Submitted by AMANDA CRISTINA BALDASSI null (amanda_baldassi@hotmail.com) on 2018-03-12T13:58:08Z No. of bitstreams: 1 AmandaBaldassi_final_corrigida.pdf: 1978602 bytes, checksum: 10397a5b59a6e3e263d85dd4e9677785 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-03-12T18:57:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 baldassi_ac_me_jabo.pdf: 1978602 bytes, checksum: 10397a5b59a6e3e263d85dd4e9677785 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-12T18:57:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 baldassi_ac_me_jabo.pdf: 1978602 bytes, checksum: 10397a5b59a6e3e263d85dd4e9677785 (MD5) Previous issue date: 2018-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As mudanças climáticas globais podem alterar significativamente o metabolismo das células vegetais. Um cenário com alta concentração de CO2 atmosférico pode ser benéfico para plantas do tipo C3 devido ao estímulo à fixação de carbono. No entanto, esse aumento esperado na taxa de assimilação de carbono também pode aumentar a atividade e a expressão das enzimas envolvidas na cadeia de transporte de elétrons, resultando em maior acúmulo de espécies reativas de oxigênio. Nesse trabalho, foi estudada a resposta do sistema antioxidante em cloroplastos de Eucalyptus urophylla cultivados sob altas concentrações de CO2. As plantas de E. urophylla expostas a alta concentração de CO2 (980 ppm) mostraram um aumento no fechamento estomático e pequena, mas significativa, indução do estresse oxidativo em relação as plantas cultivadas em concentração atmosférica de CO2. Entretanto, essas respostas não foram observadas quando as plantas foram cultivadas em concentração de CO2 igual a 680 ppm, cujo tratamento induziu abertura estomática. Através de uma abordagem de proteômica de descoberta, foram identificadas e detectadas 19 proteoformas antioxidantes cloroplastidiais e 2 proteoformas diferencialmente reguladas. Dentre essas, destacam-se uma proteoforma de ascorbato peroxidase e uma de superóxido dismutase, as quais estão possivelmente envolvidas na neutralização de espécies reativas de oxigênio após cultivo em atmosfera enriquecida com CO2, e que podem ser utilizadas como marcadores bioquímicos de estresse abiótico ou como alvos em programas de engenharia genética. / Global climate change can significantly alter plant cell metabolism. A higher atmospheric CO2 scenario may be beneficial for C3 plants through the stimulation of carbon fixation. However, this predicted increase in the rate of carbon assimilation may also increase the activity and expression of enzymes involved in the electron transport chain, resulting in higher accumulation of reactive oxygen species. Here, we studied the responses of the chloroplast antioxidant system of Eucalyptus urophylla plants cultivated under high-CO2 conditions. E. urophylla plants exposed to a high concentration (980 ppm) of CO2 showed an increase in stomatal closure and a small, but significant, induction of oxidative stress in relation to plants grown at atmospheric CO2 concentration. However, these responses were not observed at a CO2 concentration equal to 680 ppm, which induced stomatal aperture. With the discovery proteomics approach used herein, we identified 19 chloroplast antioxidant proteoforms and pinpointed 2 differentially regulated antioxidants proteoforms. We highlight an isoform of ascorbate peroxidase and one of superoxide dismutase, which are possibly involved in the neutralization of reactive oxygen species upon cultivation in a high CO2 atmosphere and could be used as biochemical markers of abiotic stress or as targets in genetic engineering programs. / FAPESP: 2015/23354-8

Submitted by Arthur Arrobas Martins Barroso null (arthuragro07@hotmail.com) on 2017-09-06T14:00:26Z No. of bitstreams: 1 Tese_Arthur_Arrobas_Martins _Barroso.pdf: 1551513 bytes, checksum: 9d065640a6416beb7443eb7e6ad2dd94 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-09-06T16:52:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 barroso_aam_dr_jabo.pdf: 1551513 bytes, checksum: 9d065640a6416beb7443eb7e6ad2dd94 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T16:52:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 barroso_aam_dr_jabo.pdf: 1551513 bytes, checksum: 9d065640a6416beb7443eb7e6ad2dd94 (MD5) Previous issue date: 2017-07-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / As culturas agrícolas estão sujeitas a conviver com plantas daninhas que podem, em determinadas situações, reduzir seu potencial genético de produção, causando prejuízos. Na maioria das vezes, devido à praticidade e ao custo, essas plantas são controladas pela aplicação de herbicidas, o que se denomina de controle químico. Dentre os produtos utilizados, está o glyphosate, que nos últimos anos vem sendo usado de maneira repetitiva devido à presença quase que exclusiva de culturas tolerantes a esse herbicida, como a soja, o algodão e o milho. Com isso, a utilização desse herbicida vem selecionando, nos últimos anos, plantas que apresentam adaptações para resistir a sua ação, dentre elas o azevém e o capim-pé-de-galinha. A resistência pode ser causada por diferentes mecanismos, envolvendo ou não a enzima-alvo de atuação do herbicida. Para o glyphosate, essa enzima é a 5-enolpiruvilshiquimato-3-fosfato, e essa pode apresentar mutações simples ou duplas. Essas mutações, além de afetar a tolerância da planta ao herbicida, podem modificar a fisiologia e o metabolismo da espécie, tornando-a mais ou menos adaptada ecologicamente, o que é denominado de fitness. Este trabalho teve por objetivo estudar os impactos da resistência ao glyphosate nas duas espécies supracitadas. Em um primeiro trabalho, plantas de azevém resistentes ao glyphosate foram comparadas a plantas suscetíveis quanto a seu perfil metabólico e proteico antes e após a aplicação do herbicida. As plantas suscetíveis apresentaram maiores níveis de aminoácidos produzidos derivado da rota do ácido chiquímico e menores teores de glyphosate em suas folhas, 72 horas após a aplicação do herbicida. Observou-se que as plantas suscetíveis apresentaram maior desenvolvimento, maior expressão de proteínas ligadas ao sistema fotossintético do azevém e expressão diferencial de proteínas ligadas à defesa vegetal contra estresses, ausentes nas plantas resistentes. Após a aplicação do herbicida, as plantas suscetíveis morreram, e as resistentes sobreviveram, passando a expressar, também, a enzima EPSPS sintase, sendo esse um dos mecanismos de resistência encontrados para a espécie. Em um segundo trabalho, avaliaram-se, em dois experimentos, os impactos da resistência ao glyphosate, causados por mutações simples ou duplas, no capim-pé-de-galinha, e seus efeitos na cultura da soja. O desenvolvimento e a fecundidade do capim-pé-de-galinha são pouco afetados pela mutação simples na posição 106 da enzima EPSPS, na ausência do glyphosate. Por outro lado, a mutação dupla da enzima nas posições 102 e 106 gera elevados custos no desenvolvimento e na reprodução das plantas. Quando se aplica o herbicida, a situação inverte-se. Plantas com a presença de uma mutação passam a sofrer intoxicação com o herbicida, chegando, inclusive, a morrer, enquanto se observa sobrevivência total de plantas com duplas mutações. Quando em convivência com a soja, na ausência do herbicida, tem-se a cultura mais afetada pela convivência com os genótipos suscetíveis e com uma única mutação. Na presença do herbicida, nas condições observadas, a interferência das plantas de capim-pé-de-galinha foi reduzida. / Crops are subject to live with spontaneous plants that may in certain situations reduce their genetic potential of production, causing losses. Most of the time, due to the practicality and cost, these plants are controlled by the application of herbicides, what is called chemical control. Among the products for this control, there is glyphosate, which in recent years has been used repetitively due to the almost exclusive presence of crops tolerant to this herbicide, such as soybean, cotton and corn. The use of this herbicide has been selecting, therefore in the last years plants that present adaptations to resist its application, among them Italian ryegrass and goosegrass. The resistance can be caused by different mechanisms, involving or not the target enzyme of action of the herbicide. For glyphosate, this enzyme is 5-enolpyruvyl-silicon-3-phosphate and it may present single or double mutations. These mutations, in addition to affecting the tolerance of the plant to the herbicide, can modify the physiology and metabolism of the species, making it more or less ecologically adapted, which is called fitness. The objective of this work was to study the impacts of glyphosate resistance on the two species mentioned above. In a first work, glyphosate resistant Italian ryegrass plants were compared to susceptible plants for their metabolic and protein profile before and after herbicide application. Susceptible plants showed higher levels of amino acids produced from the shikimic acid route and lower levels of glyphosate in their leaves 72 hours after the application of the herbicide. It was observed that the susceptible plants presented greater development, proteins linked to the greater ryegrass physiology expressed and differential expression of proteins bound to vegetal defense against stresses, absent in resistant plants. After the application of the herbicide, the susceptible plants died, and the resistant ones continued their normal physiology and start expressing the EPSPS synthase enzyme, being this one of the mechanisms of resistance found for the species. In a second work, the impacts of resistance to glyphosate, caused by single or double mutations in goosegrass and its effects on soybean crop, were evaluated in two experiments. The development and fecundity of goosegrass is little affected by simple mutation at position 106 of the EPSPS enzyme in the absence of glyphosate. On the other hand, the double mutation of the enzyme at positions 102 and 106, generates high costs in the development and reproduction of plants. When the herbicide is applied, the situation reverses. Plants with the presence of a mutation begin to present phytointoxication with the herbicide. When living with soybeans, in the absence of the herbicide, the culture is most affected by the coexistence with the susceptible genotypes and genotype with a single mutation. In the presence of the herbicide, under the conditions observed, the interference of goosegrass plants was reduced. / CNPq: 140943/2014-5

Orientador: Ana Marisa Fusco Almeida / Coorientador: Maria José Soares Mendes Giannini / Banca: Alexandra Ivo de Medeiros / Banca: Maria Lúcia Taylor da Cunha e Mello / Resumo: Histoplasma capsulatum var. capsulatum é um fungo dimórfico que causa a histoplasmose, uma micose respiratória e sistêmica. H. capsulatum é primariamente adquirido após a exposição ao aerosol, pela inalação de microconídeos ou fragmentos de hifas. A evolução da doença respiratória depende da capacidade da levedura de Histoplasma em sobreviver e se replicar dentro dos macrófagos alveolares. Neste contexto, é conhecido que a adesão às células do hospedeiro constitui o primeiro passo para a colonização e é essencial para o estabelecimento da infecção. Em vista disso, alguns microrganismos aderem às superfícies biológicas e não biológicas formando biofilmes. Biofilmes são comunidades dinâmicas de microrganismos, que aderidos às superfícies, produzem uma matriz exopolimérica e essa formação representa um estado que permite que as células microbianas sobrevivam em ambientes hostis e dispersem para colonizar novos nichos. Com base na importância potencial de biofilmes para sua sobrevivência no hospedeiro humano e na natureza, este trabalho foi desenvolvido para investigar pela primeira vez a formação de biofilme por H. capsulatum correlacionando com sua capacidade em aderir às células epiteliais, bem como definir particularidades da interação entre macrófagos e H. capsulatum, incluindo análise de fragmentação nuclear pelo ensaio do cometa e TUNEL. Os ensaios foram realizados in vitro com duas cepas clínicas de H. capsulatum, uma isolada no México e a outra no Brasil. Além disso, foi realizada análise proteômica diferencial do fungo em biofilme e sob a condição planctônica. Os resultados mostraram que H. capsulatum é capaz de formar biofilmes e ambos os isolados selecionados tem uma alta capacidade em aderir aos pneumócitos (A549). Através de análise proteômica, o isolado EH-315 exibiu diferentes perfis protéicos, com aproximadamente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Histoplasma capsulatum var. capsulatum is a dimorphic fungus that causes histoplasmosis, a respiratory and systemic mycosis. H. capsulatum is primarily acquired after exposure to the aerosol, by microconideas or hyphal fragments inhalation. The development of a respiratory disease depends on the ability of Histoplasma yeast to survive and replicate within alveolar macrophages. In this context, it is known that the adhesion to host cells is the first step in the colonization and is essential for the establishment of the infection. As a result, some microorganisms adhere to biological and non-biological surfaces producing biofilms. Biofilms are dynamic communities of microorganisms that adhere to surfaces producing an exopolimeric matrix, and this formation is a state that allows microbial cells to survive in hostile environments and to disperse to colonize new niches. Based on the potential importance of biofilms to survive in the human host and in nature, this study was performed to investigate, for the first time, the biofilm formation by H. capsulatum correlating with their ability to adhere to epithelial cells, as well as defining features of the interaction between macrophages and H. capsulatum, including analysis of nuclear fragmentation by comet assay. In addition, we performed differential proteomic analysis of the fungus in biofilm and under planktonic conditions. The results demonstrated that H. capsulatum is able to form biofilms and both selected isolates have a high ability to adhere to pneumocytes (A549). Through proteomic analysis, the EH-315 isolate exhibited different protein profiles, with approximately 250 proteins exclusively expressed in the biofilm format and others with different levels of expression when compared to the fungus in planktonic growth. The sequencing by MALDI-TOF/TOF revealed that most proteins are nuclear or are involved in the metabolism... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lucilene Delazari dos Santos / Coorientador: Rui Seabra Ferreira Junior / Banca: Mario Sérgio Palma / Banca: Marília Afonso Rabelo Buzalaf / Resumo: Desde o advento da nova era da abordagem proteômica, a identificação de assinaturas moleculares individuais em vários sistemas biológicos pela pesquisa básica tem impulsionado a descoberta de biomarcadores diretamente relacionados a aplicações terapêuticas, promovendo desenvolvimento de testes diagnósticos clínicos mais específicos. Neste contexto, a necessidade da aplicação clínica estimula a pesquisa de bancada, sendo que novas tecnologias permitem novas descobertas e podem se transformar em prognósticos efetivos, medicamentos inéditos ou mais eficazes e/ou testes diagnósticos mais específicos. Os bubalinos tem sido alvo de muitas iniciativas econômicas e de pesquisas translacionais. Uma vez que, seu plasma sanguíneo é rico em fibrinogênio, búfalos da espécie Bubalus bubalis raça Murrah, se tornaram doadores primordiais de matéria-prima para o desenvolvimento de insumos biológicos, como por exemplo, o selante de fibrina derivado do veneno de serpentes e do sangue de bubalinos produzido pelo Centro de Estudos de Venenos e Animais Peçonhentos (CEVAP). Para tal, se fez necessário melhor compreender a composição do plasma sanguíneo e do crioprecipitado destes bubalinos, a fim de dar suporte à pesquisas futuras que envolverão a identificação de marcadores moleculares de doenças infecciosas que podem acometer estes animais doadores. Este trabalho foi dividido em duas partes: a primeira destaca-se os achados prévios e significância da bubalinocultura, a utilização do sangue de animais para o desenvolvimento de bioinsumos na saúde animal e humana, a produção e aplicação de diversos selantes de fibrina, o uso da abordagem proteômica como estratégia investigativa para a prospecção de biomarcadores moleculares de doenças infecciosas e uma breve descrição das principais técnicas analíticas empregadas pela abordagem proteômica. A segunda parte deste trabalho, destaca-se a caracterização proteica do... / Abstract: Since the advent of the new era of proteomics approach, the identification of individual molecular signatures in various biological systems for basic research has driven the discovery of biomarkers directly related to therapeutic applications, promoting the development of more specific clinical diagnostic tests. In this context, the need for clinical application stimulates the bench study, which new technologies and new discoveries can become effective prognostic, or novel drugs more effective and/or more specific diagnostic tests. The bubaline have been targets of several economic initiatives and translational research. Since its plasma is rich in fibrinogen, Bubalus bubalis water buffalos (Murrah) have became main donors of raw material for the development of biological insumes, as example, the fibrin sealant from snake venoms and water buffalos blood produced by The Center for the Studies of Venoms and Venomous Animals (CEVAP) at UNESP. Then, it was necessary to better understand the composition of the blood plasma and cryoprecipitate these buffalo, in order to support future research will involve the identification of molecular markers of infectious diseases that can affect these donor animals. This study was divided into two parts: the first stands up the previous findings and significance of buffalo, the use of animal blood for developing bioinsumes in animal and human health, the production and application of several fibrin sealants, the use proteomics approach as a research strategy for the discovery of molecular biomarkers of infect diseases and a brief description of the analytical methods used by proteomics approach. The second part of this work brings the protein characterization of blood plasma and cryoprecipitate of B. bubalis healthy buffalo, where have evidenced 17 groups of major proteins involved in the signaling pathway of the complement system and the cascade coagulation / Mestre

Orientador: Maria Stella Gonçalves Raddi / Coorientador: Iracilda Zeppone Carlos / Banca: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Emanuel Carrilho / Banca: Fernanda de Freitas Anibal / Banca: Paulo Inácio da Costa / Resumo: Helicobacter pylori é o principal agente etiológico causador da gastrite crônica, úlcera péptica, adenocarcinoma e linfoma gástrico. Concentrações subinibitórias de antimicrobianos podem modificar os fatores de virulência da bactéria e, consequentemente, a relação micro-organismo/hospedeiro, podendo alterar a progressão da infecção. Este estudo avaliou fatores de virulência de H. pylori cultivados em ½ e ¼ da concentração inibitória mínima de amoxicilina que poderiam alterar a liberação de citocinas, indução de óxido nítrico e apoptose em macrófagos RAW 264.7 infectados. A análise proteômica foi realizada por eletroforese bidimensional e a identificação das proteínas diferencialmente expressas através da digestão por tripsina e espectrometria de massas A indução de óxido nítrico foi analisada através do reagente de Griess, as citocinas (interleucina - 1 beta, interleucina - 6, interleucina - 10, interleucina - 12, fator de necrose tumoral alfa e fator transformador de crescimento - beta) por ensaio imunoenzimático e apoptose por citometria, após 24 horas de infecção. Nossos resultados demonstraram que H. pylori previamente mantidos em sub-CIMs de amoxicilina apresentaram maior expressão de proteínas de choque térmico, enolase, argininosuccinato sintase, superóxido dismutase, ATP alfa sintase e proteína ativadora de neutrófilo, proteínas capazes de aumentar a indução de NO, IL - 1 β e IL - 12 e apoptose em relação à macrófagos infectados com H. pylori sem tratamento. Estes resultados sugerem que a amoxicilina em concentrações subinibitórias pode estimular a resposta imune no hospedeiro através da indução de alguns fator ... / Abstract: The infection caused by Helicobacter pylori is considered a major etiology agent in chronic gastritis, peptic ulcer, gastric carcinoma and gastric lymphomas. Sub-inhibitory concentrations of antibiotics have been shown to change virulent expression of microorganisms, which may change the progression of infection. This study assessed virulence factors of H. pylori after contact with ½ and ¼ the minimal inhibitory concentration of amoxicillin subinhibitory concentrations of amoxicillin that could modify the induction of cytokines, nitric oxide and apoptosis by infect RAW 264.7 macrophage-like cells. The proteomic analysis was realized by two dimensional electrophoresis and proteins differential expressions were characterized by tryptic digestion and mass spectroscopy. The induction of nitric oxide was assayed by Griess reagent, cytokines (interleukin - 1 beta, interleukin - 6, interleukin - 10, interleukin - 12, tumor necrosis factor alpha and transforming growth factor - beta) by Enzyme-Liked Immunoabsorbent Assay and apoptosis by annexin V - fluorescein isothiocyanate after 24 hours. Our results demonstrated that H. pylori previously maintained in sub - MICs of amoxicillin showed higher expression of virulence factors such as heat shock proteins, enolase, argininosuccinate synthetase, superoxide dismutase, ATP synthase alpha and neutrophil-activating protein inducing more oxide nitric, interleukin - 1β and interleukin - 12 and increased apoptosis than macrophages infected with H. pylori without treatment. These results suggest that amoxicillin, at sub-inhibitory concentrations, could contribute to the stimulation of immune response in the ... / Doutor

abstract: Infertility has become an increasing problem in developed countries and in many cases can be attributed to compromised sperm quality. Assessment of male fertility typically utilizes semen analysis which mainly examines sperm morphology, however many males whose sperm appear normal are sub- or infertile, suggesting that sperm from these males may be deficient in a protein or suite of proteins. To date, very little is known about the composition of sperm or the complex maturation process that confers motility and fertilization competency to sperm. Chapter 1 discusses the use of whole cell mass spectrometry to identify 1247 proteins comprising the Rhesus macaque (Macaca mulatta) sperm proteome, a commonly used model of human reproduction. This study provides a more robust proxy of human sperm composition than was previously available and facilitates studies of sperm using the rhesus macaque as a model. Chapters 2 & 3 provide a systems level overview of changes in sperm proteome composition that occurs during epididymal transit. Chapter 2 reports the proteomes of sperm collected from the caput, corpus and cauda segments of the mouse epididymis, identifying 1536, 1720 and 1234 proteins respectively. Chapter 3 reports the sperm proteome from four distinct segments of the Rhesus macaque epididymis, including the caput, proximal corpus, distal corpus and cauda, identifying 1951, 2014, 1764 and 1423 proteins respectively. These studies identify a number of proteins that are added and removed from sperm during epididymal transit which likely play an important role in the sperm maturation process. To date no comparative evolutionary studies of sperm proteomes have been undertaken. Chapter 4 compares four mammalian sperm proteomes including the human, macaque, mouse and rat. This study identified 98 proteins common to all four sperm proteomes, 82 primate and 90 rodent lineage-specific proteins and 494, 467, 566, and 193 species specific proteins in the human, macaque, mouse and rat sperm proteomes respectively and discusses how differences in sperm composition may ultimately lead to functional differences across species. Finally, chapter 5 uses sperm proteome data to inform the preliminary design of a rodent contraceptive vaccine delivered orally using recombinant attenuated Salmonella vaccine vectors. / Dissertation/Thesis / Ph.D. Biological Design 2013

Alzheimer’s disease (AD) is the most prevalent form of dementia affecting the elderly, and as the aging population increases the social and economic burden of AD grows substantially. Pathological hallmarks of AD include the accumulation of extracellular amyloid plaques and intracellular neurofibrillary tangles (NFTs), as well as significant neuron loss. Amyloid plaques consist of aggregated amyloid beta (Aβ) peptide, which is generated from the proteolytic processing of amyloid precursor protein (APP) in addition to several other peptides. While the processing of APP has been characterized, its primary physiological function and its involvement in AD pathology are poorly understood. Developing a greater understanding of the function of APP, and the molecular and cellular functions it is involved in or other proteins it is associated with, could provide insight into its role in AD pathology. To investigate the function of APP695, the neuronal isoform of APP, we used mass spectrometry to compare changes in protein expression and phosphorylation between APP-null B103 and APP695-expressing B103-695 rat neuroblastoma cells. Mass spectrometry-based proteomics has become a powerful technique for the unbiased identification of proteins from complex mixtures. Quantitative proteomics using labeling techniques, such as stable isotope labeling by amino acids in cell culture (SILAC), allow relative quantitation of multiple samples at once. More recently, with advances in mass spectrometer technology, label-free quantitation has become a reliable quantitative proteomics approach. Additionally, mass spectrometry can be used for the analysis of post-translational modifications, such as phosphorylation, a dynamic modification involved in the regulation of many cellular processes. Phosphoproteomics identifies site-specific phosphorylation and surrounding sequence information, which can be used for consensus motif analysis to provide further information about potential changes in kinase activity. Identifying changes in phosphorylation and kinase activity also provides information about signaling pathways and functions that may be affected by APP695 expression. Comprehensive proteomic and phosphoproteomic datasets can be used to gain insight into the molecular mechanisms that may be regulated by APP695 expression, or involved in AD progression and pathology, leading to the development of novel therapeutic and preventative strategies for AD. Proteomic and phosphoproteomic analysis of B103 and B103-695 cells identified several significant protein expression and phosphorylation changes that may be mediated by APP695-expression. Global-scale proteomic analysis identified increased expression of Ras and ƴ-synuclein in B103-695 cells, which was further validated in human AD brain tissue. Phosphoproteomic analysis showed increased phosphorylation of Histone H4 at Ser47, and led to the investigation of PCTAIRE-2 (Cdk17), and PCTAIRE-3 (Cdk18) expression, which were all shown to be increased in AD transgenic mouse tissue, culture primary rat neurons treated with Aβ, as well as mild cognitive impairment (MCI) and AD human brain tissue. Label-free quantitative proteomics was used for the analysis of human brain tissue from the cortex of individuals affected by AD, MCI, Parkinson’s disease (PD), and progressive supranuclear palsy (PSP) compared to cognitively normal, control samples. A number of differentially expressed proteins were identified in AD, MCI, PD, and PSP tissue. Bioinformatic analysis of the comprehensive proteomic datasets from AD, MCI, PD, and PSP human brain tissue identified several proteins consistent with corresponding disease pathology and neurodegeneration, such as inflammatory proteins. While some of the molecular and cellular functions were unique among neurodegenerative diseases, there also appears to be overlap of affected functions, suggesting there may be a more common mechanism of neurodegeneration.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O feijÃo-de-corda [Vigna unguiculata (L.) Walp.] pertence à famÃlia Fabaceae e à bastante utilizado na alimentaÃÃo humana como fonte de proteÃnas, carboidratos, vitaminas e minerais. Dentre as principais caracterÃsticas do feijÃo-de-corda, seu elevado conteÃdo proteico e a boa tolerÃncia Ãs condiÃÃes de baixa disponibilidade de Ãgua nos solos, altas temperaturas e relativa tolerÃncia à salinidade, condiÃÃes tÃpicas das regiÃes semi-Ãridas do nordeste do Brasil, sÃo algumas das que podem ser citadas. Entretanto, apesar da considerÃvel capacidade de tolerÃncia Ãs diferentes condiÃÃes de estresses, parte da produtividade do feijÃo-de-corda à ameaÃada pela aÃÃo de diversos fitopatÃgenos, dentre os quais se destacam os fungos como maiores causadores de patologias desta cultura, a exemplo da Antracnose, resultado da infecÃÃo por C. gloeosporioides, caracterizada por manchas marrom-avermelhadas nas nervuras foliares que podem se prolongar por todos os ÃrgÃos da planta hospedeira. Felizmente, o feijÃo-de-corda possui cultivares que apresentam caracterÃsticas diferenciadas de resistÃncia, frente ao C. gloeosporioides, no que concerne à ativaÃÃo das defesas da planta em interaÃÃes ditas incompatÃveis, haja vista que o patÃgeno nÃo consegue deliberar a infecÃÃo. Partindo dessa premissa, à vÃlido mencionar que grande parte dos mecanismos de resistÃncia de plantas aos patÃgenos està relacionada com a expressÃo gÃnica diferencial de proteÃnas que funcionariam como marcadores de defesa em resposta à infecÃÃo. Nesse sentido, esse estudo propÃe a anÃlise proteÃmica diferencial da interaÃÃo incompatÃvel (resistÃncia) entre plantas de feijÃo-de-corda, genÃtipo BR3, e o isolado LPVD-1, do fungo C. gloeosporioides a fim de identificar possÃveis marcadores proteicos determinantes da resistÃncia para esse patossistema. Por meio da utilizaÃÃo da abordagem Eletroforese Bidimensional em combinaÃÃo com Espectrometria de Massas ESI-Q-TOF MS/MS, foram identificadas 118 proteÃnas diferencialmente expressas, considerando proteÃnas superexpressas (102) e subexpressas (16), envolvidas em diversos processos celulares, tais como: Metabolismo energÃtico, fotossÃntese, metabolismo de proteÃnas e Ãcidos nucleicos, resposta ao estresse, transporte celular, homeostase redox, sinalizaÃÃo e defesa, com destaque para expressÃo das proteÃnas PR-10 (relacionada à patogÃnese), Remorina e Ascorbato peroxidase que apresentaram alteraÃÃes significativas em todos os tempos experimentais testados. Esses achados demonstram a complexidade dos mecanismos envolvidos durante a resistÃncia vegetal e auxiliam no direcionamento dos programas de melhoramento genÃtico dessa cultura frente ao ataque de fungos. AlÃm de favorecerem o entendimento das interconexÃes bioquÃmicas e fisiolÃgicas que decorrem da interaÃÃo incompatÃvel planta-fungo. / Cowpea [Vigna unguiculata (L.) Walp.] belongs to the family Fabaceae and is widely used in food as a source of protein, carbohydrates, vitamins and minerals. Among the main features of cowpea, its high protein content and good tolerance to conditions of low water availability in soils, high temperatures and relative tolerance to salinity conditions typical of semi-arid regions of northeastern Brazil, are some of which can be cited. However, despite the considerable capacity of tolerance to different stress conditions, the productivity of cowpea is threatened by the action of various pathogens, among which stand out as major causes of fungal diseases of this crop, the example of Anthracnose as a result of infection by C. gloeosporioides, characterized by reddish-brown spots on the leaf veins that can be extended by all organs of the host plant. Fortunately, the cowpea has cultivars that have different characteristics of resistance against C. gloeosporioides, regarding the activation of plant defenses in incompatible interactions said, given that the pathogen is unable to resolve the infection. From this premise, it is worth mentioning that most of the mechanisms of plant resistance to pathogens is related to the differential gene expression of proteins that act as markers of defense in response to infection. Thus, this study proposes a differential proteomic analysis of the incompatible interaction (resistance) between plants of cowpea genotype BR3, and isolated LPVD-1, the fungus C. gloeosporioides in order to identify potential protein markers for the determinants of this resistance pathossystem. By using the approach 2D-PAGE in addition with mass spectrometry ESI-Q-TOF MS / MS, we have identified 118 differentially expressed proteins, whereas proteins overexpressed (102) and down-expressed (16), involved in various cellular processes, such as : energy metabolism, photosynthesis, protein and nucleic acids metabolism, stress response, cellular transport, redox homeostasis, signaling and defense, with emphasis on expression of PR-10 proteins (pathogenesis-related), remorina and ascorbate peroxidase that had significant alterations at all time points tested. These findings demonstrate the complexity of the mechanisms involved in plant resistance and assist in directing the programs of genetic improvement of this crop against fungal attack. Furthermore, itâs promoting the understanding of the biochemical and physiological interconnections arising from incompatible plant-fungus interaction.

FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / The study was conducted to evaluate the influence of supplementation of different lipid sources on performance and quantitative characteristics of housing and not housing, fatty acid profile and muscle proteome Longissimus dorsi of Santa Ines lambs fed different additional sources of lipids. 35 lambs bulls were used, with initial body weight (13  1.80 kg) and approximately two months in a randomized block design with five treatments and seven repetitions. The treatments consisted of five diets, one free additional lipids (control) and the other, added cottonseed (CA), bran cashew (FCC), cottonseed with cashew nut meal (CALFCC) and calcium salts of long chain fatty acids (LCFA-Ca). The duration of the experiment was determined by the time required for the average body weight of all animals in each treatment were 28 kg, and this selected group for slaughter. No significant effect was observed with the use of supplementary sources of lipids on the loss of fasting, body weight at slaughter, empty body weight, hot carcass weight, cold carcass weight loss by cooling and biological yield. The non-carcass components, intestines and organs showed no differences across lipid additional sources. Regarding the fatty acid profile were observed 13 fatty acids, four of which are saturated, monounsaturated five-four polyunsaturated (PUFA). In proteome analysis, the proteins were expressed in greater quantity were located primarily at pH less than 5.5. Comparing the expression intensity spots between treatments can observe significant difference in the intensity of the spots 23 for the diet revealed fifteen proteins and of this total, seven were differentiated with respect to time. The proteins identified in this experiment can be mainly classified as structural cellular organization and protection to stress, as well as specific metabolic functions and other functions. The addition of various sources of lipid influenced the productive performance and features: hot carcass dressing and cold, yield and weight of the rack the weight and performance of the gastrointestinal tract filled, small intestine and liver income in Santa Ines sheep growing. Supplementation with different lipid sources influence the profile of fatty acids of Longissimus dorsi, so that diets containing FCC and Lcfa-Ca increased the amount of CLA in the muscle. The proteome analysis may be a method to identify marker proteins meat quality prediction. In this study, the identified proteins are highly relevant to the meat tenderness process, wherein the meat maturation process is complex and involves protein in different biological processes. The type of power had greater influence on the proportions of bodies responsible for digestion and absorption of nutrients. / O estudo foi realizado com objetivo de avaliar a influÃncia da suplementaÃÃo de diferentes fontes de lipÃdeos sobre o desempenho produtivo e as caracterÃsticas quantitativas de carcaÃa e nÃo carcaÃa, perfil de Ãcidos graxos e proteoma do mÃsculo Longissimus dorsi de cordeiros Santa InÃs alimentados com diferentes fontes suplementares de lipÃdeos. Foram utilizados 35 cordeiros nÃo-castrados, com peso corporal mÃdio inicial (13  1,80 kg) e aproximadamente, dois meses de idade em delineamento de blocos ao acaso com cinco tratamentos e sete repetiÃÃes. Os tratamentos experimentais consistiram de cinco raÃÃes, sendo uma isenta de lipÃdeos suplementares (controle) e as demais, adicionadas de caroÃo de algodÃo (CA), farelo da castanha de caju (FCC), caroÃo de algodÃo com farelo de castanha de caju (CALFCC) e sais de cÃlcio de Ãcidos graxos de cadeia longa (Ca-Agcl). A duraÃÃo do experimento foi determinada pelo tempo necessÃrio para que a mÃdia do peso corporal de todos os animais de cada tratamento atingisse 28 kg, sendo este grupo selecionado para o abate. NÃo foi observado efeito significativo com a utilizaÃÃo de fontes suplementares de lipÃdeos sobre a perda do jejum, peso corporal ao abate, peso de corpo vazio, peso de carcaÃa quente, peso de carcaÃa fria, perda por resfriamento e rendimento biolÃgico. Os componentes nÃo-carcaÃa, vÃsceras e ÃrgÃos, nÃo apresentaram diferenÃas em funÃÃo das fontes suplementares lipÃdicas. No tocante ao perfil de Ãcidos graxos foram observados 13 Ãcidos graxos, dos quais quatro sÃo saturados, cinco monoinsaturados e quatro poliinsaturados(AGPI). Na anÃlise do proteÃma as proteÃnas que foram expressas em maior quantidade se localizaram principalmente em pH inferior a 5,5. Comparando a expressÃo da intensidade de spots entre os tratamentos pode-se observar diferenÃa significativa na intensidade de 23 spots em funÃÃo da dieta revelando quinze proteÃnas sendo que desse total, sete foram diferenciadas em funÃÃo do tempo. As proteÃnas identificadas neste experimento podem ser classificadas principalmente como estruturais de organizaÃÃo celular e proteÃÃo ao stresse, bem como com especÃficas funÃÃes metabÃlicas e outras funÃÃes. A adiÃÃo de diferentes fontes de lipÃdeo suplementar influenciou o desempenho produtivo e as caracterÃsticas: rendimento da carcaÃa quente e fria, rendimento e peso da costela o peso e rendimento do trato gastrointestinal cheio, intestino delgado e rendimento do fÃgado em ovinos Santa InÃs em crescimento. A suplementaÃÃo com diferentes fontes lipÃdicas influenciou o perfil de Ãcidos graxos do Longissimus dorsi, de modo que as dietas contendo FCC e Ca-Agcl aumentou a quantidade de CLA neste mÃsculo. A anÃlise do proteoma pode ser um mÃtodo para identificar as proteÃnas marcadoras de prediÃÃo da qualidade da carne. Nesse estudo, as proteÃnas identificadas sÃo altamente relevantes para o processo de maciez da carne, sendo que o processo de maturaÃÃo da carne à complexo e envolve proteÃnas em diferentes processos biolÃgicos. O tipo de alimentaÃÃo teve maior influÃncia sobre as proporÃÃes dos ÃrgÃos responsÃveis pela digestÃo e absorÃÃo de nutrientes.

Orientadores: Marco Aurelio Zezzi Arruda, Claudio Eduardo Muller Banzato / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-15T06:35:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sussulini_Alessandra_D.pdf: 1708235 bytes, checksum: 9eb972af4e73014944c3fe61c3ed86d5 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: O transtorno afetivo bipolar é uma doença psiquiátrica caracterizada por alterações de humor marcantes, oscilando entre episódios de mania e depressão, que afeta entre 1 a 3% da população mundial. Os mecanismos em nível molecular deste transtorno, assim como de seu tratamento com lítio, que é o medicamento mais utilizado, ainda não são estabelecidos. Assim sendo, o objetivo deste trabalho de Tese consistiu em explorar biomarcadores potenciais (metabólitos, proteínas e íons metálicos livres ou ligados a proteínas) para o transtorno afetivo bipolar e seu tratamento com lítio. Para isso, foi realizada a comparação dos perfis metabonômicos (utilizando espectroscopia de ressonância magnética nuclear de hidrogênio e análise quimiométrica), proteômicos (utilizando eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida e diferentes técnicas de espectrometria de massas molecular) e metalômicos (utilizando espectrometria de massas com fonte de plasma indutivamente acoplado) de amostras de soro sangüíneo de pacientes com transtorno afetivo bipolar utilizando o lítio (n = 15) ou outras drogas excluindo o lítio (n = 10) e de indivíduos saudáveis (n = 25). A análise metabonômica indicou os lipídeos como sendo os metabólitos mais afetados na presença do transtorno afetivo bipolar e do tratamento com lítio, o que corroborou com os resultados da análise proteômica, onde a apolipoproteína A-I foi uma das proteínas que sofreu maior alteração em seus níveis, sendo subexpressa em pacientes bipolares, independentemente do tratamento, porém apresentando uma restauração ao nível do grupo controle após o tratamento com lítio. As análises ionômicas apontaram As, B, Cl, Cr, Fe, K, Li, Mg, P, S, Se, Si, Sr e Zn como os íons livres diferenciais e as análises metaloproteômicas apontaram, principalmente, Ca, Co, Fe, K, Mg, Mn, Na, Ti e Zn ligados a proteínas como sendo os metais que sofreram as maiores alterações na presença do transtorno afetivo bipolar e de seu tratamento com lítio. Dentre as proteínas ligadas a metais que apresentaram diferenças entre os grupos estudados em termos de metais ligados, destacam-se a apolipoproteína A-I, a transtiretina e a vitronectina, que haviam sido identificadas previamente nas análises proteômicas por apresentarem alterações em suas expressões. A partir destes estudos, foi possível identificar, de maneira exploratória, moléculas diferenciais que podem orientar futuros estudos envolvendo os mecanismos patofisiológicos do transtorno afetivo bipolar e de ação terapêutica de drogas como o lítio, bem como na descoberta de biomarcadores para a doença e/ou seu tratamento com lítio / Abstract: Bipolar disorder is a psychiatric illness characterized by marked mood changes, oscillating between mania and depression episodes, which affects 1-3% of the worldwide population. Molecular level mechanisms of this disorder, as well as of its treatment with lithium, which is the most widely used medication, are not yet known. Thus, the aim of this work consisted in explore potential biomarkers (metabolites, proteins, metal ions free or bounded to proteins) for bipolar disorder and its treatment with lithium. For this purpose, it was performed the comparison of metabonomic (using hydrogen nuclear magnetic resonance spectroscopy and chemometric analysis), proteomic (using 2-D gel electrophoresis and different molecular mass spectrometry techniques), and metallomic (using inductively coupled plasma mass spectrometry) profiles for blood serum samples of bipolar disorder patients treated with lithium (n = 15) or other drugs than lithium (n = 10) and healthy individuals (n = 25). Metabonomic analyses indicated lipids as the most affected metabolites in the presence of bipolar disorder and of lithium treatment, which corroborated with the results of proteomic analyses, where apolipoprotein A-I was one of the proteins that showed highest alterations in its levels. It was downregulated in bipolar disorder patients, independently of the treatment, but showed a level restored to that of the control group after lithium treatment. Ionomic analyses detected As, B, Cl, Cr, Fe, K, Li, Mg, P, S, Se, Si, Sr e Zn as differential free ions, and metalloproteomic analyses detected mainly Ca, Co, Fe, K, Mg, Mn, Na, Ti and Zn bound to proteins as being the metals that presented highest alterations in the presence of bipolar disorder and lithium treatment. Among the metal-binding proteins that indicated differences between the studied groups, apolipoprotein A-I, transthyretin and vitronectin, which were previously identified in the proteomic analyses, are highlighted. With the studies described in this research work, it was possible to identify, in an exploratory way, differential molecules that can guide future studies on the patophysiological mechanisms of bipolar disorder or terapeutic action pathways of drugs like lithium, as well as on the discovery of biomarkers for the illness and/or its treatment with lithium / Doutorado / Quimica Analitica / Doutor em Ciências