La recherche de réponses précises à des questions formulées en langue naturelle renouvelle le champ de la recherche d'information. De nombreux travaux ont eu lieu sur la recherche de réponses à des questions factuelles en domaine ouvert. Moins de travaux ont porté sur la recherche de réponses en domaine de spécialité, en particulier dans le domaine médical ou biomédical. Plusieurs conditions différentes sont rencontrées en domaine de spécialité comme les lexiques et terminologies spécialisés, les types particuliers de questions, entités et relations du domaine ou les caractéristiques des documents ciblés. Dans une première partie, nous étudions les méthodes permettant d'analyser sémantiquement les questions posées par l'utilisateur ainsi que les textes utilisés pour trouver les réponses. Pour ce faire nous utilisons des méthodes hybrides pour deux tâches principales : (i) la reconnaissance des entités médicales et (ii) l'extraction de relations sémantiques. Ces méthodes combinent des règles et patrons construits manuellement, des connaissances du domaine et des techniques d'apprentissage statistique utilisant différents classifieurs. Ces méthodes hybrides, expérimentées sur différents corpus, permettent de pallier les inconvénients des deux types de méthodes d'extraction d'information, à savoir le manque de couverture potentiel des méthodes à base de règles et la dépendance aux données annotées des méthodes statistiques. Dans une seconde partie, nous étudions l'apport des technologies du web sémantique pour la portabilité et l'expressivité des systèmes de questions-réponses. Dans le cadre de notre approche, nous exploitons les technologies du web sémantique pour annoter les informations extraites en premier lieu et pour interroger sémantiquement ces annotations en second lieu. Enfin, nous présentons notre système de questions-réponses, appelé MEANS, qui utilise à la fois des techniques de TAL, des connaissances du domaine et les technologies du web sémantique pour répondre automatiquement aux questions médicales.

Chez l'homme, la lumière influence 1) les rythmes circadiens, 2) le cycle veille-sommeil, et 3) active les fonctions non-visuelles. La rétine qui reçoit et traite l’information lumineuse possède des caractéristiques uniques de sensibilité à la lumière qui dépendent de la longueur d'onde. Elle se compose de photorécepteurs visuels (cônes S-, M-, ou L-) présentant une sensibilité au bleu, vert, et rouge et des photorécepteurs non-visuels (les cellules ganglionnaires à mélanopsine, ipRGCs) sensible à 480nm. Peu d'études ont étudié l'impact de lumières colorées sur les fonctions non-visuelles. De telles études ont utilisées des lumières monochromatiques de longue durée, administrées après les horaires normaux de coucher, avec une pupille dilatée. Cela contraste avec l'exposition à la lumière ambiante. Comment celle-ci influence la dynamique des réponses non-visuelles et est-ce que leur intensité ou leur composition de couleur influe sur les rythmes circadiens n'est toujours pas élucidée.Nous avons étudié les effets d’une lumière polychromatique sur les dynamiques de l'activité corticale (EEG), le réflexe pupillaire, la suppression de la mélatonine, la fréquence cardiaque, la température et les performances neurocomportementales. 28 sujets hommes ont été exposés à 4 stimuli lumineux de 50 min, entre 19-2300 h. Les stimuli avaient une contribution mélanopique différente, mais une densité de photons identique de 10e14 photons/cm²/s. Cela nous a permis de disséquer les contributions relatives des photorécepteurs non-visuels/visuels dans les fonctions non-visuelles. Dans une seconde étude, les photorécepteurs et niveaux de lumière nécessaires pour 1) initier et saturer la suppression de la mélatonine et 2) les plages actives ont été calculés. Ces résultats ont des implications dans notre compréhension des effets d’une exposition à la lumière artificielle sur la veille et le sommeil et les troubles du rythme circadien tels que le syndrome du retard de phase / In humans, light influences 1) circadian rhythms, 2) sleep-wake cycle, and 3)activate non-visual functions. While white bright light studies provide insight on the effect of light per se, the retina consists of visual photoreceptors (S-M-L cones) exhibiting sensitivity in blue, green, red colour range and non-visual photoreceptors (intrinsically photosensitive retinal ganglion cells, ipRGCs) most sensitive at 480nm. Few studies investigated the impact of coloured light corresponding to the different photoreceptors on light-dependent physiology. Such studies employed long duration monochromatic light, administered past normal bedtimes, after pupil dilator application. This contrasts with real-life light exposure. Furthermore, the link between light, non-visual responses and sleep-wake cycle has not been dynamically assessed. How ambient light influences the kinetics of non-visual responses and whether their intensity or colour impacts circadian rhythms is still unclear.We investigated polychromatic light exposure on the kinetics of cortical activity (EEG), pupillary light reflex, melatonin suppression, heart rate, temperature and neurobehavioral performances in humans. In a first study, 28 males were exposed to 4 light pulses of 50 min each from 19-2300 h. Light pulses had different melanopic contribution but identical photon density of 1014 photons/cm²/s. This allowed us to dissect relative contributions of non-visual/visual photoreceptors on light-dependent physiology and wakefulness markers. In a second study, we determined the sensitivity and thresholds of nocturnal melatonin suppression by light and the photoreceptors involved. Light levels needed to 1) initiate suppression, 2) saturation and 3) the active ranges were calculated. These findings have implications in our understanding of artificial light exposure on the sleep-wake cycle and circadian rhythm disorders such as delayed sleep phase disorder

Alors que les approches standards de résolution de la structure électronique présentent un coût de calcul à la puissance 3 par rapport à la complexité du problème, des solutions permettant d’atteindre un régime asymptotique linéaire,O(N), sont maintenant bien connues pour le calcul de l'état fondamental. Ces solutions sont basées sur la "myopie" de la matrice densité et le développement d'un cadre théorique permettant de contourner le problème aux valeurs propres. La théorie des purifications de la matrice densité constitue une branche de ce cadre théorique. Comme pour les approches de type O(N) appliquées à l'état fondamental,la théorie des perturbations nécessaire aux calculs des fonctions de réponse électronique doit être révisée pour contourner l'utilisation des routines coûteuses.L'objectif est de développer une méthode robuste basée uniquement sur la recherche de la matrice densité perturbée, pour laquelle seulement des multiplications de matrices creuses sont nécessaires. Dans une première partie,nous dérivons une méthode de purification canonique qui respecte les conditions de N-representabilité de la matrice densité à une particule. Nous montrons que le polynôme de purification obtenu est auto-cohérent et converge systématiquement vers la bonne solution. Dans une seconde partie, en utilisant une approche de type Hartree-Fock, nous appliquons cette méthode aux calculs des tenseurs de réponses statiques non-linéaires pouvant être déterminés par spectroscopie optique. Au delà des calculs à croissance linéaire réalisés, nous démontrons que les conditions N-representabilité constituent un prérequis pour garantir la fiabilité des résultats. / Whereas standard approaches for solving the electronic structures present acomputer effort scaling with the cube of the number of atoms, solutions to overcomethis cubic wall are now well established for the ground state properties, and allow toreach the asymptotic linear-scaling, O(N). These solutions are based on thenearsightedness of the density matrix and the development of a theoreticalframework allowing bypassing the standard eigenvalue problem to directly solve thedensity matrix. The density matrix purification theory constitutes a branch of such atheoretical framework. Similarly to earlier developments of O(N) methodology appliedto the ground state, the perturbation theory necessary for the calculation of responsefunctions must be revised to circumvent the use of expensive routines, such asmatrix diagonalization and sum-over-states. The key point is to develop a robustmethod based only on the search of the perturbed density matrix, for which, ideally,only sparse matrix multiplications are required. In the first part of this work, we derivea canonical purification, which respects the N-representability conditions of the oneparticledensity matrix for both unperturbed and perturbed electronic structurecalculations. We show that this purification polynomial is self-consistent andconverges systematically to the right solution. As a second part of this work, we applythe method to the computation of static non-linear response tensors as measured inoptical spectroscopy. Beyond the possibility of achieving linear-scaling calculations,we demonstrate that the N-representability conditions are a prerequisite to ensurereliability of the results.

À partir du moteur d’annotation sémantique Excom, nous avons élaboré un systèmede recherche d’informations qui repose sur des catégories sémantiques issues d’analyses linguistiquesautomatiques afin de proposer une approche de fouille textuelle innovante. Les annotationssont obtenues par la méthode d’Exploration Contextuelle faisant appel à une modélisationdes connaissances linguistiques sous forme de marqueurs et de règles. Le traitement des requêtesselon des points de vue de fouille se trouve au coeur de la stratégie de recherche d’informations.Pour cela, notre approche s’appuie sur des catégories d’annotation organisées en ontologies linguistiquessous forme de graphes. Afin d’offrir à l’utilisateur des résultats pertinents, nous avonsmis en place des algorithmes d’ordonnancement des réponses et de gestion de la redondance.Ces algorithmes reposent principalement sur la structure des ontologies linguistiques utiliséespour l’annotation. Nous avons proposé une évaluation de la pertinence des résultats en tenantcompte de la spécificité de l’approche. Les interfaces que nous avons développées permettent laconstruction de nouveaux produits documentaires tels que les fiches de synthèse offrant une extractiond’informations structurées selon des critères sémantiques. Cee approche a égalementpour vocation de proposer des outils dédiés à la veille stratégique et à l’intelligence économique. / Using the Excom engine for semantic annotation, we have constructed an InformationRetrieval System based on semantic categories from automatic language analyses in order topropose a new approach to text search. e annotations are obtained by the Contextual Explorationmethod which is a knowledge based linguistic approach using markers and disambiguationrules. e queries are formulated according to search viewpoints which are at the heart of theInformation Retrieval strategy. Our approach uses the annotation categories which are organisedin linguistic ontologies structured as graphs. In order to provide relevant results to the user,we have designed algorithms for ranking and paraphrase identification. ese algorithms exploitprincipally the structure of the linguistic ontologies for the annotation. We have carriedout an evaluation of the relevance of the system results taking into account the specificity ofour approach. We have developed user interfaces allowing the construction of new informationproducts such as structured text syntheses using information extraction according to semanticcriteria. is approach also aims to offer tools in the field of economic intelligence.

Les théories sur le soi ont postulé que celui-ci serait ancré dans le suivi des signaux viscéraux par le cerveau. Cependant, peu de preuves expérimentales soutiennent ce postulat. L’objectif de cette thèse était de tester si on peut trouver un lien entre couplage cœur-cerveau et soi. Nous avons opérationnalisé le concept de soi en définissant deux dimensions: le «Je», expérientiel, et le «Moi», introspectif.Nous avons d’abord montré, en magnétoencéphalographie, que le rapport au soi des pensées spontanées est encodé dans l’amplitude des réponses évoquées aux battements cardiaques (heartbeat-evoked responses, HERs), dans les régions médiales du réseau du mode par défaut. Les HERs dans le cortex cingulaire postérieur et precuneus ventral encodent le «Je», alors que la dimension «Moi» est associée à des HERs dans le cortex préfrontal ventromédian. De plus, ces résultats sont spécifiques de chacune des dimensions du soi.Nous avons ensuite étendu ces résultats à l’aide d’enregistrements intracérébraux. Nous avons montré une covariation entre l’amplitude des HERs et le rapport au soi des pensées, essai par essai. Une analyse de l’insula antérieure droite a démontré que les HERs dans cette région sont modulés par la dimension «Je».Dans une tâche d’imagination, nous avons trouvé que dans les régions motrices médiales et le cortex préfrontal ventromédian, l’amplitude des HERs varie en fonction de la personne imaginée, soi-même ou un ami.Les signaux cardiaques pourraient donc contribuer à l’établissement d’un référentiel centré sur le corps, utilisé par le cerveau pour attribuer un «label soi» aux pensées. Ceci pourrait constituer un mécanisme pour l’implémentation du soi. / The self has been hypothesized to be anchored in the neural monitoring of visceral signals; yet experimental evidence is scarce. The goal of this thesis was to address this question, by testing whether we could find a link between heart-brain coupling and the self. We operationalized the concept of self by defining two self-dimensions: the experiential “I” and the introspective “Me”. We showed in a first magnetoencephalography (MEG) experiment, that the self-relatedness of spontaneous thoughts was encoded in the amplitude of heartbeat-evoked responses (HERs), in midline regions of the default-network. HERs in the posterior cingulate cortex / ventral precuneus encoded the “I” dimension, whereas the “Me” dimension was associated with HERs in the ventromedial prefrontal cortex (vmPFC). In addition, these results were specific to each self-dimension.In a second study, we extended these results using intracranial recordings and new analyses of the MEG data. Here, HER amplitude co-varied with the self-relatedness of spontaneous thoughts, at the single trial level. Moreover, an analysis of the right anterior insula showed that HERs in this region were also associated with the “I”. A third study aimed at testing these results in the context of oriented thoughts, in an imagination task. We found that HER amplitude in medial motor regions (anterior precuneus, mid-cingulate and supplementary motor area), and vmPFC, varied depending on whether the self or a friend was being imagined. Cardiac signals could contribute to a body-centered reference frame, to which the brain would refer to in order to tag thoughts as being self-related. This could be a mechanism for implementing the self.

Infectant près de 185 millions d’individus dans le monde, le virus de l’hépatite C (VHC) est une cause importante d’hépatite virale chronique, qui mène éventuellement à la cirrhose et au carcinome hépatocellulaire. Dans les pays développés, la principale cause d’infection chez les enfants est la transmission de la mère à l’enfant (TME) durant la grossesse ou lors de l’accouchement et qui se produit dans <10% des cas. L’évolution de l’hépatite C lors de la grossesse est mal comprise, on observe une augmentation de la charge virale au 3e trimestre de la grossesse qui redescend suite à l’accouchement. Cette diminution s’accompagne d’une augmentation significative des marqueurs sériques d’inflammation du foie et d’une détérioration de la fonction hépatique chez une proportion importante des femmes infectées. Le développement de modèles de culture in vitro a permis de reconnaître l’implication de la réponse humorale neutralisante anti-VHC dans la progression clinique de l’hépatite C. Par contre, l’impact des anticorps (AC) neutralisants et non-neutralisants dans la pathologie de l’hépatite C en grossesse reste un sujet peu étudié. Dans cette étude, nous avons mis en évidence que la pression sélective exercée par les réponses neutralisantes anti-VHC menait à une diversification de la quasiespèce du VHC chez les femmes mono-infectées ou co-infectées par le VIH. Cette diversification est associée à une fréquence réduite de TME et à des niveaux d’inflammation hépatique plus faible chez les patientes mono-infectées uniquement. Chez les patientes co-infectées, la diversification de la quasiespèce et la présence de réponses neutralisantes ne suffisent pas à diminuer les risques de TME. Nous proposons également un rôle pour les anticorps (AC) non-neutralisants dans l’exacerbation de l’inflammation hépatique chez les femmes ne présentant pas de réponses neutralisantes anti-VHC. Cette inflammation pourrait être reliée à la cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps (ADCC), dont le rôle dans le contrôle de la virémie reste à déterminer. Les différentes avenues entreprises afin d’élaborer un essai permettant de quantifier la réponse ADCC spécifique au VHC seront exposées dans cet ouvrage. Cette étude a ainsi contribué à mieux comprendre le rôle des réponses humorales neutralisantes et l’implication probable de l’ADCC dans la pathogénèse de l’hépatite C en grossesse. / Almost 185 million people worldwide are infected with hepatitis C virus (HCV) and are at risk of developing cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In developed countries, the major cause of infection in children is mother-to-child transmission (MTCT), which occurs in <10% of cases during pregnancy or at delivery. For reasons that remain poorly understood, HCV viral load increases in the third trimester of gestation and decreases following delivery. This situation is often followed by elevated serum markers of liver inflammation and by an exacerbation of hepatic pathology in an important fraction of infected women. The development of in vitro culture models enabled the recognition of the implication of humoral immune responses in the clinical evolution of hepatitis C. Nonetheless, the impact of neutralizing antibodies (AB) and non-neutralizing AB in the pathology of hepatitis C in pregnancy has been under-investigated. In this study, we report evidence that the selective pressure exerted by the neutralizing responses against HCV is responsible for the diversification of HCV quasispecies in HCV mono-infected women and women co-infected with HCV and HIV. This diversification was associated with a reduced frequence of MTCT and with reduced hepatic inflammation in mono-infected patients only. In co-infected patients, quasispecies diversification and the presence of neutralizing antibodies are not sufficient to reduce the risk of MTCT. We also propose a role for non-neutralizing AB in the exacerbation of hepatic inflammation in women without neutralizing activity against HCV. The elevated hepatic inflammation could be linked to the antibody dependent cellular cytotoxicity (ADCC), the role of which has yet to be defined in the control of HCV viremia. In the aim of elaborating a quantitative assay to measure ADCC specific for HCV, different approaches have been tested and will be presented in this monograph. This study has contributed to a better understanding of the role of neutralizing humoral responses and the likely implication of ADCC in the pathogenesis of hepatitis C in pregnancy.

Parmi les différents procédés d’élaboration de minigranules, le procédé d’extrusion-sphéronisation présente de nombreux avantages, puisqu’il permet notamment d’élaborer des minigranules fortement chargées en principe actif et d’éviter l’emploi de solvants organiques. Ce travail a pour objectif de comparer les performances de plusieurs systèmes d’extrusion à vis, de l’échelle du laboratoire jusqu’à la transposition à l’échelle industrielle. Pour cela, des plans d’expériences ont été construits afin d’identifier les variables critiques et de sélectionner l’extrudeur le plus favorable selon différentes approches spécifiques à cette étude. En effet, le système d’extrusion idéal est défini dans ce travail comme celui donnant les meilleurs résultats en termes de productivité et de caractéristiques des minigranules (« qualité »), entraînant le moins d’impact sur le produit après transposition d’échelle (« transposabilité »), montrant le moins d’influence sur le produit lorsque la formule utilisée change (« robustesse »), et permettant d’ajuster ou d’améliorer la qualité des minigranules lorsque les conditions opératoires varient (« flexibilité »). Quelle que soit l’approche étudiée, les résultats ont permis de mettre en évidence l’influence de paramètres critiques et de leurs interactions sur les différentes réponses et ont montré des différences entre les différents systèmes d’extrusion. L’étude à l’échelle du laboratoire a permis de comparer les extrudeurs radial, dôme et frontal et a mis en évidence l’intérêt des systèmes frontal et dôme en termes de qualité des minigranules, et du système radial en termes de robustesse et de flexibilité du procédé. L’étude à l’échelle industrielle a permis de comparer les extrudeurs radial et frontal, et a permis d’identifier l’extrudeur frontal comme étant le plus favorable en termes de qualité des minigranules, de robustesse, de flexibilité et de transposabilité. Les conclusions observées à l’échelle industrielle sont donc différentes de celles considérées à l’échelle du laboratoire, pour l’étude comparative des différents systèmes. Cela confirme l’importance de tester les systèmes à échelle industrielle avant l’acquisition d’un équipement. / Among the various methods of developing minigranules, extrusion-spheronization has many advantages, particularly since it allows to develop minigranules highly charged with active pharmaceutical ingredient and to avoid the use of organic solvents. This work aims to compare the performance of several extrusion screws systems, from the lab to the scale-up at industrial scale. Designs of experiments were built to identify critical variables and compare the extruder in terms of different approaches specific to this study. As a matter of fact, the ideal extrusion system is defined in this work as the one which gives the best results in terms of productivity and pellets characteristics (“quality”), the one which shows less impact on the product after scaling-up (“scalability”), the one which shows the less influence on these same properties when the formula used changes (“robustness”), and the one which allows the possibility to adjust or improve pellets properties with operating variables (“flexibility”). Whatever the approach studied, the results allowed to highlight the influence of critical parameters and their interactions on the different responses and showed differences between the different extrusion systems. The study at lab scale compared radial, dome and axial extruders and underlined the interest of axial and dome systems in terms of pellets quality, and radial system in terms of process robustness and flexibility. The study at industrial scale compared radial and axial systems, and identified the axial system as the most favorable in terms of pellets quality , robustness, flexibility and scalability. The conclusions observed at industrial scale are different from those observed at lab scale for the different systems comparative study. This confirms the importance to test systems at industrial scale before investing in one equipment.

Afin de répondre à la diversification des objectifs de la filière laitière (ex. efficacité alimentaire, santé et longévité des animaux, etc.), et ceci dans un contexte de forte volatilité des prix du lait et des intrants, la quantification des réponses multiples aux changements de régimes alimentaires représente un intérêt afin d’aider les producteurs laitiers à optimiser la ration des animaux. Le principal objectif de ce travail a consisté à développer et évaluer un modèle de prédiction des réponses de l’ingestion, de la quantité et composition du lait aux changements de régimes alimentaires chez la vache laitière. Une méta-analyse a ainsi été appliquée sur une grande base de données de la littérature afin de quantifier la réponse de l’ingestion aux régimes, et les réponses laitières (quantité totale, sécrétion des composants du lait et composition du lait) aux changements d’énergie nette (UFL) et protéines métabolisables (PDI) de la ration. Un élément clé dans le développement de ces équations de réponses était qu’elles soient applicables à travers différent potentiel laitier. Ceci a pu être atteint en exprimant les apports PDI et UFL par rapport à une situation nutritionnel pivot, qui correspond à une efficacité d’utilisation des PDI de 67% et une efficacité d’utilisation des UFL par lait de 100% (équivalente à un bilan énergétique nul). Construite à partir des efficacités PDI et UFL, une approche a été proposée pour estimer les apports PDI et UFL à la situation pivot, à partir desquels les équations de réponses peuvent s’appliquer. Evalué sur deux jeux de données indépendants, cette approche a permis de prédire les réponses de production laitière, productions de matières grasses, lactose et protéines du lait aux changements d’apports PDI et UFL avec une bonne précision pour des rations considérablement différentes, et à travers différents stades de lactation. Dans un autre modèle, les effets du stade physiologique (stade de lactation, stade de gestation, croissance) sur les performances animal, i.e. production laitière, productions de matières grasses, lactose et protéines du lait, changement de composition corporelle et ingestion, ont été quantifiés à travers des animaux de potentiel laitier différent. Il a été constaté que la structure du modèle était adéquate pour simuler les performances de différentes races laitières (Holstein, Rouge Danoise et Jersiaise). Afin de prédire les conséquences d’un changement alimentaire sur le long terme, les équations de réponses, centrées sur la situation nutritionnel pivot, ont été intégrées au sein du modèle dynamique. Cette intégration a pu se faire en appliquant le concept du pivot au modèle dynamique afin d’obtenir des courbes pivot, à partir desquelles les lois de réponses s’appliquent. Le modèle construit est le premier à intégrer les deux grands types de régulation biologique (homéostase et l’homéorhèse) chez la vaches laitière permettant de prédire les performances animales à partir d’une définition précise du potentiel laitier. / In order to better cope with the increasing diversity of objective in dairy production (e.g. feed efficiency, animal health, animal longevity, etc.) in a context of high volatility of feed and milk prices, quantification of animal’s multiple responses to dietary changes is of particular interest to help dairy farmers in optimizing the diet. The main aim of the present study was to develop and evaluate a model to predict the responses in dry-matter intake, milk yield, milk component yields and contents to changes in dietary composition in dairy cows. A meta-analysis of the literature was conducted to quantify dry-matter intake response to changes in diet composition, and milk responses (yield, milk component yields and milk composition) to changes in dietary net energy (NEL) and metabolizable protein (MP) in dairy cows. A key point in the development of these response equations was that they could be apply on animals of varying production potential. This was achieved by expressing MP and NEL supply relative to a pivot nutritional status, defined as the supply of MP and NEL resulting to MP efficiency of 0.67 and NEL efficiency of 1. Based on MP and NEL efficiency, an approach was proposed to estimate the pivot MP and NEL supplies, around which the response equations can be applied. Evaluated with two independent datasets, this approach predicted milk yield and milk component yields responses to change in MP and NEL supply with a good accuracy for diets that are substantially different, and across all stages of lactation. In another model, the effect of physiological status (lactation stage, gestation, growth) on animal performance, i.e. milk yield, milk component yields, body composition change and dry-matter intake, were quantified across a range of animal potential. It was found that the model structure was adequate to simulate performance of different dairy breeds (Holstein, Danish Red and Jersey). To predict the long-term consequences of a dietary change, response equations, centred on the pivot nutritional status, were integrated into the dynamic model. This integration has been possible by applying the pivot concept into the dynamic model. This way, lactation pivot curves were calculated, from which response equations are applied. The model built is the first to integrate the two major biological regulations (homeostasis and homeorhesis) in dairy cows that predicts animal performance using a precise definition of milk potential.

La présence de réponses manquantes pour certains items d’une échelle de mesure est un phénomène que tout chercheur est susceptible de rencontrer au cours de ses travaux. Bien que les biais que peut causer un traitement inadéquat de cette non-réponse soient connus depuis près de 30 ans (Rubin, 1976), les connaissances quant à l’efficacité des diverses méthodes de traitement des valeurs manquantes sont encore très restreintes. La présente étude vise à faire évoluer les connaissances et les pratiques concernant le traitement des valeurs manquantes dans le contexte d’utilisation d’échelles de type Likert. Le problème fondamental que posent les valeurs manquantes est qu’il est impossible de ne pas en tenir compte lors de l’application d’une méthode d’analyse statistique. La majorité de ces méthodes ayant été développées pour traiter des matrices de données complètes. Les modèles de mesure utilisés dans le traitement des données issues d’échelles de type Likert n’échappent pas à cette réalité. Deux modèles de mesure sont étudiés plus en profondeur dans ce projet soit, le modèle classique et le modèle gradué de Samejima. La recherche entreprise avait comme objectif d’évaluer l’efficacité de cinq méthodes de traitement des valeurs manquantes, dont la méthode d’imputation multiple. De plus, il était visé d’évaluer l’impact du nombre de sujets, du nombre d’items et de la proportion des valeurs manquantes sur l’efficacité des méthodes. Les résultats issus de cette recherche semblent suggérer que la méthode d’imputation multiple présente une efficacité supérieure aux autres méthodes bien que, tout dépendant du modèle de mesure considéré, d’autres méthodes plus simples semblent aussi efficaces. Il importe de noter en conclusion qu’aucune méthode de traitement ne peut éliminer complètement les biais causés par les valeurs manquantes et qu’à ce sujet, il serait préférable de prévenir plutôt que de guérir. / The presence of missing answers for some items of a scale of measurement is a phenomenon which any researcher is suitable to meet during his work. Although bias that an inadequate treatment of this non-response can cause are known since nearly 30 years (Rubin, 1976), knowledge of the effectiveness of the various missing values treatment is still very restricted. The present study aims at making knowledge and practices concerning the treatment of the missing values evolve in the context of Likert type scale. The fundamental problem that missing values pose is that it is impossible not to take it into account at the time of the application of a method of statistical analysis, the majority of these methods having been developed to treat matrices of complete data. The models of measurement used in the analysis of Likert type scale data do not escape from this reality. Two models of measurement are studied more in-depth in this project, the classical test model and the Samejima graded model. The main objective of the research undertaken is to evaluate the effectiveness of five missing values treatment, including the multiple imputation method. Moreover, it was aimed to evaluate the impact of the number of subjects, the number of items and the proportion of the missing values on the effectiveness of the methods. The results of this research seem to suggest that the effectiveness of multiple imputation is higher than the other methods, although depending on the model of measurement considered, other simpler methods seem also effective. In conclusion, it is important to note that because no method of treatment can eliminate completely the bias caused by the presence of missing values, it would be preferable to prevent rather than to cure.

Les rapports sexuels non protégés (RSNP) sont un facteur de risque prédominant pour l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et doivent donc être évalués de la façon la plus valide possible dans le cadre des études de prévention du VIH. À ce jour, le questionnaire demeure l’outil le plus utilisé pour documenter les comportements sexuels. Or, l’auto-rapportage des comportements sexuels est sujet à des biais de rappel et de désirabilité sociale. L’usage de biomarqueurs de l’exposition au sperme pourrait aider à pallier ces biais. L’antigène prostatique spécifique (PSA) et l’ADN chromosomique Y (ADNch-Y) sont les deux biomarqueurs de l’exposition au sperme les mieux caractérisés à ce jour. La PSA et l’ADNch-Y sont détectables jusqu’à respectivement deux et 14 jours suivant un RSNP. Dans le cadre d’une étude prospective de démonstration visant à vérifier la faisabilité d’implanter le traitement précoce comme prévention (early antiretroviral therapy : E-ART) et la prophylaxie pré-exposition (pre-exposure prophylaxis : PrEP) chez les travailleuses du sexe (TS) professionnelles de Cotonou au Bénin, le sous-rapportage des RSNP était anticipé de la part des participantes, de même qu’un potentiel changement dans les RSNP en cours de suivi dans le groupe PrEP. Nos objectifs étaient donc de valider l’autorapportage des RSNP à l’aide de la PSA et de l’ADNch-Y; de comparer le sous-rapportage des RSNP sur les périodes de rappel de deux et 14 jours; et d’évaluer les tendances de RSNP dans le groupe PrEP. Nous avions aussi pour objectif de comparer la capacité de détection des RSNP d’un nouveau test de détection, soit une PCR nichée ciblant la famille de gènes homologues testis-specific protein Y-encoded (n-TSPY), à celle de six autres méthodes couramment utilisées à des fins de détection de l’exposition récente au sperme. Au recrutement de l’étude E-ART/PrEP et sur une période de 24 mois de suivi, les RSNP survenus dans les deux et 14 derniers jours ont été évalués à chaque six mois par questionnaire et par détection de la PSA et de l’ADNch-Y. Lorsqu’une participante ne rapportait pas de RSNP dans les deux (ou 14) derniers jours, mais qu’elle était testée positive pour la PSA (ou l’ADNch-Y), elle était considérée comme ayant sous-rapporté les RSNP des deux (ou 14) derniers jours. Une régression de Poisson robuste a été utilisée pour comparer le sous-rapportage sur les deux périodes de rappel. Les tendances de RSNP en fonction des différentes mesures de RSNP ont été évaluées à l’aide d’une régression log-binomiale. Des équations d’estimation généralisée (Generalized estimating equation : GEE) ont été appliquées pour tenir compte de la dépendance des observations. Au recrutement, nous avons observé une prévalence d’environ 20% de sous-rapportage des RSNP chez les TS de Cotonou, mais aucune différence statistiquement significative du sous-rapportage des RSNP entre les deux périodes de rappel. Certains de nos résultats suggèrent que les performances relatives de chacun des biomarqueurs pour détecter les RSNP sur sa période de rappel respective ne sont pas équivalentes, ce qui pourrait avoir compromis notre capacité à détecter une différence de sous-rapportage entre les deux périodes de rappel. Aucun changement statistiquement significatif n’a été observé dans les RSNP en cours de suivi dans le groupe PrEP. Enfin, en comparaison avec la PCR n-TSPY développée pour l’étude E-ART/PrEP, chacune des six méthodes courantes de détection de l’exposition récente au sperme manquait de sensibilité pour détecter les RSNP. En conclusion, les données auto-rapportées sur les RSNP sont biaisées et devraient donc être interprétées avec précaution. Une meilleure caractérisation de la cinétique de clairance de la PSA et de l’ADNch-Y est requise afin de mieux évaluer l’effet de la durée de la période de rappel sur le sous-rapportage des RSNP. L’absence de changement dans les RSNP en cours de suivi suggère que la PrEP pourrait potentiellement être utilisée comme méthode de prévention du VIH chez des TS sans craindre une compensation de risque par diminution de l’utilisation du condom. Nos analyses de tendances de RSNP suggèrent aussi la nécessité d’évaluer objectivement les RSNP par l’utilisation de biomarqueurs et de corriger pour les biais de sélection potentiels lors de l’évaluation des tendances de RSNP dans une étude longitudinale avec forte attrition. Enfin la PCR n-TSPY pourrait être d’une grande utilité pour détecter les RSNP dans des études observationnelles où plusieurs facteurs peuvent accélérer la clairance des biomarqueurs. / Unprotected sex (UPS) is a major risk factor for human immunodeficiency virus (HIV) infection and must be measured as validly as possible in HIV prevention studies. To date, the questionnaire is the most commonly used tool to assess sexual behaviours. However, self-report of sexual behaviours is subject to recall and desirability biases. The use of biomarkers of recent semen exposure might help to overcome these biases. Prostatespecific antigen (PSA) and Y chromosomal DNA (Yc-DNA) are the most characterized biomarkers of semen exposure. PSA and Yc-DNA can be detected up to two and 14 days following UPS. Over the course of an early antiretroviral therapy (E-ART) and pre-exposure prophylaxis (PrEP) demonstration study that was conducted among professional female sex workers (FSW) in Cotonou, Benin, under-reporting of UPS was expected, as well as a change in UPS in the PrEP group. Our objectives were thus to validate self-report of UPS by the means of PSA and Yc-DNA detection; to compare under-reporting of UPS over the last two and 14 days; and to assess trends in UPS in the PrEP group. We also aimed to compare the UPS detection capability of a novel screening test of Yc-DNA, a nested polymerase chain reaction targeting the testis-specific protein Y-encoded family of homologous genes (n-TSPY), to six other commonly used methods to detect recent semen exposure. At baseline of the E-ART/PrEP study and over a 24 months period of follow-up, UPS from the last two and 14 days were assessed every six months by questionnaire and by PSA and Yc-DNA screening. Under-reporting of UPS in the last two or 14 days was defined as reporting no UPS in the last two or 14 days while testing positive for PSA or Yc-DNA, respectively. A robust Poisson regression was used to compare under-reporting over the last two and 14 days. Trends in UPS as measured with the different tools were assessed by the means of a log-binomial regression. Generalized estimating equations (GEE) were used to account for dependence between observations. At baseline, we observed about 20% of under-reporting of UPS among FSW from Cotonou. However, we observed no statistically significant difference between under-reporting in the last two days and under-reporting in the last 14 days. Some of our results suggest that the relative performances of each biomarker to detect UPS over its corresponding recall period are not equal, which might have prevented us to detect a difference in under-reporting over the two recall periods. No trend in UPS was observed in the PrEP group. Finally, using n-TSPY as a reference test, each of six commonly used methods to detect recent semen exposure lacked sensitivity in the detection of RSNP. In conclusion, self-report of UPS is biased and must be cautiously interpreted. A better characterization of the clearance of PSA and Yc-DNA is required in order to better evaluate the potential effect of the recall period length on under-reporting of UPS. The absence of any evidence of a trend in UPS in the PrEP group might suggests that there was no risk compensation over the PrEP demonstration study and that PrEP might be a suitable HIV prevention method to use among FSW. Our trends in UPS analyses also pointed out the necessity to objectively assess UPS by the means of biomarkers and to correct for the potential selection bias when assessing trends in UPS over the course of a longitudinal study with high attrition. Finally, the n-TSPY might be of great utility to detect UPS in observational studies where many factors might accelerate the clearance of the biomarkers.