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Desenvolvimento de métodos para a quantificação direta de Salmonella sp. por PCR-tempo real e por transcriptase reversa-PCR-tempo real / Development of methods for the direct quantification of Salmonella sp. using real time-PCR and reverse transcriptase-PCR-real time

Froder, Hans 25 November 2008 (has links)
Para obter resultados rápidos e confiáveis que permitam o monitoramento da segurança microbiológica de alimentos, seja pela indústria ou pelos órgãos de fiscalização, diversos métodos alternativos têm sido desenvolvidos para a detecção e quantificação de Salmonella. Os propósitos do estudo foram avaliar a viabilidade de emprego do QIAamp® DNA Stool Mini Kit para extração e purificação de DNA de Salmonella; validar ensaios baseados em PCR-tempo real (PCR-RT) para quantificar o DNA de Salmonella empregando ttr ou tuf e desenvolver um ensaio para quantificar Salmonella baseado na transcriptase reversa-PCR-tempo real (RT-PCR-RT). Para avaliação do QIAamp® DNA Stool Mini Kit empregaram-se fezes coletadas diretamente do reto de animais infectados ou não, sendo estas últimas artificialmente contaminadas e submetidas à extração segundo protocolo do fabricante. As amostras de DNA isoladas foram quantificadas empregando um ensaio Salmonella-específico PCR-RT utilizando como alvo o lócus ttr. O mesmo ensaio foi utilizado para células de Salmonella provenientes de meio de cultura. O ensaio PCR-RT baseado no alvo tuf foi validado empregando-se primeiramente cepas de diferentes sorotipos de Salmonella e de outras Enterobacteriaceae. A seguir sua eficiência foi avaliada para alimentos-modelo (ave e suíno) artificialmente contaminadas com elevada (≈ 6 log UFC/mL) e baixa (≈ 2 log UFC/mL) população de Salmonella Typhimurium DT 104. A validação do método quantitativo de Salmonella por RT-PCR-RT foi realizada primeiramente com células em meio de cultura e posteriormente nos mesmos alimentos-modelo utilizados para PCR-RT. Em ambos os métodos, alíquotas dos alimentos-modelo foram mantidas a 20 ºC e a 8 ºC, sendo examinadas em diferentes tempos pós-inoculação. Como controle empregou-se a enumeração de microrganismos mesófilos totais e de Salmonella por técnicas convencionais. A taxa de recuperação de Salmonella em fezes suínas artificialmente inoculadas, após tratamento com QIAamp® DNA Stool Kit, variou entre 25% a 50%, dependendo da quantidade inicial de células. Empregando o DNA extraído e submetendo-o à PCR-RT para o ttr obteve-se limite de detecção de 2,8 log UFC eq/g de fezes; método que foi menos sensível que o convencional. A quantificação de Salmonella por PCR-RT empregando tuf apresentou limite de detecção menor que 1 log UFC eq. Os resultados obtidos com este método, empregando-se células em meio de cultura ou alimentos-modelo, foram, de maneira geral, ligeiramente inferiores aos do método convencional. A eficiência de amplificação para PCR-RT e tuf foi de 94%. O método RT-PCR-RT apresentou limite de detecção semelhante ao obtido com o ttr (2 log UFC eq) e sua eficiência de amplificação foi de 100%. Observou-se que tuf é expresso na fase logarítmica de multiplicação bacteriana, o que o torna um bom indicador da viabilidade de Salmonella. / In order to get fast and trustworthy results that allow monitoring the microbiological food safety either by industries or governmental agencies, diverse alternative methods have been developed for Salmonella detection and quantification. The purposes of this study were to evaluate the viability of the use of QIAamp® DNA Stool Mini Kit for Salmonella DNA extraction and purification; to validate assays based on real time-PCR (PCR-RT) to quantify Salmonella DNA by using ttr or tuf, and to develop an assay to quantify Salmonella based on reverse transcriptase- PCR-real time (RT-PCR-RT). For QIAamp® DNA Stool Mini Kit evaluation feces taken directly from the rectum of infected or health animals were used, with the former being artificially contaminated. Samples were submitted to DNA extraction, according to manufacturers protocol. The isolated DNA were quantified using a Salmonella-specific PCR-RT targeting the ttr locus. The same assay was used for Salmonella cells originated from culture medium. The PCR-RT assay with tuf as target was first validated employing different Salmonella serovars and other Enterobacteriaceae strains. After, its efficiency was evaluated on food-models (chicken and swine) spiked with high (≈ 6 log CFU/mL) and low (≈ 2 log CFU/mL) Salmonella Typhimurium DT 104 populations. The validation of the quantitative RT-PCR-RT method was first conducted with cells grown in culture medium, and then in the same food-model used for PCR-RT. For both methods aliquots of foodmodels were maintained at 20 ºC and 8 ºC being evaluated at different incubation times. Enumeration of total mesophilic microorganisms and Salmonella based on conventional methods were used as controls. The DNA recovery rate in swine feces artificially inoculated, after QIAamp® DNA Stool Mini Kit treatment, was between 25% to 50% depending the initial amount of cells. Using the extracted DNA and submitting it to PCR-RT for ttr a detection level of 2,8 CFU eq/g of feces was obtained. This method showed lower sensitivity than the conventional. Salmonella quantification by PCR-RT employing tuf showed a detection level lower than 1 log CFU eq. The results obtained with this method and cells suspended in culture medium or in food-model systems were, in general slightly lower that those obtained with the conventional method. The efficiency of amplification for PCR-RT tuf was 94%. Detection limit of RT-PCR-RT was similar to that of ttr (2 log CFU eq) and efficiency of amplification was 100%. tuf was expressed in logarithmic phase of bacteria growth curve showing that it is a good viability indicator for Salmonella.
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Redução no tamanho da amostra de pesquisas de entrevistas domiciliares para planejamento de transportes: uma verificação preliminar / Reduction in sample size of household interview research for transportation planning: a preliminary check

Aguiar, Marcelo Figueiredo Massulo 11 August 2005 (has links)
O trabalho tem por principal objetivo verificar, preliminarmente, a possibilidade de reduzir a quantidade de indivíduos na amostra de Pesquisa de Entrevistas Domiciliares, sem prejudicar a qualidade e representatividade da mesma. Analisar a influência das características espaciais e de uso de solo da área urbana constitui o objetivo intermediário. Para ambos os objetivos, a principal ferramenta utilizada foi o minerador de dados denominado Árvore de Decisão e Classificação contido no software S-Plus 6.1, que encontra as relações entre as características socioeconômicas dos indivíduos, as características espaciais e de uso de solo da área urbana e os padrões de viagens encadeadas. Os padrões de viagens foram codificados em termos de sequência cronológica de: motivos, modos, durações de viagem e períodos do dia em que as viagens ocorrem. As análises foram baseadas nos dados da Pesquisa de Entrevistas Domiciliares realizada pela Agência de Cooperação Internacional do Japão e Governo do Estado do Pará em 2000 na Região Metropolitana de Belém. Para se atingir o objetivo intermediário o método consistiu em analisar, através da Árvore de Decisão e Classificação, a influência da variável categórica Macrozona, que representa as características espaciais e de uso de solo da área urbana, nos padrões de viagens encadeadas realizados pelos indivíduos. Para o objetivo principal, o método consistiu em escolher, aleatoriamente, sub-amostras contendo 25% de pessoas da amostra final e verificar, através do Processamento de Árvores de Decisão e Classificação e do teste estatístico Kolmogorov - Smirnov, se os modelos obtidos a partir das amostras reduzidas conseguem ilustrar bem a freqüência de ocorrência dos padrões de viagens das pessoas da amostra final. Concluiu-se que as características espaciais e de uso de solo influenciam os padrões de encadeamento de viagens, e portanto foram incluídas como variáveis preditoras também nos modelos obtidos a partir das sub-amostras. A conclusão principal foi a não rejeição da hipótese de que é possível reduzir o tamanho da amostra de pesquisas domiciliares para fins de estudo do encadeamento de viagens. Entretanto ainda são necessárias muitas outras verificações antes de aceitar esta conclusão. / The main aim of this work is to verify, the possibility of reducing the sample size in home-interview surveys, without being detrimental to the quality and representation. The sub aim of this work is to analyze the influence of spatial characteristics and land use of an urban area. For both aims, the main analyses tool used was Data Miner called the Decision and Classification Tree which is in the software S-Plus 6.1. The Data Miner finds relations between trip chaining patterns and individual socioeconomic characteristics, spatial characteristics and land use patterns. The trip chaining patterns were coded in terms of chronological sequence of trip purpose, travel mode, travel time and the period of day in which travel occurs. The analyses were based on home-interview surveys carried out in the Belém Metropolitan Area in 2000, by Japan International Cooperation Agency and Pará State Government. In order to achieve the sub aim of this work, the method consisted of analyzing, using the Decision and Classification Tree, the influence of the categorical variable \"Macrozona\", which represents spatial characteristics and urban land use patterns, in trip chaining patterns carried by the individuals. Concerning the main aim, the method consisted of choosing sub-samples randomly containing 25% of the final sample of individuals and verifying (using Decision and Classification Tree and Kolmogorov-Smirnov statistical test) whether the models obtained from the reduced samples can describe the frequency of the occurrence of the individuals trip chaining patterns in the final sample well. The first conclusion is that spatial characteristics and land use of the urban area have influenced the trip chaining patterns, and therefore they were also included as independent variables in the models obtained from the sub-samples. The main conclusion was the non-rejection of the hypothesis that it is possible to reduce the sample size in home-interview surveys used for trip-chaining research. Nevertheless, several other verifications are necessary before accepting this conclusion.
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Redução no tamanho da amostra de pesquisas de entrevistas domiciliares para planejamento de transportes: uma verificação preliminar / Reduction in sample size of household interview research for transportation planning: a preliminary check

Marcelo Figueiredo Massulo Aguiar 11 August 2005 (has links)
O trabalho tem por principal objetivo verificar, preliminarmente, a possibilidade de reduzir a quantidade de indivíduos na amostra de Pesquisa de Entrevistas Domiciliares, sem prejudicar a qualidade e representatividade da mesma. Analisar a influência das características espaciais e de uso de solo da área urbana constitui o objetivo intermediário. Para ambos os objetivos, a principal ferramenta utilizada foi o minerador de dados denominado Árvore de Decisão e Classificação contido no software S-Plus 6.1, que encontra as relações entre as características socioeconômicas dos indivíduos, as características espaciais e de uso de solo da área urbana e os padrões de viagens encadeadas. Os padrões de viagens foram codificados em termos de sequência cronológica de: motivos, modos, durações de viagem e períodos do dia em que as viagens ocorrem. As análises foram baseadas nos dados da Pesquisa de Entrevistas Domiciliares realizada pela Agência de Cooperação Internacional do Japão e Governo do Estado do Pará em 2000 na Região Metropolitana de Belém. Para se atingir o objetivo intermediário o método consistiu em analisar, através da Árvore de Decisão e Classificação, a influência da variável categórica Macrozona, que representa as características espaciais e de uso de solo da área urbana, nos padrões de viagens encadeadas realizados pelos indivíduos. Para o objetivo principal, o método consistiu em escolher, aleatoriamente, sub-amostras contendo 25% de pessoas da amostra final e verificar, através do Processamento de Árvores de Decisão e Classificação e do teste estatístico Kolmogorov - Smirnov, se os modelos obtidos a partir das amostras reduzidas conseguem ilustrar bem a freqüência de ocorrência dos padrões de viagens das pessoas da amostra final. Concluiu-se que as características espaciais e de uso de solo influenciam os padrões de encadeamento de viagens, e portanto foram incluídas como variáveis preditoras também nos modelos obtidos a partir das sub-amostras. A conclusão principal foi a não rejeição da hipótese de que é possível reduzir o tamanho da amostra de pesquisas domiciliares para fins de estudo do encadeamento de viagens. Entretanto ainda são necessárias muitas outras verificações antes de aceitar esta conclusão. / The main aim of this work is to verify, the possibility of reducing the sample size in home-interview surveys, without being detrimental to the quality and representation. The sub aim of this work is to analyze the influence of spatial characteristics and land use of an urban area. For both aims, the main analyses tool used was Data Miner called the Decision and Classification Tree which is in the software S-Plus 6.1. The Data Miner finds relations between trip chaining patterns and individual socioeconomic characteristics, spatial characteristics and land use patterns. The trip chaining patterns were coded in terms of chronological sequence of trip purpose, travel mode, travel time and the period of day in which travel occurs. The analyses were based on home-interview surveys carried out in the Belém Metropolitan Area in 2000, by Japan International Cooperation Agency and Pará State Government. In order to achieve the sub aim of this work, the method consisted of analyzing, using the Decision and Classification Tree, the influence of the categorical variable \"Macrozona\", which represents spatial characteristics and urban land use patterns, in trip chaining patterns carried by the individuals. Concerning the main aim, the method consisted of choosing sub-samples randomly containing 25% of the final sample of individuals and verifying (using Decision and Classification Tree and Kolmogorov-Smirnov statistical test) whether the models obtained from the reduced samples can describe the frequency of the occurrence of the individuals trip chaining patterns in the final sample well. The first conclusion is that spatial characteristics and land use of the urban area have influenced the trip chaining patterns, and therefore they were also included as independent variables in the models obtained from the sub-samples. The main conclusion was the non-rejection of the hypothesis that it is possible to reduce the sample size in home-interview surveys used for trip-chaining research. Nevertheless, several other verifications are necessary before accepting this conclusion.
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Conexões entre o mundo on-line e a vida off-line: otakus e cultura de consumo na era da internet / Connections between online world and off-line life: otakus and consumption culture in the internet age

CAVALCANTE, João Paulo Braga January 2008 (has links)
CAVALCANTE, João Paulo Braga. Conexões entre o mundo on-line e a vida off-line: otakus e cultura de consumo na era da internet. 2008. 153 f. Dissertação (Mestrado em Sociologia) – Universidade Federal do Ceará, Departamento de Ciências Sociais, Programa de Pós-Graduação em Sociologia, Fortaleza-CE, 2008. / Submitted by nazareno mesquita (nazagon36@yahoo.com.br) on 2011-12-04T10:44:21Z No. of bitstreams: 1 2008_Dis_JPBC.pdf: 2437164 bytes, checksum: adff224e9a31571c037b2a2d6e2ec36c (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Josineide Góis(josineide@ufc.br) on 2011-12-29T12:30:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_Dis_JPBC.pdf: 2437164 bytes, checksum: adff224e9a31571c037b2a2d6e2ec36c (MD5) / Made available in DSpace on 2011-12-29T12:30:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_Dis_JPBC.pdf: 2437164 bytes, checksum: adff224e9a31571c037b2a2d6e2ec36c (MD5) Previous issue date: 2008 / This research aimed to analyze the subjects related to social changes in the contemporary consumption culture due to interaction between social players and new electronic medias according to World Wide Web This interaction comes from the social player’s growing autonomy against the authorized issuer of product and information I’ve founded that consumer networks structured by subcultures have created unauthorized channels of sharing of messages circumventing the law This phenomenon was observed in a consumption subculture known as otaku whose origin is Japanese This term means an enthusiast of Japanese animes mangas cartoon and comics The otakism is a movement intrinsic to culture globalization and it looks at a powerful connection between new digital technologies and post-1980s youth that is more individualistic and more independent of authorized medias The growth of otakism could be observed in Fortaleza a city that hosts every year one of the biggest anime convention in Brazil called Super Amostra Nacional de Animes (SANA) Its numbers of visitors grows years after years The qualitative and quantitative methods of analyze were used in this research including exploratory poll in SANA event non-structured interviews and ethnography in virtual ambients The last one was designed to understand the quality of social relations in the multidirectional new medias where all players are issuers receptors and creators at the same time The research discovered that otaku subculture has been adapting the new digital technologies particularly the Internet for its consumption purposes and expansion of the possibilities of interpersonal relationships / Esta pesquisa teve como meta analisar questões relacionadas a mudanças na cultura de consumo contemporânea decorrentes da interação entre agentes sociais e novas mídias eletrônicas nos moldes da World Wide Web Tal interação resultou na crescente autonomia do agente perante os emissores oficiais de produtos e informação Constatou-se que redes de consumidores organizadas em subculturas têm criado canais não oficiais de compartilhamento de mensagens burlando barreiras legais e territoriais Este fenômeno foi observado na subcultura de consumo conhecida como otaku de origem japonesa O termo designa indivíduos aficionados em animes e mangás animações e quadrinhos japoneses respectivamente O otakismo é um movimento inerente a globalização cultural e retrata uma forte ligação das novas tecnologias digitais com uma juventude pós-década de 1980 mais individualista e mais independe dos meios de comunicações oficiais O crescimento do otakismo pôde ser observado na cidade de Fortaleza onde ocorre todos os anos uma das maiores convenções de animes do Brasil a Super Amostra Nacional de Animes (SANA) com um número cada vez maior de freqüentadores Os métodos de análise foram qualitativos e quantitativos com enquete exploratória na ocasião da SANA entrevistas não-estruturadas e etnografia em ambientes virtuais direcionada para a descoberta da natureza das relações sociais nestas novas mídias multidirecionais (todos os envolvidos são emissores receptores e produtores ao mesmo tempo) Concluiu-se que a subcultura otaku vem adaptando as novas tecnologias digitais particularmente a Internet para seus propósitos de consumo e para a ampliação das possibilidades de relacionamento interpessoal
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Desenvolvimento de estratégias analíticas visando a determinação de macroelementos, microelementos e elementos traço em rações de cães e gatos empregando técnicas de espectrometria atômica / Development of analytical strategies aiming the determination of macroelementos, microelementos and trace elements in feeds for dogs and cats employing atomic espectrometry techniques

Ávila, Dayara Virgínia Lino 29 February 2016 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In this work, four methods were developed for analysis of feed for dogs and cats using atomic spectrometry techniques. Initially, the multivariate optimization of sample digestion procedure was employed in wet feed for dogs and cats and then the simultaneous determination of macroelements (Ca, K, Mg and P), microelements (Cu, Fe, Mn, and Zn) and trace elements (Al, B, Ba and Sr) was carried out by optical emission spectrometry with inductively coupled plasma (ICP OES). The results of the elements concentrations in the samples were in agreement with the values provided and regulated by Ministry of Agriculture, Livestock and Supply (Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento - MAPA) and American Association of Official Food Control Officials (AAFCO). Limits of detections (LoD) ranged between 0.1 μg g-1 (Ba, Mg and Sr) and 15.0 μg g-1 (P) and limits of quantification (LoQ) between 0.3 μg g-1 (Ba, Mg and Sr) and 49.9 μg g-1 (P). In the second part of the work two analytical methods were optimized for Co and Cr determination in wet food (sachets and cans) for dogs and cats using direct sample analysis (SS) and detection by high resolution continuum source graphite furnace atomic absorption spectrometry (HR-CS GF AAS). Pyrolysis temperatures were 1500 ° C and 1400 ° C for Cr and Co determination, respectively. Atomization temperatures of 2500 ° C for Cr, and 2400 ° C for Co with chemical modifiers were adopted. The optimized method for Co and Cr determination in wet feed was fast, precise and accurate and contributes to the concept of “Green Chemistry”. The results obtained for concentrations of Cr and Co were not compared to any official rule, since there is no regulation for these elements. The LoD's obtained for Cr and Co were 0.01 and 0.05 ug g-1, respectively, and LoQ's obtained were 0.03 to 0.17 ug g-1 for Cr and Co, respectively. Finally, in the third part of the work, an analytical method for determination of Zn in dry feed for dogs and cats using energy dispersive Xray fluorescence spectrometry (EDXRF) was developed. Sample were prepared as pressed pellets. The concentration of Zn in seven dry feed samples for dogs and cats were determinate. The results were statistically compared to the values found by the analytical method by ICP OES. Additionally, paired t-test between concentrations of Zn by EDXRF and ICP OES was applied. The LoD e LoQ obtained for Zn determination were 0.1 e 0.4 mg kg-1, respectively. The independent methods were not significantly different at a 95% confidence level. In our work, the analytical methods proposed were efficient, fast and reliable for the determination of macroelements (Ca, Mg, K and P), microelements (Cu, Fe, Mn and Zn) and trace elements (Al, B, Ba, Co, Cr and Sr) in feeds for dogs and cats using atomic spectrometry techniques. This work was financially supported through the project Universal notice nº 014/2013 approved by CNPq, registered process nº 482416 / 2013-0. / Neste trabalho, foram desenvolvidos quatro métodos para análise de rações de cães e gatos, usando técnicas de espectrometria atômica. Primeiramente, foi empregada a otimização multivariada do procedimento de digestão da amostra para determinação simultânea de macroelementos (Ca, K, Mg e P), microelementos (Cu, Fe, Mn e Zn) e elementos traço (Al, B, Ba e Sr) em rações úmidas de cães e gatos, utilizando a espectrometria de emissão óptica com plasma acoplado indutivamente (ICP OES). Os resultados das concentrações dos elementos nas rações dos animais mostraram-se de acordo com os valores fornecidos e regulamentados pelo Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA) e pela Associação Americana de Controle Oficial dos Alimentos (AAFCO). Os LoD’s variaram entre 0,1 μg g-1 (Ba, Mg e Sr) e 15,0 μg g-1 (P) e os LoQ’s variaram entre 0,3 μg g-1 (Ba, Mg e Sr) e 49,9 μg g-1 (P). Na segunda parte do trabalho, foram otimizados dois métodos analíticos para determinação de Co e Cr em rações úmidas (sachês e enlatadas) para cães e gatos utilizando análise direta de sólidos (SS) e detecção por espectrometria de absorção atômica de alta resolução com fonte contínua e atomização em forno de grafite (HR-CS GF AAS). Foram estabelecidas temperaturas de pirólise de 1500°C e de 1400°C para a determinação de Cr e Co respectivamente, e temperaturas de atomização de 2500°C para Cr e de 2400°C para Co, sem o uso de modificadores químicos. Os métodos otimizados foram rápidos, precisos e exatos, além de contribuir com a concepção da Química Verde. Os resultados obtidos para as concentrações de Cr e Co não foram comparados com nenhuma norma, uma vez que estes elementos não são regulamentados. Os LoD’s obtidos para Cr e Co foram de 0,01 e 0,05 μg g-1 respectivamente, já os LoQ’s obtidos para Cr e Co foram de 0,03 a 0,17 μg g-1 respectivamente. Por fim, na terceira parte do trabalho, foi desenvolvido um método analítico para determinação de Zn em rações secas destinadas à alimentação de cães e gatos empregando a espectrometria de fluorescência de raios-X com energia dispersiva (EDXRF). As amostras foram preparadas na forma de pastilhas prensadas e a concentração de Zn, determinada em sete rações secas de cães e gatos. Os resultados obtidos foram estatisticamente comparados com os valores encontrados através de um método analítico estabelecido por ICP OES, em que foi aplicado o teste t pareado entre as concentrações de Zn por EDXRF e ICP OES. Os LoD e LoQ obtidos na determinação de Zn através do método foram de 0,1 e 0,4 mg kg-1 respectivamente. Os métodos independentes não apresentaram diferença significativa para um nível de confiança de 95%. Em nosso trabalho, os métodos analíticos propostos foram eficientes, rápidos, e confiáveis para a determinação de macroelementos (Ca, Mg, K e P), microelementos (Cu, Fe, Mn e Zn) e elementos traço (Al, B, Ba, Co, Cr e Sr) em rações de cães e gatos, usando técnicas espectroanalíticas. Este trabalho teve o auxílio financeiro do projeto Universal Edital 014/2013 aprovado pelo CNPq, registrado sob processo nº 482416/2013-0.
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Desenvolvimento de métodos para a quantificação direta de Salmonella sp. por PCR-tempo real e por transcriptase reversa-PCR-tempo real / Development of methods for the direct quantification of Salmonella sp. using real time-PCR and reverse transcriptase-PCR-real time

Hans Froder 25 November 2008 (has links)
Para obter resultados rápidos e confiáveis que permitam o monitoramento da segurança microbiológica de alimentos, seja pela indústria ou pelos órgãos de fiscalização, diversos métodos alternativos têm sido desenvolvidos para a detecção e quantificação de Salmonella. Os propósitos do estudo foram avaliar a viabilidade de emprego do QIAamp® DNA Stool Mini Kit para extração e purificação de DNA de Salmonella; validar ensaios baseados em PCR-tempo real (PCR-RT) para quantificar o DNA de Salmonella empregando ttr ou tuf e desenvolver um ensaio para quantificar Salmonella baseado na transcriptase reversa-PCR-tempo real (RT-PCR-RT). Para avaliação do QIAamp® DNA Stool Mini Kit empregaram-se fezes coletadas diretamente do reto de animais infectados ou não, sendo estas últimas artificialmente contaminadas e submetidas à extração segundo protocolo do fabricante. As amostras de DNA isoladas foram quantificadas empregando um ensaio Salmonella-específico PCR-RT utilizando como alvo o lócus ttr. O mesmo ensaio foi utilizado para células de Salmonella provenientes de meio de cultura. O ensaio PCR-RT baseado no alvo tuf foi validado empregando-se primeiramente cepas de diferentes sorotipos de Salmonella e de outras Enterobacteriaceae. A seguir sua eficiência foi avaliada para alimentos-modelo (ave e suíno) artificialmente contaminadas com elevada (≈ 6 log UFC/mL) e baixa (≈ 2 log UFC/mL) população de Salmonella Typhimurium DT 104. A validação do método quantitativo de Salmonella por RT-PCR-RT foi realizada primeiramente com células em meio de cultura e posteriormente nos mesmos alimentos-modelo utilizados para PCR-RT. Em ambos os métodos, alíquotas dos alimentos-modelo foram mantidas a 20 ºC e a 8 ºC, sendo examinadas em diferentes tempos pós-inoculação. Como controle empregou-se a enumeração de microrganismos mesófilos totais e de Salmonella por técnicas convencionais. A taxa de recuperação de Salmonella em fezes suínas artificialmente inoculadas, após tratamento com QIAamp® DNA Stool Kit, variou entre 25% a 50%, dependendo da quantidade inicial de células. Empregando o DNA extraído e submetendo-o à PCR-RT para o ttr obteve-se limite de detecção de 2,8 log UFC eq/g de fezes; método que foi menos sensível que o convencional. A quantificação de Salmonella por PCR-RT empregando tuf apresentou limite de detecção menor que 1 log UFC eq. Os resultados obtidos com este método, empregando-se células em meio de cultura ou alimentos-modelo, foram, de maneira geral, ligeiramente inferiores aos do método convencional. A eficiência de amplificação para PCR-RT e tuf foi de 94%. O método RT-PCR-RT apresentou limite de detecção semelhante ao obtido com o ttr (2 log UFC eq) e sua eficiência de amplificação foi de 100%. Observou-se que tuf é expresso na fase logarítmica de multiplicação bacteriana, o que o torna um bom indicador da viabilidade de Salmonella. / In order to get fast and trustworthy results that allow monitoring the microbiological food safety either by industries or governmental agencies, diverse alternative methods have been developed for Salmonella detection and quantification. The purposes of this study were to evaluate the viability of the use of QIAamp® DNA Stool Mini Kit for Salmonella DNA extraction and purification; to validate assays based on real time-PCR (PCR-RT) to quantify Salmonella DNA by using ttr or tuf, and to develop an assay to quantify Salmonella based on reverse transcriptase- PCR-real time (RT-PCR-RT). For QIAamp® DNA Stool Mini Kit evaluation feces taken directly from the rectum of infected or health animals were used, with the former being artificially contaminated. Samples were submitted to DNA extraction, according to manufacturers protocol. The isolated DNA were quantified using a Salmonella-specific PCR-RT targeting the ttr locus. The same assay was used for Salmonella cells originated from culture medium. The PCR-RT assay with tuf as target was first validated employing different Salmonella serovars and other Enterobacteriaceae strains. After, its efficiency was evaluated on food-models (chicken and swine) spiked with high (≈ 6 log CFU/mL) and low (≈ 2 log CFU/mL) Salmonella Typhimurium DT 104 populations. The validation of the quantitative RT-PCR-RT method was first conducted with cells grown in culture medium, and then in the same food-model used for PCR-RT. For both methods aliquots of foodmodels were maintained at 20 ºC and 8 ºC being evaluated at different incubation times. Enumeration of total mesophilic microorganisms and Salmonella based on conventional methods were used as controls. The DNA recovery rate in swine feces artificially inoculated, after QIAamp® DNA Stool Mini Kit treatment, was between 25% to 50% depending the initial amount of cells. Using the extracted DNA and submitting it to PCR-RT for ttr a detection level of 2,8 CFU eq/g of feces was obtained. This method showed lower sensitivity than the conventional. Salmonella quantification by PCR-RT employing tuf showed a detection level lower than 1 log CFU eq. The results obtained with this method and cells suspended in culture medium or in food-model systems were, in general slightly lower that those obtained with the conventional method. The efficiency of amplification for PCR-RT tuf was 94%. Detection limit of RT-PCR-RT was similar to that of ttr (2 log CFU eq) and efficiency of amplification was 100%. tuf was expressed in logarithmic phase of bacteria growth curve showing that it is a good viability indicator for Salmonella.

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