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Liberalização e estabilização: evidência de seqüênciamento para o caso brasileiro

Padovani, Roberto 13 September 1996 (has links)
Made available in DSpace on 2010-04-20T20:18:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 1996-09-13T00:00:00Z / Mostra que o sucesso inicial do Plano Real está intimamente associado ao processo de abertura comercial implementado a partir de 1988. Demonstra que o seqüenciamento ideal entre as políticas de abertura e estabilização econômica não supõe, necessariamente, a antecedência da estabilização. Analisa as interrelações entre as duas políticas por meio de aspectos levantados pela literatura recente, do exame de experiências latino-americanas e da análise da relação entre volume importado e preços praticados pelo setor doméstico de máquinas e equipamentos.
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Expressão diferencial de mRNA em células de cultivo infectadas ple herpesvírus bovino 5 / In vitro mRNA differential expressionin bovine herpevirus 5 infection

Cagnini, Didier Quevedo [UNESP] 12 December 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-10-06T13:02:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-12. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:19:26Z : No. of bitstreams: 1 000847194.pdf: 1197011 bytes, checksum: 7209fde66f8374f6f0f630a8a112ded9 (MD5) / Herpesvirus bovino (BoHV-5) é um alfaherpesvirus que causa meningoencefalite não-supurativa preferencialmente em bovinos jovens. Esta enfermidade ocorre naturalmente em surtos ou casos isolados, apresentando baixa morbidade e alta letalidade. A epidemiologia, as características anatomopatológicas e o diagnóstico do BoHV-5 são bem conhecido. No entanto, as interações moleculares entre a células hospedeiras e o BoHV-5 são pobremente compreendidas. Técnicas moleculares como a PCR quantitativa e o sequenciamento de RNA (RNA-seq) são importantes ferramentas para o estudo de interações entre vírus e células hospedeiras. Neste estudo células MDBK foram infectadas pelo BoHV-5, cepa SV507-99 e o mRNA extraído em 0, 6, 12, 18, e 24 horas após a infecção (pi) foi utilizado para avaliar a expressão de genes do vírus e da célula hospedeira por qPCR e o mRNA de 1h, 6h e 24h pi foram utilizado no estudo por RNA-seq. Células MDBK não infectadas foram usadas como controle. A qPCR demonstrou que os três genes do BoHV-5 estudados (bICP0, UL9 e US4) apresentaram perfil de expressão semelhante nos diferentes momentos após infecção e que o gene bovino GAPDH teve sua expressão diminuída pela infecção viral. Ao menos 900 genes foram diferencialmente expressos para cada momento de infecção na análise por RNA-seq. Estes genes estavam principalmente relacionados a vias celulares de controle de ciclo celular, produção de interleucinas, quimiotaxia para células inflamatórias, reparo e dano ao DNA, resposta a vírus, apoptose, processo oxidativo, e ubiquitização de moléculas. Estes resultados representam novos conhecimentos sobre a interação entre o BoHV-5 e as células bovinas e podem representar um ponto de partida para novas pesquisas e melhor compreensão da patogenia deste vírus / Bovine herpesvirus 5 (BoHV-5) is an Alphaherpesvirus that causes nonsuppurative meningoencephalitis mainly in young cattle. This disease occurs naturally in either outbreaks or isolated cases, and exhibits low morbidity and high lethality. Besides BoHV-5 epidemiology, pathological findings and diagnosis were well known, the molecular interactions between host cell and BoHV-5 are poorly understood. Molecular biology techniques such as quantitative PCR (qPCR) and RNA sequencing (RNA-seq) are important tools to study virus and host cell interactions. In this study we infected MDBK cells and use the extracted mRNA at 0, 6, 12, 18 and 24h post infection (pi) to analyse BoHV-5 (bICP0, UL9 e US4) and host cell gene (GAPDH) expression using qPCR and 1h, 6h and 24h pi in the RNA-seq study. Mock-infected cells were used to control purpouse. The qPCR releveled that the three BoHV-5 genes showed the same expression behavior during the infection and the GAPDH gene were down-regulated in the infected group. At least 900 genes were differentially expressed during BoHV-5 in each moment analysed by RNA-seq. These genes were up- or down-regulated and mainly associated with cell cycle, interleukin production, inflammatory cells chemotaxis, DNA damage and repair, response to virus, apoptosis, oxidation-reduction process, and ubiquitination pathways. The results demonstrate new insights about BoHV-5 and bovine cells interactions and could be a starting point to new researches and to better understand the pathology of this virus
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Sequenciamento do genoma completo do vírus Culex flavivirus (Flaviviridae) isolado no Brasil

Machado, Daiane Cristina [UNESP] 24 October 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2018-07-27T18:26:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-10-24. Added 1 bitstream(s) on 2018-07-27T18:30:32Z : No. of bitstreams: 1 000869213.pdf: 1151866 bytes, checksum: 95a9e9bbe8d1c2b6b9784eae9f7abb27 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No Brasil, a presença de ecossistemas com uma grande riqueza e diversidade de animais e cidades grandes e densamente povoadas oferece condições para a ocorrência de diversas arboviroses. Vários arbovírus transmitidos por mosquitos do gênero Culex pertencem ao gênero Flavivirus. Vírus desse gênero são conhecidos por causar doenças em humanos e animais, no entanto, flavivírus que não infectam ou causam doença em vertebrados, replicando somente em artrópodes têm sido descritos. O vírus Culex flavivirus é um exemplo. Ele foi isolado de espécies de mosquitos do gênero Culex na América do Norte, América Central, América do Sul, África e Ásia. Apesar dos estudos realizados em outras partes do mundo, no Brasil há ainda pouca informação sobre esse vírus. Nesse trabalho, realizamos o seqüenciamento do genoma completo do vírus Culex flavivirus (CxFV) isolado de mosquitos Culex de São José do Rio Preto (SP), por meio das técnicas de RT-PCR e seqüenciamento nucleotídico. O genoma viral do isolado CxFV_RPBR07_2007, o qual foi obtido no presente estudo apresentou 10.706 nucleotídeos com uma ORF de 10.092 nucleotídeos (3.364 aminoácidos) flanqueada por uma 5'UTR de 32 nucleotídeos e uma 3'UTR de 582 nucleotídeos. Análises filogenéticas revelaram que o CxFV_RPBR07_2007 agrupa-se com outros flavivírus de insetos, como o Cell fusing agent virus (CFAV) e o Kamiti River virus (KRV), e relaciona-se intimamente com isolados de CxFV do México (América Latina) e de Uganda (África); mantendo relação também com isolados dos Estados Unidos (América do Norte) e do Japão (Ásia). Esses agrupamentos foram também observados em outros estudos filogenéticos / In Brazil, the presence of ecosystems with a wealth and diversity of animals, and cities large and densely populated offers conditions for the occurrence of many arboviruses. Several arboviruses transmitted by mosquitoes of the genus Culex belong to the genus Flavivirus. Viruses of this genus are known to cause disease in humans and animals, however, flaviviruses do not infect or cause disease in vertebrates, replicating only in arthropods have been described. Culex flavivirus virus is an example. He was isolated from species of mosquitoes of the genus Culex in North America, Central America, South America, Africa and Asia. Although studies conducted in other parts of the world, in Brazil there is still little information about this virus. In this work we performed the sequencing of the complete genome of Culex flavivirus virus (CxFV) isolated from Culex mosquitoes in São José do Rio Preto (SP) using the techniques of RT-PCR and nucleotide sequencing. The viral genome of the isolated (CxFV_RPBR07_2007) obtained in the present study presented 10.706 nucleotides with an ORF of 10.092 nucleotides (3.364 amino acids) flanked by a 5'UTR of 32 nucleotides and a 3'UTR of 582 nucleotides. Phylogenetic analyzes revealed that the CxFV_RPBR07_2007 groups with other insect flaviviruses such as the Cell fusing agent virus (CFAV) and Kamiti River virus (KRV), and is closely related to CxFV isolates from Mexico (Latin America) and Uganda (Africa); also maintaining relationship with isolates from the United States of America (North America) and Japan (Asia). These groupings were also observed in other phylogenetic studies
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Um avaliador de cenários simulados para reseqüenciamento da produção em sistemas automatizados de manufatura usando lógica nebulosa.

Fernandes, Marcelo Climaites 20 August 2004 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T19:05:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMCF.pdf: 2219656 bytes, checksum: f83a921d0c03343b903f3ee4976cb75e (MD5) Previous issue date: 2004-08-20 / In the search for competitive advantages, companies of the manufacture industry segment have been investing in the production flexibility and processes automation, looking for assisting a variety of types of products, following a demand for products and with few manual interventions. In this context, tasks like manufacture integration and production planning and management become more complex. The search for solutions in these tasks should always take into account the desired performance of the productive system, in relation to a series of factors like the attendance of delivery dates. Among the planning tasks, the present proposal is to help the production sequencing. This sequencing can be accomplished in several ways as, for instance, using priority rules. Discrete event systems simulation can be used to test different acceptable sequences of production evaluating the conditions or scenarios. However the simulation typically takes long time, not only to run the models but also for the analysis of the obtained data. To deal with the sequencing task due to situations that happen in moments not determined, the time to analyze or define a new arrangement is a very important factor and needs to be short. This proposal presents a system using fuzzy logic, for the evaluation of data obtained from the simulation of scenarios, considering shop floor conditions, to the production sequencing, in order to take a lower time for the evaluation task. / Na busca por vantagens competitivas, empresas do setor de manufatura têm investido na flexibilidade de produção e automação de processos, procurando atender a uma variedade de tipos de produtos, seguindo a demanda por produtos e com baixa intervenção manual. Neste ambiente, tarefas de integração da manufatura, planejamento e gerenciamento da produção, entre outras, tornam-se cada vez mais complexas. A busca por soluções nestas tarefas deve sempre levar em consideração o desempenho desejado do sistema produtivo, em relação a uma série de fatores como, por exemplo, o atendimento de prazos de entrega. Dentre as tarefas de planejamento, a presente proposta atua no seqüenciamento da produção. Este seqüenciamento pode ser realizado de diversas maneiras como, por exemplo, pelo uso de regras de prioridade, visando uma expectativa de resultados. Fazendo-se o uso de simulação de sistemas de eventos discretos, é possível testar diferentes seqüências admissíveis de produção, avaliando-se o desempenho para cada condição ou cenário. Entretanto o uso de simulação tipicamente necessita um tempo relativamente alto, não somente para as chamadas corridas de simulação mas também pelo tempo necessário para análise dos dados obtidos. Para tratar o seqüenciamento diante de situações que ocorrem em momentos não prédeterminados, o tempo de resposta na análise ou de definição de um novo arranjo é um fator muito importante e necessita ser relativamente baixo. Esta proposta apresenta um sistema computacional usando lógica nebulosa, para avaliação de dados obtidos na simulação de cenários representativos de condições de chão de fábrica, para o re-seqüenciamento da produção, buscando reduzir o tempo de avaliação.
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Identificação fenotípica e molecular de Rhodococcus equi e Dietzia maris em bubalinos / Phenotypical and molecular identification of Rhodococcus equi and Dietzia maris in buffaloes

Viana, Luciane Ribeiro 28 August 2007 (has links)
The bacterial identification in laboratories of microbiology is achieved by using several morphophysiological and genetic factors. Some members of the actinomycetes group, like the genera Rhodococcus, Gordonia, Nocardia and Dietzia have similar phenotypical characteristics. As result of this, the laboratorial detection of these microorganisms is often faced with bacterial identification problems. The present work analyzed 24 bacterial isolates from milk and skin of buffalo females (Bubalus bubalis), which previously had been identified as Rhodococcus equi, by using a restricted number of phenotypical tests for bacterial characterization. Using additional biochemical tests and molecular tools, the goal of this study was to perform the characterization of these isolates, as well as the differentiation of other microorganisms closely related. The results of the phenotypical tests had not allowed distinguishing definitely the isolates, once that they demonstrated relationship with two correlated genera, Rhodococcus and Dietzia. Despite the fact, these results allowed the separation of the isolates in three distinct biotypes. Only one of the isolates was confirmed as R. equi through the PCR multiplex specifically for this specie, as well DNA sequencing and DNA fragment analysis. All the other isolates only could be precisely identified after the DNA sequencing, where they were characterized as Dietzia maris. The sensitivity profile to antimicrobials demonstrated the biggest resistance of the D. maris isolates to oxacillin and rifampin, 96% and 87% respectively. The R. equi isolate, presented resistance to amikacin, oxacillin, penicillin, rifampin and tetracycline. Alert for the risk of the incorrect identification of the bacterial isolates by using diagnostic analysis based on phenotypical tests in order to differentiate R. equi and D. maris, besides the necessity to use of complementary tests for differentiation of these microorganisms. / A identificação bacteriana em laboratórios de microbiologia é realizada pela observação de um conjunto de fatores morfofisiológicos e genéticos. Alguns membros do grupo dos actinomicetos, como os gêneros Rhodococcus, Gordonia, Nocardia e Dietzia possuem características fenotípicas semelhantes. Por conseqüência, a identificação microbiológica destes agentes pode enfrentar algumas dificuldades. Neste trabalho foram analisados 24 isolados bacterianos oriundos de leite e pele de búfalas (Bubalus bubalis), os quais foram previamente identificados como Rhodococcus equi, com o uso de um número restrito de testes fenotípicos considerados discriminatórios para a caracterização bacteriana. Com o auxílio de testes bioquímicos adicionais e de ferramentas moleculares objetivou-se neste estudo, realizar a caracterização desses isolados, bem como a diferenciação de outros microrganismos intimamente relacionados. Os resultados dos testes fenotípicos não permitiram identificar os isolados com clareza, uma vez que foram condizentes com dois gêneros relacionados, Rhodococcus e Dietzia. Apesar disso, esses resultados permitiram a separação dos isolados em três fenótipos distintos. Apenas um dos isolados foi comprovado como R. equi com a realização da PCR multiplex para esta espécie, por seqüenciamento e análise de fragmentos de DNA. Os demais isolados analisados somente puderam ser identificados com exatidão após o seqüenciamento do DNA, onde foram caracterizados como Dietzia maris. O perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos revelou maior resistência dos isolados de D. maris para oxacilina e a rifampicina, 96% e 87% respectivamente. O isolado de R. equi, apresentou resistência à amicacina, oxacilina, penicilina, rifampicina e tetraciclina. Alerta-se para o risco da incorreta identificação dos isolados bacterianos pelo uso de análise diagnóstica baseada em testes fenotípicos, a fim de diferenciar R. equi e D. maris e para a necessidade de utilização de testes complementares para diferenciação destes microrganismos.
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Otimização do problema integrado de dimensionamento e seqüenciamento de lotes: estudo de caso na indústria de rações.

Toso, Eli Angela Vitor 01 January 2003 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T19:51:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissEAVT.pdf: 1007944 bytes, checksum: 161890ccd40c1109dd2342d0421e9add (MD5) Previous issue date: 2003-01-01 / Universidade Federal de Minas Gerais / The object of this work is the integrated problem of lot sizing and sequencing the production of feed for animal nutrition. Such problem consists of deciding how much to produce of each feed in each period, taking itself in account the production sequencing of the lots, in way to satisfy the demand and to minimize the costs of production and storage. A case study was carried through in the facility of supplements from a company of this industry, located inland São Paulo, whose problem can be seen as multi-item, single-period and capacitated. One of the great difficulties to the production planning in this factory is the difficulty to adjust the productive capacity with the demand is season of the products, integrating the lot sizing decisions with the line scheduling decisions, since setup times are dependent of the production sequence. This work use integer linear programming for modeling the problem, which is solved with of the modeling language GAMS/CPLEX. To evaluate the performance of the considered model tests with real data had been carried through. The results show that the model can be useful to support the decisions of lot sizing and sequencing, therefore the solutions of the model in the tests realized are better than the ones elaborated by the production planning department of the company. / O objeto deste trabalho é o problema integrado de dimensionamento de lotes e sequenciamento da produção de rações para nutrição animal. Tal problema consiste em decidir quanto produzir de cada ração em cada período, levando-se em conta a seqüência de produção dos lotes, de maneira a satisfazer a demanda e minimizar os custos de produção e estocagem. Um estudo de caso foi realizado na unidade de suplementos de uma empresa do setor, localizada no interior de São Paulo, cujo problema pode ser visto como multi-item, monoestágio e capacitado. Uma das grandes dificuldades para o planejamento da produção nesta indústria é a dificuldade de ajustar a capacidade produtiva a sazonalidade da demanda dos produtos, integrando as decisões de dimensionamento dos lotes e as decisões de sequenciamento, uma vez que os tempos de preparação (setup) são dependentes da seqüência produtiva. Neste trabalho utiliza-se um modelo de programação linear inteira para tratar o problema, que é resolvido por meio de linguagem de modelagem GAMS/ CPLEX. Para avaliar o desempenho do modelo foram realizados testes com dados reais. Os resultados obtidos mostram que o modelo pode ser útil para apoiar as decisões de dimensionamento e seqüenciamento de lotes, pois os resultados do modelo nos testes realizados foram melhores que os elaborados pelo planejamento da empresa.
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Expressão gênica de Xanthomonas citri subsp. citri colonizando laranja doce 'pêra rio' (Citrus sinensis (L.) Osbeck) e lima ácida 'galego' (Citrus aurantifolia Swingle) /

Lopes, Aline Cristina. January 2016 (has links)
Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Roberto Hirochi Herai / Coorientador: Juliana da Silva Vantini / Banca: José Belasque Júnior / Banca: Priscila Lupino gatão / Resumo: A citricultura é uma das principais atividades do agronegócio brasileiro. Entretanto, inúmeras pragas e doenças atacam os citros, causando grandes prejuízos econômicos. O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é um grave problema para o setor, não havendo ainda um método eficaz para o seu controle. Neste estudo, utilizando RNASeq, foram analisados os perfis transcricionais de Xac inoculada em duas espécies de citros contrastantes à doença: laranja doce 'Pêra Rio' (Citrus sinensis L. Osbeck), menos suscetível e lima ácida 'Galego' (Citrus aurantifolia Swingle), altamente suscetível, às 48 e 72 horas após a infecção (hai), com o objetivo de identificar genes de Xac envolvidos no processo de infecção. Foram identificados 80 genes de Xac diferencialmente expressos (GDEs) no hospedeiro laranja doce 'Pêra Rio', sendo 41 e 39 nos tempos de 48 e 72 hai, respectivamente. Em lima ácida 'Galego' foram identificados 82 GDEs, sendo 40 no tempo de 48 hai e 42 em 72 hai. Alguns destes genes diferencialmente expressos foram avaliados pela técnica de PCR quantitativa em tempo real, sendo estes hpa1, hrpE, hrpW, virK, ahpC, katE, katG, cydA e cydB, os quais estão envolvidos na patogenicidade e virulência, na defesa ao estresse oxidativo e na fosforilação oxidativa. Os genes de patogenicidade e virulência foram induzidos em Xac em ambos os hospedeiros, enquanto que os genes relacionados à cadeia respiratória foram inibidos em ambos os hospedeiros, com maior ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The citrus industry is one of the main activities of Brazilian agribusiness. However, many pests and diseases attack citrus, causing great economic losses. The citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a major problem for the sector, there is not yet an effective method for its control. In this study, the transcriptional profiles of Xac inoculated in two species of contrasting citrus disease were analyzed using RNA-Seq : sweet orange 'Pêra Rio' (Citrus sinensis L. Osbeck), moderately tolerant and Mexican Lime 'Galego' (Citrus aurantifolia Swingle) highly susceptible at 48 and 72 hours after infection (hai) aiming to identify Xac genes involved in the infection process. We identified 80 Xac differentially expressed genes (DGE) in sweet orange 'Pera Rio', 41 and 39 at 48 and 72 hai, respectively. In Mexican Lime 'Galego' 82 DGE were identified, 40 at 48 and 42 at 72 hai. Some of these differentially expressed genes were evaluated by real time quantitative PCR : hpa1, hrpE, hrpW, Virk, ahpC, KatE, katG, cyda and cydB, which are involved in pathogenicity and virulence, oxidative stress defense and oxidative phosphorylation. The pathogenicity and virulence genes were induced in Xac in both hosts, whereas the respiratory chain-related genes were inhibited in both hosts with greater inhibition in Mexican lime 'Galego'. However, genes related to oxidative stress showed a higher expression profile in Xac interaction with sweet orange 'Pera Rio' than with Mexica... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Pratylenchus brachyurus x algodoeiro: patogenicidade, métodos de controle e caracterização molecular de populações / Pratylenchus brachyurus x cotton: pathogenicity, control methods and molecular characterization of populations

Andressa Cristina Zamboni Machado 04 October 2006 (has links)
Pratylenchus brachyurus é um dos nematóides mais disseminados na cultura do algodão nas áreas produtoras do Brasil. Sua patogenicidade ao algodoeiro, entretanto, é pouco estudada. Os objetivos deste trabalho foram: i) correlacionar níveis populacionais iniciais crescentes de P. brachyurus (0, 12.000, 30.000 e 75.000 exemplares/ planta) com os danos causados ao algodoeiro \'Delta Opal\'; ii) avaliar a patogenicidade de populações de P. brachyurus em algodoeiros \'Delta Opal\' e \'Fibermax 966\'; iii) testar cultivares de algodão em relação à reprodução de três populações de P. brachyurus ; iv) caracterizar a relação parasito-hospedeiro (em termos de suscetibilidade/resistência) de alguns adubos verdes, coberturas vegetais e pastagens a Pratylenchus brachyurus; v) caracterizar molecularmente populações de P. brachyurus, através de PCR-RFLP e seqüenciamento da região ITS-1 do rDNA. Os resultados sugerem que P. brachyurus é patógeno pouco agressivo da cultura do algodão, já que não se verificaram danos significativos às plantas em densidades populacionais do nematóide inferiores a 12.000 exemplares/ planta. Em relação às cultivares, todas foram suscetíveis a P. brachyurus . Entre as espécies vegetais testadas, as que se mostraram resistentes a P. brachyurus foram Crotalaria spectabilis, C. breviflora, amaranto \'BRS Alegria\', nabo forrageiro \'Comum\' e as cultivares de aveia preta Campeira Mor, IPFA 99006, Comum, CPAO 0010 e Garoa. As análises de PCRRFLP revelaram variabilidade genética entre as diferentes populações de P. brachyurus estudadas, em função dos diferentes padrões de bandas encontrados para as populações estudadas. O seqüenciamento da região ITS-1 do rDNA confirmou a variabilidade observada pela digestão enzimática, além de evidenciar heterogeneidade das regiões 18S e ITS-1 do rDNA de P. brachyurus / Although Pratylenchus brachyurus is widespread in Brazilian cotton fields, information about its importance as a cotton pathogen is scarce. The objectives of this work were: i) correlate crescent initial population densities (0; 12,000; 30,000; and 75,000 nematodes/ plant) with damage on cotton \'Delta Opal\'; ii) measure the pathogenic effect of P. brachyurus on cotton \'Delta Opal\' and \'Fibermax 966\'; iii) characterize the reaction of cotton cultivars to three populations of P. brachyurus ; iv) characterize the host reaction (in terms of susceptibility/ resistance) of some green manures, cover crops and pastures to two populations of P. brachyurus; v) characterize different populations of P. brachyurus by PCR-RFLP and sequencing of ITS-1 rDNA region. Results suggest that P. brachyurus is an eventual pathogen of cotton, since high population levels were necessary to reduce plant growth (< 12,000 nematodes/ plant). All cotton cultivars tested were rated as susceptible to P. brachyurus In relation to crop species tested, Crotalaria spectabilis, C. breviflora, amaranth \'BRS Alegria\', oil radish \'Comum\', and the black oat cultivars Campeira Mor, IPFA 99006, Comum, CPAO 0010, and Garoa were resistant to P. brachyurus PCR-RFLP showed intraspecific variability for different population of P. brachyurus studied. Sequencing of the ITS-1 rDNA region confirmed the results of the enzymatic digestion and demonstrated heterogeneity of 18S and ITS-1 rDNA regions of P. brachyurus.
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Isolamento e caracterização de bactéria redutora de sulfato: ênfase na degradação de benzoato / Isolation and characterization of sulfate-reducing bacteria: emphasis in the benzoate use

Sidnei Pereira da Silva 16 September 2004 (has links)
Este trabalho foi realizado com a finalidade de avaliar a degradação anaeróbia de benzoato por bactérias redutoras de sulfato (BRS). A primeira fase experimental avaliou essa degradação utilizando como inóculo biomassa de reator anaeróbio horizontal de leito fixo (RAHLF) utilizado no tratamento de água residuária de indústria de peróxidos orgânicos. Os ensaios foram realizados em reatores em batelada mantidos em temperatura de 33ºC ±1 e agitação de 150 rpm. Os reatores foram alimentados com meio para BRS e diferentes concentrações de benzoato e sulfato, estabelecendo as seguintes relações: 0,9 (890 mg/L e 970 mg/L), 0,8 (660 mg/L e 870 mg/L) e 0,6 (242 mg/L e 400 mg/L). Após 13 dias verificou-se valores de remoção do benzoato e utilização do sulfato iguais a: (0,9) 71,2% e 98%, (0,7) 97% e 99,9% e (0,6) 91,3% e 15%, respectivamente. Os exames microscópicos revelaram o predomínio de BRS. Na segunda fase experimental foi realizada a purificação celular, utilizando-se técnica de diluição seriada em meio líquido, obtendo-se cultura com predomínio de cocos, gram-negativos, diâmetro médio de 1,8 mm, não formadores de esporos e desulfoviridina positiva. Sendo identificadas como Desulfococcus multivorans através de seqüenciamento do DNAr 16S. As células foram submetidas a testes fisiológicos visando caracterizar o crescimento com diferentes aceptores de elétrons e substratos orgânicos. Nas condições em que predominaram cocos o consumo das fontes de carbono foram melhores quando as fontes aceptoras de elétron eram possuidoras de enxofre. Na terceira fase experimental foram realizados ensaios com a cultura purificada em reatores anaeróbios em batelada submetidos as seguintes concentrações de benzoato e sulfato estabelecendo relações de: (0,3) 600 mg/L e 2000 mg/L; (0,6) 606 mg/L e 1000 mg/L; (1,2) 600 mg/L e 500 mg/L; (1,8) 910 mg/L e 500 mg/L, respectivamente. Após, 13 dias de operação, verificou-se valores de remoção do benzoato e utilização do sulfato, iguais a: 99% e 61,2% (0,3), 99% e 100% (0,6), 99% e 100% (1,2) e 50% e 100% (1,8), respectivamente. A velocidade de crescimento (&#956) e o tempo de geração (Tg) foram respectivamente: 0,010 h-1 e 66,4 horas, para relação 0,6 e 0,011 h-1 e 66,1 horas, para a relação 0,3. / This work was carried out aiming to assess benzoate anaerobic degradation by sulfate-reducing bacteria (SRB). The first experimental phase consisted of assessing this degradation using biomass provided from a horizontal anaerobic immobilized bed reactor (HAIB) applied in the treatment of wastewater from an organic peroxide industry. The essays were carried out in batch reactors kept under 33ºC ±1 of temperature and 150 rpm of agitation. The reactors were fed with a specific culture medium for SRB and also with different concentrations of benzoate and sulfate, establishing the following relations: 0.9 (890 mg/L and 970 mg/L), 0.8 (680 mg/L and 870 mg/L) and 0.6 (242 mg/L and 400 mg/L), respectively. After 13 days of operation, benzoate removal and sulfate utilization efficiency values equal to: (0.9) 71.2% and 98%, (0.8) 97% and 99.9% and (0.6) 91.3% and 15%, respectively, were verified. The microscopic exams revealed the domain of SRB. In the second experimental phase cellular purification was carried out using the serial dilution technique in liquid medium, obtaining a culture with the domain of gram-negatives cocci, average diameter of 1,8 mm, nonspore-forming and desulfoviridin positive. These cells were identified as Desulfococcus multivorans through the use of ribosomal 16S DNA sequencing technique. This biomass was submitted to physiological tests aiming to characterize the growth with different electron acceptors and organic substrates. It was possible to verify that in the conditions where cocci took place, the consumption of carbon sources were better when the electron accepting sources possessed sulfur. In the third experimental phase essays with culture purified, the reactors were submitted to the following concentrations of benzoate and sulfate: relation (0.3), with 600.0 mg/L and 2000.0 mg/L; relation (0.6) with 606 mg/L and 1000 mg/L; relation (1.2), with 600 mg/L and 500 mg/L; relation (1.8), with 910 mg/L and 500 mg/L, respectively. After 13 days of operation, benzoate removal and sulfate utilization values were equal to: 99% and 61.2% (0.3), 99% and 100% (0.6), 99% and 100% (1.2) and 50% and 100% (1.8), respectively. The specific growth rate (&#956) and the generation time (Tg) of culture, were equal to: 0.010 h-1 and 66.4 hours for relation 0.6 and 0.011 h-1 and 66.1 hours for relation 0.3, respectively.
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Sequenciamento do genoma completo do vírus Culex flavivirus (Flaviviridae) isolado no Brasil /

Machado, Daiane Cristina. January 2016 (has links)
Orientador: Maurício Lacerda Nogueira / Banca: Marilia de Freitas Calmon / Banca: Aripuanã Sakurada Aranha Watanabe / Resumo: No Brasil, a presença de ecossistemas com uma grande riqueza e diversidade de animais e cidades grandes e densamente povoadas oferece condições para a ocorrência de diversas arboviroses. Vários arbovírus transmitidos por mosquitos do gênero Culex pertencem ao gênero Flavivirus. Vírus desse gênero são conhecidos por causar doenças em humanos e animais, no entanto, flavivírus que não infectam ou causam doença em vertebrados, replicando somente em artrópodes têm sido descritos. O vírus Culex flavivirus é um exemplo. Ele foi isolado de espécies de mosquitos do gênero Culex na América do Norte, América Central, América do Sul, África e Ásia. Apesar dos estudos realizados em outras partes do mundo, no Brasil há ainda pouca informação sobre esse vírus. Nesse trabalho, realizamos o seqüenciamento do genoma completo do vírus Culex flavivirus (CxFV) isolado de mosquitos Culex de São José do Rio Preto (SP), por meio das técnicas de RT-PCR e seqüenciamento nucleotídico. O genoma viral do isolado CxFV_RPBR07_2007, o qual foi obtido no presente estudo apresentou 10.706 nucleotídeos com uma ORF de 10.092 nucleotídeos (3.364 aminoácidos) flanqueada por uma 5'UTR de 32 nucleotídeos e uma 3'UTR de 582 nucleotídeos. Análises filogenéticas revelaram que o CxFV_RPBR07_2007 agrupa-se com outros flavivírus de insetos, como o Cell fusing agent virus (CFAV) e o Kamiti River virus (KRV), e relaciona-se intimamente com isolados de CxFV do México (América Latina) e de Uganda (África); mantendo relação também com isolados dos Estados Unidos (América do Norte) e do Japão (Ásia). Esses agrupamentos foram também observados em outros estudos filogenéticos / Abstract: In Brazil, the presence of ecosystems with a wealth and diversity of animals, and cities large and densely populated offers conditions for the occurrence of many arboviruses. Several arboviruses transmitted by mosquitoes of the genus Culex belong to the genus Flavivirus. Viruses of this genus are known to cause disease in humans and animals, however, flaviviruses do not infect or cause disease in vertebrates, replicating only in arthropods have been described. Culex flavivirus virus is an example. He was isolated from species of mosquitoes of the genus Culex in North America, Central America, South America, Africa and Asia. Although studies conducted in other parts of the world, in Brazil there is still little information about this virus. In this work we performed the sequencing of the complete genome of Culex flavivirus virus (CxFV) isolated from Culex mosquitoes in São José do Rio Preto (SP) using the techniques of RT-PCR and nucleotide sequencing. The viral genome of the isolated (CxFV_RPBR07_2007) obtained in the present study presented 10.706 nucleotides with an ORF of 10.092 nucleotides (3.364 amino acids) flanked by a 5'UTR of 32 nucleotides and a 3'UTR of 582 nucleotides. Phylogenetic analyzes revealed that the CxFV_RPBR07_2007 groups with other insect flaviviruses such as the Cell fusing agent virus (CFAV) and Kamiti River virus (KRV), and is closely related to CxFV isolates from Mexico (Latin America) and Uganda (Africa); also maintaining relationship with isolates from the United States of America (North America) and Japan (Asia). These groupings were also observed in other phylogenetic studies / Mestre

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