O Epstein-Barr Vírus (EBV) é um vírus da família Herpes (HHV-4), presente em grande parte da população mundial. É o agente etiológico da mononucleose infecciosa e da leucoplasia pilosa. A leucoplasia pilosa é uma doença epitelial benigna associada ao EBV, caracterizada pela reprodução replicativa do EBV nas células do epitélio oral, e é uma das mais freqüentes lesões oportunistas em pacientes HIV positivos, sendo menos freqüente apenas que a candidíase, com uma prevalência média entre 10 % e 30%. Por ser uma lesão oportunista bucal fortemente relacionada com a infecção pelo HIV e com a imunossupressão, seu diagnóstico é importante, pois pode sugerir o diagnóstico da infecção em pacientes de sorologia desconhecida para o HIV, e auxiliar no estadiamento da doença. Sua detecção e correto diagnóstico são de particular importância por essa condição estar relacionada à capacidade imune do paciente. Além disso, em pacientes já diagnosticados, ela é indicadora da progressão da doença e da eficácia da terapia antirretroviral. O objetivo desse estudo foi avaliar a presença e a quantidade do EBV na saliva e no sangue de pacientes infectados pelo HIV atendidos no CAPE-FOUSP, verificar a presença clínica de leucoplasia pilosa, estabelecendo a possibilidade da existência de vínculo entre a carga viral do EBV, a manifestação clínica da lesão e a carga viral do HIV. Também se buscou estabelecer relação entre o tipo de terapia antirretroviral em uso e a presença de leucoplasia pilosa, bem como estabelecer relação entre a carga viral do EBV na saliva e no sangue. Foram analisadas 20 lesões de leucoplasia pilosa, num total de 94 pacientes avaliados. Foi encontrada uma correlação positiva entre a Carga Viral do EBV no sangue e na saliva (p=0,001). Quanto maior a carga viral no sangue, maior a carga viral na saliva. Foi encontrada associação entre a Carga Viral do EBV na saliva e a presença de Leucoplasia Pilosa (p=0,045). Indivíduos com Leucoplasia Pilosa apresentam maior Carga Viral de EBV na saliva do que indivíduos sem essa lesão. Foi encontrada uma correlação positiva entre a Carga Viral do HIV e a Carga Viral do EBV na saliva (p=0,006) porém não no sangue. Quanto maior a carga viral de HIV, maior a carga viral do EBV na saliva. Foi encontrada correlação positiva entre a Carga Viral do EBV no sangue e as contagens de CD4 mais baixa registrada e a mais atual (p=0,028 e p=0,030 respectivamente). Quanto maior Carga Viral do EBV no sangue, maior a contagem de CD4. Não foi encontrada associação entre o tipo de medicação antirretroviral em uso e presença de lesão de leucoplasia pilosa. / The Epstein-Barr Virus (EBV) is a herpes virus family (HHV-4), is present in great part of the world population. It is the causative agent of infectious mononucleosis and oral hairy leukoplakia. Oral hairy leukoplakia is a benign epithelial disease associated with EBV, which is characterized by the replicative reproduction of EBV in oral epithelial cells, and is one of the most frequent opportunistic lesions in HIV positive patients, only less frequent than candidiasis, with an average prevalence between 10% and 30%. Being an opportunistic oral lesion strongly associated with HIV infection and immunosuppression, its diagnosis is important, because it may suggests the diagnosis of infection in patients of unknown HIV serology, and assist in the staging of the disease. Its detection and correct diagnosis are particularly important because this condition is related to the patient\'s immune capacity. Moreover, in patients already diagnosed, it is indicative of disease progression and effectiveness of antiretroviral therapy. The aim of this study was to evaluate the presence and quantity of EBV in saliva and blood of HIV-infected patients treated at the CAPE-FOUSP, verifying the presence of clinical OHL, establishing the possibility of the existence of a link between viral load and EBV, clinical manifestation of the lesion, and HIV viral load. It was also aimed to establish the relationship between the type of antiretroviral therapy in use and the presence of oral hairy leukoplakia, as well as establish the relationship between viral load of EBV in saliva and blood. We analyzed 20 lesions of oral hairy leukoplakia, a total of 94 patients. Found a positive correlation between viral load of EBV in blood and saliva (p = 0.001). The higher the viral load in blood, the higher the viral load in saliva. Association was found between viral load of EBV in saliva and the presence of oral hairy leukoplakia (p = 0.045).Individuals with oral hairy leukoplakia have a higher viral load of EBV in saliva than those without such injury. Found a positive correlation between viral load and HIV viral load of EBV in saliva (p = 0.006) but not in blood. The higher the viral load of HIV, the higher the viral load of EBV in saliva. A positive correlation was found between viral load of EBV in blood and CD4 counts the lowest recorded and most current (p = 0.028 and p = 0.030 respectively). The higher viral load of EBV in blood, increased CD4 count. No association was found between the type of antiretroviral medications in use and presence of oral hairy leukoplakia lesions.

A migração da citricultura paulista das regiões norte e central para a região sudoeste, tem submetido a cultura à clima mais chuvoso e, consequentemente, à maior ocorrência da podridão floral dos citros (PFC). A PFC, cujo agente causal é C. acutatum, induz a abscisão de frutos jovens e pode causar perdas de 100%. Alguns componentes do monociclo dessa doença ainda encontram-se indefinidos. Os processos de sobrevivência e colonização têm sido sustentados por evidências oriundas de experimentos não conclusivos. Até o momento, os métodos de detecção não têm sido eficazes para detectar o patógeno em folhas assintomáticas de citros, além de não serem capazes de quantificá-lo. Diante dessas lacunas, esse trabalho buscou avaliar o período de sobrevivência do patógeno na superfície de folhas assintomáticas entre as floradas; verificar se o patógeno coloniza os tecidos das folhas de citros; estabelecer um método sensível para detecção e quantificação de C. acutatum e C. gloeosporioides na superfície foliar e; monitorar quantitativamente os patógenos em campos de produção de citros no Estado de São Paulo. A sobrevivência do patógeno foi avaliada em condições controladas, casa de vegetação e condições ambientais. Foi notado que o patógeno sobreviveu até sete meses em condições controladas, até dez meses em casa de vegetação e até seis meses sob condições ambientais. Chuvas regulares associadas ao molhamento foliar prolongado, auxiliaram na manutenção e sobrevivência do inóculo na superfície foliar. O processo de colonização do patógeno foi investigado por microscopia de luz, transmissão e confocal. Não foi observada colonização do patógeno em tecidos foliares. O peg de penetração proveniente dos apressórios penetrou a cutícula e ficou restrito numa camada péctica, acima da parede periclinal da epiderme. Diferentes métodos foram avaliados para a detecção e quantificação de C. acutatum e C. gloeosporioides em folhas de citros. Foi desenvolvida uma PCR em tempo real (qPCR) e uma PCR multiplex em tempo real (qPCR multiplex), ambas específicas e altamente sensíveis à detecção dos patógenos. O DNA da planta não influenciou na amplificação da qPCR. As qPCR foram muito mais sensíveis que a PCR convencional e Nested-PCR. Distintos métodos para processamento das amostras e para obtenção do DNA foram avaliados. O método do congelamento e a maceração do tecido foliar, foram os mais eficazes para o processamento da amostras e, a extração do DNA (CTAB ou Qiagen) foi melhor método de obtenção do DNA para quantificação dos patógenos. O spot e extração do DNA foram validados para a detecção dos patógenos tanto para a qPCR quanto para a qPCR multiplex. O monitoramento dos patógenos foi realizado em áreas localizadas em duas distintas regiões do Estado de São Paulo. Foi notado considerável aumento na quantidade de inóculo quando ocorreram chuvas regulares, com muitos dias com chuvas. O inóculo se concentrou no interior da copa em épocas com baixo volume de chuvas. A quantidade de inóculo de C. acutatum na área localizada em Santa Cruz do Rio Pardo foi consideravelmente maior que na área de Barretos e ambas apresentaram quantidades similares de C. gloeosporioides. / The migration of the citrus culture in São Paulo State from the northern and central regions to the south-western region submitted the culture to a wetter climate and, consequently, a higher incidence of postbloom fruit drop (PFD). PFD, whose causal agents are C. acutatum and C. gloeosporioides, induces the abscission of young fruits and can causes loss of 100% of the culture. Some monocycle components of this disease are still undetermined. The survival and colonization processes are supported by evidences from inconclusive experiments. To date, the detection methods have not been effective in detecting and quantifying the pathogen in asymptomatic citrus leaves. This study aimed to assess the survival period of C. acutatum on the surface of asymptomatic leaves between the flowering seasons, to verify whether the pathogen colonizes the tissues of citrus leaves of citrus, to establish a sensitive method for detection and quantification of C. acutatum and C. gloeosporioides on leaves surface and to monitor quantitatively the pathogens in citrus orchards in the State of São Paulo in Brazil. The survival of the pathogen was evaluated under controlled conditions, in a greenhouse and in environmental conditions. The pathogen survived for seven months under controlled conditions, ten months in a greenhouse and six months under environmental conditions. Regular rainfall associated with the prolonged leaf wetness favored the maintenance and survival of the inoculum on the leaf surface. The colonization process of the pathogen was investigated by light, confocal and transmission microscopy. Pathogen colonization was not observed on leaf tissues. The penetration peg from appressoria penetrated the cuticle and was restricted in a pectic layer on the periclinal epidermal wall. Different methods were evaluated for the detection and quantification of C. acutatum and C. gloeosporioides on leaves of citrus plants. It was developed a realtime PCR (qPCR) and a real-time multiplex PCR (qPCR multiplex), both specific and highly sensitive in the detection of pathogens. The plant DNA did not influence the qPCR amplification. The qPCRs were much more sensitive than the conventional PCR and Nested-PCR. Different methods for sample processing and for DNA extraction were evaluated. The freezing and maceration methods of foliar tissue were the most effective for sample processing and the DNA extraction (CTAB or Qiagen) was best method for extracting the DNA for pathogen quantification. The Spot and DNA extraction were validated for the detection of pathogens for both qPCR and multiplex qPCR. The monitoring of pathogens was carried out in two separate regions of the State of São Paulo in Brazil. It was observed a considerable increase in the number of inoculum when regular rainfall occurred, with many rainy days. The inoculum was concentrated within the tree canopy in seasons with low volume of rainfall. The number of inoculum of C. acutatum the at region of Santa Cruz do Rio Pardo was considerably higher than in the region of Barretos and both showed similar amounts of C. gloeosporioides.

O objetivo deste trabalho foi avaliar os indicadores de prognóstico para o mastocitoma canino, na tentativa de melhorar o tratamento oferecido aos animais acometidos por esta neoplasia. Foram analisados os parâmetros clínicos dos animais e do mastocitoma, parâmetros de evolução da doença e parâmetros histológicos, imunoistoquímicos, estereológicos e de expressão gênica. Para isso, 81 cães portadores de mastocitoma cutâneo foram submetidos à intervenção cirúrgica para excisão dos tumores. Após a operação os cães foram acompanhados e avaliados por um período mínimo de 12 meses para a colheita de dados sobre a evolução. Os tumores foram graduados por histopatologia, tiveram seus bordos investigados quando a eficiência da cirurgia e foram submetidos à imunomarcação com ki-67, c-kit. Destes, 20 casos passaram por avaliação estereológica, nos parâmetros volume total do tumor, densidade numérica, número total de mastócitos, volume de célula e de núcleo e a relação núcleo/célula. Além disso, 22 casos tiveram seus tumores quantificados quanto a expressão gênica de c-kit e do seu ligante. Os parâmetros clínicos avaliados foram: idade, sexo, raça, localização, tempo de evolução, tamanho do tumor, velocidade de crescimento, presença de ulceração, sangramento, eritema, temperatura, hiperpigmentação, consistência tumoral, base de inserção, abrangência de tecido, aderência a planos profundos, formato, superfície, presença de alopecia, número de tumores, além de investigar a presença de alteração em linfonodos, sinais clínicos e metástases e calcular a taxa de crescimento tumoral. Foram associados a piora do prognóstico os pacientes que apresentaram os parâmetros: animais idosos, presença de eritema, ulceração, aumento de temperatura, presença de aderência, superfície irregular, tumores firmes, crescimento rápido, presença de sinais clínicos e metástases. O diâmetro foi associado a maior taxa de óbito. As demais variáveis clínicas não foram associadas ao prognóstico. O grau histopatológico, a presença de sinais clínicos e metástase foram considerados marcadores preditivos independentes de recidiva e óbito, pela análise multivariada. Na avaliação por estereologia, as variáveis: volume do tumor e número total de mastócitos neoplásicos também foram associados à redução de sobrevida livre de recidiva, assim como uma maior porcentagem de núcleos imunomarcados com ki-67. A diminuição da expressão do ligante de c-kit, também conhecido como fator de crescimento do c-kit também foi associado aos eventos combinados óbito e recidiva. Os resultados demonstraram que mesmo parâmetros clínicos, de fácil investigação fornecem dados para a interpretação dos mastocitomas de grau intermediário, podendo oferecer melhor tratamento aos animais acometidos. Os parâmetros laboratoriais como imunomarcação com ki-67, parâmetros estereológicos podem ajudar a estabelecer uma nova classificação destes tumores que ficam à margem de classificação. Porém, mais uma vez a graduação preconizada por Patnaik e al. (1984) se mostrou de grande eficiência na previsão da evolução dos mastocitomas. As expressões gênicas de c-kit e seu ligante e a expressão por imunomarcação de c-kit devem ser melhores avaliadas e comparadas a análises de mutação destes genes. / The aim of this study was to evaluate prognostic markers for canine mast cell tumors to improve treatment options offered to animals affected by this cancer. We evaluated animals and clinical parameters of the tumors, parameters from clinical outcomes, and histological, immunohistochemical, stereological, and gene expression parameters. To this end, 81 dogs with cutaneous mast cell tumors underwent surgical excision of tumors. After surgery, the dogs were monitored and evaluated for a minimum of 12 months for the collection of outcome data. The tumors were graded histologically, had their surgical margins investigated regarding the efficacy of surgery, and were immunostained with Ki-67 and c-kit. Of these specimens, 20 cases underwent stereological assessment: total tumor volume, numerical density, total number of mast cells, cell and nucleus volume, and the nucleus/cell relationship were investigated. In addition, gene expression of c-kit and its ligand was measured in tumors from 22 cases. Examined clinical parameters included age, sex, breed, location, duration of evolution, tumor size, growth rate, presence of ulceration, bleeding, erythema, temperature, hyperpigmentation, tumor consistency, insertion base, range of tissues, adherence to deep levels, shape, surface, presence of alopecia, and number of tumors. We also investigated the presence of changes in lymph nodes, metastases, clinical signs and metastases. We observed that tumors with erythema, ulceration, increased temperature, adherence, irregular surface, solidity, rapid growth, presence of metastases and clinical signs were associated with worse prognostic. A larger tumor diameter was associated with a higher death rate. The other clinical variables were not associated with the prognosis. A multivariate analysis revealed that the histopathological grade and the presence of clinical signs and metastasis were independent predictive markers of the progression-free survival time. The stereological analysis indicated that a larger tumor volume, a larger total number of neoplastic mast cells, and a higher percentage of nuclei immunostained for Ki-67 were also associated with a reduced survival time and a higher recurrence rate. The reduction of c-kit ligand expression, also called the growth factor c-kit, was also associated with the death and recurrence rates. Our results demonstrate that clinical parameters that are easy to determine can provide useful data for assessing intermediate-grade mast-cell tumors and thereby be useful in determining better treatments for affected animals. Stereological parameters and laboratory parameters such as immunostaining for Ki-67 could help to establish a new classification of those tumors that are at the margin of existing classifications. However, the histopathological classification established by Patnaik et al. (1984) proved very efficient in predicting the evolution of mast-cell tumors. The gene expressions of c-kit and its ligand, and the KIT immunostaining should be further evaluated and compared in order to analyze mutations in these genes.

A ulceração aftosa recorrente (UAR) é considerada a doença ulcerativa mais frequente da cavidade bucal. Sua etiopatogenia ainda não está plenamente esclarecida, embora inúmeros fatores locais e sistêmicos já tenham sido a ela associados. Recentemente, a resposta imune anormal do tipo celular tem sido considerada a responsável pela lesão bucal na UAR, favorecendo uma resposta imunológica pró-inflamatória do tipo Th1, em conjunto com alterações em linfócitos T regulatórios. Sendo assim, o objetivo do presente estudo foi realizar análise da expressão gênica da FOXP3, MIP-3? e Interleucinas 2, 10 e 35 em pacientes com ulceração aftosa recorrente, por meio de estudo caso-controle. Os pacientes do grupo caso apresentavam quadros frequentes de UAR com pelo menos um ano de manifestação de surtos ulcerativos e história negativa de condições sistêmicas ou locais interferentes com a expressão das UAR. Estes foram submetidos a biópsia de lesão ulcerativa recente para a análise molecular. Os pacientes do grupo controle apresentavam história negativa de UAR, mucosa clinicamente saudável, e doaram voluntariamente fragmento de mucosa saudável para análise molecular, quando submetidos a procedimentos cirúrgicos como exodontia de terceiros molares ou biópsias ósseas. Todos os pacientes foram incluídos no grupo de pesquisa apenas após anuência com termo de consentimento livre e esclarecido. Submeteram-se a exame clínico, realizaram exames complementares para controle da saúde geral e suporte diagnóstico. Onze pacientes UAR e três controles voluntários compuseram a casuística estudada, sendo submetidos a biópsia de lesões de UAR ou de mucosa de revestimento sadia. As amostras de tecido bucal foram submetidas aos procedimentos laboratoriais de extração do RNA e análise da expressão gênica da FOXP3, MIP-3? e Interleucinas 2, 10 e 35 por meio da técnica de RT-PCR em tempo real. Não houve diferença significativa na expressão dos genes estudados entre as amostras de portadores de UAR e controles sadios. Concluímos que os genes aqui avaliados não parecem desempenhar papel distintivo na fase ulcerativa inicial das UAR, entretanto estudos adicionais são recomendados a fim de se verificar a real participação desses agentes da inflamação na expressão da doença. / Recurrent aphthous ulcers (RAU) is the most common ulcerative disease of the oral cavity. Its pathogenesis is poorly understood yet, although numerous local and systemic factors have been associated with it. Recently, abnormal immune response of cellular type has been considered responsible for the RAU oral lesions, promoting a pro-inflammatory immune response Th1-type, in conjunction with changes in regulatory T cells. Thus, the aim of this study was to analyze the gene expression of FOXP3, MIP-3? and interleukins 2, 10 and 35 in patients with recurrent aphthous ulceration through a case-control study. The case group of patients presented frequent RAU bouts with at least one year of manifestation of ulcerative outbreaks and negative history of local or systemic conditions interfering with the RAU expression. These patients were submitted to a biopsy procedure of a recent ulcerative lesion for molecular analysis. Patients in the control group presented no history of RAU, and agreed with a donation of a healthy mucosa fragment for molecular analysis when undergoing surgical procedures such as extraction of third molars or bone biopsies. All patients were included in the research group only after agreement with an informed consent. All subjects underwent clinical examination and were submitted to additional lab tests to check overall health and support diagnosis. Eleven RAU patients and three control volunteers composed the sample size and undergone biopsy of RAU lesions or healthy mucosal lining. The oral tissue samples were submitted to the laboratory procedures of RNA extraction and analysis of gene expression of FOXP3, MIP-3? and interleukins 2, 10, 35 by real time RT-PCR. There was no significant difference in gene expression between the studied samples of patients with RAU and healthy controls. It was concluded that the genes evaluated do not seem to play distinctive role in the initial ulcerative phase of RAU, however further studies are recommended in order to verify the actual participation of these inflammation agents in RAU expression.

A Esclerose Lateral Amiotrófica (ELA) é uma doença crônica, progressiva e neurodegenerativa causada pela morte dos neurônios motores. O diagnóstico destes pacientes pode levar até 12 meses para acontecer, sendo que estes vão à óbito entre 3-5 anos do início dos sintomas. Há, porém, grande variabilidade de quadro clínico, com alguns pacientes falecendo com menos de 1 ano do início dos primeiros sinais, e outros que sobrevivem por décadas. A identificação da ELA8, causada por uma mutação missense no gene VAPB (c.C166T, p.P56S), tem contribuído significativamente com o conhecimento dos mecanismos moleculares por trás da ELA. A literatura recente tem evidenciado que a diminuição dos níveis de VAPB está presente em modelos celulares e murinos da doença, e também em amostras de pacientes, sugerindo que esta proteína teria papel central na doença e uma contribuição significativa para a morte dos neurônios motores. O presente trabalho buscou três objetivos principais: (1) o diagnóstico molecular através de um painel de sequenciamento de nova geração que inclui os genes SOD1, FUS, TARDBP, SETX, SPG11, FIG4 e VAPB; (2) a avaliação dos níveis de RNAm de VAPA, VAPB e EPHA4 em pacientes de ELA8, controles familiares e outros pacientes de ELA, com o intuito de investigar possíveis papéis destes genes na doença; e por fim, (3) o desenvolvimento de um ensaio quantitativo para as proteínas VAPA, VAPB e VAPC baseado em cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas em tandem (LC-MS/MS), para a posterior avaliação de VAPB como possível biomarcador em ELA, e de suas isoformas VAPA e VAPC como modificadores da doença. Para a análise genômica, foram avaliados 67 pacientes, sendo que 31 (ou 46%) apresentaram a mutação c.C166T em VAPB; 4 pacientes (6%) em SOD1, sendo que um destes apresentou uma mutação também em FIG4; 1 paciente (1.5%) foi identificado uma mutação patogênica em FUS; outro, duas mutações deletérias em trans em SPG11. Os níveis de RNAm de VAPB, VAPA e EPHA4 não são estatisticamente distintos entre pacientes e controles; porém, os níveis de EPHA4 estavam significativamente elevados em dois pacientes de início bulbar da doença. Para o desenvolvimento do método quantitativo por LC-MS/MS, foram escolhidos 8 peptídeos inequívocos para análise, estabelecidos dos parâmetros de corrida, e desenvolvidos dois padrões internos (linhagens SILAC e VAPB recombinante) para a quantificação. Esta ferramenta desenvolvida poderá auxiliar não apenas os estudos moleculares que envolvem os mecanismos por trás ELA8, responsável por uma elevada taxa dos casos familiais brasileiros, mas também poderá determinar o potencial de VAPB como biomarcador para Esclerose Lateral Amiotrófica / Amyotrophic Lateral Sclerosis is a chronic, progressive neurodegenerative disorder caused by the death of motor neurons. Diagnosis can take up to 12 months, with no molecular marker to expedite this process. In this scenario, patients die within 3 to 5 years of symptom onset, although a large clinical variability is seen, with severe patients dying less than one year after onset, and others surviving for decades. The identification of ALS8, caused by a missense mutation in the VAPB gene (c.C166T; p.P56S), has contributed significantly to the knowledge of molecular mechanisms behind ALS. Recent literature has evidenced that the decrease of VAPB levels is present in cellular and murine models, and also in patient samples, suggesting a central role in motor neuron death in ALS. The present work sought three main objectives: (1) a molecular diagnosis through a NGS sequencing panel including the SOD1, FUS, TARDBP, SETX, SPG11, FIG4 and VAPB genes; (2) analyze the expression levels of VAPA, VAPB and EPHA4 in patients, family controls and other forms of ALS, in order to investigate their possible roles in ALS8; and (3) the development of a targeted quantitative mass spectrometry based assay, gold standard in protein quantification due to its precision and sensitivity, for the VAPA, VAPB and VAPC proteins, seeking the analysis of VAPB as a potential biomarker in ALS and of its isoform\'s potential roles as modifiers in the disease. The genomic analyses revealed that out of 67 patients, 31 presented the ALS8 mutation in VAPB, 4 patients (6%) presented a mutation in SOD1, with one patient carrying a second mutation in FIG4; 1 (1.5%) patient was identified with a pathogenic mutation in FUS; and another presented two pathogenic mutations in trans in the SPG11 gene. Thus, we were able to diagnose over half of the patients included in this study with a panel of only 7 genes. VAPB, VAPA and EPHA4 mRNA levels are not statistically different between patients and controls; however, EPHA4 was shown to be highly elevated in two bulbar-onset non-ALS8 patients. For the development of the LC-MS/MS targeted assay, 8 surrogate peptides were chosen for analysis, run parameters were established, and two internal standards for quantification were developed (SILAC cell lines and recombinant VAPB). This tool will prove to be useful not only towards elucidating the molecular mechanisms behind ALS8, one of the most prevalent forms of familial ALS in Brazil, but also to determine VAPB\'s potential as a biomarker for ALS

Teak tree (Tectona grandis L.f.) has a high value in the timber trade for fabrication of woody products due to its extraordinary qualities of color, density and durability. Despite the importance of this species, genetic and molecular studies available are limited. Also, the lack of molecular information about secondary xylem and tree maturation has hindered genetic exploration of teak. Therefore, gene expression studies and transcriptomic profiling are essential to explore wood formation and lignin biosynthesis through the development and aging of vascular plants. Aiming the gene expression studies, it was essential to identify and clone reference genes for teak. Eight genes were tested, commonly used in qRT-PCR, including TgRP60S, TgCAC, TgACT, TgHIS3, TgSAND, TgTUB, TgUBQ and TgEF1a. Expression profiles of these genes were evaluated by qRT-PCR in six tissue and organ samples (leaf, flower, seedling, root, stem and branch secondary xylem). Stability validation by NormFinder, BestKeeper, geNorm and Delta Ct programs showed that TgUBQ and TgEF1a are the most stable genes to use as qRT-PCR reference genes in teak in the conditions tested. Due to the availability of 12- and 60-year-old teak trees, RNA-seq was performed in diferent organs (seedlings, leaves, flowers, root, stem and branch secondary xylem). A total of 462,260 transcripts were obtained by assembling with \"Trinity\" software. Also, 1,502 and 931 genes differentially expressed were identified for stem and branch secondary xylem, respectively, using DESeq program, and MYB transcription factors, which were characterized. TgMYB1 amino acid sequence displayed a predicted coiled-coil (CC) motif while TgMYB2, TgMYB3 and TgMYB4 showed R2R3-MYB domain. All of them were phylogenetically grouped with several gymnosperms and flowering plants. High expression of TgMYB1 and TgMYB4 in lignified tissues of 60-year-old trees was observed. In this work, the Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase (CAD) gene family was also studied. One complete (TgCAD1) and three partial (TgCAD2 to TgCAD4) members were characterized. The four enzymes presented residues for catalytic and structural zinc action, NADPH binding and substrate specificity, consistent with the mechanism of alcohol dehydrogenases. TgCAD3 and TgCAD4 were highly expressed in young and mature sapwood and seem to be duplicated and highly related with lignin biosynthesis. Tree genetic improvement, marker-assisted selection and plant transformation seem to be promising lines of research for the data obtained from this research. This is the first study addressing gene characterization and expression, phylogeny and transcriptomic profiling in teak. / A árvore de teca (Tectona grandis L.f.) tem alto valor no comércio de madeira para a fabricação de produtos lenhosos, devido às suas qualidades extraordinárias de cor, densidade e durabilidade. Apesar da importância desta espécie, são poucos os estudos genéticos e moleculares disponíveis. Também, a falta de informação molecular sobre xilema secundário e maturação da árvore tem dificultado a exploração genética de teca. Assim, estudos de expressão gênica e perfis transcricionais são relevantes para explorar a formação da madeira e a biossíntese de lignina durante o desenvolvimento e envelhecimento das plantas vasculares. Visando os estudos de expressão gênica, foi essencial identificar e clonar genes de referencia para a teca. Foram testados oito genes comumente usados em qRT-PCR, TgRP60S, TgCAC, TgACT, TgHIS3, TgSAND, TgTUB, TgUBQ e TgEF1a. Perfis de expressão destes genes foram avaliados por qRT-PCR em seis amostras de tecidos e órgãos (folhas, flores, plântulas, raiz, xilema secundário de caule e ramo). A validação da estabilidade pelos programas NormFinder, BestKeeper, geNorm e Delta CT mostrou que TgUBQ e TgEF1a são os genes mais estáveis para usar como genes de referência em teca nas condições testadas. Em virtude da disponibilidade de árvores de teca de diferentes idades, entre 12 e 60 anos, foi realizado o RNAseq de diferentes órgãos (plântulas, folhas, flores, raiz, ramos e caules de árvores de 12 e 60 anos). Obteve-se um total de 462.260 transcritos pela montagem com o software \"Trinity\". Foram identificados 1.502 e 931 genes diferencialmente expressos para xilema secundário de caule e ramo, respectivamente, utilizando o programa DESeq e fatores de transcrição MYB, que foram posteriormente caracterizados. A sequência de aminoácidos do TgMYB1 exibiu um motivo \"coiled-coil\" (CC), enquanto TgMYB2, TgMYB3 e TgMYB4 mostraram domínio R2R3-MYB. Todos eles foram filogeneticamente agrupados com várias gimnospermas e angiospermas. Observou-se alta expressão do TgMYB1 e TgMYB4 em tecidos lignificados de árvores de 60 anos de idade. Neste trabalho também foi estudada a família gênica Cinamil álcool desidrogenase (CAD). Foi caracterizado um membro completo (TgCAD1) e três parciais (TgCAD2 a TgCAD4). As quatro enzimas apresentaram resíduos de ação catalítica e estrutural de zinco, de ligação ao NADPH e de especificidade de substrato, em conformidade com o mecanismo conservado de álcool desidrogenases. TgCAD3 e TgCAD4 foram altamente expressos no alburno jovem e maduro e parecem estar duplicados e relacionados com a biossíntese de lignina. O melhoramento genético de árvores, a seleção assistida utilizando marcadores moleculares e a transformação de plantas parecem ser linhas promissoras de pesquisa, a partir dos dados obtidos nesta pesquisa. Este é o primeiro estudo sobre caracterização e expressão gênica, filogenia e perfis transcricionais em teca.

Na cidade de São Paulo, cerca de 50 mil pessoas são portadoras do HTLV-1. O HTLV-1 é o agente causador da paraparesia espástica tropical/mielopatia associada com o HTLV-1 (TSP/HAM) e os mecanismos desta patogênese são obscuros. A TSP/HAM é considerada uma doença imuno-mediada e algumas citocinas, podem estar associadas, com a desmielinização da membrana de mielina da coluna espinhal, provavelmente, estimuladas pela presença de antígenos virais. A PCR em tempo real é uma técnica utilizada para a detecção de citocinas e apresenta maior sensibilidade na expressão de mRNA e carga proviral do HTLV-1. Objetivos: Detecção de citocinas pelas técnicas sorológicas e de biologia molecular (PCR em tempo real) que auxiliaram no aconselhamento e avaliação de pacientes infectados pelo HTLV-1, além de uma avaliação da carga proviral dos pacientes com infecção pelo HTLV-1. Casuística: Grupo I: indivíduos soronegativos para HCV, HIV-1 e HTLV-1 (Controle); Grupo II: pacientes HTLV-1 assintomáticos; Grupo III: pacientes com TSP/HAM. Observamos que o INF-<font face=\"symbol\">g apresenta-se alterado na infecção HTLV-1, sendo um dos fatores mais importantes da evolução para TSP/HAM, ambos os ensaios apresentaram o mesmo resultado. A carga proviral pode ser um marcador de progressão para a TSP/HAM. A interação complexa existente entre o HTLV-1 e as células responsáveis pela liberação de citocinas e <font face=\"symbol\">b-quimiocinas pró-inflamatórias, assim como elementos de ativação celular, resultam na ativação imunológica. Isto, lentamente, pode levar ao processo inflamatório crônico que atua diretamente no micro ambiente neuronal e/ou membrana de mielina da coluna espinhal, em alguns portadores de HTLV-1. Com a persistente ativação do sistema imunológico, este processo provocará destruição das células gliais e dos neurônios, dando início ao processo de desmielinização. / In São Paulo, about 50 thousand people are HTLV-1 carriers. HTLV-1 is the agent that causes tropical spastic paraparesis and HTLV-1 associated myelopathy (TSP/HAM) despite the mechanisms of this disease are still unclear. TSP/HAM is considered an immune mediated illness and some cytokines might be involved with axonal damage and demyelination, most pronounced in the midthoracic spinal cord, probably stimulated by the presence of viral antigens. Real Time PCR is a used technique to cytokine detection and shows higher sensitivity on mRNA expression and HTLV-1 proviral load. Objectives: cytokine detection through molecular biology (Real time PCR) and serologic techniques that helped on advising and assessment of HTLV-1 infected patients and also on their proviral load. Casuistic: Group I: seronegative individuals for HCV, HIV-1 and HTLV-1 (control); Group II: asymptomatic HTLV-1 infected patients; Group III: TSP/HAM patients. We\'ve been observed that <font face=\"symbol\">g-interferon presents changing on the HTLV-1 infection, being one of the most important factors to TSP/HAM progression, both essays showed the same results. The proviral load may be an important marker for TSP/HAM development.

Introdução:Até 60% das mulheres com endometriose apresentam como sintoma a infertilidade. Entretanto, os mecanismos envolvidos ainda permanecem não totalmente esclarecidos, especialmente quando não há distorção da anatomia pélvica. A etiologia multifatorial e comprometimento poligênico nesta doença têm sido amplamente aceitos. A aromatase é uma molécula das mais estudadas e há evidências de aumento da expressão do seu gene no endométrio eutópico e ectópico na endometriose. Esta enzima, codificada pelo gene CYP19A1, converte andrógenos a estrógenos e está presente normalmente nas células da granulosa, onde é fundamental para a produção esteroidogênica intrafolicular. Estudos in vitropor cultivo de células da granulosa, mostraram redução da atividade da aromatase em mulheres com endometriose. Devido à escassez de estudos que analisem a expressão do seu gene (CYP19A1) nessas células foi o que estimulou a proposta deste estudo. Este trabalho tem porobjetivo medir a expressão do gene da aromatase por PCR em tempo real nas células da granulosa luteinizadas murais de mulheres com endometriose submetidas a técnicas de reprodução assistida. Pacientes e Métodos: Estudo caso-controle, com 11 mulheres com endometriose e 11 com os fatores tubáreo ou masculino de infertilidade,submetidas à hiperestimulação ovariana controlada (HOC) para reprodução assistida, num total de 12 ciclos para o grupo com endometriose e 11 para o controle. Não houve diferença entre as características clínicas dos dois grupos quanto à idade e parâmetros do ciclo de HOC. As células da granulosa murais foram coletadas de folículos pré-ovulatórios maduros no dia da captação oocitária e isoladas. Posteriormente, procedeu-se à extração do RNA (clorofórmio/ isopropanol) e à transcrição reversa. A PCR em tempo real foi realizada para quantificar os níveis de RNA mensageiro produzidos para o gene da aromatase, normalizados aos produtos do gene endógeno, ß-actina (expressão relativa). Todos os experimentos foram realizados em duplicata. Resultados: não houve diferença na expressão do gene CYP19A1 nas células da granulosa luteinizadas murais de mulheres com endometriose quando comparadas ao grupo controle (p>0,05; Mann Whitney), mesmo na comparação combinada considerando-se separadamente os diferentes graus de endometriose (controle vs. endometriose mínima/leve vs. endometriose moderada/grave, p>0,05;Kruskall Wallis). Conclusão:Os resultados deste estudo sugerem que a aromatase apresenta um mecanismo complexo de controle para sua expressão gênica nas células da granulosa e, apesar de evidências prévias de sua reduzida atividade nessas células na endometriose, a expressão de seu gene parece não estar afetada pela doeça, de acordo com o presente estudo. / Background: Up to 60% of women with endometriosis have infertility symptoms. However, mechanisms remain unclear, mainly when there is no distortion of pelvic anatomy. The multifactorial etiology and polygenic involvement of this disease have been widely accepted. Aromatase is one of the most studied molecules and there are evidences of increased expression of its gene (CYP19A1) on eutopic and ectopic endometrium in endometriosis. This enzyme, codified by the CYP19A1 gene, converts androgens to estrogens and is normally present in granulosa cells, where it plays an essential role for the intrafollicle steroidogenic production. In vitrostudies by granulosa cells culture have demonstrated reduced aromatase activity in women with endometriosis. The scarcity of studies assessing expression of the aromatase gene (CYP19A1) on these target cells stimulated the proposal of this research. The aim of this study is to quantify aromatase gene expression, by real-time PCR, in mural lutein-granulose cells of women with endometriosis undergoing assisted reproduction techniques. Patients and Methods: a case-control study was conducted on 11 women with endometriosis and 11 with male or tubal causes of infertility submitted to ovarian hyperstimulation (HOC), with a total of 12 cycles for endometriosis and 11 for the control group. There was no difference between the groups regarding age or HOC parameters. Mural lutein-granulosacells were harvested from pre-ovulatory follicles during oocyte retrieval and properly isolated. Later, RNA extraction (clorophorm/isopropanol) and reverse transcription were performed. Real-time PCR was run to quantify RNAm products of aromatase gene normalized to those from the control gene, beta-actin (relative expression). All experiments were carried out in duplicate. Results: there was no difference between the groups regarding the gene expression of CYP19A1 (aromatase) gene on mural lutein-granulosa cells (p>0.05, Mann Whitney), even if we consider separately the different stages of endometriosis (control vs. minimal/mild vs. moderate/severe, p>0.05, Kruskall Wallis). Conclusion: These results suggest that aromatase may have a complex control of its gene expression on granulosa cells and, despite of previous evidences showing its reduced activity on these target cells in endometriosis, the gene expression seems not affected by the disease, according to this study.

Neozygites floridana is an important natural enemy of Tetranychus urticae in many crops, including strawberry. In this crop there has been some changes in the production system from open field to low tunnel. This new system presents benefits to strawberry production, moreover this system increases problems with spider mites and some fungal plant pathogens; consequently increasing the use of pesticides. In order to integrate N. floridana in the management of spider mites in strawberry there are still many important aspects to be revealed on the biology, epizootiology of the fungus and the effect of crop systems on its prevalence in the field. For this, three studies were performed, being the first one about the effect of strawberry production systems (low tunnel and open field) and pesticide application on population dynamics of two-spotted spider mite T. urticae, its natural enemies (N. floridana and predatory mites), and plant diseases, the experiment was performed in Inconfidentes-MG. The population of T. urticae attained the highest level in treatments with chemical control of pest, independently of the crop system, low tunnel or open field. The fungus N. floridana was observed late in both crop seasons, in treatments with and without inoculative releases, and has suggested that it might be a natural occurrence of the fungus. The highest prevalence of the fungus were observed in treatments with high densities of T. urticae. The predatory mites occurred naturally during the two crop seasons, and the most abundant species was Neoseiulus anonymus (Chant) (57.5%). The incidence of fungal plant diseases are greater in the open field than in low tunnel, however it seems that the crop system do not affect the new disease \"vermelhao\". The second study aimed to reveal the abiotic and biotic factors involved in the regulation of resting spores formation in the hosts T. urticae and T. evansi. The Brazilian isolate ESALQ1420 produced a large number of resting spores (51.5%) in T. urticae at a temperature 11 °C, photoperiod of 10L:14D, light intensity of 42-46 (?mol m-2s-1), on non-senescent plants. Small percentages of mites with resting spores (0-5 %) were found for the Norwegian isolate NCRI271/04 under the conditions tested, and very low percentages of resting spores (up to 1%) were observed in T. evansi infected by the Brazilian isolate ESALQ1421.The third study was therefore conducted phylogenetic analysis of isolates of N. floridana and develops efficient real-time PCR-based analysis for detection and quantification of N. floridana propagules from the soil. The phylogenic three showed that Neozygites is a fungal group far from other Entomophthoromycota and that N. floridana present high intra-specific variability. This data indicates that the isolates from different Tetranychus species may be in fact different Neozygites species, not described yet. We developed a real-time PCR probe for detection and quantification of N. floridana in the soil. This molecular probe was successful in quantifying N. floridana at relatively high DNA concentrations seeded into the soil. / Neozygites floridana é um importante inimigo natural de Tetranychus urticae em diversas culturas, incluindo morango. Nesta cultura tem havido uma mudança no sistema de produção, passando de cultivo em campo aberto para túnel baixo. Este novo sistema apresenta benefícios na produção de morango, no entanto pode aumentar problemas com ácaros fitófagos e algumas doenças fúngicas, consequentemente aumentando o uso de agrotóxicos. Para a integração de N. floridana no manejo de ácaros fitófagos em morango, existem ainda muitos aspectos importantes a serem conhecidos sobre a biologia, epizootiologia do fungo e efeito dos sistemas de cultivo sobre a sua prevalência em campo. Para isso três estudos foram realizados, sendo o primeiro estudo sobre o efeito de sistemas de produção de morango (túnel baixo e campo aberto) e da aplicação de agrotóxicos sobre a dinâmica populacional do acaro rajado T. urticae, seus inimigos naturais (N. floridana e ácaros predadores) e doenças de plantas, o experimento foi realizado em Inconfidentes-MG. A população de T. urticae atingiu altos níveis em tratamentos com controle químico de pragas, independente do sistema de cultivo, túnel baixo ou campo aberto. O fungo N. floridana foi observado no final de ambos os ciclos de cultivos, nos tratamentos com e sem liberações inoculativas, sugerindo que houve incidência natural do fungo. As maiores prevalências do fungo foram observadas em tratamentos com altas densidades de T. urticae. Os ácaros predadores ocorreram naturalmente durante os dois ciclos de cultivo, sendo Neoseiulus anonymus (Chant) a espécie mais abundante (57.51%). A incidência de doenças fúngicas foi maior em campo aberto do que em túnel baixo, no entanto parece que o sistema de cultivo não afetou a incidência da nova doença vermelhão. No segundo estudo objetivou-se conhecer os fatores abióticos e bióticos envolvidos na formação de esporos de resistência nos hospedeiros T. urticae e Tetranychus evansi. O isolado brasileiro ESALQ1420 produziu um grande número de esporos de resistência (51.5%) em T. urticae, a uma temperatura de 11 ° C, fotoperíodo de 10F:14E, intensidade de luz de 42-46 (?mol m-2s-1), em plantas senescentes. Pequenas percentagens de ácaros com esporos de resistência (0-5%) foram encontrados para o isolado Norueguês NCRI271/04 sob as condições testadas, e muito baixas percentagens de esporos de resistência (ate 1%) foram observados em T. evansi infectados pelo isolado brasileiro ESALQ1421. O terceiro estudo objetivou analisar filogeneticamente os isolados de Neozygites patogênicos a ácaros, e desenvolver ferramenta utilizando PCR em tempo real para a detecção e quantificação de propágulos de N. floridana a partir do solo. A arvore filogenética mostrou que Neozygites e um grupo de fungos distante dos demais Entomophthoromycota, e que estes fungos apresentaram alta variabilidade intraespecífica entre isolados de N. floridana. Estes resultados indicam que isolados provenientes de diferentes espécies hospedeiras do gênero Tetranychus podem ser de fato diferentes espécies de Neozygites não descritas ainda. Desenvolveu-se uma sonda molecular para detecção e quantificação de N. floridana no solo utilizando PCR em tempo real. Esta sonda foi eficiente na quantificação de N. floridana, em concentrações relativamente altas de DNA inoculado no solo.

A produção animal atualmente conta com diferentes biotecnologias para aumentar sua produtividade, incluindo técnicas aplicadas na reprodução. A inseminação artificial, por exemplo, vem sendo aplicada há muitos anos e de maneira extensiva. Esta tem como objetivo o aproveitamento de apenas um ejaculado em diversas prenhezes viabilizando a realização de testes de progênies e um grande aproveitamento de touros melhoradores. Atualmente essa técnica pode contar com um material ainda mais específico, o sêmen sexado que possui maior porcentagem (acima de 87%) de espermatozóides portadores de cromossomo X ou Y resultando numa progênie com o sexo predeterminado. A pré-seleção do sexo vem sendo estudada desde final dos anos 70, uma das linhas de pesquisa resultaram no desenvolvimento de um equipamento, o citômetro de fluxo, em que a célula espermática tem seu conteúdo de DNA estimado e, na seqüência é orientado para separação. Atualmente essa técnica é utilizada para produção de sêmen sexado comercialmente, anteriormente à comercialização do produto, a confirmação da taxa de separação dos cromossomos X e Y é realizada pelo próprio equipamento, o que acrescenta um custo operacional e pode introduzir um viés na confirmação da taxa de sexagem. Sendo assim o objetivo desse trabalho foi elaborar um protocolo de confirmação da taxa de sexagem mediante PCR em tempo real, utilizando sonda TaqMan® em regiões dos genes X-específico (PLP) e Y-específico (SRY). Foram analisadas duas sub-espécies de bovinos (Bos primigenius taurus e Bos primigenius indicus), sendo 21 doses de sêmen sexado X, 21 doses de sêmen sexado Y e 42 doses de sêmen não sexado (controle). A extração do DNA foi desenvolvida com a utilização de di-etiltreitol (DTT) e isotiocianato de guanidina. As amostras foram, em seguida, submetidas à técnica de PCR em tempo real aplicando sondas específicas. Foi possível amplificar os fragmentos específicos dos cromossomos X e Y separadamente e em conjunto e estimar a proporção relativa entre ambos. Todavia a repetibilidade do teste e sua acurácia não permitem recomendá-lo da maneira que se encontra para a aplicação na prática. / There are different biotechnologies to apply to increase the animal production nowadays, reproduction techniques are including. The artificial insemination (AI), for example, is a technique very used during many years ago and it is used at extensive production. The aim of this technique is to increase the numbers of pregnancies with just one ejaculation what will propose easier testing of offspring and better use of genetic selected bulls. At present the AI can associate a more specific material, the sexed semen, that contains a higher percentage (more than 87%) of X- or Y- bearing spermatozoa. Its application will result in a offspring with the desired sex. The sorting sex process has been studied since the 1970\'s, since then, some researchers have determined the cytometric sexing flow, a \"promising technique\" that allows the separation of the X-bearing chromosome sperm from the Y-bearing chromosome sperm based on the estimation of the DNA content in each measured cell. The cytometric flow is the unique commercial technique applied for mammalian species in many countries. Before the commercialization the bovine sexed semen has its percentage of the desired sex confirmed by using the same technique that sorted at the beginning of the process. This point can improve the cost and benefits the sorting technique. This way, the objective of this study was to determine a protocol of sex proportion confirmation by real time PCR using TaqMan® probe at X-specific gene (PLP) and Y-specific gene (SRY). Two subspecies of cattle semen were analyzed (Bos primigenius taurus and Bos primigenius indicus). Twenty-one sexed semen for female, other twenty-one sexed semen for male and forty-two non sexed semen were used in this research. The DNA extraction used DTT and guanidine isothiocyanate, and then the obtained samples were used to the real time PCR applying specific probes. This study allows the amplification in different reactions of specific products of X-chromosome bearing and Y-chromosome bearing. Putting the results together, it was possible to determine the relative proportion between the products. But the repeatability and accuracy of the test don\'t permit use this technique in this way of practice.