A mandioca (Manihot esculenta Crantz), apesar de ser muito cultivada e consumida no país, é uma planta da qual se conhece pouco sobre características intrínsecas do vegetal e as transformações bioquímicas que ocorrem em suas raízes tuberosas. Os traços fenotípicos das raízes foram usados para classificações empíricas, mas o emprego de técnicas de biologia molecular ainda é pouco utilizado para mostrar novos marcadores moleculares que poderiam identificar, além de traços agronômicos, fatores nutricionais, sensoriais e de qualidade que afetam essas raízes comestíveis. A participação de enzimas endógenas, como a α-amilase, pode estar relacionada com o processo de deterioração pós-colheita, no caso, fornecendo energia para o desenvolvimento microbiano. Os objetivos do presente trabalho foram avaliar a diversidade genética entre cultivares de mandioca, as expressões gênicas de α-amilase e da amido-sintase ligada ao grânulo, e a atividade amilolítica total. Amostras de variedades de mandioca, consideradas doce, foram coletadas nas reservas indígenas de Juruti e Caxiuanã, PA, e mantidas na Embrapa Agrobiologia (Seropédica, RJ). Para as análises de diversidade genética, foi extraído o DNA de folhas de 30 amostras e utilizado como molde em PCR-RAPD, a partir de 20 oligonucleotídeos do conjunto Operon W. Os amplicons foram submetidos à eletroforese em gel de agarose e fotodocumentados. Os padrões obtidos por PCR-RAPD foram agrupados através de coeficiente de Pearson e expressos sob dendograma. As análises por RAPD, utilizando o oligonucleotídeo OPW-12, permitiram a distinção das variedades e demonstraram alto grau de similaridade genética entre as amostras de mandioca avaliadas, permitindo a identificação de três grupos. Nestes grupos, estão distribuídas 28 das 30 amostras analisadas, com 75% de similaridade genética entre elas. Paralelamente, amostras de raízes das 30 variedades de mandioca foram empregadas em ensaios de determinação da atividade amilásica, sendo observada ampla variação entre as variedades. Igualmente, para os estudos de expressão gênica da α-amilase e GBSSI, o RNA total foi extraído a partir das raízes de 30 amostras de mandioca, e utilizado como molde na obtenção de c-DNA e posterior amplificação por RT-PCR em tempo real. A análise da expressão relativa demonstrou discreta variação entre as amostras analisadas. Entretanto, somente a amostra 19 (variedade Açaí-Tinga) apresentou variação expressiva na quantificação relativa (3,18) para MEAMY, e as amostras 19 (variedade Açaí-Tinga) e 29 (Jabuti) apresentaram variação expressiva na quantificação relativa de GBSSI (4,13 e 2,58 respectivamente). / Cassava (Manihot esculenta Crantz) is a worldwide important crop, but some intrinsic feature of this plant remained unclear. Phenotypic characteristics of the roots of cassava are still used to classified them in spite of molecular biology technics to identify agronomic traits, nutritional factors, quality and sensorial parameters of the eatable parts of this plant. Endogenous enzymes, like α-amylase, may be involved on the deteriorative process after harvest by the release of sugars to the microbial proliferation into the roots. The objectives of this study were to use a RAPD assay to identify some DNA variations within and between cassava varieties, expression of α-amylase and granule-bound starch synthase gene, as well as amylolitic activity in the roots. Several cassava accessions were collected from indigenous community Caxiuanã and Juruti, state of Pará. The cultivars were grown in EMBRAPA Agrobiologia, state of Rio de Janeiro. Thirty cassava accessions were sampled to prepare DNA templates from cassava leaf. RAPD was performed using twenty commercial primers OPW, and the amplified DNAs for each sample were run in agarose gel. RAPD patterns were grouped following Pearson\'s coefficient, used to construct a dendogram. RAPD-PCR with primer OPW-12 showed that most varieties of this work showed a very similar fingerprint pattern, indicating that they were likely related. Twenty eight from 30 cassava cultivars analyzed presented more closely genotype, and were distributed into three groups by dendogram. These groups showed similarity coefficient of 75%. Amylolytic activity was determined by quantification of the amount of reducing sugars released during enzymatic reaction with aqueous extract from cassava roots, and variations were observed among cultivars. The evaluation of gene expression showed α-amylase and granule-bound starch synthase genes have been shown to be differentially expressed in some cultivars, with higher expression of MEAMY gene on sample 19, Açaí-Tinga variety, and the same sample 19 and 29, Jabuty variety, for GGSSI gene.

A avicultura brasileira é atualmente uma atividade de grande sucesso. A utilização de sistemas de planejamento associados a novas tecnologias, reflete-se no extraordinário crescimento da atividade. A produção brasileira de frango ultrapassou a marca anual de 10 milhões de toneladas, em 2007. O Brasil está entre os três maiores produtores de frango no ranking mundial, junto com Estados Unidos e China. Haja vista a importância que a avicultura representa para o país, pela geração de benefícios sociais e econômicos, o risco que a Doença de Newcastle (DNC) constitui para a avicultura brasileira é enorme. Um surto desta doença em um centro de produção avícola representaria um risco à economia e incidiria de forma negativa nos níveis de consumo de proteína de qualidade e economicamente acessível à população. A fim de estabelecermos um monitoramento do vírus da Doença de Newcastle (NDV) em aves selvagens, livres ou de cativeiro, e aves domésticas não vacinadas, residentes em regiões de elevada confluência migratória aviária no Brasil e em pingüins ao redor da Estação Antártica Comandante Ferraz (EACF), coletamos amostras de swabs orais e cloacais para a posterior análise por PCR em Tempo Real (qPCR), além de sangue para testes sorológicos, tendo como objetivos maiores, contribuir para o fortalecimento dos serviços de defesa sanitária animal, aumentar a capacidade de investigação, e finalmente, atualizar e harmonizar normas e procedimentos para a prevenção e controle da DNC, referenciando-se nas recomendações da Organização Mundial de Sanidade Animal (Office International des Epizooties - OIE). Das 1072 aves amostradas em diferentes regiões do Brasil, 8 (0,75%) apresentaram resultado positivo para o NDV por qPCR, sendo 5 (62,5% das positivas) delas provenientes da região Norte, 2 (25% das positivas) do Nordeste e 1 (12,5% das positivas) da região Sul do Brasil. Na Antártica, dos 100 pingüins estudados, 2 apresentaram resultado positivo para o NDV por qPCR e em cerca de 33,3% dos soros testados foi detectada a presença de anticorpo pelo teste de Inibição da Hemaglutinação (HI). Todas as amostras positivas foram re-analisadas por qPCR específico para cepas mesogênicas e/ou velogênicas, resultando negatividade, corroborando os dados que certificam o Brasil como sendo livre da Doença de Newcastle. / Brazilian chicken meat exports ended 2007 with shipments of 3,3 million tons, which represented a 21% increase in comparison with 2006. These results were the best in the history of the poultry sector in Brazil. The production reached 10.2 million tons, a result that kept the country as the worlds largest chicken meat exporter and the third largest producer, only behind USA and China. Thus the risk of an introduction of the Newcastle disease virus (NDV) into domestic poultry is enormous and will play severe consequences for the economy and poltry industries. In order to provide the surveillance of the NDV in wild, free or captive, and non vaccinated domestic birds from some regions of migratory birds confluence in Brazil and in penguins around the brasilian Antarctic Station Comandante Ferraz, we collected oral and cloacal swabs, for the viral detection by Real Time PCR (qPCR), and blood for the serological test (hemaglutination inhibition test HI). A total of 1072 birds were sampled in diferent regions of Brazil, where 8 (0.75%) shown positive results to NDV, in which 5 (62.5% of positive) were from North region, 2 (25% of positive) were from Northeast and 1 (12,5% of positive) was from South. In the Antarctic 100 penguins were studied, in which 2 were detected the NDV (2% of total). HI test showed that 33.3% of penguins were seropositives for NDV, indicating their previous contact with the pathogen. All the positive samples by qPCR were repeated with primers projected to detect only virulent strains and no sample was positive, indicating the absence of velogenic strains in Brazil. The epidemiological profile was richer with the isolament of positive samples in embrioned chiken eggs specific patogen free and latter nucleotidic genomic sequencing of isolate.

No Brasil, diariamente, são descartadas 2,3 toneladas de meios de cultura potencialmente contaminados com microorganismos. A resolução RDC No 306/2004 da Agência Nacional de Vigilância Sanitária preconiza que os resíduos devem ser tratados antes do descarte, visando à redução da carga microbiana. Foram desenvolvidos 2 métodos para avaliar a sensibilidade e a eficiência, assim como a concentração ideal, de um agente químico (biocida) contra microorganismos contaminantes. O método de difusão com Perfurador Circular de Ágar (PCA) e o método com Perfurador Linear de Ágar (PLA) foram testados com 13 cepas de microorganismos. O biocida avaliado foi a combinação de hipoclorito de sódio (NaClO) com ácido acético (CH3COOH). A partir destes resultados, foi desenvolvido um equipamento automatizado para processar a redução da carga microbiana (SADEMC) dos meios de cultura contaminados. A redução da carga microbiana foi avaliada pelo método quantitativo da reação da transcriptase reversa com detecção em tempo real. O método PCA mostrou ser reprodutível e eficiente para medir a inibição do crescimento bacteriano de um biocida. A concentração mínima de biocida capaz de reduzir o crescimento microbiano foi de 250 ppm para a solução aquosa de NaClO a 0,25% e de 200 ppm para a de CH3COOH a 0,2%. No SADEMC, foi possível processar 4,6kg de meios de culturas em 100 litros da concentração mínima eficaz do biocida por 15 minutos, e atingir uma redução da carga microbiana de, aproximadamente, 1,4E10 unidades formadoras de colônias. Podemos concluir que o SADEMC promove uma redução de carga microbiana compatível com os níveis exigidos pela RDC No. 306; fornece biossegurança na sua manipulação e que resulta em plástico reciclável. / In Brazil, daily, 2.3 tons of potentially contaminated cultured medium with microorganisms are discarded. The RDC 306 resolution from the Brazilian National Health Department rules out that residue must be treated prior to discart in order to reduce microbial load. Two methods were developed to evaluate the sensitivity, efficiency and ideal concentration of a chemical agent (biocide) against microorganisms. The Ágar\'s Diffusion Method by Circular Perforator (PCA) and by Linear Perforator (PLA) were tested with 13 microorganism lines and the biocide composed by Sodium Hypochlorite (NaClO) and its combination with Acetic Acid (CH3COOH). The microbial load reduction was evaluated by the real time reverse transcription-polymerase chain reaction. From the in vitro data, an automatic equipment to process the potentially contaminated culture media (SADEMC) was developed. The PCA method was reproductive and efficient to measure the bacterial growth inhibition induced by the biocide. The minimum biocide concentration capable to reduce the microbial growth was a solution of 0.25% NaClO (250 ppm) and 0.2% CH3COOH (200 ppm). In the SADEMC, the direct exposition of 4.6 kg of culture media in 100 liters of biocide for a period of 15 minutes is capable to reduce the microbial load in approximately 1,4E10 of colony-forming unit. We may conclude that the SADEMC is able to promote a microbial load reduction more intense than the one demanded by the RDC 306 resolution. In addition to that, the SADEMC contemplates personnel safety and allows recycling the plastic residues

Aggregatibacter actinomycetemcomitans produz fatores de virulência que induzem destruição periodontal, porém a sua regulação é pouco conhecida. O sistema de dois componentes ArcAB é um regulador da transcrição gênica que percebe concentrações de oxigênio no ambiente. Este estudo tem como objetivo construir uma amostra de A. actinomycetemcomitans arcB deficiente e comparar características fenotípicas e de transcrição gênica em relação à amostra selvagem. As curvas de crescimento em condições de microaerofilia e anaerobiose foram similares. Foram observadas diferenças nas capacidades de adesão e invasão às células epiteliais, de formação de biofilme, de adesão à hidroxiapatita recoberta por saliva e na hidrofobicidade entre as amostras. A análise de transcrição gênica por RT-PCR em tempo real mostrou expressão diferenciada de apaH, vppA, vapA e omp29. Os dados indicam que em A. actinomycetemcomitans, ArcB é capaz de detectar condições redox, sendo associado a expressão de fatores de colonização da cavidade oral, regulando a transcrição de genes associados à virulência. / Aggregatibacter actinomycetemcomitans produces several virulence factors which induce periodontal destruction, but little is known about their regulation. The two components system ArcAB is a genetic transcription regulator that senses oxygen concentrations in the environment. This study aimed to construct an A. actinomycetemcomitans arcB deficient mutant and to compare phenotypic carachteristics and gene transcription with the wild type. The growth curves under microaerophilic and anaerobic conditions were similar. There were differences in abilities to adhere and invade epithelial cells, to form biofilm, to adhere to saliva-coated hydroxyapatite and in hydrophobicity between the strains. Gene transcription analysis by real time PCR showed differential expression of apaH, vppA, vapA and omp29. These data indicate that in A. actinomycetemcomitans, ArcB is able to detect redox conditions and is associated with colonization factors of the oral cavity, by regulating transcription of genes associated with virulence.

O conhecimento das implicações da variabilidade genética em populações de inimigos naturais, principalmente parasitoides, é de vital importância para a otimização de programas de controle biológico. Desta forma, o presente trabalho teve por objetivo determinar como a variabilidade genética influencia diferentes parâmetros biológicos de Trichogramma pretiosum Riley, 1879 em experimentos de laboratório e de campo. Para que este objetivo fosse atingido, foram avaliados: 1) o efeito da seleção de isolinhagens de T. pretiosum em condições de laboratório, marcadas por meio do DNA mitocondrial, no subsequente desempenho de campo; 2) como a UR afeta a capacidade de voo de isolinhagens, marcadas por meio do DNA mitocondrial, de espécimes de T. pretiosum oriundas do Brasil e EUA; 3) a compatibilidade reprodutiva entre isolinhagens norteamericanas e brasileira de T. pretiosum, avaliada por meio de uma abordagem integrativa e 4) o possível estabelecimento de uma linhagem de T. pretiosum proveniente da Colômbia num novo ecossistema, no Nordeste brasileiro. Com base nos resultados do presente trabalho conclui-se que a variabilidade genética de T. pretiosum exerce grande influência em parâmetros biológicos do parasitoide, uma vez que: 1) os diferentes desempenhos reprodutivos das isolinhagens em condições de laboratório foram correspondentes àqueles em condições de campo, sendo as sequências mitocondriais uma técnica de marcação precisa e eficiente para avaliação do desempenho de T. pretiosum em condições de campo; 2) para algumas isolinhagens, as condições ambientais do local onde se pretende liberar T. pretiosum, se distintas do hábitat natural do parasitoide, podem afetar negativamente o voo deste inseto; 3) foi registrada incompatibilidade reprodutiva leve e diferenças morfológicas mais pronunciadas entre as isolinhagens americanas e brasileira, geneticamente variáveis; 4) foram observados fortes indícios de que uma linhagem de T. pretiosum, introduzida em Petrolina, PE há 22 anos, trazida de Palmira, Colômbia, se estabeleceu naquela região. / The knowledge on genetic variability in populations of natural enemies, especially parasitoids, has a vital importance for the optimization of biological control programs. Thus, this study aimed to determine the influences of genetic variability on different biological parameters of Trichogramma pretiosum Riley, 1879, in laboratory and field experiments. We evaluated: 1) the effect of selection of T. pretiosum isofemale strains in laboratory conditions, marked by mitochondrial DNA, on the subsequent field performance; 2) the effects of RH on flight capacity isofemale lines, marked by the mitochondrial DNA, of T. pretiosum specimens from Brazil and the USA; 3) the reproductive compatibility between USA and Brazilian isofemale lines of T. pretiosum, through an integrative approach, and 4) the possible establishment of a T. pretiosum strain from Colombia in a new ecosystem in the Brazilian Northeast. The results allow to conclude that genetic variability of T. pretiosum has great influence on biological parameters of the parasitoid, since: 1) the different reproductive performance of isofemale strains in laboratory conditions corresponded to those under field conditions, and mitochondrial DNA was accurate and efficient, marking technique for the evaluation of T. pretiosum performance in field conditions; 2) for some isofemale lines, the environmental conditions of the release sites, if distinct from the natural habitat of the parasitoid, may adversely affect flight capacity of the parasitoid; 3) slight reproductive incompatibility and more pronounced morphological differences were observed between American and Brazilian isofemale lines, genetically variable; 4) there is strong evidence that T. pretiosum line introduced in Petrolina, PE, 22 years ago, brought from Palmira, Colombia, has established in that region.

A refeição de hospital é parte fundamental dos cuidados de pacientes.Uma dieta balanceada pode incentivar pacientes a comer de forma equilibrada dando-lhes os nutrientes que necessitam para se recuperarem em curto prazo de cirurgia ou doença. A irradiação gama é conhecida como o melhor método para destruir tanto os microrganismos patogênicos como os de deterioração, sem comprometer as propriedades nutricionais e a qualidade sensorial dos alimentos. Por conta disto, pode ser um método eficaz para elaboração de refeições apropriadas para pacientes imunodeprimidos. Neste trabalho, pratos prontos contendo arroz, carne grelhada e refogado de cenoura, foram submetidos a doses radapertizantes (30 kGy e 50 kGy) e armazenados a temperatura ambiente por até 90 dias. O tratamento controle permaneceu congelado pelo mesmo período. Os alimentos foram avaliados através de análises físico-química e microbiológicas por método molecular. O teor de umidade dos alimentos permaneceu inalterado por todo o período em todos os tratamentos. A irradiação provocou mudança de cor no arroz, favorecendo um tom amarelado e tornando-se ainda mais acentuado no decorrer do armazenamento. A cenoura teve a coloração caraterística vermelho-alaranjada reduzida com o tempo de armazenamento. No mesmo alimento, a irradiação reduziu o pH e o teor de carotenóides, ao passo que os compostos fenólicos decresceram durante o armazenamento. A carne grelhada conservou sua maciez, mas teve sua coloração alterada para uma tonalidade mais clara. Houve também uma pequena rancificação devido à radiação e também ao período de armazenamento. Por metodologia genônica, bactérias, com predominância dos gêneros Bacillus, Acinetobacter e Enterobacter, foram detectadas nos alimentos controle e até nos irradiados com a dose de 30 kGy. A dose de radiação segura para esterilização foi a de 50 kGy / Hospital food is an essential part of patient care. A good meal can encourage patients to eat well, giving them the nutrients they need to recover from surgery or illness. Gamma irradiation is well known to be the best method for destroying pathogenic and spoilage microorganisms without compromising the nutritional properties and sensory quality of the foods; it is also a method used for preparing foods for immunocompromised patients. In this work, ready-to-eat food containing rice, grilled meat and steamed carrot, was radappertizated with doses of 30 kGy and 50 kGy, and stored at room temperature for 90 days. The control treatment remained frozen for the same period. Analysis by physical-chemical molecular microbiological methods were used. The moisture of the foods remained unchanged through this period, in all treatments. Irradiation caused a yellowing of rice, which became more pronounced during the storage. The characteristic red-orange color of carrots was decreased during storage time. In the same food irradiation reduced the pH and content of carotenoids, while the phenolic compounds declined with the storage. Grilled meat retained its softness, but its color had/was changed to a lighter shade. There was also a small/some rancidity, due to radiation and also to the storage period. By genomic methodology, bacteria, predominantly of the genera Bacillus, Acinetobacter and Enterobacter, were detected in control and even in food irradiated with a dose of 30 kGy. The safe radiation dose for sterilization was 50 kGy.

O objetivo deste trabalho foi avaliar os indicadores de prognóstico para o mastocitoma canino, na tentativa de melhorar o tratamento oferecido aos animais acometidos por esta neoplasia. Foram analisados os parâmetros clínicos dos animais e do mastocitoma, parâmetros de evolução da doença e parâmetros histológicos, imunoistoquímicos, estereológicos e de expressão gênica. Para isso, 81 cães portadores de mastocitoma cutâneo foram submetidos à intervenção cirúrgica para excisão dos tumores. Após a operação os cães foram acompanhados e avaliados por um período mínimo de 12 meses para a colheita de dados sobre a evolução. Os tumores foram graduados por histopatologia, tiveram seus bordos investigados quando a eficiência da cirurgia e foram submetidos à imunomarcação com ki-67, c-kit. Destes, 20 casos passaram por avaliação estereológica, nos parâmetros volume total do tumor, densidade numérica, número total de mastócitos, volume de célula e de núcleo e a relação núcleo/célula. Além disso, 22 casos tiveram seus tumores quantificados quanto a expressão gênica de c-kit e do seu ligante. Os parâmetros clínicos avaliados foram: idade, sexo, raça, localização, tempo de evolução, tamanho do tumor, velocidade de crescimento, presença de ulceração, sangramento, eritema, temperatura, hiperpigmentação, consistência tumoral, base de inserção, abrangência de tecido, aderência a planos profundos, formato, superfície, presença de alopecia, número de tumores, além de investigar a presença de alteração em linfonodos, sinais clínicos e metástases e calcular a taxa de crescimento tumoral. Foram associados a piora do prognóstico os pacientes que apresentaram os parâmetros: animais idosos, presença de eritema, ulceração, aumento de temperatura, presença de aderência, superfície irregular, tumores firmes, crescimento rápido, presença de sinais clínicos e metástases. O diâmetro foi associado a maior taxa de óbito. As demais variáveis clínicas não foram associadas ao prognóstico. O grau histopatológico, a presença de sinais clínicos e metástase foram considerados marcadores preditivos independentes de recidiva e óbito, pela análise multivariada. Na avaliação por estereologia, as variáveis: volume do tumor e número total de mastócitos neoplásicos também foram associados à redução de sobrevida livre de recidiva, assim como uma maior porcentagem de núcleos imunomarcados com ki-67. A diminuição da expressão do ligante de c-kit, também conhecido como fator de crescimento do c-kit também foi associado aos eventos combinados óbito e recidiva. Os resultados demonstraram que mesmo parâmetros clínicos, de fácil investigação fornecem dados para a interpretação dos mastocitomas de grau intermediário, podendo oferecer melhor tratamento aos animais acometidos. Os parâmetros laboratoriais como imunomarcação com ki-67, parâmetros estereológicos podem ajudar a estabelecer uma nova classificação destes tumores que ficam à margem de classificação. Porém, mais uma vez a graduação preconizada por Patnaik e al. (1984) se mostrou de grande eficiência na previsão da evolução dos mastocitomas. As expressões gênicas de c-kit e seu ligante e a expressão por imunomarcação de c-kit devem ser melhores avaliadas e comparadas a análises de mutação destes genes. / The aim of this study was to evaluate prognostic markers for canine mast cell tumors to improve treatment options offered to animals affected by this cancer. We evaluated animals and clinical parameters of the tumors, parameters from clinical outcomes, and histological, immunohistochemical, stereological, and gene expression parameters. To this end, 81 dogs with cutaneous mast cell tumors underwent surgical excision of tumors. After surgery, the dogs were monitored and evaluated for a minimum of 12 months for the collection of outcome data. The tumors were graded histologically, had their surgical margins investigated regarding the efficacy of surgery, and were immunostained with Ki-67 and c-kit. Of these specimens, 20 cases underwent stereological assessment: total tumor volume, numerical density, total number of mast cells, cell and nucleus volume, and the nucleus/cell relationship were investigated. In addition, gene expression of c-kit and its ligand was measured in tumors from 22 cases. Examined clinical parameters included age, sex, breed, location, duration of evolution, tumor size, growth rate, presence of ulceration, bleeding, erythema, temperature, hyperpigmentation, tumor consistency, insertion base, range of tissues, adherence to deep levels, shape, surface, presence of alopecia, and number of tumors. We also investigated the presence of changes in lymph nodes, metastases, clinical signs and metastases. We observed that tumors with erythema, ulceration, increased temperature, adherence, irregular surface, solidity, rapid growth, presence of metastases and clinical signs were associated with worse prognostic. A larger tumor diameter was associated with a higher death rate. The other clinical variables were not associated with the prognosis. A multivariate analysis revealed that the histopathological grade and the presence of clinical signs and metastasis were independent predictive markers of the progression-free survival time. The stereological analysis indicated that a larger tumor volume, a larger total number of neoplastic mast cells, and a higher percentage of nuclei immunostained for Ki-67 were also associated with a reduced survival time and a higher recurrence rate. The reduction of c-kit ligand expression, also called the growth factor c-kit, was also associated with the death and recurrence rates. Our results demonstrate that clinical parameters that are easy to determine can provide useful data for assessing intermediate-grade mast-cell tumors and thereby be useful in determining better treatments for affected animals. Stereological parameters and laboratory parameters such as immunostaining for Ki-67 could help to establish a new classification of those tumors that are at the margin of existing classifications. However, the histopathological classification established by Patnaik et al. (1984) proved very efficient in predicting the evolution of mast-cell tumors. The gene expressions of c-kit and its ligand, and the KIT immunostaining should be further evaluated and compared in order to analyze mutations in these genes.

As MMPs são endopeptidases zinco dependentes que, em conjunto, podem degradar todos os componentes da MEC e gerar moléculas bioativas. São as principais responsáveis pelo remodelamento tecidual durante eventos fisiológicos normais como a embriogênese e organogênese e também em eventos patológicos como a invasão tumoral nos tecidos. As pesquisas na área de mineralização biológica têm buscado identificar os genes envolvidos nos mecanismos moleculares que regula o processo de ossificação endocondral. As MMPs e seus inibidores são responsáveis pelo controle da degradação desta matriz, como os inibidores teciduais das MMPs (TIMPs) e a proteína RECK, que, muito provavelmente, determinam o grau de remodelação da matriz extracelular. Desta forma, nosso objetivo foi delinear o perfil temporal e espacial da expressão das MMP-15/MT2-MMP, MMP-16/MT3- MMP, MMP-17/MT4-MMP, MMP-24/MT5-MMP e MMP-25/MT6-MMP durante a ossificação endocondral em embriões de camundongos e em animais recémnascidos através das técnicas de PCR em tempo real e imunohistoquímica. Por imunohistoquímica, nós não encontramos imunomarcação para a MMP-15/MT2- MMP em nenhum dos períodos analisados, apesar da padronização do anticorpo primário. Tanto a MMP-16/MT3-MMP quanto a MMP-24/MT5-MMP foram imunolocalizadas, principalmente, nos osteoblastos do fronte de ossificação da placa de crescimento. Para a MMP-17/MT4-MMP, durante a diferenciação condrocítica (E13) os condrócitos proliferativos foram imunocorados, bem como os condrócitos hipertróficos no centro da cartilagem do molde cartilaginoso (E14). Durante a invasão celular e vascular (E15), as células mesenquimais oriundas do colar ósseo, provavelmente pré-osteoblastos, foram imunocorados na cavidade medular primitiva e osteoblastos fronte de ossificação foram imunocorados, de E16 a PN1. Observamos para a MMP-25/MT6-MMP o mesmo padrão de imunomarcação das demais MT-MMPs, exceto no molde cartilaginoso, onde apenas as células do periósteo e pericôndrio foram imunocoradas, diferentemente da demais que foram localizadas apenas no centro do molde cartilaginoso. A análise da expressão dos transcritos para todas as MT-MMPs revelou o mesmo perfil de expressão, sendo alta durante a fase de diferenciação condrocítica (E13), tendo queda de expressão de E14 a E16. Em E16 há um aumento de expressão até E18 e, novamente, queda até E20 e pouca ou nenhuma expressão em PN7. Apesar deste perfil semelhante, houve uma expressão diferencial entre elas, sendo a MMP-15/MT2-MMP > MMP- 17/MT4-MMP > MMP-16/MT3-MMP > MMP-24/MT5-MMP > MMP-25/MT6/MMP. Os resultados obtidos mostram, pela primeira vez, que as MT-MMPs estão diferencialmente expressas durante a ossificação endocondral normal em camundongos, sugerindo que a atividade biológica destas enzimas esteja atuando na degradação da matriz extracelular pericelular tanto durante a fase de desenvolvimento quanto de formação óssea. / MMPs are zinc-dependent endopeptidases that, collectivelly, degrade all components of the ECM and generate bioactive molecules. They are able to remodelate the ECM during normal developmental processes such as embryogenesis and organogenesis, as well as in pathological processes such as tumoral invasion. The biological mineralization research looking for discovering the genes involved in the molecular mechanisms that control the endochondral ossification process. MMPs and their inhibitors (TIMPs and RECK) are responsable for bone matrix remodeling and, probably, determinate the level of its turnover. Thus, our goal was to evaluate the temporal-spatial expression of MMP-15/MT2-MMP, MMP-16/MT3-MMP, MMP-17/MT4-MMP, MMP-24/MT5-MMP, and MMP-25/MT6- MMP in mice embryos and newborns during endochondral ossification by Real Time PCR and immunohistochemistry. By immunohistochemistry, MMP-15/MT2-MMP signal was not detected. Both MMP-16/MT3-MMP and MMP-24/MT5-MMP were immunostained, mainly in osteoblasts at ossification front of growth plate. For MMP- 17/MT4-MMP, proliferative chondrocytes were immunopositive during chondrocyte differentiation (E13) as well as in hipertrophyc chondrocytes at the middle of cartilaginous template (E14). During cellular e vascular invasion (E15), mesenchymal cells from bone collar, probable pre-osteoblasts, were immunostained at primary bone marrow and osteoblasts at ossification front from E16 e PN1. For MMP- 25/MT6-MMP, perichondrial and periostal cellls were immunostained at cartilaginous template. All MT-MMPs evaluated showed the same transcript levels profile, being high in chondrocyte differentiation (E13), decreasing from E14 to E16. mRNA levels increased from E16 to E18 and, once more, decreasing from E18 to E20. Despite this profile, we observed difference levels: MMP-15/MT2-MMP > MMP-17/MT4-MMP > MMP-16/MT3-MMP > MMP-24/MT5-MMP > MMP-25/MT6/MMP. Our findings show, for the first time, that MT-MMPs are differentially expressed during normal endochondral ossification in mice, suggesting their biological activity act in pericellular extracellular matrix degradation in both development and bone formation.

A Terra Preta Antropogênica (TPA) é considerada um dos solos mais férteis do mundo e recebe essa denominação por ser originada da ação antrópica, provavelmente de populações pré-colombianas que viveram nestes sítios arqueológicos. O crescente aumento por agricultura sustentável torna a utilização de bactérias produtoras de antibióticos uma alternativa de controle para doenças de plantas. Pirrolnitrina (PRN) é um antibiótico que tem ampla atividade antimicrobiana produzida por várias estirpes de Burkholderia e Pseudomonas que foram isoladas de diferentes solos. Entretanto, não se tem conhecimento de isolados bacterianos de TPA que produzem PRN, assim com, sobre a ecologia e freqüência do gene para este antibiótico. A PRN é codificada por um operon composto por 4 genes sendo o gene prnD responsável por catalisar a oxidação que forma a pirrolnitrina. Neste trabalho, foi estudado o gene prnD através de métodos dependente e independente de cultivo. Foram utilizados isolados bacterianos para detectar o gene prnD através de PCR convencional e a identificação feita pelo seqüenciamento. As bactérias com amplificação positiva tiveram suas sequências do gene analisadas no programa MOTHUR o qual reuniu as em 10 grupos. Um representante de cada grupo foi empregado no teste de antagonismo contra o fitopatógeno Fusarium oxysporum. Amostras de solo de TPA e seus solos adjacentes foram coletados de dois sítios: Caldeirão Capoeira (floresta secundária por mais de 20 anos) e Cultivado (cultivado com mandioca por pelo menos 30 anos). Os DNAs totais das amostras de solo extraído foram usados como molde nas reações de PCR quantitativo em tempo real para verificar a abundância do gene prnD nas amostras de solo. Em amostras de solo também foi quantificado o gene 16S rRNA. No estudo dependente de cultivo, do total de 219 isolados (175 Burkholderia e 44 Pseudomonas), 60 isolados do gênero Burkholderia e 3 de Pseudomonas exibiram amplificação positiva. A análise filogenética do gene prnD mostrou que a maioria das seqüências obtidas deste estudo não agruparam com as seqüências do banco de dados do GenBank indicando que há diversidade do gene prnD nos isolados de solos amazônicos e que podem ser distintos dos descritos anteriormente. O teste de antagonismo demonstrou que isolados com potencial genético para produção de pirrolnitrina também são bioativos contra Fusarium oxysporum, apresentando forte atividade antimicrobiana. No estudo independente de cultivo, no sítio Caldeirão Cultivado, solo de TPA apresentou maior número de cópias do gene prnD e do gene 16S rRNA em relação ao solo ADJ. No sítio Caldeirão Capoeira, o solo adjacente apresentou maior quantidade do gene prnD (1,74x105 cópias/g solo) que o solo de TPA (2,48x104 cópias/ g de solo), no entanto, na TPA as bactérias totais foram mais abundante. Estes resultados evidenciam que a metodologia de PCR quantitativo em tempo real desenvolvida foi altamente sensível e específica permitindo a detecção de diferenças sensíveis e significativas entre os solos na quantificação do gene prnD. A abundância do gene prnD correlacionou significativamente com parâmetros químicos do solo tais como pH, fósforo, cálcio, magnésio e micronutrientes / Anthropogenic Dark Earth (ADE) is considered one of the world\'s most fertile soils and receives this name because it originated from human action, probably by pre-Columbian populations who lived in these archaeological sites. Because of the common trend in agriculture towards sustainability antibiotic-producing bacteria is an alternative for biocontrol to plant diseases. Pyrrolnitrin (PRN) is a broad-spectrum antibiotic produced by various strains of Burkholderia and Pseudomonas that have been isolated from different soils. However, little is known about PRN-producing bacteria screened from ADE, even as the ecology and frequency of pyrrolnitrin gene. PNR is encoded by an operon comprised by four genes and prnD gene is responsible for catalyze the oxidation to form pyrrolnitrin. In this work, we studied the gene prnD through culture dependent and independent methods. Conventional PCR were established to detect prnD gene in bacterial isolates screened in ADE and their adjacent soils (ADJ) and identification were done by sequencing. Based on the results generated by MOTHUR prnD sequences from isolates were grouped into 10 groups. A representative of each group was used in the test of antagonism against the plant pathogen Fusarium oxysporum. Soil samples of ADE and its adjacent soils were collected from two sites: Caldeirão Capoeira (secondary forest for over 20 years) and Caldeirão Cultivado (cultivated with cassava for at least 30 years). The total DNA extracted from soil samples was used as template in quantitative PCR reactions to determine the abundance of prnD gene. In soil samples was also quantified the 16S rRNA. In the study culture-dependent, in a total of 219 isolates (175 Burkholderia and 44 Pseudomonas), 60 isolates of Burkholderia and 3 Pseudomonas exhibited positive amplification for prnD gene. Phylogenetic analysis of prnD gene showed that most of the sequences obtained in this study grouped distinctly from sequences of the GenBank database. It indicates that there is diversity in prnD gene of isolates from amazonian soils and they may differ from those previous described. The antagonism test showed that isolates with genetic potential for production of pyrrolnitrin are also bioactive against Fusarium oxysporum, exhibiting strong antimicrobial activity. In culture-independent study, the site Caldeirão Cultivado, ADE soil showed higher copies number of prnD gene and 16S rRNA gene than in ADJ soil. At the site Caldeirão Capoeira, surrounding soil had a higher amount of prnD gene (1.74 x105 copies / g soil) than ADE soil (2.48 x104 copies / g soil), however, in ADE total bacteria was more abundant. These results show that the real-time PCR assay developed in this study was highly sensitive and specific enabling the detection of sensitive and significant differences between soils in the quantification of prnD gene. Soil variables such as pH, phosphorus, calcium, magnesium and micronutrients significantly correlated with abundance of prnD gene

A ressurgência da massa de Água Central do Altântico Sul (ACAS) é o principal processo oceanográfico de disponibilização de nutrientes na zona eufótica da plataforma continental sudeste do Brasil (PCSE). Isto gera um acréscimo na população de organismos autotróficos e consequente de heterotróficos que produzem e oxidam a matéria orgânica gerada. O que possibilita um aumento no fluxo de carbono e consequentemente a manutenção dos recursos pesqueiros na região durante o verão. A abundância de micro-organismos autotróficos e heterotróficos planctônicos e a relação destes com as massas de água da PCSE foram avaliadas no verão de 2013. Para o tal, os micro-organismos autotróficos, menores que 20 µm foram quantificados por citometria de fluxo. Foram realizadas análises de abundância do gene 16S de bactérias, archaeas e do clado Sar11 e a expressão dos genes rubisco e proteorodpsina por meio de PCR em tempo real. O valor médio obtido de micro-organismos autrotróficos, Prochlorococcus spp. e Synechococcus spp. foi de 15.151 e de 8.313 células.ml-1, respectivamente. E de bactérias heterotróficas de 7.4x105 células.ml-1. Em relação aos domínios, a distribuição de Bacteria ocorreu na superfície e de Archaea no fundo da região oceânica. Os resultados indicam que a distribuição dos micro-organismos ocorreu conforme as características físicas e a disponibilidade de nutrientes das massas de água. Bactérias heterotróficas foram abundantes em regiões costeiras provavelmente devido a maior disponibilidade de matéria orgânica, o que corrobora com o resultado encontrado de maior biomassa de carbono em região costeira. / The resurgence of South Atlantic Central Waters (ACAS) is the main oceanographic process that involves availability of nutrients in the photic zone of the southeast continental shelf in Brazil. This causes an increase in the population of autotrophs and heterotrophic organisms (that produce and oxidizes the organic matter). The carbon flux increase and consequently the maintenance of fish resource in the region during the 2013 summer. The abundance of autotrophic and heterotrophic planktonic microorganisms was evaluated and also was studied their relation with the masses of water of the continental shelf. Thus, autotrophic microorganisms, smaller than 20 microns were quantified by flow cytometry. Using real time PCR were analysed 16S abundance of bacteria, archaea and SAR11 clade and the expression of the rubisco and proteorhodopsin gene. Autotrophic microorganisms, Prochlorococcus spp. and Synechococcus spp. had a mean value of 15.151 and 8.313 cell.ml-1, respectively. Heterotrophic bacteria had a mean value of 7.4x105 cell.ml-1. In relation to the domains, the distribution of bacteria occurred in the surface and the Archaea in the deep of the ocean region. The results indicate that the distribution of micro-organisms occur as the physical characteristics and the availability of nutrients of water masses. Heterotrophic bacteria were abundant in coastal areas probably due to increased of organic matter, which corroborates the result of higher biomass carbon in coastal region.