L'étude d'une structure de protéine issue d'un gène de fonction inconnue est une manière d'appréhender les mécanismes biochimiques dans lesquels elle est impliquée. L'amélioration des méthodes de résolution des structures de macromolécules a contribué à l'augmentation quadratique du nombre de structures disponibles. La fonction d'une protéine se définit par ces interactions avec des partenaires spécifiques qui sont la base des mécanismes biologiques majeurs. La détection et la comparaison de surfaces d'interaction sont ainsi des étapes essentielles pour annoter fonctionnellement les protéines, et surtout dans le cadre de l'élaboration de nouveaux médicaments.<br />Le logiciel SuMo et son produit dérivé à vocation industrielle MED-SuMo représentent une des premières approches utilisant la position relative des groupements chimiques fonctionnels élémentaires disponibles à la surface des protéines, pour comparer les surfaces d'interaction. Mon travail de thèse a été basé sur trois points: (1) Optimisation du logiciel MED-SuMo et mise en évidence de son intérêt pour l'annotation fonctionnelle de protéines hypothétiques aux travers de deux applications (protéines TM1012 et YBL036C). (2) Développement et implémentation d'une nouvelle méthode de classification des surfaces d'interaction des protéines: MED-SMA. Deux applications ont été réalisées et pour chacune d'elle, MED-SMA rassemble dans les mêmes groupes des sites détectés pour fixer des types équivalents de molécules. (3) Participation au développement d'une nouvelle méthode de conception de molécules actives de novo combinant la détection MED-SuMo de similitudes locales des surfaces des protéines avec une approche fragmentale.

L'azote est une ressource importante pour la croissance des plantes, et pour les pathogènes des cultures. L'objectif de cette thèse est de proposer une modélisation mécaniste des dynamiques d'azote dans une plante de blé en post-floraison. Pour cela, une approche structure-fonction a été mise en oeuvre. Des expérimentations ont permis de caractériser les dynamiques spatio-temporelles d'azote dans la tige feuillée. La masse d'azote surfacique des limbes et des gaines diminuait avec la distance depuis le sommet du couvert, mais elle était homogène le long d'un limbe ou d'une gaine. Les dynamiques temporelles étaient identiques pour les gaines et les limbes suggérant que ces deux entités répondent de la même manière à la lumière interceptée et à l'état azoté de la plante. De plus, les dynamiques étaient synchrones pour tous les phytomères et identiques à un facteur d'échelle près. En période d'absence d'absorption d'azote racinaire, ces dynamiques suivaient une cinétique d'ordre un. Ces résultats ont permis de développer un modèle structure-fonction des dynamiques d'azote au sein de la structure botanique d'une tige feuillée. Les principales hypothèses de ce modèle sont: (i) la teneur en azote d'un limbe est déterminée par le turnover des protéines de l'appareil photosynthétique; (ii) les différentes entités de la tige feuillée partagent un pool commun d'azote mobile. Ce modèle a été validé sur une gamme contrastée de conditions environnementales avec un jeu unique de six paramètres. Les relations azote-éclairement sont une propriété émergente des processus décrits à l'échelle locale. Ce travail ouvre des perspectives pour simuler la régulation des dynamiques d'azote dans des modèles individus-centrés de peuplements végétaux.

La problématique de ce travail est liée à celle des théories de l'expression en art. Nous voulons savoir comment est possible la communication intersubjective à partir d'une expression originaire, primaire, reposant essentiellement sur les éléments formels, visuels et plastiques, sans l'intermédiaire de concepts, ni celui des éléments sémantiques, propositionnels. Nous voulons savoir quel rôle joue l'œuvre d'art dans la communication non verbale entre l'artiste-créateur et le spectateur-récepteur. Nous traitons cette problématique à partir de la relation triangulaire entre l'expression artistique, la forme signifiante et le sentiment esthétique. Nous essayons de résoudre le problème de l'expression originaire en art visuel en le déplaçant dans le contexte du jugement esthétique. La tâche essentielle pour nous est alors de traduire cette relation triangulaire en termes de formation du jugement de goût, d'expression du sentiment esthétique et de perception de la propriété esthétique que nous situions dans un contexte de l'interaction affect-cognition. Nous défendons alors une forme de réalisme esthétique appuyé sur le réalisme scientifique de l'affectivité, en particulier, la théorie James-Lange et les théories d'appraisal, à partir duquel nous déclarons que les propriétés affectives sont les propriétés qui ont affaire avec l'état du sujet percevant. Au sens fort du terme, elle sont réelles parce que leurs conditions de vérité sont les états neurophysiologiques du corps, observables et vérifiables par des moyens empiriques ; ou du moins, au sens faible, elles sont considérées comme les propriétés susceptibles de faire l'objet d'une programmation fonctionnelle, de la modélisation de l'esprit plus précisément, telle que suggèrent les théories d'appraisal de l'émotion. La version forte du réalisme de l'affectivité implique que, au lieu de nous donner une image fidèle du monde physique, l'émotion est la perception de l'état du corps dont la réalité n'est guère moins évidente que le monde perçu. La version faible de celui-ci implique que l'affectivité constitue du moins une modalité fonctionnelle de l'esprit. À partir de cette dernière, notamment à partir des théories d'appraisal de l'émotion, nous développons un modèle d'appraisal esthétique afin d'expliquer le traitement esthétique (à la fois perceptif et évaluatif) d'une œuvre d'art et les processus de « fabrique » de jugement esthétique dans notre esprit. Nous voulons montrer que, ensemble, le stimulus affectif/esthétique (l'œuvre d'art) et le sujet percevant (l'artiste et le spectateur) constituent les systèmes interactifs ultra complexes et qu'il existe certainement une corrélation relativement stable entre les propriétés physiques du stimulus et les réactions physiologiques et émotionnelles du sujet percevant. Nous cherchons les variables perceptives déterminant la réaction affective de l'individu à l'œuvre d'art. Ce sont avant tout les caractéristiques visuellement saillantes et esthétiquement pertinentes du stimulus, telles que la luminosité, le degré du contraste (lumineux ou chromatique), la séparation figure-fond, l'orientation de la composition picturale, que ce soit verticale, horizontale ou diagonale, l'organisation du centre et du pourtour du champ pictural, et ainsi de suite. Ce modèle a pour but d'illustrer le rapport des propriétés physiques (perceptives) de l'œuvre d'art et des propriétés affectives/esthétiques/évaluatives de celle-ci. De même que les scientifiques de l'émotion s'appliquent à développer des modèles théoriques pour expliquer comment une variété de contenus émotionnels se produit, comment les expériences émotionnelles se différencient selon les modèles distincts du traitement évaluatif, et comment elles sont déterminées en fonction de la façon dont les composantes cognitives, évaluatives et motivationnelles sont combinées, l'objectif de notre approche est de proposer les variables du jugement esthétique, ainsi que d'expliquer pourquoi dans telle ou telle condition l'objet esthétique est jugé beau ou sublime, gracieux ou élégant, et pourquoi dans telle ou telle condition il ne l'est pas.

Les campagnes de recherche - comprenant la conception de nouveaux matériaux, la prospection, la réalisation de composites et leur caractérisation - sont longues. Pour l'ingénieur ou le chercheur, relier la microstructure et les propriétés physiques macroscopiques des matériaux le plus en amont, permet de réduire la durée et le coût de ces études. Nous nous intéressons aux propriétés diélectriques d'un composite particulier, formé d'une matrice époxy contenant des inclusions d'agrégats de noir de carbone. Nous détaillons le processus global, de la réalisation du composite à sa modélisation. Des échantillons de composite sont réalisés en faisant varier des paramètres de préparation. Des mesures diélectriques, électriques et d'autres mesures physiques situent le niveau des propriétés macroscopiques des échantillons. L'observation du composite par microscopie électronique à transmission à plusieurs grandissement permet d'appréhender sa morphologie. Les micrographies sont traitées par analyse d'images pour caractériser la géométrie du composite en quelques grandeurs. Les lois statistiques de changement d'échelle permettent, à partir de données sur la microstructure, d'obtenir un encadrement de la permittivité de composites. Les lois statistiques de changement d'échelle sont une méthode de modélisation récente, elles permettent en particulier :

Le sol est un objet de conquête, tant par les richesses qu'il renferme que par sa potentialité d'appropriation. Sa pollution est une conséquence néfaste et imperceptible du développement. La prise en compte tardive du problème des sols pollués traduit la vision réduite avec laquelle l'homme les appréhende et la réticence à légiférer sur un objet approprié. Surface d'occupation et d'aménagement, le sol est un outil d'urbanisation et un support de prérogatives, avant d'être un milieu vivant. La dualité est manifeste sur les zones industrielles littorales où les règles juridiques applicables oscillent entre protection de l'environnement et développement industriel. L'analyse de leur application permet d'éclairer le paysage juridique complexe des zones industrielles polluées. Nuançant l'approche utilitariste de la gestion des sols pollués, la thèse affirme la nécessité d'une protection renouvelée des fonctions écologiques des sols pour ériger une gestion patrimoniale durable de l'environnement.

Le foncier est considéré comme un fait social total constitué à la fois par la terre et les ressources naturelles qui y sont directement attachées, et par l'ensemble des relations entre individus et groupes pour l'appropriation et l'utilisation de ces ressources. Il apparaît comme support et capital intervenant dans la production avec une dimension religieuse et culturelle. Au Niger, femmes et hommes ont des rôles et des tâches parfaitement définis dans la répartition des biens et services. Le contrôle des ressources suit les mêmes modèles, fondés sur la discrimination entre les sexes. Même lorsque les femmes élargissent leurs activités, les traditions qui limitent leur maîtrise des ressources restent inchangées, surtout en agriculture. La participation importante des femmes à la production agricole et à la commercialisation des produits agricoles ne s¤accompagne pas d¤une garantie des droits d¤accès et de contrôle des ressources productives. Ces droits sont définis dans une large mesure par les institutions de parenté basées sur les hommes, issues d¤idéologies patriarcales. De ce fait, dans les cultures patrilinéaires ou matrilinéaires, les hommes décident de la répartition des ressources familiales.

La validation fonctionnelle d'un système matériel consiste a vérifier le système vis-a-vis de son fonctionnement attendu. Il existe deux façons de spécifier ce fonctionnement attendu. D'une part, la spécification peut être donnée sous forme d'une description fonctionnelle complète. D'autre part, l'expression de cette spécification peut être donnée sous forme d'un ensemble de propriétés temporelles critiques. Ces deux façons de spécifier les systèmes matériels ont donne lieu a deux problèmes de vérification. Notre domaine d'étude concerne les systèmes matériels numériques séquentiels synchrones. Le travail présente dans ce document développe une approche de vérification unifiée, fondée sur le modèle de machines d'états finis, pour résoudre les deux problèmes de vérification sur ces systèmes. Dans cette approche, tout probleme de vérification se ramène a définir une machine d'états finis sur laquelle la vérification sera réalisée. L'application du langage lustre et de l'outil de vérification Lesar associe a été étudiée dans le but de valider cette approche. Dans cette application, la resolution des deux problèmes de vérification se ramène a définir un programme lustre ayant une seule sortie. La vérification consiste a vérifier que cette sortie est la constante booléenne 1. Cette vérification est réalisée automatiquement par l'outil de vérification Lesar

Des systèmes de culture innovants doivent être proposés pour répondre aux nouveaux objectifs de l'agriculture qui devront allier productivité, respect de l'environnement et rentabilité économique. Les systèmes de culture en semis direct sous couvert végétal (SCV) avec cultures associées permettraient d'atteindre ces objectifs. Si ces systèmes ont en effet montré des intérêts en climat tropical, ils sont presque inexistants en climat tempéré.<br />Cette thèse se propose d'accroître les connaissances scientifiques sur ces systèmes particuliers pour faciliter leur conception et leur évaluation en climat tempéré. Le travail repose sur un dispositif expérimental mis en place à Grignon (Yvelines, France) en 2002 pour trois campagnes culturales. Du blé tendre d'hiver (Triticum aestivum L.) est semé (i) dans un sol labouré, (ii) directement dans les résidus de la culture précédente et, (iii) directement dans six plantes de couverture différentes. En combinant sur ce dispositif une double approche, systémique et analytique, les objectifs de la thèse sont de comprendre, selon l'espèce de couverture, (i) l'impact des différents SCV avec cultures associées sur le rendement de la culture de vente en mettant en évidence les phases de sensibilité aux stress de cette culture, (ii) les relations de compétition et/ou de facilitation pour l'azote et la lumière entre les espèces associées et, (iii) l'évolution, à court terme, de la structure du sol et de ses propriétés hydriques.<br />Ce travail montre que la présence d'une plante de couverture peut réduire, parfois fortement, le rendement de la culture de vente, différemment selon l'espèce de couverture, sa conduite technique et les conditions climatiques ; les phases d'élaboration du rendement qui sont perturbées dans ces situations culturales dépendent aussi de ces trois facteurs. De plus, l'étude met en évidence que la compétition pour le rayonnement lumineux entre les espèces associées est le processus le plus défavorable au rendement du blé.<br />A court terme, il n'apparaît pas de différences marquées entre la structure d'un sol non travaillé sans plante de couverture et celle d'un sol non travaillé avec une plante de couverture. Toutefois, l'étude révèle que les propriétés hydriques peuvent être modifiées selon l'absence ou la présence d'une plante de couverture sur un sol non travaillé sans démontrer de variations importantes de ces propriétés selon l'espèce de couverture.<br />La thèse fournit des informations scientifiques et techniques sur le fonctionnement, en climat tempéré, de peuplements associant sur un sol non travaillé, une culture de vente à différentes plantes de couverture. Elle montre la faisabilité mais aussi les risques des SCV avec cultures associées ; elle permet d'identifier des axes de recherche pour compléter les connaissances et fournir des références pour réduire ces risques.

Le point de départ des réflexions menées au cours de cette thèse est l'analyse des impacts locaux occasionnés au Mali par la mise en œuvre d'un système de gestion forestière communautaire : les marchés ruraux de bois. <br />Après un recadrage des racines intellectuelles de ce dispositif pensé pour assurer l'approvisionnement des grandes villes du pays en bois-énergie, dans le double contexte d'une réforme du secteur forestier et de l'achèvement d'un processus de décentralisation politique, ses conséquences sanitaires et environnementales sont brièvement exposées. A travers une étude de cas menée dans une commune des environs de Bamako (Zan Coulibaly), c'est la mise en évidence des profondes modifications causées par les marchés ruraux (lues en terme de configurations institutionnelles, de pratiques d'exploitation des ressources naturelles et de conflits territoriaux) qui justifie par contre un questionnement méthodologique approfondi sur l'analyse de situations de gestion contestée de ressources naturelles communes.<br />Prenant en compte les pratiques routinières des acteurs, le fonctionnement réel des filières bois et charbon, ainsi que les dynamiques institutionnelles locales, le cadre d'analyse s'inspire de la littérature des commons, des travaux sur les entitlements d'Amartya Sen, de la théorie de la structuration de Giddens. Il permet alors de présenter à travers des entrées respectivement : (i) « domestique », les déterminants de l'exploitation du bois au sein du marché rural & son impact économique direct ; (ii) « locale », la traduction en termes spatiaux et territoriaux de son fonctionnement ; (iii) « politique », les enjeux de gouvernance plus larges qu'il soulève.

Ce travail de thèse interroge, à partir d'une enquête compréhensive, les modes de vie des pavillonnaires toulousains et plus particulièrement ceux dont l'installation s'avère fortement contrainte par les conditions du marché immobilier et foncier. Si l'espace périurbain demeure le lieu de vie des couches moyennes, il s'est socialement diversifié, en particulier sous l'effet de la diffusion de l'accession sociale. Alors que pour bon nombre de périurbains, vivre en maison individuelle en périurbain correspond à une volonté de maîtrise de son environnement, pour les familles modestes rencontrées, l'acquisition d'un pavillon et sa localisation sont bien loin d'y répondre et nécessite une très forte mobilisation. Le décalage est grand entre la promesse d'une tranquillité et de bonnes relations sociales qui sous-tend l'accession à la maison individuelle en périurbain et le vécu de certains ménages fragilisés économiquement qui se sentent « captifs ». Ce questionnement autour de l'habiter, montre les limites d'un modèle très prégnant dans la société française, celui de la maison individuelle en périurbain.