Les Accidents Vasculaires Cérébraux (AVC) sont un groupe de maladies à morbi-mortalité élevée, classés parmi les causes les plus communes de décès et de handicap acquis dans le monde. Ainsi, leur épidémiologie jouerait un rôle crucial dans la diminution de leur impact sur la population. Les pays en voie de développement sont aujourd'hui les plus responsables de l'augmentation de la fréquence de la maladie, vu que la sensibilisation des gens et l'amélioration de la prise en charge dans les pays développés a permis de contrôler à un certain degré l'incidence et la mortalité de la maladie dans ces pays. Au Liban, un pays en voie de développement du Moyen Orient, les études épidémiologiques concernant les AVC sont relativement rares, malgré que nécessaires. En effet, le pays confronte le problème de vieillissement de sa population et des taux très élevés de tabagisme, et à un moindre degré d'obésité, hypertension et diabète, comparés aux autres pays. Dans ce contexte, il fallait initier ce travail qui surligne les grands titres de l'épidémiologie des AVC au Liban. Deux études ont été conduites, l'une communautaire transversale pour estimer la prévalence des AVC et la deuxième hospitalière rétrospective pour évaluer d'une part la prévalence des sous-types et leur association aux facteurs de risque et, d'une autre part, la prise en charge précoce de la maladie. Malgré que les résultats obtenus soient peu généralisables, on pourrait dire que la prévalence estimée (5‰ [95% CI= 3.3-6.6‰]) serait liée à l'incidence élevée de la maladie (notamment des athéroscléroses des gros vaisseaux) plutôt qu'à une meilleure prise en charge des AVC en phase aiguë. Des campagnes de sensibilisation des gens au risque et symptômes des AVC surtout parmi les fumeurs aideraient à limiter l'incidence et la sévérité de la maladie. De plus, l'implantation d'unités neurovasculaires diminuerait le taux de mortalité à court terme et les handicaps à long terme. / Stroke is a group of cerebrovascular diseases with high morbidity and mortality rates, classified among the most common causes of death and acquired disability worldwide. Thus, assessing its epidemiology may play a crucial role in reducing its impact on the population. Stroke late burden is attributable to developing countries mainly, as people in developed countries have a better access to optimal care and an increased awareness of stroke symtpoms and risk factors. However, in less developed countries, where population confronts the huge impact of urbanization and globalization with a great increase in the prevalence of cardiovascular risk factors, the incidence of stroke remains high. Lebanon, a developing country of the Middle East region, lacks epidemiological data on stroke burden. Moreover, he confronts the aging problem and very high rates of smoking, and to a lesser degree of obesity, hypertension and diabetes, compared to other countries. In this context, it was necessary to initiate this work to highlight some features of the disease epidemiology in the country. Two studies were conducted, the first one was a community-based cross-sectional study to assess stroke prevalence in the country, whereas the second one was a retrospective hospital-based study to assess stroke prevalence by subtypes and associations with risk factors, and to evaluate stroke acute management in hospitals. Despite that the obtained results were not generalizable, we could state the following: The estimated prevalence of stroke (5 ‰ [95% CI= 3.3-6.6‰]) may be linked to a high incidence of the disease (especially large artery atherosclerosis) rather than a better acute stroke care. Awareness campaigns on stroke risk and symptoms especially among smokers would help limit the incidence and severity of the disease, while the establishment of stroke units may reduce short-term mortality and long term disabilities.

Les éléments intégratifs conjugatifs (ICE) et les éléments en dérivant jouent un rôle important dans le transfert horizontal de gènes chez les bactéries. Les ICE s'excisent par recombinaison site-spécifique sous forme circulaire, se transfèrent par conjugaison et s'intègrent dans un réplicon de la cellule réceptrice. Streptococcus agalactiae est une bactérie pathogène opportuniste responsable d'infections néonatales sévères chez l'Homme et d'infections chez les animaux (bovins, poissons, ...). Une analyse in silico antérieure de 8 génomes séquencés de Streptococcus agalactiae avait permis d'identifier plusieurs éléments intégrés dans l'extrémité 3' d'un gène codant un ARNtLys CTT dont 4 ICE putatifs. Cette étude élargie à 246 génomes a confirmé la prévalence et la diversité des éléments intégrés dans ce locus (présence d'ICE, éléments mobilisables en trans ou en cis, éléments composites, ... chez 98 % des souches). Une nouvelle famille d'éléments mobilisables putatifs s'intégrant dans l'oriT d'ICE a été caractérisée. L'étude fonctionnelle de 5 ICE a montré que 4 s'excisent du chromosome mais que seuls ICE_FSL S3-026_tRNALys et ICE_515_tRNALys se transfèrent par conjugaison au sein de l'espèce et vers S. pyogenes pour l'un des 2. Des éléments composites ont été obtenus par transfert d'ICE_515_tRNALys vers une souche possédant déjà un élément intégré dans ce locus. Un de ces éléments composites est capable de s'exciser et de se transférer par conjugaison conduisant à une mobilisation en cis de l'élément résident. En conclusion, les ICE et les éléments mobilisables (en cis ou en trans) sont très répandus chez S. agalactiae et contribuent à la plasticité génomique chez cette espèce / Integrative and Conjugative Elements (ICEs) and related elements are widespread in bacteria and play a key role in horizontal gene transfer. ICEs excise by site-specific recombination as a circular intermediate, promote their own transfer by conjugation and then integrate into a replicon of the recipient cell. Streptococcus agalactiae is an opportunistic pathogen that causes severe human invasive neonatal infections as well as infections in animals (bovine, fish...). Previous in silico analysis of eight sequenced genomes of S. agalactiae identified in each genome a different element integrated in the tRNALys CTT gene with four putative ICEs. This study, carried on 246 other genomes of S. agalactiae, confirmed the prevalence and diversity of elements integrated in this locus with 98% of the strains carrying an element (ICE, trans or cis mobilizable elements composite elements...). A novel family of putative mobilisable elements which can integrate in the oriT of ICE has been characterized. Functional analysis of 5 ICEs demonstrated that four can excise of the chromosome but that only ICE_FSLS3-026_tRNALys and ICE_515_tRNALys can transfer by conjugation inside the species or to S. pyogenes for one of them. Composite elements have been obtained after transfer of ICE_515_tRNALys to a recipient strain already carrying an element integrated in the same locus. One of this composite element is able to excise and transfer by conjugation to a new strain leading to cis-mobilization of the resident element.In conclusion, ICEs and cis and trans mobilizable elements are widespread in S. agalactiae and contribute to the genomic plasticity in this bacterial species

L'épidémiologie des infections sexuellement transmissibles (IST) à Mayotte est peu documentée notamment chez les femmes enceintes (FE) et la connaissance des déterminants favorisants les IST sur l'île dans un contexte socio-économique et sanitaire très particulier est nécessaire. Les objectifs de ce travail étaient d'estimer les fréquences et facteurs de risque associées au VIH, au VHB, et à la syphilis, d'étudier la vaccination anti-VHB et de décrire les connaissances, attitudes, croyances et comportements liées aux VIH/SIDA-IST chez les FE. Une étude transversale prospective a été réalisée auprès de 671 FE suivies dans les centres de Protection Maternelle et Infantile (PMI) de Mayotte. Aucun cas de séropositivité au VIH n'a été observé. La prévalence de l'antigène HBs du VHB était de 3,4% et celle de la syphilis active était de 2,1%, mais la prévalence de l'infection au VHB et de la vaccination anti-VHB était respectivement de 35.5% et 18.6%. L'infection par le VHB était associée au lieu de naissance (Comores), à des facteurs comportementaux et à des antécédents d'IST. La syphilis était plutôt associée au manque d'éducation et aux antécédents d'IST. La vaccination anti-VHB était associée à des déterminants sociodémographiques. L'étude socio-comportementale a montré qu'il existe une bonne connaissance du VIH/SIDA-IST chez les FE malgré la pratique de certains comportements sexuels à risque. Ce travail a permis de dresser un état des lieux du VIH et des IST, et de leurs déterminants chez les femmes enceintes à Mayotte, et permettra la mise en place de méthodes de prévention adaptées à ce contexte / The epidemiology of sexually transmitted infections (STIs) is poorly documented in Mayotte especially among pregnant women (PW) and knowledge of determinants that increased STI in the island, and in this particular socio-economic and health situation, is needed. The objectives of this study were to estimate the frequency and risk factors associated with HIV, HBV, and syphilis, to study the HBV vaccination and describe the knowledge, attitudes, beliefs and behaviors related to HIV/AIDS-STIs in PW. A prospective cross-sectional study was conducted among 671 PW followed in Mayotte public prenatal clinic (Protection Maternelle et Infantile (PMI)) services. No case of HIV seropositivity was observed. The prevalence of HBsAg of HBV was 3.4% and of active syphilis was 2.1%, but the prevalence of HBV infection and HBV vaccination was respectively 35.5% and 18.6%. The HBV infection was associated with birthplace (Comoros), behavioral factors and history of STIs. Syphilis was rather associated with lack of education and history of STIs. The HBV vaccination was associated with sociodemographic determinants. The socio-behavioral study showed that there is a good knowledge of HIV/AIDS-STIs in PW despite the practice of some risky sexual behaviors. This work has helped to draw up an update of HIV and STIs, and their determinants among PW in Mayotte, and could lead to the development of prevention methods adapted to this context

La lutte microbiologique connaît un regain d'intérêt suite aux problématiques soulevée spar les pesticides chimiques en agriculture. L'objectif de ces travaux de thèse est d'étudier le potentiel d'une ressource virale alternative, les Densovirus pathogènes de Lépidoptères,appartenant à la sous famille des Densovirinae, strictement inféodée aux Arthropodes. Nos travaux ont été axés sur trois points (i) décrire le spectre d'hôtes de deux Densovirus candidats et identifier des déterminants de spécificité pour comprendre l'évolution du spectre d'hôtes ; (ii) caractériser des mécanismes de transmission horizontale pour analyser la dynamique de l'infection et (iii) valider des outils de détection des Densovirinae afin d'étudier la diversité génétique virale dans la nature. Le premier axe nous a permis d'identifier (i) un Densovirus candidat qui ne semble être virulent que pour des Lépidoptères ravageurs de culture, et (ii) des déterminants de spécificité à la surface de la capside impliqués le franchissement de la barrière intestinale. Concernant la transmission, nos résultats montrent qu'un Densovirus se propage rapidement dans une population hôte en induisant un comportement cannibale probablement développé par les individus non infectés. Nous avons également caractérisé deux mécanismes de transmission horizontale,par morsures et par un vecteur endoparasitoïde. Enfin, pour étudier la prévalence virale,nous avons mis au point un protocole basé sur le principe d'une PCR nichée que nous avons testé sur des insectes collectés dans la nature. Ceci nous a permis de dresser un inventaire de la diversité d'insectes, sans toutefois révéler à ce jour la présence de Densovirinae. Ces résultats constituent les premières connaissances pour l'élaboration d'un modèle épidémiologique qui nous permettra d'évaluer l'impact sur l'environnement d'utiliser un Densovirus en tant qu'agent de lutte microbiologique. / Microbial control has a renewed interest due to issues raised by chemical pesticides inagriculture. The aim of this work is to propose a new viral resource, Densoviruses pathogenicfor Lepidoptera belonging to Densovirinae sub‐family restricted to arthropods. We focus onthree axes, (i) we described the host range of two Densovirus candidates, and identified hostspecificity determinants to understand host range evolution; (ii) we characterized themechanisms driving the horizontal transmission of Densovirus to model the dynamic of theinfection; and (iii) we validated tools to detect Densovirinae to study the viral geneticdiversity in natura. The first point lead us to identify (i) a Densovirus potentially pathogeniconly for lepidopteran pests, and (ii) few determinants of specificity localized at the surface ofthe capsid that are essential for the midgut recognition, although this barrier of specificity isnot the only one. Concerning horizontal transmission, our results show that a Densovirus canspread rapidly within a host population, inducing a cannibalistic behavior probablydeveloped by non infected individuals. We also characterize two mechanisms involved intransmission, by biting and by an endoparasitoïd vector. To study the densoviral prevalence,we develop a nested PCR and test it on insect sampling. This allowed us to describe theinsect diversity. No Densovirinae have been detected so far. These results are the first steptoward building an epidemiology model that may allow to evaluate the impact of using aDensovirus as a biological control tool.

Chaque année en Europe, quelques 70.000 nouveaux patients requièrent un traitement permanent dans le cadre d'une insuffisance rénale terminale. Dans le même temps, on réalise environ 20.000 greffes, laissant quantité de patients en dialyse. Le taux de survie en dialyse est médiocre (2/3 à 3/4 moindre que chez les sujets non dialysés des mêmes âges) ce qui rend le problème de la disponibilité des greffons parfaitement criant. La pénurie de greffons est directement liée à leur survie limitée: 10 ans en valeur médiane et en l'absence de censure pour la mort des patients, ou bien 15 ans si l'on se limite à regarder les pertes de greffes liées à des causes intrinsèques. Plus de 60% des greffons sont perdus des suites de lésions de rejet chronique. Dans ce contexte, nous avons choisi de nous intéresser à de très rares patients, découverts fortuitement, qui en dépit de l'arrêt de leurs immunosuppresseurs pour diverses raisons, maintiennent pendant une durée prolongée d'au moins 1 an, une bonne fonction de leur greffon. Ces patients, tout en étant bien portants, semblent être devenus sélectivement incapables de monter une réaction inflammatoire, à tout le moins destructrice, à l'encontre de leur greffon. On dit qu'ils sont "opérationnellement tolérants". En pratique, ils disposent d'un rein allogénique qu'ils ne rejettent pas mais sans avoir à subir les conséquences néfastes et redoutables des immunosuppresseurs (infections, cancers, diabète, hypertension artérielle, ). Comprendre et maîtriser la tolérance opérationnelle ouvrirait la voie à des transplantations plus durables et plus sûres. Plusieurs études transcriptomiques, mécanistiques et épigénétiques laissent penser que la tolérance opérationnelle repose sur l'expansion de populations cellulaires régulatrices au sein des répertoires alloréactifs, aux dépends des cellules effectrices. Ces équilibresfins seraient maintenus grâce à une série de modifications épigénétiques (microARN, méthylations) assurant une stabilité relative au phénotype. Malgré notre meilleure compréhension des mécanismes responsables de l'homéostasie de la tolérance, ses mécanismes causaux restent à ce jour inconnus.Nous avons émis l'hypothèse que la tolérance requerrait une prédisposition génétique pour pouvoir s'installer, concrètement: que les patients tolérants se distinguent du reste de la population par un excès de variants à haute pénétrance localisés dans les exons de gènes jouant un rôle critique dans le développement de la dite tolérance.Pour valider cette thèse, nous avons, dans un premier temps:- contribué à montrer, au travers de la première étude pangénomique d'association ("GWAS") validée sur le rejet aigu d'allogreffe rénale que le génome des receveurs influençait les réponses alloimmunes, hors du système HLA.- réuni la plus grande cohorte de patients tolérants sur le territoire européen à ce jour composée de 22 patients de la biocollection l'université de Nantes et de 18 patients identifiés prospectivement dans le cadre d'une étude dédiée; TOMOGRAM,- montré que la tolérance était associée à une survie prolongée des greffons,- montré qu'il s'agissait d'une découverte rare, identifiée par les cliniciens chez seulement 0.03% de leurs patients greffés et sans condition prédisposante patente.Dans un second temps, nous avons- séquencé les exomes de 40 patients tolérants et les avons comparés à ceux de 209 contrôles in-house,- filtré nos données selon notre hypothèse de travail et circonscrit un ensemble de variants exoniques moyennement à hautement pathogènes (au total 84.643, répartis dans 16.343 gènes),- comparé les distributions de variants (par gène; par variant) chez les cas et chez les contrôles, à l'aide du test aSKAT-O; un test basé sur une analyse de la variance et ajusté pour les petits échantillons.Nos résultats immédiats ont été soumis à 3 contrôles: une correction pour les hypothèses multiples (FDR 0.05); des interventions pour repérer d'éventuelles stratifications (notamment d'après une analyse en composantes principales ou PCA) et enfin; l'examen soigneux des variants retenus dans les fichiers post-alignement (BAM).Au terme de ce processus, nous n'avons pas pu identifier de variant ou de gène ségréguant avec la tolérance. Nous concluons que la prédisposition à la tolérance repose peu vraisemblablement sur une hérédité monogénique simple et homogène ("mendélienne"). D'autres données, en ce compris nos propres travaux sur les déterminants génétiques du rejet aigu de greffe, nous encouragent à rechercher des causes génétiques plus complexes. De nouvelles études d'association tirant parti du séquençage génome-entier et exploitant des cohortes plus larges sont requises. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

En France, depuis les années 80, les personnes sans domicile ont fait l’objet de nombreux dénombrements, d’enquêtes tentant de les caractériser et de comprendre le phénomène d’exclusion afin d’orienter les politiques publiques d’assistance. Cependant rares sont les enquêtes réalisées avec un souci de représentativité et plus rares encore sont celles qui tentent d’évaluer l’état de santé des personnes sans domicile de manière objective, alors que la privation de logement est connue pour impacter durablement la santé. Ceci peut s’expliquer par le fait que les personnes sans domicile constituent une population au « contour flou », très hétérogène, évoluant constamment (en nombre et profils), dispersée et très mobile sur le territoire francilien mais également entre la rue et les différentes formes d’hébergement possibles. Ces particularités constituent autant de contraintes et difficultés à chaque étape de la réalisation d’une enquête dont les résultats se veulent extrapolables à une population donnée.Ce travail de thèse présente l’état des connaissances et le dispositif d’aide aux personnes sans domicile en 2007 et son évolution jusqu’en 2016. Il compile des connaissances sur l’état de santé et les conditions de vie des personnes sans domicile en Île-de-France, grâce à des enquêtes épidémiologiques, menées par l’Observatoire du Samusocial de Paris, s’intéressant à la santé mentale, les ectoparasites ou encore l’anémie. Il détaille les principaux obstacles, méthodologiques et pratiques, rencontrés lors de ces enquêtes et les solutions retenues pour les surmonter. Enfin, il conclut à la possibilité de faire des estimations de prévalences raisonnables et fiables en santé. / Since the 80’s, many surveys have been carried to count and describe homeless people, and to understand the exclusion’s phenomenon to advice French public assistance policies. However, only a few surveys have been done ensuring representativeness and even fewer attempted in assessing the health status of homeless people in an objective way, whereas housing deprivation (homelessness) is known to have a durable impact on health. This can be explained by the fact that this population is difficult to define, as it is very heterogeneous and constantly evolving (number and profile wise). The homeless are also scattered and highly mobile within the Ile-de-France territory, and also between streets and different forms of accommodation. These particularities are all constraints to epidemiological surveys among homeless people, and the generalization of their results.This PhD thesis presents the state of knowledge on homelessness and what has been done in order to give support to this population between 2007 and 2016. It compiles knowledge on the health status and living conditions of homeless people in Ile-de-France based on epidemiological surveys carried out by the Observatoire du Samusocial de Paris focusing on mental health, ectoparasites or anemia. It details the main methodological and practical obstacles encountered during these investigations, the solutions chosen to overcome them and concludes by affirming that reasonable and reliable estimates of prevalence can be produced in the field of health.

Introduction : L’Organisation mondiale de la Santé a fixé un objectif d’élimination des hépatites C et B à l’horizon 2030, visant à ce que 90% des personnes ayant une infection chronique soient diagnostiquées et 80% soient traitées. La France s’est engagée à atteindre cet objectif pour l’hépatite C d’ici 2025. Ce travail a pour but d’estimer la cascade de prise en charge de l’hépatite C chronique en France métropolitaine : 1) en 2016, afin de disposer d’un premier point pour le suivi de l’élimination ; 2) en 2011, afin d’évaluer l’impact des antiviraux à action directe (AAD) sur la cascade.Méthodes : Les effectifs des populations suivantes ont été estimés pour 2016 (18-75 ans) et 2011 (18-80 ans) : 1) ayant une hépatite C chronique ; 2) ayant connaissance de leur infection ; 3) prises en charge pour leur infection au cours de l’année ; 4) en cours de traitement antiviral au cours de l’année. Les estimations 1) et 2) reposent : pour 2016, sur une enquête transversale, avec un volet biologique, réalisée auprès d’un échantillon aléatoire de la population générale métropolitaine ; pour 2011, sur des modélisations. Les estimations 3) et 4) ont été réalisées à partir du Système national des données de santé (SNDS), en : i) construisant, pour 3), un algorithme d’identification des personnes avec au moins un recours aux soins pour une hépatite C chronique dans l’année ; ii) prenant en compte l’ensemble des traitements antiviraux contre l’hépatite C pour 4).Résultats : Entre 2011 et 2016, le nombre de personnes ayant une hépatite C chronique a diminué de 31%, passant de 192 700 à 133 500. Le nombre de personnes ayant connaissance de leur infection est resté stable : 111 300 en 2011 et 107 600 en 2016. La proportion de personnes infectées ayant connaissance de leur infection est donc passée de 58% à 81%. Entre 2011 et 2016, le nombre de personnes identifiées comme prises en charge pour leur hépatite dans l’année est passé de 28 000 (15% des personnes infectées) à 34 300 (26% des personnes infectées). Parallèlement, le nombre de personnes en cours de traitement est passé de 12 900 (7% des personnes infectées) en 2011 à 16 100 en 2016 (12% des personnes infectées.Conclusion : Ce travail a permis, pour la première fois, d’estimer la cascade de prise en charge de l’hépatite C chronique en France métropolitaine, avant et après l’introduction des AAD. Il suggère un impact important de ceux-ci sur la cascade de soins. Pour autant, l’accès aux soins et au traitement des personnes infectées restait insuffisant en 2016, notamment au regard des objectifs d’élimination. / Introduction: The World Health Organization has targeted the elimination of hepatitis C and B by 2030, to ensure that 90% of people with chronic infection are diagnosed and 80% are treated. France has planned to achieve this goal for hepatitis C by 2025. This work aims to estimate the cascade of care for chronic hepatitis C in mainland France: 1) in 2016, in order to have a first point for monitoring the elimination; 2) in 2011 to assess the impact of direct-acting antivirals (DAAs) on HCV cascade of care.Methods: The numbers of the following populations were estimated for 2016 (18-75 years) and 2011 (18-80 years): 1) with chronic hepatitis C; 2) aware of their infection; 3) in care for chronic hepatitis C during the year; 4) undergoing antiviral treatment during the year. Estimates 1) and 2) were based on: for 2016, a cross-sectional survey, with a biological component, carried out on a random sample of the general metropolitan population; for 2011, on models. Estimates 3) and 4) were made from the National Health Insurance Information System (SNDS), by: i) constructing, for 3), an algorithm for identifying people in care for chronic hepatitis C in the year; ii) taking into account all antiviral treatments for 4).Results: Between 2011 and 2016, the number of people with chronic hepatitis C decreased by 31%, from 192,700 to 133,500. The number of people aware of their infection remained stable: 111,300 in 2011 and 107,600 in 2016. The proportion of chronically infected persons with knowledge of their infection has thus increased from 58% to 81%. Between 2011 and 2016, the number of people identified as being in care for their hepatitis in the year increased from 28,000 (15% of those infected) to 34,300 (26% of those infected). At the same time, the number of people being treated increased from 12,900 (7% of those infected) in 2011 to 16,100 in 2016 (12% of those infected).Conclusion: This work provides, for the first time, estimates of the cascade of care for chronic hepatitis C in mainland France, before and after the introduction of DAAs. It suggests a significant impact of DAAs on the cascade of care. However, access to care and treatment for infected people remained insufficient in 2016, especially with regard to elimination targets.

La maladie de Niemann-Pick type C (NP-C) est une maladie autosomal récessive rare neurodégénérative, pan-ethnique et avec variabilité phénotypique. La forme classique se trouve chez les patients juvéniles, mais des patients de tous les âges existent. Les symptômes incluent des signes viscéraux, moteurs et neurologiques. La maladie est causée par une mutation dans le gène NPC1 ou NPC2. La prévalence mondiale se trouve à environ un cas par 100 000 naissances, mais varie beaucoup selon les populations. Pour cette raison, nous avons voulu identifier et classifier des variants qui se trouve dans la population québécoise pour faire une estimation de la prévalence de NP-C au Québec. Nous croyons que cette maladie neurodégénérative est sous-diagnostiquée. Pour identifier le pool génétique de la population québécoise, nous avons utilisé une approche bio-informatique. À l’aide des données de séquençage des 1109 participants sains de la cohorte CARTaGENE, nous avons identifié des variants rares, ayant des fréquences alléliques inférieures à 1%, dans les gènes NPC1 et NPC2. Les données de séquençage de l’ARN et d’exome ont été alignées, les variants ont été détectés et annotés avec différents scores de pathogénicité. Les variants ont ensuite été classifiés à l’aide des lignes directrices de l’ACMG. À l’aide de notre pipeline bio-informatique, nous avons identifié 37 variants rares. Parmi ces variants, un, p.I1061T, a été classifié comme pathogénique comme il l’est dans d’autres bases de données et un, p.P543L, initialement classifié comme potentiellement pathogénique a été classifié comme pathogénique dans notre population. Le variant p.P543L est d’ailleurs possiblement une mutation fondatrice chez les Canadiens-Français. La prévalence mesurée à l’aide des fréquences alléliques de ces deux variants est de 0,61 cas par 100 000 naissances. Cette étude a permis d’identifier deux variants pathogéniques dans une population saine, c’est-à dire sans maladie neurodégénérative connue. Nous avons ensuite pu estimer pour la première fois la prévalence minimale de NP-C au Québec. Les résultats suggèrent que NP-C est sous-diagnostiquée dans notre population. Avec ces informations, les méthodes de diagnostic pourront être ajustées pour accélérer la détection de NP-C au Québec et ainsi aider les patients en donnant accès au traitement disponible pour réduire les symptômes neurologiques. / Niemann-Pick type C disease (NP-C) is a rare autosomal recessive neurodegenerative, pan-ethnic disease with heterogenous symptoms. The classical form mainly affects juvenile patients, but patients of varying ages exist. The main symptoms are visceral, motor and neurological. The disease is caused by mutations in the NPC1 or NPC2 gene. The worldwide prevalence is approximately one case per 100 000 births but varies between populations. Therefore, we wanted to identify and classify rare variants found in Quebec’s population to estimate the prevalence of NP-C in this population. We hypothesized that NP-C is under-diagnosed in Quebec. To determine the genetic pool of NP-C in Quebec’s population, we used a bioinformatics pipeline. With the sequencing data of 1109 healthy individuals of the CARTaGENE cohort, we identified rare variants, with a minor allele frequency inferior to 1%, in the NPC1 and NPC2 genes. The sequencing data from RNA and exome sequencing was aligned and the variants were found and annotated with different pathogenicity scores. The variants were then classified using the ACMG guidelines. Using our bioinformatics pipeline, we identified a total of 37 rare variants. In those variants, one, p.I1061T, was directly classified as pathogenic since it was classified as that in all databases. The other one, p.P543L, was initially classified as likely pathogenic, but we were able to reclassify it as pathogenic in our population. The p.P543L variant is possibly a founder mutation in the French-Canadian population. Next, we estimated the prevalence based on the allelic frequencies of those two variants in our cohort. We found a prevalence of 0,61 case per 100 000 births. This study allowed us to identify two pathogenic variants in a healthy population, without known neurodegenerative disease. We were also able to estimate the first ever minimal prevalence for NP-C in Quebec. Our results suggests that NP-C is underdiagnosed in our population. With the information collected here, we would be able to adjust the diagnostic methods of NP-C in Quebec to then be able to help the patients by giving them access to the available treatment to reduce neurological symptoms.

Echinococcus est un parasite zoonotique présent mondialement circulant entre les canidés et les rongeurs ou les cervidés. L’humain est un hôte accidentel et la maladie qu’il peut développer à la suite d’une infection peut entraîner de graves signes cliniques en l’absence de traitement. Dans la faune au Québec, on reconnaît E. canadensis, responsable de l’échinococcose kystique, alors qu’E. multilocularis, associé à l’échinococcose alvéolaire, n’a pas encore été détecté. Cependant, le diagnostic récent au Québec d’un cas humain d’échinococcose alvéolaire porte à croire que le parasite circule sur le territoire. Cette étude de type transversale menée dans 12 régions administratives au Québec d’octobre à mars 2020–2021 en collaboration avec des trappeurs a pour but d’estimer la prévalence du parasite chez les coyotes et les renards roux à proximité des zones habitées et de déterminer les principaux foyers d’infection. Un test RT-PCR sur contenu intestinal a été effectué sur 707 prélèvements à partir de carcasses récupérées par les trappeurs (423 coyotes et 284 renards roux). Au total, ce sont 38 échantillons qui sont revenus positifs à Echinococcus spp. (24 coyotes et 14 renards roux) et 25 à E. multilocularis (14 coyotes et 11 renards roux). Deux zones d’infection ont aussi été identifiées, soit en Montérégie et au Bas-St-Laurent, où le risque d’infection est de 5.4 à 14.4 fois plus élevé (p < 0.05). Des analyses de régression logistique n’ont pas permis de déterminer une association statistiquement significative entre le sexe, l’espèce, la localisation géographique et le statut d’infection. Les analyses effectuées ont permis de comparer les tests de diagnostic de coproscopie et RT-PCR pour Taenia spp. et l’identification des échinocoques. Cette étude a permis de démontrer la circulation du parasite sur le territoire québécois dans la majorité des régions administratives étudiées. / Echinococcus is a zoonotic parasite present worldwide circulating between canids as definitive hosts and rodents or cervids as intermediate hosts. Humans are accidental hosts and the disease they may develop because of an infection can lead to serious clinical signs if left untreated. In Quebec, the presence of E. canadensis, responsible of cystic echinococcosis is recognized in wildlife, but E. multilocularis has not yet been identified. The recent diagnosis of a human case in Quebec of alveolar echinococcosis, the disease caused by E. multilocularis, leads us to consider that the parasite may circulate on the territory. This cross-sectional study conducted in 12 administrative regions in Quebec from October 2020 to March 2021 in collaboration with trappers aims to estimate the prevalence of the parasite in coyotes (Canis Iatrans) and red foxes (Vulpes vulpes) near populated areas and to detect high-risk areas of infection. An RT-PCR test on intestinal contents was carried out on 707 samples from carcasses recovered by trappers (423 coyotes and 284 red foxes). A total of 38 samples were positive for Echinococcus spp. (24 coyotes and 14 red foxes) and 25 for E. multilocularis (14 coyotes and 11 red foxes). Two high-risk areas of infection have also been identified, in Montérégie and Bas-St-Laurent, where the risk of infection is 5.4 to 14.4 times higher (p < 0.05). Logistic regression analyzes failed to determine a statistically significant association between sex, species, geographic location and infection status. The analyzes allowed us to compare the diagnostic tests of coproscopy and RT-PCR for Taenia spp. and identification of Echinococcus. This study demonstrated the circulation of Echinococcus spp. and E. multilocularis on the Quebec territory in most of the administrative regions studied.

Cryptosporidium spp. est un protozoaire parasite du système gastro-intestinal largement répandu chez les vertébrés et causant la cryptosporidiose, une zoonose occasionnant des troubles digestifs sévères pouvant entrainer la mort chez les individus immunodéficients. Au Canada, la déclaration de cette maladie est obligatoire depuis l’an 2000. Ainsi, il est pertinent de mieux comprendre l’infection chez les animaux de compagnie, puisqu’ils sont potentiellement un réservoir du parasite. Durant l’année 2008, des échantillons fécaux provenant de 1 202 chats (n = 371) et chiens (n = 831) de la province du Québec ont été analysés par comptage des ookystes de Cryptosporidium spp. au moyen de la technique de centrifugation en solution de sulfate de zinc. Dans cette étude,la prévalence de Cryptosporidium spp. chez les chats (28/371 : 7,55 %) et chez les chiens(88/831 : 10,59 %) de compagnie confirme leur potentiel en tant que réservoir du parasite. Au Québec, de par leur nombre, les chats sont potentiellement un réservoir zoonotique du parasite plus important que celui des chiens, bien qu’il n’existe pas de différence significative entre la prévalence du parasite chez le chat et le chien pour l’année 2008. L’âge (p = 0,0001) et l’infection concomitante par Giardia spp. (p = 0,0001) se sont avérés être des facteurs associés avec la présence de Cryptosporidium spp. chez le chien. Parmi l’ensemble des variables testées chez le chat (l’âge, le sexe, la saison et l’infection concomitante par Giardia spp.), aucune n’a été associée de manière significative à la présence du parasite chez le chat. Ceci peut être dû au nombre limité d’individus testés pour cette espèce. Un suivi de l’excrétion des ookystes de Cryptosporidium spp. chez deux chats suggère que l’excrétion des ookystes peut se faire sur une période de sept mois et que le taux d’excrétion varie dans le temps. Le diagnostic moléculaire des espèces et génotypes de Cryptosporidium spp. isolés à partir des échantillons de matières fécales devait être réalisé par la technique de PCR emboîtée des fragments des gènes ARNr 18S et HSP70 et du séquençage des produits de PCR. Aucun résultat positif n’a toutefois été obtenu. Afin d’augmenter la puissance statistique des analyses épidémiologiques sur la prévalence de Cryptosporidium spp., il serait nécessaire à l’avenir de travailler sur un nombre d’animaux beaucoup plus important. / Cryptosporidium spp. is a protozoan parasite from the gastro-intestinal tract with a large range of vertebrate hosts causing cryptosporidiosis, a zoonotic disease which may lead to severe digestive troubles and sometimes death for immunocompromised people. It is a noticeable disease in Canada since 2000. It is thus relevant to study the infection in cats and dogs as they may represent an important zoonotic reservoir for the parasite. A total of 1,202 stool samples from cats (n = 371) and dogs (n = 831) from the province of Quebec were examined during the year 2008 for this research. The prevalence of Cryptosporidium spp. was calculated using coprology tests using centrifugation in a zinc sulfate solution. The prevalence in cats (28/371: 7,55 %) and dogs (88/831: 10,59%) corroborates that pets living in the province of Quebec may be a reservoir for Cryptosporidium spp. While we did not find a significant difference in the prevalence of Cryptosporidium spp. between cats and dogs, cats may represent a larger reservoir as they represent a larger population within the province. We identified age (p = 0,0001) and concomitant infection with Giardia spp. (p =0,0001) as risk factors for dogs. Among all the variables tested on cats (age, sex, season, concomitant infection with Giardia spp.), none were significantly associated with the presence of the parasite in cats. This may be caused in part by the small number that was analyzed. A follow-up study with two cats showed the excretion of oocysts can last for a minimum of seven months and varies in intensity through time. The molecular diagnostic of species and genotypes of Cryptosporidium spp. isolated from fecal samples should have been done by using the amplification of the gene fragments ARNr 18S and HSP70 nested PCR reactions and the sequencing of PCR products. Although this technique was attempted in this study, no positive result was obtained. It is recommended to work on larger animal populations to increase the statistical power of epidemiological analysis of the prevalence of Cryptosporidium spp.