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ESTUDO DE ISOLADOS CLÍNICOS DE Pseudomonas aeruginosa E Acinetobacter spp. MULTIRRESISTENTES DO HOSPITAL UNIVERSITÁRIO DE SANTA MARIA / CLINICAL STUDY OF ISOLATED Pseudomonas aeruginosaANDAcinetobacter spp. MULTIRESISTANT THE UNIVERSITY HOSPITAL SANTA MARIA

Santos, Silvana Oliveira dos 21 March 2014 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter spp. are non-fermenting Gram negative bacilli (NF-BGN), unable to use carbohydrates as an energy source through fermentation, are considered opportunistic and have great clinical importance in Related to Health Care Infections (HAIs). The high resistance to antimicrobials that these species present is attributed to a number of factors such as selective pressure of antimicrobials, inadequate empirical antimicrobial therapy, long periods of hospitalization and patient-related factors. A total of 102 isolates from the University Hospital of Santa Maria (HUSM) were studied with 63 Pseudomonas aerugionosa and 39 Acinetobacter spp.. The assessment of their sensitivity profile was performed using the standard disc diffusion method. Comparing the two genus, in this study, P. aeruginosa showed higher sensitivity than Acinetobacter spp. the antimicrobials tested. P. aeruginosa showed 85,7% sensitivity to polymyxin B and Acinetobacter spp. 41,0% to tetracycline.The mechanism of chromosome AmpC searched by the phenotypic test for beta-lactamase induction in Group 1 was only detected in P. aeruginosa (68,2%). None of the samples showed beta-lactamase extended spectrum (ESBL) evaluated the test of synergism or bringing the disks. Among P. aeruginosa, 57,1% were simultaneously sensitive to imipenem and meropenem, with these carbapenem-resistant strains were 100% sensitive to polymyxin B and tobramycin 61,5%. In the genus Acinetobacter only 15,4% were susceptible to imipenem and 17,9% to meropenem, but resistant to this class samples showed 100% sensitivity to polymyxin B and 59,4% to tetracycline. Multidrug resistance to antimicrobials detected this nosocomio mainly isolates of Acinetobacter spp. shows the importance of monitoring the sensitivity profile for the promotion of patient safety with the introduction of effective empiric treatment, and to constitute an attempt to minimize bacterial resistance. / Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter spp. são bacilos Gram negativos não fermentadores (BGN-NF), incapazes de utilizar carboidratos como fonte de energia através da fermentação, são considerados oportunistas e possuem grande importância clínica nas Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS). A elevada resistência aos antimicrobianos que estas espécies apresentam atribui-se a uma série de fatores como pressão seletiva dos antimicrobianos, terapia antimicrobiana empírica inadequada, longos períodos de hospitalização e fatores relacionados ao paciente. Um total de 102 isolados do Hospital Universitário de Santa Maria (HUSM) foram estudados sendo 63 Pseudomonas aerugionosa e 39 Acinetobacter spp.. A avaliação do seu perfil de sensibilidade foi realizada utilizando o método convencional de difusão do disco. Comparando os dois gêneros, neste estudo, P. aeruginosa apresentou maior sensibilidade que Acinetobacter spp., frente aos antimicrobianos testados. P. aeruginosa mostrou 85,7% de sensibilidade à polimixina B e Acinetobacter spp. 41,0% à tetraciclina. O mecanismo de AmpC cromossômica, pesquisado através do teste fenotípico de indução de beta-lactamase do Grupo 1, somente foi detectado em P. aeruginosa (68,2%). Nenhuma das amostras apresentou beta-lactamase de espectro estendido (ESBL) avaliado pelo teste do sinergismo ou da aproximação dos discos. Entre as P. aeruginosa, 57,1% apresentaram sensibilidade simultânea ao imipenem e meropenem, sendo que as cepas resistentes a estes carbapenêmicos foram 100% sensíveis à polimixina B e 61,5% à tobramicina. No gênero Acinetobacter somente 15,4% foram sensíveis ao imipenem e 17,9% ao meropenem, mas as amostras resistentes a esta classe apresentaram 100% de sensibilidade à polimixina B e 59,4% à tetraciclina. A multirresistência aos antimicrobianos detectada neste nosocômio, principalmente dos isolados de Acinetobacter spp. mostra a importância do monitoramento do perfil de sensibilidade para a promoção da segurança do paciente com a instituição do tratamento empírico efetivo, além de constituir-se numa tentativa de minimização da resistência bacteriana.
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Tratamento de infecções causadas por Acinetobacter spp. resistente a carbapenem / Treatment of infections caused by multi-drug resistant Acinetobacter spp.

Maura Salaroli de Oliveira 14 March 2008 (has links)
O gênero Acinetobacter tem sido implicado em grande variedade de infecções hospitalares, principalmente em Unidades de Terapia Intensiva. O tratamento de infecções por Acinetobacter spp. é geralmente realizado com imipenem embora não haja ensaios clínicos randomizados que embasem esta recomendação. No caso de resistência a esta classe, situação cada vez mais freqüente, as opções mais estudadas são as polimixinas e ampicilinasulbactam. Diante da escassez de dados sobre o assunto, estudos que avaliem o tratamento de infecções por Acinetobacter spp resistente a carbapenem são necessários. Realizou-se um estudo de coorte retrospectivo de pacientes com infecção causada por Acinetobacter spp. resistente a carbapenem, internados no Instituto Central do Hospital das Clínicas (HC-FMUSP) e no Hospital do Servidor Público Estadual (HSPE) no período de 1996 a 2004. Foram considerados como casos os pacientes com diagnóstico de infecção hospitalar baseado em critérios estabelecido pelo Centers for Disease Control and Prevention (CDC) somado ao isolamento de Acinetobacter spp. resistente a carbapenem obtidos de materiais estéreis ou lavado bronco-alveolar.Não foram incluídos casos de infecção do trato urinário. Foi realizada a análise dos prontuários dos pacientes e foram coletadas informações clínico-demográficas, tratamento utilizado, sinais, sintomas e exames auxiliares no diagnóstico da infecção e no decorrer do tratamento. Foram avaliados três desfechos: mortalidade até o final do tratamento, mortalidade até o final da internação e evolução clínica. Oitenta e dois pacientes (30%) receberam polimixina B ou E, oitenta e cinco (31%) foram tratados com ampicilina-sulbactam, 99 (36%) não receberam tratamento específico. As características clínico-demográficas dos grupos foram semelhantes. A mortalidade durante a internação foi de 78% e boa resposta clínica foi observada em 50% dos pacientes tratados. Na análise multivariada de fatores associados à má evolução clínica, início do tratamento após 72 horas do isolamento e piora da função renal durante o tratamento foram estatisticamente significativos. Pontuação de Apache II >= 15, início do tratamento após 72 horas do isolamento; piora da função renal durante o tratamento; presença de choque séptico e uso de polimixina foram variáveis associadas com óbito até o final do tratamento. As variáveis independentemente associadas com óbito durante a internação foram: idade >= 58 anos, presença de choque séptico no dia do início do tratamento e pontuação de Apache II >=15. Concluiu-se que para o tratamento de infecções causadas por Acinetobacter spp. resistente a carbapenem, ampicilinasulbactam foi superior a polimixinas considerando mortalidade durante o tratamento. / Acinetobacter spp. is a cause of a number of infections, mainly in the ICU setting. Antimicrobials drugs frequently reported as active against Acinetobacter spp include carbapenems, colistin, ampicillin/sulbactam, amikacin, rifampin and tetracyclines and currently carbapenens are considered the main antimicrobial treatment. Unfortunately, over the past years there has been a worldwide increase in infections caused by carbapenem-resistant Acinetobacter. This poses a therapeutic challenge as few treatment options are avaible. We performed a retrospective review of the case records of patients from 1996 to 2004 who had nosocomial infections caused by carbapenem-resistant Acinetobacter spp. from 2 large teaching hospitals. Diagnosis of infection was based on CDC criteria plus the isolation of Acinetobacter from a usually sterile site or from broncoalvelolar lavage. Urinary tract infections were not included. We collected data on demographic and clinical features, treatment, signs and symptoms from medical records. We evaluate 3 outcomes: mortality until the end of treatment, in-hospital mortality and clinical outcome. Eighty two patients received polymyxins (30%), 85 were treated with ampicilin-sulbactam (31%) and 99 (36%) did not receive any of these antibiotics. The demographic and clinical characteristics of the groups were similar. Multivariate analysis showed that treatment with polymyxins, Apache II score >= 15; septic shock; treatment delay and renal failure were independent predictors of mortality. On multivariate analysis, age >= 58 years, presence of septic shock and Apache II score >=15 were prognosis factors for mortality during hospitalization. Multiple logistic regression analysis revealed that Apache II >=15 and renal failure during treatment were associated with treatment failure. In conclusion, ampicillin-sulbactam was superior to polymyxin considering mortality during treatment.
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Detecção de genes de resistência de Acinetobacter baumanii e Pseudomas aeruginosa multirresistentes e caracterização clínica dos pacientes em hospital público de Sergipe / Detection of Acinetobacter baumannii resistance genes and multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa and clinical characterization of patients in public hospital in Sergipe

Santos, Fernanda Lays Souza Góes 30 September 2015 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Infections caused by Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa multiresistant are responsible for high morbidity and mortality, failure of drug therapy, increased hospital stay and consequently the financial impact on the health system. However, while the occurrence of these bacteria to configure a public health problem, numerous studies reveal that it is scarce information about the resistance genes present in multi-drug resistant bacteria. This reality associated with the negative impact of these on society, justifies the importance of detecting the resistance genes of A. baumannii and P. aeruginosa multiresistant and clinically characterize patients from a public hospital in Sergipe. It is an analytical prospective cohort study and a quantitative approach. The collection of clinical data of patients was carried out through a specifically designed form. Strains of A. baumannii were subjected to PCR for identification of resistance genes (blaIMP, blaVIM, blaSIM, bla OXA-51, blaOXA-58, blaOXA-23 and blaOXA-24) and P. aeruginosa the blaSPM genes, blaVIM, blaIMP, blaKPC. Descriptive analyzes were performed, the Chi-square and Fisher exact tests, with 5% significance level. The software used was R version 3.1.2. The sample consisted of 119 patients. Of the 43 patients with P. aeruginosa isolates, 33 were male (76.7%) with mean age of 46.2 years. Twenty-eight were admitted to the ICU (65.1%) and 13 (30.2%) diagnosed with head trauma (TBI). Of the 76 patients with isolates of A. baumannii, 59 (77.6%) were male, mean age of 44.4 years. Fifty patients (65.8%) were from the ICU and 18 (23.7%) diagnosed with TBI. The median number of days of hospitalization was statistically significant between bacteria. Among the isolation sites, there is urine to P. aeruginosa, with 16 samples (37.2%) and tracheal aspirate for A. baumannii with 32 (42.1%) strains. A urinary catheter was the most used device in patients with isolates of A. baumannii (93.4% - 71) and the central venous catheter in patients with P. aeruginosa (93% - 40). All patients with P. aeruginosa isolates made use of carbapenems and 98.6% (75) of A. baumannii. It found statistically significant differences between bacteria in the use of aminoglycosides, 3rd generation cephalosporins and tigecycline. In P. aeruginosa was no significant difference in the use of oxacillin and cephalosporins of 1st and 3rd generations and polymyxin in the various sectors of the hospital. All the samples of A. baumannii and P. aeruginosa were susceptible to colistin, ranging between MIC <= 0.5 and 2. The majority (55.8% - 24) patients with P. aeruginosa and A. baumannii (52.6% - 40) died. Among the 76 strains of A. baumannii, 56 (73.6%) had concomitant both blaOXA-51 and blaOXA-23 genes. Among the 43 strains of P. aeruginosa, 28 (65.1%) had the blaSPM gene. It was concluded that the A.baumannii was more frequent than P. aeruginosa. There was a significant predominance of Pseudomonas and Acinetobacter in the urine in tracheal aspirates. Carbapenems was widely used throughout the hospital stay of patients with Acinetobacter and Pseudomonas isolates in different hospital departments. Most Pseudomonas strains showed blaSPM resistance gene and Acinetobacter blaOXA-23 genes and blaOXA-51 concurrently. The mortality of patients with Acinetobacter and Pseudomonas was greater than 50%. / As infecções causadas por Acinetobacter baumannii e Pseudomonas aeruginosa multirresistentes são responsáveis pela alta morbidade e mortalidade, falência da terapia medicamentosa, aumento do período de internação e consequentemente impacto financeiro no sistema de saúde. Todavia, embora a ocorrência destas bactérias se configure um problema de saúde pública, inúmeros estudos revelam que é escasso o conhecimento acerca dos genes de resistência presentes nas bactérias multirresistentes. Essa realidade associada ao impacto negativo destas na sociedade, justifica a importância de detectar os genes de resistência de A. baumannii e P. aeruginosa multirresistentes e caracterizar clinicamente os pacientes de um hospital público de Sergipe. Trata-se de um estudo analítico de coorte prospectiva e abordagem quantitativa. A coleta dos dados clínicos dos pacientes foi realizada através de um formulário especificamente elaborado. As cepas de A. baumannii foram submetidas à técnica PCR para identificação dos genes de resistência (blaIMP, blaVIM, blaSIM, bla OXA-51, blaOXA-58, blaOXA-23 e blaOXA-24) e em P. aeruginosa os genes blaSPM, blaVIM, blaIMP, blaKPC. Foram realizadas análises descritivas, os testes de Qui-Quadrado e Exato de Fisher, com nível de significância de 5%. O software utilizado foi o R versão 3.1.2. A amostra foi constituída de 119 pacientes. Dos 43 pacientes com isolados de P.aeruginosa, 33 eram do sexo masculino (76,7%), com idade média de 46,2 anos. Vinte e oito estavam internados na UTI (65,1%) e 13 (30,2%) com diagnóstico de trauma crânio encefálico (TCE). Dos 76 pacientes com isolados de A. baumannii, 59 (77,6%) era do sexo masculino, média de idade de 44,4 anos. Cinquenta pacientes (65,8%) eram procedentes da UTI e 18 (23,7%) com diagnóstico de TCE. A mediana de dias de internamento foi estatisticamente significante entre as bactérias. Dentre os sítios de isolamento, destaca-se a urina para P. aeruginosa, com 16 amostras (37,2%) e o aspirado traqueal para A. baumannii com 32 (42,1%) cepas. A sonda vesical foi o dispositivo mais usado nos pacientes com isolados de A. baumannii (93,4% - 71) e o cateter venoso central nos pacientes com P. aeruginosa (93% - 40). Todos os pacientes com isolados de P.aeruginosa fizeram uso dos carbapenêmicos e 98,6% (75) dos A. baumannii. Foi encontrado diferença estatisticamente significante entre as bactérias quanto ao uso dos aminoglicosídeos, cefalosporinas de 3ª geração e tigeciclina. Em P. aeruginosa houve diferença significativa no uso da oxacilina e cefalosporinas de 1ª e 3ª gerações e polimixina nos diversos setores do hospital. Todos as amostras de A. baumannii e P. aeruginosa apresentaram sensibilidade à colistina, com variação da MIC entre < = 0,5 e 2. A maioria (55,8% - 24) dos pacientes com P. aeruginosa e A. baumannii (52,6% - 40) foram a óbito. Dentre as 76 cepas de A. baumannii, 56 (73,6%) apresentaram concomitantemente os dois genes blaOXA-51 e blaOXA-23. Dentre as 43 cepas de P. aeruginosa, 28 (65,1%) apresentaram o gene blaSPM. Concluiu-se que o A.baumannii foi mais frequente do que a P.aeruginosa. Houve predomínio significante da Pseudomonas na urina e do Acinetobacter na secreção traqueal. Os carbapenêmicos foi amplamente utilizado ao longo da internação dos pacientes com isolados de Acinetobacter e Pseudomonas nos diversos setores do hospital. A maioria das cepas de Pseudomonas apresentaram gene de resistência blaSPM e Acinetobacter os genes blaOXA-23 e blaOXA-51 concomitantemente. A mortalidade dos pacientes com Acinetobacter e Pseudomonas foi superior a 50%.
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Atividade de micocinas produzidas por Wickerhamomyces anomalus frente às cepas multirresistentes de Acinetobacter baumannii / Mycocin activity produced by Wickerhamomyces anomalus against multidrug-resistance strains of Acinetobacter baumannii

Junges, Daniele Schaab Boff 08 March 2018 (has links)
Submitted by Rosangela Silva (rosangela.silva3@unioeste.br) on 2018-05-25T12:38:46Z No. of bitstreams: 2 Daniele Schaab Boff Junges.pdf: 1381190 bytes, checksum: 1006e297cb0095fbdf1ae5c2a265f559 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-25T12:38:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Daniele Schaab Boff Junges.pdf: 1381190 bytes, checksum: 1006e297cb0095fbdf1ae5c2a265f559 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-03-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The killer system is the production of substances by yeast killer able to inhibit other microorganisms, this occurs in the natural environment as a way of competition between species by ensuring nutrients. Wickerhamomyces anomalus is a producer of yeast mycocin widely distributed in the environment and resistant to extremes of pH, temperature and osmolarity. Due to these characteristics, this yeast has been used in various industrial processes, especially in the food industry to control contaminants microorganisms. Its action is considered to be minimally toxic to human cells and low potential to induce microorganisms resistance, characteristics that makes the mycocins of W. anomalus an interesting candidate for medical application. Acinetobacter baumannii is a worldwide concern due to its multiresistance, having a high mortality rate and morbidity, especially in hospital environments. This study had as objective to determine the antimicrobial action of mycocins produced by W. anomalus against multiresistant strains of A. baumannii and to evaluate the toxicity of these compounds. The supernatants of WA40, WA45 and WA92 were tested on A. baumannii using the methods of broth microdilution, solid medium test and viability of A. baumannii. To evaluate the toxicity, was made the test of hemolysis and brine shrimp toxicity test. Results evidenced the antimicrobial activity of mycocins of W. anomalus, since even at high dilutions they were able to inhibit A. baumannii. In solid medium, it was possible to observe the formation of zone of inhibition when testing WA40, WA45 and WA92 on A. baumannii, and finally, the viability test showed that in only 3 hours the mycocins of WA45 were able inhibit 100% of the multidrug-resistant cells of A. baumannii followed by 4 h for WA40 and 6 h for WA92. The three supernatants were not cytotoxic when tested on human erythrocytes and Artemia salina. Thus, the micocins of W. anomalus were effective in this study and can be used in the development of new antimicrobial substances. / O sistema killer consiste na produção de substâncias por leveduras killer capazes de inibir outros microrganismos. Isso ocorre no habitat natural como uma forma de competição entre as espécies pela garantia de nutrientes. Wickerhamomyces anomalus é uma levedura produtora de micocinas amplamente distribuída no ambiente e resistente a condições extremas de pH, temperatura e osmolaridade. Devido a essas características, esta levedura vem sendo utilizada em vários processos industriais, principalmente na indústria alimentícia como controle de microrganismos contaminantes. Sua ação é considerada minimamente tóxica às células humanas e de baixo potencial à indução de resistência aos microrganismos, características que tornam as micocinas de W. anomalus interessantes candidatas à aplicação médica. Acinetobacter baumannii é uma preocupação mundial devido à sua multirresistência, tendo por isso alta taxa de mortalidade e morbidade, principalmente em ambientes hospitalares. Este trabalho teve como objetivo verificar a ação antimicrobiana de micocinas produzidas por W. anomalus frente a cepas multirresistentes de A. baumannii e avaliar a toxicidade destes compostos. Os sobrenadantes de WA40, WA45 e WA92 foram testados sobre A. baumannii utilizando os métodos de microdiluição em caldo, testes em meio sólido e viabilidade de A. baumannii. Para avaliar a toxicidade, fez-se os testes de hemólise e de toxicidade em Artemia salina Leach. Resultados evidenciaram a atividade antimicrobiana de micocinas de W. anomalus, uma vez que, mesmo altamente diluídas, elas foram capazes de inibir A. baumannii. Em meio sólido, foi possível observar a formação de zona de inibição ao testar micocinas de WA40, WA45 e WA92 sobre A. baumannii. E por fim, o teste de viabilidade mostrou que em apenas 3 h as micocinas de WA45 foram capazes de inibir 100% das células multirresistentes de A. baumannii, seguido de 4 h para WA40 e 6 h para WA92. Os três sobrenadantes não foram citotóxicos quando testados sobre hemácias e Artemia salina. Sendo assim, as micocinas de W. anomalus mostraram-se efetivas neste estudo e podem ser utilizadas no desenvolvimento de novas substâncias antimicrobianas.
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Resistência aos carbapenêmicos e virulência de Acinetobacter baumannii e Pseudomonas aeruginosa isolados de um serviço de saúde terciário

Dias, Vanessa Cordeiro 18 December 2015 (has links)
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-05-04T14:54:05Z No. of bitstreams: 1 vanessacordeirodias.pdf: 2034556 bytes, checksum: 89059620f1b31c4177f6ae487a15c672 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-06-07T15:33:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vanessacordeirodias.pdf: 2034556 bytes, checksum: 89059620f1b31c4177f6ae487a15c672 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-07T15:33:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vanessacordeirodias.pdf: 2034556 bytes, checksum: 89059620f1b31c4177f6ae487a15c672 (MD5) Previous issue date: 2015-12-18 / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / As bactérias Gram-negativas não fermentadoras, como Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter baumannii, estão amplamente disseminadas no ambiente e estão cada vez mais associados a infecções nosocomiais graves. O uso extensivo e indiscriminado de antibióticos tem contribuído para um aumento do número de infecções causadas por A. baumannii e P. aeruginosa resistentes a uma grande variedade de agentes antimicrobianos, incluindo β-lactâmicos. O objetivo deste trabalho foi avaliar características fisiológicas e moleculares da resistência aos carbapenêmicos em P. aeruginosa e A. baumannii isolados em um hospital terciário. A partir de estudos com amostras clínicas de pacientes admitidos num hospital terciário foram isolados, em 2012, A. baumannii (n=44) e P. aeruginosa (n=28) resistentes aos carbapenêmicos e em 2013, P. aeruginosa (n=19) e A. baumannii (n=44) com igual fenótipo. As amostras bacterianas recuperadas em 2012 foram submetidas a testes de susceptibilidade aos antimicrobianos. Marcadores genéticos relacionados com a síntese de β-lactamases blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51, blaOXA-58 e blaOXA-143 foram testados por PCR. A partir das linhagens isoladas no estudo de 2013, testes fisiológicos foram realizados para avaliar a atividade hemolítica, estresse oxidativo, tolerância aos biocidas, formação de biofilme e determinação da resistência aos antimicrobianos. Marcadores genéticos relacionados com a síntese de β-lactamases (ampC, blaKPC, blaSIM, blaIMP, blaSPM-1, blaVIM, blaGIM, blaOXA e blaNDM-1), sistemas de efluxo (adeB, mexB, mexD, mexF e mexY) e perda de porina (oprD) foram pesquisados por PCR. Foram analisados dados epidemiológicos de todos os pacientes avaliados. No estudo de 2012, a polimixina B foi a única droga eficaz para todos os isolados. Os marcadores genéticos foram observados apenas em isolados de Acinetobacter. O genótipo mais frequente observado foi blaOXA-23+/blaOXA-51+ (45,5%), seguido por blaOXA-51+/blaOXA-143+ (41%). Os genes blaOXA-24 e blaOXA-58 não foram detectados. Uma elevada taxa de mortalidade foi observada (> 70%) entre os pacientes. No estudo de 2013, idade avançada, predomínio de indivíduos internados em UTI, uso de dispositivos médicos invasivos, como cateter venoso, tratamento anterior com fluoroquinolonas ou ß-lactâmicos em combinação com um inibidor da β-lactamase e estadia prolongada no hospital foram fatores predisponentes para infecção por estes microrganismos. Colistina demonstrou atividade, in vitro, contra todas as amostras bacterianas avaliadas. Tigeciclina foi também efetiva para linhagens de A. baumannii. P. aeruginosa resistente aos carbapenêmicos não foi capaz de produzir hemolisinas. Essas linhagens foram menos tolerantes ao estresse oxidativo e alguns biocidas, mas mostraram um aumento da capacidade de formação de biofilme em relação aos isolados sensíveis. Os principais mecanismos de resistência presentes em linhagens de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos foi síntese de oxacilinases (OXA-23, OXA-51 e OXA-143), ausência de oprD e presença de bomba de efluxo (AdeABC). Em P. aeruginosa foram encontrados genes para bombas de efluxo (MexAB-OprM, MexCD-OprJ, MexEF-OprN, MexXY-OprM), blaSPM-1, além de ausência de oprD. Estes resultados confirmam a dificuldade de manejo terapêutico de pacientes com infecções associadas a microrganismos multirresistentes, com impacto direto na mortalidade e controle epidemiológico dessas linhagens nos centros de saúde. / The non-fermenting Gram-negative bacteria, such as Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii are widespread in the environment and are increasingly associated with severe nosocomial infections. Extensive and indiscriminate use of antibiotics has contributed to an increased number of infections caused by A. baumannii and P. aeruginosa that are resistant to a wide variety of antimicrobials, including β-lactams. This study aimed to evaluate physiological and molecular characteristics of carbapenem resistance in P. aeruginosa and A. baumannii. From studies with clinical samples from patients admitted to a tertiary hospital, were isolated in 2012 A. baumannii (n=44) and P. aeruginosa (n=28) resistant to carbapenems and in 2013, P. aeruginosa (n=19) and A. baumannii (n=44) with similar phenotype. The bacterial samples recovered in 2012 were submitted to antibiotic susceptibility testing. Genetic markers related to β-lactamases synthesis blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51, blaOXA-58 and blaOXA-143 were screened by PCR. From strains recovered in the 2013 study, physiological tests were performed to evaluate hemolytic activity, oxidative stress, biocides tolerance and biofilm formation, besides determination of antimicrobial resistance patterns. Genetic markers related to β-lactamases synthesis (ampC, blaKPC, blaSIM, blaIMP, blaSPM-1, blaVIM, blaGIM, blaOXA and blaNDM-1), efflux systems (adeB, mexB, mexD, mexF and mexY) and loss of porin (oprD) were screened by PCR. Epidemiological data about all of these patients were analyzed. In the 2012 study, polymyxin B was the only effective drug for all isolates. Genetic markers were observed only in Acinetobacter isolates. The most frequent genotype observed was blaOXA-23+/blaOXA-51+ (45,5%), followed by blaOXA-51+/blaOXA-143+ (41%). The genes blaOXA-24 and blaOXA-58 were not detected. High mortality rate (> 70%) between the pacients was observed. In a prospective study, advanced age, predominance of individuals hospitalized in ICU, use of invasive medical devices, such as venous catheter, previous treatment with fluoroquinolones or β-lactams in combination with β-lactamase inhibitor and prolonged stay in hospital were predisposing factors for infection by these microorganisms. Colistin has shown activity, in vitro, against all assessed bacterial samples. Tigecycline was also effective for strains of A. baumannii. Carbapenem-resistant P. aeruginosa was not able to produce hemolysin. These strains were less tolerant to oxidative stress and some biocides, but they showed increased ability of biofilm formation in relation to susceptible isolates. The major mechanisms of carbapenems resistance present in A. baumannii strains was oxacilinases synthesis (OXA-23, OXA-51 and OXA-143), oprD absence and efflux pump presence (AdeABC). In P. aeruginosa was found genes encoding efflux pumps (MexAB-OprM, MexCD-OprJ, MexEF-OprN, MexXY-OprM) and blaSPM-1; besides oprD absence. These results confirm the difficulty of therapeutic management of patients with infections associated with multidrug resistant microorganisms, with direct impact on mortality and epidemiological control of multidrug-resistant strains in health centers.
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Caracterização molecular e fenotípica de amostras bacterianas pertencentes ao complexo Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii / Molecular and phenotypic characterization of Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii isolates

Elizabeth Harummyy Takagi 31 August 2011 (has links)
Nos últimos 30 anos, Acinetobacter tornou-se um dos patógenos de maior preocupação clínica pela falta de terapias eficazes em virtude do fenótipo de multirresistência frequentemente apresentado. Dentre as espécies do gênero Acinetobacter, A. baumannii, A. genoespécie 3 e A. genoespécie 13TU são as mais comumente encontradas a partir de amostras biológicas. Estas espécies ao lado de A. calcoaceticus constituem o complexo A. calcoaceticus-A. baumannii (ACB). Este estudo propõe um esquema composto de duas PCRs para a identificação das espécies de interesse médico que fazem parte do complexo ACB. O método é simples, rápido e, além de identificar as espécies, permite pesquisar a presença de genes de resistência. Foram identificadas 515 amostras do complexo ACB, isoladas de pacientes no período de janeiro de 2005 a dezembro de 2010. A identificação das espécies do complexo ACB foi realizada por esquema composto de duas reações de PCR. Foram avaliados os perfis de sensibilidade por disco difusão e a pesquisa da presença dos genes blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaIMP, blaVIM, blaSIM, blaSPM e blaGIM foi realizada por PCR utilizando-se iniciadores específicos. No grupo de amostras estudas, 82,5% são A. baumannii (425), 11,5% A. genoespécie 13TU (59) e 6,0% A. genoespécie 3 (30), sendo A. baumannii mais isolado em pacientes internados em UTIs (p=0,0407) e A. genoespécie 13TU mais isolado em pacientes de outros ambientes hospitalares (p=0,0204). A. baumannii apresentou menor sensibilidade a todos os antimicrobianos quando comparado com A. genoespécie 13TU e A. genoespécie. 3 (p<0,05). Foi possível observar ao longo do período estudado o aumento significativo da resistência aos carbapenêmicos e da sensibilidade a gentamicina por A. baumannii entre os isolados de pacientes de UTIs (p<0.05). Nenhum dos genes codificadores para metalo-lactamases foi detectado nas amostras estudadas Dentre os cepas resistentes aos carbapenêmicos (176) o gene blaOXA-23 foi detectado em 81,25% e uma amostra de A. baumannii apresentou o gene codificador para OXA-72. A tipagem molecular foi realizada por RAPD e para os isolados resistentes aos carbapenêmicos também por PFGE. Resultados obtidos por RAPD revelaram menor diversidade entre os isolados de pacientes internados em UTIs. O dendrograma obtido utilizando-se PFGE separou dois clones cujos componentes eram resistentes aos carbapenêmicos, no entanto não apresentavam o gene blaOXA-23-like. A produção de acil-homoserina lactona, autoindutor-2 e autoindutor-3 de três amostras de cada espécie clínica do complexo ACB foi pesquisada utilizando-se bioensaios. Apenas Autoindutor 3 foi detectado por bioensaio e em menor quantidade no meio précondicionados obtido a partir de A. genoespécie 3 quando comparado com A. genoespécie 13TU e A. baumannii (p<0.05). Três cepas de cada espécie clínica do complexo ACB foi avaliada quanto a capacidade de adesão em monocamada de células Hep-2, MRC-5 e NCI-H292, sendo essa última a que revelou diferenças entre as espécies clínicas do complexo ACB. A. baumannii apresentou adesão difusa, A. genoespécie 13 TU adesão com formação de agrupamentos e A. genoespécie 3 não aderiu. Esse mesmo ensaio foi realizado na presença de propanolol e notou-se a diminuição de células aderidas por campo observado. Dez cepas de cada espécie clínica do complexo ACB foram pesquisadas quanto a produção de biofilme por ensaio colorimétrico utilizando cristal violeta e foi possível notar a produção significativa de biofilme por A. baumannii, quando comparado com A. genoespécie 3 (p<0.05). Esse mesmo ensaio na presença de de fentolamina, mostrou a diminuição significativa na produção do biofilme por A. baumannii. A interferência no ensaio de adesão bacteriana e biofilme, na presença de fentolamina ou propanolol, sugerem o envolvimento do autoindutor-3 na regulação desses mecanismos de virulência. / The genus Acinetobacter has emerged as one of the most troublesome pathogens for health care institutions globally. Its clinical significance, especially over the last 15 years, has been driven by its remarkable ability to up regulate or acquire resistance determinants, making it one of the organisms threatening the current antibiotic era. A. baumannii, A. 3 and A. 13TU are the most commonly species found from biological samples. These species beside A. calcoaceticus are very closely related and difficult to distinguish from each other by phenotypic properties. Therefore, it has been proposed to refer to these species as the A.calcoaceticus-A. baumannii complex(ACB). In the period from 2005 to 2009, the most frequent bacterial isolates among the nosocomial infection at the HU-USP was ACB (18%). Due to the frequency with which species are involved in ACB outbreaks of infection in the HU-USP and the emergency clinic because of expression of the phenotype of resistance to several classes of antibiotics, this study aimed to identify and characterize the species of complex ACB by molecular methods, to study their mechanisms of resistance and to characterize the different clones from patients admitted to different hospital areas. Furthermore, the ability to characterize biofilm formation, adhesion to different cell lines as well as the mechanisms of cell-cell communication were analyzed. From the ACB complex, 515 samples were identified, isolated from patients from January 2005 to December 2010. The identification of clinical species of the ACB was performed by molecular methods that were developed and validated for identification of Acinetobacter sp. include two reactions of PCR. The profiles of sensibility were evaluated by disc diffusion and the detection of the presence of genes blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaIMP, blaVIM, blaSIM, blaGIM, and blaSPM were performed using specific primers. Molecular typing was performed by RAPD and isolates resistant to carbapenems also by PFGE. The production of autoinducers of three clinical species complex was sought using bioassays with sensor strains. The ability adhesion was evaluated in monolayer of Hep-2 cells, MRC-5 and NCI-H292E. Ten clinical strains of each species of ACB complex were screened for the production of biofilms by colorimetric assay using crystal violet. Among all the strains studied, 82.5% were A. baumannii (425), 11.5% A.13TU (59) and 6.0% A. 3 (30). A. baumannii strains were more isolated from intensive care unit (ICU) patients (p = 0.0407) and A. 13TU from other patients in different hospital settings (p = 0.0204). A. baumannii showed less sensitivity to all drugs when compared with A. 13TU and A.3 (p <0.05). It was possible to observe during the study period a significant increase in carbapenem resistance and sensitivity to gentamicin by A. baumannii isolates from patients in ICUs (p <0.05). No genes coding for metallo-lactamase was detected in the samples studied. blaOXA-23 gene was detected in 81.25% among the 176 strains resistant to carbapenems. Results obtained by RAPD revealed less diversity among isolates from ICU patients compared to isolates from patients from other hospitals. The dendrogram obtained by PFGE showed less diversity than RAPD It was unable to detect homoserine lactone and autoinducer-2 by bioassay. The survey was positive of autoinducer-3 observed differences in yield among clinical species, smaller amount produced by strains of A. 3 when compared with A. 13TU and A. baumannii (p <0.05). Among the cells studied in adhesion testing, line NCI-H292 showed the greatest power discrimination between adhesion pattern observed and species of the ACB. A. baumannii showed diffuse adherence, A. 13 TU strains showed adhesion clustering and A. 3 did not adhere. This experiment was repeated in the presence of 100 &#181;M of propranolol and it was noted a decrease in cell A. 13TU and A. baumannii adhered per field observed. The biofilm assay showed significantly higher production of biofilms by A.baumannii compared with A. 3 (p <0.05). When the test was conducted in the presence of phentolamine at 100&#181;M, it was observed a significant decrease in the biofilm productions by A. baumannii, which revealing the involvement of the autoinducer-3 in biofilm production. The data obtained suggest that the proposed method of identification is a method for identification of species of medical interest belonging to the ACB complex which could be used in a routine laboratory. The method is simple, fast and beside the identification species, provides data about the resistance genes. Moreover, it revealed that the isolates of A. baumannii are more resistant and OXAbla genes, that was restricted to the ACB complex studied in this work. A. baumannii has also increased capacity for adhesion and biofilm formation, which regulates the expression of the phenotype may be linked to the production of autoinducers-3.
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Análise molecular de mecanismos determinantes de resistência a antibióticos em Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter ssp. / Molecular evaluation of the mechanisms that determine antimicrobial resistance in Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter spp.

Eduardo Carneiro Clímaco 19 August 2011 (has links)
P. aeruginosa e espécies de Acinetobacter são causas comuns de diversas infecções em pacientes hospitalizados, principalmente nos internados em centros de tratamento intensivo. Além disso, esses microrganismos se destacam por apresentarem resistência, intrínseca e adquirida, a várias classes de antibióticos, conferindo à bactéria fenótipos de multirresistência e panresistência. O objetivo deste estudo foi avaliar a participação de integrons (elementos genéticos que carreiam genes de resistência), de genes codificadores de metalo--lactamases, da perda de porinas (canais protéicos da membrana externa), e da atividade de efluxo aumentada, como determinantes do fenótipo de multirresistência e panresistência. Foram estudadas 147 P. aeruginosa e 57 Acinetobacter spp. isolados de pacientes hospitalizados no Hospital Universitário da Universidade Federal de Juiz de Fora, no período de 2003 a 2006. O perfil de sensibilidade destes isolados foi determinado por disco de difusão e utilizado para classificá-las como multirresistentes (MDR) e não multirresistentes (n-MDR). A variabilidade clonal dos isolados foi investigada por PFGE. Os isolados pertencentes aos grupos MDR e n-MDR foram investigados quanto a presença de integrons de classe 1, 2 e 3, por PCR e análise de RFLP. Os cassetes gênicos contidos nestes integrons, assim como genes codificadores de carbapenemases (ex. IMP, VIM e SPM), foram detectados por PCR e identificados por seqüenciamento. Avaliação da expressão gênica de bombas de efluxo (mexB, mexY, mexD e adeB) e de porina (OprD) foi conduzida por real-time RT-PCR. Os dados apresentados para os isolados do grupo MDR foram comparados àqueles do grupo n-MDR e a associação entre os determinantes de resistência e o fenótipo MDR foi calculada estatisticamente. Fenótipo de multiresistência foi observado em 42,2% e 84,2% das P. aeruginosa e Acinetobacter spp. estudadas. Nenhum isolado bacteriano apresentou fenótipo panresistente. Em 65 (44,2%) dos isolados de P. aeruginosa, foram detectados integrons de classe 1. Esses elementos apresentaram relação estatisticamente significativa com fenótipos MDR em P. aeruginosa. Entretanto, a maioria desses integrons não carreava nenhum cassete gênico (43/65) ou continham apenas cassetes gênicos de resistência a aminoglicosídeos (19/65). Entre os isolados de Acinetobacter spp., 11 (17,5%) apresentaram integrons de classe 1 e 30 (47,6%) integrons de classe 2. Apenas os últimos foram estatisticamente associados com fenótipos MDR. A pesquisa de metalo--lactamase (MBL) revelou a produção de enzimas SPM em 24 isolados de P. aeruginosa. Os estudos de expresão gênica demonstraram que, entre os sistemas de efluxo mais relatados para P. aeruginosa, MexXY-OprM foi o que mostrou maior diferença entre o nível de expressão dos grupos MDR e n-MDR, sugerindo que este sistema de efluxo desempenha importante papel no fenótipo MDR. Diminuição, em média de 66,4%, da produçãode OprD também foi um padrão encontrado nos isolados MDRem relação aos n-MDR. Dois grupos clonais de P. aeruginosa e dois de Acinetobacter spp. foram predominantes e tiveram relação com presença de integrons, produção de SPM-1 e com fenótipo MDR. Portanto, esse fenótipo pode ser consequência de acúmulo de determinantes de resistência em clones específicos. / The non-fermenting pathogenic bacteria Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter spp. are important causes of nosocomial infections. Theses species are often associated with a multidrug resistance (MDR) phenotype, due to intrinsic and acquired resistance genes. Some determinants of resistance, such as integrons, carbapenemases, overexpression of efflux systems and porins loss may be associated with the MDR phenotype. The aim of this study was to evaluate the association of non-MDR and MDR phenotypes in P. aeruginosa and Acinetobacter spp. to the presence of integrons and carbapenemases encoding genes, the overexpression of mexY, mexB, mexD and adeB genes and loss of the outer membrane protein, OprD. These resistance determinants were evaluated in 147 P. aeruginosa and 57 Acinetobacter spp., isolated from in-patients of University Hospital of UFJF. Isolates with different PFGE and non-susceptibility profiles were grouped according to MDR or non-MDR phenotypes. PCR and real-time RT-PCR were used to investigate the presence of class 1, 2 and 3 integrons and carbapenemase encoding genes and the expression of mexY, mexB, mexD and adeB efflux pumps and OprD porin, respectively. Class 1 integrons were one of the most common genetic elements present in MDR P. aeruginosa (44,2%), but the phenotype could not be attributed to these elements, since they showed empty (43/65) or only aminoglycoside gene cassettes (19/65). Class 2 integrons were the most common genetic elements in MDR Acinetobacter spp., and this association was statistically significant. SPM encoding gene was the only carbapenemase gene found in P. aeruginosa and, predominantly, in the PFGE cluster A. Expression of MexXY-OprM determined by real-time RT-PCR was the highest variable between MDR and non-MDR P. aeruginosa isolates (almost 10-fold). Reduction of 66.4% in OprD expression was observed in MDR P. aeruginosa, in comparison with non-MDR ones. It is concluded that the most important genetic determinants in the MDR phenotype of P. aeruginosa were SPM-1 production, followed by MexXY-OprM over expression and diminished production of OprD, while class 2 integrons was the most important genetic determinant of MDR phenotype in A. baumannii.
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Caracterização fenotípica e genotípica de Acinetobacter spp. e Pseudomonas aeruginosa produtores de carbapenemases / Phenotypic and genotypic characterization of carbapenemase-producing Acinetobacter spp. e Pseudomonas aeruginosa.

Pereira, Mayne de Oliveira 25 May 2017 (has links)
A resistência bacteriana a antibióticos é um grave e crescente problema de saúde pública de âmbito mundial. O principal, e mais eficiente, mecanismo de resistência aos &#946-lactâmicos em bacilos Gram-negativos é a produção de &#946-lactamases, que possuem a capacidade de hidrolisar o anel &#946-lactâmicos e consequentemente inativar essa classe de antibióticos. Vale ressaltar, que atualmente os antibióticos &#946-lactâmicos são os mais utilizados clinicamente, particularmente em infecções graves. Dentre as &#946-lactamases existentes destacam-se as carbapenemases, enzimas capazes de inativar a maioria dos antibióticos &#946-lactâmicos. Uma grande preocupação é o fato dessas enzimas, em sua maioria, serem codificadas por plasmídeos, o que propicia a disseminação desses genes de resistência; portanto, é de extrema importância a realização de um rápido e efetivo monitoramento da presença de patógenos portadores desses genes de resistência, para que assim se possa prevenir a disseminação desses determinantes. Foram incluídos neste estudo 230 amostras únicas de Acinetobacter e Pseudomonas aeruginosa resistentes a imipenem detectados em pacientes internados em hospitais privados da cidade de São Paulo durante o período de fevereiro a outubro de 2013. As amostras foram avaliadas quanto à hidrólise de imipenem por espectrofotometria, quanto à presença de genes de carbapenemases por PCR e sequenciamento, e quanto à clonalidade por eletroforese em campos pulsados (PFGE) ou ERIC-PCR. Foram realizados ensaios de conjugação, transformação e sequenciamento completo de plasmídeos. Dentre as amostras de Acinetobacter spp. 80% (88) foram capazes de hidrolisar o imipenem. Dentre esses 76,1% (67) foram positivos para blaOXA-51-like, 19,3% (17) foram positivos para blaOXA-72. blaOXA-23, blaOXA-482 e blaIMP-1 foram detectados isoladamente em isolados distintos. O gene blaIMP-1 foi detectado em A. ursingii inserido em integron de classe 1 e representa a primeira descrição no Brasil. Uma nova carbapenemase OXA-482-like foi detectada em A. baumanii. Utilizando-se ERIC-PCR, observou-se uma grande diversidade de grupos clonais, com o máximo de quatro isolados por grupo. Dentre as amostras de P. aeruginosa, apenas 35,3% foram capazes de hidrolisar o imipenem. Dessas amostras, 14 possuíam o gene blaSPM-1, e isolados únicos possuíam, individualmente, os genes blaIMP, blaVIM, blaKPC-2 ou blaGES-23. O gene blaKPC-2 foi detectado inserido em contexto genético diferente dos descritos anteriormente, em plasmídeo IncU de 32 Kb, mobilizável, mas não conjugativo. Esta é a primeira descrição da sequencia completa de plasmídeo albergando o gene blaKPC-2 em P. aeruginosa no Brasil. Nas demais amostras (20) com atividade hidrolítica, não foram detectados genes de carbapenemase conhecidos, o que sugere a presença de genes de carbapenemase ainda não descritos. Em três amostras foi possível obter transformantes com plasmídeos, resistentes a carbapenêmicos. As amostras com blaSPM-1 apresentaram perfis de PFGE estreitamente relacionados. Em contraste, os perfis de PFGE das amostras com potenciais novas carbapenemases apresentaram índice de similaridade de Dice inferior ix a 80%, evidenciando grande diversidade clonal. Nossos achados evidenciam que a carbapenemase não intrínseca predominante em Acinetobacterem hospitais privados da cidade de São Paulo é OXA-72, e em hospitais privados há uma grande diversidade clonal. Em P. aeruginosa, a carbapenemase predominante é SPM-1, cuja disseminação é mediada por um único clone. Há potencialmente um número significativo de novas carbapenemases em Acinetobacter e P. aeruginosa, algumas delas mediadas por plasmídeos. / Bacterial resistance to antibiotics is a serious and growing public health problem worldwide. The main and most efficient mechanism of resistance to &#946-lactams in Gram-negative bacilli is the production of &#946-lactamases, which have the ability to hydrolyze the &#946-lactam ring and consequently inactivate this class of antibiotics. It is worth mentioning that currently &#946-lactam antibiotics are the most used clinically, particularly in severe infections. Among the existing &#946-lactamases, carbapenemases are capable of inactivating most &#946-lactam antibiotics. A major concern is that these enzymes are mostly encoded by plasmids, which facilitates the spread of these resistance genes; therefore, it is of extreme importance to carry out a rapid and effective monitoring of the presence of pathogens bearing these resistance genes, in order to prevent the dissemination of these determinants. This study included 230 unique samples of imipenem-resistant Acinetobacterand Pseudomonas aeruginosa detected in patients hospitalized in private hospitals in the city of São Paulo during the period from February to October 2013. The samples were evaluated for the imipenem hydrolysis by spectrophotometry, the presence of carbapenemase genes by PCR and sequencing, and concerning clonality by pulsed field electrophoresis (PFGE) or ERIC-PCR. Conjugation, transformation and complete sequencing of plasmids were performed. Among Acinetobacter spp. samples, 80% (88) were able to hydrolyze imipenem. Among these, 76.1% (67) were positive for blaOXA-51-like genes and 19.3% (17) were positive for blaOXA-72. The blaOXA-23, blaOXA-482 and blaIMP-1 genes were detected alone in distinct isolates. The blaIMP-1 gene was detected in A. ursingii inserted in class 1 integron and represents the first description in Brazil. A novel OXA-482-like carbapenemase was detected in A. baumanii. Using ERIC-PCR, a great diversity of clonal groups was observed, with a maximum of four isolates per group. Among P. aeruginosa samples, only 35.3% were able to hydrolyze imipenem. Of these samples, 14 had the blaSPM-1 gene, and single isolates individually possessed the blaIMP, blaVIM, blaKPC-2 or blaGES-23 genes. The blaKPC-2 gene was found inserted in a genetic context different from those described previously, in a mobilizable, but not conjugative, 32 Kb IncU plasmid. This is the first description of the complete nucleotide sequence of a plasmid harboring the blaKPC-2 gene in P. aeruginosa in Brazil. In the remaining samples (20) with hydrolytic activity, no known carbapenemase genes were detected, suggesting the presence of carbapenemase genes not yet described. In three samples it was possible to obtain transformants with plasmids, resistant to carbapenems. Samples with blaSPM-1 showed closely related PFGE profiles. In contrast, the PFGE profiles of the samples with potential new carbapenemases showed Dice similarity index lower than 80%, evidencing a great clonal diversity. Our findings show that the predominant non-intrinsic carbapenemase in Acinetobacter in the city of São Paulo is OXA-72, and in private hospitals there is great clonal diversity. In P. aeruginosa, the predominant carbapenemase is SPM-1, the spread of this enzyme is mediated by a single clone. There are potentially a significant number of new carbapenemases in Acinetobacter and P. aeruginosa, some of them plasmid mediated.
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Comparação de métodos para detecção de sinergismo in vitro de antibióticos contra bactérias gram-negativas multirresistentes / Comparison of methods for detection in vitro synergism antibiotics of multiresistant gram-negative bacteria

Gaudereto, Juliana Januario 07 February 2019 (has links)
Nos últimos anos a incidência de infecções causadas por bactérias Gram-negativas multirresistentes aumentou expressivamente. Esse fenômeno não foi acompanhado pelo desenvolvimento de novos antimicrobianos, resultando em infecções cuja opção de tratamento é a combinação de antimicrobianos. Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa e Serratia marcescens são importantes agentes de infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS), e capazes de adquirir resistência a várias classes de antimicrobianos, como os carbapenêmicos e polimixinas. Os testes que avaliam sinergismo in vitropodem ser uma ferramenta importante na escolha do tratamento antibiótico adequado para infecções causadas por microrganismos multirresistentes. O objetivo deste estudo foi avaliar métodos de sinergismo in vitroque possam ser utilizados na rotina de laboratórios de microbiologia clínica como alternativa ao método considerado padrão ouro (time-kill). Foram selecionados para o estudo 48 isolados Gram-negativos não fermentadores (20 A. baumannii e 28 P. aeruginosa) e 14 fermentadores (S. marcescens) do banco de cepas do LIM-54 com diferentes mecanismos de resistência identificados por PCR e sequenciamento total do genoma. Foram realizados, concentração inibitória mínima dos antimicrobianos e avaliação do sinergismo pelos métodos time-kill (TK), disco aproximação (DA) e CIM:CIM razão.A concordância dos métodos foi avaliada por teste de kappa e os resultados discordantes foram classificados em tipos de erros baseado no FDA.Os isolados apresentaram alta proporção de resistência a meropenem e 7 isolados de A. baumanniiapresentaram resistência a colistina. A combinação de colistina com fosfomicina ou meropenem apresentou elevado efeito sinérgico para os isolados de A. baumanniiresistentes a colistina pelo DA e TK. Por outro lado, a combinação de fosfomicina-meropenem apresentou concordância boa pelo teste de kappa e baixo número de erros entre os métodos TK e DA para todos os isolados de A. baumannii. Para os isolados de P. aeruginosa não foram detectados efeitos sinérgicos pelos métodos DA e CIM:CIM razão.O método CIM:CIM razão apresentou alta concordância com o TK entre os isolados de A. baumannii resistentes a colistina. A combinação ceftazidima-avibactam com meropenem apresentou elevado efeito sinérgico para os isolados de S. marcescensportadores do gene blaKPC-2 pelo DA e TK. O método de DA apresentou uma boa correlação com o TK para a combinação de fosfomicina-meropenem e ceftazidima-avibactam-meropenem, com baixa porcentagem de erros menores, podendo ser utilizado para avaliar sinergismo in vitro para essas combinações. Não foi identificado no estudo efeito antagônico, portanto, foram encontrados somente erros menores / In recent years, the incidence of infections caused by multiresistant Gram-negative bacteria has increased. This event has not been accompanied by the development of new antimicrobials, resulting in infections which treatment option is the combination of antimicrobials. Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa and Serratia marcescens are important causesof Hospital Acquired Infection (HAI), and able to acquire resistance to multiple classes of antimicrobials, such ascarbapenems and polymyxins. Synergism testing may be an important tool in choose the appropriate antibiotic treatment. The aim of this study was to evaluate in vitro synergism methods that can be used in a clinical microbiology laboratory as an alternative to the method considered the gold standard (time-kill).For the study were selected 48 non-fermenting (20 A. baumannii and 28 P. aeruginosa)and 14 fermenting(S. marcescens) Gram-negativeisolates from LIM-54strains bench with different resistance mechanisms identified by PCR and total genome sequencing.Minimum antimicrobial inhibitory concentration and synergism evaluation by time-kill (TK), disk approximation (DA) and MIC: MIC ratio were performed. Agreement of the methods was evaluated by kappa test and the discordant results were classified in types of errors based on the FDA. The isolates showed high proportion of resistant to meropenem and 7A. baumannii isolates showed resistance to colistin. The combination of colistin with fosfomycin or meropenem showed high synergistic effect for colistin-resistant A. baumannii isolates by DA and TK.On the other hand, the combination of fosfomycin-meropenem showed good concordance by kappa test and low number of errors between TK and DA for all A. baumannii isolates.For P. aeruginosa isolates no synergistic effects were detected by DA and MIC: MIC ratio.The method MIC: MIC ratio showed high concordance with the TK among the colistin-resistant A. baumannii isolates.The combination ceftazidime-avibactam with meropenem showed high synergistic effect for the isolates of S. marcescenscarryingblaKPC-2 gene by DA and TK. The DA showed a good agreement with TK for the combination of fosfomycin-meropenem and ceftazidime-avibactam-meropenem, with a low percentage of minor errors, and could be used to evaluate synergism in vitro for these combinations
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Epidémiologie et régulation des intégrons de classe 1 chez Acinetobacter Baumannii / Epidemiology and regulation of class 1 integrons in Acinetobacter baumannii

Couve-Deacon, Elodie 14 December 2017 (has links)
Acinetobacter baumannii est un pathogène opportuniste qui prend une importance clinique croissante du fait de l’acquisition de multi-résistance. Nous avons étudié chez A. baumannii les caractéristiques et la régulation des intégrons de classe 1 (IM1) qui sont des systèmes génétiques favorisant l’acquisition, l’expression et la dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques. Nous avons montré qu’il existe une prédominance des promoteurs des cassettes Pc fort in vivo dans une collection d’isolats cliniques et d’environnement hospitalier et in silico dans les IM1 chez A. baumannii. Nous avons aussi montré que l’expression des Pc chez A. baumannii est 4 fois plus faible que chez E. coli, quel que soit le variant de Pc. Deux explications sont possibles pour la sélection des Pc forts chez A. baumannii : (i) la nécessité d’avoir un niveau d’expression suffisant en clinique pour survivre à la pression de sélection antibiotique et (ii) la nécessité d’une régulation de l’expression de l’intégrase, représentant un coût biologique important. En effet, A. baumannii ne possède pas le système de répression par LexA existant chez E. coli. Nos résultats ouvrent le champ de l’étude de la régulation des IM1 chez A. baumannii et ainsi l’identification de nouvelles voies d’action pour lutter contre l’antibio-résistance / Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen of increasing clinical importance due to the acquisition of multi-resistance. We studied in A. baumannii the characteristics and regulation of class 1 integrons (IM1), which are genetic systems that favor the acquisition, expression and dissemination of antibiotic resistance genes. We have shown that there is a predominance of strong Pc cassette promoters, in vivo, in a collection of clinical and hospital environment isolates, and in silico, from A. baumannii IM1 published in NCBI. We have also shown that the expression of Pc in A. baumannii is 4-fold lower than in E. coli, regardless of the Pc variant. Explanations that can be raised for the selection of strong Pc in A. baumannii are: (i) the need for a sufficient level of antibiotic resistance expression to survive the selection pressure in clinical environment; and (ii) the need for regulation of the integrase expression, which is of significant biological cost. Indeed A. baumannii does not have the LexA repression system existing in E. coli. Our results open the field of the study of IM1 regulation in A. baumannii and thus the identification of new pathways to fight antibiotic resistance.

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