Pour appréhender l'histoire du peuplement autochtone de Guyane française, six populations indiennes (Palikur, Emerillon, Kaliña, Wayampi, Apalaí et Matsiguenga) ont été examinées pour les marqueurs de l'ADN mitochondrial et du chromosome Y, et trois testées pour sept loci autosomaux. Après extraction de l'ADN des sérums ou hématies prélevés sur le terrain, les fragments ont été amplifiés par PCR, analysés par digestion enzymatique et séquençage automatique à la recherche des composantes biologiques amérindiennes principales. Notre travail démontre que chez les populations amérindiennes, la dérive génétique n'explique pas toute la variabilité génétique. Notamment, l'interprétation associant anthropobiologie, ethnologie, linguistique et histoire a révélé son utilité. Enfin, ce travail a montré l'implication directe des groupes non amérindiens dans la dynamique de mise en place des populations indiennes de Guyane française.

Este trabalho teve como meta principal contribuir para elucidar algumas das questões em aberto pertinentes à história evolutiva e antropológica de populações nativas americanas. Para isso investigou-se marcadores uniparentais paternos, ligados à NRY, e materno, mtDNA. Para o cromossomo Y foram investigados 108 indivíduos (85 sulameríndios de 16 tribos, pertencentes a 5 grupos lingüísticos, além de 23 asiáticos (siberianos), compreendendo 6 grupos étnicos distintos). Para o mtDNA foram investigados 160 indivíduos (homens e mulheres), compreendendo 10 tribos sulamericanas, pertencentes a 5 grupos lingüísticos distintos. Para o cromossomo Y foram utilizados 26 marcadores (SNPs). Para o mtDNA a região controladora-RC (HVS-I: da posição 16.024 até 16.569, e HVS-II: da posição 001 até 576) e a região imediatamente 5’ à região controladora foram seqüenciadas. Foi possível determinar para o cromossomo Y que Q1a3a* (autóctone nativo-americano, de provável origem beringiana) está fixado em 63% das tribos; o haplogrupo Q1a3*, que por outro lado também é encontrado na Ásia, foi observado entre os Araweté (25%), Jamamadi (100%), Lengua (25%) e esquimós asiáticos (17%). Merece destaque que Q1a3* parece ser o que até agora era identificado como sendo apenas “haplogrupo Q*”, ou seja, cromossomo Y portador do alelo derivado no loco M242, mas com alelo ancestral para o M3. Nenhuma das novas mutações mencionadas na atual árvore filogenética do cromossomo Y (com exceção do M346, que define Q1a3*) foram encontradas. O seqüenciamento de regiões do cromossomo Y não revelou nenhuma nova mutação. No caso do mtDNA, os indígenas do tronco Ge mostram os haplogrupos B e A como sendo os mais freqüentes, enquanto que nos Tupi esses haplogrupos apresentam freqüências mais elevadas apenas em regiões bastante restritas, ficando o haplogrupo D como o mais freqüente. Cabe salientar que o haplogrupo C apresenta freqüência muito baixa tanto para os Ge quanto para os Tupi, sendo que freqüências um pouco mais elevadas estão quase que geograficamente opostas, ficando no sul do Brasil para os Ge e no norte para os Tupi. Avaliando o modelo de fissão-fusão pôde-se sugerir que: 1) As linhagens mitocondriais tribo-específicas dentro das tribos Kayapó aqui investigadas dificilmente representariam linhagens autóctones, já que o tempo de surgimento de cada tribo por processo de fissão é pequeno para comportar uma rede de novas mutações. As especificidades poderiam estar vinculadas ao modelo de fissão envolvendo grupos de pessoas aparentadas via materna. Nesse caso, grupos de parentes carregariam para fora do grupo parental todas as seqüências pertencentes a uma determinada linhagem. Assim a linhagem estaria presente somente no grupo derivado e não mais no parental; 2) Perda de linhagens parentais na dispersão e/ou por deriva na formação do novo grupo, o que resultaria na diferença encontrada entre os grupos derivados; 3) Embora não se possa excluir alguma fusão posterir a fissão, a quantidade de linhages exclusivas nas tribos Kayapó estaria indicando relativo isolamento dos grupos depois da fissão (ausência ou baixa freqüência de fluxo gênico entre os grupos fissionados levando à relativa baixa freqüência de linhagens compartilhadas), o que denota o fato do fenômeno ser recente (atritos ainda presentes na memória coletiva e/ou familiar dos grupos fissionados) como estabelecido pelos dados históricos (início do século XVII). Esse fato poderia sugerir que a fusão demanda mais tempo para ocorrer; 4) O compartilhamento das linhagens mais comuns, normalmente na raiz das networks, entre os Tupi e os Ge, parece denotar mais ancestralidade comum do que importante fluxo gênico depois da formação desses dois grandes estoques lingüísticos. / This work has as its main aim to elucidate some of the still open questions about the evolutive and anthropological history of the Native American populations. Paternal uniparental markers, in the NRY, and maternal, mtDNA, were investigated to do that. For the Y chromosome, 108 individuals were investigated (85 South-Amerindians from 16 tribes, belonging to 5 linguistic groups, and 23 Asians (Siberians), covering 6 distinct ethnical groups). For the mtDNA, 160 individuals (men and women) were evaluated, covering 10 South-American tribes, belonging to 5 distinct linguistic groups. For the Y chromosome 26 SNPs were tested and some regions sequenced. For the mtDNA the control region-CR (HVS-I: from position 16.024 to 16.569, and HVS-II: from position 001 to 576) and the region immediately 5’ of the control region were sequenced. It was possible to determine that Q1a3a* (a Native American autoctonous chromosome, probably of Beringian origin) is fixed in 63% of the tribes; the haplogroup Q1a3*, which, moreover, is also encountered in Asia, was observed in Araweté (25%), Jamamadi (100%), Lengua (25%) and Asian Eskimos (17%). It is worth mentioning that Q1a3* appears to be what until now has been identified as “haplogroup Q*” only, that is, Y chromosome carrier of the derived allele in the M242 locus, but with an ancestral allele for M3. Any of the new mutations mentioned in the current Y chromosome phylogenetic tree (except M346, which defines Q1a3*) were encountered. Sequencing of Y chromosome regions hasn’t revealed any new mutation. In the mtDNA’s case, the Ge indians show the haplogroups B and A as the most frequent ones, while in the Tupi indians these haplogroups show high frequencies only in very restrict regions, being haplogroup D the most frequent. It should be noted that haplogroup C shows very low frequency in both Ge and Tupi, the slightly higher frequencies occuping almost geographically opposite locations, at the South of Brazil for the Ge and on the North for the Tupi. On evaluating the fission-fusion model it could be suggested that: 1) Tribe-specific lineages in the Kayapó tribes investigated here would hardly represent autoctonous lineages, since the time of emergence of each tribe by fission process is small to bear a web of new mutations. The specificities could be related to the fission model involving maternally related groups of people. In this case, groups of relatives would carry out of the parental group all the sequences belonging to a determined lineage. Therefore the lineage would be present only in the derived group and not in the parental anymore; 2) Loss of parental lineages in the dispersion and/or by drift in the new group’s formation, which would result in the differences found between the derived groups; 3) Though some fusion posterior to the fission cannot be excluded, the amount of exclusive lineages in the Kayapó tribes would indicate a relative isolation of the groups after the fission (absence or low frequency of gene flow between the fissioned groups leading to relative low frequency of the shared lineages), which denotes the fact of the phenomenon being recent (struggles still present in the collective and/or familiar memories of the fissioned groups) as estabilished by historical data (beginning of the XVII century). This fact could suggest that the fusion demands more time to occur; 4) The sharing of the more common lineages, normally in the networks’ nodes, between Tupi and Ge, appears to denote more common ancestrality than important gene flow after the formation of these two great linguistic stocks.

Após a chegada dos conquistadores europeus, as populações nativas americanas foram dizimadas por diversas razões, como guerras e doenças, o que possivelmente levou diversas linhagens genéticas autóctones à extinção. Entretanto, durante essa invasão, houve miscigenação entre os colonizadores e os povos nativos e muitos estudos genéticos têm mostrado uma importante contribuição matrilinear nativa americana na formação da população colonial. Portanto, se muitos indivíduos na atual população urbana brasileira carregam linhagens nativas americanas no seu DNA mitocondrial (mtDNA), muito da diversidade genética nativa perdida durante o período colonial pode ter se mantido, por miscigenação, nas populações urbanas. Assim, essas populações representam, efetivamente, um importante reservatório genético de linhagens nativas americanas no Brasil e em outros países americanos, constituindo o reflexo mais fiel da diversidade genética pré-colombiana em populações nativas. Baseado nisso, este estudo teve como objetivos 1) comparar os padrões de diversidade genética de linhagens nativas americanas do mtDNA em populações nativas do Sul do Brasil e da população urbana (miscigenada) adjacente; e 2) comparar, através de Computação Bayesiana Aproximada (ABC), a história demográfica de ambas populações para chegar a uma estimativa do nível de redução do tamanho efetivo populacional (Ne) das populações indígenas aqui tratadas. Foram utilizados dados já publicados da região hipervariável (HVS-I) do mtDNA de linhagens nativas de 396 indivíduos Nativos Americanos (NAT) pertencentes aos grupos Guarani, Caingangue e Charrua e de 309 indivíduos de populações miscigenadas urbanas (URB) do Sul do Brasil e do Uruguai As análises de variabilidade e estrutura genética, bem como testes de neutralidade, foram feitos no programa Arlequin 3.5 e a rede de haplótipos mitocondriais foi estimada através do método Median-Joining utilizando o programa Network 5.0. Estimativas temporais do tamanho populacional efetivo foram feitas através de Skyline Plot Bayesiano utilizando o pacote de programas do BEAST 1.8.4. Por fim, o programa DIYABC 2.1 foi utilizado para testar cenários evolutivos e para estimar o Ne dos nativos americanos pré- (Nanc) e pós-contato (Nnat), para assim, se estimar o impacto da redução de variação genética causada pela colonização europeia. Os resultados deste estudo indicam que URB é a melhor preditora da diversidade nativa ancestral, possuindo uma diversidade substancialmente maior que NAT, pelo menos na região Sul do Brasil e no Uruguai (H = 0,96 vs. 0,85, Nhap = 131 vs. 27, respectivamente). Ademais, a composição de haplogrupos é bastante diferente entre as populações, sugerindo que a população nativa tenha tido eventos de gargalo afetando os haplogrupos B2 e C1 e super-representando o haplogrupo A2. Em relação à demografia histórica, observou-se que URB mantém sinais de expansão remetendo à entrada na América, contrastando com NAT em que esses sinais estão erodidos, apenas retendo sinais de contração populacional recente. De acordo com as estimativas aqui geradas, o declínio populacional em NAT foi de cerca de 300 vezes (84 – 555). Em outras palavras, a população efetiva nativa amricana nessa região corresponderia a apenas 0,33% (0,18% – 1,19%) da população ancestral– 99,8%, corroborando os achados de outros estudos genéticos e também com os registros históricos. / After the arrival of the European conquerors, the Native American populations were decimated due to multiple reasons, such as wars and diseases, which possibly led many autochtonous genetic lineages to extinction. However, during the European invasion of the Americas, colonizers and indigenous people admixed, and many genetic studies have shown an important Native American matrilineal contribution to the formation of the Colonial population. Therefore, if many individuals in the current urban population harbor Native American lineages in their mitochondrial DNA (mtDNA), much of Native American genetic diversity that have been lost during the Colonial Era may have been mantained by admixture in urban populations. In this case, these populations effectively represent an important reservoir of Native lineages in Brazil and other American countries, constituting the most accurate portrait of pre-Columbian genetic diverstity of Native populations. Based on this, the aims of the presente study were 1) to compare the patterns of genetic diversity of Native American mtDNA lineages in Native populations from Southern Brazil and the surrounding admixed urban populations; and 2) to compare, using Approximate Bayesian Computation (ABC), the demographic history of both groups to estimate the level of reduction in the effective population size (Ne) for the indigenous groups present here. We used mtDNA hypervariable segment (HVS-I) data of indigenous origin already published from 396 Native American individuals (NAT) belonging to the Guarani, Kaingang, and Charrua groups, and 309 individuals from Southern Brazilian and Uruguayan admixed urban populations (URB) The analyzes of variability and genetic structure, as well as the neutrality tests were accomplished using Arlequin 3.5, and the mitochondrial haplotype network estimated through the Median-Joining method available in Network 5.0. Time estimates for effective population size were performed using Bayesian Skyline Plot available in the BEAST 1.8.4 package. Finally, the DIYABC 2.1 software was used to test evolutionary scenarios and to estimate the pre (Nanc) and post-contact (Nnat) Native American Ne, and estimate the impact of the colonization process on the Native American genetic variability. The results indicate that URB is the best predictor of ancestral Native diversity, having substancially greater genetic diversity than NAT, at least in the Southern Brazilian and Uruguayan regions (H = 0.96 vs. 0.85, Nhap = 11 vs. 27, respectively). Moreover, the haplogroup compositions are very distinct between these groups, suggesting that the Native population passed through bottleneck events affecting the haplogroups B2 and C1, and overrepresenting the haplogroup A2. In relation to demographic history, we observed that URB retains signals of population expansion back to the entry in the Americas. In contrast, these signals are eroded in NAT, which maintains only signals of recent population contraction. According to our estimates, the population decline in NAT was around 300x (84 – 555x). In other words, the effective Native American population in this region would correspond to only 0.33% (0.18% – 1.19%) of the ancestral population, corroborating the findings of other genetic studies and historical records.

O cromossomo X possui características que o tornam um bom marcador em estudos de genética populacional. A formação da população brasileira é resultado de cinco séculos de mistura étnica entre populações de três diferentes populações: europeus, africanos e ameríndios. Sendo assim, a população brasileira atual é considerada tri-híbrida embora as proporções dos três grandes componentes étnicos variem consideravelmente conforme a região geográfica. O objetivo deste trabalho é obter informações sobre a estrutura genética de populações urbanas brasileiras, indígena, remanescentes de quilombos e uma amostra da população africana (Congo). Foram utilizados 20 STRs localizados em três regiões do cromossomo X: Xp21, Xp-q11.1, Xq28. O total de alelos obtidos foi 169. Todas as três regiões apresentaram alelos privados, totalizando 26. A população ameríndia, Tikúna, foi a que apresentou a menor diversidade genética. Além disso, quando comparada com as outras populações, Tikúna foi a que mais se diferenciou. Era esperado que Tikúna fosse a população mais divergente e com menor diversidade, pois esta é uma população pequena e isolada que sofre as consequências da ocorrência de deriva genética. Nas mulheres, as populações mais semelhantes foram Sítio Velho-Teresina, Sítio Velho-Ribeirão Preto e Ribeirão Preto-Teresina, pois tiveram valores de FST não significativos. Nos homens, apenas Mimbó-Sítio Velho são as populações mais semelhantes (FST não significativo). Mimbó e Sítio Velho são os dois remanescentes de quilombos utilizados neste estudo e o histórico de formação destas populações é semelhante, o que justifica a proximidade genética entre elas. Todas as populações foram agrupadas em três clusters, tanto no grupo dos homens quanto no das mulheres. O primeiro cluster é formado, em sua grande maioria, por indivíduos da população Africana, Mimbó e Sítio Velho, representando o componente africano na população brasileira. O segundo cluster foi formado por mais de 90% da população Tikúna, sendo assim indicativo do componente ameríndio. O terceiro cluster agrupou as populações urbanas, Ribeirão Preto e Tikúna, que possuem um maior componente europeu na sua formação. DL ocorreu entre os marcadores de todos os haploblocos (DMD, PC e HEMA). HEMA foi o haplobloco com maior DL. Semelhanças e diferenças entre as populações foram encontradas de acordo com o esperado pelo histórico de formação de cada uma delas. Os três componentes genéticos (africano, ameríndio e europeu) da população brasileira foram claramente identificados nas amostras analisadas. / The X chromosome has characteristics that make it a good marker for studies of population genetics. Brazilian population results from five centuries of admixture of European, Africans and Amerindians. Thus, the current Brazilian population is considered trihybrid although the proportions of the three main ethnic components vary considerably according to the geographical region. The aim of this work was to obtain information about the genetic structure of Brazilian urban populations, Amerindians, quilombo remnants and a sample of African (Congo). We used 20 STRs located in three regions of the X chromosome: Xp21, Xpq11.1 andXq28. The total of alleles obtained was 169. All three chromosomal regions have private alleles, totaling 26. The Amerindian population (Tikúna) had lower genetic diversity and higher FST values, when compared to other populations. This is expected given the genetic isolation and small population size, which make them most sensitive to the effects of genetic drift. In women, by pairs of populations Sítio Velho-Teresina, Sítio Velho-Ribeirão Preto and Ribeirão Preto-Teresina, were similar (FST values not significantly different). In men, only the pair Mimbó-Sítio Velho rendered no significantly different the individuals analyzed were grouped into three clusters, even when considered separately for men and women. One cluster was termed \'African\' to be formed largely by individuals from Congo, quilombo remnants and Sítio Velho. Another cluster termed \'Amerind\' was formed by >90% of Tikúna population. In the third one, were grouped urban populations of Ribeirão Preto and Teresina. In this cluster are observed components African, Amerindian, and European with predominance of the latter. DL occurred between markers of all blocks (DMD, PC e HEMA). HEMA had the highest DL. There were differences between DL in men and women, which may have been caused by sampling problems. The observed similarities and differences between clusters and populations subsets match expectation from the population histories. The results presented bring new elements of analysis to the structure of the Brazilian population.

Esta tese parte de uma interrogação sobre a articulação, entre os antigos Tupi da costa brasílica, entre o profetismo e o domínio político. Para tanto, ela revisita discussões caras à história da antropologia, como aquelas promovidas por Pierre e Hélène Clastres, o primeiro fortemente engajado no projeto de uma antropologia política. Cruzando os dados do passado com as etnografi as sobre povos ameríndios do presente, esta tese propõe uma refl exão sobre a ação política ameríndia, tendo em vista as maneiras pelas quais podem se constituir (e estender) pessoas e grupos, líderes e unidades sociopolíticas, mas também os mecanismos que impedem, a todo o momento, que estes se estabilizem, se enrijeçam, congelem assimetrias. / This thesis focus on the relationship, among the ancient Tupi of the brazilian coast, between prophetic movements and the political domain. In so doing, it returns to some classic discussions that play an important part in anthropology\'s history, as those which were carried by Pierre and Hélène Clastres; the fi rst one hardly engaged on the foundation of a political anthropology. Comparing data of past societies with recent ethnographies of contemporary indigenous peoples, this thesis proposes a refl ection on Amerindian political agency, stressing the ways people and groups, leaders and sociopolitical units, can be made (and thus be extended), as well as regarding the mechanisms that offer resistance to the stabilization of these people and groups, which could result in a fixed asymmetry.

Cinegéticos por excelência, afirmam os caxinauá, povos falantes de uma língua pano, que a carne de caça (yuinaka) misturada a vegetais como milho (xeki), macaxeira (atsa) e banana (mani) é o que há de mais gostoso e saboroso (nuepeki) em sua sofisticada culinária. Para eles, comer bem constitui uma arte: reúne as pessoas, fortalece o pensamento (xinan), traz alegria (benima). No curso de minha estadia em San Martín, no Alto Purus, os mais velhos não hesitavam em ressaltar a beleza (duapa) de uma pessoa reconhecida por sua generosidade e hospitalidade assim se referiam àquelas consideradas sábias, xinanya, dotadas de um bom pensamento (xinan pepa). O presente trabalho intenta refletir sobre alguns aspectos das relações articuladas em torno do ato de preparar a comida e ofertá-la a alguém, tomando a culinária caxinauá e seus modos à mesa como uma via privilegiada para expressar conhecimentos e colocá-los em circulação. / Being great hunters, the caxinauá, peoples of speakers of a panoan language, say that game meat (yuinaka), when mixed with vegetables such as maize (xeki), macaxeira (atsa) and banana (mani) becomes the finest and most flavorful dish of their sophisticated cuisine. Eating well is to them an art: it gathers people, strenghtens the thought (xinan), brings joy (benima). In the course of my stay at San Martín, in Alto Purus, the oldest did not hesitate to praise the beauty (duapa) of person reputed for his or her generosity and hospitality - thus did they refer to those who are deemed wise, xinanya, gifted with \"good thought\" (xinan pepa). This work aims to reflect on some aspects of the relationships articulated about the act of preparing the food and offering it to another, viewing the caxinauá cuisine and their manners at the table as a privileged way of expressing (pieces of) knowledge and circulating them.

Esta dissertação é um trabalho sobre regimes de conhecimentos e seus modos de circulação e transformação entre os Huni Ku (Kaxinawá), tendo como linhas condutoras, narrativas, cantos e práticas rituais, relacionados a processos de aprendizado e transformação da pessoa. A partir do encontro com colaboradores huni ku que atuam em diferentes áreas de saber e realizam ampla circulação, foi constituída a base deste trabalho, fundamentado em seus discursos, que trazem experiências, percepções e reflexões acerca de seus modos de saber e de relações estabelecidas com outros regimes de conhecimentos, especialistas que são, nos encontros e traduções de mundos, linguagens e perspectivas. / This dissertation is a study on the knowledge regimes and modes of circulation and transformation among the Huni Ku People (Kaxinawá), conducted by narratives, songs and ritual practices related to learning processes, preparation and transformation of the person. this work is based on through the encounter with huni ku contributors who work in different areas of knowledge and who conduct wide circulation of this knowledge. The study was based on their speech conveys their experience, perceptions and reflections on their modes of knowledge and the relations to other knowledge regimes, since they are specialists in encounters, translation of worlds, languages and perspectives.

Após a chegada dos conquistadores europeus, as populações nativas americanas foram dizimadas por diversas razões, como guerras e doenças, o que possivelmente levou diversas linhagens genéticas autóctones à extinção. Entretanto, durante essa invasão, houve miscigenação entre os colonizadores e os povos nativos e muitos estudos genéticos têm mostrado uma importante contribuição matrilinear nativa americana na formação da população colonial. Portanto, se muitos indivíduos na atual população urbana brasileira carregam linhagens nativas americanas no seu DNA mitocondrial (mtDNA), muito da diversidade genética nativa perdida durante o período colonial pode ter se mantido, por miscigenação, nas populações urbanas. Assim, essas populações representam, efetivamente, um importante reservatório genético de linhagens nativas americanas no Brasil e em outros países americanos, constituindo o reflexo mais fiel da diversidade genética pré-colombiana em populações nativas. Baseado nisso, este estudo teve como objetivos 1) comparar os padrões de diversidade genética de linhagens nativas americanas do mtDNA em populações nativas do Sul do Brasil e da população urbana (miscigenada) adjacente; e 2) comparar, através de Computação Bayesiana Aproximada (ABC), a história demográfica de ambas populações para chegar a uma estimativa do nível de redução do tamanho efetivo populacional (Ne) das populações indígenas aqui tratadas. Foram utilizados dados já publicados da região hipervariável (HVS-I) do mtDNA de linhagens nativas de 396 indivíduos Nativos Americanos (NAT) pertencentes aos grupos Guarani, Caingangue e Charrua e de 309 indivíduos de populações miscigenadas urbanas (URB) do Sul do Brasil e do Uruguai As análises de variabilidade e estrutura genética, bem como testes de neutralidade, foram feitos no programa Arlequin 3.5 e a rede de haplótipos mitocondriais foi estimada através do método Median-Joining utilizando o programa Network 5.0. Estimativas temporais do tamanho populacional efetivo foram feitas através de Skyline Plot Bayesiano utilizando o pacote de programas do BEAST 1.8.4. Por fim, o programa DIYABC 2.1 foi utilizado para testar cenários evolutivos e para estimar o Ne dos nativos americanos pré- (Nanc) e pós-contato (Nnat), para assim, se estimar o impacto da redução de variação genética causada pela colonização europeia. Os resultados deste estudo indicam que URB é a melhor preditora da diversidade nativa ancestral, possuindo uma diversidade substancialmente maior que NAT, pelo menos na região Sul do Brasil e no Uruguai (H = 0,96 vs. 0,85, Nhap = 131 vs. 27, respectivamente). Ademais, a composição de haplogrupos é bastante diferente entre as populações, sugerindo que a população nativa tenha tido eventos de gargalo afetando os haplogrupos B2 e C1 e super-representando o haplogrupo A2. Em relação à demografia histórica, observou-se que URB mantém sinais de expansão remetendo à entrada na América, contrastando com NAT em que esses sinais estão erodidos, apenas retendo sinais de contração populacional recente. De acordo com as estimativas aqui geradas, o declínio populacional em NAT foi de cerca de 300 vezes (84 – 555). Em outras palavras, a população efetiva nativa amricana nessa região corresponderia a apenas 0,33% (0,18% – 1,19%) da população ancestral– 99,8%, corroborando os achados de outros estudos genéticos e também com os registros históricos. / After the arrival of the European conquerors, the Native American populations were decimated due to multiple reasons, such as wars and diseases, which possibly led many autochtonous genetic lineages to extinction. However, during the European invasion of the Americas, colonizers and indigenous people admixed, and many genetic studies have shown an important Native American matrilineal contribution to the formation of the Colonial population. Therefore, if many individuals in the current urban population harbor Native American lineages in their mitochondrial DNA (mtDNA), much of Native American genetic diversity that have been lost during the Colonial Era may have been mantained by admixture in urban populations. In this case, these populations effectively represent an important reservoir of Native lineages in Brazil and other American countries, constituting the most accurate portrait of pre-Columbian genetic diverstity of Native populations. Based on this, the aims of the presente study were 1) to compare the patterns of genetic diversity of Native American mtDNA lineages in Native populations from Southern Brazil and the surrounding admixed urban populations; and 2) to compare, using Approximate Bayesian Computation (ABC), the demographic history of both groups to estimate the level of reduction in the effective population size (Ne) for the indigenous groups present here. We used mtDNA hypervariable segment (HVS-I) data of indigenous origin already published from 396 Native American individuals (NAT) belonging to the Guarani, Kaingang, and Charrua groups, and 309 individuals from Southern Brazilian and Uruguayan admixed urban populations (URB) The analyzes of variability and genetic structure, as well as the neutrality tests were accomplished using Arlequin 3.5, and the mitochondrial haplotype network estimated through the Median-Joining method available in Network 5.0. Time estimates for effective population size were performed using Bayesian Skyline Plot available in the BEAST 1.8.4 package. Finally, the DIYABC 2.1 software was used to test evolutionary scenarios and to estimate the pre (Nanc) and post-contact (Nnat) Native American Ne, and estimate the impact of the colonization process on the Native American genetic variability. The results indicate that URB is the best predictor of ancestral Native diversity, having substancially greater genetic diversity than NAT, at least in the Southern Brazilian and Uruguayan regions (H = 0.96 vs. 0.85, Nhap = 11 vs. 27, respectively). Moreover, the haplogroup compositions are very distinct between these groups, suggesting that the Native population passed through bottleneck events affecting the haplogroups B2 and C1, and overrepresenting the haplogroup A2. In relation to demographic history, we observed that URB retains signals of population expansion back to the entry in the Americas. In contrast, these signals are eroded in NAT, which maintains only signals of recent population contraction. According to our estimates, the population decline in NAT was around 300x (84 – 555x). In other words, the effective Native American population in this region would correspond to only 0.33% (0.18% – 1.19%) of the ancestral population, corroborating the findings of other genetic studies and historical records.

Nesta dissertação, partiu-se da herança da tradição cristã do direito de guerra justa a fim de compreender as modulações experimentadas pelo conceito quando de sua aplicação, na legislação castelhana, aos processos de conquista e colonização das Índias Ocidentais de 1492 a 1573. Tendo em conta a polêmica instaurada com a dúvida acerca da legitimidade da conquista, foram consideradas as posições de alguns dos mais influentes teólogos, juristas, conquistadores e administradores coloniais. Deu-se especial atenção ao pensamento de Francisco de Vitoria e Domingo de Soto, os maiores expoentes da Escola de Salamanca, em razão do debate historiográfico pendente na direção da coadunação entre a doctrina communis apresentada por eles quanto à guerra e as normas de Castela. Observou-se que, durante quase todo o período analisado, o teor da legislação pressupôs a inferioridade dos nativos, bem como uma interpretação teocrático-pontifical das bulas papais de 1493. O rol de causas disparadoras da guerra se mostrou variável, conforme o texto e a circunstância, abarcando imperativos de defesa, castigo, conversão, vingança, domínio e civilização. / In this thesis, the heritage of the Christian tradition of just war was considered in order to understand the modulation experienced by the concept upon its application, in Castilian legislation, to the processes of conquest and colonization of the West Indies from 1492 to 1573. Taking into account the controversy brought with the doubt concerning the legitimacy of the conquest, the positions of some of the most influential theologians, jurists, conquerors and colonial administrators were analyzed. Special attention was provided to the thought of Francisco de Vitoria and Domingo de Soto, the greatest exponents of the School of Salamanca, given the pending historiographical debate toward coadunition between their doctrina communis about war and the rules of Castile. It was observed that, during most of the period studied, the content of the legislation assumed the inferiority of the natives, as well as a theocratic-pontifical interpretation of the papal bulls of 1493. The list of triggering causes of war was variable, according to the text and the circumstance, covering defense, punishment, conversion, revenge, domination and civilization imperatives.

Populações nativas da América do Sul apresentam diversidade genética reduzida em relação às demais populações do mundo e alta diferenciação interpopulacional dentro do continente. As pressões seletivas sobre a região cis-reguladora do CCR5 geram uma assinatura de diversidade oposta àquela esperada com base na história demográfica, reduzindo a variação interpopulacional e contribuindo para uma elevação das taxas de polimorfismo. No presente estudo investigamos a interação entre esses processos micro-evolutivos, analisando o polimorfismo da região cis-reguladora de ameríndios da América do Sul e comparando os resultados com aqueles obtidos em outras regiões do mundo. Sequenciamos 927 pares de base (pb) da região controladora do CCR5 em 7 tribos indígenas da região amazônica. Em ameríndios, nenhum haplótipo exclusivo foi encontrado em ameríndios e os dois haplogrupos mais comuns foram de diferentes clusters filogenéticos. A diversidade nucleotídica (&#960;) para a amostra total, foi a mais alta dentre todas as regiões do mundo já estudadas (&#960;=0,0027). A estimativa da diversidade genética populacional para ameríndios, baseada no número de sítios polimórficos (&#952;s), foi similar aos valores encontrados para as populações não-africanas, sendo que em africanos o valor foi praticamente o dobro. Conseqüentemente, foi observado um valor de D de Tajima positivo e estatisticamente significativo (D=2,82, p<0,01), maior do que aquele visto para outras regiões do mundo. Através de comparações empíricas e de simulações coalescentes verificamos que o alto valor de D de Tajima encontrado para ameríndios não é explicável por um recente modelo demográfico de evolução humana. O teste Ewens-Watterson indicou para a amostra ameríndia uma taxa de heterozigose maior do que esperada para um população neutra. O valor de Fst observado para comparação envolvendo asiáticos e ameríndios foi mais baixo que 1000 valores de Fst calculados a partir de 783 microssatélites genotipados em amostras de mesmo tamanho de regiões geográficas similares. Essas caraterísticas corroboram a hipótese de seleção balanceadora na região cis-reguladora do CCR5 de ameríndios da região amazônica brasileira. No presente estudo demonstramos também a existência de uma associação estatisticamente significativa (p<0,01) entre os alelos mantidos em freqüências intermediárias na população humana e regiões ativadoras de splicing localizadas em exons (ESEs). Finalmente, nós acreditamos que um modelo demográfico de evolução humana, complementar ao utilizado neste trabalho, deve ser testado para se refutar a hipótese de que a forte assinatura de seleção balanceadora observada em ameríndios não foi causada por seleção natural que atuou em população ancestral à de indígenas americanos / Native american populations show lower genetic diversity and higher interpopulational genetic differences than populations from other continents. Within South America groups from the non-andean geographic region shows extremely high genetic differentiation. The strong signature of balancing selection observed for 5\' cis-regulatory region of the CCR5 gene at the worldwide scale represents an opposite pattern of genetic variation to that expected by demographic process which acted in Amerindians. To evaluate the impact of complex demographic history on the 5\' cis-regulatory region of CCR5 we resequenced 927 bp of this locus in 62 individuals from different native groups located in the Brazilian Amazonian region. No new haplotype was detected and the two most common haplogroups observed were from different phylogenetic clusters, according with the pattern observed for other human populations. The level of heterozigosity of the total sample, measured by nucleotide diversity (&#960;) was the highest yet described for human populations (&#960;=0,0027) while values based on polymorphic sites (&#952;s) were similar among Amerindians and non-Africans populations. Consequently we observed a positive and significant Tajima\'s D value (D=2,82, p <0,01). This value was higher than all D values observed for the other human populations. Observed summary statistics (&#960; and D) were significantly higher than same statistics estimated from 2000 simulated samples assuming a recently proposed demographic model of human evolution. We also found significant deviations in Ewens-Watterson homozygosity test toward an excess of heterozygosity for Amerindian sample. Another striking feature of CCR5 cis-regulatory region was the low Fst value among populations. The Fst among Asians and Amerindians was an outlier among 1000 Fst values estimated by 783 microssatelites of samples from similar geographic regions and with the same sample sizes as those of the CCR5 5\' cis-regulatory data. These features corroborates the strong signature of balancing selection described for CCR5 5\'cis regulatory region. We also contributed to discussion about functional aspects of CCR5 cis-regulatory region demonstrating a significant association between intermediate frequency SNPs and exonic splicing enhancers (ESEs) regions (p<0,01). Finally, we believe that improved models of demographic human evolution must be tested to refute the hypothesis that the strong signature of balancing selection observed in Amerindians was not caused by a selection pressure which occurred in an ancestral population.