Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Coorientador: Alexandre Secorun Borges / Banca: Vera Lúcia Mores Rall / Banca: João Pessoa Araújo Junior / Banca: Aline Maria da Silva / Banca: Mario Henrique de Barros / Resumo: Salmonella Enteritidis é um patógeno pertencente à Família Enterobacteriaceae que frequentemente está relacionada a infecções alimentares em humanos, principalmente em crianças, idosos e pacientes imunossuprimidos. A importância deste micro-organismo se dá pela sua prevalência significativa, com distribuição mundial, nos lotes de frangos de corte e de postura de ovos, levando a sérias implicações na saúde pública e ao mercado avícola. O controle eficaz da salmonelose é um desafio, pois envolve um complexo manejo dos animais e tratamento com uso de antibióticos que não garantem a eliminação da infecção. O uso de bacteriófagos líticos contra infecções bacterianas (fagoterapia) vem atender uma demanda crescente por alternativas ao tratamento antimicrobiano convencional. Todavia, a literatura tem relatado o surgimento de certa resistência bacteriana a alguns bacteriófagos líticos, como por exemplo, em Salmonella sp. Diversos são os mecanismos bacterianos de resistência aos fagos, tais como a prevenção de adsorção, o bloqueio da injeção do DNA do fago, restrição-modificação, infecção abortiva e o sistema CRISPR ("clustered regularly interspaced short palindromic repeats") /Cas ("CRISPR associated proteins") de imunidade adquirida. Assim sendo, o presente trabalho objetivou a caracterização molecular da resistência bacteriana de fagos líticos isolados contra cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Para tal, os mecanismos-alvos escolhidos foram o sistema CRISPR/Cas e o bloqueio da adsorção de fagos, via lipopolissacarídeo (LPS). Nas 22 cepas de estudo, um total de 72 CRISPRs foi identificado, com 14 diferentes domínios repetitivos (DR), apresentando um total de 551 sequências de espaçadores e os genes associados cas1, cas2 e cas3. Cas 9 e cas 10 não foram identificados. Foi observado que as cepas resistentes aos fagos líticos possuíam um maior número total... / Abstract: Salmonella Enteritidis is a pathogen that belongs to the Enterobacteriaceae family and is often related to infections transmitted by food in humans, especially in children, elderly and immunosuppressed patients. The importance of this microorganism is because it's significant prevalence with worldwide distribution in lots of poultry, leading to serious implications for public health and poultry industry. Effective control of salmonellosis is a challenging because involves a complex animal handling and treatment with antibiotics that do not guarantee the elimination of infection. The use of lytic bacteriophages against bacterial infections (phage therapy) meets a demand for alternatives to the conventional antimicrobial treatment. However, the literature has reported the emergence of bacterial resistance to some lytic bacteriophages, such as in Salmonella sp. There are several mechanisms of bacterial resistance to phages, such as prevention of adsorption, blocking the injection of phage DNA, restriction-modification, abortive infection and the CRISPR/Cas System acquired immunity. Thus, this research aims to study in a molecular level the bacterial resistance of lytic phages isolated from pathogenic strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Two mechanisms have been chosen: the CRISPR/Cas system and blocking of phage adsorption via LPS. From 22 SE strains, a total of 72 CRISPRs was identified with 14 different repetitive domains (DR), presenting a total of 551 spacers' sequences and cas1, cas2 and cas3 CRISPR associated genes. Cas 9 and cas 10 genes weren't identified. It was observed that phage lytic resistant strains have a higher total number of spacers in the CRISPR locus in relation to sensitive strains, and this difference was statistically significant. Phylogenetic analysis of cas genes from CRISPR/Cas system, of rfaC, rfaH, cpsG, manB, manc, lpxA, lpxB and lpxC genes (related to LPS) and of... / Doutor

Resumo:A eimeriose é a enfermidade parasitária importante em coelhos, que são hospedeiros de 11 espécies de Eimeria. A criptosporidiose é uma zoonose que pode ser transmitida por meio de alimentos e água contaminados com oocistos eliminados por animais e pessoas infectadas. O objetivo deste estudo foi verificar a ocorrência de Eimeria spp. e de Cryptosporidium spp. em amostras fecais de coelhos, realizar a classificação molecular e relacionar a presença dos parasitos às diferentes categorias, em criações brasileiras. Amostras fecais (n = 514) foram colhidas de 21 granjas. Os oocistos foram purificados e visualizados por microscopia. Cinquenta e cinco amostras positivas para Eimeria spp., pela microscopia, foram submetidas à reação em cadeia pela polimerase (PCR) para amplificação de fragmento parcial da região ITS1 do gene do rRNA de Eimeria spp. e dos genes da subunidade 18S do rRNA e da glicloproteína GP60 de Cryptosporidium spp.. A microscopia revelou positividade de 19,45% (100/514) para Eimeria spp. e de 1,56% (8/514) para Cryptosporidium spp.. A PCR identificou E. exigua (14,5%), E. flavescens (61,8%), E. intestinalis (16,36%), E. irresidua (16,4%), E. magna (50,9%), E. media (3,6%), E. perforans (36,4%), E. piriformis (20,0%), E. stiedai (7,3%) e E. vejdovskyi (7,3%). Maior positividade foi observada em mini coelhos 33,17% (69/208), coelhos jovens 46,67% (35/75) e em fêmeas lactantes 24,47% (23/94). Sete amostras foram positivas pela PCR (12,73%; 7/55) para Cryptosporidium spp.. Pela análise molecular foi possível identificar Cryptosporidium cuniculus (18S rRNA) e C. cuniculus subtipo VbA21 (gp60) em coelhos jovens e matrizes. / Abstract:The eimeriosis is an important parasitic disease in rabbits, that can host 11 species of Eimeria. Cryptosporidiosis is a zoonotic disease that can be transmitted through food, drinking water and by contact with infected animals and people. The objective of this study was to verify the occurrence of Eimeria spp. and Cryptosporidium spp. in fecal samples of rabbits, perform their molecular classification and relate the presence of the parasites to the different categories in the Brazilian farms. Fecal samples (n = 514) were collected from 21 farms. The oocysts were purified and visualized by microscopy. Fifty five samples positive for Eimeria spp. using microscopy were subjected to polymerase chain reaction (PCR) for amplification of a partial fragment of the ITS1 region of the rRNA gene of Eimeria spp. and the 18S rRNA and the gp60 glycoprotein genes of Cryptosporidium spp.. The microscopy revealed positivity of 19.45% (100/514) for Eimeria spp. and 1.56% (8/514) for Cryptosporidium spp.. The PCR identified E. exigua (14.5%), E. flavescens (61.8%), E. intestinalis (16.36%), E. irresidua (16.4%), E. magna (50.9 %), E. media (3.6%), E. perforans (36.4%), E. piriformis (20.0%), E. stiedai (7.3%) and E. vejdovskyi (7.3 %). Higher positivity was observed in mini rabbits 33.17% (69/208), young rabbits 46.67% (35/75) and in lactating females 24.47% (23/94). Seven samples were positive by PCR (12.73%; 7/55) for Cryptosporidium spp.. Molecular analysis revealed Cryptosporidium cuniculus (18S rRNA) and C. cuniculus subtype VbA21 (gp60) in young rabbits and in does / Orientador:Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca:Weslen Fabricio Pires Teixeira / Banca:Paola Moretti Rueda / Banca:Giane Serafim da Silva / Banca:Katia Denise Saraiva Bresciani / Doutor

O planejamento estratégico de lavra corresponde ao processo para se determinar o \"melhor\" projeto e sequenciamento da lavra, segundo uma estratégia previamente estabelecida. É considerado um elemento chave para o sucesso de um empreendimento de mineração, uma vez que subsidia o processo decisório sobre a sua condução e desenvolvimento. Métodos de planejamento estratégico de lavra convencionais estão baseados em modelos determinísticos, que não são capazes de tomar em consideração a variabilidade intrínseca dos principais elementos que os compõem, consequentemente, podem apresentar resultados bastante distantes da realidade e muitas vezes até comprometer a viabilidade do empreendimento. As incertezas geológicas são consideradas como as principais contribuintes para que projetos de mineração falhem em alcançar as expectativas originalmente projetadas. Este estudo apresenta uma metodologia abrangente, que de forma multi-estagiada, utiliza modelos condicionalmente simulados para quantificar e transferir os riscos associados às propriedades geológicas ao longo do processo de planejamento de lavra. Esta função de transferência integra e incorpora distintos métodos de análises quantitativas, incluindo: Teoria Gráfica; Teoria dos Conjuntos; Realces Flutuantes; e Programação Dinâmica. Seus resultados são finalmente convertidos em atividades de lavra, constituindo um sequenciamento de lavra global, controlado pelos riscos, e adicionalmente refinado a partir de uma interface PERT-GANTT. Logo, análises qualitativas podem também ser consideradas, possibilitando que elementos de flexibilidade e adaptação estratégicas participem deste processo. Os resultados obtidos por esta metodologia, quando comparados aos métodos tradicionais, asseguram um planejamento estratégico de lavra que ao mesmo tempo que maximiza o valor presente líquido, delimitado pelas restrições operacionais e estratégias previamente adotadas, também é capaz de avaliar a sensibilidade do empreendimento às variações dos seus principais componentes, consequentemente, oferecendo maior segurança e correção ao processo decisório a este relacionado. / Strategic mine planning corresponds to the process to determine the best mine design and scheduling according to a previously stablished strategy. It is considered as a key element for the success of a mining venture, once supports the decision process related to it conduct and development. Conventional strategic mine planning methods are based on deterministics models, which are not capable to take into account the intrinsic variability related to it main components. Therefore, it can present results which are fairly distant from the reality and even compromise mine feasibility. Geological uncertainties are considered to be a major contributor to projects which fail to meet expectations. This study presents a comprehensive, multistage, mine planning methodology which utilizes conditional simulated models to address the risks and uncertainties associated with geological properties in order to measure, quantify and assess these factors throughout the mine planning process. This transfer function integrates and encompasses different quantitative analysis methods including graph theory, set theory, floating stopes and dynamic programming. Those are driven by risk measurements and the results are converted into mine activities whose final scheduling can be further refined in a PERT-GANTT interface. This also allows for qualitative analysis being undertaken in the final mine scheduling hence ensuring that operating flexibility and strategic adaptability could be also taken into account. The products obtained from this methodology, when compared with traditional methods, ensure that a strategic mine planning could achieve net present value maximization, constrained by operational elements and a strategy previously adopted, and at the same time it is also capable to evaluate the mine sensitivities according to it main components variation. Hence this methodology will offer and deliver higher safety and correction to the decision process associated to the mine venture.

O parvovírus humano B19 é um vírus não envelopado, que contém uma fita simples de DNA. Seu genoma é altamente conservado, com 98 a 99% de similaridade entre os isolados. Durante a última década, variantes do parvovírus B19, gênero Erythrovirus, foram descritas apresentando variabilidade genética de 11 a 14. Uma nova classificação foi proposta, dividindo o gênero em três diferentes genótipos (1, 2, 3a e 3b). Para avaliar a diversidade genética e o papel epidemiológico dos eritrovírus, 892 amostras brasileiras e chilenas, foram investigadas para a presença de DNA viral. As amostras positivas foram seqüênciadas e genotipadas através da analise da região VP1/VP2. Os resultados mostraram predominância do genótipo 1 (89 amostras), seguido do genótipo 3 (1 amostra), nas amostras brasileiras, enquanto que nas amostras chilenas, apenas o genótipo 1 foi observado (24 amostras). A única variante detectada, a amostra BR543, apresentou variabilidade de aproximadamente 13%, quando comparada ao B19, sendo classificada como genótipo 3, subtipo 3b. / Human Parvovirus B19 is a non-enveloped, ssDNA virus. The genome is highly conserved, showing 98 to 99% of nucleotide similarity between the isolates. During the last decade, parvovirus B19 variants, genus Erythrovirus, were described showing 11 to 14 %. A new classification was suggested, dividing the genus in three different genotypes (1, 2, 3a and 3b). To evaluate the epidemiology and the erythrovirus genetic diversity, 892 brazilians and chileans samples, were investigated for the virus DNA presence. The positive samples were sequenced and genotyped (VP1/VP2). The results showed the prevalence of genotype 1 (69 samples), followed by genotype 3 (1 sample), in the brazilians samples, and in the Chilean samples only genotype 1 was observed (24 samples). The variant detected, BR543, showed 13% of divergence when compared to B19, classified as genotype 3, subtype 3b.

O presente estudo teve por objetivos caracterizar os vírus Influenza circulantes na cidade de São Paulo e verificar a variabilidade genética do gene da neuraminidase (NA) dos Influenzavírus A. Um total de 3009 amostras de crianças internadas no Hospital Universitário da USP, no período de 1995 a 2006, foram submetidas à duplex RT-PCR para detecção dos Influenzavírus A e B (IA e IB). As amostras positivas para IA foram submetidas à subtipagem pela multiplex RT-PCR. Cento e trinta e três amostras (4,4%) foram positivas, sendo 88,0% (117/133) IA e 12,0% (16/133) IB. Entre as amostras IA, 94 eram H3N2, 7 H1N1 e 16 não foram subtipadas pela multiplex. Um total de 74 amostras (71 H3N2 e 3 H1N1) tiveram o gene da neuraminidase sequenciado (total ou parcialmente). As sequências obtidas foram submetidas à análise filogenética, sendo verificado o agrupamento das cepas circulantes em clusters por ano de isolamento, demonstrando sua evolução temporal. Quando comparadas com as cepas vacinais utilizadas no período, foi verificada uma boa similaridade. / The aim of this study was to characterize Influenza virus circulating in São Paulo city and the neuraminidase (NA) gene sequence of Influenzavirus A in 3009 samples from children hospitalized at USP University Hospital, from 1995 to 2006. Samples underwent duplex RT-PCR for detection and typing of Influenza virus A and B (IA and IB) and also were submitted to multiplex PCR for subtyping of IA. Among 3009 samples, 4.4% were Influenza virus, being 88.0% IA (117/133) and 12.0% IB (16/133). Among samples of IA, 94 were characterized as H3N2, 7 H1N1 and 16 were not subtyped. A total of 74 samples (71 H3N2 and 3 H1N1) had the NA gene sequenced (total or partially). Sequences obtained were compared to sequences of the world and sequences of vaccine strains. Brazilian samples were grouped in clusters with samples isolated in the same year. It was also found a good similarity between circulating strains and vaccine strains.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese valeria.pdf: 2053227 bytes, checksum: 9897e5628e288900b234c5acbe0fb42b (MD5) Previous issue date: 2008-08-06 / Nowadays, dengue constitute the major public health problem, because is relevant cause of illness and death between thousands people that resident in the tropical and subtropical regions in world. The dengue virus is classified as four serotypes (DENV-1, 2, 3 and 4) according to antigenic differences and characterized intra-typical groups called genotypes. The laboratorial surveillance enables the diagnostic confirmation of dengue infection and monitoring serotypes circulating through the routine diagnostic techniques. Recently, the use molecular techniques has contributed to characterize and monitoring of the genotypes potentially virulent during epidemic and knowledge of biology of dengue virus. This thesis was organized in an introduction section, that include a literature review on dengue, and two manuscripts that describing the research conducted with focus on laboratory diagnostic and molecular epidemiology. The first manuscript entitled Laboratorial Surveillance of Dengue Virus in Central-Brazil, 1994-2003, was published at Journal of Clinical Virology, 2006 37 (3): 179-83. In this study we present the results of the virological surveillance for dengue cases conducted in the city of Goiânia (~1,200,000 population) from 1994 to 2003. Suspected cases were from the main public infectious disease reference hospital and outpatient clinics covering the metropolitan area. Serological and virus isolation tests were conduced at the regional reference laboratory. Our objective was to report dengue circulating serotypes from 1994 to 2003 and the role of distinct serotypes on dengue clinical outcomes in Central Brazil and to characterize serotypes and genotypes by reverse transcriptase PCR (RT-PCR) and by restricted site-specific PCR (RSS-PCR) patterns in selected samples. Laboratory surveillance identified mainly DEN-1 serotype from 1994 to 2002 shifting to a high circulation of DEN-3 in 2003. The adults (87,4%) were the most affected group and dengue fever accounted for the majority of the cases. Diagnosis of dengue was confirmed in ~50% of the suspected and enhanced by RT-PCR. RSS-PCR patterns for DEN-1 and DEN-3 corresponded to the circulating subtypes in the country. The infection DENV-3 did not suggest a major role of infecting DEN-3 in increasing disease severity during its first-year spread in Central Brazil. The second manuscript, to be submitted for publication is entitled: Epidemiologia Molecular do Vírus Dengue tipo 3 em Goiânia GO, 2005-2006. The objective of this manuscript was to characterize the DENV-3 genotype circulating isolated from well-characterized clinical and laboratory samples in Goiânia-GO/Brasil. Seven samples had sequences of the prM/M/E region obtained and comparative analysis was performed with the reference strains. The results showed the homology of the genomics sequences with genotype III strains. The nucleotide identity of the all the samples varied from 97.0% to 99.6% and the amino acid sequences from 97.5% to 99.5%. The analysis of the nucleotide sequence revealed silent mutation and 14 amino acid changes in the protein deduced from gene prM/M/E. In conclusion, the study confirms that the strains of DENV-3 in Central Brazil relate to genotype III. The genomic changes along Domain III of the protein E were observed, which could affect the pathogenicity, but were not consistent between samples of DCC and DHF. Samples of patients with dengue fever had mutations related to viral attenuation. More investigation is necessary to evidence of genomic changes found in relationship with clinical forms. / Atualmente, a dengue representa um dos maiores problemas em saúde pública, pois é causa de doença e morte entre milhares de pessoas que residem nas regiões tropicais e subtropicais do mundo. Os vírus dengue existem como quatro sorotipos virais (DENV-1 a DENV-4) de acordo com diferenças antigênicas, sendo caracterizados grupos intra-típicos denominados genótipos. A vigilância laboratorial possibilita a confirmação diagnóstica de infecção por dengue e o monitoramento de sorotipos circulantes, através de técnicas diagnósticas de rotina. Recentemente, o uso de técnicas moleculares tem contribuído para a caracterização e monitoramento de genótipos potencialmente virulentos na vigência de epidemias e melhor entendimento da biologia do vírus. Esta tese de doutorado compreende uma introdução que contempla uma revisão da literatura sobre dengue e dois manuscritos que descrevem as pesquisas realizadas com enfoque no diagnóstico laboratorial e epidemiologia molecular. O primeiro manuscrito intitulado Laboratorial Surveillance of Dengue Virus in Central-Brazil, 1994-2003, foi publicado no Journal of Clinical Virology, 2006 37 (3): 179-83. Neste estudo, apresentamos os resultados de uma vigilância laboratorial conduzida na cidade de Goiânia na região Centro-Oeste do Brasil, desde a introdução dos vírus dengue em 1994 até 2003. Casos com suspeita clínica de dengue foram atendidos em unidades de saúde e hospitais de referência da região metropolitana e os testes sorológicos e/ou isolamento viral realizados no laboratório de referência estadual LACEN-GO. Nosso objetivo foi descrever sobre os sorotipos virais circulantes de dengue nos anos de 1994 a 2003 e o seu papel nos desfechos clínicos de dengue na região Centro-Oeste do Brasil e caracterizar sorotipos e genótipos ou subtipos genômicos pela RT-PCR e RSS-PCR em amostras selecionadas. O sorotipo DENV-1 foi identificado como prevalente nos anos 1994 a 2002, sendo substituído por DENV-3 em 2003. Os adultos (87,4%) foram mais atingidos e a dengue clássica a mais diagnosticada. A dengue foi confirmada em 50% dos casos suspeitos de dengue incrementado pela RT-PCR. Os genótipos ou subtipos genômicos do DENV-1 e DENV-3 corresponderam circulantes no país. A infecção pelo DENV-3 não sugere um papel relevante no aumento da gravidade da doença durante seu primeiro ano de dispersão no Centro-Oeste do Brasil. O segundo manuscrito, a ser submetido à publicação, foi intitulado Epidemiologia Molecular do Vírus Dengue tipo 3 em Goiânia GO, 2005-2006. O objetivo desse trabalho foi caracterizar o genótipo circulante do DENV-3 isolado de amostras bem caracterizadas clínica e laboratorialmente em Goiânia-GO/Brasil e analisar as alterações genômicas encontradas. Sete seqüências regiões prM/M/E, foram obtidas e analisadas em comparação com cepas protótipo do DENV-3. As seqüências do estudo apresentaram maior homologia com a cepas do genótipo III. O percentual de identidade nucleotídica das amostras do DENV-3 seqüenciadas variou de 97,0% a 99,6% e de aminoácidos 97,5% a 99,5%, mostrando-se conservadas. A análise da seqüência nucleotídica das amostras do estudo revelou mutações silenciosas e 14 substituições de aminoácidos na seqüência da proteína deduzida do gene prM/M/E. Em conclusão, o estudo confirma que as cepas de DENV-3 da região centrooeste pertencem ao genótipo III. Alterações genômicas significativas foram observadas ao longo do domínio III da proteína E, as quais poderiam afetar a patogenicidade, entretanto não foram consistentes entre as amostras de DCC e FHD. As amostras de pacientes com dengue clássica apresentaram alterações em resíduos de aminoácidos no domínio III relatados como pontos de atenuação viral. Maiores investigações serão necessárias para confirmar as alterações encontradas e sua relação com as formas clínicas.

O presente estudo teve por objetivos caracterizar os vírus Influenza circulantes na cidade de São Paulo e verificar a variabilidade genética do gene da neuraminidase (NA) dos Influenzavírus A. Um total de 3009 amostras de crianças internadas no Hospital Universitário da USP, no período de 1995 a 2006, foram submetidas à duplex RT-PCR para detecção dos Influenzavírus A e B (IA e IB). As amostras positivas para IA foram submetidas à subtipagem pela multiplex RT-PCR. Cento e trinta e três amostras (4,4%) foram positivas, sendo 88,0% (117/133) IA e 12,0% (16/133) IB. Entre as amostras IA, 94 eram H3N2, 7 H1N1 e 16 não foram subtipadas pela multiplex. Um total de 74 amostras (71 H3N2 e 3 H1N1) tiveram o gene da neuraminidase sequenciado (total ou parcialmente). As sequências obtidas foram submetidas à análise filogenética, sendo verificado o agrupamento das cepas circulantes em clusters por ano de isolamento, demonstrando sua evolução temporal. Quando comparadas com as cepas vacinais utilizadas no período, foi verificada uma boa similaridade. / The aim of this study was to characterize Influenza virus circulating in São Paulo city and the neuraminidase (NA) gene sequence of Influenzavirus A in 3009 samples from children hospitalized at USP University Hospital, from 1995 to 2006. Samples underwent duplex RT-PCR for detection and typing of Influenza virus A and B (IA and IB) and also were submitted to multiplex PCR for subtyping of IA. Among 3009 samples, 4.4% were Influenza virus, being 88.0% IA (117/133) and 12.0% IB (16/133). Among samples of IA, 94 were characterized as H3N2, 7 H1N1 and 16 were not subtyped. A total of 74 samples (71 H3N2 and 3 H1N1) had the NA gene sequenced (total or partially). Sequences obtained were compared to sequences of the world and sequences of vaccine strains. Brazilian samples were grouped in clusters with samples isolated in the same year. It was also found a good similarity between circulating strains and vaccine strains.

Pratylenchus brachyurus é um dos nematóides mais disseminados na cultura do algodão nas áreas produtoras do Brasil. Sua patogenicidade ao algodoeiro, entretanto, é pouco estudada. Os objetivos deste trabalho foram: i) correlacionar níveis populacionais iniciais crescentes de P. brachyurus (0, 12.000, 30.000 e 75.000 exemplares/ planta) com os danos causados ao algodoeiro \'Delta Opal\'; ii) avaliar a patogenicidade de populações de P. brachyurus em algodoeiros \'Delta Opal\' e \'Fibermax 966\'; iii) testar cultivares de algodão em relação à reprodução de três populações de P. brachyurus ; iv) caracterizar a relação parasito-hospedeiro (em termos de suscetibilidade/resistência) de alguns adubos verdes, coberturas vegetais e pastagens a Pratylenchus brachyurus; v) caracterizar molecularmente populações de P. brachyurus, através de PCR-RFLP e seqüenciamento da região ITS-1 do rDNA. Os resultados sugerem que P. brachyurus é patógeno pouco agressivo da cultura do algodão, já que não se verificaram danos significativos às plantas em densidades populacionais do nematóide inferiores a 12.000 exemplares/ planta. Em relação às cultivares, todas foram suscetíveis a P. brachyurus . Entre as espécies vegetais testadas, as que se mostraram resistentes a P. brachyurus foram Crotalaria spectabilis, C. breviflora, amaranto \'BRS Alegria\', nabo forrageiro \'Comum\' e as cultivares de aveia preta Campeira Mor, IPFA 99006, Comum, CPAO 0010 e Garoa. As análises de PCRRFLP revelaram variabilidade genética entre as diferentes populações de P. brachyurus estudadas, em função dos diferentes padrões de bandas encontrados para as populações estudadas. O seqüenciamento da região ITS-1 do rDNA confirmou a variabilidade observada pela digestão enzimática, além de evidenciar heterogeneidade das regiões 18S e ITS-1 do rDNA de P. brachyurus / Although Pratylenchus brachyurus is widespread in Brazilian cotton fields, information about its importance as a cotton pathogen is scarce. The objectives of this work were: i) correlate crescent initial population densities (0; 12,000; 30,000; and 75,000 nematodes/ plant) with damage on cotton \'Delta Opal\'; ii) measure the pathogenic effect of P. brachyurus on cotton \'Delta Opal\' and \'Fibermax 966\'; iii) characterize the reaction of cotton cultivars to three populations of P. brachyurus ; iv) characterize the host reaction (in terms of susceptibility/ resistance) of some green manures, cover crops and pastures to two populations of P. brachyurus; v) characterize different populations of P. brachyurus by PCR-RFLP and sequencing of ITS-1 rDNA region. Results suggest that P. brachyurus is an eventual pathogen of cotton, since high population levels were necessary to reduce plant growth (< 12,000 nematodes/ plant). All cotton cultivars tested were rated as susceptible to P. brachyurus In relation to crop species tested, Crotalaria spectabilis, C. breviflora, amaranth \'BRS Alegria\', oil radish \'Comum\', and the black oat cultivars Campeira Mor, IPFA 99006, Comum, CPAO 0010, and Garoa were resistant to P. brachyurus PCR-RFLP showed intraspecific variability for different population of P. brachyurus studied. Sequencing of the ITS-1 rDNA region confirmed the results of the enzymatic digestion and demonstrated heterogeneity of 18S and ITS-1 rDNA regions of P. brachyurus.

Orientador: Alexandre Secorun Borges / Banca: João Pessoa Araújo Junior / Banca: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Eduardo Furtado Flores / Banca: Marcelo Mendes Brandão / Resumo: Herpesvirus bovino (BoHV-5) é um alfaherpesvirus que causa meningoencefalite não-supurativa preferencialmente em bovinos jovens. Esta enfermidade ocorre naturalmente em surtos ou casos isolados, apresentando baixa morbidade e alta letalidade. A epidemiologia, as características anatomopatológicas e o diagnóstico do BoHV-5 são bem conhecido. No entanto, as interações moleculares entre a células hospedeiras e o BoHV-5 são pobremente compreendidas. Técnicas moleculares como a PCR quantitativa e o sequenciamento de RNA (RNA-seq) são importantes ferramentas para o estudo de interações entre vírus e células hospedeiras. Neste estudo células MDBK foram infectadas pelo BoHV-5, cepa SV507-99 e o mRNA extraído em 0, 6, 12, 18, e 24 horas após a infecção (pi) foi utilizado para avaliar a expressão de genes do vírus e da célula hospedeira por qPCR e o mRNA de 1h, 6h e 24h pi foram utilizado no estudo por RNA-seq. Células MDBK não infectadas foram usadas como controle. A qPCR demonstrou que os três genes do BoHV-5 estudados (bICP0, UL9 e US4) apresentaram perfil de expressão semelhante nos diferentes momentos após infecção e que o gene bovino GAPDH teve sua expressão diminuída pela infecção viral. Ao menos 900 genes foram diferencialmente expressos para cada momento de infecção na análise por RNA-seq. Estes genes estavam principalmente relacionados a vias celulares de controle de ciclo celular, produção de interleucinas, quimiotaxia para células inflamatórias, reparo e dano ao DNA, resposta a vírus, apoptose, processo oxidativo, e ubiquitização de moléculas. Estes resultados representam novos conhecimentos sobre a interação entre o BoHV-5 e as células bovinas e podem representar um ponto de partida para novas pesquisas e melhor compreensão da patogenia deste vírus / Abstract: Bovine herpesvirus 5 (BoHV-5) is an Alphaherpesvirus that causes nonsuppurative meningoencephalitis mainly in young cattle. This disease occurs naturally in either outbreaks or isolated cases, and exhibits low morbidity and high lethality. Besides BoHV-5 epidemiology, pathological findings and diagnosis were well known, the molecular interactions between host cell and BoHV-5 are poorly understood. Molecular biology techniques such as quantitative PCR (qPCR) and RNA sequencing (RNA-seq) are important tools to study virus and host cell interactions. In this study we infected MDBK cells and use the extracted mRNA at 0, 6, 12, 18 and 24h post infection (pi) to analyse BoHV-5 (bICP0, UL9 e US4) and host cell gene (GAPDH) expression using qPCR and 1h, 6h and 24h pi in the RNA-seq study. Mock-infected cells were used to control purpouse. The qPCR releveled that the three BoHV-5 genes showed the same expression behavior during the infection and the GAPDH gene were down-regulated in the infected group. At least 900 genes were differentially expressed during BoHV-5 in each moment analysed by RNA-seq. These genes were up- or down-regulated and mainly associated with cell cycle, interleukin production, inflammatory cells chemotaxis, DNA damage and repair, response to virus, apoptosis, oxidation-reduction process, and ubiquitination pathways. The results demonstrate new insights about BoHV-5 and bovine cells interactions and could be a starting point to new researches and to better understand the pathology of this virus / Doutor

Este trabalho foi realizado com a finalidade de avaliar a degradação anaeróbia de benzoato por bactérias redutoras de sulfato (BRS). A primeira fase experimental avaliou essa degradação utilizando como inóculo biomassa de reator anaeróbio horizontal de leito fixo (RAHLF) utilizado no tratamento de água residuária de indústria de peróxidos orgânicos. Os ensaios foram realizados em reatores em batelada mantidos em temperatura de 33ºC ±1 e agitação de 150 rpm. Os reatores foram alimentados com meio para BRS e diferentes concentrações de benzoato e sulfato, estabelecendo as seguintes relações: 0,9 (890 mg/L e 970 mg/L), 0,8 (660 mg/L e 870 mg/L) e 0,6 (242 mg/L e 400 mg/L). Após 13 dias verificou-se valores de remoção do benzoato e utilização do sulfato iguais a: (0,9) 71,2% e 98%, (0,7) 97% e 99,9% e (0,6) 91,3% e 15%, respectivamente. Os exames microscópicos revelaram o predomínio de BRS. Na segunda fase experimental foi realizada a purificação celular, utilizando-se técnica de diluição seriada em meio líquido, obtendo-se cultura com predomínio de cocos, gram-negativos, diâmetro médio de 1,8 mm, não formadores de esporos e desulfoviridina positiva. Sendo identificadas como Desulfococcus multivorans através de seqüenciamento do DNAr 16S. As células foram submetidas a testes fisiológicos visando caracterizar o crescimento com diferentes aceptores de elétrons e substratos orgânicos. Nas condições em que predominaram cocos o consumo das fontes de carbono foram melhores quando as fontes aceptoras de elétron eram possuidoras de enxofre. Na terceira fase experimental foram realizados ensaios com a cultura purificada em reatores anaeróbios em batelada submetidos as seguintes concentrações de benzoato e sulfato estabelecendo relações de: (0,3) 600 mg/L e 2000 mg/L; (0,6) 606 mg/L e 1000 mg/L; (1,2) 600 mg/L e 500 mg/L; (1,8) 910 mg/L e 500 mg/L, respectivamente. Após, 13 dias de operação, verificou-se valores de remoção do benzoato e utilização do sulfato, iguais a: 99% e 61,2% (0,3), 99% e 100% (0,6), 99% e 100% (1,2) e 50% e 100% (1,8), respectivamente. A velocidade de crescimento (&#956) e o tempo de geração (Tg) foram respectivamente: 0,010 h-1 e 66,4 horas, para relação 0,6 e 0,011 h-1 e 66,1 horas, para a relação 0,3. / This work was carried out aiming to assess benzoate anaerobic degradation by sulfate-reducing bacteria (SRB). The first experimental phase consisted of assessing this degradation using biomass provided from a horizontal anaerobic immobilized bed reactor (HAIB) applied in the treatment of wastewater from an organic peroxide industry. The essays were carried out in batch reactors kept under 33ºC ±1 of temperature and 150 rpm of agitation. The reactors were fed with a specific culture medium for SRB and also with different concentrations of benzoate and sulfate, establishing the following relations: 0.9 (890 mg/L and 970 mg/L), 0.8 (680 mg/L and 870 mg/L) and 0.6 (242 mg/L and 400 mg/L), respectively. After 13 days of operation, benzoate removal and sulfate utilization efficiency values equal to: (0.9) 71.2% and 98%, (0.8) 97% and 99.9% and (0.6) 91.3% and 15%, respectively, were verified. The microscopic exams revealed the domain of SRB. In the second experimental phase cellular purification was carried out using the serial dilution technique in liquid medium, obtaining a culture with the domain of gram-negatives cocci, average diameter of 1,8 mm, nonspore-forming and desulfoviridin positive. These cells were identified as Desulfococcus multivorans through the use of ribosomal 16S DNA sequencing technique. This biomass was submitted to physiological tests aiming to characterize the growth with different electron acceptors and organic substrates. It was possible to verify that in the conditions where cocci took place, the consumption of carbon sources were better when the electron accepting sources possessed sulfur. In the third experimental phase essays with culture purified, the reactors were submitted to the following concentrations of benzoate and sulfate: relation (0.3), with 600.0 mg/L and 2000.0 mg/L; relation (0.6) with 606 mg/L and 1000 mg/L; relation (1.2), with 600 mg/L and 500 mg/L; relation (1.8), with 910 mg/L and 500 mg/L, respectively. After 13 days of operation, benzoate removal and sulfate utilization values were equal to: 99% and 61.2% (0.3), 99% and 100% (0.6), 99% and 100% (1.2) and 50% and 100% (1.8), respectively. The specific growth rate (&#956) and the generation time (Tg) of culture, were equal to: 0.010 h-1 and 66.4 hours for relation 0.6 and 0.011 h-1 and 66.1 hours for relation 0.3, respectively.