Au sein des populations naturelles d'êtres vivants circulent une diversité de parasites, qu'il s'agisse de plusieurs espèces, souches ou plus généralement types. Si certains modèles d'épidémiologie évolutive intègrent déjà le polymorphisme des parasites, rares sont ceux pour lesquels la dynamique épidémiologique dépend de la croissance intra-hôte et des interactions que les parasites entretiennent lorsqu’ils infectent le même hôte. Les complexité combinatoire et dynamique explique pourquoi il n'y a pour l'heure pas de prédiction générale de l'évolution de la virulence dans de tels contextes d'infections multiples. À la recherche d'une tendance générale d'évolution de la virulence, nous modélisons chaque niveau de dynamique sur lequel l'évolution des parasites repose. En particulier, nous étudions explicitement les interactions et l'issue de la compétition au sein des hôtes, les dynamiques épidémiologique et enfin adaptative. Sur l'exemple des infections chroniques causées par des micro-parasites transmis horizontalement, nous employons les approches propres aux systèmes dynamiques et aux probabilités pour emboîter cette suite de dynamiques afin d'en explorer les conséquences évolutives. Nous définissions notamment le concept de patron d'infection, à savoir l'ensemble des issues intra-hôte associées à chaque configuration d'inoculation et décrivons cinq patrons jusqu'ici non décrits, lesquels échappent à la dichotomie classique entre super- et coinfection. Cette typologie nous permet par la suite d'envisager l'évolution de la virulence dans un cadre général. Nous observons en particulier une inéluctable mais bornée croissance évolutive de la virulence. / Natural populations of living beings are exposed to a diversity of parasites, be they several species, strains or more generally types. While some evolutionary epidemiology models already incorporate parasite polymorphism, few make the connection between between-host dynamics and within-host parasite growth. As parasite polymorphism can even occur within the same host, distinct parasite types can interact in various ways and thus interfere with their transmission and therefore their evolution. The combinatorial and dynamical complexity explains why we still lack general predictions regarding the evolution of virulence in such multiple infection contexts. Seeking for a general trend in virulence evolution, we model each dynamical level on which parasite evolution relies. In particular, we explicitly investigate the within-host interactions and competition outcomes, the epidemiological and adaptive dynamics. Focusing on chronic infections caused by horizontally-transmitted microparasites, we apply both dynamical systems and probabilistic approaches to this nested sequence of dynamics to explore the evolutionary outcomes. We notably define the concept of infection pattern, that is the set of within-host outcomes of all inoculation challenges and identify five yet undescribed patterns that escape from the classical super/coinfection dichotomy. This typology then allows us to address virulence evolution under a general framework. We in particular observe an unavoidable but bounded evolutionary increase in virulence.

Les travaux effectués au cours de cette thèse et présentés dans ce manuscrit consistent en l'utilisation de micro-patrons adhésifs pour l'étude de l'organisation spatiale des organites intracellulaires. Nous avions comme modèle de travail la compartimentation et la polarisation des cellules au sein des tissus. Dans cette situation, les cellules n'adhèrent pas de façon homogène et isotrope à leur environnement. Au contraire, elles s'attachent à leur voisines et à la matrice extracellulaire, en des endroits particuliers, grâce à des complexes transmembranaires, les adhésions. Ces adhésions sont une des bases structurales de la construction du cytosquelette. Leur distribution spatiale peut être anisotrope, et parfois asymétrique, ce qui guide la polarité intrinsèque des cellules. <br />Nous avons utilisé la technique d'impression par micro-contact pour manipuler la forme des cellules et la distribution de leurs adhésions. Les cellules adoptent l'enveloppe convexe du patron adhésif quelle que soit sa géométrie. Si, par exemple, les cellules sont contraintes de s'attacher à un T ou un V, sans pouvoir établir de contact en dehors de ce patron, elles adopteront dans les deux cas la même forme triangulaire. Nous avons utilisé cette propriété pour imposer aux cellules des formes identiques sur des patrons adhésifs différents afin d'analyser le rôle spécifique de la distribution des adhésions sur l'organisation du cytosquelette et des compartiments intracellulaires.<br /> Nos mesures montrent que les cellules développent des tensions élevées dans les filaments d'actine, assemblés en fibres de stress, au-dessus des zones non adhésives. Sur les zones adhésives, la tension est plus faible, et la polymérisation de l'actine en un réseau branché induit la formation de protrusions membranaires. La localisation des protrusions est donc complémentaire de celle des zones contractiles.<br />Cette polarisation du système actine dirige le recrutement de certaines protéines dont l'activité influence la dynamique des microtubules. La croissance des microtubules en contact avec le cortex cellulaire est modulée différemment selon que l'actine forme des fibres de stress ou un réseau branché. Cependant, quel que soit le comportement des extrémités du réseau de microtubules à la périphérie, le centre du réseau, le centrosome, se maintient toujours au centre de la cellule. Le noyau est exclu de ce centre et se positionne vers les zones de contraction. Ainsi, à l'intérieur de la cellule, l'orientation de l'axe noyau-centrosome répond à l'asymétrie établie en périphérie.<br />La polarité du cortex est conservée pendant la division cellulaire ou mitose. Le corps cellulaire, qui s'est arrondi à l'entrée en mitose, est maintenu en contact avec le substrat adhésif par des fibres de rétraction riches en actine. Les mesures expérimentales de l'orientation des divisions, sur différents patrons adhésifs, révèlent que la distribution spatiale des ancrages de ces fibres sur la cellule guide l'orientation du fuseau mitotique, et par conséquent, le plan de division des cellules. En effet, les pôles du fuseau se positionnent en face des zones corticales où sont arrimées les fibres de rétraction, indépendamment de la forme qu'avait la cellule avant l'entrée en mitose. <br /> Il existe des moteurs moléculaires ancrés dans le cortex des cellules et capables de tirer sur les microtubules astraux émanant des pôles du fuseau. En faisant l'hypothèse que ces moteurs ne sont activés que dans les zones où se situent les fibres de rétraction, on peut établir un modèle physique permettant de rendre compte de toutes les observations expérimentales effectuées.

Le sujet de cette thèse s'inscrit dans le cadre du projet NODDICCAP initié par l'entreprise bio-Mérieux et visant le développement de Nouveaux Outils pour le Dépistage, le DIagnostic, l'évaluation du pronostic et le suivi du Cancer Colorectal par une Approche Protéomique. Le développement de ces nouveaux outils passe nécessairement par l'identification de marqueurs tumoraux discriminants et spécifiques du cancer colorectal. L'objectif de la thèse a été d'optimiser l'analyse des images et des données issues de la technologie DIGE (Differential In-Gel Electrophoresis), afin de permettre la découverte de marqueurs potentiels du cancer colorectal. Après avoir identifié les maillons faibles de la chaîne de traitement classique des images de gel d'électrophorèse 2D, nous avons été amenés à reconsidérer les approches utilisées et à rechercher des méthodes de traitement d'image et de données innovantes, ou bien existantes mais issues de domaines voisins. Le choix des méthodes a été guidé par l'évaluation de leur efficacité en comparaison aux méthodes classiquement employées, et également par les contraintes liées au contexte biologique et technologique. Les principales avancées issues de ce travail sont la définition du schéma expérimental, l'approche stratégique de l'analyse d'images ainsi que l'analyse statistique des données. En ce qui concerne le schéma expérimental, le choix d'une lignée cellulaire comme standard commun a permis un meilleur recoupement des données entre différentes expériences. L'analyse stratégique de l'analyse d'image a été améliorée grâce à l'utilisation d'un patron de détection unique. Ce patron unique a été réalisé à l'aide d'une méthode de fusion d'images originale permettant une juste représentativité de chacune des tâches protéiques de l'ensemble des images considérées. Enfin, les méthodes pour l'analyse statistique des données ont tenu compte de l'intensité des tâches protéiques grâce à une régulation de la variance lors de la comparaison des ratios. Par ailleurs, la spécification par le biologiste d'un profil de risque a permis, par exemple, de porter une plus grande attention aux protéines fortement exprimées. L'ensemble des méthodes mises en place depuis l'acquisition des images jusqu'à la découverte et la visualisation des marqueurs protéiques potentiels constitue le workflow IDADIGE (Image and Data Analysis for Differential In Gel Electrophoresis). Ce workflow exploite différents logiciels ainsi que plusieurs fonctions implémentées sous Matlab et regroupées sous le nom ProDIGE. L'exploitation par le laboratoire de protéomique de bioMérieux du workflow IDADIGE a été utilisée en routine et a permis la découverte de marqueurs protéiques du cancer colorectal qui doivent maintenant être validés biologiquement.

Les architectures logicielles ont été introduites en réponse à l'accroissement de la complexité des systèmes, en favorisant leurs descriptions à un haut niveau d'abstraction. Dans cette thèse, nous proposons d'aborder la problématique de leurs évolutions avec comme objectif, de capitaliser les évolutions récurrentes et de favoriser leur réutilisation. Notre contribution se décline en deux volets majeurs. Le premier volet concerne la proposition du modèle d'évolution SAEM (Style-based Architectural Evolution Model), permettant l'abstraction, la spécification et la gestion de l'évolution dans les architectures logicielles au travers du concept de style d'évolution. SAEM se veut un modèle d'évolution générique, uniforme et indépendant de tout langage de description d'architecture. Le formalisme proposé décrit les concepts du style d'évolution selon un tryptique : domaine, entête et compétence. Le deuxième volet concerne le développement d'une approche de réutilisation par dessus SAEM pour tenter de rendre les activités d'évolution plus rentables. Nous proposons une démarche pour la construction de bibliothèques pour les styles d'évolution, orchestrée par différentes catégories d'intervenants. Les bibliothèques sont élaborées selon deux types de processus complémentaires : « pour la réutilisation » et « par la réutilisation ». Nous présentons une technique de raisonnement classificatoire pour permettre aux bibliothèques d'être peuplées et interrogées dans le but de gérer les savoir et savoir-faire relatifs à l'évolution architecturale.

L'objectif de ce travail de thèse est de déterminer l'influence des propriétés musculaires des membres inférieurs sur l'adaptation du patron locomoteur. Les deux premières études (études n°l et n°2) analysent la relation entre le niveau de force maximale des muscles extenseurs des membres intérieurs et le choix d'un patron locomoteur lors d'un exercice de pédalage. Nos résultats indiquent que, chez le sujet sain, le patron locomoteur n'est pas affecté par les caractéristiques musculaires. En revanche, les propriétés musculaires modifient la synergie des plans de coopération musculaire ainsi que les critères d'efficience énergétique ou neuromusculaire de la locomotion. Les trois études suivantes (3, 4 et 4bis) ont pour objectif de caractériser les effets de différentes altérations musculaires sur un exercice de locomotion. Deux méthodes sont utilisées pour générer ces altérations. La première consiste à induire une fatigue musculaire à partir de deux types de contractions (concentriques vs. excentriques) répétées des membres inférieurs (étude 3). La seconde méthode est comparative, et a pour objectif d'analyser les effets d'un exercice fatigant sur la locomotion dans deux populations dont les caractéristiques musculaires diffèrent (sujets jeunes vs. sujets âgés) (étude 4 et 4bis). Les résultats de l'étude 3 montrent, d'une part, que les altérations musculaires sont directement dépendantes du type de contraction et d'autre part, que ces altérations modifient spécifiquement le patron locomoteur. Les deux dernières études apportent deux résultats originaux. Le premier indique que l'altération des propriétés musculaires après un exercice fatigant est amplifiée lorsque les sujets présentent une déficience musculaire préalable. Le second montre que, quel que soient les caractéristiques de la fonction musculaire, le patron locomoteur est modifié de façon identique à la suite d'un exercice fatigant. Cette modification s'accompagne cependant d'une réorganisation des plans de coopération musculaire spécifique à chaque population. L'ensemble de ces travaux expérimentaux suggère que les propriétés musculaires des membres inférieurs, altérées ou non, n'influencent pas la cinématique du patron locomoteur. Toutefois, celles-ci semblent déterminer une organisation des synergies musculaires particulière pour produire le mouvement.

Dans le cadre des recherches sur les environnements informatiques pour l'apprentissage humain, cette thèse vise à définir et proposer à l'enseignant une mémoire informatisée comme outil de gestion de connaissances personnelles. Cette mémoire est construite a partir des annotations de l'enseignant sur les documents pédagogiques.<br />La mémoire résultante étend les capacités cognitives de l'enseignant en l'assistant dans la gestion de ses connaissances personnelles, nécessaires à la réalisation de ses activités de manière non intrusive.<br />La prise en compte des particularités de l'activité d'enseignement (connaissances impliquées, contexte de l'activité...) dans les modèles de la mémoire permet d'obtenir une mémoire qui est en même temps dédiée a l'activité d'enseignement et s'adapte au contexte de cette activité.<br />Deux versions de l'outil sont développées : une version mobile et une version web (implémentée par l'entreprise Pentila) intégrable dans un ENT.

Šio darbo objektas yra Lucko (1507-1536 m.) ir Vilniaus (1536-1555 m.) vyskupo, kunigaikščio Pauliaus Alšėniškio dvaras ir klientūra. Šio darbo tikslas yra nustatyti Pauliaus Alšėniškio klientų ir dvariškių vietą XVI a. I pusės Lietuvos Didžiosios kunigaikštystės visuomeninėje struktūroje. Naudodamiesi istoriografija apsibrėžėme keturias skirtingas patronato formas, atsispindėjusias Pauliaus Alšėniškio aplinkoje: asmeninį patronatą, regioninį patronatą, politinė klientūra bei bažnytinė klientūra. Darbo struktūrą parėmėme šiuo skirstymu. Šio darbo įžanginę dalį sudaro, įvadas, šaltinių ir literatūros apžvalga, teorinių patronato ir klientūros klausimų aptarimas. Darbo dėstomąją dalį sudaro penki skyriai. Pirmasis skyrius yra skirtas Pauliaus Alšėniškio dvaro problemoms: dvaro pareigūnų ir dvariškių identifikavimui bei kasdienio veikimo problemoms. Antrasis dėstymo dalies skyrius skirtas „regioniniam“ patronatui. Jame nagrinėjame pagrindinių Pauliaus Alšėniškio valdų – Alšėnų, Volpos ir Punios bajorų santykius su Pauliumi Alšėniškiu bei jų statusą valstybėje. Trečiasis dėstomosios dalies skyrius skirtas klientūrai siaurąja – politinio patronato prasme. Šiame skyriuje mes aptariame Pauliaus Alšėniškio klientus LDK didžiojo kunigaikščio dvare bei jų socialinio mobilumo klausimus. Ketvirtasis dėstomosios dalies skyrius skirtas Pauliaus Alšėniškio klientūra jo pagrindinėje veiklos sferoje – katalikų bažnyčioje. Šiame skyriuje mes identifikavome jo klientus dvasininkus Lucko ir... [toliau žr. visą tekstą] / The research object of this thesis is the court ant the clientage (client system) of duke, bishop of Lutsk (1507-1536) and Vilnius (1536-1555) Paul of Holshany. The aim of this research is to identify the status of courtiers and clients of Paulo f Holshany in the context of social structure of Grand Duchy of Lithuania (GDL). After reviewing newest historiographical positions on the subject of social structure of 16th century GDL, we have identified 4 different spheres of patronage (personal patronage, regional patronage, political patronage (clientage proper), and institutional patronage), which have been researched by other historians and therefore we have divided our work accordingly. This thesis begins with (review of sources and theoretical framework of patron-client relations). Main body of this work is divided into five chapters. The first chapter is dedicated to identifying the courtiers and members of the court of Paul of Holshany and the problems of the everyday existence of this institution. The second chapter is dedicated to the problems of regional patronage in the main landholdings of the duke-bishop – Volpa, Holshany and Punia. Third chapter is dedicated to the clientage proper – political clients of Paul of Holshany and the political influence he had in the GDL. The Fourth chapter explores the system of clientage that Paul of Holshany created in his main sphere of work – the Catholic Church. We dedicate this chapter to identify the church – clients in the... [to full text]

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La locomotion se définit par des mouvements répétés et coordonnés des membres droits et gauches et des muscles antagonistes d’une même articulation. L’activité locomotrice des rongeurs est générée par des groupes de neurones localisés dans la partie antérieure de l’élargissement lombaire; ce réseau de cellules est appelé Central Pattern Generator (CPG). Au cours de cette thèse, les études entreprises chez le rat nouveau-né ont eu pour but d’étudier les mécanismes cellulaires impliqués dans la genèse du rythme locomoteur. Le courant sodique persistant (INaP) joue un rôle important dans la genèse d’activités rythmiques de plusieurs structures supraspinales et notamment celles impliquées dans la mastication et la respiration. Curieusement, son existence et son implication dans la genèse d’activités rythmiques dans les structures du CPG locomoteur spinal n’ont jamais été abordées. A l’aide d’études électrophysiologiques, la thèse démontre l’existence de INaP et le caractérise pour la première fois au sein du CPG locomoteur. Ce courant est indispensable à la genèse du rythme locomoteur et joue un rôle fondamental dans l’émergence d’activités pacemakers au sein du CPG. Ces activités pacemakers émergent dans un contexte physiologique où des fluctuations dans la composition ionique du milieu extracellulaire interviennent au cours d’une activité locomotrice. L’ensemble de ces données suggère que le « cœur » du générateur de rythme pourrait être composé d’interneurones présentant une activité pacemaker dépendante de INaP dont la modulation pourrait être un élément fondamental à la fois dans le déclenchement et la modulation de l’activité locomotrice. / Identification of the cellular mechanisms underlying the generation of the locomotor rhythm is of longstanding interest to physiologists. Hindlimb locomotor movements are generated by lumbar neuronal networks, referred to as central pattern generators (CPG). Although rhythm generation mechanisms within the CNS can vary, the activation of a subthreshold depolarizing conductance is always needed to start the firing of individual neurons. Among various subthreshold membrane conductances, the persistent sodium current (INaP) is involved in rhythmic activity of numerous supraspinal neurons such as those involved in the generation of masticatory and respiratory rhythm. The thesis was aimed at identifying and characterizing INaP in the neonatal rodent locomotor CPG, determining its importance in shaping neuronal firing properties and its role in the operation of the locomotor circuitry. Using electrophysiological studies the thesis has characterized INaP for the first time in the locomotor CPG. This current is essential to the generation of the locomotor rhythm and plays a fundamental role in the emergence of pacemaker activity within the CPG. These pacemaker activities emerge in a physiological context in which fluctuations in the ionic composition of the extracellular environment occur during locomotion. This study provides evidence that INaP generates pacemaker activities in CPG interneurons and new insights into the operation of the locomotor network with a critical implication of INaP in stabilizing the locomotor pattern.

In this thesis, Sebilwane is the subject of a narratological investigation. The point of departure of this study is based on the fact that a narratological text consists of three levels: the history, the composition, the usage of words which are recognisable in the style of the author. The epic-poem is not the subject of a verse-technical investigation and description. The narratological model is adapted to the aim of this study. The historical level regarded in principle as the original level prior to the material's exposure to a viewpoint and it is interpreted. The four narrative elements that are investigated are: the events, the characters/actors, time and place. In Sebilwane there are main events identified by the criteria of: (a) change, (b) cause, and (c) result. The characters/actors have been described and classified according to: (a) aim, (b) supporter, (c) patron, (d)helper and patron,and (e) opponent. In as far as historical time is concerned, it has been concluded that the events occurred: (a) in the remote past, and (b) stretched it to a 24 hour period. The actors/persons find themselves in a rural area which can be comparable to Botlokwa which is lying within the borders of Lebowa. The composition of the information which is given in the historical level, gives the shape of the author's aim. Here, what is important, are the functions which are described by the elements themselves. Then the idea of the theme comes clearly in this part and it is therefore identified as the main - and sub-theme. The third level concerns the usage of words; the information now gets a personal or subjective selection. Therefore, only a short passage is to be selected for stylistic analysis. The analytic model which is effected here is Kerkhoff's. AFRIKAANS : In hierdie verhandeling word Sebilwane aan 'n narratologiese ondersoek onderwerp. Die uitgangspunt van hierdie studie is dat 'n narratologiese teks uit drie lae bestaan: die geskiedenis, die samestelling, die verwoording wat in die styl van die outeur kenbaar is. Hierdie epiese gedig word nie verstegnies ondersoek en beskryf nie. Die narratologiese model is vir die doel van hierdie studie aangepas. Die geskiedenislaag word in beginsel as die oorspronklike laag beskou voordat die gegewens vanuit 'n bepaalde gesigspunt bekyk en weergegee word. Die vier vertelelemente wat ondersoek word, is die gebeurtenisse, die karakters/akteurs, tyd en plek. In Sebilwane is die kerngebeurtenisse geïdentifiseer deur die kriteria van (a) verandering, (b) oorsaak en (c) afloop. Die karakters/akteurs is beskryf en geklassifiseer volgens (a) doelstelling, (b) begunstigde, (c) begunstiger, (d) helper en (e) teëstaander. Wat die tyd betref, speel die gebeure (a) histories in die verre verlede af, en (b) strek dit oor 'n 24 uur tydperk. Die akteurs/mense bevind hulle in 'n landelike gebied wat waarskynlik Botlokwa is wat binne Lebowa geleë is. Die samestelling van die gegewens wat in die geskiedenislaag gegee is, gee aan die doestelling van die outeur gestalte. Daarvan gaan dit hier om die funksies wat aan die elemente toegesê word. Die begrip van die tema staan in hierdie gedeelte voorop, en daar word 'n hoof - en 'n subtema geïdentifiseer. / Dissertation (MA)--University of Pretoria, 1993. / African Languages / unrestricted