L'objectiu d'aquest treball és l'avaluació dels efectes que té el procés de congelació-descongelació en diferents estructures de l'espermatozoide porcí, com ara l'estructura nuclear, la funció mitocondrial i l'estructura subpoblacional espermàtica. En el primer estudi es va comprovar l'efecte de la congelació-descongelació sobre l'estructura nuclear de l'espermatozoide porcí. El procés de congelació-descongelació no va causar trencament de l'ADN però sí que va provocar una desestabilització dels complexes protamina-1-ADN. Aquesta desestabilització ja es va començar a fer evident en les mostres refrigerades a 5 ºC, demostrant que és la fase de refrigeració fins a 5 ºC una de les més letals durant la congelació d'espermatozoides porcins. En el segon treball es van avaluar els canvis que pateix l'estructura subpoblacional mòtil del semen de porc durant el procés de congelació-descongelació, tenint en compte la congelabilitat dels ejaculats, a més de l'activitat mitocondrial i la formació d'espècies reactives de l'oxigen (ROS) d'origen mitocondrial. Així, es van observar 4 subpoblacions mòtils en tots els tractaments (fresc i congelat-descongelat) i totes les congelabilitats (bons, moderats i mal congeladors) estudiades. La resposta de molts dels paràmetres de motilitat estudiats després de la congelació-descongelació, va ser molt diferent en el semen dels mals congeladors en comparació amb els bons congeladors. A més, en l'estudi de l'activitat mitocondrial es va observar que les mostres dels mals congeladors eren les que presentaven una activitat mitocondrial més baixa. Finalment, en el tercer treball es va estudiar l'efecte de la criopreservació sobre la funció mitocondrial de l'espermatozoide porcí. Es va avaluar l'activitat mitocondrial juntament amb el ritme de formació de ROS d'origen mitocondrial, així com l'expressió i la localització de dues proteïnes importants en la funció mitocondrial, la mitofusina-2 (Mfn-2) i l'actina. Es va observar que tant l'activitat mitocondrial com la formació de ROS disminuïen amb la congelació amb un descens inicial en la refrigeració. A més, també es van observar canvis en l'expressió i localització tant de la Mfn-2 com de l'actina, que ja es van fer aparents en la refrigeració. En conclusió, aquests estudis han demostrat que la majoria dels danys provocats pel procés de congelació-descongelació s'inicien durant la refrigeració a 5 ºC, sent aquest pas molt important per a la supervivència espermàtica. El procés de congelació-descongelació provoca desestructuració nuclear, sense arribar a provocar el trencament nuclear, així com canvis en l'estructura de subpoblacions espermàtiques mòtils, sent aquests canvis més evidents en ejaculats amb baixa qualitat en la congelació. Finalment, la congelació-descongelació provoca una disminució de l'activitat mitocondrial deguda a canvis en l'expressió i localització de proteïnes que regulen la funció mitocondrial. / El objetivo de este trabajo es el de evaluar los efectos que tiene el proceso de congelación-descongelación en diferentes estructuras del espermatozoide porcino, como la estructura nuclear, la función mitocondrial y la estructura subpoblacional espermática. En el primer estudio se comprobó el efecto de la congelación-descongelación sobre la estructura nuclear del espermatozoide porcino. El proceso de congelación-descongelación no causó fraccionamiento del ADN, pero sí que provocó una desestabilización de los complejos protamina-1-ADN. Esta desestabilización ya se empezó a hacer evidente en las muestras refrigeradas a 5 ºC, demostrándose que es la fase de refrigeración hasta 5 ºC una de las más letales durante la congelación de espermatozoides porcinos. En el segundo trabajo se evaluaron los cambios que sufre la estructura subpoblacional mótil del semen de cerdo durante el proceso de congelación-descongelación, teniendo en cuenta la congelabilidad de los eyaculados, además de la actividad mitocondrial y la formación de especies reactivas del oxigeno (ROS) de origen mitocondrial. Así, se observaron 4 subpoblaciones mótiles en todos los tratamientos (fresco y congelado-descongelado) y todas las congelabilidades (buenos, moderados y malos congeladores) estudiadas. La respuesta de la mayoría de los parámetros de motilidad estudiados después de la congelación-descongelación, fue muy diferente en el semen de los malos congeladores en comparación con los buenos congeladores. Además, en el estudio de la actividad mitocondrial se observó que las muestras de los malos congeladores eran las que presentaban una actividad mitocondrial más baja. Finalmente, en el tercer trabajo se estudió el efecto de la criopreservación sobre la función mitocondrial del espermatozoide porcino. Se evaluó la actividad mitocondrial juntamente con el ritmo de formación de ROS de origen mitocondrial, así como la expresión y la localización de dos proteínas importantes en la función mitocondrial, la mitofusina-2 (Mfn-2) y la actina. Se observó que tanto la actividad mitocondrial como la formación de ROS disminuían con la congelación con un descenso inicial en la refrigeración. Además también se observaron cambios en la expresión y localización tanto de la Mfn-2 como de la actina, que ya se hicieron aparentes en la fase de refrigeración. En conclusión, estos estudios han demostrado que la mayoría de los daños provocados por el proceso de congelación-descongelación se inician durante la refrigeración a 5 ºC, siendo este paso muy importante para la supervivencia espermática. El proceso de congelación-descongelación provoca desestructuración nuclear, sin llegar a provocar el fraccionamiento nuclear, así como cambios en la estructura de subpoblaciones espermáticas mótiles, siendo estos cambios más evidentes en eyaculados con baja calidad en la congelación. Finalmente, la congelación-descongelación provoca una disminución de la actividad mitocondrial debida a cambios en la expresión y localización de proteínas que regulan la función mitocondrial. / The aim of this work is to evaluate the effects of freezing-thawing process on different structures of porcine spermatozoa, such as nuclear structure, mitochondrial function and spermatic subpopulational structure. In the first study we tested the effect of freezing-thawing on the nuclear structure of porcine spermatozoa. Freezing-thawing did not cause DNA fragmentation, although a clear destabilization of the protamine-1-DNA complexes was apparent. This destabilization started after cooling phase to 5 ºC included in the freezing-thawing procedure. This indicates that this cooling phase is one of the most lethal phases during the freezing-thawing process of porcine spermatozoa. In the second study we evaluated the changes that the boar sperm motile subpopulational structure suffered during the freezing-thawing procedure taking into account the freezability of the ejaculates, as well as the mitochondrial activity and the mitochondrial formation of reactive oxygen species (ROS). We observed 4 motile subpopulations in all the treatments (fresh and frozen-thawed) and all the freezabilities (good, average and bad freezers) studied. The response of the majority of the motility parameters studied after the freezing-thawing was very different in the bad freezers semen compared with the good freezers. Furthermore, in the study of the mitochondrial activity we observed that the bad freezers samples presented the lowest mitochondrial activity. Finally, in the third work we studied the effect of the cryopreservation on the mitochondrial function of porcine spermatozoa. We evaluated the mitochondrial activity together with the rhythm of mitochondrial ROS formation, as well as the expression and localization of two important proteins on the mitochondrial function, mitofusin-2 (Mfn-2) and actin. We observed that mitochondrial activity as well as mitochondrial ROS formation decreased during the freezing with an initial drop in the cooling phase. Furthermore we also observed changes on the expression and localization of Mfn-2 and actin, which became apparent on the cooling phase. In conclusion, this study has demonstrated that the majority of the damage caused by the freezing-thawing process began during the cooling phase to 5 ºC, being this step very important for sperm survival. The freezing-thawing process caused a nuclear destructuration, without causing nuclear fragmentation, as well as changes on the motile sperm subpopulational structure, being these changes more evident on ejaculates with the poorest freezing quality. Finally, freezing-thawing caused a decrease on the mitochondrial activity due to changes on the expression and localization of proteins which regulate mitochondrial function.

La listériose est une maladie rare mais grave d’origine alimentaire provoquée par Listeria monocytogenes. En raison de sa capacité de survie importante dans les sols, la présence de cette bactérie dans les effluents d’élevages porcins destinés à être épandus constitue un problème de santé publique. L’un des facteurs pouvant expliquer la persistance de L. monocytogenes dans l’environnement est sa capacité à entrer dans un état viable mais non cultivable (VNC). Nos travaux avaient pour objectif, d’une part de suivre le comportement de L. monocytogenes dans les effluents d'élevages porcins (lisier et effluent de lagune) et notamment les formes VNC, et d’autre part d’étudier son adaptation lors de son transfert dans les effluents de lagune et dans le sol. Dans un premier temps, nous avons optimisé les conditions de la qPCR couplée au propidium monoazide (qPCR-PMA) afin d’adapter cette méthode au dénombrement des formes VNC de L. monocytogenes dans le lisier et l’effluent de lagune. Dans un second temps, nous avons comparé par méthode culturale, qPCR-PMA et qPCR, la survie de deux souches de L. monocytogenes RifR de sérogroupes IIb et IVb inoculées dans deux lisiers et dans deux effluents de lagune incubés à 8°C et 20°C. Malgré leur origine et leur sérotype différents, les deux souches ont présenté une survie similaire dans toutes les conditions testées. La survie des deux souches a été affectée par la température (une persistance plus élevée a été observée à 8°C) et par l’origine des effluents. Cette étude a mis en évidence que L. monocytogenes était capable d’entrer dans l’état VNC dans les lisiers et les effluents de lagune indépendamment de la température. Les formes VBNC qui représentaient 83 à 99,8% des bactéries viables après 60 jours d’incubation, sont apparues dès les premières heures de contact avec les effluents. Leur proportion, plus élevée en début d’expérience dans les lisiers que dans les effluents de lagune, était cependant du même ordre de grandeur dans les deux types de matrices après 60 jours. Afin de mieux comprendre l’adaptation de L. monocytogenes lors de son transfert dans l’effluent de lagune et dans le sol, nous avons comparé le transcriptome par la technologie RNA-seq de la souche CIP 110868, isolée d’un lisier, inoculée dans des extraits stériles d’effluent de lagune et de sol. L’analyse du transcriptome a été réalisée à T0 (génome de référence), après 20 minutes et 20 heures d’incubation. L’analyse par enrichissement fonctionnel a révélé des modifications transcriptomiques dès les 20 premières minutes d’incubation dans les deux matrices. Une augmentation du taux de transcrit de gènes impliqués dans le transport de protéines et de sucres a été observée. Le taux de transcrit des gènes contrôlés par le facteur sigmaB est augmenté indiquant la mise en place d’une réponse aux stress osmotiques et thermiques. De plus, l’adaptation de la souche CIP 110868 dans les extraits de sol et d’effluent de lagune s’est accompagnée d’une augmentation au cours du temps des taux de transcrit des gènes impliqués dans la virulence et des gènes sous le contrôle du régulateur prfA. / Listeriosis is a rare but serious illness caused by foodborne Listeria monocytogenes. Because of its important survival capacity in the soil, the presence of this bacteria in effluent from pig farms intended to be spread is a public health problem. One factor that may explain the persistence of L. monocytogenes in the environment is its ability to enter a viable but non-culturable state (VNC). Our studies were aimed, firstly to monitor the behavior of L. monocytogenes in effluent from pig farms (manure and lagoon effluent) including VNC forms, and also to study its adaptation at transfer to the lagoon effluent and soil. First, we have optimized the conditions of qPCR coupled with propidium monoazide (qPCR-LDCs) to adapt this method to count VNC forms of L. monocytogenes in the manure and lagoon effluent. Secondly, we compared by cultivation method, qPCR and qPCR-LDCs, the survival of two strains of L. monocytogenes RifR IIb and IVb serogroups manure inoculated in two and two lagoon effluent incubated at 8 ° C and 20 ° C. Despite their origin and different serotype, the two strains showed a similar survival in all conditions tested. The survival of both strains was affected by the temperature (higher persistence was observed at 8 ° C) and the origin of the effluent. This study showed that L. monocytogenes was able to enter the VNC state in manure and lagoon effluent regardless of temperature. VBNC forms which accounted for 83 99.8% of viable bacteria after 60 days of incubation, appeared in the early hours of contact with effluent. Their proportion, higher at the beginning of experience in the manure lagoon in the effluent, however, was of the same order of magnitude in the two types of matrices after 60 days. To better understand the adaptation of L. monocytogenes when transferred into the lagoon effluent and soil, we compared the transcriptome by RNA-Seq technology CIP 110868 strain, isolated from a slurry inoculated in sterile effluent lagoon and extracts of soil. Transcriptome analysis was performed at T0 (reference genome), after 20 minutes and 20 hours of incubation. Functional enrichment analysis revealed transcriptomic changes during the first 20 minutes of incubation in both matrices. An increase in the gene transcript levels involved in the transport of proteins and sugars was observed. The rate of transcribed genes controlled by the sigmaB factor is increased indicating the establishment of a response to osmotic and thermal stress. In addition, the adaptation of the CIP 110868 strain in soil extracts and lagoon effluent was accompanied by an increase in time of transcript levels of genes involved in virulence and gene under the control the prfA regulator.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Depuis les 15 dernières années, de nombreuses études ont mis en évidence le rôle majeur de l’architecture nucléaire dans la régulation de l’expression des gènes et ceci dans une grande diversité de processus biologiques. Bien que la réponse immunitaire soit un de ces processus, peu de données existent sur l’organisation spatiale du génome dans les cellules immunitaires et son impact sur la régulation des gènes dans le contexte d’une réponse à l’infection bactérienne. En utilisant le porc comme organisme modèle, nous avons concentré notre étude sur les macrophages dérivés de monocytes, premières lignes de défense contre les pathogènes. Les cellules immunitaires étant les cibles des mycotoxines, nous nous sommes également intéressés aux effets de la toxine T-2 sur les macrophages et leur réponse induite par les récepteurs TLR. Un effet cytotoxique de la T-2 à une dose de 10 nM, ainsi que des effets inhibiteurs sur certaines réponses liées aux récepteurs TLR ont été mis en évidence. Nous avons ensuite examiné si les changements dans l'expression des gènes dus à l'activation impliquent un repositionnement dans l'espace nucléaire. Une analyse du transcriptome a permis d’identifier les gènes différentiellement exprimés dans les macrophages activés par le mélange LPS-IFNγ et de mettre en évidence des réseaux de gènes impliqués lors de l’activation. Les 4 gènes les plus sur-exprimés (IL1β, IL8, CXCL10 et TNFα) et les 4 gènes les plus sous-exprimés (VIM, LGALS3, TUBA3 et IGF2) ont été sélectionnés pour analyser leur comportement dans l'espace nucléaire au cours de l’activation des macrophages en utilisant la technique FISH 3D. Parmi les 4 gènes sur-exprimés, 3 présentent des modifications de leur position durant le processus d'activation alors que les 4 gènes sous-exprimés ne montent pas de variation de leur position. L'analyse de la position des gènes par rapport à leurs territoires chromosomiques (TC) a été étendue à un second type de cellules immunitaires : les neutrophiles. Des résultats similaires ont été obtenus. Les analyses ont été ensuite complétées par l'étude des 4 gènes sur-exprimés dans un type cellulaire indépendant de la réponse immunitaire (fibroblastes). Nos données suggèrent que les relocalisations dans l'espace nucléaire des gènes différentiellement exprimés dans les cellules immunitaires activées sont gène spécifique, type cellulaire spécifique et concernent essentiellement ceux qui sont sur-exprimés. / For the past 15 years, numerous studies have highlighted the role of nuclear architecture in regulating gene expression in a variety of biological processes. Although the immune response is one of these processes, few data exist on the spatial organization of the genome in immune cells and its impact on gene regulation in the context of a response to bacterial infection. Using pigs as a model organism, we focused our study on monocytederived macrophages, the first lines of defence against pathogens. As immune cells are the targets of mycotoxins, we also studied the effects of T-2 toxin on macrophages and on their responses induced by TLRs. A cytotoxic effect of T-2 at a dose of 10 nM, and an inhibitory effect on some responses related to TLRs have been demonstrated. We then examined whether changes in gene expression due to activation involve a repositioning within the nuclear space. A transcriptome analysis allowed us to identify differentially expressed genes in macrophages activated by LPS-IFNγ and to analyze gene networks involved during activation. The top 4 up-regulated genes (IL1 beta, IL-8, CXCL10 and TNF) and the top 4 down-regulated ones (VIM LGALS3, TUBA3 and IGF2) have been selected to analyze their behaviour in nuclear space during macrophages activation using 3D FISH technique. Among the 4 up-regulated genes, 3 show changes in their position during the activation process while the 4 down-regulated ones did not reposition. The analysis of gene behaviours towards their chromosome territories (CT) was extended to neutrophils and similar results were obtained. The analyses were then completed by the study of the 4 up-regulated genes in a non immune cell type (fibroblast). Our data suggest that relocation in the nuclear space of genes differentially expressed in activated immune cells is gene and cell type specific and mostly concerns those that are up-regulated.

El present treball constitueix el producte de la recerca d'una solució integral al greu problema social, econòmic i ambiental en què viuen dia a dia centenars de famílies assentades al Parc Porcí de Ventanilla, a Lima-Perú.S'analitza, s'adapta i fa viable l'aplicació de les tecnologies existents a la utilització de les excretes i orins dels porcs i de les aigües residuals dels habitatges com a matèria primera per a la producció de biogàs i altres subproductes, que serveixin com a: font d'energia, de matèries primeres per a la producció orgànica, per a l'ús racional de l'aigua, la planificació del territori i sobretot per la millora dels ingressos de les famílies, tot prioritzant l'ús dels recursos locals i que sigui assumible per les famílies per la seva operació, manteniment i rèplica, la qual cosa va significar treballar en una metodologia participativa involucrant a les famílies en tot el procés. / El presente trabajo constituye el producto de la búsqueda de una solución integral al grave problema social, económico y ambiental en que viven día a día cientos de familias asentadas en el Parque Porcino de Ventanilla, en Lima-Perú.Se analiza, se adapta y hace viable la aplicación de las tecnologías existentes a la utilización de las excretas y orines de los cerdos y de las aguas residuales de las viviendas como materia prima para la producción de biogás y otros subproductos, que sirvan como: fuente de energía, de insumos para la producción orgánica, para el uso racional del agua, la planificación del territorio y sobre todo para la mejora de los ingresos de las familias, todo ello priorizando el uso de los recursos locales y que sea asumible por las familias para su operación, mantenimiento y réplica, lo cual ha significado trabajar en una metodología participativa involucrando a las familias en todo el proceso. / This work results from the search of an integral solution to the very serious social, economical and environmental problems faced by hundreds of families settled in the Porcine Park of Ventanilla in Lima, Peru.The existing technologies have been analyzed, adapted and applied to use with pigs' excreta and urine, as well as with households´ wastewater as a feedstock for the production of biogas and other sub products. These will be used as: source of energy; organic production inputs; better management of water, spatial planning; and above all, for the improvement of households' incomes. This process prioritizes the use of local resources and is designed to be self managed by the families in terms of operation, maintenance and replication. These two objectives required working in a participatory approach that involved all the families throughout the complete process.

Les substances pharmaceutiques font partie du groupe des contaminants émergents du fait de leur intérêt récent dans les études environnementales comparativement à des polluants étudiés depuis plus longtemps tels que les pesticides. Elles correspondent aux principes actifs des médicaments et, à ce titre, sont responsables des propriétés pharmacologiques des médicaments. Ce sont donc des molécules biologiquement actives qui peuvent agir sur les organismes vivants présents dans les écosystèmes impactés. L’origine des substances pharmaceutiques dans l’environnement est variable mais les principales sources sont liées à leur utilisation en médecine humaine ou vétérinaire. Une fois consommées, les substances pharmaceutiques sont excrétées dans les urines ou les fèces et se retrouvent dans les eaux usées (consommation humaine) ou dans les déchets d’élevage (consommation vétérinaire). Dans le premier cas, elles peuvent être rejetées directement dans le milieu, ou indirectement, avec les eaux usées traitées ou les boues résiduaires, après traitement dans les stations d’épuration (STEP). Dans le deuxième cas, elles atteignent directement le milieu lorsque les animaux sont élevés en prairie ou indirectement lorsque les déchets d’élevage sont épandus sur les sols agricoles pour les fertiliser. Ces travaux de thèse se sont attachés à étudier l’origine et le devenir de ces substances dans ces 2 cas de figure. Ainsi en se basant sur des critères de consommation, de présence dans l’environnement par rapport à des études antérieures, de toxicité et d’écotoxicité, d’originalité et de disponibilité des composés standards de référence, 32 puis 78 molécules appartenant aux classes thérapeutiques des antibiotiques, des anticancéreux, des béta-bloquants, des anti-VIH et des inhibiteurs de phosphodiestérase de type 5 (PDE 5) ont été étudiées dans 2 continuums : i) effluents hospitaliers - eaux usées brutes et traitées – eaux de surface, et ii) eaux usées brutes et traitées - eaux de surface - eaux de captage souterraines. En s’appuyant sur les mêmes critères de sélection, le devenir de 7 antibiotiques a été étudié dans des lisiers porcins dans des filières simples de traitement du lisier (fosse de stockage), dans des filières complexes de traitement du lisier (système de traitement ressemblant à des mini STEP) et dans des mésocosmes en conditions contrôlées. Pour pouvoir réaliser l’ensemble de ces études, des protocoles analytiques mettant en œuvre une étape d’extraction par SPE (Solide Phase Extraction) ou d’extraction ASE (Extraction Accélérée par Solvant) puis de purification par SPE et d’analyse par LC/MS/MS (Chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem) ont été développés. Ces protocoles, en remplissant des critères de qualité tels que des limites de détection et de quantification compatibles avec des analyses environnementales (de l’ordre du ng/l à la dizaine de ng/l), une bonne linéarité, précision, justesse et performance, ont permis d’analyser la phase dissoute des échantillons d’eaux et la phase dissoute et solide des échantillons de lisiers. Il ressort des analyses des échantillons aqueux que : i) les béta-bloquants, les anti-VIH et les antibiotiques appartenant aux familles des macrolides, des fluoroquinolones et des sulfonamides, sont les molécules les plus représentatifs de la contamination du milieu naturel parmi les classes étudiées ; ii) les rejets de STEP sont une source majeure de la contamination des systèmes aquatiques ; iii) les eaux usées sont davantage contaminées en hiver qu’en été ; et iv) les eaux de surface sont davantage contaminées en été qu’en hiver. / Pharmaceutical substances belong to the group of emerging contaminants due to their recent interest in environmental studies in comparison with pollutants who have been studied for a longer time like pesticides. They correspond to the active ingredient of drugs and by this mean are responsible for their pharmacological properties. Consequently they are biologically active molecules that can act on living organisms present in impacted ecosystems. The origin of pharmaceuticals in the environment is variable but the main sources are related to their use in human and veterinary medicine. Once consumed, pharmaceutical substances are excreted in urine or feces and are found in wastewater (human consumption) or animal manure (veterinary consumption). In the first case, they can be discharged directly in the environment, or indirectly, with treated wastewater or sludge from sewage treatment plants (SWTP). In the second case, they directly reach the environment when animals are bred on grassland or indirectly when livestock wastes are spread on agricultural soils as fertilizer. This PhD work has been focused on the study of the origin and fate of pharmaceutical substances in these 2 cases. Thus according to consumption data, occurrence in the environment reported in previous studies, toxicity and ecotoxicity data, originality and availability of reference standard compounds, 32 then 78 molecules belonging to 5 different therapeutic classes (antibiotics, antineoplastics, beta-blockers, anti-HIV, phosphodiesterase type 5 inhibitors (PDE 5 inhibitors)) were studied in 2 continuums : i) hospital wastewater effluents – raw and treated wastewater – surface water, and ii) raw and treated wastewater – surface water – ground water. Based on the same selection criteria, the fate of 7 antibiotics was studied in pig manure in simple manure storage facilities (storage tank), in aerobic manure treatment facilities (treatment system like in small SWTP) and in mesocosms under controlled conditions. In order to achieve all these studies, analytical protocols implementing an extraction step by SPE (Solid Phase Extraction) or an ASE extraction (Accelerated Solvent Extraction) followed by a SPE purification and an analytical step by LC / MS / MS (liquid chromatography tandem mass spectrometry) have been developed. These protocols, by filling out quality criteria such as limits of detection and quantification compatible with environmental analysis (ng/l to dozen of ng/l), good linearity, precision, accuracy and performance, were used to analyze the dissolved phase of water samples and dissolved and solid phases of pig manure samples. The water samples analysis shows : i) beta-blockers, anti-HIV and antibiotic belonging to the families of macrolides, fluoroquinolones and sulfonamides are the most representative molecules of the environmental contamination from the classes studied; ii) SWTP releases are a major source of aquatic systems’ contamination; iii) wastewaters are more contaminated in winter than in summer; and iv) surface water are more contaminated in summer than in winter. The pig manure samples analysis shows : i) the levels of contamination of manure by antibiotics are high, from a few µg/l to mg/l; ii) the manure level of contamination is not related to the physiological stage of pigs; iii) the interest to store manure before spreading in order to reduce the antibiotics contamination is not highlighted; iv) oxytetracycline, tetracycline, tylosin and marbofloxacin are mainly present in the solid phase whereas sulfadiazine, lincomycin and monensin are mainly present in the liquid phase of manure; v) the separation of solid and liquid phases reduce manure contamination in aerobic treatment facilities; and vi) antibiotics degradation is mainly aerobic.Key words: ,