Orientador: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Resumo: Em todo o mundo continua-se a buscar evidências de suscetibilidade genética à periodontite (P) em diferentes populações, pois é importante levar em consideração as diferenças genéticas entre as diversas etnias. Além disso, também há grande interesse da comunidade científica em avaliar potenciais inter-relações entre a periodontite e alterações sistêmicas como o Diabetes Mellitus tipo 2 (T2DM, type 2 Diabetes Mellitus). Estudos enfocando polimorfismos genéticos são importantes principalmente para o entendimento que desempenham na modulação da resposta do hospedeiro frente à ação de micro-organismos periodontopatogênicos. O gene Interleucina 17 Alfa (IL17A), que codifica a citocina pró-inflamatória comumente referida como IL-17, é produzida por um subconjunto de células T auxiliadoras (T helper) Th1/Th0 e secretada pelas células Th17, implicadas na vigilância imunológica nas superfícies mucosas e implicada na inflamação crônica. O objetivo deste estudo é investigar três polimorfismos no gene IL17A para avaliar se podem estar associados com a suscetibilidade genética à periodontite na presença (ou não) de T2DM, e relacioná-los com o perfil bioquímico e clínico periodontal do paciente. Considerando o cálculo amostral, foram investigados pacientes com T2DM e periodontite severa ou moderada (Grupo T2DM_P, n=199 pacientes); e para comparação dos resultados foram considerados pacientes sem T2DM com periodontite severa ou moderada (Grupo PERIODONTITIS, n=342), e também pacientes sem T... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Para avaliar a influência dos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) do CYP2B6, CYP3A5, GSTM1, GSTP1, GSTT1, PON1, NQO1 e MDR1 na resposta ao tratamento com R-CHOP e CHOP, 82 pacientes com Linfoma Difuso de Grandes Células B, sem evidências de infecção por HIV, foram selecionados nesse estudo. Amostras de sangue periférico foram coletadas para extração de DNA. Os SNPs foram analisados por PCR-RFLP. Em relação aos pacientes que apresentaram resposta completa (RC) ao tratamento (70%), 51% foram tratados com R-CHOP. Sobre o tratamento, 50% dos pacientes com RC apresentaram classificação de ECOG 0-1 (p=0,0193) e a maioria desses pacientes (41%) não apresentaram envolvimento extranodal (p=0,0377). Não houve associação entre os SNPs do CYP2B6, CYP3A5, GSTT1, NQO1 e MDR1 (C3435T) e as variáveis estudadas. Apenas CYP3A5 (sexo p=0,0519), GSTM1 (idade p=0,016; tratamento p=0,0372), GSTP1 (envolvimento extranodal p=0,0307), PON1 (sintomas B p=0,0201; Bulky p=0,0148) e MDR1 C1236T (sexo p=0,0316) mostraram associação. Em relação à sobrevida global, apenas tratamento (p=0,0129), IPI (p=0,000342), idade (p=0,0155), estadiamento (p=0,00281) e ECOG (p=0,00869) apresentaram resultados significantes. Quanto à sobrevida livre de doença (SLD), apenas idade (p=0,0292), estadiamento (p=0,0402) e ECOG (p=0,0142) apresentaram resultados significantes / To evaluated the influence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) of CYP2B6, CYP3A5, GSTM1, GSTP1, GSTT1, PON1, NQO1 and MDR1 in the treatment response with R-CHOP and CHOP, 82 patients with Diffuse Large B-cell Lymphoma, without evidence of HIV infection, were enrolled in this study. Peripheral blood samples were collected for DNA extraction. The SNPs were analyzed by PCR-RFLP. In relation the patients that showed complete response (CR) to the treatment (70%), 51% were treated with R-CHOP. About the treatment, 50% of the patients with CR showed ECOG classification of 0-1 and the most of these patients (41%) did not showed extranodal involvement (p=0,0377). There was no association between CYP2B6, CYP3A5, GSTT1, NQO1 and MDR1 (C3435T) SNPs and the variables studied. Only CYP3A5 (gender p=0,0519), GSTM1 (age p=0,016; treatment p=0,0372), GSTP1 (extranodal involvement p=0,0307), PON1 (B symptoms p=0,0201; Bulky p=0,0148) e MDR1 C1236T (gender p=0,0316) showed association. In relation to overall survival, only treatment (p=0,0129), IPI (p=0,000342), age (p=0,0155), stadiament (p=0,00281) and ECOG (p=0,00869) showed significant results. To disease-free survival, only age (p=0,0292), stadiament (p=0,0402) e ECOG (p=0,0142) showed significant results

Para avaliar a influência dos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) do CYP2B6, CYP3A5, GSTM1, GSTP1, GSTT1, PON1, NQO1 e MDR1 na resposta ao tratamento com R-CHOP e CHOP, 82 pacientes com Linfoma Difuso de Grandes Células B, sem evidências de infecção por HIV, foram selecionados nesse estudo. Amostras de sangue periférico foram coletadas para extração de DNA. Os SNPs foram analisados por PCR-RFLP. Em relação aos pacientes que apresentaram resposta completa (RC) ao tratamento (70%), 51% foram tratados com R-CHOP. Sobre o tratamento, 50% dos pacientes com RC apresentaram classificação de ECOG 0-1 (p=0,0193) e a maioria desses pacientes (41%) não apresentaram envolvimento extranodal (p=0,0377). Não houve associação entre os SNPs do CYP2B6, CYP3A5, GSTT1, NQO1 e MDR1 (C3435T) e as variáveis estudadas. Apenas CYP3A5 (sexo p=0,0519), GSTM1 (idade p=0,016; tratamento p=0,0372), GSTP1 (envolvimento extranodal p=0,0307), PON1 (sintomas B p=0,0201; Bulky p=0,0148) e MDR1 C1236T (sexo p=0,0316) mostraram associação. Em relação à sobrevida global, apenas tratamento (p=0,0129), IPI (p=0,000342), idade (p=0,0155), estadiamento (p=0,00281) e ECOG (p=0,00869) apresentaram resultados significantes. Quanto à sobrevida livre de doença (SLD), apenas idade (p=0,0292), estadiamento (p=0,0402) e ECOG (p=0,0142) apresentaram resultados significantes / To evaluated the influence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) of CYP2B6, CYP3A5, GSTM1, GSTP1, GSTT1, PON1, NQO1 and MDR1 in the treatment response with R-CHOP and CHOP, 82 patients with Diffuse Large B-cell Lymphoma, without evidence of HIV infection, were enrolled in this study. Peripheral blood samples were collected for DNA extraction. The SNPs were analyzed by PCR-RFLP. In relation the patients that showed complete response (CR) to the treatment (70%), 51% were treated with R-CHOP. About the treatment, 50% of the patients with CR showed ECOG classification of 0-1 and the most of these patients (41%) did not showed extranodal involvement (p=0,0377). There was no association between CYP2B6, CYP3A5, GSTT1, NQO1 and MDR1 (C3435T) SNPs and the variables studied. Only CYP3A5 (gender p=0,0519), GSTM1 (age p=0,016; treatment p=0,0372), GSTP1 (extranodal involvement p=0,0307), PON1 (B symptoms p=0,0201; Bulky p=0,0148) e MDR1 C1236T (gender p=0,0316) showed association. In relation to overall survival, only treatment (p=0,0129), IPI (p=0,000342), age (p=0,0155), stadiament (p=0,00281) and ECOG (p=0,00869) showed significant results. To disease-free survival, only age (p=0,0292), stadiament (p=0,0402) e ECOG (p=0,0142) showed significant results

O fungo Sporisorium scitamineum é o agente causador de uma das doenças mais importantes da cultura da cana-de-açúcar, o carvão da cana, e vem sendo alvo de diversos estudos genéticos para a elucidação de seu mecanismo de patogenicidade e interação com o seu hospedeiro. Dentre esses estudos há os que visam acessar a variabilidade genética entre isolados desse fungo utilizando diversos marcadores moleculares, porém todos os experimentos indicaram baixa variabilidade, com exceção de isolados provenientes da Ásia. O primeiro estudo realizado com esse intuito em isolados brasileiros utilizou o tel-RFLP e AFLP, obtendo uma variabilidade de 34 e 3%, respectivamente. O AFLP é muito utilizado para a detecção de variação genética em indivíduos próximos, porém, nesse caso, apresentou baixa variação, o que nos levou a caracterizar, no presente trabalho, os poucos polimorfismos encontrados através dessa técnica. Os fragmentos polimórficos foram reamplificados, sequenciados e caracterizados quanto ao seu contexto genômico. Como essas sequências estão dispersas ao longo do genoma e geralmente estão em regiões intergênicas, foi feita a análise de expressão dos genes vizinhos a esses polimorfismos em três condições distintas. Desses genes, 70% apresentaram maior número de reads mapeadas in planta que em meio de cultura, indicando que são mais importantes durante a interação planta-patógeno. Dessa forma, mesmo havendo uma baixa variabilidade detectada por AFLP, essas diferenças podem ser importantes na regulação desses genes, podendo influenciar na agressividade do patógeno e na sua defesa. / The fungi Sporisorium scitamineum is the causal agent of one of the most important diseases in sugarcane, the sugarcane smut, and it has been the target of several genetic studies aiming the elucidation of pathogenicity and host interaction macanisms. Among these studies are those that aim to access the genetic variability among isolates of this fungus using various molecular markers techniques, however in all of them the experiments indicated low variability, with exception of the Asian isolates. The first work performed with Brazilian isolates was done using tel-RFLP and AFLP, and detected a variability of 34 and 3%, respectively. The AFLP is widely used to detect variability in close related individuals, but in this case, the method revealed low polimorphism. These results led us to characterize in the present work the few polymorphisms detected. The polymorphic fragments were isoladed, reamplified, sequenced and in silico characterized regarding the genomic context. Since these sequences are disperse along the genome and generally they are in intergenic regions, an expression analysis of the polymorfisms neighbor genes was made at three different conditions. Of these genes, 70% presented higher numbers of maped reads in planta than in culture media, which indicates that they are important during the plant-pathogen interaction. Thus, even with low variability detected via AFLP, these differences can be important in the gene regulation and may influence in the pathogen agressivity and in its defense.

Introdução: A artrite reumatóide (AR) é uma artropatia autoimune, de caráter inflamatório, com prevalência em torno de 1% da população. O tabagismo é considerado o principal fator de risco para o desenvolvimento da AR. O receptor de hidrocarbonetos de arila (AhR), um fator de transcrição intracelular ativado por hidrocarbonetos aromáticos componentes da fumaça do cigarro, foi identificado como alvo de regulação da diferenciação de células Th17. Objetivos: Avaliar se os polimorfismos genéticos do AhR estariam associados ao desenvolvimento da AR , e se este receptor estaria mais expresso em pacientes com AR. Pacientes e Métodos: Nós analisamos sete polimorfismos genéticos por mudança de única base (SNP) por PCR em tempo real utilizando sondas TaqMan em 138 pacientes com AR e 129 indivíduos saudáveis. A quantificação da expressão do mRNA do AhR em células mononucleares isoladas de pacientes com AR e indivíduos saudáveis foi realizada por PCR em tempo real. Resultados: Identificamos que haplótipos formados por SNPs no AhR estariam associados com desenvolvimento da AR, podendo ser fator protetor ou de risco para a doença. Em adição, os pacientes com haplótipos de risco apresentavam doença com índice de atividade elevado, principalmente quando o tabagismo estava presente. De fato, pacientes com AR apresentaram aumento na expressão de AhR (mRNA) em relação a indivíduos saudáveis. Conclusões: Em conjunto estes resultados sugerem que o AhR possui um papel importante para o desenvolvimento da artrite reumatóide. Possivelmente mutações neste receptor podem estar relacionadas com alterações na sua atividade e conseqüentemente na diferenciação de células Th17 e a susceptibilidade a AR. / Introduction: Rheumatoid arthritis (RA) is a chronic autoimmune arthropaty with inflammatory characteristics and prevalence around 1% in the population. Tabagism is the main risk factor to RA development. The aryl hydrocarbon receptor (AhR) is an intracellular transcription factor activated by aromatic hydrocarbons present in smoking, whichwas identified to be a target of regulation of Th17 differentiation. Purpose: Study the relationship of genetic polymorphisms in AhR with RA development, and if this receptor expression is upregulated in RA patients. Patients and Methods: We analyzed seven genetic single nucleotide polymorphisms by Real-Time PCR using TaqMan probes in 138 patients with Rheumatoid Arthritis and 129 healthy controls. The AhR mRNA quantization in mononuclear cells isolated from AR patients and healthy controls has been done by Realt-Time PCR. Results: We identified that AhR haplotypes were associated with RA development and that they could be protector or risk factors to disease. In addition, patients with risk haplotypes showed higher disease activity index, mainly when smoking was present. Indeed, patients with RA showed upregulation in the AhR expression (mRNA) when compared with healthy controls. Conclusions: These results suggest that AhR has an important role in AR development. Probably, mutations in this receptor could be related with alterations in its activity and consequently in the differentiation of Th17 cells and RA susceptibility.

Introdução: Fatores genéticos estão entre os determinantes de obesidade, podendo influenciar a resposta a intervenções em estilo de vida. O impacto de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) na resposta de biomarcadores a intervenções não é claro. Objetivo: Este estudo examinou as associações de seis SNPs FTO T/A, PPAR Pro12Ala, Apo A1 -75G/A, TNF- -308G/A, IL-6 - 174G/C e AdipoQ 45T/G com mudanças induzidas por uma intervenção em amostra de brasileiros de risco cardiometabólico. Métodos: Em um programa de nove meses de orientações em hábitos alimentares e atividade física, 180 indivíduos com prediabetes ou síndrome metabólica foram genotipados e agrupados segundo a presença do alelo variante de cada SNP e comparados quanto a variáveis antropométricas, metabólicas e inflamatórias. Resultados: A intervenção resultou em redução do consumo calórico, aumento da atividade física, melhora na antropometria e outros biomarcadores. Estratificando pelos SNPs, os principais achados estão contidos em dois artigos. Artigo 1: Houve melhor resposta do perfil glicêmico após a intervenção nos portadores do alelo variante do SNP TNF -308 G/A. Observou-se melhora das variáveis lipídicas nos portadores do alelo variante do SNP IL-6 -174 G/C, enquanto que aqueles com o genótipo referência obtiveram melhora no metabolismo da glicose. Carreadores do SNP AdipoQ 45T/G não obtiveram melhora no perfil lipídico nem no glicêmico.Artigo 2: O alelo variante do FTO T/A associou-se a melhores perfis 9 inflamatório e glicêmico em resposta à intervenção. Portadores do alelo variante do SNP PPAR Pro12Ala obtiveram melhora na pressão arterial, enquanto que indivíduos com o genótipo referência melhoraram o metabolismo lipídico. Carreadores do alelo variante do SNP Apo A1 -75G/A apresentaram melhora no perfil lipídico que, após ajuste para medicação, não se manteve significante. Conclusões: SNPs relacionados à obesidade e comorbidades podem influenciar a resposta de marcadores metabólicos e inflamatórios a intervenções em hábitos de vida em brasileiros. O SNP TNF -308G/A parece favorecer um melhor perfil glicêmico. O SNP IL-6 -174G/C pode conferir efeito benéfico no perfil lipídico, mas não na glicemia. O SNP AdipoQ 45T/G compromete a resposta à intervenção em indivíduos de risco cardiometabólico no nosso meio. O SNP FTO T/A pode favorecer a resposta do metabolismo da glicose e a atenuação da inflamação. O SNP PPAR Pro12Ala pode ter impacto benéfico na pressão arterial, mas não no metabolismo lipídico. Em contraste com a literatura, o SNP Apo A1 -75G/A não parece influenciar resposta dos lípides à intervenção. Mais estudos envolvendo estes SNPs são necessários para possível direcionamento de intervenções a subgrupos específicos de indivíduos de risco. / Introduction: Genetic factors are one of the determinants of obesity and may influence the response to interventions. The impact of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in weight loss and inflammatory response to interventions is not clear. Objective: This study examined associations of six polymorphisms FTO T/A, PPAR Pro12Ala, Apo A1 -75G/A, TNF- -308G/A, IL-6 -174G/C and AdipoQ 45T/G with changes induced by lifestyle intervention in Brazilians at cardiometabolic risk. Methods: In a 9-month intervention on diet and physical activity, 180 individuals with prediabetes or metabolic syndrome were genotyped and compared according the presence of variant allele of the SNPs and antrophometric, metabolic and inflammatory variables. Results: The intervention resulted in lower energy intake and greater total physical activity as well as improvement in anthropometry and several biomarkers. Stratified by SNPs, the main findings are covered in two articles. Article 1: Variant allele carriers of TNF -308 G/A SNP decreased plasma glucose after intervention. Lipid profile improved after intervention in variant allele carriers of IL-6 -174 G/C, while individuals with reference genotype had better plasma glucose response. Variant allele carriers of AdipoQ 45T/G did not improve lipid and glycemic profile. Article 2: Only variant allele carriers of FTO T/A decreased fasting plasma glucose and C-reactive protein concentration after intervention. Blood pressure reduced after intervention in variant allele carriers of the PPAR Pro12Ala, while the reference genotype increased Apo A1. Apparent favorable response of lipid profile to intervention in variant allele carriers of Apo A1 -75G/A was not maintained after adjustments for lipid-lowering medication. Conclusions: SNPs associated with obesity and comorbidities may influence the response of metabolic and inflammatory markers after lifestyle intervention. The TNF -308G/A may predispose a better response of glucose metabolism. The IL-6 -174 G/C SNP may confer a beneficial effect on lipid profile but not in glucose metabolism. Our findings reinforce unfavorable effects of the AdipoQ 45T/G SNP in lipid and glucose metabolism after lifestyle intervention in Brazilians at cardiometabolic risk. FTO T/A SNP induces a favorable impact on inflammatory status and glucose metabolism. The reference genotype of PPAR Pro12Ala seems to favor a better lipid profile, while the variant allele to decrease blood pressure. In contrast to literature, our data did not support benefits on lipid profile of the variant allele of Apo A1 -75G/A SNP. Further studies of these SNPs are needed to direct interventions to specific subgroups of at-risk individuals.

Aborto espontâneo recorrente (AER) é definido pela presença de três ou mais abortos espontâneos e consecutivos que ocorreram até a 20ª semana de gestação. O AER possui origem multifatorial. Dentre os diversos fatores associados ao AER, alterações na hemostasia podem comprometer o fluxo sanguíneo na placenta e com isso pode aumentar o risco de complicações obstétricas, como o aborto. O objetivo geral deste estudo foi investigar se existe associação entre polimorfismos genéticos (no gene do fibrinogênio (FGB -455G>A e -148C>T), da trombomodulina (THBD 1418C>T), do fator V (F5 1691G>A), da protrombina (F2 20210 G>A), do PAI-1 (SERPINE1 4G/5G) e do TAFI (CPB2<i/> c.505G>A)) e os abortos espontâneos recorrentes (primários e secundários). Os objetivos específicos desse estudo foram: 1- avaliar se existe associação entre os sete polimorfismos e o período em que ocorreram as perdas fetais (precoce ou tardia) e o número de abortos recorrentes; 2- determinar se os haplótipos dos polimorfismos FGB -455G>A e FGB -148C>T estão ou não associados aos abortos primários e secundários. Foram incluídas 256 mulheres com história de abortos espontâneos recorrentes, provenientes do Ambulatório de Obstetrícia da Clínica Obstétrica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP e 264 mulheres saudáveis, sem história de aborto espontâneo e que tiveram pelo menos duas gestações normais (grupo controle), pareadas segundo as idades. Amostras de sangue foram obtidas para realização das genotipagens dos polimorfismos por meio de PCR em tempo real (FGB -148C>T, FGB -455G>A, THBD 1418C>T e CBP2 c.505G>A), e PCR-RFLP (SERPINE14G/5G, F5 1691G>A e F2 20210 G>A). As frequências dos genótipos e de alelos para os sete polimorfismos foram semelhantes entre os grupos aborto primário, aborto secundário e grupo controle. Entretanto, quando foi realizada um modelo de regressão logística multivariada saturada, que incluiu as variáveis independentes: F5 1691G>A (referência GG vs GA), F2 20210G>A (referência GG vs GA), CBP2 c.505G>A (referência GG + GA vs AA), THBD 1418C>T (referência CC + CT vs TT), SERPINE1 4G/5G (referência 5G/5G vs 4G/4G + 4G/5G) FGB -455G>A (referência GG vs GA vs AA) e FGB -148C>T (referência CC vs CT vs TT), apenas o polimorfismo FGB -148C>T foi associado ao maior risco de ter aborto primário (OR: 2,91, IC 95% 1,02 - 8,29, p=0,045). Quando os haplótipos para os polimorfismos FGB -455G>A e FGB 148C>T foram considerados, foi observada maior frequência de haplótipo 455G/148T em mulheres com AER primário (3,4%) do que no grupo controle (1,1%), (p=0,030); porém esse efeito não foi observado no AER secundário. Em relação ao número de abortos consecutivos, houve uma tendência (p=0,060) a maior frequência de genótipo TT para o polimorfismo FGB -148C>T no grupo de aborto primário com até três perdas quando comparado com as mulheres do mesmo grupo, porém com número maior de perdas (>3). Em conclusão, os sete polimorfismos quando analisados separadamente, não foram associados ao AER; no entanto, em modelo multivariado de regressão logística, o genótipo TT do polimorfismo FGB 148C>T foi associado com o aumento do risco de ter AER primário. Além disso, foi encontrado maior frequência do haplótipo 455G/148T para os polimorfismos FGB -455G>A e FGB -148C>T em mulheres com aborto primário. / Recurrent pregnancy loss (RPL) is defined by the presence of three or more consecutive losses prior to 20 weeks of gestation. The RPL has multifactorial origin. Among several factors associated with RPL, changes in hemostasis may impair the blood flow in the placenta and thus may increase the risk of obstetric complications, such as pregnancy loss. The general aim of this study was to investigate the association between genetic polymorphisms (in the genes of fibrinogen (FGB -455G>A and -148C>T), thrombomodulin (THBD 1418C>T), factor V (F5 1691G>A), prothrombin (F2 20210 G>A), PAI-1 (SERPINE1 4G/5G) and TAFI (CPB2 c.505G>A)) and recurrent pregnant losses (primary and secondary). The specific aims of this study were: 1 - to evaluate the association between the seven polymorphisms and the period in which the fetal losses occurred (early or late) and the number of recurrent losses; 2 - to determine if the haplotypes of polymorphisms FGB -455G>A and FGB -148C>T present association with primary and secondary pregnant losses. We included 256 women with a RPL history, from the Ambulatory of Obstetrics from Clinical Hospital of the Medical School of USP and 264 healthy women without losses history that have had at least two normal pregnancies (control group), matched according to age. Blood samples were obtained to perform the genotyping of polymorphisms by real-time PCR (FGB -148C>T, FGB -455G>A, THBD 1418C>T and CBP2 c.505G>A), and PCR-RFLP (SERPINE1 4G/5G, F5 1691G>A and F2 20210G>A). The frequencies of genotypes and alleles for the seven genetic polymorphisms were similar in 3 groups. However, when it was performed a model of multivariate logistic regression, which included the independent variables: F5 1691G>A (GG vs GA reference), F2 20210G>A (GG vs GA reference), CBP2 c.505G>A (GG + GA reference vs AA), THBD 1418C>T (reference CC + CT vs TT), SERPINE1 4G/5G (reference 5G/5G + 4G/5G vs 4G/4G), FGB -455G>A (GG reference vs GA vs AA) and FGB - 148C>T (reference CC vs CT vs TT), only the polymorphism FGB 148C>T polymorphism was associated with a higher risk of having primary losses (OR: 2.91, 95% CI 1.02 to 8.29, p = 0.045). When the haplotypes for the polymorphisms FGB -455G>A and FGB -148C>T were considered, had a higher frequency of the haplotype 455G/148T in women with primary RPL (3.4%) than in the control group (1.1%) (p = 0.030); but this effect was not observed in secondary RPL. Regarding the number of successive pregnant losses, there was a trend (p = 0.060) to higher frequency of the TT genotype for FGB -148C>T polymorphism in the group with primary RPL up to three losses when compared with women of the same group, but with loss number higher than three. In conclusion, when the seven genetic polymorphisms were evaluated separately, they do not show association with RPL, however, in multivariate logistic regression analysis, the TT genotype of the FGB -148C>T polymorphism was associated with increased risk for primary RPL. Furthermore, it was found higher frequency of the haplotype 455G/148T for the FGB -455G>A and FGB -148 C>T polymorphisms in women with primary RPL.

Duplicação genica é uma das principais forças levando a evolução dos genomas eucarioto. O impacto de duplicações gênicas/genômicas vem sendo investigado a muito tempo em humanos e outros primatas. Um segundo mecanismo de duplicação gênica, a retrotransposição baseada em RNA maduros, vem sendo menos estudada devido ao seu potencial menor de gerar cópias funcionais. No entanto, recentemente, publicações descreveram retrocópias funcionais em humanos, roedores e mosca de fruta. Nesta tese, para investigar sobre retrocópias causando variabilidade genética no genoma de primatas, nós desenvolvemos a implementamos os métodos para detectar estas inserções. Utilizando nove genomas e transcriptomas publicamente disponíveis (sete primatas e dois roedores) nós confirmamos um número similar, porém, com origem independente, de retrocópias em primatas e roedores. Nós também encontramos um enriquecimento de retrocópias no genoma de Platyrrhini, possivelmente explicado pela expansão de L1PA7 e L1P3 nestes genomas. Posteriormente, nós analisamos a ortologia de retrocópias no genoma de primatas e encontramos 127 eventos específicos à linhagem humana. Nós também exploramos dados do projeto 1000 Genomes para detectar retrocópias polimórficas (retroCNVs germinativos) e encontramos 17 eventos, presentes no genoma referência humano, mas ausentes em mais de um indivíduo. Similarmente, nós investigamos novas retroduplicações de mRNAs no genoma humano, detectando 21 eventos ausentes do genoma referência. Finalmente, investigamos a existência de retroCNVs somáticos e descrevemos sete possíveis retrocópias somáticas. Apesar de sua possível insignificância, nós encontramos que algumas retrocópias compartilhadas entre todos os primatas, espécie específicas, e polimórficas podem ser expressas per se ou como transcritos quiméricos com genes hospedeiros. Sobretudo, nós encontramos que retrocópias são um fator importante da variabilidade genética inter-espécie, intra-espécie e intra-indivíduo e podem estar influenciando a evolução de mamíferos ao criar reservatórios de duplicações potencialmente funcionais. / Gene duplication is a major driving force of evolution in eukaryotic genome. The impact of gene/genomic duplication has long been investigated in human and other primates. A second mechanism of gene duplication, retrotransposition, which is based on mature RNA, has been traditionally less studied due to their lower potential to generate functional copies. Recently, however, publications described functional retrocopies in humans, murines and drosophila. Here, to gain insights of the genetic variability arising from retrocopies on primate genomes, we developed and implemented the methods to detect these insertions. Using nine publicly available reference genomes and transcriptomes (seven primates and two rodents) we described a similar number independently arisen retrocopies in primates and rodents. We also found an enrichment of retrocopies in Platyrhinni genomes, putatively explained by the expansion of L1PA7 and L1P3 in these genomes. Next, we evaluated the orthology of retrocopies in primate genomes and found 127 events specific to human lineage. We also explored 1000 Genomes Project data to detect polymorphic events (germinative retroCNVs) on human populations and found 17 events, present on the reference genome, absent in more than one individual. Conversely, we also investigated new insertions of mRNA retroduplications in the human genome, detecting 21 events absent to the human reference genome. Finally, we evaluated the existence of somatic retroCNVs and described seven putative somatic retrocopies. Despite their putative insignificance, we found that some of these shared, specie-specific and polymorphic events may be expressed per se and as chimeric transcripts within host genes. Taken together, we found that retrocopies are a great factor of genetic variation interspecie, intraspecie e intraindividual and may be affecting mammal evolution by creating reservoirs of potentially functional duplications

A fissura labial com ou sem fissura palatina (FL/P) é uma anomalia craniofacial muito comum em humanos, e pode ocorrer como característica de um quadro sindrômico ou isolada, quando os indivíduos afetados não apresentam qualquer anomalia estrutural associada. A etiologia da FL/P isolada é complexa, com a contribuição de componentes genéticos e ambientais. Diversos genes/loci candidatos a FL/P foram sugeridos nos últimos anos, apesar de discrepâncias entre resultados. Alguns autores consideram a FL/P como parte de um fenótipo mais amplo, e sugerem que características clínicas adicionais, como a presença de anomalias dentárias, poderiam ser utilizadas para uma melhor descrição do fenótipo individual em investigações genéticas da FL/P. Quinhentos indivíduos com FL/P e quinhentos indivíduos sem FL/P e não relacionados entre si foram examinados com relação ao tipo de fissura e anomalias dentárias apresentadas e amostras de saliva foram coletadas de cada indivíduo para estudos moleculares. A freqüência das anomalias dentárias foi significativamente maior nos indivíduos com FL/P e as associações preferenciais observadas para algumas anomalias e determinados subfenótipos de FL/P foram consideradas novos subfenótipos de FL/P e incluídos nas análises moleculares. Um total de 30 polimorfismos distribuídos nos genes MMP1, MMP3, MMP9, TGFA, IRF6 e no cromossomo 6q foram estudados com relação à associação com a FL/P e seus subfenótipos através de restrição enzimática, PCR cinético e método Taqman. As diferenças observadas para as freqüências dos genótipos e alelos de cada polimorfismo estudado em casos e controles foram avaliadas estatisticamente através do teste Qui-quadrado e correção de Bonferroni para múltiplos testes. O padrão de desequilíbrio de ligação entre os polimorfismos estudados também foi avaliado. Os genes MMP3, TGFA, IRF6, e outros e três genes (PRSS35, SNAP91 e CYB5R4) e dois polimorfismos localizados no cromossomo 6q mostraram-se associados a FL/P e seus subfenótipos na população estudada. / Cleft lip with or without cleft palate (CL/P) is a common craniofacial anomaly in humans, and may occur as part of a syndrome or isolated, when the affected individuals do not present any associated structural anomalies. The etiology of CL/P is complex, with both genetic and environmental factors involved. Several genes/loci have been suggested in the past years although discrepancies among results are often found. Some investigators consider CL/P as part of a broader phenotype, and suggest that additional clinical characteristics, such as the presence of dental anomalies, could be used for a better description of the individual phenotype in genetic studies. Five hundred individuals with CL/P and five hundred non-related individuals without CL/P were examined regarding type of cleft and dental anomalies and saliva samples were collected from each individual for molecular analysis. The frequencies of the dental anomalies were significantly higher in CL/P individuals than controls, and the preferential associations observed for certain anomalies in specific cleft subphenotypes were considered new subphenotypes and included in the molecular analyses. A total of 30 polymorphisms distributed in MMP1, MMP3, MMP9, TGFA, and IRF6 genes and in chromosome region 6q were assayed regarding association with CL/P and its subphenotypes through restriction-fragment length polymorphism, kinetic PCR and Taqman methods. Differences in allele and genotype frequencies observed in cases and controls for each polymorphism were assessed using Chi-square test and Bonferroni correction. The pattern of linkage disequilibrium among the markers was also evaluated. Associations between CL/P and markers in MMP3, TGFA, and IRF6 genes were observed. Additionally, three genes (PRSS35, SNAP91 and CYB5R4) and two polimorphisms in chromosome 6q region also demonstrated association to CL/P and its phenotypes in the population studied.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:38:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ANA TERRA SILVA CARVALHO.pdf: 3772543 bytes, checksum: 17bcee93b3653febc978c253fa6cba7b (MD5) Previous issue date: 2012-05-18 / In Brazil, cervical cancer is the second most common among women. Radiation therapy is part of its interdisciplinary management, playing an important role in their loco regional control. The major challenge of modern medicine in radiotherapy is to develop predictive methods that can determine the level of radiosensitivity of the patient and the healthy surrounding tissue in order to individualize the prescribed radiation dose, to prevent severe side effects and promoting better local tumor control. This study evaluated the acute and chronic adverse effects on the skin, lower gastrointestinal tract and urinary tract of radiotherapy in 47 cervical cancer patients. Methods and Materials: Biological material was collected and DNA from peripheral blood was extracted of all patients studied. The fragments of TP53 and ATM were amplified to be sequenced, to verify if there are any polymorphisms witch could be responsible to the radiosensitivity of the patients. Results and Discussion: In a univariate analysis, the variable age was strongly associated with a risk of acute toxicity skin (p=0,023). Patients that received a high dose of external beam radiation and patients who have undergone brachytherapy, showed a significantly higher incidence of chronic urinary tract toxicity (p=0,031) and (p=0,019), respectively. The exchange G>A in the position 5557 of the ATM gene was significantly associated with the risk of acute lower gastrointestinal tract (p=0,008). There wasn t association between the other TP53 polymorphisms analyzed and the frequency of side effects (p>0,05). Our data revealed that patients who evolved significant association presented death (p=0,019) with the increase of chronic skin radiossensitivity. Conclusions: These observations corroborate the importance of investigating the genetic profile to predict adverse side effects in cervical cancer patients undergoing radiotherapy. These genes have an important role in DNA repair pathways and probably are capable of modifying the responses of normal tissues to radiotherapy. / No Brasil, o câncer cervical é o segundo mais comum entre as mulheres. A radioterapia faz parte do seu manejo interdisciplinar, desempenhando papel importante em seu controle loco regional. O grande desafio da medicina moderna em radioterapia é desenvolver métodos preditivos que possam determinar o grau de radiossensibilidade da paciente e dos tecidos adjacentes saudáveis, afim de individualizar a dose de radiação prescrita, prevenindo efeitos colaterais severos e promovendo um melhor controle tumoral local. Este estudo avaliou os efeitos adversos agudos e crônicos na pele, trato gastrointestinal inferior e trato urinário durante a radioterapia, em 47 pacientes de câncer do colo do útero. Material e Métodos: O DNA foi extraído do material biológico (sangue periférico) coletado de todas as pacientes estudadas. Os fragmentos de TP53 e ATM foram amplificados e em seguida sequenciados, afim de verificar se há qualquer polimorfismo que poderia ser responsável pela radiossensibilidade das pacientes. Resultados e Discussão: Por meio de uma análise univariada, a variável idade do diagnóstico se associou fortemente ao risco de desenvolvimento de toxicidade aguda da pele (p=0,023). Pacientes que receberam uma dose elevada de teleterapia e pacientes que foram submetidas a braquiterapia, mostraram uma incidência significativa de toxicidade crônica do trato urinário (p=0,031) e (p=0,019), respectivamente. A troca G>A na posição 5557 do gene ATM mostrou uma associação significativa com o risco de toxicidade aguda do trato gastrinstestinal inferior (p=0,008). Não houve associação entre os polimorfismos de TP53 analisados e a frequência de efeitos adversos (p>0,05). Nossos dados revelaram ainda que pacientes que evoluíram a óbito apresentaram associação significativa (p=0,019) com a o aumento de radiossensibilidade crônica da pele. Conclusão: Estas observações corroboram a importância de investigar o perfil genético para prever efeitos adversos em pacientes com câncer cervical submetidas a radioterapia. Esses genes têm um papel importante em vias de reparo de DNA e provavelmente são capazes de modificar as respostas dos tecidos normais para radioterapia.