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Molecular Dynamics Simulation of Calbindin D-9k in apo, Singly and Doubly Loaded States in Various Side-chains

Thapa, Mahendra B. 10 October 2016 (has links)
No description available.
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Computational Structure Activity Relationship Studies on the CD1d/Glycolipid/TCR Complex using AMBER and AUTODOCK

Nadas, Janos Istvan 29 September 2009 (has links)
No description available.
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"That’s what abusers do, not victims" : En kvalitativ innehållsanalys av Johnny Depps fans kriskommunikation på sociala medier under rättegången Depp vs Heard. / "That’s what abusers do, not victims" : A qualitative content analysis of Johnny Depp's fans' crisis communication on social media during the Depp vs Heard trial.

Falk, Emelie, Olsson, Anna January 2024 (has links)
In the aftermath of #MeToo, Amber Heard chose to share her experiences of sexual abuse and violence in the relationship with Johnny Depp in an article. Depp denied the allegations and claimed that the accusations were fabricated and therefore chose to sue Heard for defamation. The defamation trial between the ex-spouses began in 2022 and received much attention since it was broadcast live to the public. The lawsuit quickly went viral on social media where Depp's fans constructed and spread favorable narratives on Depp's behalf in order to restore his reputation. The purpose of the study is to examine, from a gender perspective, how fans of a public figure crisis communicated on social media during an ongoing trial following accusations of intimate partner violence. This is achieved by a qualitative content analysis where posts published by Depp's fans during the trial are analyzed based on the theories of postfeminism and Image Repair Theory. The study concluded that both Depp and Heard are portrayed based on male and female attributes to relate to the roles of victim and perpetrator more clearly. Heard is blamed and mocked, while Depp is celebrated and respected. Furthermore, there are also narratives that connect to misogynistic ideas that are hidden by, for example, discussions about equality and can be seen as a backlash against feminist successes. / I efterdyningarna av #MeToo valde Amber Heard att dela med sig av sina erfarenheter av sexuella övergrepp och våld i förhållandet med Johnny Depp i en debattartikel. Depp förnekade anklagelserna och menade att de var fabricerade och valde därför att stämma Heard för förtal. Förtalsrättegången mellan de forna makarna inleddes 2022 och fick stor uppmärksamhet eftersom den livesändes inför allmänheten. Rättegången blev snabbt viral på sociala medier där Depps fans konstruerade och spred fördelaktiga narrativ å Depps vägnar i syfte att återupprätta hans rykte. Syftet med studien är att utifrån ett genusperspektiv undersöka hur fans till en offentlig person kriskommunicerat på sociala medier under en pågående rättegång efter anklagelser om våld i nära relation. Detta genomförs med en kvalitativ innehållsanalys där inlägg publicerade av Depps fans under tiden för rättegången analyseras utifrån teorierna postfeminism och Image Repair Theory. Studiens resultat visade att både Depp och Heard porträtteras utifrån manliga och kvinnliga attribut för att tydligare anknyta till rollerna som offer och förövare. Heard blir skuldbelagd och hånad, medan Depp blir hyllad och respekterad. Vidare förekommer också narrativ som anknyter till kvinnofientliga idéer som döljs av exempelvis diskussioner om jämställdhet och kan ses som en motreaktion på feministiska framgångar.
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Etude par modélisation de dynamique moléculaire et spectroscopie RMN des déformations induites par la coordination du cisplatine sur l'ADN

Téletchéa, Stéphane 27 September 2005 (has links) (PDF)
Le cisplatine (ou cis-diammine, dichloro-platine) est l'un des composés chimiques les plus utilisés actuellement en chimiothérapie anticancéreuse. Depuis la description de ses propriétés anticancéreuses par B. Rosenberg en 1965 de nombreux travaux ont été effectués a n de décrire le mécanisme d'action lui conférant ses propriétés antitumorales. A travers une approche originale couplant modélisation et travail expérimental, les recherches réalisées durant ma thèse ont permis d'élucider le comportement dynamique d'un adduit platiné sur la séquence 5'-GCCG*G*GTCGC-3' / 5'-GCGACCCGGC-3' (G* représente une guanine platinée). Cette structure a été comparée à celle de l'adduit ADN-cisplatine déterminée précédemment au laboratoire sur la séquence G*G*A. Nous avons ainsi étudié l'influence d'une guanine adjacente en 3' au pontage GG-Pt sur la structure de l'adduit. Il s'agit de la première étude structurale sur un adduit du cisplatine avec la séquence GGG. Même si l'a nité de la séquence GGG et des sites contenant Gn (n>= 3) pour le platine (II) est connue depuis longtemps, ses adduits avec le cisplatine n'ont pas encore été étudiés par RMN à cause des problèmes posés par leur puri cation. Cette étude de l'adduit G*G*G par RMN a été confrontée à la description dynamique de cet adduit, calculée par simulation. La paramétrisation du champ de force parm 98 a été spéci quement a née pour mieux décrire l'environnement de l'atome du platine. La confrontation entre la simulation de l'adduit G*G*G-Pt et les données issues de l'étude par RMN a permis de valider notre paramétrisation. Pour déterminer les proportions précises des sous-états BI et BII de l'ADN, une méthode novatrice a été mise au point. Celle-ci est basée sur la combinaison de quatre distances inter-protons H2'(n)-H8(n), H1'(n)-H6/8(n+1), H2'(n)-H6/8(n+1) et H2''(n)-H6/8(n+1) qui permet de discriminer les deux sous-conformations. Ces améliorations du champ de force et de la méthode de détermination des sous-conformations BI/BII ont permis la description ne du comportement de l'adduit couplé à l'ADN, ce qui nous a servi pour étudier le mécanisme anti-tumoral du cisplatine. En effet la reconnaissance de l'ensemble cisplatine-ADN par une protéine (Lymhoïd Enhanced Factor I - LEF I) pourrait activer les voies métaboliques de la cellule cancéreuse conduisant vers l'apoptose ou vers la réparation de la tumeur. La simulation de l'ensemble ADN-protéine (sans cisplatine) a permis de présenter le mode de reconnaissance de la protéine sur la déformation ainsi que la mise en évidence de l'implication d'une molécule d'eau dans celui-ci. Les études sur le cisplatine fixé sur son ADN cible nous ayant apporté de nombreuses connaissances sur les déformations engendrées, nous avons validé la déformation structurale formée par un autre complexe de platine, le pyrazolato-bis-platine. Ce composé a été conçu de novo pour induire une déformation faible de son ADN cible a n de provoquer une réponse cellulaire différente de celle engendrée par le cisplatine. La simulation a indiqué que ce complexe induit une faible courbure de l'ADN et une déformation globale différente de celle du cisplatine, ce qui exclut le même mode de reconnaissance. Comme expérimentalement le complexe pyrazolato possède une activité anti-tumorale, les simulations effectuées suggèrent donc que le mode d'action au niveau cellulaire est différent du cisplatine. Les travaux réalisés lors de ma thèse ont permis d'améliorer la compréhension des déformations ADN-cisplatine, ADN-cisplatine-protéine et de perfectionner la description des composés platinés dans le champ de force parm 98 (puis parm 99) du logiciel de modélisation moléculaire AMBER.
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Dubbeleggade miniatyryxor : En studie om neolitiska bärnstensminiatyrer / Double-edged miniature axes : A study about neolithic miniature axes in amber

Karlsson, Amanda January 2023 (has links)
Den här studien är en utforskning av dubbeleggade miniatyryxor av bärnsten som hittas i neolitiska gravar. Tre gravplatser har presenterats: ett flatmarksgravfält i Borgeby, flatmarksgravar i Ajvide på Gotland, och tre gånggrifter i Danmark. Dubbeleggade miniatyrer av bärnsten hittas i alla. Genom att använda praktikteori och begreppet habitus är syftet att uppsatsen ska ge insikt i varför miniatyrerna uppträder i Borgeby, och vad de kan ha haft för betydelse i samhället. En komparativ metod har använts för att jämföra gravplatserna, för att undersöka om det finns några likheter eller skillnader mellan dem. Resultatet visar att människorna i Borgeby hade kontakter med omvärlden. Bärnstenen var importerad från Danmark eller inspirerad av den danska trattbägarkulturen, och gravskicket i sig är inspirerat av den gropkeramiska kulturens gravar. / The study is an examination of double-edged miniature amber axes found in neolithic graves. Three different gravesites stand at the center of the essay: a flat grave field at Borgeby in Skåne, flat graves at Ajvide on Gotland, and three different megalithic passage graves in Denmark. Double-edge miniatures in amber appear in all of them. Using practice theory and the conceptof habitus the essay aims to give an insight in why they appear at Borgeby, as well as what double-edged axes might have meant to the people depositing them in graves. A comparative analysis of the above-mentioned gravesites will also be made, to examine whether any obvious similarities or differences exist between them. The results show that people in Borgeby had connections to the surrounding world. The miniature amber objects seem to be imported from Denmark or inspired by Danish shapes, whereas the graves themselves seem to be inspired by pitted ware culture.
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Structural studies of cpTat component Tha4 in both native and synthetic membrane systems

Storm, Amanda R. 05 December 2013 (has links)
No description available.
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Étude théorique de l'extinction de fluorescence des protéines fluorescentes : champ de forces, mécanisme moléculaire et modèle cinétique

Jonasson, Gabriella 18 July 2012 (has links) (PDF)
Les protéines fluorescentes, comme la GFP (green fluorescent protein), sont des protéines naturellement fluorescentes qui sont utilisées pour leur rôle de marqueur, permettant de localiser des protéines dans les cellules et d'en suivre les déplacements. De nombreuses études expérimentales et théoriques ont été menées ces dix dernières années sur les protéines fluorescentes. De là, se forge une compréhension essentiellement qualitative du rôle de la protéine vis-à-vis de l'obtention ou non d'une émission radiative : il apparaît que la protéine permet la fluorescence en bloquant les processus qui la désactivent ; ces processus de désactivation sont très rapides et efficaces (à l'échelle de la picoseconde) dans le cas du chromophore seul, et ils sont bien identifiés comme étant des torsions autour des liaisons intercycles (tau et phi). Dans la protéine, la sensibilité des temps de vie de fluorescence à des mutations proches ou non du chromophore, à des modifications de pH ou de température laisse supposer un contrôle de la dynamique du chromophore par différents paramètres, sans qu'ils soient pour autant identifiés et mis en relation.Une étude de la dynamique de la protéine permettrait de faire la lumière sur les mécanismes responsables de ces phénomènes photophysiques pour lesquels une analyse structurale ne suffit pas. Cependant l'étude de la dynamique est limitée par la taille du système (>30 000 atomes), par l'échelle de temps des phénomènes photophysiques considérés (dizaine de nanosecondes) et par le fait que les deux torsions tau et phi sont fortement couplées dans l'état excité du chromophore. Ces trois facteurs excluent les méthodes de dynamique existantes aujourd'hui ; dynamique quantique (AIMD), dynamique mixte classique-quantique (QM/MD) et dynamique moléculaire classique (MD).Nous avons surmonté le problème par la modélisation de la surface d'énergie potentielle de torsion du chromophore à l'état excité basée sur des calculs quantiques de haute précision, par une interpolation des valeurs obtenues par une expression analytique appropriée en fonction des angles de torsion tau et phi et avec une précision suffisante pour reproduire des barrières de l'ordre de la kcal/mol, et enfin, par l'implémentation de cette expression analytique dans le programme parallèle AMBER. Une deuxième difficulté théorique concerne la simulation et l'analyse statistique d'événements peu fréquents à l'échelle de la nanoseconde, et dont on ne connait pas le chemin de réaction, ici les déformations de la protéine et du chromophore conduisant aux géométries favorables à la conversion interne. Grâce à ces développements et aux simulations qu'ils ont permises, nous avons réalisé la première modélisation de la désactivation non-radiative par conversion interne à l'échelle de la nanoseconde dans trois protéines fluorescentes différentes. L'analyse des dynamiques moléculaires classiques nous donne une évaluation quantitative des temps de vie de l'extinction de fluorescence, en accord avec les données expérimentales. Par ailleurs elle nous a permis d'identifier les mouvements moléculaires concertés de la protéine et du chromophore conduisant à cette extinction. De ces résultats, émerge une représentation plus complète du mécanisme qui libère la torsion du chromophore ou qui la déclenche : il peut venir d'un mouvement spécifique de la protéine, qui se produit à l'échelle de la nanoseconde, ou bien de plusieurs mouvements spécifiques, plus fréquents (rupture de liaisons hydrogène, rotation de chaînes latérales, dynamique d'agrégats d'eau), mais qui coïncident seulement à l'échelle de la nanoseconde. Ces mouvements spécifiques n'ont pas un coût énergétique important mais la nécessité de leur coïncidence crée un délai de l'ordre de quelques nanosecondes alors que dans le vide la torsion se produit en quelques picosecondes. Dans le cas des protéines étudiées, on a identifié en grande partie les mécanismes et les acides aminés qui sont impliqués.
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Rozšíření daunijské keramiky v Chorvatsku a Slovensku, její vliv podél Jantarové stezky do střední Evropy / Distribution of Daunian pottery in Croatia and Slovenia, its influence along the Amber Route to Central Europe.

Barresi, Lucilla January 2016 (has links)
La distribuzione della ceramica geometrica daunia in Croazia e Slovenia, la sua influenza lungo la via dell'ambra per l' Europa Centrale Dott.ssa Lucilla Barresi ABSTRACT This PhD thesis deals with Daunian pottery produced in Daunia (South Italy) during the Iron Age and its distribution in Croatia and Slovenia. A systematic analysis of the pottery stored in museums has been made for Histria, Dolenjska and Notranjska. Thanks to this approach, not only it has been possible to identify the sites where this pottery was found, but also to define its style and typology, to specify its chronology, to provide for a quantitative analysis of the findings and produce maps of distribution. As regards Daunian pottery from Liburnia and Central Dalmatia, only published findings have been analyzed mainly from the point of view their style, typology and chronology. Results of the study enabled to clarify the nature of the relations between Daunia and the eastern coast of the Adriatic Sea, the flows of distribution of the Daunian geometric pottery and to evaluate the impact of its presence on local communities. Key words: Daunian pottery, Stelae, ornaments, Iron Age, Croatia, Slovenia, Amber Route.
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Résines végétales actuelles et fossiles : origine, caractérisation chimique et évolution / Recent and fossil plant resins : origin, chemical characterization and evolution

Nohra, Youssef A. 14 December 2015 (has links)
Les travaux de cette thèse portent sur la caractérisation chimique des ambres provenant de plusieurs gisements d’âges et d’origines géographiques variés, dont certains sont inédits. Des protocoles identiques à tous les échantillons et combinant les analyses spectroscopiques (IR et RMN 13C) et chromatographiques (THM-CPG-SM) ont été appliqués, permettant d’identifier l’origine botanique des ambres et fournissant des indices pour la reconstitution des paléoenvironnements terrestres. La caractérisation chimique des gisements d’ambre du Jurassique supérieur (Kimméridgien) jusqu’au Crétacé supérieur (Santonien) du Liban, de Jordanie, du Congo, d’Equateur et de France, permet de proposer des biomarqueurs pour les résines de Cheirolepidiaceae, une famille exclusivement mésozoïque de Conifères. Une évolution des sources botaniques des résines produites durant le Mésozoïque et le Cénozoïque est alors discutée. Une production dominée par les familles de Conifères Araucariaceae et Cheirolepidiaceae est remarquée au Jurassique supérieur et Crétacé inférieur. La production au Crétacé supérieur est plutôt dominée par des Cupressaceae. Au Cénozoïque, les origines botaniques des ambres sont plus variées, et des familles d’Angiospermes sont à l’origine de nombreux gisements, dont l’ambre du Pérou produit par une Fabaceae. La production par des Conifères reste toutefois importante au Tertiaire, à l’exemple des ambres de Nouvelle-Zélande qui ont pour origine les Araucariaceae. Les données obtenues ont permis une ré-évaluation de la classification des ambres par Py-GC-MS. Ainsi, une nouvelle molécule dont la structure est inconnue encore, a été identifiée dans les chromatogrammes d’ambres de classe Ib et Ic, ajoutant un caractère discriminant entre ces deux sous-classes. Enfin, la relation âge / maturation des résines fossiles est discutée, qui dépend avant tout des conditions d’enfouissement des résines. Une large base de données moléculaires est ainsi établie pour un grand nombre de gisements d’âges et d’origines botaniques variés, qui permettra une comparaison globale dans les travaux futurs. / This work focuses on the chemical characterisation of amber from different outcrops from different localities, and varied ages. Some of these outcrops had never been studied. All the amber samples were analysed with the same analytical techniques. The combination of the data obtained from spectroscopic (IR and 13C NMR) and chromatographic (THM-GC-MS) analysis allows the identification of the botanical origin of the amber and provide some information, for the reconstruction of the palaeoenvironment. Biomarkers for the cheirolepidiaceous resins were proposed based on the chemical characterisation of different amber outcrops dating from the Upper Jurassic (Kimmeridgian) to the Upper Cretaceous (Santonian) from Lebanon, Jordan, Congo, Ecuador and France. The Cheirolepidiaceae familt was exclusively present in the Mesozoic era. Hence, the evolution of the botanical origins of the produced resins during the Mesozoic and Cenozoic eras was discussed. It seems that Araucariaceae and Cheirolepidiaceae were the dominant resin producing trees during the Upper Jurassic and the Lower Cretaceous. While, cupressaceous resiniferous plants were dominant during the Upper Cretaceous. Howerver, resins dating from the Cenozoic era, were produced by a wider variety of plants, as resiniferous families of Angiosperm intensively participated in the resin production, i.e. the Peruvian amber produced by Fabaceae. Conifer resins traces were also detected in the Tertiary, such as the amber from the Araucariaceae found in New Zealand. The obtained data allowed a re-evaluation of the classification of ambers by Py-GC-MS, leading to the discovery of a novel molecule. This molecule of an unknown structure brings a new discrimination factor between the classes Ib and Ic. Finally, the age / maturity relationship is showed to be dependent on the burial and the conservation conditions of the resins. A broad molecular database is established based a large group of amber outcrops from different ages, and having diverse botanical origins. This database could be used as a comparative platform for further work in the future.
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Predikce struktury kvadruplexu / Prediction of Quadruplex Structure

Mikula, Adrian January 2014 (has links)
This master's thesis focuses on search and structure prediction of quadruplexes in DNA sequences. Thesis also explains related terms that are important for understanding the function, properties and geometry of quadruplexes. Thesis describe physico-chemical and computational current methods, which possible to discover and structure prediction. This paper also explain the principle of molecular modelling, which was used in the final application. Design and implementation of the final algorithm are also part of this thesis.

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