L’étude des conséquences du réchauffement climatique sur les écosystèmes aquatiques est devenue un enjeu majeur pour la recherche. Nous avons mesuré l’impact de la température des eaux douces et du changement de végétation riparienne associé au climat sur six populations de Gammarus pulex (Amphipode) vivant au nord ou au sud de la vallée du Rhône (France). Ce crustacé, largement répandu dans les eaux douces européennes, est considéré comme une espèce clé pour le fonctionnement des écosystèmes aquatiques, car, en dégradant la litière de feuilles provenant de la ripisylve, il favorise son utilisation par d’autres invertébrés. Nos résultats sur l’effet de la température sur les réserves énergétiques, la consommation d’oxygène et la survie, suggèrent que la fenêtre thermique optimale est décalée de 2-3°C entre les gammares du nord et ceux du sud. L’investissement reproducteur varie saisonnièrement, avec des stratégies différentes selon l’origine des femelles. La provenance des feuilles (méditerranéenne/continentale) influence moins leur conditionnement et la vitesse de décomposition que leur dureté initiale. Une hausse de température accélère le conditionnement et la digestion des feuilles mais influence peu leur dégradation. Nos résultats montrent que des adaptations en bordure d’aire de distribution peuvent modifier la réponse des organismes aquatiques face aux changements climatiques. De plus, un changement de la nature des litières lié au réchauffement pourrait modifier la disponibilitédes ressources trophiques au cours des saisons et ainsi le fonctionnement des écosystèmes. / The study of global warming consequences on aquatic ecosystems has become amajor issue in current scientific research. We measured the impact of water temperature and the climate-related change in riparian vegetation on six populations of Gammarus pulex (Amphipoda) living in the North and in the South of the Rhône River valley (France). This crustacean, widely distributed in European freshwaters, is considered as a key species for the freshwater ecosystems functioning as it degrades the leaf litter from the riparian area, thus favouring its subsequent use by other invertebrates. Our results of temperature effect onenergy stores, oxygen consumption, and survival suggest that the optimal thermal window shifts from 2-3°C between northern and southern gammarids. Females’ investment into reproduction changes through seasons, with different strategies according to their geographical origins. Concerning the functional point of view, the leaf litter origin(Mediterranean/continental) less influences the conditioning of leaves and the decomposition rate than their initial toughness. An increase in water temperature accelerates the conditioning and the enzymatic digestion of leaves (in gammarids guts) but slightly influences their degradation by this crustacean. Our results show that adaptations at the limit of the species geographical distribution area can change the response to climate change in aquatic organisms. Moreover, a change in the type of the leaf litter could modify the availability of trophic resource through seasons and hence the ecosystem functioning.

Chaque année, des centaines de milliers de ressortissants de pays tiers en séjour irrégulier ne peuvent être éloignés de l'Union européenne (UE). L'inéloignabilité de certains étrangers n'est pas toujours transitoire, et nombreuses sont les personnes qui y demeurent pendant des années. Et pourtant, l'inéloignabilité de longue durée ne mène pas forcément à la régularisation du séjour. Je suis intéressé par la manière dont l'UE gère l'inéloignabilité, ainsi que par les raisons pour lesquelles autant de personnes inéloignables se retrouvent dans des limbes juridiques d'exclusion du séjour régulier. Dans une première partie, je conceptualise la nature et les conséquences des divers statuts d'étrangers inéloignables, tels que réglementés par le droit de l'UE. Je propose ainsi une typologie des limbes juridiques entre le séjour irrégulier et régulier. Il existe des limbes de tolérance, d'un côté, et des limbes de séjour régulier non-Reconnu, de l'autre. Je me consacre principalement aux limbes de tolérance. Dans une deuxième partie, j'examine la manière dont l'UE a gouverné ces limbes juridiques, notamment son impact sur le lien dans ses États membres entre divers types d'obstacles à l'éloignement, d'un côté, et les statuts de tolérance, de l'autre. Dans une troisième partie, j'analyse les fonctions attribuées aux limbes de tolérance par des acteurs institutionnels de l’UE. Je soutiens que les statuts de tolérance peuvent se voir attribuer des fonctions de rétribution, de dissuasion, d'éloignabilité, de spectacle étatique, de sélection, et de réduction des dépenses publiques. / Hundreds of thousands of illegally staying third country nationals (TCN) cannot be removed from EU Member States despite the issue of return measures against them. Illegally staying TCNs may not be removable as a result of legal, policy, or practical obstacles to removal. Non-Removability is not always temporary and can in many cases last a very long time. And yet protracted non-Removability does not necessarily lead to regularisation of status. I am interested in how the EU has managed non-Removability and why so many non-Removable persons have been left in a limbo of exclusion from legal residence. In Part I, I provide a conceptual framework for understanding the nature and consequences of a variety of positions that non-Removable TCNs may find themselves in. I do so by providing a typology of what I call limbo spaces between illegal and legal stay. There are limbo spaces of toleration, on the one hand, and limbo spaces of unrecognised legal residence, on the other. I mainly focus on toleration. In Part II, I examine how the EU has governed limbo spaces of toleration, namely its important impact on the nexus in Member States between various forms of non-Removability, on the one hand, and limbo spaces of toleration, on the other. In Part III, I analyse the functions of limbo spaces of toleration. I argue that toleration positions can be viewed as sanctions of membership exclusion, and may be perceived by certain EU institutional actors as performing a range of functions akin to administrative detention and imprisonment: retribution, deterrence, enhanced removability, the expressive power of the State, and selection/rehabilitation.

L’objectif de cette thèse a été d’élaborer une stratégie de détoxification la quantité d'un composé intracellulaire en permettant sa sortie hors de la cellule via l'utilisation d'un système d’efflux.L’hôte choisi pour cette étude est un nouvel organisme modèle, Deinococcus geothermalis. Nous avons utilisé les pompes d'efflux comme outils biologique pour permettre la sortie d'un composé devenu toxique en intracellulaire. Pour ce faire, nous avons dans un premier temps inséré par recombinaison homologue une sélection de gènes codant pour des pompes d’efflux hétérologues dans le chromosome de D. geothermalis. Puis la seconde étape a été de déterminé la susceptibilité des recombinants obtenus vis à vis de composés à forte valeur ajoutée. Un certain nombre de recombinants présentant une résistance plus élevée que la souche sauvage à plusieurs composés ont alors été sélectionnés. L'étape suivante a été de vérifier que le gain de résistance observé était effectivement dû à l’insertion dans l’enveloppe bactérienne d’une pompe d’efflux fonctionnelle. Pour ce faire, des tests d’efflux employant un marqueur fluorescent, le composé Hoechst 33342 ou avec un antibiotique fluorescent ont été réalisés. Nous avons réussi à obtenir la preuve de concept qu' un gène codant pour une pompe d'efflux hétérologue pouvait conduire à l'expression d'une protéine fonctionnelle chez D. geothermalis et cette protéine membranaire permettait la diminution la quantité intracellulaire d'un composé donné. / The objective of this thesis was to develop a strategy for detoxifying the amount of an intracellular compound by allowing its exit from the cell through the use of an efflux system.The host chosen for this study is a new model organism, Deinococcus geothermalis. We used efflux pumps as biological tools to allow the release of a compound that became toxic intracellularly. To do this, we first inserted by homologous recombination a selection of genes encoding heterologous efflux pumps into the D. geothermalis chromosome. Then the second step was to determine the susceptibility of the recombinants obtained to high value-added compounds. A number of recombinants with higher resistance than the wild multi-compound strain were then selected. The next step was to verify that the observed resistance gain was indeed due to the insertion of a functional efflux pump into the bacterial shell. To do this, efflux tests using a fluorescent marker, Hoechst compound 33342 or with a fluorescent antibiotic were performed. We were able to obtain proof of concept that a gene encoding a heterologous efflux pump could lead to the expression of a functional protein in D. geothermalis and that this membrane protein allowed the intracellular amount of a given compound to be decreased.

Des populations tolérante (métallicole: M) et sensible (non-métallicole: NM) d’Agrostis capillaris L. ont été exposées à des doses croissantes de Cu (1-50 μM) pour étudier la tolérance au Cu par une approche pluridisciplinaire. Selon les paramètres phénotypiques (biomasse, longueur des feuilles et symptômes visuels), les plantes M ont une meilleure croissance aux expositions supérieures à 10 μM Cu. Les concentrations en Cu des tissus reflètent une rétention racinaire (phénotype d’exclusion) et une réduction de la translocation vers les feuilles quand le stress augmente. En excès de Cu, le protéome soluble racinaire présente des altérations du métabolisme énergétique chez M et NM, plus marquées chez NM (glycolyse, cycle de Krebs /phosphorylation oxydative). Le protéome foliaire indique des impacts sur les phases claires et obscures de la photosynthèse chez M et NM, et un besoin plus important en acides aminés soufrés (augmentation des cystéine et méthionine synthases). Chez NM, l’augmentation d’enzymes de la glycolyse, de la voie des pentoses phosphates et du cycle de Calvin indiquent un besoin énergétique accru, tandis que la stimulation des chaperonnes et des processus de synthèse protéique suggère des impacts sur le métabolisme des protéines et celle des enzymes redox un stress oxydatif plus fort. Plusieurs protéines, surexprimées ou accumulées, interviendraient dans la tolérance au Cu chez M, en protégeant le métabolisme des protéines (HSP70, racines et feuilles) et en augmentant les mécanismes anti-oxydants (ascorbate péroxydases), de détoxification (GST et aldéhyde déshydrogénase) et de protéolyse (peptidase et protéasomes, racines). / Cu-tolerant (metallicolous: M) and sensitive (non-metallicolous: NM) populations of Agrostis capillaris L. were exposed to increasing Cu concentrations (1-50 μM) to investigate Cu tolerance by a pluridisciplinary approach. Phenotypic parameters (biomass production, shoot length, and visual symptoms) indicated a higher growth and a better fitness of M plants over 10 μM Cu. Plant Cu concentrations indicated root Cu retention (‘excluder’ phenotype) and a reduced root-to-shoot translocation with increasing Cu stress. Based on root soluble proteome energy metabolism was altered by Cu excess in both populations with stronger impacts in NM (glycolysis, Krebs cycle/oxidative phosphorylation). Changes in shoot proteome showed impacts on both light dependent and independent photosynthesis phases in both populations, and an enhanced need in S-containing amino-acids (up-regulation of cysteine/methionine synthases). In NM leaves, increase of enzymes involved in glycolysis, pentose phosphate pathway and Calvin cycle indicated a stimulation of energy metabolism, while enhanced protein synthesis processes and protein chaperones suggested impacts on protein metabolism and increase of redox enzymes indicated a higher oxidative stress. Several over-expressed or accumulated proteins may be pivotal for Cu tolerance in M plants, for protecting protein metabolism (Heat shock protein 70kDa, roots and leaves), increasing anti-oxidative (ascorbate peroxidases, roots) – detoxification (Glutathione S-transferase and aldehyde dehydrogenase, roots) and proteolysis (peptidase and proteasome subunits) processes.

La thérapie génique peut être définie comme le transfert du gène thérapeutique dans le tissue d’intérêt à l’aide d’un vecteur. A ce jour, les vecteurs dérivés du virus adéno-associés (AAV) représentent les vecteurs de choix pour le transfert de gène in vivo. Cependant, les réponses immunitaires dirigées contre la capside AAV représentent l’obstacle majeur à l’efficacité du transfert de gène médié par le vecteur AAV. Ce travail de thèse a eu pour objectifs de prévenir et d’inhiber la réponse humorale dirigée contre le vecteur AAV. En administrant des nanoparticules contenant de la rapamycine (ou SVP[Rapa]) avec le vecteur AAV, nous avons démontré une inhibition spécifique des réponses humorale et cellulaire dirigées contre la capside AAV. De plus, cette stratégie nous a permis de re-administrer efficacement le vecteur AAV dans des modèles murins et chez le singe. Nos données ont aussi démontré l’élimination des anticorps préexistants dirigés contre le vecteur AAV en administrant SVP[Rapa] avec le bortezomib. Au cours de travail de thèse, nous avons aussi développée et testée l’efficacité des vecteurs AAV associés aux vésicules extracellulaires (vecteurs exo-AAV) à améliorer l’efficacité des vecteurs AAV. En utilisant les vecteurs exo-AAV, nous avons démontré une expression stable et durable du transgène. De plus, les vecteurs exo-AAV ont montré une résistance aux anticorps neutralisants préexistants. Ainsi, au cours de ce projet de thèse des stratégies efficaces ont été développées afin de prévenir et de contrôler les réponses immunitaires dirigés contre le vecteur AAV, permettant ainsi une re-administration efficace du vecteur AAV. / Gene therapy aims to achieve sustained expression of the therapeutic transgene by the introduction of vector cargo into target tissue. To date, viral vectors based on adeno-associated virus (AAV) represent the leading gene delivery tools in vivo. However, immune responses against AAV vector represent the biggest challenge for the widespread use of AAV-based products. In this PhD project, we aimed at the inhibition and prevention of humoral immune responses to AAV capsid. Using nanoparticles containing rapamycin (SVP[Rapa]) given at the time of vector administration, we demonstrated complete abrogation of anti-capsid humoral and cellular immune responses in antigen-specific manner. Using this strategy, we further demonstrated successful vector re-administration in murine models and in non-human primates. Our data also demonstrated elimination of pre-existing antibodies to AAV vector using a combination of SVP[Rapa] and bortezomib. In this PhD thesis project, we also developed and tested the ability of AAV vectors associated with extracellular vesicles (exo-AAV vectors) to enhance AAV vector potency. Using exo-AAV vectors, we demonstrated higher and sustained transgene expression at low vector doses. Exo-AAV vectors also exhibited resistance to neutralization by pre-existing anti-capsid neutralizing antibodies. Thus in this PhD project, powerful strategies have been developed to prevent and control immune responses against AAV vectors, enabling successful AAV vector re-administration.

Ce document présente les travaux de recherche que j'ai menés sur la problématique de la tolérance aux fautes dans les architectures et systèmes distribués entre 1987 et 1998. Comment concilier efficacité et tolérance aux fautes dans des systèmes construits à partir de composants standard tout en assurant la transparence de la tolérance aux fautes pour les applications ? Cette problématique a été abordée dans le contexte de la conception du système distribué Gothic, d'une architecture multiprocesseur à mémoire partagée tolérante aux fautes, d'une architecture multiprocesseur à mémoire partagée extensible (COMA) à haute disponibilité puis d'un système de mémoire partagée répartie. Le document présente ma démarche dans la conduite de ces travaux, les résultats obtenus et leur validation expérimentale.

Pour les entraînements à vitesse variable, la machine électrique n'étant plus directement couplée au réseau triphasé, le choix du nombre de phases peut être reconsidéré. On s'intéresse dans la thèse à la conception d'entraînements comportant des machines synchrones à aimants permanents à pôles lisses et non saturées mais à plus de trois phases. L'objectif est d'examiner simultanément les contraintes liées à la machine et à l'ensemble onduleur de tension/commande dans le but de réaliser un ensemble polyphasé performant. Les travaux développés dans cette étude explorent la possibilité spécifique des machines polyphasées de posséder des harmoniques spatiaux de force magnétomotrice et de force électromotrice tout en présentant des couples pulsatoires de très faible amplitude tant en mode normal que dégradé avec une ou deux phases non alimentées. Dans le chapitre II, pour une structure de bobinage imposée, nous examinons lors de la conception d'une machine à 7 phases à flux axial à double rotor l'effet d'une modulation des forces électromotrices en jouant sur la nature et la distribution des aimants permanents sur les rotors. Dans le chapitre III, une comparaison entre résultats expérimentaux et résultats obtenus par approches analytique et numérique (calcul 3D) est effectuée. Elle permet de valider l'approche analytique multi-harmoniques et met en exergue l'apport du calcul numérique. Dans le chapitre IV, une structure de commande est élaborée par inversion causale et une commande vectorielle est décrite et implantée expérimentalement pour un fonctionnement en mode normal ou dégradé.

Parmi les principaux polluants générés par les activités industrielles, les métaux lourds, tels que le Cu, le Pb, le Cr... posent des problèmes particulièrement préoccupants. En effet, ces éléments, par nature non biodégradables, présentent une forte écotoxicité et pourraient être impliqués dans de nombreuses pathologies. Ainsi, pour reprendre les termes d'un récent rapport de l'Office Parlementaire des Choix Scientifiques et Technologiques : « si les métaux lourds ont fait la civilisation, ils peuvent aussi la défaire ». Il est donc aujourd'hui indispensable non seulement de mieux connaître les effets de ces polluants sur les organismes vivants, mais aussi de mettre en œuvre des solutions durables, visant à limiter leurs risques. Dans ce contexte, les plantes représentent un objet d'étude intéressant. En effet, celles-ci, directement confrontées aux composés toxiques du milieu, pourraient non seulement être utilisées en tant que marqueurs de la toxicité du milieu, mais aussi en tant qu'outil de stabilisation des polluants. Cependant, à l'heure actuelle, les données concernant l'influence des métaux lourds sur les communautés végétales soumises à une exposition chronique de polluants, de même que le rôle des plantes sur le devenir des métaux, sont encore insuffisantes. Il est donc nécessaire de poursuivre les recherches dans ce domaine afin de mieux comprendre les modalités des interactions entre les plantes et les milieux pollués et de trouver de nouvelles espèces utilisables dans des programmes de phytoremédiation.<br />Pour répondre à cet objectif, l'étude des populations végétales naturelles de trois crassiers métallurgiques de la région Rhône-Alpes a été réalisée. Malgré de fortes teneurs en métaux lourds, les relevés réalisés ont permis de répertorier un peu plus de 200 espèces de plantes supérieures appartenant à une cinquantaine de familles botaniques. Par ailleurs, l'utilisation d'une méthode chimique normalisée a montré que la fraction métallique “phytodisponible” était importante. Par opposition, l'analyse des concentrations foliaires n'a pas permis de mettre en évidence une accumulation métallique supérieure à celle retrouvée dans une plante référence. Par conséquent, le risque de transfert des polluants métalliques apparaît limité. L'analyse des relevés phytosociologique a cependant révélé que le substrat influence l'organisation de groupements végétaux inédits, qui pourraient être utiles pour désigner la végétation la plus adaptée pour un programme de phytoremédiation. Au sein de ces groupements, une espèce abondante, Plantago arenaria Waldst. & Kit. a montré de bonnes capacités de tolérance vis-à-vis de différents métaux lourds, en particulier pour le cadmium. Il s'est avéré que la tolérance de cette espèce est un caratère constitutif pour le Cd et le Ni et un caractère adaptatif pour le Cu. Cette bonne tolérance constitutive pourrait être une caractéristique des plantes pionnières et résistantes à la sécheresse. Chez cette espèce, les mécanismes de résistance au cadmium semblent impliquer une activation du système anti-oxydant racinaire et une limitation de la translocation.<br />La suite possible de ce travail pourrait consister à orienter les recherches vers les mécanismes complémentaires de la résistance aux métaux lourds chez P. arenaria et notamment en ce qui concerne les phénomènes de chélation intracellulaire. D'autre part, il serait intéressant de procéder aux premiers tests de recolonisation en conditions réelles.

L'informatique et en particulier l'Internet jouent un rôle grandissant dans notre société. Un grand nombre d'applications critiques d'un point de vue de leur sécurité sont déployées dans divers domaines comme le domaine militaire, la santé, le commerce électronique, etc. La sécurité des systèmes informatiques devient alors une problématique essentielle tant pour les individus que pour les entreprises ou les états. Il est donc important de définir une politique de sécurité pour ces systèmes et de veiller à son respect. Néanmoins les mécanismes de sécurité préventifs mis en place ne sont pas incontournables. Il est nécessaire de mettre en œuvre des outils permettant de détecter toute violation de la politique de sécurité, c'est-à-dire toute intrusion. Ces outils sont appelés des systèmes de détection d'intrusions ou IDS. Souvent en collaboration avec les IDS, il est possible de mettre en place des outils et techniques de tolérance aux intrusions. Ces outils et techniques ont pour objectif que les intrusions affectant un composant du système n'entrainent pas de violations de la politique de sécurité du système global.<br />Notre travail s'inscrit dans le domaine de la détection d'intrusions, de manière essentielle, et permet une certaine tolérance aux intrusions. Contrairement aux méthodes de détection classiques en détection comportementale pour lesquelles il est nécessaire de définir et construire un modèle de référence du comportement de l'entité surveillée, nous avons suivi une méthode issue de la sureté de fonctionnement fondée sur la programmation N-versions pour laquelle le modèle de référence est implicite et est constitué par les autres logiciels constituant l'architecture. Nous proposons l'utilisation de COTS en remplacement des versions spécifiquement développées car développer N-versions est couteux et est réservé à des systèmes critiques du point de vue de la sécurité-innocuité. D'autres travaux et projets ont proposé des architectures fondées sur ces idées. Nos contributions se situent à différents niveaux. Nous avons pris en compte dans notre modèle général de détection d'intrusions les spécificités liées à l'utilisation de COTS en lieu et place de versions spécifiquement développées et proposé deux solutions pour parer aux problèmes induits par ces spécificités. Nous avons proposé deux approches de détection d'intrusions fondées sur cette architecture : l'une suivant une approche de type boite noire et l'autre suivant une approche de type boite grise. Notre méthode de type boite grise peut, en outre, aider l'administrateur de sécurité à effectuer un premier diagnostic des alertes. Nous avons réalisé une implémentation de ces deux approches dans le cadre des serveurs web et avons évalué pratiquement la pertinence et de la fiabilité de ces deux IDS.

Les maladies à prions sont des maladies neurodégénératives fatales, affectant de nombreuses espèces animales, dont l'homme. Elles se caractérisent par l'accumulation, notamment dans le système nerveux central, d'une isoforme anormale d'une protéine membranaire ubiquiste, la protéine prion cellulaire (PrPc). Il n'existe à l'heure actuelle aucun traitement réellement efficace. Ces dernières années, l'immunothérapie, passive et active, basée sur l'utilisation d'anticorps dirigés contre la conformation native de la PrPc et capables de bloquer sa transconformation en forme pathogène, est apparue comme une méthode prometteuse.<br />En vue d'obtenir des anticorps susceptibles d'être utilisés en immunothérapie passive chez l'homme, nous avons développé différents protocoles d'immunisation génique chez des souris de type sauvage, une technique reconnue pour favoriser la production d'anticorps dirigés contre la conformation native de l'antigène, mais souvent décrite comme peu efficace. L'injection intramusculaire par électrotransfert de l'ADNc codant la PrP humaine nous a permis d'obtenir, en augmentant fortement le niveau d'expression in vivo de la protéine, de fortes quantités d'anticorps polyclonaux contre la PrP humaine native. Ces résultats ouvrent la voie à la production d'anticorps monoclonaux puis recombinants, dans un format d'expression qu'il reste à définir pour tester et optimiser leur potentiel thérapeutique in vivo.<br />Dans le cadre d'une approche par immunothérapie active (vaccination), nous avons essayé de rompre la tolérance immunitaire vis-à-vis de la PrPc endogène chez des souris de type sauvage. La potentialisation de la réponse en anticorps spécifiques, induite par l'électrotransfert in vivo de l'ADNc de la PrP humaine, nous a permis de mettre en évidence une réaction croisée de ces anticorps avec la PrPc murine.<br />D'un point de vue général, nos résultats pourraient contribuer à ouvrir de nouvelles perspectives pour l'immunothérapie, passive et active, de nombreuses pathologies, en particulier d'autres maladies neurodégénératives, comme la maladie d'Alzheimer, ou certains cancers caractérisés par une surexpression de protéines membranaires