Made available in DSpace on 2015-04-01T12:09:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1738258 bytes, checksum: 9ea7722b27270b8d6f33deb6238bb982 (MD5) Previous issue date: 2010-12-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Streptococcus mutans is the main etiologic agent of dental caries, especially due to its ability to adhesion to the tooth surface. This bacterium produces glycosyltransferases that synthesize polymers of soluble and insoluble glucan from sucrose, which increases the colonization of cariogenic bacteria and promote the formation of biofilm on the surface of the teeth. Chlorhexidine is the most frequent topical antibiotic used in dentistry and is considered standard in the various dental specialties, but there are few studies on this drug at the molecular level. The aim of the present study was to investigate the antibacterial activity of chlorhexidine gluconate against in vitro planktonic and biofilm Streptococcus mutans cells in a dose- and timedependent manner. The minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) of chlorhexidine in planktonic cells and MBC in biofilms were determined by microdilution method. Total S. mutans RNA from either planktonic cells or biofilms exposed or non-exposed (controls) to chlorhexidine were extracted, purified and reversely transcribed to cDNA. Real-time reverse transcription- PCR was used to quantify the relative levels of 16S rRNA, gtfB, gtfC and gtfD transcription of S. mutans in the presence of CHX. The activity of CHX in the initial biofilm structure for 2 and 4 h and morphological alterations in planktonic cells, under a range of CHX concentrations, was examined by Scanning Electron Microscopy (SEM). CLX MIC and MBC for planktonic cells were 2.2 mg/L and 18 mg/L, respectively, while MBC for biofilm was 800 mg/L. Planktonic cells exposed to CLX 4.5 mg/L and 9 mg/L were reduced almost by 6- and 20-fold, whereas biofilm counts were reduced (2.5-fold or more) in concentrations above 500 mg/L. In planktonic cells, exposition to CHX 4.5 mg/L increased gtfC and gtfD expression by 11-fold and 4-fold (p<0.01), respectively. In biofilm, expression of gtfB, gtfC and gtfD were reduced (<1.6-fold p<0.01) at concentrations above 500mg/L. Cell surfaces did not show any change when planktonic cells were exposed to CHX at 4.5 mg/L for 2 or 4h, but after 6 h, several wilted S. mutans cells with lost intracellular material could be observed. A decrease in the cells chain length and matrix was found when the initial biofilm was exposed from 1.1 mg/L to 4.5 mg/L of CHX, while 1200 mg/L and 2000 mg/L caused extensive precipitation of unknown material on the slide. Thus, we conclude that the CHX effects against bacteria depend on the kind of growth organization and the concentration/time of exposure to the drug. CHX may affect cell walls and intervene with mechanisms of the biofilm formation, and at sub-lethal concentrations, affect the expression of gtfs, which may exert an anticariogenic effect. / Streptococcus mutans é o principal agente etiológico da cárie dentária, especialmente devido à sua habilidade de adesão à superfície dentária. Esta bactéria produz glicosiltransferases, que sintetizam polímeros de glicano solúveis e insolúveis a partir da sacarose, que aumentam a colonização de bactérias cariogênicas e promovem a formação de biofilme dental na superfície dos dentes. A clorexidina é o antimicrobiano tópico mais utilizado na Odontologia, sendo considerado padrão nas diversas especialidades odontológicas, porém existem poucos estudos com esta droga em nível molecular. O objetivo do presente estudo foi investigar a atividade do gluconato de clorexidina em Streptococcus mutans UA159, plantônicos e organizados em biofilme, em diferentes concentrações e períodos de crescimento. A Concentração Inibitória Mínima (MIC) e a Concentração Bactericida Mínima (MBC) da clorexidina nas células plantônicas e MBC em biofilmes, foram determinadas pelo método da microdiluição. O RNA total das S. mutans plantônicos e organizados em biofilme, expostos ou não (controles) à clorexidina foram extraídos, purificados e reversamente transcritos a Cdna. O PCR quantitativo em tempo real foi utilizado para quantificar os níveis relativos de transcrição dos genes 16S rRNA, gtfB, gtfC e gtfD de S. mutans na presença ou ausência de clorexidina. A atividade da clorexidina na estrutura do biofilme inicial de 2 e 4h, e as alterações morfológicas nas células plantônicas, sobre concentrações variadas, foi examinada por Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV). A MIC e a MBC para células plantônicas foram 2,2 mg/L e 18 mg/L, respectivamente, e a MBC para os biofilmes foi de 800 mg/. A exposição à clorexidina, nas concentrações de 4,5 mg/L e 9 mg/L, reduziu a contagem das células plantônicas por 6 e 20 vezes, respectivamente, enquanto a contagem das células do biofilme foram reduzidas (2,5 vezes ou mais) em concentrações acima de 500 mg/L. Nas células plantônicas, a exposição a 4.5 mg/L de CHX, aumentou a expressão das gtfC e gtfD por 11 e 4 vezes (p<0.01), respectivamente. Em biofilme, a expressão das gtfB, gtfC e gtfD foram reduzidas (<1,6 x, p<0.01) em concentrações acima de 500 mg/L. As superficies celulares aparentemente não mostraram modificação quando as células plantônicas foram expostas às concentrações de 4,5 mg/L por 2 ou 4h, mas depois de 6h, várias células murchas de S. mutans com material intracelular extravasado, foram observadas. Um decréscimo no comprimento das cadeias das células e também da matriz foram encontradas quando os biofilmes iniciais foram expostos a 1,1 mg/L e 4,5 mg/L de clorexidina, enquanto as concentrações de 1200 mg/L e 2000 mg/L causaram extensa precipitação de material desconhecido nas lamínulas. Assim, concluiu-se que os efeitos da clorexidina contra S. mutans dependem do tipo de organização celular, período de crescimento e concentração utilizada da droga. A clorexidina pode afetar a parece celular e interferir com mecanismos de formação do biofilme e, em concentrações subletais, reduz a expressão de algumas gtfs, o que pode exercer um efeito anticariogênico.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA12MA039.pdf: 1003613 bytes, checksum: 404c897431edca3b3b58de72b6b39864 (MD5) Previous issue date: 2012-05-25 / Swine Eperitrozoonosis, (ES) caused by Mycoplasma suis, is an infectious disease of the red blood cells and causing a variety of reproductive disorders, since, as the birth of weak piglets and stillborn, and productive as the occurrence of clinical disease, performance degradation, increase in feed conversion and immunosuppression. Some cases may even lead to death from anemia. In the farms, the disease can be asymptomatic or cause fever, anemia, jaundice and poor appetite. The ES control is accomplished with the use of tetracyclines, which are now restricted in use in accordance with European legislation. Currently, the diagnosis of ES is made by clinical suspicion and or by using blood smears that are less sensitive and less specific. The aim of this study was to evaluate de Mycoplasma suis presence through the use of a PCR with internal control (CIA) and a quantitative Real Time PCR in farms with reproductive disorders. The place of performance was Embrapa Swine and Poultry in Concordia, SC. The sample consisted of 80 sows and 230 fetal necropsies performed on 27 farms with reproductive disorders in the states of Santa Catarina and Paraná. Were collected from each sow blood and tissues of two piglets and they were aborted, stillborn, mummified or unfeasible. After necropsy tissues were stored in sterile plate at -70&#61616;C for future DNA extraction. Had no detectable DNA of the infectious agent in the blood of neither the sows nor the fetal tissues analyzed by PCR. The CIA developed was amplified in all reactions. Real-time PCR has detected M. suis in 17% of the sows and 40, 74% of farms had at least one positive sow / A Eperitrozoonose Suína (ES), causada pelo Mycoplasma suis, é uma doença infecciosa das hemácias e que causa uma série de transtornos, desde reprodutivos, como o nascimento de leitões fracos e natimortos, e produtivos, como a ocorrência de doença clínica, queda de desempenho, aumento na conversão alimentar e imunossupressão. Alguns casos ainda podem levar à morte por anemia. Nas granjas a enfermidade pode ser assintomática ou ainda causar febre, anemia, icterícia e inapetência. O controle da ES é realizado com as tetraciclinas, as quais hoje se encontram em uso restrito de acordo com a legislação européia. Atualmente o diagnóstico da ES é realizado pela suspeita clínica eou pela utilização de esfregaços sanguíneos que são pouco sensíveis e pouco específicos. O objetivo do presente trabalho foi realizar estudo da ocorrência da ES em granjas com transtornos reprodutivos com o uso das técnicas de PCR com controle interno (CIA) e de PCR quantitativo em Tempo Real. O local de execução foi a Embrapa Suínos e Aves de Concórdia, SC. Foram avaliadas 80 porcas e 230 fetos de necropsias realizadas em 27 granjas com problemas reprodutivos no estado de SC e PR. De cada porca foram coletados sangue e tecidos de dois leitões abortados, natimortos, inviáveis ou mumificados. Após a necropsia os tecidos foram armazenados em placa estéril a -70 &#61616;C para futura extração de DNA. Não foram detectados DNA do agente infeccioso no sangue das porcas, tampouco dos tecidos fetais analisados no PCR . O CIA desenvolvido foi amplificado em todas as reações. No PCR em Tempo Real houve 17% de porcas positivas e 40,74% das granjas tiveram ao menos uma porca reagente

Resumo: O teor protéico da semente de soja pode chegar a 42%, o que demanda uma alta quantidade de nitrogênio. Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum são bactérias fixadoras de nitrogênio que estabelecem uma simbiose com a soja convertendo o nitrogênio atmosférico em amônia, que é o composto assimilável pela planta. A maximização desta simbiose em termos de produtividade são alcançados por meio da inoculação com estirpes de bradirrizóbios, através de inoculantes comerciais. O objetivo deste trabalho consistiu em enumerar células bacterianas de inoculantes de 1, 2 e 4 anos a partir da data de fabricação e avaliar a sobrevivência das células em sementes de soja em 4, 24 e 48 h após inoculação. Os resultados de contagem das unidades formadoras de colônias (UFC) foram confrontados com a técnica de quantificação absoluta por PCR (reação em cadeia da polimerase) em tempo real (qaPCR). Os números foram coerentes em ambas as técnicas em relação à proporção nos tempos de inoculação e nos inoculantes em análise, porém a qaPCR apresentou melhor acurária e rapidez nos resultados, detectando as células incultiváveis. As células resistiram sob dessecação até t=24 h, com queda considerável em todos os inoculantes após 48 h sob dessecação. Provavelmente esta queda é resultado de alteração bioquímica e fisiológica de seu metabolismo, dispondo de mecanismos defensivos às condições adversas para sua sobrevivência. A enumeração por qaPCR pode ser usada como prova, em casos de variação encontrada na quantificação por diferentes laboratórios, considerando que o método por UFC apresenta muitas variáveis e não incluem células viáveis não cultiváveis (VBNC). O fato do estado fisiológico dos rizóbios em inoculantes ser bastante variável ao longo do período de armazenamento, a enumeração celular seja pelo método de plaqueamento... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Soybean grains contain up 42% of protein, so this crop requires high amounts of nitrogen for plant development. Bradyrhizobium elkanii and Bradyrhizobium japonicum are nitrogen fixing bacteria that establish symbiosis with soybean, converting the atmospheric nitrogen into ammonia that is the assimilable inorganic nitrogen compound for the plant. The optimization of this symbiosis and the success of biological nitrogen fixation (BNF) are reached by inoculating the seeds with strains of bradyrhizobia, using commercial inoculants. The aim of this work consisted in the enumeration of bacterial cells of inoculants 1, 2, and 4 years old counting from the date of manufacture and in the evaluation of surviving cells under desiccation in soybean seeds after 4h, 24h, and 48 h. The results of counting of the colony forming colonies (CFU) were correlated with those of obtained using absolute quantification by PCR (realtime PCR qaPCR). The values were coherent in both the techniques in relation to the ratio in times of inoculation and the inoculants properly. However, qaPCR was quicker and more occurat; and also allowed detection of the non-culturable cells. The cells resisted under desiccation until t=24 h, with considerable fall in all the inoculants after 48h under desiccation. This was probably due to by biochemical and physiological changes in its metabolism, making use of defensive mechanisms to the adverse conditions for its survival. qaPCR enumeration could be used as a proof when variation in cell counting by different laboratories occurs. Considering that CFU based method present a lot of variables and do not account live cells in viable but non culturable (VBNC). The fact of the physiological state in rhizobia inoculants be sufficiently changeable throughout the storage period, the cellular enumeration for both methods do not reveal real state of the biological system in question... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Jackson Antônio Marcondes de Souza / Coorientadora: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / Banca: Emanuel Maltempi de Souza / Mestre

Introdução: O gênero Acinetobacter representa um importante patógeno relacionado a infecções hospitalares, principalmente, à pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV). O aumento de isolados de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos (ABRC) representa um problema mundial, pois limita drasticamente as opções terapêuticas. A produção da carbapenamase OXA-23, uma β-lactamase da classe D de Ambler, representa o principal mecanismo responsável por esta resistência em nosso país. Objetivo: O presente estudo tem como objetivo padronizar a técnica de PCR em tempo real (qPCR) para a detecção do gene blaOXA-23 diretamente de aspirados traqueais (ATs) de pacientes com suspeita de pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV) de unidades de tratamento intensivo (UTIs). Métodos e resultados: O DNA das amostras de ATs coletadas de pacientes em ventilação mecânica foi analisado pela técnica de qPCR, utilizando o SYBR green, para a detecção do gene blaOXA-23. Dentre os 20 ATs analisados, ABRC foi isolado em 10, A. baumannii sensível aos carbapemêmicos (ABSC) em 3 e 7 foram negativos na culura bacteriológica. O gene blaOXA-23 foi detectado tanto na colônia quanto no AT em 8 das 10 amostras de ABRC. Em uma amostra não houve detecção do gene por qPCR em nenhum dos materiais e em outra amostra houve detecção só no AT. Dos ABSC, em duas amostras não houve detecção do gene na colônia e no AT enquanto que em uma amostra o gene foi detectado somente no AT. Em nenhuma das amostras de ATs negativas na cultura foi detectado o gene. Conclusão: O estudo sugere que a técnica qPCR pode ser aplicada para a detecção do gene blaoxa-23 diretamente de amostras de AT, reduzindo assim, o tempo para o início de uma terpia antimicrobiana adequada e melhorando, consequentemente, o desfecho clínico deste pacientes. / Background: The genus Acinetobacter is an important pathogen associated with nosocomial infections mainly ventilator-associated pneumonia (VAP). The increasing of carbapenemresistant Acinetobacter baumannii (CRAB) isolates is a worldwide concern since it limits drastically the range of therapeutic alternatives. The OXA-23 producing, a carbapenemhydrolysing class D β-lactamase, is the major mechanism responsible for CRAB in our country. Objective: The study objective is to develop a real time PCR (qPCR) to detect the Acinetobacter baumannii blaOXA-23 gene directly in endotracheal aspirate (ETA) of patients under mechanical ventilation, with suspected ventilator-associated pneumonia (VAP). Methods and Results: DNA extracted from ETA samples from patients under mechanical ventilation was analyzed by qPCR, using SYBR green, for the presence of blaOXA-23 gene. Among the 20 ETAs examined, CRAB isolates were recovered in 10 quantitative cultures; carbapenem-susceptible A. baumannii (CSAB) in 3 and 7 cultures were negative to A. baumanni. Of the 10 CRAB, 8 were positive for blaOXA-23 on both the colony and ETA. In one blaOXA-23 qPCR was negative in colony and directly from ETA, while the other showed a qPCR negative result in the colony and positive in the ETA. In 3 CSAB, 2 samples showed negative results in colony and ETA and one showed a blaOXA-23 positive result only from the ETA. None of the 7 negative ETAs were positive for blaOXA-23 gene in the qPCR of the ETA. Conclusion: Our study suggests that qPCR can be applied to detect the presence of blaOXA-23 gene directly from ETAs reducing the time to an earlier initiation of appropriate therapy improving, consequently, the clinical outcomes for these patients.

abstract: Continuous monitoring in the adequate temporal and spatial scale is necessary for a better understanding of environmental variations. But field deployments of molecular biological analysis platforms in that scale are currently hindered because of issues with power, throughput and automation. Currently, such analysis is performed by the collection of large sample volumes from over a wide area and transporting them to laboratory testing facilities, which fail to provide any real-time information. This dissertation evaluates the systems currently utilized for in-situ field analyses and the issues hampering the successful deployment of such bioanalytial instruments for environmental applications. The design and development of high throughput, low power, and autonomous Polymerase Chain Reaction (PCR) instruments, amenable for portable field operations capable of providing quantitative results is presented here as part of this dissertation. A number of novel innovations have been reported here as part of this work in microfluidic design, PCR thermocycler design, optical design and systems integration. Emulsion microfluidics in conjunction with fluorinated oils and Teflon tubing have been used for the fluidic module that reduces cross-contamination eliminating the need for disposable components or constant cleaning. A cylindrical heater has been designed with the tubing wrapped around fixed temperature zones enabling continuous operation. Fluorescence excitation and detection have been achieved by using a light emitting diode (LED) as the excitation source and a photomultiplier tube (PMT) as the detector. Real-time quantitative PCR results were obtained by using multi-channel fluorescence excitation and detection using LED, optical fibers and a 64-channel multi-anode PMT for measuring continuous real-time fluorescence. The instrument was evaluated by comparing the results obtained with those obtained from a commercial instrument and found to be comparable. To further improve the design and enhance its field portability, this dissertation also presents a framework for the instrumentation necessary for a portable digital PCR platform to achieve higher throughputs with lower power. Both systems were designed such that it can easily couple with any upstream platform capable of providing nucleic acid for analysis using standard fluidic connections. Consequently, these instruments can be used not only in environmental applications, but portable diagnostics applications as well. / Dissertation/Thesis / Ph.D. Electrical Engineering 2013

O recente crescimento da produção de organismos geneticamente modificados (OGM) no mundo tem demandado novas políticas de controle de plantio e comercialização de produtos alimentícios produzidos com ingredientes GM. Vários aspectos influenciam a análise de detecção e quantificação de OGM em alimentos, e em última instância, o monitoramento e atendimento à legislação e rotulagem. Este estudo se propôs a avaliar três destes aspectos, através da metodologia de análise de PCR em tempo real: a degradação de DNA e a presença adventícia de culturas GM e não-GM, ambas decorrentes da produção e processamento dos grãos em matérias-primas e produtos para consumo, bem como os planos de amostragem existentes para coleta de material alimentício destinado às análises de OGMs. Resultados demonstraram que os processos de fabricação degradam o material genético em diferentes graus em algumas matrizes de alimentos, viabilizando ou não, a análise por PCR em tempo real. Na cadeia de manufatura de subprodutos de soja, milho, arroz e trigo, 45% das amostras apresentaram detecção para uma cultura diferente da principal, sendo 44% deste total, GM. A adoção de metodologias de análise que se restringem à detecção de poucos genes-alvo, ou aplicadas somente a amostras compostas de soja ou milho, já não são mais suficientes para o rastreamento e quantificação dos alimentos contendo matérias-primas geneticamente modificadas. O plano de amostragem proposto foi representativo e delineado sob medida para avaliação de bebida à base de soja produzida em escala industrial, porém mais matrizes necessitam ser testadas para uma avaliação global das estratégias de amostragem. / The recent increase in genetically modified organisms (GMO) production is requiring new control policies for cultivation and commercialization of food products containing GM ingredients. There are many factors that can influence detection and quantification of GMO ingredients in food products, and these can ultimately influence the monitoring, labeling and legislation observance. In this work, we intended to evaluate three of these factors, using real-time PCR analysis method: DNA degradation; adventitious presence of GM and non-GM cultures, both caused by grain production and raw materials and finished products processing; and the available sampling plans for the collection of food material for GM analysis. Results in some food matrices showed that the manufacturing processes can degrade the genetic material in different degrees, allowing or not, the real-time PCR analysis. Regarding the soya beans, maize, rice and wheat manufacturing chains, 45% of the samples presented positive detection for a secondary crop, of which 44% were GM. The adoption of analysis methodologies restricted to a few target-genes, or applied solely to samples composed by soya or maize is simply not enough for tracking and quantification of food containing GM raw material. The sampling plan was representative and fit-for-purpose for one tested soya-based beverage and produced in industrial scale, however, more lots and matrices need to be analyzed for a global evaluation of the sampling strategies.

Neozygites floridana is an important natural enemy of Tetranychus urticae in many crops, including strawberry. In this crop there has been some changes in the production system from open field to low tunnel. This new system presents benefits to strawberry production, moreover this system increases problems with spider mites and some fungal plant pathogens; consequently increasing the use of pesticides. In order to integrate N. floridana in the management of spider mites in strawberry there are still many important aspects to be revealed on the biology, epizootiology of the fungus and the effect of crop systems on its prevalence in the field. For this, three studies were performed, being the first one about the effect of strawberry production systems (low tunnel and open field) and pesticide application on population dynamics of two-spotted spider mite T. urticae, its natural enemies (N. floridana and predatory mites), and plant diseases, the experiment was performed in Inconfidentes-MG. The population of T. urticae attained the highest level in treatments with chemical control of pest, independently of the crop system, low tunnel or open field. The fungus N. floridana was observed late in both crop seasons, in treatments with and without inoculative releases, and has suggested that it might be a natural occurrence of the fungus. The highest prevalence of the fungus were observed in treatments with high densities of T. urticae. The predatory mites occurred naturally during the two crop seasons, and the most abundant species was Neoseiulus anonymus (Chant) (57.5%). The incidence of fungal plant diseases are greater in the open field than in low tunnel, however it seems that the crop system do not affect the new disease \"vermelhao\". The second study aimed to reveal the abiotic and biotic factors involved in the regulation of resting spores formation in the hosts T. urticae and T. evansi. The Brazilian isolate ESALQ1420 produced a large number of resting spores (51.5%) in T. urticae at a temperature 11 °C, photoperiod of 10L:14D, light intensity of 42-46 (?mol m-2s-1), on non-senescent plants. Small percentages of mites with resting spores (0-5 %) were found for the Norwegian isolate NCRI271/04 under the conditions tested, and very low percentages of resting spores (up to 1%) were observed in T. evansi infected by the Brazilian isolate ESALQ1421.The third study was therefore conducted phylogenetic analysis of isolates of N. floridana and develops efficient real-time PCR-based analysis for detection and quantification of N. floridana propagules from the soil. The phylogenic three showed that Neozygites is a fungal group far from other Entomophthoromycota and that N. floridana present high intra-specific variability. This data indicates that the isolates from different Tetranychus species may be in fact different Neozygites species, not described yet. We developed a real-time PCR probe for detection and quantification of N. floridana in the soil. This molecular probe was successful in quantifying N. floridana at relatively high DNA concentrations seeded into the soil. / Neozygites floridana é um importante inimigo natural de Tetranychus urticae em diversas culturas, incluindo morango. Nesta cultura tem havido uma mudança no sistema de produção, passando de cultivo em campo aberto para túnel baixo. Este novo sistema apresenta benefícios na produção de morango, no entanto pode aumentar problemas com ácaros fitófagos e algumas doenças fúngicas, consequentemente aumentando o uso de agrotóxicos. Para a integração de N. floridana no manejo de ácaros fitófagos em morango, existem ainda muitos aspectos importantes a serem conhecidos sobre a biologia, epizootiologia do fungo e efeito dos sistemas de cultivo sobre a sua prevalência em campo. Para isso três estudos foram realizados, sendo o primeiro estudo sobre o efeito de sistemas de produção de morango (túnel baixo e campo aberto) e da aplicação de agrotóxicos sobre a dinâmica populacional do acaro rajado T. urticae, seus inimigos naturais (N. floridana e ácaros predadores) e doenças de plantas, o experimento foi realizado em Inconfidentes-MG. A população de T. urticae atingiu altos níveis em tratamentos com controle químico de pragas, independente do sistema de cultivo, túnel baixo ou campo aberto. O fungo N. floridana foi observado no final de ambos os ciclos de cultivos, nos tratamentos com e sem liberações inoculativas, sugerindo que houve incidência natural do fungo. As maiores prevalências do fungo foram observadas em tratamentos com altas densidades de T. urticae. Os ácaros predadores ocorreram naturalmente durante os dois ciclos de cultivo, sendo Neoseiulus anonymus (Chant) a espécie mais abundante (57.51%). A incidência de doenças fúngicas foi maior em campo aberto do que em túnel baixo, no entanto parece que o sistema de cultivo não afetou a incidência da nova doença vermelhão. No segundo estudo objetivou-se conhecer os fatores abióticos e bióticos envolvidos na formação de esporos de resistência nos hospedeiros T. urticae e Tetranychus evansi. O isolado brasileiro ESALQ1420 produziu um grande número de esporos de resistência (51.5%) em T. urticae, a uma temperatura de 11 ° C, fotoperíodo de 10F:14E, intensidade de luz de 42-46 (?mol m-2s-1), em plantas senescentes. Pequenas percentagens de ácaros com esporos de resistência (0-5%) foram encontrados para o isolado Norueguês NCRI271/04 sob as condições testadas, e muito baixas percentagens de esporos de resistência (ate 1%) foram observados em T. evansi infectados pelo isolado brasileiro ESALQ1421. O terceiro estudo objetivou analisar filogeneticamente os isolados de Neozygites patogênicos a ácaros, e desenvolver ferramenta utilizando PCR em tempo real para a detecção e quantificação de propágulos de N. floridana a partir do solo. A arvore filogenética mostrou que Neozygites e um grupo de fungos distante dos demais Entomophthoromycota, e que estes fungos apresentaram alta variabilidade intraespecífica entre isolados de N. floridana. Estes resultados indicam que isolados provenientes de diferentes espécies hospedeiras do gênero Tetranychus podem ser de fato diferentes espécies de Neozygites não descritas ainda. Desenvolveu-se uma sonda molecular para detecção e quantificação de N. floridana no solo utilizando PCR em tempo real. Esta sonda foi eficiente na quantificação de N. floridana, em concentrações relativamente altas de DNA inoculado no solo.

A criptosporidiose já foi descrita em várias espécies animais, incluindo várias espécies de aves. É considerada uma das principais infecções por protozoários em aves das ordens Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psittaciformes e Struthioniformes. Três espécies de Cryptosporidium infectam aves: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli e Cryptosporidium meleagridis, além de vários genótipos distintos geneticamente, como os genótipos I, II, III, IV e V de aves. Cryptosporidium galli e Cryptosporidium genótipo III de aves estão relacionados com infecções crônicas no proventrículo, de forma semelhante à infecção por Cryptosporidium serpentis, em serpentes. Vários métodos de diagnóstico são utilizados para detecção do parasito, mas somente aqueles com base em biologia molecular são capazes de determinar a espécie de Cryptosporidium. O projeto teve com objetivo o desenvolvimento da PCR duplex em tempo real, tendo como alvo o gene da subunidade 18S do rRNA, por meio de ensaio TaqMan, para detecção de DNA de C.galli e Cryptosporidium genótipo III de aves, e avaliar os atributos diagnósticos da PCR duplex em tempo real quando comparada à nested PCR, utilizando 1027 amostras fecais de aves das ordens Passeriformes e Psittaciformes. A PCR duplex em tempo real apresentou positividade em 580/1027 (56,47%) para C. galli, enquanto que a nested PCR resultou em positividade para Cryptosporidium spp. em 104/1027 (10,13%) amostras. Para Cryptosporidium genótipo III de aves, houve positividade em 21/1027 (2,04%). A PCR duplex em tempo real resultou em alta especificidade analítica quando foram utilizadas amostras de DNA de outras espécies e genótipos de Cryptosporidium. A única exceção foi a amplificação de DNA de C. serpentis, com a utilização de primers e sonda para detecção de Cryptosporidium genótipo III de aves, porém, com uma baixa eficiência de amplificação. Foram identificados novos hospedeiros aviários para ambas as espécies gástricas, assim como foi possível a identificação de C. baileyi e, pela primeira vez no Brasil, de Cryptosporidium genótipo V de aves. Conclui-se que a PCR duplex em tempo real desenvolvida neste estudo é um recurso que apresenta rapidez e confiabilidade para diagnóstico de criptosporidiose gástrica em aves / Cryptosporidiosis has been described in several animal species, including many species of birds, and is considered a major protozoan infection of the orders Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psittaciformes and Struthioniformes. Three species of Cryptosporidium are valid in birds: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium meleagridis and Cryptosporidium galli; beside these species, there are several genotypes genetically distinct, as avian genotypes I, II, III, IV and V. Cryptosporidium galli and Cryptosporidium avian genotype III are related to chronic infections in proventriculus, similar to Cryptosporidium serpentis infection in snakes. Several methods are used for cryptosporidiosis diagnosis, but only those based on molecular biology are able to determine the Cryptosporidium species and genotypes. The aim of this project was the development of a duplex real-time PCR targeting 18S subunit of rRNA gene, by TaqMan assay, to detect DNA of C. galli and Cryptosporidium avian genotype III, and to evaluate the diagnostic attributes of the duplex real-time PCR compared to nested PCR, using 1027 fecal samples from birds of the orders Passeriformes and Psittaciformes. The duplex real time PCR showed positivity in 580/1027 (56.47%) for C. galli, whereas nested PCR was positive for Cryptosporidium spp. in 104/1027 (10.13%) samples. For Cryptosporidium avian genotype III, there was positivity in 21/1027 (2.04%) samples. The duplex real time PCR resulted in high analytical specificity when tested using DNA samples from other Cryptosporidium species and genotypes. The only exception was the amplification of DNA from C. serpentis with primers and probe for the detection of Cryptosporidium avian genotype III, although with lower efficiency. New avian hosts were identified for both gastric species, as well as it was possible to identify C. baileyi and, for the first time in Brazil, Cryptosporidium avian genotype V. It was concluded that the duplex real time PCR developed in this study is a fast and reliable tool for diagnosis of gastric cryptosporidiosis in birds.

No presente estudo, foi inicialmente padronizada uma PCR para detecção do DNA viral da semente de Parvovírus Canino utilizado na vacina brasileira Imunovet® (VR-953TM), tendo como alvo o gene VP2. O produto de PCR foi submetido ao seqüenciamento a fim de caracterizar geneticamente a semente vacinal. A seguir, foi padronizada uma reação de PCR em tempo real (RT-PCR) para detecção de um fragmento de 119 pb do gene VP2, a qual foi empregada para avaliar a cinética de replicação da amostra vacinal do CPV em diferentes métodos e tempos de cultivo celular. A correlação entre os resultados do título infeccioso das amostras virais e o número de cópias obtido na RT-PCR foi avaliado pelo Coeficiente de Correlação de Pearson. A PCR padronizada apresentou uma sensibilidade analítica de 457 DICC50/mL. O seqüenciamento do produto de PCR revelou que a amostra vacinal é do tipo CPV-2. A RT-PCR padronizada apresentou uma sensibilidade analítica de 1030 cópias de DNA/mL e uma boa especificidade analítica, pois não detectou o DNA de Adenovírus canino tipos 1 e 2 e Herpesvírus Equino tipo 1. A RT-PCR exibiu Coeficientes de Variação de triplicatas intra-ensaio de 0,43% e inter-ensaio de 0,29%. O Coeficiente de Correlação de Pearson entre o título infeccioso das amostras virais e o número de cópias obtido na RT-PCR foi de 0,55, considerado moderadamente positivo. Considerando que a região alvo da RT-PCR padronizada apresentou 100% de identidade com 93,52% (159/170) das amostras pesquisadas no GenBank pelo BLAST, a RT-PCR padronizada sugere ter um potencial uso no diagnóstico. / In this study, was originally a standard PCR for detection of viral DNA from the canine parvovirus vaccine seed used in Brazilian Imunovet® (VR-953TM), targeting the VP2 gene. The PCR product was subjected to sequencing to genetically characterized the vaccine seed. Then, a reaction was standardized real-time PCR (RT-PCR) to detect a fragment of 119 bp VP2 gene, which was used to evaluate the growth kinetics of the CPV vaccine sample in different methods and cell culture times. The correlation between results of the infectious titre and the number of copies obtained in RT-PCR was evaluated by Pearsons correlation coefficient. The standardized PCR showed an analytical sensitivity of 457 TCID50/mL. The sequencing of the PCR product showed that the vaccine sample is CPV type 2. The standardized RT-PCR showed an analytical sensitivity of 1030 DNA copies/mL and a good analytical specificity, it does not detect the DNA of canine adenovirus type 1 and 2 and equine herpesvirus type 1. The RT-PCR showed coefficients of variation intra-assay triplicates of 0,43% and inter-assay of 0,29%. The Pearsons correlation coefficient between the titre of infectious viral samples and the number of copies obtained in RT-PCR was 0,55, considered moderately positive. Whereas the target region of the standardized RT-PCR showed 100% identity with 93,52% (159/170) of samples surveyed in Genbank by BLAST, the standard RT-PCR suggests a potential diagnostic use.

A mandioca (Manihot esculenta Crantz), apesar de ser muito cultivada e consumida no país, é uma planta da qual se conhece pouco sobre características intrínsecas do vegetal e as transformações bioquímicas que ocorrem em suas raízes tuberosas. Os traços fenotípicos das raízes foram usados para classificações empíricas, mas o emprego de técnicas de biologia molecular ainda é pouco utilizado para mostrar novos marcadores moleculares que poderiam identificar, além de traços agronômicos, fatores nutricionais, sensoriais e de qualidade que afetam essas raízes comestíveis. A participação de enzimas endógenas, como a &#945;-amilase, pode estar relacionada com o processo de deterioração pós-colheita, no caso, fornecendo energia para o desenvolvimento microbiano. Os objetivos do presente trabalho foram avaliar a diversidade genética entre cultivares de mandioca, as expressões gênicas de &#945;-amilase e da amido-sintase ligada ao grânulo, e a atividade amilolítica total. Amostras de variedades de mandioca, consideradas doce, foram coletadas nas reservas indígenas de Juruti e Caxiuanã, PA, e mantidas na Embrapa Agrobiologia (Seropédica, RJ). Para as análises de diversidade genética, foi extraído o DNA de folhas de 30 amostras e utilizado como molde em PCR-RAPD, a partir de 20 oligonucleotídeos do conjunto Operon W. Os amplicons foram submetidos à eletroforese em gel de agarose e fotodocumentados. Os padrões obtidos por PCR-RAPD foram agrupados através de coeficiente de Pearson e expressos sob dendograma. As análises por RAPD, utilizando o oligonucleotídeo OPW-12, permitiram a distinção das variedades e demonstraram alto grau de similaridade genética entre as amostras de mandioca avaliadas, permitindo a identificação de três grupos. Nestes grupos, estão distribuídas 28 das 30 amostras analisadas, com 75% de similaridade genética entre elas. Paralelamente, amostras de raízes das 30 variedades de mandioca foram empregadas em ensaios de determinação da atividade amilásica, sendo observada ampla variação entre as variedades. Igualmente, para os estudos de expressão gênica da &#945;-amilase e GBSSI, o RNA total foi extraído a partir das raízes de 30 amostras de mandioca, e utilizado como molde na obtenção de c-DNA e posterior amplificação por RT-PCR em tempo real. A análise da expressão relativa demonstrou discreta variação entre as amostras analisadas. Entretanto, somente a amostra 19 (variedade Açaí-Tinga) apresentou variação expressiva na quantificação relativa (3,18) para MEAMY, e as amostras 19 (variedade Açaí-Tinga) e 29 (Jabuti) apresentaram variação expressiva na quantificação relativa de GBSSI (4,13 e 2,58 respectivamente). / Cassava (Manihot esculenta Crantz) is a worldwide important crop, but some intrinsic feature of this plant remained unclear. Phenotypic characteristics of the roots of cassava are still used to classified them in spite of molecular biology technics to identify agronomic traits, nutritional factors, quality and sensorial parameters of the eatable parts of this plant. Endogenous enzymes, like &#945;-amylase, may be involved on the deteriorative process after harvest by the release of sugars to the microbial proliferation into the roots. The objectives of this study were to use a RAPD assay to identify some DNA variations within and between cassava varieties, expression of &#945;-amylase and granule-bound starch synthase gene, as well as amylolitic activity in the roots. Several cassava accessions were collected from indigenous community Caxiuanã and Juruti, state of Pará. The cultivars were grown in EMBRAPA Agrobiologia, state of Rio de Janeiro. Thirty cassava accessions were sampled to prepare DNA templates from cassava leaf. RAPD was performed using twenty commercial primers OPW, and the amplified DNAs for each sample were run in agarose gel. RAPD patterns were grouped following Pearson\'s coefficient, used to construct a dendogram. RAPD-PCR with primer OPW-12 showed that most varieties of this work showed a very similar fingerprint pattern, indicating that they were likely related. Twenty eight from 30 cassava cultivars analyzed presented more closely genotype, and were distributed into three groups by dendogram. These groups showed similarity coefficient of 75%. Amylolytic activity was determined by quantification of the amount of reducing sugars released during enzymatic reaction with aqueous extract from cassava roots, and variations were observed among cultivars. The evaluation of gene expression showed &#945;-amylase and granule-bound starch synthase genes have been shown to be differentially expressed in some cultivars, with higher expression of MEAMY gene on sample 19, Açaí-Tinga variety, and the same sample 19 and 29, Jabuty variety, for GGSSI gene.