Για περισσότερο από έναν αιώνα, οι εντερόκοκκοι προβληματίζουν τους ερευνητές ως προς την ταξινόμηση, τη λοιμογόνο ικανότητα, την επιδημιολογία και την ανθεκτικότητα τους στα αντιβιοτικά, αλλά και ως προς τη διασπορά τους στο περιβάλλον, αφού αυτή συνδέεται άμεσα με τη Δημόσια Υγεία. Οι εντερόκοκκοι, αποτελούν μέρος της φυσιολογικής εντερικής χλωρίδας ανθρώπων και ζώων και μπορούν να επιβιώσουν στο υδάτινο περιβάλλον για μεγάλο χρονικό διάστημα, κάτω από αντίξοες περιβαλλοντικές συνθήκες. Στον άνθρωπο προκαλούν βακτηριαιμία, ενδοκαρδίτιδα, λοιμώξεις του ουροποιητικού και άλλων συστημάτων. Μέσο διασποράς τους μπορεί να είναι και το περιβάλλον, γεγονός που καθιστά τη μελέτη της οικολογίας τους και την επιδημιολογική τους επιτήρηση ζωτικής σημασίας. Κατά τη χρονική περίοδο 10/2009-7/2010 στο νομό Αχαΐας, από 2115 δείγματα θαλάσσιου, επιφανειακού και πόσιμου ύδατος, 168 δείγματα βρέθηκαν θετικά για παρουσία εντερόκοκκων μετά από καλλιέργεια σε SB agar, δοκιμασία υδρόλυσης εσκουλίνης, αρνητική αντίδραση καταλάσης, ανάπτυξη σε 6,5% NaCl και βιοτυπία με Vitek. Επιπλέον, προσδορίστηκε η αντοχή στα αντιβιοτικά Penicilin, Erythromycin, Vancomycin, Teicoplanin, Chloramphenicol, Ciprofloxacin και Quinupristin/Dalfopristin. Ακολούθησε Pulsed-Field Gel Electrophoresis για την τυποποίηση των στελεχών σε κλώνους. Τέλος, πραγματοποιήθηκε συσχέτιση με αντίστοιχα κλινικά στελέχη ασθενών από το ΠΓΝΠ. Τα 121 από τα 168 δείγματα ανήκουν στο γένος των εντεροκόκκων, σύμφωνα με τον βιοχημικό φαινότυπο (50 E. faecalis, 43 E. faecium, 10 E. villorum, 9 E. gallinarum, 5 E. casseliflavus και 4 E.durans). To 85% των εντεροκόκκων ήταν ευαίσθητα στην Ρenicillin, το 17% στην Erythromycin, το 95% στην Vancomycin, το 100% στην Teicoplanin, το 70% στην Chloramphenicol και το 1% στην Ciprofloxacin. Συνολικά ταυτοποίηθηκαν σε κλώνους 76 από τα 105 στελέχη. Τα E. faecalis σε 2 ομάδες, τα E. faecium σε 5, τα E. gallinarum σε 3, τα E. villorum σε 1, τα E. casseliflavus σε 1 και τα E.durans σε 1. / For more than a century, there is great concern about enterococci, regarding the classification, pathogenicity, epidemiology and resistance to antibiotics, but also the distribution into the environment, since this fact is directly linked to Public Health. Enterococci are part of the normal intestinal flora of humans and animals and can survive in the aquatic environment for long periods under adverse environmental conditions. In humans, enterococci are leading causes of bacteraemia, endocarditis and urinary tract infections.. The environment is involved in their distribution, which makes the study of their ecology and the epidemiological surveillance of vital importance. During the period 10/2009-7/2010, in the geographic area of the prefecture of Achaia, 2115 samples from marine, surface and drinking water were collected and 168 of them were positive for the presence of enterococci according to inoculation in SB agar, bile-aesculin agar, negative catalase reaction, growth in 6,5% NaCl and biotyping with Vitek. Moreover, resistance to Penicillin, Erythromycin, Vancomycin, Teicoplanin, Chloramphenicol, Ciprofloxacin and Quinupristin / Dalfopristin was determined. Pulsed-Field Gel Electrophoresis was applied for clonal identification. Finally, a correlation with corresponding clonal types isolated from patients hospitalised at the University Hospital of Patras was performed. One hundrend and twenty-one out of 168 isolates were identified as enterococci, according to their biotypes (50 E. faecalis, 43 E. faecium, 10 E. villorum, 9 E. gallinarum, 5 E. casseliflavus and 4 E.durans). 85% of enterococci were sensitive to Penicillin, 17% to Erythromycin, 95% to Vancomycin, 100% to Teicoplanin, 70% to Chloramphenicol, and 1% to Ciprofloxacin. Overall 76 of the 105 strains were grouped. E. faecalis strains were classified into two PFGE types, E. faecium into five, E. gallinarum into three, E. villorum into one, E. casseliflavus into one and E.durans into one.

Τα αποτελέσματα της κλιματικής αλλαγής που είναι πλέον εμφανή παντού έχουν αυξήσει την περιβαλλοντική συνείδηση των πολιτών αλλά και των οργανώσεων που δραστηριοποιούνται μέσα σε αυτό. Έτσι, για τις οργανώσεις, τις επιχειρήσεις ειδικότερα, το περιβάλλον αποτελεί σοβαρή στρατηγική παράμετρο που επεκτείνεται πέρα από «φιλανθρωπικές» δράσεις στα πλαίσια της Εταιρικής Κοινωνικής Ευθύνης ή ακόμα και επικοινωνιακών δράσεων για την περαιτέρω ανάπτυξη του «οικο-καταναλωτισμού». Καθώς κάθε (πραγματική) περιβαλλοντική επιχειρηματική στρατηγική σχετίζεται με τη χρήση (και κατάχρηση) των φυσικών πόρων, είναι λογικό να αφορά άμεσα τις παραγωγικές δραστηριότητες και τις οργανωσιακές οντότητες που είναι υπεύθυνες για τη διαχείρισή τους. Προς αυτήν την κατεύθυνση, εδώ και μια δεκαετία περίπου, η «εισαγωγή» της περιβαλλοντικής παραμέτρου στο ευρύτερο πλαίσιο του περιεχομένου και της διαδικασίας της στρατηγικής παραγωγής (manufacturing/operations strategy) απασχολεί όχι μόνο την ερευνητική κοινότητα, αλλά και τον πραγματικό κόσμο των οργανώσεων με παραγωγική δραστηριότητα. Η συζήτηση στρέφεται στην ενσωμάτωση των περιβαλλοντικών απαιτήσεων ως στόχων συμμόρφωσης ή/και ως προκλήσεων για καινοτόμο στρατηγική δράση σε δύο διαφορετικά επίπεδα: είτε ως περιοριστικά ή «διευρύνοντα» χαρακτηριστικά των γενικών στόχων απόδοσης (κόστος, ευελιξία, ποιότητα, ταχύτητα, αξιοπιστία στην παράδοση με την περιβαλλοντική συνισταμένη), είτε ως συγκρότηση ιδιαίτερου/ξεχωριστού στόχου απόδοσης (κόστος, ευελιξία, ποιότητα, ταχύτητα, αξιοπιστία στην παράδοση και περιβάλλον), με διαφορετικές δράσεις για την κάθε περίπτωση. Με δεδομένο το νεαρό της ηλικίας του συγκεκριμένου πεδίου έρευνας, είναι λογικό οι ερευνητικές δραστηριότητες μέχρι στιγμής να αφορούν σε κατηγοριοποιήσεις και εννοιολογικά πλαίσια. Επιπλέον, παρατηρείται ενδιαφέρον για την εισαγωγή της περιβαλλοντικής παραμέτρου σε γνωστά και «δουλεμένα» πλαίσια στρατηγικής παραγωγής στα οποία το λειτουργικό σύστημα θεωρείται λίγο-πολύ σταθερό και συζητούνται μόνον «περιβαλλοντικές» βελτιώσεις. Οι περισσότερες από αυτές τις «συντηρητικές» βελτιώσεις έχουν ως βάση τη διαχείριση της ποιότητας και τα σχετικά με αυτή πρότυπα (ISO 14000). Όμως, μια στρατηγική προσέγγιση στην περιβαλλοντική διαχείριση της παραγωγής/λειτουργιών απαιτεί την υιοθέτηση και έκφραση μιας ευρύτερης άποψης για το περιβάλλον και την αειφορία, στα πλαίσια της οποίας γίνονται συγκεκριμένες επιλογές. Οι επιλογές αυτές πρέπει να λαμβάνουν υπόψη τις ιδιαίτερες ικανότητες της επιχείρησης σε σχέση με το ευρύτερο θεσμικό περιβάλλον (με την ευρεία έννοια) μέσα στο οποίο λειτουργεί η οργάνωση. Η διατριβή αυτή στοχεύει στη διερεύνηση των συνθηκών επιλογής (ή/και αλλαγής) περιβαλλοντικής στρατηγικής στα πλαίσια της στρατηγικής παραγωγής ακολουθώντας μια θεσμο-εξελικτική (evolutionary institutional) προσέγγιση. Πιο συγκεκριμένα, με την υιοθέτηση της θεωρίας των πόρων και των ικανοτήτων και με τη χρήση μοντέλων συστημικής δυναμικής (system dynamics) προσβλέπει στην σε βάθος μελέτη των εσωτερικών συνθηκών των επιχειρήσεων (αλληλεπιδράσεις αποφάσεων και μικρο-δραστηριοτήτων) που συντελούν στην υιοθέτηση συγκεκριμένων λογικών περιβαλλοντικής στρατηγικής στην παραγωγή, ως ανταπόκριση σε μεταβαλλόμενα θεσμικά περιβάλλοντα (institutional arrangements), τα οποία στις κοινωνικο-τεχνικές προσεγγίσεις λειτουργούν ως περιβάλλοντα επιλογής (selection environments) στην εξελικτική διαδικασία. / This thesis analyses competition and cooperation in supply chains. It focuses on the case of coopetition between an Original Equipment Manufacturer (OEM) and retailers, that collaborate in the forward supply chain and compete in the reverse. The thesis concentrates on the strategic options available to OEM in order to keep the remanufacturing operations of the retailer from eroding its market share. It analyses the environmental impact that OEM strategic responses have on of the entire supply chain and each actor independently. The main contribution is in demonstrating the inherent trade offs in such a supply chain context. In attempting to abate competition, the OEM has a range of options available but it also faces a stale mate: it can neither defend completely against competition, not improve substantially the environmental performance of the supply chain. Methodologically the analysis draws on the Resource Based View of theory competition, sociotechnical systems theory, system dynamics modelling and simulation methodology, and organizational complexity theory. Initially the supply chain is analysed through modelling and simulation at the micro level of the OEM and the retailer. In light of the trade offs inherent in the configuration of the supply chain, the case for the difficulty of endogenous change towards a configuration with an enhanced environmental performance is build based on organizational complexity, and manufacturing operations literature. Consequently, the problem of change is analysed at the level of sociotechnical systems theory, where the supply chain is viewed as part of the overall industrial production system. Drawing on this, propositions about system intervention are established. Their implications in terms of the environmental performance of the supply chain are tested at the micro level by modifying appropriately the model. The results show that a different supply chain configuration of increased environmental performance is possible.

Τα ριβοσώματα, οι μακρομοριακές μεταφραστικές μηχανές που είναι υπεύθυνες για την πρωτεϊνική σύνθεση, αποτελούν έναν από τους κυριότερους κυτταρικούς στόχους των αντιβιοτικών, που χορηγούνται για αντιμικροβιακή θεραπεία. Μελέτες για περισσότερο από 40 χρόνια δείχνουν ότι το κατάλληλο ιοντικό περιβάλλον (μονοσθενή, δισθενή κατιόντα και πολυαμίνες) είναι απαραίτητο για τη σωστή ριβοσωματική λειτουργία, ενώ παράλληλα επηρεάζει τις αλληλεπιδράσεις του με διάφορους προσδέτες. Παρόλα αυτά η μοριακή βάση της επίδρασης του ιοντικού περιβάλλοντος στο μηχανισμό δράσης των αντιβιοτικών δεν έχει ενδελεχώς μελετηθεί. Στόχος της παρούσας διατριβής είναι η διερεύνηση του μηχανισμού δράσης αντιβιοτικών που αναστέλλουν την πρωτεϊνική σύνθεση σε συνθήκες που προσομοιάζουν με τις φυσιολογικές του κυττάρου και η μελέτη της επίδρασης του ιοντικού περιβάλλοντος στη δράση αυτών. Τα αντιβιοτικά που μελετήθηκαν ήταν: α) η βλαστισιδίνη, ως κλασικός αναστολέας της πεπτιδυλοτρανσφεράσης (ΡΤάσης), β) το μακρολίδιο τυλοσίνη που αναστέλλει την ΡΤάση, αλλά παράλληλα προσδένεται στην αρχή του τούνελ εξόδου και παρεμποδίζει την πολυπεπτιδική αλυσίδα να εξέλθει από το ριβόσωμα, και γ) τα μακρολίδια ερυθρομυκίνη (πρώτης γενεάς), αζιθρομυκίνη (δεύτερης γενεάς) και τελιθρομυκίνη (μακρολίδιο τρίτης γενεάς ή κετολίδιο), η δράση των οποίων έγκειται στην παρεμπόδιση του τούνελ εξόδου. Εξίσου σημαντική φαίνεται να είναι η επίδραση των μακρολιδίων στη συγκρότηση της 50S ριβοσωματικής υπομονάδας. Ο μηχανισμός δράσης των αντιβιοτικών και η επίδραση του ιοντικού περιβάλλοντος στη δράση τους έγινε αρχικά με κινητικές μελέτες. Το πειραματικό σύστημα που χρησιμοποιήθηκε ήταν η αντίδραση πουρομυκίνης, η οποία μας έδωσε τη δυνατότητα τιτλοδότησης των ενεργών ριβοσωμάτων. Βάσει αυτού μελετήθηκαν τα αντιβιοτικά βλαστισιδίνη και τυλοσίνη που αναστέλλουν άμεσα την ΡΤάση, ενώ για τη μελέτη των υπολοίπων μακρολιδίων διεξήχθησαν πειράματα συναγωνιστικής αναστολής. Ως γνωστό, τα μακρολίδια ερυθρομυκίνη, αζιθρομυκίνη και τελιθρομυκίνη μοιράζονται κοινές θέσεις πρόσδεσης στο ριβόσωμα με την τυλοσίνη. Έτσι, για την εύρεση των σταθερών πρόσδεσης αυτών στο ριβόσωμα έγινε συναγωνισμός με τυλοσίνη. Τα πειράματα συναγωνισμού πραγματοποιήθηκαν, επωάζοντας το ριβόσωμα με μείγμα μακρολιδίου και τυλοσίνης, και τιτλοδοτώντας την απομένουσα δραστικότητα του ριβοσώματος με την αντίδραση πουρομυκίνης απομακρύνοντας την περίσσεια αντιβιοτικών. Σε παράλληλα πειράματα, το ριβόσωμα προεπωάστηκε αρχικά με το μακρολίδιο και στη συνέχεια προστέθηκε τυλοσίνη, η οποία ανιχνεύει το εναπομείναν ριβοσωματικό σύμπλοκο. Επειδή η σταθερά συγγένειας στη δεύτερη περίπτωση βρέθηκε μικρότερη (ισχυρότερη πρόσδεση αντιβιοτικού) συμπεράναμε, ότι ο μηχανισμός πρόσδεσης του αντιβιοτικού είναι βραδύς και ακολουθεί δυο στάδια. Βασιζόμενοι στις τιμές των σταθερών συγγένειας σε πειράματα αναγέννησης του ριβοσωματικού συμπλόκου από την απενεργοποιημένη μορφή του, προσδιορίστηκαν ξεχωριστά όλες οι κινητικές παράμετροι που χαρακτηρίζουν την πρόσδεση του αντιβιοτικού στο ριβόσωμα. Συγκρίναμε τις παραμέτρους αυτές και γενικότερα την ισχύ πρόσδεσης των αντιβιοτικών στο ριβόσωμα σε πέντε ιοντικές συνθήκες: (α) 4,5 mM Mg2+, 150 mM NH4+, (β) 4,5 mM Mg2+, 150 mM NH4+, 100 μΜ σπερμίνη, (γ) 4,5 mM Mg2+, 150 mM NH4+, 50 μΜ σπερμίνη και 2 mM σπερμιδίνη, (δ) 4,5 mM Mg2+, 150 mM NH4+ ριβοσωματικό σύμπλοκο φωτοσημασμένο με 100 μΜ ΑΒΑ-σπερμίνη, και (ε) 10 mM Mg2+, 100 mM NH4+. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι οι πολυαμίνες βελτιώνουν την πρόσδεση της βλαστισιδίνης, αλλά μειώνουν την πρόσδεση των μακρολιδίων. Η επίδραση των ιόντων Mg2+ προσομοιάζει εκείνης των πολυαμινών, αλλά είναι λιγότερο αποτελεσματική, αφού 100 μΜ σπερμίνης επιφέρουν μεγαλύτερη αναστολή πρόσδεσης, από ότι 10 mM Mg2+. Για να ερμηνευτεί σε μοριακό επίπεδο η επίδραση της σπερμίνης στη συγγένεια των αντιβιοτικών έναντι του ριβοσώματος, οι θέσεις πρόσδεσης των πολυαμινών στο ριβόσωμα προσδιορίστηκαν με φωτοσήμανση συγγένειας, χρησιμοποιώντας ως μοριακό ανιχνευτή ένα φωτοδραστικό ανάλογο της σπερμίνης, την ΑΒΑ-σπερμίνη. Οι θέσεις αυτές αποκάλυψαν ότι οι πολυαμίνες προσδένονται σε γειτονικές θέσεις προς τα αντιβιοτικά, επηρεάζοντας την τοπική διαμόρφωση και το φορτίο. Επιβεβαίωση του μηχανισμού δράσης και της επίδρασης των πολυαμινών έγινε με ανάλυση αποτυπώματος. Σύμφωνα με την τεχνική αυτή, τα μακρολίδια προσδενόμενα στο ριβόσωμα προστατεύουν ορισμένα νουκλεοτίδια από την επίδραση χημικών τροποποιητών. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι τα αντιβιοτικά διέρχονται μια ενδιάμεση κατάσταση πρόσδεσης στο ριβόσωμα δεσμευόμενα αρχικά στην είσοδο του τούνελ εξόδου και στη συνέχεια εισχωρώντας βαθύτερα σε αυτό. Η φύση της ενδιάμεσης κατάστασης εξαρτάται από τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά του κάθε μακρολιδίου. Η επίδραση των πολυαμινών στο μηχανισμό πρόσδεσης ελέγχθηκε επαναλαμβάνοντας τα πειράματα χημικής προστασίας παρουσία αυτών. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι η μείωση της πρόσδεσης των μακρολιδίων στο ριβόσωμα επιτελείται κυρίως μέσω της επίδρασης των πολυαμινών στη δέσμευση του υδρόφοβου λακτονικού δακτυλίου. Τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά του κάθε αντιβιοτικού επηρεάζουν ποικιλοτρόπως το μέγεθος της επίδρασης αυτής. Στο τελευταίο κομμάτι της διατριβής μελετήθηκε η ισχύς των μακρολιδίων, υπολογίζοντας την αναστολή που προκαλούν στο συζευγμένο σύστημα μεταγραφής-μετάφρασης του γονιδίου της GFP πρωτεΐνης, και τα αποτελέσματα επιβεβαίωσαν τα κινητικά δεδομένα πρόσδεσης των μακρολιδίων στο ριβόσωμα-στόχο. Σε υψηλή συγκέντρωση ιόντων Mg2+ η τυλοσίνη έχει μεγαλύτερη ισχύ, ενώ σε χαμηλή συγκέντρωση ιόντων απουσία ή παρουσία πολυαμινών η αζιθρομυκίνη. Η τελιθρομυκίνη παρουσίασε τη χαμηλότερη ισχύ πρόσδεσης στο ριβόσωμα και αναστολής της πρωτεϊνικής σύνθεσης. Επιπρόσθετα, ελέγχθηκε πιθανή επίδραση των μακρολιδίων στην πρόσδεση των υποστρωμάτων (tRNAs) στην Α-, Ρ- και Ε- θέση του ριβοσώματος, στη μετατόπιση αυτών από την Α- στην Ρ- θέση και στη μεταφραστική πιστότητα του ριβοσώματος. Βρήκαμε ότι τα μακρολίδια δεν μπορούν να επηρεάσουν αυτά τα στάδια της ριβοσωματικής λειτουργίας. / Ribosomes, the macromolecular translating machines responsible for protein biosynthesis, are the most common targets for many antibacterial agents. Experiments for more than 40 years have demonstrated that a distinct ionic environment (monovalent, divalent cations and polyamines) is essential for ribosomal functions and their interactions with the ligands. Nevertheless, the molecular basis of the ionic environment’s influence on antibiotic mechanism of action has never been precisely elucidated. The aim of this thesis was first to investigate the mechanism of action of several antibiotics –inhibitors of protein synthesis, under ionic conditions close to the cell environment and second, to clarify the role of the ionic environment on their mechanism of action. The antibiotics studied were: a) blasticidin-S, a classic inhibitor of peptidyl tranferase (PTase) activity, b) tylosin which inhibits PTase, but in parallel binds at the entrance of exit tunnel and blocks the passage of the nascent polypeptide chain, and c) erythromycin (a first generation macrolide), azithromycin (a second generation macrolide), and telithromycin (a third generation macrolide, ketolide), that blocks the exit tunnel. The mechanism of action of antibiotics and the influence of ionic environment on antibiotic potency was studied primarily with kinetic methods. The experimental procedure was based on the puromycin reaction, performed under conditions allowing the estimation of the catalytic rate constant. Using this experimental approach we studied the mechanism of action of blasticidin and tylosin which directly inhibit PTase. For studying the other macrolides, experiments employing competitive kinetics were performed. Erythromycin, azithromycin and telithromycin share common binding sites on ribosomes with tylosin. Thus, to estimate the kinetic constants of their interactions with ribosomes, competitive kinetic experiments were carried out in the presence of tylosin. Namely, a posttranslocation ribosomal complex formed from Escherichia coli 70S ribosomes bearing tRNAPhe at the E-site and AcPhe-tRNA at the P-site (complex-C) was incubated with a mixture of each macrolide and tylosin for the desired time intervals. The rest of ribosomal activity was titrated by the puromycin reaction. In parallel experiments, complex-C was pre-incubated with each one of the macrolides and then reacted with tylosin. The rest of complex-C activity was again titrated with the puromycin reaction. Since the affinity constant obtained by the second series of experiments was less than that obtained by the first series of experiments, we concluded that the mechanism of action of antibiotics follows a slow onset inhibition process, which includes two steps. Based on secondary plots and on kinetic plots derived from regeneration of complex-C, we measured the kinetic parameters participating in the kinetic model. Thus, the potency of each antibiotic was determined under five different ionic conditions: (a) 4,5 mM Mg2+, 150 mM NH4+, (b) 4,5 mM Mg2+, 150 mM NH4+, 100 μΜ spermine, (c) 4,5 mM Mg2+, 150 mM NH4+, 50 μΜ spermine and 2 mM spermidine, (d) 4,5 mM Mg2+, 150 mM NH4+, and ribosomal complex photolabelled with 100μΜ ΑΒΑ-spermine, and (e) 10 mM Mg2+, 100 mM NH4+. Processing of the data led us to the conclusion that polyamines and Mg2+ ions increase the potency of blasticidin, but decrease the potency of macrolides. To explain the diverse action of polyamines and of the ionic environment in general on antibiotic potency, the binding sites of spermine in ribosomes were localized by photoaffinity labeling, using a photoactive analogue of spermine, ABA-spermine. These experiments revealed that polyamines bind at the vicinity of antibiotics, influencing the ionic charge and the local conformation of rRNA. Confirmation of the macrolide mechanism of action and verification of the influence of polyamines on their potency was achieved by footprinting analysis. According to this technique, macrolides bind to ribosomes and protect specific nucleotides from modification by chemical reagents like DMS, CMCT and kethoxal. The results demonstrated that the antibiotics (I) form an encounter complex with complex-C (CI), in which the antibiotics occupy the entrance of the exit tunnel. This intermediate complex is then isomerized slowly to a tighter complex (C*I) with which antibiotics move deeply in the exit tunnel. The exact interactions stabilizing the intermediate complex depend on the characteristic groups of each macrolide. The influence of polyamines was checked by repeating the experiment in the presence of polyamines. The results showed that polyamines reduce the macrolide binding to ribosomes, by affecting mainly the interactions of the hydrophobic lactone ring with the ribosome. The special characteristic groups of each macrolide affect the polyamine action. The potency of macrolides action was also estimated using a coupled transcription-translation system for GFP expression. The results obtained were consistent with those produced by kinetic analysis. In addition, we check for possible macrolide effects on tRNA binding at the A-, P- and E- sites of the ribosome, on translocation, and on translational fidelity. No strong effects were identified excluding the macrolide from these ribosomal functions.

Η αίσθηση παρουσίας όπως και η αλληλεπίδραση θεωρούνται βασικά χαρακτηριστικά των συστημάτων εικονικής πραγματικότητας. Στην παρούσα εργασία έγινε η διερεύνηση αυτής της σχέσης της αίσθησης παρουσίας και της αλληλεπίδρασης σε εκπαιδευτικά εικονικά περιβάλλοντα, μέσα από ερευνητικές εργασίες, και η καταγραφή των συμπερασμάτων που προέκυψαν από αυτές. Δηλαδή, μελετήθηκε κατά πόσο ο συμμετέχων μπορεί να αισθανθεί παρών στην εικονική πραγματικότητα μέσα από την περιπλάνηση του σε χώρους, την αντιμετώπιση φαινομένων και την αλληλεπίδραση με αντικείμενα, που στην πραγματικότητα πιθανόν να μην ήταν εφικτά, και επίσης κατά πόσο μέσω της αλληλεπίδρασης και της αίσθησης παρουσίας του δίνεται η δυνατότητα να οικοδομήσει τη γνώση. / -

Η ιδέα της «ισορροπίας της φύσης» αποτελεί μια μεταφορά που υπονοεί πως στη φύση υπάρχει σταθερότητα και τάξη, η οποία υπαγορεύεται από ένα «δημιουργό» ή την ίδια τη φύση, και άρα προβλεψιμότητα. Η «ισορροπία της φύσης» ξεκίνησε ιστορικά ως ένα στοιχείο του αρχαίου πολιτισμού που εντοπίζεται σε διάφορες κοσμοθεωρίες, αλλά ενσωματώθηκε και στην επιστήμη της οικολογίας και έφτασε να την επηρεάζει σε μεγάλο βαθμό από την εμφάνισή της ως νέας επιστήμης μέχρι και πριν μερικά χρόνια. Η ιδέα της «ισορροπίας της φύσης» έχει αναθεωρηθεί στο πλαίσιο της οικολογίας με τη διαμόρφωση νέων θεωριών και μοντέλων για τη λειτουργία της φύσης, αλλά εξακολουθεί να κυριαρχεί στην κοινωνία ως προς την περιβαλλοντική στάση και κουλτούρα της ως συνόλου, τη χάραξη στόχων και στρατηγικών από περιβαλλοντικές, μη κυβερνητικές οργανώσεις, αλλά και τη χάραξη των επίσημων πολιτικών διαχείρισης και προστασίας του περιβάλλοντος. Ακόμα, η ιδέα της «ισορροπίας της φύσης» κυριαρχεί στη σχολική επιστήμη όπου παρουσιάζεται στα σχολικά εγχειρίδια και στη σκέψη των παιδιών όλων των ηλικιών και των νεαρών ενηλίκων, όπως προκύπτει από έρευνες στο χώρο της διδακτικής της βιολογίας. Η κυριαρχία της ιδέας της «ισορροπίας της φύσης» στην εκπαιδευτική πραγματικότητα φαίνεται να δρα ως εμπόδιο στην οικοδόμηση της επιστημονικής γνώσης των παιδιών για τη φύση (δηλαδή στην προσέγγιση των σύγχρονων μοντέλων για τη λειτουργία της), αλλά και στην ανάπτυξη περιβαλλοντικά υπεύθυνης στάσης και συμπεριφοράς απέναντι σε αυτή. Υπαγορεύοντας ότι οι συνέπειες των παρεμβάσεών μας στη φύση είναι αναστρέψιμες, η ιδέα αυτή δημιουργεί την ψευδαίσθηση των «μαγικών» λύσεων, ενώ όπως έχει φανεί, η εφαρμογή της στις πολιτικές διαχείρισης της φύσης μπορεί να οδηγεί τα οικοσυστήματα σε αποτελέσματα που δεν είναι ούτε «κανονικά», ούτε «προβλέψιμα». Όπως προκύπτει από τα παραπάνω, είναι σκόπιμη μία συστηματική προσπάθεια αποσταθεροποίησης της ιδέας της «ισορροπίας της φύσης» στο πλαίσιο της εκπαίδευσης. Αυτή προϋποθέτει ασφαλώς το σχεδιασμό ενός κατάλληλου μαθησιακού περιβάλλοντος, ο οποίος με τη σειρά του προϋποθέτει την ανίχνευση των ιδεών των μαθητών, καθώς σύμφωνα με τον εποικοδομισμό, που έχει επικρατήσει έναντι πιο παραδοσιακών επιστημολογικών ή γνωστικών προσεγγίσεων, η προηγούμενη γνώση του υποκειμένου έχει καθοριστική σημασία στην οικοδόμηση νέας γνώσης από αυτό. Η έρευνα με τίτλο «η ιδέα της “ισορροπίας της φύσης” στη σκέψη φοιτητών επιστημών της εκπαίδευσης» ανιχνεύει τις αντιλήψεις που έχουν σε σχέση με την ιδέα της «ισορροπίας της φύσης», παιδιά που έχουν τελειώσει τη δευτεροβάθμια εκπαίδευση και έχουν εισαχθεί στην τριτοβάθμια, και διερευνά το πώς αυτές οι αντιλήψεις ενσωματώνονται στους συλλογισμούς που αυτά αναπτύσσουν για φυσικές διαταραχές ή ανθρώπινες παρεμβάσεις στη φύση. Τα αποτελέσματα της έρευνας δείχνουν πως η ιδέα της «ισορροπίας της φύσης» είναι καλά εδραιωμένη στον τρόπο με τον οποίο οι φοιτητές σκέφτονται για τη φύση. Για τους περισσότερους φοιτητές η «ισορροπία της φύσης» είναι μια πραγματικότητα και μέσα από αυτό το πρίσμα συζητούν και κάνουν προβλέψεις για τα οικοσυστήματα. Ακόμα, φαίνεται ότι οι φοιτητές θεωρούν πως ο άνθρωπος με τις ενέργειές του μπορεί να ενισχύσει και να προστατεύσει αυτή την «ισορροπία», και οι διαταραχές που προκαλούνται από ανθρώπινη δραστηριότητα θεωρούνται ιδιαίτερα κρίσιμες. Τα αποτελέσματα της έρευνας δείχνουν πως στην πλειοψηφία τους οι μαθητές των οποίων οι ιδέες διερευνήθηκαν σκέφτονται για τη λειτουργία της φύσης μέσα από το πρίσμα της ύπαρξης μιας «ισορροπίας», και προσφέρουν υλικό για το σχεδιασμό ενός μαθησιακού περιβάλλοντος το οποίο θα προωθεί τα νέα μοντέλα λειτουργίας της φύσης και θα επιχειρεί να αποσταθεροποιήσει την έννοια της «ισορροπίας» η οποία, όπως αναφέρθηκε, δρα ως εμπόδιο στην εκπαίδευση και στην κοινωνική πρακτική. / -

Η έννοια του περιβάλλοντος στις μέρες μας αποτελεί ίσως ένα από τα πλέον καυτά θέματα συζήτησης όχι μόνο στους κόλπους της επιστημονικής κοινότητας αλλά και στην καθημερινότητα των σύγχρονων ανθρώπων. Η παρουσία του ανθρώπου σε ένα οικοσύστημα, το οποίο έχει προσαρμοστεί στις ανάγκες του και τροποποιηθεί ανάλογα, με στόχο να καλύπτει τις απαιτήσεις του έχει ως αποτέλεσμα να δέχεται εισροές από το εξωτερικό περιβάλλον και να παράγει εισροές με την σειρά του για άλλα συστήματα. Σήµερα η απειλή από ένα πλήθος περιβαλλοντικών πιέσεων καθιστά αναγκαία τη γνώση εκείνων των παραγόντων που οδηγούν στην υποβάθµιση των υδάτινων οικοσυστηµάτων. Μια από τις πλέον επιβαρυντικές δραστηριότητες του ανθρώπου όσο αναφορά την ποιότητα των υδάτων είναι η γεωργία. Η ευρεία και τις περισσότερες φορές ανεξέλεγκτη χρήση αγροχημικών σκευασμάτων, τα οποία χρησιμοποιούνται ευρέως από τους καλλιεργητές με κύριο στόχο την αύξηση της απόδοσης της αγροτικής παραγωγής τους, αλλά και την προστασία των προϊόντων αυτής από τη δράση επιβλαβών οργανισμών, έχει ως αποτέλεσμα την επιβάρυνση των υδάτων με υψηλές συγκεντρώσεις ρυπογόνων ή και τοξικών χημικών ουσιών. Αντικείµενο της παρούσας µελέτης είναι η έρευνα και καταγραφή των θρεπτικών στοιχείων καθώς και άλλων παραμέτρων στο νερό των ποταμών, των ρεμάτων και της θαλάσσιας ακτογραμμής, των αγροτικών κατά κύριο λόγο περιοχών που επιλέχθηκαν για μελέτη. Επιχειρείται η διερεύνηση της επιρροής των γεωργικών απορροών στο υδάτινο παράκτιο περιβάλλον μέσω της διακίνησης και κατανομής μακροστοιχείων που αποτελούν και τα κύρια συστατικά των εφαρμοζόμενων λιπασμάτων. / -

Η παρούσα διπλωματική εργασία πραγματεύεται την ανάπτυξη μιας εφαρμογής επεξεργασίας και δημιουργίας 3D ανθρωποειδών για χρήση σε Δικτυακά Εικονικά Περιβάλλοντα. Η εφαρμογή επιτρέπει την μοντελοποιηση και σύνθεση ενός 3D ανθρωποειδούς χρησιμοποιώντας έναν αριθμό απο έτοιμα αντικείμενα. Η ανάπτυξη της εφαρμογής έγινε με γλώσσα Java στην πλατφόρμα Eclipse, ενώ οι 3D τεχνολογίες που υποστηρίζει είναι οι VRML / X3D και H-Anim. / The main objective of this work is the development of a Java-based application for the creation and editing of 3d Humanoid Avatars intended to be used specifically for Networked Virtual Environments. The application supports the modelling and synthesis of a 3D avatar using already existing primitives. The tool was developed using the Eclipse platform, and the supported 3D technologies are VRML / X3D and the H-Anim standard.

Στην παρούσα διπλωματική εργασία παρουσιάζεται η ανάπτυξη μιας εφαρμογής σε περιβάλλον iPhone, η οποία έχει ως σκοπό την διευκόλυνση της πρόσβασης των φοιτητών στο χώρο του Πανεπιστημίου Πατρών. Πιο συγκεκριμένα, προσφέρει δεδομένα σχετικά με τον χώρο του Πανεπιστημίου και την αστική συγκοινωνία της Πάτρας και προσφέρει στον χρήστη την δυνατότητα της καθοδήγησης από ένα σημείο της πόλης σε άλλο. / This diploma dissertation concerns the development of an iPhone application, aiming to facilitate the access of the students to the University of Patras. It provides information over the University of Patras grounds and the traffic network of Patras, as well as the ability for the user to be navigated from one part of the city to another.

Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία έχει ως στόχο να δημιουργήσει ένα ανοικτού κώδικα λογισμικό (scisola) -σε python-, το οποίο να παρέχει τις ακόλουθες λειτουργίες: Αυτοματοποίηση του υπολογισμού ΤΣΡ με σύνδεση στο σύστημα του SeisComP3. Αποθήκευση των αποτελεσμάτων σε βάση δεδομένων. Δυνατότητα παραμετροποίησης του λογισμικού από το χρήστη με χρήση γραφικού περιβάλλοντος (configuration). Δυνατότητα προβολής των αποτελεσμάτων με χρήση γραφικού περιβάλλοντος (review). Δυνατότητα τροποποίησης των αποτελεσμάτων βάση επιλογής του χρήστη με χρήση γραφικού περιβάλλοντος (revision). / This master thesis contributes by providing an open-source software application (scisola) -written in python-. It supports: Automatic calculation of moment tensors; the seismic event notification, station information and the corresponding waveforms are provided by the SeisComP3 system through different utilities and services like slinktool and seedlink server respectively. The moment tensor is calculated through the ISOLA software in parallel mode using multiple threads through multiprocessing python libraries for much faster calculations. Result storing in database for better data management. Extensive configuration changes based on the needs of each researcher, through a user friendly graphical interface. A graphical overview of the moment tensor calculation and the corresponding data fit. Moment tensor revision in case the user wishes to alter the automatically suggested result.

Η επεξεργασία του εγκεφαλογραφικού σήματος με τη χρήση νέων υπολογιστικών τεχνικών δίνει τεράστια ώθηση στη μελέτη νευροφυσιολογικών ερωτημάτων. Η χρήση αυτών των μεθόδων από ερευνητές με ελάχιστες γνώσεις προγραμματισμού απαιτεί την ανάπτυξη ενός εύχρηστου γραφικού περιβάλλοντος που να περιλαμβάνει εργαλεία για την αυτοματοποιημένη εφαρμογή των υπολογιστικών τεχνικών. Στην παρούσα εργασία παρουσιάζεται το γραφικό περιβάλλον που αναπτύχθηκε στη Μονάδα Νευροφυσιολογίας στο Εργαστήριο Φυσιολογίας της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Πατρών για την υποστήριξη των εγκεφαλογραφικών μελετών. Επεξηγούνται οι δυσκολίες της επεξεργασίας εγκεφαλογραφικού σήματος, οι λόγοι που καθιστούν τη χρήση ήδη υπαρχόντων εργαλείων αδύνατη ή ασύμφορη και δικαιολογείται η επιλογή της πλατφόρμας του MATLAB για την ανάπτυξη του περιβάλλοντος. Δίνεται αναλυτικά η πορεία υλοποίησης του προγράμματος και οι οδηγίες χρήσης του. Το περιβάλλον περιλαμβάνει μεθόδους για εισαγωγή δεδομένων από το πρόγραμμα καταγραφής Neuroscan, επιλογή τμημάτων για επεξεργασία, απεικονίσεις στα πεδία του χρόνου, του χώρου και της συχνότητας, εφαρμογή φίλτρων, ανάλυση προκλητών δυναμικών με παρουσίαση μέσης κυματομορφής και μέσου φασματογραφήματος, δημιουργία εικονικών καναλιών και συνεργασία με άλλα προγράμματα όπως τη χρήση της μεθόδου ανάλυσης ανεξαρτήτων συνιστωσών του EEGLAB. Παρουσιάζονται τα αποτελέσματα από τη χρήση του προγράμματος σε δυο μελέτες του εργαστηρίου. Καταρχάς, σε φυσιολογικό ύπνο για τη μελέτη της σχέσης δυο κυματομορφών του δεύτερου σταδίου του ύπνου, των συμπλεγμάτων Κ και των ατράκτων του ύπνου, όπου διαπιστώθηκε ότι η εμφάνιση του συμπλέγματος Κ επηρεάζει τη συχνότητα των ατράκτων όταν συμπίπτουν χρονικά. Έπειτα, σε παθολογικό ύπνο για τη διερεύνηση μεταβολών του θαλαμοφλοιικού κυκλώματος και των ατράκτων του ύπνου σε ένα παιδί με ιστορικό επιληψίας αφαιρέσεων παιδικής ηλικίας. Σε αυτή την περίπτωση διαπιστώθηκε η ύπαρξη ενός ρυθμού με χαρακτηριστικά παρόμοια των ατράκτων του ύπνου, αλλά σε διαφορετική συχνότητα, ενώ παράλληλα, σημαντικά μειωμένη ήταν η εμφάνιση φυσιολογικών ατράκτων. Τέλος, αναδεικνύονται τα πλεονεκτήματα της χρήσης του περιβάλλοντος και συζητείται η εκπλήρωση των στόχων και αναγκών του εργαστηρίου μέσα από το πρόγραμμα καθώς και οι πιθανές μελλοντικές επεκτάσεις. / The use of novel computational techniques in the analysis of encephalographic signals has given a huge boost to the study of neurophysiological questions. The use of such methods by researchers who have little knowledge of computer programming requires the development of a user-friendly graphical interface that includes tools for the automated application of these computational techniques. The present work presents the graphical interface developed at the Neurophysiology Unit of the University of Patras' Medical School for the support of EEG studies. The difficulties of the processing of EEG signals and the reasons that render the use of existing tools impossible or unfit are explained and I justify the choice of the MATLAB platform for the development of the environment. The course of the realization of the program and directions for its use are given in detail. The environment includes methods that import data from the Neuroscan recording system, select portions for processing, plot data over time, space and frequency, apply filters, analyze event-related potentials using average waveform and average spectrogram views, create virtual channels and cooperate with other programs, like using EEGLAB's technique of independent component analysis. The results of using the program in two laboratory studies are presented. First, it helped analyze normal sleep data, for the study of the relationship between two graphoelements of the second NREM sleep stage, the K complex and the sleep spindle. It was shown that the occurrence of a K complex affects the frequency of a spindle when they coincide. Next, in abnormal sleep data, for the study of possible changes of the thalamocortical pathway and sleep spindles on a child with medical history of childhood absence. In this case, the appearance of a rhythmic wave with attributes similar of a sleep spindle but different frequency of oscillation was shown, while at the same time, the incidence of normal spindles was significantly lower. Finally, the advantages of using this environment are shown and the fulfillment of the lab's goals and needs by the program, as well as possible future expansions, are discussed.