Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Flávia Maria de Souza Carvalho / Coorientador: Roberto Hirochi Herai / Banca: Henrique Ferreira / Banca: José Belasque Júnior / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Banca: Alessandro de Mello Varani / Resumo: Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico, uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial. Atualmente não há uma maneira eficiente de controle do cancro, e novos métodos devem ser desenvolvidos para o tratamento desta doença. Assim, o estudo dos mecanismos utilizados pela Xac durante o processo infeccioso pode revelar novos alvos para o desenvolvimento de compostos farmacológicos que possam eliminar ou controlar o patógeno. Neste estudo, a técnica de RNA-Seq foi utilizada para a identificação de genes diferencialmente expressos (GDE) na Xac em condições in vivo e in vitro. Para isso, cinco variedades de citros com níveis diferentes de suscetibilidade ao cancro cítrico, e meios de cultura indutores de fatores de virulência foram utilizados. Muitos dos genes que codificam para proteínas relacionadas ao sistema de secreção tipo 3 (T3SS), enzimas extracelulares, resposta ao estresse oxidativo, transportadores de ferro e fósforo foram induzidos pela Xac nas condições in vivo. No entanto, in vitro, os perfis de expressão para estes mesmos genes foram diferentes. Estes dados permitiram compreender melhor o ambiente intracelular do hospedeiro, e como este se relaciona com os mecanismos de ativação dos fatores de virulência e patogenicidade de Xac. Neste sentido, os dados apresentados neste estudo mostraram que o T3SS é o principal fator de virulência expresso por esta bactéria em condições in vivo. Além disso, nossos resultados sugerem t... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a major disease affecting citrus worldwide. Currently there is no effective way of cancer control, and new methods must be developed for the treatment of this disease. Thus, the study of the mechanisms used by Xac during the infectious process can reveal new targets for the development of pharmacologic compounds that can eliminate or control the pathogen. In this study, RNA-Seq technique was used to identify Xac differentially expressed genes (DEG) in vivo and in vitro conditions. For this purpose, five citrus varieties with different levels of susceptibility to citrus canker and culture mediums inducing virulence factors were used. Many of the genes encoding proteins of the type 3 protein secretion system (T3SS), extracellular enzymes, oxidative stress response, iron and phosphorus transport were induced in Xac in vivo conditions. However, the expression profiles for these same genes were different than observed in vitro conditions. These data allowed us to better understand the intracellular environment of the host, and how this relates to the activation mechanisms of pathogenicity and virulence factors in Xac. In this context, the data presented in this study show the T3SS as the main virulence factor expressed by the bacteria in vivo conditions. Furthermore, our results also suggest that low concentrations of inorganic phosphorus (Pi) and nitrogen, that bacteria sense in the plant apoplast, are ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernando Carlos Pagnocca / Banca: Luiz Carlos Forti / Banca: Simone Possedente de Lira / Banca: Odair Correa Bueno / Banca: Andre Rodrigues / Resumo: As relações das formigas da tribo Attini com seu fungo mutualista e outros micro-organismos são estudadas há mais de 120 anos, porém o vínculo com fungos negros foi recentemente descoberto e até o momento pouco explorado. O grande incentivo para a pesquisa nessa área ocorreu em 2007 a partir da constatação que fungos negros relacionados ao gênero Phialophora poderiam ser parte ativa da simbiose dessas formigas. Assim, este trabalho teve como objetivo explorar a diversidade de fungos negros no integumento de formigas cortadeiras de folhas (tribo Attini), fomentando a literatura com novas espécies descritas, e melhor esclarecer sua relação ecológica com outros micro-organismos simbiontes. De maneira geral, as principais conclusões da tese são: i) a comunidade de fungos negros no integumento de formigas cortadeiras de folhas é muito diversa. Os isolamentos realizados em dois anos de coleta mostraram espécies desconhecidas e outras reportadas pela primeira vez neste microambiente; ii) o método de pirosequenciamento revelou a presença de diversos fungos não cultiváveis e a predominância marcante do gênero Cladosporium no integumento de formigas cortadeiras de folhas aladas; iii) utilizando análises filogenéticas e morfológicas, seis espécies de Xenopenidiella, uma espécie de Penidiellopsis e um gênero da família Teratosphaeriaceae associados às formigas são descritos; iv) actinobactérias, como Amycolatopsis, Pseudonocardia e Streptomyces, encontradas no integumento de formigas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The relationship of Attini ants with their mutualistic fungi and other microorganisms are studied for over 120 years, but the connection with black fungi was recently discovered and so far poorly explored. Major incentive for research in this area took place in 2007 when it was reported that black fungi related to the genus Phialophora could be an active part of the ants symbiosis. Thus, this study aimed to explore the diversity of black fungi on the integument of leaf-cutting ants (Attini tribe), improving the literature with new species, and to clarify its ecological relationship with other attine symbiotic microorganisms. Overall, the main conclusions of the thesis are: i) the community of black fungi in leaf-cutting ants' integument is diverse. Isolations performed in two collection years revealed unknown species and others first reported in this microenvironment; ii) the pyrosequencing method showed the presence of several uncultured fungi and the remarkable prevalence of Cladosporium on the integument of winged ants; iii) using phylogenetic and morphological analysis, six Xenopenidiella species, one Penidiellopsis species and one genus in the Teratosphaeriaceae family related to the ants are described; iv) actinomycetes, as Amycolatopsis, Pseudonocardia and Streptomyces, associated with the integument of Attini ants are able to inhibit the growth of a broad range of black fungi, including Phialophora species. Therefore, the integument of leaf-cutting ants proved to be ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Ana Maria Centola Vidal / Banca: Heidge Fukumasu / Banca: Vera Letticie de Azevedo Ruiz / Banca: Naia Carla Marchi de Rezende Lago / Banca: Rachel Zoccal Saba / Resumo: As espécies do grupo do Bacillus cereus são comumente ocorrentes na cadeia produtiva de leite e derivados e frequentemente estão envolvidas em doenças transmitidas por alimentos. Constituem uma preocupação constante à indústria de lácteos, por conta de sua capacidade de formar biofilmes em superfícies sólidas, ocasionando a contaminação persistente dos produtos processados e representando risco à saúde pública. Objetivou-se neste estudo verificar a distribuição e ocorrência de linhagens e genes específicos relacionados à formação de biofilmes de Bacillus cereus isolados dos diversos estágios da cadeia produtiva de leite e produtos lácteos, classifica-los quanto à potencialcialidade em formar biofilmes, e ainda, avaliar a atuação e eficiência do ácido peracético e do hipoclorito de sódio junto ao sistema "clean in place", simulado em escala piloto, sobre biofilmes formados em superfícies de aço inoxidável em contato com o leite. Para tanto, foram isolados microrganismos do grupo do Bacillus cereus de propriedades leiteiras, industrias e produtos lácteos, identificados genes específicos (sipW, tasA, Spo0A e PlcR) por sequenciamento genômico e avaliada a capacidade de formar biofilmes em microplacas de poliestireno. Selecionou-se um isolado sabidamente produtor de biofilmes, e por meio de contaminação experimental, induziu-se a adesão em superfícies de cupóns de aço inoxidável, em três circunstâncias distintas, incluindo contaminação por esporos, células vegetativas, e contamina... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Species included in B. cereus group are widely distributed in dairy environment and were frequently involved in foodborne diseases. They are considered as a concern for dairy industries despite they pose a risk for public health, also despite the able to biofilm formation on stainless steel surfaces, causing the persistent contamination of processed dairy products. This study aimed to investigate if specific strains and genes for biofilm formation are significantly distributed and overpresented in distinct stages of dairy production chain, classifies the potential for biofilm formation, and evaluate the performance and efficiency of peracetic acid and sodium hypochlorite, on a pilot scale simulated clean in place, on biofilms in the stainless steel surfaces in contact with milk. Bacillus cereus microorganisms from dairy farms, industries and dairy products were identified, specific genes (sipW, tasA, Spo0A and PlcR) were identified by genomic sequencing and to form biofilms was performed using polystyrene microplates. Was selected one isolate known to produce biofilms, and by means of experimental contamination, adhesion was induced on stainless steel coupon surfaces, in three different circumstances, including spore contamination, vegetative cells, and contamination followed by pasteurization. In the sequence, the coupons were subjected to the action of peracetic acid and sodium hypochlorite, applying them to the clean in place system, performed on a pilot scale. Among 69 is... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

BOMFIM, Isac Gabriel Abrahão. Relações filogenéticas de abelhas indígenas sem ferrão do táxon Melipona Illiger, 1806 (Apidae: Meliponina) baseadas em seqüências parciais da região its1 do DNA ribossômico nuclear. 2008. 97 f. Dissertação (Mestrado em zootecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2008. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-05-17T17:48:21Z No. of bitstreams: 1 2008_dis_igabomfim.pdf: 1036482 bytes, checksum: eed11b61d455adc337c8c2475055b894 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-27T19:59:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_dis_igabomfim.pdf: 1036482 bytes, checksum: eed11b61d455adc337c8c2475055b894 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-27T19:59:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_dis_igabomfim.pdf: 1036482 bytes, checksum: eed11b61d455adc337c8c2475055b894 (MD5) Previous issue date: 2008 / The present work was carried out from April 2006 to March 2008, in the departments of Biology and Animal Science in the Universidade Federal do Ceará. The aim of this research was to investigate, through molecular data, the phylogenetic relationships among some Brazilian stingless bee species belonging to the taxon Melipona Illiger, 1806. It was attempted to obtain information that could facilitate a taxonomic revision of this bee group in the future and to generate information useful to the development of rational rearing adequate to the distinct species of this taxon, contributing to a better commercial exploitation and conservation of these bee species. Bee samples were collected in various states of the North, Northeast and Southeast regions of Brazil. Through the extraction, amplification and partial DNA sequencing of the ITS1 region of nuclear ribosomal DNA of those samples and the partial sequences of the ITS1 region of other bees of the same taxon searched in the GenBank, it was possible to observe the following parameters: multiple alignment, nucleotide composition, matrixes of genetic distances and phylogenetic reconstruction. Results showed that multiple alignment resulted produced a central intersection of only 141 bp long and the average of the genetic distance among all the studied sequences of the taxon Melipona was of 7,6%. The phylogenetic trees built using algorithms based on the methods of the Neighbor-Joining (NJ), Maximum Parsimony (MP) and Maximum Likelihood (ML) for the partial sequences showed essentially the same topology, which was clearly distinct in three great clados: Clado 1 - contained the sequences of M. subnitida, M. quadrifasciata and M. mandacaia (all belonging to the subgenus Melipona); Clado 2 - included the sequences of M. quinquefasciata and M. fasciculata (both belonging to the subgenus Melikerria); and Clado 3 – represented in this work by the sequences of M. mondury, M. flavolineata and M. scutellaris (all belonging to the subgenus Michmelia). The three phylogenetic trees were capable to recover the monophyly of the genus Melipona as well as of the three clados, that appeared as monophyletic groups. / O presente trabalho foi conduzido no período de abril de 2006 a março de 2008, nos departamentos de Zootecnia e de Biologia, da Universidade Federal do Ceará. O objetivo desta pesquisa foi investigar, através de dados moleculares, as relações filogenéticas de algumas abelhas indígenas sem ferrão do táxon Melipona Illiger, 1806, nativas do Brasil. Procurou-se fornecer subsídios para facilitar uma futura revisão taxonômica sobre essas abelhas, e desse modo gerar informações para o desenvolvimento de um criatório racional, adequado às diferentes espécies deste táxon, dessa forma contribuindo para o melhor aproveitamento comercial e conservação dessas abelhas. As amostras de abelhas foram coletadas em vários estados das regiões Norte, Nordeste e Sudeste do Brasil. Por meio da extração, amplificação e seqüenciamento parcial da região ITS1 do DNA ribossômico nuclear dessas amostras, somadas às seqüências parciais da região ITS1 de outras abelhas do mesmo táxon retiradas do GenBank, pôde-se verificar os seguintes aspectos: alinhamento múltiplo, composição nucleotídica, matriz de distância genética e reconstrução filogenética entre as mesmas. Os resultados mostraram que o alinhamento múltiplo produziu uma interseção central com o comprimento de apenas 141 pb e a média da distância genética entre todas as seqüências estudadas do táxon Melipona foi de 7,6%. As árvores construídas usando algoritmos baseados nos métodos de agrupamento do vizinho mais próximo (NJ), máxima parcimônia (MP) e máxima verossimilhança (MV) para as seqüências parciais da região pesquisada mostraram essencialmente a mesma topologia, sendo esta bem definida em três grandes clados: Clado 1- contendo as sequências de M. subnitida, M. quadrifasciata e M. mandacaia (todas pertencendo ao subgênero Melipona); Clado 2 – abrangendo as seqüências de M. quinquefasciata e M. fasciculata (ambas pertencendo ao subgênero Melikerria); Clado 3 – tendo como representantes no presente trabalho, as seqüências de M. mondury, M. flavolineata e M. scutellaris (todas pertencentes ao subgênero Michmelia). Todas as três árvores filogenéticas foram capazes de recuperar a monofilia tanto do gênero Melipona como também a dos três clados, que apareceram como grupos monofiléticos.

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-17. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:56Z : No. of bitstreams: 1 000845457.pdf: 1353047 bytes, checksum: bff57f8bb2b3a3f1680da63052a535e7 (MD5) / O processo de compostagem é executado por diferentes populações microbiológicas e é um sistema rico para a análise da diversidade o para o uso biotecnológico. A Fundação Parque Zoológico de São Paulo possui uma estrutura para a reciclagem e aproveitamento da água e de resíduos sólidos que gera para produzir composto orgânico utilizado em sua Fazenda para a produção de alimento para os animais. Foram obtidos amostras de DNA metagenômico de uma área de horta e de produção de capim-forrageiro, submetidas ao uso de composto orgânico, e uma terceira área de mata nativa. Além disso obteve-se 42 isolados a partir das mesmas áreas. Foi analisado a capacidade de produção de enzimas, solubilização de fosfato e produção de hormônio de crescimento vegetal. Observou-se, após sequenciamento do gene 16s rRNA, tanto dos isolados quando do DNA metagenômico (realizado em Illumina Miseq), que esses microrganismos compreendem uma população de diversos gêneros e espécies bacterianas. Os isolados apresentaram características bioquímicas de grande auxílio para uso agroindustrial, considerando que foram observadas capacidades diversas da produção de enzimas como amilases, celulases e proteases, além de a maioria ser capaz de solubilizar fosfato. Ao analisar o DNA total das 3 áreas verificou-se uma maior diversidade microbiana na área de mata nativa, enquanto nas áreas submetidas ao uso de composto orgânico e ao cultivo exaustivo houve uma menor diversidade e inclusive o desaparecimento de espécies destas áreas, quando comparadas a mata nativa. Porém ao avaliar as capacidades das bactérias em participar de ciclos biogeoquímicos úteis agronomicamente, as áreas submetidas ao composto orgânico apresentaram maior capacidade principalmente em solubilizar fosfato, o que não ocorreu na área de solo nativo / The composting process is performed by different microbiological populations and is a rich system for the analysis of diversity for the biotechnological use. The Park Foundation Sao Paulo Zoo has a structure for recycling and use of water and solid waste generated to produce organic compound used in your farm for the production of food for animals. Metagenomic DNA samples were extracted of a garden area, a grass forage production, both subject to the use of organic compound, and a third area of native forest. Furthermore there was obtained 42 microbian isolates from the same areas. The ability to produce enzymes, phosphate solubilization and production of plant growth hormone was analyzed. There was, after sequencing of the gene 16s rRNA, both isolated when the metagenomic DNA (held in Illumina Miseq), that these microorganisms comprise a population of several genera and species of bacteria. The isolates showed biochemical characteristics of great assistance to agro-industrial use, considering they were subject to several production capabilities of enzymes such as amylase, cellulase and protease, and most are able to solubilize phosphate. When analyzing the total DNA of the 3 areas there was a higher microbial diversity in native forest, while in areas subjected to the use of organic compost and cultivation, there was less diversity and species including the disappearance of these areas when compared to native forest. But when assessing the capacity of bacteria to participate in biogeochemical cycles and agronomically useful activities, the areas subjected to organic compound showed higher capacity mainly in phosphate solubilizing, which did not occur in native soil area

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-05-19. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:53Z : No. of bitstreams: 1 000846322_20151201.pdf: 248574 bytes, checksum: 6755b57b4d6797c9a4f5d72763bc6e05 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-01T09:08:34Z: 000846322_20151201.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-01T09:09:26Z : No. of bitstreams: 1 000846322.pdf: 1137761 bytes, checksum: bbe9bfb094663aef56d7a432ede431ba (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Estamos vivendo uma época onde os avanços das áreas ligadas a biologia são rotineiros, nos levando cada vez mais a nos habituar a experimentos com um grande número de variáveis. A tecnologia de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) e parte deste quadro e as abordagens computacionais aplicadas neste âmbito não estão totalmente estabelecidas e necessitam de análises mais detalhadas. A partir da tabela de contagens, que sumariza cada biblioteca em uma condição experimental, propõe-se a utilização de um método variacional chamado de Suvrel, baseado na minimização de uma função custo que penaliza grandes distâncias entre elementos de mesma classe e favorece pequenas distâncias entre elementos de classes diferentes, para inferência de expressão diferencial. A aplicação do método foi realizada em uma tabela de contagens produzida após o sequenciamento, alinhamento e sumarização de 5 replicatas técnicas de RNA de referência humano juntamente com a mistura ERCC 1 e 5 replicatas técnicas de RNA de referência do cérebro humano juntamente com a mistura ERCC 2. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do projeto do MAQC-II, de nindo os transcritos analisados pelo projeto com log2 do fold-change maior que um limiar que varia de 0,5 a 2,0 como os verdadeiros positivos e os restantes como verdadeiros negativos, e poss vel concluir que o m etodo Suvrel tem maiores valores abaixo das curvas ROC na maior parte dos limiares. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do ERCC, geradas utilizando o logs das mudan cas das propor c~oes prede nidas das misturas ERCC 1 e 2 de 92 oligonucleot dios, e poss vel concluir que o m etodo Suvrel tem a maior area abaixo da curva ROC. Embora as a reas abaixo das curvas ROC sejam compar aveis as de outros pacotes (como por exemplo o edgeR), e importante ressaltar que elas foram produzidas usando um m etodo que não faz nenhum tipo de suposição quanto a distribuição associada aos reads... / We are living in a time where advances in areas related to biology are routine, taking us to accustom to experiments with large number of variables. The RNA sequencing technology (RNA-Seq) is part of this framework and computational approaches applied in this context are not fully established and require more detailed analysis. Generally, in a experiment of analysis of di erential expression, total RNA samples or messengers (mRNA) is extracted, puri ed, fragmented, sequenced, mapped, and nally counted, generating an count table that relates how many reads was aligned to a given gene in a experimental condition. From this stage, it is proposed to use a variational method, called Suvrel (Supervised Variational Relevance), based on the minimization of a cost function that penalizes large distances between the same class of elements and favors small distances between di erent classes of elements to make the inference of relevance of each gene. The application of the method was performed on count table produced after of sequencing, alignment and summarization of 5 technical replicates containing Strategene Universal Human Reference RNA (UHRR) (part of Sequencing Quality Control Consortium, SEQC) together with ERCC 1 mix, and 5 technical replicates containing Ambion's Human Brain Reference RNA (HBRR) (part of SEQC also) together with the ERCC 2 mix. Using the ROC (Receiver Operating characteristic) curves generating from data of MAC-II project, setting the transcripts with log of fold-change greater than a cuto (from 0.5 to 2.0) as true positive and the others as true negative, the curves 6.2 and 6.4 were generated. From these graphs it is possible to conclude that the Suvrel method has higher AUCs in most of cuto s. It is appropriate to note that conclusions were obtained using a method that does not make any assumption about the distribution associated with the reads, using a simple normalization (divide the counts of a gene by its standard ...

Orientador: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: Rodrigo Matheus Pereira / Banca: Celso Antônio Jardim / Resumo: O processo de compostagem é executado por diferentes populações microbiológicas e é um sistema rico para a análise da diversidade o para o uso biotecnológico. A Fundação Parque Zoológico de São Paulo possui uma estrutura para a reciclagem e aproveitamento da água e de resíduos sólidos que gera para produzir composto orgânico utilizado em sua Fazenda para a produção de alimento para os animais. Foram obtidos amostras de DNA metagenômico de uma área de horta e de produção de capim-forrageiro, submetidas ao uso de composto orgânico, e uma terceira área de mata nativa. Além disso obteve-se 42 isolados a partir das mesmas áreas. Foi analisado a capacidade de produção de enzimas, solubilização de fosfato e produção de hormônio de crescimento vegetal. Observou-se, após sequenciamento do gene 16s rRNA, tanto dos isolados quando do DNA metagenômico (realizado em Illumina Miseq), que esses microrganismos compreendem uma população de diversos gêneros e espécies bacterianas. Os isolados apresentaram características bioquímicas de grande auxílio para uso agroindustrial, considerando que foram observadas capacidades diversas da produção de enzimas como amilases, celulases e proteases, além de a maioria ser capaz de solubilizar fosfato. Ao analisar o DNA total das 3 áreas verificou-se uma maior diversidade microbiana na área de mata nativa, enquanto nas áreas submetidas ao uso de composto orgânico e ao cultivo exaustivo houve uma menor diversidade e inclusive o desaparecimento de espécies destas áreas, quando comparadas a mata nativa. Porém ao avaliar as capacidades das bactérias em participar de ciclos biogeoquímicos úteis agronomicamente, as áreas submetidas ao composto orgânico apresentaram maior capacidade principalmente em solubilizar fosfato, o que não ocorreu na área de solo nativo / Abstract: The composting process is performed by different microbiological populations and is a rich system for the analysis of diversity for the biotechnological use. The Park Foundation Sao Paulo Zoo has a structure for recycling and use of water and solid waste generated to produce organic compound used in your farm for the production of food for animals. Metagenomic DNA samples were extracted of a garden area, a grass forage production, both subject to the use of organic compound, and a third area of native forest. Furthermore there was obtained 42 microbian isolates from the same areas. The ability to produce enzymes, phosphate solubilization and production of plant growth hormone was analyzed. There was, after sequencing of the gene 16s rRNA, both isolated when the metagenomic DNA (held in Illumina Miseq), that these microorganisms comprise a population of several genera and species of bacteria. The isolates showed biochemical characteristics of great assistance to agro-industrial use, considering they were subject to several production capabilities of enzymes such as amylase, cellulase and protease, and most are able to solubilize phosphate. When analyzing the total DNA of the 3 areas there was a higher microbial diversity in native forest, while in areas subjected to the use of organic compost and cultivation, there was less diversity and species including the disappearance of these areas when compared to native forest. But when assessing the capacity of bacteria to participate in biogeochemical cycles and agronomically useful activities, the areas subjected to organic compound showed higher capacity mainly in phosphate solubilizing, which did not occur in native soil area / Mestre

Made available in DSpace on 2016-08-12T18:48:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-09. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T18:50:58Z : No. of bitstreams: 1 000867456.pdf: 597008 bytes, checksum: 606bb70eef526e50825cab583a7274ce (MD5) / Os genes MC4R, FABP3, DGAT1 e LEPR são de grande importância no estudo das características reprodutivas de suínos, uma vez que, estão relacionados com ingestão alimentar, taxa de crescimento, redução da gordura subcutânea e lactação. Neste sentido, objetivou-se identificar geneticamente polimorfismos do tipo SNP nos genes MC4R (SNPg.1578C>T), FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) e LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) em suínos da raça Piau e em duas linhagens maternas comerciais industriais de suínos europeus e chineses. Para isso, foi extraído DNA a partir de sangue periférico de um grupo de 304 suínos. Mediante ARMS-PCR Multiplex, foram amplificados fragmentos específicos que, posteriormente, foram genotipados em sequenciador automático para a realização da eletroforese com corantes fluorescentes. Foram encontrados SNP no gene MC4R (SNPg.1578C>T) e FABP3 (SNPg.-240T>C) para os três grupos genéticos analisados com as três variações genotípicas (CC, TT, CT e TT, TC, CC, respectivamente). O SNP (SNPg.9422C>T) do gene DGAT1 apresentou as três variações genotípicas no grupo genético de suínos europeus (CC, CT e TT). Entretanto, para os grupos genéticos Piau e europeus com raças chinesas apresentaram apenas as duas variações genotípicas de homozigotos (CC e TT). Para o gene LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) os grupos genéticos europeus com raças chinesas e Piau apresentaram os genótipos GG, AA e o grupo genético com raças europeias apresentou as duas variações genotípicas de homozigoto (GG e AA) e apenas um animal apresentou o genótipo heterozigoto (AG e TA). Os polimorfismos dos genes FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) apresentaram frequências genotípicas altas para os alelos C em relação aos alelos T e no gene MC4R (SNPg.1578C>T) apresentou menor frequência. Para os polimorfismos do gene LEPR (SNPg.5396A>G e SNPg.5395T>A) apresentou-se fixado nas populações estudadas... / The MC4R, FABP3, DGAT1 and LEPR genes are great importance in the study of traits of swine breeding, since they are related to feed intake, growth rate, reduction of subcutaneous fat and lactation. The aim of this study was to identify SNP in MC4R(SNPg.1578C> T), FABP3 (SNPg.-240T> C), DGAT1 (SNPg.9422C> T) and LEPR (SNPg.5396A> G; SNPg.5395T> A) genes in pigs of Piau breed and two commercial industrial maternal lineages of European and Chinese pigs. For this, DNA was extracted from peripheral blood of 304 pigs. By ARMS-PCR Multiplex, specific fragments were amplified and genotyped in automated sequencer to perform electrophoresis marked with fluorescent dyes. SNP were identified in the MC4R (SNPg.1578C>T) and FABP3 (SNPg.-240T> C) genes the three genotypic variations (CC, TT, CT and TT, TC, CC, respectively) were identified in all genetic groups analyzed. The SNP (SNPg.9422C> T) of DGAT1 gene presented the three genotypic variations (CC, CT and TT) in the European genetic group. However, for the Piau and Europeans with Chinese genetic groups showed only the two homozygous genotypic variations (CC and TT). For LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A), the European genetic group with Chinese and Piau breeds showed the GG, AA genotypes and the European breeds genetic group showed two genotyps, homozygous variations (GG, AA) and only one heterozygous animal (AG, TA). Polymorphisms of FABP3 (SNPg.-240T>C) and DGAT1 (SNPg.9422C>T) genes showed high genotypic frequency for the C allele when compared to T allele and the MC4R gene (SNPg.1578C>T) showed less frequently. For polymorphisms in the LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) had set up in the populations studied, showing low variability within the population. All polymorphisms evaluated by analysis of variance were associated (P <0.05) with the reproductive traits and only the DGAT1 gene was associated (P <0.05) with the production for average weight at weaning and the total litter ...

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-04. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:09Z : No. of bitstreams: 1 000870647.pdf: 1368263 bytes, checksum: dbbed6b733deb8dc0c8f5c1073fd25c8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Taenia saginata representa uma ameaça à segurança alimentar e à saúde pública devido à infecção pela ingestão de carne mal cozida e contaminada. Esta zoonose está amplamente distribuída, afetando humanos, os hospedeiros definitivos, e bovinos, hospedeiros intermediários. Além disto, a cisticercose bovina é responsável por perdas econômicas significativas devido à condenação de carcaças infectadas. A estratégia fundamental para o controle do complexo teníase-cisticercose consiste em interromper o ciclo evolutivo do parasita, evitando assim a infecção nos animais e no homem. Assim, a principal medida praticada no Brasil tem sido a inspeção de carcaças durante o abate, a qual é também a forma mais comum de diagnóstico. A insuficiente informação molecular de T. saginata tem dificultado o avanço das pesquisas para o aprimoramento de testes diagnósticos, o desenvolvimento de vacinas e a identificação de novas drogas para tratamento. Com o intuito de adquirir informação sobre o estágio de desenvolvimento metacestóide do parasita, foi utilizada a tecnologia de RNAseq para a montagem do transcriptoma de metacestóide de T. saginata. Estes dados serão úteis para estudos futuros envolvendo triagem para diagnóstico e marcadores imunoprofiláticos para a cisticercose bovina / Taenia saginata represents a threat to food security and public health in consequence of human infection by ingestion of contaminated undercooked meat. This zoonosis is worldwide distributed, affecting human, definitive host, and bovine, intermediate host. Besides, bovine cysticercosis is responsible for significant economic losses due to the condemnation of infected carcasses. The main strategy to control taeniasis-cysticercosis complex consists of interrupting the parasite's biological cycle, thus preventing human and animal infection. Therefore, in Brasil the main control measure has been the carcass inspection during the slaughter, which is also the most common diagnostic practice. Insufficient T. saginata molecular information makes difficult consistent advances to the improvement of diagnostic tests, vaccine development and the identification of new drugs for treatment. In order to gain insights about the parasite's metacestode developmental stage, RNAseq technology was used to assemble the whole transcriptome of a T. saginata metacestode. These data will also be useful for the next generation screening studies of diagnostic and immunoprophylatic markers for bovine cysticercosis

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-03. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:10Z : No. of bitstreams: 1 000868807_20170803.pdf: 1048307 bytes, checksum: 0dffab6c7285f2f758c8340bfb3f7e3b (MD5) Bitstreams deleted on 2017-08-07T14:09:10Z: 000868807_20170803.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-08-07T14:10:14Z : No. of bitstreams: 1 000868807.pdf: 3365386 bytes, checksum: ea272827c7ffe9fa7ea3385d0c22cf85 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Salmonella Enteritidis é um patógeno pertencente à Família Enterobacteriaceae que frequentemente está relacionada a infecções alimentares em humanos, principalmente em crianças, idosos e pacientes imunossuprimidos. A importância deste micro-organismo se dá pela sua prevalência significativa, com distribuição mundial, nos lotes de frangos de corte e de postura de ovos, levando a sérias implicações na saúde pública e ao mercado avícola. O controle eficaz da salmonelose é um desafio, pois envolve um complexo manejo dos animais e tratamento com uso de antibióticos que não garantem a eliminação da infecção. O uso de bacteriófagos líticos contra infecções bacterianas (fagoterapia) vem atender uma demanda crescente por alternativas ao tratamento antimicrobiano convencional. Todavia, a literatura tem relatado o surgimento de certa resistência bacteriana a alguns bacteriófagos líticos, como por exemplo, em Salmonella sp. Diversos são os mecanismos bacterianos de resistência aos fagos, tais como a prevenção de adsorção, o bloqueio da injeção do DNA do fago, restrição-modificação, infecção abortiva e o sistema CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) /Cas (CRISPR associated proteins) de imunidade adquirida. Assim sendo, o presente trabalho objetivou a caracterização molecular da resistência bacteriana de fagos líticos isolados contra cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Para tal, os mecanismos-alvos escolhidos foram o sistema CRISPR/Cas e o bloqueio da adsorção de fagos, via lipopolissacarídeo (LPS). Nas 22 cepas de estudo, um total de 72 CRISPRs foi identificado, com 14 diferentes domínios repetitivos (DR), apresentando um total de 551 sequências de espaçadores e os genes associados cas1, cas2 e cas3. Cas 9 e cas 10 não foram identificados. Foi observado que as cepas resistentes aos fagos líticos possuíam um maior número total... / Salmonella Enteritidis is a pathogen that belongs to the Enterobacteriaceae family and is often related to infections transmitted by food in humans, especially in children, elderly and immunosuppressed patients. The importance of this microorganism is because it's significant prevalence with worldwide distribution in lots of poultry, leading to serious implications for public health and poultry industry. Effective control of salmonellosis is a challenging because involves a complex animal handling and treatment with antibiotics that do not guarantee the elimination of infection. The use of lytic bacteriophages against bacterial infections (phage therapy) meets a demand for alternatives to the conventional antimicrobial treatment. However, the literature has reported the emergence of bacterial resistance to some lytic bacteriophages, such as in Salmonella sp. There are several mechanisms of bacterial resistance to phages, such as prevention of adsorption, blocking the injection of phage DNA, restriction-modification, abortive infection and the CRISPR/Cas System acquired immunity. Thus, this research aims to study in a molecular level the bacterial resistance of lytic phages isolated from pathogenic strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Two mechanisms have been chosen: the CRISPR/Cas system and blocking of phage adsorption via LPS. From 22 SE strains, a total of 72 CRISPRs was identified with 14 different repetitive domains (DR), presenting a total of 551 spacers' sequences and cas1, cas2 and cas3 CRISPR associated genes. Cas 9 and cas 10 genes weren't identified. It was observed that phage lytic resistant strains have a higher total number of spacers in the CRISPR locus in relation to sensitive strains, and this difference was statistically significant. Phylogenetic analysis of cas genes from CRISPR/Cas system, of rfaC, rfaH, cpsG, manB, manc, lpxA, lpxB and lpxC genes (related to LPS) and of... / FAPESP: 2011/11761-7