GOUVEIA, João José de Simoni. Análise genômica das principais raças de ovinos brasileiras. 2013. 155 f. Tese (doutorado em zootecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2013. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-04-08T19:00:28Z No. of bitstreams: 1 2013_tese_jjsgouveia.pdf: 3082019 bytes, checksum: 5a0196089265679f1847c82925a8a7c1 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-25T21:39:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_tese_jjsgouveia.pdf: 3082019 bytes, checksum: 5a0196089265679f1847c82925a8a7c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-25T21:39:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_tese_jjsgouveia.pdf: 3082019 bytes, checksum: 5a0196089265679f1847c82925a8a7c1 (MD5) Previous issue date: 2013 / The Brazilian locally adapted sheep breeds, also known as native and creole, are descendant from animals brought during the settlement period and, since then, are been subjected to evolutive (both systematic and non systematic) processes, what resulted in the formation of highly adapted genotypes to the diverse environmental Brazilian conditions. Although these breeds don’t posses the same productive potential when compared with the exotic improved breeds, they are considered extremely important from a social and cultural point of view. Moreover, the locally adapted breeds are essential for the maintenance of traditional production systems. The optimization of the utilization of naturalized genetic resources depends on a deep knowledge of these populations, and then, the morphological, productive and molecular characterizations are essential to the success of conservation and utilization of these locally adapted genotypes. Therefore, the principal aim of this thesis was to deepen molecular the knowledge of the three main locally adapted Brazilian sheep breeds: Brazilian Creole, Morada Nova and Santa Ines. Thus, Chapter I entitled "Identification of selection signatures in livestock species" is a literature review that is proposed to describe the main effects of natural/artificial selection in the genomes of species of farm animals, present the main methods of signature selection analysis and discuss recent advances in this area of study. Two studies were conducted and resulted in the chapters II and III of this thesis. The chapter II, entitled “Identification of selection signatures in brazilian locally adapted sheep breeds”, aimed the identification and characterization of putative genomic regions that underwent selection and the identification of candidate genes related to productive/adaptative differences between these breeds. The identification of signatures of selection was performed through two approaches: population differentiation (FST) and linkage disequilibrium (iHS and Rsb). Seventy eight genes, related to functions as: immune response, nervous system development, sensorial perception and wool/hair development were identified. The chapter III, entitled “Identification of population substructure in brazilian locally adapted sheep breeds”, aimed the identification and characterization of of genetic substructure within the three main locally adapted Brazilian sheep breeds: Brazilian Creole, Morada Nova and Santa Ines. The level of genetic differentiation between herds of the same breeds was, in general, high. Both in the Brazilian Creole and in the Santa Ines breeds the presence of distinct groups on animals could be observed, what suggests the occurrence of different ecotypes/lineages within these breeds. / As raças de ovinos localmente adaptadas brasileiras, também conhecidas como nativas ou crioulas, descendem de animais trazidos durante o período colonial e, desde aquela época, vêm sendo submetidas a processos evolutivos sistemáticos e não sistemáticos., o que resultou na formação de genótipos altamente adaptados às mais diversas condições ambientais brasileiras. Embora estas raças não possuam o mesmo potencial produtivo das raças exóticas melhoradas, elas são consideradas extremamente importantes devido às relações sociais e culturais que guardam com as populações do campo. Além disso, as raças localmente adaptadas possuem características adaptativas importantíssimas para a manutenção de sistemas produtivos tradicionais. A otimização da utilização dos recursos genéticos naturalizados depende de um conhecimento profundo destas populações e, portanto, a caracterização morfológica, produtiva e molecular são ferramentas imprescindíveis para o sucesso da conservação e utilização deste recurso genético. Com base nisso, o objetivo desta tese foi aprofundar os estudos de caracterização molecular das principais raças de ovinos localmente adaptadas brasileiras: Crioula Lanada, Morada Nova e Santa Inês. Assim, o capítulo I intitulado “Identificação de assinaturas de seleção em animais de produção” consiste em uma revisão cujo objetivo é descrever os principais efeitos da seleção natural/artificial nos genomas das espécies de animais de produção, apresentar os principais métodos de análise de assinaturas de seleção e discutir os recentes avanços nesta área de estudo. Foram realizados dois estudos que resultaram nos capítulos II e III desta tese. O capítulo II, intitulado “Identificação de assinaturas de seleção em ovinos de raças localmente adaptadas brasileiras”, teve como objetivo a identificação e caracterização de regiões genômicas prováveis de estar sob seleção nas três principais raças brasileiras localmente adaptadas de ovinos e caracterizar estar regiões com a finalidade de identificar genes envolvidos com diferenças produtivas/adaptativas entre estas raças. A identificação das regiões sujeitas à seleção foi feita com base em dois tipos de metodologia: diferenciação entre populações (FST) e desequilíbrio de ligação (iHS e Rsb). Foram identificados 78 genes candidatos envolvidos com funções como: resposta imune, desenvolvimento do sistema nervoso, percepção sensorial e desenvolvimento de pelos/lã. O capítulo III, intitulado: “Identificação de subestrutura de populações em ovinos de raças localmente adaptadas brasileiras”, teve como objetivos identificar e caracterizar a presença de subestruturação genética dentro das três principais raças brasileiras localmente adaptadas de ovinos. Foi observada, de uma forma geral, a presença de diferenciação genética bastante considerável ao comparar os rebanhos de cada raça analisada. Além disso, tanto na raça Crioula Lanada quanto na raça Santa Inês, pode ser observada a presença de grupos bem distintos de indivíduos, sugerindo a efetiva presença de diferentes ecótipos/linhagens dentro destas raças.

Estudos recentes têm avaliado a presença de polimorfismos do gene multidroga resistente 1 (MDR1), que codifica o transportador de membrana de efluxo chamado de P-glicoproteína, seu potencial papel na suscetibilidade das doenças inflamatórias intestinais (DII) e suas possíveis correlações com aspectos clínicos das DII. Dados conflitantes podem resultar da análise genética de populações distintas. Investigamos se os polimorfismos do gene MDR1 estão associados com as DII em população do sudeste do Brasil e suas possíveis correlações com fenótipos, atividade de doença, resposta ao tratamento e efeitos colaterais. Como métodos, a presente pesquisa trabalhou com 146 pacientes com Doença de Crohn (DC) e 90 com Retocolite Ulcerativa Idiopática (RCUI), que foram recrutados através de critérios diagnósticos estabelecidos. Os polimorfismos do MDR1 mais comumente descritos na literatura, C1236T, G2677T e C3435T, foram avaliados por PCR. As frequências genotípicas de pacientes com RCUI e DC foram analisadas na população de estudo. Associações de genótipo-fenótipo com características clínicas foram estabelecidas e riscos estimados para as mutações foram calculados. Nenhuma diferença significativa foi observada nas freqüências genotípicas para os polimorfismos G2677T/A e C3435T do MDR1 na DC ou na RCUI. O polimorfismo C1236T foi significativamente mais comum na DC do que na RCUI (p = 0,036). Na RCUI foram encontrados mais homens nos polimorfismos C1236T e G2677T no grupo de heterozigotos. Foram encontradas associações significativas entre o polimorfismo C3435T do gene MDR1 em pacientes com fenótipo estenosante na DC (OR: 3,16, p = 0,036), em oposição ao comportamento penetrante (OR: 0,31, p = 0,076). Na DC, associações positivas também foram encontradas entre o polimorfismo C3435T, à atividade moderada/severa da doença (OR: 3,54, p = 0,046), e à resistência / refratariedade ao corticosteróide (OR: 3,29, p = 0,043) nos homozigotos polimórficos. Nenhuma associação significativa foi encontrada entre os polimorfismos do MDR1 e categorias fenotípicas, atividade de doença ou resposta ao tratamento da RCUI. Em conclusão, os resultados do presente estudo sugerem que os polimorfismos do gene MDR1 poderiam estar implicados na susceptibilidade a DC e no seu fenótipo estenosante, como também estarem associados com uma resposta inadequada ao tratamento em um grupo de pacientes com DC. A forte relação com a DC suporta a existência de papéis adicionais para o MDR1 em mecanismos específicos subjacentes na patogênese da DC, como o controle da microbiota intestinal, mediação e regulação da fibrose. Além disso, compreender os efeitos de vários fármacos associados a estas variantes do MDR1 pode contribuir para a prescrição personalizada de regimes terapêuticos.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-03-02T12:11:42Z No. of bitstreams: 1 TeseCAS.pdf: 3874357 bytes, checksum: 0bd0fdf47146d9a5d45f62a5203ac011 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-03-20T20:12:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCAS.pdf: 3874357 bytes, checksum: 0bd0fdf47146d9a5d45f62a5203ac011 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-03-20T20:12:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCAS.pdf: 3874357 bytes, checksum: 0bd0fdf47146d9a5d45f62a5203ac011 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T20:29:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseCAS.pdf: 3874357 bytes, checksum: 0bd0fdf47146d9a5d45f62a5203ac011 (MD5) Previous issue date: 2016-11-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / The present work had as general objective to perform the genomic annotation of Expressed Sequences (ESTs) of Litopenaeus vannamei shrimp, available in the database of Project ShEST and to evaluate the polymorphism of mined SSR and SNP tags. These markers were located in the main chain of protein genes with function related to performance traits and were validated in SPF (Specific Pathogen Free) shrimp families submitted to selection for rapid growth and survival. In addition to the EST-SSR and EST-SNP loci, obtained by Sanger sequencing, Next Generation Sequencing (NGS) analyzes were included in the initial proposal of work with the objective of expanding the set of SNPs available and verifying the differential gene expression. The new assembly of ESTs was performed and produced a set of 2.984 unigenes with protein products for 41% of them, with 1.983 SSRs and 3.472 SNPs being identified. Among the loci with gene product identified, 231 were enzymes with 127 unique EC numbers inserted in 94 KEGG metabolic pathways. Loci validation showed that the loci of the 60S ribosomal (SSR-EST) and crustacyanin (SNP-EST) proteins were polymorphic in the animals sampled from Genearch. Statistical analyzes were conducted to verify the existence of a possible association between the genotypes and the analyzed weight phenotypes, although no association was observed. In addition, cross-species amplification tests were performed on seven species of marine and two freshwater prawns, demonstrating successful transferability for these species. The RNAseq approach was included in the present work with the purpose of increasing the number of SNPs detected in candidate genes with performance-related function and identifying differentially expressed (DE) genes in animals under experimental conditions. A second transcriptome was assembled from the muscle and hepatopancreas tissues of L. vannamei individuals (i) evaluated for rapid growth and survival and (ii) exposed to the White Spot Syndrome Virus (WSSV). A total of 63.105 transcripts were generated, with an average size of 2.511 bp and N50 of 3.464 bp. More than 15.500 SNPs were identified (frequency > 50%). Functional annotation was also performed on the bases of SwissProt, Gene Ontology (GO) and KEGG. Differential gene expression analyzes were performed on the animal samples evaluated for growth and response to WSSV infection. The data generated showed differences in the expression profile between the genes of (i) high and low growth animals, (ii) the hepatopancreas and muscle and (iii) the uninfected (healthy) and infected (ill) animals by WSSV, considering the effect of the tissue. Two-hundred and seven DE genes were identified for growth, 5.816 for hepatopancreas and muscle and 1.017 for ill and healthy animals. / O presente trabalho teve como objetivo geral realizar a anotação genômica de sequências expressas (ESTs) de Litopenaeus vannamei, disponíveis no banco de dados do Projeto ShEST e avaliar o polimorfismo de marcas SSR e SNP mineradas. Esses marcadores estavam localizados na cadeia principal de genes de proteínas com função relacionada a traços de desempenho e foram validados em famílias de camarões SPF (Specific Pathogen Free) submetidas à seleção para rápido crescimento e sobrevivência. Adicionalmente aos locos SSR-EST e SNP-EST, obtidos por sequenciamento Sanger, análises de Sequenciamento de Próxima Geração (NGS) foram incluídas na proposta inicial de trabalho com o objetivo de ampliar o conjunto de SNPs disponíveis e verificar a expressão gênica diferencial. A montagem de novo das ESTs foi realizada e produziu um conjunto de 2.984 unigenes com produtos proteicos para 41% destes, sendo identificados 1.983 SSRs e 3.472 SNPs. Dentre os locos com produto gênico identificado, 231 eram enzimas com 127 EC numbers únicos inseridos em 94 vias metabólicas do KEGG. A validação dos locos SSR-EST e SNP-EST mostrou que os locos das proteínas 60S ribossomal (SSR-EST) e crustacianina (SNP-EST) apresentaram-se polimórficos nos animais amostrados da Genearch. Análises estatísticas foram conduzidas para verificação da existência de uma possível associação entre os genótipos e os fenótipos de peso analisados, embora não tenha sido observada associação. Além disso, testes de amplificação heteróloga foram realizados em sete espécies de camarões marinhos e duas de água doce, demonstrando sucesso na transferabilidade para estas espécies. A abordagem de RNA-seq foi incluída no presente trabalho com o propósito de ampliar o número de SNPs detectados em genes candidatos com função relacionada a traços de desempenho e identificar genes diferentemente expressos (DE) em animais sob condições experimentais. Foi realizada a montagem de novo de um segundo transcriptoma, dos tecidos músculo e hepatopâncreas de indivíduos de L. vannamei (i) avaliados para rápido crescimento e sobrevivência e (ii) expostos ao vírus da Síndrome da Mancha Branca ou White Spot Syndrome Virus (WSSV). Foram gerados 63.105 transcritos, com tamanho médio de 2.511 pb e N50 de 3.464 pb. Foram identificados mais de 15.500 SNPs (frequência > 50%). Também foi realizada a anotação funcional nas bases do SwissProt, Gene Ontology (GO) e KEGG. Análises de expressão diferencial gênica foram realizadas nas amostras dos animais avaliados para crescimento e resposta a infecção pelo WSSV. Os dados gerados demonstraram diferenças no perfil de expressão entre os genes (i) de animais de alto e baixo crescimento, (ii) do hepatopâncreas e músculo e (iii) dos animais não-infectados (saudáveis) e infectados (doentes) pelo WSSV, considerando-se o efeito do tecido. Foram identificados 207 genes DE para crescimento, 5.816 para a comparação entre os tecidos e 1.017 para os animais doentes e saudáveis. / FAPESP: 2012/13069- 6 / FAPESP: 2012/17322-8

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SergioRFA.pdf: 2472351 bytes, checksum: daab3b710d9abca3798e5b5314990137 (MD5) Previous issue date: 2008-08-25 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Background: Leprosy can cause severe disability and disfigurement and is still a major health in different parts of the world. Only a subset of those individuals exposed to the pathogen will go on to develop clinical disease and there is a broad clinical spectrum amongst leprosy patients. The outcome of infection is in part due to host genes that influence control of the initial infection and the host?s immune response to that infection. Aim: Evaluate if polymorphisms type SNP in the 17q118q21 chromosomic region contribute to development of leprosy in Rio Grande do Norte population. Material and methods: A sample composed of 215 leprosy patients and 229 controls drawn from the same population were genotyped by using a Snapshot assay for eight genes (NOS2A, CCL18, CRLF3, CCL23, TNFAIP1, STAT5B, CCR7 and CSF3) located in chromosomic region 17q118q21. The genotype and allele frequency were measured and statistical analysis was performed by chi-square in SPSS version 15 and graph prism pad version 4 software. Results: Ours results indicated that the markers NOS2A8277, NOS2A8rs16949, CCR78rs11574663 and CSF38rs2227322 presented strong association with leprosy and their risk genotype were GG, TT, AA and GG respectively. The risk genotypes for all markers associated to leprosy presented recessive inheritance standard. When we compared the interaction among the markers in different combination we find that the marker NOS2A8277 associated with CCR78rs11574663 presented highest risk probability to development of leprosy. When we evaluated the haplotype of the risk markers it was found a haplotype associated with increase of the protection (CSF38rs22273228CC, CCR78 rs115746638GA, NOS2A8rs169498CT and NOS2A82778GA). The association of the clinical forms paucibacilary and multibacilary with markers showed that to the markers NOS2A8 2778GG, CCR78rs115746638AA and CSF38rs22273228GG there were a strong influence to migration to multibacilary pole and to marker NOS2A8rs169498TT the high proportion was found to the paucibacilary form. Conclusions: Changes in the genes NOS2A, CCR7 and CSF3 can influence the immune response against Mycobacterium leprae. The combination among these polymorphisms alters the risk probability to develop leprosy. The markers type SNP associated to development of the leprosy also are linked to clinical forms and its severity being the polymorphism NOS2A8rs169498TT associated with paucibacilar form and the polymorphisms NOS2A82778GG, CCR78rs115746638AA and CSF38rs22273228GG associated to multibacilar form / Introdu??o: A hansen?ase ? uma doen?a milenar que pode causar incapacidades f?sicas e desfiguramento, sendo ainda imponente em nosso pa?s, um problema de sa?de p?blica em seis pa?ses incluindo o Brasil. Apenas uma fra??o dos indiv?duos expostos ao Mycobacterium leprae desenvolve sintomas caracter?sticos da hansen?ase. Os fatores relacionados ? evolu??o da infec??o para doen?a depende em parte de caracter?sticas gen?ticas do hospedeiro que influenciam o controle da infec??o e ? progress?o da resposta imune. Objetivo: Avaliar se polimorfismos localizados na regi?o cromoss?mica 17q118q21 est?o associados ? hansen?ase numa popula??o oriunda do Rio Grande do Norte. Material e m?todos: Foram estudados 215 pacientes de hansen?ase e 229 controles sendo genotipados por Snapshot. Foram estudados varia??es em oito genes (NOS2A, CCL18, CRLF3, CCL23, TNFAIP1, STAT5B, CCR7 e CSF3) localizados na regi?o cromoss?mica 17q118q21. As freq??ncias genot?picas e al?licas foram determinadas por contagem direta e as diferen?as na distribui??o dessas entre os casos e os controles foram avaliadas por qui-quadrado usando o pacote estat?stico SPSS vers?o 15, e Graph Prism Pad vers?o 4.0. Resultados: Nossos resultados mostraram que os marcadores NOS2A8277, NOS2A8rs16949, CCR78rs11574663 e CSF38rs2227322 apresentam forte associa??o com a hansen?ase e seus gen?tipos de risco foram GG, TT, AA e GG respectivamente, apresentando todos padr?o de heran?a recessivo. O marcador NOS2A8277 e CCR78rs11574663 indicou maior probabilidade de risco no desenvolvimento a hansen?ase em (OR = 3,92, p = 0,0001). A avalia??o e hapl?tipos mostrou que CSF38rs22273228CC, CCR78rs115746638GA, NOS2A8rs169498CT e NOS2A82778GA est?o relacionados com a prote??o para o desenvolvimento da doen?a. Quando analisamos a distribui??o genot?pica dos marcadores estudados entre as formas cl?nicas paucibacilar e multibacilar, foram encontrados que os marcadores NOS2A82778 GG, CCR78rs115746638AA e CSF38rs22273228GG apresentavam uma forte associa??o com o polo multibacilar enquanto que o marcador NOS2A8rs169498TT foi associado a forma paucibacilar. Conclus?es: Os genes NOS2A, CCR7 e CSF3 possuiram grande import?ncia na resposta imune contra o Mycobacterium leprae e que modifica??es na seq??ncia nucleot?dica desses genes alteram a forma como agem no controle e desenvolvimento da hansen?ase. Os polimorfismos nesses genes possuem uma maior probabilidade de risco quando analisados combinados. A maior susceptibilidade induzida pelos polimorfismos nesses genes est? ligada a forma como evolui a doen?a sendo alguns deles associados a uma doen?a mais severa e outros a forma mais branda. Estes dados validam que o agregado de genes presentes no cromossomo 17 que expressam mol?culas importantes para manuten??o do equil?brio imune e que contribuem de forma intensa para a prote??o contra microorganismos intracelulares como o Mycobacterium leprae podem ter suas fun??es comprometidas por altera??o de suas seq??ncias nucleot?dicas

Submitted by Giovanna Valle Germano null (giovannagermano@hotmail.com) on 2017-08-22T19:29:55Z No. of bitstreams: 1 Dissertação versão permanente.pdf: 1257043 bytes, checksum: ed6cb7dcdfd7b4069bf40cae205d3396 (MD5) / Approved for entry into archive by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com) on 2017-08-23T18:43:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 germano_gv_me_bot.pdf: 1257043 bytes, checksum: ed6cb7dcdfd7b4069bf40cae205d3396 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-23T18:43:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 germano_gv_me_bot.pdf: 1257043 bytes, checksum: ed6cb7dcdfd7b4069bf40cae205d3396 (MD5) Previous issue date: 2017-07-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A hanseníase, causada pelo Mycobacterium leprae, ainda é considerada um relevante problema de saúde pública no Brasil, afetando o sistema nervoso periférico o que pode resultar em incapacidades físicas. É considerada uma doença complexa e durante a interação patógeno-hospedeiro o background genético do hospedeiro pode determinar o curso da doença que se apresenta de modo espectral abrangendo desde lesões localizadas até a doença disseminada com elevado índice bacilar. Neste estudo, avaliamos na população brasileira a associação com hanseníase do SNP -336A/G (rs4804803) no gene CD209, responsável por codificar o receptor DC-SIGN que está presente na superfície das células dendríticas e que participa do reconhecimento do M. leprae. A população de estudo incluiu 835 indivíduos do município de Rondonópolis-MT (424 controles e 411 casos). O genótipo GG deste SNP foi associado com a forma multibacilar da hanseníase (OR 4.52; IC 1.01-20.09; p=0.0472) e o alelo A foi associado com a proteção contra a forma multibacilar (OR 0.22; IC 0.05-0.98; p=0.0478). Realizamos estudos funcionais empregando células dendríticas estimuladas com antígenos do bacilo e verificamos que os carreadores do alelo G expressaram níveis menores dos receptores DC-SIGN e CD80 e secretaram menos TNF e mais TGF-β1 frente a antígenos do bacilo. Em conjunto, esses dados sugerem menor eficiência dos portadores do alelo G em ativar a resposta imune eficaz contra o M. leprae. / Leprosy, caused by Mycobacterium leprae, is still considered a relevant public health problem in Brazil, affecting the peripheral nervous system which can result in physical disabilities. It is considered a complex disease and during pathogenhost interaction the genetic background of the host determine the course of the disease that presents in a spectral range from localized lesions to the disseminated disease with high bacillary index. In this study, we evaluated in the Brazilian population the association with leprosy of -336A/G (rs4804803) SNP in the CD209 gene. This gene encodes DC-SIGN receptor, that is present on the surface of dendritic cells and participates in the recognition of M. leprae. The study population included 835 individuals (424 controls and 411 cases). The GG genotype of this SNP was associated with the multibacillary form of leprosy (OR 4.52, CI 1.01-20.09, p = 0.0472) and the A allele was associated with protection against multibacillary form (OR 0.22, IC 0.05-0.98, p = 0.0478). We performed functional studies using dendritic cells stimulated with bacillus antigens and found that carriers of the G allele expressed lower levels of DC-SIGN and CD80 receptors and secreted less TNF and more TGF-β1 against bacilli antigens. Together, these data suggest a lower efficiency of the G allele carriers in activating the effective immune response against M. leprae.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:13:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MariaLC_TESE.pdf: 1193515 bytes, checksum: 3a2d36973fa8df734305dbfc5a101581 (MD5) Previous issue date: 2012-12-04 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / O objetivo deste estudo foi investigar a contribui??o de 6 polimorfismos do gene MSX1 em pacientes com fenda l?bio e/ou palatina n?o-sindr?mica. Avaliou-se tamb?m a contribui??o materna, de forma qualitativa, do etilismo e tabagismo durante a gesta??o como fatores etiol?gicos, bem como iniciou-se a pesquisa de novas variantes no gene MSX1. Este estudo foi realizado com a colabora??o de uma equipe multidisciplinar que atende os pacientes fissurados. Foram estudados 358 indiv?duos dos quais 158 s?o pacientes com fendas orais e 200 s?o crian?as saud?veis constituindo o grupo controle. Todos os indiv?duos e/ou respons?veis legais responderam ao question?rio com informa??es sobre h?bitos de vida e hist?rico familiar. Para a pesquisa de polimorfismos foram utilizados ensaios pr?-desenhados (TaqMan?) empregando t?cnica de discrimina??o al?lica e para novas variantes foi aplicada a t?cnica High Resolution Melt Curve (HRM), ambos pela PCR em Tempo Real (ABI Prism 7500 Fast Real Time). O sequenciamento foi realizado em parceria com o Centro de Estudos do Genoma Humano (CEGH USP; ABI 3730 DNA Analyser - Applied Biosystems - Foster City, CA, USA) para confirma??o das variantes. Observou-se que, em rela??o ao g?nero, 60% dos pacientes eram do g?nero masculino e 40% do g?nero feminino. O etilismo materno durante a gravidez aumentou o risco de fendas orais em crian?as 3,37 vezes (IC95%: 1,56-7,28, p=0,002). Os resultados demonstraram que nenhum dos 6 polimorfismos estudados demonstraram associa??es significantes com a fenda l?bio e/ou palatina n?o-sindr?mica (p>0,05). Na pesquisa de novas variantes foi aplicada a t?cnica (HRM) para as regi?es 3 UTR e 5? pr?xima do gene MSX-1, dois polimorfimos foram identificados e caracterizados para a regi?o 3`UTR (rs1095, rs2229262) e um polimorfismo para regi?o 5? (rs3821949). N?o foram identificadas novas muta??es. Os resultados obtidos pelo HRM n?o mostraram relev?ncia estat?stica dos polimorfismos encontrados com a etiologia das fendas orais. Conclui-se que, o presente estudo n?o mostra associa??o significativa dos polimorfismos estudados do gene MSX1 com o desenvolvimento das fendas l?bio e/ou palatina n?o-sindr?micas, mas a an?lise de fatores ambientais sugere que o etilismo materno durante a gesta??o ? um importante fator de risco na etiologia das fendas orais. Al?m disso, este estudo possui uma abordagem in?dita do gene MSX-1 em pacientes com fendas orais no Rio Grande do Norte contribuindo para o esclarecimento da etiologia das fendas orais n?o-sindr?micas

Submitted by Cíntia Maria Marchiori (cintia-marchiori@hotmail.com) on 2018-05-16T23:45:36Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Definitiva.pdf: 1874440 bytes, checksum: e48c0b00ff81957eb607e25504e3a9ae (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-05-17T16:56:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 marchiori_cm_me_jabo.pdf: 1874440 bytes, checksum: e48c0b00ff81957eb607e25504e3a9ae (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-17T16:56:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marchiori_cm_me_jabo.pdf: 1874440 bytes, checksum: e48c0b00ff81957eb607e25504e3a9ae (MD5) Previous issue date: 2018-04-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Na raça Quarto de Milha de equinos (Equus caballus), diferentes objetivos de seleção levaram à formação de linhagens com distintas habilidades, entre as quais a de trabalho e a de corrida. A linhagem de trabalho destina-se às provas de caráter funcional, explorando habilidades como agilidade e obediência, características consideradas de grande importância no manejo do gado a campo. Os animais de corrida apresentam melhor desempenho em pistas de curtas distâncias do que qualquer outra raça de equinos. O objetivo deste estudo foi caracterizar, por meio da genotipagem de SNP em larga escala, o desequilíbrio de ligação (LD), calculado por r², nas linhagens de trabalho e de corrida de cavalos Quarto de Milha criados no Brasil. Também foi investigado o tamanho efetivo (Ne) das duas populações, bem como as suas estruturas e relações. Para tanto, foram utilizados 428 equinos Quarto de Milha, de ambos os sexos, registrados na associação Brasileira de criadores da raça (ABQM), sendo 68 da linhagem de trabalho e 360 da de corrida. Estes animais tiveram o sangue colhido no Jockey Club de Sorocaba (Sorocaba/SP) e em propriedades rurais localizadas em dezenas de cidades do interior do Estado de São Paulo. Cento e oitenta e oito animais, 68 da linhagem de trabalho e 120 da de corrida foram genotipados, no ano de 2011, utilizando arranjo de 54.602 SNP (54K). As demais amostras da linhagem de corrida (n = 240) foram genotipadas, no ano de 2015, com arranjo de 65.157 SNP (65K). Após a realização de processo de imputação, o número de SNP informativos na linhagem de corrida foi de 55.114. Desta forma, para as análises genéticas subsequentes realizadas nas linhagens de trabalho e de corrida foram utilizados 43.117 e 55.114 SNP, respectivamente. O r² genômico médio entre pares de marcadores foi 0,22 para a linhagem de trabalho e 0,27 para a de corrida. Na linhagem de trabalho o r² foi inferior a 0,2 entre 100 e 150 Kb, enquanto na de corrida foram encontrados valores de r² menores que 0,2 entre 300 e 350 Kb. A estimativa dos valores de Ne foi de 60 e 50 animais na última geração para as linhagens de trabalho e de corrida, respectivamente. A maior extensão do LD e o menor Ne na linhagem de corrida podem ser explicados pela sua estrutura populacional mais fechada em decorrência do maior rigor no registro genealógico dos animais, além da grande influência do Puro-Sangue Inglês na sua formação. O estudo da estrutura da população indicou clara distinção entre as duas linhagens da raça. Na linhagem de corrida, contudo, foram evidenciadas substruturas populacionais decorrentes da formação de famílias que descendem de diferentes e importantes reprodutores. / In the Quarter Horse breed (Equus caballus), different selection objectives led to the formation of lineages with different abilities, including cutting and racing. The cutting line intended for functional tests, exploring skills such as agility and obedience, characteristics considered of great importance in the management of cattle. Racing animals perform better on runways short distances than any other horse breed. The objective of this study was to characterize, by means of large-scale SNP genotyping, the linkage disequilibrium (LD), calculated by r², in the cutting and racing lines of Quarter Horses created in Brazil. The effective size (Ne) of the two populations was investigated, as well as their structures and relationships. For that, 428 Quarter Horses of both sexes, registered in the Brazilian Association of Breeders (ABQM) were used, of which 68 were from the cutting line and 360 from the racing. These animals had blood collected at the Jockey Club of Sorocaba (Sorocaba/SP) and on rural properties located in dozens of cities in the interior of the São Paulo State. One hundred and eighty-eight animals, 68 of the cutting line and 120 of the racing were genotyped in the year 2011, using a 54,602 SNP array (54K). The other racing line samples (n = 240) were genotyped in 2015, with an array of 65,157 SNP (65K). After the imputation process, the number of informative SNP in the racing line was 55,114. Thus, for the subsequent genetic analyzes performed on the cutting and racing lines, 43,117 and 55,114 SNP were used, respectively. The mean genomic r² between pairs of markers was 0.22 for the cutting line and 0.27 for the racing. In the cutting line the r² was less than 0.2 between 100 and 150 Kb, while in the racing r² values were lower than 0.2 between 300 and 350 Kb. The estimates of Ne values were 60 and 50 animals in the last generation for the cutting and racing lines, respectively. The longer extent of the LD and the smaller Ne in the racing line can be explained by its more closed population structure due to the greater rigor in the genealogical register of the animals, further on the great influence of the Thoroughbred in its formation. The population structure study indicated a clear distinction between the two lineages of the breed. However, in the racing line, population substructures were evidenced due to the formation of families that descend from different and important stallions.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FladjuleRSS.pdf: 330062 bytes, checksum: 22e7d9836e1ea44b75c1f00b2ab22a60 (MD5) Previous issue date: 2008-03-28 / Bacterial meningitis (BM) is still an important infectious disease causing death and disability. Invasive bacterial infections of the central nervous systems (CNS) generate some of the most powerful inflammatory responses known, which contributes to neuronal damage. The DNA microarray technology showed alterations in the kynurenine (KYN) pathway that is induced in BM and other diseases associated with inflammation, leading to brain injury. Our main aim was to search SNPs previously described in the KYN path enzymes to investigate a putative association of this SNPs with imbalanced in this pathway in patients with BM. The patients included in this study were 33 males and 24 females, with ages varying from 02 months to 68 years. SNPs were located inside of the domain conserved in KYNU, IDO, KATI and KATII. Primers were designed for analysis of SNPs already described by PIRA-PCR followed by RFLP. The analysis of KYNU+715G/A SNP found a heterozygous frequency of 0.033. We did not found the variant allele of SNP KYNU+693G/A, KATI+164T/C, KATII+650C/T and IDO+434T/G. Despite of previews studies showing the importance of KYN pathway we did not found one association of these SNPs analyzed with susceptibility or severity of MB in study population. / A meningite bacteriana (MB) ? uma doen?a infecciosa que causa morte e deixa graves seq?elas. Infec??es bacterianas do sistema nervoso central (SNC) geram uma das mais poderosas respostas inflamat?rias conhecidas, a qual contribui para os danos neuronais. Atrav?s de an?lises por Microarray foi poss?vel observar altera??es na Rota da Quinurenina (RQ) que s?o induzidas na MB e em outras doen?as associadas com inflama??o, levando a inj?ria cerebral. A RQ tem um papel crucial na patog?nese da MB, produzindo neurotoxinas e esp?cies reativas de oxig?nio. Nosso principal objetivo foi buscar SNPs previamente descritos no banco de dados do NCBI em enzimas da RQ e investigar uma poss?vel associa??o destes SNPs com as altera??es da RQ em pacientes com MB. Os pacientes inclu?dos neste estudo foram 33 homens e 24 mulheres, com idades variando entre 02 meses a 68 anos. Os SNPs foram localizados dentro do dom?nio conservado da cadeia polipept?dica das enzimas KYNU, IDO, KATI e KATII. Primers foram desenhados para an?lises do SNPs atrav?s da t?cnica do PIRA-PCR seguido por RFLP. A an?lise do SNP KYNU+693G/A mostrou uma freq??ncia de heterozigosidade de 0,033. N?s n?o encontramos freq??ncia al?lica na popula??o estudada para os SNPs KYNU+693G/A, KATI+164T/C, KATII650C/T e IDO+434T/G. Apesar de estudos anteriores mostrarem a import?ncia da RQ, n?o foi encontrada uma associa??o dos SNPs estudados com a susceptibilidade ou a severidade das seq?elas da MB na popula??o em estudo.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-03-21T11:41:24Z No. of bitstreams: 1 ClarissaLoureiroCampeloBezerra_TESE.pdf: 6936560 bytes, checksum: 72a397096dabf519d649a5db63d55327 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-03-22T15:43:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ClarissaLoureiroCampeloBezerra_TESE.pdf: 6936560 bytes, checksum: 72a397096dabf519d649a5db63d55327 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-22T15:43:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ClarissaLoureiroCampeloBezerra_TESE.pdf: 6936560 bytes, checksum: 72a397096dabf519d649a5db63d55327 (MD5) Previous issue date: 2017-03-14 / Crescentes evidencias indicam que a susceptibilidade gen?tica contribui para a etiologia da doen?a de Parkinson espor?dica (DP). Varia??es gen?ticas no gene SNCA, respons?vel pela codifica??o da alfa-sinucle?na, foram bem estabelecidas atrav?s de estudos de linkage e GWAS. Estudos em todo o mundo encontraram associa??o positiva com polimorfismos de nucleot?deo ?nico (SNPs) no gene SNCA e o aumento do risco para DP. Al?m disto, varia??es no SNCA podem influenciar caracter?sticas ou fen?tipos da DP espor?dica. Este estudo teve como objetivo investigar associa??es entre os SNPs no gene SNCA e a sintomatologia motora e n?o-motora da DP em uma popula??o brasileira. 206 sujeitos (grupo DP= 105 e grupo controle= 101) participaram do estudo. Os pacientes com DP foram recrutados no ambulat?rio de neurologia do Hospital Onofre Lopes, na cidade de Natal (RN). Foram utilizados question?rios e escalas para avaliar o hist?rico de sa?de, fatores ambientais, aspectos motores (Hoehn & Yarh e Unified Parkinson?s Disease Rating Scale), funcionais (Schwab & England), cognitivos (Bateria de Avalia??o Frontal e Mini-Exame do Estado Mental) e emocionais (Invent?rio de Depress?o de Beck e Inventario de Ansiedade de Beck) dos participantes. Tamb?m foi coletada uma amostra de sangue para a realiza??o da extra??o do DNA e posterior genotipagem dos SNPs rs11931074, rs356219, rs2583988, rs2736990. Quanto a avalia??o cl?nica, o grupo DP apresentou comprometimento motor de moderado a severo associado a uma moderada redu??o da capacidade funcional. Os d?ficits cognitivos foram mais presentes nos sujeitos com baixa escolariza??o. Os sintomas depressivos e ansiosos foram evidenciados com maior frequ?ncia e gravidade no grupo DP. Os dados da genotipagem mostraram todos os SNP mais frequentes no grupo DP, e a associa??o dos SNPs rs356219, rs2583988, rs2736990 aumentando o risco para DP foi confirmada. Tamb?m foi encontrada uma associa??o dos alelos de risco com a DP de in?cio precoce. T-rs2583988, G-rs356219 e C-2736990 foram significativamente mais frequentes nos pacientes com altera??es cognitivas quando comparados aos controles com a mesma condi??o. Al?m disto, a presen?a de altera??es cognitivas foi mostrou-se um fator preditivo para a DP em um modelo de regress?o log?stica. Este estudo ? o primeiro a demonstrar a associa??o de polimorfismos no gene SNCA em uma popula??o da Am?rica do Sul. / Increasing evidence indicate that genetic susceptibility contributes to the etiology of sporadic Parkinson?s Disease (PD). Genetic variations in SNCA gene, which encodes alpha-synuclein protein, are already well established in linkage and GWAS studies. Worldwide studies have find positive association of single nucleotide polymorphism (SNP) in SNCA and the increase risk for PD. In addition, variants in SNCA can influence individual traits or phenotypes of sporadic PD. The present study investigated associations between SNPs in SNCA gene and motor and non-motor symptoms of PD in a Brazilian population. 206 subjects (PD group= 105 and Control group = 101) participated in this study. The patients with PD were recruited from the neurology clinic of Onofre Lopes University Hospital, in Natal (RN, Brazil). We used questionnaires and scales to evaluate the healthy history, environmental factors, motor (Hoehn & Yarh e Unified Parkinson?s Disease Rating Scale), functional (Schwab & England), cognitive (Frontal Assessment Battery and Mini Mental State Examination) and emotional (Beck Depression Inventory and Beck Anxiety Inventory) aspects of the subjects. We also collected a blood sample to DNA extraction and genotyping of SNPs rs11931074, rs356219, rs2583988 and rs2736990. Regarding clinical assessment, the PD group presented motor impairment associated to a moderate decrease of functional capacity. The cognitive impairments were more evident in individuals with low education. Depressive and anxiety symptoms had a higher frequency and severity in PD group. All SNPs were more frequent in PD patients (p<0.05), and the associations of SNPs rs2583988, rs356219 and rs2736990 with increased PD risk were confirmed. The G-rs356219 and C-rs2736990 alleles had a significant higher frequency in patients with early onset PD. T-rs2583988, G-rs356219 and C-2736990 risk alleles were significantly more frequent in PD patients with cognitive impairments than controls in this condition. Furthermore, the presence of cognitive impairment was a predictor for PD in a logistic regression model. This study demonstrated for the first time an association of SNCA polymorphisms and PD in a South-American sample.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-08-10T11:14:59Z No. of bitstreams: 1 JoaoFelipeBezerra_TESE.pdf: 746132 bytes, checksum: eaa5510288612768dad80b3efbef567c (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-08-10T13:50:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 JoaoFelipeBezerra_TESE.pdf: 746132 bytes, checksum: eaa5510288612768dad80b3efbef567c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-10T13:50:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JoaoFelipeBezerra_TESE.pdf: 746132 bytes, checksum: eaa5510288612768dad80b3efbef567c (MD5) Previous issue date: 2017-04-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / As fendas orais constituem um problema de sa?de publica atingindo cerca de 15% de todas as malforma??es, caracterizando-se pela forma??o incompleta das estruturas que separam a cavidade nasal e a cavidade oral com fatores gen?ticos e ambientais que contribuem para sua etiologia. Atualmente, estudos de microarray, utilizando pacientes fissurados identificaram diversas regi?es de susceptibilidade para o desenvolvimento das fendas orais n?o-sindr?micas, dentre essas alguns estudos demonstraram a regi?o do gene Interferon Regulatory Factor 6 (IRF6) associado ao aumento de risco para o desenvolvimento das fendas. O objetivo do presente trabalho ? pesquisar polimorfismos do gene IRF6 e as poss?veis associa??es com o desenvolvimento das fendas orais n?o-sindr?micas. Para isso, um total de 368 individuos (186 pacientes FL/P e 182 controles) foram selecionados no Servi?o de Atendimento ao Paciente Fissurado - HUOL/UFRN. Amostras de sangue foram coletadas para extra??o do DNA e an?lise dos polimorfismos do gene IRF6 (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019, e rs1044516) por PCR em tempo real. Os pacientes foram classificados nos grupos Fenda L?bio-palatina (CLP), Fenda labial (CL) e Fenda Palatina (CP) e foi observada uma associa??o significativa de rs2235371 (OR: 11,24, 95% CI: 1.97-64.22, p = 0,016) no grupo com a fendas palatinas isoladas (CP). Al?m disso, a an?lise da combina??o al?lica mostrou um aumento do risco de fendas associado aos polimorfismos rs1044516 e rs2236907, uma vez que estavam presentes em todas as combina??es significativas. Assim, a associa??o do rs2235371 com pacientes do grupo CP mostra-se como um fator de risco para CP em nossa popula??o. A an?lise das combina??es al?licas mostram a influ?ncia de polimorfismos do IRF6 combinadas, principalmente (rs1044516 e rs2236907) sugerem que cada polimorfismo pode contribuir minimamente para aumentar o risco de desenvolver fendas orais n?o-sindr?micas em uma popula??o brasileira de Rio Grande do Norte. / Orofacial clefts are a public health problem accounting for approximately 15% of all malformations, characterized by the incomplete formation of structures that separate the nasal cavity and oral cavity with genetic and environmental factors that contribute to its etiology. Currently, microarray studies using fissured patients have identified several regions of susceptibility to the development of non-syndromic orofacial clefts among which some studies have demonstrated the region of the Interferon Regulatory Factor 6 (IRF6) gene associated with increased risk for non-syndromic orofacial clefts development. The aim of the present study is to investigate polymorphisms of the IRF6 gene and the possible correlations with the development of non-syndromic orofacial clefts. For this, a total of 368 individuals (186 FL / P patients and 182 controls) were selected in the Service of the Fissured Patient - HUOL / UFRN. Blood samples were collected for DNA extraction and analysis of the polymorphisms of the IRF6 gene (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019, and rs1044516) by real-time PCR. Patients were classified into the CLP, CL and CP groups and a significant association of rs2235371 (OR: 11.24, 95% CI: 1.97-64.22, p = 0.016) was observed in the group with isolated palate clefts (CP). In addition, the analysis of the allelic combination showed an increased risk orofacial clefts associated with the polymorphisms rs1044516 and rs2236907, since they were present in all significant combinations. Thus, the association of rs2235371 with patients in the CP group is shown as a risk factor for CP in our population. The analysis of allelic combinations show the influence of combined IRF6 polymorphisms mainly (rs1044516 and rs2236907) suggest that each polymorphism may contribute minimally to increase the risk of developing non-syndromic orofacial clefts in a Brazilian population of Rio Grande do Norte.