Orientador: Iveraldo dos Santos Dutra / Coorientador: Elerson Gaetti-Jardim Júnior / Banca: Vera Cláudia Magalhães Curci / Banca: Rita de Cássia Campebell Machado Botteon / Banca: Samir Issa Samara / Banca: Luís Antonio Mathias / Resumo: A periodontite bovina é um processo infeccioso purulento e progressivo associado com a presença de biofilme subgengival anaeróbio. De caráter sazonal e associada ao manejo do solo e à dieta, a doença tem variações na sua apresentação clínica, que inclui desde uma forma agressiva até manifestações crônicas. Os prejuízos econômicos são significativos e decorrem das dificuldades na preensão, mastigação e ruminação. O presente estudo teve como objetivo geral caracterizar a periodontite bovina e identificar por métodos moleculares os micro-organismos associados às lesões periodontais. Na avaliação da microbiota da bolsa periodontal (n=26) e do sulco subgengival (n=25) de bovinos, pela reação em cadeia da polimerase (PCR) e com o emprego de 35 iniciadores de espécies de patógenos potenciais, pôde-se associar a ocorrência de Actinobacillus naeslundii, Enterococcus faecium, Porphyromonas asaccharolytica, Porphyromonas endodontalis, Prevotella buccae, Prevotella intermedia, Prevotella melaninogenica, Prevotella nigrescens, Prevotella oralis, Treponema denticola e Treponema pectinovorum com a periodontite bovina. Em estudo complementar realizado na Escócia para verificar a ocorrência de lesões periodontais em animais abatidos, foram examinadas 200 arcadas dentárias, das quais 24 (12%) apresentaram lesões periodontais nos dentes incisivos ou mastigatórios. Este estudo inédito revela que a periodontite não é incomum em bovinos abatidos no oeste da Escócia e é claramente um problema san... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bovine periodontitis is a progressive purulent infectious process associated with the presence of strict anaerobic subgingival biofilm. Seasonal and associated to soil and dietary management, the disease has variations in its clinical presentation, which includes since an aggressive form until chronic manifestations. The economic losses are significant and result from difficulties in gripping, chewing and rumination. The present study aimed to identify and characterize bovine periodontitis and identify the microorganisms associated with periodontal lesions by molecular methods. In the evaluation of the microbiota of the periodontal pocket (n=26) and gingival sulcus (n=25) of cattle, by polymerase chain reaction (PCR) and with the use of 35 primers of species of potential pathogens, it can be associate the occurrence of Actinobacillus naeslundii, Enterococcus faecium, Porphyromonas asaccharolytica, Porphyromonas endodontalis, Prevotella buccae, Prevotella intermedia, Prevotella melaninogenica, Prevotella nigrescens, Prevotella oralis, Treponema denticola and Treponema pectinovorum with bovine periodontitis. In a study carried out in Scotland to verify the occurrence of periodontal lesions in slaughtered animals, 200 dental arches were examined, of which 24 (12%) presented periodontal lesions in the incisors or masticatory teeth. This unpublished study reveals that periodontitis is not uncommon in cattle slaughtered in West of Scotland and is clearly a neglected health problem in animal production and welfare. At the opportunity, the risk factors associated with the disease were evaluated in a universe of 250 slaughtered animals, of which 35 had periodontal lesions and 40 were periodontally healthy. By the logistic regression analysis was evaluated the association between the independent variables, sex, age and race with periodontitis. The age (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Marilia de Freitas Calmon / Coorientador: Paula Rahal / Coorientador: Caroline Measso do Bonfim / Banca: Carolina Colombelli Pacca / Banca: Ricardo Barros Mariutti / Resumo: Condiloma acuminado (CA) ou verrugas genitais são lesões proliferativas benignas epidérmicas ou mucosas. O condiloma é causado pela infecção pelo papilomavírus humano (HPV), principalmente os tipos de baixo-risco 6 e 11, mas também pode ocorrer coinfecção com os HPVs de alto-risco. As variantes dos HPVs são definidas como sequências virais que compartilham identidade na sequência nucleotídica do gene L1 maior que 98%. Baseado nesse critério, linhagens de variantes de HPV6 e 11 têm sido estudadas e ainda há uma tentativa de correlacionar essas variações genéticas com os resultados clínicos diferenciais da infecção. Dessa forma, o objetivo do estudo foi detectar as variantes e alterações nucleotídicas presentes em E6 do HPV dos tipos 6 e 11 presentes em amostras de condiloma acuminado, correlacionar a presença de HPV com os dados clínico-patológicos das pacientes e determinar as relações filogenéticas das variantes encontradas com variantes de outras partes do mundo. A região E6 de 32 amostras de condiloma acuminado foi sequenciada, sendo dessas 25 positivas para HPV6 e sete para HPV11. Entre as amostras HPV6, 12 foram identificadas como a variante HPV6a, apresentando a mutação nucleotídica G474A, sendo uma delas também apresentando a mutação T369G no genoma. As 13 pacientes restantes foram positivas para a variante HPV6vc, não apresentando alterações nucleotídicas. Na análise das amostras HPV11, observou-se que todas as pacientes mostraram as mutações T137C e C380T. Além disso... / Abstract: Condyloma acuminatum (CA) or genital warts are benign proliferative lesions that can be epidermal or mucous. Condyloma is caused by infection with human papillomavirus (HPV), mainly the low-risk types 6 and 11, but can also occur coinfection with high-risk HPVs. Human papillomaviruses have the capacity to infect the skin, oral and genital mucosa, and induce benign or malignant proliferative lesions. The variants of HPVs are defined as viral sequences that share identity in the nucleotide sequence of the L1 gene greater than 98%. Based on this criterion, HPV6 and 11 variants lineages have been studied and there is still an attempt to correlate these genetic variants with different clinical findings of infection. In this way, the aim of this study was to detect variants and nucleotide alterations presents in E6 region of HPV types 6 and 11 detected in condyloma acuminatum samples, to correlate the HPV presence with the clinical-pathological data of the patients and to determine phylogenetic relations of variants found with variants of others places of the world. The E6 region of 32 samples of condyloma were sequenced, being 25 positive to HPV6 and seven diagnosed HPV11. Twelve samples were identified as the HPV6a variant, and presented the mutation G474A, and one of these also showed the mutation T369G. The others 13 patients were positive to HPV6vc without nucleotide alterations. In the analysis of the seven HPV11 samples, it was observed that all patients showed the mutations ... / Mestre

Orientador: Paola Castro Moraes / Coorientador: Andressa de Souza-Pollo / Banca: Alessandra Aparecida Medeiros-Ronchi / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: José Geraldo Meirelles Palma Isola / Banca: Annelise Carla Camplesi dos Santos / Resumo: Lesões na pele podem resultar em feridas que, dependendo do tempo de reparação tissular podem ser classificadas como agudas ou crônicas, sendo crônicas aquelas que não apresentaram cicatrização dentro do período de quatro semanas. A ferida é contaminada por diferentes espécies bacterianas, sendo o sistema imunológico da pele o responsável por impedir que tais contaminações evoluam para infecções. No entanto, muitas vezes o quadro infeccioso é instalado, havendo necessidade de tratamento com antimicrobianos. Tendo em vista que o mau uso de antimicrobianos provoca resistência a multidrogas em estirpes bacterianas potencialmente patogênicas, este trabalho teve como objetivo identificar as bactérias prevalentes em feridas agudas e crônicas de cães por meio de sequenciamento da região 16S rRNA e testar a sensibilidade dos isolados a diferentes antimicrobianos. Para tanto, foram amostradas 20 feridas, sendo cada uma de um cão atendido no Hospital Veterinário da UNESP, Câmpus de Jaboticabal. De cada ferida foram obtidos dez isolados, os quais foram selecionados para o sequenciamento de DNA por meio de comparação entre os perfis genéticos obtidos pelo emprego de marcador molecular randômico. Foram sequenciados 74 isolados identificados como pertencentes a oito gêneros de bactérias gram-negativas, Proteus mirabilis, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter spp., Acinetobacter baumannii, Klebsiella spp., Kluyvera georgiana e Providencia stuartii, e três de gram-positivas,... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Skin lesions can result in cutaneous wounds that may be classified as acute or chronic depending on the period of time spent in tissue repairment. Wounds that have not healed within four weeks are generally classified as chronic. The wound is contaminated by different bacterial species and the immune system of the skin is responsible for preventing infections. Nonetheless, the infectious process is often developed and antimicrobial treatment become necessary. Considering that the misuse of antimicrobials provokes multidrug resistance in potentially pathogenic bacterial strains, this work aimed to identify prevalent bacteria in acute and chronic wounds of dogs by 16S rRNA sequencing and to test the sensitivity of the isolates to different antimicrobials. For that, 20 wounds were sampled, each one from a dog admitted at the Veterinary Hospital of UNESP, Jaboticabal, São Paulo, Brazil. From each wound ten isolates were obtained, which were selected for DNA sequencing through genetic profiles comparison by applying a random molecular marker. Seventy-five isolates were identified as belonging to eight Gram-negative bacteria genera, Proteus mirabilis, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter spp., Acinetobacter baumannii, Klebsiella spp., Kluyvera georgiana and Providencia stuartii, and to three gram-positive bacteria genera, Enterococcus sp., Staphylococcus spp. and Bacillus spp. Cases of dogs with acute or chronic wounds associated to more than one bacterial genus w... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Vitor B. Pereira Leite / Banca: Claudia Marcia Aparecida Carareto / Banca: Francisco Pereira Lobo / Resumo: Estamos vivendo uma época onde os avanços das áreas ligadas a biologia são rotineiros, nos levando cada vez mais a nos habituar a experimentos com um grande número de variáveis. A tecnologia de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) e parte deste quadro e as abordagens computacionais aplicadas neste âmbito não estão totalmente estabelecidas e necessitam de análises mais detalhadas. A partir da tabela de contagens, que sumariza cada biblioteca em uma condição experimental, propõe-se a utilização de um método variacional chamado de Suvrel, baseado na minimização de uma função custo que penaliza grandes distâncias entre elementos de mesma classe e favorece pequenas distâncias entre elementos de classes diferentes, para inferência de expressão diferencial. A aplicação do método foi realizada em uma tabela de contagens produzida após o sequenciamento, alinhamento e sumarização de 5 replicatas técnicas de RNA de referência humano juntamente com a mistura ERCC 1 e 5 replicatas técnicas de RNA de referência do cérebro humano juntamente com a mistura ERCC 2. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do projeto do MAQC-II, definindo os transcritos analisados pelo projeto com log2 do fold-change maior que um limiar que varia de 0,5 a 2,0 como os verdadeiros positivos e os restantes como verdadeiros negativos, é possível concluir que o método Suvrel tem maiores valores abaixo das curvas ROC na maior parte dos limiares. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do ERCC, geradas utilizando o logs das mudanças das proporções predefinidas das misturas ERCC 1 e 2 de 92 oligonucleotídios, é possível concluir que o método Suvrel tem a maior area abaixo da curva ROC. Embora as áreas abaixo das curvas ROC sejam comparáveis as de outros pacotes (como por exemplo o edgeR), e importante ressaltar que elas foram produzidas usando um método que não faz nenhum tipo de suposição quanto a distribuição associada aos... / Abstract: We are living in a time where advances in areas related to biology are routine, taking us to accustom to experiments with large number of variables. The RNA sequencing technology (RNA-Seq) is part of this framework and computational approaches applied in this context are not fully established and require more detailed analysis. Generally, in a experiment of analysis of di erential expression, total RNA samples or messengers (mRNA) is extracted, puri ed, fragmented, sequenced, mapped, and nally counted, generating an count table that relates how many reads was aligned to a given gene in a experimental condition. From this stage, it is proposed to use a variational method, called Suvrel (Supervised Variational Relevance), based on the minimization of a cost function that penalizes large distances between the same class of elements and favors small distances between di erent classes of elements to make the inference of relevance of each gene. The application of the method was performed on count table produced after of sequencing, alignment and summarization of 5 technical replicates containing Strategene Universal Human Reference RNA (UHRR) (part of Sequencing Quality Control Consortium, SEQC) together with ERCC 1 mix, and 5 technical replicates containing Ambion's Human Brain Reference RNA (HBRR) (part of SEQC also) together with the ERCC 2 mix. Using the ROC (Receiver Operating characteristic) curves generating from data of MAC-II project, setting the transcripts with log of fold-change greater than a cuto (from 0.5 to 2.0) as true positive and the others as true negative, the curves 6.2 and 6.4 were generated. From these graphs it is possible to conclude that the Suvrel method has higher AUCs in most of cuto s. It is appropriate to note that conclusions were obtained using a method that does not make any assumption about the distribution associated with the reads, using a simple normalization (divide the counts of a gene by its standard ... / Mestre

Orientador: José Luiz Rybarczyk Filho / Coorientador: Ney Lemke / Banca: Manuela Leal da Silva / Banca: Laurita dos Santos / Resumo: Comunidades microbianas desempenham papéis cruciais em todos ecosistemas da Terra, uma vez que metabolizam compostos essenciais. Essa característica torna importantes alvos de pesquisas em diversas áreas como médica, ambiental, alimentícia e biotecnológica. Entretanto, somente 1% de todas espécies de micro-organismos conhecidos podem ser cultivadas in vitro, dificultando o estudo de suas funções e de sua classificação taxonômica. Com o surgimento de novas tecnologias de sequenciamento, o genoma inteiro de micro-organismos de um habitat pode ser experimentalmente extraído, mas em pequenos fragmentos (¡1500 pb), tornando o processamento dos dados um grande desafio. As ferramentas de análise de metagenômica mais utilizadas classificam as sequências por homologia. Entretanto, o tempo computacional aumenta exponencialmente conforme o tamanho dos fragmentos diminuem. Isso mostra uma necessidade evidente de métodos alternativos que possam analisar dados de metagenômica de maneira rápida e precisa. Esse estudo propõe um novo método de identificação de sequências de bactérias que analisa esses dados. Os genomas de 2164 linhagens de bactérias foram obtidos pelo GenBank e fragmentados em grupos de teste e controle. Cada grupo foi aleatóriamente fragmentado em sequências de 64, 128, 256, 512, 1024, 2048 e 4096 pares de base. As medidas de organização de sequências aplicadas nos fragmentos foram: conteúdo GC, abundância de dinucleotídeos e entropias de dipletes, tripletes e tetrapletes. Foram calculados a média e o desvio padrão dos valores das sequências controle para cada espécie, gênero e família de bactéria. Foram feitas combinações de medidas para classificar as sequências em famílias, gêneros e espécies. A performance da metodologia foi determinada por medidas de sensibilidade, especificidade, precição e média harmônica para conjuntos de... / Abstract: Microbial communities play a crucial role in all ecosystems on Earth since they metabolize essential compounds. Given this relevant role they are investigated in Medicine, Biotechnology, Ecology, Food Sciences among other fields. However, only 1% of all known micro-organisms species can be cultivated in vitro. The unravelling of their functions and taxonomic classification demands the development of new approaches. With the advent of new sequencing strategies, the entire genome of microrganisms on a given habitat can be experimentally extracted, but the fragments obtained are small (<1500 bps), and the data processing remains a huge challenge. The most used metagenomic analysis tools classify the sequences by homology. However, the computational time grows exponentially as the read length decreases. There is an evident need for alternative methods that can analyze metagenomic data quickly and accurately. This study proposes a new bacteria sequences identification method to be used in metagenomic data. The genomes of 2164 bacterial strains were obtained from the GenBank and distributed into test and control sets. Each group was randomly fragmented into sequences of 64, 128, 256, 512, 1024, 2048, and 4096 base pair. The sequences organization measures applied in the reads were: GC content, dinucleotide abundance and diplets, triplets and tetraplets entropy. The average and standard deviation of the control sequences values of each species, genus and families of bacteria were calculated. Combinations of genomic signatures and entropy were performed allowing classifying bacteria sequences into family, genus and species. The performance of the proposed methodology was determined by measuring sensitivity, specificity, accuracy and harmonic mean for the test set. The results indicated that the GC content presented the best performance among the signatures investigated. We also considered combinations of features, the combination considering GC ... / Mestre

Orientador: Ney Lemke / Banca: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Antônio Sérgio Kimus Braz / Resumo: Transcrição é o processo catalizado por um complexo enzimático, RNA polimerase (RNAP), responsável pela síntese de RNA mensageiro a partir de uma sequência de DNA. Diferentes estudos experimentais foram realizados para investigar esse processo, como técnicas bioquímicas, de pinça ótica ou magnética, microscopia de força atômica e fluorescência de molécula única. Com os estudos bioquímicos, por exemplo, sabe-se que várias RNAPs podem transcrever uma sequência simultaneamente. O número de diferentes moléculas depende da necessidade da célula, número de RNAP livres, regeneração do promotor e fatores de transcrição. Um dos sistemas mais investigados para o estudo desse processo é a síntese dos genes ribossomais em Escherichia coli. Os genes ribossomais são fundamentais na fisiologia dos organismos, são expressos abundantemente e existem evidências da aceleração da transcrição devido ao comportamento colaborativo entre as RNAPs. Neste trabalho, propomos simular a transcrição múltipla dos genes ribossomais em E. coli com o modelo estocástico e dependente de sequências desenvolvido em nosso laboratório. As reações químicas foram simuladas utilizando o algoritmo de Gillespie. Essa metodologia apresenta uma boa relação entre custo computacional e realismo biológico e inclui alguns parâmetros não utilizados em estudos teóricos prévios. O modelo considera o alongamento em back e forward tracking, identificando os sítios de pausas e colisões entre RNAPs, determinando o tempo de permanência e predizendo a ocorrência de transcrição abortiva ou a aceleração da transcrição devido ao fenômeno colaborativo entre múltiplas RNAPs. A sequência do operon ribossomal rrnB da E. coli foi simulada variando o número de RNAP (R), a força de interação entre RNAPs (F) e a concentração de nucleosídeo trifosfato ([NTP]). Nossos resultados mostraram-se promissores quando utilizamos uma... / Abstract: The process that produces messenger RNAs from DNA sequences is called transcription, and these reactions are catalyzed by the RNA polimerase enzyme. Many different experimental techniques have been applied to investigate this process including biochemical techniques, optical and magnetic tweezers, atomic force microscopy and single molecule florescence. These biochemical process studies showed that many RNAP molecules operate simultaneously on a single DNA strand. The number of different molecules depends on cellular demands, concentration of free RNAPs, promoter strength and the presence of transcription factors. Escherichia coli ribosomal genes are a popular experimental model to investigate the transcription process. These genes are essential to cell physiology, and they are strongly expressed. There are evidences that some cellular mechanisms collaborate to accelerate their transcription. In this work we investigate the RNAP collaborative transcription in E. coli ribosomal genes using a stochastic and sequence dependent model proposed by our group. The chemical reactions were simulated using a model based on the Gillespie algorithm. This methodology is a good compromise between computational cost and biological realism and includes some ingredients that were missing in previous theoretical studies. The model considers back and forward tracking elongation and it identifies pauses by determining the dwell time on specific sites. The model also predicts abortive transcription and transcription acceleration due to collaborative RNAP interaction. The E. coli rrnB ribosomal operon sequence was simulated by varying (i) the number of RNAP (R) on the DNA strand, (ii) the interaction force between two colliding RNAPs (F) and (iii) the concentration of nucleoside triphosphate ([NTP]). Our results are promising for F =15 pN, R = 50 and [NTP] ... / Mestre

O presente trabalho descreve o desenvolvimento de uma técnica de nested-PCR para a detecção de ADN do vírus da laringotraqueíte infecciosa (VLTI) utilizando primers que amplificam uma região do gene que codifica a glicoproteína E viral. A técnica padronizada amplificou amostras isoladas e de campo, mostrando alta sensibilidade e especificidade tomando o isolamento em ovos embrionados SPF como técnica de referência. O seqüenciamento de uma amostra positiva por nested-PCR confirmou a identidade do produto amplificado. Foram submetidas a nested-PCR padronizada amostras de traquéia, pulmão e conjuntiva de 51 granjas de poedeiras comerciais procedentes da região de Bastos, Estado de São Paulo, que apresentou um surto caracterizado por sinais respiratórios, queda na produção de ovos e aumento da mortalidade. Vinte e três granjas foram positivas a nested-PCR e vinte e duas amostras foram isoladas. Considerando os resultados das duas técnicas, vinte e quatro granjas resultaram positivas. Não foram detectados os vírus das doenças de Newcastle, pneumovirose aviaria, nem Mycoplasma gallisepticum. O vírus da bronquite infecciosa das galinhas foi detectado em uma granja, e Mycoplasma synoviae em oito. A alta freqüência de ocorrência do VLTI, a alta concordância entre o quadro clínico observado e detecção do VLTI e o resultados do diagnóstico diferencial demonstram que o VLTI foi o agente etiológico causador de um surto de doença respiratória observado na região de Bastos, Estado de São Paulo. / The present work describes the development of a nested-PCR technique for the detection of Infectious laryngotracheitis virus (ILTV) DNA using primers to amplify a region that encodes the glycoprotein E. The standardized technique amplified isolated and from clinical strains, offering high sensitivity and specificity, using the isolation in SPF chicken embryos such as reference test. The identity of the amplified product of the nested-PCR was confirmed by DNA sequencing. Trachea, lung and conjunctiva samples from fifty-one commercial layer farms from Bastos region, São Paulo State, which showed an outbreak characterized by respiratory signs, decreased egg production and increased mortality, were tested by the standardized nested-PCR. Twenty-three farms were positive by nested-PCR and samples of twenty-two farms were isolated. Twenty-four farms were positives when the results of both techniques were considered. Newcastle disease virus, Avian Pneumovirus and Mycoplasma gallisepticum were not detected. Infectious bronchitis virus was detected in one farm and Mycoplasma synoviae was detected in eight farms. The high frequency of occurrence of ILTV, the high agreement between clinical signs observed and ILTV detection and the results of differential diagnosis demonstrate that ILTV was the etiological agent of an outbreak respiratory disease observed in Bastos region, São Paulo State.

O presente trabalho descreve o desenvolvimento de uma técnica de nested-PCR para a detecção de ADN do vírus da laringotraqueíte infecciosa (VLTI) utilizando primers que amplificam uma região do gene que codifica a glicoproteína E viral. A técnica padronizada amplificou amostras isoladas e de campo, mostrando alta sensibilidade e especificidade tomando o isolamento em ovos embrionados SPF como técnica de referência. O seqüenciamento de uma amostra positiva por nested-PCR confirmou a identidade do produto amplificado. Foram submetidas a nested-PCR padronizada amostras de traquéia, pulmão e conjuntiva de 51 granjas de poedeiras comerciais procedentes da região de Bastos, Estado de São Paulo, que apresentou um surto caracterizado por sinais respiratórios, queda na produção de ovos e aumento da mortalidade. Vinte e três granjas foram positivas a nested-PCR e vinte e duas amostras foram isoladas. Considerando os resultados das duas técnicas, vinte e quatro granjas resultaram positivas. Não foram detectados os vírus das doenças de Newcastle, pneumovirose aviaria, nem Mycoplasma gallisepticum. O vírus da bronquite infecciosa das galinhas foi detectado em uma granja, e Mycoplasma synoviae em oito. A alta freqüência de ocorrência do VLTI, a alta concordância entre o quadro clínico observado e detecção do VLTI e o resultados do diagnóstico diferencial demonstram que o VLTI foi o agente etiológico causador de um surto de doença respiratória observado na região de Bastos, Estado de São Paulo. / The present work describes the development of a nested-PCR technique for the detection of Infectious laryngotracheitis virus (ILTV) DNA using primers to amplify a region that encodes the glycoprotein E. The standardized technique amplified isolated and from clinical strains, offering high sensitivity and specificity, using the isolation in SPF chicken embryos such as reference test. The identity of the amplified product of the nested-PCR was confirmed by DNA sequencing. Trachea, lung and conjunctiva samples from fifty-one commercial layer farms from Bastos region, São Paulo State, which showed an outbreak characterized by respiratory signs, decreased egg production and increased mortality, were tested by the standardized nested-PCR. Twenty-three farms were positive by nested-PCR and samples of twenty-two farms were isolated. Twenty-four farms were positives when the results of both techniques were considered. Newcastle disease virus, Avian Pneumovirus and Mycoplasma gallisepticum were not detected. Infectious bronchitis virus was detected in one farm and Mycoplasma synoviae was detected in eight farms. The high frequency of occurrence of ILTV, the high agreement between clinical signs observed and ILTV detection and the results of differential diagnosis demonstrate that ILTV was the etiological agent of an outbreak respiratory disease observed in Bastos region, São Paulo State.

Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Coorientador: Márcio Carvalho da Costa / Banca: Janete Apparecida Desiderio / Banca: Gustavo Adolfo Sabatini / Resumo: Estudos recentes em indivíduos da espécie humana e camundongos relataram que o exercício físico pode alterar a microbiota intestinal. Evidências indicaram que essa comunidade microbiana está envolvida na homeostase do metabolismo do hospedeiro. Ademais, estudos com substâncias ergogênicas são escassos na literatura sobre a microbiota intestinal. Objetivou-se avaliar o impacto do exercício físico agudo e do condicionamento aeróbio associado a suplementação com cromo ou L-carnitina na microbiota intestinal de potras. Nosso modelo experimental utilizou potras da raça Mangalarga Machador em estágio de condicionamento físico incipiente, distribuídas em 4 grupos: Controle (sem exercício), Exercício, L-carnitina e Cromo. As potras foram submetidas a dois testes de esforço incremental e condicionadas em esteira por 42 dias na intensidade de 70-80% do limiar de lactato. Amostras fecais foram obtidas antes e 48 horas após do exercício agudo e do programa de condicionamento. As populações bacterianas foram caracterizadas pelo sequenciamento da região V4 do gene 16S rRNA por meio da plataforma Illumina MiSeq e um total de 5.224.389 de sequências foi obtido de 48 amostras. Para o total de sequências, os três filos mais abundantes foram Firmicutes (50,22%), Verrucomicrobia (15,13%), seguido por 13,80% de bactérias que não foram classificadas no nível filo. Os gêneros com maior abundância relativa foram: Clostridiales não classificados (17,06%), "5 genus incertae sedis" (12,98%) e bactérias não classificadas (12,95%). Nossos resultados indicaram que a atividade física intensa e o condicionamento aeróbio podem alterar a composição e a estrutura da população bacteriana intestinal de potras. O cromo ou a L-carnitina na comparação intra grupos provocaram alterações moderadas na diversidade da microbiota fecal de potras. Entretanto, os resultados dos grupos suplementados não apresentaram alteração em... / Abstract: Recent studies performed in humans and rats reported that exercise could alter the intestinal microbiota. Evidence indicated that this microbial community is involved in the metabolic homeostasis of the host. Moreover, studies about ergogenic substances are scarce in the literature on intestinal microbiota. This study aimed to assess the impact of acute exercise and aerobic conditioning, associated either with chromium or L-carnitine supplementation, on the intestinal microbiota of fillies. Twelve "Mangalarga Marchador" fillies in incipient fitness stage were distribuided into four groups: control (no exercise), exercise, L-carnitine and chromium. The fillies underwent two incremental exercise tests, before and after training on a treadmill for 42 days at 70-80% of the lactate threshold intensity. Fecal samples were obtained before and 48 hours after the acute exercise (incremental exercise test). Bacterial populations were characterized by sequencing the V4 region of the 16S rRNA gene using the MiSeq Illumina platform, and 5,224,389 sequences were obtained from 48 samples. The results showed that the three most abundant phyla were Firmicutes (50.22%), Verrucomicrobia (15.13%), followed by bacteria that were not classified at the phylum level (13.80%). The genera with the highest relative abundance were unclassified Clostridiales (17.06%), "5 genus incertae sedis" (12.98%) and unclassified bacteria (12.95%). Our results indicated that intense physical activity and aerobic conditioning might change the composition and structure of the intestinal bacterial population in fillies. The intra-group comparison showed that chromium or L-carnitine caused moderate changes in the fecal microbiota of fillies. However, the results of the supplemented groups were not different from the exerciseonly group. Thus, further studies using a larger sampling are needed to further investigate these changes / Mestre

84f. / Submitted by Suelen Reis (suziy.ellen@gmail.com) on 2013-03-15T11:34:56Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao%20Vivian%20Regina%20Siedlecki%20seg.pdf: 1388238 bytes, checksum: 841c1f38ab44cc40b8c82ab9c9fdc9c0 (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Meirelles(rodrigomei@ufba.br) on 2013-03-22T14:11:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao%20Vivian%20Regina%20Siedlecki%20seg.pdf: 1388238 bytes, checksum: 841c1f38ab44cc40b8c82ab9c9fdc9c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-22T14:11:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao%20Vivian%20Regina%20Siedlecki%20seg.pdf: 1388238 bytes, checksum: 841c1f38ab44cc40b8c82ab9c9fdc9c0 (MD5) Previous issue date: 2008 / Partindo da concepção de educação como um processo de construção, o presente trabalho teve como objetivo investigar se os conteúdos dos materiais destinados à introdução ao ensino da polifonia pianística no Curso de Formação Musical I (FM I) da Escola de Música e Belas Artes do Paraná (EMBAP), convertem-se em ferramentas representativas para ancorar conceitos, habilidades e procedimentos necessários para a posterior transferência e aplicação no repertório do último ano do referido curso – as Invenções a Duas Vozes de J. S. Bach. Este trabalho está alicerçado em uma fundamentação teórica com ênfase na organização e seqüenciamento dos propósitos curriculares e na multiplicidade de processos de entendimento por parte dos alunos. Também se utilizou o esquadrinhamento dos elementos constituintes das Invenções a Duas Vozes a partir do modelo analítico paradigmático, como forma de verificação das unidades elementares existentes nesta obra e suas relações. Como delineamento metodológico foi realizado um survey de pequeno porte sobre os processos de ensino e aprendizagem da polifonia pianística com os sujeitos envolvidos em tal prática no âmbito da EMBAP, como meio de investigação e interpretação do tema pesquisado. As reflexões sobre as abordagens utilizadas para a iniciação ao estudo da polifonia pianística no curso de FM I da EMBAP foram realizadas por meio da transversalização dos dados obtidos pelo levantamento e dos fundamentos teóricos que deram suporte para esta pesquisa. / Salvador