Le taupin violacé - Limoniscus violaceus (Müller, 1821) - est une espèce de coléoptère vivant dans le terreau des cavités d'arbres. Menacé d'extinction en Europe, il est inscrit en Annexe II de la directive " Habitats " dont l'objectif est d'assurer la préservation des habitats et des espèces d'intérêt communautaire au sein du réseau Natura 2000. Les gestionnaires d'espaces naturels où il est présent doivent assurer l'état de conservation de ses populations. Cependant, les difficultés de détection de l'espèce ont limité le développement des connaissances sur sa biologie et son écologie essentielles à la mise en place d'une stratégie de conservation. Cette lacune a motivé la réalisation de ce travail de thèse. Il commence par la compilation des données relatives à sa répartition: 184 localités à travers 17 pays. Plusieurs discordances avec les données énoncées par le réseau Natura 2000 sont mises en évidence. Une méthode de suivi de l'espèce par piégeage à émergence est développée et testée dans 5 sites Natura 2000 français. Les résultats obtenus associés à la description des cavités d'arbres et de leur environnement permettent l'identification d'un modèle prédictif des cavités habitées par Limoniscus violaceus dépendant de deux facteurs simples d'utilisation : l'état d'avancement de la cavité et la circonférence de l'arbre à 30 cm du sol. L'étude de leur valeur seuil et de leurs intervalles de confiance conduit à l'élaboration d'une règle de décision pour l'évaluation des habitats favorables à l'espèce. Parallèlement, l'analyse de la composition des assemblages d'espèces échantillonées se base sur la détermination de 231 coléoptères saproxyliques. La préservation des cavités favorables pour Limoniscus violaceus apparait bénéfique pour la majorité d'entre eux, justifiant le potentiel d'espèce parapluie qui lui est attribué. Dans une perspective de prospection, une liste d'espèces indicatrices est identifiée. Elle permet de prioriser les sites au sein desquels une stratégie de suivi des cavités basses favorables pour la biodiversité et pour Limoniscus violaceus doit être envisagée. L'étude du comportement de dispersion à partir des résultats d'échantillonnage par émergence associé aux connaissances bibliographiques suggère une taille des populations locales d'environ 10 adultes dont 3 dispersent par cavité chaque année. Un regard sur la sex-ratio apporte des éléments complémentaires de réflexion sur le fonctionnement des populations. Enfin, un cas concret de stratégie de conservation pour l'espèce en forêt de Grésigne est présenté. Afin d'assurer le recrutement d'arbres à cavité pour pérenniser les populations de Limoniscus violaceus, des recommandations de gestion fondées sur l'aménagement forestier en cours et l'étude des origines des cavités sont émises.

Theses (M.S.)--University of New Hampshire (Dept. of Zoology), 2007. / Includes bibliographical references. Also available online.

京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(人間・環境学) / 甲第18379号 / 人博第692号 / 新制||人||165(附属図書館) / 25||人博||692(吉田南総合図書館) / 31237 / 京都大学大学院人間・環境学研究科相関環境学専攻 / (主査)准教授 土屋 徹, 教授 小松 賢志, 教授 宮下 英明 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Human and Environmental Studies / Kyoto University / DFAM

Orientador: Prof. Dr. Luciano Puzer / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, São Bernardo do Campo, 2017. / Serpina é o nome dado à superfamília de proteínas com uma vasta diversidade de funções biológicas, que tem como principal característica a inibição irreversível de serino proteases. A característica estrutural mais marcante das serpinas é a presença de uma alça na sua porção C-terminal, composta por 20 aminoácidos denominados alça do centro reativo (RCL). A RCL é a região da serpina que se liga covalentemente ao sítio ativo da serino protease, promovendo a inibição irreversível da enzima pela desarticulação de estruturas funcionais essenciais para a catálise enzimática. As calicreínas teciduais humanas (KLKs) são um grupo de 15 serino proteases (KLK1-KLK15) expressas em uma gama de tecidos. A rKLK5, estudada neste trabalho, é expressa abundantemente na pele humana, e parece que exerce importante papel no processo de descamação epidermal, podendo estar relacionada à patologias, como a psoríase e dermatite atópica. Assim, nesse trabalho foi realizada subclonagem, expressão e caracterização bioquímica da atividade inibitória dos mutantes (VSR344G e VSA345G) da serpina oriunda da cianobactéria Gloeobacter violaceus, identificada pelo nosso grupo e nomeada vioserpina. Os genes codificadores da vioserpina foram previamente clonados no vetor de expressão pET-28a e por meio da técnica de mutação sítio-dirigida foram produzidos dois mutantes substituindo os resíduos de aminoácidos arginina e alanina nas posições P1 e P2 da alça do centro reativo (RCL) da vioserpina, respectivamente, por um resíduo de aminoácido glicina (VSR344G e VSA345G). O sucesso das mutações foi avaliado através de sequenciamento de DNA. As vioserpinas mutantes foram expressas na cepa bacteriana E. coli BL21(D3), purificadas pela técnica de cromatografia de afinidade em resina de níquel (Ni-NTA) e obtidas na forma solúvel. Foi possível visualizar a formação do complexo covalente entre a vioserpina e a KLK5 por análise em SDS-PAGE 10% confirmados pela espectrometria de massas. Também foi analisada a ação inibitória dos mutantes (VSR344G e VSA345G) frente a KLK5. Os valores de SI (estequiometria de inibição) apresentaram valores altos o que indica que é preciso uma concentração grande de inibidor, no caso os mutantes da vioserpina, para que a enzima tenha sua atividade inibida, apresentando-se desta forma uma inibição ineficiente frente a rKLK5. Nesse estudo foi possível obter um inibidor específico (vioserpina) para a rKLK5, podendo assim contribuir para o desenvolvimento de novos procedimentos terapêuticos para patologias envolvidas com o processo de descamação epidermal. / Serpin is the name given to the superfamily of proteins with wide range of biological functions, and that has as main feature the irreversible inhibition of serine proteases. The most striking structural feature of serpins is the presence of a loop in the C-terminal portion of the protein, composed by 20 aminoacids called Reative Center Loop (RCL). The RCL is the region of the serpin that binds covalently to the serine protease active site, which causes the irreversible inhibition of the enzyme by the disarticulation of functional structures essencial for the enzymatic catalysis. Human tissue kalikreins (KLKs) are a group of 15 serine proteases (KLK1-KLK15) expressed in a plethora of tissues. The rKLK5, studied in this work, is abundantly expressed in human skin, and seems to play an important role in the epidermal desquamation process, and may be related to pathologies such as psoriasis and atopic dermatitis. Therefore, in this work the subcloning, expression and biochemical characterization of the inhibitory activity of serpin mutants (VSR344G e VSA345G) of the cyanobacteria Gloeobacter violaceus, recently described by our group and named vioserpin, was proposed. The genes coding for vioserpin were previously cloned into the pET-28a expression vector and through the site-directed mutation technique two mutants were produced by substituting the arginine and alanine amino acid residues at the P1 and P2 positions of the serine reactive center loop (RCL), respectively, by a glycine amino acid residue (VSR344G e VSA345G). The success of the mutations was assessed by DNA sequencing. The mutant vioserpin was expressed in the bacterial strain E. coli BL21 (D3), purified by the nickel resin affinity chromatography technique (Ni-NTA) and obtained in the soluble form. Covalent complex formation between vioserpin and rKLK5 could be visualized by 10% SDS-PAGE analysis confirmed by mass spectrometry. We also analyzed the inhibitory action of mutants (VSR344G and VSA345G) against rKLK5. The SI values (inhibition stoichiometry) presented high values indicating that a large inhibitor concentration is required in the case of the vioserpin mutants, so that the enzyme has its inhibited activity, thus presenting an inefficient inhibition in front To rKLK5. In this study it was possible to obtain a specific inhibitor (vioserpin) for rKLK5, thus contributing to the development of new therapeutic procedures for pathologies involved with the epidermal desquamation process.

The Melocactus violaceus Pfeiff is a specie belonging to the Cactaceae family, endemic in Brazil and typical of the Restinga ecosystem on the Brazilian coast. Popularly known as the head of the monk, in Sergipe is one of the most recorded species in the Restinga of the state, but its status is vulnerable (VU) according to international criteria of Union for Nature Conservation due to the strong utilitarianism and fragmentation of its species occurs. Allied to these factors is the vegetative phase of the very long species, a decade until it begins to produce fruits, which further aggravates its vulnerability. The objective of this work was to identify the Melocactus violaceus in its habitat and its importance in the state of Sergipe through bibliographic review, germination tests in substrate and in vitro aiming the production of seedlings, and to develop ethnobotanical study. For the germination tests, the evaluated variables were the germination speed index (IVG) and the percentage of germination. The experiments of germination in substrate were carried out in laboratory and greenhouse. The substrate used was washed sand and 1: 1 vegetable soil with seeds previously soaked in different time intervals. In the laboratory, there were significant differences in IVG values and percentage of germination. In the greenhouse, there was a significant difference only for the IVG variable. For in vitro germination, the basic medium used was composed of the Murashige & Skoog salts formulation. This experiment was composed of two imbibition treatments: seeds imbibed in distilled water (T1) and seeds embedded in gibberellin (T2) at concentrations of 0; 0.5; 1.0; 2.0 and 4.0 mgL-1. In the results obtained in treatment 1 there were significant differences in Germination Percentage and IVG, however, in treatment 2 there was a significant difference only in IVG according to the Scott-Knott test at 5% significance. The substrate germination treatments for the M. violaceus seeds in the greenhouse showed better results in the germination percentage and in the IVG, with periods of imbibition of more than 30 minutes. The treatments with germination in vitro were efficient and reached more than 40% of germinated seeds, but in the treatments with gibberellin the evaluated concentrations of the phytorregulator did not present significant difference on the percentage of germination. The ethnobotanical study was developed with 60 people in the County of Pacatuba, Pirambu and Aracaju, on the knowledge and uses of M. violaceus. In each municipality, 20 people were interviewed through a semi-structured road map. The profiles of the interviewed population, the way of knowledge was divided in the communities, as well as the categories of use were identified. The categories of use identified were ornamental, medicinal, mystical and food. / O Melocactus violaceus Pfeiff é uma espécie pertencente à família Cactaceae, endêmica no Brasil e típica do ecossistema Restinga no litoral brasileiro. Conhecida popularmente como cabeça-de-frade, em Sergipe é uma das espécies mais registradas nas Restinga do estado, porém encontra-se com status de vulnerável (VU) segundo critérios da União Internacional de Conservação da Natureza devido ao forte utilitarismo e fragmentação de seu habitat nos locais onde a espécie ocorre. Aliada a esses fatores está a fase vegetativa da espécie muito longa, uma década até começar a produzir frutos, o que agrava ainda mais sua vulnerabilidade. Este trabalho teve como objetivos identificar o Melocactus violaceus em seu habitat e sua importância no estado de Sergipe através de revisão bibliográfica, realização de testes de germinação em substrato e in vitro visando à produção de mudas, e desenvolver estudo etnobotânico. Para os testes de germinação, as variáveis avaliadas foram o índice de velocidade de germinação (IVG) e o Percentual de germinação. Os experimentos de germinação em substrato foram realizados em laboratório e casa-de-vegetação. O substrato utilizado foi composto por areia lavada e terra vegetal na proporção de 1:1 com sementes previamente embebidas em diferentes intervalos de tempo. Em laboratório, houve diferenças significativas nos valores de IVG e na porcentagem de germinação. Em casa-de-vegetação, houve diferença significativa apenas para a variável IVG. Para a germinação in vitro, o meio básico utilizado foi composto pela formulação de sais de Murashige & Skoog. Este experimento foi composto por dois tratamentos de embebição: sementes embebidas em água destilada (T1) e sementes embebidas em giberelina (T2) nas concentrações de 0; 0,5; 1,0; 2,0 e 4,0 mgL-1. Nos resultados obtidos no tratamento 1 houve diferenças significativas nos valores de Porcentagem de Germinação e IVG, entretanto, no tratamento 2 houve diferença significativa somente no IVG de acordo com o teste Scott-Knott a 5% de significância. Os tratamentos de germinação em substrato para as sementes de M. violaceus na casa-de-vegetação apresentaram melhores resultados na porcentagem de germinação e no IVG, com períodos de embebição superiores a 30 minutos. Os tratamentos com germinação in vitro mostraram-se eficientes e alcançaram mais de 40% de sementes germinadas, porém nos tratamentos com giberelina as concentrações avaliadas do fitorregulador não apresentaram diferença significativa sobre a porcentagem de germinação. O estudo etnobotânico foi desenvolvido com 60 pessoas nos municípios de Pacatuba, Pirambu e Aracaju, sobre o conhecimento e usos do M. violaceus. Em cada município foram entrevistadas 20 pessoas através de um roteiro semiestruturado. Foram identificados os perfis da população entrevistada, a forma como o conhecimento está dividido nas comunidades, assim como as categorias de uso. As categorias de uso identificadas foram ornamental, medicinal, místico e alimentício.