El género Aeromonas está constituido por bacterias Gram-negativas aisladas frecuentemente en el agua. Adquieren relevancia por estar presentes en alimentos, y ser capaces de ocasionar cuadros diarreicos e infecciones extraintestinales en el hombre, habiéndose demostrado en la presente tesis, que pueden ser las causantes de hasta el 2% de las diarreas del viajero. La taxonomía de Aeromonas es compleja. El género consta de 15 especies difíciles de identificar con métodos bioquímicos, por lo cual en la presente tesis se ha desarrollado un protocolo, basado en los patrones de restricción del gen 16S rRNA, que permite identificar todas las especies aceptadas de Aeromonas. La mayoría de laboratorios clínicos utilizan para la identificación de las especies métodos miniaturizados semiautomáticos u otras pruebas bioquímicas que, como se demuestra en la presente tesis, conducen a identificaciones erróneas tanto a nivel de especies como del género, llegándose a confundir cepas de Aeromonas como pertenecientes a Vibrio. Para evitar esta confusión, se ha diseñado una sonda molecular, basada en el gen que codifica para la glicerofosfolípido-colesterol aciltransferasa, que es capaz de identificar las colonias de Aeromonas en medios de aislamiento primario de una forma rápida y eficaz.La correcta delimitación e identificación de las especies que integran el complejo fenotípico "A. hydrophila" (A. hydrohila, A. bestiarum, A. salmonicida y A. popoffii) constituye uno de los problemas en la taxonomía del género. Por ello, se ha considerado importante investigar las características bioquímicas y genéticas de este grupo de especies, comprobándose que las especies A. bestiarum y A. salmonicida no pueden diferenciarse mediante pruebas bioquímicas ni por métodos genéticos, por lo que sugerimos que se tratan de una única especie.Otro objetivo abordado en la tesis ha sido el estudio de los patrones de resistencia, de las especies de Aeromonas identificadas por métodos genéticos, a los agentes antimicrobianos. Se ha demostrado que las cepas de origen clínico de las especies A. hydrophila, A. caviae y A. veronii son sensibles a las cefalosporinas, aminoglucósidos, y las fluoroquinolonas. Además, se ha evidenciado que las quinolonas o las cefalosporinas de tercera generación deben considerarse como el tratamiento de elección para el tratamiento de las diarreas del viajero causadas por Aeromonas.Para poder avanzar en el conocimiento de la epidemiología de Aeromonas es imprescindible disponer de métodos moleculares de tipado fiables. En esta tesis se han evaluado tres técnicas (RFLP del espaciador intergénico 16S-23S, ERIC-PCR y REP-PCR) para el tipado molecular de Aeromonas, demostrándose que la técnica de ERIC-PCR es la más discriminativa. Sin embargo se ha observado que la combinación simultánea de dos de éstas técnicas (ERIC y REP) mejora el tipado. La virulencia de Aeromonas es compleja y posiblemente multifactorial. Se han descrito numerosos genes que codifican para diversos enzimas (hemolisinas, lipasas, DNasas, proteasas...) en los que se ha demostrado su implicación en virulencia, no obstante no existen estudios que hayan investigado simultáneamente la incidencia de todos ellos en cepas clínicas y ambientales en todas las especies del género. En esta tesis se ha investigado la distribución de los genes que codifican para estos factores de virulencia, así como la actividad enzimática que se les asocia en cepas clínicas y ambientales de todas las especies del género, demostrándose que se encuentran ampliamente presentes en todas ellas. Sin embargo se ha encontrado una asociación estadísticamente significativa entre la presencia de genes que codifican para los factores de virulencia aerolisina/hemolisina y serina proteasa y la actividad ß-hemolítica, lo que sugiere, tal como han indicado otros autores, que la serina proteasa podría actuar como activador de la aerolisina/hemolisina.Por último, hemos considerado de interés el determinar sí las especies de Aeromonas de mayor relevancia en clínica poseen el sistema de secreción tipo III, descrito en otros microorganismos patógenos como Escherichia coli, Yersinia spp. y Salmonella ssp. y, cuya función principal consiste en hacer llegar toxinas directamente al citoplasma de la célula huésped. En la presente tesis se ha demostrado que dicho sistema está presente en la mayoría de cepas clínicas de A. veronii y A. hydrophila, lo cual indica que dichas cepas poseen un potencial virulento comparable al de los patógenos mencionados. / The genus Aeromonas comprises Gram-negative bacteria frequently isolated from water. They are important because they are found in food and can provoke diarrhoea and extraintestinal infections in humans. The present thesis demonstrates that they can be aetiological agents in up to 2% of traveller's diarrhoea.Aeromonas taxonomy is complex. The genus comprises 15 species difficult to identify with classical biochemical methods. Because of this we have developed a technique based on the 16S rRNA restriction patterns that allows the identification of all the accepted species of Aeromonas. Most clinical laboratories use miniaturized semiautomatic systems or other biochemical tests to identify Aeromonas species. As we demonstrate they can give erroneous identifications as Vibrio at both species and genus level. In an attempt to avoid this confusion, we designed a molecular probe, based on the gene that codifies for glycerophospholipid-cholesterol acyltransferase, which can detect Aeromonas colonies in primary isolation media in a fast and reliable manner.The correct delimitation and identification of the species that integrate the phenotypic "A. hydrophila" complex (A. hydrohila, A. bestiarum, A. salmonicida and A. popoffii) constitutes one of the problems in the taxonomy of the genus. For that reason we considered it important to investigate the biochemical and genetic characteristics of this group of species. We have observed that the species A. bestiarum and A. salmonicida cannot be differentiated either with biochemical or with genetic methodology, suggesting that they may be unique species.Another objective was the study of the resistance patterns, in genetically identified Aeromonas species, to the antimicrobial agents. We demonstrate that clinical isolates of A. hydrophila, A. caviae and A. veronii species are susceptible to cephalosporins, aminoglycosides and fluoroquinolones. Moreover, there was evidence that quinolones and third generation cephalosporines should be considered as the treatment of choice of traveller's diarrhoea.In order to improve our knowledge of the epidemiology of Aeromonas, it is essential to have reliable molecular typing methods. We evaluated three techniques (intergenic spacer region 16S-23S RFLP, ERIC-PCR and REP-PCR) for the molecular typing of Aeromonas, and we found ERIC-PCR to be more discriminative. However, we also observed that the simultaneous combination of two of those techniques (ERIC and REP) further improved the typing.The virulence of Aeromonas is complex and possibly multifactorial. Numerous genes codifying for different enzymes (hemolysins, lipases, DNases, proteases.) have been described and their implication in virulence has been demonstrated, but there have been no studies to investigate simultaneously the incidence of all those genes in clinical and environmental isolates of all the species of the genus. In the present thesis we investigate the distribution of the genes codifying for those virulence factors, and their associated enzymatic activity on clinical and environmental isolates of all the species of the genus. We found a large presence of the genes in all the species, regardless of the origin. However, we also found a statistically significant association between the presence of genes codifying for aerolysin/hemolysin and serine protease and ß-hemolitic activity, which suggests that serine protease acts as aerolysin/hemolysin activator.Finally, we considered it of interest to determine whether the Aeromonas species with major clinical relevance possess the type III secretion system, described in other pathogenic micoorganisms, such as Escherichia coli, Yersinia spp. and Salmonella spp. The principal function of this system is to inject toxins directly into the host cell cytoplasm. We demonstrate that this system is present in most of the clinical A. veronii and A. hydrophila isolates, which indicates that those strains possess a virulence potential comparable to that of the other mentioned pathogens.

La transició d'animals amb un eix, simetria radial i dues capes embrionàries a animals amb dos eixos, simetria bilateral i tres capes embrionàries fou un dels esdeveniments més importants de la història evolutiva animal. Cóm eren els primers organismes bilaterals, els ancestres dels 34 fílums actuals de bilaterals, és un dels misteris més grans de la Zoologia i la Història Natural. Les dades morfològiques i paleontòlogiques han produit no poques teories de com es va donar aquest procés. En qualsevol cas, aquestes es poden simplificar en una pregunta: eren els primers bilaterals organismes estructuralment complexes (amb celoma, segmentació i amb estructures internes i nervioses desenvolupades) o bé morfològicament senzills? Les implicacions són evidents: si l'ancestre era complex, això implica que els bilaterals actuals d'organització corporal senzilla (els fílums acelomats i pseudocelomats) són derivats per simplificació. Si, d'altra banda, l'ancestre era estructuralment senzill, la complexitat corporal s'hauria adquirit gradualment. Entendre aquest pas ajudarà, entre d'altres coses, a: 1) polaritzar els canvis genètics i morfològics, 2) compendre les raons de l'augment o disminució de complexitat, i 3) iniciar estudis genètics en taxons clau per entendre la genètica subjacent de passar de un sol eix corporal (oral-aboral) a dos eixos corporals (antero-posterior i dorso-ventral).La condició sine qua non per respondre aquesta pregunta és disposar d'una filogènia robusta dels fílums animals. Així, adreçant-nos cap aquest objectiu, aquesta tesi ha intentat solventar la posició filogenètica de dos taxons: els acels i els nemertodermàtides. Avui en dia, la manera més eficaç d'afrontar això és obtenint dades independents de la morfologia; és a dir, obtenir dades moleculars i inferir-ne la seva posició filogenètica a partir d'aquestes. D'aquesta manera es pot testar i evaluar les teories proposades i, per què no?, generar hipòtesis noves. A l'inici de la tesi només disposavem de les seqüències del 18S de tres espècies d'acels i d'un nemertodermàtid, obtingudes per resoldre la situació del fílum Platyhelminthes (considerat basal fins aleshores) dins dels Bilateria. Els acels seqüenciats eren, però, fast-clock (presentaven tases de substitució més elevades que la resta). Davant d'aquest problema, l'aproximació molecular havia de seguir, doncs, unes pautes concretes, emprant diferents aproximacions i metodologies:1.seqüenciar més 18S d'acels i nemertodermàtides, per tal de trobar algun amb una taxa de substitució semblant a la resta de bilaterals. 2.buscar i trobar una molècula independent dels gens ribosomals, com, per exemple, gens nuclears codificants, amb informació filogenètica a nivell de fílums. Una vegada trobada seqüeincar un nombre suficientment alt de taxons per tal de comprobar els resultats del 18S. 3.obtenir dades sobre possibles sinapomorfies moleculars, com ara el nombre i tipus de gens Hox, el reordernament dels gens mitocondrials.Aquesta Tesi enfila el problema emprant moltes de les possibles aproximacions moleculars: a) generant més seqüències de 18S d'acels i nemertodermàtides (capítol I i II); b) aconseguint les primeres seqüències de proteïnes mitocondrials d'acels i nemertodermàtides (capítol II); c) cercant una nova molècula -gen codificant nuclear- amb informació filogenètica al nivell que volem i seqüenciant una serie suficient de fílums bilaterals per testar els resultats del 18S (capítol III); i d) generant les primeres dades dels genomes mitocondrials d'acels, nemertodermàtides i platihelmints no-paràsits, per tal de buscar sinapomorfies moleculars (capítol IV).Totes les dades aquí presentades (18S ribosomal, les sequencies del nou marcadaor filogenètic miosina II, i l'estructura dels genomes mitocondrials) corroboren que els Platyhelminthes són polifilètics, ja que ni acels ni nemertodermàtides s'agrupen amb el gruix dels Platyhelminthes (els Rhabditophora). De fet, el conjunt de dades presentades suggereixen un nou esquema taxonòmic i filogenètic dels Metazous: els Bilateria formen un grup monofilètic dividit en: 1) acels i nemertodermàtides i 2) el gruix dels bilaterals, que anomenem Eubilateria o Nephrozoa, dividits en els tres superclades (Ecdysozoa, Lophotrochozoa i Deuterostomia). Així, acels i nemertodermàtides haurien divergit abans que la resta dels bilaterals actuals, i seriens els bilaterals més basals de tots els actuals. La seva morfologia actual ens premetria, per tant, inferir que l'ancestre dels Bilateria era també morfològicament senzill, probablemenet sense celoma, sense segments i de desenvolupament directe.

Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-05-24T17:53:23Z No. of bitstreams: 1 278475.pdf: 19892911 bytes, checksum: 01ecabe823cb648e15df92f3e73d46c3 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-24T17:53:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 278475.pdf: 19892911 bytes, checksum: 01ecabe823cb648e15df92f3e73d46c3 (MD5) Previous issue date: 1998-04-14 / CAPES / FUJB / FAPERJ / CEPEG / Foram estudados aspectos taxonômicos e da distribuição batimétrica e geográfica de nove espécies de Paramuriceidae (Bebryce cinerea, Bebryce sp., Heterogorgia uatumani, Muriceides hirtus, Muriceides aequatoriales, Muriceides sp., Placogorgia atlantica, Scleracis guadalupensis e Villogorgia nigrescens) e cinco espécies de Plexauridae (Muricea atlantica, Muricea flamma, Muricea laxa, Muricea midas e Muriceopsis sp.) encontradas na plataforma continental e ilhas oceânicas brasileiras, entre 20 e 400 m de profundidade. Dentre as espécies identificadas apenas até gênero, destaca-se Muriceopsis sp., que foi evidenciada como desconhecida para a ciência até o presente momento. Foi registrada uma nova ocorrência de gênero para o Brasil (V. nigrescens) e ampliadas as áreas de ocorrência de outras cinco espécies (B. cinerea, H. uatumani, P. atlantica, S. guadalupensis, M. flamma). Heterogorgia uatumani, Scleracis guadalupensis e Villogorgia nigrescens tiveram sua distribuição batimétrica ampliada. Apenas duas dentre as espécies aqui registradas têm ocorrência restrita ao Brasil (M. flamma e M. aequatoriales ). São discutidas propostas biogeográficas de diversos autores, sendo evidenciado que aquelas baseadas em material de águas muito rasas ( < 20 m) não são adequadas para a caracterização da fauna de octocorais aqui estudada. / Fourteen species of octocorals, from the Brazilian continental platform and oceanic islands, from depths between 20 and 400m, were studied regarding aspects of their taxonomy, bathymetry, and geographical distribution. These species included nine Paramuriceidae (Bebryce cinerea, Bebryce sp., Heterogorgia uatumani, Muriceides hirtus, Muriceides aequatoriales, Muriceides sp., Placogorgia atlantica, Scleracis guadalupensis, and Villogorgia nigrescens) and five Plexauridae (Muricea atlantica, Muricea flamma, Muricea laxa, Muricea midas, and Muriceopsis sp. ). Among the species identified only at the rank of genus, it was demonstrated that Muriceopsis sp. is a species yet to be properly described in nomenclatural terms. Villogorgia was recorded for the first time in Brazilian waters and the geographical limits of five other species were changed (B. cinerea, H. uatumani, P. atlantica, S. guadalupensis and M. flamma). H. uatumani, S. guadalupensis, and V. nigrescens had their species global bathymetric range widened. Only two of the species here recorded were endemic to Brazil (M. flamma and M. aequatoriales). Biogeographical hipothesis from different authors were discussed, and it was shown that those based on material from very shallow waters (< 20m) were not adequate to characterize the distribution of octocoral species here reported.

Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-01-19T14:09:48Z No. of bitstreams: 58 542849.pdf: 54021987 bytes, checksum: cbf08c649a312fe6bc78ff12c24e6d2f (MD5) 01-AudioTrack 01.mp3: 693197 bytes, checksum: d2c840742a27bee2bf8b242e93b6857a (MD5) 02-AudioTrack 02.mp3: 736676 bytes, checksum: 1a82ece3424c3be226d0bb82679276c3 (MD5) 03-AudioTrack 03.mp3: 836662 bytes, checksum: bdb04ebcf0f0eddb5b0ea1e0ef03a3fa (MD5) 04-AudioTrack 04.mp3: 600847 bytes, checksum: ab49d0f31a09a0584d8f384daa7504ec (MD5) 05-AudioTrack 05.mp3: 650366 bytes, checksum: 79ff203f2122e34173fbf0ddd48dc723 (MD5) 06-AudioTrack 06.mp3: 530266 bytes, checksum: e8ff256433f39ee11d17d0975cd81784 (MD5) 07-AudioTrack 07.mp3: 516393 bytes, checksum: 6b0a6da3882f0bbf84bc1e0dd151ab14 (MD5) 08-AudioTrack 08.mp3: 1039887 bytes, checksum: fed427863b44b4ec3066d4eb80756907 (MD5) 09-AudioTrack 09.mp3: 706340 bytes, checksum: 9c5696fe090e76643b65d9d6fe9244d6 (MD5) 10-AudioTrack 10.mp3: 548512 bytes, checksum: 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2001-07-06 / CAPES / FUJB / FBPN / Este estudo teve como objetivos testar o monofiletismo do gênero Formicivora, definir os seus limites e formular uma hipótese de relacionamento filogenético entre as espécies que o compõem. Essas questões foram abordadas através de uma análise cladística de caracteres de morfologia externa, morfologia da siringe, vocalizações e história natural. As hipóteses de homologia primária formuladas para 26 táxons terminais (incluindo 25 espécies de Thamnophilidae e uma de Formicariidae) foram codificadas em uma matriz com 56 caracteres, que foi submetida a 10 análises de parcimônia, com diferentes combinações de pesagem, ordenação e inclusão ou exclusão de caracteres. Foram feitas 100 replicações de cada uma das análises, com seqüência de adição ao acaso de táxons, usando o algoritmo heurístico "tree-bisectionand-reconnection branch-swapping" no programa PAUP. Nenhum dos cladogramas obtidos fornece evidência em apoio à hipótese de monofiletismo do gênero Formicivora, tal como tem sido aceito pelos autores modernos. Contudo, um clado com sete espécies, presente em todas as análises, indica a necessidade de uma redefinição do gênero para que corresponda a um grupo monofilético, excluindo-se F. iheringi e incluindo-se Stymphalomis acutirostris, que forma 1im clado junto com F. rufa e F grisea. Este dado é o grupo irmão de outro clado, formado por F. melanogaster, F serrana e F. littoralis. Formicívora erythronotos é a espécie mais basal do gênero. O grupo-irmão de Formicivora não pôde ser inequivocamente postulado. Sugere-se que, até que a posição filogenética de F. iheringi dentro de Thamnophilidae seja esclarecida, essa espécie seja colocada em um gênero monotípico incertae sedis, restaurando-se o nome Neorhopias Hellmayr, 1920 para ele. O monofiletismo do gênero Myrmotherula, que tem sido questionado por outros autores com base em análises moleculares, também não foi corroborado por este estudo. A utilidade de caracteres bioacústicos na reconstrução filogenética de Passeriformes Suboscines é discutida e reafirmada. / A cladistic analysis of extemal morphology, syringeal morphology, vocalizations and natural history characters was conducted to test the monophyly of Fomlicivora, to define its limits and to develop a phy]ogenetic hypothesis for the genus. Primary homologies were hypothesized and coded as 56 characters for 26 terminal taxons that included 251hamnophilid and one formicariid species. Ten parsimony analyses of this data set were perfonned, each with different inclusion or exclusion, weighting and ordering of characters. Each of these analyses comprised 100 replicates with the random addition sequence option in effect using PAUP tree-bisection-andreconnection branch-swapping heuristic algorithm. The monophyly of Formicivora as currently defined is not supported, but in every analysis seven species are grouped in a clade that includes six currently recognized species of Formicivora. To correspond to this monophyletic assemblage, Formicívora must be redefined to include Stymphalornis acutirostris and to exclude F. iheringi. Formicivora erythronotos is the sister group to the other six species of the genus. Stymphalonlis acutirostris, F. nifa and F. grisea fonn a clade that is the sister group to a clade fonned by F. melanogaster, F. serrana and F. littoralis. The sister group to Fomricivora could not be unambiguously hypothesized. While the phylogenetic relationships of F. iheringi are not resolved within Thamnophilidae, this species should be placed in a incertae sedis monotypic genus, for which the name Neorhopias Hellma:yT, 1920 is available. The monophyly of myrmotherula, which has been questioned by previous studies based on molecular analyses, has not been supported by this study either. The utility of vocal characters in reconstruction of the phylogenetic relationships of Suboscine Passerines is discussed and reaffirmed.

Orientador : Prof. Dr. Eric de Camargo Smidt / Coorientador : Prof. Dr. Antonio Luiz Vieira Toscano de Brito / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Botânica. Defesa: Curitiba, 19/05/2017 / Inclui referências : f. 124-125 / Resumo: O gênero Anathallis s.l. pertence à subtribo Pleurothallidinae, compreende ca. 165 espécies, distribuídas no Neotrópico. O presente trabalho é composto por quatro capítulos. O primeiro tratou do gênero para a Flora do Paraná no qual foram identificadas 17 espécies para o estado em quatro grupos: Acuminatae, Alatae, Margaritifera e Panmorphia e incluídas descrições, ilustrações, mapas e chaves de identificação para as espécies. O segundo capítulo é um trabalho taxonômico, nomenclatural e micromorfológico detalhado da espécie Anathallis microphyta, no qual as espécies A. paranaensis, A. longiglossa e A. microgemma foram sinonimizadas a ela e as variações morfológicas da espécie foram elucidadas. No terceiro capítulo foram realizados estudos sobre a micromorfologia floral de Anathallis e de gêneros próximos, que demonstrou uma homogeneidade nas características compartilhadas dentro dos grupos diferenciando-os das espécies pertencentes a Stelis e Lankesteriana. Adicionalmente, foi realizada a análise de máxima parcimônia, no qual, os grupos tiveram suporte moderado a alto com exceção de Panmorphia. Na análise de reconstrução de caracteres foram observadas diversas sinapomorfias e autapomorfias dos táxons infragenéricos. Com isso, foi observado que a micromorfologia floral é útil para a caracterização dos grupos de Anathallis e na distinção de espécies próximas. No quarto capítulo é apresentado o guia de campo com as espécies do gênero no estado do Paraná. Palavras-chave: Flora, monocotiledôneas, micromorfologia, Neotrópico / Abstract: Anathallis Barb.Rodr. belongs to Pleurothallidinae and comprises 165 species, distributed in the Neotropics. This work comprises four chapters. The first one is the inventory of Anathallis for the Flora of Paraná, in that were identified 17 species in four groups: Acuminatae, Alatae, Margaritifera and Panmorphia. Descriptions, illustrations, maps and identification keys for the species were provided. The second chapter is a taxonomic, nomenclatural and detailed floral micromorphological work in Anathallis microphyta. A. paranaensis, A. longiglossa and A. microgemma were synonimized to A. microphyta and its morphological variation were elucidated. In the third chapter, floral micromorphology of Anathallis and nearly genus were studied, showing the homogeneity in the characteristics among the groups, differentiating them from the species belonging to Stelis and Lankesteriana. In addition, an analysis of maximum parsimony was performed, all the groups had moderate to high support except Panmorphia. In the reconstruction character analysis, several synapomorphies and atopathomorphs in infrageneric taxa were observed. In this way, the floral micromorphology is useful for Anathallis groups characterization and the distinction of related species. In the fourth chapter a field guide with the species of the genus in the state of Paraná is presented. Keys words: Flora, monocots, micromorphology, Neotropic

O presente trabalho é uma revisão taxonômica do gênero Rhynchotermes Holmgren, 1912 (Termitidae, Syntermitinae), que até esta revisão contava com as sete espécies, a saber: R.nasutissimus (Silvestri, 1901), R. perarmatus (Snyder, 1925b), R. nyctobius Mathews 1977, R. diphyes Mathews, 1977, R. piauy Cancello, 1997, R. guarany Cancello, 1977 e R. bulbinasus Scheffrahn, 2010, ocorrendo na Região Neotropical. Proponho duas espécies novas e duas sinonímias (R. nyctobius sinônimo júnior de R. diphyes e R. guarany sinônimo júnior de R. nasutissimus). Estudei 198 amostras entre as quais as do Museu de Zoologia e emprestadas de outras instituições. Todos os soldados, operários e alados (quando disponível) foram descritos e ilustrados, inclusive tubo digestório do operário que até então havia sido pouco estudado. Também elaborei uma chave dicotômica, baseada na casta do soldado, para identificação de todas as espécies, fiz mapas de distribuição geográfica das espécies, bem como reuni as notas sobre a biologia. / This work is a taxonomic revision of the genus Rhynchotermes Holmgren, 1912 (Termitidae, Syntermitinae), that until this revision had seven species namely: R.nasutissimus (Silvestri, 1901), R. perarmatus (Snyder, 1925b), R. nyctobius Mathews, 1977, R.diphyes Mathews, 1977, R. piauy Cancello, 1997, R. guarany Cancello, 1977 e R. bulbinasus Scheffrahn, 2010, occurring in the Neotropical Region. I propose two new species and two synonyms (R. nyctobius junior synonym of R. diphyes and R. guarany junior synonym R. nasutissimus). I have examined 198 samples among which those Museum of Zoology and borrowed from other institutions. All soldiers, workers and winged (when available) are described and illustrated, including the digestive tract of the worker that until then had been little studied. Also dichotomous key was made based on the soldier caste to identification of all species, and maps of the geographic distribution of species, as well a compilation of notes on biology of species.

Os caranguejos anomuros da família Lithodidae são exclusivamente marinhos, habitantes predominantemente de águas frias vivendo, geralmente, em águas profundas. Via de regra são animais de grande tamanho, sendo que das 124 espécies atualmente conhecidas (distribuídas em 10 gêneros), algumas são de grande importância comercial. O monofiletismo da família Lithodidae e dos gêneros que a compõe, assim como as relações filogenéticas em Lithodidae ainda são obscuros e têm recebido muito pouca atenção. Diante da complexidade do esqueleto gástrico nos crustáceos Decapoda, neste trabalho nós investigamos em detalhe as características morfológicas dos ossículos do esqueleto gástrico em Lithodidae com vistas a sua descrição, interpretação e como fonte de dados morfológicos para servir de base a uma análise filogenética de Lithodidae, cujo objetivo precípuo foi testar a hipótese de monofiletismo de Lithodidae e acessar as relações internas na família. A partir do estudo de 185 estômagos foi descrita e ilustrada a morfologia dos ossículos do esqueleto gástrico de 66 espécies: 52 espécies (dos 10 gêneros de Lithodidae), 8 espécies (dos 5 gêneros de Hapalogastridae) e 6 espécies de outros Decapoda representantes do grupo externo (Birgus latro, Petrochirus diogenes, Pagurus bernhardus, Homarus americanus, Nephrops norvegicus e Thalassina anomala). A análise cladística de Lithodoidea foi realizada no programa TNT. Foram utilizados 126 caracteres binários e 63 caracteres multiestado obtidos da morfologia do esqueleto gástrico, relacionados com o tamanho, forma, grau de calcificação, grau de fusão de ossículos e morfologia dos dentes gástricos. O esqueleto gástrico em Lithodoidea está composto por 44 ossículos. Um novo ossículo foi reconhecido, o parapterocardíaco, associado com o ossículo pterocardíaco. A maioria dos ossículos exibem um padrão uniforme com variações menores e elementos morfológicos característicos. Nossa análise cladística resultou em 10 árvores igualmente parcimoniosas com 1802 passos. Nosso estudo mostra que a superfamília Lithodoidea é monofilética, porém o monofiletismo de Lithodidae e Hapalogastridae não pode ser recuperado. Os gêneros de Lithodidae, Cryptolithodes e Lopholithodes são monofiléticos, enquanto que Lithodes, Neolithodes, e Paralomis são polifiléticos. Paralithodes é parafilético. Os gêneros monoespecíficos de Lithodidae (Glyptolithodes, Phyllolithodes, Rhinolithodes e Sculptolithodes) são bem caracterizados por autapomorfias. Em consequência de nossos resultados, alterações na classificação interna de Lithodoidea são necessárias, afim de refletir as relações evolutivas. / The king crabs of the family Lithodidae (Anomura) are all marine and inhabit predominantly cold, deep waters. The lithodids currently comprise 124 species, some of which attain large sizes and are of great commercial importance. The interrelationships of the lithodids and even their monophyly and some of the constituent genera are yet to be solved. The great complexity of the decapod gastric mill prompted us to study the morphology of the gastric ossicles in the Lithodidae as a source of characters to assess its phylogenetic interrelationships and its monophyletic status as well as that of its constituent genera. We described and illustrated herein the morphology of the gastric ossicles from 66 species. A total of 186 stomachs were obtained as follows: 52 lithodid species (from all the 10 genera currently included in the Lithodidae), 8 hapalocarcinid species (from all the 5 genera of the Hapalogastridae) and 6 species from other groups of decapods representing the outgroup (Birgus latro, Petrochirus diogenes, Pagurus bernhardus, Homarus americanus, Nephrops novegicus e Thalassina anomala). The cladistic analysis of the Lithodoidea, was performed using the program TNT. 126 binary and 63 multistate characters from the morphology of the gastric ossicles related to size, shape, degree of calcification and fusion between ossicles, were used. The stomach of the Lithodoidea consists of 44 ossicles. A new ossicle is recognized herein, the para-pterocardiac, associated with pterocardiac ossicle. Most of the ossicles are conservative in shape, with few variations and distinctive morphological elements. The cladistic analysis resulted in 10 equally parsimonious trees with 1802 steps. Our study show that the superfamily Lithodoidea is monophyletic, whereas the lithodids and hapalogastrids were not recovered as monophyletic groups. The lithodid genera Cryptolithodes and Lopholithodes was recovered as monophyletic, while Lithodes, Neolithodes and Paralomis are polyphyletic; Paralithodes is paraphyletic. The monospecific lithodid genera are well characterized by a number of autoapomorphies each. As a result, the internal classification of the Lithodoidea requires further elaboration in order to reflect evolutionary relationships.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:32:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMRP.pdf: 3052937 bytes, checksum: 8ab74895d51930a1280fe17a4d72ed94 (MD5) Previous issue date: 2004-03-10 / Universidade Federal de Sao Carlos / In the present research, 116 specimens of Hoplias sp. (Erythrinidae: Characiformes) from Grande river basin, São Paulo state (Alto-Paraná basin) were morphologically analyzed. They are all representants of malabaricus group , which can be distinguished of lacerdae group mainly by the shape of dentary region, and the number of pores in each dentary. From each fish analyzed, it was obtained 24 meristic and 33 morphometric data. The osteological analysis was realized in four exemplars of Pardo river basin. In the studied sample, it was found two different species, and they are sympatric in the majority of localities. These results corroborate with cytogenetic studies, which demonstrated two different citotypes in Grande river basin. This way, a description was realized for the species, that in this work are named Hoplias sp. A and Hoplias sp. B. They can be distinguished one from another by a combination of characteristics, mainly the shape and the number of teeth in the accessory ectopterigoid and the proportions and distribution of infraorbitals. Morphological differentiation among them was analyzed by the principal component analysis, and the results indicate differences in body form. / No presente trabalho, 116 exemplares de Hoplias sp. (Erythrinidae: Characiformes), procedentes da bacia do rio Grande SP (bacia do Alto-Paraná) foram analisados morfologicamente. Os espécimes estudados são todos pertencentes ao grupo malabaricus , que pode ser diferenciado do grupo lacerdae principalmente pelo aspecto da região gular e pelo número de poros do sistema látero-sensorial cefálico no dentário. De cada exemplar foram obtidos 24 dados merísticos e 33 morfométricos. A análise osteológica foi realizada em quatro exemplares procedentes da bacia do rio Pardo. Na amostra estudada foram encontradas duas espécies distintas, ocorrendo em simpatria na maioria das localidades. Estes resultados se são concordantes aos dos trabalhos citogenéticos, que demonstraram dois diferentes citótipos para a bacia do rio Grande. Desta forma, uma descrição foi elaborada para cada espécie, que neste trabalho foram denominadas Hoplias sp. A e Hoplias sp. B. Estas duas espécies podem ser diferenciadas uma da outra por uma combinação de caracteres, principalmente pela forma e número de dentes do ectopterigóide-acessório e pelas proporções e distribuição dos infra-orbitais. A análise dos componentes principais foi utilizada para a quantificação das diferenças morfológicas entre as espécies e os resultados indicaram diferenças na forma corporal.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:32:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissRGA.pdf: 3291923 bytes, checksum: a321cbbee3dd551db1f8daf23ce1ee94 (MD5) Previous issue date: 2005-02-17 / Universidade Federal de Sao Carlos / The material studied comes from eighteen localities of Atlantic Forest from BIOTA/FAPESP Project: João Pessoa, PB; Recife, PE; Quebrangulo, AL; Santa Luzia do Itanhy, SE; Mata São João, BA; Mata da Esperança, BA: Porto Seguro, BA: Linhares, ES; Santa Teresa, ES; Santa Maria Madalena, RJ; Nova Iguaçu, RJ; Ubatuba, SP; Salesópolis, SP; Ribeirão Grande, SP; Peruíbe, SP; Morretes, PR; São Francisco do Sul, SC and São Bento do Sul, SC. Other specimens from the DCBU collection (Departamento de Ecologia e Biologia Evolutiva, Universidade Federal de São Carlos) were studies too. The material was collected using three techniques: Malaise traps, Moericke traps and sweeping vegetation. The amount of Alysiinae examined was 2.920 specimens (2.082 of BIOTA/FAPESP Project and 838 of other collection), identified in 14 genera. Dinotrema, Aphaereta e Phaenocarpa were the most frequent genera. Indices of Diversity and Equitability were used to discuss the richness and dominance of genera in each locality. The higher values of richness were recorded in Nova Iguaçu, RJ; São Bento do Sul, SC; São Francisco do Sul, SC; Santa Teresa, ES e Santa Luzia do Itanhy, SE and the lower in João Pessoa, PB; Recife, PE; Mata São João, BA; Porto Seguro, BA e Linhares, ES. These data evidenced a trend to the enrichment of the Alysiinae fauna to the Atlantic Forest areas in largest latitudes. The higher Diversity Index was recorded in Santa Luzia do Itanhy, SE and the lower in João Pessoa, PB. Linhares, ES presented the highest Equitability and Santa Teresa, ES the lower. Cluster Analysis was adopted taking as attribute the occurrence of the Alysiiinae genera. Four species of Phaenocarpa and Aphaereta confusa Wharton, 1994 female were described. Eight species were reported from Brazil for the first time: Gnathopleura carinata (Szépligeti, 1904); G. bugabensis (Cameron, 1887); G. semirufa (Brullé, 1846); Ilatha pulchripennis (Latreille, 1805); Idiasta delicata (Papp, 1969); Phaenocarpa pericarpa Wharton & Carrejo, 1999; P. cratomorpha Wharton, 1994 and Aphaereta confusa Wharton, 1994; and four new genera were identified. Those results show the importance and the need of the taxonomic and ecological studies on the subfamily Alysiinae, especially in the Neotropical region. / O material estudado provém de dezoito localidades brasileiras com remanescentes de Mata Atlântica do Projeto BIOTA/FAPESP: João Pessoa, PB; Recife, PE; Quebrangulo, AL; Santa Luzia do Itanhy, SE; Mata São João, BA; Mata da Esperança, BA: Porto Seguro, BA: Linhares, ES; Santa Teresa, ES; Santa Maria Madalena, RJ; Nova Iguaçu, RJ; Ubatuba, SP; Salesópolis, SP; Ribeirão Grande, SP; Peruíbe, SP; Morretes, PR; São Francisco do Sul, SC e São Bento do Sul, SC. Exemplares do acervo da Coleção da Universidade Federal de São Carlos, Departamento de Ecologia e Biologia Evolutiva (DCBU) também foram estudados. O material foi coletado utilizando-se: armadilha de Malaise, armadilha de Moericke e Varredura de Vegetação. Foram identificados 2.920 exemplares de Alysiinae (2.082 do Projeto BIOTA/FAPESP e 838 do acervo), distribuídos em 13 gêneros. Os gêneros mais freqüentes foram Dinotrema, Aphaereta e Phaenocarpa. Índices de Diversidade e Equitabilidade foram usados para discutir a riqueza e a dominância dos gêneros encontrados em cada localidade. Os maiores valores de riqueza foram encontrados em Nova Iguaçu, RJ; São Bento do Sul, SC; São Francisco do Sul, SC; Santa Teresa, ES e Santa Luzia do Itanhy, SE e os menores em João Pessoa, PB; Recife, PE; Mata São João, BA; Porto Seguro, BA e Linhares, ES. Estes dados evidenciaram uma tendência ao enriquecimento da fauna de Alysiinae em direção às áreas de Mata Atlântica localizadas em maiores latitudes. O maior Índice de Diversidade de gêneros foi em Santa Luzia do Itanhy, SE e o menor em João Pessoa, PB. Com relação ao Índice de Equitabilidade, a localidade de Linhares, ES apresentou o maior valor e Santa Teresa, ES o menor. Utilizando-se como atributo a abundância dos gêneros de Alysiinae nas diferentes localidades de Mata Atlântica, foi realizada uma Análise de Agrupamento. Quatro novas espécies de Phaenocarpa e a fêmea de Aphaereta confusa Wharton, 1994 foram descritas. Pela primeira vez, oito espécies foram registradas para o Brasil, são elas: Gnathopleura carinata (Szépligeti, 1904); G. bugabensis (Cameron, 1887); G. semirufa (Brullé, 1846); Ilatha pulchripennis (Latreille, 1805); Idiasta delicata (Papp, 1969); Phaenocarpa pericarpa Wharton & Carrejo, 1999; P. cratomorpha Wharton, 1994 e Aphaereta confusa Wharton, 1994; e quatro novos gêneros foram identificados. Estes resultados mostram a importância e a necessidade de estudos taxonômicos e ecológicos sobre os Alysiinae, principalmente na região Neotropical.

Orientador : Prof. Dr. Claudio José Barros de Carvalho / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Entomologia). Defesa: Curitiba, 26/07/2016 / Inclui referências: fls. 34-37 / Resumo: Micropotamia Carvalho, 1993 é um gênero Neotropical que está em Muscinae. Até o momento o gênero possui quatro espécies: M. amazonica (Albuquerque & Lopes, 1982), M. minuscula (Albuquerque, 1955), M. cilitibia (Albuquerque, 1955) e M. fuscisquama (Wulp, 1896). Neste trabalho todas as espécies foram revisadas e quatro novas espécies foram descritas para o Brasil e Costa Rica. É apresentada uma chave de identificação para as espécies, baseada em caracteres de adultos. O relacionamento entre as espécies do gênero foi investigado através de uma análise cladística com24 caracteres morfológicos de adultos. Foram utilizados como grupos externos Achanthiptera rohrelliformis (Robineau-Desvoidy 1830), Azelia nebulosa Robineau-Desvoidy 1830 e Potamia plumata (Carvalho, 1981). A monofilia de Micropotamia foi suportada por dois caracteres sinapomórficos: presença de três séries de cerdas acrosticais pré-suturais e tergitos abdominais 1+2 e 3 amarelos translúcidos. O relacionamento recuperado foi: (M. fuscisquama (M. amazonica, Micropotamia sp. nov 2 (Micropotamia sp. nov. 1 (M. cilitibia (Micropotamia sp. nov. 3 (M. minuscula, Micropotamia sp. nov. 4))))). A distribuição geográfica de gênero foi ampliada para o Brasil (Acre, Amazonas, Paraná, Rio Grande do Sul), Colômbia (Departamento Vaupé) e Costa Rica (Província Punta, Província Guana). Novas coletas poderiam resultar em um melhor entendimento da distribuição das espécies. Palavras-chave: Micropotamia, Muscidae, região Neotropical. / Abstract: Micropotamia Carvalho, 1993 is a Neotropical genus belonging to the Muscinae subfamily. Until now the genus contained only four species: M. amazonica (Albuquerque & Lopes, 1982), M. minuscula (Albuquerque, 1955), M. cilitibia (Albuquerque, 1955) and M. fuscisquama (Wulp, 1896). In the present paper all of species was reviewed and four new species were described for Brazil and Costa Rica. An identification key mainly for males, based on external characters, is presented. The cladistic analysis for all species of Micropotamia was analyzed using 24 morphological characters of adults. Achanthiptera rohrelliformis (Robineau-Desvoidy, 1830), Azelia nebulosa Robineau-Desvoidy, 1830 and Potamia plumata (Carvalho, 1981) were used as outgroup, The monophyly of Micropotamia is supported by two synapomorphies, three series of pre-sutural acrostichal setae and abdominal tergites 1+2 and 3 translucent yellow. The recovered evolutionary relationship was: (M. fuscisquama (M. amazonica, Micropotamia sp. nov. 2 (Micropotamia sp. nov. 1 (M. cilitibia (Micropotamia sp. nov. 3 (M. minuscula, Micropotamia sp. nov. 4))))). Today the Micropotamia species occur in Brazil (Acre, Amazonas, Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul, São Paulo), Colombia (Department of Vaupés), Costa Rica (Punta Province, Guana Province) and Mexico (Omiltemi). New collections could result in a better understanding of the distribution of species. . Keywords: Micropotamia, Muscidae, Neotropics.