Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-14Bitstream added on 2014-06-13T20:35:39Z : No. of bitstreams: 1 gullo_fp_me_arafcf.pdf: 1209208 bytes, checksum: eb8202940f1c96815dc70f8524aa0063 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A criptococose é uma micose sistêmica e oportunista causada principalmente pelas leveduras Cryptococcus neoformans e Cryptococcus gattii. Entre as principais manifestações clínicas estão o desenvolvimento de meningite, encefalite, meningoencefalite e infecções pulmonares. Estima-se que mais de um milhão dos casos de criptococose ocorrem por ano em indivíduos HIV positivos, o que classifica esta doença como a terceira mais importante entre as infecções fúngicas sistêmicas. A ecologia deste gênero está diretamente relacionada ao meio ambiente, sendo a espécie C. neoformans, comumente encontrada em excretas secas de pombos (Columbia livia) e a espécie C. gattii é encontrada, principalmente, em plantas, como espécies de Eucalyptos. O tratamento da criptococose é realizado com os fármacos antifúngicos, anfotericina B e fluconazol, sendo este último de ação fungistática utilizado para tratamento de longo prazo, que apesar de eficiente, pode causar uma série de reações adversas e ainda desenvolvimento de resistência. Tendo em vista o difícil controle da levedura e o tratamento, este trabalho tem como objetivo principal, a pesquisa de substâncias naturais com alto potencial antifúngico com finalidade saneante e medicamentosa, combatendo a levedura em seu nicho ecológico natural e também atuando no combate à infecção no hospedeiro. Uma forma de diminuir os casos desta infecção é através do processo de desinfecção ambiental com produtos saneantes, os quais apresentam capacidade fungicida. Por meio do projeto Biota/FAPESP, foram selecionados dois triterpenóides quinonamétideos extraídos de Maytenus ilicifolia, a maitenina e a pristimerina, as quais apresentaram potentes CIMs anti-Cryptococcus, mais de 90 % de eficiência na desinfecção e baixa toxicidade, o que revela que... / Cryptococcosis is a systemic mycosis caused mainly by opportunistic yeast Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii. Among the main clinical manifestations are the development of encephalitis, meningoencephalitis and pulmonar infections. It is estimated that more than one million cases of cryptococcosis occur per year in HIV positive individuals, which classifies the disease as the third among the most importante systemic fungal infections. The ecology of this genus is directly related to the environment. Specie C. neoformans is commonly found in dried excremento of pigeons (Columbia livia) and the species C. gattii is found primarily in plants such as Eucalyptus species. Cryptococcosis treatment is performed with the antifungal drugs amphotericin B and fluoconazole, the later being of a fungistatic used to treat long-term, while effective, may cause a number of adverse reactions and also the development of resistence. Given the difficult control of the yeast and treatment, this work has as main objective, the research of natural substances with high potential antifungal drug with purpose and saneante, fighting yeast in their natural ecological niche and also acting in fighting infection in the host. One way to reduce the cases of infection is through the capacity fungicide. Through the Project BIOTA / FAPESP, we selected two quinonametides triterpenids extracted from Maytenus ilicifolia, the maitenin and pristimerin, which showed potente anti-Cryptococcus MICs, more than 90 % of the disinfection efficiency and low toxicity... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-10-11Bitstream added on 2014-06-13T19:14:38Z : No. of bitstreams: 1 000738835.pdf: 2748761 bytes, checksum: dcad72914370b9d270982eb35f883ae3 (MD5) / O presente estudo foi realizado no período de janeiro de 2012 a janeiro de 2013 em fazendas leiteiras da região de Dracena, São Paulo. Durante o período, foram coletadas 800 amostras de fezes com suabes retais em vacas leiteiras. Essas amostras foram levadas para o Laboratório de Microbiologia do Campus Experimental de Dracena, onde foram isoladas e identificadas 561 amostras para Escherichia coli. Após o isolamento foram extraídos os DNAs de todas as amostras pelo método da fervura e por PCR o DNA foi amplificado para se detectar a presença dos genes de virulência de E. coli pertencentes ao grupo STEC, produtora de toxina tipo shiga em 446 amostras. De todas as cepas isoladas 90 eram portadoras do gene stx1, 97 do gene stx2, 45 do gene eae, 37 dos genes stx1 e stx2, 110 dos genes stx1 e eae e 67 dos genes stx2 e eae. Foram isoladas também 115 cepas que não eram portadoras de nenhum dos genes de virulência de STECs do estudo. Todos os isolados de E. coli portadores de cada gene de virulência foram avaliados quanto a resistência frente a 10 antimicrobianos. Os percentuais de resistências aos antimicrobianos foram maiores para a lincomicina, penicilina e novobiocina e menores para ampicilina, neomicina e tetraciclina. Foram identificados os sorogrupos, dos quais os mais frequentes entre os isolados portadores do gene de virulência stx1 foram o O119 e O114; do gene de virulência stx2 foram os sorogrupos O9 e O8; e do gene de virulência eae foram os sorogrupos O9, O8 e O127. Todos os isolados de E. coli apresentaram multirresistência e a maioria apresentou maior percentagem de multirresistência contra 2 a 3 e contra 10 antimicrobianos. Não foi verificado estatisticamente relação entre os padrões de virulência e os padrões de resistência aos antimicrobianos entre as amostras / The present study was conducted between january 2012 to january 2013 on dairy farms of Dracena city region, São Paulo. During the period, 800 samples of faeces were collected with rectal suabs from dairy cattle cows. Those samples were taken to the laboratory of microbiology of Dracena Experimental Campus, where 561 samples were isolated and identified for Escherichia coli. After the DNA from the samples were extracted by the boiling method and with PCR the genetic material was amplified to detect the presence of virulence genes from STEC, shiga-like toxin producer E. coli, on 446 samples. Of those samples, 90 were carriers of the stx1 gene, 97 of the gene stx2, 45 of the gene eae, 37 of the genes stx1 and stx2, 110 of the genes stx1 and eae, 67 of the genes stx2 and eae. Also were isolated 115 samples that did not carry none of the virulence genes from STECs of the study. All the E. coli isolates of each virulence gene were evaluated for resistence to 10 antibiotics. The percentual of resistence were higher for lincomycin, penicillin and novobiocin and lower for ampicillin, neomycin and tetracycline. A serogroup test was made, of which the most frequent among isolates carrying the virulence gene stx1 were O119 and O114; of the gene stx2 were serogroups O8 and O9; and of the gene eae were the serogroups O9, O8 and O127. All the E. coli isolates presented multirresistence and most isolates presented more percentage of multirresistence against 2 to 3 and against 10 antibiotics. Was not verified statistically relationship between virulence patterns and patterns of antimicrobial resistance among the samples

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:10:25Z : No. of bitstreams: 1 000747565.pdf: 762896 bytes, checksum: 9cce482492cfda2fb9dc6de8b7ae0113 (MD5) / A mastite é uma enfermidade que causa inflamação na glândula mamária e geralmente tem origem infecciosa. É uma das principais doenças que acomete os rebanhos de ovinos causando prejuízos econômicos aos produtores. Na mastite infecciosa, as bactérias do gênero Staphylococcus são os principais causadores de mastite em rebanhos de ovinos. Esses micro-organismos se caracterizam pela capacidade de produzir uma ampla variedade de toxinas extracelulares e outros fatores de virulência como a formação de biofilme, além de apresentarem resistência aos agentes antimicrobianos empregados no tratamento dos animais. Esse estudo teve como objetivos caracterizar o perfil clonal e os fatores de virulência e de resistência aos antimicrobianos em Staphylococcus spp. isolados do leite de ovinos de três rebanhos. Após a realização do California Mastitis Test (CMT) as amostras de leite foram colhidas para contagem de Células Somáticas (CCS) e identificação das espécies de estafilococos isoladas, detecção de genes codificadores de enterotoxinas (sea, seb, sec e sed), da toxina TSST-1, da leucocidina PVL e de biofilme (icaA, icaC, icaD, bap, aap e bhp), além da determinação da resistência a oxacilina pela pesquisa do gene mecA e perfil de sensibilidade a doze antimicrobianos. Os isolados com a presença de genes para toxinas e biofilme foram testados para detecção do RNA mensageiro para avaliação da capacidade de expressão dos fatores de virulência. Foram coletadas 473 amostras de leite de 242 animais, sendo encontrados micro-organismos em 169 (35,7%) amostras. Das 169 amostras em que foram isolados micro-organismos, 132 (78,1%) foram identificados como pertencendo ao gênero Staphylococcus, sendo 20 (15,1%) amostras identificadas como Staphylococcus aureus e as demais 112 (84,9%) como estafilococos coagulase-negativa (ECN). Das 20 amostras de S. aureus isoladas, nenhuma apresentou o gene... / Mastitis is a disease that causes inflammation in the mammary gland and is usually infectious. It is a major disease that affects sheep herds causing economic losses for producers. In infectious mastitis, Staphylococcus bacteria are the major cause of mastitis in sheep flocks. These micro-organisms are characterized by the ability to produce a wide variety of extracellular toxins and other virulence factors such as biofilm formation, besides presenting resistance to antimicrobial agents used in the treatment of animals. This study aimed to characterize the profile and clonal virulence factors and antimicrobial resistance in Staphylococcus spp. isolated from milk of sheep from three flocks. After the completion of the California Mastitis Test (CMT) milk samples were collected for Somatic Cell Count (SCC) and species identification of staphylococci isolated detection of genes encoding enterotoxins (sea, seb, sec and sed), the toxin TSST-1, PVL and Leucocidin of biofilm (icaA, icaC, icaD, bap, aap and bhp), besides the determination of resistance to oxacillin by research mecA and sensitivity profile to twelve antimicrobials. Isolates with the presence of toxin genes and biofilm were tested for the detection of messenger RNA for assessing the ability of expression of virulence factors. We collected 473 milk samples from 242 animals, micro-organisms found in 169 (35.7%) samples. Of the 169 samples that were isolated micro-organisms, 132 (78.1%) were identified as belonging to the genus Staphylococcus, 20 (15.1%) samples identified as Staphylococcus aureus and the remaining 112 (84.9%) as coagulase-negative staphylococci (CNS). Of the 20 samples of S. aureus isolates, none had the mecA and most were sensitive to all drugs tested except one sample that was resistant to tetracycline. Seven samples showed a toxin gene, the gene being the most seb found, present in five samples, followed by sea on three, two ...

O presente estudo teve como objetivo avaliar a frequência dos fatores de virulência em amostras de Escherichia (E.) coli isoladas de leitões desmamados. Para a classificação de cepas de E. coli do patotipo ETEC, foram coletados suabes retais de leitões com idade entre 25-40 dias (fase de creche) com sinal clínico de diarreia, em granjas dos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina e Paraná, totalizando 456 amostras. Para isolamento e caracterização bacteriana, foram utilizados métodos fenotípicos e moleculares. Foi realizada a análise estatística da frequência dos fatores de virulência e dos virotipos, para as fímbrias F4, F5, F6, F18, F41 e toxinas LT, STa, STb e STx2e. Das 456 amostras analisadas, 287 apresentaram crescimento significativo de E. coli. As maiores frequências observadas foram para as fímbrias F4 e F18 e para as enterotoxinas LT, STa e STb. Os virotipos mais frequentes foram F18-STa, F4-LT-STa-STb, F4-STa, F4-LT-STb e F18-STa-STx2e. Noventa e três amostras (32,4%) não apresentaram nenhum gene dos fatores analisados. Foi observada a associação significativa entre amostras positivas para a fímbria F4 e as toxinas LT, STa e STb; entre a fímbria F18 e as toxinas STa e STx2e; entre a fímbria F5 e todas as toxinas. Os genes de toxinas mais detectados (LT, STb) apresentaram associação significativa (P<0,02). A beta-hemólise foi observada em 47,4% das amostras e houve associação (P<0,0001) entre as amostras hemolíticas e os fatores de virulência F4, F18, STa e STx2e. Em relação à consistência das fezes, observou-se associação entre as fezes com consistência líquida e F4 e STa. Com base nos resultados obtidos, conclui-se que a ETEC é um importante agente etiológico de diarreia em leitões desmamados. Em diversas amostras (32,4%) não foram detectados fatores de virulência, sugerindo a ação de outros fatores e/ou agentes desencadeantes de diarreia. E além destes, existem várias hipóteses para explicar esta discrepância, as quais foram revisadas neste trabalho. / The frequency of virulence factors in strains of Escherichia (E.) coli isolated from weaned piglets was assessed. For classification of the strains of enterotoxigenic pathotypes of E. coli, rectal swabs were collected from 25-40 days old nursery piglets with clinical signs of diarrhea in the states of Rio Grande do Sul, Santa Catarina and Paraná, totaling 456 samples. For isolation and bacterial characterization of the samples, phenotypic and molecular tests were used. The results of frequency of virulence factors and virotypes to fimbriae F4, F5, F6, F18, F41 and toxins LT, STa, STb and STx2e were submitted to statistical analysis. Out of 456 samples, 287 showed significant growth of E. coli. The highest frequency was observed for F4 and F18 fimbriae and LT, STa and STb enterotoxins. The most prevalent virotypes were F18-STa, F4-LT-STa-STb, STa-F4, F4-LT-STa-STb and F18-STx2e. Ninety-three samples (32.4%) were negative for virulence genes. There was a significant association between positive samples for F4 fimbriae and enterotoxins LT, STa and STb; between the F18 fimbriae and STa and STx2e; between F5 fimbriae and all enterotoxins. The most frequent toxins (LT, STb) presented significant association (P<0.02). Beta-hemolysis was observed in 47.4% of the samples and there was a association (P<0.0001) between hemolysis and fimbriae F4, F18, STa and STx2e. Regarding stool consistency, it was observed a association between liquid consistency and F4 and STa. Based on the results, it can be concluded that ETEC is an important agent of diarrhea in weaned pigs. In several samples (32.4%) virulence factors were not detected, suggesting the action of other factors and/or agents inducing diarrhea. And besides these, there are other hypotheses to explain this discrepancy, which were reviewed in this work.

O presente estudo teve como objetivo avaliar a frequência dos fatores de virulência em amostras de Escherichia (E.) coli isoladas de leitões desmamados. Para a classificação de cepas de E. coli do patotipo ETEC, foram coletados suabes retais de leitões com idade entre 25-40 dias (fase de creche) com sinal clínico de diarreia, em granjas dos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina e Paraná, totalizando 456 amostras. Para isolamento e caracterização bacteriana, foram utilizados métodos fenotípicos e moleculares. Foi realizada a análise estatística da frequência dos fatores de virulência e dos virotipos, para as fímbrias F4, F5, F6, F18, F41 e toxinas LT, STa, STb e STx2e. Das 456 amostras analisadas, 287 apresentaram crescimento significativo de E. coli. As maiores frequências observadas foram para as fímbrias F4 e F18 e para as enterotoxinas LT, STa e STb. Os virotipos mais frequentes foram F18-STa, F4-LT-STa-STb, F4-STa, F4-LT-STb e F18-STa-STx2e. Noventa e três amostras (32,4%) não apresentaram nenhum gene dos fatores analisados. Foi observada a associação significativa entre amostras positivas para a fímbria F4 e as toxinas LT, STa e STb; entre a fímbria F18 e as toxinas STa e STx2e; entre a fímbria F5 e todas as toxinas. Os genes de toxinas mais detectados (LT, STb) apresentaram associação significativa (P<0,02). A beta-hemólise foi observada em 47,4% das amostras e houve associação (P<0,0001) entre as amostras hemolíticas e os fatores de virulência F4, F18, STa e STx2e. Em relação à consistência das fezes, observou-se associação entre as fezes com consistência líquida e F4 e STa. Com base nos resultados obtidos, conclui-se que a ETEC é um importante agente etiológico de diarreia em leitões desmamados. Em diversas amostras (32,4%) não foram detectados fatores de virulência, sugerindo a ação de outros fatores e/ou agentes desencadeantes de diarreia. E além destes, existem várias hipóteses para explicar esta discrepância, as quais foram revisadas neste trabalho. / The frequency of virulence factors in strains of Escherichia (E.) coli isolated from weaned piglets was assessed. For classification of the strains of enterotoxigenic pathotypes of E. coli, rectal swabs were collected from 25-40 days old nursery piglets with clinical signs of diarrhea in the states of Rio Grande do Sul, Santa Catarina and Paraná, totaling 456 samples. For isolation and bacterial characterization of the samples, phenotypic and molecular tests were used. The results of frequency of virulence factors and virotypes to fimbriae F4, F5, F6, F18, F41 and toxins LT, STa, STb and STx2e were submitted to statistical analysis. Out of 456 samples, 287 showed significant growth of E. coli. The highest frequency was observed for F4 and F18 fimbriae and LT, STa and STb enterotoxins. The most prevalent virotypes were F18-STa, F4-LT-STa-STb, STa-F4, F4-LT-STa-STb and F18-STx2e. Ninety-three samples (32.4%) were negative for virulence genes. There was a significant association between positive samples for F4 fimbriae and enterotoxins LT, STa and STb; between the F18 fimbriae and STa and STx2e; between F5 fimbriae and all enterotoxins. The most frequent toxins (LT, STb) presented significant association (P<0.02). Beta-hemolysis was observed in 47.4% of the samples and there was a association (P<0.0001) between hemolysis and fimbriae F4, F18, STa and STx2e. Regarding stool consistency, it was observed a association between liquid consistency and F4 and STa. Based on the results, it can be concluded that ETEC is an important agent of diarrhea in weaned pigs. In several samples (32.4%) virulence factors were not detected, suggesting the action of other factors and/or agents inducing diarrhea. And besides these, there are other hypotheses to explain this discrepancy, which were reviewed in this work.

Orientador: Arnaldo Yoshiteru Kuaye / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-07T02:52:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Borges_MariadeFatima_D.pdf: 904414 bytes, checksum: dab57575c28ef69977aa61268afabf0d (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O queijo é considerado um veículo freqüente de patógenos de origem alimentar e, em especial os queijos frescos artesanais. Dentre estes, destaca-se o queijo de coalho por ser comumente elaborado a partir de leite cru e sob condições insatisfatórias de higiene, em pequenas indústrias que não adotam de forma plena as Boas Práticas de Fabricação (BPF). Portanto, a contaminação microbiológica deste produto assume destacada relevância para a saúde pública, pelo risco de causar doenças transmitidas por alimentos. Neste trabalho, foi realizado um diagnóstico da contaminação por coliformes fecais, Escherichia coli, Listeria monocytogenes, Salmonella sp. e Staphylococcus spp. na linha de produção de queijo de coalho em uma indústria de laticínios, na região metropolitana de Fortaleza - CE. Um total de 100 amostras de alimentos, incluindo leite cru, leite pasteurizado, coalhada, queijo, e 165 amostras ambientais, incluindo ar ambiente, superfícies de equipamentos, móveis, utensílios, embalagem de polietileno, drenos, pisos, paredes e luvas utilizadas pelos manipuladores, foi coletado durante a fabricação de cinco lotes diferentes, a intervalos de 45-50 dias, no período de maio a outubro de 2004. As amostras ambientais foram analisadas quanto à presença de L. monocytogenes, Staphylococcus spp., enquanto as amostras de alimentos, também, foram analisadas quanto ao número mais provável (NMP) de coliformes totais e fecais, pesquisa de E. coli e de Salmonella sp. A contagem e identificação das bactérias analisadas foi realizada pelos métodos preconizados pelo Bacteriological Analytical Manual (FDA), exceto para L. monocytogenes que foi analisada segundo metodologia do Canadiam Health and Food Branch. Os isolados característicos do gênero Listeria foram identificados utilizando-se o kit API® Listeria e por meio da amplificação de fragmentos dos genes hly e actA, utilizando a técnica PCR. Cem isolados característicos de Staphylococcus sp. foram identificados pelo sistema API ¿ Staph (BioMérieux) e os 23 isolados identificados como S. aureus foram confirmados através da amplificação de um fragmento do gene femA pela técnica da PCR. A pesquisa dos genes sea, seb, sec, sed, see, sei e sej foi realizada em 32 cepas de Staphylococcus, utilizando PCR. A detecção de enterotoxinas foi realizada em 20 amostras compostas, através do método imunoenzimático ELFA empregando o sistema automatizado VIDAS® Staph enterotoxin II (BioMérieux). O leite cru apresentou elevada população de bactérias do grupo coliformes totais e fecais, com confirmação da presença de E. coli, evidenciando deficiências nas condições higiênico-sanitárias durante o processo de obtenção do leite. A presença de E. coli não foi constatada no leite pasteurizado, na coalhada e no queijo. Os níveis de coliformes totais e fecais detectados apresentaram-se superiores ao limite legal estabelecido para queijo de coalho (1.0 x 103NMP/g) em apenas um lote. Em 100% das amostras dos alimentos analisadas verificou-se ausência de Salmonella spp. A avaliação de 18 isolados característicos do gênero Listeria através do kit API® Listeria revelou três isolados de L. monocytogenes ¿atípicas¿, que não foram confirmadas, uma vez que não apresentaram amplificação dos fragmentos específicos para os genes hly e actA, indicando assim a possível ausência desse patógeno no ambiente de produção de queijo de coalho. A população de Staphylococcus sp. e de Staphylococcus coagulase positiva reduziram de 1,5 x 107UFC/mL e 5,0 x 106UFC/mL no leite cru para zero e no leite pasteurizado, respectivamente. Staphylococcus coagulase positiva foi detectado em 100% das amostras de leite cru (25/25) e em 8% das amostras de queijos (2/25). As contagens de Staphylococcus sp. em equipamentos e utensílios oscilaram entre <102 a 3,2 x 104UFC/cm2. Identificou-se 12 espécies de Staphylococcus através do kit API® Staph, sendo nove coagulase negativa e três coagulase positiva. No leite cru observou-se alta freqüência de espécies coagulase positiva, com prevalência de S. aureus. Nas demais amostras de produtos, luvas dos manipuladores, superfícies de equipamentos e utensílios a prevalência foi de espécies coagulase negativa. A presença de enterotoxinas estafilocócicas foi constatada em todas as amostras de um mesmo lote processado, desde a matéria prima até o produto final (queijo). De um total de 23 cepas de S. aureus identificados fenotípicamente (API® Staph - BioMérieux), 82,6% (19/23) foram positivas para o gene femA, demonstrando maior especificidade e poder discriminatório da analise molecular. A presença dos genes sea e sec foi detectada em 37,5% (12/32) das cepas analisadas, sendo estas pertencentes a cinco espécies de Staphylococcus / Abstract: Cheese is considered to be a frequent vehicle of food borne pathogens, especially fresh artisan cheeses. Amongst these, ¿coalho¿ cheeses stand out since they are frequently made from non-pasteurised milk, under unsatisfactory conditions of hygiene, in small-scale industries that fail to completely adopt the Good Manufacturing Practices (GMP). Thus the microbiological contamination of this product assumes prominent relevance with respect to public health, due to the risk of transmitting foodborne diseases. In this study a diagnosis for the contamination by faecal coliforms, E. coli, L. monocytogenes, Salmonella sp. and Staphylococcus spp. was carried out on the ¿coalho¿ cheese production line of a dairy in the metropolitan region of Fortaleza ¿ CE, Brazil. A total of 100 samples were taken from 5 different batches processed at intervals of 45-50 days from May to October, 2004, and comprised non-pasteurised and pasteurised milks, curd, cheese and 145 environmental samples, including the air, equipment and utensils surfaces, drains, floors, walls and gloves worn by cheese handlers. The environmental samples were analysed for the presence of L. monocytogenes and Staphylococcus spp., whilst the food samples were also analysed for the most probable number (MPN) of total and faecal coliforms and examined for the presence of E. coli and Salmonella spp. The isolation and counts of the microorganisms analysed were carried out using the methods presented in the Bacteriological Analytical Manual (FDA), except for L. monocytogenes, which was analysed according to the Canadian Health and Food Branch methodology. Isolates characteristic of the genus Listeria were identified using the API® Listeria kit and by amplifying fragments of the genes hly and actA using the PCR technique. A hundred isolates characteristic of Staphylococcus sp., were selected for identification by the API® - Staph system (BioMérieux). Twenty-three S. aureus strains were identified at the molecular level by amplifying a fragment of the gene femA. A search for the genes sea, seb, sec, sed, see, sei and sej was carried out by PCR in 32 strains of Staphylococcus. Enterotoxin detection was carried out for 20 compound samples using the ELFA immuno-enzymatic assay with the automatated VIDAS® Staph enterotoxin II (BioMérieux). The non-pasteurised milk presented a high count of the total and faecal coliform group with confirmation of the presence of E. coli, as evidence of deficiencies in the hygiene-sanitary conditions during milking. E. coli was not found in the pasteurised milk, curd or cheese, and the levels of total and faecal coliforms found were above the legal limits for ¿coalho¿ cheese (103MPN/mL) for one single batch. Salmonella spp. were absent in 100% of the samples analysed. Eighteen isolates characteristic of the genus Listeria were evaluated using the API® Listeria kit, and three ¿atypical¿ isolates of L. monocytogenes were found. These did not present amplification of the fragments specific for the genes hly and actA, raising the possibility of their absence in the ¿coalho¿ cheese production environment. The Staphylococcus sp. Population decreased from 1.5 x 107CFU/mL in the raw milk to zero in the pasteurised milk, whilst coagulase positive Staphylococcus decreased from 5.0 x 106CFU/mL in the raw milk to zero in the pasteurised milk. Coagulase positive Staphylococcus was detected in 100% of the raw milk samples (25/25) and in 8% of the cheese samples (2/25). Staphylococcus sp. counts oscillated between <102 and 3.2 x 104CFU/cm2 on the equipment and utensils. Both coagulase positive and negative Staphylococcus species were identified on the gloves of the cheese handlers. Twelve species of Staphylococcus were identified, 9 being coagulase negative and 3 being coagulase positive. A high frequency of coagulase positive species was observed in the raw milk, with prevalence for S. aureus. The prevalence of coagulase negative species was verified in the other samples of product, handlers¿ gloves, equipment and utensils surfaces. Staphylococcal enterotoxins were found in all the samples from one particular batch, from the raw material to the final product (cheese). Out of a total of 23 strains of S. aureus phenotypically identified (API® Staph ¿ BioMérieux), 82.6% (19/23) were positive for the gene femA, demonstrating the greater specificity and discriminatory power of the molecular analysis. The presence of the genes sea and sec was detected at a level of 37.5% (12/32) of the strains analysed of 5 Staphylococcus species / Doutorado / Doutor em Tecnologia de Alimentos

Orientadores: Andréa Dessen de Souza e Silva, David Neves / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T14:11:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Madeira_PauloViniciusdaMata_M.pdf: 3508240 bytes, checksum: 40070baffe8469acd5f3a60f9e82a931 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Segundo a Organização Mundial da Saúde, doenças infecciosas são a segunda principal causa de morte no mundo. Essas doenças são causadas por organismos patogênicos que podem compartilhar certas similaridades em seu modo de infecção. Bactérias patogênicas são responsáveis por diversas doenças de acometimento humano, sua patogenicidade, na maioria das vezes, apresenta-se associada a secreção de fatores de virulência que são responsáveis pela adesão, invasão e por danos ás células e tecidos do hospedeiro. P. aeruginosa é um patógeno oportunista, multiresistente a antibióticos e é a bactéria Gram negativa principal causadora de infecções hospitalares, podendo levar à óbito por pneumonia e sepse pacientes imunocomprometidos, principalmente pacientes com fibrose cística, AIDS e vítimas de queimadura. A proteína ExoU de P. aeruginosa é um fator de virulência, altamente citotóxico, secretado pela bactéria que apresenta atividade fosfolipase A, degradando a membrana celular e levando a rápida morte celular. ExoU é pertencente a família das proteínas tipo patatina, essas proteínas apresentam regiões homólogas a fosfolipase A2 citosólica humana e regiões homólogas a proteínas patatinas. A proteína PlpD encontrada em linhagens que não codificam ExoU, a saber: PA01 e PA14 de P. aeruginosa apresentam todas as regiões conservadas, classificando-a como uma proteína bacteriana do tipo patatina, assim como a ExoU. Além disso foi mostrado que seu domínio catalítico é secretado pela bactéria e apresenta atividade de lipase, importante para o processo infectivo do patógeno. Como P. aeruginosa, assim como outros patógenos, se tornaram multiresistentes a antibióticos, a busca por novos alvos terapêuticos vem sendo incentivada. A compreensão estrutural dos componentes envolvidos no processo infectivo é essencial para o desenvolvimento de novos agentes terapêuticos. Nesse trabalho a estrutura da porção secretada da proteína PlpD, com atividade catalítica, foi resolvida à uma resolção de 2.14 Angstroms. A análise da proteína mostrou diferenças interessantes entre sua estrutura e de seu homólogo ExoU, fornecendo pistas para a caracterização de seu mecanismo de ação à nível estrutural. Essa tese foi desenvolvida em colaboração com o grupo do Laboratório de Engenharia de Sistemas Macromoleculares de Marselha, França sob coordenação da Drª Sophie Bleves / Abstract: According to the World Health Organization, infectious diseases are the second leading cause of deaths worldwide . These diseases are caused by pathogenic organisms that may share certain similarities in their mode of infection. Pathogenic bacteria are responsible for many human diseases, their pathogenicity, most often appears associated with the secretion of virulence factors that are responsible for adhesion, invasion and damage to the cells and tissues of the host. P. aeruginosa is an opportunistic pathogen, multidrug-resistant and the main Gram negative cause of nosocomial infections, this pathogen may lead to death due to pneumonia and septcemia immunocompromised patients, especially patients with cystic fibrosis, AIDS and burn victims. The ExoU protein of P. aeruginosa is a highly cytotoxic virulence factor secreted by the bacterium which has phospholipase A activity by degrading the cell membrane and leading to rapid cell death. ExoU belongs to patatin-like protein family, these proteins have regions homologous to human cytosolic phospholipase A2 and regions homologous to patatins. The PlpD protein is found in strains that do not encode ExoU, namely P. aeruginosa PA01 and PA14. This protein shows all conserved regions of patatin-like proteins, classifying it as a bacterial patatin-like protein, as well as the ExoU. Furthermore it was shown that its catalytic domain is secreted by the bacterium and shows lipase activity, important for the infection process. As P. aeruginosa, as well as other pathogens have become multidrug resistant, the search for new therapeutic targets is being encouraged. The understanding of the structural components involved in the infective process is essential for the development of new therapeutic agents. In this work the structure of the secreted portion of PlpD protein which has catalytic activity was resolved at 2.14 angstroms resolution. The protein analysis showed interesting differences between its structure and its homologous ExoU, providing evidences to the characterization of its mechanism of action at a structural level. This thesis was developed in collaboration with the Macromolecular Engineering Systems Laboratory group in Marseille, France under the coordination of Dr Sophie Bleves / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Renata de Oliveira Mattos-Graner / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-19T14:43:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moraes_JuliannaJoannadeCarvalho_D.pdf: 2742487 bytes, checksum: fd22472bad0fcb9906c477e4e103b797 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Streptococcus sanguinis são colonizadores primários dos dentes reconhecidos como microrganismos comensais benéficos da cavidade bucal, pois são capazes de inibir o crescimento de espécies patogênicas, como Streptococcus mutans. S. sanguinis são comumente envolvidos em endocardite bacteriana, embora por mecanismos de patogenicidade ainda não conhecidos. Para colonizar os dentes ou tecidos cardíacos, S. sanguinis devem ser capazes de se estabelecer em biofilmes e de se adaptar às diversas condições de estresse ambiental decorridas da ação de microrganismos competidores e/ou das defesas do hospedeiro. A resposta bacteriana a condições de estresse ambiental é regulada por sistemas reguladores globais de transcrição de dois componentes (SDC), os quais são essenciais para modular o transcriptoma bacteriano durante os processos de colonização e infecção do hospedeiro. O genoma de S. sanguinis SK36 apresenta 14 desses sistemas. Através de análises de BLAST, identificou-se um SDC com alta similaridade ao sistema VicRK (vic de virulence control), o qual regula fatores de virulência e é conservado em diversas espécies de bactérias Gram-positivas, como S. mutans e Streptococcus pneumoniae. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a função do sistema VicRK na biologia de S. sanguinis, através da análise dos efeitos da inativação de vicK em diversas características bacterianas possivelmente associadas à virulência e à formação de biofilmes. Para isto, foi construído um mutante knock-out do gene vicK a partir da cepa SK36, o qual foi designado SKvicK. SKvicK foi comparado à cepa selvagem quanto à capacidade de formação de biofilmes e quanto às características que influenciam na capacidade de colonização (hidrofobicidade, atividade autolítica e sensibilidade ao estresse oxidativo) em diferentes condições atmosféricas. Também foram comparados, entre as cepas, os padrões de expressão de genes com possível função de virulência, cujos ortólogos são regulados por VicRK nas espécies S. mutans e/ou S. pneumoniae. Estes incluem genes relacionados à formação de biofilmes e biogênese da parede celular (ssapcsB, lysM, gtfP), à resposta ao estresse oxidativo e produção de peróxido de hidrogênio (sodA, spxB, ccpA). A inativação de vicK inibiu claramente a formação inicial de biofilmes. Além disto, SKvicK demonstrou maior sensibilidade ao estresse oxidativo e maior hidrofobicidade celular. A inativação de vicK também inibiu, de forma significativa, a transcrição dos genes pcsB, lysM, spxB e comE. Estes dados indicam que VicRK regula diversas funções biológicas de S. sanguinis importantes para a colonização de humanos / Abstract: Streptococcus sanguinis are primary colonizers of the teeth and recognized as beneficial commensal microorganisms of the oral cavity because they are able to inhibit the growth of pathogenic species such as Streptococcus mutans. S. sanguinis are commonly involved in the infective endocarditis, although pathogenic mechanisms are still unknown. S. sanguinis are able to establish in biofilms and to adapt among various environmental stress conditions from competing microorganisms and/or from host defenses during colonization of enamel or endothelial tissues. Bacterial responses from environmental stress conditions are regulated by two-component global regulatory systems (TCS), which are essential to modulate the bacterial transcriptome during colonization and infection of the host. S. sanguinis SK36 genome contains at least 14 TCS. Through BLAST analyses, we identified a TCS with high similarity to VicRK system (vic from virulence control), which regulates virulence factors and is conserved in several species of gram-positive bacteria such as S. mutans and Streptococcus pneumoniae. The aim of this study was to characterize the role of VicRK system in S. sanguinis biology, by analyzing the effects of vicK inativation on several characteristics potentially associated with bacterial virulence and biofilm formation. For this purpose, vicK mutant gene knock-out was obtained from strain SK36 and it was designated SKvicK. SKvicK was compared to the wild-type strain about the ability to form biofilms and cellular traits which influence in the ability of host colonization (hydrophobicity, autolytic activity and sensitivity to oxidative stress) under diverse atmospheric conditions. Gene expression was also compared in the strains because these genes are potencially involved in virulence, whose orthologs are regulated by VicRK system in S. mutans and S. pneumoniae species. These include genes involved in biofilm formation and cell wall biogenesis (ssapcsB, lysM, gtfP), oxidative stress response and production of hydrogen peroxide (sodA, spxB, ccpA). The inactivation of vicK inhibited the initial formation of biofilms. Moreover, SKvicK showed increased sensitivity to oxidative stress and cell hydrophobicity. vicK gene inativation also signicantly down-regulated transcription of pcsB, lysM, spxB and comE. These data indicate that VicRK regulates several biological functions relevant for S. sanguinis colonization / Doutorado / Estomatologia / Doutor em Estomatopatologia

Orientador: Altair Antoninha Del Bel Cury / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-19T16:58:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Custodio_William_D.pdf: 6418945 bytes, checksum: f47ba0f315d5085af1b6afa2e2734527 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O desenvolvimento de biofilme de Candida albicans pode ser mediado pela expressão diferencial de sítios de ligação protéicos na película adquirida formada sobre as superfícies das próteses dentais. Assim, objetivo geral deste estudo foi verificar a influência das proteínas de origem salivar e plasmática na formação dos biofilmes de C. albicans. No primeiro capítulo foi revisado o estado da arte de metodologias aplicadas para análise de proteínas. A partir do conhecimento das metodologias, a pesquisa foi realizada com objetivo de caracterizar os perfis protéicos de películas adsorvidas (ADP) à superfície de espécimes de poli(metilmetacrilato), na presença de saliva ou saliva acrescida de plasma sanguíneo. A composição da ADP foi analisada utilizando a técnica de espectrometria de massas, cujo resultado demonstrou diferenças significativas nos proteomas obtidos entre os grupos. Ainda, foi verificada a influência destas películas na energia livre de superfície (SFE) e expressão de fatores de virulência de biofilmes de C. albicans. Os achados demonstraram que a ligação de proteínas plasmáticas determinou aumento de ambas variáveis. A partir desses dados estudou-se o efeito individual de algumas das proteínas identificadas na ADP no desenvolvimento de biofilmes de C. albicans. Com esse objetivo, biofilmes de C. albicans foram desenvolvidos (90 min, 24, 48 e 72 h) sobre películas mono protéicas de albumina, mucina I e II, lactoferrina, fibrinogênio, C3b, IgA e histatina 5. Em cada um dos tempos foi avaliada a atividade metabólica da célula fúngica (teste de XTT), a organização estrutural do biofilme (microscopia confocal por varredura à laser) e a expressão de fatores de virulência por meio dos testes de produção enzimática. Baseado nas evidências geradas por estes trabalhos, podese concluir que proteínas salivares e plasmáticas adsorvidas como integumentos protéicos mantêm sua função biológica e, assim, exercem uma influência modulatória no desenvolvimento de biofilmes de C. albicans / Abstract: The development of Candida albicans biofilms may be mediated by a differential expression of proteic ligand sites in the acquired pellicle formed onto the oral prosthesis surfaces. Therefore, the main objective of this study was to evaluate the influence of salivary and plasmatic-derived proteins on the development of C. albicans biofilms. In the first chapter the state-of-the-art was reviewed for methodologies applied to the analysis of proteins. From the knowledge of the methodologies, the research was realized aiming to characterize the protein profile of acquired pellicles (ADP) on poly(methylmetacrilate) surfaces' specimens in the presence of saliva or saliva supplemented with blood plasma. ADP composition was analyzed by mass spectrometry techniques, which results demonstrated a significant difference in the obtained proteome between the groups. Moreover, the influence of these pellicles was evaluated for the surface free energy (SFE) and expression of virulence factors by C. albicans biofilms. The findings demonstrated that the binding of plasmatic proteins in the ADP determined increases in both experimental variables. From these data, the individual effect of some identified ADP proteins was evaluated on C. albicans biofilm development. With this objective, C. albicans biofilms were developed (90 min, 24, 48 and 72 h) over mono-protein pellicles of albumin; mucin I and II; lactoferrin; fibrinogen; C3b; IgA and histatin 5. For each time point, biofilms were analyzed for metabolic activity (XTT assay), structural biofilm conformation (Confocal scanning laser microscopy) and, expression of virulence factors by means of enzymatic activity assays. Based on the generated evidences of these studies, we can conclude that adsorbed salivary and plasmatic proteins as proteic integuments keep their biological function, and thus exert a modulatory influence on C. albicans biofilm development / Doutorado / Protese Dental / Doutor em Clínica Odontológica

Orientadores: Domingos da Silva Leite, Tomomasa Yano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T19:07:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tiba_MoniqueRibeiro_M.pdf: 4062695 bytes, checksum: e115238559926b3180bd900e913cd00b (MD5) Previous issue date: 2003 / Mestrado