La diversité du monde vivant repose pour une large part sur la diversité des protéines codées dans les génomes. Comment une telle diversité a-t-elle été générée ? La théorie classique postule que cette diversité résulte à la fois de la divergence de séquence et de la combinatoire des arrangements de protéines en domaines à partir de quelques milliers de domaines anciens, mais elle n’explique pas les nombreuses protéines orphelines.Dans cette thèse, nous avons étudié l’évolution des protéines du point de vue de leur décomposition en domaines en utilisant trois bases de données : HOGENOM (familles de protéines homologues), Pfam (familles de domaines expertisées) et ProDom (familles de modules protéiques construites automatiquement). Chaque famille d’HOGENOM a ainsi été décomposée en domaines de Pfam ou modules de ProDom. Nous avons modélisé l’évolution de ces familles par un réseau Bayésien basé sur l’arbre phylogénétique des espèces. Dans le cadre de ce modèle, on peut reconstituer rigoureusement les scénarios d’évolution les plus probables qui reflètent la présence ou l’absence de chaque protéine, domaine ou module dans les espèces ancestrales. La mise en relation de ces scénarios permet d’analyser l’émergence de nouvelles protéines en fonctions de domaines ou modules ancestraux. L’analyse avec Pfam suggère que la majorité de ces événements résulte de réarrangements de domaines anciens, en accord avec la théorie classique. Cependant une part très significative de la diversité des protéines est alors négligée. L’analyse avec ProDom, au contraire, suggère que la majorité des nouvelles protéines ont recruté de nouveaux modules protéiques. Nous discutons les biais de Pfam et de ProDom qui permettent d’expliquer ces points de vue différents. Nous proposons que l’émergence de nouveaux modules protéiques peut résulter d’un turn-over rapide de séquences codantes, et que cette innovation au niveau des modules est essentielle à l’apparition de nombreuses protéines nouvelles tout au long de l’évolution. / The diversity of life derives mostly from the variety of proteins coded in genomes. How did evolution produce such a tremendous diversity ? The classical theory postulates that this diversity results both from sequence divergence and from the combinatorial arrangements of a few thousand primary protein domain types. However this does not account for the increasing number of entirely unique proteins as found in most genomes.In this thesis, we study the evolution of proteins from the point of view of their domain decomposition and rely on three databases : HOGENOM (homologous protein families), Pfam (manually curated protein domain families) and ProDom (automatically built protein module families). Each protein family from HOGENOM has thus been decomposed into Pfam domains or ProDom modules. We have modelled the evolution of these families using a Bayesian network based on the phylogenetic species tree. In the framework of this model, we can rigorously reconstitute the most likely evolutionary scenarios reflecting the presence or absence of each protein, domain or module in ancestral species. The comparison of these scenarios allows us to analyse the emergence of new proteins in terms of ancestral domains or modules. Pfam analysis suggests that the majority of protein innovations results from rearrangements of ancient domains, in agreement with the classical paradigm of modular protein evolution. However a very significant part of protein diversity is then neglected. On the other hand ProDom analysis suggests that the majority of new proteins have recruited novel protein modules. We discuss the respective biases of Pfam and ProDom underlying these contrasting views. We propose that the emergence of new protein modules may result from a fast turnover of coding sequences and that this module innovation is essential to the emergence of numerous novel proteins throughout evolution

Avec les lois sur l'eau de 1964 et 1992, la France s'est dotée d'une gestion intégrée et décentralisée de la ressource en eau, organisée autour de six bassins hydrographiques. Sans remettre en cause les fondements de cette organisation, la Directive Cadre sur l'Eau (DCE), adoptée le 22 décembre 2000, renforce cette gestion en fixant des objectifs environnementaux planifiés, en l'organisant au sein de sous entités hydrographiques, les masses d'eau, et en prônant l'utilisation de l'analyse économique. Dès 2009, les Agences de l'Eau doivent définir un plan de gestion fixant les objectifs à atteindre en 2015, première échéance de la DCE, et un programme de mesures nécessaires à leur réalisation. Parmi les objectifs de reconquête de la qualité des eaux, la réduction des contaminations nitriques des ressources en eau souterraine du bassin de la Seine constitue un des grands enjeux auxquels doivent faire face les gestionnaires. La principale source de cette contamination est une pollution diffuse d'origine agricole étendue à l'ensemble du bassin. Depuis plusieurs années, des efforts ont déjà été initiés en instaurant la mise en place de mesures agro-environnementales. Mais en raison de l'efficacité partielle de ce type de mesure et des temps de réponse souvent longs des aquifères, on est en droit de se demander si ce type de mesures suffira à remplir l'objectif de bon état chimique des eaux souterraines à l'horizon 2015. La première étape de notre travail a donc consisté en une exploitation prospective du modèle agro-hydrologique MODSUR-STICS-NEWSAM, développé dans le cadre du programme PIREN-Seine pour simuler l'impact des pollutions diffuses azotées d'origine agricole sur les trois principaux aquifères du bassin de la Seine. Sur la base d'un recensement des pratiques agricoles observées à l'échelle de grandes régions agricoles sur la période 1992-1998, deux scénarios ont été élaborés: continuité de ces pratiques en "laisser-faire" et application de mesures agro-environnementales. L'évolution de la médiane de la distribution des concentrations mesurées en nitrates, indice statistique caractérisant chaque aquifère, permet d'estimer l'impact des mesures à diverses échéances. Par confrontation entre données simulées avec données observées sur une période de 30 ans, le risque de dépassement d'une valeur seuil est évalué pour chaque cellule du modèle et agrégé à l'échelle des masses d'eau souterraines du bassin. Chaque masse d'eau peut alors être caractérisée par sa probabilité de franchissement des seuils de concentration de 25, 40, 50 et 100 mgNO3/l. La seconde partie de ce mémoire a pour objectif de mettre en œuvre l'exploitation socio-économique des résultats du modèle en déterminant les coûts et les bénéfices attendus des mesures agricoles préventives. Les surcoûts supportés par les agriculteurs tiennent compte des variations de rendements simulés par STICS et des coûts imputables à la mise en place des mesures. L'évaluation des bénéfices se limite à l'estimation des dommages évités pour la production domestique d'eau potable depuis les ressources en eau souterraine. Deux méthodes ont été employées. La première est basée sur l'approche de R.L. Raucher appliquée à l'ensemble du bassin en supposant qu'un traitement curatif systématique des eaux brutes est mis en œuvre dès que la probabilité de dépassement du seuil de 50 mgNO3/l devient trop grande. La seconde approche simule à l'aide s'un système multi-agents (SMA), le comportement des unités de gestion et d'exploitation (UGE) face à une pollution avérée de leur ressource. Ce modèle, baptisé WATER-RUSH, est appliqué sur plusieurs décennies au territoire de trois masses d'eau du bassin de la Seine couvrant 612 UGE, soit 1 027 communes. Cet outil permet de tester les différentes solutions pouvant être adoptées par les UGE suivant un critère de moindre coût et la prise en compte des conditions locales d'exploitation: mélange au sein du réseau, approfondissement des captages, traitement des eaux brutes, abandon et recherche de nouvelle ressource intra ou extra UGE. Sur cette base, le surcoût de chaque solution est calculé annuellement sur toute la période simulée et rapporté au mètre cube produit.

D'après le dernier rapport du Groupe Intergouvernemental d'Experts sur l'Evolution du Climat (GIEC), la réalité d'un réchauffement majeur du climat est sans équivoque. Ce travail de thèse a consisté à dresser un bilan des changements climatiques passés et récents dans l'océan Austral et à évaluer si l'impact de ces changements sur la distribution spatiale des oiseaux marins était déjà détectable et/ou prévisible. Grâce aux données historiques d'observation en mer par bateau sur 12 espèces d'oiseaux marins, nous avons mis en évidence une diminution d'abondance chez trois espèces et des changements de distribution contrastés entre les années 1980 et 2000. Ces espèces ont la particularité d'exploiter les eaux subtropicales où le réchauffement a été plus intense pendant cette période. Les suivis télémétriques apportent des informations précieuses sur la variabilité spatio-temporelle de la distribution des zones d'alimentation. Les modèles d'habitat nous ont permis de (1) caractériser les habitats exploités d'un point de vue océanographique, (2) comprendre la réponse des oiseaux aux variations saisonnières et interannuelles du climat, et enfin (3) prédire la distribution future des habitats favorables en utilisant les projections climatiques du GIEC. Les deux espèces étudiées ciblent des zones productives où les ressources sont prédictibles dans le temps et l'espace. Les variations saisonnières de la distribution du pétrel à menton blanc (Procellaria aequinoctialis) de Kerguelen sont principalement gouvernées par la dynamique de la glace de mer alors que les manchots royaux (Aptenodytes Patagonicus) de Crozet sont étroitement liés au front polaire. Ces structures océanographiques, forcées par la température, gouvernent la distribution et l'abondance des ressources disponibles pour les prédateurs. Le réchauffement de 1 à 3°C prédit par les modèles climatiques pourrait donc avoir des conséquences importantes sur la disponibilité des proies. Ainsi, nos modèles d'habitat prédictifs ont révélé un déplacement de 300 km vers le sud des zones d'alimentation du manchot royal d'ici la fin du 21ème siècle. Un tel changement serait bien au-delà des capacités de recherche alimentaire actuelles des manchots. Malgré les incertitudes liées aux modèles et aux réponses des niveaux trophiques inférieurs, nos résultats suggèrent une forte pression de sélection sur les stratégies d'approvisionnement des oiseaux marins dans les années à venir.

Cette recherche relève de la didactique des langues et des TIC, de la formation à distance en langues et du FLE. Un cadre épistémologique socioconstructiviste et énonciativiste a été choisi puis situé par rapport à la perspective actionnelle. Cette réflexion théorique sert de fondement au scénario pédagogique Fictif, une formation à distance en FLE de neuf semaines, destinée aux étudiants vietnamiens de l'Institut de la Francophonie pour l'informatique à Hanoi. Le forum de discussion y occupe une place importante. Fictif peut être considéré comme une mise en œuvre de la perspective actionnelle, enrichie de concepts énonciatifs. Suite aux expérimentations de Fictif en 2008 et 2009, nous montrons dans un premier temps l'adéquation du scénario au cadre théorique. Dans un deuxième temps, nous montrons que les diverses collaborations et l'activité réflexive auquel le scénario pédagogique invite (réflexion interculturelle, réflexion sur le fonctionnement de la langue), permettent, d'une part, grâce à l'effet mobilisateur du scénario, de maintenir, voire de faire évoluer les compétences langagières des apprenants, de développer, entre autres, des connaissances relatives aux cultures et aux langues et, d'autre part, que certaines activités permettent d'améliorer les compétences à collaborer des petits groupes. C'est, en particulier, le cas de l'activité de résolution d'énigmes linguistiques de façon collaborative, par groupe de quatre et à distance, qui permet de marier pratique langagière, réflexion métalinguistique et développement de la compétence à collaborer.

Ce travail de recherche porte sur la spécification et l'opérationnalisation des scénarios pédagogiques sur les plateformes de formation à distance dans une perspective d'ingénierie et de réingénierie des EIAH (Environnements Informatique pour l'Apprentissage Humain). En se situant dans une approche centrée plateformes, nous supposons que les plateformes disposent de leur propre paradigme de conception. Pour cela, nous proposons aux développeurs et à la communauté de développement des plateformes un processus spécifique d'identification et d'explicitation du langage de conception pédagogique des plateformes de formation par le biais d'un métamodèle. Nous exploitons l'approche outillée Domain-Specific Modeling comme cadre pratique pour le développement de langages et d'outils de conception graphiques basés sur le métamodèle du langage de conception pédagogique. Afin de répondre à des besoins récurrents d'opérationnalisation de scénarios pédagogiques, nous utilisons également ce métamodèle pour la spécification des modules d'import/export intégrés au sein des plateformes. Ces modules permettent d'opérationnaliser les scénarios conformes au langage identifié et également d'exporter les scénarios existants sur les plateformes afin de permettre leur adaptation par les outils développés. Nous avons expérimenté nos propositions théoriques sur deux plateformes de formation Moodle et Ganesha. Enfin, nous avons vérifié la cohérence de notre approche par la mise à l'essai des outils développés. Par le biais de notre approche, nous favorisons une opérationnalisation de ces scénarios sans pertes d'information ni de sémantique.

Cette recherche s’inscrit dans le domaine des sciences du langage et plus particulièrement dans celui de la Didactique des Langues (DDL) et de la Communication Médiatisée par Ordinateur (CMO). Son objectif est d’étudier les interactions entre les différents apprenants, et celles avec les enseignants/tuteurs, en relation avec des mondes virtuels en 3D, en particulier Second Life qui offre des possibilités pour la communication synchrone et la visite de « lieux » variés pour l'apprentissage.En nous appuyant sur la notion d’affordance dans une perspective écologique, nous voulons mettre l’accent sur la perception et l’action de chacun, apprenant et enseignant, en rapport avec les possibilités d’interaction et d’apprentissage offertes par ce monde virtuel. Nous avons choisi deux axes de recherche : tout d’abord analyser un certain nombre de pratiques existantes à travers leurs scénarios pédagogiques qui exploitent plus ou moins les possibilités de SL ; ensuite élaborer un scénario dans le cadre d’une télécollaboration mettant l’accent sur l’interactivité et les interactions. Nous étudions les perceptions des apprenants face aux possibilités offertes par ce scénario. Il peut y avoir un écart entre ce que propose le scénario et la manière dont il est ressenti et mis en œuvre.Les résultats de cette recherche qualitative fournissent quelques principes pour la conception et la mise en œuvre d'environnements d'apprentissage d’une L2 médiatisés par un monde virtuel en 3D, qui peut être le supplément d’un cours en présentiel ou une formation entièrement à distance. Pour nous, la réussite d’un scénario est avant tout liée aux possibilités d’échanges offertes à travers les activités, et à la capacité des étudiants à les mettre efficacement en œuvre avec l’aide de l’enseignant/tuteur. / This research falls within the field of language sciences, especially language teaching and computer-mediated communication (CMC). The aim of this dissertation is to study the interactions of the learners between themselves and with their teachers/tutors in virtual worlds such as Second Life where synchronous communication and visits in various “places” are possible.Based on the notion of affordance from an ecological perspective, our focus is on the perception and the action of both the learners and the teachers as to the interaction and learning possibilities generated by the virtual world. This research consists of two main parts: firstly, we analyze a number of existing teaching practices through pedagogical scenarios in which the possibilities of Second Life are not always fully exploited; secondly, within the context of a telecollaboration, we create a scenario taking advantage of the possibilities of the virtual world in order to promote interactivity and interaction. Then we study the learners’ perception of these possibilities. It is noted that there is a difference between what is offered by the scenario and how it is perceived and put into practice.The results of this qualitative research provide some principles for the conception and the setting up of a foreign language learning environment mediated by a 3D virtual world. It could be a valuable addition to face-to-face lessons or be used as a training program for distance learning. From our point of view, the success of a scenario depends mostly on the exchange opportunities proposed by the tasks and the capability of learners to make use of them efficiently with the help of their teachers or tutors.

Les facteurs humains figurent parmi les causes originelles de trop nombreux accidents, dans les transports, l'industrie ou encore dans les parcours de soins. Dans ces contextes sociotechniques complexes et dynamiques, le risque de survenue d'incidents est permanent. La formation des équipes interprofessionnelles à la gestion des risques dans un environnement reproduisant fidèlement le contexte professionnel est un enjeu majeur. La motivation de cette thèse est de proposer un environnement virtuel multi-joueurs destiné à la formation à la gestion des risques liés à des défauts de communication ou de prises de décision. Pour cela, une méthode de création de scénarios interactifs destinés à la formation à la gestion des risques a été présentée. Un système de communication, un système collaboratif de prise de décision et un modèle de description d'objectifs complexes composés d'actions, de communications et de décisions sont présentés. L'environnement multi-joueurs interactif s'appuie sur cet ensemble cohérent. Ces systèmes et modèles proposés octroient une relative liberté aux équipes pour gérer la situation professionnelle présentée au sein de l'environnement virtuel. Ils permettent aussi le contrôle de la situation pédagogique dans son ensemble. Une méthode à forte valeur d'innovation a aussi été proposée pour structurer le débriefing d'une formation à la gestion des risques. Cela permet notamment d'automatiser la production de débriefing personnalisé, individuel et collectif à l'issu des séances de formation. / Many accidents in transport, industry or healthcare result from a causal chain of events where inadvertent human errors have not been corrected in time. In such socio-technical and dynamic systems where complexity and unpredictability widespread, training teams to risk management in real-life like situations is crucial. This thesis aims to provide a virtual multi-player environment designed for inter-professional team training to risk management. To that end, a method to design risk management interactive and controlled scenario has been described. A communication system, a group decision making system and a team tracing model have been created. They all together enable the virtual team to be free enough to manage the educational situations. These coherent and innovative environment allows us to control the team activity and automate the edition of a personalized, individual and corporate debriefing at the end of a team training session.

Les crises naturelles ou anthropiques récentes montrent la nécessité de former les gestionnaires de crises à réagir rapidement, sous stress et dans une position d’inconfort. Ce mémoire traite de la scénarisation des exercices de crise pour des exercices pratiques (fonctionnels, grandeur réelle et sur simulateur) impliquant une cellule de crise stratégique. L’état de l’art des méthodes de scénarisation a montré des lacunes dans l’accompagnement des scénaristes pour créer des scénarios pédagogiques et représentatifs d’une crise. Fort de ce constat, les travaux de recherche se sont orientés sur l’élaboration d’une méthode permettant de solliciter les compétences de gestion de crise à travers les scénarios d’exercices de crise. Pour reproduire la dynamique d’une crise dans les scénarios créés, une grille de lecture basée sur des caractéristiques spécifiques aux situations de crise et liée aux types de stimuli injectables dans un scénario a été appliquée à six crises passées. Parallèlement, l’étude des compétences des gestionnaires de crise a permis de créer une base de données d’objectifs de formation couplée aux stimuli.In fine, la méthodologie développe une démarche pas à pas permettant au scénariste de créer et positionner dans le scénario les stimuli nécessaires à la sollicitation des compétences à mobiliser pour différents profils de participants.Les scénarios sont ensuite vérifiés à travers des critères validant la scénarisation effectuée et le caractère pédagogique du scénario.La méthode de scénarisation a été testée pour un exercice fonctionnel et appliquée par plusieurs catégories de scénaristes qui ont validé son caractère opérationnel. / Recent major crises show the necessity to train crisis managers to react quickly, under stress and in an uncomfortable position. This thesis deals with the scripting of crisis exercises for practical exercises (functional, large scale and simulator) involving strategic crisis cell. The art state of scriptwriting methods has shown shortcomings in accompanying scriptwriters to create pedagogical scenarios representative of a crisis. This work leads to the creation of a method that calls crisis management skills through crisis exercise scenarios. On the basis of this analysis, research has oriented on developing a method to solicit crisis management skills through crisis scenarios. To reproduce the crisis dynamic in created scenarios, a reading grid based on specific characteristics of crisis situations and related to the types of injectable stimuli in a scenario has been applied to six past crises. At the same time, the study of crisis managers skills allow us to create a database of training objectives coupled with stimuli.Finally, the methodology develops a step-by-step approach. It creates and situates the stimuli in the scenario. This original approach inserts these stimuli to solicit needed skills for several profiles of participants.Then, the scenarios are verified using criteria that validate the scriptwriting and the pedagogical nature of the scenario.The scriptwriting method was tested through a functional exercise and applied by several categories of scriptwriters (novice or crisis management experts) which validated its operational nature.

Cette thèse modélise l’activité d’apprentissage dans les plateformes LMS (Learning Management System) en vue d’optimiser l’efficacité des utilisateurs. Ce projet est né d’une préoccupation pratique, à savoir comment faciliter l’utilisation des plateformes LMS chez les enseignants et apprenants des pays en voie de développement qui font face à la fracture numérique et éducative. Cette recherche aborde le problème de l’adaptabilité des LMS et suppose deux niveaux de modélisation : l’outil d’apprentissage et le contexte d’utilisation projeté. Pour traiter cette question d’adaptabilité, nous procédons par une double approche : l’analyse fonctionnelle des outils LMS et la réingénierie des interfaces utilisateurs. La première consiste à définir une approche d’analyse de l’activité d’enseignement-apprentissage dans les plateformes LMS. Ceci passe par une modélisation des situations courantes d’apprentissage et un croisement avec les fonctionnalités offertes dans les solutions LMS existantes. Ce travail préliminaire a permis de construire et proposer un modèle d’analyse utilisationnelle des plateformes que nous désignons méthode OCAPI fondé sur cinq catégories fonctionnelles : Organiser-Collaborer-Accompagner-Produire-Informer. La seconde approche s’inspire de la recherche fondamentale menée en amont et propose une réingénierie adaptative des LMS basée sur le contexte d’utilisation. Il s’agit d’un configurateur automatique embarqué qui adapte l’environnement de travail pour chaque usage et usager. Le prototype est articulé dans l’intention manifeste d’assurer une prise en main rapide des novices et se veut le moins contraignant possible du point de vue technologique. / The present research aims to model learning processes on Learning ManagementSystems (LMS) in a bid to maximize users’ efficiency. We came about this idea whilethinking over the possible ways of facilitating the use of LMS for teachers and learnersin countries affected by the digital divide. Drawing from that, the following question hasbeen stated: in a given learning context, how can we insert a Learning ManagementSystem that provides users with both easy handling and optimal using conditions? Thisissue raises the problem of LMS adaptability and suggests two levels of modeling: thelearning tool on one hand and the planned context of use on the other. To address thisissue of adaptability, we adopt a two-pronged approach including the functionalanalysis of LMS tools and the reengineering of user interfaces. The first step is todevelop an approach for the analysis of teaching and learning processes on LMS. Thisentails modeling common learning situations and cross-checking them with thefeatures available in LMS solutions. This preliminary work enabled to build a formalismfor LMS analysis which is referred to as the OCGPI approach (Organize-Collaborate-Guide-Produce-Inform). The second step proposes an adaptive reengineering of LMSbased on the context of use. This is namely an embedded configurator which adaptsthe working environment according to each use and each user. This tool aims at givingbeginners the possibility of acquainting themselves quickly with the virtual platform.

Raymond Queneau, né en 1903, grandit et vit au rythme du cinématographe, à peine plus âgé que lui. Toute sa vie il rendra compte dans ses écrits intimes, journaux et lettres, de sa vie de spectateur assidu au Havre, puis à Paris. Il peuplera sa langue, sa poésie et ses romans, de l’univers foisonnant des salles de cinéma, des stars de l’écran et de ses œuvres mythiques. Il fera apparaître un monde rêvé et pensé, fait de ses ombres et de sa lumière. Nourri de cinéma, il sera aussi nourri par lui. Parallèlement à son travail de poète en littérature, il pratiquera tout au long de sa vie, et sans jamais se défaire de son humour légendaire, le travail, parfois ingrat, d’écrivain de cinéma, art dans lequel il occupera plusieurs postes : critique cinématographique, juré de festivals, auteur de commentaires de films, scénariste, dialoguiste, auteur de chansons… A l’occasion, il deviendra même réalisateur ou acteur. Rendre compte de manière chronologique puis analytique de l’ensemble de ses travaux, appréhender le traitement de l’art cinématographique dans son œuvre littéraire, c’est ce que se propose cet ouvrage : partir à la recherche de Raymond Queneau, écrivain du vingtième siècle et « homo-cinématographicus ». / Raymond Queneau, who was born in 1903, grew up and lived at the pace of cinematograph that was hardly older than him. Througout his life, in his journals and letters, he reported his life as a regular movie-watcher. He filled his writings, his poetry and his novels with the blossoming universe of movie theatres, movie stars and masterpeices. In his work appears a dreamed and thougt out world, made of his shadows and his lights. Fed with cinema, he also fed it. Aside from his work as a poet in literature, he also, all along his life and without losing his legendary sense of humour, worked as a cinema writer. In this sometimes ungrateful job, he occupied many different positions : film critic, juryman in festival, writer of comments on movies, script writer, dialogue writer, songwriter, etc... He even occasionally became a filmmaker or an actor. To report chronologically of the totality of his work, to approach the treatment of the cinematographic art in his literary work, is what we suggest in this study : looking for Raymond Queneau writer of the twentieth century and “homo-cinematographicus”.