Submitted by Maria Medeiros (maria.dilva1@ufcg.edu.br) on 2018-08-29T14:12:32Z No. of bitstreams: 1 DESIANE MAIARA GOMES DOS SANTOS - DISSERTAÇÃO (PPGF) 2015.pdf: 6011160 bytes, checksum: a5021549766593cfe2eb8fe5314ea39b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-29T14:12:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DESIANE MAIARA GOMES DOS SANTOS - DISSERTAÇÃO (PPGF) 2015.pdf: 6011160 bytes, checksum: a5021549766593cfe2eb8fe5314ea39b (MD5) Previous issue date: 2015-04-10 / Capes / Nesta dissertação, analisamos a dinâmica de osciladores parametricamente forçados, com enfoque na amplificação de pequenos sinais. Iniciamos por uma revisão da ressonância paramétrica e da amplificação paramétrica em um oscilador linear parametricamente excitado. Em seguida, estudamos dois tipos de osciladores não-lineares parametricamente forçados e concluímos a dissertação com a análise de um dímero parametricamente excitado. Basicamente, analisamos os fenômenos de ressonância paramétrica e de amplificação paramétrica, comparando os resultados obtidos analiticamente (via métodos da média ou do balanço harmônico) com os obtidos via integração numérica das equações do movimento. Em todos os casos, obtivemos a linha de transição para a instabilidade paramétrica do oscilador paramétrico. Nós excitamos os amplificador paramétrico com e sem dessintonia entre entre o bombeamento e o sinal externo ac. Verificamos que o ganho da amplificação paramétrica depende da sensitivamente na fase do sinal externo ac e na amplitude do bombeamento. Mostramos que tais sistemas podem ser facilmente utilizados para recepção e decodificação de sinais com modulação de fase. Além disso, obtivemos séries temporais, envelopes e transformadas de Fourier para a resposta da amplificação paramétrica de pequenos sinais ac. Especificamente nos casos dos osciladores de Duffing parametricamente forçados, obtivemos e analisamos linhas de bifurcação e a amplitude dos ciclos limites como função da frequência e da amplitude de bombeamento. Adicionalmente, conseguimos obter uma relação analítica para os ganhos do sinal e do idler dos osciladores não-lineares parametricamente forçados pelo método do balanço harmônico. Os resultados obtidos implicam que os amplificadores paramétricos não-lineares podem ser excelentes detectores, especialmente em pontos próximos a bifurcações para instabilidade, em que apresentam altos ganhos e largura de banda bem estreitas. Por último, investigamos também o comportamento de dois osciladores lineares acoplados e parametricamente estimulados, com e sem força externa ac. Tais sistemas são muito sensíveis à fase do sinal a ser amplificado e podem ser utilizados para criar amplificadores sintonizáveis em função do parâmetro de acoplamento. / In this dissertation, we studied the dynamics of parametrically-driven oscillators, with a focus on the amplification of small signals. We begin with a revision of parametric resonance and parametric amplification in a linear oscillator parametrically excited. Next, we studied two types of nonlinear parametrically-driven oscillators and finished the dissertation with an analysis of a parametric dimer. Basically, we analyzed the phenomena of parametric resonance and parametric amplification by comparing the results obtained analytically (via the averaging or harmonic balance methods) with those of numerical integration of the equations of motion. In all cases, we obtained the transition line to parametric instability of the parametric oscillator. We excited the parametric amplifier with and without detuning between the pump and the external signal. We found that the parametric amplification depends sensitively on the phase of the external ac signal and on the internal pump amplitude. We showed that such amplifiers can be easily used for the reception and decoding of signals with phase modulation. Furthermore, we obtained time series, envelopes, and Fourier transforms of the response of the parametric amplifier to small external ac signals. Specifically in the cases of the parametrically-driven Duffing oscillators, we obtained and analysed the bifurcation lines and the amplitude of limit cycles as function of the pump amplitude and frequency. In addition, we derived an expression for the signal and idler gains of the nonlinear parametrically-driven oscillators with the harmonic balance method. The results imply that the nonlinear parametric amplifiers can be excellent detectors, specially near bifurcations to instability, due to their high gains and narrow bandwidths. Finally, we studied the dynamics of two linear oscillators coupled and parametrically excited, with and without external ac driving. We found that such systems have a wealth of dynamical responses. They present parametric amplification that is dependent on the coupling parameter and on the phases of the external ac signals. Such systems may be used as tunable amplifiers.

Um Amplificador Paramétrico Óptico (optical parametric amplifier - OPA) é uma fonte de luz coerente, de alta qualidade e sintonizável, baseada em processos ópticos não-lineares de segunda ordem. Alguns modelos possuem largura de banda estreita e um amplo intervalo de sintonia, podendo alcançar regiões que vão desde o ultravioleta até o infravermelho médio. A nossa motivação para construir este amplificador paramétrico óptico é sua utilização em experimentos de espectroscopia vibracional de superfícies através do processo óptico não-linear de segunda ordem, geração de soma de frequências (sum-frequency generation - SFG), que é uma técnica que exige fontes sintonizáveis no infravermelho médio e com altas intensidades de pico e largura de banda estreita. O objetivo desse trabalho foi projetar, montar e testar um amplificador paramétrico óptico capaz de produzir pulsos sintonizáveis de alta energia no infravermelho médio (λ ~ 2,5 a 10 μm) a partir de um laser de bombeio que fornece pulsos de 25 ps, com alta energia em λ = 1064 nm. Para obter-se uma geração de infravermelho bastante eficiente, foi proposto um projeto inovador para amplificadores paramétricos de picossegundos, utilizando-se a geração de supercontínuo de luz branca como feixe sinal do estágio de amplificação paramétrica. O pulso de bombeio (λ = 1064 nm) é dividido em duas partes: a primeira, de menor energia, é utilizada para gerar um pulso de alta largura espectral no infravermelho próximo (supercontínuo de luz branca de picossegundos). Uma fração espectral desse pulso é selecionada através de um monocromador e utilizada como semente do estágio de amplificação paramétrica. O cristal amplificador paramétrico (sulfeto de prata e gálio, AgGaS2) é então bombeado pelo restante do pulso de bombeio e simultaneamente amplifica a semente sintonizável no infravermelho próximo e gera um novo pulso de frequência complementar no infravermelho médio. Foram testados vários meios para geração de supercontínuo, mas os melhores resultados foram obtidos em uma cubeta de 10 cm de comprimento com uma mistura de água e água deuterada (3 % em volume de H2O em D2O) e em uma fibra fotônica não-linear com 2 m de comprimento. Usando o supercontínuo como feixe semente, observou-se amplificação paramétrica no caso do feixe gerado na fibra fotônica com um ganho de 260 vezes, mas não com o feixe gerado na mistura de água/água deuterada, presumivelmente pela maior instabilidade desse supercontínuo. / An Optical Parametric Amplifier (OPA) is a tunable light source of high quality, coherent radiation, based on second-order nonlinear optical processes. Some models have a narrow spectral bandwidth and a tuning range from the ultraviolet to the mid-infrared. The motivation for building this optical parametric amplifier is its use in vibrational spectroscopy of surfaces by a second-order nonlinear optical process, sum-frequency generation (SFG), which is a technique that requires tunable sources in the mid-infrared with narrow bandwidth and high peak intensities. The purpose of this work is to design, implement and test an OPA to generate tunable high energy pulses tuneable in the mid-infrared (λ ~ 2.5 to 10 μm) from a pumping laser that provides 25 ps pulses with high energy at λ = 1064 nm. For an efficient mid-infrared generation, we propose an innovative design for picosecond parametric amplifiers, using the near infrared portion of a white-light supercontinuum pulse as the seed beam for the parametric amplifier. The pump pulse (λ = 1064 nm) is divided into two parts: the first one, with lower energy, generates a high spectral width pulse in the near infrared (white-light supercontinuum picosecond pulse). A spectral fraction of this pulse is selected through a monochromator and is used as seed for the parametric amplification stage. The second part of the laser beam pumps the parametric amplifier crystal (silver gallium sulfide, AgGaS2) which simultaneously amplifies the tunable seed beam in the near infrared and generates a new pulse with complementary frequency in the mid-infrared. Several media were tested for supercontinuum generation, but the best results were obtained with a 10 cm long cuvette with a mixture of water and deuterated water (3 % volume of H2O in D2O) and with a 2 m long nonlinear photonic crystal fiber. Using the supercontinuum as a seed beam, we have obtained parametric amplification of the seed generated by the photonic fiber with a gain of 260 times, but not of the beam generated by the water mixture, presumably because of its significantly higher instability.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2018-08-01T17:33:51Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maythsulene Inácio de Sousa Oliveira - 2015.pdf: 3135445 bytes, checksum: a08e11c7f2df635f3ff7726cfde58f49 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-08-02T11:09:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maythsulene Inácio de Sousa Oliveira - 2015.pdf: 3135445 bytes, checksum: a08e11c7f2df635f3ff7726cfde58f49 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-02T11:09:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maythsulene Inácio de Sousa Oliveira - 2015.pdf: 3135445 bytes, checksum: a08e11c7f2df635f3ff7726cfde58f49 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-04-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is grown in Brazil in three different cropping seasons, and in diverse agroecosystems. In such different environments, the crop is exposed to several constraints responsible for yield losses, such as pathogenic organisms. Among common bean relevant diseases, fusarium wilt (Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli), dry root-rot (Fusarium solani) and Curtobacterium wilt (Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens) have similar symptoms, hindering diagnosis in the field, and whose identification in seed health testing is also limited. In both cases, identification at species level is an important step to manage this root pathogen complex, whose detection can be improved by molecular biology tools. Therefore, this study aimed to: 1) to develop and validate a multiplex PCR (m-PCR) method for simultaneous identification of three common bean pathogens, F. oxysporum f. sp. phaseoli, F. solani and C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens; and 2) develop an isothermal amplification of DNA (LAMP) method to detect of F. oxysporum f. sp. phaseoli on seeds. M-PCR method was developed for identification of isolated colonies, as well as infected seeds. In seeds, total DNA was obtained by alkaline lysis method, which inactivates nucleases during the extraction process. M-PCR allowed the identification of all pathogens, with detection of C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens, F. oxysporum f. sp. phaseoli and F. solani amplicons in agarose gel with respectively 306, 609 and 143 base pairs. Furthermore, m-PCR also reduced costs and time to detect Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli from 10 days to three hours. It was not possible to develop an optimized protocol for detection of F. oxysporum f. sp. phaseoli by the LAMP method, using only the tf1 gene for design of primers, since such primers were functional only for amplifying large amounts of target DNA. Based on the negative results with LAMP, it is suggested that further studies should be performed using other DNA sequences available in GenBank database. / O feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris L.) é cultivado durante todo o ano no território brasileiro, em três épocas distintas e em vários agroecosistemas. Nestes ambientes distintos, a cultura está exposta a diversos fatores que causam perdas de rendimento, como o ataque de patógenos. Dentre as doenças do feijoeiro-comum encontram-se a murcha-de-fusarium (Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli), a podridão-radicular-seca (Fusarium solani) e a murcha-de-curtobacterium (Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens) que apresentam sintomas semelhantes, dificultando seu diagnóstico no campo, e cuja identificação em testes de sanidade de sementes também é limitada. Em ambos os casos, a identificação em nível de espécie é uma importante etapa do manejo deste complexo de patógenos, cuja detecção pode ser aperfeiçoada com a adoção de ferramentas de biologia molecular. Portanto, este estudo teve como objetivos: 1) Desenvolver e validar um método de multiplex PCR (m-PCR) para identificação simultânea de três espécies de patógenos do feijoeiro-comum, F. oxysporum f. sp. phaseoli, F. solani e C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens; e 2) desenvolver a técnica de amplificação isotérmica de DNA (LAMP) para detecção de F. oxysporum f. sp. phaseoli em sementes. O método de m-PCR foi desenvolvido para identificação de colônias isoladas bem como sementes infectadas. Nas sementes, o DNA total foi obtido pela lise alcalina, método que inativa nucleases durante o processo de extração. A m-PCR possibilitou a identificação de todos os patógenos, com detecção de C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens, F. oxysporum f. sp. phaseoli e F. solani em bandas formadas em gel de agarose respectivamente com 306, 609 e 143 pares de base. Além disso, a extração do DNA total das sementes pela lise alcalina em combinação com a m-PCR também possibilitou redução de custos e tempo de realização do diagnóstico de Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli, de 10 dias para três horas. Não foi possível estabelecer um protocolo otimizado para detecção de F. oxysporum f. sp. phaseoli pelo método LAMP, utilizando somente o gene tf1 para desenho dos iniciadores, uma vez que, os iniciadores revelaram-se funcionais apenas para a amplificação com grandes quantidades de DNA alvo. Diante dos resultados obtidos com LAMP, sugere-se que estudos posteriores sejam realizados empregando outras sequências de DNA disponíveis no banco de dados GenBank.

Introdução: Uma elevada incidência de tumores adrenocorticais pediátricos e de adultos é observada nas regiões sul e sudeste do Brasil. Hiperexpressão dos genes IGF1R, SF1 e FGFR4 tem sido descrita em tumores adrenocorticais. Apesar de hiperexpressão ser um evento comum em diversas neoplasias, ainda não são claros os mecanismos moleculares que seriam responsáveis por essa falha na regulação da expressão. Objetivos: Determinar o número de cópias dos genes IGF1R, SF1 e FGFR4 em tumores adrenocorticais diagnosticados em crianças e adultos. Adicionalmente correlacionaremos os dados de expressão gênica e/ou protéica de IGF1R, SF1 e FGFR4 com o diagnóstico histológico e evolutivo dos tumores adrenocorticais. Pacientes e métodos: Sessenta e quatro pacientes com tumores adrenocorticais foram selecionados para o estudo. Todos os pacientes foram submetidos à avaliação clínica e tratamento cirúrgico. Oito glândulas adrenais normais obtidas em cirurgias renais ou autópsias foram utilizadas como controles. DNA genômico extraído dos tecidos normais e tumorais da glândula suprarrenal foram utilizados como substrato nas reações de multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) com o intuito de se determinar o número de cópias dos genes IGF1R, SF1 e FGFR4. PCR em tempo real (SYBR Green) foi realizado para confirmar os dados de MLPA para os genes IGF1R e SF1. Resultados: Amplificação do gene IGF1R foi detectada por MLPA e confirmada por PCR em tempo real SYBR Green em apenas um carcinoma adrenocortical. Adicionalmente, amplificação gênica de outros loci (IGFBP3, FGFR4 e NSD1) bem como de sondas controles foi observada, sugerindo uma condição aneuplóide neste tumor maligno. Amplificação de SF1 foi detectada em 10 tumores adrenocorticais (8 pediátricos e 2 de adultos). Os valores de expressão gênica foram significantemente maiores em tumores associados com amplificação gênica quando comparados com tumores sem amplificação. Além disso, imunorreatividade para SF-1 foi detectada nos tumores com aumento no número de cópias. Doze amplificações do locus FGFR4 (3 pediátricos e 9 de adultos) foram demonstradas por MLPA. A amplificação do locus FGFR4 e hiperexpressão deste gene foram significantemente mais relacionados a carcinomas. Conclusões: Amplificação do gene IGF1R é um evento raro nos tumores adrenocorticais pediátricos e de adultos. A hiperexpressão de IGF1R em tumores adrenocorticais pediátricos não foi secundária à amplificação gênica. Amplificação do gene SF1 foi evidenciada predominantemente em tumores adrenocorticais pediátricos e se correlacionou com hiperexpressão gênica e protéica. Amplificação do locus FGFR4 foi demonstrada predominantemente em tumores adrenocorticais malignos de adultos. Amplificação de oncogenes representa um mecanismo molecular relevante na tumorigênese adrenocortical / Introduction: A high incidence of adrenocortical tumors in children and adults has been observed in Southern and Southeastern regions of Brazil. Overexpression of IGF1R, SF1 and FGFR4 genes have been described in adrenocortical tumors. Despite of overexpression be a common event in several neoplasias, the molecular mechanism implicated in this upregulation remains unknown. Objectives: To determine the copy number of IGF1R, SF1 and FGFR4 genes in pediatric and adult adrenocortical tumors. Additionally, correlate with IGF1R, SF1 and FGFR4 gene and/or protein expression data as well as with the histological diagnosis and evolution of the adrenocortical tumors. Patients and methods: Sixty and four patients with adrenocortical tumors were selected for this study. All patients were submitted to clinical evaluation and surgical treatment. Eight normal adrenal glands obtained in renal surgery or autopsies were used as controls. The MLPA reactions were performed with the DNA extracted from adrenal gland tissues in order to determine the copy number of IGF1R, SF1 and FGFR4 genes. SYBR Green real-time PCR was carried out to confirm MLPA data for IGF1R and SF1 genes. Results: IGF1R amplification was detected by MLPA and confirmed by SYBR green real-time PCR in only one adrenocortical carcinoma. Additionally, other loci amplification was detected (IGFBP3, FGFR4 and NSD1) as well as for control probes, suggesting aneuploidy in this malignant tumor. SF1 amplifications were shown in 10 adrenocortical tumors (8 from children and 2 from adults). The SF1 mRNA levels were significantly higher in adrenocortical tumors associated with increased SF1 gene copies when compared with adrenocortical tumors without gene amplification. Moreover, all adrenocortical tumors with SF1 gene amplification showed a strong SF1 staining. Twelve FGFR4 locus amplifications (3 from children and 9 from adults) were demonstrated by MLPA. FGFR4 locus amplification and overexpression of this gene were significantly more related to carcinomas. Conclusions: IGF1R amplification is a rare event in adrenocortical tumors and it was not responsible for the IGF1R overexpression of pediatric and adult adrenocortical tumors. SF1 gene amplification was detected predominantly in pediatric adrenocortical tumors and was associated with gene and protein overexpression. FGFR4 locus amplification was demonstrated mainly in adult maligant adrenocortical tumors. FGFR4 amplification and upregulation were more associated to adrenocortical carcinomas. Oncogenes amplification represents an important molecular mechanism in adrenocortical tumorigenesis

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2017-04-07T12:34:26Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Ferreira, D.M.C.-DELIMITAÇÃO DE ESPÉCIES E FILOGEOGRAFIA DO COMPLEXO Cryptanthus zonatus (Vis.) Vis. (BROMELIACEAE).pdf: 2597427 bytes, checksum: 104e86eeb5b9dc72d1a7d96ef9fa743f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-07T12:34:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Ferreira, D.M.C.-DELIMITAÇÃO DE ESPÉCIES E FILOGEOGRAFIA DO COMPLEXO Cryptanthus zonatus (Vis.) Vis. (BROMELIACEAE).pdf: 2597427 bytes, checksum: 104e86eeb5b9dc72d1a7d96ef9fa743f (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / CAPES / Cryptanthus Otto & A.Dietr. (Bromeliaceae, Bromelioideae) é um gênero endêmico do Brasil. Cryptanthus burle-marxii Leme e C. zonatus (Vis.) Vis. são restritas ao norte da Floresta Atlântica nordestina e não apresentam delimitação taxonômica bem definida, pois muitos de seus caracteres morfológicos se sobrepõem. Ambas as espécies compõem o complexo C. zonatus (Vis.) Vis.. O objetivo do presente estudo foi realizar a delimitação de espécies e descrever os padrões filogeográficos do complexo C. zonatus, utilizando dados morfológicos, moleculares e de modelagem de nicho ecológico. Para o estudo foram feitos testes de amplificação heteróloga em C. burle-marxii e C. zonatus, utilizando 38 locos de microssatélites nucleares de cinco espécies de Bromeliaceae. Dos 38 locos testados, 24 apresentaram amplificação positiva e 13 foram polimórficos. Dez locos polimórficos foram selecionados para serem amplificados e genotipados em 147 indivíduos de oito populações do complexo C. zonatus. O resultado da análise morfológica e de estrutura genética mostrou que C. burle-marxii e C. zonatus são dois nomes dados à mesma espécie. A análise filogeográfica mostrou que a distribuição geográfica e estrutura genética do complexo C. zonatus pode ter sofrido modificações no quaternário. No último máximo glacial a distribuição geográfica potencial do complexo era contínua e maior em algumas áreas que atualmente é mar, o que deve ter ocorrido provavelmente devido à regressão marinha neste local. No Holoceno médio houve a potencial separação da distribuição possivelmente devido a uma barreira ecológica que perdurou até o presente formando dois grupos geneticamente estruturados, um ao norte e outro ao sul. Para a conservação da espécie foram indicadas populações prioritárias para o estabelecimento de unidades de conservação. / Cryptanthus Otto & A.Dietr. (Bromeliaceae, Bromelioideae) is an endemic genus from Brazil. Cryptanthus burle-marxii Leme and C. zonatus (Vis.) Vis. are species restricted to the north of the northeastern Atlantic Forest and have no well-defined taxonomic delimitation due to overlaping of some morphological characters. Both species are included in the Cryptanthus zonatus complex. The main goal of this study was to delimit species boudaries and to describe the phylogeographic patterns of the complex C. zonatus using morphological, molecular and ecological niche modeling data. For this study were carried out cross-amplification tests in C. burle-marxii and C. zonatus using 38 loci of nuclear microsatellite of five species of Bromeliaceae. Of the 38 loci tested, 24 showed positive amplification and 13 were polymorphic. Ten polymorphic loci were selected to be amplified and genotypes in 147 individuals from eight populations of the complex C. zonatus. The results of the morphological and genetic structure analyses showed that C. burle-marxii and C. zonatus are two names given to the same species. The phylogeographic analysis showed that the geographic distribution and genetic structure of the complex C. zonatus may have been modified in the Quaternary. The potential geographic distribution of the complex in the last glacial maximum was continuous and larger in some areas which are sea in present, what have probably occurred due to marine regression at this location. In the middle Holocene, there was the potential separation of distribution, possibly due to an ecological barrier that lasted until the present, forming two genetically structured groups, one in the north and other in the south. For conservation of the species priority populations were indicated for the establishment of protected areas

Made available in DSpace on 2016-03-15T19:37:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jair Fiuza - EE2006.pdf: 870543 bytes, checksum: 939198dd0585c5cbae3d86adf6c858cc (MD5) Previous issue date: 2006-08-29 / The performance of a distributed Raman amplifier at S - Band using the TrueWave® Reach Low Water Peak fiber in a 100km span is analyzed through numerical simulations. The manufacturer, the OFS Fitel Denmark Ap, has experimentally characterized the physical parameters of the fiber, such as, attenuation, dispersion and Raman gain efficiency at Band - S. The low fiber attenuation around pump wavelength region, around 0,34dB/km at 1370nm, allow the achievement of approximately 10dB over 70nm in the S - Band − using 4 (four) pump lasers with pump power on the order of tenth of mWatts . / O desempenho de um amplificador Raman distribuído na Banda - S utilizando a fibra óptica TrueWave® Reach Low Water Peak em um enlace de 100km é analisado através de simulações numéricas. O fabricante, a OFS Fitel Denmark Ap, caracterizou experimentalmente os parâmetros físicos da fibra óptica, tais como atenuação, dispersão, e eficiência de ganho Raman na Banda - S. A baixa absorção dessa fibra óptica na região espectral onde se localizam os lasers de bombeamento, em torno de 0,34dB/km, para 1370nm, permite a utilização de 4 lasers de bombeamento com potências da ordem de dezenas de mWatts, para garantir um ganho on-off da ordem de 10dB em 70nm (1460 a 1530nm) na Banda - S.

Made available in DSpace on 2016-03-15T19:38:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Igor da Silva Ramos.pdf: 1622777 bytes, checksum: 186a77eaabf846baf8466f41da580a23 (MD5) Previous issue date: 2009-02-03 / Fundo Mackenzie de Pesquisa / This work studies, through systemic modeling a microstructured optical fiber used in a module for dispersion compensation and Raman amplification for optical communication systems. The use of this device compensates the dispersion in a range of frequencies not covered by conventional dispersion compensating fibers and, simultaneously, amplifies the signal in order to reach longer transmission distances. In particular, dispersion compensation and amplification is demonstrated in the O Band (1260 nm up to 1360 nm) for systems operating at 10 and 40 Gbps. For this purpose, the parameters of a real microstructured optical fiber model are used in the VPI TransmissionMaker numerical simulation software through which is possible to evaluate the performance of the device. The performance evaluation is carried out through Bit Error Rate (BER) as a function of link distance and transmission channel wavelength. / Este trabalho estuda através de modelamento sistêmico, uma fibra óptica microestruturada utilizada em um módulo de compensação de dispersão e amplificação Raman de sistemas ópticos. O uso deste dispositivo compensa a dispersão em faixas de freqüência não cobertas por fibras de compensação de dispersão convencionais e simultaneamente amplifica o sinal a fim de permitir maiores distâncias de transmissão. Em particular, compensação de dispersão e amplificação são demonstradas na banda O (1260 nm a 1360 nm) para sistemas operando a taxas de 10 e 40 Gbps. Para isso, são utilizadas as características de um modelo de fibra microestruturada real no software de simulação numérica VPI TransmissionMaker por meio do qual é possível avaliar o desempenho deste dispositivo. A avaliação de desempenho é feita através de curvas de taxa de erro de bits (BER, do inglês Bit Error Rate) em função do comprimento do enlace e comprimento de onda do canal de transmissão.

Deficiência na enzima lisossomal glucocerebrosidase (GCR) resulta na doença de Gaucher. O tratamento atual consiste na administração da enzima exógena, produzida em células CHO. Porém, o medicamento disponível no mercado é extremamente custoso. Neste trabalho, propusemos a clonagem e a expressão da GCR humana em células CHO, visando a obtenção de um clone celular produtor para viabilizar a produção futura da enzima, a um custo menor, no Instituto Butantan. A expressão estável da GCR recombinante foi obtida a partir da transfecção de células CHO-dhfr- com o plasmídeo pED de expressão em células de mamíferos contendo o cDNA da GCR, seguido de amplificação gênica por MTX. A GCR foi detectada no extrato celular (~ 64 kDa) e secretada para o sobrenadante (63-69 kDa) em ensaios de western blotting, usando o anticorpo policlonal anti-GCR gerado neste trabalho. A enzima secretada hidrolisou o substrato 4-MUG e a sua produtividade foi estimada em 5,14 pg/célula/dia para o melhor subclone produtor, selecionado para a produção futura da GCR em larga escala. / Deficiency of the lysosomal glucocerebrosidase (GCR) enzyme results in Gaucher\'s disease. Current treatment consists on enzyme replacement therapy by the administration of recombinant GCR produced in CHO cells. However, the medicine available in the market is extremely expensive. In this work, we proposed the cloning and expression of human GCR in CHO cells, in order to obtain a productive cellular clone for future production of GCR enzyme at a lower cost at the Butantan Institute. The stable expression of recombinant GCR was obtained after transfection of CHO-dhfr- cells with pED mammalian expression vector containing the GCR cDNA, followed by gene amplification with MTX. The GCR was detected by western blotting analysis, either as cell-associated (~ 64 kDa) or as secreted forms (63-69 kDa), using the anti-GCR polyclonal antibody produced in this work. The secreted enzyme was active on 4-MUG and was produced at a level of about 5,14 pg/cell/day for the best producer subclone, selected for subsequent steps of GCR production on large scale in next future.

A variação do número de cópias (CNV) de genes e cromossomos é uma característica comum do genoma plástico de Leishmania major, que pode estar associada à resistência do parasita à quimioterapia das leishmanioses. Em outros eucariotos, alterações na replicação do DNA ou na resposta a danos no DNA (DDR) pode levar à CNV. Nestes organismos, o complexo de checkpoint 9-1-1 (RAD9, RAD1 e HUS1) é essencial para a detecção e a sinalização do estresse de replicação e para o recrutamento de uma apropriada DDR. Já demonstramos que L. major expressa um homólogo 9-1-1 funcional. Aqui, avaliamos a deficiência de subunidades de 9-1-1 na variação do número de cópias em células selecionadas em metotrexato (MTX), um inibidor da enzima diidrofolato redutase timidilato sintetase (DHFR-TS). A seleção em MTX facilita o isolamento de células que carregam amplificações contendo o locus da DHFR-TS. Assim, selecionamos células deficientes de HUS1 ou RAD9 para resistência ao MTX sem e com exposição previa a hidroxiureia (HU), uma droga que causa estresse de replicação por inibição da ribonucleotídeo redutase, e avaliamos o efeito da deficiência destas proteínas na CNV e no tipo de amplificação gerada. Avaliamos também o efeito da deficiência destas proteínas no processo de síntese do DNA medido pela incorporação de IdU e observamos que a deficiência destas proteínas levou a um incremento na síntese do DNA na ausência de estresse de replicação e a perfis opostos de síntese do DNA após a remoção do estresse replicativo. Análises da detecção de simples fita do DNA (ssDNA) e da histona H2A fosforilada (?H2A) como indicadores do processo de estresse de replicação e dano no DNA também foram conduzidas. Em conjunto, nossos resultados indicam que (i) os níveis alterados das proteínas HUS1 e RAD9 afetam o padrão da CNV após a seleção no MTX, assim como a natureza da amplificação; (ii) HUS1 e RAD9 parecem possuir mecanismos distintos para mediar a CNV; (iii) a função destas proteínas na CNV deve envolver o processo de replicação e (iv) HUS1 e RAD9 são requeridas para a manutenção da estabilidade genômica em Leishmania. Estes resultados contribuem para uma melhor compreensão não só da evolução da via de sinalização mediada pelo complexo de checkpoint 9-1-1 nos eucariotos, mas também da bases moleculares da plasticidade genômica e do fenômeno de amplificação gênica em Leishmania. / The copy number variation (CNV) of genes and chromosomes is a common feature of the plastic genome of Leishmania major, which is normally associated with resistance of the parasite to the chemotherapy of leishmaniasis. In other eukaryotes, alteration in DNA replication and DNA damage response (DDR) causes CNV. In these organisms, the RAD9-RAD1-HUS1 (9-1-1) checkpoint complex is essential for detection and signaling of replication stress and recruitment of an appropriate DDR. We have already demonstrated that L. major expresses a functional 9-1-1 homolog. Here we evaluated the effect of 9-1-1 subunit deficiency in CNV of cells selected in methotrexate (MTX), an inhibitor of the dihydrofolate reductase thymidylate synthetase (DHFR-TS) enzyme. Selection in MTX facilitates the isolation of cells that carry amplicons containing the DHFR-TS locus. Thus, we selected HUS1 or RAD9 deficient cells for MTX resistance without and prior exposure to hydroxyurea (HU), a drug that causes replication stress due to inhibition of ribonucleotide reductase, and evaluated not only CNV, but also the nature of the amplification generated. We also evaluated the effect of deficiency of these proteins in the DNA synthesis process measured by IdU incorporation and observed that the deficiency of these proteins led to an increase in DNA synthesis in the absence of replication stress, and to opposite profiles of DNA synthesis after removal of replicative stress. Analyzes of single-stranded DNA (ssDNA) and phosphorylated histone H2A (?H2A) as indicators of replication stress and DNA damage were also conducted in both presence and absence of replicative stress. Taken together, our results indicate that (i) altered levels of HUS1 and RAD9 proteins affect the CNV pattern after selection in MTX, as well as the nature of amplification; (ii) HUS1 and RAD9 possibly have different mechanisms to mediate CNV; (iii) the function of these proteins in CNV seems to involve replication process and (iv) HUS1 and RAD9 are required for the maintenance of genomic stability in Leishmania. These findings contribute to a better understanding not only of the evolution of the signaling pathway mediated by 9-1-1 checkpoint complex in eukaryotes, but also of the molecular basis of the genome plasticity and the gene amplification phenomenon in Leishmania.

Introdução: A meningite tuberculosa (MTB) é a forma mais grave e fatal de tuberculose. O diagnóstico oportuno e o tratamento adequado e precoce são os principais fatores associados com o bom prognóstico. Os métodos utilizados na prática médica diária - achados clínicos, exames de imagem e análise de líquido cefalorraquidiano (LCR) - têm baixa acurácia. A pesquisa do DNA do Mycobacterium tuberculosis no LCR através da reação em cadeia da polimerase (PCR, do inglês polimerase chain reaction) com a metodologia nested é promissora, especialmente quando associada à praticidade da amplificação do DNA em tempo real. Objetivo: Avaliar o valor diagnóstico da nested PCR em tempo real (nRT-PCR, do inglês nested real-time PCR) na investigação de pacientes com MTB. Métodos: Estudo observacional realizado em duas fases: uma prospectiva e outra retrospectiva. Na fase prospectiva, foram incluídos pacientes com suspeita de MTB internados no Instituto de Infectologia Emílio Ribas (IIER). Informações clínicas, laboratoriais e radiológicas foram coletadas, assim como amostra de LCR de todos os pacientes. A partir de critérios internacionais padronizados, os pacientes foram categorizados como \"MTB Definitiva\", \"MTB Provável\", \"MTB Possível\" e \"Não MTB\". A nRT-PCR, utilizando o gene alvo mpt64, foi realizada em todas as amostras de LCR no Laboratório de Meningites Bacterianas do Instituto Adolfo Lutz. Sensibilidade, especificidade e intervalos de confiança (IC 95%) da nRT-PCR foram calculados com base no padrão-ouro (cultura positiva para M. tuberculosis ou isolamento de BAAR no sistema nervoso central) e nos pacientes com outros diagnósticos estabelecidos (Não MTB). Também foi calculada a proporção de pacientes com a nRT-PCR positiva em cada categoria clínica. Na fase retrospectiva, foi realizada uma revisão de prontuários de pacientes que tiveram a nRT-PCR solicitada no IIER e no Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS. Os mesmos procedimentos de categorização diagnóstica, cálculos de sensibilidade e especificidade foram adotados. Resultados: Na fase prospectiva, foram incluídos 102 pacientes, sendo 92 deles infectados por HIV. Nove deles tiveram o padrão-ouro positivo e foram classificados como \"MTB Definitiva\" e 81 deles tiveram outros diagnósticos estabelecidos (\"Não MTB\"). A sensibilidade e a especificidade da nRT-PCR foi 100% (IC95%:70-100 e 95-100, respectivamente). A positividade da nRT-PCR na categoria \"MTB Provável\" foi 50% (4/8 pacientes) e 25% na \"MTB Possível\" (1/4). Na fase retrospectiva, 56 pacientes foram incluídos, sendo 48 infectados por HIV. A nRT-PCR teve sensibilidade de 83% (5/6) e especificidade de 100% (0/45). A positividade na categoria \"MTB Provável\" foi 60% (3/5) e não houve pacientes classificados como \"MTB Possível\". Conclusão: A nRT-PCR apresentou boa sensibilidade e ótima especificidade, demonstrando seu valor diagnóstico na identificação oportuna de casos de MTB / Background: Tuberculous meningitis (TBM) is the most serious and lethal presentation of tuberculosis. Timely diagnosis and appropriated treatment are the main factors associated with good outcome. Methods used in the daily medical practice - clinical, radiological and cerebrospinal fluid (CSF) findings - have low accuracy. Search for Mycobacterium tuberculosis DNA in the CSF by polymerase chain reaction (PCR) using the nested methodology is promising, especially when combined with the practical approach of the real time DNA amplification. Objective: To evaluate the diagnostic value of a nested real-time PCR (nRT-PCR) in the investigation of patients with TBM. Methods: A two-phase observational study was carried out: prospective and retrospective. In the prospective phase, patients with suspected TBM hospitalized at \"Instituto de Infectologia Emílio Ribas\" (IIER) were included. Clinical, laboratory and radiological data were collected, as well as CSF samples of all patients. According to international standard criteria, patients were categorized as \"TBM Definite\", \"TBM Probable\", \"TBM Possible\" and \"Not TBM\". The nRT-PCR, using the mpt64 gene, was performed on all CSF sample in the Laboratory of Bacterial Meningitis, Adolfo Lutz Institute. Sensitivity, specificity and confidence intervals (95% CI) of the nRT-PCR were calculated based on the gold standard (culture positive for M. tuberculosis or AFB isolation on the central nervous system) and on patients with other established diagnoses (\"Not TBM\"). The proportion of patients with a positive nRT-PCR in each clinical category was also calculated. In the retrospective phase, medical chart review was performed in those patients who had the nRT-PCR requested in IIER and in the \"Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS\". The same diagnostic categorization and calculations of sensitivity and specificity were adopted. Results: 102 patients were included in the prospective phase, 92 of them HIV-infected. Nine of them had the gold standard positive and were classified as \"TBM Definite\" and 81 of them had other diagnoses established (\"Not TBM\"). The sensitivity and specificity of the nRT-PCR were 100% (95%CI: 70-100 and 95-100, respectively). The nRT-PCR positivity in category \"TBM Probable\" was 50% (4/8 patients) and 25% in \"TBM Possible\" (1/4). In retrospective phase, the nRT-PCR had a sensitivity of 83% (5/6) and specificity of 100% (0/45), among the 56 included patients (48 of them HIV infected). Positivity in \"TBM Probable\" category was 60% (3/5) and no patients were classified as \"TBM Possible\". Conclusion: The nRT-PCR showed good sensitivity and excellent specificity, showing its diagnostic value in the timely identification of TBM