La majorité des adolescents québécois auront consommé une substance psychoactive avant la fin de leurs études secondaires. Parmi les facteurs ayant une influence sur cette consommation, on retrouve les normes sociales, dont les normes descriptives. Ce mémoire vise à évaluer l’impact des normes descriptives du milieu scolaire sur les comportements d’usage de cannabis chez les adolescents québécois, ainsi que sur les méfaits attribués à cette consommation. Cette étude examine les liens entre l’écart de perception de prévalence de consommation de cannabis au sein d’une école et la consommation ainsi que les conséquences attribuées à cet usage par les élèves. De plus, elle examine le rôle modérateur des écarts de perception de la prévalence de consommation sur la progression de la consommation, ainsi que sur le lien entre la consommation de cannabis en secondaire 4 et des conséquences attribuées à cette consommation un an plus tard. Provenant de la Stratégie d’Intervention Agir Autrement, l’échantillon de cette étude est constitué de 1601 élèves suivis de secondaire 2 à secondaire 5. Des analyses de régression logistique multinomiale ont été conduites et ont montré que plus les élèves surestiment la prévalence de consommation de cannabis au sein de leur école, plus ils ont de chance de consommer du cannabis et d’attribuer des conséquences négatives à leur consommation un an plus tard. Les résultats ont également montré un effet modérateur positif de l’écart de perception de la prévalence sur la progression de la consommation de cannabis de secondaire 4 à 5, spécifiquement chez les élèves ayant une faible consommation en secondaire 4. Finalement, les résultats ont montré un deuxième effet modérateur de l’écart de perception de prévalence, celui-ci sur le lien entre la consommation de cannabis en secondaire 4 et l’attribution de conséquences négatives à cette consommation un an plus tard. Précisément, les élèves ayant une faible consommation et qui surestiment la prévalence de consommation de cannabis au sein de leur école auront plus de chance d’attribuer plusieurs méfaits à leur consommation en secondaire 5 que d’en attribuer aucun. Par contre, les élèves ayant une consommation de cannabis élevée en secondaire 4 ne rapportent pas plus ni moins de conséquences selon leur estimation de prévalence. Les implications de ces résultats sont discutées. / Substance use in adolescence is a relatively common behavior. By the end of high school, a majority of Quebec teenagers will have experimented with psychoactive drugs or alcohol. Among the multiple factors influencing substance use are the social norms, namely the descriptive norms. This study evaluates the impact of the misperception of descriptive norms within the school context on marijuana use and its related consequences. Specifically, this study examines the relationship between the misperception of prevalence of cannabis use within a high school and the actual use of marijuana and its attributed related consequences. It also examines the moderating role of misperception of cannabis use prevalence on the progression of marijuana usage, and on the relationship between cannabis use in 10th grade and its attributed consequences a year later. Using data from the New Approaches, New Solutions intervention strategy, 1601 high school students were followed from grade 8 through grade 11. Multinomial logistic regression analyses were conducted and have indicated that the more the students overestimate the prevalence of cannabis use, the more chances they have to use marijuana themselves and attribute negative consequences to their cannabis use a year later. Results have also shown a moderating effect of the misperception of prevalence of cannabis use on the progression of marijuana use from grade 10 to 11, particularly with the students using marijuana occasionally in grade 10. Results also indicate a moderating effect of the misperception of prevalence of school wide cannabis use on the relationship between marijuana use in grade 10 and attributed consequences a year later. Specifically, students using marijuana occasionally and who overestimate the prevalence of cannabis use by their school peers will have more chances of attributing more than three consequences to their drug use in grade 11 than to attribute no harm to it whereas students who use marijuana frequently in grade 10 do not attribute consequences in accordance with their estimation of the prevalence of cannabis use by their school peers. Clinical implications of these findings are discussed.

Le comportement envers une activité physique (AP) peut être compris sur un continuum où les individus inactifs et les individus qui pratiquent de façon excessive représentent les deux extrémités. Au milieu de ce continuum se trouvent les individus qui pratiquent de façon modérée et régulière. Ce sont ces derniers qui semblent bénéficier le plus de la pratique d’une AP (Canning et al., 2014; Kern et al., 2013; Warburton et al., 2006; Spirduso, 1995) (Spirduso, 1995). Cette thèse a pour but de comprendre les comportements dites ‘à risque pour la santé’ par rapport à la pratique d’AP, notamment l’inactivité physique et la pratique problématique d’exercice physique (PPEP). Cette thèse s’articule donc en deux parties. La première partie ‘‘Perspectives théoriques’’ a pour but la présentation d’une recherche adaptée afin de fournir une compréhension complète des comportements vis à vis la pratique d’AP et plus particulièrement l’inactivité physique et la PPEP. Cette partie vise également à faire un état de lieu de leurs méthodes d’évaluation, leurs causes et conséquences, ainsi que leurs préventions et traitements. La deuxième partie ‘‘Perspectives empiriques’’ qui sera elle même divisée en deux sous sections, sera consacrée aux différents articles (publiés ou en cours) englobant l’inactivité physique chez les étudiants universitaires et la PPEP: le but de cette dissertation est donc double et s’articule autour de sept articles. 1/Pour comprendre le problème d’inactivité physique à travers: (a) Une revue systématique de la prévalence globale de l’inactivité physique au sein des étudiants universitaires; (b) Une étude croisée effectuée au sein des communautés estudiantines françaises et indiennes; (c) Une étude exploratoire afin de tracer le profil des étudiants inactifs en Inde. 2/ Afin de mieux cerner le phénomène de la PPEP grâce à:(a) La validation d’un modèle hiérarchique définissant la PPEP; (b) L’étude du cas clinique d’un homme de cinquante ans mettant en lumière le développement et les motivations vis à vis la PPEP;(c) Une etude exploratoire sur les liens entre la PPEP et les traits d’impulsivité; (d) Cette étude vise à reproduire le modèle de Cook & Hausenblas (2008) qui postule que la PPEP joue un rôle de médiateur entre l’exercice physique et les troubles du comportements alimentaires (TCA). / Behavior towards physical activity (PA) can be investigated on a continuum with physical inactivity on one end and excessive exercise leading to the dangers of doping and/or problematic practice of physical exercise (PPPE), on the other. The aim of the current dissertation is to further clarify the concepts of physical inactivity as well as PPPE, in order to promote the adoption of regular and moderate PA while taking into account the negative consequences of excessive exercising. This dissertation is divided into two parts. The purpose of Part I – ‘Theoretical Perspectives’ is to present pertinent research and provide a general understanding of physical inactivity and PPPE. Part II – ‘Empirical Perspectives’, consists of the various research papers encompassing the two phenomena. Thus, the aim of this dissertation is twofold and is achieved through seven papers: 1/To understand the epidemic of physical inactivity through (a) a systematic review of prevalence of physical inactivity in college students globally on studies done between 2002 and 2015, (b) a cross sectional study done on a cohort of French and Indian university students and (c) an analysis of the psychological correlates of physical inactivity amongst Indian university students. 2/ To understand the phenomenon of PPPE through (a) the validation of an hierarchical model explaining PPPE, (b) a clinical case study of a 50 year old man throwing light upon the development and motivations towards PPPE, and (c) the possible links between traits of impulsivity and PPPE. This section also presents a fourth working article which (d) aims to replicate the mediation model of exercise, PPPE and eating pathology validated by Cook & Hausenblas (2008) along with the motivation to control weight.

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Dans le phylum des Apicomplexa le parasite Toxoplasma gondii est adapté à l'infection de tous les animaux à sang chaud y compris l'homme. L'infection se produit après la naissance par l'ingestion de kystes i) présents dans les muscles des animaux infectés, ou ii) des formes résistantes de l'environnement – les oocystes contaminants l'eau, les fruits et légumes, les coquillages. La maladie est généralement bénigne, mais l'infection peut avoir des conséquences graves pour le développement du fœtus dans le cas de l'infection maternelle pendant la grossesse et chez les individus immunodéprimés.Hormis les muscles et organes de moutons et de volaille, le parasite T. gondii est principalement isolé de la viande de porc. Dans les systèmes intensifs avec différents niveaux de confinement, l'intensité de l'infection par T. gondii est toujours considérablement plus basse que dans les élevages en plein air ou biologique pour toute l'Europe. L’absence de lutte contre les rongeurs et la présence de chats dans les exploitations intensives est les principales sources de l'infection par T. gondii chez le porc. Lorsque la paille est utilisée comme litière, elle peut contenir des oocystes ou carcasses de rongeurs, et si les silos ou les distributeurs d’alimentation sont ouverts, l'alimentation du porc peut être contaminée. Contrairement à l'agriculture intensive, dans les exploitations en plein air ou ayant le statut de « porc biologique » les animaux sont exposés à une contamination environnementale par T. gondii (pâture, nourriture et eau). Jusqu'à présent, la surveillance systématique des porcs vis à vis de l'infection par T. gondii n'a été établie dans aucun pays et il n’existe pas de contrôle à l'abattoir ou à la ferme (même si une visite sanitaire a été instaurée en 2015 en France). Aussi, les sources d'infection dans les élevages restent méconnues et le rôle de la viande de porc dans la contamination humaine est à définir.... / The parasite from the phylum Apicomplexa, Toxoplasma gondii is adapted for infection of all warm-blooded animals including humans. Postnatal infection occurs through ingestion of i) tissue cysts present in muscles of infected animals, or ii) environmentally resistant forms - oocysts via contaminated water, fruits and vegetables. Disease is generally benign, but infection may have serious consequences for the developing foetus in the case of maternal infection in pregnancy and in immunosuppressed individuals. Along with sheep and poultry, T. gondii parasites are mostly isolated from pig meat. In intensive systems with various levels of confinement, intensity of T. gondii infection is still considerably lower than in outdoor or organic farms throughout Europe. Poor rodent control and presence of cats on intensive farms are major sources of T. gondii infection for pig. When straw is used for bedding, it can contain oocysts or even rodent carcasses, and if the food silos or distributers are opened, pig nutrition can be contaminated. In contrast to intensive farming, in outdoor and organic farms, pigs are exposed to environmental T. gondii contamination through soil, food, and water sources. So far, routine surveillance of pigs for T. gondii infection has not been established anywhere in the World, neither in the slaughterhouse nor on the farm-levels. Thus the sources of pig infection on the farms are still unknown. Moreover, it is unknown how big the role of the meat from T. gondii infected pigs is in human nutrition...

La scoliose idiopathique de l’adolescence constitue la déformation tridimensionnelle de la colonne vertébrale la plus couramment rencontrée chez les adolescents. Cette condition a fait l’objet de plusieurs études quant à ses facteurs étiologiques, ses facteurs de risque de progression et ses approches thérapeutiques. Les études démontrent que l’étiologie de cette pathologie serait multifactorielle, regroupant entre autres des causes génétiques, hormonales, mécaniques et neuromusculaires. Malgré le fait qu’il soit difficile de prédire quelles sont les déformations qui progresseront, certains facteurs tels que l’âge et le sexe du patient, l’âge du début de la ménarche, le type et la sévérité de la déformation ainsi que la maturité osseuse (signe de Risser) ont fait l’objet de nombreuses études et représentent par le fait même des critères de référence utilisés pour estimer cette probabilité. La scoliose idiopathique a souvent été considérée comme une condition non douloureuse, faisant en sorte que peu d’études se sont arrêtées à évaluer les douleurs au dos chez les patients affligés de cette pathologie. On retrouve donc, au cours des vingt dernières années, seulement une dizaine d’études qui ont spécifiquement évalué ce phénomène. Parmi ces études, on note une grande hétérogénéité des facteurs d’inclusion, des définitions des douleurs au dos, de la période de prévalence et des instruments de mesure utilisés, rendant difficile la détermination de cette prévalence. Considérant la relation entre les douleurs exprimées chez les adolescents et celles chez les adultes, ainsi que les coûts sociétaux associés à ces douleurs, il serait important d’obtenir un portrait plus exact de l’ampleur de la douleur chez cette clientèle. ii Les objectifs généraux de cette thèse visaient à (objectif 1) mettre à jour les connaissances relatives à la prévalence des douleurs au dos chez les adolescents avec une scoliose idiopathique (SI), à (objectif 2) vérifier s’il existe une relation entre la sévérité de la déformation, sa localisation et la présence de douleurs au dos chez ces patients, à (objectif 3) valider à nouveau l’aspect psychométrique du questionnaire SRS-22fv et enfin à (objectif 4) explorer une possible prise en charge alternative des patients avec scoliose idiopathique de l’adolescence (SIA) exprimant des rachialgies. La première étude rétrospective que nous avons effectuée a permis d’évaluer de quelle façon les douleurs exprimées par plus de 300 patients étaient rapportées dans les dossiers et d’établir la prévalence de ces douleurs chez ces derniers. De plus, cette étude a évalué le type de prise en charge recommandée lorsque des douleurs étaient mentionnées au dossier. Cette étude a permis de confirmer que près de 50 % des patients avec SIA exprimaient de la douleur au dos et que la majorité de ces derniers (80 %) n’avaient aucune prise en charge de celle-ci. La deuxième étude prospective que nous avons réalisée a évalué les douleurs au dos chez plus de 500 adolescents avec scoliose idiopathique de l’adolescence. Plus de 68 % de ces patients rapportaient la présence de douleurs au dos. Pour les régions thoraciques et lombaires, les douleurs étaient positivement associées avec la sévérité de la scoliose, alors que le port du corset avait un effet modérateur sur la douleur. La troisième étude incluse dans la présente thèse visait à (objectif 3) vérifier la validité de contenu et de construit de la version canadienne-française du questionnaire SRS- 22, soit le SRS-22fv, rempli par les patients recrutés lors de la deuxième étude. Ce iii questionnaire est couramment rempli par les patients scoliotiques. Notre étude a bénéficié d’un échantillon de 352 patients qui ont entièrement répondu au questionnaire SRS-22fv. L’analyse découlant de notre étude nous a menés à produire une version abrégée du SRS-22 contenant 18 éléments, avec une meilleure consistance interne ainsi qu’une variance explicative supérieure, soit 63,3 % pour le SRS-18fv, comparativement à 47,4 % pour le SRS-22fv. La dernière étude que nous avons menée (objectif 4) met en lumière une option de prise en charge alternative des patients avec scoliose exprimant ou non des douleurs au dos. En effet, les manipulations vertébrales font partie des options de traitements couramment utilisées chez les adolescents sains. Une grande incertitude demeure toutefois quant à l’utilisation de cette approche thérapeutique chez les patients avec scoliose idiopathique de l’adolescence. Cette étude a permis de confirmer qu’il y a un manque de données probantes dans ce domaine. Les résultats de cette thèse permettent de mieux comprendre le phénomène de la douleur au dos chez les adolescents avec scoliose idiopathique. Ces douleurs semblent plus prévalentes qu’initialement estimées, et il s’avère qu’un lien semble probable entre l’intensité des douleurs ressenties et la localisation de la courbe, ainsi qu’avec la sévérité de la scoliose chez ces adolescents. / Adolescent idiopathic scoliosis is a three-dimensional spinal deformity. This pathology is the most common spinal deviation encountered in adolescents and has been thoroughly researched over the past few decades regarding its aetiological factors, its risk of progression and management. It is now commonly accepted that the aetiology of adolescent idiopathic scoliosis is multifactorial and includes, among other things, genetic, hormonal, mechanic, and neuromuscular factors. Though predicting which deviation will progress remain challenging, certain factors such as the age of the patient at presentation, its gender, bone maturity (Risser sign), menarchal status, and the severity of the spinal deformity are now widely accepted as factors that may provide some guidance to estimate this probability. Adolescent idiopathic scoliosis has often been considered as a non-painful pathology, and this is perhaps why researchers have failed to assess back pain in this population more systematically. Only a few studies have been published over the last two decades on this subject. Among those studies, inclusion criteria are widely heterogeneous, as is the working definition of back pain, how the prevalence period was estimated, and which outcome measure was relied upon to assess back pain in this population. Because of this, the determination of back pain prevalence in scoliosis patients remains challenging. Considering the relationship between adolescent and adult spinal pain, and the high societal cost associated with this condition, it would be appropriate to obtain a clearer picture of this condition in this population. v The primary objectives of this thesis were to (objectif 1) update the current knowledge of back pain prevalence in adolescent idiopathic scoliosis patients, to (objectif 2) ascertain if a relationship was present between the severity and localisation of the scoliosis and the back pain, too (objectif 3) reassess the psychometric properties of the SRS-22fv questionnaire, and to (objectif 4) explore an alternative back pain management for those patients. The first retrospective study included in this thesis assessed back pain prevalence in 300 adolescent idiopathic scoliosis patients. It also looked at how pain was reported and if pain management was recommended for patients reporting back pain. This study confirmed that back pain was a prevalent condition in this population and that in the vast majority of those reporting back pain, there was no kind of management recommended. The second prospective study assessed back pain prevalence in more than 500 adolescent idiopathic scoliosis patients. Point prevalence of back pain was close to 68 %. For the thoracic and lumbar regions, the pain was positively associated with the severity of the scoliosis and bracing, prescribed to stabilise or prevent the curve progression, had a protective effect. Data collected in the previous study were employed to validate the most commonly utilised outcome measure in adolescent idiopathic scoliosis, the SRS-22. The SRS-22 is a measurement instrument used to ascertain the quality of life and pain in scoliotic patients. The third article includes a report on analyses done regarding the validation of the SRS- 22fv. Complete data were available for 352 adolescents. The study demonstrated that a briefer version (18 items) had a better internal consistency and explained a greater proportion of the variance thus 63,3 % instead of 47,4 % for the SRS-22fv. vi The last study included in this thesis looked at an alternative treatment for the management scoliotic patients with or without back pain. This modality of spinal manipulation is a treatment that healthy adolescents commonly utilised. However, it was found that the rate of utilisation remains unclear within adolescent idiopathic scoliosis patients. A literature review revealed the need to have better-designed studies to assess the efficacy of spinal manipulation in this population adequately. The acquired knowledge throughout this thesis leads us to a better comprehension and understanding of back pain in adolescent idiopathic scoliosis patients. Back pain appears to be more prevalent than initially estimated and a relationship seems to be present between the level of pain intensity and the scoliosis localisation and severity in patients suffering from this pathology.

Les symbioses eucaryotes/micro-organismes constituent une importante source d’innovation évolutive et de diversité écologique. Ces associations sont très répandues chez les insectes, en particulier chez les insectes parasitoïdes (insectes parasites d’autres insectes) qui hébergent en particulier une grande diversité de virus transmis verticalement. Leurs effets directs sur les parasitoïdes ainsi que les effets indirects sur la structure des communautés sont à l’heure actuelle mal compris. Nous avons abordé ces questions au travers l’étude d’un virus héritable (LbFV) ayant la particularité de manipuler le comportement de superparasitisme de son hôte, l’hyménoptère parasitoïde de drosophiles Leptopilina boulardi. La mise au point d’un outil moléculaire diagnostic de l’infection nous a permis de montrer que ce virus, spécifique à L. boulardi, peut atteindre de fortes prévalences dans les populations d’hôtes. Nous avons également mis en évidence un effet de la présence du virus sur les interactions compétitives interspécifiques au sein de la communauté des parasitoïdes de drosophiles. L’approche intégrée de ce travail constitue une étape importante dans la connaissance du rôle des virus héritables sur l’écologie et l’évolution de leurs hôtes / Eukaryots/microorganisms symbiosis is an important source of evolutionary novelty and ecological diversification. These associations are widespread in insects, particularly in parasitoids (insects that parasitize other insects) where a broad diversity of vertically transmitted viruses are found. However, their direct and indirect effects on host community are poorly understood. In this thesis, we used a system involving a Drosophila parasitoid, Leptopilina boulardi and a heritable virus LbFV that manipulates the behaviour of the parasitoid by increasing its tendency to lay eggs in a host that is already parasitized (superparasitism). Using a viral molecular marker developed in this work, we showed very high prevalences of the virus in L. boulardi populations. Additionally, we found a strong effect of the virus on interspecific competition in the Drosophila parasitoid community. The integrative approach of this work is an important step in understanding the role of heritable viruses in parasitoid ecology and evolution

Ce travail a pour objectifs de déterminer la prévalence des maladies coronariennes (MC) au Liban, de décrire le profil des personnes qui en souffrent, d'explorer la tendance de l'hypertension artérielle (HTA), du diabète et de la dyslipidémie à se regrouper chez les mêmes individus, et enfin d'évaluer le contrôle de l'HTA. Une étude transversale fut menée au niveau national. Un échantillon de 1515 individus fut choisi. Des données sur les caractéristiques sociodémographiques, sur les facteurs de risque (FDR) les plus importants de la MC et l'histoire médicale des participants furent collectées. Le clustering des FDR biologiques (FDRbio) fut examiné par la méthode du ratio de cas observés sur les cas attendus. Notre travail a révélé une MC prématurée avec une prévalence de 13.4%, a confirmé la pertinence des FDR classiques dans la population libanaise, a montré que les FDRbio se regroupent plus fréquemment qu'attendu et a révélé un contrôle insuffisant de l'HTA. / This thesis aimed to determine the prevalence of coronary heart diseases (CHD) in Lebanon, to describe the profile of people who suffer from it, to explore the tendency of hypertension, diabetes, and dyslipidemia to cluster in the same individuals beyond what could be attributed to chance, and finally to evaluate the control of high blood pressure. A national cross-sectional study was conducted by choosing a sample of 1515 individuals. We collected data on sociodemographic characteristics of the participants, their medical history and the most important risk factors (RFs) for CHD. The clustering of biological RFs (bioRFs) was assessed using the observed to expected ratio method. Our work revealed premature CHD with a prevalence of 13.4%, confirmed the relevance of classic RFs of CHD and their applicability to the Lebanese population, showed that bioRFs cluster more often than expected, and revealed an insufficient control of hypertension.

Les genres Anisakis, Pseudoterranova, Hysterothylacium et Contracaecum, membres de la famille des Anisakidae, sont des nématodes dont les larves sont présentes chez de nombreuses espèces de poissons et céphalopodes. Ces larves peuvent induire des pathologies digestives et/ou allergiques chez l’Homme. En France, la consommation des produits de la pêche, surtout crus ou peu cuits est en augmentation. Ce travail de thèse s’intègre dans le programme ANR Fish-Parasites, financé par l’ANR (ANR-10-ALIA-004). Il a pour but d’évaluer les risques liés à la consommation des produits de la pêche et pour objectif principal d’étudier la répartition des Anisakidae dans les produits de la pêche. _x000D_Le plan d’échantillonnage a été établi suite à une analyse de type risk-ranking utilisant les données de consommation, l’origine géographique, des données de prévalence déjà existantes sur les Anisakidae. Au total, 1768 poissons appartenant à 18 espèces ont été collectés. L’ensemble des organes a été disséqué pour isoler les parasites. Ceux-ci ont été identifiés selon 2 méthodes : i) analyse individuelle par séquençage Sanger pour les organes ayant moins de 11 nématodes ii) analyse en pool par séquençage à haut débit (HTS) pour le reste. Le développement de plusieurs outils (création d’une base de séquences de référence, conception des amorces, mise au point de la préparation de matrice de séquençage et développement d’un pipeline d’analyse automatisé) a été nécessaire pour la mise en place de la méthode HTS. A partir des résultats obtenus, une acquisition et une structuration des données de prévalence des parasites potentiellement pathogènes pour l’Homme et présents dans les produits de la pêche couramment consommés a pu être réalisée.Sur 1 768 poissons échantillonnés, deux espèces n’étaient pas du tout parasitées : plies (Pleuronectes platessa) et saumon Atlantique (Salmo salar) d’élevage. 43,30 % des poissons n’étaient pas infectés par des Anisakidae. Sur la totalité des poissons, 28,62 % étaient infectés au niveau des viscères ; 22,96% dans les viscères et les filets et 5,49 % n’étaient infectés par des Anisakidae que dans les filets.Les cinq espèces de poisson dont la prévalence dans les filets était la plus élevée étaient : la lingue bleue (100 %), la cardine franche (70 %), le lieu noir (63 %), la baudroie (61 %) et le merlu (60 %).Les Anisakidae les plus identifiés étaient : Anisakis simplex, Anisakis pegreffii, Hysterothylacium aduncum, Pseudoterranova krabbeii.Anisakis a été retrouvé dans toutes les localisations et généralement de façon plus importante, Contracaecum a été retrouvé principalement dans le foie, Hysterothylacium dans la cavité corporelle et Pseudoterranova dans les filets et la cavité corporelle.Anisakis simplex était présent dans toutes les zones de pêches sauf dans le golfe du Lion. La zone des eaux féringiennes était la zone dans laquelle la diversité des Anisakidae était la plus importante sur une seule espèce de poisson échantillonnée (lingue bleue).L’étude statistique logistique multivariée a montré que la variable espèce et la variable taille du poisson influencent la prévalence d’Anisakis et Pseudoterranova dans les filets.Le HTS sur le PGM™ Ion Torrent s’est révélé être un outil puissant et innovant permettant l’analyse d’un grand nombre d‘échantillons d’Anisakidés à moindre coût, en peu de temps et avec un résultat équivalent à la méthode individuelle par séquençage Sanger. / Anisakis, Pseudoterranova, Hysterothylacium and Contracaecum genera, members of the Anisakids family, are nematodes which larvae are recovered from numerous fish and cephalopods species. These larvae may induce digestive and/or allergic pathologies in human being. In France, the consumption of fishery products, mostly raw or undercooked is increasing. This PhD work is part of the research program Fish-Parasites funded by the ANR (ANR-10-ALIA-004). It aimed to assess risks related to fishery products consumption and its main goal was to study the distribution of Anisakids in fishery products.The sampling plan was based on a risk-ranking analysis using data on fishery products consumption, fishing areas and prevalence data from previous work on Anisakids. A total of 1 768 fish from 18 species were collected. All the organs were dissected for parasites isolation. Parasites were identified using two approaches : i) single analysis by Sanger sequencing for organs containing less than 11 nematodes ii) pooled analysis by high throughput sequencing (HTS) for the remaining. The development of numerous tools (database creation with reference sequences, primers design, set up of the sequencing template preparation and development of an automatic analytical pipeline) was necessary for the HTS method set up. From the sequencing results, acquisition and structuring of the prevalence data has been carried out on parasites potentially pathogenic for human being and recovered from commonly consumed fishery products.On 1 768 sampled fish, two species were not parasitized at all: plaice (Pleuronectes platessa) and aquacultured Atlantic salmon (Salmo salar). 43.30 % of the fish were not infected by Anisakids. Concerning infected fish, 28.62% were contaminated in the visceral organs; 22.96% in both visceral organs and fillets and, finally, 5.49% of the fish were infected by Anisakids only in fillets.The five fish species with an elevated prevalence in their fillets were by decreasing values: blue ling (100 %), megrim (70 %), saithe (63 %), monkfish (61 %) and hake (60 %). The most identified Anisakids were: Anisakis simplex, Anisakis pegreffii, Hysterothylacium aduncum, Pseudoterranova krabbeii.Anisakis has been recovered in all the localisations and generally in higher quantities, Contracaecum has mainly been recovered from the liver, Hysterothylacium from the corporal cavity and Pseudoterranova from both fillets and corporal cavity. Anisakis simplex was isolated from all the fishing areas except for the Lion Gulf and it was the genus with the most important number of individuals. The zone of Feroan waters was the region with the most important diversity of Anisakids into a single sampled fish species (blue ling).The multivariate logistic statistical study showed that the fish species and size affect the prevalence of Anisakis and Pseudoterranova in fish fillets.HTS with the PGM™ Ion Torrent proved to be a powerful and innovative tool for the analysis of large numbers of Anisakids samples with low cost, in a shorter time and with a result equivalent to the individual method of Sanger sequencing.

Depuis 2006, une recrudescence de cas de protostrongylose, parasitose liée à la présence de nématodes au niveau pulmonaire, apparaît dans le Sud-est de la France au sein de la population de lièvres européens (Lepus europaeus). Le cycle de développement de ces parasites nécessite le passage obligatoire par un hôte intermédiaire connu pour être un mollusque gastéropode terrestre. Notre programme a pour objectif l'étude épidémiologique de la maladie et notamment l'identification des acteurs du cycle parasitaire.Basée sur une analyse morphologique et moléculaire, nous identifions : Protostrongylus pulmonalis (Frölich, 1802) fréquemment inventorié en Europe et P. oryctolagi Babos, 1955, décrit à une seule occasion en Hongrie en 1955, comme les agents responsables de la protostrongylose en France. Cette étude a permis de déposer de nouvelles séquences d'ADN de référence, utiles pour l'identification ultérieure de nos espèces parasites, en particulier les stades larvaires et sur lesquelles nous nous sommes basées pour la reconnaissance des hôtes intermédiaires intervenant dans le cycle naturel. Sur 3622 mollusques analysés, nous avons mis en évidence des larves de stade 3 (P. pulmonalis et P. oryctolagi) à partir de 18 individus, appartenant à la famille des Hygromiidae et dont l'identification spécifique repose sur différents marqueurs moléculaires (de loin préférables aux critères morphologiques). Au sein des populations de lièvres, nous identifions l'âge et l'environnement, en lien avec la répartition des hôtes intermédiaires comme les facteurs de risque de la maladie. Le parasitisme, concernant près de 55% des animaux, n'a pas eu d'effet mesurable sur l'état général de l'hôte, mais pourrait être impliquée dans une diminution de la fécondité des hases, suggérant un impact potentiel sur les dynamiques de populations de lièvres. / Since 2006, in the South-East of France, we observe an increase in the number of hares (Lepus europaeus) suffering from pulmonary protostrongyliasis, which is a parasitic disease caused by nematodes in the lungs. The development cycle of these parasites requires the obligatory pathway through an intermediate host, terrestrial gastropod mollusk. Our goal was the epidemiological study of the disease, particularly the identification of the parasite cycle.Based on morphological and molecular analysis, we identified two causative agents of pulmonary protostrongyliasis in France: Protostrongylus pulmonalis (Frölich, 1802) frequently inventoried in Europe and P. oryctolagi Babos, 1955 described only once in Hungary in 1955. Thus new reference sequences of DNA are available, which is useful for the subsequent identification of our parasite species and particularly for larvae-stage, allowing the recognition of intermediate hosts involved in their natural cycle. In total 3622 terrestrial mollusks were analyzed. We identified three-stage larvae of P. pulmonalis and P. oryctolagi from 18 individuals belonging to the family of Hygromiidae and belonging to several species identified with different molecular markers. In the hare populations, we identify the age and environment (in association with the distribution of intermediate hosts) as risk factors for the disease. The parasite, with approximately 55% of infected animals, had no measurable effect on the health status of the host, but could be involved in a decrease in the fecundity, suggesting a potential impact on population dynamics of hares.

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