Made available in DSpace on 2014-07-29T15:13:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Camila Silveira de Melo.pdf: 1600630 bytes, checksum: 775f7bf932366a49562642895c0c3764 (MD5) Previous issue date: 2011-10-07 / Abstract: Blown Pack is a process of spoilage which characterizes by the build-up of gas in the package of chilled meat cuts, causing a repulsing aspect. In Brazil, this spoilage has been described in many States, mainly meat for export, which needs longer shelf-life. The main cause of blown Pack is attributed to Clostridium estertheticum, a bacteria which multiplies easily in long-term storage at refrigeration temperatures and also in anaerobic organisms found in vacuum-packed chilled meat. The management of these bacteria in the flowchart of slaughter is very difficult due to its sporulated shape, easy dissemination and growth during the meat processing. Having said that, this work aimed to propose a decision support system for risk management for Clostridium estertheticum in the flowchart of bovine slaughter and vacuum-packed chilled beef cuts. Hence, it was carried out an identification of Control Point and Critical Point Control for bacteria as well as a risk classification and quantification in the process of vacuum-packed chilled beef cuts. The decision support system was based on the concept of Risk Assessment and Bayesian Networks. The system elaboration was performed at Shell Netica program. The probabilistic was manually input during the meeting with experts on the area. The first proposed structure of the system was elaborated for classification and quantification for microbiological risks, having as a parent node, a Risk Characterization of blown pack. The children nodes, linked to the parent node, were elaborated and based on Risk Exposure and Hazard Characterization for microbial deterioration in blown packed spoilage in meat cuts. In the second part of the proposition of the system, it was selected the slaughter operations and the determining factors of contamination in the processes. The parent nodes indentified the contamination risks and the children nodes the slaughter conditions. The system performance was assessed by specificity and sensibility. The proposed model presented a satisfactory performance, being reliable to the productive reality. The system presented high risk for blown pack for C. estertheticum, lactic acid bacteria and Enterobacteriaceae. Concerning its performance in identifying the contamination risk on the flowchart of slaughter, it has been high, with 100% of specificity and sensibility. The proposed model presented clear diagnosis, showing the operations that need more attention by the risk manager‟s part. / O tufamento é um processo de deterioração que se caracteriza pelo acúmulo de gases no interior da embalagem de cortes cárneos, provocando aspecto repugnante. No Brasil, essa deterioração já foi observada em vários Estados, principalmente em lotes destinados a exportação, que necessitam de maior vida de prateleira. O principal causador do tufamento é o Clostridium estertheticum, uma bactéria que se multiplica com facilidade em temperaturas de refrigeração e em anaerobiose, sendo essas condições encontradas em carnes embaladas a vácuo. O gerenciamento dessa bactéria no fluxograma de abate é muito difícil devido à sua forma esporulada e facilidade de disseminação e crescimento durante o processamento da carne bovina. Diante do exposto, objetivou-se com o presente trabalho propor um sistema de apoio à decisão de gerenciamento de risco de Clostridium estertheticum, no fluxograma de abate de bovinos e em cortes cárneos embalados a vácuo. Para isso, foi realizada a identificação dos Pontos de Controle e Pontos Críticos de Controle para a bactéria, além da classificação e quantificação de riscos no processo de obtenção de cortes cárneos refrigerados embalados a vácuo. O sistema de apoio a decisão foi baseado no conceito de Avaliação de Risco e Redes Bayesianas. A elaboração do sistema foi realizada no programa Shell Netica, com as probabilidades inseridas de forma manual durante reuniões com especialista da área. A primeira estrutura do sistema proposto foi elaborada para classificação e quantificação de riscos microbiológicos, possuindo como nó pai a Caracterização do Risco de tufamento. Os nós filhos, ligados ao nó pai, foram elaborados com base na Exposição de Risco e Caracterização de Perigo para deteriorantes incriminados em tufamento de cortes cárneos. Na proposição da segunda parte do sistema, foram elencadas as operações de abate e os fatores determinantes da contaminação dos processos, assim sendo, os nós pais identificaram o risco de contaminação e os nós filhos as condições de abate. O desempenho do sistema foi avaliado por meio da especificidade e sensibilidade. O modelo proposto apresentou desempenho satisfatório, sendo fidedigno à realidade produtiva. O sistema apresentou alto risco de tufamento para C. estertheticum, bactérias ácido láticas e Enterobacteriaceae. Quanto ao seu desempenho em identificar risco de contaminação no fluxograma de abate, esse se mostrou elevado, com 100% de especificidade e sensibilidade. O modelo proposto apresentou diagnósticos claros, apontando as operações que necessitam de maior atenção por parte do gestor de riscos.

As proteínas são moléculas que desempenham funções essenciais para a vida. Para entender a função de uma proteína é preciso conhecer sua estrutura tridimensional. No entanto, encontrar a estrutura da proteína pode ser um processo caro e demorado, exigindo profissionais altamente qualificados. Neste sentido, métodos computacionais têm sido investigados buscando predizer a estrutura de uma proteína a partir de uma sequência de aminoácidos. Em geral, tais métodos computacionais utilizam conhecimentos de estruturas de proteínas já determinadas por métodos experimentais, para tentar predizer proteínas com estrutura desconhecida. Embora métodos computacionais como, por exemplo, o Rosetta, I-Tasser e Quark tenham apresentado sucesso em suas predições, são apenas capazes de produzir estruturas significativamente semelhantes às já determinadas experimentalmente. Com isso, por utilizarem conhecimento a priori de outras estruturas pode haver certa tendência em suas predições. Buscando elaborar um algoritmo eficiente para Predição de Estruturas de Proteínas livre de tendência foi desenvolvido um Algoritmo de Estimação de Distribuição (EDA) específico para esse problema, com modelagens full-atom e algoritmos ab initio. O fato do algoritmo proposto ser ab initio é mais interessante para aplicação envolvendo proteínas com baixa similaridade, com relação às estruturas já conhecidas. Três tipos de modelos probabilísticos foram desenvolvidos: univariado, bivariado e hierárquico. O univariado trata o aspecto de multi-modalidade de uma variável, o bivariado trata os ângulos diedrais (Φ Ψ) de um mesmo aminoácido como variáveis correlacionadas. O hierárquico divide o problema em subproblemas e tenta tratá-los separadamente. Os resultados desta pesquisa mostraram que é possível obter melhores resultados quando considerado a relação bivariada (Φ Ψ). O hierárquico também mostrou melhorias nos resultados obtidos, principalmente para proteínas com mais de 50 resíduos. Além disso, foi realiza uma comparação com algumas heurísticas da literatura, como: Busca Aleatória, Monte Carlo, Algoritmo Genético e Evolução Diferencial. Os resultados mostraram que mesmo uma metaheurística pouco eficiente, como a Busca Aleatória, pode encontrar a solução correta, porém utilizando muito conhecimento a priori (predição que pode ser tendenciosa). Por outro lado, o algoritmo proposto neste trabalho foi capaz de obter a estrutura da proteína esperada sem utilizar conhecimento a priori, caracterizando uma predição puramente ab initio (livre de tendência). / Proteins are molecules that perform critical roles in the living organism and they are essential for their lifes. To understand the function of a protein, its 3D structure should be known. However, to find the protein structure is an expensive and a time-consuming task, requiring highly skilled professionals. Aiming to overcome such a limitation, computational methods for Protein Structure Prediction (PSP) have been investigated, in order to predict the protein structure from its amino acid sequence. Most of computational methods require knowledge from already determined structures from experimental methods in order to predict an unknown protein. Although computational methods such as Rosetta, I-Tasser and Quark have showed success in their predictions, they are only capable to predict quite similar structures to already known proteins obtained experimentally. The use of such a prior knowledge in the predictions of Rosetta, I-Tasser and Quark may lead to biased predictions. In order to develop a computational algorithm for PSP free of bias, we developed an Estimation of Distribution Algorithm applied to PSP with full-atom and ab initio model. A computational algorithm with ab initio model is mainly interesting when dealing with proteins with low similarity with the known proteins. In this work, we developed an Estimation of Distribution Algorithm with three probabilistic models: univariate, bivariate and hierarchical. The univariate deals with multi-modality of the distribution of the data of a single variable. The bivariate treats the dihedral angles (Proteins are molecules that perform critical roles in the living organism and they are essential for their lifes. To understand the function of a protein, its 3D structure should be known. However, to find the protein structure is an expensive and a time-consuming task, requiring highly skilled professionals. Aiming to overcome such a limitation, computational methods for Protein Structure Prediction (PSP) have been investigated, in order to predict the protein structure from its amino acid sequence. Most of computational methods require knowledge from already determined structures from experimental methods in order to predict an unknown protein. Although computational methods such as Rosetta, I-Tasser and Quark have showed success in their predictions, they are only capable to predict quite similar structures to already known proteins obtained experimentally. The use of such a prior knowledge in the predictions of Rosetta, I-Tasser and Quark may lead to biased predictions. In order to develop a computational algorithm for PSP free of bias, we developed an Estimation of Distribution Algorithm applied to PSP with full-atom and ab initio model. A computational algorithm with ab initio model is mainly interesting when dealing with proteins with low similarity with the known proteins. In this work, we developed an Estimation of Distribution Algorithm with three probabilistic models: univariate, bivariate and hierarchical. The univariate deals with multi-modality of the distribution of the data of a single variable. The bivariate treats the dihedral angles (Φ Ψ) within an amino acid as correlated variables. The hierarchical approach splits the original problem into subproblems and attempts to treat these problems in a separated manner. The experiments show that, indeed, it is possible to achieve better results when modeling the correlation (Φ Ψ). The hierarchical model also showed that is possible to improve the quality of results, mainly for proteins above 50 residues. Besides, we compared our proposed techniques among other metaheuristics from literatures such as: Random Walk, Monte Carlo, Genetic Algorithm and Differential Evolution. The results show that even a less efficient metaheuristic such as Random Walk managed to find the correct structure, however using many prior knowledge (prediction that may be biased). On the other hand, our proposed EDA for PSP was able to find the correct structure with no prior knowledge at all, so we can call this prediction as pure ab initio (biased-free).

Planejamento Probabilístico estuda os problemas de tomada de decisão sequencial de um agente, em que as ações possuem efeitos probabilísticos, modelados como um processo de decisão markoviano (Markov Decision Process - MDP). Dadas a função de transição de estados probabilística e os valores de recompensa das ações, é possível determinar uma política de ações (i.e., um mapeamento entre estado do ambiente e ações do agente) que maximiza a recompensa esperada acumulada (ou minimiza o custo esperado acumulado) pela execução de uma sequência de ações. Nos casos em que o modelo MDP não é completamente conhecido, a melhor política deve ser aprendida através da interação do agente com o ambiente real. Este processo é chamado de aprendizado por reforço. Porém, nas aplicações em que não é permitido realizar experiências no ambiente real, por exemplo, operações de venda, é possível realizar o aprendizado por reforço sobre uma amostra de experiências passadas, processo chamado de aprendizado por reforço em lote (Batch Reinforcement Learning). Neste trabalho, estudamos técnicas de aprendizado por reforço em lote usando um histórico de interações passadas, armazenadas em um banco de dados de processos, e propomos algumas formas de melhorar os algoritmos existentes. Como um estudo de caso, aplicamos esta técnica no aprendizado de políticas para o processo de venda de impressoras de grande formato, cujo objetivo é a construção de um sistema de recomendação de ações para vendedores iniciantes. / Probabilistic planning studies the problems of sequential decision-making of an agent, in which actions have probabilistic effects, and can be modeled as a Markov decision process (MDP). Given the probabilities and reward values of each action, it is possible to determine an action policy (in other words, a mapping between the state of the environment and the agent\'s actions) that maximizes the expected reward accumulated by executing a sequence of actions. In cases where the MDP model is not completely known, the best policy needs to be learned through the interaction of the agent in the real environment. This process is called reinforcement learning. However, in applications where it is not allowed to perform experiments in the real environment, for example, sales process, it is possible to perform the reinforcement learning using a sample of past experiences. This process is called Batch Reinforcement Learning. In this work, we study techniques of batch reinforcement learning (BRL), in which learning is done using a history of past interactions, stored in a processes database. As a case study, we apply this technique for learning policies in the sales process for large format printers, whose goal is to build a action recommendation system for beginners sellers.

Um dos modelos mais usados para descrever problemas de planejamento probabilístico, i.e., planejamento de ações com efeitos probabilísticos, é o processo de decisão markoviano (Markov Decision Process - MDP). Soluções tradicionais são baseadas em programação dinâmica, sendo as mais ecientes aquelas baseadas em programação dinâmica em tempo real (Real-Time Dynamic Programming - RTDP), por explorarem somente os estados alcançáveis a partir de um dado estado inicial. Por outro lado, existem soluções ecientes baseadas em métodos de busca heurística em um grafo AND/OR, sendo que os nós AND representam os efeitos probabilísticos das ações e os nós OR representam as escolhas de ações alternativas. Tais soluções também exploram somente estados alcançáveis a partir de um estado inicial porém, guardam um subgrafo solução parcial e usam programação dinâmica para a atualização do custo dos nós desse subgrafo. No entanto, problemas com grandes espaços de estados limitam o uso prático desses métodos. MDPs fatorados permitem explorar a estrutura do problema, representando MDPs muito grandes de maneira compacta e assim, favorecer a escalabilidade das soluções. Neste trabalho, apresentamos uma análise comparativa das diferentes soluções para MDPs, com ênfase naquelas que fazem busca heurística e as comparamos com soluções baseadas em programação dinâmica assíncrona, consideradas o estado da arte das soluções de MPDs. Além disso, propomos um novo algoritmo de busca heurística para MDPs fatorados baseado no algoritmo ILAO* e o testamos nos problemas da competição de planejamento probabilístico IPPC-2011. / One of the most widely used models to describe probabilistic planning problems, i.e., planning of actions with probabilistic eects, is the Markov Decision Process - MDP. The traditional solutions are based on dynamic programming, whereas the most ecient solutions are based on Real-Time Dynamic Programming - RTDP, which explore only the reachable states from a given initial state. Moreover, there are ecient solutions based on search methods in a AND/OR graph, where AND nodes represent the probabilistic eects of an action and OR nodes represent the choices of alternative actions. These solutions also explore only reachable states but maintain the parcial subgraph solution, using dynamic programming for updating the cost of nodes of these subgraph. However, problems with large state spaces limit the practical use of these methods. Factored representation of MDPs allow to explore the structure of the problem, and can represent very large MDPs compactly and thus improve the scalability of the solutions. In this dissertation, we present a comparative analysis of dierent solutions for MDPs, with emphasis on heuristic search methods. We compare the solutions which are based on asynchronous dynamic programming which are also considered the state of the art. We also propose a new factored algorithm based on the search algorithm ILAO*. It is also tested by using the problems of the International Probabilistic Planning Competition IPPC-2011.

Comúnmente los estudios geotécnicos de análisis de estabilidad de taludes se realizan mediante métodos determinísticos, en los cuales se obtiene como resultado un factor de seguridad (FS) de la estructura analizada. Sin embargo, estos métodos no cuantifican la incertidumbre en las variables de entrada (parámetros de resistencia del suelo), en el análisis y tampoco muestran los detalles de las variables más influyentes en la estabilidad del talud. Es por ello los métodos probabilísticos permiten superar estos problemas. Esta investigación tiene como objetivo principal realizar el análisis de estabilidad de taludes mediante el método probabilístico Primer Orden Segundo Momento (FOSM) dos recomendaciones de aplicabilidad, que ofrecen los autores Sandroni & Sayao (1992) y Mostyn y Li (1993). Se analizó un caso común y muy importantes porque fueron claves en la realización de métodos probabilísticos en la ingeniería geotécnica. El caso, es una de las carreteras más importantes de Brasil, el cual sufrió deslizamiento 2 años después de su construcción. Se realizó el análisis probabilístico dando como resultado que los parámetros de confiabilidad de la estructura eran muy bajos y la probabilidad de rotura muy alta. Se plantea la propuesta de solución de estabilidad con una probabilidad de rotura mínima. La investigación se realizó con datos realizados en Brasil, por la cantidad de datos que requieren los estudios probabilísticos. Los tipos de suelos que se estudiaron fueron cohesivos, los cuales se pueden encontrar también en la selva peruana. Sin embargo, no se está tomando en cuenta proyectos nacionales por lo que no cuentan con la información necesaria para la aplicación de esta metodología. / Geotechnical studies on slope stability analyzes are performed using deterministic methods, from which are obtained as a result of a safety factor (FS) of the structure analyzed. However, these methods do not quantify the uncertainty in the input variables (parameters of soil resistance), analysis and do not show the details of the most influential variables in the stability of the slope. Therefore, probabilistic methods can overcome these problems. This research has as main objective the analysis of slope stability by probabilistic first order second moment method (FOSM) by two applicability recommendation that we provide the authors Sandroni & Sayao (1992) and Mostyn and Li (1993); and a comparison with the results obtained. Resulting in the second method is more accurate by being number of analysis performed. The case is one of the most important roads in Brazil which suffered a landslide two years after its construction. probabilistic analysis result that reliability parameters of the structure were very low and very high probability of rupture was performed. It was decided to make the solution stability with a minimum breaking probability. The research was carried out with studies of Brazil, for the amount of data that is required when probabilistic studies are conducted. Soil types found were generally cohesive, which can be found in the Peruvian jungle. However, there is no necessary data projects with this amount of data is required. / Tesis

A disponibilidade de grandes bases de dados informatizadas em saúde tornou a técnica de relacionamento de fontes de dados, também conhecida como linkage, uma alternativa para diferentes tipos de estudos. Esta técnica proporciona a geração de uma base de dados mais completa e de baixo custo operacional. Objetivo- Investigar a possibilidade de completar/aperfeiçoar as informações da base de dados do RCBP-SP, no período de 1997 a 2005, utilizando o processo de linkage com três outras bases, a saber: Programa de Aprimoramento de Mortalidade (PRO-AIM), Autorização e Procedimentos de Alta Complexidade (APAC-SIA/SUS) e Fundação Sistema Estadual de Análise de Dados (FSeade). Métodos- Neste estudo foi utilizada a base de dados do RCBP-SP, composta por 343.306 com casos incidentes de câncer do município de São Paulo, registrados no período de 1997 a 2005, com idades que variaram de menos de um a 106 anos, de ambos os sexos. Para a completitude das informações do RCBP-SP foram utilizadas as bases de dados, a saber: PRO-AIM, APAC-SIA/SUS e FSeade. Foram utilizadas as técnicas de linkage probabilística e determinística. O linkage probabilístico foi realizado pelo programa Reclink III versão 3.1.6. Quanto ao linkage determinístico as rotinas foram realizadas em Visual Basic, com as bases hospedadas em SQL Server. Foram calculados os coeficientes brutos de incidência (CBI) e mortalidade (CBM) antes e após o linkage. A análise de sobrevida global foi realizada pela técnica de Kaplan-Meier e para na comparação entre as curvas, utilizou-se o teste de log rank. Foram calculados os valores da área sob a curva, sensibilidade e especificidade para determinar o ponto de corte do escore de maior precisão na identificação dos pares verdadeiros. Resultados- Após o linkage, verificou-se um ganho de 101,5 por cento para a variável endereço e 31,5 por cento para a data do óbito e 80,0 por cento para a data da última informação. Quanto à variável nome da mãe, na base de dados do RCBP-SP antes do linkage esta informação representava somente 0,5 por cento , tendo sido complementada, no geral, em 76.332 registros. A análise de sobrevida global mostrou que antes do processo de linkage havia uma subestimação na probabilidade de estar vivo em todos os períodos analisados. No geral, para a análise de sobrevida truncada em sete anos, a probabilidade de estar vivo no primeiro ano de seguimento antes do linkage foi menor quando comparada a probabilidade de estar vivo ao primeiro ano de seguimento após o linkage (48,8 por cento x 61,1 por cento ; p< 0,001). Conclusão- A técnica de linkage tanto probabilística quanto determinística foi efetiva para completar/aperfeiçoar as informações da base de dados do RCBP-SP. Além do mais, o CBI apresentou um ganho de 3,4 por cento . Quanto ao CBM houve um ganho de 25,8 por cento . Após o uso da técnica de linkage, foi verificado que os valores para a sobrevida global estavam subestimados para ambos os sexos, faixas etárias e para as topografias de câncer / The availability of large computerized databases on health has enabled the record linkage technique, an alternative for different study designs. This technique provides the generation of a more complete database, at low operational cost. Objective to investigate the possibility of completing/improving information from the database of the RCBP-SP, in the period between 1997 and 2005, using the record linkage technique with other three databases, namely: Mortality Improvement Program (PRO-AIM), Authorization of Highly Complex Procedures (APAC-SIA/SUS) and State System of Data Analysis (FSeade), comparing different strategies. Methods In this study we used the database of the RCBP-SP composed of 343,306 incident cancer cases in the Municipality of São Paulo registered in the period between 1997 and 2005 with ages raging from under one to 106 years, from both sexes. To complete the database of the RCBP-SP three databases were used, namely: PRO-AIM, APAC-SIA/SUS and FSeade. Both probabilistic and deterministic record linkage were used. Probabilistic linkage was performed using the Reclink III software, version 3.1.6. As for the the deterministic record linkage, the routines were run in the Visual Basic and databases hosted on a SQL Server. Before and after record linkage, crude incidence (CIR) and mortality rates (CMR) were calculated. The overall survival analysis was performed using the Kaplan-Meier technique and for the comparison between curves, the log rank test was employed. In order to determine the most precise cut-off scores in identifying true matches, we calculated the area under the curve, as well as, sensitivity and specificity. Results After record linkage, it was verified a gain of 101.5 per cent for the variable address, 31.5 per cent for death date and 80,0 per cent for the date of latest information. As for the variable mother´s name, in the database of the RCBP-SP before record linkage, this information represented only 0.5 per cent , having been completed, in general, in 76,332 registries. The overall survival analysis showed that before the record linkage there was an underestimation of the probability of being alive for all periods assessed. In general, for the truncated survival at seven years, the probability of being alive at the first year of follow up before record linkage was lower when compared to the probability of being alive at the first year of follow up after record linkage (48.8 per cent x 61.1 per cent ; p< 0.001). Conclusion Both the probabilistic and deterministic record linkage were effective to complete/improve information from the database of the RCBP-SP. Moreover, the CIR had a gain of de 3.4 per cent . As for the CMR, there was a gain of 25.8 per cent . After using the record linkage technique, it was verified that values for overall survival were underestimated for both sexes, all age groups, and cancer sites

Introdução: A associação entre a infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) e o câncer tem sido documentada desde os primórdios da epidemia da síndrome da imunodeficiência adquirida (Aids). A introdução da highly active antirretroviral therapy (HAART) alterou, profundamente, o curso da epidemia da Aids, reduzindo, drasticamente, a incidência de manifestações definidoras da síndrome, incluindo cânceres. No entanto, existem informações limitadas sobre a incidência de câncer em crianças e adolescentes com Aids vivendo em países em desenvolvimento. Objetivo: Descrever a epidemiologia do câncer em crianças e adolescentes com Aids no Município de São Paulo, no período de 1997 a 2012. Métodos: Trata-se de um estudo de base populacional, utilizando as bases de dados do Registro de Câncer de Base Populacional do Município de São Paulo e do Sistema de Informações de Agravos de Notificação (SINAN). As crianças e adolescentes (< 20 anos) com Aids e câncer foram identificadas por meio de um processo de linkage probabilístico entre as bases de dados supracitadas. Foram calculadas as taxas de incidência brutas e ajustadas por milhão de habitantes. Para comparar a incidência de câncer na população com Aids e a população geral foi calculada a razão de incidência padronizada (RIP) e respectivos intervalos de confiança de 95 por cento (IC 95 por cento ). A análise de tendência foi feita por meio do cálculo do annual percent change (APC) e IC 95 por cento correspondentes. A análise da sobrevida global de cinco anos após o câncer entre pacientes com Aids e na população geral foi calculada por meio do estimador produto limite de Kaplan-Meier e modelos univariados de riscos proporcionais de Cox. Mapas coropléticos em escalas monocromáticas foram gerados para descrever a distribuição de casos no Município. Resultados: Foram identificados 24 casos de câncer em pacientes com Aids menores de 20 anos, sendo 62,5 por cento cânceres definidores de Aids. Os cânceres mais incidentes foram o linfoma não Hodgkin, incluindo o linfoma de Burkitt (12; 50,0 por cento ), o linfoma de Hodgkin (6; 25,0 por cento ) e o sarcoma de Kaposi (3; 12,5 por cento ). A taxa bruta de incidência foi de 1.461,3 casos/milhão. A análise de tendência revelou redução significativa da incidência para todos os cânceres (APC= -14,5), influenciada pela queda nos cânceres definidores de Aids (APC= -17,0). O risco para câncer se mostrou aumentado (RIP= 3,9), sobretudo para o linfoma não Hodgkin, excluindo linfoma de Burkitt (RIP= 22,5), linfoma de Burkitt (RIP= 29,7) e linfoma de Hodgkin (RIP= 18,7). A probabilidade acumulada de sobrevida aos cinco anos foi de 56,3 por cento em crianças e adolescentes com Aids versus 87,5 por cento na população geral. A hazard ratio para óbito foi 5,2 (IC 95 por cento = 2,0; 13,6). O mapa da distribuição geográfica mostrou concentração dos casos nas áreas de classes sociais mais baixas do Município. Conclusão: Houve redução acentuada da incidência de cânceres definidores de Aids, como provável resultado da introdução da HAART. No entanto, crianças e adolescentes com Aids permanecem sob risco aumentado para o desenvolvimento de câncer quando comparadas à população geral. Para aquelas que desenvolveram câncer, o risco para óbito também se mostrou substancialmente elevado / Introduction: The association between human immunodeficiency virus (HIV) infection and cancer has been documented since the beginning of the epidemic of the acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). The introduction of the highly active antiretroviral therapy (HAART) has profoundly altered the course of the AIDS epidemic, drastically reducing the incidence of AIDS-defining manifestations, including cancers. Nevertheless, there is limited information on the incidence of cancer in children and adolescents with AIDS living in developing countries. Objective: To describe the cancer epidemiology in children and adolescents with AIDS in the Municipality of São Paulo from 1997 to 2012. Methods: It is a population-based study, using the databases of the Population-based Cancer Registry of São Paulo and the Notifiable Diseases Information System (SINAN). Children and adolescents (< 20 years) with AIDS and cancer have been identified by means of a probabilistic record linkage process between the aforementioned databases. Crude and age-standardized incidence rates per million inhabitants were calculated. To compare the incidence of cancer in people with AIDS and that of the general population, standardized incidence ratio (SIR) and respective 95 per cent confidence intervals (95 per cent CI) were calculated. We examined trends by calculating the annual percent change (APC) and corresponding 95 per cent CI. The analyses of the overall five-year survival after cancer diagnosis among children and adolescents with AIDS and that of the general population were based on the Kaplan-Meier product limit estimator and univariate Cox proportional hazards models. Choropleth maps on monochromatic scales were generated to describe the distribution of cases across the Municipality. Results: We identified 24 cases of cancer in patients with AIDS aged 20 years and younger, of which, 62.5 per cent were AIDS-defining malignancies. The most incident cancers were non-Hodgkin\'s lymphoma, including Burkitt\'s lymphoma (12; 50.0 per cent ), Hodgkin\'s lymphoma (6; 25.0 per cent ) and Kaposi sarcoma (3; 12.5 per cent ). The age-standardized incidence rate was 1,461.3 cases/million. The trend analyses revealed a significant reduction in the incidence of all cancers (APC= -14.5), driven by the decrease in AIDS-defining cancers (APC= -17.0). The overall risk for cancer was significantly increased (SIR= 3.9), especially for non-Hodgkin lymphoma, excluding Burkitts lymphoma (SIR= 22.5), Burkitt\'s lymphoma (SIR= 29.7) and Hodgkin\'s lymphoma (SIR= 18.7). The overall probability of survival at five years after cancer was 56.3 per cent in children and adolescents with AIDS versus 87.5 per cent in the general population. The hazard ratio for death was 5.2 (95 per cent CI= 2.0, 13.6). The map of the geographical distribution showed a concentration of cases in the low-income areas of the Municipality. Conclusion: There was a marked reduction in the incidence of AIDS-defining cancers, likely to be a result of the introduction of HAART. However, children and adolescents with AIDS remain at increased risk for the development of cancer when compared to the general population. For those who developed cancer, the risk of death was also significantly higher

Made available in DSpace on 2016-04-28T18:22:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Wendel Mendes Dantas.pdf: 2248359 bytes, checksum: d5c27ce03f0a60ff11f719e7ba0ce737 (MD5) Previous issue date: 2012-05-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The aim of this study was to identify and classify errors found in Brazilian English learners s written tasks. The questions which guide this research are: Which are the most common errors in COBRA-7_recorte? ; What is the error variation among course levels for learners found in COBRA-7_recorte? and Which course level shows the highest error diversity in COBRA-7_recorte?". The main theoretical underpinning for the research is provided by Corpus Linguistics, an area devoted to the collection and criterious analysis of data collected from texts in electronic formar, and, specifically, by research on learner corpora. the corpora used in this research were the Corpus of Contemporary American English (COCA) (consultation corpus) and a sample of COBRA-7 (COBRA-7_recorte), the study corpus, compiled from the writings of adult learners enrolled in a network of schools which teach English as a foreign language in the state of São Paulo, and which have been produced between 2009 and 2010. The data have been collected from the institution's online server in 2011. Results have shown that the most common errors found in the analysis corpus are: wrong lexical choice, tense and aspect use, use of determiners, and wrong use of questions, negatives or auxiliaries. They have also revealed that pre-intermediate course level has the highest quantity and diversity of errors, probably because it is a level at which learners are exposed to diverse verbal tenses. Finally, this study has also shown that although wrong lexical choice, particularly the replacement of prepositions or particiles by words from the same or other grammatical categories, seem to be a problem for learners, this difficulty tends to decrease along the course, unlike errors of verbal tense and aspect use, which tend to increase / O trabalho tem como objetivo identificar e classificar os erros na escrita de aprendizes brasileiros de inglês. As perguntas que norteiam a pesquisa são: Quais os erros mais comuns no córpus COBRA-7_recorte? ; Qual a variação de erro entre os níveis de curso dos aprendizes no córpus COBRA-7_recorte? e Qual nível de curso apresenta maior diversidade de erros no córpus COBRA-7_recorte? . Esta pesquisa encontrou suporte teórico na Linguística de Córpus, área que se dedica à coleta e análise criteriosa de dados de textos em formato digital, e especificamente nas pesquisas dedicadas a córpus de aprendizes. Os córpora empregados na pesquisa foram o Corpus of Contemporary American English (COCA) (córpus de consulta) e uma amostra do COBRA-7 (córpus de estudo), compilado a partir de redações de aprendizes adultos matriculados em uma rede de escolas de inglês como língua estrangeira do estado de São Paulo, produzidas entre 2009 e 2010. Os dados foram coletados de um servidor online da própria instituição em 2011. Os resultados indicaram que os erros mais comuns encontrados no córpus de análise referem-se a: má escolha lexical, uso de tempo e aspecto verbal, uso de determinantes, e uso inadequado de questões, negações ou auxiliares. Revelaram também que o nível de curso pré-intermediário apresenta as maiores quantidade e diversidade de erros, provavelmente por se tratar de um nível no qual os aprendizes são expostos a tempos verbais diversos. Por fim, mostraram que embora a má escolha lexical, sobretudo a substituição de preposições ou conjunções por outras ou pelas mesmas classes gramaticais constitua um problema para os aprendizes, essa dificuldade diminui ao longo do curso, ao contrário do erro no uso dos tempos e aspecto verbais, que tende a aumentar

A disponibilidade de grandes bases de dados informatizadas em saúde tornou a técnica de relacionamento de fontes de dados, também conhecida como linkage, uma alternativa para diferentes tipos de estudos. Esta técnica proporciona a geração de uma base de dados mais completa e de baixo custo operacional. Objetivo- Investigar a possibilidade de completar/aperfeiçoar as informações da base de dados do RCBP-SP, no período de 1997 a 2005, utilizando o processo de linkage com três outras bases, a saber: Programa de Aprimoramento de Mortalidade (PRO-AIM), Autorização e Procedimentos de Alta Complexidade (APAC-SIA/SUS) e Fundação Sistema Estadual de Análise de Dados (FSeade). Métodos- Neste estudo foi utilizada a base de dados do RCBP-SP, composta por 343.306 com casos incidentes de câncer do município de São Paulo, registrados no período de 1997 a 2005, com idades que variaram de menos de um a 106 anos, de ambos os sexos. Para a completitude das informações do RCBP-SP foram utilizadas as bases de dados, a saber: PRO-AIM, APAC-SIA/SUS e FSeade. Foram utilizadas as técnicas de linkage probabilística e determinística. O linkage probabilístico foi realizado pelo programa Reclink III versão 3.1.6. Quanto ao linkage determinístico as rotinas foram realizadas em Visual Basic, com as bases hospedadas em SQL Server. Foram calculados os coeficientes brutos de incidência (CBI) e mortalidade (CBM) antes e após o linkage. A análise de sobrevida global foi realizada pela técnica de Kaplan-Meier e para na comparação entre as curvas, utilizou-se o teste de log rank. Foram calculados os valores da área sob a curva, sensibilidade e especificidade para determinar o ponto de corte do escore de maior precisão na identificação dos pares verdadeiros. Resultados- Após o linkage, verificou-se um ganho de 101,5 por cento para a variável endereço e 31,5 por cento para a data do óbito e 80,0 por cento para a data da última informação. Quanto à variável nome da mãe, na base de dados do RCBP-SP antes do linkage esta informação representava somente 0,5 por cento , tendo sido complementada, no geral, em 76.332 registros. A análise de sobrevida global mostrou que antes do processo de linkage havia uma subestimação na probabilidade de estar vivo em todos os períodos analisados. No geral, para a análise de sobrevida truncada em sete anos, a probabilidade de estar vivo no primeiro ano de seguimento antes do linkage foi menor quando comparada a probabilidade de estar vivo ao primeiro ano de seguimento após o linkage (48,8 por cento x 61,1 por cento ; p< 0,001). Conclusão- A técnica de linkage tanto probabilística quanto determinística foi efetiva para completar/aperfeiçoar as informações da base de dados do RCBP-SP. Além do mais, o CBI apresentou um ganho de 3,4 por cento . Quanto ao CBM houve um ganho de 25,8 por cento . Após o uso da técnica de linkage, foi verificado que os valores para a sobrevida global estavam subestimados para ambos os sexos, faixas etárias e para as topografias de câncer / The availability of large computerized databases on health has enabled the record linkage technique, an alternative for different study designs. This technique provides the generation of a more complete database, at low operational cost. Objective to investigate the possibility of completing/improving information from the database of the RCBP-SP, in the period between 1997 and 2005, using the record linkage technique with other three databases, namely: Mortality Improvement Program (PRO-AIM), Authorization of Highly Complex Procedures (APAC-SIA/SUS) and State System of Data Analysis (FSeade), comparing different strategies. Methods In this study we used the database of the RCBP-SP composed of 343,306 incident cancer cases in the Municipality of São Paulo registered in the period between 1997 and 2005 with ages raging from under one to 106 years, from both sexes. To complete the database of the RCBP-SP three databases were used, namely: PRO-AIM, APAC-SIA/SUS and FSeade. Both probabilistic and deterministic record linkage were used. Probabilistic linkage was performed using the Reclink III software, version 3.1.6. As for the the deterministic record linkage, the routines were run in the Visual Basic and databases hosted on a SQL Server. Before and after record linkage, crude incidence (CIR) and mortality rates (CMR) were calculated. The overall survival analysis was performed using the Kaplan-Meier technique and for the comparison between curves, the log rank test was employed. In order to determine the most precise cut-off scores in identifying true matches, we calculated the area under the curve, as well as, sensitivity and specificity. Results After record linkage, it was verified a gain of 101.5 per cent for the variable address, 31.5 per cent for death date and 80,0 per cent for the date of latest information. As for the variable mother´s name, in the database of the RCBP-SP before record linkage, this information represented only 0.5 per cent , having been completed, in general, in 76,332 registries. The overall survival analysis showed that before the record linkage there was an underestimation of the probability of being alive for all periods assessed. In general, for the truncated survival at seven years, the probability of being alive at the first year of follow up before record linkage was lower when compared to the probability of being alive at the first year of follow up after record linkage (48.8 per cent x 61.1 per cent ; p< 0.001). Conclusion Both the probabilistic and deterministic record linkage were effective to complete/improve information from the database of the RCBP-SP. Moreover, the CIR had a gain of de 3.4 per cent . As for the CMR, there was a gain of 25.8 per cent . After using the record linkage technique, it was verified that values for overall survival were underestimated for both sexes, all age groups, and cancer sites

Introdução: A associação entre a infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) e o câncer tem sido documentada desde os primórdios da epidemia da síndrome da imunodeficiência adquirida (Aids). A introdução da highly active antirretroviral therapy (HAART) alterou, profundamente, o curso da epidemia da Aids, reduzindo, drasticamente, a incidência de manifestações definidoras da síndrome, incluindo cânceres. No entanto, existem informações limitadas sobre a incidência de câncer em crianças e adolescentes com Aids vivendo em países em desenvolvimento. Objetivo: Descrever a epidemiologia do câncer em crianças e adolescentes com Aids no Município de São Paulo, no período de 1997 a 2012. Métodos: Trata-se de um estudo de base populacional, utilizando as bases de dados do Registro de Câncer de Base Populacional do Município de São Paulo e do Sistema de Informações de Agravos de Notificação (SINAN). As crianças e adolescentes (< 20 anos) com Aids e câncer foram identificadas por meio de um processo de linkage probabilístico entre as bases de dados supracitadas. Foram calculadas as taxas de incidência brutas e ajustadas por milhão de habitantes. Para comparar a incidência de câncer na população com Aids e a população geral foi calculada a razão de incidência padronizada (RIP) e respectivos intervalos de confiança de 95 por cento (IC 95 por cento ). A análise de tendência foi feita por meio do cálculo do annual percent change (APC) e IC 95 por cento correspondentes. A análise da sobrevida global de cinco anos após o câncer entre pacientes com Aids e na população geral foi calculada por meio do estimador produto limite de Kaplan-Meier e modelos univariados de riscos proporcionais de Cox. Mapas coropléticos em escalas monocromáticas foram gerados para descrever a distribuição de casos no Município. Resultados: Foram identificados 24 casos de câncer em pacientes com Aids menores de 20 anos, sendo 62,5 por cento cânceres definidores de Aids. Os cânceres mais incidentes foram o linfoma não Hodgkin, incluindo o linfoma de Burkitt (12; 50,0 por cento ), o linfoma de Hodgkin (6; 25,0 por cento ) e o sarcoma de Kaposi (3; 12,5 por cento ). A taxa bruta de incidência foi de 1.461,3 casos/milhão. A análise de tendência revelou redução significativa da incidência para todos os cânceres (APC= -14,5), influenciada pela queda nos cânceres definidores de Aids (APC= -17,0). O risco para câncer se mostrou aumentado (RIP= 3,9), sobretudo para o linfoma não Hodgkin, excluindo linfoma de Burkitt (RIP= 22,5), linfoma de Burkitt (RIP= 29,7) e linfoma de Hodgkin (RIP= 18,7). A probabilidade acumulada de sobrevida aos cinco anos foi de 56,3 por cento em crianças e adolescentes com Aids versus 87,5 por cento na população geral. A hazard ratio para óbito foi 5,2 (IC 95 por cento = 2,0; 13,6). O mapa da distribuição geográfica mostrou concentração dos casos nas áreas de classes sociais mais baixas do Município. Conclusão: Houve redução acentuada da incidência de cânceres definidores de Aids, como provável resultado da introdução da HAART. No entanto, crianças e adolescentes com Aids permanecem sob risco aumentado para o desenvolvimento de câncer quando comparadas à população geral. Para aquelas que desenvolveram câncer, o risco para óbito também se mostrou substancialmente elevado / Introduction: The association between human immunodeficiency virus (HIV) infection and cancer has been documented since the beginning of the epidemic of the acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). The introduction of the highly active antiretroviral therapy (HAART) has profoundly altered the course of the AIDS epidemic, drastically reducing the incidence of AIDS-defining manifestations, including cancers. Nevertheless, there is limited information on the incidence of cancer in children and adolescents with AIDS living in developing countries. Objective: To describe the cancer epidemiology in children and adolescents with AIDS in the Municipality of São Paulo from 1997 to 2012. Methods: It is a population-based study, using the databases of the Population-based Cancer Registry of São Paulo and the Notifiable Diseases Information System (SINAN). Children and adolescents (< 20 years) with AIDS and cancer have been identified by means of a probabilistic record linkage process between the aforementioned databases. Crude and age-standardized incidence rates per million inhabitants were calculated. To compare the incidence of cancer in people with AIDS and that of the general population, standardized incidence ratio (SIR) and respective 95 per cent confidence intervals (95 per cent CI) were calculated. We examined trends by calculating the annual percent change (APC) and corresponding 95 per cent CI. The analyses of the overall five-year survival after cancer diagnosis among children and adolescents with AIDS and that of the general population were based on the Kaplan-Meier product limit estimator and univariate Cox proportional hazards models. Choropleth maps on monochromatic scales were generated to describe the distribution of cases across the Municipality. Results: We identified 24 cases of cancer in patients with AIDS aged 20 years and younger, of which, 62.5 per cent were AIDS-defining malignancies. The most incident cancers were non-Hodgkin\'s lymphoma, including Burkitt\'s lymphoma (12; 50.0 per cent ), Hodgkin\'s lymphoma (6; 25.0 per cent ) and Kaposi sarcoma (3; 12.5 per cent ). The age-standardized incidence rate was 1,461.3 cases/million. The trend analyses revealed a significant reduction in the incidence of all cancers (APC= -14.5), driven by the decrease in AIDS-defining cancers (APC= -17.0). The overall risk for cancer was significantly increased (SIR= 3.9), especially for non-Hodgkin lymphoma, excluding Burkitts lymphoma (SIR= 22.5), Burkitt\'s lymphoma (SIR= 29.7) and Hodgkin\'s lymphoma (SIR= 18.7). The overall probability of survival at five years after cancer was 56.3 per cent in children and adolescents with AIDS versus 87.5 per cent in the general population. The hazard ratio for death was 5.2 (95 per cent CI= 2.0, 13.6). The map of the geographical distribution showed a concentration of cases in the low-income areas of the Municipality. Conclusion: There was a marked reduction in the incidence of AIDS-defining cancers, likely to be a result of the introduction of HAART. However, children and adolescents with AIDS remain at increased risk for the development of cancer when compared to the general population. For those who developed cancer, the risk of death was also significantly higher