2) check the phylogenetic relationship between Mydinae and other subfamilies of Mydidae, 3) test the monophyly of the tribes, subtribes and genera of Mydinae, as well as the monophyly of the species-groups of the genus Mydas; 4) propose a new classification of the subfamily based on phylogenetic results. The data from the external morphology of adults, and also DNA sequence of the COI gene, two methods of analysis were used: parsimony analysis with equal weighting of characters, and Bayesian probabilistic analysis. For each method, morphological and molecular data were analyzed separately and also in combination. The monophyly of Mydinae, as defined in the current classification, is not borne out in the present study. In both analyzes with morphological data, and Bayesian analysis with morphological and molecular data, a clade formed by all Mydinae (except Messiasia wilcoxi) + Paramydas (\'Apiophorinae\') was recovered. Among the tribes of Mydinae, the monophylies of Messiassiini and Mydini were not recovered. The genera Ceriomydas, Stratiomydas, Phyllomydas and Protomydas are recognized as natural groups. In the other hand, the genera Baliomydas, Gauromydas, Messiasia and Mydas did not form monophyletic groups in any of the conducted analyzes. Concerning the Mydas species-groups, only the interruptus group was recovered as monophyletic, although it is recognized here that color based characters traditionally used for separating the groups were not used in the present work. The subfamily Apiophorinae, with four species sampled, was not recovered as monophyletic, with genus Eumydas grouping to Rhopaliinae. The classification of Mydinae is reviewed here, but due to reasonable uncertainty as to the relationships between some groups, some taxa of the traditional classification were kept, although not recognized as monophyletic

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Os Aulopiformes são peixes marinhos com amplitude temporal do Eocretáceo ao Recente. Os táxons fósseis são encontrados em depósitos sedimentares das Américas do Sul e do Norte, Europa, Ásia e África. Os representantes viventes podem ser encontrados desde águas rasas costeiras, estuários, até profundidades abissais, excedendo 3.000 m. Os limites do grupo, suas intra e inter-relações são objeto de muitos estudos. O objetivo central desta tese é aplicar métodos de Biogeografia Histórica como Panbiogeografia e a Análise de Parcimônia de Endemismos aos peixes Aulopiformes. Adicionalmente, foi realizada a análise filogenética dos Aulopiformes. Como resultado foram obtidos: 21 traços generalizados de Synodontoidei, 28 de Chlorophthalmoidei, 3 de Giganturoidei e 7 de Enchodontoidei. O clado Synodontoidei apresenta um padrão de distribuição primordialmente em águas tropicais e subtropicais, associado à borda de placas tectônicas e ao tipo de substrato. O clado Chlorophthalmoidei apresenta padrões de distribuição associados a cadeias de montanhas submarinas e corais de profundidade. O clado Giganturoidei possui uma distribuição vicariante com a família Giganturidae ocupando águas mais quentes e Bathysauridae as regiões mais frias. O clado Enchodontoidei foi associado a recifes de coral e zonas de ressurgência pretéritos. Adicionalmente, foi analisada uma matriz de dados com 84 táxons e 105 caracteres morfológicos não ordenados e sem pesagem a priori. Como resultado foram obtidas sete árvores igualmente parcimoniosas com 1214 passos, índice de consistência de 0,1129 e índice de retenção de 0,4970. A ordem Aulopiformes não constituiu um grupo monofilético, com as famílias Chlorophthalmidae, Notosudidae, Synodontidae, Paraulopidae, Pseudotrichonotidae e Ipnopidae mais proximamente relacionados ao Myctophidea que aos Alepisauroidei. Assim a partir da combinação dos resultados alcançados conclui-se que a Biogeografia Histórica funcionou como uma ferramenta na identificação dos problemas taxonômicos dos Aulopiformes e a sua análise filogenética permitiu identificar controvérsias sistemáticas, indicando que são necessários maiores estudos sobre a anatomia dos aulopiformes, a fim de esclarecer suas inter-relações. / The Aulopiformes are marine fishes ranging from Early Cretaceous to Recent. Fossil taxa are found in sediments from South and North America, Europe, Asia and Africa. The living forms can be found from shallow coastal estuaries, to the abyssal depths, exceeding 3,000 m. Interrelationships among this group are subject of many studies. The aim of these studies is to apply historical biogeography methods as Panbiogeography and Parsimony Analysis of Endemicity to Aulopiformes fishes. Additionally, were performed a phylogenetic analysis of this taxon. As a result were obtained: 21 generalized tracks from Synodontoidei; 28, Chlorophthalmoidei; 3, Giganturoidei and 7 to Enchodontoidei. Synodontoidei shows a pattern of distribution primarily in tropical and subtropical regions, associated with the edge of tectonic plates and the substrate. Chlorophthalmoidei distributions are linked to chains of seamounts and deep water corals. Giganturoidei is a vicariant, group with Giganturidae occupying warmer waters and Bathysauridae colder regions. Enchodontoidei was associated with coral reefs and upwelling areas on past. Additionally, we analyzed a data matrix with 84 taxa and 105 morphological characters unordered and without a priori weighting. Results obtained with seven equally parsimonious trees with 1214 steps, consistency index of 0.1129 and retention index of 0.4970. The order Aulopiformes did not constitute a monophyletic group, with the families Chlorophthalmidae, Notosudidae, Synodontidae, Paraulopidae, Pseudotrichonotidae and Ipnopidae more closely related to Myctophidea than Alepisauroidei. From the composite of results it is concluded that the Historical Biogeography functioned as a tool to identifying taxonomic problems and its phylogenetic analysis recognized systematics disagreements, showing that more studies are required on Aulopiformess anatomy in order to clarify their interrelationships.

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Os Aulopiformes são peixes marinhos com amplitude temporal do Eocretáceo ao Recente. Os táxons fósseis são encontrados em depósitos sedimentares das Américas do Sul e do Norte, Europa, Ásia e África. Os representantes viventes podem ser encontrados desde águas rasas costeiras, estuários, até profundidades abissais, excedendo 3.000 m. Os limites do grupo, suas intra e inter-relações são objeto de muitos estudos. O objetivo central desta tese é aplicar métodos de Biogeografia Histórica como Panbiogeografia e a Análise de Parcimônia de Endemismos aos peixes Aulopiformes. Adicionalmente, foi realizada a análise filogenética dos Aulopiformes. Como resultado foram obtidos: 21 traços generalizados de Synodontoidei, 28 de Chlorophthalmoidei, 3 de Giganturoidei e 7 de Enchodontoidei. O clado Synodontoidei apresenta um padrão de distribuição primordialmente em águas tropicais e subtropicais, associado à borda de placas tectônicas e ao tipo de substrato. O clado Chlorophthalmoidei apresenta padrões de distribuição associados a cadeias de montanhas submarinas e corais de profundidade. O clado Giganturoidei possui uma distribuição vicariante com a família Giganturidae ocupando águas mais quentes e Bathysauridae as regiões mais frias. O clado Enchodontoidei foi associado a recifes de coral e zonas de ressurgência pretéritos. Adicionalmente, foi analisada uma matriz de dados com 84 táxons e 105 caracteres morfológicos não ordenados e sem pesagem a priori. Como resultado foram obtidas sete árvores igualmente parcimoniosas com 1214 passos, índice de consistência de 0,1129 e índice de retenção de 0,4970. A ordem Aulopiformes não constituiu um grupo monofilético, com as famílias Chlorophthalmidae, Notosudidae, Synodontidae, Paraulopidae, Pseudotrichonotidae e Ipnopidae mais proximamente relacionados ao Myctophidea que aos Alepisauroidei. Assim a partir da combinação dos resultados alcançados conclui-se que a Biogeografia Histórica funcionou como uma ferramenta na identificação dos problemas taxonômicos dos Aulopiformes e a sua análise filogenética permitiu identificar controvérsias sistemáticas, indicando que são necessários maiores estudos sobre a anatomia dos aulopiformes, a fim de esclarecer suas inter-relações. / The Aulopiformes are marine fishes ranging from Early Cretaceous to Recent. Fossil taxa are found in sediments from South and North America, Europe, Asia and Africa. The living forms can be found from shallow coastal estuaries, to the abyssal depths, exceeding 3,000 m. Interrelationships among this group are subject of many studies. The aim of these studies is to apply historical biogeography methods as Panbiogeography and Parsimony Analysis of Endemicity to Aulopiformes fishes. Additionally, were performed a phylogenetic analysis of this taxon. As a result were obtained: 21 generalized tracks from Synodontoidei; 28, Chlorophthalmoidei; 3, Giganturoidei and 7 to Enchodontoidei. Synodontoidei shows a pattern of distribution primarily in tropical and subtropical regions, associated with the edge of tectonic plates and the substrate. Chlorophthalmoidei distributions are linked to chains of seamounts and deep water corals. Giganturoidei is a vicariant, group with Giganturidae occupying warmer waters and Bathysauridae colder regions. Enchodontoidei was associated with coral reefs and upwelling areas on past. Additionally, we analyzed a data matrix with 84 taxa and 105 morphological characters unordered and without a priori weighting. Results obtained with seven equally parsimonious trees with 1214 steps, consistency index of 0.1129 and retention index of 0.4970. The order Aulopiformes did not constitute a monophyletic group, with the families Chlorophthalmidae, Notosudidae, Synodontidae, Paraulopidae, Pseudotrichonotidae and Ipnopidae more closely related to Myctophidea than Alepisauroidei. From the composite of results it is concluded that the Historical Biogeography functioned as a tool to identifying taxonomic problems and its phylogenetic analysis recognized systematics disagreements, showing that more studies are required on Aulopiformess anatomy in order to clarify their interrelationships.

Área de endemismo ou elemento biótico é uma região geográfica que apresenta congruência distribucional entre táxons. Não há um padrão aceito universalmente para delimitação de áreas de endemismo e, portanto, várias metodologias são usadas para sua identificação. Nesta dissertação, propomos uma comparação integrada de alguns métodos de análises de endemismo, com base em dados de distribuição hipotéticos e reais. Desta forma, este estudo tem como objetivos: (1) comparar a Análise de Parcimônia de endemicidade (PAE), a Análise de endemicidade (EA) e um novo método de codificação que propomos a Análise de Distribuições de Três-Itens (3ID), avaliando sua performance com base na capacidade de identificar padrões hipotéticos predefinidos de áreas de endemismo, representando áreas não conflitantes, aninhadas e sobrepostas; (2) analisar os padrões de distribuição de 214 espécies de hidrozoários bentônicos, pelágicos e benthopelágicos não-sifonóforos do Oceano Atlântico Sul Ocidental (OASO), usando três métodos biogeográficos para testar hipóteses anteriores de regionalização biogeográfica e avaliar o performance da PAE, a EA e a 3ID com conjuntos de dados reais. No capítulo 2, intitulado “Comparison of analysis of endemism procedures based on hypothetical distributions”, nós comparamos a PAE, EA e 3ID e encontramos que a 3ID tem o maior percentual de sucesso na recuperação de áreas de endemismo predefinidas. Adicionalmente, a EA é o único método capaz de recuperar padrões sobrepostos, porém também encontra padrões espúrios. Nós sugerimos, portanto, que a melhor opção para identificação de áreas de endemismo é o uso de 3ID e EA em conjunto. No capítulo 3, intitulado “Biogeographic patterns of benthic and planktonic hydrozoans from the southwestern Atlantic Ocean”, nós utilizamos dados distribucionais de 214 espécies de hidrozoários bentônicos, pelágicos e bentopelágicos não-sifonóforos do OASO (20°-60°S, 33°-75°W), os quais foram organizados em diferentes matrizes (concatenada, bentônica, pelágica, e bentopelágica) de acordo com as diferentes estratégias de ciclo de vida em Hydrozoa. Todas as matrizes foram analisadas por meio da PAE, EA e 3ID. Os resultados mostram três padrões biogeográficos gerais: (1) Tropical (2) Temperado-Quente, e (3) Temperado-Frio. Os padrões obtidos variam de acordo com o tipo de ciclo de vida em Hydrozoa, demonstrando a importância de analisar-se separadamente conjuntos de dados de espécies com diferentes estratégias de reprodução. Cada método teve um desempenho diferente e, portanto, concluímos que o uso de 3ID e EA em conjunto é a melhor opção para inferir padrões biogeográficos marinhos / Areas of endemism or biotic elements comprise regions delimited by more than one taxon with coincident patterns of distribution. There is not an accepted universal protocol for delimitation of areas of endemism, and therefore, they are identified by several different methods. In this study, we propose an integrative comparison of different methods for identification of areas of endemism based on data of hypothetical and real distributions. Therefore, the general aims of this study are: (1) to compare the Parsimony Analysis of Endemicity (PAE), the Endemicity Analysis (EA) and a new coding method that we propose, the Three-Item Analysis of Distributions (3ID) to contrast their performance based on their ability to identify hypothetical predefined areas of endemism representing non-conflicting, nested and overlapping patterns; (2) to analyze the patterns of distribution of benthic, pelagic and benthopelagic non-siphonophore hydrozoans of the Southwestern Atlantic Ocean (SWAO), to test previous biogeographic hypotheses of regionalization for the area and to evaluate the performance of the endemicity methods based on real datasets. In chapter 2, entitled “Comparison of analysis of endemism procedures based on hypothetical distributions”, we compared the performance of PAE, EA and 3ID, and we found that 3ID has the greatest percentage of success in retrieving predefined areas of endemism. EA is the only method that recovers overlapping patterns, but it can also find spurious patterns. We recommend the use of 3ID together with EA as the best available option for hypothesizing areas of endemism. In chapter 3, entitled “Biogeographic patterns of benthic and planktonic hydrozoans from the southwestern Atlantic Ocean”, we used the distribution 214 hydrozoan species from the SWAO (20°-60°S, 33°-75°W), which were organized in different data matrices (concatenated, benthic, pelagic, and benthopelagic) according to the different life cycle strategies in Hydrozoa. All matrices were analyzed through PAE, EA and 3ID. The resulting areas showed three broad biogeographic patterns: (1) Tropical, (2) Warm-Temperate and (3) Cold-Temperate. The output patterns varied according to the life cycle of hydrozoan species, demonstrating the importance in analyzing separately data of species with different strategies of life cycle. Each method performed differently, and we concluded that the use of 3ID and EA together is the best approach to infer strong biogeographic patterns for the marine realm

Made available in DSpace on 2015-04-17T14:55:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 6612338 bytes, checksum: 944e87b47204fb137759922d590127af (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Atlantic Forest is one of the richest regions of the world, both in species diversity, as in endemism. Due to this and to the degree of devastation, a few years ago, this biome was considered one of the 25 worldwide biodiversity hotspots. However, the historical relationships between different sectors of the Atlantic Forest are poorly understood. A critical step in that knowledge is the delimitation of the areas of endemism, which are basic units for biogeographic analyzes. Studies performed in this subject have advanced enough, both south and southeastern Atlantic Forest, by using the distribution patterns of harvestmen which occur into this region, nevertheless, a gap remains regarding to the northeastern Atlantic Forest. Therefore, this study aims to delimit the areas of endemism in Atlantic Forest north São Francisco river, by using Opiliones species distributions, also comparing the obtained results by different methodologies and finally evaluating the influence of the size of the cells on the results. In total, we used 1581 occurrences of 224 species, and of these, 18 are not yet described. The occurrences were obtained of field collecting, literature and museums. We used three numeric methods to search for areas of endemism that work using the occurrence of species in a set of cells on a grid: Endemicity Analysis (NDM), Parsimony Analysis of Endemicity (PAE) and Biotic Element Analysis (BEA). For the three methods were applied three grids: a less detailed grid (2° X 2°), a intermediated grid (1° X 1°) and one more detailed grid (with 0,5° X 0,5° cells). Afterwards, the areas of endemism were delimited by applying on the results of the numeric analyzes a protocol based on a number of combined criteria derived from areas of endemic concepts described in the literature. Altogether, thirteen endemism areas were delimited for Atlantic Forest, and, three of these correspond to the northeastern Atlantic Forest: Area of Endemism Bahia (BA), Area of Endemism Brejos Cearenses (BCE) and Area of Endemism Pernambuco (PE). The results from NDM and PAE were similar, whereas BEA results were entirely different and arbitrary. The size of cells had influences in the analysis, both on the number of areas found, as the number of cells included in each area. The largest amount of data used, turned limited areas into more robust, especially those of the northeastern Atlantic Forest, if compared to previous work. These areas, as well as those from south and southeastern Atlantic Forest probably correspond to areas of Pleistocene forest refuge, when the entire Atlantic Forest experienced cycles of expansion and contraction. These oscillations are associated with the cycles of glaciation and warming that occurred during the Quaternary, where, the expansion of northeastern Atlantic Forest boundaries probably led it to a contact with the Amazon Rainforest. Other likely causes were marine transgressions or tectonism, in this case, applied to the region of Baía de Todos os Santos. / A Mata Atlântica é uma das regiões mais ricas do mundo, tanto em diversidade de espécies quanto em endemismo. Devido a isso e ao grau de devastação desse bioma, há alguns anos ela foi enquadrada como um dos 25 hotspots mundias de biodiversidade. Entretanto, as relações históricas entre os diferentes setores da Mata Atlântica são pouco conhecido. Uma etapa fundamental é a delimitação das áreas de endemismo, que são unidades básicas para análises biogeográficas. Os estudos nessa área avançaram bastante na Mata Atlântica do sul e sudeste com o uso das distribuições dos opiliões que ocorrem nessa região, entretanto, permanece uma lacuna com relação à Mata Atlântica nordestina. Diante disso, o objetivo do presente estudo foi delimitar as áreas de endemismo da Mata Atlântica localizada ao norte do rio São Francisco, utilizando as distribuições de espécies de Opiliones, além de comparar os resultados obtidos pelas diferentes metodologias utilizadas e avaliar a influência do tamanho das células sobre os resultados. Ao todo, foram utilizadas 1581 ocorrências de 224 espécies, sendo que, dessas, 18 ainda não estão descritas. As ocorrências foram obtidas por coletas, revisão de literatura e visita a museus. Foram utilizados três métodos numéricos para busca de áreas de endemismo que trabalham usando a ocorrência das espécies num conjunto de células de uma grade: a Análise de Endemicidade (NDM), a Análise de Parcimônia de Endemicidade (PAE) e a Análise de Elementos Bióticos (BEA). Para os três métodos foram aplicados três grades: uma grade menos detalhada (2° X 2°), uma grade intermediária (1° X 1°) e uma grade mais detalhada (com células de 0,5° X 0,5°). Em seguida, as áreas de endemismo foram delimitadas aplicando, sobre os resultados das análises numéricas, um protocolo baseado numa série de critérios combinados que, por sua vez, derivam de conceitos de áreas de endemismo descritos na literatura. Ao todo, foram delimitadas treze áreas de endemismo para a Mata Atlântica, sendo que, dessas, três correspondem à Mata Atlântica nordestina: a Área de Endemismo Bahia (BA), a Área de Endemismo Brejos Cearenses (BCE) e a Área de Endemismo Pernambuco (PE). Os resultados obtidos pela NDM e pela PAE foram similares, enquanto que a BEA apresentou resultados completamente diferentes e arbitrários. O tamanho das células utilizadas teve influência nas análises, tanto na quantidade de áreas encontradas, quanto na quantidade de células incluída em cada área. A maior quantidade de dados utilizada tornou áreas delimitadas mais robustas, sobretudo aquelas da Mata Atlântica nordestina, quando comparada a trabalhos anteriores. Essas áreas, assim como aquelas da Mata Atlântica sul e sudeste, provavelmente correspondem às áreas de refúgios florestais pleistocênicos, quando a Mata Atlântica inteira experimentou ciclos de expansão e retração. Essas oscilações estão associadas aos ciclos de glaciação e aquecimento que ocorreram durante o Quaternário, sendo que, na Mata Atlântica nordestina, a expansão de seus limites provavelmente ocasionou um contato com a Floresta Amazônica. Outras causas prováveis foram às transgressões marinhas ou tectonismo, no caso, aplicados a região da Baía de Todos os Santos.

Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-01-08T16:35:29Z No. of bitstreams: 1 eduardotoledoamorim.pdf: 7085942 bytes, checksum: 0064c64ba9943c302c39ab2df413436b (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: Favor corrigir Co-orientador: Neto, Luiz Menini on 2018-01-23T11:08:07Z (GMT) / Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-01-23T12:54:03Z No. of bitstreams: 1 eduardotoledoamorim.pdf: 7085942 bytes, checksum: 0064c64ba9943c302c39ab2df413436b (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-01-24T13:27:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 eduardotoledoamorim.pdf: 7085942 bytes, checksum: 0064c64ba9943c302c39ab2df413436b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-24T13:27:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 eduardotoledoamorim.pdf: 7085942 bytes, checksum: 0064c64ba9943c302c39ab2df413436b (MD5) Previous issue date: 2017-08-16 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Bryophyta (musgos) compõem a segunda divisão mais diversa de plantas terrestres, com aproximadamente 13.000 espécies. Vários trabalhos foram realizados com o intuito de compilar o conhecimento da flora de briófitas para o Brasil, apontando os estados com o maior número de espécies e evidenciando as carências de amostragem para o país. Entretanto, ainda não se sabe de forma mais precisa, quais as lacunas no conhecimento dos musgos no Brasil. Um dos temas principais na biogeografia é compreender o motivo de espécies apresentarem ampla distribuição ou endemismo. Endemismo, objeto deste estudo, está relacionado à ocorrência restrita de um táxon, por terem se originado neste local e não terem se dispersado, ou porque ficaram restritos à área, em relação a sua distribuição anterior. Atualmente, destacam-se duas hipóteses alopátricas mais próximas para modelos de diversificação: Hipótese de Refúgio no Pleistoceno e de Isolamento em Montanhas. No Brasil, as áreas são protegidas através das Unidades de Conservação (UCs), as quais, de modo geral, são abrigadas para que se minimizem as ações antrópicas, tornando-as habitats excelentes para a colonização de briófitas. O presente trabalho teve por objetivo geral realizar um estudo sobre a distribuição de musgos para o Brasil, identificando a riqueza e o endemismo no país e apresentando uma abordagem conservacionista para as espécies Foi realizado um levantamento dos dados para as ocorrências de musgos, através de diferentes bancos de dados on-line e bibliografia. Posteriormente, esses dados foram refinados quanto à identificação em nível específico, à validade taxonômica e às coordenadas geográficas. Em seguida, foram marcados os pontos dos registros no mapa e, elaborado o gradeamento por quadrículas de 1° x 1°. A partir daí, foram realizadas as análises de riqueza, riqueza estimada, número de registros e a Análise de Parcimônia de Endemismos (PAE). Foi utilizada a ferramenta de modelagem preditiva de distribuição de espécies para identificar as áreas de maior adequabilidade para espécies endêmicas do Brasil e para elaborar um mapa de áreas de concentração de endemismo dessas espécies no país. No total, foram levantados 26.691 registros, representando 868 espécies de musgos. Foram estabelecidas 394 quadrículas, tendo o número de espécies por quadrícula variado de 1 a 235. A Floresta Atlântica apresentou maior riqueza, tanto pelas condições que fornece ao estabelecimento dos musgos, quanto à maior intensidade amostral no Domínio. A PAE resultou em apenas uma área de endemismo localizada no centro do Estado da Bahia, no Domínio Fitogeográfico da Caatinga, na região do Parque Nacional da Chapada Diamantina. As quadrículas propostas como áreas potenciais de endemismo foram encontradas em seis áreas, dispersas no Cerrado e na Floresta Atlântica. As áreas de endemismo de musgos são, em sua maioria, áreas de montanhas, que corroboram as principais hipóteses de especiação dos organismos. Dentre as UCs, 218 apresentaram áreas com adequabilidade ambiental para a presença da espécie, das quais, 68 estão inseridas nas categorias de Uso Sustentável e 150 na categoria de Proteção Integral, demonstrando a importância das UCs para a brioflora na Floresta Atlântica. / Bryophyta (mosses) are the second most diverse division of terrestrial plants, with about 13.000 species. In order to compile the knowledge of the bryophyte flora for Brazil, a range of studies were developed showing the States with the largest number of species and evidencing the lack of sampling for the country. However, the deficiency in the knowledge of mosses in Brazil is not yet known precisely. One of the main themes in biogeography is to understand why species are widely distributed or endemic. Endemism is related to the restricted occurrence of, because they originated in this place and did not disperse, or because they were confined to the area, in relation to its previous distribution. Two allopatric hypotheses are most relevant for diversification models: Pleistocene Refuge and Montane Isolate Hypothesis. In Brazil, the preserved areas are protected through Conservation Units (UCs), which have low degradation traits, making it an excellent habitat for the colonization of bryophytes. Thus, the main aims of this work were to study the distribution of mosses in Brazil, identifying the richness and endemism in the country and to present a conservationist approach to mosses species. Firstly, in order to compile information on the occurrence of mosses, we did a survey of the data through different online databases and bibliography. Subsequently, we refined these data regarding the identification at the specific level, the taxonomic validity and the geographic coordinate. Then, we marked the points of the records on the map, and we elaborated the grids by squares of 1° x 1°. Therefore, we performed analyzes of richness, estimated richness, number of records and the Parsimony Analysis of Endemicity (PAE). We used the species distribution predictive modelling to corroborate the existence of areas of endemism in Brazil and to elaborate a map of endemism clustering areas. Of the total, we collected 868 species of mosses from 26.691 records. From this information, we filled a number of 394 squares, having the number of species per grid ranging from 1 to 235. The Atlantic Forest presented greater richness, both by the conditions that it provides to the establishment of moss, and the greater sampling intensity in the Domain. The PAE resulted in only one area of endemism, located in the center of the State of Bahia, in the Phytogeographical Domain of the Caatinga, in the region of the Parque Nacional da Chapada Diamantina. The grids proposed as potential areas of endemism were found in six areas, scattered in the Cerrado and in the Atlantic Forest. The areas of endemism of mosses are mostly areas of mountains, which corroborate the main hypotheses of speciation of the organisms. In the UCs, 218 showed areas with environmental suitability for the presence of the species, whereupon 68 are inserted in the categories of Sustainable use and 150 in the category of integral protection, demonstrating the importance of the UCs for the bryoflora in the Atlantic Forest.