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Investigating the tomato tolerance to cadmium (Cd) via high throughput proteomics / Investigando a tolerância de tomate ao (Cd) via proteômica de alto rendimento

Nogueira, Marina de Lima 30 April 2019 (has links)
The problem of cadmium (Cd) toxicity aggravates every year. However, the amount of plant species presenting some degree of tolerance to this metal is low. Therefore, it is of utmost importance to understand the Cd tolerance mechanisms. Two tomato cultivars exhibiting distinct levels of tolerance to Cd were investigated by exposing them to 35 μm de CdCl2 for eight days. The samples (roots, stems, and leaves) were collected at 0, 2, 4, 6 and 8 days. The root length and surface area were obtained using a WinRhizo PRO 2009c image analyzer. The ICP OES method was used for the quantification of metals in the different tissues. The translocation index (TrI), metal uptake and Cd distribution nutrient absorbed (NA), and nutrient efficiency (NUE) were calculated. The plant material used for stress indicators and proteomics analysis were collected in liquid nitrogen. Lipid peroxidation and H2O2 contents were obtained by spectrometry. For the proteomics data the gel-free method was used. The stress indicators showed the variation in both cultivars, evidencing the stress caused by the Cd. Chlorosis and necrotic spots were observed in plants exposed to Cd less significant way in the first days of exposure and more evident in the less tolerant cultivar (TTO) in the last days. The growth reduction can be observed in both cultivars, more evident in TTO. Regarding the Cd distribution, the two cultivars showed similar behavior, with the highest percentage of Cd in the roots. The Cd absorption could interfere with both cultivars in the accumulation absorption and efficiency in the use of most nutrients assessed. In general, the Cd interference was more evident at TTO than at YOSH. Highest percentages of TrI were also observed in TTO cultivar. Identification and evaluation of the differentially accumulated protein (DAP) in the two cultivars roots it is possible to observe that in the presence of Cd the cultivar TTO generates a more significant alteration in the amplitude of the accumulation and the number of proteins. These results suggest that the cultivar, which presents a higher degree of tolerance, has some form to make the Cd unavailable or a mechanism that makes the Cd transportation to the leaves more difficult. / O problema da toxicidade do cádmio (Cd) agrava-se a cada ano. No entanto, a quantidade de espécies de plantas que apresentam algum grau de tolerância a este metal é baixa. Portanto, é de suma importância entender os mecanismos de tolerância do Cd. Com esse intuito duas cultivares de tomate (TTO e YOSH) exibindo níveis distintos de tolerância ao Cd foram investigadas, expondo-as a 35 μm de CdCl2 por oito dias. As amostras (raízes, caules e folhas) foram coletadas aos 0, 2, 4, 6 e 8 dias. O comprimento da raiz e área de superfície foram obtidos usando um analisador de imagem WinRhizo PRO 2009c. O método ICP OES foi utilizado para a quantificação de metais nos diferentes tecidos. O índice de translocação (Trl), a absorção de metal e a distribuição de Cd dos nutrientes absorvidos (NA) e eficiência de nutrientes (NUE) foram calculados. O material vegetal usado para indicadores de estresse e análise proteômica foi coletado em nitrogênio líquido. A peroxidação lipídica e o teor de H2O2 foram obtidos por espectrometria. Para os dados proteômicos, foi utilizado o método livre de gel. Os indicadores de estresse mostraram a variação nas duas cultivares, evidenciando o estresse causado pelo Cd. A clorose e manchas necróticas foram observadas em plantas expostas ao Cd de maneira menos significativa nos primeiros dias de exposição e mais evidentes no cultivar menos tolerante (TTO) nos últimos dias. A redução do crescimento pode ser observada em ambas as cultivares, mais evidente no TTO. Quanto à distribuição de Cd, as duas cultivares apresentaram comportamento semelhante, com o maior percentual de Cd nas raízes. A absorção de Cd pode interferir nas duas cultivares na absorção, acúmulo e eficiência no uso da maioria dos nutrientes avaliados. Em geral, a interferência do Cd foi mais evidente no TTO do que no YOSH. As maiores porcentagens de TrI também foram observadas na cultivar TTO. Identificação e avaliação da proteína diferencialmente acumulada (DAP) nas raízes das duas cultivares é possível observar que na presença de Cd a cultivar TTO gera uma alteração mais significativa na amplitude do acúmulo e no número de proteínas. Estes resultados sugerem que a cultivar, que apresenta um maior grau de tolerância, tem alguma forma de tornar o Cd indisponível ou um mecanismo que dificulte o transporte de Cd para as folhas.
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Resistência de cultivares de caquizeiros à cercosporiose (Pseudocercospora kaki) e o efeito da doença na fisiologia da planta / Resistance of persimmon cultivars to angular leaf spot disease (Pseudocercospora kaki) and the effect of the disease on plant physiology

Antichera, Thaís Silvestre Sanches 07 March 2019 (has links)
O caquizeiro (Diospyros kaki L.) é uma planta caducifólia pertencente à família Ebenaceae, tendo como centro de origem a região central da China. Entre os estados brasileiros, São Paulo é o que apresenta maior produção de caquis com 49.727 t. A cercosporiose (Pseudocercospora kaki), também conhecida como mancha angular, é a principal doença foliar da cultura. Alguns autores atribuem à cercosporiose a queda precoce de folhas, maturação antecipada dos frutos e a redução da produção na safra seguinte. Entretanto, não existem trabalhos com o patossistema P. kaki - D. kaki que deem suporte a essas pressuposições. Diante disso, os objetivos desse trabalho foram comparar a susceptibilidade de quatro cultivares de caquizeiro e avaliar o efeito da cercosporiose na fisiologia da planta. Os experimentos foram conduzidos em condições naturais de campo, com as cultivares Fuyu, Rama Forte, Taubaté e Giombo, por serem as mais cultivadas no estado de São Paulo. Nos experimentos desenvolvidos buscou-se conhecer o grau de resistência das quatro cultivares à cercosporiose, avaliando a incidência, severidade e queda de folhas ao longo de dois ciclos de cultivo, assim como avaliar o controle químico na redução da doença em cvs. Taubaté e Rama Forte e, consequentemente, no acúmulo de reservas na raiz e na qualidade dos frutos colhidos. Foram avaliadas também os danos na fotossíntese em folhas das quatro cultivares com diferentes intensidades de cercosporiose. Como resultados pode-se constatar, que a cv. Fuyu é a mais susceptível à cercosporiose, seguida com resistência média \'Giombo\' e \'Rama Forte\' e com maior resistência a cv. Taubaté. A intensidade da cercosporiose, para severidades da doença de até 7% não influencia na queda de folhas. O controle químico reduziu a intensidade de doença nas cvs. Taubaté e Rama Forte, entretanto, entre as intensidades de cercosporiose avaliadas em plantas tratadas e não tratadas, não há redução no acúmulo de reservas no sistema radicular, assim como na qualidade físico-química dos frutos colhidos. Mesmo a cercosporiose afetando a fotossíntese, no processo fotoquímico, tanto na área lesionada como na área adjacente à lesão, a intensidade da doença observada no campo não foi suficiente para causar redução da produção à cultura. / The persimmon (Diospyros kaki L.) is a deciduous plant of the botanical family Ebenaceae, native to central China. Among the Brazilian states, São Paulo has the highest production of persimmon with 49,727 ton/year. The angular leaf spot of persimmon (Pseudocercospora kaki), also known as cercosporiosis, is the main leaf disease of the crop. Some authors attribute to the cercosporiosis the premature defoliation, early maturation of the fruits and the reduction of the yield in the next crop cycle. However, there are no previous studies with the Pseudocercospora kaki pathosystem that support these hypotheses. Therefore, the objectives of this study were to compare the susceptibility of four persimmon cultivars and evaluate the effect of angular leaf spot on plant physiology. A field experiment was conducted with Fuyu, Rama Forte, Taubaté and Giombo cultivars, the four most cultivated in the state of São Paulo. The degree of resistance to cercosporiosis was determined by the incidence and severity of the disease and by defoliation of the plants in two crop cycles. Chemical spraying for the disease reduction was also evaluated in cvs. Taubaté and Rama Forte. The reduction of the carbohydrate reserve accumulation in the roots and the quality of the fruits harvested were tested. The photosynthesis reduction was also evaluated in leaves of the four cultivars with different intensities of cercosporiosis. The Fuyu cultivar was the most susceptible to cercosporiosis, followed by moderate resistance of \'Giombo\' and \'Rama Forte\' and high resistance of cv. Taubaté. The intensity of cercosporiosis, for disease severity up to 7% does not influence leaf drop. Though the chemical control reduced the disease intensity in cvs. Taubaté and Rama Forte, treated and untreated plants showed no differences in the reserves accumulation in the roots, as well as in the physicochemical quality of the harvested fruits. Even though cercosporiosis affects photosynthesis in the photochemical process on both the necrotic and remaining green leaf area, the intensity of the disease observed in the field was not enough to cause yield reduction to the culture.
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Crescimento e marcha de absorção de nutrientes de crisântemo (Dendranthema grandiflora, Tzvelev.) cultivado em vaso / Growth and nutrients uptake curve of chrysanthemum (Dendranthema grandiflora, Tzvelev.) cultivated in pot

Rodrigues, Marcelo Antonio 07 November 2013 (has links)
O crisântemo cultivado em vaso é um dos produtos floríferos mais vendidos na floricultura brasileira, possuindo grande diversidade de cores, formas e tamanhos de inflorescências, além de possuir alta durabilidade após a colheita. Para tanto, é necessário o atendimento das exigências nutricionais da planta para possibilitar expressar seu potencial ornamental. Os objetivos deste trabalho foram analisar o crescimento da planta e caracterizar a marcha de absorção de nutrientes no cultivo em vaso do crisântemo, variedade cultivada ,,Fine Time\". O experimento foi realizado na estufa climatizada do Setor de Floricultura do Colégio Politécnico da UFSM, Santa Maria - RS, no período de setembro a dezembro de 2012. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado com oito tratamentos e seis repetições. As plantas foram coletadas e analisadas em intervalos que variaram de 7 a 14 dias dependendo da fase de desenvolvimento da planta. Os parâmetros de crescimento avaliados foram: comprimento das hastes, folhas e de raízes; número de folhas, raízes, brotações, botões florais e de inflorescências; largura e área das folhas; massa de matéria seca das folhas, raízes; botões florais; inflorescências, hastes e das plantas. Em relação aos nutrientes foi analisado teor, acúmulo e marcha de absorção de N, P, K, Ca, Mg, S, B, Cu, Fe, Mn e Zn nas raízes, folhas, hastes, botões florais e inflorescências. Os parâmetros comprimento das hastes e raízes, número de folhas e raízes, massa de matéria seca de planta, haste e raiz foram crescentes em função do tempo, tendendo a estabilidade no final do ciclo produtivo. Os parâmetros comprimento e largura das folhas decrescem em função do tempo de cultivo. A ordem decrescente de acúmulo de massa de matéria seca dos órgãos foi: folhas > hastes > raízes > inflorescências > botões florais. A necessidade de N, P, S e Cu é semelhante durante a fase vegetativa e de florescimento. A necessidade de K, Mn e Zn nas plantas é maior na fase de florescimento. A necessidade de Ca, B, Fe e Mg nas plantas é maior na fase vegetativa. A necessidade dos macronutrientes durante a fase vegetativa e de florescimento da planta segue, respectivamente, a seguinte ordem de grandeza: Ca > Mg > N > S > P > K; e K > P > S > N > Mg > Ca. A necessidade dos micronutrientes durante a fase vegetativa e de florescimento da planta segue, respectivamente, a seguinte ordem decrescente de grandeza: B > Fe> Cu > Zn > Mn; e Mn > Zn > Cu > Fe > B. A sequência decrescente do acúmulo de nutrientes nas plantas de crisântemo em função do tempo foi: N > K > P > Ca > S > Mg > Fe > Mn > B > Zn > Cu. / The chrysanthemum cultivated in pot is one of the best seller floristic products in the Brazilian floriculture, having high colors diversity, forms and sizes of inflorescences, besides present high post-harvest durability. Therefore, it is necessary to attend the plant nutrition requirement for enabling to express its ornamental potential. The objectives of this research were to evaluate the plant growth and to characterize the nutrients uptake curve of chrysanthemum, cv. ,,Fine Time\", cultivated on pot. The experiment was carried out at greenhouse of the Floriculture Section, Polytechnic College, Federal University of ,,Santa Maria\" (UFSM), Santa Maria, ,,Rio Grande do Sul\" state, Brazil, from September to December 2012. The statistical design was complete randomized with eight treatments and six replications. The plants were sampled and analyzed in intervals of 7 to 14 days according to the plant development stage. The evaluated growth parameters were: length of stems, leaves and roots; number of leaves, roots, sproutings, buds and inflorescences; width and area of leaves; dry matter of leaves, roots, buds, inflorescences, stems and plants. In relation to the nutrients content, accumulation and uptake curve, the N, P, K, Ca, Mg, S, B, Cu, Fe, Mn and Zn on the roots, leaves, stems, buds and inflorescences were evaluated. The parameters stem and root length, number of leaves and roots, dry matter of plant, stems and roots were crescent as function of time, presenting a tendency of stability at end of the crop cycle. The parameters length and width of leaves decrease as function of cultivation time. The decrescente order of organ dry matter accumulation was: leaves > stems > roots > inflorescences > buds. The needs of N, P, S and Cu are equal during the vegetative phase and flowering. The needs of K, Mn and Zn in the plants are higher on the flowering phase. The plant demand of Ca, B, Fe and Mg is higher on the vegetative phase. The needs of macronutrients during vegetative phase and flowering obey, respectively, the following order: Ca > Mg > N > S > P > K and K > P > S > N > Mg > Ca. The needs of micronutrients during vegetative phase and flowering obey, respectively, the following decrescent order: B > Fe> Cu > Zn > Mn and Mn > Zn > Cu > Fe > B. The decrescent sequence of nutrient accumulation on the chrysanthemum plants as function of time was: N > K > P > Ca > S > Mg > Fe > Mn > B > Zn > Cu.
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Características estruturais do dossel forrageiro e acúmulo de forragem de Brachiaria brizantha cv. Piatã submetido a regime de sombra em sistemas de integração lavoura pecuária floresta / Sward structural characteristics and herbage accumulation in Brachiaria brizantha cv. Piatã subjected to shade regimes in a crop-livestock-forest integration area

Mascheroni, Jorge Daniel Caballero 27 February 2015 (has links)
Sistemas integrados têm sido apontados como alternativas ecologicamente apropriadas para recuperar a produtividade de pastagens tropicais degradadas, gerando benefícios tanto para o meio ambiente como para os animais. Apesar das diversas vantagens atribuídas aos sistemas integrados, existem ainda limitações técnicas que dificultam a otimização do processo produtivo, função da natureza complexa e multidisciplinar das interações entre seus componentes bióticos e abióticos. Existem, portanto, aspectos importantes que podem comprometer a produtividade do sistema, entre eles, as alterações na estrutura do dossel forrageiro e a menor produção de forragem, principalmente pela diminuição da radiação luminosa que chega ao sub-bosque. Partindo da hipótese que o dossel arbóreo irá determinar a quantidade e a qualidade de luz disponível para o sub-bosque e, assim, influenciar a estrutura do dossel forrageiro e a produção de forragem do capim-piatã manejado sob pastejo rotativo utilizando metas de interceptação luminosa (IL) prépastejo, o objetivo deste trabalho foi avaliar as características estruturais e o acúmulo de forragem de Brachiaria brizantha cv Piatã em sistema ILPF de dezembro de 2013 a julho de 2014. O estudo foi desenvolvido por meio de três experimentos realizados de forma concomitante para avaliar três regimes de luz: (1) capim-piatã cultivado em área livre de árvores (pleno sol; PS); (2) sombreamento gerado por meio de fileiras duplas de Eucalipto nas bordaduras dos piquetes (S1); e (3) sombreamento gerado por meio de quatro renques de fileiras triplas de Eucalipto dispostos dentro dos piquetes de forma alternada com porções de pasto (S2). Os regimes de luz S1 e S2 foram divididos em duas faixas de sombra (central e lateral) para descrição da variação da luz dentro dos piquetes e sua implicação sobre o padrão de crescimento das plantas. O período experimental foi dividido em três períodos de avaliação em função do índice pluviométrico registrado. Para estudar a influência das árvores sobre a medição de IL e sua implicação sobre o crescimento das plantas, o regime S2 foi manejado utilizando-se dois métodos de tomada da leitura de referência da luz incidente: leitura dentro (sob a copa das árvores) e fora (luz natural na ausência de árvores) da área experimental. Foram avaliadas as seguintes variáveis-resposta: altura, massa de forragem e sua composição morfológica, índice de área foliar, ângulo da folhagem, interceptação luminosa do dossel forrageiro, umidade do solo, índice de nutrição nitrogenada, taxa de acúmulo e produção de forragem. Os resultados indicaram que pastos sombreados possuíam altura 30% maior que pastos não sombreados, com colmos mais longos e delgados. A massa de forragem em pré-pastejo diminuiu com o aumento do nível de sombreamento e a composição morfológica se manteve praticamente estável entre os regimes luz. As mudanças morfológicas e estruturais resultaram em redução das taxas de acúmulo e da produção de forragem em torno de 50% no regime S1 e de 65% no regime S2 relativamente ao regime PS. O conjunto de resultados obtidos revela claramente que as metas de altura pré-pastejo desenvolvidas com base na condição de 95% de IL em pleno sol não podem e não devem ser utilizadas em sistemas integrados com árvores, especialmente aqueles em que a densidade de árvores é elevada, necessitando que metas específicas sejam produzidas para o manejo do pastejo naquelas condições. / Integrated production systems, such as the agrosilvopastoral systems, have been considered ecologically adequate alternatives in restoring the productivity of degraded tropical grasslands, as they generate benefits for both the environment and the grazing animals. Despite several advantages associated with the integrated systems, there are technical constraints that limit their optimization, due to the complex and multidisciplinary nature of the interactions between its biotic and abiotic components. In this context, there are important aspects that must be considered and that might influence the system\'s productivity, including changes in sward structure and herbage production due to decreased light availability under the trees. Based on the hypothesis that in a silvopastoral pastoral system the tree canopy determines the quantity and the quality of the light available for forages growing under the trees, and that this affects sward structural characteristics and herbage accumulation of rotationally grazed Piatã brachiariagrass managed using pre-grazing targets of canopy light interception during regrowth, the objective of this study was to evaluate the structural characteristics and the herbage accumulation of Brachiaria brizantha cv. Piatã in a crop-livestock-forest integration area from December 2013 to July 2014. The study comprised three simultaneous experiments to evaluate three light regimes: (1) Piatã brachiariagrass cultivated in the absence of trees (full natural light; PS); (2) shade produced by a double row of Eucaliptus trees on the edges of the paddocks (S1); and (3) shade produced by four triple rows of Eucaliptus with pasture in between them (S2). The S1 and S2 light regimes were divided into two shade strips (central and lateral) in order to describe the variation in light availability within the paddocks and its implications to plant growth. The experimental period was divided in three evaluation periods according to rainfall. In order to evaluate the influence of the trees on the measurement of sward canopy light interception and its implications on grass growth, paddocks under the S2 light regime were managed using two methods for taking the reference readings of the incident light: reading inside (under the tree canopy) and outside (full natural light) the experimental area. The following response variables were analyzed: sward height, herbage mass and plant-part composition, sward leaf area index, foliage angle, canopy light interception, soil moisture, grass nitrogen nutrition index, herbage accumulation rates and total herbage yield. The results indicate that shading, results in taller swards (30% increase in sward height pre-grazing) with longer and thinner stems. Pre-grazing herbage mass decreased with increasing shade levels and plant-part composition remained relatively constant across light regimes. Morphological and structural changes resulted in approximately 50 and 65% decrease in herbage accumulation rates and herbage yield under the S1 and S2 light regimes, respectively, in relation to PS. Pre-grazing target sward height recommendations based on the 95% canopy light interception under full light conditions are not suitable for integrated systems with trees, particularly those where tree density is high, emphasizing the need to devise specific management targets for use under those conditions.
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Regulação do acúmulo de sacarose em cana-de-açúcar e análise funcional de uma proteína quinase relacionada com o conteúdo de sacarose / Regulation of sugarcane sucrose acummulation and functional analysis of a kinase protein related to sucrose content

Sato, Paloma Mieko 11 April 2012 (has links)
A cana-de-açúcar é uma gramínea C4 da família das Poaceae. Sua principal característica é a capacidade de estocar altas concentrações de sacarose no colmo. Devido à sua alta atividade fotossintética, ela consegue converter uma boa parte da radiação solar em biomassa. Assim, ela pode ser considerada um dos melhores modelos para os estudos da relação fonte-dreno. O Brasil é um dos maiores produtores e exportadores de álcool do mundo, e por isso a cana-de-açúcar é considerada uma das principais culturas atuais. A ausência de informações sobre a sua sequência genômica levou à criação do programa SUCEST no final de 1990, onde foram disponibilizadas aproximadamente 240,000 sequências denominadas ESTs (Expression Sequence Tags), uma cobertura de quase 90% do genoma expresso da cana-de-açúcar. Desta forma, foi possível desenvolver uma plataforma de microarranjo Agilent de oligonucleotídeos com componentes do SUCEST. Por meio do programa de melhoramento da RIDESA e a análise por microarranjos, foi possível a identificação de vias metabólicas que podem estar relacionadas com a regulação do acúmulo de sacarose em cana-de-açúcar, principalmente aquelas que envolvem os fitormônios auxina e etileno. A obtenção de dados agrotecnológicos e de fisiologia permitiu a observação de um trade off metabólico, onde o acúmulo de sacarose parece ocorrer em detrimento do acúmulo de fibra. A obtenção de plantas silenciadas e superexpressando uma quinase da família da SnRK1 levou, através da análise de microrarranjos, a identificação de genes diferencialmente expressos envolvidos no estresse por seca como uma PP2C e deidrina. Nas plantas superexpressando uma SnRK1, há um aumento do conteúdo de sacarose na planta 88, que talvez indique que a superexpressão dessa quinase leve a um aumento do conteúdo de sacarose em cana. Com a obtenção de sequências genômicas acima do sítio de início da transcrição dessa mesma SnRK1, e de uma subunidade regulatória Akinβγ, foi possível identificar por análise computacional sequências conservadas envolvidas na regulação hormonal, resposta à seca e reações de luz, indicando que a transcrição desse gene pode resultar de diferentes respostas da planta. Esse trabalho permitiu novas diretrizes no estudo do acúmulo de sacarose no colmo, indicando que vias de transdução de sinais conservadas, mediadas por hormônios e fosforilação, podem ser as principais responsáveis por esse fenômeno em cana-de-açúcar. / The sugarcane is a C4 grass of the Poaceae family. Its main feature is the ability to store high sucrose concentrations in the culm. Due to the elevated photosynthetic activity, it can convert a great portion of solar radiation into biomass. Thus, it can be considered one of the best models for studies of source-sink relationship. Brazil is one of the largest alcohol producers and exporters in the world, and sugarcane is considered one of the main current cultivars. The absence of information about its genome sequence led to the creation of the SUCEST program in late 1990, from which approximately 240,000 sequences called ESTs (Expression Sequence Tags) were made available, with a coverage of almost 90% of the sugarcane expressed genome. Thus, it was possible to develop a microarray platform with Agilent oligonucleotide with SUCEST components. Through the RIDESA improvement program and microarray analysis, it was possible to identify metabolic pathways that may be related to the regulation of sugarcane sucrose accumulation, especially those involving the plant hormones auxin and ethylene. The agro-technological and physiology data allowed the observation of a metabolic trade-off, where the sucrose accumulation appears to occur at the expense of fiber accumulation. The production of plants that are silenced or overexpressing a kinase from SnRK1 family, led by microrarray analysis, allowed the identification of differentially expressed genes that are involved in drought stress, such as a PP2C and dehydrin. In plants overexpressing a SnRK1, there is an increased sucrose content in the plant 88, which may indicate that overexpression of this kinase leads to an increase in leaf sucrose content. After obtaining the genomic sequence above the transcription start site of the same SnRK1, and a regulatory subunit Akinβγ, it was possible to identify by computer analysis conserved sequences involved in regulating hormonal response to dry and light responses, indicating that the gene transcription may arise from different plant responses. This work allowed new guidelines in the study of sucrose accumulation in the culm, suggesting that conserved signal transduction pathways and hormone mediated phosphorylation may be the main reason for this phenomenon in sugarcane.
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Dinâmica adaptativa, genealogias e testes estatísticos de neutralidade em evolução molecular / Adaptive dynamics, Genealogies and statistical tests of neutrality in molecular evolution

Maia, Leonardo Paulo 24 August 2004 (has links)
Esta tese aborda diversos temas em evolução molecular, usando extensivamente o formalismo de funções geratrizes para obter resultados analíticos sempre que possível. Em primeiro lugar, apresenta-se a solução exata para o comportamento dinâmico de uma população infinita de seqüências infinitamente longas (não há mutações reversas) evoluindo sob a ação de mutações deletérias em um relevo adaptativo multiplicativo ou truncado. Além disso, foi estudado o comportamento de uma população submetida a sucessivas diluições de intensidades arbitrárias, como ocorre em alguns protocolos de evolução experimental. Foram obtidas expressões matemáticas que, em princípio, podem ser úteis na caracterização de populações reais de microorganismos. Demonstrou-se também que um processo estocástico de ramificação multidimensional generalizado é uma excelente ferramenta para analisar numericamente os efeitos da degeneração mutacional (especificamente, de um fenômeno denominado catraca de Muller) em populações sob variadas condições de crescimento exponencial. Finalmente, simulações foram extensivamente utilizadas para analisar a história evolutiva de populações finitas e averiguar a possibilidade de certas grandezas, como certas medidas da topologia de árvores genealógicas, serem empregadas na elaboração de testes estatísticos capazes de detectar as marcas deixadas pela seleção natural. / This thesis discusses some topics of molecular evolution, extensively using generating function methods to find analytical results whenever possible. In first place, it gives the exact solution for the dynamics of an infinite population of infinitely long sequences (no back mutations) evolving under the action of deleterious mutations on either multiplicative or truncated fitness landscapes. In addition, the behavior of a population subject to successive dilutions of arbitrary intensity, just like some experimental evolution protocols, is found. The mathematical expressions, in principle, may prove useful in characterizing real populations of microor¬ganisms. It was also demonstrated that a generalized multidimensional branching process is a nice tool in numerically studying mutational degeneration effects (specifically a pheno¬menon called Muller\'s ratchet) in populations under a wide variety of exponential growth settings. Finally, the evolutionary history of finite populations was studied by simulations to probe the viability of certain statistic, like some topological measures in genealogical trees, being incorporated in statistical tests to detect the fingerprints of natural selection.
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Arquitetura da videira \'Niágara Rosada\' no sistema de condução em espaldeira e a sua relação com a produção e acúmulo de reservas / Architecture of the vine \'Niagara Rosada\' in the Vertically Shoot-Positioned (VSP) and its relation with the production and accumulation of storage of reserve

Queiroz, Marina Viana 04 June 2018 (has links)
A videira \'Niágara Rosada\' é a principal cultivar de mesa produzida no estado de São Paulo. Essa cultivar é conduzida preferencialmente no sistema em espaldeira pelo baixo custo de implantação e por permitir manipulação do dossel através de podas. A estrutura do dossel afeta diretamente o desenvolvimento da planta, modificando a superfície foliar exposta à radiação solar que é responsável pelo acúmulo de carboidratos no sistema radicular. A quantidade de carboidratos de reserva pode influenciar diretamente a fertilidade das gemas, o vigor da planta e a produtividade do ciclo seguinte. O presente trabalho teve como objetivo avaliar o efeito da superfície foliar de videiras \'Niágara Rosada\', conduzidas no sistema em espaldeira com diferentes comprimentos dos ramos produtivos, na produção e no acúmulo de carboidratos de reserva no sistema radicular. Realizou-se dois experimentos com videiras conduzidas em sistema de espaldeira, nos ciclos produtivos de 2016 e 2017, na cidade de Piracicaba-SP. No primeiro experimento, após os ramos atingirem 100 cm de altura, foi realizado o desponte nas alturas de 80 e 60 cm. O segundo experimento, foi composto por cinco tratamentos: Desponte com 100 cm de altura, desponte com 70 cm após o ramo alcançar 100 cm de altura, desponte com 50 cm após o ramo alcançar 100 cm de altura, desponte com 70 cm e desponte com 50 cm. Em ambos os experimentos, o comprimento dos ramos produtivos não interferiu na qualidade dos frutos e na produção. Entretanto, no primeiro experimento, como o número de cachos deixados por planta foi muito alto, as plantas com ramos de 60 cm tiveram uma redução no acúmulo de amido no sistema radicular o que afetou a brotação de gemas e formação de cachos no ciclo seguinte. No segundo experimento, todos os tratamentos de desponte proporcionaram a mesma qualidade e produção, e por ter sido deixado uma quantidade de dois cachos por ramo, o acúmulo de amido no final do ciclo produtivo foi similar entre os tratamentos. / The vine cv. Niagara Rosada is the main table cultivar produced in the state of São Paulo, Brazil. This cultivar is rather conducted in the Vertically Shoot-Positioned by the low implantation cost and for allowing canopy manipulation through pruning. The structure of the canopy directly affects the development of the vine, modifying the leaf surface exposed to the solar radiation that is responsible for the accumulation of carbohydrates in the root system. The amount of reserve carbohydrates can directly influence the fertility of the buds, the vigor of the plant and the productivity of the next season. The aim of this work was to evaluate the effect of the leaf surface of cv. Niagara Rosada vines, conducted in the Vertically Shoot-Positioned with different lengths of productive branches, in the production and accumulation of reserve carbohydrates in the root system. Two experiments were carried out with grapevines conducted in a vineyard system, in the productive cycle of 2016 and 2017, in Piracicaba-SP. In the first experiment, after the branches reached 100 cm in height, the shoot was performed at heights of 80 and 60 cm. The second experiment was composed of five treatments: Top with 100 cm high, with 70 cm after the branch reach 100 cm high, with 50 cm after the branch reach 100 cm high, with 70 cm 50 cm. In both experiments, the length of productive branches did not interfere in fruit quality and yield. However, in the first experiment, as the number of bunches left per vines was very high, the vines with branches of 60 cm had a reduction in the starch accumulation in the root system, which affected the bud budding and the formation of bunches in the next season. In the second experiment, all the shoot treatments provided the same quality and production, and because a quantity of two bunches was left per branch, the starch accumulation at the end of the productive cycle was similar between the treatments.
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Estudo da acumulação e caracterização de sedimentos em sarjetas de vias urbanas

PEREIRA JUNIOR, José Arimathea 10 July 2014 (has links)
O processo de urbanização tem como consequências a introdução de novas fontes poluidoras e a alteração do ambiente natural com por áreas impermeáveis que acumulam poluentes nos períodos entre os eventos de chuva. Nesse processo destaca-se a poluição decorrente da lavagem de sedimentos acumulados sobre as sarjetas que serão carreados para os corpos hídricos através do sistema de drenagem de águas pluviais. Neste trabalho foram analisados sedimentos secos coletados nas sarjetas de um loteamento no Município de Poços de Caldas, MG durante o período de 21 de maio a 27 de agosto de 2013. O objetivo geral dessa pesquisa é investigar o processo de acumulação de sedimentos secos sobre superfícies impermeáveis, sua caracterização e a relação da ocupação urbana na produção de sedimentos secos. Especificamente objetivou-se quantificar a massa média de sedimentos acumulados; caracterizar a distribuição granulométrica dos sedimentos acumulados; identificar a ocorrência dos metais traço Zn, Cu, Ni, Cd, Cu e Pb presentes nas frações de diâmetro menor ou igual a 63mm. Os sedimentos foram coletados através de varrição a seco em seções de 1m2. As amostras obtidas foram pesadas visando análises de massa acumulada e peneiradas em malhas de diâmetros 63mm; 125mm; 250mm; 600mm; 1180mm e 2000mm para análise granulométrica. As amostras da fração de diâmetro menor do que 63mm foram submetidas a análises através de Espectrometria de Fluorescência de Raios X por Dispersão de Energia (EDXRF) e Espectrometria de Emissão Óptica por Plasma Acoplado Indutivamente (ICP-OES) para o identificação dos metais traço. Foi verificado que massa de sedimentos acumulados varia no tempo e no espaço sendo influenciada especialmente pelas condições de ocupação das áreas de amostragem. Foi concluído que a aplicação do método de varrição a seco possibilitou a obtenção de amostras em condições de serem analisadas. Verificou-se que as zonas com maior área de lotes construídos apresentaram o maior acúmulo de sedimentos secos enquanto áreas sem ocupação apresentaram menor massa sedimentos acumulados. A análise das curvas granulométricas das amostras demonstrou que a granulometria média (d50) encontra-se na faixa granulométrica de areia média. As análises de metais permitiram identificar a presença de metais traço presentes na área estudada: Cr (735,2mg.m-2), Cd (137,9mg.m-2); Pb (3676mg.m-2); Zn (2297,5mg.m-2); Ni (1072,5mg.m-2) Cu (495mg.m-2); As (2722,5mg.m-2) e Sn (825mg.m-2). / The urbanization process has consequences as the introduction of new sources of pollution and changes in the natural environment, as the increase of impervious areas that accumulate pollutants between rainfall events. The pollution caused by washing of accumulated sediment on the gutters which will be carried to water bodies through the stormwater drainage system, stands out in this process. In this study dried sediments collected in the gutters of a new housing development in the city of Poços de Caldas (state of Minas Gerais, Brazil) were analysed. Field work took place during the period of 21.05.2013 to 27.08.2013. Main goal of this study was to investigate the process of accumulation of dry sediments on impervious surfaces, characterize the sediments and find how this process relates with the urban occupation. More specific goals were to quantify the average mass and characterize the granulometric distribution of accumulated sediments and identify the occurrence of trace metals Zn, Cu, Ni, Cd, Cu and Pb in the fraction of sediments with diameter smaller or equal to 63μm. The sediments were collected by dry-sweeping in areas of 1m2. The samples were weighed to find the aggregate mass and then sieved through meshes of 63μm, 125μm, 250μm, 600μm, 1180μm, and 2000μm for the granulometric analysis. Samples of the sediment fraction smaller than 63mm of diameter were subjected to analysis by Energy Dispersive X-Ray Fluorescence (EDXRF) and Inductively Coupled Plasma Optical Emission Spectrometry (ICP-OES) for the identification of trace metals. It was found that the aggregate mass of accumulated sediments varies in time and space and is particularly influenced by the land use of the sampling areas. It was concluded that the dry-sweeping method allowed to obtain samples which were able to be analysed. Areas with the largest area of construction showed to have the highest accumulation of dry sediments while unoccupied areas had the lower values. The granulometric curves showed that the average particle size (d50) is in the “average sand” particle size range. The metals analysis allowed to identify the presence of trace metals in the studied area: Cr (735.2 μg.m-2), Cd (137.9 μg.m-2); Pb (3676 μg.m-2); Zn (2297.5 μg.m-2); Ni (1072.5 μg.m-2) Cu (495 μg.m-2); As (2722.5 μg.m-2) and Sn (825 μg.m-2).
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Nutrição nitrogenada (15N) em soja convencional e transgênica sob aplicação do herbicida glifosato / Nitrogenous nutrition in conventional and transgenic soybean under application of herbicide glyphosate

Figueiredo, Leila Aparecida 07 August 2009 (has links)
O glifosato é o herbicida mais usado mundialmente em aplicações após a emergência das plantas daninhas, antes da semeadura ou emergência das culturas. Muitos trabalhos têm sido realizados para entender seu modo de ação, mas poucos com a finalidade de estudar seu efeito sobre as populações microbianas do solo, como a população de Bradyrhizobium japonicum e a conseqüente ação do produto sobre taxas de Fixação Biológica de Nitrogênio (FBN). Pouca ênfase também tem sido dada aos efeitos do produto sobre o acúmulo de macronutrientes em variedades de soja. Com isso, o presente trabalho teve como objetivo estudar a ação do herbicida glifosato sobre a nutrição nitrogenada em soja convencional e transgênica, avaliando, para tanto, acúmulo de nutrientes, nodulação e taxas de FBN, fotossíntese e transpiração. Foram utilizadas as variedades de soja convencional, BRS Conquista e a transgênica, BRS Valiosa. Foram utilizadas as doses 0, 2, 4, 8, 16 e 32\'mü\'M L-1 do herbicida glifosato em solução nutritiva e aplicação foliar. As plantas foram coletadas no estádio R3, época do florescimento pleno e R8, após o enchimento dos grãos e os seguintes parâmetros foram analisados: produção de massa seca, taxas de fotossíntese e transpiração, acúmulo de macro e micronutrientes, nodulação, atividade da enzima nitrogenase e taxa de FBN. Observou-se que a variedade Conquista foi severamente afetada em todos os parâmetros estudados, com exceção das taxas de fotossíntese e transpiração. Na variedade Valiosa observou-se que a produção de massa seca e taxas de fotossíntese e transpiração não foram afetadas; o acúmulo de Cu e Zn sofreu redução com as doses aplicadas do produto em solução, no entanto, não houve resposta para o acúmulo dos demais nutirentes analisados: N, P, K, Ca, Mg, S, B, Fe e Mn. Houve redução na atividade da enzima nitrogenase no tratamento 32\'mü\'M L-1, entretanto as taxas de FBN não foram prejudicadas na Valiosa. Concluiu-se que o herbicida glifosato afetou negativamente a variedade Conquista, mas teve pouca ação sobre os parâmetros analisados para a variedade Valiosa / Glyphosate is the most used herbicide throughout the world in post-emergent applications of weed species, before sowing or emergence of the cultures. Many works have been performed to understand the way of action of this herbicide, but few with the purpose to study its effect on the microbial populations of the soil, as the Bradyrhizobium japonicum population and the consequent action of the product on Biological Nitrogen Fixation rates (BNF). Little emphasis also has been given to the effect of this product on the macronutrients accumulation in soybean varieties. Thus, the present work aimed to study the action of the ghyphosate on the nitrogenous nutrition in conventional and tolerant soybean, though the nutrients accumulation, nodulation and BNF rates. Two contrast varieties of soybean were tested, one sensitive (BRS Conquista) and one tolerant (BRS Valiosa), in six different doses o the herbicide (0, 2, 4, 8, 16 and 32\'mü\'M L-1) in nutritional solution and foliar application. The plants were collected in the R3 soybean developmental stage (full bloom) and R8, after grains filing and the following parameters were analyzed: dry mass production, photosynthesis and transpiration rates, accumulation of nutrients, nodulation, nitrogenase activity and BNF rates. It was observed that the variety Conquista was severely affected in all the parameters studied, excepted for photosynthesis and transpiration rates. It was also observed that in the Valiosa variety the dry mass production, photosynthesis and transpiration rates were not affected; the Cu and Zn accumulation was reduced with the application of higher doses of the product in solution, however, the other nutrients (N, P, K, Ca, Mg, S, B, Fe, Mn) did not show any difference in accumulation. There was a reduction in the nitrogenase activity in the 32\'mü\'M L-1 treatment, however the BNF rates were not affected in the Valiosa variety. It was concluded that the herbicide ghyphosate had a negative effect in the variety Conquista, but it had little action on the parameters analyzed for the variety Valiosa
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Desempenho agronômico, características morfofisiológicas e valor nutritivo da forragem de quatro genótipos de amendoim forrageiro sob corte / Agronomic performance, morphological and physiological characteristics and nutritive value of four forage peanut cultivars under cut

Ferreira, Aliedson Sampaio 07 October 2014 (has links)
A diversificação de pastagens em conjunto com menor dependência de insumos de alta energia, como a adubação mineral em sistemas de produção de forragem é uma alternativa promissora para o desenvolvimento dessa indústria. No entanto, a falta de informações sobre as características morfológicas e fisiológicas de muitas forrageiras promissoras, tais como as leguminosas, limita a utilização racional e gestão adequada deste recurso. Estudos morfológicos, fisiológicos e características agronômicas de leguminosas forrageiras são importantes para caracterizar seus padrões de crescimento, bem como para descrever o seu desenvolvimento e produção. A fim de estabelecer uma base para o uso de cultivares de amendoim forrageiro e verificar a adaptação e o potencial destes materiais para as condições Sudeste do Brasil, este estudo foi elaborado para descrever e explicar a morfologia, fisiologia e respostas agronômicas, bem como características estruturais do pasto e valor nutritivo da forragem de quatro genótipos de amendoim forrageiro (Arachis pintoi (Krapov. & WC Gregory) submetidos a duas frequências de corte. O estudo foi realizado em Piracicaba, São Paulo, Brasil. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, em esquema fatorial 4x2 (cultivares Mandobi, Amarillo, Belmonte, e Alqueire-1, colhidas a cada 28 ou 42 dias a 10 cm), com três repetições, totalizando 24 unidades experimentais. As variáveis medidas incluíram a produção de forragem, atributos estruturais do dossel, incluindo altura, índice de área foliar, interceptação luminosa, composição morfológica e valor nutritivo. O acúmulo total de forragem na estação (5,8 Mg MS ha-1) e taxa de acúmulo (52 kg MS ha-1 dia-1) foram maiores sob o cronograma de colheita de 28 dias. A cultivar Belmonte apresentou a maior produtividade (8,1 Mg MS ha-1) e taxa de acúmulo (69 kg MS ha-1 d-1) de todos os genótipos. O IAF médio na pré-colheita (4,5) e interceptação luminosa (97%) não variou em resposta à frequência de colheita. A concentração de proteína bruta da forragem foi maior aos 28 dias (253 g kg-1) e a cultivar Belmonte apresentou maiores concentrações (265 g kg-1) do que Mandobi e Amarillo. As concentrações de fibra em detergente neutro (FDN) não variaram com a frequência de colheita nem cultivar Belmonte apresentou maior concentração de FDN (369 g kg-1) do que Alqueire-1 (337 g kg-1). A produção de folhas e pecíolos não variou em função da frequência de colheita e Belmonte teve a maior produção de folhas (6,0 Mg MS ha-1) e pecíolos (2,6 Mg MS ha-1). Belmonte teve melhor desempenho agronômico com maior interceptação de luz e IAF, resultando em maior acúmulo total de forragem. A produção total de forragem foi maior em frequências de corte menores e a cultivar Belmonte obteve maior produção e taxa de acúmulo de forragem. A maturidade do amendoim forrageiro afetou valor nutritivo da forragem aos 28 dias de frequência de corte, resultando em melhor forragem. / The diversification of pastures together with lower dependence on high energy inputs such as mineral fertilization in forage-livestock systems is a promising alternative in the development of this industry. However, the lack of information on morphological and physiological characteristics of many promising forages such as legumes limits the rational utilization and adequate management of this resource. Studies morphological, physiological, and agronomic characteristics of forage legumes are important to characterize their growth patterns as well as to describe their growth, development and production. In order to establish a basis for the use of forage peanut genotypes and to ascertain the adaptation and the potential of these materials to the southeastern conditions of Brazil, this study was devised to describe and explain the morphological, physiological, and agronomic responses as well as the sward structural characteristics, and forage nutritive value of four forage peanut (Arachis pintoi (Krapov. & W.C. Gregory) genotypes submitted to two harvest frequencies. The study was conducted in Piracicaba, São Paulo, Brazil. The experimental design was completely randomized in a 4x2 factorial design (genotypes Mandobi, Amarillo, Belmonte, and Alqueire-1, harvested every 28 or 42 days at 10 cm), with three replications, totalling 24 experimental units. Responses measured included forage yield, canopy structural attributes, including height, leaf area index, light interception and plant-part composition and nutritive value. Total warm-season forage accumulation production (5,8 Mg MS ha-1) and accumulation rate (52 kg DM ha-1 d-1) were higher under the 28-d harvest schedule. The Belmonte cultivar showed the highest yield (8,1 Mg MS ha-1) and accumulation rate (69 kg DM ha-1 d-1) of all genotypes. The mean pre-harvest LAI (4,5) and light interception (97%) did not vary in response to harvest frequency. The forage crude protein concentration was higher at 28 days (253 g kg-1) and cultivar Belmonte forage had higher concentrations (265 g kg-1) than Mandobi and Amarillo. The concentrations of neutral detergent fiber did not vary with harvest frequency and Belmonte forage had higher NDF (369 g kg-1) than Alqueire-1 (337 g kg-1). Production of leaves and petioles did not vary as a function of harvest frequency, and Belmonte had the highest yield of leaves (6,0 Mg MS ha-1) and petioles (2,6 Mg MS ha-1). Belmonte had better agronomic performance with higher light interception andLAI, resulting in higher total forage accumulation. Harvest frequency impact yield characteristics and can modify sward architecture. Plant maturity affected forage nutritive value, with the 28-d schedule resulting in better forage.,

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