Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La circulation des cellules, du sang vers les tissus, est guidée par des molécules exprimées spécifiquement au niveau des cellules endothéliales constituant les vaisseaux sanguins. Les molécules conférant la spécificité de la localisation sont différentes selon l'organe et le microenvironnement considérés. A partir de lignées endothéliales spécifiques d'organes, les études menées sur le rôle des chimiokines et de leurs récepteurs dans la spécificité de l'endothélium ont montré que l'activité biologique de certaines chimiokines est restrictive à une lignée endothéliale en terme de recrutement des lymphocytes et par leur capacité à augmenter la formation de vaisseaux sanguins (angiogénèse) in vitro. De plus, notre modèle d'inflammation cutanée basé sur les cellules endothéliales de la peau, a permis des études plus appliquées mettant en évidence des molécules anti-inflammatoires vis-à-vis de l'endothélium de la peau en collaboration avec la Société BioEurope du groupe Solabia.

Au niveau mondial. les grandes concentrations des acteurs économiques s'intensifient et le secteur coopératif agricole français n'échappe pas au mouvement avec 1000 opérations de fusion acquisition en 10 ans. L'accélération de ces mouvements de concentration a facilité la constitution de groupes coopératifs agricoles. devenus aujourd'hui très puissants et performants. Ils sont de taille importante avec plusieurs milliers d'adhérents et présentent une structure juridique complexe souvent avec une holding. de nombreu es participations et des filiales en amont et en aval. Les acteurs de ces groupes sont essentiellement issus du monde agricole dans l'amont mais la présence d'investisseurs privés est fréquente dans la holding et dans l'aval. Il coexiste donc. au sein de ces groupes. deux logiques : une logique coopérative liée à la valorisation du produit et une logique capitaliste liée à la valorisation du capital. Quelle est la capacité de ces groupes à intégrer ces deux logiques et que devient la logique coopérative dans un groupe contraint d'adopter des comportements d'affaires pour s'adapter à son environnement économique? Cette réflexion nous amène à nous interroger sur les conséquences principales de la mutation en groupe sur la spécificité coopérative. Comment pouvons-nous la définir de nos jours, quel est son devenir ? A partir de la littérature. nous avons pu schématiser l'influence de la structure de groupe sur l'organisation et les relations qui se nouent entre les acteurs. Il en ressort un certain nombre de difficutés manifestes et latentes dans le maintien de la spécificité coopérative. Notre objectif de recherche est de vérifier, d'une part si l'on retrouve ces difficultés dans tout groupe coopératif agricole et d'autre part. de repérer et d'analyser d'éventuels mécanismes qui permettraient de les amoindrir et en conséquence de préserver la spécificité coopérative. Nous avons décidé de tester empiriquement les différentes propositions schématisées au sein du groupe coopérative agricole Champagne céréales. / At world levels. large concentrations of economie actors are intensifying and the French agricultural cooperative sector does not escape this trend with around 1000 operations of fusion acquisition in the last 10 years. The acceleration of this concentration facilitated the constitution of agricultural cooperative groups who have become very powerful and successful today. They are of considerable size with several thousand members and present a legal structure which is often complex composed of one holding company with numerous participations and subsidiaries both upstrearn and downstream. The actors of these groups essentially come from the agricultural world but the presence of private investors is frequent in the holding company and downstream. Therefore coexist, within these groups. two logics: a cooperative logic connected to the product and the transformation process, and a capitalist logic linked to the capital. What is the capacity of these groups to integrate these two logics; and what happens to the cooperative logic in a group forced to adopt business attitudes to adapt to its economie environment? This reflection brings us to wonder about the main consequences of evolution in a group based on cooperative values. How can we defme it nowadays, what the future? From the documentai research. we were able to schematize how the structure ofthe group influenced the organization and see the relationships building up between the actors. A certain number latent and obvious difficulties emerge in the preservation of the cooperative values and specificities. Our research objective is on one band to verify ifwe fmd these problems in every agricultural cooperative group and on the otber band. to track down and to analyze possible mechanisms whicb would allow to reduce the impact of the problems them and to preserve cooperative specificity. We decided to empirically test the various scbematic propositions within the Champagne cooperative cereal group.

L’UGT1A6 humaine appartient à la famille multigénique des UDP-glucuronosyltransférases (UGTs) qui sont responsables de la biotransformation des xénobiotiques et des substances endogènes. Cette isoforme joue un rôle important en pharmaco-toxicologie car elle est impliquée dans la métabolisation de médicaments et de substances phénoliques polycycliques. L’UGT1A6 catalyse le transfert de l’acide glucuronique, à partir du substrat donneur l’acide UDP-a-D-glucuronique, sur des phénols accepteurs hydrophobes. Le mécanisme réactionnel postulé est de type SN2 et fait appel à une base catalytique capable d’activer l’accepteur par déprotonation. Il s’ensuit une attaque nucléophile sur le carbone 1 de l’acide glucuronique et conduit à la formation d’un ß-D-glucuronide hydrosoluble avec inversion de configuration et libération d’UDP facilitée par la présence d’un cation magnésium. Le but de notre travail est d’identifier les acides aminés qui sont impliqués dans la catalyse enzymatique et dans la reconnaissance des substrats. Nous avons cherché dans un premier temps la base catalytique. Le rôle des 15 acides aminés aspartique / glutamique hautement conservés de toute la séquence codante de l’UGT1A6 humaine a été évalué par mutagenèse dirigée systématique, modification chimique et modélisation par homologie avec les glycosyltransférases dont la structure 3-D est résolue. Nous avons montré que, sauf pour les résidus aspartique Asp150 et Asp488, la substitution des résidus carboxyliques par alanine a conduit à des mutants actifs mais présentant une diminution de l’activité enzymatique et une baisse d’affinité pour le substrat accepteur et / ou le substrat donneur. En outre, la comparaison de séquences des UGTs et l’homologie avec les glycosyltransférases suggèrent que l’Asp150 joue un rôle de base catalytique. Dans un second temps, nous avons identifié l’acide aminé (His38) de l’UGT1A6 comme résidu pivot dans la reconnaissance des substrats accepteurs. L’étude a tiré profit de l’existence de 2 isoformes présentant 93% d’homologie et des spécificités de substrats très différentes : l’UGT1A4 qui métabolise que des amines et l’UGT1A3 qui métabolise les phénols, acides carboxyliques mais pas les amines. La comparaison de séquences de la famille UGT1A fait apparaître un résidu histidine très conservé dans toute les isoformes, sauf dans l’UGT1A4 ou il est remplacé par une proline. La substitution de Pro40 de l’UGT1A4 par His élargit l’activité enzymatique aux composés phénoliques et carboxyliques (spécificité de type UGT1A3). Inversement, lorsque le résidu His40 de l’UGT1A3 est remplacé par la proline, cette isoforme conjugue les amines et pas les phénols et acides carboxyliques, comme l’UGT1A4. Cette étude constitue une avancée importante sur la compréhension des mécanismes moléculaires de la glucuronoconjugaison des xénobiotiques et des médicaments. Enfin, dans une dernière partie nous avons entrepris une étude visant à établir la panoplie des UGTs présentes dans les cellules chondrocytaires articulaires chez l’homme qui sont la cible de médicaments de type anti-inflammatoires non stéroïdiens carboxyliques et d’estrogènes connus pour affecter l’homéostasie du cartilage. Les résultats montrent que plusieurs isoformes sont présentes à l’état de transcrits, à des niveaux très faibles, ne permettant pas pour l’instant de les caractériser par immunodosage ou par mesure de l’activité enzymatique. / The human UDP-glucuronosyltransferase UGT1A6 is the primary phenol-metabolizing UGT isoform. It catalyzes the nucleophilic attack of phenolic xenobiotics on UDP-glucuronic acid, leading to the formation of water-soluble glucuronides. The catalytic mechanism proposed for this reaction is an acid-base mechanism that involves an aspartic/glutamic acid and/or histidine residue. Here, we investigated the role of fifteen highly conserved aspartic/glutamic acid residues over the entire sequence of human UGT1A6 by site-directed mutagenesis. We showed that, except for aspartic residues D150 and D488, the substitution of carboxylic residues by alanine led to active mutants but with decreased enzyme activity and lower affinity for acceptor and/or donor substrate. Further analysis including mutation of the corresponding residue in other UGT1A isoforms suggests that D150 play a major catalytic role. In this report, we also identified a single active site residue important for glucuronidation of phenols and carboxylic acid substrates by UGT1A enzyme family. Replacing P40 of UGT1A4 by histidine expanded the glucuronidation activity of the enzyme to phenolic and carboxylic compounds, therefore leading to UGT1A3-type isoform in terms of substrate specificity. Conversely, when H40 residue of UGT1A3 was replaced with proline, the substrate specificity shifted toward that of UGT1A4 with loss of glucuronidation of phenolic substrates. Furthermore, mutation of H39 residue of UGT1A1 (H40 in UGT1A4) to proline led to loss of glucuronidation of phenols but not of estrogens. This study provides a step forward to better understand the glucuronidation mechanism and substrates recognition, which is invaluable for a better prediction of drug metabolism and toxicity in human. In the last part of the work, we determined the UGT isoforms that are expressed in human articular chondrocytes, and which are involved in the glucuronidation of nonsteroidal anti-inflammatory drugs and estrogens known to affect cartilage homeostasy. The results showed that several isoforms were indeed expressed as a transcript, but at a very low level, making the characterisation of the enzyme via their activity or immunodosage unsuccessful.

Les lymphocytes T régulateurs CD4+Foxp3+ (Treg) sont indispensables au contrôle des cellules T auto-réactives et au maintien de la tolérance immune en périphérie. Ils sont sélectionnés positivement dans le thymus, possèdent un répertoire TCR extrêmement diversifié suggérant une reconnaissance d’antigènes variés, requièrent une signalisation continue via leur TCR pour maintenir leurs fonctions en périphérie, fonctions qu’ils exercent avec une certaine spécificité de tissu. Ils contrôleraient donc spécifiquement les lymphocytes T auto-réactives en reconnaissant comme eux des antigènes du soi. Mon travail de thèse s’est articulé autour de deux axes visant à revisiter ce paradigme de l’autoréactivité des Treg, un point essentiel qui concerne les propriétés de reconnaissance antigénique de ces cellules. Afin de ne pas biaiser nos résultats avec des TCR artificiels, non issus de Treg, nous avons choisi d’étudier les Treg polyclonaux de souris normales. Dans une première série d’expériences, nous avons pu montrer que l’activation de lymphocytes T auto-réactifs anti-mâle dans une souris mâle conduisait à un remodelage du répertoire TCR des Treg, avec un usage préférentiel des Vβ5 et Vβ12. L’absence d’amplification clonale ainsi que des données récentes de la littérature démontrant l’amplification de sous-populations de Treg par des rétrovirus endogènes au cours de réponses immunitaires chroniques, nous ont conduit à conclure que l’activation de lymphocytes T auto-réactifs pourrait réactiver des rétrovirus endogènes et donc l’expression de super-antigènes capables d’amplifier les Treg portant certains Vβ. Dans le second volet de mon travail de thèse, nous avons caractérisé le niveau d’autoréactivité des Treg in vivo. En procédant à une comparaison systématique avec des Treg ayant des niveaux d’allo-réactivité différents et connus, nous avons montré que, de manière inattendue, les Treg polyclonaux possèdent un niveau étonnamment faible d’autoréactivité. Seule une fraction d’entre eux était capable de recevoir un signal TCR et des expériences de quantification ont révélé que cette fraction de cellules auto-réactives ne devait pas excéder 1% du répertoire total des Treg. L’ensemble de nos résultats suggèrent donc que les Treg sont faiblement réactifs en périphérie et/ou sont dirigés contre des antigènes endogènes rarement représentés. / No abstract available

Les caspases forment une famille de protéases à cystéine impliquées dans divers processus comme Fapoptose et l’inflammation. Durant l'apoptose, une forme de mort cellulaire programmée, les caspases initiatrices (caspases 8, 9 et 10) activent par protéolyse les caspases exécutrices 3 et 7. Ces dernières cliveront par la suite divers substrats cellulaires pour ainsi mener au démantèlement contrôlé de la cellule qui est propre à l'apoptose. Durant mon doctorat, je me suis intéressé à l’implication de la caspase 7 durant l'apoptose, autant la façon dont elle est activée que la manière dont elle reconnait ses substrats. D’abord, j'ai voulu étudier l'implication des sites de clivage du connecteur interdomaine (CID) de la caspase 7 dans son activation par les caspases initiatrices et les déterminants primaires sous-jacents impliqués dans cette activation. Cette étude a révélé l'importance de la localisation du site de clivage dans le CID de la caspase 7 pour une activation adéquate par les caspases initiatrices. La mutagénèse de ces sites nous a permis de constater que la séquence des sites chez la caspase 7 était presque optimale pour son activation par les caspases 8 et 9 et qu’il contient des déterminants importants pour l'activité enzymatique de la caspase 7. Mes travaux soulignent également l’importance de la longueur du CID pour l’activité pré-clivage de la caspase 8, mais pas de la caspase 7. En somme, ces travaux ont permis d’éclaircir l’importance des sites de clivage de caspase 7 pour sa reconnaissance par les caspases initiatrices et pour son activité catalytique. Ces travaux ont fait l'objet du premier article de cette thèse. Puis, je me suis intéressé à la reconnaissance de certains substrats de la caspase 7 par des sites de reconnaissance situés à l'extérieur de la pochette de liaison du substrat, les exosites. J'ai identifié un exosite situé dans le domaine N-terminal de la caspase 7 qui est principalement contenu dans une séquence polybasique de quatre résidus lysine (K38-41). Cet exosite améliore le clivage des protéines poly(ADP ribose) polymérase 1 (PARP-1) et p23 sans toutefois changer l’activité catalytique basale de la caspase 7. Il est transférable sur la caspase 3 et est capable de lier PARP-1 seul. Cet exosite est également utilisé lors de l'apoptose pour favoriser le clivage de certains substrats par la caspase 7. L’existence de ce site explique les différentes activités catalytiques des caspases 7 et 3 sur des substrats apoptotiques précis. En somme, ces travaux constituent la première démonstration de l'existence d'exosites chez les caspases. Mes travaux ont donc permis de mieux comprendre la caspase 7, autant les mécanismes de son activation que ceux qu’elle utilise pour choisir ces substrats apoptotiques.

Les troubles du spectre autistique (TSA) sont des pathologies neurodéveloppementales d’origine multifactorielle. Leurs symptômes apparaissent au cours de la petite enfance et persistent à l’âge adulte. Une prise en charge adaptée permet toutefois de limiter les handicaps pouvant en découler et ainsi améliorer la qualité de vie des personnes concernées. Mais pour qu’il y ait prise en charge, encore faut-il obtenir un diagnostic rapidement. Or, aujourd’hui encore, le diagnostic de TSA n’intervient que plusieurs années après l’apparition des premiers signes. La problématique du diagnostic tardif est à mettre en lien direct avec celle du dépistage, située en amont. En Belgique comme dans la plupart des pays européens, le dépistage des TSA n’est pas organisé. Pourtant, au fil du temps, plusieurs instruments à visée de détection ont vu le jour. La littérature nous apprend que ces instruments restent peu utilisés, notamment en raison d’un manque de conscientisation du monde médical et de diverses limitations pragmatiques dont l’absence de traduction en langue française. Par ailleurs, nombreux sont les tests qui présentent des limitations psychométriques affectant leur efficacité. Les manquements constatés dans le domaine du dépistage entravent et retardent l’orientation des enfants à risque vers les services diagnostiques spécialisés en autisme. Ils entraînent également des demandes de bilans non pertinentes pour des enfants dont la pathologie est clairement d’un autre ordre. Faute de filtrage préalable, les services diagnostiques se retrouvent submergés par les demandes d’évaluations et les listes d’attente s’allongent inexorablement. Face à ces constats et à la détresse des familles, nous avons souhaité créer un outil de dépistage francophone dont la simplicité et l’efficience encourageraient l’utilisation. Notre outil, baptisé ADT pour Autism Discriminative Tool, a vu le jour en 2012. Il s’agit d’un instrument de dépistage ciblant les enfants de section maternelle à risque de TSA. Destiné aux médecins de deuxième ligne, il a pour particularité d’être complété par les enseignants et d’être l’un des premiers à s’aligner sur le DSM-5. Le présent travail s’organise en plusieurs parties. Nous reprendrons d’abord l’historique et la définition actuelle de l’autisme, afin de circonscrire le trouble dans sa globalité. La problématique autistique sera ensuite examinée sous différents angles dont ceux des trajectoires développementales, des signes précoces, des comorbidités psychiatriques ou encore des diagnostics différentiels. Nous nous attarderons particulièrement sur les pathologies les plus communément confondues avec les TSA, en tentant de les en différencier sur base de signes cliniques objectifs. Nous aborderons ensuite la notion de dépistage de manière générale, puis en lien avec les troubles autistiques. Nous passerons en revue les principaux instruments de détection, en ferons une analyse critique, puis résumerons les carences constatées au niveau national et international.Les questions du diagnostic tardif et de la pertinence des demandes d’évaluations seront notamment discutées et illustrées au moyen de données chiffrées, issues du CRA de l’hôpital Universitaire des Enfants Reine Fabiola dans lequel nous travaillons. Nous présenterons nos deux hypothèses de recherche en clôture de la partie théorique. La partie pratique débutera avec la présentation de notre outil. Nous en préciserons le contenu, les particularités et les aspects novateurs. Les pages suivantes seront consacrées à l’exploration de nos hypothèses de recherche, sur base d’une méthodologie en deux temps :une étude exploratoire et une étude de validation à proprement parler. L’étude exploratoire s’organise autour de la version originale de l’ADT. De nature préliminaire et rétrospective, elle vise à examiner la pertinence des items inclus dans notre questionnaire. Elle évalue également le pouvoir discriminatif potentiel de l’ADT et débouche sur une version remaniée. L’étude de validation est, quant à elle, prospective.Réalisée sur un mode multicentrique, elle examine les aspects de spécificité de l’ADT et met en évidence les qualités psychométriques de notre outil.Lors de la phase de validation, nous comparons également le contenu des questionnaires remplis par les enseignants à celui des parents et des professionnels de l’autisme. Cette analyse, plus qualitative, confirmera que les enseignants sont tout à fait capables d’observer les signes d’un développement atypique chez leurs élèves, au même titre que les parents et les professionnels. / Doctorat en Sciences psychologiques et de l'éducation / création d'un outil de dépistage novateur dans le champs de l'autisme / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les anthocyanes constituent une composante importante de la qualité des fruits rouges, particulièrement pour le raisin noir, et pour la couleur des vins qui en dérivent. La biosynthèse des anthocyanes est déterminée par des facteurs génétiques et affectée par des facteurs environnementaux, notamment la lumière. Pour la plupart des cépages, la pellicule des baies est le tissu principal ou exclusif accumulant les anthocyanes. Notre travail analyse les effets de la lumière et du génotype sur la biosynthèse des anthocyanes. Le matériel végétal que nous avons utilisé était constitué de cépages teinturiers, qui accumulent des anthocyanes dans la pellicule et dans la pulpe, et de populations hybrides. Dix-neuf anthocyanes mono-glycosylées ont été identifiés dans sept tissus colorés du cépage teinturier Yan-73 (V. vinifera). La composition et la concentration en anthocyanes varient selon les organes et le stade de développement. Les anthocyanes de la pellicule incluent principalement les dérivés de la malvidine, alors que les dérivés de la péonidine sont les plus abondants dans la pulpe. Les dérivés de malvidine et de péonidine prédominent dans le rachis, les pédicelles des baies, les limbes foliaires, les nervures et les pétioles, et dans l‘écorce à la base du cep. Les concentrations des anthocyanes dans les pellicules, la pulpe, le rachis et les pédicelles augmentent rapidement à partir de la véraison, ou une semaine après la véraison. Elles sont élevées dans les limbes foliaires jeunes et sénescents, et faibles dans les feuilles en expansion et les feuilles adultes. Elles ne varient pas beaucoup au cours de la saison dans les nervures et les pétioles, ou dans l‘écorce. Les cépages ont pu être distingués selon leur réponse à des traitements d‘exclusion de la lumière imposés de la nouaison à la maturité en entourant les grappes par des boîtes opaques. Le cépage non teinturier ―Gamay‖ à peau rouge accumule très peu d‘anthocyanes dans la pellicule en absence de lumière. Au contraire, les cultivars teinturiers, ‗Yan-73‘ et ‗Gamay Fréaux‘ (mutant teinturier de ‘Gamay’) accumulent des anthocyanes aussi bien dans la pellicule que dans la pulpe et présentent une coloration sombre même en absence de lumière... / Anthocyanins are an important component of red fruit quality, especially for grape berries, and for the color of the wines made from these berries. Anthocyanin biosynthesis is determined by genetic factors and affected by environmental factors, especially sunlight. For most grape cultivars, the berry skin is the main or only tissue accumulating anthocyanins. The present work investigates the effects of light and grape genotype on anthocyanin biosynthesis. We used teinturier grape cultivars (also called dyers, which synthesize anthocyanins in both skin and pulp) and its hybrid population as plant materials. Nineteen monoglucoside anthocyanins were identified in seven colored tissues of the teinturier cultivar Yan-73 (V. vinifera). Anthocyanin composition and concentration varied among grape organs and with developmental stage. Skin anthocyanins were mainly composed of malvidin derivatives, while peonidin derivatives were the most abundant anthocyanins in the pulp. Both malvidin and peonidin derivatives were predominant in rachis, berry pedicels, leaf lamina, vein and petioles, and living bark at the base of the shoot. The concentration of anthocyanins in berry skin, pulp, rachis and pedicels rapidly increased starting from veraison on, or one week after veraison. Anthocyanin concentrations were high in young and senescing leaf lamina and low in expanding and mature lamina. They did not vary much throughout the growing season in the leaf veins and petiole tissues, or in the bark. Grape cultivars could be distinguished by their response to sunlight exclusion treatments imposed from fruit set to maturity by surrounding the clusters with opaque boxes. The red-skinned non-teinturier cultivar Gamay could barely accumulate anthocyanins in berry skin under sunlight exclusion. In contrast, teinturier cultivars, Yan-73 and Gamay Fréaux (teinturier mutant of Gamay) accumulated anthocyanins in both skin and pulp and showed dark color even under sunlight exclusion...

Les hélicases sont des enzymes extrêmement répandues qui sont essentielles pour mener à bien l'ensemble des processus cellulaires impliquant des acides nucléiques. Ces protéines parviennent à annihiler les structures secondaires et tertiaires qui peuvent se former dans l'ADN ou l'ARN grâce à l'énergie puisée par l'hydrolyse de l'ATP. Les hélicases ne sont toutefois pas l'exclusivité des organismes eucaryotes et procaryotes, mais bon nombre de virus codent aussi pour des enzymes possédant cette fonction. La famille des Flaviviridae ne fait pas exception à ce groupe puisque l'ensemble des virus de cette famille code pour une hélicase nommée NS3. La famille des Flaviviridae est une famille virale d'une importance monumentale étant donné la présence de nombreux pathogènes humains parmi ses rangs. On y dénote le virus de l'hépatite C, le virus de la dengue et le virus du Nil occidental pour ne nommer que ceux-là. Ces virus ont aussi un autre point en commun, le manque criant d'une thérapie efficace pour traiter les patients atteints. La protéine NS3 et plus particulièrement son activité hélicase est une cible potentielle envisageable pour le traitement de ces virus étant donné l'aspect essentiel de cette activité dans le cycle de réplication de ceux-ci. L'étude présentée dans ce mémoire a pour dessein d'étudier le site d'hydrolyse de l'ATP de la protéine NS3 du virus du Nil occidental. Le but final est de découvrir les déterminants moléculaires qui mènent à la sélection du substrat à hydrolyser, tant au niveau du substrat qu'au niveau de la protéine. Du côté du substrat, une panoplie d'analogues de purines fut testée pour déterminer la capacité de ces molécules à compétitionner pour le site actif de la protéine ainsi que pour la faculté de la protéine à hydrolyser ces substrats. Du côté de la protéine, une gamme de mutants de NS3 fut exprimée et l'habileté de ces mutants à discriminer entre les différents substrats qui lui étaient présentés a été mesurée. Les acides aminés qui ont été sélectionnés pour être mutés l'ont été soit pour leur ressemblance à un motif de reconnaissance de l'ATP chez d'autres hélicases, soit pour leur proximité du substrat, déterminée grâce à un modèle de la protéine bâti sur la structure cristallisée de la protéine NS3 du virus de la dengue. L'ensemble des résultats obtenus a permis de dresser le portrait des atomes de l'ATP qui sont liés par la protéine en plus de mettre à jour plusieurs acides aminés qui sont impliqués directement ou indirectement dans la sélection du substrat par NS3. Il semble en effet que la présence d'un groupement donneur de liaison hydrogène soit nécessaire à la position six d'une purine pour permettre un bon niveau d'hydrolyse de la molécule, permettant ainsi à la protéine de faire la distinction entre l'ATP et le GTP. Aussi, l'apport insoupçonné dans le processus d'hydrolyse d'acides aminés tels que Arg202, Ans417 ou encore Arg185 a été démontré. Finalement, différentes expériences permettant d'élargir les connaissances sur la protéine NS3 ainsi que sur les hélicases en général sont proposées. Des recherches visant à déterminer les ressemblances et les différences au niveau de la discrimination entre sources d'énergie à utiliser entre les diverses protéines NS3 des Flaviviridae vont permettre d'amener à un autre niveau la compréhension du mécanisme d'hydrolyse de cette protéine. Des études s'appliquant à modifier différents acides aminés afin de façonner la protéine NS3 pour qu'elle hydrolyse des analogues particuliers ou qu'elle lie des acides nucléiques précis pourraient aussi permettre de mieux comprendre les bases de la reconnaissance des substrats de NS3 en plus de fournir éventuellement des outils moléculaires voués à des fonctions multiples.

Les gènes Hox sont responsables de l’identité des segments le long de l’axe antéro-postérieur. Ils sont évolutivement conservés et codent des facteurs de transcription. In vitro, toutes les protéines Hox se lient à des séquences nucléotidiques très similaires via un domaine de liaison à l’ADN très conservé, l’homéodomaine (HD). Cette faible spécificité de liaison à l’ADN in vitro contraste avec leur spécificité d’action in vivo. Une manière d’expliquer ce paradoxe est que les protéines Hox agissent en interaction avec des protéines cofacteurs, dont le mieux caractérisé est Extradenticle (Exd) chez la drosophile, Pbx chez les mammifères (collectivement appelés PBC). L’interaction Hox-PBC s’appui sur un motif conservé chez la presque totalité des protéines Hox, situé en amont de l’HD, le motif Hexapeptide (HX). Des travaux récents au sein de notre équipe ont montré l’existence d’un nouveau mode d’interaction Hox-PBC, non-générique, médié par un motif spécifique à certains groupes de paralogies seulement, et situé en en C-terminal de l’HD. Ceci souligne que les interactions Hox-PBC, qui spécifient la fonction des protéines Hox, reposent sur de modes multiples d’interaction.Mes travaux de thèse ont porté sur le mode d’action des protéines Hox, en étudiant la fonction de trois motifs ayant un rôle démontré ou potentiel dans le recrutement du cofacteur Exd par la protéine Hox de drosophile AbdominalA (AbdA). L’approche empruntée visait à analyser de manière globale la manière dont chacun de ces motifs pris isolément, ou en interaction, définit la fonction d’AbdA. Les conclusions de ce travail soulignent l’absence de pléiotropie fonctionnelle et un haut degré d’interactivité entre ces motifs. Le second volet de ma thèse a été d’initier la découverte de nouveaux motifs fonctionnels au sein des protéines Hox. J’ai abordé cette question en sélectionnant des modules phylogénétiquement conservés. Afin d’évaluer leur fonction, ces motifs ont été mutés et l’impact de leur mutation a été analysé in vitro et in vivo. Les résultats obtenus ont permis l’identification d’au moins un domaine protéique qui contribue de manière prédominante à la fonction de la protéine Dfd. / Hox genes are responsible for the identity of segments along the antero-posterior axis. They are evolutionarily conserved and encode transcription factors. In vitro, all Hox proteins bind to a similar nucleotide sequence via a highly conserved DNA binding domain, the homeodomain (HD). This low specificity of DNA binding in vitro contrasts with their specificity in vivo. One way to explain this paradaox is that Hox protein function with protein cofactors, best represented by Extradenticle (Exd) in Drosophila, Pbx in mammals (collectivaly refered as PBC). Hox-PBC interaction relies on a motif located upstream of the HD, conserved in most Hox proteins, the Hexapeptide (HX). Recent work in our group identified a novel mode of Hox-PBC interaction, non-generic, specific to a subset only of Hox paralog groups, and relying on a motif located C-terminal to the HD. This highlight plasticity in Hox-PBC interaction.My PhD work aimed at investigating the mode of action of Hox protein, by studying the function of three protein motifs, with known or putative role in Exd recruitment by the Drosophila Hox protein AbdominalA (AbdA). The approach taken aimed at analyzing, using a large functional window, how these motifs, taken in isolation or collectively, define AbdA protein activity. Conclusions highlight the absence of pleitropy and a high degree of functional interaction for these protein motifs. The second part of my PhD work has been to initiate the search for novel functionally important protein motifs within Hox proteins. This was approached by selecting phylogenetically conserved motifs, and addressing their function in vitro and in vivo following motif mutations. At least one functional domain was isolated, that contributes predominantly to Dfd protein function.